それぞれのあらすじ(太字は未来もしくは過去につながる事柄)プロローグ片目を失った老人が昔話を語り始めます。映画の最後にエピローグとしてこの老人の正体が明かされます。オープニング〜タイトルまでそれぞれの主人公たちが脈略なく支離滅裂に登場し、これが入り組んだ映画だと印象づけます。1アダム・ユーイング、大航海で大後悔。ニュージーランド近くの島で奴隷貿易に関する商談を成立させた若き弁護士アダム(ジム・スタージェス)。船に乗ったら、密航者の黒人と相部屋になったり、悪徳医師(トム・ハンクス)に毒を盛られたりして命からがらアメリカへ帰国。アジア顏の愛妻(ぺ・ドゥナ)とともに奴隷解放運動へ身を投じることを義父(ヒューゴ・ウィーヴィング)に宣言する。若き音楽家志望で同性愛者、ロバート(ベン・ウィショー)は曲者しじい大作曲家、ビビアン・エアーズ(ジム・ブロードベント)の写譜者として雇われる。エアーズ邸に住み込みで働くロバートは、エアーズの書斎で欠損のある「アダム・ユーイングの航海日誌」を見つけて読みはじめたり、エアーズと共同で曲を作ったり、奥さん(ハル・ベリー)と不倫したり、自分でも作曲したりしたことを恋人シックススミス(ジェームズ・ダーシー)への手紙に書く。作曲も順調に進んでいた矢先、エアーズから、自作の曲「クラウド・アトラス六重奏」をよこさなければ同性愛者であることを公表すると脅されたロバートは誤ってエアーズを拳銃で撃ってしまう。曲を完成させたロバートはシックススミスに遺書を残し、拳銃自殺。3ルイーザ・レイ、アメリカを救う。女性ジャーナリスト、ルイーザ(ハル・ベリー)は科学者シックススミス博士(ジェームズ・ダーシー)と知り合ったことを機に、新規原発事業に裏があるとにらむ。ルイーザに、「君と前世で会ったことがある」と言った協力者、原発の研究員アイザック(トム・ハンクス)は事故を装って殺され、企業の企み(わざと原発が事故を起こすよう仕向け、石油への依存をますます強化させる)に気付いたルイーザも、殺し屋(ヒューゴ・ウィーヴィング)から命を狙われる。なんとかシックススミス博士の報告書を手に入れ、原発会社社長(ヒュー・グラント)の悪事を公表する。自費出版社のしがない老編集者のキャベンディッシュ(ジム・ブロードベント)はひょんなことから兄(ヒュー・グラント)から悪徳老人ホームに入居させられてしまう。男のような怪力を持つ看護師ノークス(ヒューゴ・ウィーヴィング)からの「おしおき」に怯える生活に耐えきれなくなった入居者たちと脱走計画を立て、なんとかホーム脱出に成功。その後はかつての恋人(スーザン・サランドン)と幸せに暮らした。5クローンソンミ、支配からの卒業。舞台は未来の韓国、ネオ・ソウル。労働は専ら複製種と呼ばれるクローンが行い、純血種である人間たちがそれを支配していた。カフェで給仕係として働くクローン、ソンミ451(ぺ・ドゥナ)は同僚から「キャベンディッシュの大脱走」の映画のワンシーンを見せてもらう。その行為は重大な規律違反であった。その後、ソンミの前にレジスタンスのチョウ(ジム・スタージェス)が現れ、カフェから救い出される。レジスタンスから世界の真実について(クローンは時期が来ると殺され、クローンの食糧として再利用されること)知らされ、ソンミは憤る。チョウにより愛を知ったソンミは、クローンの尊厳を勝ち取るべく、革命のシンボルとして演説を行う。政府軍の反撃に遭い、チョウや仲間を失ってしまう。記録係(ジェームズ・ダーシー)への質問に答えた後、ソンミも処刑されることになるが、彼女は自分の言葉が誰かに届いていると信じていた。6ザックリー、善と悪の狭間で揺れる思い...南の島に住み、ソンミ様を信仰している部族のザックリー(トム・ハンクス)は森で人喰い族(ヒュー・グラント)の襲撃に遭い、義弟(ジム・スタージェス)と甥を失う。彼は自らの心に潜む悪魔、オールド・ジョージー(ヒューゴ・ウェーヴィング)の声に従い、二人を見殺しにしたのだった。ある日、高度な文明を持つプレシエント族のメロニム(ハル・ベリー)が島を訪れ、悪魔の山へのガイドを頼まれる。当初は拒否していたザックリーだったが、姪の命を救ってもらう代わりにガイドを引き受ける。メロニムから、地球は汚染されており、助かるには他の星への移住しかないこと、また、ソンミ様は神ではなく、ソンミ451というクローンのレジスタンスであったことを知らされ、激昂するザックリーだったが、オールド・ジョージーの悪魔の囁きを打ち破り、メロニムを信じることにする。メロニムは山の頂上にある施設から宇宙へ救難信号を送ることに成功する。リーは占い師(スーザン・サランドン)の選言を守らなかったために人喰い族から攻撃されるが、そこへメロニムが現れ、ザックリーを救い出す。リーはメロニムと姪と共に他の星からの救助を待つことにする。エピローグプロローグに登場した老人は、他の星への移住に成功したザックリーであり、彼は孫たちに長い長い物語を聞かせていたのだった。その側にはメロニムが優しく寄り添っていた...。上記に書いた以外にも過去・未来とのつながりが随所に散りばめられており(2のエアーズが5ソンミのカフェの夢を見る、1では黒人奴隷5ではクローン奴隷を扱っている、2で作曲された「クラウドアトラス六重奏」を3ルイーザが聞く...etc)、登場人物たちもかなり込み入っています。