Development and evaluation of the DNA microarray-based bacterial gene expression profiling
目的 建立和优化基于全基因组DNA芯片的细菌基因表达谱技术,并用实时定量RT-PCR对此技术平台进行评价.方法提取并纯化鼠疫耶尔森菌总RNA,以六核苷酸随机引物(N6)和/或基因组特异引物(GDP)逆转录合成cDNA,用CY染料直接或间接标记后,与包括鼠疫耶尔森菌4005个ORF的全基因组芯片杂交,通过芯片扫描仪获得表达谱分析结果,归一化后进行分析.结果用实时定量PCR技术验证.结果采用N6+GDP混合引物以间接法标记获得了较为理想的结果,表达谱技术与实时定量PCR技术所得结果高度相关,证明了此技术的可靠性和实验设计与数据分析的合理性.结论合理的设计和归一化的分析方法是基于DNA芯片的细菌基因表达谱分析成功的关键,该技术的建立为细菌功能基因组研究奠定了基础。