Genomic sequence analysis for human Bocavirus circulating in Beijing by bioinformatics
目的 了解北京地区人Boca病毒(human Bocavirus,HBoV)的基因组编码特征,并对其基因组编码的非结构蛋白NS1、核蛋白NP-1以及病毒外壳蛋白VP1及VP2的二级结构等特性进行预测分析.方法 从已证明为HBoV阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722中应用针对NS1、NP-1、VP1、VP2基因组3'末端的引物对经PCR扩增得到预期片段,将扩增产物直接测序后得到基因组序列;运用生物信息学的方法,对HBoV BJ3064基因组编码的各蛋白的二级结构及其他生物学特性进行了预测分析.结果 测序结果显示HBoV BJ3064及BJ3722基因组序列全长均为5299 bp,有4个主要的CDS(coding domain sequences),分别编码NS1、NP-1、VP1和VP2蛋白.序列同源性比较结果显示BJ3064与BJ3722间基因组序列的同源性达99.9%;与ST1比较,同源性为99.4%～99.5%;与ST2比较,同源性为99.8%;与BPV及MVC比较,同源性低于45%;与细小病毒B19的同源性仅为5%左右;基因组系统进化树分析显示BJ3064、BJ3722与ST2在一簇中,ST1属另一簇.NS1、NP-1、VP1及VP2蛋白二级结构中主要为无规卷曲,其他结构如α螺旋、β片层、β转角在不同蛋白中占有不同比例;各蛋白均无明显的跨膜结构域;NS1、NP-1属不稳定蛋白,VP1、VP2属稳定蛋白.结论 全基因组序列的确定进一步证明北京地区发现的BJ3064、BJ3722是典型的人Boca病毒,相对于ST1,BJ3064、BJ3722与ST2之间进化关系更密切;蛋白二级结构等生物信息学分析将有益于对此新发现病毒的进一步深入研究,如蛋白的表达、分离纯化以及蛋白检测条件的选择等。