Isolasi DNA hewan ternak
201253751
Perbandingan Metode Lisis Jaringan Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver Tikus Putih (Rattus norvegicus)
Teknik dasar yang harus dikuasi pada saat melaksanakan penelitian secara molekuler adalah isolasi DNA genom. Isolasi DNA bertujuan untuk memisahkan DNA dari komponen lainnya seperti lipid, protein, dan polisakarida. Secara umum, tahapan isolasi DNA untuk berbagai bahan adalah sebagai berikut lisis sel atau jaringan yang efektif, denaturasi kompleks nukleoprotein, dan inaktivasi nuklease. Akan tetapi bahan yang berbeda akan membutuhkan metode yang berbeda juga. Salah satu jaringan yang sulit untuk dilakukan isolasi DNA adalah jaringan hewan.Jaringan hewan memiliki lemak dan protein yang sangat banyak sehingga dapat mengkontaminasi DNA itu sendiri.Tahapan lisis adalah tahapan penting yang mempengaruhi kesuksesan isolasi DNA hewan. Terdapat berbagai macam cara yang dapat dilakukan untuk melisiskan sel dan jaringan. Pada penelitian ini dilakukan perbandingan proses lisis dengan 4 perlakuan yang berbeda yakni lisis dengan menggunakan teknik Sambrook (1987) dimana jaringan di inkubasi dengan suhu 55 o C selama 12 jam, lisis dengan dengan metode Penggerusan yakni menggunakan mortar dan prestel, lisis dengan suhu 65 o C dalam inkubasi selama 2 jam, dan lisis dengan suhu 80 o C dalam inkubasi selama 10 menit. Setelah tahapan lisis selesai, ke empat perlakuan di ekstraksi dengan metode organik Phenol Chlorofom Isoamyl Alcohol 25 24 1) DNA kemudian cuci dengan menggunakan ETOH 70% dan pelet DNA dilarutkan dengan menggunakan buffer TE. Hasil menunjukkan bahwa teknik Sambrook menunjukkan hasil yang lebih baik, berikutnya metode inkubasi 65 derajat selama 2 jam yang menunjukkan hasil baik, sementara metode lisis dengan mortar dan prestel, maupun dengan inkubasi 80 derajat selama 10 menit tidak menunjukkan hasi yang baik akibat terjadi kerusakan DNA.
S P Setyo Hariyadi Erli Narulita Muh Rais
208566689
ISOLASI SALMONELLA SP PADA SAPI DIARE DI PASAR HEWAN COT IRI KECAMATAN KRUENG BARONA JAYA ACEH BESAR
ABSTRAK Salmonellasp dapat menyebabkan food borne diseaseyang bersifat zoonosis yang dikenal sebagai salmonellosis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah Salmonella merupakan salah satu penyebab diare pada ternak di pasar hewan Cot Iri Kecamatan Krueng Barona JayaAceh Besar. Sebanyak 15 sampel swab rektal dianalisis dengan menggunakan metode Carter. Sampel diinokulasi pada Selenite cystine broth(SCB) dan kemudian ditanam pada Salmonella Shigella agar(SSA) selektif. Morfologi koloni yang tumbuh di Salmonella Shigella agar(SSA) berwarna hitam atau black center, bulat dengan permukaan halus, tepi rata dan elevasi cembung. Untuk mengamati secara mikroskopis dilakukan pewarnaan Gram. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa 3 sampel yang diperiksa dapat diisolasi salmonellasp. Dari hasil penilitian ini disimpulkan bahwa bakteri Salmonellasp merupakan salah satu penyebab diare pada sapi di pasar hewan Cot Iri Kecamatan Krueng Barona Jaya, Aceh besar dengan tingkatan prevalensi 20% Kata kunci Salmonellasp, diare, sapi, zoonosis, food borne disease.
Iqbal Hamidi Batubara
195555029
OPTIMASI ISOLASI DNA DAUN TANAMAN KEPEL (Stelechocarpus burahol (Blume) Hook. F. Thomson)
Keanekaragaman hayati adalah kekayaan hidup di bumi yang meliputi tumbuhan, hewan, mikroorganisme, dan genetika yang dikandungnya. Melestarikan keanekaragaman hayati melalui sumber daya genetik merupakan hal yang penting dalam mengantisipasi kepunahan dan sebagai upaya pengembangan kultivar atau ras yang unggul. Tanaman Kepel merupakan tanaman khas Yogyakarta dan memiliki kandungan yang bermanfaat untuk kesehatan. Namun, keberadaannya saat ini semakin sedikit, sehingga perlu dilakukan pelestarian melalui sumber daya genetik yaitu dengan isolasi DNA. Keberhasilan dari isolasi DNA memerlukan kosenterasi dan kemurnian yang baik, sehingga tujuan penelitian ini adalah untuk mengoptimasi isolasi DNA daun Tanaman Kepel yang ditinjau dari jenis dan berat sampel terhadap kualitas dan kuantitas DNA. Metode yang digunakan yaitu metode percobaan faktor tunggal yang disusun dalam Rancangan Acak Lengkap (RAL) dan terdiri dari 9 perlakuan dengan 3 ulangan, sehingga didapatkan 27 unit percobaan. Perlakuan yang digunakan yaitu jenis sampel daun muda merah, daun muda hijau, dan daun dewasa dengan setiap jenis memiki berat 0,1 gram, 0,2 gram, dan 0,3 gram. Hasil penelitian menunjukan optimasi isolasi DNA daun Tanaman Kepel dengan jenis sampel daun muda merah dan berat 0,3 gram diduga menjadi perlakuan terbaik dalam menghasilkan DNA.
Ilyas Akbar
90378181
Teknik Isolasi DNA Total pada Tumbuhan Tuntun Angin (Elaeocarpus floribundus) dari Provinsi Riau
Tuntun Angin (Elaeocarpus floribundus) merupakan tumbuhan endemik daerah paparan banjiran provinsi Riau. Tumbuhan E. floribundus berperan penting menjaga keseimbangan ekosistem paparan banjiran. Tumbuhan ini dapat dikonsumsi, digunakan sebagai obat, pakan ternak dan kayu bakar. Informasi molekuler spesies endemik paparan banjiran Provinsi Riau masih sangat terbatas. Tahapan awal analisis molekuler adalah isolasi DNA. Penelitian ini bertujuan mengisolasi DNA tumbuhan E.floribundus yang berguna untuk analisis selanjutnya. Metode penelitian meliputi pengambilan sampel, isolasi DNA total dan elektroforesis. Isolasi DNA dilakukan mengikuti Shaghai Maroof et al. Porebski et al, dan DNAeasy plant mini kit from Qiagen. Hasil menunjukkan bahwa metode Porebski et al. merupakan metode yang tepat untuk isolasi DNA dari E.floribundus. Metode yang digunakan ini, menghasilkan DNA utuh ditandai dengan pita yang tebal.
Siti Aisyah Khumairoh Dewi Indriyani Roslim
193660092
OPTIMASI ISOLASI DNA KAKAO (THEOBROMA CACAO L. DENGAN PERENDAMAN DALAM BEBERAPA PELARUT
Kakao (Theobroma cacao L. merupakan salah satu spesies tumbuhan tropis yang memiliki keragaman yang tinggi, baik bentuk buah, warna buah, besar biji, ketahanannya terhadap hama dan penyakit maupun genetiknya. Kandungan polisakarida dan polifenol yang tinggi pada kakao dapat menurunkan kualitas dan kuantitas DNA yang diperoleh. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melihat pengaruh lama perendaman dan jenis pelarut terhadap kemurnian dan konsentrasi isolat DNA kakao. Sampel diambil dari satu pohon kakao (Theobroma cacao L. di Darussalam, Banda Aceh. Isolasi sampel dan gel documentation dilakukan di Laboratorium Biologi Sel dan Molekuler Jurusan Biologi FMIPA Universitas Syiah Kuala. Spektrofotometri sampel dilakukan di Loka Litbang Biomedis Dinas Kesehatan Aceh. Elektroforesis gel dilakukan di UPTD Laboratorium Veteriner Dinas Kesehatan Hewan dan Peternakan Aceh. Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Maret hingga Agustus 2015. Sampel direndam dalam 500 mL pelarut dalam cawan petri selama 7 hari. Pelarut yang digunakan adalah metanol 96% metanol 75% metanol 50% etanol 96% etanol 75% etanol 50% dan akuades. Isolasi sampel dilakukan berdasarkan metode Zheng (1995) Isolat DNA diukur kemurnian dan konsentrasinya menggunakan nanofotometer dengan panjang gelombang A260/A280. Sampel dielektroforesis pada 1% gel agarosa dalam 1x TBE dengan kuat arus 50 V selama 45 60 menit. Kemurnian DNA terbaik diperoleh dari sampel yang direndam dengan metanol 96% selama 2 hari (A260/A280 1,77) Konsentrasi DNA tertinggi didapat dari sampel yang direndam dengan etanol 96% selama 1 hari (446,33 ng/uL) Kata kunci: Kakao (Theobroma cacao L. isolasi DNA, polifenol, optimasi, pelarut
Fitdha Khaira Dini
225749896
Perbandingan Metode Isolasi pada Deteksi Kulit Sapi, Kerbau, Kambing, dan Babi sebagai Bahan Baku Rambak Kulit
Kulit adalah hasil samping dari pemotongan ternak yang seiring waktu semakin meningkat permintaan konsumen bersamaan dengan meningkatnya pertumbuhan penduduk. Hal ini yang mendorong produsen berinovasi menciptakan produk baru. Salah satu inovasi produk yaitu pada rambak kulit. Tujuan dari penelitian ini untuk mengidentifikasi bahan dasar yang digunakan pada rambak kulit. Salah satunya dengan analisis genetik melalui penanda molekuler. Keberhasilan teknik molekuler ditentukan oleh tertangkapnya DNA genom dari sampel. Tahapan utama analisis genetik adalah isolasi DNA. Metode Sambrook dan metode Wasko yang telah dimodifikasi digunakan dalam penelitian ini. Sampel yang digunakan berupa kulit sapi, kerbau, kambing, dan babi dalam keadaan segar yang telah diawetkan dalam freezer dengan suhu 20oC. konsentrasi dan kemurnian DNA diukur dengan spektrofotometer pada l260 dan l280. Amplifikasi gen cytochrome b menggunakan primer universal. Elektroforesis menggunakan agarose sebesar 0,8% untuk isoalsi DNA dan 1,5% untuk amplifikasi PCR selama 30 menit dengan tegangan 100 volt. Berdasarkan hasil penelitian menunjukkan bahwa metode Sambrook yang telah dimodifikasi memberikan hasil yang baik, pita DNA yang dihasilnya terlihat secara jelas dibandingkan dengan menggunakan metode Wasko yang telah dimodifikasi. Konsentrasi dan kemurnian DNA metode Sambrook lebih baik dibandingkan dengan metode Wasko. Amplifikasi PCR gen cytochrome b menghasilkan produk PCR sebesar 359 bp pada kulit sapi, kerbau, kambing, dan babi.
226186828
Pemanfaatan Multiplex PCR dalam Identifikasi Jenis Ternak untuk Menjamin Produk Halal dan Thoyyib
Pemalsuan atau pencampuran bahan berasal dari babi masih sering terjadi. Upaya identifikasi spesies dengan cara perbanyakan molekul DNA target pada satu reaksi secara bersamaan dapat dilakukan melalui PCR multipleks dengan menggunakan primer spesifik cytochrome b. Ekstraksi DNA yang berasal dari kulit samak dan gelatin diisolasi menggunakan metode fenol kloroform. Amplifikasi PCR menggunakan cytochrome b menghasilkan fragmen target pada 398 pb untuk spesies babi dan 274 pb untuk spesies sapi. Kulit samak dan gelatin dari sapi dan babi, maupun campuran keduanya dapat diidentifikasi dengan baik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa multipleks PCR merupakan metode yang cepat, mudah dan ekonomis untuk menjamin kriteria halal dan aman pada produk turunan hewan.
Henny Nuraini Cece Sumantri E Andreas Almira Primasari Indar Khaerunnisa
208597372
Analisis hewan Jallalahh berdasarkan jenis bakteri dari usus ikan Nila (Oreochromis niloticus)
Hewan jallalah adalah hewan yang pakan utamanya merupakan benda benda najis seperti kotoran ternak, baik berupa sapi, kambing, unta, ikan, ataupun jenis unggas seperti burung dan yang lainnya. Hukum mengkonsumsi hewan tersebut adalah haram. Limbah kotoran ternak sering dimanfaatkan sebagai pakan karena masih mengandung protein, serat, energi, dan beberapa mikroorganisme. Akan tetapi selain mikroorganisme probiotik terdapat juga mikroorganisme patogen penyebab penyakit. Tujuan dari penelitian adalah untuk mengetahui bakteri patogen yang diperoleh dari saluran pencernaan ikan Nila (Oreochromis niloticusi) sebagai hewan jallalah. Penelitian ini menggunakan analisa deskriptif. Sampel diambil dari saluran pencernaan ikan Nila yang diberi pakan kotoran ayam sebagai ikan jallalah selama satu minggu dan ikan dengan pakan komersil sebagai ikan kontrol. Isolasi bakteri dilakukan dengan menggunakan metode cawan sebar (spread plate) Selanjutnya bakteri diidentifikasi secara makroskopik, mikroskopik, dan uji biokimia. Terdapat 21 isolat bakteri yang berhasil diisolasi dan dikelompokan menjadi 9 genus yaitu Listeria sp, Staphylococcus sp, Alcaligenes sp, Chromobacterium sp, Edwardisiella sp, Micrococus sp, yang termasuk bakteri patogen dan bakteri Amphibacillus sp. Bacillus sp. Kurthia sp. yang termasuk bakteri nonppatogen. Sedangkan pada ikan kontrol diperoleh 5 isolat bakteri yang dikelompokan menjadi 2 genus bakteri yaitu Bacillus sp. dan Micrococcus sp. Kesimpulan penelitian ini bahwa ikan jallalah mengandung bakteri patogen sebanyak 6 genus yaitu Listeria sp. Staphylococcus sp. Alcaligenes sp. Chromobacterium sp. Edwardisiella sp. dan Micrococus sp. sehingga ikan tidak baik (thoyyib) untuk dikonsumsi manusia.
Lusi Haerunnisa
216671334
Isolasi dan identifikasi khamir yang berasosiasi dengan bunga Apel (Malus sylvestris Mill) dan potensinya dalam fermentasi karbohidrat
INDONESIA Khamir merupakan mikrofungi uniselular yang termasuk eukariotik. Khamir tersebar di berbagai lingkungan, yaitu lingkungan terestrial, perairan hingga udara bebas. Komunitas khamir juga ditemukan yang berasosiasi dengan tumbuhan, hewan dan insekta. Saat ini ilmuwan telah berhasil mengklasifikasikan khamir sekitar 1500 spesies pada 100 genus yang ada di bumi (Satyanarayana, 2009) Penelitian ini mengungkapkan keberadaan dan keanekaragaman khamir yang berasosiasi dengan bunga apel (Malus sylvestris Mill) Tujuan penelitian untuk mengetahui jenis khamir yang ditemukan pada bunga apel (Malus sylvestris Mill) mengetahui identitas khamir berdasarkan karakter morfologi, biokimia dan molekular; dan mengetahui hubungan kekerabatan spesies khamir yang ditemukan pada bunga apel (Malus sylvestris Mill) berdasarkan Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA dengan menggunakan database NCBI. Penelitian ini merupakan penelitian eksplorasi dan deskriptif kualitatif. Sampel penelitian adalah khamir hasil isolasi dari bunga apel di Kebun Apel Dusun Junggo, Desa Tulungrejo, Batu. Lokasi pengambilan sampel bunga dilakukan secara simple random sampling, dimana pengambilan sampel dilakukan secara acak untuk memberikan kesempatan yang sama bagi setiap anggota populasi untuk menjadi sampel penelitian. Sampel dibawa ke Laboratorium untuk dilakukan isolasi, purifikasi dan identifikasi secara morfologi koloni dan sel, identifikasi biokimia (mengukur kemampuan fermentasi karbohidat) dan identifikasi molekular. Identifikasi Molekular menggunakan metode Colony PCR, PCR dilakukan dengan mengambil langsung dari kultur koloni khamir dengan menggunakan primer fungi ITS1 forward. Hasil amplifikasi DNA disekuensing dengan ABI PRISM 3730xl Genetic Analyzer, Bioneer, Korea. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jenis khamir yang ditemukan pada bunga apel (Malus sylvestris Mill) berdasarkan karakter morfologi termasuk ke dalam kelompok ascomycetes dengan isolat yang diperoleh sebanyak 8 isolat, meliputi AAR 3, AAR 4, AAR 7, AAR 8, AMR 1, AMR 4, AMR 5, AMR 6. Semua isolat mempunyai kemampuan dalam fermentasi karbohidrat. Identifikasi secara molekular jenis isolat khamir dengan kemampuan fermentasi karbohidrat terbaik, yaitu isolat khamir AAR 7 memiliki kemiripan dengan Clavispora lusitaniae strain 37C (97% isolat khamir AAR 8 memiliki kemiripan dengan Saccharomyces cerevisiae strain LYY (99% isolat khamir AMR 1 memiliki kemiripan dengan Pichia kudriavzevii strain YS156 (100% dan isolat khamir AMR 4 memiliki kemiripan dengan Pichia kudriavzevii strain YS156 (99% ENGLISH Yeasts are unicellular mikrofungi is a eukaryotic included. Yeasts are scattered in various environments, i.e. terrestrial, aquatic environment to free air. The community of yeasts are also found in association with plants, animals and insects. This time scientists have managed to classify yeasts around 1500 species in genus 100 on Earth (Satyanarayana, 2009) This study revealed the existence and diversity of yeasts in association with apples (Malus sylvestris Mill) The purpose of the study to find out the types of yeasts found in the flowers of Apple (Malus sylvestris Mill) knowing the identification of the yeasts based on morphological characters, molecular and biochemistry; and knowing the kinship of species yeast found on flower apples (Malus sylvestris Mill) based on Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA using NCBI database. This research is descriptive and exploratory qualitative research. Sample research is the result of yeast isolation from flower apples in the apple orchards of the village Junggo, village Tulungrejo, Batu. Location of sampling of flowers done in simple random sampling, where sampling was done randomly to provide equal opportunities for every Member of the population to become a research sample. The sample is brought to the lab to do the isolation, purification and identification in morphology and cell colonies, identification of biochemical (fermentation ability measure carbohydrate) and molecular identification. Molecular identification method using Colony PCR, PCR is performed by taking directly from the culture of yeast colonies by using primary fungi ITS1 forward. Disekuensing DNA amplification results with ABI PRISM 3730xl Genetic Analyzer, Bioneer, Korea. The results showed that the types of yeasts found in the flowers of Apple (Malus sylvestris Mill) based on morphological characters are included in a group of ascomycetes with isolates obtained as many as 8 isolates, including AAR 3, 4, AAR AAR AAR 7, 8, AMR 1, 4 AMR, AMR, AMR 5 6. All isolates had the ability in the fermentation of carbohydrates. Identifying the molecular type of yeast isolates with the best fermentation ability, the AAR 7 yeast isolates were similar to Clavispora lusitaniae strain 37C (97% AAR 8 yeast isolates were similar to Saccharomyces cerevisiae LYY strain (99% AMR yeast isolates 1 has similarities with the strains of Pichia kudriavzevii YS156 (100% and AMR 4 yeast isolates have similarities to the strain Pichia kudriavzevii YS156 (99%
Achmad Alfian
90902110
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI SERTA STUDI ASIDOGENIKBAKTERI PADA KOTORAN SAPI
Limbah ternak adalah bahan buangan yang dihasilkan dari sisa kegiatan metabolisme hewan ternak. Kotoran sapi merupakan salah satu limbah ternak yang dapat dimanfaatkan sebagai bahan baku pembuatan biogas. Didalam kotoran sapi secara alamiah terdapat berbagai macam mikroorganisme yang berperan dalam pembuatan biogas salah satunya bakteri. Pembentukan biogas melalui 3 tahapan hidrolisis (penguraian senyawa menjadi lebih sederhana) asidogenik (pembentukan asam) dan metanogenik (pembentukan gas metan) Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis bakteri yang dapat menghasilkan asam (asidogenik) dan memperoleh isolat bakteri asidogenik pada kotoran sapi. Penelitian dilaksanakan pada bulan September November 2016. Isolasi dilakukan dengan pengenceran hingga tingkat 10 7 dilanjutkan Pourplate pada medium nutrient agar yang ditambahkan dengan 10% kotoran sapi, sedangkan seleksi kemampuan bakteri yang menghasilkan asam yaitu uji asidogenik dengan cara pengukuran pH disetiap harinya menggunakan pH digital pada medium suspensi yang berisi 75% kotoran sapi dan 25% air selama 7 hari. Untuk indentifikasi bakteri menggunakan buku determinasi bakteri Bergey's Manual Determinative of Bacteriology (Holt, dkk. 1994) Hasil identifikasi terdapat 10 genus bakteri yaitu Citrobacter, Rahnella, Flavobacterium, Hafnia, Erwinia, Ruminococcus, Klebsiella, Clostridium, Corynebacterium, dan Edwardsiella. Berdasarkan hasil penelitian semua isolat bakteri yang ditemukan merupakan bakteri asidogenik (penghasil asam) akan tetapi kadar asam yang dihasilkan setiap isolat berbeda. Produksi asam yang tertinggi (penurunan pH) yaitu pada genus Clostridium.
Vika Lawnia