તેઓ ૩૦ મે ૧૮૯૧ના રોજ <MASK>માં અવસાન પામ્યા. તેમના પત્ની પાર્વતીકુંવરે તેમને સામાજીક અને સુધારણા પ્રવૃત્તિઓમાં સાથ આપ્યો હતો. તેમના પુત્ર રમણભાઈ નીલકંઠ પણ લેખક હતા અને અમદાવાદના મેયર પદે રહ્યા હતા. ૧૭ ડિસેમ્બર ૧૮૯૨ના મહીપતરામ રૂપરામ આશ્રમ નામના અનાથાશ્રમની સ્થાપના રાયપુર, અમદાવાદમાં તેમની યાદમાં કરવામાં આવી હતી, જે હવે ભારતના સૌથી જૂનાં અને સૌથી મોટાં અનાથાશ્રમોમાંનો એક છે. બ્રિટિશ પ્રવાસ લેખક પિકો ઐયર તેમના પ્રપૌત્ર છે.
મહીપતરામ રૂપરામ નીલકંઠ
અમદાવાદ સુરત ગોપીપુરા બોમ્બે