13ஆவது, 14ஆவது நூற்றாண்டுகளில் நெல்லையப்பர் கோவில் <MASK>களின் அரசக் கோவிலாக விளங்கியது. அரச ஆதரவினால் அக்காலத்தில் பல அணைகள் கட்டப்பட்டன. குலசேகரப் பாண்டியனின் (1268–1308) மரணத்திற்குப் பிறகு, 16ஆவது நூற்றாண்டில் விசயநகர மன்னர்களும் மறவ ஆட்சியாளர்களும்  (பாளையக்காரர்கள்) ஆட்சி புரிந்தனர். மறவர்கள் மேற்கத்திய மலையடிவாரத்திலும் தெலுங்கு, கன்னடர்கள் கிழக்கத்திய கரிசல் மண் பிரதேசத்திலும் குடியேறினர். திருநெல்வேலி  மதுரை நாயக்கர்களின் இரண்டாம் தலைநகரமாக இருந்தது;  விசுவநாத நாயக்கர் (1529–64) காலத்தில் 1560இல் திருநெல்வேலி மீளமைக்கப்பட்டது. நெல்லையப்பர் கோவிலில் உள்ள கற்றளிகளில் இவரது தாராளமான நன்கொடை பதியப்பட்டுள்ளது. 1736இல் நாயக்கராட்சி முடிவுக்கு வந்தது; 18ஆம் நூற்றாண்டின் மையக்காலத்தில் இப்பகுதியை சந்தா சாகிப் (1740–1754), ஆற்காடு நவாப் மற்றும் மருதநாயகம் (1725–1764) கைப்பற்றினர்.
திருநெல்வேலி
பாண்டியரின் மாநிலத்தில் ஹவுரா பாண்டியர்