பின்னர் விஜயநகர மன்னர்களாலும் நாயக்க  மன்னர்களின் கீழ் நிர்வகிக்கப்பட்டு வந்த நிலையில் தமிழக அரசு பெரும்பாலான கோவில்களை இந்து அறநிலையத்துறையின்கீழ் கொண்டு வந்துள்ளது. தற்போது ஆலயத்தை இந்து அறநிலையத்துறையின் கட்டுப்பாட்டின் கீழ் கொண்டுவர உத்தரவு பிறப்பிக்கப்பட்டது என்றாலும், அதற்கு முன்பே எம். ஜி. ராமச்சந்திரன் முதல்வராக இருந்தபோதே சிதம்பரம் கோவிலுக்கு நிர்வாக அதிகாரியை நியமிக்க 5–8–1987 அன்று அரசாணை பிறப்பிக்கப்பட்டது. தொடர்ந்து பல ஆண்டுகளாக தீட்சிதர்கள் கட்டுப்பாட்டில் இருந்துவரும் இந்தக் கோயிலில் பல்வேறு முறைகேடுகள் நடப்பதாக எழுந்த புகார்களின் பின்னணியில் ,2008 பிப்ரவரியில் சிதம்பரம் நடராசர் கோவிலை தமிழக அரசு கையகப்படுத்தியது. இதை எதிர்த்து தீட்சிதர்கள் தொடுத்த வழக்கை சென்னை உயர்நீதிமன்றம் தள்ளுபடி செய்தது. <MASK>த்தில் தீட்சிதர்கள் மேல்முறையீடு செய்தனர். இந்த வழக்கில் தீர்ப்பளித்த நீதிபதிகள், நடராசர் கோவிலை தமிழக அரசு ஏற்றது செல்லாது என்றும், தீட்சிதர்கள் நிர்வாகத்தில்தான் கோயில் இருக்க வேண்டும் என்று கூறினர்.
சிதம்பரம் நடராசர் கோயில்
உச்சநீதிமன்ற சோழர் பாண்டிய தமிழ்நாட்டில்