சில காலத்தின் பின்னர் சே குவேரா தன்னை பிடல் காஸ்ட்ரோவின் போராட்ட இயக்கத்தில் இணைத்துக்கொண்டார். அவ்வியக்கம் 1959 இல் கியூபாவின் ஆட்சி அதிகாரத்தினைக் கைப்பற்றியது. அதன் பின்னர்  கியூபாவின் மத்திய வங்கியின் தலைவராக 14 ஆண்டுகள் பணியாற்றினார்.அக்காலகட்டத்தில் கரந்தடிப் போர்முறை பற்றிய பல கட்டுரைகளையும், புத்தங்களையும் எழுதியிருந்தார். 1964 டிசம்பர் 11ம் தேதியன்று  கியூபாவின் பிரதிநிதியாக ஐக்கிய நாடுகள் அவையின் 19 வது பொது அமர்வில் உரையாற்றினார். பின்னர், கொங்கோ-கின்ஸாசா (தற்போது கொங்கோ ஜனநாயகக் குடியரசு) மற்றும் <MASK> போன்ற நாடுகளின் சோசலிசப் போராட்ட வளர்ச்சிக்கு தனது பங்களிப்பினை அளிப்பதற்காக 1965 ஆம் ஆண்டில் கியூபாவில் இருந்து வெளியேறினார்.
சே குவேரா
அமெரிக்க பனாமா பொலிவியா அர்ஜென்டீனாவை