ಶಿವಸೇನೆಯ ಮೇಲೆ ಮುಸ್ಲಿಮರ ವಿರುದ್ಧ ಹಿಂಸಾಚಾರಗಳನ್ನು ಆಯೋಜಿಸಿದ ಆರೋಪಗಳಿವೆ. ೧೯೯೨ರಲ್ಲಿ ಉತ್ತರ ಭಾರತದ ಪವಿತ್ರ ಕ್ಷೇತ್ರವಾದ ಅಯೋಧ್ಯೆಯಲ್ಲಿ ಬಾಬ್ರಿ ಮಸೀದಿಯ ಉರುಳಿಸುವಿಕೆಯ ನಂತರ ಮುಂಬಯಿನಲ್ಲಿ ನಡೆದ ದಂಗೆಗಳಲ್ಲಿ ಶಿವಸೇನೆ ಸಕ್ರಿಯ ಪಾತ್ರವಹಿಸಿತ್ತು ಎಂಬುದು ಎಲ್ಲೆಡೆ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿರುವ ಆರೋಪ. ೨೩ ಜನವರಿ ೧೯೯ರಂದು, ಆಗಿನ ಕಾಂಗ್ರೆಸ್-ನೇತೃತ್ವದ ಮಹಾರಾಷ್ಟ್ರ ಸರ್ಕಾರವು ಜಸ್ಟಿಸ್ ಬಿ.ಎನ್. ಶ್ರೀಕೃಷ್ಣ (ಆಗಿನ ಬಾಂಬೆ ಹೈಕೋರ್ಟ್‌ನ ನ್ಯಾಯಾಧೀಶರಾಗಿದ್ದವರು) ಅವರನ್ನು ದಂಗೆಯ ತನಿಖೆ ನಡೆಸಲು ಏಕವ್ಯಕ್ತಿ ಆಯೋಗದ ಮುಖ್ಯಸ್ಥರನ್ನಾಗಿ ನಿಯಮಿಸಿತು. ಆಯೋಗವು ಸೇನೆಯನ್ನು ಮುಸ್ಲಿಮ್-ವಿರೋಧಿ ದಂಗೆಗಳಲ್ಲಿ ನೇರವಾಗಿ ಭಾಗವಹಿಸಿದ್ದಕ್ಕಾಗಿ ಆರೋಪ ಹೊರಿಸಿದ್ದಲ್ಲದೆ, ಠಾಕ್ರೆ "ತನ್ನ ನಿಷ್ಠ ಅನುಯಾಯಿಗಳಿಗೆ ಮುಸ್ಲಿಮರ ವಿರುದ್ಧ ದಾಳಿಗಳನ್ನು ಆಯೋಜಿಸಲು ಆದೇಶ ನೀಡಿದ್ಧಾಗಿ" ಆಪಾದಿಸಿತು. ಆದರೆ ಜುಲೈ ೨೦೦೦ದಲ್ಲಿ ಏಳು ವರ್ಷಗಳ ನ್ಯಾಯಾಂಗ ವಿಚಾರಣೆಗಳ ನಂತರ ಠಾಕ್ರೆಯನ್ನು ಎಲ್ಲಾ ಕ್ರಿಮಿನಲ್ ಆರೋಪಗಳಿಂದ ಮುಕ್ತಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು. ಆದರೆ, ಆಧಾರವಾಗಿ ಸಲ್ಲಿಸಲಾದ ವರದಿಯು ಈ ರೀತಿಯಾಗಿ ಹೇಳುತ್ತದೆ: "
ಇದರ ಜತೆಗೇ ಭಾರತದ ಸುಪ್ರೀಮ್ ಕೋರ್ಟ್ ಠಾಕ್ರೆಯನ್ನು ಮುಸ್ಲಿಮರ ವಿರುದ್ಧ "ಕೋಮುವಾರು ದ್ವೇಷ" ವನ್ನು ಪ್ರಚೋದಿಸಿದ್ದಕ್ಕಾಗಿ ದೋಷಿಯನ್ನಾಗಿ ಹೆಸರಿಸಿತು."

ಇದರ ಜತೆಗೇ ಭಾರತ ಮತ್ತು ಮುಸ್ಲಿಮ್ ಪ್ರಧಾನ ಪಾಕಿಸ್ತಾನದ ನಡುವೆ ಯಾವುದೇ ಸಹಭಾಗಿತ್ವವನ್ನು ತಪ್ಪಿಸುವ ತಮ್ಮ ಪ್ರಯತ್ನಗಳ ಭಾಗವಾಗಿ, ಶಿವಸೈನಿಕರು ಭಾರತ ಮತ್ತು ಪಾಕಿಸ್ತಾನೀ ಕ್ರಿಕೆಟ್ ತಂಡಗಳು ಆಡಬೇಕೆಂದು ನಿರ್ಧಾರಿತವಾದ ಕ್ರಿಕೆಟ್ ಪಿಚ್‌ಗಳನ್ನು ಹಾಳುಗೆಡಹುವ ಕೆಲಸವನ್ನು ಮಾಡುತ್ತ ಬಂದಿದ್ದಾರೆ. ಸೇನೆಯು ಪಿಚ್‌ಗಳನ್ನು ತನ್ನ ದಾಳಿಗಳ ಗುರಿಯಾಗಿಸಿಕೊಂಡ ಎರಡು ಪ್ರಮುಖ ನಿದರ್ಶನಗಳೆಂದರೆ ಮುಂಬಯಿನ ವಾಂಖೇಡೆ ಸ್ಟೇಡಿಯಮ್‌ನ ಪಿಚ್ ಅನ್ನು ೧೯೯೧ರಲ್ಲಿ ಹಾಳುಗೆಡವಿದ್ದು ಮತ್ತು ರಾಷ್ಟ್ರದ ರಾಜಧಾನಿ ದೆಹಲಿಯ ಫೆರೋಜ್ ಶಾ ಕೋಟ್ಲಾ ಗ್ರೌಂಡ್ಸ್‌ನ ಪಿಚ್ ಅನ್ನು ೧೯೯೯ರಲ್ಲಿ ಧ್ವಂಸ ಮಾಡಿದ್ದು. ಎರಡೂ ದೇಶಗಳ ನಡುವೆ ಉದ್ವಿಗ್ನತೆಗಳು ಹೆಚ್ಚುತ್ತಿರುವ ವಾತಾವರಣದ ನಡುವೆ ಸೇನೆಯು ಈ ಚಟುವಟಿಕೆಗಳನ್ನು ಆಯೋಜಿಸಿತು.

ಮುಸ್ಲಿಮರ ಮೇಲೆ ಹಿಂಸಾಚಾರದ ಆರೋಪಗಳು
ಮುಲಭೂತ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಲ್ಲಿ ಸುಧಾರಣೆ
ಮೂಲಗಳು
೧೯೯೫ ಚುನಾವಣೆ