১৯৫২ সালে উর্দুকে পাকিস্তানের একমাত্র রাষ্ট্রভাষা করার কথা ঘোষণা করলে ছাত্র-জনতার মধ্যে তাৎক্ষণিকভাবে যে প্রতিক্রিয়া হয় শাফিয়া খাতুন তাতে আন্দোলিত হন। তিনি উইমেন স্টুডেন্টস ইউনিয়নের ভিপি হিসেবে এ সময় ভাষা আন্দোলনে ছাত্রীদের সংগঠিত করার কাজে অগ্রণী ভূমিকা পালন করেন। শাফিয়া খাতুন ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় ছাত্রীনিবাস ‘চামেলি হাউসে’র ছাত্রীদের নিয়ে বৈঠক করেন এবং তাদের রাষ্ট্রভাষা বাংলার দাবিতে আন্দোলনে শরিক হতে আহ্বান জানান। ভাষা সৈনিক রওশন আরা বাচ্চু তার স্মৃতিচারণে শাফিয়া খাতুন সরাসরি ভাষা আন্দোলনের যোগ দেয়ার বিষয়ে বলেন একুশে ফেব্রুয়ারির ঠিক আগের রাত। যাখন ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্রীরা আঁচ করতে পারলেঅ পরের দিন ১৪৪ ধারা ভাঙা হবে না। রাতে এ খবর শোনার সঙ্গে সঙ্গে ছাত্রীদের মাঝে উত্তেজনা ছড়িয়ে পড়ে। ২১ ফেব্রুয়ারির দিন বিভিন্ন স্কুল কলেজ থেকে ছাত্রীদেও নিয়ে আসার ভার ছিল বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্রীদের ওপর। ছাত্রীরা কয়েকটি গ্রুপে বিভক্ত হয়ে এ দায়িত্ব নেয়। প্রথম দলেই মেয়েরা ১৪৪ ধারা ভেঙ্গে বেরিয়ে যায় এ দলে ছিলেন শাফিয়া খাতুন। সাফিয়া খাতুন লাাঠর ওপর দিয়ে লাফ দিয়ে চলে যান। পরে তার দেখাদেখি অন্য নারী শিক্ষার্থীরাও ১৪৪ ধারা ভঙ্গ করে ভাষা আন্দোলনে অংশ নেয়। তিনি ঢাকা শহরের বিভিন্ন মহিলা কলেজে ও গার্লস স্কুলে ছাত্রীদের সুসংগঠিত করে আন্দোলনমুখী করার কাজে নানা কৌশল অবলম্বন করেন। এক একটি শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানে একজন বা একাধিক সহপাঠী ছাত্রীকে দায়িত্ব বণ্টন করে তিনি আন্দোলনে জনমত গঠনের কাজে প্রবৃত্ত হন। চামেলি হাউসে রাষ্ট্রভাষা বাংলার দাবিতে বেশ কয়েকটি বৈঠক, সমাবেশ ও মিছিলে তিনি নেতৃত্ব দেন। 

১৯৫২ সালের ৪ ফেব্রুয়ারি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের সর্বদলীয় রাষ্ট্রভাষা সংগ্রাম পরিষদের আহ্বানে ছাত্র ধর্মঘট পালিত হয়। ধর্মঘট চলাকালীন ছাত্রীদের একটি মিছিলে শাফিয়া খাতুন নেতৃত্ব দেন। মিছিলটি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় প্রাঙ্গণে ছাত্রদের মিছিলের সঙ্গে যুক্ত হয়ে তৎকালীন পূর্ব পাকিস্তানের প্রধানমন্ত্রীর বাসভবন অভিমুখে গমন করে। ফেব্রুয়ারি মাসব্যাপী অনুষ্ঠিত ভাষা আন্দোলনের প্রায় প্রতিটি সভা ও সমাবেশে শাফিয়া খাতুনকে আপসহীন ভূমিকায় অবতীর্ণ হতে দেখা গেছে। ২১ ফেব্রুয়ারি ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের আমতলায় অনুষ্ঠিত ছাত্রজনতার সমাবেশকে সাফল্যমণ্ডিত করার জন্য ছাত্রীদের পরিচালনার নেতৃত্বে ছিলেন শাফিয়া খাতুন। তিনি বিভিন্ন ছাত্রী নেত্রীদের ঢাকা শহরের বিভিন্ন মহিলা কলেজ ও বালিকা বিদ্যালয়ে গমন করে সেখান থেকে মিছিল সহকারে অকুস্থলে ছাত্রীদের নিয়ে আসতে উদ্বুদ্ধ করেন। তার সাংগঠনিক দূরদর্শিতার জন্যই সে দিন বিপুলসংখ্যক ছাত্রীকে আমতলার সমাবেশস্থলে যোগ দেয়। আমতলার সমাবেশে প্রথম চারজন করে বের হওয়ার কথা যখন আলোচিত হয়, তিনি তাতে উত্তেজিত হয়ে পড়েন। শাফিয়া খাতুন মনে করেন, চারজন করে ভিন্ন ভিন্ন গ্রুপে ছাত্রছাত্রীদের বের হওয়ার ফলে ১৪৪ ধারা ভঙ্গ হবে না। তিনি ১৪৪ ধারা ভঙ্গ করে সব ছাত্রছাত্রীর এক সঙ্গে বের হওয়ার পক্ষে অবস্থান নিয়েছিলেন। ১৪৪ ধারা ভঙ্গ করার প্রক্রিয়া শুরুর নেতৃত্ব দেন শাফিয়া খাতুন। এসব আন্দোলনে তার সাথে ছিলেন সুফিয়া ইব্রাহীম, রওশন আরা বাচ্চু, শামসুন্নাহার, হালিমা খাতুন। 

রাজনৈতিক কর্মকাণ্ড
ভাষা সৈনিক
শিক্ষা জীবন
স্বীকৃতি ও সম্মাননা