জুন, ১৯৪১ইং সালে সোভিয়েত ইউনিয়নে জার্মানদের অধিগ্রহণ হিসেবে অপারেশন বার্বারোসা পরিচালিত হয়। তখনও ক্রুশ্চেভ কিয়েভে তার পদে নিয়োজিত ছিলেন। স্ট্যালিন রাজনৈতিক সহযোদ্ধা হিসেবে নিকিতাকে নিযুক্ত করেন। মস্কোতে নিকিতা একদল ফ্রন্টের অভ্যন্তরীণ দায়িত্ব গ্রহণ করেন যার প্রধান কাজই ছিল স্থানীয় সামরিক কমাণ্ডারদের সাথে রাজনৈতিক নেতাদের একত্রিত করা। স্ট্যালিন ক্রুশ্চেভকে নিয়োগ দেন সামরিক কমাণ্ডারদেরকে কড়াকড়ির মাধ্যমে নিয়ন্ত্রণ করার জন্য। এর ফলে কমাণ্ডাররা তার মাঝে স্ট্যালিনের প্রভাব দেখতে পান। জার্মানদের অভিযানের ফলে ক্রুশ্চেভ সৈন্যদলের সাথে একযোগে কাজ করেন। প্রথমে প্রতিরক্ষা কার্যক্রম এবং পরে শহরকে রক্ষা করার প্রাণান্তঃকর চেষ্টা করেন। স্ট্যালিনের নির্দেশক্রমে শহরকে যে-কোনভাবে রক্ষা করার জন্য রেড আর্মি মোতায়েন করা হয়। কিন্তু ১৯৪১ সালের কিয়েভের যুদ্ধে জার্মান সেনাদল কর্তৃক শহরটি অবরুদ্ধ হয়। জার্মানরা জানায় তারা ৬ লক্ষ ৫৫ হাজার লোককে বন্দী করে।
সোভিয়েটদের মতে ৬,৭৭,০৮৫ জনের মধ্যে ১,৫০,৫৪১ জন ব্যক্তি পলায়ণের মাধ্যমে আত্মরক্ষা করতে পেরেছিল। প্রাথমিক তথ্যাবলীতে ক্রুশ্চেভের ভূমিকা নিয়ে প্রশ্ন দেখা দেয়। মার্শাল গিওর্গী জুকভের মতে, ১৯৫৭ সালে ক্রুশ্চেভ এ বিষয়ে স্ট্যালিনকে কিয়েভে সেনাদল প্রত্যাহার করতে উদ্বুদ্ধ করেননি। এছাড়াও, ক্রুশ্চেভ স্মৃতিচারণ করে বলেন - তিনি এবং মার্শাল সিমন বুদুন্নী প্রস্তাব দিয়েছিলেন মস্কো থেকে মার্শাল সিমন টিমোশেঙ্কো আদেশ নিয়ে আসা পর্যন্ত সোভিয়েট বাহিনীকে তাদের অবস্থান ধরে রাখার জন্য। অন্যদিকে ক্রুশ্চেভের শুরুরদিকের জীবনীকার মার্ক ফ্রাঙ্কল্যাণ্ড বলেছেন, রেড আর্মির দায়িত্ব প্রদান করায় নেতার প্রতি ক্রুশ্চেভের বিশ্বাসে ভাঙ্গনের পরিবেশ সৃষ্টি করে বিচলিত করেছিল।

১৯৪২ সালে ক্রুশ্চেভ দক্ষিণ-পশ্চিম ফ্রন্টের দেখাশোনা করেন। তিনি এবং টিমোশেঙ্কো প্রস্তাবনা দিয়েছিলেন যে খারকোভ এলাকায় বড় ধরনের পাল্টা আক্রমণ করার জন্য। যোশেফ স্ট্যালিন এ পরিকল্পনার একটি অংশ অনুমোদন করেন। এতে ছয় লক্ষ চল্লিশ হাজারেরও অধিক রেড আর্মির সদস্যগণ আক্রমণে জড়িত ছিলেন। জার্মানরা খারকোভ আক্রমণকে প্রতিহত করার জন্য ফাঁদ পাতে। ১২ মার্চ, ১৯৪২ইং সালে সোভিয়েট আক্রমণ ফলপ্রসূ হিসেবে দেখা দেয়। কিন্তু পাঁচ দিনের মধ্যেই জার্মান বাহিনীর আক্রমণে সোভিয়েটবাসী এবং রেড আর্মির সদস্যগণ সমূহ বিপদের মধ্যে পড়ে। স্ট্যালিন পাল্টা আক্রমণের চিন্তাধারাকে প্রত্যাখ্যান করলে রেড আর্মিকে জার্মানরা ঘিরে রাখে। সোভিয়েট ইউনিয়নের দুই লক্ষ সাতষট্টি হাজার সৈন্য আটক হয়। তন্মধ্যে দু'লক্ষেরও অধিক অধিবাসী ছিল। স্ট্যালিন টিমোশেঙ্কোকে পদাবনমন করেন এবং পুণরায় ক্রুশ্চেভকে মস্কোতে ডেকে পাঠান।

ক্রুশ্চেভ ১৯৪২ সালের আগস্টে "নগরের জন্য যুদ্ধ" নামে পরিচিত স্ট্যালিনগ্রাদের যুদ্ধে স্ট্যালিনগ্রাদ ফ্রন্টে যোগ দেন। উক্ত নগরের প্রতিরক্ষায় নিয়োজিত জেনারেল ভ্যাসিলি চুইকোভের মতে, "স্ট্যালিনগ্রাদের প্রতিরক্ষায় তার তেমন কোন উল্লেখযোগ্য ভূমিকা ছিল না। কিন্তু তার সংক্ষিপ্ত ভূমিকাই তাকে পরবর্তীতে প্রধানমন্ত্রীত্বে নিয়ে যেতে সাহায্য করেছে"। মৃত্যু পরবর্তীতে যুদ্ধে তার ভূমিকার জন্য তিনি গর্ববোধ করেছেন। মস্কোয় স্ট্যালিনের সাথে সাক্ষাৎ শেষে তিনি স্ট্যালিনগ্রাদে থেকে গেলেন এবং কমপক্ষে একজনকে হত্যা করেছেন। তিনি জার্মানদের বিরুদ্ধে পাল্টা আক্রমণের প্রস্তাবনা দিয়েছিলেন। ঝুকোভ এবং অন্যান্য জেনারেলদের পরিকল্পনা নিয়ে গড়া হয়েছিল অপারেশন ইউরেনাস। এ পরিকল্পনায় সোভিয়েট সেনাদের অবস্থান, ব্যুহ তৈরী এবং জার্মানদের ধ্বংস করা ছিল অন্যতম। পরিকল্পনার বিষয়বস্তু অত্যন্ত গোপনীয়তার সাথে রক্ষা করা হয়। অপারেশন ইউরেনাস পরিচালনার পূর্বে ক্রুশ্চেভ সোভিয়েট সৈন্যদের প্রস্তুতিপর্ব, নীতি-নৈতিকতা, নাজি বন্দীদেরকে প্রশ্নবানে জর্জরিত করা এবং কিছু গুজব তৈরী করা-সহ বিভিন্ন বিষয়াদিতে অনেক সময় ব্যয় করেন।

জীবন ও জীবিকা নির্বাহ
কাগানোভিচের সাহচর্য্যে
জার্মানির বিরুদ্ধে যুদ্ধে অংশগ্রহণ
ক্ষমতার সংঘাত