নেপোলিয়ন ১৭৯৮ সনে তার মিসর অভিযানের সময় তাদের ভূমধ্যসাগরীয় ঘাটি Maltaদখল করেন। নেপোলিয়ন Grand Master Ferdinand von Hompesch zu Bolheimকে দাবি করেন যে তা জাহাজ পানি ও রসদ নিতে বন্দরে ভিড়বে। গ্র্যান্ড মাস্টার জবাব দিলেন একসাথে মাত্র দুটি জাহাজ ভিড়তে পারবে। নেপোলিয়ন জানতেন যে এ রকম পদ্ধতি অনেক সময় নেবে এবং তার বাহিনী এর ফলে এডমিরাল হোরেশিও নেলসনএর হুমকির মুখে পড়বে, কাই তিনি মাল্টার বিরুদ্ধে যুদ্ধায়োজনের নির্দেশ দিলেন। ১১ জুন সকালে ফরাসী সেন্যৈরা সাতটি পয়েন্টে মাল্টায় নামল এবং হামলা চালাল। কয়েক ঘণ্টার তুমুল যুদ্ধের পর পশ্চিমের মাল্টীয়রা আত্মসমর্পণ করে। 

নেপোলিয়ন দুর্গ রাজধানী ভেল্লেত্তার সাথে আলোচনা শুরু করেন। বেশি উন্ন্ত ফরাসী ফোর্সের মুখোমুখি হয়ে এবং পশ্চিম মাল্টায় ক্ষতিগ্রস্ত হওয়ায়, গ্র্যান্ড মাস্টার আত্মসমর্পণে রাজী হন। ১৮ জুন Hompesch Triesteএর উদ্দেশ্যে মালটা ত্যাগ করে। তিনি ৬ জুলাই ১৭৯৯ গ্র্যান্ড মাস্টার পদ থেকে ইস্তফা দেন।

নাইটরা ছত্রভঙ্গ হয়, যদিও ষংঘ সীমিত মাত্রায় অস্তিত্ব বজায় রাখে এবং ইউরোপীয় সরকারগুলির সাথে ফিরে আসার জন্য নেগোসিয়েশন চালাতে থাকে। রুশ সম্রাট, প্রথম পল সেন্ট পিটার্সবুর্গ শহরে সবচেয়ে বেশি সংখ্যক হস্পিটালার নাইটকে আশ্রয় দেন, যে কাজের ফলে রুশ নাইটস হস্পিটালার ঐতিহ্য উদ্ভব হয় এবং রুশ ইম্পিরিয়াল অর্ডারে তাদের স্বীকৃতি আসে। সেন্ট পিটার্সবুর্গের শরণার্তী নাইটরা জার পলকে তাদের গ্র্যান্ড মাস্টার নির্বাচিত করেন–গ্র্যান্ড মাস্টার von Hompesch এর প্রতিদ্বন্দী - তবে পরবর্তী জনের পদত্যাগের পর পল একমাত্র গ্র্যান্ড মাস্টার হন। গ্র্যান্ড মাস্টার প্রথম পল রোমান ক্যাথোলিক Grand Prioryর অতিরিক্ত একটি রুশ Grand Priory গঠন করেন। যাতে ছিল কমপক্ষে ১১৮ টি Commanderies, ফলে সংঘের বাকি অংশ সংকুচিত হয় এবং সকল খ্রিস্টানের জন্য উন্মুক্ত করা হয়। রোমান ক্যাথোলিক আইন দ্বারা পলের গ্র্যান্ড মাস্টার নিবাচন স্বীকৃত হয় নি। তিনি "de jure" গ্র্যান্ড মাস্টার ছিলেন না "de facto" গ্র্যান্ড মাস্টার ছিলেন।

১৯ শতকের শুরুতে, ইউরোপে এর priories হারানোর ফলে সংঘটি দুর্বল হয়ে পড়ে। সংঘের মাত্র ১০% আয় ইউরোপের উৎস থেকে আসত, বাকি ৯০% Russian Grand Priory কর্তৃক অর্জিত হত ১৮১০ সন পর্যন্ত। এ সমস্যার আংশিক কারণ এ সময়ে সংঘের প্রশাসন ছিল লেফটেনেন্টের অধীনে, গ্র্যান্ড মাস্টারের অধীনে নয়, ১৮০৫ থেকে ১৮৭৯ সময়ে, যখন পোপ ত্রয়োদশ লিও একজন গ্র্যান্ড মাস্টার নিয়োগ দেন। এতে মানবিক ও ধমীয় সংস্থা হিসাবে সংঘটির নবায়ন হয়।

১৯ সেপেটম্বর ১৮০৬, সুইডিশ সরকার সংঘকে Gotland দ্বীপ দানের প্রস্তাব করেন। সংঘ এই প্রস্তাব প্রত্যাখ্যান করে, কারণ কারণ এর অর্থ হবে মাল্টার উপর সংঘের দাবি ত্যাগ করা। 

মাল্টার সার্বভৌম মিলিটারি অর্ডার
মাল্টার জীবন
মাল্টা হৃত
প্রোটেস্ট্যান্ট শৌর্য্য অর্ডার