শাজাহান খান বিভিন্ন সময়ে তার বক্তব্য ও অবস্থানের কারণে সমালোচনার মুখমুখি হয়েছেন। যদিও বিতর্কের মুখে তা প্রত্যাহার করেন । এছাড়া ২০১৬ সালে পরিবহন খাতে অনিয়মের জন্য তাকে অভিযুক্ত করে তার অপসারণ দাবি করা হয়েছিল। ২০১৮ সালের জুলাইয়ে ঢাকায় সড়ক দূর্ঘটনায় দুজন শিক্ষার্থীর মৃত্যুর পর মন্ত্রীর করা মন্তব্য সমালোচিত হয় এবং দেশের বিভিন্ন স্থানে শিক্ষার্থীরা শাজাহান খানের বিরুদ্ধে এবং সড়কে নৈরাজ্য দূরীকরণের জন্য বিক্ষোভ শুরু করে। এছাড়াও সড়ক দূর্ঘটনার পর বিভিন্ন সময় তার দোষী চালক ও পরিবহন শ্রমিকদের পক্ষে নমনীয় থাকার অভিযোগেও তাকে অনেকে অভিযুক্ত করে থাকেন। নৌমন্ত্রীর এহেন আচরণে প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা তাকে আরো সংযত হয়ে কথা বলতে নির্দেশ দেন।

রাজনৈতিক জীবন
সমালোচনা
ব্যক্তিগত জীবন
শিক্ষা ও প্রারম্ভিক জীবন