১৯৫৫ সালের ফেব্রুয়ারিতে, ৩৬ বছর বয়সে স্যালিঞ্জার রেডক্লিফ কলেজ-এর শিক্ষার্থী ক্লেয়ার ডগলাসকে বিয়ে করেন (ক্লেয়ার এর বাবা রবার্ট ল্যাংটন ডগলাস একজন শিল্প সমালোচক ছিলেন) । তাদের ২টা সন্তান হয়, মার্গারেট (যিনি পেগী নামেও পরিচিত – জন্ম ১০ ডিসেম্বর, ১৯৫৫) এবং ম্যাথিউ (জন্ম ১৩ ফেব্রুয়ারি, ১৯৬০) । মার্গারেট স্যালিঞ্জার তার "ড্রিম ক্যাচার" স্মৃতিকথায় লেখেন যে তিনি মনে করেন তার বাবা-মায়ের বিয়ে হত না, তারও কখনও জন্ম হত না, যদি তার বাবা লাহিড়ী মহাশায়া-এর লেখা না পড়তেন । লাহিড়ী মহাশায়া পরমহংস যোগানন্দ-এর একজন গুরু, যেটা একজন সংসারী মানুষেরও (যার স্ত্রী ও সন্তান আছে) যে পরমজ্ঞান অর্জন সম্ভব সেই পথ দেখায় । তাদের বিয়ে হওয়ার পরে, ১৯৫৫ সালে স্যালিঞ্জার এবং ক্লেয়ার ওয়াশিংটন ডিসি-এর একটি ছোট হিন্দু মন্দিরে ক্রিয়া ইয়োগা-এর পথ অনুসরণ করা শুরু করেন । তাদেরকে দিনে দুইবার ১০ মিনিট করে অনুশীলন করার জন্য একটি মন্ত্র এবং শ্বাস-প্রশাস সম্পর্কিত ব্যাম শিক্ষানো হয় । 

ক্লেয়ারার স্নাতক সম্পন্ন হওয়ার ৪ মাস আগে স্যালিঞ্জার ক্লেয়ারকে বলেন তার পড়াশোনা বাদ দিয়ে এসে তার সাথে থাকা শুরু করতে, এবং ক্লেয়ার বিষয়টা মেনে নেন । ১৯৫৫ সালে প্রকাশিত “ফ্রাননি” গল্পের বেশ কিছু অংশ তার সাথে ক্লেয়ার এর সম্পর্কের ওপর ভিত্তি করে লেখা, যার মধ্যে ক্লেয়ারের "দি ওয়ে অফ দি পিলগ্রিম" বইটির মালিকানাও অন্তর্ভুক্ত । তাদের বিচ্ছিন্ন জায়গায় বসবাস এবং স্যালিঞ্জারের স্বভাবের কারণে অনেক লম্বা সময় ধরে তাদের অন্য মানুষের সাথে দেখা হত না । স্যালিঞ্জারের সদা-পরিবর্তনশীল ধর্মীয় বিশ্বাসেও ক্লেয়ার অনেকটা বিরক্ত হন । যদিও ক্লেযার ক্রিয়া ইয়োগা চালিয়ে যান, তিনি স্মরণ করেন স্যালিঞ্জার কোনো গল্পে কাজ করার জন্য দীর্ঘ সময় ধরে কর্ণিশ ছেড়ে চলে যেতেন এবং “কয়েক সপ্তাহ পরে ফিরতেন তার যে গল্পটি লেখার কথা ছিল সেটা অসম্পূর্ণ বা নষ্ট অবস্থায় এবং নিজেদের অনুসরণের জন্য নতুন কোনো ধর্মবিশ্বাস নিয়ে” । ক্লেয়ার মনে করেন “জেরি এরকম করত তার লেখা গল্পটি নষ্ট করা বা ফেলে দেওয়া বা গল্পের মান পছন্দ না হওয়া বা প্রকাশ করাতে না চাওয়ার বিষয়টি ঢাকার জন্য” । 

ক্রিয়া ইয়োগা ত্যাগ করার পরে, স্যালিঞ্জার ডায়ানেটিক্স (সায়েন্টোলজি-র অগ্রদূত ) অনুসরণের চেষ্টা করেন এবং এর প্রতিষ্ঠাতা এল রন হাববার্ড-এর সাথেও সাক্ষাৎ করেন, কিন্তু ক্লেয়ার বলেন ডায়ানেটিক্স সম্পর্কে তার এই আগ্রহ বেশিদিন দীর্ঘস্থায়ী হয় না । এর পরে তিনি বেশ কয়েকটি অধ্যাতিক, চিকিৎসা এবং পুষ্টি সিস্টেমের বিশ্বাসের ওপর অনুগত হন যার মধ্যে আছে খ্রিস্টান বিজ্ঞান, এডগার কেইস, হোমিওপ্যাথি, আকুপাংচার এবং ম্যাক্রোবায়োটিকস । 

প্রথম সন্তান জন্মের পর স্যালিঞ্জারের পারিবারিক জীবনে দ্বন্দের স্মৃষ্টি হয়; মার্গারেটের বই অনুসারে, ক্লেয়ার অনুভব করেন তার মেয়ে স্যালিঞ্জারের মনে তার সব জায়গাটুকু দখল করে নিয়েছে । শিশু মার্গারেট বেশিরভাগ সময়ই অসুস্থ থাকতেন, কিন্তু স্যালিঞ্জার খ্রিস্টান বিজ্ঞানের মতবাদগুলি অনুসরণ করে তাকে চিকিৎসকের কাছে নিয়ে যেতে অস্বীকার করেন । মার্গারেট বলেন, অনেক বছর পরে তার মা তার কাছে স্বীকার করেন যে ১৯৫৭ সালের শীতে তার ধৈর্যের বাধ ভেঙ্গে যায় এবং তিনি মার্গারেটকে হত্যা করে নিজে অত্নহত্যার পরিকল্পনা করেন । ধারণা করা হয় ক্লেয়ার স্যালিঞ্জারের সাথে একবার নিউ ইয়র্ক ভ্রমনের সময় এটা করার জন্য মানুষিকভাবে নিজেকে প্রস্তুত করেন, কিন্তু শেষপর্যন্ত তিনি এটা না করে হোটেল থেকে মার্গারেটকে নিয়ে পালিয়ে যান । কয়েক মাস পরে, স্যালিঞ্জার তাকে বুঝিয়ে কর্ণিশে ফিরিয়ে নিয়ে যান । 

১৯৮০-র দশকে স্যালিঞ্জার টেলিভিশন অভিনেত্রী ইলেইন জয়েস-এর সাথে প্রেমের সম্পর্কে জড়িয়ে পড়েন এবং এটি বেশ কয়েক বছর স্থায়ী হয় । তাদের সম্পর্ক শেষ হয় যখন তিনি কলিন ও'নিলের ( জন্ম ১১ জুন, ১৯৫৯) সাথে পরিচিত হন । কলিন ও'নিল একজন নার্স এবং লেপ তৈরিকারী ছিলেন, স্যালিঞ্জার যাকে ১৯৮৮ সালে বিয়ে করেন । ও’নিল স্যালিঞ্জারের ৪০ বছরের ছোট ছিলেন । তিনি একবার মার্গারেটকে বলেন তিনি এবং স্যালিঞ্জার একটি বাচ্চা নেওয়ার চেষ্টা করছেন । 

আইনি দ্বন্দ্ব
যুদ্ধ পরবর্তি বছরসমূহ
প্রাথমিক জীবন
বিয়ে, পরিবার, আধ্যাত্মিক বিশ্বাস