মাশরাফি আহত অবস্থায় থাকায় সাকিবকেই আগস্ট মাসে জিম্বাবুয়ে সফরে অধিনায়ক পদে বহাল রাখা হয়। পাঁচ ম্যাচ সিরিজের দ্বিতীয় ওয়ানডেতে সাকিব মাত্র ৬৪ বলে ১০৪ রানের এক ঝড়ো ইনিংস খেলে ওয়ানডেতে বাংলাদেশের সর্বোচ্চ স্কোর গড়তে ও দলকে ২-০ তে এগিয়ে যেতে সহায়তা করেন। সাকিব সিরিজ শেষ করেন ৪২.৫০ গড়ে ১৭০ রান করে, পঞ্চম সর্বোচ্চ স্কোরার হিসেবে। ৩৯.৬৬ গড়ে নেন মোট ৬ট উইকেট। ৪-১ এ সিরিজ জয় শেষে কুঁচকির ব্যথা সারানোর জন্য সাকিব অস্ট্রেলিয়া পাড়ি জমান। ওয়েস্ট ইন্ডিজ সফর থেকেই ব্যথাটা তাকে ভোগাচ্ছিল। ব্যথাকে উপেক্ষা করেই তিনি জিম্বাবুয়ের বিরুদ্ধে বাংলাদেশকে নেত্‌ত্ব দেবার সিদ্ধান্ত নেন। পুরো বছর জুড়ে ধারাবাহিক পারফরম্যান্সের কারণে সাকিব আইসিসি কর্ত্‌ক 'টেস্ট প্লেয়ার অব দ্য ইয়ার, ২০০৯' ও 'ক্রিকেটার অব দ্য ইয়ার, ২০০৯' এর জন্য মনোনীত হন। সাকিবই প্রথম বাংলাদেশী যিনি এ ধরনের ক্যাটাগরীতে মনোনয়ন পেয়েছেন।

২০০৯ এর সেপ্টেম্বরে ঘোষণা করা হয় যে, পরের মাসে জিম্বাবুয়ের বিরুদ্ধে অনুষ্ঠিতব্য ওয়ানডে সিরিজে মাশরাফি-ই বাংলাদেশকে নেত্‌ত্ব দেবেন এবং সাকিব আবারও সহ-অধিনায়কের ভূমিকায় অবতীর্ণ হবেন। কিন্তু মাশরাফি হাঁটুর ইনজুরি থেকে সময়মত সেরে উঠতে না পারায় সাকিবকেই অধিনায়কের দায়িত্ব দেয়া হয়। উদ্বোধনী খেলায় হারলেও সাকিবের নেতৃত্বে বাংলাদেশ ঠিকই ঘুরে দাঁড়ায় এবং ৪-১ ব্যবধানে সিরিজ জিতে নেয় নভেম্বর মাসে 'দ্য উইজডেন ক্রিকেটার্স' সাকিবকে 'বছরের সেরা টেস্ট ক্রিকেটার' ঘোষণা করে।

ইংল্যান্ড সফর ও এশিয়া কাপ
ওডিআই ম্যাচ
ব্যক্তিগত জীবন
জিম্বাবুয়ে