১৯৬৫ সালের ৫ আগস্ট ভারত দখলকৃত কাশ্মীরে গোপন অনুপ্রবেশের ফলে ভারত ও পাকিস্তানের মধ্যে যুদ্ধ বেধে যায়। এইসময়ে "গাজী"র কমান্ডার ছিলেন কেরামত রহমান নিয়াজি, যিনি পরবর্তীতে নৌবাহিনীর চার তারকা এডমিরাল পদে অধিষ্ঠিত হন। সেসময়ে গাজিতে কর্মরত অন্যান্য কর্মকর্তাগণ হলেন লেফটেন্যান্ট-কমান্ডার আহমেদ তাসনিম (পরবর্তীতে ভাইস এডমিরাল), সাব-লেফটেন্যান্ট ফাসিহ বোখারি এবং লেফটেন্যান্ট জাফর মুহাম্মদ খান। জাফর মুহাম্মদ খান ১৯৭১ সালে গাজীর কমান্ডার হিসেবে নিয়োগ পান।

"গাজী" ছিল ১৯৬৫ সালে ভারত-পাকিস্তান যুদ্ধে ব্যবহৃত একমাত্র ডুবোজাহাজ, যার লক্ষ্য ছিলো ভারতীয় নৌবাহিনীর বৃহদাকার ও প্রধান যুদ্ধজাহাজগুলোকে আক্রমণ করা। তবে, ভারতের গুজরাটের দ্বারকায় অবস্থিত একটি রাডার স্টেশনে আক্রমণের জন্য কমোডর এস. এম. আনোয়ারের নেতৃত্বে একটি ক্ষুদ্র নৌবহর পাঠানো হলে সেই অভিযানে গাজী সহযোগিতা করে। এছাড়াও, যুদ্ধকালীন সময়ে ভারতের একমাত্র বিমানবাহী রণতরী আইএনএস "বিক্রান্তকে" আক্রমণের জন্য "গাজী" ভারত মহাসাগরে টহল দিতে থাকে, কিন্তু যুদ্ধকালীন সময়ে সে তার লক্ষ্যকে চিহ্নিত করতে সক্ষম হয়নি। ১৯৬৫ সালের ৯ সেপ্টেম্বর ভারতীয় নৌবাহিনীর যুদ্ধজাহাজ "আইএনএস বিয়াস" গাজীকে লক্ষ্য একটি গভীর আক্রমণ করে, যদিও তা লক্ষবস্তুতে আঘাত হানতে ব্যর্থ হয়।

১৯৬৫ সালের ১৭ সেপ্টেম্বর "গাজী" ভারতীয় নৌবাহিনীর যুদ্ধজাহাজ আইএনএস ব্রহ্মপুত্রকে চিহ্নিত করতে সক্ষম হয়। এদময় গাজী আই আইএনএস "ব্রহ্মপুত্র"কে লক্ষ্য করে তিনটি মার্ক-১৪ শ্রেণীর টর্পেডো নিক্ষেপ করে এবং পালটা আক্রমণ থেকে বাঁচার জন্য সমুদ্রের আরো গভীরে চলে যায়।ডুবোজাহাজটির যুদ্ধকালীন নথি থেকে জানা যায়, টর্পেডো গুলো ছোড়ার পরে "গাজী"তে অবস্থানকারী সৈন্যরা তিনটি বিস্ফোরণের শব্দ শুনতে পান। তবে, এই আক্রমণে "ব্রহ্মপুত্রের" কোন ক্ষতি হয়নি, এমনকি ভারতীয় জাহাজটি আক্রমণ সম্পর্কে অবগতই ছিলো না এবং কোন পাল্টা আক্রমণও চালায় নি সেসময়ে ঐ অঞ্চলে কোন যুদ্ধজাহাজের ডুবে যাওয়া বা ক্ষয়ক্ষতির কোন সংবাদ পাওয়া যায় নি। এই অভিযান শেষে "গাজী" নিরাপদে তার ঘাঁটিতে ফিরে আসে।

অভিযান শেষে ফিরে আসার পরে গাজী মোট দশটি পদকে ভূষিত হয়। এর মধ্যে রয়েছে দুইটি সিতারা-ই-জুরাত, একটি তামঘা-ই-জুরাত, রাষ্ট্রপতি পদক এবং ছয়টি ইমতিয়াজি সনদ। গাজীর কমান্ডার কে. আর. নিয়াজি সিতারা-ই-জুরাত পদক এবং প্রধান কর্মকর্তাবৃন্দ তামঘা-ই-জুরাত পদকে ভূষিত হন। যদিও, গাজীর মূল লক্ষ্য কি ছিল এবং সেই তিনটি রহস্যাবৃত বিস্ফোরণ কিসের ছিল সে সংক্রান্ত কোন তদন্ত প্রতিবেদন কখনোই প্রকাশ করা হয়নি।

যুদ্ধের পরে ১৯৬৫-৬৬ সালে ভারত ও পাকিস্তান উভয়ের উপরেই অস্ত্র নিষেধাজ্ঞা জারি করা হয়। এই সময়ে গাজীকে জরুরী ভিত্তিতে মেরামতের প্রয়োজন পরে, কিন্তু যুক্তরাষ্ট্র নগদ অর্থ ছাড়া কোন প্রকার মেরামতে করতে অপারগতা প্রকাশ করে। ১৯৬৭ সালে পাকিস্তান নৌবাহিনী ডুবোজাহাজটি পুনরায় চার বছরের জন্য ইজারা নেবার আবেদন করে। যা পরবর্তীতে যুক্তরাষ্ট্রের সরকার এবং তাদের নৌবাহিনী অনুমোদন করে। তবে এসময়ে "গাজী"র যন্ত্রাংশগুলোর গুণগত মান খারাপ হতে থাকে। ফলশ্রুতিতে, পাকিস্তান নৌবাহিনী ডুবোজাহাজটির মেরামত এবং অর্ধ বয়সকালীন হালনাগাদের জন্য তুরস্কের নৌবাহিনীর সাথে চুক্তি করে। যার ফলে, গাজীকে মেরামতের জন্য তুরস্কের গোল্কুক নেভাল শিপইয়ার্ডে প্রেরণ করা হয়।

মধ্যপ্রাচ্যে ছয় দিনের যুদ্ধের কারণে ১৯৬৭ সালে মিশরীয় নৌবাহিনী সুয়েজ খাল অবরোধ করে। ফলে ১৯৬৮ মারমারা সাগরের তীরে অবস্থিত গোল্কুক নেভাল শিপইয়ার্ডে পৌঁছাতে "গাজী"কে সমগ্র আফ্রিকা মহাদেশ এবং দক্ষিণ ইউরোপকে নিমজ্জিত অবস্থায় প্রদক্ষিণকরতে হয়। এসময়ে গাজী করাচি উপকূল হতে উত্তমাশা অন্তরীপ, দক্ষিণ আফ্রিকা ও আটলান্টিক মহাসাগর হয়ে দক্ষিণ ইউরোপ ঘুরে তুরস্কে পৌছায়। এই অভিযানে গাজীর কমান্ডার ছিলেন আহমেদ তাসনিম। এছাড়াও, নেভাল স্টাফ প্রধান এডমিরাল সৈয়দ মুহাম্মদ আহসান স্থানীয় বিভিন্ন শিল্প প্রতিষ্ঠানের সাহায্যে "গাজী"র কম্পিউটারের জরুরী মেরামতের ব্যবস্থা করেন।

নিমজ্জিত প্রদক্ষিণ অভিযানকালে গাজী জ্বালানী নিতে স্বল্প সময়ের জন্য কেনিয়ার মোম্বাসা এবং মোজাম্বিকের মাপুতুতে যাত্রাবিরতি করে এবং দক্ষিণ আফ্রিকার সাইমন্স শহরে একটি বিদায়ী ভ্রমণ করে। উত্তমাশা অন্তরিপকে অতিক্রমকালে গাজী খাদ্য সরবরাহের জন্য এঙ্গোলার লুয়ান্ডাতে স্বল্পসময়ের জন্য যাত্রাবিরতি করে এবং পুনরায় পশ্চিম ইউরোপের দিকে যাত্রা করে। পশ্চিম ইউরোপে ফ্রান্সের তৌলন বন্দরে যাত্রাবিরতিকালে ফ্রান্সের নৌবাহিনী গাজীকে অভিবাদন জানায়। গাজীর শেষ বারের মতো তুরস্কের ইজমিরে যাত্রাবিরতি করে এবং নিমজ্জিতভাবে মারমারা সাগরের পূর্ব উপকূল দিয়ে গোল্কুক নেভাল শিপইয়ার্ডে পৌছায়। এখানে ডুবোজাহাজটিতে টেঞ্চ শ্রেণীর কম্পিউটার এবং অন্যান্য বৈদ্যুতিক যন্ত্রাংশ সংযুক্ত করা হয়। আফ্রিকা ও ইউরোপের প্রদক্ষিণ অভিযান সম্পন্ন করতে গাজীর দুইমাস সময় লাগে।

গাজীর মেরামত, অর্ধ বয়সকালীন হালনাগাদ এবং সামরিক কম্পিউটারের মান উন্নয়নের জন্য খরচ হয় প্রায় ১.৫ মিলিয়ন মার্কিন ডলার। প্রকল্পটি ১৯৬৮ সালের মার্চে শুরু হয়ে ১৯৭০ সালে এপ্রিল মাসে শেষ হয়। ধারণা করা হয়, এই সময়ে তুরস্ক এতে দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধের সময়ে যুক্তরাষ্ট্রে তৈরি এমকে.১৪/এমকে.১০ নেভাল মাইন যুক্ত করে।

পাকিস্তানি ব্যাখ্যা
১৯৬৫ সালের ইন্দো-পাকিস্তান যুদ্ধে পশ্চিম রণাঙ্গন
১৯৭১ সালে ইন্দো-পাকিস্তান যুদ্ধের পূর্ব রণাঙ্গন
নিরপেক্ষ সাক্ষী ও মূল্যায়ন