হযরত আলী ও মুয়াবিয়ার মধ্যে বিরোধ শুরু হলে প্রথম দিকে মুগীরা ইবনে শুবা আলীর পক্ষে ছিলেন এবং খলিফা আলীকে তালহা ও যুবাইরকে যথাক্রমে কুফা ও বসরার গভর্নর নিয়োগ করতে ও মুয়াবিয়াকে তার পূর্ব পদে বহাল রাখতে পরামর্শ দেন। কিন্তু আলী এই প্রস্তাব প্রত্যাখ্যান করেন। উসমানের হত্যার পর মুসলিম জাতির মধ্যে সংঘাত-সংঘর্ষ হয়, তিনি এসব সংঘর্ষ থেকে নিজেকে সযত্নে দূরে থাকেন।

কিন্তু সিফফিনে যুদ্ধের পর দুমাতুল জান্দালে সালিশী সমাধান করতে ব্যর্থ হলে মুগীরা মুয়াবিয়ার পক্ষ নেন এবং প্রকাশ্যে আলীর বিরোধিতা শুরু করেন । মুগীরা মুয়াবিয়া পক্ষ নিলে,মুগীরার তীক্ষ্ণ বুদ্ধি মুয়াবিয়ার খুব উপকারে আসে ।মুগীরা মুয়াবিয়াকে বিভিন্ন সময় পরামর্শ দিয়ে সাহায্য করেছেন । পারস্যের শাসক যিয়াদকে মুগীরা মুয়াবিয়ার অনুগত বানিয়ে সাহায্য করেন ।

হিজরী ৪১ সনে আমীর মুয়াবিয়া মুগীরা ইবনে শুবাকে কুফার শাসক হিসাবে নিয়োগ করেন। কুফার কিছু লোক বিদ্রোহ ঘোষণা করলে তিনি দক্ষতার সাথে সেই বিদ্রোহ দমন করেন।

আলীর যুগে
উমরের যুগে
নাহাওয়ান্দের যুদ্ধ
পারস্য অভিযান