২০০৪ সালের জানুয়ারী থেকে তেল আবিবে হিব্রু রাইটার্স অ্যাসোসিয়েশনের একটি সম্মেলনে অংশ নেওয়ার চেষ্টা করার কারণে চৌধুরীকে রাষ্ট্রদ্রোহ, দেশদ্রোহিতা, নিন্দা ও গুপ্তচরবৃত্তির অভিযোগের মুখোমুখি করা হয়। তিনি ২০০৫ সালের নভেম্বরে ইস্রায়েলে ভ্রমণের চেষ্টা করে পাসপোর্ট আইন লঙ্ঘন করেছিলেন। এই আইনে নাগরিকদের যেসব দেশ নিয়ে কূটনৈতিক সম্পর্ক বজায় থাকে না, সেখানে সাধারণত ৮ ডলার জরিমানার মাধ্যমে দণ্ডনীয় দেশগুলির ভ্রমণ করতে নিষেধ করা হয়। এখানে উল্লেখ করা যেতে পারে যে, বর্তমানে বর্তমানে তাইওয়ান ও ইস্রায়েলের সাথে বাংলাদেশের কূটনৈতিক সম্পর্ক নেই। তবে, ভ্রমণ নিষেধাজ্ঞা সত্ত্বেও লোকজন তাইওয়ানের সাথে ব্যবসা শুরু করার সময় তাইওয়ানের ভ্রমণ নিষেধাজ্ঞাকে নীরবে তুলে নেওয়া হয়েছিল। ২০০৫ সালের ২৯ নভেম্বর তাকে পুলিশ হেফাজতে নেওয়া হয়েছিল এবং তিনি যেমনটি বলেছিলেন যে, তিনি ইস্রায়েলের জন্য গুপ্তচরবৃত্তি করছেন বলে স্বীকারোক্তি আদায়ের প্রয়াসে ১০ দিন ধরে চোখ বেঁধে রাখা হয়েছে। তাকে পিটিয়ে এবং জিজ্ঞাসাবাদ করা হয়েছিল। পরের ১ মাস তিনি নির্জন কারাগারে কাটিয়েছিলেন এবং তাকে গ্লুকোমার জন্য চিকিত্সা করা থেকে বঞ্চিত করা হয়েছিল। মার্কিন কংগ্রেস সদস্য মার্ক কির্ক -এর হস্তক্ষেপে, যিনি মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে বাংলাদেশের রাষ্ট্রদূতের সাথে কথা বলেছিলেন। পরে চৌধুরীকে জামিনে মুক্তি দেওয়া হয়। 

আন্তর্জাতিক সমর্থন
রাষ্ট্রদ্রোহের অভিযোগ
গ্রেফতার
ইনকিলাব টেলিভিশন