জাপানি এনকেফালাইটিস রোগ সংক্রমণের পরে ৫-১৫ দিন পর্যন্ত সুপ্ত অবস্থায় থাকতে পারে৷ সাধারণত প্রতি ২৫০ সংক্রামিত রোগীর একজন আক্রান্ত হয়৷

এই রোগের প্রধান লক্ষণ জ্বর ও গায়ে ব্যথা ৷ এই লক্ষণসমূহ ১-৬ দিন পর্য্যন্ত থাকতে পারে৷ রোগের অগ্রগতির সঙ্গে সঙ্গে অন্যন্য লক্ষণ যেমন ঘাড়ের জড়তা (neck rigidity), ওজন হ্রাস (cachexia), দেহের কোনো অংশের অসারতা (hemiparesis) ও দেহের উষ্ণতা পর্যন্ত বৃদ্ধি পাওয়া ইত্যাদি লক্ষণে দেখা দেয়। শেষ অবস্থায় মানসিক অনগ্রসরতা (Mental retardation) দেখা দিয়ে কোমা অবস্থাতেও নিয়ে যেতে পারে৷

এই রোগে মৃত্যুর হার বিভিন্ন হয় যদিও শিশুর ক্ষেত্রে মৃত্যুর সম্ভাবনা অধিক বলে জানা যায়৷ 
জন্তুর ক্ষেত্রে প্রধান লক্ষণ হ'ল, গাভীর সন্তানহীনতা (infertility), গর্ভপাত (abortion), জ্বর ও আলস্যভাব৷ 

মহামারী বিজ্ঞান (Epidemiology)
বিবর্তন
রোগের লক্ষণ
চিকিৎসা