ধোনি ১৮ বছর বয়সে ১৯৯৯-২০০০ মৌসুমে বিহার ক্রিকেট দলের পক্ষে রঞ্জি ট্রফিতে নিজেকে অভিষিক্ত করেন। অভিষেক ম্যাচে আসাম ক্রিকেট দলের বিপক্ষে অপরাজিত ৬৮ রান করেন।
ঐ মৌসুমে তিনি ৫ খেলায় ২৮৩ রান সংগ্রহ করেন। বেঙ্গল ক্রিকেট দলের বিপক্ষে ২০০০-০১ মৌসুমে ১ম শ্রেণির ক্রিকেটে সেঞ্চুরি করেন।

২০০২-০৩ মৌসুমে রঞ্জি ট্রফিতে তিনটি অর্ধ-শতক এবং দেওধর ট্রফি প্রতিযোগিতায় দু'টি অর্ধ-শতক করে হার্ড হিটিং ব্যাটিংয়ের পরিবর্তে নিচের সারির ব্যাটসম্যান হিসেবে রান করার মাধ্যমে জয়ে অংশগ্রহণ ও প্রাধান্য বিস্তারে ব্যাপক ভূমিকা রাখেন।

ধোনি ২০০৩-০৪ মৌসুমে রঞ্জি ওডিআই ট্রফিতে আসামের বিপক্ষে ১ম খেলায় অপরাজিত ১২৮* রান করেন। ইস্ট জোন ক্রিকেট দলের পক্ষে ৪ ম্যাচে ২৪৪ রান করে দেওধর ট্রফি জয়ে ব্যাপক ভূমিকা রাখেন।

দুই ম্যাচের জন্য নিষিদ্ধতা
বিহার দলে
অধিনায়ক হিসেবে
টেস্ট ক্রিকেটে