৭৪৬ খ্রিষ্টাব্দে ভূমিকম্পে মসজিদুল আকসা ক্ষতিগ্রস্ত হয়। এর চার বছর পর আস-সাফাহ উমাইয়াদের উৎখাত করে আব্বাসীয় খিলাফত প্রতিষ্ঠা করেন। দ্বিতীয় আব্বাসীয় খলিফা আল মনসুর ৭৫৩ খ্রিষ্টাব্দে মসজিদ পুনর্নির্মাণের জন্য তার সংকল্প ব্যক্ত করেন এবং ৭৭১ খ্রিষ্টাব্দে তা সমাপ্ত হয়। ৭৭৪ খ্রিষ্টাব্দে দ্বিতীয় একটি ভূমিকম্পের ফলে আল মনসুরের সংস্কারের সময়ের দক্ষিণ অংশ বাদে অনেক অংশ ধ্বংস হয়। ৭৮০ খ্রিষ্টাব্দে তার উত্তরসুরি খলিফা আল-মাহদি এর পুনর্নির্মাণ করেন। তিনি দৈর্ঘ্য কমিয়ে প্রস্থ বৃদ্ধি করেন। আল-মাহদির সংস্কার এ বিষয়ে প্রথম লিখিত বিবরণ বলে জানা যায় যা কাজের বর্ণনা প্রদান করে। ৯৮৫ খ্রিষ্টাব্দে জেরুজালেমে জন্ম নেয়া আরব ভূগোলবিদ শামসউদ্দিন আল-মুকাদ্দাসি লিখেছেন যে এসময় মসজিদে পনেরটি দরজা ও মুসল্লিদের ধারণের জন্য উত্তর দক্ষিণ বরাবর পনেরটি  সারি ছিল।

১০৩৩ খ্রিষ্টাব্দে আরেকটি ভূমিকম্প হয় ফলে মসজিদ ক্ষতিগ্রস্ত হয়। ফাতেমীয় খলিফা আলি আজ-জাহির ১০৩৪ থেকে ১০৩৬ খ্রিষ্টাব্দের মধ্যে মসজিদ পুনর্নির্মাণ ও সংস্কার করেন। এসময় মুসল্লিদের ধারণের জন্য পনেরটি মূল সারির সংখ্যা কমিয়ে সাতটি করা হয়। আজ-জাহির কেন্দ্রীয় কক্ষের চারটি তোরণ এবং করিডোর নির্মাণ করেন যা বর্তমানে মসজিদের ভিত্তি হিসেবে কাজ করছে। পারস্যের ভূগোলবিদ নাসির খসরু ১০৪৭ খ্রিষ্টাব্দে তার ভ্রমণের সময় মসজিদুল আকসার বর্ণনা দিয়েছেন:

"হারাম এলাকা জেরুজালেমের পূর্ব অংশে অবস্থিত; এবং (এই মহল্লার) বাজারের মধ্যে দিয়ে গিয়ে একটি বৃহৎ ও সুন্দর ফটক দিয়ে আপনি এই এলাকায় প্রবেশ করবেন... এই ফটক পার হওয়ার পর আপনি দুটি বৃহৎ স্তম্ভের সারির (রিওয়াক) ডানে থাকবেন যেগুলোর প্রত্যেকটিতে নয় ও বিশটি মার্বেল স্তম্ভ আছে, যেগুলোর শীর্ষ ও ভিত্তি রঙ্গিন মার্বেলের, এবং সংযুক্তিগুলো সীসার। স্তম্ভের শীর্ষে আর্চ উত্থিত যা চুন বা সিমেন্ট ছাড়া পাথরে নির্মিত, এবং প্রতিটি আর্চ পাঁচ বা ছয়টির বেশি পাথরের ব্লক দ্বারা তৈরী নয়। এই স্তম্ভসারিগুলো মাকসুরাহ নিয়ে যায়"।

১০৯৯ খ্রিষ্টাব্দে প্রথম ক্রুসেডের সময় ক্রুসেডাররা জেরুজালেম দখল করে নেয়। তারা মসজিদকে "সলোমনের মন্দির" এবং কুব্বাত আস সাখরাকে "টেমপ্লাম ডোমিনি" (ঈশ্বরের গম্বুজ) নাম দেয়। কুব্বাত আস সাখরা এসময় অগাস্টিনিয়ানদের তত্ত্বাবধানে গির্জা হিসেবে ব্যবহৃত হওয়া শুরু হয়, আল-আকসা মসজিদকে রাজপ্রাসাদ ও পাশাপাশি ঘোড়ার আস্তাবল হিসেবে ব্যবহার করা হয়। ১১১৯ খ্রিষ্টাব্দে একে নাইটস টেম্পলারদের সদরদপ্তর করা হয়। এ সময় মসজিদে কিছু অবকাঠামোগত পরিবর্তন আনা হয়। এর মধ্যে ছিল উত্তরের বারান্দা সম্প্রসারণ, অতিরিক্ত এপস যোগ এবং একটি বিভক্তকারী দেয়াল নির্মাণ। কিছু স্থাপনার পাশাপাশি একটি নতুন মঠ ও গির্জা নির্মিত হয়। টেম্পলাররা দালানের পশ্চিম ও পূর্বে খিলানযুক্ত বর্ধি‌তাংশ নির্মাণ করে যার মধ্যে পশ্চিমেরটি বর্তমানে মহিলাদের নামাজের জায়গা এবং পূর্বেরটি ইসলামি জাদুঘর হিসেবে ব্যবহৃত হচ্ছে।

সালাহউদ্দিনের নেতৃত্বে আইয়ুবীয়রা জেরুজালেম জয় করার পর মসজিদুল আকসায় কয়েকটি সংস্কার সাধিত হয়। জুমার নামাজের জন্য মসজিদকে প্রস্তুতের নিমিত্তে জেরুজালেম জয়ের এক সপ্তাহের মধে ক্রুসেডারদের স্থাপন করা টয়লেট ও শস্যের গুদাম সরিয়ে ফেলা হয়।, মেঝে দামি কার্পেটে আচ্ছাদিত করা হয়, এবং ভেতরের অংশ গোলাপজল এবং সুগণ্ধি দিয়ে সুগণ্ধযুক্ত করা হয়। সালাহউদ্দিনের পূর্বসূরি জেনগি সুলতান নুরউদ্দিন জেনগি ১১৬৮-৬৯ খ্রিষ্টাব্দে হাতির দাঁত ও কাঠ দিয়ে একটি মিম্বর নির্মাণের আদেশ দিয়েছিলেন যা তার মৃত্যুর পর নির্মাণ সমাপ্ত হয়। নুরউদ্দিনের মিম্বরটি সালাহউদ্দিন মসজিদে স্থাপন করেন। দামেস্কের আইয়ুবী সুলতান আল-মুয়াজ্জাম ১২১৮ খ্রিষ্টাব্দে তিনটি ফটকসহ উত্তরের বারান্দা নির্মাণ করেন। ১৩৪৫ খ্রিষ্টাব্দে আল-কামিল শামানের অধীনে মামলুকরা পূর্ব দিকে আরো দুটি সারি ও ফটক যুক্ত করে।

উসমানীয়রা ১৫১৭ খ্রিষ্টাব্দে ক্ষমতা নেয়ার পর মসজিদের কোনো বড় পরিবর্তন করেনি কিন্তু পুরো হারাম আল শরিফে সামগ্রিকভাবে পরিবর্তন আনা হয়। এসময় কাসিম পাশার ফোয়ারা (১৫২৭) নির্মিত হয়, রারাঞ্জ সেতু সংস্কার এবং তিনটি মুক্ত গম্বুজ নির্মিত হয়। এসকল স্থাপনা জেরুজালেম গভর্নরগণ নির্মাণ করিয়েছিলেন। সুলতানগণ মিনারের সম্প্রসারণ করেন। ১৮১৬ খ্রিষ্টাব্দে গভর্নর সুলাইমান পাশা আল-আদিল জীর্ণ অবস্থার কারণে মসজিদ সংস্কার করেন।

প্রথম কিবলা
ইসরা ও মিরাজ
ভূমিকম্প ও পুনর্নির্মাণ
অজুর স্থান