সাধারণত জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস পদ্ধতিতে RFLP বা ডিএনএ খণ্ড গুলিকে পৃথক করা হয়। অ্যাগরোজ দিয়ে তৈরি জেল ব্লকের একদিকে চিরুনি দিয়ে গর্ত করা জায়গায় (যাকে ওয়েল বলা হয়) টুকরো ডিএনএ-কে একটু একটু করে দিয়ে দেওয়া হয়। প্রসঙ্গত ডিএনএ খণ্ড গুলি বাফার দ্রবণে গুলে থাকে।
এবার ইলেক্ট্রোফোরেসিসের সাহায্যে ওয়েলে রাখা ডিএনএ খণ্ড গুলিকে পৃথক করা হয়। ইলেক্ট্রোফোরেসিসের সময় অ্যাগরোজ জেলের ওয়েল প্রান্তের দিকে –ve ইলেক্ট্রোড এবং অপর প্রান্তের দিকে +ve ইলেক্ট্রোড যোগ করে বিদ্যুৎ প্রবাহ চালনা করা হয়। এর ফলে ডিএনএ খণ্ডগুলি ঋণাত্মক তড়িৎধর্মী বলে +ve ইলেক্ট্রোড এর দিকে যাত্রা করে। এই সময় অ্যাগারোজ ব্লকের ছোট ছোট ছিদ্রের মধ্য দিয়ে ওয়েল থেকে ডিএনএ +ve প্রান্তের দিকে যেতে পারে। অপর সিকে যে ডিএনএ খণ্ড গুলি আকারে বড়ো, তাদের যাত্রা অ্যাগারোজ ছিদ্রের মধ্যে বেশি 
প্রতিবন্ধকতা পায় বলে পিছিয়ে পড়ে । ফলে বড়ো থেকে ছোট খণ্ড গুলি সারিবদ্ধ ভাবে অ্যাগারোজের মধ্যে পৃথক হয়ে পড়ে। এছাড়াও ক্ষারকীয় অংশগুলি হাইড্রোজেন বন্ধন ভেঙে ডিএনএ কে একতন্ত্রী করতে সাহায্য করে। ডিএনএ গুলি একতন্ত্রী হওয়ার ফলে এটি নিউক্লিওটাইড গুলিকে মুক্ত করে যা পড়ে প্রোবের সাথে জোড় বাঁধতে সাহায্য করে।

পিসিআর (PCR) এর ব্যবহার
ডিএনএ খণ্ডের পৃথকীকরণ
সহোদর যমজ
পিতৃত্ব নির্নয়ে ডিএনএ আলেখ্য