নক্সের চিঠিটি রানী রিজেন্টকে পাঠানোর অল্পসময় পরে, তিনি হঠাৎ ঘোষণা করলেন যে তার দায়িত্ব জেনেভাতে ফেরার কথা ছিল। গত বছর ১৫৫৫ সালের ১ নভেম্বর জেনেভায় মণ্ডলী নক্সকে তাদের মন্ত্রী হিসাবে নির্বাচিত করে এবং তিনি পদটি গ্রহণের সিদ্ধান্ত নেন।তিনি তার সমর্থকদের কাছে একটি চূড়ান্ত চিঠি লিখেছিলেন এবং স্কটল্যান্ড ছেড়ে স্ত্রী এবং শাশুড়ী ছেড়ে চলে গেছেন। ১৫৫৬ সালের ১৩সেপ্টেম্বর তিনি জেনেভা পৌঁছেছিলেন।

পরবর্তী দুই বছরে তিনি জেনেভাতে সুখী জীবন কাটিয়েছিলেন। তিনি জেনেভাকে তার ইংল্যান্ডে প্রোটেস্ট্যান্টদের আশ্রয়ের সেরা জায়গা হিসেবে সুপারিশ করেছিলেন। এক চিঠিতে তিনি লিখেছিলেন:

আমি বলতে ভয় পাচ্ছি না না, খ্রীষ্টের সবচেয়ে নিখুঁত স্কুল যা প্রেরিতদের দিন থেকে পৃথিবীতে ছিল। অন্য জায়গায় আমি সত্যই প্রচারিত খ্রীষ্টকে স্বীকার করি; কিন্তু বিনয় এবং ধর্ম আন্তরিকভাবে সংস্কার করা হয়েছে, আমি এখনও অন্য কোন জায়গায় দেখা যায় নি ...

নক্স জেনেভাতে ব্যস্ত জীবনযাপন করেছিলেন। তিনি এক সপ্তাহে তিনটি ধর্মোপদেশ প্রচার করেছিলেন, প্রতিটি স্থায়ীভাবে দুই ঘণ্টা ধরে। এই পরিষেবাগুলি নক্স এবং ক্যালভিনের ফরমেস ডেস প্রিয়ার্স অ্যাকলিসিয়াসিসিক্স থেকে অন্যান্য মন্ত্রীদের দ্বারা গৃহীত একটি ধর্মসভা ব্যবহার করে।তিনি যে গির্জার প্রচার করেছিলেন, সেটি ইংরেজি ও ইতালীয় মণ্ডলীগুলির ব্যবহার করার জন্য ক্যালভিনের অনুরোধে পৌর কর্তৃপক্ষ কর্তৃক অডিওটোরে ডি কেলভিন নামে পরিচিত ইংলিস ডি নোট্রে ডেম লা নুভ -কে দেওয়া হয়েছিল। নক্সের দুই পুত্র, নাথানিয়েল এবং ইলিয়াসর, জেনেভাতে জন্মগ্রহণ করেন, হুইটিংহাম এবং মাইলস কভারডেল তাদের নিজ নিজ গডফাদারদের সাথে।

১৫৫৮ সালের গ্রীষ্মে, নক্স তাঁর সর্বপ্রথম সুপরিচিত পাম্পলেট প্রকাশ করেন, নারীর দৈত্য রেজিমেন্টের বিরুদ্ধে তূরীটির প্রথম বিস্ফোরণ। "Regimen" বা মহিলাদের "monstruous" শাসন কলিং, তিনি বোঝাতে চেয়েছিলেন যে এটি "অপ্রাসঙ্গিক" ছিল। নক্স বলেছিলেন যে তার উদ্দেশ্য ছিল "দেখানো যে ঈশ্বর আগে কতটা ঘৃণ্য, সাম্রাজ্য বা একটি দুষ্ট মহিলার শাসন, যথা, একটি প্রশান্তি এবং ঝগড়া"।নক্সের মনে যে নারী শাসকরা মনে করতেন তা ছিল ইংল্যান্ডের রানী মেরি আমি এবং স্কটল্যান্ডের ডোয়ারগার রানী মেরি অফ গুয়েজ এবং তার মেয়ের মেরি, রানী অফ স্কটসের পক্ষ থেকে রিজেন্ট। নক্সের দিনে এই বাইবেলের অবস্থান অস্বাভাবিক ছিল না; তবে তিনি এমনকি সচেতন ছিলেন যে প্যামলেটটি বিপজ্জনকভাবে প্ররোচিত ছিল।তাই তিনি বেনামে এটি প্রকাশ করেছেন এবং ক্যালভিনকে বলেনি, যিনি তার প্রকাশনার এক বছর পর্যন্ত এটির জ্ঞান অস্বীকার করেছিলেন, তিনি লিখেছিলেন। ইংল্যান্ডে, রাজকীয় ঘোষণায় আনুষ্ঠানিকভাবে প্যামফলেটটি নিন্দা জানানো হয়। ওই বছরের পরে ডকুমেন্টের প্রভাব জটিল ছিল, যখন এলিজাবেথ টিডর ইংল্যান্ডের রানী হন। যদিও নোক্স এলিজাবেথকে লক্ষ্যবস্তু করে নি, তবুও তিনি গভীরভাবে তাকে অসন্তুষ্ট করেছিলেন, এবং তিনি কখনো তাকে ক্ষমা করেননি।

সিংহাসনে প্রোটেস্ট্যান্টের সঙ্গে জেনেভায় ইংরেজ শরণার্থীরা ঘরে ফিরতে প্রস্তুত। নক্স নিজেকে স্কটল্যান্ড ফিরে যাওয়ার সিদ্ধান্ত নিয়েছে। তার প্রস্থান করার আগে, জেনেভা শহরের স্বাধীনতা সহ বিভিন্ন সম্মাননা প্রদান করা হয়। ১৫৫২ সালের জানুয়ারিতে নোক্স বামে, কিন্তু ইংল্যান্ডের মধ্য দিয়ে এলিজাবেথের পাসপোর্ট জারি করার কারণে তিনি ২৫ মে ১৫৫৯ সাল পর্যন্ত স্কটল্যান্ডে আসেননি।

প্রোটেস্ট্যান্ট সংস্কার(১৫৪৬-১৫৪৭)
প্রথম জীবন (১৫০৫-১৫৪৬)
ফরাসি গলি(১৫৪৭-১৫৪৯)
জেনেভা ফেরা (১৫৫৬-১৫৫৯)