১৯৩৯ সালের ৩ সেপ্টেম্বর ব্রিটিশ প্রধানমন্ত্রী নেভিল চেম্বারলাইন জার্মানির বিরুদ্ধে যুদ্ধের ঘোষণা করেন। পরের দিন ভাইসরয় লর্ড লিনলিথগো ভারতীয় রাজনৈতিক নেতাদের সাথে আলাপ না করে ভারতের যুদ্ধে প্রবেশের ঘোষণা দেন। ফলে ভারতজুড়ে ব্যাপক বিক্ষোভ দেখা দেয়। জিন্নাহ ও গান্ধীর সাথে সাক্ষাতের পর লিনলিথগো ঘোষণা করেন যে যুদ্ধ শেষ হওয়া পর্যন্ত ভারতের স্বায়ত্তশাসনের বিষয়ে আলোচনা মুলতবি রাখা হল। ১৪ সেপ্টেম্বর কংগ্রেস একটি অধিবেশনে তাৎক্ষনিক স্বাধীনতা দাবি করে। দাবি প্রত্যাখ্যান করা হলে ১০ নভেম্বর আটটি প্রাদেশিক সরকার পদত্যাগ করে এবং এসব প্রদেশের গভর্নররা এরপর থেকে ফরমান জারি করে শাসন করতে থাকেন। অন্যদিকে জিন্নাহ ব্রিটিশদের গ্রহণ করতে আগ্রহী ছিলেন। ফলে ব্রিটিশরাও তার দিকে আকৃষ্ট হয় এবং মুসলিম লীগকে ভারতের মুসলিমদের প্রতিনিধি হিসেবে বিবেচনা করা শুরু করে। তবে মুসলিম লীগ যুদ্ধে ব্রিটেনকে কার্যতভাবে সমর্থন করেনি।

স্বায়ত্তশাসনের ব্যাপারে ভাইসরয় জিন্নাহর কাছে মুসলিম লীগের অবস্থান জানতে চান। সাংবিধানিক উপকমিটিতে শর্ত প্রদানের জন্য ১৯৪০ সালের ফেব্রুয়ারি মুসলিম লীগের ওয়ার্কিং কমিটি চারদিন ধরে বৈঠক করে। ৬ ফেব্রুয়ারি জিন্নাহ ভাইসরয়কে জানান যে মুসলিম লীগ ফেডারেশনের বদলে পৃথক রাষ্ট্রের পক্ষপাতি। লাহোর প্রস্তাবে দ্বিজাতি তত্ত্বকে গ্রহণ করা হয়েছিল। এতে ব্রিটিশ ভারতের মুসলিম সংখ্যগরিষ্ঠ উত্তর-পশ্চিম এবং পূর্বের প্রদেশগুলোর জন্য স্বাধীন রাষ্ট্রের প্রস্তাব করা হয় এবং অন্যান্য প্রদেশের মুসলিম সংখ্যালঘুদের জন্য সুরক্ষার কথাও বলা হয়। ১৯৪০ সালের ২৩ মার্চ লাহোরে মুসলিম লীগের অধিবেশনে এর প্রস্তাব পাশ হয়।
লাহোর প্রস্তাব নিয়ে গান্ধী অসন্তুষ্ট ছিলেন। তবে তিনি বলেন যে ভারতের অন্যান্যদের মত মুসলিমদেরও আত্মনিয়ন্ত্রণের অধিকার রয়েছে। কংগ্রেস নেতৃবৃন্দ এ নিয়ে বেশ সরব ছিলেন। জওহরলাল নেহরু লাহোর প্রস্তাবকে “জিন্নাহর চমৎকার প্রস্তাব” বলে অবিহিত করেন। চক্রবর্তী রাজাগোপালাচারী আলাদা রাষ্ট্রের ধারণাকে “অসুস্থ মানসিকতার চিহ্ন” বলে উল্লেখ করেন। ১৯৪০ সালের জুন মাসে লিনলিথগো জিন্নাহর সাথে সাক্ষাত করেন। এর অল্প কিছু পূর্বে চার্চিল ব্রিটেনের প্রধানমন্ত্রী হন। আগস্টে তিনি কংগ্রেস ও লীগকে যুদ্ধে পূর্ণ সমর্থন দেয়ার আহ্বান জানান। যুদ্ধে সমর্থন দেয়ার বিনিময়ে ভারতীয় প্রতিনিধিদের তার যুদ্ধ সভায় স্থান দেয়ার কথা বলা হয়। ভাইসরয় যুদ্ধ শেষ হওয়ার পর ভারতের ভবিষ্যত নির্ধারণের জন্য প্রতিনিধি দলের প্রতিশ্রুতি দেন এবং বলেন ভবিষ্যত কোনো সিদ্ধান্ত সংখ্যাগরিষ্ঠ মতের বাইরে করা হবে না। কংগ্রেস ও মুসলিম লীগ কেউই এই প্রস্তবে রাজি ছিল না। তবে ব্রিটিশরা জিন্নাহকে মুসলিমদের প্রতিনিধি হিসেবে মেনে নেয়ায় তিনি সন্তুষ্ট ছিলেন। পাকিস্তানের সীমানা বা ব্রিটেনের সাথে বাকি উপমহাদেশের সম্পর্ক কেমন হবে তা নিয়ে নির্দিষ্ট প্রস্তাব দিতে জিন্নাহ অনিচ্ছুক ছিলেন। তার আশঙ্কা ছিল এতে লীগে ভাঙন ধরতে পারে।
১৯৪১ সালের ডিসেম্বর জাপান পার্ল হারবার আক্রমণ করার ফলে যুক্তরাষ্ট্র যুদ্ধে জড়িয়ে পড়ে। পরের মাসগুলোতে জাপানিরা দক্ষিণপূর্ব এশিয়ার দিকে অগ্রসর হয়। এরপর যুদ্ধে ভারতীয় সমর্থন লাভের জন্য ব্রিটিশ সরকার স্যার স্ট্যাফোর্ড ক্রিপসকে ভারতে প্রেরণ করে। তিনি কিছু প্রদেশকে অস্থায়ী বা স্থায়ীভাবে কেন্দ্রীয় সরকারের বাইরে থাকার অধিকার দেয়ার প্রস্তাব করেন যাতে তারা নিজেরা ডমিনিয়ন হিসেবে থাকতে পারে বা অন্য কনফেডারেশনের অংশ হতে পারে। মুসলিম লীগ আইনসভার জন্য প্রয়োজনীয় ভোট পেতে সক্ষম ছিল না। তাছাড়া প্রস্তাবে পাকিস্তানের স্বীকৃতি না থাকায় জিন্নাহ তা প্রত্যাখ্যান করেন। কংগ্রেসও ক্রিপসের প্রস্তাব প্রত্যাখ্যান করে। প্রস্তাব প্রত্যাখ্যান করলেও জিন্নাহ ও মুসলিম লীগ নেতৃবৃন্দ মনে করতেন যে ক্রিপসের প্রস্তাবে পাকিস্তানকে মূলনীতির দিক থেকে সমর্থন করা হয়েছে।

ক্রিপস মিশনের ব্যর্থতার পর কংগ্রেস ১৯৪২ সালের আগস্টে ভারত ছাড় আন্দোলন শুরু করে। এতে ব্যাপক সাড়া পাওয়া যায়। প্রধান কংগ্রেস নেতাদের অধিকাংশই গ্রেপ্তার হন। যুদ্ধের বাকি সময়টাতে তারা কারাগারে বন্দী অবস্থায় কাটান। তবে গান্ধীকে আগা খান প্রাসাদে গৃহবন্দী করে রাখা হয়। ১৯৪৪ সালে স্বাস্থ্যগত কারণে তিনি মুক্তি পেয়েছিলেন। রাজনৈতিক দৃশ্যপটে কংগ্রেস নেতাদের এই অনুপস্থিতির সময় জিন্নাহ হিন্দু শাসনে মুসলিমদের উপর হুমকি নিয়ে সতর্কতা সৃষ্টি করেন এবং পাকিস্তান দাবি চালিয়ে যান। প্রাদেশিক পর্যায়ে মুসলিম লীগের রাজনৈতিক নিয়ন্ত্রণ বৃদ্ধির জন্য জিন্নাহ কাজ করে যান। ১৯৪০ এর দশকের শুরুর দিকে দিল্লিতে ডন পত্রিকা চালু করতে সহায়তা করেন। মুসলিম লীগের বার্তা পৌছে দিতে এই পত্রিকা কাজ করেছে এবং এরপর পাকিস্তানের প্রধান ইংরেজি দৈনিক হয়ে উঠে।

১৯৪৪ সালের সেপ্টেম্বরে জিন্নাহ ও গান্ধী বোম্বের মালাবার হিলে সাক্ষাত করেন। দুই সপ্তাহ ধরে তাদের আলাপ চললেও তারা কোনো সিদ্ধান্তে পৌছাননি। জিন্নাহর মত ছিল যে ব্রিটিশদের বিদায়ের আগেই পাকিস্তান প্রতিষ্ঠা করতে হবে। অন্যদিকে গান্ধী চাইছিলেন যে ভারত স্বাধীন হওয়ার পর বিভাগের ব্যাপারে সিদ্ধান্ত হোক। ১৯৪৫ সালের প্রথম দিকে লিয়াকত আলি খান ও কংগ্রেস নেতা ভুলাভাই দেশাই সাক্ষাত করেন। এতে সিদ্ধান্ত হয় যে যুদ্ধ শেষ হলে কংগ্রেস ও লীগের যৌথ অস্থায়ী সরকার গঠন করা হবে এবং তাতে ভাইসরয়ের নির্বাহী কাউন্সিলের সদস্য কংগ্রেস ও মুসলিম লীগ থেকে সমান সংখ্যায় নেয়া হবে। ১৯৪৫ সালের জুনে কংগ্রেস নেতারা মুক্তি পেলে তারা এই সিদ্ধান্ত প্রত্যাখ্যান করেন।

দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধ ও লাহোর প্রস্তাব
ইংল্যান্ডের জীবন
রাজনীতিতে প্রত্যাবর্তন
স্বাধীনতার পটভূমি