১৯৮৮ সালের ১৬ এপ্রিল তিউনিসে নিজ বাড়িতে খলিল আল-ওয়াজির নিহত হন। খুব কাছ থেকে তাকে কয়েকবার গুলি করা হয়েছিল। এসময় তার স্ত্রী ও পুত্র নিদাল উপস্থিত ছিলেন। একটি ইসরায়েলি কমান্ডো দল তাকে হত্যা করে। তারা মোসাদের সহায়তায় ইসরায়েল থেকে নৌকাযোগে এবং লেবানিজ জেলেদের আইডি ব্যবহার করে এখানে পৌছে বলে জানা যায়। পিএলও এলাকায় ঢোকার জন্য এই জেলেদের অপহরণ করা হয়েছিল। ইসরায়েল তার বিরুদ্ধে ইন্তিফাদার সময় সহিংসতা ছড়ানোর অভিযোগ আনে। ২১ এপ্রিল দামেস্কের ইয়ারমুক উদ্বাস্তু শিবিরে তাকে দাফন করা হয়। তার জানাজায় ইয়াসির আরাফাত উপস্থিত ছিলেন।

১৯৯৭ সালে "মারিভ" পত্রিকায় তার হত্যাকান্ডের উপর রিপোর্ট প্রকাশিত হয়। এতে বলা হয় যে এহুদ বারাক একটি মিসাইল বোট থেকে খলিলের হত্যাকান্ড তদারককারী কমান্ড সেন্টারের নেতৃত্ব দিয়েছিলেন। তবে ২০১২ সালের ১ নভেম্বর পর্যন্ত ইসরায়েল এই বিষয়ে সরকারিভাবে দায় স্বীকার করেনি। সরকারের মুখপত্র মোশে ফোগেল এবং বারাক উভয়ে এ ব্যাপারে মন্তব্য করতে অস্বীকার করেন। এই রিপোর্ট অনুসারে তৎকালীন ডেপুটি সামরিক প্রধান এহুদ বারাক মোসাদসহ অন্যান্য সামরিক প্রতিষ্ঠানের প্রণীত পরিকল্পনার সমন্বয় করেছিলেন। হত্যার পূর্বে মোসাদের গুপ্তচররা কয়েকমাস যাবত খলিলের বাড়িতে নজরদারি করে। ২১ এপ্রিল ওয়াশিংটন পোস্টে জানায় যে ১৩ এপ্রিল ইসরায়েলের মন্ত্রিসভা তার হত্যাকাণ্ডে অনুমোদন দেয় এবং মোসাদ ও ইসরায়েলের প্রতিরক্ষা বাহিনীর মধ্যে পরিকল্পনার সমন্বয় করা হয়।

২০১৩ সালে ইসরায়েল বেসরকারিভাবে হত্যাকাণ্ডে নিজেদের সম্পৃক্ততা নিশ্চিত করে। ইসরায়েলি সাংবাদিক রোনেন বার্গমেনকে দেয়া হামলায় নেতৃত্ব দেয়া নাহুম লেভের সাক্ষাতকারে একথা জানানো হয়। এই সাক্ষাতকারে লেভ অপারেশনের বিস্তারিত বিবরণ বার্গমেনকে জানিয়েছিলেন।

যুক্তরাষ্ট্র এই হত্যাকান্ডকে "রাজনৈতিক হত্যাকান্ড" বলে নিন্দা জানায়। জাতিসংঘের নিরাপত্তা পরিষদ ৬১১ নম্বর প্রস্তাবে ইসরায়েলের নাম উল্লেখ না করে এই ঘটনাকে তিউনিসিয়ার সার্বভৌমত্ব ও আঞ্চলিক অখণ্ডতার উপর আগ্রাসন বলে নিন্দা জানায়।

প্রারম্ভিক জীবন
ফিলিস্তিনি অঞ্চলে আন্দোলন প্রতিষ্ঠা
হত্যাকান্ড
ব্যক্তিগত জীবন