১৭৯৮ খ্রিষ্টাব্দে নেপোলিয়ন তার মিশর অভিযানের সময় ২ জুলাই আলেক্সান্দ্রিয়া এসে পৌছান এবং ২২ জুলাই কায়রোর উদ্দেশ্যে রওয়ানা দেন। মিশরীয় জনগণ ও উসমানীয় সাম্রাজ্য উভয়কে শান্ত করার জন্য নেপোলিয়ন আলেক্সান্দ্রিয়ায় ভাষণে ইসলাম ও সুলতানের প্রতি তার সম্মানের কথা প্রকাশ করেছিলেন:

২৫ জুলাই নেপোলিয়ন আল-আজহারের নয়জন শাইখের সমন্বয়ে একটি দিওয়ান গঠন করেন। তাদেরকে কায়রোর প্রশাসনের দায়িত্ব দেয়া হয়। উসমানীয় শাসন শুরু হওয়ার পর এই প্রথম মিশরীয়রা সরকারি ক্ষমতা পায়। শহরের উলামাদের নিয়ে পরিষদ গঠনের এই নিয়ম প্রথমে আলেক্সান্দ্রিয়ায় শুরু হয়ে পরে ফরাসি-অধিকৃত মিশরে ছড়িয়ে পড়ে। এছাড়া তিনি তার প্রতি আনুগত্য প্রকাশের জন্য আল-আজহারের উলামদের কাছ থেকে ফতোয়া আদায় করতে চেয়েছিলেন, তবে তিনি সফল হননি।

মিশরীয় ও উসমানীয়দের উপর বিজয়ী হওয়ার নেপোলিয়নের চেষ্টা বিফল হয়। ১৭৯৮ খ্রিষ্টাব্দের ৯ সেপ্টেম্বর উসমানীয় সাম্রাজ্য যুদ্ধ ঘোষণা করে এবং ২১ অক্টোবর আল-আজহার থেকে ফরাসিদের বিরুদ্ধে বিদ্রোহ শুরু হয়। পরেরদিন সকালে পরিস্থিতি শান্ত করার জন্য দিওয়ান নেপোলিয়নের সাথে সাক্ষাত করে। নেপোলিয়ন প্রথমে রাগান্বিত হলেও শান্তিপূর্ণভাবে সমাধানে রাজি হন এবং শাইখদেরকে বিদ্রোহীদের সাথে আলোচনা করতে বলেন। আলোচনার কথা উঠে আসার ফলে বিদ্রোহীরা ফরাসিদেরকে দুর্বল হয়ে পড়েছে ভেবে তা প্রত্যাখ্যান করে। এরপর নেপোলিয়ন কায়রো দুর্গ থেকে আল-আজহার পর্যন্ত শহরে আগুন লাগিয়ে দেয়ার নির্দেশ দেন। এই বিদ্রোহের সময় দুই থেকে তিনশত ফরাসি সৈনিক মারা যায়। এছাড়াও ৩,০০০ মিশরীয় হতাহত হয়। সংক্ষিপ্ত বিচারের পর আল-আজহারের ছয়জন আলেমকে হত্যা করা হয় এবং পাশাপাশি আরো কয়েকজন দোষী সাব্যস্ত হন। ফরাসিদের হাতে ধরা পড়া মিশরীয়দের বন্দী করা হয় এবং অস্ত্রসহ ধরা পড়লে শিরশ্ছেদ করা হয়। ফরাসি সৈনিকরা উদ্দেশ্যমুলকভাবে মসজিদের সম্মানহানি করেছিল। তারা জুতা পায়ে ও বন্দুক নিয়ে মসজিদে প্রবেশ করে। মসজিদের মিহরাবের সাথে ঘোড়া বেধে রাখা হয়। ছাত্রদের আবাসস্থল ও গ্রন্থাগার তছনছ করা হয় এবং কুরআন মাটিতে ফেলে দেয়া হয়। এরপর বিদ্রোহী নেতারা আলোচনায় বসতে চাইলে তা ফিরিয়ে দেয়া হয়েছিল।

নেপোলিয়ন মিশরে সম্মানিত ছিলেন। কায়রোর জনতার মধ্যে তাকে "সুলতান আল-কবির" বা মহান সুলতান বলা হত। এ ঘটনার পর তিনি তার অবস্থান হারিয়ে ফেলেন। ১৮০০ খ্রিষ্টাব্দের মার্চ মাসে ফরাসি জেনারেল জ্য ব্যাপটিস্ট ক্লেবের আল-আজহারের ছাত্র সুলাইমান আল-হালাবির হাতে নিহত হন। হত্যাকান্ডের পর নেপোলিয়ান মসজিদ বন্ধের নির্দেশ দেন। ১৮০১ খ্রিষ্টাব্দের আগস্টে উসমানীয় ও ব্রিটিশ সাহায্য আসার আগ পর্যন্ত মসজিদের দরজা বন্ধ ছিল।

নেপোলিয়নের আক্রমণের পর আল-আজহারের ঐতিহ্যবাহী শিক্ষাপ্রক্রিয়ায় পরিবর্তন আসে। মিশরে ছাপাখানা চালু হওয়ার ফলে পূর্বের মৌখিক বক্তব্য ও স্মৃতিতে ধারণের মাধ্যমে শিক্ষার স্থলে লিখিত আকারে শিক্ষাদান শুরু হয়। তবে মসজিদের নিজস্ব ছাপাখানা ১৯৩০ খ্রিষ্টাব্দে চালু হয়েছিল। ফরাসিরা চলে যাওয়ার পর মুহাম্মদ আলি পাশা আধুনিক বিজ্ঞানের বিষয়াদি পাঠ্যক্রমের অন্তর্ভুক্ত করতে উৎসাহিত করেন। ১৮৭২ খ্রিষ্টাব্দ নাগাদ জামালউদ্দিন আফগানির নির্দেশনায় ইউরোপীয় দর্শনকে পাঠ্যক্রমের অন্তর্ভুক্ত করা হয়।

স্থাপত্য
১৯৫২ এর বিপ্লব পরবর্তীকাল
বাব আল-মুজাইয়িনিন
ফরাসি আধিপত্য