সাসানীয় পারসিকদের থেকে মিশর পুনর্দখলের পর ৬৪২ খ্রিস্টাব্দে বাইজেন্টাইন শাসকরা আবার ক্ষমতা হারায়। আরব মুসলিম শাসকগণ এবারে মিশর জয় করেন। এইবারই বাইজেন্টাইন শাসকরা মিশরের ক্ষমতা চিরতরে হারায়। মিশরের ওপর কৃষি ও খাদ্য উৎপাদনের দিক দিয়ে সম্পূর্ণ নির্ভরশীল হওয়ায় বাইজেন্টাইন সাম্রাজ্য বিরাট ক্ষতির সম্মুখিন হয়ে পড়ে।

সর্বপ্রথম ইসলামের দ্বিতীয় খলিফা হযরত ওমর রা. এর আদেশে হযরত আমর ইবনুল আস রা. এর নেতৃত্বে চার হাজার সৈন্যের একটি বাহিনী নিয়ে মুসলিমগণ মিশরে আসেন। মূলত নবী মুহাম্মদ সা. এর ভবিষ্যদ্বাণীই মুসলিমদের মিশর জয়ের স্বপ্ন দেখিয়েছিল। নবী মুহাম্মদ সা. বলেছিলেন, ‌"তোমরা অচিরেই মিশর জয় করবে। মিশর হল এমন ভূমি যাকে স্বর্ণমুদ্রার দেশ বলা হয়। তোমরা জয়লাভ করো তাহলে অবশ্যই সে দেশের স্থানীয়দের প্রতি সদাচারণ করবে। কারণ অবশ্যই তাদের নিজ দেশের প্রতি অধিকার এবং তোমাদের সাথেও আত্মীয়তার সম্পর্ক আছে(যেহেতু মিশরীয়রা ইসমাঈল আ. এর বংশজাত)।" যাই সেই অনুপ্রেরণায় উদ্বুদ্ধ হয়ে ৬৩৯ সনের শেষের দিকে আমর ইবনুল আস ‘সিনাই উপত্যকা’ পাড়ি দেন তার ৪,০০০ সৈন্যের সাথে। তিনি তার প্রথম সাফল্য-উৎসব উৎযাপন করলেন ১২ ডিসেম্বর ৬৪০ সনে ‘আরিশ’ এর ‘পিলগ্রিমাগা’য় । কিন্তু খুব দ্রুত তিনি পাল্টা আক্রমণের মুখে পড়লেন। বিলবিসের নিকট থেকে বাজেন্টাইনরা ‘টাউন অফ পেলসিয়াম’ বা আল-ফারামায় আমর ইবনুল আসের উপরে আক্রমণ চালায়। আমর ইবনুল আস সিরিয়াবাসীদের নিকট থেকে সাহায্য পেলেন। তার সৈনবাহিনীতে ৬-ই জুন ৬৪০ এ সিরিয়া হতে ১২ হাজার সৈন্য যোগ দিল। তিনি ‘আলেকজান্দ্রিয়া’ ‘মেম্ফিস’ ‘হেলিপোলিস’ জয় করলেন । ৬৪১ সনে তার লক্ষ্য পূরণে পুরোপুরি সফল হলেন।

পুরো নতুন এই রাজ্যে শাসন প্রতিষ্ঠার জন্য নতুন রাজধানীর প্রয়োজন ছিল। আমর ইবনুল আস খলিফা হযরত ওমরের কাছে প্রস্তাব পাঠালেন। অবশেষে ‘ব্যাবিলন দুর্গ’ এর কাছে আমর ইবনুল আস একটি নতুন শহর তৈরি করেন এবং সেখানে মিশরের প্রথম মসজিদ ‘মসজিদে আমর ইবনুল আস’ প্রতিষ্ঠা করেন, যা আজো পুরনো কায়রোতে বিদ্যমান রয়েছে।

মুসলিম শাসকগণ মিশরে সুননি ইসলাম প্রতিষ্ঠা করেন। মুসলিমদের যুগে মিশরীয়রা তাদের পূর্বের পৌত্তলিক বিশ্বাস, খ্রিস্টবাদে বিশ্বাসের সাথে অনেকটা মিশ্রভাবে ইসলামি বিশ্বাসকে পালন করতে থাকে। তাদের মাঝে ইসলামি সূফিবাদ প্রবলভাবে জেঁকে বসে যা সাম্প্রতিককালে অনেক বেশি বিস্তার লাভ করেছে। 

মুসলিম শাসকগণ রোমান টলেমাইক বা অন্যদের মত ফারাও নাম ধারণ না করে নিজস্ব খেলাফতের রীতিই মিশরে প্রচলিত করেন এবং পরবর্তী ছয় শতাব্দী পর্যন্ত মিশর ইসলামি খেলাফতের নিয়ন্ত্রণেই থাকে। এরপর থেকে মিশরে খেলাফতে রাশেদা(৬৩২-৬৬১), উমাইয়া খেলাফত(৬৬১-৭৫০), আব্বাসী খেলাফত(৭৫০-৯৩৫), ফাতেমী খেলাফত (৯০৯-১১৭১), আউয়ুবী সালতানাত(১১৭১-১২৬০),  মামলুক সালতানাত(১২৫০-১৫১৭) এবং উসমানী শাসন(১৫১৭-১৮৬৭) অব্যাহত থাকে।  ফাতেমী যুগে কায়রোকে করা হয় খেলাফতের সিংহাসন। ১৩শ শতকের শেষের দিকে মিশর লোহিত সাগরের মাধ্যমে ভারত, মালয় এবং উত্তর ইন্ডিজ এর সাথে সংযুক্ত হয়। এর মাঝে আরবী ভাষার ব্যাপক প্রচলনের কারণে মিশর থেকে গ্রীক এবং কোপটিক ভাষা হারিয়ে যেতে থাকে যদিও কোপটিক ভাষা কথ্যরূপে ১৭শ শতক পর্যন্ত স্থায়ী হয় এবং বর্তমানে মন্ত্রপাঠের জন্যও ব্যবহৃত হতে দেখা যায়। মামলুকদের পরে আসে তুর্কী অটোমান বা উসমানীয়া সাম্রাজ্য। এই সময়ে ১৪শ শতাব্দীর মধ্যভাগে মিশরের প্রায় ৪০ শতাংশ লোক কালো মড়ক লেগে মারা যায়।

অটোমান আগ্রাসনের ফলে মিশরীয় ব্যবস্থার পতন ঘটে। মিশরের সিভিল সোসাইটি এবং অর্থনৈতিক প্রতিষ্ঠানসমূহ ক্ষতির মুখে পড়ে। একদিকে অর্থব্যবস্থার ধস তার ওপর মড়ক লাগার পরবর্তী ক্ষয়ক্ষতি একত্রে মিশে মিশরকে বহিরাক্রমণের শিকার হওয়ার বিপদজনক অবস্থায় নিয়ে আসে। পর্তুগীজ ব্যবসায়ীরা তাদের ব্যবসা সরিয়ে নেয় মিশর থেকে। ১৬৮৭ থেকে ১৭৩১ সালের মধ্যে মিশরে ছয় ছয়টি দুর্ভিক্ষ নামে। ১৭৮৪-র দুর্ভিক্ষ মিশরের জনসংখ্যার প্রায় এক ষষ্ঠমাংশের প্রাণ কেড়ে নেয়।

১৭৯৮তে নেপোলিয়নের আক্রমণের মাধ্যমে মিশরে অল্প কিছুকাল ফ্রান্সের শাসন চলে। ১৮০১ সনেই ফ্রেঞ্চদের আবার মিশর ছাড়তে হয় উসমানী, মামলুক এবং ব্রিটিশ সাম্রাজ্যের আক্রমণে। এই যুদ্ধে  উসমানী, মামলুক এবং আলবেনীয়রা একক শক্তিতে পরিণত হয়। এই যুদ্ধের পরে, আলবেনিয়ান রেজিমেন্টের অধিনায়ক মুহাম্মদ আলি পাশা (কাওয়ালি মেহেদী আলী পাশা) একজন প্রভাবশালী ব্যক্তিত্ব হিসেবে আবির্ভূত হন এবং ১৮০৫সালে ইস্তানবুলের মিশরে সুলতান কর্তৃক স্বীয় ভাইসরয় হিসাবে নিযুক্ত হন। এরপরে উসমানী সাম্রাজ্যের পতন ঘটে এবং সুযোগ্য নেতা মুহাম্মদ আলি পাশা  প্রতিষ্ঠা করেন তাঁর রাজবংশ যা ১৯৫২ সাল পর্যন্ত দাপটের সাথে মিশর শাসন করে। পরবর্তীতে অবশ্য ব্রিটিশদের চক্রান্তে এই রাজবংশটি ব্রিটিশদের হাতের পুতুল হয়ে গিয়েছিল।

বীর মোহাম্মদ আলি পাশার প্রধান লক্ষ্য ছিল মিলিটারি গঠন। তিনি উত্তরাঞ্চলীয় সুদান (১৮২০-১৮২৪), সিরিয়া (১৮৩৩), আর আরব ও আনাাতোলিয়ার অংশগুলো সংযুক্ত করেছিলেন। কিন্তু ইউরোপীয় পরাশক্তিগুলোর কারণে তাঁকে অধিকাংশ বিজীত অঞ্চলই ছেড়ে দিতে। কেবল সুদান এবং মিশর তিনি ধরে রাখেন। মিলিটারি ব্যবস্থা জোরদার করার লক্ষ্যে মিশরকে তিনি আধুনিক একটি রাষ্ট্রে পরিণত করেন। পাশাপাশি শিল্প-সাহিত্যের প্রতিও তাঁর অনুরাগ ছিল লক্ষ্যণীয়। মিলিটারি প্রশিক্ষণ ও শিল্প-সাহিত্যে অগ্রগতির জন্য তিনি প্রাচ্যে ছাত্র পাঠাতেন এবং স্বদেশেও প্রশিক্ষণ কার্যক্রম পরিচালনা করেন। তিনি অনেক শিল্পকারখানা, চাষাবাদ ও ট্রান্সপোর্টের জন্য ক্যানেল সিস্টেম তৈরি করেন এবং দেশকে আবার ঢেলে সাজান।

মুসলিমদের শাসন (৬৪১-১৮৮২)
সাসানীয় শাসন
সেনাপ্রধান আল সিসির প্রধানমন্ত্রীত্ব
মিশরের গণপ্রজাতন্ত্র (১৯৫৩ থেকে)