যদিও দেশটি একবার সাংবিধানিক ভাবে ধর্ম নিরপেক্ষতা স্থগিত রাখে, ২০১০ সালে ধর্ম নিরপেক্ষতা ফিরে আসে এবং আদিকাল থেকে বাংলায় ধর্ম নিরপেক্ষতার চর্চা করা হয়। প্রাচীন এবং মধ্যযুগীয় শাসকরা, বিশেষকরে পাল সম্রাজ্জ এবং বাংলার নবাবেরা আদালতের সিদ্ধান্ত গ্রহণের ক্ষেত্রে ধর্ম নিরপেক্ষতার চর্চা করতেন। শাসককে সাহায্য করার জন্য উভয় মুসলমান এবং হিন্দু থেকে বিশিষ্ট নেতারা থাকতেন। ১৮ শতকে যখন ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি আসে, তখন তারা হিন্দু, মুসলিম এবং খ্রিষ্টান দের জন্য পৃথক নিয়ম নীতি ঠিক করে দেয়। এটা করতে গিয়ে তারা সামাজিক নিয়ম নীতির ভিত্তি স্থাপন করে যার বেশিরভাগ এখনও অপরিবর্তিত রয়েছে। 

যাইহোক, ব্রিটিশরা বিভাগ এবং শাসনের মাধ্যমে বাঙ্গালীদের ভিতর পৃথকীকরণকে চিরস্থায়ী করেছে। বাঙ্গালী হিন্দুদেরকে দেখা হত সমৃদ্ধিশালী, শিক্ষিত এবং বেসামরিক চাকুরিতে তাদের গ্রহণ করা হত। অপরপক্ষে বাঙ্গালী মুসলিমরা বিশেষ করে যারা পূর্ব বাংলায় বসবাস করতো তাদেরকে অনেক বৈষম্য করা হত। বেশিরভাগ পূর্ব বাঙ্গালী মুসলিমরা ছিল কৃষক এবং ব্রিটিশদের সমর্থনে হিন্দু জমিদার কর্তৃক নিপীড়িত হত। এইসব কারণ পূর্ব বাংলায় বেশ কিছু ধর্মীয় আন্দোলনকে চালিত করে যেমন ফরাইজি আন্দলন যার উদ্দেশ্য ছিল হিন্দু এবং জমিদার শাসক শ্রেণিকে প্রতিরোধ করা।
১৯০৫ সালে ঢাকার নবাব স্যার খাজা সালিমুল্লাহ পূর্ব বাংলার অধিকাংশ নিপীড়িত মানুষ এবং যার মধ্যে অধিকাংশই মুসলমান ছিল তাদের জন্য সাম্প্রদায়িকতার ভিত্তিতে ভিন্ন প্রদেশের বাংলা ভাগের প্রস্তাবনা করেন। ব্রিটিশরা এই বিভক্তিকে মেনে নেয় পূর্ব বাংলা এবং আসাম নামে নতুন প্রদেশ গঠন করে। যাইহোক ১৯১১ সালের বাংলার একীকরণের জন্য পশ্চিম বাংলার স্বদেশী আন্দোলনের বিরোধিতার কারণে বাতিল হয়ে যায়।
১৯৪৭ সালে বাংলা আবারও সাম্প্রদায়িকতার ভিত্তিতে বিভক্ত হয়, পশ্চিম বাংলা (বর্তমানে বাংলাদেশ) পাকিস্তানের সাথে যুক্ত হয় এবং পূর্ব বাংলা ভারতের অংশ থাকে যদিও হিন্দু অধ্যুষিত খুলনা জেলা পাকিস্তানকে দেয়া হয় এবং মুসলিম অধ্যুষিত মালদা ও মুর্শিদাবাদ এলাকা দেয়া হয় পূর্ব বাংলাকে। হিন্দুদের জাতিগত নির্মূল বিশেষ করে ১৯৫০ সালে বরিশালের দাঙ্গা এবং ১৯৬৪ সালে পূর্ব বাংলার দাঙ্গার পটভূমি হিন্দুদের বাধ্য করে ভারতে যেতে। পাকিস্তান গঠনের পর বাঙ্গালীরা চরম বৈষম্য এবং অর্থনৈতিক ভোগান্তির সম্মুখীন হয়। প্রতি মুহূর্তে বৃদ্ধি পাওয়া সংস্কৃতি এবং ভাষাতাত্ত্বিক জাতীয়তাবাদ যা সবসময় ধর্ম নিরপেক্ষ ছিল এর মাধ্যমে বাঙ্গালী জাতীয়তাবাদের আন্দোলন নতুন মাত্রা লাভ করে। বাংলাদেশের স্বাধীনতার যুদ্ধে সব ধর্মের বাঙ্গালীরা অংশগ্রহণ করে।

বিজয় অর্জনের পর ১৯৭২ সালে বাংলাদেশর সংবিধান লিপিবদ্ধ করা হয় নতুন রাষ্ট্রের চারটি বৈশিষ্টের ভিত্তিতে। সেগুলো ছিল জাতীয়তাবাদ, গনতন্ত্র, ধর্ম নিরপেক্ষতা এবং সমাজতন্ত্রবাদ। ১৯৭৫ সালে দেশের প্রতিষ্ঠাতা জনক শেখ মুজিবুর রহমান সৈন্য বাহিনীর উচ্চ শ্রেণির দেশ প্রেমিক কর্মকর্তা দ্বারা নিহত হন এবং সামরিক শাসন জারি করা হয়। এরূপ পরিস্থিতিতে বিরোধী শক্তি মোস্তাক আহমেদকে সরিয়ে ফেলে এবং স্বাধীনতার যুদ্ধের নায়ক লেফটেন্যান্ট জেনারেল জিয়াউর রহমান (শহিদ জিয়া নামে পরিচিত) রাষ্ট্রপতি হিসেবে দায়িত্ব গ্রহণ করেন।

রাষ্ট্রপতির কাজ শুরু করার পর জিয়া স্বাধীনতা যুদ্ধের সময়কার শত্রুদের সাথে মৈত্রীতার বন্ধন গড়ে তুলেন যাদের মধ্যে অন্তর্ভুক্ত ছিল শাহ্‌ আজিজুর রহমান, সবুর খান এবং কাজী আব্দুল কাদের। নিহত শেখ মুজিবুর রহমানের আওয়ামীলীগের বিরুদ্ধে ভালো করার জন্য স্বাধীনতার বিপক্ষের শক্তির সাথে মৈত্রীতার সম্পর্ক ছিল একটি প্রয়োজনীয় রাজনৈতিক কৌশল। যদিও ১৯৭৫ সালের অস্থির অবস্থার পর স্থায়িত্ব আনার জন্য জিয়া পরিচিত ছিল, তিনি রাজনীতিতে ধর্মকে একটি গুরুত্বপূর্ণ উপাদান হিসেবে ব্যবহার করতে শুরু করেন। তিনি বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী দল গঠন করেন যা পুনঃস্থাপন করে ধর্ম নিরপেক্ষ বাঙ্গালী জাতিওতাবাদকে নামমাত্র ইসলামীক "বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদ" দ্বারা। ১৯৭৭ সালে বাংলাদেশের সংসদ চারটি মূল ভিত্তি পরিবর্তনের মাধ্যমে সংবিধান সংশোধন করে। সংশোধনীটি ধর্ম নিরপেক্ষ বিষয় টিকে" সকল কাজের ভিত্তি হইবে পূর্ণ আস্থা ও বিশ্বাস সর্বশক্তিমান আল্লাহর উপর " দ্বারা পুনস্থাপন করে এবং ধর্ম স্বাধীনতার তথ্যটি মুছে ফেলে।

সর্বশেষ ১৯৮৮ সালে দেশের দ্বিতীয় সামরিক শাসক হুসেইন মুহাম্মাদ এরশাদ বাংলাদেশে ইসলামকে রাষ্ট্রীয় ধর্ম হিসেবে ঘোষণা করেন। এটি ছিল দেশের সাংবিধানিক ধর্ম নিরপেক্ষতার বিরুদ্ধে সর্বশেষ কাজ। বি এন পি এবং সেনাবাহিনীর সমর্থকেরা সংখ্যালঘু কার্যক্রমের বিরুদ্ধে বিশেষকরে দেশের হিন্দু এবং নৃতাত্ত্বিক গোষ্ঠীর বিরুদ্ধে নিজেদেরকে যুক্ত করে, উল্লেখযোগ্য হিসেবে ১৯৮৮, ১৯৯০, ১৯৯২ এবং ২০১৩ সালের হিন্দু বিরোধী আন্দোলন যা সারা দেশের মধ্যে ক্ষতি এবং ধ্বংস যজ্ঞের কারণ।

যাইহোক ১৯৯১ সালে গনতন্ত্রে ফিরে আসার পর "স্বাধীনতা পূর্ব শক্তি ", বিশাল ধর্মনিরপেক্ষ সমাজ এবং মুক্তিযোদ্ধারা এছারাও তরুণ প্রজন্ম সংবিধানে ধর্মনিরপেক্ষতা পুনঃপ্রতিষ্ঠার জন্য চাপ প্রয়োগ করছে। ২০০৯ সালে আওয়ামীলীগ সরকার ঘোষণা করে যে তারা সংবিধান সংশোধন করবে এবং চারটি মূল ভিত্তি প্রতিস্তা করবে।

সর্বোচ্চ আদালত দ্বারা পুন:প্রতিষ্ঠা
সংবিধানে ধর্ম নিরপেক্ষতা
উচ্চ আদালতের আবেদন
ইতিহাস