১৯০৬ সালে ফরাসী প্রশাসন জেনি মসজিদকে এর প্রথম অবস্থানে পুন:নির্মাণের সিদ্ধান্ত নেয় এবং সেকু আমাদুর মসজিদের যায়গায় ধর্মীয় বিদ্যালয় স্থাপন করে। ১৯০৭ সালে মসজিদের পুন:নির্মাণ সম্পন্ন হয়। জেনির রাজমিস্ত্রি সংঘের প্রধান "ইসমাইলা ত্রাউরি"কে নির্দেশ দেয়া হয় দ্রুত কাজ শেষ করার জন্য। সেই সময়ের তোলা একটি ছবি থেকে বোঝা যায় যে অন্তত কিছু বহি:দেয়ালকে এর আদি অবস্থানে বসানোর চেস্টা করা হয়েছে যদিও ভেতরের পিলারগুলির অবস্থান আগের মতো ছিলো কিনা বোঝা যায়নি।

নতুন স্থাপনার ক্বিবলার দেয়ালে তিনটি বড় মিনারকে প্রতিসম অবস্থানে বসানো হয়। মসজিদের নতুন চেহারা কিছুটা ফরাসী ধাচের হয়েছে বলে বিতর্কও তৈরী হয়। . ফেলিক্স দুবো (Félix Dubois') ১৯১০ সালে পুনরায় জেনি গমন করেন এবং নতুন চেহারার মসজিদ দেখে স্তম্ভিত হন। তিনি বিশ্বাস করতেন যে এই অনাকাংখিত পরিবর্তনের দায়টা ফরাসী কতৃপক্ষের উপরই বর্তায়। নতুন ভবনের দেয়ালে যে সূচালো "কোন" (cone) সংযোজন করা হয়েছে তা বারোক মন্দিরে স্রস্টার উদ্দেশ্যে নিবেদনের চিহ্ন প্রকাশ করে। তবে ভিন্নমত পোষন করেন জেন লুইস বার্গিও (Jean-Louis Bourgeois)। তার মতে কিছু অভ্যন্তরীন খিলান ছাড়া বাকী স্থাপনায় দৃশ্যত কোন ফরাসী প্রভাব নেই। এমনকি এ খিলানগুলোও প্রকৃতপক্ষে আফ্রিকান স্থাপত্য দ্বারা প্রভাবিত।

ফরাসী নৃ-তত্ববিদ মাইকেল লেইরি (Michel Leiris), ১৯৩১ সালে মালি ভ্রমন করে বলেন নতুন যে মসজিদ হয়েছে তা দেখেই বোঝা যায় যে এটা ইউরোপিয়ানদের কাজ। তিনি আরো বলেন স্থানীয় জনগন এত বিরক্ত যে এর পরিচ্ছন্নতা কাজে তাদের আগ্রহ নস্ট হয়ে গেছে। প্রয়োজনে শাস্তির ভয় দেখিয়ে কাজ করাতে হচ্ছে।

মসজিদের পূর্ব দেয়ালের সামনের খোলা চত্বরে দুটো সমাধি আছে। দক্ষিণের বড় সমাধি ১৮ শতাব্দীর বিখ্যাত ইমাম আমানি ইসমাইলিয়ার। ফরাসী উপনিবেশিক শাসনামলে মসজিদের পূর্ব পাশে একটি পুকুর ছিলো যেটিকে পরে ভরাট করে মাঠ সম্প্রসারন করা হয়। এখানে এখন সাপ্তাহিক বাজার অনুষ্ঠিত হয়।

১৯৯৬ সালে ভোগ ম্যাগাজিন মসজিদের অভ্যন্তরে ফ্যাশন শো এর শ্যুটিং করে। তবে ম্যাগাজিনে প্রকাশিত মডেলদের সংক্ষিপ্ত পোষাকের ছবিতে স্থানীয় জনসাধারনের মধ্যে তীব্র প্রতিক্রিয়া হয়। এ ঘটনার সূত্র ধরে মসজিদে অমুসলিমদের প্রবেশাধিকার সংকুচিত হয়ে পড়ে।
. ২০০৫ সালে "সাহারা" সিনেমায় এই মসজিদ প্রদর্শিত হয়।

বর্তমান মসজিদ
সেকু আমাদুর মসজিদ
সাংস্কৃতিক প্রভাব
ডিজাইন