খ্রিস্টীয় ষোড়শ ও সপ্তদশ শতাব্দীর মধ্যে মন্দিরটির পুনঃসংস্কার করেন মাদুরাইয়ের হিন্দু নায়ক রাজবংশের শাসক বিশ্বনাথ নায়ক৷ সুসান লেওয়ান্ডৌস্কির মতে, নায়ক রাজবংশের শাসকরা "শিল্প শাস্ত্র" নামক হিন্দুদের স্থাপত্য কৌশল অনুসরণ করে মীনাক্ষী মন্দির এবং মন্দিরনগরী মাদুরাইয়ের নকশা পরিকল্পনামাফিক প্রস্তুত করেছিলেন৷ লেওয়ান্ডৌস্কির মতে, শহরটিতে একাধিক সমকেন্দ্রিক বর্গাকার ও বলয়াকার সড়ক নির্মাণ করার পরিকল্পনা করা হয়েছিলো৷ আবার এই সমকেন্দ্রিক রাস্তাগুলির যোজক রাস্তাগুলি মীনাক্ষী সুন্দরেশ্বর মন্দিরের বহির্চত্বর থেকে বাইরে পরিধির দিকে বিস্তৃত ছিলো৷ এই অপসারী রাস্তাগুলির নাম রাখা হতো পরম্পরাগত তামিল হিন্দু মাস তথা "অধি", "চিত্রৈ", "অবনীমূল", "মাসি" ইত্যাদি নামে৷ প্রতি মাসে হিন্দু ধর্মাবলম্বীরা ঐ মাসের নামাঙ্কিত রাস্তা দিয়ে বিভিন্ন অনুষ্ঠানের সময় পূজার একাধিক তামার সামগ্রী নিয়ে মন্দিরে প্রবেশ করতেন৷ উদীয়মান সূর্যদেবের উদ্দেশ্যে প্রথমার্ঘ দানের হেতু মন্দির তথা মন্দির নগরীটি ছিলো সাধারণ নিয়ম অনুযায়ী পূর্বমুখী৷ মন্দিরকে কেন্দ্র করে ধ্বংসপ্রাপ্ত পুরাতন সমৃদ্ধশালী মন্দির নগরটি আবার গড়ে ওঠে ও মন্দিরের চারিদিকে বর্ণভিত্তিক মানববসতি শুরু হয়৷ লেওয়ান্ডৌস্কির মতে, রাজকীয়তার সহিত ক্ষত্রিয়বর্ণ এবং বৈশ্যবর্ণের ব্যবসায়ীরা মন্দিরের দক্ষিণ-পূর্ব দিকে বসতি গড়ে তুলতে থাকে৷ ব্রাহ্মণরা বিশেষ সুবিধাসহ মন্দিরের সবচেয়ে নিকটবর্তী বৃত্তে এক চতুর্থাংশ স্থান নিয়ে বসতি গড়ে৷ অন্য বর্ণ ও মিশ্র বর্ণের লোকজন মন্দিরের পার্শ্ববর্তী বাকী অঞ্চলগুলিতে এবং শহরের প্রত্যন্ত অঞ্চলে বসবাস করা শুরু করে৷ মন্দিরের সাথে সামাজিক জীবনের সূত্র ঘটাতে এবং নিজের উদ্যোগের মন্দিরের দিব্যত্ব বজায় রাখার জন্য রাজা মন্দির থেকে একটি পদযাত্রার আয়োজন করেন৷ বেইলির মতে, রাজার আয়োজিত পদযাত্রাটি বিপরীত ক্রমের মাতৃকুলভিত্তিক বংশ পরম্পরার সামাজিক গুরুত্বকে প্রতিফলিত করে এবং ভাই-বোন ও জ্ঞাতির মধ্যে বৈবাহিক সম্পর্কের গুরুত্ব বেশ জনপ্রিয় হয়ে ওঠে৷ তামিলনাড়ু অঞ্চলে যোদ্ধা নারী মাতৃৃমূর্ত্তির পূজার প্রচলন বহুপ্রাচীন এবং এই প্রথা নাটকীয়ভাবে খ্রিস্টীয় চতুর্দ্দশ শতাব্দীর পুণরুদ্ধারের যুদ্ধে জয়লাভের পর আরো বৃৃদ্ধি পায় বলে বেইলি মনে করেন৷

রাজা বিশ্বনাথ নায়কের তৎপরতায় মন্দির ও সংলগ্ন অঞ্চল নির্মানের কাজ ১৫৬০ খ্রিষ্টাব্দে শেষ হয় এবং মন্দিরের বর্তমান বিস্তৃৃত অংশের নির্মান ১৬২৩ থেকে ১৬৫৫ খ্রিষ্টাব্দে তিরুমালা নায়কের শাসনকালে পুরোপুরি সম্পন্ন হয়৷ তিরুমালা নায়ক ছিলেন একজন জাতিগত তেলুগু হিন্দু রাজা৷ তিনি মন্দিরচত্বরের একটি বিশাল সংখ্যক স্থাপত্য খাঁড়া করতে বিশেষ আগ্রহী ছিলেন৷ তার সর্বাধিক উল্লেখযোগ্য অবদানটি হলো বসন্তোৎসব পালনের জন্য তৈরী করা "বসন্ত মণ্ডপম" এবং পাখির খাঁচার আকারের "কিলিক্কূণ্ডু মণ্ডপম"৷ মন্দিরের জলাধারের দর-দালান এবং "মীনাক্ষী নায়কর মণ্ডপম"টি রাণী মঙ্গম্মাল তৈরী করান৷ মন্দিরের ভেতরের প্রাথমিক ছোটোখাটো কিছু পরিবর্তন করার দায়িত্ব ছিলো নায়ক রাজবংশের মূখ্যসচিব আর্যনাথ মুদলিয়ারের তত্বাবধানে৷

ঔপনিবেশিক যুগে মীনাক্ষী মন্দিরের চারপাশে ক্রম বর্ধমান জনসংখ্যা কারণে তা পর্তুগাল সহ ইউরোপের অন্যান্য একাধিক মিশনারী সংগঠনগুলির প্রতিযোগীতা ও কার্যকলাপের মূলকেন্দ্র হয়ে উঠতে থাকে৷ ব্রিটিশ শাসকগোষ্ঠী প্রথমদিকে মন্দিরগুলিকে বৃৃৃত্তিদান করা শুরু করে, ফলস্বরূপ ব্রিটিশ সেনাবাহিনীর একটা বড় অংশ মন্দিরের অনুষ্ঠানে অংশগ্রহণের অনুমতি পেলে তারা সাধারণের সাথে মিশতে শুরু করে ও সামাজিক রাজনৈতিক মান্যতা পায়৷ উদাহরণস্বরূপ বলা যায় লর্ড ক্লাইভ ইষ্ট ইন্ডিয়া কোম্পানির দ্বারা শ্রীরঙ্গপত্তনম থেকে লুঠ করে আনা সোনা ও গয়না এই মন্দিরে দান করেন৷ কিন্তু ১৮২০ খ্রিস্টাব্দে তারা মন্দিরের সমর্থক বা রক্ষাকর্তা হিসাবে কার্যনির্বাহের ভূমিকা এবং মন্দিরের অনুষ্ঠানে অংশগ্রহণ করা থেকে অব্যহতি দেয়৷ মিশনারীর কর্মকর্তারা মন্দিরের শিল্পকলার বিষয়ে ব্যাঙ্গ বিদ্রূপ করা শুরু করে তারা নিজেদের "রোমান ব্রাহ্মণ" ও "উত্তরা সন্যাসী" বলে উল্লেখ করে মন্দিরের অনুষ্ঠানের সমালোচনা করা শুরু করে৷ মিশনারীর এই পরিকল্পনা সম্পূর্ণ বিফলে যায় এবং খ্রীস্ট ধর্মে দীক্ষিত হওয়া সম্প্রদায়ও মন্দিরের মাহাত্যকে রক্ষা করা শুরু করে৷ মিশনারীরা বুঝতে পারে তামিলরা খ্রীস্টধর্মের অনুসারী হয়ে থাকলেও পুরোপুরিভাবে ধর্ম পরিবর্তন তারা করছেন না৷ তারা বোঝে যে তারা খ্রিস্টান নারীদের বিবাহ করছেন শুধুমাত্র রোগের চিকিৎসায় সাহায্য পেতে ও নিজেদের দারিদ্র দূর করতে৷

দক্ষিণে নায়ক সাম্রাজ্যের পতনের পরে মাদ্রাজ প্রেসিডেন্সি শুরু হয়৷ এই সময়ে ঔপনিবেশিক ব্রিটিশরা মন্দিরের ওপর তাদের বৃৃত্তিদান সরিয়ে নিলে মন্দিরের দুর্দশা নেমে আসে৷ ১৯৫৯ খ্রিষ্টাব্দে তামিল হিন্দু সম্প্রদায়ের লোকেরা দানছত্র খুলে অর্থসাহায্য একত্রিত করে৷ তারা হিন্দু ধর্মপ্রচারক, ঐতিহাসিক ও পণ্ডিত ব্যক্তিদের একত্রিত করে ও প্রযুক্তিবিদদের সহায়তায় মন্দিরের পুনঃসংস্কার শুরু করেন৷ ১৯৯৫ খ্রিষ্টাব্দে সংস্কারকার্য সম্পূর্ণ হলে এ বছরই "কুম্ভাভিষেকম" নামে একটি বিশেষ অনুষ্ঠানের আয়োজন করা হয়৷ এসময়ে মন্দিরটিকে মীনাক্ষী এবং শহরটি মদুরা নামে পরিচিতি পায় এবং তার প্রমাণ খ্রিস্টীয় সপ্তদশ শতাব্দী থেকে বিংশ শতাব্দীর শুরুর দিকের বিভিন্ন তথ্যে পাওয়া যায়৷

মন্দিরটির পরম্পরাগত ইতিহাস রয়েছে যেখানে এটিকে ৬৪টি শিবলীলাক্ষেত্র বলে উল্লেখ করা রয়েছে৷ ৬৪ টির প্রতিটিই মন্দিরগাত্রে চারিদিকে দেওয়াল চিত্র হিসাবে অক্ষুণ্ণ রয়েছে৷ এটি মাদুরাই শহর ও মন্দিরের একাধিকবার ধ্বংসকরণের ইতিহাস বর্ণনা করে এবং প্রতিবারই ধ্বংসাবশেষ থেকে আবার নতুনভাবে সৃৃষ্টি হয়েছে এই মন্দির৷

পুনঃসংস্কার
বহিঃশত্রু আক্রমন ও ক্ষতিসাধন
অনুষ্ঠানসমূহ
তাৎপর্য