মরিনহো এরপর ২০০২ সালের জানুয়ারি মাসে যোগ দেন পোর্তো ক্লাবে। পোর্তো ক্লাবের তৎকালীন অবস্থা ছিল বেশ নাজুক। তারা লীগ শিরোপা তো দূরে থাকুক কোন ইউরোপীয় প্রতিযোগিতায় প্রতিদ্বন্দীতা করার সুযোগ না পাওয়ার দ্বারপ্রান্তে ছিল। তিনি তৎকালীন ম্যানেজার "অক্টাভিও মাছাদো"র স্থলাভিষিক্ত হন। মরিনহো দলকে সে বছর তৃতীয় অবস্থানে উন্নীত করেন। তিনি ১৫ টি খেলার মধ্যে ১১ জয়, ২ ড্র ও ২পরাজয়ের মাধ্যমে এ অবস্থানে দলকে নিয়ে গিয়েছিলেন। তার দল পরবর্তী উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লীগ খেলার যোগ্যতা অর্জন করে (যাতে ভবিষ্যতে তার দল চ্যাম্পিয়ান হবে)।

তিনি দ্রুত কিছু খেলোয়াড়কে চিহ্নিত করেন যারা আসলে দলের মেরুদন্ড এবং একটি শ্রেষ্ঠ পোর্তো দল গঠন করার অধিকারী। এদের মধ্যে রয়েছেন বাইয়া, রিকার্ডো কারভালহো, কস্তিনহা, দেকো, দিমিত্রি আলেনিচেভ ও পস্তিগা। তিনি ছয়মাস ধারে চার্লটন অ্যাথলেটিকে থাকা (মাচাদোর সাথে বাকবিতন্ডার কারণে) অধিনায়ক "জর্জ কস্তা" কে দলে ডেকে আনেন। এছাড়া তিনি নুনো ভ্যালান্তে, "দেরলেই" কে লেইরিয়া, পাওলো ফেরেইরা কে ভিক্টোরিয়া সেতুবাল, পেড্রো এমানুয়েলকে বোয়াভিস্তা এবং এডগারাস জ্যাঙ্কাউস্কাস ও মানিশ কে বেনফিকা থেকে কেনেন।

মৌসুমপূর্ব প্রস্তুতির সময় মরিনহো ক্লাবের ওয়েবসাইটে দলের প্রশিক্ষনের ওপর রিপোর্ট প্রকাশ করেন। এই রিপোর্টে তিনি প্রচলিত শব্দের বদলে প্রাতিষ্ঠানিক শব্দ ব্যবহার করেন, যেমন ২০কিমি জগিং এর বদলে তিনি "দীর্ঘায়িত অ্যারোবিক ব্যায়াম" ব্যবহার করেন। তার এ নবউদ্ভাবিত বৈজ্ঞানিক পদ্ধতি পর্তুগালে বেশ সাড়া ফেলে। মরিনহোর খেলার বিশেষ বৈশিষ্ট্য ছিল তিনি খেলায় বেশি চাপ প্রয়োগ করতেন। শক্তিশালী ডিফেন্ডার ও মিডফিল্ডারগণ যেমন, দেরলেই, মানিশ ও ডেকো আক্রমণ ভাগ থেকেই চাপ প্র্যোগ করে খেলতেন এবং বিপক্ষ দলকে বল ছেড়ে দেয়া বা লম্বা পাসে প্ররোচিত করতেন।

২০০৩ সালে মরিনহো প্রথম সুপার লিগা জেতেন ২৭-৫-২ (জয়-ড্র-হার) রেকর্ডে। তিনি বেনফিকার তুলনায় ১১ পয়েন্ট এগিয়ে ছিলেন, যে দলকে তিনি আগে প্রশিক্ষন দিতেন। তিনি ১০২ পয়েন্টের ভিতর ৮৬ পয়েন্ট জেতেন যা প্রতি জয়ে তিন পয়েন্ট নিয়ম চালু করার পর সর্বোচ্চ পয়েন্ট জেতার নতুন পর্তুগিজ রেকর্ড। পূর্ববরতী রেকর্ড ছিল ১৯৯৬/৯৭ মৌসুমে পোর্তোরই ৮৫ পয়েন্ট। মরিনহো এছাড়া পর্তুগিজ কাপ জেতেন লেইরিয়া ক্লাবের বিপক্ষে এবং উয়েফা কাপ জেতেন সেল্টিকের বিপক্ষে ২০০৩ সালের মে মাসে।

পরবর্তী মৌসুমগুলোতে তিনি আরো সাফল্য পান যদিও খেলার মান নিয়ে কিছু প্রশ্ন থেকে যায়। পোর্তো তাদের ২০তম সুপার লিগা খেতাব অর্জন করে। ক্লাবটির নিজ মাঠে খেলার ফল ছিল খুবই ভাল। এছাড়া তারা আট পয়েন্ট এগিয়ে থাকে এবং পরপর অনেকগুলো খেলায় অপরাজিত থাকে যা কেবল ভিসেন্তের বিপক্ষে শেষ হয়। মৌসুম শেষের পাচ সপ্তাহ আগেই তারা শীর্ষস্থান দখল করে এবং চ্যাম্পিয়নস লীগেও ব্যস্ত সময় কাটায়। পোর্তো বেনফিকার কাছে ২০০৪ সালের মে মাসে পর্তুগিজ কাপ হেরে বসে। কিন্তু মরিনহো তার চরম সাফল্য পান যখন তিনি চ্যাম্পিয়নস লীগ জেতেন। জার্মানির "অ্যারেনা আফসালকে" মাঠে মোনাকোর বিপক্ষে তার দল ৩-০ গোলে জেতে। ফাইনালে ওঠার পথে ক্লাবটি ম্যানচেস্টার ইউনাইটেড, অলিম্পিক লিওনেস ও দেপোর্তিভো দে লা করুনা কে প্রতিযোগিতা থেকে বিদায় করে দেয়। ক্লাবটি কেবল গ্রুপ পর্যায়ের একটি খেলায় রিয়াল মাদ্রিদের কাছে পরাজিত হয়েছিল।

পোর্তোয় থাকার সময় মরিনহোর সাথে কয়েকটি শীর্ষ ইউরোপীয় দলের কথাবার্তা চলার গুজব ছিল। এসব দলের মধ্যে রয়েছে লিভারপুল এবং চেলসি। মরিনহো জনসম্মুখে চেলসির চেয়ে লিভারপুলের প্রতি বেশি আগ্রহ দেখিয়েছিলেন। তিনি বলেছিলেন, "লিভারপুল এমন একটি দল যেটি সকলের আগ্রহ জাগায় এবং চেলসি আমার আগ্রহ জাগায় না কারণ এটি নতুন প্রকল্প যাতে অঢেল অর্থের বিনিয়োগ রয়েছে। আমার মনে হয় এটি এমন একটি প্রকল্প যাতে ক্লাব সবকিছু বিজয়ে ব্যর্থ হলে, আব্রাহামোভিচ অবসর নিবে এবং ক্লাব থেকে অর্থ প্রত্যাহার করে নেবে। এটা একটা অনিশ্চিত প্রকল্প। একজন কোচের কাছে ভাল খেলোয়াড় কেনার অর্থ থাকাটা আনন্দের কিন্তু আপনি কখনই জানেন না যে এই ধরনের প্রকল্প সফল হবে।"

চেলসি
ব্যক্তিগত জীবন
এফসি পোর্তো
পর্তুগিজ জাতীয় দল