উচ্ছৃঙ্খল আচরণ রুনির ক্যারিয়ারকে বেশ কয়েকবার কলঙ্কিত করেছে। ২০০৫ সালের সেপ্টেম্বরে উত্তর আয়ারল্যান্ডের সাথে খেলায় সাবেক ইংল্যান্ড অধিনায়ক ডেভিড বেকহ্যামের সাথে খেলার মধ্যেই তিনি দ্বন্দ্বে জড়িয়ে পড়েন, তবে এরপর থেকে দুজনই কোন সমস্যা ছাড়াই দলে খেলেছেন।

অসদাচরনের কারণে চ্যাম্পিয়নস লীগে ভিলারিয়েলের সাথে একটি খেলায় তাকে মাঠ থেকে বের করে দেয়া হয়, যাতে ইউনাইটেড ০-০ গোলে ড্র করে। তাকে, তার মতে অযৌক্তিক হলুদ কার্ড দেখানো হলে, তিনি রেফারি কিম মিল্টন নীলসেনের উদ্দেশ্যে ব্যাঙ্গোক্তি করেন, ফলে তাকে লাল কার্ড দেখিয়ে মাঠ থেকে বের করে দেয়া হয়।

রুনি তার মেজাজ নিয়ন্ত্রণে রাখার প্রতিজ্ঞা করেছেন এবং দল ও আন্তর্জাতিক ম্যানেজারগণ রুনির পক্ষ নিয়ে বলেছেন তার এই উচ্ছৃঙ্খল আচরণের মূল কারণ তার যৌবন। রুনির মেজাজের সমস্যা সুপরিচিত এবং অন্য দলের খেলোয়াড়গণ এই স্বভাবকে রুনির বিরুদ্ধে ব্যবহার করেছেন। খেলার মাঝে রুনিকে খোঁচা মেরে তাকে উত্তেজিত হতে উৎসাহিত করা একটি সাধারণ ব্যাপারে পরিনত হয়েছিল। ২০০৪-০৫ মৌসুম থেকে রুনি তার মেজাজ নিয়ন্ত্রণের চেষ্টা করে যাচ্ছেন যার প্রমাণ ২০০৫-০৬ মৌসুমে তার হলুদ ও লাল কার্ডের সংখ্যা অনেক কম। ২০০৬ ফিফা বিশ্বকাপে কোয়ার্টার-ফাইনালে পর্তুগালের বিপক্ষে খেলার ৬২ মিনিটে রুনিকে অসদাচরনের জন্য লাল কার্ড দেখিয়ে বের করে দেয়া হয়। তিনি তৃতীয় ইংরেজ খেলোয়াড় হিসেবে ফিফা বিশ্বকাপে লাল কার্ড দেখেছেন। বলের নিয়ন্ত্রণ নিয়ে রুনি এবং রিকার্দো কারভালহো ও পেতিতের মধ্যে লড়াই চলাকালে রুনির পা কারভালহোর কুঁচকির উপর পড়ে। ঘটনাটি ঘটে ঠিক আর্জেন্টিনার রেফারি হোরাশিও এলিজোন্দোর সামনে। খেলার থামার পর ম্যানচেস্টার ইউনাইটেডে রুনির সতীর্থ পর্তুগিজ খেলোয়াড় ক্রিস্টিয়ানো রোনালদো রেফারির সামনে প্রতিবাদ করেন। রুনি তখন রোনালদোকে ধাক্কা দেন এবং রেফারি তাকে লাল কার্ড দেখান। তখন মনে করা হয়েছিল লাল কার্ডটি ঘটনাটি কারভালহো ও রোনালদো উভয়ের সাথে রুনির ব্যবহারের জন্য। তবে ৪ জুলাই দ্য টাইমস পত্রিকায় রেফারি এলিজোন্দো বলেন, লাল কার্ড দেখানো হয়েছিক কারভালহোকে পদাঘাত করার কারণে, পরবর্তী দ্বন্দ্বের কারণে নয়। তিনি বলেন "এটা ছিল উগ্র খেলা এবং এ কারণে সে লাল কার্ড পেয়েছে। জনগণ যা খুশি বলতে পারে (রোনালদো সম্পর্কে) কিন্তু আসলে এর কোন প্রভাবই ছিলনা। আমার কাছে এটা ছিল পরিষ্কার লাল কার্ড, তাই আমি পর্তুগিজ খেলোয়াড়দের কাছে প্রতিক্রিয়া দেখাই নি।"

ইংল্যান্ড টাইব্রেকারে হেরে যাওয়ার পর গ্যারি লিনেকারের নেতৃত্বে বিবিসির বিশেষজ্ঞ দল একটি ভিডিও ক্লিপ প্রকাশ করে যা তাদের কাছে রুনির লাল কার্ডের কারণে চিত্তাকর্ষক মনে হয়েছে। খেলার আগে ম্যানচেস্টার ইউনাইটেডে রুনির সতীর্থ ক্রিস্টিয়ানো রোনালদো পিছন থেকে তার কাছে আসেন এবং রুনির কানে সরাসরি কিছু বলার আগে তার মাথা রুনির দিকে আক্রমণাত্বক ভঙ্গিতে আনেন। রুনির তখনকার প্রতিক্রিয়া ও রোনালদোর চেহারা দেখে মোটেও ক্রীড়াসুলভ মনে হয়নি। রুনির মাঠ থেকে বেরিয়ে যাওয়ার পর রোনালদো পর্তুগিজ খেলোয়াড়দের উদ্দেশ্যে চোখ টেপেন। খেলার পর ক্রিস্টিয়ানো রোনালদো বলেন, তিনি রেফারিকে লাল কার্ড দেখাতে জোরাজুরি করেননি, শুধু এটা একটা ফাউল বলার জন্যই রেফারির শরনাপন্ন হয়েছিলেন।

৩ জুলাই রুনি একটি বিবৃতি দেন, যাতে তিনি বলেন, "ক্রিস্টিয়ানোর প্রতি আমার কোণ খারাপ মনোভাব নেই তবে আমি ব্যাথিত এইজন্য যে সে ঘটনার সাথে জড়িত হতে চেয়েছে। আমি মনে করি সেই ঘটনার সময় আমার স্মরণ করা উচিত ছিল আমরা তখন সতীর্থ নই।" তিনি আরো দাবি করেন এই ঘটনা কেবলই একটি দুর্ঘটনা। তিনি বিবৃতিতে তার প্রতিক্রিয়ার পক্ষে বলেন: "আমি বলতে চাই আমি ইচ্ছাকৃতভাবে আমার পা রিকার্ডো কারভালহোর উপর ফেলিনি। সে আমার পিছন থেকে পিছলে যায় এবং দুর্ভাগ্যজনকভাবে এমন অবস্থানে উপনীত হয় যেখানে নিয়ন্ত্রণ রাখার জন্য আমার পা সেই অবস্থায় যায়। এই হচ্ছে অবস্থা। যখন রেফারি আমাকে লাল কার্ড দেন তখন আমি খুবই অবাক হয়েছি।"

ফিফার শৃঙ্খলা নিয়ন্ত্রণ কমিটি কোয়ার্টার-ফাইনালে ওয়েইন রুনির লাল কার্ড পাওয়ার ঘটনা তদন্ত করে এবং দুটি প্রতিযোগিতামূলক খেলায় রুনিকে নিষিদ্ধ ঘোষণা করে এবং ৫,০০০ সুইস ফ্রাঙ্ক জরিমানা করে।

২০০৬ সালের ৪ আগস্ট ম্যানচেস্টার ইউনাইটেডের হয়ে এফসি পোর্তোর বিরুদ্ধে খেলায় রুনি অবৈধভাবে কনুই ব্যবহার করার কারণে আবার লাল কার্ড পান, এবং পরবর্তীতে এফএ কর্তৃক তিন-খেলার জন্য নিষিদ্ধ হন, যখন রেফারি রুড বোসেন ২৩ পৃষ্ঠার একটি রিপোর্টে কেন রুনিকে সে খেলায় লাল কার্ড দেখানো জরুরি ছিল তা প্রকাশ করেন। এই ঘটনা সবাইকে আশ্চর্যান্বিত করেছে কারণ অন্য যে খেলোয়াড়েরা মৌসুমপূর্ব প্রীতি খেলায় লাল কার্ড দেখেছেন তাদের বেলায় কোন নিষেধাজ্ঞা আসেনি। রুনি এফএতে এ বিষয়ে লেখেন এবং নিষেধাজ্ঞা প্রত্যাহার না করলে এফএকে দেয়া তার ছবি ব্যবহারের অনুমতি প্রত্যাহার করার হুমকি দেন। তবে এফএর এ বিষয়ক কোন নিয়ম নেই। 

খেলার সমইয়ে না ঘটলেও, ২০০৬ সালের ২ সেপ্টেম্বরে ব্রিটিশ গণমাধ্যমে তার বিরুদ্ধে ব্ল্যাকবার্ন রোভারস দলের মাইকেল গ্রেকে ঘুষি মারার অভিযোগ উঠে। ঘটনা সম্পর্কে বলা হয় ম্যানচেস্টারের একটি রেস্তোরায় রুনির বাগদত্তা "কলিন ম্যাকলৌহলিন" সম্পর্কে গ্রে কটুক্তি করেন ফলে রুনি গ্রেকে ঘুষি মারেন। পুলিশকে ঘটনা সম্পর্কে কিছু জানানো হয়নি।

২০০৬ সালের ২৪ নভেম্বরে ম্যানচেস্টার নাইটক্লাবের বাইরে মারামারি সম্পর্কে ওয়েইন রুনিকে পুলিশি জিজ্ঞাসাবাদের মুখোমুখি হতে হয়। এই ঘটনা ঘটেছে সম্ভবত কোন ফটোগ্রাফার যখন রুনির সাথে বাদানুবাদে লিপ্ত হন। ফটোগ্রাফারের কোন চিকিৎসার প্রয়োজন হয়নি।

শৃঙ্খলতাজনিত ঘটনা
আন্তর্জাতিক
জাতীয় দলে ভূমিকা
২০০৪ সালের আদালতে মামলা