স্বামী নিগমানন্দ শিবসাগর জেলার জোড়হাটে এক খন্ড জমি নেন এবং ১৩১৯ বঙ্গাব্দের (১৯১২ সালে) বৈশাখ মাসের অক্ষয়া তৃতীয়ায় সেখানে একটি আশ্রম প্রতিষ্ঠা করেন। এটাকে বলা হতো "শান্তি আশ্রম" বা সারস্বত মঠ, যা পরবর্তীকালে আসাম-বঙ্গীয় সারস্বত মঠ নামে পরিচালিত হয়ে আসছে। মঠের উদ্দেশ্য/ব্রত ছিল সনাতন ধর্ম ব্যাপকভাবে প্রচার, প্রকৃত শিক্ষা বিস্তার এবং সকলকে ঈশ্বরের প্রতিমূর্তি হিসেবে সেবা করা।

সারস্বত মঠ জোড়হাটের ছয় মাইলের মধ্যে এক দারুণ তৃণভূমির কোলে আশ্রিত ছিল। মঠের এক পাশে ছিল এক উপজাতীয় গ্রাম আর এর তিন দিক গভীর বনে ঘেরা ছিল। মারিয়ানি-জোড়হাট রেলপথ উপজাতীয় গ্রামটির মধ্য দিয়ে কোকিলামুখ পর্যন্ত গিয়েছে। হিমালয় পর্বতমালা এ জায়গার উত্তরে, উদয়গিরি পূর্বে এবং "নাগা" পর্বত দক্ষিণে অবস্থিত। আশ্রমের দৃশ্য প্রাচীনকালের আশ্রমের দৃশ্য মনে করিয়ে দিত। পাশ্ববর্তী জঙ্গল এবং জায়গাটির নির্জনতা ধ্যানের অত্যন্ত অনুকূল ছিল। ধর্মগ্রন্থ পাঠ ও ধ্যানের সাথে সাথে গবাদি পশু চরানো, ঘাস খাওয়ানো এবং এদের জন্য শুকনো খাদ্য সংগ্রহ ছিল আশ্রমের ব্রহ্মচারীদের উপর অর্পিত কাজ। স্বামী নিগমানন্দ কর্তৃক সম্পাদিত "সারস্বত গ্রন্থাবলী"র কাজ এই মঠের প্রেস হতে প্রকাশিত হয়েছিল। "আর্য দর্পণ" নামের ধর্মীয় মাসিক পত্রিকা এখান হতে মুদ্রিত হওয়া অব্যাহত ছিল। এছাড়া প্রতিষ্ঠানটিকে স্বয়ংসম্পূর্ণ করতে আশ্রমটিতে মুদ্রণ, অন্যান্য শিল্প যেমন কাঠের কাজ, কামারের কাজ এবং হস্তচালিত তাঁত চালু করা হয়েছিল। দাতব্য ঔষধালয়টি মঠের একটি গুরুত্বপূর্ণ বিভাগে পরিণত হয়েছিল যেখানে গরীব রোগীদের ঔষধসহ চিকিৎসা সেবা দেয়া হতো। ছাত্রদের যোগ শিক্ষা দেয়ার জন্য ঋষি বিদ্যালয় প্রতিষ্ঠা করা হয়েছে।

স্বামী নিগমানন্দ মহান শঙ্করাচর্যের আদেশে "সরস্বতী"র ঐতিহ্যে তাঁর দশ জন ধর্মপ্রাণ শিষ্যকে সন্ন্যাসে দীক্ষা দেন, যাদের মধ্যে কনিষ্ঠতম ছিলেন "স্বামী নির্বাণানন্দ সরস্বতী" (একজন বিদ্বান, পন্ডিত, দার্শনিক এবং লেখক যিনি পরে অনির্বাণ হিসেবে বিখ্যাত হন) এবং "স্বামী প্রজনানন্দ সরস্বতী"। স্বামী প্রজনানন্দকে সারস্বত মঠ ও আশ্রম প্রতিষ্ঠানসমূহের ট্রাস্টি এবং মোহন্ত হিসেবে শপথ পাঠ করিয়ে স্বামী নিগমানন্দ অবসর নেন এবং ১৯৩৫ সাল পর্যন্ত পুরীতে নীলাচল কুটিরে কয়েক বছর বসবাস করেন।

নীলাচল সারস্বত সঙ্ঘ, পুরী
গারোহিল যোগ আশ্রম
মৃত্যু
সারস্বত মঠ