স্ক্যানকারী শীর্ষের পুঙ্খানুপুঙ্খ আকার নির্ণয় করা কখনো কখনো জটিল হয়। চুড়ান্ত উপাত্তে এর প্রভাব লক্ষণীয় হয়ে দেখা দেয় যদি নমুনার ১০ ন্যানোমিটার বা এর কম পার্শ্বীয় বিস্তারের এলাকায় উচ্চতার প্রচুর পার্থক্য থাকে।

স্ক্যানিং প্রক্রিয়ার কৌশলগুলো সাধারণত চিত্র অর্জনে ধীরগতিশীল। তাই স্ক্যানিংয়ের মাত্রার ব্যাপক বৃদ্ধি জন্য পদক্ষেপ নেয়া হচ্ছে। অন্যান্য স্ক্যানিং কৌশলের মতই একটি সময় পরম্পরায় স্থান-সংক্রান্ত তথ্য নিহিত করার ফলে মাত্রাবিজ্ঞানের, যেমন পার্শ্বীয় ব্যবধান বা কোণের পরিমাপে, অনিশ্চয়তা আগমন করে। এই অনিশ্চয়তা উদ্ভব হয় নমুনার স্থানচ্যুতি, প্রতিক্রিয়া চক্রের ওঠানামা, বা যান্ত্রিক কম্পন ইত্যাদি সময়-ভিত্তিক ঘটনার প্রভাবে।

চিত্রের সর্বোচ্চ সম্ভাব্য আকার সাধারণত বেশি বড় হয় না।

প্রোব মাইক্রোস্কোপ স্ক্যান প্রোথিত কঠিন-কঠিন বা তরল-তরল স্পর্শতল নীরিক্ষণের ক্ষেত্রে সাধারণত খুব একটা কার্যকর নয়।

সুবিধা
প্রোবের অগ্রভাগ
অসুবিধা
স্বীকৃত প্রকারভেদ