৯ বছর বয়সে আগুয়েরো ইন্দিপেন্দিয়েন্তে’র যুব প্রকল্পে যোগদান করেন। ২০০৩ সালের ৫ জুলাই, মাত্র ১৫ বছর এবং ৩৫ দিন বয়সে আর্জেন্টাইন লীগের প্রথম বিভাগের ইতিহাসে সর্বকনিষ্ঠ খেলোয়াড় তার অভিষেক হয়। আগের রেকর্ডটি ছিল দিয়েগো মারাদোনার। এরপর অনেক দিন যাবত্‍ তাকে আর মাঠে নামতে দেখা যায়নি। সাত মাস পর, ২০০৪ কোপা লিবেরতাদোরেস-এর গ্রুপ পর্বের খেলায় প্যারাগুয়ের ক্লাব সিনসিআনোর বিপক্ষে আগুয়েরো প্রথম দলে জায়গা পান। খেলায় ইন্দিপেন্দিয়েন্তে ৪–২ ব্যবধানে জয় লাভ করে। এক মাস পর, ইকুয়েডরের ক্লাব এল ন্যাসিওনালের বিপক্ষে কোপা লিবেরতাদোরেসের খেলায় আবারও মাঠে নামেন তিনি। ২০০৪ সালের ১৯ জুন, তরেনো ক্লাউসুরাতে রাফায়েলার বিপক্ষে ইন্দিপেন্দিয়েন্তের হয়ে তিনি সম্পূর্ণ ৯০ মিনিট খেলেন। ২০০৪ সালের ২৬ নভেম্বর, ইন্ডিপেন্ডিয়েন্তের হয়ে আগুয়েরো তার প্রথম গোল করেন। এস্তুদিয়ান্তেসের বিপক্ষে খেলার ২২তম মিনিটে পেনাল্টি এরিয়ার বাহিরে থেকে গোলটি করেন তিনি। খেলাটি শেষ হয় ২–২ সমতায়। ২০০৫ ফিফা অনূর্ধ্ব-২০ বিশ্বকাপের জন্য আজেন্টিনা অনূর্ধ্ব ২০ দলে তিনি ডাক পান। আর্জেন্টিনা এই শিরোপা জেতে। আগুয়েরো ক্লাবের নিয়মিত খেলোয়াড়ে পরিনত হন। ২০০৫–০৬ মৌসুমে তিনি ৩৬টি খেলায় মাঠে নামেন এবং ১৮টি গোল করেন। সাসপেনশনের কারনে তিনি দুইটি খেলায় নামতে পারেননি। ১১ সেপ্টেম্বর, রেসিং-এর বিপক্ষে খেলায় মাঠের অর্ধেকেরও বেশি পরিমান বল কাটিয়ে বাম পায়ের শটে তিনি দলের হয়ে খেলার চতুর্থ গোলটি করেন। খেলাটিতে ইন্দিপেন্দিয়েন্তে ৪–০ ব্যবধানে জয় লাভ করে।

২০১২–১৩ মৌসুম
খেলার ধরন
ক্লাব
ইন্ডিপেন্ডিয়েন্তে