১৯৭১ সালে কামারুজ্জামান ছিলেন জামায়াতে ইসলামীর তৎকালীন ছাত্রসংগঠন ইসলামী ছাত্রসংঘের ময়মনসিংহ জেলার প্রধান। মুক্তিযুদ্ধের সময় জামালপুরে প্রথম যে আলবদর বাহিনী গড়ে ওঠে, তার প্রধান সংগঠক ছিলেন তিনি। তার নেতৃত্বেই ময়মনসিংহ জেলার সকল ছাত্রসংঘকর্মীকে আলবদর বাহিনীর অন্তর্ভুক্ত করা হয়।

কামারুজ্জামানকে নিম্নলিখিত যুদ্ধাপরাধের অভিযোগে অভিযুক্ত করা হয়:

মামলা ও বিচার
প্রারম্ভিক জীবন
যুদ্ধাপরাধ
রাজনীতি ও কর্মজীবন