মুহাম্মদ আয়েন উদ-দীন ছাত্র রাজনীতি শুরু করেছিলেন ছাত্র ইউনিয়নে যোগ দেওয়ার মাধ্যমে। রাজশাহী জেলার সদর সাবডিভিশনের সভাপতি করা হয় তাকে। মত পার্থক্যের কারণে একসময় ছাত্র ইউনিয়ন ত্যাগ করে ছাত্র শক্তিতে যোগ দেন এবং সুপ্রীম কোর্টের বিশিষ্ট আইনজীবী ফরমানুল্লাহ খান ও আনসার আলির সংস্পর্শে আসেন। এরা ছিলেন ছাত্র শক্তির কেন্দ্রীয় নেতা। নিরলস পরিশ্রম ও সততার কারণে তিনি রাজশাহী জেলা ছাত্র শক্তির সম্পাদক ও একই সাথে সাবেক পূর্ব পাকিস্তান ছাত্র শক্তির যুগ্ম সম্পাদক (১৯৫২-১৯৫৮) নির্বাচিত হন।

১৯৬৩ সালে মুহাম্মদ আয়েন উদ-দীন মুসলিমলীগে যোগদান করেন। তিনি রাজশাহী জেলা মুসলিমলীগের সাধারণ সম্পাদক (১৯৬৩-১৯৭০) ও পরবর্তীকালে সভাপতি এবং পাকিস্তান মুসলিমলীগের যুগ্ম সম্পাদক ছিলেন (১৯৬৩-১৯৭০)। তিনি প্রথমে বাংলাদেশ মুসলিমলীগের নির্বাচিত প্রচার সম্পাদক ও ১৯৮৮ সালে ব্যালটের মাধ্যমে কাউন্সিলারদের সরাসরি ভোটে বাংলাদেশ মুসলিমলীগের মহাসিচব নির্বাচিত হন।

১৯৮৫ সাল থেকে কয়েক বছর তিনি বাংলাদেশ জমিয়তে আহলে হাদিসের সহসভাপতি হিসেবে কাজ করেন। পরে তিনি ঐ সংগঠন থেকে পদত্যাগ করেন।

শিক্ষানুরাগী
শিক্ষাজীবন
বিদেশে বাংলাদেশের প্রতিনিধিত্ব
রাজনীতি