ভাখশ অববাহিকায় কৃষিকাজের প্রাচুর্য, সার, কীটনাশক এবং লবণ দ্বারা নদীটিকে দূষিত করেছে। এছাড়াও, ভাখশের বাঁধের কাছে ভারী শিল্প থেকে রাসায়নিক পদার্থ ভূগর্ভস্থ পানিতে প্রবেশ করেছে, যার ফলে ভূপৃষ্ঠের জল আরও দূষিত হয়ে পড়েছে। তবে, সোভিয়েত ইউনিয়নের ভাঙ্গনের পরবর্তী পর্যায়ে, কৃষিতে সোভিয়েত ভর্তুকি হারিয়ে যাওয়ার পর থেকেই, কৃষিজমিতে সার বা কীটনাশকের পরিমাণ কমেছে; এর ফলে ধীরে ধীরে নদীতে দূষণের মাত্রা কমছে। ২০০৮ সালের আর্থিক সংকট দারিদ্র্যতা আরো বাড়িয়েছে, যার ফলে দূষণ আরও কম হয়েছে।

যেহেতু ভাখশের জল অবশেষে আরাল সাগরে প্রবাহিত হয়, ভাখশের দূষণ সেখানে ইউট্রোফিকেশনেও অবদান রাখে।

অর্থনৈতিক উন্নয়ন
জলবায়ু পরিবর্তনের প্রভাব
পরিবেশের সমস্যা
সোভিয়েত যুগ