শিয়া অনুসারিগণ মনে করে আলী ব্যক্তিগত ভাবে কুরআনের একটি অনুলিপি তৈরী করেছিলেন। যেটি সংকলিত হয়েছিল নবী মুহাম্মদের ইন্তেকালের ছয় মাস মধ্যে। আর তাদের মতে এটিই পবিত্র আল কুরআনের প্রথম ও পরিপূর্ণ সংকলন। তারা এও মনে করে নবী (স) এর আদেশে এই কুরআনের সংকলনটি সংরক্ষণ করা হয় ওহী নাযিলের পর থেকেই। কতিপয় শিয়া অবলম্বিগন মনে করে আলির পাণ্ডুলিপির সাথে আজকের কুরআনের কিছুটা পার্থক্য ছিল।
আবার কিছু শিয়া সম্প্রদায় মনে করে আলী কুরআন একত্র করেছেন, কিন্তু তার অনুলিপির বৈধতা ছিলা না। অন্য একটি শিয়া দল দাবী করে, "তিনি পবিত্র কুরআনের সম্পূর্ণ অংশ লিপিবদ্ধ করেছেন। যেখানে আয়াত, সূরা, পারা ইত্যাদির নির্ভুল বর্ণনা ছিল। যার মধ্যে কোন কিছুই বাদ পড়ে নি। এমনকি একটি একক অক্ষর আলিফ বা লাম পর্যন্তও না। তবে কোরআনের সংকলকগন এটাকে গ্রহণ করে নাই।" তারা বিশ্বাস করে আলী কর্তৃক লিপিবদ্ধ কুরআন ছিল সবচেয়ে উপযুক্ত, তবে উসমানীয় সাম্রাজ্যে আমরা আজ যে কুরআন দেখি সেটি নয়। তারা এটাও বিশ্বাস করে, কুরআনের সূরা পরিবর্তন করা হয়েছে, পাঠ পদ্ধতির কিছু অংশ পরিবর্তন এনেছে, "তাবদিল", করে "উম্মা" থেকে "ইমমা" করা হয়েছে। তাছাড়া আলি খিলাফত এর অধিকার সংক্রান্ত আয়াত বাতিল করা হয়েছে। আর এ সকল পরিবর্তন করা হয়েছে ইসলামের প্রথম খলিফা আবু বকর এর খেলাফত কালে।

অনুলিপি যাচাই ও প্রামাণ্য পাণ্ডুলিপি প্রস্তুত
আলি ইবনে আবু তালিব
উবাই ইবনে কাবের অনুলিপি
ইসলামী উৎস