১৬১১ সালে প্রাগে ধর্মীয়-রাজনৈতিক উত্তেজনা চরম রূপ ধারণ করে। সম্রাট রুডলফের শারীরিক অবস্থার অবনতির কারণে তার ভাই "মাটিয়াস" তাকে বোহেমিয়ার রাজার পদ থেকে অবসর নিতে বাধ্য করেন। রুডলফ ও মাটিয়াস উভয়েই কেপলারের কাছে জ্যোতিষতাত্ত্বিক উপদেশ চান। এই সুযোগে তিনি কিছু আপোসমূলক উপদেশের মাধ্যমে অবস্থার উন্নতি ঘটাতে চেষ্টা করেন, গ্রহ-তারার অবস্থান সম্পর্কে খুব কমই মন্তব্য করেছিলেন যাতে রাজারা কোন আকস্মিক পদক্ষেপ না নেন। কিন্তু এটি বুঝতে বাকি ছিল না যে মাটিয়াসের দরবারে কেপলারের খুব একটা ভবিষ্যৎ নেই।

সে বছরই কেপলারের স্ত্রী বারবারা হাঙ্গেরীয় তিলকিত জ্বরে আক্রান্ত হন, মৃগী রোগের লক্ষণ দিয়ে যারা সূচনা ঘটে। বারবারা সুস্থ হতে না হতেই তার তিন সন্তান গুটিবসন্ত রোগে আক্রান্ত হয়, ৬ বছর বয়সী ফ্রিডরিশ মারা যায়। ছেলের মৃত্যুর পর তিনি পাদোয়া ও ভ্যুআটেমবের্গের পৃষ্ঠপোষকদের কাছে জ্যোতির্বিদ্যা বা গণিতের পদের আবেদন করে পত্র পাঠান। ভ্যুআটেমবের্গের ট্যুবিঙেন বিশ্ববিদ্যালয় কেলভিনীয় ধর্মদ্রোহীতা এবং আউগসবুর্গ কনফেশন (লুথারান চার্চের প্রধান বিশ্বাসের স্বীকারোক্তি) ও কনকর্ড ফর্মুলা (লুথারান চার্চে বিশ্বাসের প্রতিজ্ঞা) লঙ্ঘনের কারণে কেপলারকে নিতে রাজি হয়নি। ১৬১০ সালে গালিলেও ইউনিভার্সিটি অফ পাদোয়া থেকে চলে যাওয়ায় সৃষ্ট শূন্যস্থান পূরণের লক্ষ্যে বিশ্ববিদ্যালয় কর্তৃপক্ষ তাকে আমন্ত্রণ জানায়। কিন্তু কেপলার জার্মান ভূমিতে থাকা শ্রেয় মনে করে অস্ট্রিয়ার লিনৎসে যান শিক্ষক ও জেলা গণিতবিদের একটি পদের ব্যবস্থা করতে। তিনি ফিরে আসার কিছুদিন পরই অবশ্য আরও অসুস্থ হয়ে বারবারা মৃত্যুবরণ করেন।

এ কারণে কেপলার লিনৎসে যাওয়ার তারিখ পিছিয়ে দিয়ে আরও কিছুকাল প্রাগে থাকার সিদ্ধান্ত নেন। ১৬১২ সালে সম্রাট রুডলফ মারা যাওয়ার পূর্ব পর্যন্ত এখানেই ছিলেন যদিও রাজনৈতিক অস্থিতিশীলতা, ধর্মীয় অসহিষ্ণুতা, পারিবারিক দুঃখভোগ এবং তার স্ত্রীর জমি নিয়ে আইনি জটিলতার কারণে এ সময়ের মাঝে তার গবেষণা এগোয়নি। গবেষণা হচ্ছে না দেখে এ সময় তিনি পূর্বের কাজ ও অন্যদের সাহায্য নিয়ে "একলোগাই ক্রোনিকাই" নামে একটি কালপঞ্জি তৈরিতে ব্যস্ত থাকেন। মাটিয়াস হলি রোমান সম্রাজ্যের সম্রাট হিসেবে অভিষিক্ত হওয়ার পর কেপলারের পূর্বতন চাকরি পূর্ণ বেতনসহ পুনর্বহাল করেন এবং এই চাকরি নিয়েই তাকে লিনৎসে চলে যাওয়ার অণুমতি দেন।

বারবারা ম্যুলারের সাথে বিয়ে
অন্যান্য গবেষণা
১৬০৪ সালের অতিনবতারা
ব্যক্তিগত ও রাজনৈতিক দুর্ভোগ