তার ছেলেরা, মুহাম্মদ সুলতান এবং মুহাম্মদ মুয়াজ্জামের দুর্ব্যবহার তার পরবর্তী জীবনকে ব্যাহত করেছিল। ১৬৯৯ সালে পর পরের যুদ্ধে তার বড় ছেলে মুহাম্মদ সুলতান তার চাচা শাহ সুজার সাথে যোগ দেন এবং তাঁর মেয়ে গুলরুখ বানু বেগমের সাথে বিবাহ বন্ধনে আবদ্ধ হন। তবে, শীঘ্রই তিনি রাজপুত্রকে ছেড়ে চলে যান এবং ১৬৬০ সালের ফেব্রুয়ারিতে তাঁর পিতার কাছে ফিরে আসেন। আওরঙ্গজেবের নির্দেশে তাকে গ্রেপ্তার করা হয় এবং সলিমগড় দুর্গে প্রেরণ করা হয়, এবং পরে ১৬৬১ সালে গোয়ালিয়র দুর্গে স্থানান্তর করা হয়। 

১৬৬২ সালে, আওরঙ্গজেবের অসুস্থতার সময়, তার বোন রোশনারা বেগম তার দায়িত্ব গ্রহণ করেছিলেন এবং তার নিজের বিশ্বাসী ব্যতীত অন্য কাউকে তাকে দেখতে দেয়া হত না। তার ভাইয়ের বেঁচে থাকার কোনও আশা নেই বলে বিশ্বাস করে রোশনারা রাজ্যের দায়িত্ব নিয়েছিলেন। নবাব বাই এই বিষয়টি জানতে পেরে এবং অভিযোগ করলে, রওশনারা রেগে যায়, চুল দিয়ে তাকে ধরে আওরঙ্গজেবের কক্ষ থেকে টেনে নিয়ে যায়।

১৬৬৯ সালে আবদুল্লাহ নামে এক ব্যক্তি নবাব বাইয়ের কাছে একটি আবেদন জমা দিয়েছিলেন যে, তার পুত্রকে বরখাস্ত করার পরে আরানডোলের ফৌজদার পদ তাকে মঞ্জুর করা হোক। তবে বিষয়টি আওরঙ্গজেবের কাছে জমা দেওয়া হলে তা প্রত্যাখ্যান করা হয়। 

১৬৭০ সালে মুহাম্মদ মুয়াজ্জমকে চাটুকাররা স্ব-ইচ্ছায় এবং স্বতন্ত্রভাবে আচরণের জন্য প্ররোচিত করেছিল। আওরঙ্গজেবের পরামর্শের চিঠিটির কোনও ফল পাওয়া গেল না, তখন তিনি তার আচরণ সংশোধন করতে ছেলের কাছে প্রেরণের জন্য নবাববাইকে দিল্লি থেকে ডেকে পাঠালেন। তিনি ১৬৭০ সালের এপ্রিলে সিকান্দ্রায় পৌঁছেছিলেন, যেখানে মুহাম্মদ আকবর, বখশিমুলক আসাদ খান এবং বাহরামন্দ খান তাকে সাম্রাজ্যীয় হারেমের কাছে নিয়ে গিয়েছিলেন। ১৬৭০ সালের মে মাসে তিনি আওরঙ্গাবাদে যাত্রা শুরু করেন এবং পুত্র মুহাম্মদ সুলতানের সাথে দু'দিন গওয়ালিয়ায় কাটানোর আদেশ পান। কিছুক্ষণ সেখানে থাকার পরে, সারবুলান্দ খান তাকে মুহাম্মদ মুয়াজ্জামের কাছে নিয়ে যান। 

১৬৮৬ সালে তিনি গোয়ায় বিখ্যাত ইতালীয় লেখক ও ভ্রমণকারী নিকোলাও মানুচির সাথে দেখা করেছিলেন যিনি দাবি করেছিলেন যে বছরে দু'বার নবাব বাইকে রক্তপাত করেছেন। 

১৬৮৭ সালে মুহাম্মদ মুয়াজ্জাম গোলকোন্ডার শাসক সুলতান আবুল হাসানের সাথে অবাধ্যতা করেছিলেন।। তার পরামর্শ এবং এমনকি ব্যক্তিগত অনুরোধের কোনও প্রভাব পড়েনি এবং শেষ পর্যন্ত আওরঙ্গজেবের আদেশে তাকে গ্রেপ্তার করা হয়েছিল। মুয়াজ্জামের ছেলেরা, এবং তার প্রথম স্ত্রী এবং প্রধান স্ত্রী নূর-উন-নিসা বেগমকেও পৃথক কারাগারে বন্দী করা হয়েছিল। 

নবাব বাই পাসের পাদদেশে, ফারদাপুরে একটি সেরাই তৈরি করেছিলেন বলে জানা যায়, এবং আওরঙ্গবাদ শহরতলির বাইজিপুরা প্রতিষ্ঠা করেছিলেন। 

মৃত্যু
পরিবার এবং বংশ
বিবাহ
আওরঙ্গজেবের রাজত্ব