১৯৬৫ সালে নির্বাচনের সময় তার বয়স ছিল ৭১ বছর। ১৯৫৪ সালে পূর্ব পাকিস্তানে তার সংক্ষিপ্ত সফর ছাড়া স্বাধীনতার পর থেকে রাজনীতিতে তিনি অংশ নেননি। তার ভাইয়ের কারণে তিনিও সম্মানিত ছিলেন এবং গণতান্ত্রিক ক্ষেত্রে তাকে প্রতীক হিসেবে দেখা হতে থাকে। ১৯৬৫ সালে নির্বাচনে অংশ নেয়ার সিদ্ধান্ত নেয়ার পর নির্বাচনের দৃশ্যপট পরিবর্তন হয়। নির্বাচনে তিনি নির্বাচনের আয়োজক আইয়ুব খানের প্রতিপক্ষ হন।

মৌলিক গণতন্ত্র নির্বাচন শুরুর পূর্বে ১৯৬৫ সালের রাষ্ট্রপতি প্রার্থীদের ঘোষণা হয়। নির্বাচনে প্রধান দুটি দল ছিল। একটি কনভেনশন মুসলিম লীগ ও অন্যটি সম্মিলিত বিরোধী দল। সম্মিলিত বিরোধী দলে পাঁচটি প্রধান বিরোধী দল ছিল। তাদের নয় দফা কর্মসূচি ছিল যাতে প্রত্যক্ষ নির্বাচনের পুনপ্রবর্তন, প্রাপ্তবয়স্কদের ভোটাধিকার ও ১৯৬২ সালের সংবিধানের গণতন্ত্রীকরণের কথা ছিল। এই বিরোধীদলগুলো ঐক্যবদ্ধ ছিল না এবং চিন্তা ও কর্মের দিক থেকে একতা ছিল না। নিজেদের মধ্য থেকে রাষ্ট্রপতি পদপ্রার্থী মনোনীত করতে তারা ব্যর্থ হয় ফলে তারা ফাতেমা জিন্নাহকে প্রার্থী হিসেবে নির্বাচন করে।

১৯৬৫ সালের ২ জানুয়ারি নির্বাচন অনুষ্ঠিত হয়। এতে মোট চারজন প্রার্থী ছিলেন। তারা হলেন আইয়ুব খান, ফাতেমা জিন্নাহ ও দুজন স্বতন্ত্র প্রার্থী। সংক্ষিপ্ত প্রচারণার সময় ছিল একমাস এবং এতে নয়টি বৈঠকের সীমাবদ্ধতাও আরোপ করা হয়। এতে শুধু ইলেক্টোরাল কলেজের সদস্য ও সংবাদকর্মীরা অংশ নিতে পারত। সাধারণ জনতা এতে অংশ নেয়ার সুযোগ পেত না।

অন্যান্য প্রার্থীদের তুলনায় আইয়ুব খানের সুযোগ বেশি ছিল। তার উত্তরসুরি নির্বাচিত হওয়ার পূর্ব পর্যন্ত তিনি রাষ্ট্রপতি থাকবেন সংবিধানের দ্বিতীয় সংশোধনীতে এমন নিয়ম করা হয়েছিল। রাষ্ট্রপতি হিসেবে সাংবিধানিক ক্ষমতার কারণে সরকারের সকল অংশে তিনি তার ক্ষমতা কার্যকর করতে সক্ষম হন। রাষ্ট্রপতি হিসেবে তিনি রাষ্ট্রীয় সুযোগ সুবিধা গ্রহণ করেন। আমলাতন্ত্র ও বাণিজ্য দুই দিক থেকে তিনি নির্বাচন প্রচারণায় সহায়তা পান। এছাড়াও ইসলামে নারীদের ক্ষেত্রে রাষ্ট্রশাসনের অনুমতি নেই বলে উলামাদের সমর্থনও তিনি লাভ করতে সক্ষম হন।

ফাতেমা জিন্নাহর প্রধান সুবিধা ছিল তিনি পাকিস্তানের প্রতিষ্ঠাতার বোন। মুহাম্মদ আলি জিন্নাহর মৃত্যুর পর তিনি নিজেকে রাজনীতি থেকে বিচ্ছিন্ন করে ফেলেছিলেন। এসময় তিনি আইয়ুব খানকে একনায়ক হিসেবে অবিহিত করেন। ভারতের সাথে সিন্ধু নদীর পানি বিষয়ক চুক্তিতে ভারতের হাতে নদীর নিয়ন্ত্রণ তুলে দেয়া হয়েছে বলে তিনি অভিযোগ করেন। তার প্রচারণা জনসমর্থন লাভে সক্ষম হয়েছিল। পূর্ব ও পশ্চিম পাকিস্তানে তিনি অনেক লোক জড়ো করতে সক্ষম হন। তবে তার কাজে কিছু সমস্যা দেখা দেয়। অস্বচ্ছ ও অসম নির্বাচনী প্রচারণা, অর্থাভাব ও মৌলিক গণতন্ত্র পদ্ধতির আওতায় পরোক্ষ নির্বাচনের কারণে তাকে সমস্যায় পড়তে হয়।

নির্বাচনে ফাতেমা জিন্নাহ বেশ কিছু ভোট পেলেও নির্বাচনের চূড়ান্ত ফলাফলে তিনি পরাজিত হন এবং আইয়ুব খান পুনরায় রাষ্ট্রপতি নির্বাচিত হন। ধারণা করা হয় যদি প্রত্যক্ষ ব্যালটের মাধ্যমে নির্বাচন হত তবে তিনি জয়ী হতেন। ইলেক্টোরাল কলেজ ৮০,০০০ মৌলিক গণতন্ত্রীদের নিয়ে গঠিত হয় এবং তারা অনেকাংশে নির্দিষ্ট পক্ষের অনুগত ছিল। তবে রাষ্ট্রের সর্বোচ্চ পদের জন্য একজন নারী লড়েছেন বলে এই নির্বাচন গুরুত্বপূর্ণ ছিল। মাওলানা মওদুদির নেতৃত্বাধীন জামায়াতে ইসলামিসহ অন্যান্য ধর্মীয় রাজনৈতিক দলগুলো তার বিরোধিতা করলেও পরে তার প্রার্থিতায় সমর্থন দেয়। নির্বাচনের ফলে বোঝা যায় যে জনগণ রাষ্ট্রপতির পদের জন্য কোনো নারীকে দেখতে অখুশি হয়।

রাষ্ট্রপতি নির্বাচন ১৯৬৫
মুহাম্মদ আলি জিন্নাহর জীবনী
মুহাম্মদ আলি জিন্নাহর সহযোগী
প্রথম জীবন ও কর্মজীবন