ఈ కోటను మొదటగా హోయసలలు పాలించారు. వారు జైన మతస్తులు ఐనందున అక్కడ జైన మతం బాగా అభివృద్ధి చెందినది. ఆకాలంలో పెనుకొండ అనేక జైన దేవాలయాలు అభివృద్ధి చెందాయి. ఇప్పటికి ఈ ప్రాంతం జైన మతస్తులకు అత్యంత ప్రాదాన్యమైంది. ఆ తర్వాతి కాలంలో చాళుక్యులు , విజయనగర రాజులు, నవాబులు, టిప్పు సుల్తాన్  పరిపాలించారు. చివరగా బ్రిటిష్ వారి వశమైంది. కృష్ణదేవరాయల కాలంలో పెనుగొండ వారి రాజ్యానికి రెండవ <MASK>గా వర్థిల్లింది. అదేవిదంగా వారికి ఇది వేసవి విడిదిగా కూడా సేవ లందించింది.విజయనగర సామ్రాజ్యం కృష్ణదేవరాయల తర్వాత వేంకటపతి రాయలు ఈ కోటను తన ఆదీనములోనికి తెచ్చుకొన్నాడు. అతడు రాయ దళవాయి కోనేటి నాయుడుని ఈ ప్రాంతానికి పాలకునిగా నియమించాడు. వారి వంశస్తులైన కోనేటి నాయుడు పెనుకొండతోబాటు రాయదుర్గ, కుందుర్పి కోటలను కూడా సుమారు 17 సంవత్సరాల పాటు పరిపాలించాడు.
పెనుగొండ కోట
పెనుకొండలో రాజధాని పెనుకొండ హిందూపురం