దీని చుట్టూరా గల దీవుల వలన ఈ సముద్రం పసిఫిక్ మహాసముద్రంతో దాదాపుగా వేరుపడుతున్నట్లుగా వుంటుంది. దాని వలన మధ్యధరా సముద్రం వలెనే ఈ జపాన్ సముద్రంలో కూడా అలల తాకిడి దాదాపుగా కనిపించదు. ఈ ఏకాంతత వలన పసిఫిక్ మహాసముద్రంతో పోలిస్తే ఈ సముద్రపు నీటిలో లవణీయత తక్కువగా ఉండటమే కాకుండా ఇక్కడి సముద్ర జంతు జాలంలో జీవ వైవిధ్యత కనిపిస్తుంది. జపాన్ సముద్రంలో పెద్ద దీవులు, అఖాతాలు (Bay), అగ్రాలు (Capes) మొదలైనవి ఏర్పడలేదు. పొరుగున వున్న సముద్రాలు, పసిఫిక్ మహాసముద్రంను అనుసంధానిస్తున్న <MASK> ద్వారా జరిగే నీటి ప్రవాహ రాకపోకలు (inflow and outflow) ఈ సముద్రజలాల సమతుల్యతను నిర్ణయిస్తాయి. మొత్తం మీద కొన్ని నదులు ఈ సముద్రంలోకి ప్రవహిస్తాయి అయితే మొత్తం జలరాశి మార్పిడిలో ఈ నదుల ద్వారా జరిగేది కేవలం 1% కన్నా తక్కువగా వుంటుంది.
జపాన్ సముద్రం
జలసంధులు అగానొ సమర్గా ఆసియా