इस. १५२६ मध्ये पानिपतच्या पहिल्या लढाईत बाबर जो कझाकस्तानातील तैमूर-मंगोल वंशातील होता त्याने दिल्ली सल्तनतीवर आक्रमण केले. पानिपतच्या पहिल्या लढाईत लोधींचा पराभव झाला व मुघल साम्राज्याची स्थापना झाली जे पुढील २०० वर्षे टिकले व भारतीय इतिहासातील एक प्रभावी साम्राज्य बनले. मुघल साम्राज्याने १७ व्या शतकात भारताच्या बहुतेक भागावर राज्य केले व १७०७ नंतर औरंगजेबच्या म्रुत्यूनंतर या साम्राज्याची घसरण चालू झाली सरतेशेवटी १८५७ पर्यंत एका लहान संस्थानिकाचा आकारा पर्यंत मर्यादित राहून टिकली. १८५७ मध्ये ब्रिटीशांनी मुघल राज्य खालसा करून टाकले. या काळात उत्तर भारतात मोगलांचे व दक्षिण भारतात विविध शाहींची राज्ये होती. १६८८ पर्यंत मोघलांच्या राज्याचा विस्तार प्राचीन मौर्य साम्राज्याच्या विस्ताराऐवढा होता. दिल्ली सल्तनतींच्या तुलनेत मुघल साम्राज्याने धार्मिक सलोखा ठेवला. यात सम्राट अकबरने पुढाकार घेतला होता. त्याने स्वता:ही दिन-ए-इलाही हा धर्मही चालू केला होता. तसेच हिंदूंवर लादला जाणारा झिजीया करही माफ करून टाकला होता. मोगलांनी भारतीय स्थापत्यामध्ये परिवर्तन आणले व आजच्या भारतीय स्थापत्याची ओळख प्रामुख्याने मुघली स्थापत्यावरुन होते. जगप्रसिद्ध ताजमहाल मोघल सम्राट शहाजहॉंने बांधला तसेच फत्तेपूर सिक्री हे पूर्ण शहर वसवले. दिल्ली व आग्रामधील मधील बहुतेक जुन्या वास्तू या मोघल स्थापत्याची ओळख करून देतात. हिंदूच्या बरोबर सलोखा वाढवला तरीही शाहजहॉं व औरंगजेबच्या काळात हा धार्मिक सलोखा खालवला. औरंगजेबने हिंदूंविषयी दाखवलेल्या कडवट धोरणांमुळे मराठे, राजपूत व शीख दुखावले व मुघल राज्याविरुद्ध बंडाळी वाढली व मुघल साम्राज्याचे पतन होण्यास कारणीभूत ठरले. खासकरुन शिवाजी महाराजांनी स्थापन केलेल्या मराठा साम्राज्याकडून मोठा प्रतिकार झाला. औरंगजेबने आपल्या आयुष्याची शेवटची २७ वर्षे मराठ्यांचे साम्राज्य नष्ट करण्यात घालवली जे साध्य झाले नाही. औरंगजेबच्या मृत्यूनंतर मराठा साम्राज्याचा विस्तार वाढला व मोघलांचा क्षीण झाला व दिल्ली आग्रापुरते त्यांचे राज्य मर्यादित राहिले हा काळ मुघलांच्या दृष्टीने खूपच अस्थैर्याचा राहिला. ५० वर्षांच्या काळात १७ मुघल राजे होऊन गेले. .

पूर्व मध्ययुगीन राज्ये
महाजनपदे
मौर्य साम्राज्य
मुघल साम्राज्य