१७ व्या शतकापर्यंत हे शहर निजामशाही, आदिलशाही, मुघल अशा वेगवेगळ्या राजवटींच्या अंमलाखाली होते. सतराव्या शतकामध्ये शहाजीराजे भोसले यांना निजामशाहाने पुण्याची जहागिरी दिली होती. या जहागिरीमध्ये त्यांच्या पत्नी जिजाबाई वास्तव्यास असताना इ.स. १६२७ मध्ये शिवनेरी किल्ल्यावर शिवाजीराजे भोसले यांचा जन्म झाला. शिवाजी महाराजांनी आपल्या साथीदारांसह पुणे परिसरातील मुलखापासून सुरुवात करत मराठ्यांचे स्वराज्य स्थापले. या काळात पुण्यात शिवाजीमहाराजांचे वास्तव्य होते. पुढे पेशव्यांच्या काळात इ.स. १७४९ साली सातारा ही छत्रपतींची गादी असलेली राजधानी राहून पुणे मराठा साम्राज्याची 'प्रशासकीय राजधानी' बनली. पेशव्यांच्या या काळात पुण्याची मोठी भरभराट झाली. इ.स. १८१८ पर्यंत पुण्यावर मराठ्यांचे राज्य होते. 

स्वातंत्र्ययुद्ध
सतरावे शतक
आठवे शतक
मराठा साम्राज्य