अनेकदा विलयछिद्रे वाहत्या किंवा निश्चल जलस्रोतांच्या पाणलोट क्षेत्रात तयार होतात. पण काही विशिष्ट परिस्थितींत उंच आणि कोरड्या ठिकाणीही ते तयार होऊ शकतात. विद्राव्य खडकांचे झिरपत्या पाण्यामुळे होणारे अपक्षरण, गुहेच्या छताचे कोसळणे, भूजल पातळी खालावणे ही विलयछिद्रांच्या निर्मितीची काही नैसर्गिक कारणे आहेत. भूजल वाहताना त्यात खडकांतील ठराविक क्षारे विरघळतात आणि सैल मातीचे कण वाहून जातात. त्यामुळे पोकळी निर्माण होते आणि विलयछिद्र तयार होते. कधीकधी विलयछिद्रांमध्ये भूपृष्ठाखालील गुहांची मुखे असतात, तर कधीकधी एखाद्या मोठ्या विलयछिद्राच्या तळाशी वाहणारी भूमिगत नदीही दिसून येते. पापुआ न्यू गिनी मधील मिन्ये विलयछिद्र आणि अमिरिकेतील सिडार सिंक विलयछिद्र यांमध्ये अशा भूमिगत नद्या आढळून येतात. भूपृष्ठाखालील खडक जर चुनखडी, इतर कार्बोनेट संयुगे, मीठ अथवा जिप्सम यांसारख्या जलविद्राव्य पदार्थांचा बनलेला असेल तर त्यात विलयछिद्रे बऱ्याचदा दिसून येतात. गारगोटी आणि क्वार्टझाईट खडकांच्या प्रदेशांमध्येही ते तयार होतात. खडकाचे कण जसजसे पाण्यात विरघळतात तसतशा भूपृष्ठाखाली पोकळ्या निर्माण होतात. पृष्ठभागाखाली पुरेसा आधार नसेल तर तो अचानक कोसळून विलयछिद्र तयार होते.

स्थानिक नावे
उद्भाव
निर्मिती
नैसर्गिक प्रक्रिया