ग.प्र. प्रधानांचा आदर्श समोर असल्याने, शिक्षण क्षेत्रातच काम करायचे ठाकरे यांनी ठरवले. घरची खूप शेती होती. दूधदुभत्याला कमी नव्हते. पण रोख पैसा नसायचा, त्यामुळे एका शाळेत पूर्ण वेळ शिकवता-शिकवता ते मुंबई विद्यापीठातून एम.एस्‌‍सी.. झाले. या परीक्षेत गणितात पहिला क्रमांक मिळाल्याने त्यांना मुंबईतील साऊथ इंडियन एज्युकेशन सोसायटीच्या महाविद्यालयात सहज नोकरी मिळाली. पुढे मुंबईतीलच व्हिक्टोरिया ज्युबिली टेक्निकल इन्स्टिट्यूट, मिठीबाई कॉलेज अशा नोकर्‍या करून एन.के. ठाकरे गोव्यातील चौगुले कॉलेजमध्ये लागले. अंती १९६९ पासून कोल्हापूरच्या शिवाजी विद्यापीठात गणिताचे प्राध्यापक म्हणून रुजू झाले, आणि आठ वर्षांनी निवृत्त झाले.

कोल्हापूरच्या या नोकरीच्या काळात त्यांना गणितातली पीएच.डी. मिळाली. आठ वर्षांत त्यांचे गणितासंबंधीचे २००हून अधिक शोधनिबंध प्रसिद्ध झाले.

एन.के. ठाकरे सन १९८२ ते १९८५ या काळात धुळ्यातील जय हिंद महाविद्यालयाचे प्राचार्य होते. त्यानंतर त्यांना पुणे विद्यापीठात टिळक अध्यासनाचे "टिळक प्रोफेसर ऑफ मॅथेमॅटिक्स’ हे मानाचे पद मिळाले.

शैक्षणिक कारकीर्द
शिक्षणाचा उंचावलेला स्तर
शैक्षणिक शुद्धी
उत्तर महाराष्ट्र विद्यापीठाची मालमत्ता