इ,स पूर्व १,४००ते इ,स पूर्व ३०० चा कालखंड म्हणजे Jōmon कालखंड होय. मानवी संस्कृती व स्थिर जीवनशैलीची चिन्हे प्रथमतः Jōmon संस्कृतीसोबत इ.स. पूर्व १४००० च्या सुमारास दिसली. अर्ध-भटकी जीवनशैली, शिकार करून जगणे, पाण्यावरील लाकडीघरे व अविकसित शेती ही Jōmon कालखंडाची वैशिष्ट्ये होती. लोकं अजूनही वीणकाम शिकले नव्हते व जनावरांची कातडी किंवा लोकराचे कपडे म्हणून वापर करत नव्हते. Jōmon काळात लोकांनी मातीची भांडी बनवायला सुरुवात केली व सुशोभिकरणासाठी ती ओल्या मातीवर काठीने किंवा दोरीने नक्षीकाम करत होते. radio-carbon dating च्या आधारे इ.स. पूर्व ११००० वर्षांपासूनची खंजीर, मौल्यवान खडे, शंख-शिंपल्यांपासून बनवलेले कंगवे आणि इतर घरेलू वस्तूंची काही जिवन्त उदाहरणे आजही जपानमध्ये सापडतात.

नुकतेच १९९८ मध्ये ओदाई यामामोतो येथे एका भांड्याचे काही तुकडे सापडले, जे इ.स. पूर्व १४,५०० मधील; म्हणजेच जपानमधील माहित असलेले सर्वांत जुने मातीचे भांडे असल्याचे समजते. काही जुन्या शोधांमध्ये शिकोकू मधील फुकुई गुहा १२००० ± ३५० आणि १२५०० ± ५०० BP (कामाकी & सेरीझावा १९६७), Kamikuroiwa rock shelter १२, १६५ ± ३५० BP यांचासमावेश होतो. काही सुसज्ज मातीचे पुतळे, ज्यांना dogū म्हणतात; Jōmon संस्कृतीच्या उत्तरार्धातील असल्याचे समजते.


इ.स. पूर्व ४०० किंवा ३०० ते इ.स. २५० पर्यंतचा कालखंड म्हणजे Yayoi कालखंड होय. हा कालखंड Jōmon कालखंडानंतरयेतो. या कालखंडाचे नाव Yayoi शहरावरून पडले, जो Bunkyō, Tokyo शहरांचा एक भाग होता। Yayoi कालखंडाच्या सुरुवातीला वीणकाम, तांदुळाची शेती आणि लोखंड व कांस्य धातू निर्मिती इत्यादींची सुरुवात झाली. लोखंड व कांस्य Yayoi जपानमध्ये सोबतच आल्याचे समजते. लोखंडाचा वापर मुख्यतः शेती व इतर साधनांसाठी केला जाई, याउलट कांस्य हे धार्मिक विधींसाठी आणि सणांमध्ये वापरले जाई. या धातूंचे ओतकाम जपानमध्ये इ.स. पूर्व १०० च्या सुमारास चालू झाले, परंतु यासाठी लागणारा कच्चा माल आशिया (Asia) खंडातून येत असे. जपानचा लिखित उल्लेख प्रथमतः इ.स. ५७ मध्ये चीनच्या Book of the Later Han मध्ये पुढीलप्रमाणे करण्यात आला: " Lelang समुद्रापलीकडे Wa चे लोक राहतात. ते १०० पेक्षा जास्त जमातीचे असून वारंवार येतात आणि खंडणी भरतात." तसेच या पुस्तकानुसार Wa चा राजा Suishō १०७ मध्ये सम्राट An of Han ला गुलामांची भेट देत असे. इ.स. ३ च्या शतकात लिहिलेल्या Sanguo Zhi या पुस्तकात लिहिल्याप्रमाणे हा देश छोट्या-छोट्या ३० जमातींचा बनलेला असून Himiko नावाची Yamataikoku येथील एक shaman राणी त्यावर राज्य करत असे.

क्युशु मधील Yoshinogari ची जागा ही पुराणवस्तूंच्या संशोधनासाठी अत्यंत प्रसिद्ध असून अनेक शतके सतत मानवी वास्तव्य असलेल्या मोठ्या वसाहतीला प्रदर्षित करते. उत्खननानुसार सर्वांत प्राचीन भाग हे इ.स. पूर्व ४०० च्या सुमाराचे असावेत. येथिल रहिवास्यांचे मुख्य भूमिसोबत सतत संपर्क आणि व्यापारी संबंध असल्याचे समजते. आज काही पुनर्रचित इमारती-पुराणसंशोधन उद्यानात पहायला मिळतात.


कोफुन कालखंडाची सुरवात इ.स. २५० च्या सुमारास झाली व त्याचे नाव या काळात दिसायला सुरु झालेल्या मोठ्या दफनकेलेल्या मातीच्या ढिगा (Kofun)वरुन पडले. या काळात भक्कम लष्करी राज्यांची स्थापना झाली. हे प्रत्येक राज्य एका प्रबळकुळवंशाशी केंद्रित झाले होते. इ.स. ३र्या ते ७व्या शतकात प्रबळ Yamato या सुसंगठीत राज्यसंस्थेची स्थापना Yamato व Kawachi प्रांतात झाली, ज्याने जपानी सम्राटाच्या वंशाची (Japanese imperial lineage) स्थापना केली. इ.स. ५व्या शतकात जपानने चीनच्या सम्राटांना खंडणी पाठवायला सुरुवात केली. चीनच्या इतिहासात या राज्यसंस्थेला Wa असे म्हणतात, ज्यात ५ राजांची नोंदणी केली गेली होती. या राजांनी चीनच्या नमुन्यावर आधारित एक केंद्रीय राज्यकारभार व्यवस्था व राजदरबार-न्यायपद्धती चालू केली. समाजाला वेगवेगळ्या व्यावसायिक गटांमध्ये विभाजित करण्यात आले होते. कोरियाची ३ राज्ये आणि जपानशी निकट संबंध या कालखंडाच्या मध्यात म्हणजेच इ.स. ४थ्या शतकाच्या शेवटी सुरु झाले.

प्राचीन जपान
जपानचा पूर्व इतिहास
प्राचीन जपान
परंपरागत जपान