मॅसेडोनियाच्या तरूण राज्यकर्त्याला आपण उलथून पाडू शकू या विश्वासाने अथेन्स आणि थेबेस या दोन मांडलिक शहरांनी अलेक्झांडरच्या विरुद्ध बंड केले. इ.स.पू. ३३५ मध्ये अलेक्झांडर मॅसेडोनियाची उत्तरेकडील सीमा बळकट आणि निश्चित करण्यात मग्न होता. तिथून त्याने थेबेसवर स्वारी केली. थेबेसच्या सैन्याने अलेक्झांडरचा निकराने प्रतिकार केला. या लढाईत त्यांचे सैन्य मोठ्या प्रमाणावर कामी आले. परंतु अंतिम विजय अलेक्झांडरचा झाला. भविष्यात या शहरांकडून पुन्हा प्रतिकार व्हायला नको तसेच अथेन्ससारख्या इतर शहरांवर दहशत बसावी म्हणून अलेक्झांडरने ते शहर बेचिराख केले. थेबेसचे भाग करून ते इतर शहरांच्या अधिपत्याखाली दिले. सुमारे ६००० नागरिकांचे शिरकाण करून अंदाजे ३००० नागरिकांना गुलाम करून त्यांना आजूबाजूच्या प्रदेशात विकले; केवळ शहरातील पुजारी व अलेक्झांडरला सामील असणारे सरदार यांनाच अभयदान देण्यात आले. प्लूटार्कच्या इतिहासाप्रमाणे थेबेस शहरात पिंडर या प्रसिद्ध कवीच्या घराखेरीज इतर कोणतीही इमारत अलेक्झांडरने शिल्लक ठेवली नाही. 

यानंतर अथेन्सने अलेक्झांडरसमोर आपली संपूर्ण शरणागती पत्करली. अलेक्झांडरनेही इतर बंडखोर शहरांना अभयदान दिले आणि आपले लक्ष पर्शियाच्या साम्राज्यावर केंद्रित केले.

अथेन्स आणि थेबेसची बंडाळी
राज्याची विभागणी
आयससची लढाई
मृत्यू