अथेन्समधील सर्वात पाहिल्या मानवी वास्तव्याच्या खुणा इ.स. पूर्व ११व्या ते सातच्या सहस्रकादरम्यानच्या काळात सापडल्या आहेत. तसेच अथेन्समध्ये गेली किमान ७,००० वर्षे सलग मानवी वस्ती राहिली आहे असे मानले जाते. इ.स. पूर्व १४०० दरम्यान अथेन्स हे कांस्य युगातील प्रागैतिहासिक ग्रीक संस्कृतीमधील महत्त्वाचे स्थान होते. अ‍ॅक्रोपोलिस हे त्या काळी एक किल्ला म्हणून वापरले जात असे. इ.स. पूर्व ९०० च्या आसपास लोह युगादरम्यान अथेन्स हे एक मोठे व्यापार केंद्र व एक सुबत्त शहर होते. ग्रीसमधील अथेन्सचे मध्यवर्ती तसेच समुद्राजवळील स्थान तसेच अ‍ॅक्रोपोलिसवरील ताबा ही अथेन्सच्या महत्त्वाची प्रमुख कारणे मानली जातात.

इ.स. पूर्व पाचव्या शतकात अथेन्समध्ये लोकशाहीची स्थापना व येथील सुवर्णकाळाची सुरुवात झाली. ह्या काळात प्राचीन ग्रीसमधील अथेन्स हे सर्वात मोठे सत्ताकेंद्र बनले तसेच पश्चिमात्य संस्कृती व समाजाची पाळेमुळे रोवली गेली. तत्ववेत्ता सॉक्रेटिस, शास्त्रज्ञ हिपोक्रेटस, इतिहासकार हिरोडोटस तसेच लेखक त्रिकुट एशिलस, सॉफोक्लीस व युरिपिडस ह्या प्रसिद्ध व्यक्ती ह्याच काळात अथेन्समध्ये वास्तव्यास होत्या. ह्या काळात अथेन्समध्ये वास्तूशास्त्राचे नवे पर्व आरंभ झाले ज्यादरम्यान अ‍ॅक्रोपोलिस, पार्थेनॉन व इतर अनेक इमारती बांधण्यात आल्या. ह्या काळातील सत्तास्पर्धेचे रूपांतर पेलोपोनेशियन युद्धात झाल्या ज्यामध्ये स्पार्टा साम्राज्याने अथेन्सला पराभूत केले.

इ.स. पूर्व ३३८मध्ये मॅसेडोनच्या दुसऱ्या फिलिपने इतर ग्रीक शहर-सत्तांचा पराभव केला व अथेन्सचे स्वातंत्र्य संपुष्टात आणले. अलेक्झांडर द ग्रेटच्या कारकीर्दीत अथेन्स सुबत्त परंतु परतंत्र शहर होते. इ.स. पूर्व ८०च्या सुमारास अथेन्स रोमन साम्राज्याच्या ताब्यात आले व येथील अनेक वास्तू उध्वस्त केल्या गेल्या. रोमनांच्या ५०० वर्षांच्या सत्तेदरम्यान अथेन्स एक महत्त्वाचे शैक्षणिक व तत्त्वज्ञान केंद्र होते. अथेन्समधील ख्रिश्चन धर्म ह्याच काळात वाढीस लागला. इ.स. ५२९मध्ये अथेन्सवर बायझेंटाईन साम्राज्याने कब्जा मिळवला व येथपासून अथेन्सचे महत्त्व कमी होउ लागले. येथील अनेक मौल्यवान वस्तू कॉन्स्टेन्टिनोपलला हलवण्यात आल्या. अकराव्या व बाराव्या शतकामध्ये अथेन्सचे महत्त्व पुन्हा वाढले व व्हेनिसमधून अनेक लोक येथे दाखल झाले. ह्या काळात अथेन्सच्या वेगवान प्रगतीचे अनेक पुरावे आढळतात. १२०४ ते १४२८ सालांदरम्यान बोर्गान्य, कातालोनिया व फ्लोरेन्स ह्या तीन लॅटिन साम्राज्यांनी साली अथेन्सवर सत्ता गाजवली. 

अखेर इ.स. १४५८ साली ओस्मानी साम्राज्याने अथेन्सवर कब्जा केला. दुसरा मेहमेद अथेन्समध्ये शिरत असताना येथील येथील वास्तूशास्त्राने मोहित झाला व त्याने अथेन्समध्ये लुटालुट व जाळपोळ करण्यावर बंदी आणली. ओस्मानांनी पार्थेनॉनचा वापर मशीद म्हणून करण्यास सुरुवात केली. त्यांच्या ३७५ वर्षांच्या राजवटीत अथेन्सचे अतोनात नुकसान झाले व येथील लोकसंख्या झपाट्याने कमी झाली. १८३३ साली अखेरीस ग्रीक स्वातंत्र्यलढ्याला यश मिळाले व ओस्मानांनी अथेन्स सोडले. नव्या ग्रीस देशाची अथेन्स राजधानी नियुक्त केली गेली. ह्या काळापर्यंत अथेन्समधील अनेक इमारती जमीनदोस्त झाल्या होत्या व शहर जवळजवळ संपूर्णपणे निर्मनुष्य व बकाल झाले होते. ग्रीसची राजधानी बनल्यानंतर मात्र अथेन्सचा वेगाने विकास झाला व येथील लोकसंख्या पुन्हा वाढीस लागली. १९व्या शतकाच्या उत्तरार्धात अथेन्समध्ये अनेक उत्कृष्ट इमारती बांधण्यात आल्या. इ.स. १८९६ साली अथेन्समध्ये नव्या युगातील पहिली ऑलिंपिक स्पर्धा भरवली गेली.

दुसऱ्या महायुद्धानंतर अथेन्समधील लोकसंख्येचा स्फोट झाला व पायाभुत सुविधा अपुऱ्या पडू लागल्या. १९९०च्या दशकात अनेक नवे प्रकल्प सुरू करण्यात आले तसेच प्रदुषण कमी करण्यासाठी पावले उचलली गेली. इ.स. २००४ साली अथेन्सने पुन्हा ऑलिंपिक स्पर्धेचे आयोजन केले.
वाहतूक
भूगोल
नावाची व्युत्पत्ती
इतिहास