चाफेकरांनी सेवानिवृत्तीनंतरच्या काळात 'भारत इतिहास संशोधक मंडळ', 'मराठी ग्रंथोत्तेजक सभा', 'राजवाडे संशोधन मंडळ', 'धर्मनिर्णय मंडळ' आदी अनेक संस्थांमधून काम केले. अनेक नव्या-जुन्या साहित्यिकांना एकत्र आणून त्यांनी 'महाराष्ट्र साहित्य परिषदे'ला ऊर्जितावस्थेला आणले. पुणे विद्यापीठातून पीएच.डी. करणाऱ्या विद्यार्थ्यांना ते मार्गदर्शन करीत. त्या विद्यापीठाकडून १९६६ साली ना.गो. चापेकर यांना डी.लिट्‌. ही सन्माननीय पदवी देण्यात आली.

बदलापुरातील नियोजित स्मारक
पुरस्कार
निवृत्तीनंतर
लिहिलेली पुस्तके