एकनाथ खडसे यांच्या राजनैतिक जीवनाची सुरुवात कोथळी गावमध्ये सरपंच बनण्यापासून झाली. जेव्हा पहिल्यांदा ते कोथळी ग्रामपंचायतीमध्ये सभासद पदासाठी उभे राहिले तेव्हा त्यांचा पराभव झाला होता. नंतर दुसऱ्या वेळी ते निवडून आले. १९८९ मध्ये ते मुक्ताईनगर तालुक्यातून विधानसभेसाठी निवडणुकीसाठी उभे राहिले व ते निवडून आले. तेव्हापासून ते मुक्ताईनगर तालुक्यातून विधानसभेसाठी अपराजित राहिले आहेत.२००९ मध्ये एकनाथ खडसेंची महाराष्ट्र विधानसभेत विरोधी पक्षनेतेपदी निवड झाली. २०१४ मध्ये नरेंद्र मोदींच्या लाटेवर भा.ज.प. निवडून आली तेव्हा खडसे मुख्यमंत्री पदाचे उमेदवार होते परंतु देवेंद्र फडणवीस यांची मुख्यमंत्रिपदी निवड झाली. खडसे हे महाराष्ट्राचे महसूल मंत्री, कृषी मंत्री, राज्य उत्पादनशुल्क मंत्री बनले २०१६ मद्धे खडसेंवर भ्रष्टाचाराचे आरोप झाल्यामुळे त्यांना राजीनामा द्यावा लागला.२०१९ च्या महाराष्ट्र विधानसभा निवडणुकीसाठी भारतीय जनता पक्षाकडून त्यांना उमेदवारी नाकारण्यात आली. २०१९ मध्ये आमदारकीसाठी त्यांची कन्या रोहिणी खडसे-खेवलकर हिला भाजपने तिकीट दिले. शिवसेनेचे जिल्हा अध्यक्ष चंद्रकांत पाटील यांनी भजपा, रोहिणी खडसे विरुद्ध अपक्ष फॉर्म भरला. त्यांना राष्ट्रवादी कॉंग्रेस पार्टी ने पाठिंबा दिला व 'चंद्रकांत पाटील' यांनी रोहिणी एकनाथ खडसे (बिजेपी) यांचा १९८९ मतांनी पराभव केला.ते प्रथम वेळेस आमदार बनून निवळून आले 

एकनाथ खडसे यांनी महाराष्ट्राचे माजी मुख्यमंत्री देवेंद्र फडणवीस आणि जामनेरचे आमदार व माजी मंत्री गिरीश महाजन यांच्या वर आरोप केले. गिरीश महाजन व देवेंद्र फडणवीस यांच्या मुळेच आपले तिकीट कापले गेल्याचा खळबळ जनक आरोप त्यांनी एका वृत्त-वाहिनिशी बोलतांना केला. आपली राजकीय कारकीर्द संपवण्याचा कट रचला गेला असाही आरोप त्यांनी केला. जनाधार असलेल्या नेत्यांना तिकीट नाकारले व दुसऱ्या पक्षातून आलेल्यांना तिकीट दिले गेले त्यामुळेच २०१९ विधानसभेत अपयश आले असे ते म्हणाले. खडसे यांनी आरोप केला की कोर कमिटी च्या बैठकीत देवेंद्र फडणवीस आणि गिरीश महाजन यांना आपल्या बद्दल नाराजी व्यक्त केली. त्यामुळे आपल्याला (खडसेंना) तिकीट दिले गेले नाही.

इसवी सन २००० पूर्वीचा काळ
जीवनचरित्र
विधानसभेतील उल्लेखनीय कामगिरी
राजकीय कारकीर्द