त्यानंतर अभाअण्णाद्रमुक पक्ष पुन्हा एकदा कॉंग्रेस पक्षाचा मित्रपक्ष बनला तर द्रमुक भाजप आघाडीत सामील झाला.
१९९९ च्या लोकसभा निवडणुका दोन्ही पक्षांनी अनुक्रमे कॉंग्रेस आणि भाजप यांच्याशी युती करून लढवल्या.२००१ च्या राज्य विधानसभा निवडणुकींसाठी अभाअण्णाद्रमुक-कॉंग्रेस-तमिळ मनिला कॉंग्रेस-भारतीय कम्युनिस्ट पक्ष आणि मार्क्सवादी कम्युनिस्ट पक्ष अशी मजबूत आघाडी जयललितांनी उभारली.मात्र त्याआधी तमिळनाडूतील विशेष न्यायालयाने जयललितांना भ्रष्टाचाराच्या एका प्रकरणात दोषी ठरवून २ वर्षांची शिक्षा केली. जयललितांनी त्याविरूध्द उच्च न्यायालयात अपील करून शिक्षेला स्थगिती मिळवली. पण कायद्याप्रमाणे जयललिता मे २००१ च्या निवडणुका लढवू शकल्या नाहित. त्यांच्या आघाडीने २३४ पैकी १९६ जागा जिंकल्या.जयललिता स्वतः निवडणुका लढवायला अपात्र ठरल्यामुळे त्यांना राज्यपाल सरकार स्थापण्यासाठी बोलवणार नाहीत असा अंदाज होता. पण राज्यपाल मीर साहेबा फातिमा बिवी यांनी जयललितांनाच सरकार स्थापण्यासाठी आमंत्रित करून १४ मे २००१ रोजी त्यांना मुख्यमंत्रिपदाची शपथ दिली. राज्यपालांच्या त्या निर्णयाविरुद्ध सर्वोच्च न्यायालयात याचिका दाखल करण्यात आली.

२ वर्षांची शिक्षा, राज्यपालांचे निमंत्रण
वाजपेयी सरकार वरील दबाव
करुणानिधी तुरुंगात
कांची कामकोटी प्रकरण