इंटरग्लोब एन्टरप्राइझेसच्या राहुल भाटिया आणि अमेरिकास्थित अनिवासी भारतीय राकेश गंगवाल या दोघांनी मिळून २००६ च्या सुरुवातीस ही कंपनी उभी केली. इंडिगोमध्ये इंटरग्लोबची ५१.१२% आणि गंगवालच्या व्हर्जिनियास्थित कॅलम इन्व्हेस्टमेंट कंपनीची ४८% गुंतवणूक आहे. २००६ च्या मध्यापर्यंत विमान सेवा सुरू करण्याच्या इराद्याने जून २००५ मध्ये या कपंनीने १०० एरबस ए ३२०-२०० विमानांची मागणी नोंदविली. जवळजवळ वर्षभरानंतर २८ जुलै २००६ रोजी इंडिगोला ही विमाने मिळाली. ४ ऑगस्ट २००६ रोजी नवी दिल्ली ते गुवाहाटीमार्फत इंफाळपर्यंत पहिले उड्डाण झाले. २००६ च्या अखेरीस इंडिगोकडे सहा विमाने आली होती. २०१२ पर्यंत इंडिगोच्या ताफयात ५० विमाने सामील झाली.
यानंतर इंडिगोने दरवर्षी प्रवासीसंख्या वाढवत नेली. इतर विमान कंपन्यांच्या तुलनेत इंडिगोने प्रवाशांना दिलेल्या स्वस्त दरातील सेवेमुळे किंगफिशर, जेट एअरवेज यांसारख्या कंपन्यासुद्धा स्पर्धेत मागे पडल्या.जानेवारी २०१३मध्ये जगामध्ये इंडोनेशियातील लायन एअरनंतर इंडिगो दुसऱ्या क्रमांकावर असलेली विमान कंपनी होती. एअरबस ए३२०-२०० जातीची विमाने वापरून इंधनवापरात बचत करणारी ही पहिली भारतीय कंपनी होती.

सेवानिवृत्ती
नवीन विमानांची मागणी
मान आणि सन्मान
इतिहास