लहान आतड्याची संरचना चार स्तरांची असते. याचा सर्वांत आतला स्तर म्हणजे श्लेष्मपटल. या स्तरात पाचकरस स्रवणाऱ्या ग्रंथी आपला स्राव सोडतात. श्लेष्मपटलाच्या वर्तुळाकार घड्या असून त्यात बोटासारखे उंचवटे असतात. यानंतरच्या स्तरात पाचक स्राव निर्माण करणाऱ्या ग्रंथी तसेच अन्नघटक शोषणाऱ्या पेशी असतात. या स्तरातील पेशी दर ३-५ दिवसांनी नव्याने निर्माण होत असतात. नंतरचा स्नायुस्तर हा क्रमसंकोची स्नायूंचा असतो. या स्नायूंच्या एकामागोमाग एक होणाऱ्या पद्धतशीर आकुंचनामुळे अन्न पुढे ढकलले जाते. स्नायुस्तराच्या बाहेर संरक्षणात्मक कार्य करणारा बाह्यस्तर असतो.

लहान आतड्यात छोटे छोटे असे अनेक लसिकापेशीसमूह असतात. एकेका समूहात २०-३० लसिका ग्रंथी असतात. यांना पेअर क्षेत्रे (पेअर्स पॅचेस) असे म्हणतात. आतड्यातून होणाऱ्या जीवाणुसंसर्गाचा प्रतिकार करणे हे या ग्रंथीचे मुख्य कार्य आहे.

कार्ये
संरचना
आकार
लहान आतड्याचे भाग