जयललिता सत्तेवर आल्यावर करुणानिधींना तुरुंगात डांबून त्यांच्यावर सूड उगवतील अशी सर्वांची अटकळ होती.आणि झालेही तसेच. ३० जून २००१ रोजी मध्यरात्री पोलिसांनी करुणानिधी आणि त्यांचे पुत्र स्टॅंलिन यांना चेन्नाई शहरात बांधलेल्या फ्लायओव्हर ब्रीज बांधण्यात भ्रष्टाचार केल्याच्या आरोपावरून, तर केंद्रीय मंत्री मुरासोली मारन आणि टी.आर.बालू यांना पोलिस कारवाईत अडथळा आणल्याबद्दल अटक केली .त्यावेळी पोलिसांनी ७८ वर्षांच्या करुणानिधींना अपमानास्पद वागणूक दिली असा आरोप झाला, त्याचा देशभरात निषेध झाला. जयललितांचे सरकार बरखास्त करायचीही मागणी उठली.

जयललितांचा काळ
करुणानिधी तुरुंगात
वाजपेयींचा राजीनामा
इ२००० ते पुढे