मालिकेतील आधल्या खेळांप्रमाणे "सिव्हलिजेशन ५" मध्येसुद्धा शहरे ही खेळाचा आधारस्तंभ असतात. एका वसाहतकार घटकाकढून शहरे निर्माण केली जातात. जसजशी ह्या शहरांची लोकसंख्या वाढत जाते तसतसे त्यांमध्ये घटक व इमारती निर्माण केल्या जातात. शहरे विज्ञान उत्पन्न करतात, व त्यामुळे खेळाडू नवीन तंत्रशास्त्रांचा शोध लावू शकतात. तसेच शहरे, ज्याचा खेळात विविध प्रकाराने उपयोग केला जाऊ शकतो असे सोने निर्माण करतात. यांचबरोबर शहरे संस्कृती स्थापित करतात. अशाने त्या शहराच्या सीमा वाढतात व खेळाडू सामाजिक बांधिलकी मिळवतात.

"सिव्हलिजेशन ५" मध्ये एक खास बदल म्हणजे की शहरे स्वतःच्या संरक्षणासाठी घटकांवर अवलंबून राहत नाहीत. ते आता स्वतःचे रक्षण करू शकतात व आपल्यापासून दोन फरशा बाहेर पर्यंत शत्रूच्या घटकांवर हल्ला करू शकतात. शहरांवरील हल्ल्यांच्या मोजणीसाठी गुण ठेवलेले आहेत. ते मार खाल्ल्याने कमी होत जातात व मार न खाल्ल्याने पुनर्जनित होतात. जर का एका शहराने सर्व गुण गमावले, तर ते शहर हल्ला करणार्‍या फौजेला सोपवले जाते. त्यापुढे ती जिंकणारी फौज शहर ताब्यात घेऊ शकते व त्यावर एक नामधारी अधिकारी नेमू शकते, किंवा ते शहर पूर्णपणे उध्वस्त करू शकते. मार अंक वाढवण्यासाठी खेळाडू एखाद्या घटकाला गरज असेल त्या शहरात शिबंदी बसवू शकतो किंव्हा त्या शहरात तटबंदी, किल्ला व युद्धसामग्रीसाठी गोदामे अशा संरक्षणासाठी आवश्यक असलेल्या इमारती बांधू शकतो.

सामाजिक नीत्या
शहरे
खेळणे
घटक व लढाई