गोदावरीतील पाणी ऋतूप्रमाणे कमी-अधिक असते. नदीतून वाहणार्‍या पाण्यापैकी ८०% पाणी [[जुलै महिना|जुलै]]-[[ऑक्टोबर महिना|ऑक्टोबर]] या चार महिन्यातच वाहून जाते. उर्वरीत काळात खोऱ्यात दुष्काळाची स्थितीही असू शकते. हे पाणी व्यवस्थित वापरले जावे, पुरांचा प्रश्न मिटावा व ज्या ठिकाणी नदी पोहचत नाही त्या भागात पाणी उपलब्ध व्हावे यासाठी गोदावरी खोऱ्यात अनेक पाटबंधारे प्रकल्पांची निर्मिती केली गेली आहे.

नदी खोऱ्यातील विविध समूहांच्या गरजा वाढल्यामुळे इतर नद्यांप्रमाणेच गोदावरी नदीच्या पाणीवाटपाचे प्रश्न गंभीर झाले आहेत. नदीकाठांवर व कालव्यांवर असलेली अनेक खेडी, शहरे, राज्ये इत्यादी पिण्यासाठी, शेतीसाठी व औद्योगिक वापरांकरिता लागणार्‍या पाण्याकरिता परस्परांशी संघर्ष करीत असतात. पाण्याचा अपव्यय टळावा व योग्य पाणीव्यवस्थापन व्हावे यासाठी शासन प्रयत्न करत असल्याचा दावा करते.

गोदावरीखोऱ्याचे पाणलोट क्षेत्र ३,१९,८१० कि.मी. असून भारताच्या एकूण क्षेत्रफळाच्या ९.५% भाग व्यापते. महाराष्ट्राकरिता गोदावरी खोऱ्यात १,७९८ टी.एम.सी. उपलब्ध पाण्यापैकी ७५% म्हणजे १,३१८ टी.एम.सी. भरवशाचे असले तरी आंतरराज्य निवाड्यानुसार महाराष्ट्राच्या वाट्यास अधिकतम १,०९७ टी.एम.सी. उपलब्ध होणार आहे. ([[कृष्णा नदी|कृष्णा खोरे]] १,२०१ टी.एम.सी., [[तापी नदी|तापी खोरे]] ३२२ टी.एम.सी., [[नर्मदा नदी|नर्मदा खोरे]] २० टी.एम.सी. क्षमता असली तरी आंतरराज्य लवादानुसार सर्व खोरे मिळून एकूण १,८९० टी.एम.सी. पाणी महाराष्ट्रास उपलब्ध राहील.

[[आंध्र प्रदेश]] राज्यास किमान १,४८० टी.एम.सी. पाणी गोदावरी खोऱ्यातून मिळू शकते.

मध्य गोदावरी
कर्नाटकातून येणारी
इतर
जलव्यवस्थापन