मे १९९८मध्ये वाजपेयी सरकारने जमिनीखाली ५ अणुचाचण्या केल्या. सत्ता प्राप्त केल्यावर केवळ एका महिन्यात करण्यात आलेल्या या चाचण्या जगाला, खास करून अमेरिकेला हादरवणाऱ्या ठरल्या, कारण भारताने अमेरिकेच्या हेरगिरी उपग्रहाला चुकवून त्या पार पाडल्या होत्या. पुढील २ आठवड्यांत पाकिस्ताननेही अणुचाचण्या केल्या. रशिया आणि फ्रान्स यांनी भारताच्या स्वसंरक्षणासाठी आणि शांततापूर्ण उपयोगासाठी अण्वस्त्रक्षमतेचे समर्थन केले. तरी अमेरिका, कॅनडा, जपान, इंग्लंड, युरोपीय महासंघ यांनी भारतावर अनेक क्षेत्रांत निर्बंध लादले, तरी वाजपेयींच्या आर्थिक धोरणांमुळे भारताला त्यांची झळ लागली नाही. अखेर भाजप आणि वाजपेयींच्या प्रतिमेच्या दृष्टीने या अणुचाचण्या लाभदायीच ठरल्या. 

विशेष म्हणजे अमेरिकेने लादलेल्या आर्थिक प्रतिबंधांनंतरही वाजपेयींच्या काळात भारताच्या विदेशी गंगाजळीत, व्यापारात व विदेशी गुंतवणूकीच्या रूपात शंभर हजार कोटींपर्यंत वाढ होऊन आधीच्या सरकारांच्या काळात देशाला लागलेले 'कर्जबाजारी' हे विशेषण गळून पडले व भारत इतर देशांना कर्ज देऊ लागला.

पहिली खेप (मे १९९६)
दुसरी खेप (मार्च १९९८)
अणुचाचणी पोखरण २
कारगील युद्ध