मुसलमानांनी हल्ला केल्यावर तिरहुतच्या शासकांनी उत्तरेकडे काठमांडू खोऱ्यात पळ काढला. मल्ला युगाच्या सुरुवातीच्या वर्षांत खस आणि तुर्क मुस्लिमांमुळे हल्ले झाले होते. या आपत्तीमुळे लीकावी युगाच्या वास्तुशिल्ल्यांचा नाश झाला आणि शहरातील विविध मठांमधील साहित्याचे नुकसान झाले. कष्टांच्या पार्श्वभूमीवर काठमांडू पुन्हा प्रमुख झाला आणि बहुतेक मल्ल युगाच्या काळात भारत आणि तिबेट यांच्यातील व्यापार व्यापला. हिमालयी व्यवसायात नेपाळी चलन प्रमाणित बनले. 

मल्ल युगाच्या उत्तरार्धात काठमांडू व्हॅलीमध्ये कांतीपुर, ललितपुर, भक्तपुर, आणि किर्तपुर हे चार मजबूत शहर होती. हे नेपाळच्या मल्ल संघटनेच्या राजधान्यांसारखे होते. या राज्यांमध्ये कला, वास्तुकला, सौंदर्यशास्त्र आणि व्यापारात एकमेकांशी स्पर्धा झाली, त्यामुळे प्रचंड विकास झाला. सार्वजनिक इमारती, मंदिराचे बांधकाम, तसेच जलप्रसाधनांचा विकास, ट्रस्टचे संस्थाकरण, कायद्याचे संहिताकरण, नाटके लिहिणे, आणि शहर स्क्वेअर मध्ये नाटकांची कामगिरी या कालखंडातील राजांनी निर्माण केले. 

भारत, तिबेट, चीन, पर्शिया आणि युरोपमधील इतर ठिकाणांच्या कल्पनांचा पुरावा राजा प्रताप मल्ल्याच्या काळातील शिलालेखात आढळून येतो. या कालखंडातील पुस्तके त्यांच्या तांत्रिक परंपरा (तांत्रख्या), औषध (हरमीखला), धर्म (मुळदेवशाशिदेव), कायदा, नैतिकता आणि इतिहास यांचे वर्णन करतात. काठमांडू दरबार स्क्वेअर, पाटन दरबार स्क्वेअर, भक्तपुर दरबार स्क्वेअर, किर्तीपूरचे पूर्वीचे दरबार, न्यातापोला, कुंभेश्वर, कृष्णा मंदिर आणि इतर या काळातील वास्तुशिल्पीय उल्लेखनीय इमारतींचा समावेश होतो. 

मल्ला युग
आधुनिक युग
इतिहास
लिच्छवी युग