आग्राचा उल्लेख महाभारतामध्ये देखील केला गेला आहे. इ.स. १५०६ साली लोधी सुलतान सिकंदर लोधीने आपली राजधानी दिल्लीहून आग्र्याला हलवली. सिकंदर लोधीचा पुत्र इब्राहिम लोधी १५२६ साली पानिपतच्या पहिल्या लढाईमध्ये ठार झाला व मुघल सम्राट बाबरची आग्र्यावर सत्ता आली. मुघल साम्राज्यकाळ आग्र्यासाठी दैदिप्यमान ठरला व येथे अनेक मुघल इमारती व वास्तू उभारल्या गेल्या. बाबरनंतर हुमायून, अकबर, जहांगीर, शाह जहान ह्या मुघल सम्राटांच्या कारकिर्दीत आग्रा हे साम्राज्याचे राजधानीचे शहर राहिले. 

अकबरने आग्र्यामध्ये लाल किल्ला व आग्र्याबाहेर फतेहपूर सिक्री ह्या वास्तू बांधल्या. शाह जहानने आपली दिवंगत पत्नी मुमताज महल हिच्या स्मरणार्थ मोठे स्मरक उभारण्याचे ठरवले व यमुनेच्या काठावर १६५३ साली ताजमहाल बांधून पूर्ण झाला. १६८९ साली शाह जहानने राजधानी शाहजहानाबाद (जुनी दिल्ली) येथे हलवली.

शाहजहानचा मुलगा औरंगजेब ह्याने बापाला कैदेत टाकून सत्ता बळकावली व मुघल साम्राज्याची राजधानी पुन्हा आग्र्याला आणली. १६६६ मध्ये औरंगजेबाने शिवाजी महाराजांना भेटीसाठी आग्र्याला बोलावले. १२ मे १६६६ रोजी औरंगजेबाच्या दरबारात त्याच्या कनिष्ठ सरदारांच्या मागे उभे केल्यामुळे महाराज खवळले व त्यांनी दरबार सोडण्याचा निर्णय घेतला. औरंगजेबाने त्यांना त्वरित अटक करवून कैदेत टाकले. ३ महिने कैदेत राहिल्यानंतर शिवाजी महाराज पुत्र संभाजीसह १७ ऑगस्ट १६६६ रोजी मिठाईच्या पेटाऱ्यांत लपून कैदेमधून पळाले. आग्र्याहून सुटका हा महाराजांच्या जीवनातील एक महत्त्वाचा प्रसंग मानला जातो.

मुघल साम्राज्याचा अस्त झाल्यानंतर १८०३ साली आग्रा ब्रिटीश राजवटीखाली आले. १८३५ मध्ये ब्रिटिशांनी येथे आग्रा प्रांताची निर्मिती केली. १९४७ मधील भारताच्या स्वातंत्र्यानंतर राजधानी दिल्लीच्या जवळ स्थित असल्यामुळे आग्र्याचे राजकीय महत्त्व कायम राहिले.

ताजमहाल
आग्‍ऱ्याचा किल्ला
वाहतूक
इतिहास