गोऱ्या कातडीच्या हूण वंशातील लोकांनी आणि मोहम्मद बिन कासिमसारख्या इस्लाम धर्मांच्या राज्यकर्त्यांनी घातलेल्या धाडींमुळे आणि केलेल्या हल्ल्यांमुळे बौद्ध धर्माला आश्रय देणाऱ्या राजघराण्यांना जेव्हा उतरती कळा लागू लागली तेव्हा बौद्ध धर्माचाही ऱ्हास होऊ लागला; पण नंतर महाबोधी विहार असलेल्या भारतीय उपखंडाच्या ईशान्य भागात पाल साम्राज्यात बौद्ध धर्माचे पुनरूज्जीवन झाले. ८ व्या ते १२ व्या शतकापर्यंत या पाल राजघराण्याच्या आश्रयाने, बौद्ध धर्माच्या ‘महायान’ पंथाची भरभराट झाली.

पण पुढे ‘हिंदू सेना’ नावाच्या राजघराण्याने जेव्हा पाल सम्राटाचा पराभव केला, त्यानंतर परत बौद्ध धर्माचे महत्त्व कमी कमी होत गेले आणि हिमालयीन प्रदेश वगळता संपूर्ण भारतातून बौद्ध धर्म जवळजवळ लोपच पावला. बाराव्या शतकात बोधगया आणि त्यांच्या आसपासच्या प्रदेशावर मुस्लिम सैन्यांनी आक्रमण केले. या सगळ्या धुमश्चक्रीच्या काळात महाबोधी विहाराची दुरवस्था झाली आणि ते खूपच दुर्लक्षिले गेले. पुढील काही शतकांत, हिंदू मठाधिपती किंवा महंतच विहाराच्या जागेचे आपण मूळ मालक आहोत असा दावा करू लागले व तिथे त्यांनी आपला हक्क प्रस्थापित केला.

बोधीवृक्ष
उतरती कळा
बांधकामाची शिल्पशास्त्रीय शैली
जीर्णोद्धार