सध्याच्या केप टाऊनच्या आसपासचे सगळ्यात जुने मानवावशेष १५-१२,००० वर्षांपूर्वीचे आहेत. फिशहोक परिसरातील पियर्स केव्ह येथे सापडलेल्या या अवशेषांबद्दल लिखित माहिती सापडत नाही. पोर्तुगीज खलाशी बार्तोलोम्यू दियासने १४८६मध्ये या प्रदेशाबद्दल नोंद केलेली आढळते. दियास केप टाऊन प्रदेशात पोचणारा पहिला युरोपीय होता. त्याने या भागास "काबो सान तोर्मेंतास" (वादळांचे भूशिर) असे नाव दिले. नंतर पोर्तुगालचा राजा होआव दुसऱ्याने याचे "काबो दा बोआ एस्पेरान्सा" ("केप ऑफ गुड होप" किंवा "चांगल्या आशेचे भूशिर") असे नामकरण केले. यात युरोपातून भारत आणि आशियाकडे जाणारी समुद्री वाट मिळण्याच्या आशेचा उल्लेख होता. वास्को द गामाने १४९७ साली केप ऑफ गुड होपला वळसा घातल्याचा उल्लेख केला आहे. सोळाव्या शतकात पोर्तुगीज, फ्रेंच, डच आणि इंग्लिश जहाजे आपल्या सफरींदरम्यान येथे थांबत असत. येथील खोइखोइ जमातींना ते ताज्या मांसाच्या बदल्यात तंबाखू, लोखंड आणि तांबे देत असत.

१६५२मध्ये व्हेरेनिग्ड ऊस्ट-इंडिश कंपनीने ("व्हीओसी", डच ईस्ट इंडिया कंपनी) यान व्हान रीबेक आणि इतर लोकांना या प्रदेशात वसाहत करण्यास पाठविले. तेथे जाऊन कंपनीच्या जहाजांसाठीचे ठाणे उभारण्याचे काम त्यांना दिले गेले होते. त्यांनी येथे फोर्ट द गुड होप ही गढी उभारली. त्यानंतर काम करण्यासाठी लागणारे मनुष्यबळ उपलब्ध नसल्याने येथील विकास हळू होता. या ठाण्याचा विकास करण्यासाठी व्हीओसीने इंडोनेशिया आणि मादागास्कर येथून गुलाम पकडून आणले. हे गुलाम केप टाऊनमधील कृष्णवर्णी समाजाचे आदिपुरुष/स्त्रिया होत. रीबेक आणि त्याच्यानंतरच्या गव्हर्नरांनी युरोपातील अनेक प्रकारची उपयोगी झाडेझुडुपे आणून येथे लावली. याने येथील स्थानिक पर्यावरण कायमचेच बदलले. द्राक्षे, सफरचंद, शेंगदाणे, नारंगीसह अनेक प्रकारच्या झाडांनी येथील अर्थव्यवस्थेवर मोठा परिणाम केला.
अठराव्या शतकाअखेर नेदरलॅंड्समधील शासन कोलमडून पडले व नेदरलॅंड्स फ्रांसचे मांडलिक राज्य बनले. ही संधी साधून इंग्लंडने नेदरलॅंड्सच्या वसाहतींवर घाला घातला. १७९५मध्ये इंग्लंडने केप टाऊन जिंकले. १८०३च्या तहानुसार त्यांनी ते नेदरलॅंड्सला परत केले परंतु १८०६मध्ये ब्लाउवबर्गच्या लढाईनंतर पुन्हा एकदा या प्रदेशाचा ताबा घेतला. १८१४च्या तहानुसार केप टाऊन कायमचे इंग्लंडच्या आधिपत्यात आले. या शहरास नव्याने रचलेल्या केप वसाहतीची राजधानी करण्यात आले. एकोणिसाव्या शतकाच्या सुरुवातीस या वसाहतीचा पूर्वेस मोठ्या प्रमाणात विस्तार झाला व स्थानिक (युरोपातून स्थलांतरित) लोकांनी इंग्लंडपासून स्वांतंत्र्याची मागणी करण्यास सुरुवात केली. १८५४ साली केप वसाहतीची स्वतःची संसद स्थापन झाली आणि १८७२मध्ये केप वसाहतीसाठी स्वतंत्र पंतप्रधानपदाची रचना झाली. सांसदांच्या निवडणुकीसाठी केप क्वालिफाइड फ्रॅंचाइझ या नियमानुसार वर्णांध परंतु फक्त पुरुषांना मताधिकार देण्यात आला होता.

१८६७मध्ये ग्रिकालॅंड वेस्टमध्ये हिरे सापडले तसेच १८८६मध्ये विटवॉटर्सरॅंडमध्ये मोठ्या प्रमाणात सोने सापडले. याने दक्षिण आफ्रिकेला युरोप व जगातील इतर प्रदेशांतून स्थलांतर करणाऱ्या लोकांचा ओघ लागला. दक्षिण आफ्रिकेच्या आतल्या भागात राहणाऱ्या या लोकांनी ब्रिटिश आधिपत्य धुडकावून लावले. याचे पर्यवसान दुसऱ्या बोअर युद्धात (१८९९-१९०२) झाले. युद्ध जिंकल्यावर ब्रिटिशांनी १९१०मध्ये दक्षिण आफ्रिकेच्या संघाची स्थापना केली. यात केप वसाहत, नाताळ वसाहत आणि दोन बोअर वसाहतींचा समावेश होता. केप टाऊन या संघाची आणि कालांतराने दक्षिण आफ्रिकेच्या प्रजासत्ताकाची राजधानी झाले.

१९४८च्या राष्ट्रीय निवडणुकांमध्ये नॅशनल पार्टीने वर्णभेदाचा पुरस्कार करीत बहुमत मिळविले. स्वार्ट गेव्हार ("काळा धोका") या घोषणेसह या पक्षाने अपार्थाइडची (वर्णानुसार विभक्तिकरण) योजना केली. याने केप टाऊनमधील अनेकवर्णीय वसाहतींची वाताहत झाली. ग्रूप एरियाझ ॲक्ट या कायद्यातहत दक्षिण आफ्रिकेतली सरकारने केप टाऊनमधील सगळे भाग विशिष्ट वर्ण आणि वंशांच्या लोकांसाठी राखून ठेवल्याचे जाहीर केले व लाखो लोकांची उचलबांगडी केली. अश्वेतवर्णीय लोकांना शहरातील उच्चभ्रू भागांतून हाकलून दिले गेले व त्यांचे केप फ्लॅट्स आणि लॅव्हेंडर हिल येथे जबरदस्तीने पुनर्वसन केले गेले. यानंतरही केप टाऊनमध्ये मूळ आफ्रिकन लोकांना प्रवेश करण्यासही मनाई होती.

वर्णभेदाविरुद्ध लढणाऱ्या नेत्यांपैकी अनेकांना केप टाऊनजवळच्या रॉबेन द्वीपावरील तुरुंगात वर्षानुवर्षे डांबून ठेवलेले होते. यांपैकी सगळ्यात प्रसिद्ध असलेल्या नेल्सन मंडेलानी वर्णभेद संपुष्टात येत असताना सुटका झाल्यावर केप टाऊनच्या नगरगृहाच्या छज्ज्यावरुन आपले पहिले सार्वजनिक भाषण दिले होते.

गेल्या दोन दशकांत केप टाऊनमध्ये मादक पदार्थ, तत्सबंधी गुन्हे आणि टोळीयुद्ध सोकावले आहेत. तरीही पर्यटन आणि स्थावर मिळकतींच्या धंद्यांना बरकत आल्याने येथील अर्थव्यवस्था तगडी झाली आहे.

विमानवाहतूक
वाहतूक
इतिहास
नगरप्रशासन