डेक्कन कॉलेजमध्ये असतांना टिळकांची गोपाळ गणेश आगरकर यांच्याशी मैत्री झाली. आगरकरांकडे केसरीच्या संपादकपदाची धुरा टिळकांनी दिली होती. पण नंतर दोघांत बिनसले. टिळकांचे संस्थेतील एकंदर धोरणासंबंधी मतभेद झाले. आपल्या चाळीस पानी राजीनाम्यात टिळकांनी ‘निर्वाहापुरते वेतन’ या तत्त्वाऐवजी ‘सांपत्तिक स्थितीनुसार वेतन’ तसेच ‘राष्ट्रीय शिक्षण संस्थे’च्या उद्दिष्टाविरुद्ध ‘सरकारच्या मदतीवर चालणारी संस्था’ हे धोरण संस्थेच्या मूळ धोरणाला धक्के देणारे आहे, असे आग्रहाने सांगितले. या प्रश्नावर त्यांचा आगरकरांशी वाद झाला. याशिवाय दुसरा वाद ‘आधी कोण? राजकीय की सामाजिक?’ या विषयावर झाला होता.जातिभेद नष्ट झाले पाहिजेत, असे ते निकराने मांडीत. परकीय सरकारने लोकमताची पर्वा न करता सुधारणेसाठी योग्य ते कायदे करावेत, असे आगरकरांचे मत होते. टिळकांचे म्हणणे असे होते की, ‘आमच्या सुधारणा आम्हीच करू, परकीय सत्तेची ढवळाढवळ आमच्या सामाजिक वा धार्मिक बाबतीत होऊ नये. मात्र लोकमत अनुकूल असेल आणि धर्मवचनांच्या बाबतींत तडजोड होत असेल, तर असा कायदा करण्यास आमची काही हरकत नाही ’. 

चित्रपट
जहालवाद विरुद्ध मवाळवाद
टिळक-आगरकर मैत्री व वाद
पुण्यातल्या भाजी मंडई समोरील पुतळ्याचा इतिहास