शिक्षण पूर्ण झाल्यानंतर अल्पकाळ नोकरी केल्यावर,तसेच,आणीबाणीच्या काळात भूमिगत राहिल्यावर, ते इ.स. १९७७ मध्ये अकोला , महाराष्ट्र येथे प्रचारक म्हणून काम करू लागले. संघातील त्यांचे नेतृत्व नागपूर व विदर्भ विभागाचा प्रांत प्रचारक म्हणून उभारून आले.. 
संघाचे पूर्णवेळ प्रचारक झाल्यानंतर पुढे प्रांत प्रचारक, अखिल भारतीय शारीरिक प्रमुख यासारख्या विविध जबाबदाऱ्या पार पाडल्यानंतर ११ मार्च २०००ला त्यांची सरकार्यवाह म्हणून निवड करण्यात आली. तेव्हापासून सलग ९ वर्षे ते या पदावर आहेत. 
सन १९९१ ला ते राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघाचे अखिल भारतीय सह शारीरिक शिक्षण प्रमुख झाले. या पदावर त्यांनी इ.स. १९९९पर्यंत काम केले. त्या वर्षी त्यांना देशातील पूर्णवेळ शारीरिक शिक्षण प्रमुख म्हणून एका वर्षासाठी निवडले गेले.. 
इ.स. २००० मध्ये, जेंव्हा राजेद्र सिंग व एच.व्ही. शेषाद्रींनी अनुक्रमे सरसंघचालक व मुख्य सचिव या पदावरून तब्येतीच्या कारणास्तव पायउतार व्हायचे ठरविले, त्यावेळी के.एस.सुदर्शन यांना प्रमुख केले गेले व मोहन भागवत यांना मुख्य सचिव या पदावर तीन वर्षासाठी बढती मिळाली. इ.स. २००३ नंतर इ.स. २००६ मध्ये त्यांची त्याच पदावर पुनर्नेमणूक करण्यात आली..
मोहन भागवत हे इ.स. २००९ साली राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघाचे सरसंघचालकझाले आहेत. ते ब्रह्मचारी आहेत व त्यांनी भारत व विदेशात भरपूर भ्रमण केले आहे. ते स्पष्टवक्ते, आशावादी व पक्षीय राजकारणांपासून राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघास दूर ठेवण्याची स्पष्ट दृष्टी असणारे असे समजले जातात.
बालपण
दृष्टिकोण
शिक्षण
राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघासोबतची जवळीक