करमाळकर पुणे विद्यापीठात इ.स. १९८८मध्ये प्राध्यापक म्हणून रुजू झाले. विद्यापीठात भूशास्त्र विभागाचे प्रमुख म्हणून त्यांनी २०१० ते २०१३ या कालावधीत काम पाहिले. विद्यापीठातील अनेक प्रशासकीय जबाबदार्‍याही पेलल्या आहेत. विद्यापीठाच्या ‘अंतर्गत गुणवत्ता हमी समिती (इंटर्नल क्वॉलिटी अ‍ॅश्युरन्स सेल)’चे प्रमुख म्हणून ते २०११ पासून काम पाहत होते. विद्यापीठाच्या अधिसभेचे, परीक्षा मंडळाचे सदस्य म्हणूनही त्यांनी काम केले आहे. २०१७ साली पुणे विद्यापीठाला मिळालेली ‘नॅक’ची अ + श्रेणी, राष्ट्रीय मूल्यांकन प्रणालीत स्थान मिळण्यात त्यांचा मोठा वाटा आहे.

पर्यावरणशास्त्र विभागप्रमुख
संशोधन
शिक्षण
पुणे विद्यापीठातील कारकीर्द