फिलोटस आणि पार्मेनियनच्या प्रकरणांतून थोडे स्थैर्य आल्यावर अलेक्झांडरने आपल्या ६०,००० च्या सैन्यानिशी पूर्वेच्या दिशेने गांधार (कंदहार) प्रांताकडे प्रयाण केले. येथे त्याने अलेक्झांड्रिया, कॉकेशस या शहराची पुनःस्थापना केली आणि आपल्या अनेक सेनानींकडे या शहराचा कारभार सोपवला. पूर्वेकडील लढाया आणि राज्यकारभार सांभाळताना या शहराचा राजकीय व लष्करी तळ म्हणून वापर करता यावा अशी अलेक्झांडरची मनीषा होती.

येथून पुढे त्याने बॅक्ट्रियाच्या दिशेने प्रयाण केले. या वाळवंटातील खडतर वाटेवर ग्रीक सैन्याला अनेक हालअपेष्टांना तोंड द्यावे लागले. येथून पुढे बेससचा माग काढत अलेक्झांडरच्या सैन्याने अमू दर्या (प्राचीन ओक्सस नदी) ही नदीच्या दिशेने कूच केले आणि बॅक्ट्रियाची राजधानी ताब्यात घेतली. बेससचा माग काढताना अलेक्झांडरच्या सैन्याला अनेक हाल अपेष्टांना सामोरे जावे लागले. रखरखीत वाळवंट, पाण्याची कमतरता, उन्हाळा या सर्वांना तोंड देताना ग्रीक सैन्यातील अनेक सैनिक मृत्युमुखी पडले. अलेक्झांडरने दिवसा विश्रांती घेऊन रात्री वाटचाल करण्याचे ठरवले. अमुदर्या पार करण्याचे सर्व मार्ग बेससने बंद केले होते. नदीतील सर्व जहाजे त्याने जाळून टाकल्याचे सांगितले जाते. ग्रीक सैन्याने तराफे बांधून त्यावरून ही नदी पार केली आणि ते सोगदिया प्रांतात पोहोचले. 

बेससला पुढे जाण्यास पर्याय नव्हते. याच सुमारास त्याच्या सरदारांनी बंड करून बेससला अलेक्झांडरचा एक विश्वासू सेनापती टोलेमी याच्या ताब्यात दिले. अलेक्झांडरने बेससला हालहाल करून मारल्याचे सांगितले जाते. यानंतर ग्रीक सैन्याने सीर दर्या नदीच्या दिशेने वाटचाल सुरू केली. सोगदिया प्रांतात ग्रीक सैन्याच्या तेथील क्षत्रप आणि टोळ्यांशी अनेक चकमकी घडल्या. यापैकी एका टोळीच्या प्रमुखाची कन्या रॉक्सेन (रोशनाक्‌) हिच्याशी अलेक्झांडरने लग्न केले. ही गोष्ट ग्रीक सैन्याला चकित करून गेली. याचबरोबर अलेक्झांडरने अनेक पर्शियन योद्ध्यांना आपल्या सैन्यात दाखल करून घेतले, इतकेच नाही तर काही पर्शियन रीतिरिवाजही अवलंबिले. या सर्व घटनांमुळे अलेक्झांडरच्या सैन्यात थोडी चलबिचल झाल्याचे सांगितले जाते.

येथून अलेक्झांडरने आपले लक्ष पूर्वेकडील पंजाब प्रांताकडे वळवले.

जन्मासंबंधीची आख्यायिका
अफगाणिस्तानाकडे कूच
शिक्षण
गागामेलाचे युद्ध