जुलै २३, इ.स. १८७९ रोजी विजापूर जवळील देवर नावडगी या गावाच्या बाहेर एका बौद्ध विहारामध्ये गाढ झोपेत असताना त्यांना अटक करण्यात आले व पुण्याच्या तुरुंगात ठेवले. तेथे त्याच्यावर खटला चालवण्यात आला. पुण्यातील एकाही वकिलाने त्यांचे वकीलपत्र घेण्याची तयारी दाखवली नाही. शेवटी सार्वजनिक काकांनी त्यांचे वकीलपत्र घेतले व त्यांचा बचाव करण्याचा प्रयत्‍न केला. उच्च न्यायालयात त्यांच्या बचावाचे काम महादेव चिमाजी आपटे यांनी केले. फाशीची शिक्षा टळून त्यांना आजीवन कारावास व तडीपारीची शिक्षा झाली. फडक्यांना येमेन देशातील एडन येथील तुरुंगात पाठवण्यात आले. तेथे एकांतवासाची शिक्षा भोगत असलेल्या फडक्यांनी एके दिवशी आपल्या कोठडीचे दार बिजागऱ्यांसकट उचकटून काढून तुरुंगातून पळ काढला. काही दिवसांनी इंग्रजांनी त्यांना परत पकडले व पुन्हा तुरुंगात टाकले.

तेथे आपल्याला मिळत असलेल्या वागणुकीविरुद्ध फडक्यांनी आमरण उपोषण केले व त्यांचा फेब्रुवारी १७, इ.स. १८८३ रोजी मृत्यू झाला.


सशस्त्र क्रांती
शैक्षणिक कार्य
धरपकड, खटला व मृत्यू
बालपण आणि शिक्षण