प्रकल्पसाठी येणार्‍या खर्चात बचत करण्यासाठी डीएमआरसीने नोव्हेंबर २०१५ मध्ये पुणे महानगरपालिकेलाजंगली महाराज रस्त्यावरील मेट्रो मार्ग बदलून मुठा नदीला समांतर करण्यात यावा असे सुचवले. यामुळे मार्गाची लांबी २६० मीटरने कमी होऊन १४.६६ किमी इतकी झाली. जानेवरी २०१८ मध्ये भारतीय रेल्वेच्या विस्तार आराखड्यामुळे मेट्रो मार्गिका २ च्या मार्गात पुणे स्टेशन परिसरात पुन्हा फेररचना करण्यात आली.

मार्गिका ३ (हिंजवडी ते सिव्हिल कोर्ट)
महामेट्रो मार्गिका
पीएमआरडीए मार्गिका
आराखड्यातील फेरबदल