पुणे हे शिवाजीमहाराजांच्या जीवनपटातील व मराठा साम्राज्याच्या इतिहासातील एक महत्त्वाचा भाग आहे. इ.स. १६३५-३६ च्या सुमारास जेव्हा जिजाबाई व शिवाजीमहाराज पुण्यास वास्तव्यास आले तेव्हापासून पुण्याच्या इतिहासातील एक नवे पर्व जन्माला आले. शिवाजीमहाराज व जिजामाता पुण्यातील लाल महाल येथे राहत असत. पुण्याचे ग्रामदैवत- कसबा गणपतीची स्थापना जिजाबाईंनी केली.
१७व्या शतकाच्या प्रारंभास, छत्रपती शाहूंचे पंतप्रधान, बाजीराव पेशवे (थोरले) यांना पुणे येथे आपले वास्तव्य करायचे होते. छत्रपती शाहूमहाराजांनी त्यांना परवानगी दिली व पेशव्यांनी मुठा नदीच्या काठी शनिवारवाडा बांधला. थोरले बाजीराव पेशवे यांचे पुत्र नानासाहेब पेशवे यांच्या काळात (इ.स. १७४०- इ.स. १७६१- कारकीर्द) पुणे हे महाराष्ट्राचेच नव्हे तर हिंदुस्थानचे सत्ता केंद्र बनले. नानासाहेबांनी पुण्याचा सर्वांगीण विस्तार व विकास केला आणि शहराची व मराठी राज्याची आर्थिक घडी नीट बसवली. पुण्याच्या सुशोभिकरणाकडे लक्ष दिले, पर्वती देवस्थान व सारसबागेची निर्मिती केली. पेठा वसवल्या, हौद, वाडे, मंदिरे, रस्ते यांचा विकास केला. कात्रज तलावातून पुणे शहरासाठी पाणी आणले. (काही इतिहासकारांच्या मते पाणी पुरवठ्याचे काम बाजीरावांनी केले.) पेशवाईच्या काळातील मुत्सद्दी राजकारणी नाना फडणवीस यांचे योगदानही पुण्याच्या संदर्भात उल्लेखनीय आहे. इ.स. १७७४ ते इ.स. १७९५ या काळात नाना फडणवीसच पेशवाईचे सूत्रधार होते. निजाम, हैदर, टिपू, इंग्रज व फ्रेंच यांच्याशी मैत्री, लढाई व भेदनीती अशी सूत्रे वापरत त्यांनी पेशवाई टिकवण्याचा प्रयत्न केला. पण इ.स. १८०० साली झालेल्या नानांच्या मृत्यूनंतर पेशवाईचे व पर्यायाने पुण्याचे वैभव ओसरत गेले. खरडा येथील ऐतिहासिक किल्ल्यात मराठे व निझामांत इ.स. १७९५मध्ये युद्ध झाले. इ.स. १८१७ला पुण्याजवळील खडकी येथे ब्रिटिश व मराठ्यांत युद्ध झाले. मराठे या युद्धात हरले व ब्रिटिशांनी पुणे ताब्यात घेतले.इ.स. १८१८ मध्ये मराठेशाहीचा व पेशवाईचा अस्त झाला. पुढील काळात शनिवारवाड्यावर युनियन जॅक फडकवला गेला. ब्रिटिशांनी पुण्याचे महत्त्व ओळखून शहराच्या पूर्वेस व खडकीत कॅंटोन्मेंट (लष्कर छावणी) स्थापन केली. इ.स. १८५८ मध्ये पुणे महानगरपालिका स्थापन झाली. १९व्या शतकाच्या उत्तरार्धात पुण्यात अनेक नामांकित शिक्षणसंस्था स्थापन झाल्या.

सतरावे शतक
स्वातंत्र्ययुद्ध
आठवे शतक
मराठा साम्राज्य