जयललितांची मुख्यमंत्रीपदाची कारकीर्द वादग्रस्त ठरली.त्यांच्या सरकारने मोठया प्रमाणावर भ्रष्टाचार केल्याचे आरोप झाले. त्यात सरकारी जमिनी जयललितांच्या संस्थेला बाजारभावापेक्षा कमी भावाने विकणे, ग्रामपंचायतींना दिलेल्या रंगीत दूरदर्शन संचांच्या वाटपात गैरव्यवहार, दारिद्र्यरेषेखालील लोकांना दिलेल्या साडया आणि धोतर यांच्या वाटपात गैरव्यवहार अशा अनेक आरोपांचा समावेश होता. नोव्हेंबर १९९५ मध्ये जयललितांचे दत्तकपुत्र सुधाकरन यांचा विवाह झाला. त्यासाठी जयललितांनी सरकारी यंत्रणा स्वतःच्या खाजगी कामासाठी दावणीला लावल्याचा आरोप झाला. त्यांच्या सरकारविरुद्ध जनमत जाऊ लागले. त्यातच तमिळ चित्रपटसृष्टीतील लोकप्रिय कलाकार रजनीकांत यांनी जयललितांविरुद्ध बाजू घेऊन 'तमिळ जनतेने जयललितांना परत निवडून दिल्यास ईश्वर कधीच माफ करणार नाही' असे जाहीर विधान केले. या सर्वांचा परिणाम म्हणून १९९६ च्या निवडणुकींमध्ये अभाअण्णाद्रमुक-कॉंग्रेस युतीचा मोठा पराभव झाला. लोकसभेच्या ३९ पैकी सर्व जागांवर युतीचा पराभव झाला तर विधानसभा निवडणुकीत २३४ पैकी केवळ ६ जागा जिंकण्यात युतीला यश मिळाले. स्वतः जयललितांचा बारगूर मतदारसंघातून पराभव झाला. अभाअण्णाद्रमुक पक्षाची स्थापना झाल्यानंतर हा त्याचा सर्वात मोठा पराभव ठरला.

राजीव गांधींचे तमिळ राजकारण
सर्वेसर्वा
एमजीरामचंद्रन उत्तरार्ध
सुधाकरन यांचा विवाह, रजनीकांत उवाच