२४ सप्टेंबर २००१ रोजी सर्वोच्च न्यायालयाने जयललितांना सरकार स्थापण्यासाठी आमंत्रित करायचा तत्कालीन राज्यपाल मीर साहेबा फातिमा बिवी यांचा निर्णय रद्दबादल ठरवला. त्यानंतर जयललितांनी मुख्यमंत्रिपदाचा राजीनामा दिला. त्यांच्याजागी पक्षाचे ज्येष्ठ नेते ओ.पन्नीरसेल्वम मुख्यमंत्री झाले. नोव्हेंबर २००१ मध्ये न्यायालयाने भ्रष्टाचार प्रकरणातून जयललितांची निर्दोष मुक्तता केली आणि त्यांचा निवडणुका लढवायचा मार्ग मोकळा झाला. २४ फेब्रुवारी २००२ रोजी आंदिपट्टी विधानसभा मतदारसंघातून पोटनिवडणुक जिंकून जयललितांनी आपल्या पुन्हा मुख्यमंत्री बनण्यातील सर्व अडसर दूर केले. २ मार्च २००२ रोजी ओ.पन्नीरसेल्वम यांनी मुख्यमंत्रिपदाचा राजीनामा दिला आणि जयललिता पुन्हा एकदा मुख्यमंत्री बनल्या.

जयललितांनी मुख्यमंत्रिपदाच्या तिसर्‍या कारकिर्दीत संप करणार्‍या सरकारी कर्मचार्‍यांविरुद्ध कडक कारवाई केली. त्यामुळे सरकारी कर्मचार्यांमध्ये असंतोष पसरला. त्यांनी धर्मांतरवर बंदी घातली, त्यामुळे मुसलमान आणि ख्रिश्चन त्यांच्यावर नाराज झाला. तसेच पोटा कायद्याखाली मरुमलार्चि द्रविड मुन्नेत्र कळघम पक्षाचे सरचिटणीस व्ही.गोपालस्वामी (वायको) यांना तुरुंगात टाकण्याचा त्यांचा निर्णय वादग्रस्त ठरला.

२००४ च्या लोकसभा निवडणुकींच्या आधी द्रमुक पक्षाने भाजपची साथ सोडली. जुने वैर विसरून जयललितांच्या अभाअण्णाद्रमुक पक्षाने भाजपशी पुन्हा एकदा युती केली. पण वर उल्लेख केलेल्या कारणांमुळे जनमत अभाअण्णाद्रमुक पक्षाविरुद्ध गेले होते.लोकसभा निवडणुकीत अभाअण्णाद्रमुक-भाजप आघाडीचा धुव्वा उडाला. ३९ पैकी एकही जागा त्या आघाडीच्या हाती लागली नाही.

इ२००० ते पुढे
जयललिता तुरुंगवास
एमजीरामचंद्रन पूर्वार्ध
राजीव गांधींचे तमिळ राजकारण