जुन्या स्पॅनिश दस्तऐवजांनुसार माया लोक कान्कुनजवळच्या भागाला "निझुक" (गवताळ प्रदेश) म्हणून ओळखत असत. स्पॅनिश आक्रमणानंतर येथील बहुतांश वस्ती सततच्या लढाया, चाचेगिरी, दुष्काळ आणि युरोपीय लोकांनी आणलेल्या रोगराईमुळे मृत्युमुखी पडली. येथील मूळ रहिवाशांपैकी हातावर मोजण्याइतक्याच छोट्या वसाहती इस्ला मुहेरेस आणि कोझुमेल द्वीपांवर तग धरून राहिल्या.

इ.स. १९७०मध्ये मेक्सिकोच्या सरकारने कान्कुनचा विकास करण्याचे ठरवले. त्यावेळी येथील वस्ती फक्त तीन लोकांची होती. ही तिघे दॉन होजे हेसुस लिमा गुतिरेझच्या मालकीच्या नारळाच्या वाड्यांतील कामगार होते. हे तिघे खुद्द कान्कुनमध्येही राहत नसून जवळील इस्ला मुहेरेस या बेटावर राहत होते. याशिवाय जवळील पुएर्तो हुआरेझ या कोळीवाड्यात ११७ व्यक्तींची वस्ती होती.
अशा निर्जनस्थळी गुंतवणूक करण्यास कोणीच तयार नसल्याने मेक्सिको सरकारला स्वतःच येथील पहिल्या ९ होटेलांचा विकास करावा लागला. हयाट कान्कुन करिबे होटेलचे बांधकाम सर्वप्रथम सुरू झाले परंतु प्लाया ब्लांका (नंतरचे ब्लू बे होटेल व आताचे टेम्पटेशन रिसॉर्ट) हे होटेल पहिले बांधून झाले. त्यावेळी कान्कुनमध्ये राहणे हे अतिमहाग होते.

इ.स. १९७४मध्ये कान्कुनचा मोठे पर्यटनस्थळ म्हणून विकास करण्यासाठीचा प्रकल्प सुरू झाला. फोनातुर (फोंदो नॅसियोनाल दे फोमेंता आल तुरिस्मो) या मेक्सिकन सरकारी संस्थेचा हा याप्रकारचा पहिलाच प्रकल्प होता. पुढील काही वर्षात कान्कुनचे रुपांतर दाट झाडीत वसलेल्या छोट्या कोळ्यांच्या गावातून मेक्सिकोतील दुसऱ्या क्रमांकाच्या पर्यटनस्थळात झाले.

कान्कुनमध्ये राहणाऱ्या लोकांना कान्कुनेन्सेस असे संबोधतात. ही लोक मुख्यत्वे युकातान व जवळील राज्यांतून येथे आलेली आहेत. गेल्या काही वर्षांत अमेरिकेतील इतर भाग व युरोपमधूनही बरीच लोक येथे कायमची राहण्यास आली आहेत. अचानक झालेल्या या वस्तीवाढीमुळे कान्कुनच्या स्थानिक यंत्रणेवर मोठा ताण आलेला आहे. आत्तापर्यंत मेक्सिकोमधील अवैध मादक पदार्थांच्या व्यापार व वाहतूकीमुळे होत असलेल्या अराजकाचा कान्कुनवर फारसा थेट प्रभाव पडलेला नाही परंतु काही अंशी स्थानिक लोकांवर हा प्रभाव आहेच.
१९९० व २०००च्या सुमारास येथे हुआरेझ कार्टेलचा प्रभाव होता. अलीकडील वर्षांत लॉस झेतास या गुंडांच्या टोळीने युकातानमधील चाचेगिरीत जम बसवलेला आहे.

माया संस्कृतीचे पुरातत्तवशास्त्रीय विभाग
हवामान
वाहतूक
इतिहास