१२व्या लोकसभेसाठी मध्यावधी निवडणुका फेब्रुवारी-मार्च इ.स. १९९८मध्ये झाल्या. गुजराल यांनी अकाली दलाच्या पाठिंब्याने पंजाबातील जालंधर मतदारसंघातून परत निवडणूक लढवली. त्यांनी पंतप्रधानपदी असताना पंजाबातील दहशतवादाचा बिमोड करायला झालेल्या खर्चाचा वाटा राज्य सरकारबरोबरच केंद्र सरकारही उचलेल असे जाहीर केले होते. त्यामुळे पंजाब सरकारच्या तिजोरीवरील बराच आर्थिक ताण कमी झाला. त्यामुळे कृतज्ञता म्हणून अकाली दलाने भारतीय जनता पक्षाच्या नेतृत्वाखालील आघाडीचा सभासद असूनही जनता दलाच्या तिकिटावर निवडणूक लढवणाऱ्या गुजराल यांना पाठिंबा देण्याचा निर्णय घेतला. त्यांनी कॉंग्रेसच्या उमराव सिंग यांचा सुमारे १,३१,००० मतांनी पराभव केला.

१२व्या लोकसभेत गुजराल यांनी भाजप आघाडीच्या सरकारला सातत्याने विरोध केला. मे २९, इ.स. १९९८ रोजी पोखरण येथील अणुचाचण्यांवर लोकसभेत झालेल्या चर्चेत त्यांनी सरकारच्या धोरणातील काही चुका दाखवून दिल्या. पण विरोधासाठी विरोध हे त्यांचे धोरण कधीच नव्हते. फेब्रुवारी इ.स. १९९९ मध्ये पंतप्रधान वाजपेयींनी लाहोरला भेट देऊन पाकिस्तानचे पंतप्रधान नवाझ शरीफ यांच्याबरोबर ऐतिहासिक लाहोर जाहीरनाम्यावर सही केली तेव्हा त्यांनी वाजपेयींच्या धोरणाचे जोरदार समर्थन केले. मात्र एप्रिल १९, इ.स. १९९९ रोजी अण्णा द्रमुकने पाठिंबा काढून घेतल्यावर पंतप्रधान वाजपेयींनी लोकसभेत विश्वासदर्शक ठराव मांडला, तेव्हा त्यांनी सरकारविरोधी मतदान केले. वाजपेयी सरकार कोसळल्यानंतर झालेली लोकसभेची मध्यावधी निवडणूक त्यांनी लढवली नाही. आणि त्यानंतर इंद्रकुमार गुजराल सक्रिय राजकारणातून निवृत्त झाले.

पंतप्रधानपदानंतर
निधन
पंतप्रधान
चारा घोटाळा