जेव्हा गजानन महाराजांना कळले की त्यांच्या अवतारसमाप्तीची वेळ येऊन ठेपली आहे, त्यावेळी ते हरी पाटलासोबत पंढरीला गेले. असे म्हणाले जाते की त्यांचा मानस पंढरीलाच समाधी घेण्याचा होता परंतु विठ्ठलाच्या आज्ञेने त्यांनी शेगावलाच समाधी घेण्याचे ठरविले व ऋषिपंचमीचा पुण्यदिनही ठरविला. 

समाधी घेण्यापूर्वी महाराजांनी सांगितले, "आम्ही आहोत येथे स्थित | तुम्हा सांभाळण्याप्रति सत्य | तुमचा विसर पडणे नसे ||"

लाखोंच्या संख्येने लोक त्यांच्या समाधिप्रसंगी हजर होते. तत्पूर्वी महाराजांना सुवासिक द्रव्ये लावून अभ्यंग स्नान घालण्यात आले होते. अनेक सुवासिनींनी त्यांची पूजा करून मंगलारती ओवाळली होती. 

महाराजांचे भक्त समाधीच्या मिरवणुकीत सहभागी झाले. लोकांनी शृंगारित रथात ठेवलेल्या महाराजांच्या देहावर अबीर, गुलाल, फुले, तुळशी आणि पैसे उधळले. संपूर्ण शेगावातून मिरवणूक पहाटे मंदिरात आली; तेथे महाराजांवर पुन्हा अभिषेक केला गेला.

त्यांचा देह शास्त्रात सांगितल्यानुसार उत्तराभिमुख असा समाधीच्या जागी ठेवला. अखेरची आरती ओवाळली आणि मीठ, अर्गजा, अबीर ह्यांनी भरली. सर्व भक्तांनी एकच जयजयकार केला, "जय गजानना |ज्ञानांबरीच्या नारायणा | अविनाशरुपा आनंदघना | परात्परा जगत्पते ||" आणि शिळा लावून समाधीची जागा बंद केली. 

८ सप्टेंबर १९१० रोजी ऋषिपंचमीच्या दिवशी त्यांनी शेगाव येथे समाधी घेतली. 

समाधि
उपदेश
मंदिरे
विरक्ती