प्लूटोला तीन ज्ञात नैसर्गिक उपग्रह आहेत : चेरॉन, ज्याचा शोध खगोलशास्त्रज्ञ जेम्स डब्ल्यू. क्रिस्ती यांनी १९७८ मध्ये लावला; व दोन छोटे उपग्रह, निक्स व हायड्रा, ज्यांचा शोध २००५ मध्ये लागला.
प्लूटो-चेरॉनची जोडी नोंद घेण्यासारखी आहे. याचे कारण म्हणजे सूर्यमालेतील ज्या थोड्याफार द्विमान प्रणाली (binary systems) आहेत त्यामध्ये हे सर्वांत मोठे आहेत. द्विमान प्रणाली म्हणजे अशा दोन वस्तूंची जोडी ज्यांचे गुरुत्त्वमध्य त्यांच्या पृष्ठभागाच्या वर असते. यामुळे तसेच प्लूटोसापेक्ष चेरॉनच्या मोठ्या आकारामुळे काही शास्त्रज्ञ त्यांना बटु जुळे ग्रह (double planet) म्हणतात.
या जोडीचे आणखी एक वैशिष्ट्य म्हणजे प्लूटो व चेरॉन हे एकमेकांना नेहमी स्वतःची एकच बाजू दाखवतात. याचा अर्थ असा की प्लूटोवर चेरॉनकडील बाजूवर उभ्या असलेल्या व्यक्तीला चेरॉनची एकच बाजू दिसेल आणि जर ती व्यक्ती दुसर्‍या बाजूला गेली तर तिला चेरॉन कधीच दिसणार नाही. हेच चेरॉनवरच्या व्यक्तीलाही लागू होते.

हबल दुर्बिणीवर काम करणार्‍या शास्त्रज्ञांना मे १५, इ.स. २००५ रोजी प्लूटोच्या आणखी दोन उपग्रहांचा शोध लागला. त्यांना अनुक्रमे "एस/२००५ पी १" व "एस/२००५ पी २" ही तात्पुरती नावे देण्यात आली. आय.ए.यू. ने जून २१, २००६ रोजी त्यांना निक्स (तुलनेने जवळचा, पी १) आणि हायड्रा (तुलनेने दूरचा, पी २) ही नावे दिली. हे दोन छोटे उपग्रह चेरॉनच्या जवळपास दोन आणि तीन पट अंतरावरून वर्तुळाकार कक्षेत चेरॉनच्याच कक्षीय प्रतलावरून (Orbital plane) प्लूटोभोवती फिरतात.

नामकरण
प्लूटोची ग्रह म्हणून असलेली स्मारके
कायपरचा पट्टा
नैसर्गिक उपग्रह