१] विस्तारीकरण : पुणे स्थानक मध्यवस्तीत असल्याने रेल्वे स्थानकाचे विस्तारीकरण हे एक आव्हान आहे.

२] सुरक्षा व्यवस्था : गर्दी वाढत असल्याने सुरक्षा व्यवस्था हेही आव्हान आहे.

३] जलद वाहतूक : मुंबई आणि पुणे ही महानगरे बंगळूर, दिल्ली, अहमदाबाद, हैदराबाद आणि चेन्नई या शहरांशी जलद गाड्यांनी जोडण्याची आवश्यकता आहे. 
मात्र, 'दौंड-गुलबर्गा' या भागात अद्याप पूर्णतः विद्युतीकरण आणि दुपदरीकरण न झाल्याने सद्यस्थितीत दक्षिण भारताशी वेगवान गाड्या चालविताना आव्हान येत आहे.

४] गाड्यांची संख्या वाढविणे : उपलब्ध मार्गावर नवीन गाड्या सुरू करताना काही आव्हाने आहेत.
विशेषतः उपनगरी गाड्यांची संख्या वाढविण्याची मागणी आहे, मात्र स्वतंत्र लोकलसाठी लोहमार्ग नसल्याने हे एक आव्हान आहे.

पुणे स्थानकातून सुटणाऱ्या उपनगरीय रेल्वे
प्रमुख आव्हाने
प्रमुख समस्या
प्रमुख प्रस्ताव