ઓક્ટોબર 1999માં બ્યુકેનને રિપબ્લિકન પાર્ટીમાંથી પોતાની વિદાયની જાહેરાત કરી, અને તેમની (ડેમોક્રેટ્સ સહિત) "બેલ્ટવે પાર્ટી" તરીકે ઝાટકણી કાઢી. તેમણે રિફોર્મ પાર્ટીની ઉમેદવારીની માગણી કરી. ઘણા સુધારાવાદીઓએ આયોવાના ભૌતિક વિજ્ઞાની જ્હોન હેગેલિનનું સમર્થન કર્યું હતું, જેમનું પ્લેટફોર્મ ચિંતામાંથી મુક્ત કરનારા ધ્યાન પર આધારિત હતી. 
પક્ષની ઓપન પ્રાયમરીના પરિણામો, કે જેમાં બ્યુકેનને વ્યાપક બહુમતી સાથે સમર્થન મળ્યું હતું, તે "ભ્રષ્ટ" હોવાનો આરોપ હેગેલિનનાં સમર્થકોએ મૂક્યો હતો. રિફોર્મ પાર્ટીમાં પડેલા ભાગલાઓને કારણે લોન્ગ બીચ કન્વેન્શન સેન્ટર સંકુલની અલગ અલગ જગ્યાએ એક સાથે બે સંમેલન આયોજિત થયા. બન્ને સંમેલનનાં પ્રતિનિધિઓએ પ્રાયમરી મતપત્રકોની અવગણના કરી અને ડેમોક્રેટિક તથા રિપબ્લિકન સંમેલનોની જેમ ફ્લૉર પરથી જ તેમના પ્રમુખપદ માટેના ઉમેદવારોને નોમિનેટ કરવા માટે મત આપ્યાં. 

આખરે, ફેડરલ ઈલેક્શન્સ કમિશને એવો નિર્ણય આપ્યો કે રિફોર્મ પાર્ટીના ઉમેદવાર તરીકે બ્યુકેનને બેલોટ સ્ટેટસ તેમજ 1996ની ચૂંટણીમાં પેરોટને મળેલા ફેડરલ કેમ્પેન ફંડ્સના આશરે 12.6 મિલિયન ડોલર બ્યુકેનનને મળવાના હતા, ત્યારે બ્યુકેનન નોમિનેશન જીત્યાં. પોતાના આભાર પ્રવચનમાં, બ્યુકેનને યુનાઈટેડ નેશન્સમાંથી અમેરિકા પરત ખેંચી લેવાનો, ન્યૂ યોર્કમાંથી યુ.એન.ને બહાર કાઢી મૂકવાનો તેમજ ઇન્ટરનલ રેવેન્યૂ સર્વિસ, શિક્ષણ વિભાગ, ઉર્જા વિભાગ, હાઉસીંગ અને શહેરી વિકાસ વિભાગ, વારસા તથા કેપિટલ ગેઇન્સ પર લાગતો વેરો અને એફર્મેટિવ એક્શન પ્રોગ્રામને નાબૂદ કરવાનો પ્રસ્તાવ મૂક્યો હતો. 

પોતાના પ્રતિસ્પર્ધીની જેમ, બ્યુકેનને આફ્રિકન-અમેરિકન કાર્યકર અને લોસ એન્જલસના નિવૃત્ત શિક્ષક એઝોલા બી. ફોસ્ટરની પસંદગી કરી. આ ચૂંટણીમાં સોશ્યાલિસ્ટ પાર્ટી યુએસએનાં પ્રમુખપદ માટેના ભાવિ ઉમેદવાર બ્રાયન મૂરે બ્યુકેનનને ટેકો આપ્યો, જેમણે 2008માં જણાવ્યું હતું કે તેમણે 2000માં બ્યુકેનને એટલા માટે ટેકો આપ્યો હતો કેમ કે "તેઓ મુક્ત વેપારમાં વાજબી વેપારની તરફેણમાં હતા. તેઓ કેટલાક પ્રગતિશીલ વિચારો ધરાવતા હતા જે મારા માનવા પ્રમાણે સામાન્ય માણસને મદદરૂપ થશે. 19 ઓગસ્ટના રોજ, ન્યૂ યોર્ક રાઈટ ટુ લાઈફ પાર્ટીએ એક સંમેલનમાં બ્યુકેનનને પોતાના ઉમેદવાર તરીકે પસંદ કર્યાં, બ્યુકેનનને ડિસ્ટ્રીક્ટના 90 ટકા મત મળ્યાં હતા. 

2000ની પ્રમુખપદ માટેની ચૂંટણીમાં, બ્યુકેનને 449,895 મત સાથે ચોથો તબક્કો પૂરો કર્યો, જે કુલ મતનો 0.4 ટકા હિસ્સો હતો. (નેચરલ લો ઉમેદવાર તરીકે હેગેલિનને 0.1 ટકા મત મળ્યાં.) પામ બીચ કાઉન્ટી, ફ્લોરિડામાં બ્યુકેનનને 3,407 મત મળ્યાં, જે કેટલાક લોકોને પામ બીચ કાઉન્ટીના ઉદારવાદી વલણ, તેની યહુદીઓની વિશાળ વસતી અને બાકીના રાજ્યમાં બ્યુકેનનનાં દેખાવ સાથે થોડાં અસંગત જણાયા હતા. પામ બીચ કાઉન્ટીના હવે કુખ્યાત બનેલા "બટરફ્લાય બેલોટ"ના પરિણામ સ્વરૂપે, બ્યુકેનનને સેંકડો મતો શરતચૂકથી મળ્યાં હોવાની શંકા સેવવામાં આવી. બુશના પ્રવક્તા એરી ફ્લેઇશ્ચરે જણાવ્યું હતું કે, "પામ બીચ કાઉન્ટી એ પેટ બ્યુકેનનો ગઢ છે અને તેથી જ તેમને ત્યાં 3,407 મત મળ્યાં છે." જો કે, રિફોર્મ પાર્ટીના પદાધિકારીઓ આ વાત સાથે તદ્દન અસંમત હતા, અને આ કાઉન્ટીમાં ટેકેદારોની સંખ્યા 400 અને 500ની વચ્ચેની હોવાનો અંદાજ વ્યક્ત કર્યો હતો. "ધ ટુડે શૉ" પર ઉપસ્થિત થયેલા, બ્યુકેનને જણાવ્યું હતું કેઃ 

કેટલાક નિરીક્ષકોએ એવું કહ્યું કે તેમનું પ્રચાર અભિયાનનું લક્ષ્ય ગોરા સમુદાયના લોકો સિવાયના લોકોમાં તેમનો સંદેશ પહોંચાડવાનું હતું, બ્યુકેનનાં વિચારો બદલાયા નહોતા.

2000ની ચૂંટણીઓ બાદ, રિફોર્મર્સે બ્યુકેનનને પક્ષમાં સક્રિય ભૂમિકા ભજવવા વિનંતી કરી. બ્યુકેનને તેનો ઈનકાર કર્યો, અલબત્ત પક્ષના 2001ના સંમેલનમાં તેઓ ઉપસ્થિત રહ્યાં. પછીનાં થોડાં વર્ષો દરમિયાન, તેઓ પોતાને સ્વતંત્ર રાજકારણી તરીકે ઓળખાવી, પોતાને સામાન્ય રીતે જે સ્વરૂપમાં જોવામાં આવતા હતા તે નવ-રૂઢિચુસ્ત રિપબ્લિકન પાર્ટીના નેતા તરીકેની છબિથી અળગા રહેવાનું પસંદ કરવા લાગ્યા. 2004ની ચૂંટણી પૂર્વે, બ્યુકેનને જાહેરાત કરી કે તેઓ ફરી એકવાર પોતાને રિપબ્લિકન તરીકે ઓળખાવે છે. તેમણે ઘોષણા કરી કે તેમને ફરી ક્યારેય પ્રમુખપદની ચૂંટણી લડવામાં કોઇ રસ નથી, અને બુશની 2004ની પુનઃ ચૂંટણી માટે અનિચ્છાએ સ્વીકૃતિ આપી. 

નિકસનનાં કાર્યકાળ દરમિયાન વ્હાઈટ હાઉસમાં કામગીરી
2000ની પ્રમુખપદની ચૂંટણીનું અભિયાન
રાજકીય કારકિર્દી
અંગત જીવન