પુણે યુનિવર્સિટી ઉપરાંત પુણેમાં રાષ્ટ્રીય મહત્વની કેટલીક સંશોધન સંસ્થાઓ આવેલી છે. પુણે યુનિવર્સિટી ઉપરાંત પુણેમાં રાષ્ટ્રીય મહત્વની કેટલીક રિસર્ચ સંસ્થાઓ આવેલી છે. યુનિવર્સિટીની બિલકુલ નજીક નેશનલ કેમિકલ લેબોરેટરી, ઇન્ડિયન ઇન્સ્ટિટયુટ ઓફ સાયન્સિસ એજ્યુકેશન એન્ડ રિસર્ચ (IISER) પૈકીની એક અને સેન્ટર ફોર મટિરીયલ્સ ફોર ઇલેક્ટ્રોનિક્સ ટેકનોલોજી (C-MET) આવેલી છે જ્યારે યુનિવર્સિટી કેમ્પસમાં સેન્ટર ફોર ડેવલપમેન્ટ ઓફ એડવાન્સ્ડ કમ્પ્યુટિંગ (C-DAC), ઇન્ટર-યુનિવર્સિટી સેન્ટર ફોર એસ્ટ્રોનોમી એન્ડ એસ્ટ્રોફિઝિક્સ, નેશનલ સેન્ટર ફોર રેડિયો એસ્ટ્રોફિઝિક્સ અને નેશનલ સેન્ટર ફોર સેલ સાયન્સિસ આવેલી છે.

કેમ હોસ્પિટલ રિસર્ચ સેન્ટર, સેન્ટ્રલ વોટર એન્ડ પાવર રિસર્ચ સ્ટેશન (CW & PRS), નેશનલ ઇન્સ્ટિટયુટ ઓફ બેન્ક મેનેજમેન્ટ (NIBM), NIC (નેશનલ ઇન્ફોર્મેટિક્સ સેન્ટર), ઇન્ડિયન ઇન્સ્ટિટ્યુટ ઓફ ટ્રોપિકલ મિટિયોરોલોજી, અગરકર રિસર્ચ ઇન્સ્ટિટયુટ અને ઓટોમોટિવ રિસર્ચ એસોસિયેશન ઓફ ઇન્ડિયા (ARAI), યુનિટ ફોર રિસર્ચ એન્ડ ડેવલપમેન્ટ ઓફ ઇન્ફોર્મેશન પ્રોડક્ટ્સ (URDIP)અને નેશનલ એઇડ્સ રિસર્ચ ઇન્સ્ટિટયુટ વગેરે પુણેમાં અથવા તેની આસપાસ આવેલા છે. 
પુણેમાં રાજભવનની બાજુમાં એડમિનિસ્ટ્રેટિવ ટ્રેનિંગ ઇન્સ્ટિટયુટ ઓફ મહારાષ્ટ્ર, YASHADA આવેલી છે.

ભંડારકર ઓરિયેન્ટલ રિસર્ચ ઇન્સ્ટિટયુટની સ્થાપના 1917માં થઇ હતી અને તે સંસ્કૃત તથા પ્રાકૃત ભાષાઓમાં રિસર્ચ અને અભ્યાસ માટેની વિશ્વપ્રસિદ્ધ ઇન્સ્ટિટયુટ છે જ્યાં 20,000થી વઘુ હસ્તપ્રત રાખવામાં આવી છે. નેશનલ ઇન્સ્ટિટયુટ ઓફ વાઇરોલોજી અને નેશનલ ઇન્શ્યોરન્સ એકેડેમી પુણેમાં આવેલી છે. પુણેમાં ટાટા રિસર્ચ ડેવલપમેન્ટ અને ડિઝાઇન સેન્ટર આવેલું છે જે ટાટા કન્સલ્ટન્સી સર્વિસિસનું રિસર્ચ એકમ છે અને કમ્પ્યુટર સાયન્સ અને મટિરીયલ પ્રોસેસિંગ માટે મોડેલિંગ/સિમ્યુલેશનના ક્ષેત્રમાં કામ કરે છે.

કેટલીક લશ્કરી અને શસ્રો પર સંશોધન કરતી સંસ્થાઓ પણ પુણેમાં આવેલી છે (લેખમાં "લશ્કરી મથકો" સેક્સનમાં જુઓ)

ખોરાક
સંશોધન સંસ્થાઓ
માર્ગો
શિક્ષણ અને સંશોધન