ક્રોહન રોગ માટે પેથોજિનિક વિવિધ બેક્ટેરિયાને કારણભૂત એજંટ હોવાનુ અંદેશો છે. જો કે મોટા ભાગના આરોગ્ય પ્રોફેશનલ્સ હવે માને છે કે વિવિધ પ્રકારના સૂક્ષ્મજીવિઓ તેમના હોસ્ટની મુકોસલ લેયર કમજોર બનવા અને આંતરડાની દિવાલ બેક્ટેરિયા સાફ કરવામા અસમર્થ હોય છે બન્ને રોગના લક્ષણો સાથે છે. કેટલાક અભ્યાસો સૂચવે છે કે "માયકોબેક્ટેરિઅમ એવિયમ પ્રજાતિઓ ટ્યુબરલ્યુલોસિસ " ક્રોહન રોગમા ભાગ ભજવે છે ભાગમા કારણ કે આ એના જેવી જ પશુઓની બીમારી જોહ્નના રોગનુ કારણભૂત છે. ખમીરમાથી મેનોસ ધરાવતા એંટિજનીનો(મેનનિસ)એંટિબોડીઝ પ્રતિભાવની માહિતી આપે છે અન્ય આભ્યાસો પણ બીમારીને એંટેરો અડહેરેંટ "ઈ-કોલી" ની વિશિષ્ટ જાત સાથે જોડે છે. હજુ પણ ક્રોહન રોગ અને ખાસ પ્રકારના બેક્ટેરિયા વચ્ચેના સંબંધ અસ્પષ્ટ છે.

કેટલાક અભ્યાસ સૂચવે છે કે ક્રોહન રોગના અમુક લક્ષણો અલ્સરેટિવ કોલિટિસ અને પીડાદાયક બાવલ સિંડ્રોમમાં એ જ કારણ છે. તમામ ત્રણે દર્દી જુથોના આંતરડાની બાયોપ્સી લેવાયેલા નમુના સેરીન પ્રોસ્ટીસેના ઉભરેલા સ્તરો પેદા કરતા જોવા મળ્યા છે. ઉંદરોમા સેરીન પ્રોસ્ટીસેનુ પ્રાયોજિક પ્રવેશ ખૂબ ફેલાયેલો દુખાવો પેદા કરતા જોવા મળ્યુ છે જે પીડાદાયક બાવલ સિંડ્રોમ અને સાથે કોલિટિસ સાથે જોડાયેલા છે જે ત્રણે બીમારીઓ સાથે જોડેલી છે. આ અભ્યાસના લખનાર પ્રોસ્ટેસીના સ્ત્રોતને ઓળખી ન શક્યા પરંતુ એક અલગ સમીક્ષામા નોંધવામા આવ્યુ કે આવી બીમારીઓમાં પ્રાદેશિક કે સમયના ફેરફારો ઓછી રીતે સમજેલા પ્રોટોઝોઆન, બ્લાસ્ટોસાઈસ્ટીસના ચેપ સાથે જોડાયેલા છે.

"કોલ્ડ-ચેન" અવધારણનુ એક અભ્યાસ 2003માં હાથ ધરવામા આવ્યુ કે સાઈકોટ્રોપિક બેક્ટેરિયા જેમ કે યેર્સિનિયા એસએસપી અને લિસ્ટેરિયા એસપીપી બીમારીમાં ફાળો ચાલેછે એક સ્ટેસ્ટીકલ સહસંબધ અમેરિકા અને યુરોપના વિવિધ ભાગોમા રેફ્રિજરેશનના ઉપયોગ સાથે સંકડાયેલા છે. પછીનો અભ્યાસ આ અવધારણા માટે ટેકો પુરો પાડે છે 

યુનિવર્સિટી ઓફ લિવરપુલનાં અભ્યાસો આઇડિયા આપે છે કે ક્રોહન રોગ,માઇકોબેક્ટેરિયમ,અન્ય પેથોજિનિક બેક્ટેરિયા અને જિનેટિક માર્કસ વચ્ચે કોઇ સંબંધ છે. ઘણા વ્યક્તિઓમાં જિનેટિક ઘટકો પ્રિડિસ્પોઝ વ્યક્તિઓમાં માયકોબેક્ટેરિયલ એવિયમ પ્રજાતિ પેરાટ્યુબરક્યુલોસિસ ઇંફેક્શન ધરાવે છે. આ બેક્ટેરિયા પછી મેનિનસ રચે છે જે પોતે અને ભિન્ન બેક્ટેરિયાને ફેજોસાઇટોસિસથી રક્ષણ આપે છે જે ઘણા સેકેંડરી ઇંફેક્શનોનું કારણ બને છે. અન્ય માયકોબેક્ટેરિયલ રોગો, જેમકે લેપ્રોસી અને ટ્યુબરક્યુલોસિસને તેને તુલ્ય ગણી શકાય જેમાં સખત ઘટાડો હોય છે, પણ તે જીનેટિક હોતા નથી. 

રોગચાળાનું શાસ્ત્ર
પૂરક અને વૈકલ્પિક દવા
જઠરાંત્રિય લક્ષણો
માયક્રોબ્સ