ছাত্রজীবনে আওয়ামীলীগ নেতা আব্দুর রাজ্জাক ও আমির হোসেন আমু সাহেবের সুপারিশে ইন্টারমিডিয়েট পরীক্ষায় পাশ করার পর পাটকলের ক্যাশিয়ার হিসেবে চাকরি পান। তিনি ছাত্রজীবনে সরকারি আজিজুল হক কলেজ শাখায় ছাত্রলীগ থেকে এজিএস নির্বাচিত হন। ১৯৬৬ সালে বঙ্গবন্ধুর ছয় দফা আন্দোলনে সক্রিয় অংশগ্রহণ করেন। 

তিনি শেখ ফজলুল হক মনির ঘনিষ্ঠজন হওয়ায় ১৯৭০-এর প্রাদেশিক পরিষদ নির্বাচনে সহজেই আওয়ামী দলীয় মনোনয়ন পেয়ে যান। নির্বাচনে তিনি তৎকালীন পূর্ব পাকিস্তানের স্বাস্থ্যমন্ত্রী মুসলিম লীগের নেতা ফজলুল বারীকে পরাজিত করেন। তিনি ১৩,৭২০ ভোট পেয়েছিলেন।

২২শে নভেম্বর ১৯৭২ সালে যুবলীগ গঠিত হলে মোজাফফর হোসেন কেন্দ্রীয় যুবলীগের প্রতিষ্ঠাতা সদস্য হন ও বগুড়া জেলা যুবলীগের প্রতিষ্ঠাতা সভাপতি হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।

১৯৭৩ সালের প্রথম জাতীয় সংসদ নির্বাচনে তিনি বগুড়া-৪ বর্তমান বগুড়া-২ থেকে নৌকা প্রতীক নিয়ে নির্বাচিত হন। ৭৫ পরবর্তী সামরিক সরকার তাকে ১৮ মাসের অধিক কাল কারাগারে আটক রাখে। কারাগার থেকে মুক্তি লাভের পর বগুড়া জেলা আওয়ামী লীগের সাংগঠনিক সম্পাদক, সাধারণ সম্পাদক ও পরবর্তীতে সভাপতি হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন।

১৯৮৬ সালের তৃতীয় জাতীয় সংসদ নির্বাচনে তৃতীয় বারের মত বগুড়া-২ আসন থেকে সতন্ত্র প্রার্থী হিসেবে তালা প্রতীক নিয়ে ৬৫,৫২১ ভোট পেয়ে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন। সেই সময় তিনি পার্টির এরশাদ সরকারের মন্ত্রীসভায় কৃষি ও বন প্রতিমন্ত্রীর দায়িত্ব পালন করেন। একই সাথে তিনি জার্তীয় পার্টিতে যোগ দেন। এরশাদ মন্ত্রিসভায় তিনি প্রতিমন্ত্রী হিসেবে ৭/৮ মাস দায়িত্ব পালন করেন। তিনি আদর্শিকভাবে আওয়ামী লীগের রাজনীতি করার কারণে সারা জীবনের অভ্যাসগত জয় বাংলা স্লোগান জাতীয় পার্টির মন্ত্রী থাকা অবস্থাতেই বিভিন্ন জনসভায় দিয়েছিলেন। পাশাপাশি তার সরকারি বাসভবনে বঙ্গবন্ধুর ছবি টাঙ্গানো নিয়ে তৎকালীন প্রিন্ট মিডিয়ায় ব্যাপক সমালোচনার মুখে পড়েন। তিনি তার জীবনীতে উল্লেখ করেছেন তৎকালীন ফার্স্ট লেডি রওশন এরশাদের সঙ্গে বন মন্ত্রণালয়ের কিছু দাপ্তরিক অনৈতিক কাজে দ্বন্দ্ব লাগে এ কারণেই তিনি মন্ত্রীত্ব হারান। 

১৯৮৮ সালের নির্বাচনে তিনি স্বতন্ত্র প্রার্থী হিসেবে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করেন। ১৯৯১ সালের নির্বাচনে তিনি জাতীয় পার্টির মনোনীত প্রার্থী হিসেবে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করেন।

২০০১ সালে আগস্ট মাসে এক অনাড়ম্বর অনুষ্ঠানে মোজাফফর হোসেন ও ফজলে রাব্বী মিয়াসহ তৎকালীন মিজান-মঞ্জু জাতীয় পার্টির একাংশ মিজানুর রহমান চৌধুরীর নেতৃত্বে আওয়ামী লীগে যোগদান করেন। ২০০৮ সালে জাতীয় সংসদ নির্বাচনে দলীয় মনোনয়ন পেতে মনোনয়ন জমা দিয়ে পরে প্রত্যাহার করে নেন।

২০১৮ সালের ১০ই জুন তার মৃত্যুর পর, ৯ই সেপ্টেম্বর ২০১৮ দশম জাতীয় সংসদের ২২তম অধিবেশনে প্রস্তাবিত শোক প্রস্তাবে মোজাফফর হোসেনকে একজন সৎ ও নির্লোভ রাজনীতিবিদ হিসেবে স্বীকৃতি দেয়া হয় এবং শোক প্রস্তাবে তার বিভিন্ন কর্মকাণ্ড উল্লেখ করা হয়। তার মধ্যে উল্লেখযোগ্য শিবগঞ্জ সরকারি মোজাফফর হোসেন (এম এইচ) ডিগ্রী কলেজ প্রতিষ্ঠা করেন, মহাস্থান মাহিসাওয়ার ডিগ্রী কলেজ ও শিবগঞ্জ পাইলট উচ্চ বালিকা বিদ্যালয় প্রতিষ্ঠা করেন, শিবগঞ্জ সদর হাসপাতাল প্রতিষ্ঠা করেন। 

মোজাফফর হোসেন যোগদানের পর থেকে আমৃত্যু বগুড়া জেলা আওয়ামী লীগের উপদেষ্টামন্ডলীর অন্যতম সদস্য ছিলেন ও শিবগঞ্জ থানা আওয়ামী লীগের উপদেষ্টামণ্ডলীর সদস্য ছিলেন।

রাজনৈতিক জীবন
জন্ম
মুক্তিযুদ্ধে অবদান
মৃত্যু