তিব্বতি বৌদ্ধধর্মের মহাযান ও বজ্রযান উভয় শাখারই একটি বড়ো অংশের উৎস হল নালন্দার শিক্ষক-পরম্পরা ও প্রথা-রীতিনীতি। খ্রিস্টীয় ৮ম শতাব্দীতে তিব্বতে বৌদ্ধধর্মের প্রচারে প্রধান ভূমিকা নেন নালন্দার বিশিষ্ট পণ্ডিত শান্তরক্ষিত। তিব্বতের রাজা খ্রি-স্রোং-দেউ-ৎসাং তাঁকে আমন্ত্রণ জানিয়েছিলেন। তিনি সাম্যেতে একটি মঠও প্রতিষ্ঠা করেন। শান্তরক্ষিত ছিলেন সেই মঠের প্রথম অধ্যক্ষ। তিনি ও তাঁর শিষ্য কমলশীল দর্শনের প্রাথমিক শিক্ষাদান করেছিলেন। উল্লেখ্য, কমলশীলও ছিলেন নালন্দা মহাবিহারের পণ্ডিত। ৭৪৭ খ্রিস্টাব্দে তিব্বতের রাজা নালন্দা মহাবিহার থেকে পদ্মসম্ভবকে আমন্ত্রণ জানান। তাঁকেই তিব্বতি বৌদ্ধধর্মের প্রবর্তক মনে করা হয়।

ভারতীয় দার্শনিক ন্যায়শাস্ত্রের অন্যতম বৌদ্ধ প্রবর্তক পণ্ডিত ধর্মকীর্তি (আনুমানিক খ্রিস্টীয় ৭ম শতাব্দী) নালন্দা মহাবিহারে যে বৌদ্ধ পরমাণুবাদ শিক্ষা দেওয়া হত, তার অন্যতম আদি তাত্ত্বিক ছিলেন।

ভিয়েতনাম, চীন, কোরিয়া ও জাপানে অনুসৃত মহাযান সহ বৌদ্ধধর্মের অন্যান্য শাখাগুলিও নালন্দা মহাবিহারেই বিকাশ লাভ করেছিল। একাধিক গবেষকের মতে, পূর্ব এশীয় বৌদ্ধধর্মের গুরুত্বপূর্ণ সুত্র "সুরঙ্গমা সূত্র" সহ কয়েকটি মহাযান ধর্মগ্রন্থ নালন্দায় প্রচলিত মতবাদের অনুসারী। রন এপস্টেইন আরও বলেছেন যে, এই সূত্রের সাধারত মতবাদটি অবশ্যই নালন্দায় গুপ্তযুগের শেষভাগে যে বৌদ্ধধর্ম শিক্ষা দেওয়া হত, তার অনুগামী। সেই সময়েই সূত্রটি অনূদিত হয়েছিল।

পালযুগে নালন্দা
প্রশাসন
বৌদ্ধধর্মের উপর নালন্দা মহাবিহারের প্রভাব
নালন্দার উদ্বর্তিত পুথি