ভার্গিস ১৯৮৬ সালের ডিসেম্বরে ভেলোরে মারা যান। তার প্রতিষ্ঠিত পুনর্বাসন প্রতিষ্ঠানটি তার সম্মানে নামাংকৃত করা হয়েছে। ১৯৮৬ সালে মেরির প্রতিষ্ঠিত মেরি ভার্গিস ট্রাস্ট, শারীরিক প্রতিবন্ধী ব্যক্তিদের জন্য বৃত্তিমূলক প্রশিক্ষণ কর্মসূচী চালিয়ে যাচ্ছে। ট্রাস্ট যৌথভাবে প্রতিবন্ধী ব্যক্তিদের, পুনর্বাসন মেটাতে বার্ষিক এক অনুষ্ঠান, রিহ্যাব মেলা, পরিচালনা করে। ২০১২ সালে, "মেরি ভার্গিস পুরস্কার প্রতিষ্ঠান"টি তৈরী হয়েছিল।

পুনর্বাসন প্রতিষ্ঠান, সিএমসি ভেলোর
মেরুদণ্ডে আঘাত এবং পরের বছর গুলি
মৃত্যু এবং উত্তরাধিকার
পুরস্কার