সালাহউদ্দিন ১১৭১ খ্রিষ্টাব্দে ফাতেমীয় খিলাফত উচ্ছেদ করেন। তিনি শিয়া মতবাদের প্রতি বিরূপ ছিলেন। এসময় থেকে মসজিদ গুরুত্ব হারাতে শুরু করে। সালাহউদ্দিন কর্তৃক নিযুক্ত কাজি সদরউদ্দিন ইবনে দিরবাস এখানে জামাতে নামাজের উপর নিষেধাজ্ঞা জারি করেছিলেন। সম্ভবত শুধু একটি মসজিদে পুরো সম্প্রদায়ের জামাত হতে হবে এমন একটি মত অথবা শিয়া প্রতিষ্ঠানের প্রতি বিরূপ মনোভাবের কারণে এই পদক্ষেপ নেয়া হয়েছিল। এই সময় নাগাদ আরো বড় আল-হাকিম মসজিদ নির্মিত হয়েছিল এবং কায়রোর জামাত এখানে অণুষ্ঠিত হত।

সালাহউদ্দিন মসজিদের মিহরাবে যুক্ত ফাতেমীয় খলিফাদের নামাঙ্কিত একটি রৌপ্য পাত খুলে ফেলার নির্দেশ দিয়েছিলেন। আল-আজহার ও অন্যান্য মসজিদ থেকে খুলে ফেলা অণুরূপ পাতের মূল্য দাঁড়ায় ৫,০০০ দিরহাম। তবে সালাহউদ্দিন সম্পূর্ণভাবে মসজিদটিকে উপেক্ষা করেননি, আল-মুফাদ্দালের মতে মসজিদের একটি মিনার সালাহউদ্দিনের শাসনামলে নির্মিত হয়েছিল।

মসজিদের শিক্ষাকেন্দ্রও ক্ষতিগ্রস্ত হয়েছিল। এখানকার একসময়ের সমৃদ্ধ গ্রন্থাগার এসময় উপেক্ষিত হয় এবং ফাতেমীয় শিক্ষার পাণ্ডুলিপিগুলো নষ্ট হয়ে যায়। আইয়ুবীয় শাসকরা সুন্নি ধর্মতত্ত্বের পৃষ্ঠপোষকতা করতেন এবং তারা কায়রোজুড়ে সুন্নি মাদ্রাসা স্থাপন করেছেন। ছাত্রদের বৃত্তি ও মসজিদে পাঠদান বন্ধ হয়ে যায়। ফাতেমীয় যুগে দায়িত্বপালনকারী শিক্ষকরা অন্য পেশায় চলে যেতে বাধ্য হন।

তবে এরপরও আল-আজহার এসময় একটি শিক্ষাকেন্দ্র হিসেবে টিকে ছিল। দাপ্তরিক পাঠদান বন্ধ থাকলেও ব্যক্তিগত উদ্যোগে মসজিদে পাঠদান করা হত। একটি মতানুযায়ী একজন পন্ডিত (সম্ভবত আবদুল লতিফ আল-বাগদাদি) মসজিদে আইন ও চিকিৎসাসহ বেশ কিছু বিষয়ে শিক্ষা প্রদান করতেন। সালাহউদ্দিনের সম্পর্কে মত রয়েছে যে তিনি আল-বাগদাদিকে ৩০ দিনার বেতন হিসেবে প্রদান করতেন এবং তার উত্তরাধিকারীরা তা বৃদ্ধি করে ১০০ দিনার করেছিলেন। সালাহউদ্দিন ও তার উত্তরসুরিদের সময় মসজিদের গুরুত্ব আগের মত না থাকলেও আল-আজহারের উপর আইয়ুবীয় নীতির প্রভাব পড়েছে। তারা শিয়া মতবাদের মোকাবেলার জন্য শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান স্থাপন করেছিলেন। এসব শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান সুন্নি ধর্মতত্ত্ব শিক্ষাদান করত। তাদের পাঠক্রমে ধর্মতত্ত্ব ছাড়াও অলংকারশাস্ত্র, গণিত ও বিজ্ঞান অন্তর্ভুক্ত ছিল। সালাহউদ্দিনের বিজয়ের আগ পর্যন্ত মিশরে অণুরূপ কোনো শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান ছিল না। তিনি ও তার পরবর্তী আইয়ুবীয় শাসকরা মিশরে ২৬টি শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান গড়ে তুলেছিলেন। এর মধ্যে সালিহিয়া মাদ্রাসা অন্যতম।

আল-আজহারে এরপর সালাহউদ্দিনের শিক্ষা সংস্কারের ধারা গ্রহণ করা হয়। পরবর্তীতে মামলুকদের শাসনামলে আল-আজহারের উন্নয়ন হয়েছিল। মামলুকরা মাদ্রাসার ছাত্রদের বৃত্তি ও শিক্ষকদের বেতন পুনর্বহাল করে।

২০১১ বিপ্লব পরবর্তী সময়
আইয়ুবীয় রাজবংশ
উসমানীয় সংস্কার ও সংযোজন
গাওরি মিনার