প্রথমদিকের ন্যায়শাস্ত্রের বিশেষজ্ঞরা ঈশ্বর নিয়ে নিজেদের মত একটি তত্ত্ব দাঁড় করিয়েছিলেন। তাদের মতে ঈশ্বর হচ্ছন সৃষ্টিকর্তা, যিনি আশীর্বাদ করেন, অন্নদায়ী, মানুষের আকাঙ্খা পূর্ণ করেন। কিন্তু পরবর্তীতে ন্যায় বিশেষজ্ঞরা এই তত্ত্বকে বাতিল করে দেন এবং তাদের কার্যক্রমে ক্রমেই নাস্তিক্যবাদী ভাবনা ফুটে উঠে। এর পরবর্তীতে ন্যায় শাস্ত্রের বিশেষজ্ঞরা পুনরায় ঈশ্বর সম্পর্কে নিজেদের প্রশ্ন করে, ঈশ্বরের অস্তিত্ব নিয়ে ক্রমাগত যুক্তি দেখিয়ে ঈশ্বরের অস্তিত্বের পক্ষেই একমত হন।

ন্যায়সূত্রের ৪র্থ অধ্যায় ১ নং পরিচ্ছেদে বলা হয়েছে, এ মহাবিশ্বে জড় জীব সৃষ্টি হওয়ার কারণ কী? একারণে তারা ঈশ্বরকে কারণ হিসেবে দেখিয়ে নানাবিধ তত্ত্ব দেন। ১৯-২১ নং শ্লোকে বলা হয়েছে ঈশ্বর আছেন এবং তিনিই একমাত্র আদি কারণ। এর পরের শ্লোকে এর বিপক্ষে যুক্তি দেওয়া হয়েছে এবং তারপর ঈশ্বর সংক্রান্ত ধারণাকে তারা বাতিল করে দেয়।

৫ম শতকে ন্যায় বিশেষজ্ঞ 'প্রস্তপাদ' ঈশ্বর নিয়ে পুনরায় কাজ শুরু করেন। তার অনুসারী ছিলেন। তিনি তার শাস্ত্র "", শ্লোক ৪:১:২১ এর পুনরায় ব্যাখ্যা দেন। সেখানে তিনি বলেন, মানুষ বা তার কর্মের পরিবর্তে ঈশ্বর হবে। তারপর তিনি ঈশ্বরের অস্তিত্বের সপক্ষে যে যুক্তিগুলো আছে সেগুলোর উন্নয়ন ঘটান। তিনি সহজাতভাবে এক্ষেত্রে বলেন, ঈশ্বরই আদিকারণ, সর্বজ্ঞ, অব্যর্থ, মানুষের মঙ্গলদায়ী, এই বিশ্বের সকল নিয়মের আধার, এবং তার রয়েছে অদৃশ্য ক্ষমতা, যার ফলে ভালো করলে জীবের মঙ্গল হয়।
হিন্দুধর্মে বৈশেষিক
হিন্দুধর্মে ন্যায় শাস্ত্র
চার্বাক দর্শনে ঈশ্বর
বিশিষ্টাদ্বৈতবাদিতা বেদান্ত