প্রথম স্বায়ত্তশাসিত সরকারের জন্য নির্বাচন ২০০৫ সালের মে ও জুন মাসে অনুষ্ঠিত হয়; এক স্বাধীনতা নেতা জোসেফ কাবুই রাষ্ট্রপতি নির্বাচিত হন। ২০০৮ সালের জুন তিনি তার দপ্তরে মারা যান। তার মেয়াদের অবশিষ্ট অংশ পূরণের জন্য অন্তর্বর্তীকালীন নির্বাচনের পরে জন মোমিস ২০১০ সালে পাঁচ বছরের মেয়াদে রাষ্ট্রপতি নির্বাচিত হন। তিনি পাপুয়া নিউ গিনির জাতীয় সরকারের সাথে সম্পর্কের মধ্যে স্বায়ত্তশাসনকে সমর্থন করেন।

বুগেনভিলের সংবিধানে উল্লেখ করা হয়েছে যে স্বায়ত্তশাসিত বোগেনভিল সরকার তিনটি শাখা নিয়ে গঠিত:


ইতিহাস
অর্থনীতি
ভাষাসমূহ
সরকার এবং রাজনীতি