১৮৮৫ সালে কানিংহাম অবসর গ্রহণের পর মহাপরিচালকের দায়িত্ব গ্রহণ করেন জেমস বার্গেস। বার্গেস প্রথমেই "The Indian Antiquary (1872)" নামে একটি জার্নাল এবং ১৮৮২ সালে "Epigraphia Indica" নামে ভারতীয় পুরাতত্ত্বের ওপর বার্ষিক ক্রোড়পত্র প্রকাশ করেন।

১৮৮৯ সালে অর্থনৈতিক সমস্যা দেখা দিলে বার্গেসকে মহাপরিচালকের পদ থেকে বহিষ্কার করা হয়। ১৯০২ সাল পর্যন্ত তিনি আর পদ ফিরে পান নি। 

তবে মধ্যবর্তীকালীন সময়ে খনন ও জরিপের কাজ বিভিন্ন সংঘ দ্বারা পরিচালিত হয়েছে। 

১৮৮৮ সাল থেকে সরকারী ব্যয় হ্রাস করার উদ্দেশ্যে নানা প্রস্তাবের পরিপ্রেক্ষিতে সরকার ভারতের প্রত্নতাত্ত্বিক সমীক্ষার বাজেট কর্তন করে।  প্রায় দশ বছরের মতো এই অর্থের অভাবে সমিক্ষার কাজ সঠিকভাবে পরিচালিত হয় নি। এই ১০ বছর ভারতের ইতিহাসে "Buck Crisis" নামে পরিচিত। 

বাস্তবে এ পদক্ষেপের কারণ ASI এর কর্মচারীদের কর্মসংস্থান মারাত্মক হুমকির সম্মুখীন হয়। ১৮৯২ সাল এডওয়ার্ড বাক ভারতে প্রত্নতাত্ত্বিক জরিপ বন্ধ করার ঘোষণা দেন এবং সে সাথে ASI ও বন্ধ করে দেন ফলস্বরূপ ১৯৯৫ সালের মধ্যেই ASI এর সকল কর্মচারী কর্মহীন হয়ে পরে। এর পেছনে মূল উদ্দেশ্য ছিলো সরকারের বাজেটে অধিক অর্থ সঞ্চয় করা।

এ থেকে বোঝা গেলো যে আগামী ৩ বছরের মধ্যে বড় কোনো প্রত্নতাত্ত্বিক নিদর্শন আবিষ্কারই কেবল ASI কে রক্ষা করতে পারবে। 

১৮৯৫ সালের মার্চ মাসে অবশেষে নিগালি সাগর শিলালিপি আবিষ্কারের মধ্য দিয়ে ASI তাদের জরিপ পরিচালনার অনুমতি লাভ করে এবং সেই সাথে " Buck Crisis" এর অবসান ঘটে। এ ক্ষেত্রে শর্তারোপ করা হয় জরিপ চলাকালীন সময়ে প্রতি বছর বড় কিছু আবিষ্কার করতে হবে। 

১৮৯৭ সালে "বুদ্ধ শাক্যমুনির জন্মস্থান" শিরোনামে রচিত এ্যালোইস অ্যান্টোন ফুহরের নিজস্ব প্রতিবেদন প্রচারে নিষেধাজ্ঞা জারি করে সরকার। 

১৮৯৫ সালে জর্জি বোহলার রয়েল এশিয়াইটিক সোসাইটিক জার্নালে তিনি ভারতের প্রত্নতাত্ত্বিক জরিপকে সমর্থন করেছিলেন এবং আরও উল্লেখ করেছিলেন যে প্রাক-অশোকান যুগের আসল দলিল কেবল মাটির নিচেই পাওয়া সম্ভব। 

১৮৯৬ সালের আর একটি স্মরণীয় আবিষ্কার হচ্ছে লুম্বিনি স্তম্ভের শিলালিপি, অশোকের একটি অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ শিলালিপি যা একটি স্তম্ভে লিখিত ছিলো। এটি আবিষ্কার করেন অলিউস আন্তন ফুহার। 

পূর্বের প্রত্নতাত্ত্বিক নিদর্শন এবং এই নতুন আবিষ্কৃত স্তম্ভ হতে এটি স্পষ্ট হয় যে বুদ্ধ এই লাম্বিনিতেই জন্মগ্রহণ করেন।৮

১৮৯৮ সালে যখন ফুহারের জরিপ কাজে দুর্নীতি ধরা পরে তখন সংস্থাটি পুনরায় সমস্যার সম্মুখীন হয় ।  প্রকাশিত সকল তথ্য, প্রকাশনা এবং প্রতিবেদন সম্পর্কে স্মিথের কাছে ফুহার স্বীকার করতে বাধ্য হন যে, তিনি আজ পর্যন্ত যা লিখেছেন তার সবই মিথ্যা ছিলো।

পরবর্তীতে ভারতীয় সরকারের নির্দেশে ফুহারকে তার পদ থেকে সরিয়ে দেওয়া হয়, স্মিথের নেতৃত্বে তার সকল প্রকাশনা ও পাণ্ডুলিপি জব্দ করা এবং তার অফিস তল্লাশি করা হয়। 

১৮৯৭ সালে ফুহার তার আবিষ্কারের ওপর একটি মনোগ্রাফ প্রকাশ করলেও তা সরকারের নির্দেশে প্রচার বন্ধ করা হয়। ফুহারকে তার সকল দায়িত্ব থেকে অব্যাহতি দিয়ে পুনরায় ইউরোপে পাঠিয়ে দেওয়া হয়।

১৮৮৫-১৯০১
মহাপরিচালক
১৯০১-১৯৪৭
শাখা সমূহ