১৮২৮ খ্রিষ্টাব্দে কলেরা রোগে কৃষ্ণমোহনের পিতার মৃত্যু হয়। ১৮২৯ খ্রিষ্টাব্দের নভেম্বর মাসে তিনি হিন্দু কলেজ থেকে উত্তীর্ণ হয়ে হেয়ারের স্কুলে দ্বিতীয় শিক্ষকের পদে নিযুক্ত হন। ১৮৩১ খ্রিষ্টাব্দে প্রসন্নকুমার ঠাকুর "রিফর্মার" নামে সংবাদপত্র বার করলে তিনি তার প্রতিদ্বন্দ্বিতা করে ওই বছর মে মাসে "ইঙ্কোয়েরার" নামে একটি পত্রিকা বার করেন এবং তাতে হিন্দুধর্ম ও হিন্দুসমাজ সম্পর্কে সমালোচনা করেন। ১৮৫০ খ্রিষ্টাব্দে তিনি একটি বিদ্রূপপূর্ণ পুস্তক প্রকাশ করে তাতে রাধাকান্ত দেবকে "গাধাকান্ত দেব" নামে অভিহিত করেন।

কৃষ্ণমোহন বন্দ্যোপাধ্যায়ের বাড়িতে ডিরোজিওর শিষ্যদের আড্ডা ছিল। একদিন তারা মহাবিভ্রাট বাধালেন। কৃষ্ণমোহনের অনুপস্থিতিতে অন্যান্য বন্ধুরা তার বাড়িতে এসে মুসলমানের রুটি ও বাজার থেকে আনা সিদ্ধ মাংস খেয়ে হাড়গুলো প্রতিবেশীর বাড়িতে ফেলে পলায়ন করে। প্রতিবেশীরা এই নিয়ে অত্যন্ত গোলোযোগ করার ফলে সন্ধ্যাবেলায় কৃষ্ণমোহন বাড়ি ফিরলে তিনি সেখান থেকে বিতাড়িত হন। এরপর তিনি দক্ষিণারঞ্জন মুখোপাধ্যায়ের বাড়িতে আশ্রয় নেন; কিন্তু সেখানেও তিনি বেশীদিন থাকতে পারেন নি।

১৮৩০ খ্রিষ্টাব্দে আলেকজান্ডার ডাফ কলকাতায় এসে খ্রীষ্টধর্ম প্রচার করতে শুরু করেন। কৃষ্ণমোহন বন্দ্যোপাধ্যায় বন্ধুদের সঙ্গে তার বক্তৃতা শুনতে যেতেন এবং ডাফ ও ডিয়ালট্রির বাড়িতে গিয়ে ধর্মীয় বিষয় নিয়ে তর্কবিতর্ক করতেন। গৃহ থেকে বিতাড়িত হওয়ার পর এইভাবে এক বছর কাটে। ১৮৩২ খ্রিষ্টাব্দে ২৮শে আগস্ট "ইঙ্কোয়েরার" পত্রিকায় প্রকাশিত হয় যে ডিরোজিওর শিষ্যদলের অন্যতম ও কৃষ্ণমোহনের বন্ধু মহেশচন্দ্র ঘোষ খ্রীষ্ট ধর্মাবলম্বন করেন। এই নিয়ে হিন্দুসমাজে তুমুল আন্দোলন শুরু হয়। ওই বছরেরই ১৭ই আগস্ট আলেকজান্ডার ডাফের কাছে কৃষ্ণমোহন বন্দ্যোপাধ্যায়ও খ্রীষ্টধর্মে দীক্ষা গ্রহণ করেন। ফলে হেয়ারের স্কুলের চাকুরী থেকে তিনি বিতাড়িত হন এবং "চার্চ মিশনারি সোসাইটি স্কুলে" শিক্ষকতা গ্রহণ করেন। এই সকল কারণবশতঃ কৃষ্ণমোহনের স্ত্রী বিন্দ্যবাসিনী দেবী প্রথমে তার সহচারিণী হতে অস্বীকার করেন। অবশেষে ১৮৩৫ খ্রিষ্টাব্দে তিনি এসে কৃষ্ণমোহনের সঙ্গে যোগ দেন।

১৮৩৭ খ্রিষ্টাব্দে তিনি আচার্য্যের পদে উন্নীত হন। আচার্য্য পদে তার প্রথম কাজ মহেশচন্দ্র ঘোষের মৃত্যু উপলক্ষে। ১৮৩৯ খ্রিষ্টাব্দে তিনি কনিষ্ঠভ্রাতা কালীমোহনকেও খ্রীষ্টধর্মে দীক্ষিত করেন। ঐ সালেই হেদুয়ার কাছে ভজনালয় তৈরী করে তিনি ধর্ম প্রচার করতে থাকেন। এখানে থাকতেই প্রসন্নকুমার ঠাকুরের একমাত্র পুত্র জ্ঞানেন্দ্রমোহন ঠাকুর খ্রীষ্টধর্মে দীক্ষিত হন এবং কৃষ্ণমোহনের কন্যা কমলমণিকে বিবাহ করেন।

হিন্দুধর্মের বিরোধিতা ও খ্রীষ্টধর্মে রূপান্তর
শিক্ষাজীবন
পারিবারিক পটভূমি
পরবর্তী জীবন