১৯৯৭ সালে মিলোসেভিচের দ্বিতীয় ও শেষ বৈধ মেয়াদ অবসানের পরবর্তী রাষ্ট্রপতি নির্বাচনে তিনি আবারো জয়ী হন। এর মাধ্যমে যুগোশ্লাভিয়ার সশস্ত্র বাহিনীর উপর তার পূর্ণ নিয়ন্ত্রণ প্রতিষ্ঠা পায়। ক্ষমতায় বসার পরপরই তিনি সশস্ত্র বাহিনীকে কসোভোর বিচ্ছিন্নতাবাদী আন্দোলন দমনে নিযুক্ত করেন। ১৯৯৮ থেকে ১৯৯৯ সালে চলমান এই সংঘর্ষকে কসোভো যুদ্ধ বলা হয়। 
যুগাশ্লাভিয়া সশস্ত্র বাহিনী সেখানে নৃশংস হত্যাকান্ড চালায় বলে অভিযোগ ওঠে। গণহত্যা ঠেকাতে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের নেতৃত্বে ন্যাটো বাহিনী "ইউনাইটেড এলাইড ফোর্স" নামে যুগোশ্লাভিয়ার সশস্ত্র বাহিনীর বিরুদ্ধে যুদ্ধ ঘোষণা করে। ২য় বিশ্বযুদ্ধের পর এই প্রথম বেলগ্রেড শহরে বিমান আক্রমণ শুরু হয় যার নেতৃত্ব দিয়েছিল ন্যাটো। যুগোশ্লাভিয়ার উপর বিমান হামলা শুরু করার পর সার্বিয়ার সশস্ত্র বাহিনী, পুলিশ বাহিনী ও আধা-সামরিক বাহিনীগুলো কসোভোয় বসবাসরত আলবেনিয়ানদের উপর নির্মম গণহত্যা শুরু করে। এদের ভিতর উল্ল্যেখযোগ্য হল চুসকা গণহত্যা এবং পদুয়েভো গণহত্যা। সার্বিয়ান বাহিনীর গণহত্যা থামাতে ন্যাটো জোট বাহিনী বিমান হামলা বন্ধ করার ঘোষণা দেয় এবং একইসময় মিলোসেভিচ কসোভো থেকে সকল যুগোশ্লাভ ও সার্ব বাহিনীকে সরিয়ে আনতে সম্মত হন। ভয়াবহ সিরিজ বিমান হামলার পর, মিলোসেভিচের এই সিদ্ধান্তের পর ন্যাটো শান্তিরক্ষী বাহিনী কসোভোতে প্রবেশ করে।

কনফেডারেশন প্রতিষ্ঠা
যাতায়াত ব্যবস্থা
বিভক্তির উদ্ভব
কসোভো যুদ্ধ