১৯৯০ সালে, রাহমান তাজিক এসএসআরের সুপ্রিম সোভিয়েতের জনগণের সহকারী নির্বাচিত হন। ১৯৯২ সালের আগস্টে তাজিকিস্তানে গৃহযুদ্ধের প্রথম মাসগুলিতে রাষ্ট্রপতি রাহমান সোভিয়েত পদত্যাগ করতে বাধ্য হন। ভারপ্রাপ্ত রাষ্ট্রপতি হন সুপ্রিম সোভিয়েতের স্পিকার আকবর ইস্কান্দার । নাগরিক অস্থিরতা শেষ করার প্রয়াসে ইস্কান্দার ১৯৯২ সালের নভেম্বর মাসে পদত্যাগ করেছিলেন। একই মাসে, সুপ্রিম সোভিয়েত তার ১৬ তম অধিবেশনের জন্য খুজান্দে বৈঠক করে এবং তাজিকিস্তানকে একটি সংসদীয় প্রজাতন্ত্র হিসাবে ঘোষণা করে। রাহমান তখন সুপ্রিম সোভিয়েতের সদস্যদের দ্বারা চেয়ারম্যান হিসাবে নির্বাচিত হন - এটি রাষ্ট্রপতির সমতুল্য পদ - এবং সরকারপ্রধান।

১৯৯২-৯৭ সাল পর্যন্ত গৃহযুদ্ধ চলাকালীন, রাহমানের শাসনের বিরোধিতা করেছিল তাজিক বিরোধী দল । যুদ্ধের সময় প্রায় ১০ লক্ষ মানুষ মারা গিয়েছিল। তিনি ৩০ এপ্রিল ১৯৯৭ সালে খুজান্দে একটি হত্যার চেষ্টা থেকে বেঁচে গিয়েছিলেন, পাশাপাশি ১৯৯৭ সালের আগস্টে এবং ১৯৯৮ সালের নভেম্বরে দুটি চেষ্টা করা অভ্যুত্থানও তিনি বেঁচে গিয়েছিলেন। ১৯৯৪ সালে, একটি নতুন সংবিধান রাষ্ট্রপতির পুনঃপ্রতিষ্ঠা করে। ১৯৯৪ সালের নভেম্বর রাহমান এই পদে নির্বাচিত হয়েছিলেন এবং দশ দিন পরে শপথ নেন। সাংবিধানিক পরিবর্তনগুলির পরে, তিনি ১৯৯৯ সালের নভেম্বর পুনর্নির্বাচিত হয়ে সাত বছরের মেয়াদে আনুষ্ঠানিকভাবে ৯৭% ভোট গ্রহণ করেছিলেন। ২০০২ সালের ২২ জুন, তিনি একটি গণভোট জিতেছিলেন যা ২০০৩ সালে তার মেয়াদ শেষ হওয়ার পরে টানা আরও সাত বছরের মেয়াদে তাকে চালানোর অনুমতি দেয়। বিরোধীরা অভিযোগ করেছে যে এই সংশোধনীটি এমনভাবে লুকানো ছিল যা নির্বাচনী জালিয়াতির বিরুদ্ধে দাঁড়িয়েছিল। সরকারী ফলাফল অনুসারে, রহমান ৬ নভেম্বর ২০০৬ সালে বিতর্কিত নির্বাচনে সাত বছরের মেয়াদে পুনর্নির্বাচিত হন। নভেম্বর ২০১৩-তে, তিনি ইউরোপে সুরক্ষা ও সহযোগিতা সংস্থার পক্ষে বলেছিলেন যে একটি নির্বাচনে "সত্যিকারের নির্বাচনের অভাব ছিল এবং" নির্বাচনের প্রায় ৮৮% ভোট পেয়ে দ্বিতীয় সাত বছরের মেয়াদে তিনি পুনরায় নির্বাচিত হয়েছিলেন। অর্থবহ বহুত্ববাদ "। 
২০১৫ সালের ডিসেম্বরে, তাজিকিস্তানের সংসদে পাস করা একটি আইন ইমোমালি রহমনকে "শান্তি ও জাতীয় ঔক্যের প্রতিষ্ঠাতা, জাতির নেতা" উপাধি প্রদান করে ( তাজিক : Асосгузори сулҳу ваҳдати миллӣ - Пешвои so, রাশিয়ান : Основатель мира и национального единства - Лидер нации,)। "জাতির নেতা," শিরোনামের একটি সংক্ষিপ্ত সংস্করণ ঘন ঘন ব্যবহৃত হয়। রহমানকে মামলা-মোকদ্দমা থেকে আজীবন দায়মুক্তি প্রদানের পাশাপাশি আইন তাকে সমস্ত বড় রাষ্ট্রীয় সিদ্ধান্তের উপর ভেটো ক্ষমতা, দেশ ও সংসদকে যে বিষয়টিকে গুরুত্বপূর্ণ বলে মনে করে, তার সমস্ত বিষয় সম্বোধন করার স্বাধীনতা এবং তার সুযোগ-সুবিধাসহ আরও বেশ কয়েকটি আজীবন সুযোগ-সুবিধা দিয়েছিল। সমস্ত সরকারী সভা এবং সংসদ অধিবেশনগুলিতে অংশ নেওয়ার সুবিধা প্রধান করে। 

২২ মে ২০০৬-এ, দেশব্যাপী গণভোট দেশের সংবিধানে বেশ কয়েকটি পরিবর্তনকে অনুমোদন দিয়েছে। প্রধান পরিবর্তনগুলির মধ্যে একটি রাষ্ট্রপতি পদে সীমা সরিয়ে নিয়েছিল, রাহমানকে কার্যকরভাবে তার ইচ্ছামত যতটা পদ ক্ষমতায় থাকতে দিয়েছে। অন্যান্য মূল পরিবর্তনগুলি বিশ্বাস ভিত্তিক রাজনৈতিক দলগুলিকে অবৈধ ঘোষণা করেছিল, ফলে তাজিকিস্তানের রাজনীতি থেকে অবৈধ ইসলামী পুনর্জীবন দলকে অপসারণের বিষয়টি চূড়ান্ত করা হয় এবং রাষ্ট্রপতি প্রার্থীদের ন্যূনতম যোগ্যতার বয়স ৩৫ থেকে কমিয়ে ৩০ আনা হয় এবং কার্যকরভাবে রাহ

মানের বড় ছেলে রুস্তম ইমোমালিকে প্রার্থী করার জন্য সক্ষম করে তো যাতে ে ২০১৩ সালের পরে যে কোনও সময় রাষ্ট্রপ হতে পারেতি। জানুয়ারী ২০১৭ সালে, রুস্তম ইমোমালি দুশান্বির মেয়র নিযুক্ত হয়েছিলেন, এটি একটি মূল পদ, যা কিছু বিশ্লেষকরা সরকারের শীর্ষস্থানীয় পরবর্তী পদক্ষেপ হিসাবে দেখেছেন। 

তাজিকিস্তানে মার্কিন রাষ্ট্রদূতের মতে, রাহমানের সরকার কট্টরবাদ ও দুর্নীতি দ্বারা চিহ্নিত। রহমান ও তার পরিবার বৃহত্তম ব্যাংক সহ দেশের বড় বড় ব্যবসাগুলি নিয়ন্ত্রণ করে। নভেম্বর ২০১৮ এ, রহমন শক্তির সমস্যাগুলি সমাধান করার জন্য একটি জলবিদ্যুৎ কেন্দ্র চালু করে। 

জীবনের প্রথমার্ধ
ব্যক্তিগত জীবন
রাজনীতি
নাম পরিবর্তন