মুসলমানরা বিশ্বাস করে যে , বর্তমানে আমরা যে কুরআনকে দেখি তা আসলে একটি এবং একমাত্র মৌলিক গ্রন্থ যা নাযিলের পর থেকে একটুও বিকৃত হয়নি । এর মৌলিকতা সম্পূর্ণ অক্ষুণ্ণ রয়েছে যার দাবী এই আয়াতটিতেও করা হয়েছে । "নিশ্চয় আমিই কুরআন নাযিল করেছি আর অবশ্যই আমি তার সংরক্ষক।" (কুরআনঃ ১৫ঃ ৯)

কয়েকটি বর্ণনা এবং হাদিসের কারণে কোন কোন ব্যক্তি সন্দেহপোষন করেন, উসমান কর্তৃক সংকলিত কোরআন পূর্ণাঙ্গ কোরআন কি না বা কোরআনের কোন আয়াত বাদ পড়ে গেল কি না। উদাহরণ হিসাবে কোন কোন সুন্নী লেখক বলেন, কিছু আয়াত আবু বকরের সংকলনের আগেই হারিয়ে যায়। যেমন, একদা ওমর ব্যভিচারের শাস্তি সংক্রান্ত আয়াত খু্ঁজতেছিলেন, যা তিনি মুখস্থ জানতেন। কিন্তু পরবর্তীতে দেখা যায়, যে সাহাবীর নিকট তা লিখিত ছিল, তিনি ইয়ামামার যুদ্ধে শহীদ হন। ফলে ঐ আায়তটি হারিয়ে যায়। নবী পত্নী আয়শার উদ্ধৃতি দিয়ে বলা হয় 'রজম সংক্রান্ত আয়াত ও অন্য একটি আয়াত তার বিছানার নিচে ছিল। নবীর দাফনকালে গৃহপালিত পশু তা খেয়ে ফেলে।' মুহাদ্দিসগন হাদীসগুলিকে প্রত্যাখ্যান করেন। কারণ তাদের মতে, হাদীসগুলি তিনটি দোষে দূষ্ট। হাদীসের সনদে অসৎ রাবী রয়েছে, অন্যান্য সহী হাদীসের বিপরীত এবং মতন আংশিক জুড়ে দেয়া হয়েছে। (সুয়াইব আল আরনাত, তাহকিক মুসনাদ আহমাদ বিন হাম্বল ৬/২৬৯)

কতিপয় শিয়া পন্ডিত বলেন, আলীর পূর্বসূরি - আবু বকর, ওমর, উসমান- ইচ্ছাকৃতভাবে আলীরর খলীফা হওয়া সংক্রান্ত আয়াত বাতিল করেছে। আবার কোন কোন শিয়া এই দাবী করে যে, 'দুটি সূরা আল নুরিয়ান' (The two lights) 'আল ওয়ালিয়া' (the guardian) যা নবী পরিবারের মর্যাদা বিষয়ক, তা উসমান কর্তৃক সংকলিত অনুলিপি থেকে সরিয়ে ফেলা হয়েছে। (Esack Farid.2005. The Qur'an: Learners Guide.pp 89–90)

উপরোক্ত বিষয়ে সমসাময়িক পন্ডিত আল -খই 
ভিন্ন মত পোষন করেন। খেলাফতের বিষয় নিয়ে তার অভিমত -'আবু বকর, ওমর উসমান কর্তৃক কোরআন সংকলিত হয় খেলাফত প্রতিষ্ঠার পর। এ সংক্রান্ত আয়াত যদি থাকত, তবে আল্লাহ'র নির্দেশনা অনুসারপ আলী হতেন প্রথম খলীফা। এর জন্য মুসলমানদেরকে 'বনী সকীফায়' মিলিত হওয়ার প্রয়োজন ছিলনা। এমনকি আলী যখন খেলাফতের দায়িত্ব পান, তিনি বিষয়টি নিয়ে কখনো কথা বলেননি। যা থেকে প্রমাণিত হয় যে, আয়াত পরিবর্তনের ধারনাটি অমূলক। [ Al-Khui,Al-Sayyid(1998). The prolegomna to the Qur'an.New York:Oxford University Press. p150]

আল-খইল আরও বলেন, উসমান যে সময়ে খলীফা হিসেবে নিযুক্ত হন সে সময়ে ইসলাম এত দূর পর্যন্ত ছড়িয়ে পড়েছিল যে তিনি বা তার চেয়ে ক্ষমতাশালী কারও পক্ষেও কোরআনের সামান্যতম অংশ পরিবর্তন করা সম্ভব ছিলনা। সে সময়ে কুরআনের মূল্য ও গুরুত্বববোধই একে রদবদল হওয়া থেকে রক্ষা করেছিল। ইসলাম পূর্ব যুগে আরবরা পদ্য মুখস্তকরনকে অনেক গুরুত্ব দিত । এই পদ্ধতি তাদের সংস্কৃতিরই অংশ ছিল এবং তারা এতে অত্যন্ত দক্ষ ছিল। এটা কল্পনা করা কঠিন যে, সর্বশক্তিমান আল্লাহ'র গ্রন্থকে সংরক্ষণ করার ক্ষেত্রে তারা অনুরুপ গুরুত্ব দেয়নি, বিশেষকরে যখন তারা এটা বিশ্বাস করত যে মুখস্তকরনের ফলস্বরূপ তাদেরকে মৃত্যুর পরেও পুরুষ্কৃত করা হবে। তাছাড়া, যদিও উসমান অনুলিপি করার সময় রদবদল করত কিন্তুুু, মুখস্তকারি মুসলমানগনের হৃদয় থেকে কুরআনের সামান্যতম অংশও মুছে ফেলা তার পক্ষে সম্ভব হত না।

সর্বোপরি, উসমান যদি কোরআনে কোন ধরনের পরিবর্তন করত, তবে তাকে হত্যা করার পেছনে কোরআনের পরিবর্তনকেই মূল কারণ হিসাবে চিহ্নিত করা হত। এর কোন দলিল পাওয়া যায়না। আল কুহিল আরো যুক্তি দেখান যে, উসমান কোরআন পরিবর্তন করলে, বিশেষত আলি সংক্রান্ত বিষয়ে, তবে আলি তার খেলাফতকালে অবশ্যই তা সংশোধন করতেন। উল্টো, কোরআনের প্রচার ও প্রসারে তা বলিষ্ঠ ভুমিকাই দেখা যায়।

আব্দুল্লাহ ইবনে মাসউদের অনুলিপি
বুৎপত্তি ও সংকলন
উবাই ইবনে কাবের অনুলিপি
ইসলামী দৃষ্টিভঙ্গীঃ সুন্নী এবং শিয়া