বাংলার উপকণ্ঠে পর্তুগীজ জলদস্যু এবং আরাকান জলদস্যুদের ক্রমাগত আক্রমণের প্রেক্ষাপটে বাংলার কোন শাসকই একটি শক্তিশালী নৌবাহিনী প্রয়োজনীয়তাকে অস্বীকার করতে পারেননি। বারো ভূঁইয়াদের সবারই নিজস্ব নৌ বাহিনী ছিল। অধ্যাপক রাধা কুমুদ মুখার্জি এর পর্যালোচনায়, 
যুদ্ধ জাহাজগুলো সাধারনত সুন্দরবনের কাঠ দ্বারা নির্মিত হত। কিছু কিছু জাহাজে ৬৪টি দাড় থাকত। এসকল নৌযানের বেশিরভাগই কামান দ্বারা সজ্জিত থাকত। ওলান্দাজ ঐতিহাসিক জস গমানসের মতে সে সময় মুঘলদের নৌযানের সংখ্যা ছিল ৫০০টি। তখন রাজা প্রতাপাদিত্যের নৌযানে সংখ্যা ছিল তার প্রায় দ্বিগুণ। প্রতাপাদিত্যের নৌ-বাহিনী প্রথমে বাঙালি সেনাপতিদের অধীনে থাকলেও পরবর্তীতে পর্তুগিজ সেনাপতিদের হাতে এর নেতৃত্ব প্রদান করা হয়েছিল।প্রতাপাদিত্য নিম্নবঙ্গ ও সুন্দরবন অঞ্চলে নদীনালা ও খাল বিলের কথা বিবেচনা করে নৌশক্তি ও নৌবাহিনীর দিকে মনোনিবেশ করেন। দেশে প্রয়োজনীয় সরঞ্জামের সংস্থান, নদীর অবস্থা ও উপকূলের প্রকৃতি বিচার করে কাতরী নির্মাণ করেন। প্রতাপ বাহিনীর ব্যবহৃত দ্রুতগামী নৌকা সমূহের মধ্যে ছিল - ঘুরাব, বেপারী, কোশা, বলিয়া, পাল, মাচোয়া, পশতা, জালিয়া, পিয়ারা, মহলগিরি প্রভৃতি। এই সকল নৌকাসমূহের মধ্যে ঘুরাব সবচেয়ে শক্ত ও শক্তিশালী। তার সময়ে যশোরের কারিগরগণ জাহাজ নির্মাণে বিশেষত্বলাভ করেছিল। তৎকালে শায়েস্তা খাঁ যশোর হতে অনেক জাহাজ প্রস্তুত করে নিয়েছিলেন। প্রতাপাদিত্যের উৎকৃষ্ট কাতরীর সংখ্যা সহস্রাধিক ছিল। ইসলাম খাঁর নবাবী আমলে আব্দুল লতীফ নামে একজন ভ্রমণকারীর বিবরন হতে জানা যায়, “প্রতাপাদিত্য বঙ্গদেশের শক্তিশালী রাজা। তাঁর যুদ্ধসামগ্রীতে পূর্ণ সাতশত নৌকা এবং বিশ হাজার পদাতিক সৈন্য ছিল এবং তার রাজ্যের আয় পনের লক্ষ টাকা।” কালীগঞ্জ - শ্যামনগর সড়কের পূর্ব পার্শ্বে মৌতলার নিকট তার জাহাজ ঘাটা কুআর বন নামক স্থানে জাহাজের পোতাশ্রয় ছিল। নিকটবর্তী দুদলিয়া গ্রামে ছিল তার কাতরী নির্মাণের ডক। জাহাজঘাটার নৌবিভাগের সর্বাধ্যক্ষ ফ্রেডারিক ডুডলির নামে একটি গ্রাম আছে। ডকের তত্ত্বাবধায়ক ছিলেন খাজা আব্দুল্লাহ এবং নৌসেনার অধ্যক্ষ ছিলেন অগাষ্টস পেড্রো।

মুগলদের বিরুদ্ধে জোট ও প্রচারণা
সলকার যুদ্ধ
সামরিক বাহিনী
নৌবাহিনী