সংগৃহীত ডিএনএ, যাকে বলা হয় জিনোমের ডিএনএ, রেস্ট্রিকশন এন্ডনিউক্লিয়েজের সঙ্গে মেশানো হয়। এর ফলে সমস্ত ডিএনএ ছোট বড়ো টুকরোতে ভেঙে যায়। যদিও রেস্ট্রিকশন এন্ডনিউক্লিয়েজের ক্লিভেজ স্থানে পলিমরফিজম উপস্থিত থাকতে পারে, সাধারন ভাবে এই উৎসেচক এবং ডিএনএ খণ্ড ভিএনটিআর (VNTR) লোসাই গুলি চিনতে সহায়তা করে। যদিও সাউদার্ন ব্লট প্রক্রিয়াটি খুবই কষ্টসাধ্য এবং এর জন্য অনেক ডিএনএ খন্ড প্রয়োজন হয়। এই প্রক্রিয়ায় ডিএনএ টুকরো টুকরো হলেও তার মিনি স্যাটেলাইট পুনরাবৃত্ত অঞ্চল গুলি অবিকৃত থাকে। এই প্রক্রিয়ায় উৎপন্ন ডিএনএ খণ্ডাংশ গুলি বিভিন্ন আকারের হয়, যেগুলির ভোঁতা বা ছুঁচলো প্রান্ত দেখা যায়। এই খণ্ড গুলিকে বলা হয় Restriction Fragments Length Polymorphisms বা RFLP ।

ডিএনএ আলেখনের উপযোগিতা
ডিএনএ আলেখন প্রস্তুতির সময়কাল
ডিএনএ খণ্ডের পৃথকীকরণ
ডিএনএ খন্ডীকরন