ধর্ম আর বিজ্ঞানের মধ্যে যে এক প্রকার আনুমানিক সংঘর্ষ আছে তার বিরুদ্ধেও পাল্টা যুক্তি দেওয়া হয়। যেমন C. S. Lewis, একজন খ্রিষ্টান পরামর্শ দেন সকল ধর্মই বিশ্বাসের সাথে সম্পৃক্ত, এজন্য একে বিজ্ঞান দ্বারা সত্যি বা মিথ্যা প্রমাণ করা যায় না।তারপরেও কিছু ধর্মীয় বিশ্বাস আছে,যার সাথে বিজ্ঞানের কোনো কিছুরই মিল নেই, যেমন: নব্য সৃজনবাদিতা.

যারা ধর্মের সমালোচনা করে তারা মতবিরোধ তত্ত্বের সাথে সহমত। উদাহরণস্বরুপ স্টিভেন জে গুল্ড C. S. Lewis এর সহমত প্রকাশ করেন এবং বলেন ধর্ম ও বিজ্ঞান হচ্ছে দুটি পৃথক স্বতন্ত্র বলয় (Non-overlapping magisteria (NOMA))। বিজ্ঞানী রিচার্ড ডকিন্স বলেন ধর্মানুসারীরা স্বতন্ত্র বলয়ের দৃষ্টিভঙ্গীকে বিশ্বাস করেন না।

যাইহোক আমেরিকার জনগণের মাঝে জরিপ চালিয়ে দেখা গেছে যদিও বিজ্ঞানের মুলনীতির সাথে দ্বন্দ আছে বা বিজ্ঞানীরা ধার্মিকদের কাছে তাদের তত্বের বিরুদ্ধে পাল্টা যুক্তি হাজির করে তবুও ধর্মীয় দলগুলো বিজ্ঞান বা বৈজ্ঞানিক জ্ঞান অনুসন্ধানের এই পদ্ধতির সাথে তাদের ধর্মীয় মতবাদের কোনো দ্বন্দ্ব দেখেন না। এমনকি একজন কট্টরপন্থী ধার্মিকও বিজ্ঞানের প্রতি গভীর আস্থা রাখেন। ১৯৮১ থেকে ২০১১ পর্যন্ত দফায় দফায় জরিপ হওয়ার পর দেখা যায়, একটা দেশ যদি গভীরভাবে ধর্মীয় দৃষ্টিকোণের প্রতি আসক্ত থাকে তারপরেও সে দেশের বিজ্ঞানের প্রতি একটা শক্ত বিশ্বাস থাকে। পক্ষান্তরে কোনো দেশ যদি সেকুলার হয় তাহলে সে দেশ অনেকবেশি সন্দেহপ্রবণ হয় বিজ্ঞান এবং প্রযুক্তির খারাপ প্রভাবের ব্যাপারে। 
যদিও যুক্তরাষ্ট্র উচ্চমাত্রার ধর্মীয় দেশ তবুও অন্যান্য শিল্প বাণিজ্যে উন্নয়নশীল দেশ যেমন ইউরোপ,রাশিয়া এবং জাপানের তুলনায় আমেরিকার জনগণ বিজ্ঞানের প্রতি বেশি অনুগ্রহ প্রকাশ করে। একটা গবেষণা যুক্তরাষ্ট্রের কলেজ ছাত্রদের ওপর হয়েছিল। প্রশ্ন ছিল ধর্ম এবং বিজ্ঞানের সম্পর্ক নিয়ে তাদের দৃষ্টিভঙ্গী কেমন। ধর্ম-বিজ্ঞান একে অপরের বিরোধী,সহযোগী নাকি উভয়েই স্বাধীন; এমনটাই জানতে চাওয়া হয়েছিল। অধিকাংশ ছাত্র যারা সামাজিক বা প্রাকৃতিক বিজ্ঞানে উচ্চশিক্ষা সম্পন্ন করেনি, তারা ধর্ম এবং বিজ্ঞানের মধ্যে বিরোধ দেখেন না।

ধর্ম সহিংসতার উল্লেখযোগ্য কারণ হওয়ার বিরুদ্ধে যুক্তি
ধর্মীয় ধারণার শব্দতাত্ত্বিক ইতিহাস
ধর্মের দ্বারা বৈজ্ঞানিক অগ্রগতিকে অবদমনের বিরুদ্ধে যুক্তি
সম্মান রক্ষার্থে হত্যা ও পাথর ছুড়ে হত্যা