প্রাণশক্তি মতবাদ ভুল প্রমাণিত হলেও জৈব ও অজৈব যৌগের মধ্যে পার্থক্য আজ অবধি অব্যাহত আছে, এর কারণ অসংখ্য জৈব যৌগের সংগঠন ও বিন্যস্তের জন্য। এমনও অনেক জৈব যৌগের সন্ধান পাওয়া গেছে যাদের প্রাণী বা উদ্ভিদের সাথে গঠনগত ও ধর্মের দিক থেকে কোন সম্পর্ক নেই। জৈব জৌগের কোন আনুষ্ঠানিক সংজ্ঞা নেই। কোন কোন পাঠ্যবই কার্বন-হাইড্রোজেন বন্ধন বিশিষ্ট যৌগকে জৈব যৌগ বলে থাকে। আবার কিছু বই যেসব অণুতে কার্বন বিদ্যমান, তাদেরকেই জৈব যৌগ বলে। কার্বন পরমাণু বিশিষ্ট অণুর বৃহত্তর সংজ্ঞায় তুলনামূলকভাবে সংখ্যায় অল্প পরিমাণ কার্বন বিশিষ্ট যৌগ যেমন- কার্বনেট, সাধারণ অক্সাইড, সায়ানাইড, কার্বনের বহুরূপসমূহ ইত্যাদি বিবেচনা করা হয় না।

প্রচলিত কার্বন-হাইড্রোজেন বন্ধনের সংজ্ঞায় প্রায়োগিক ও ঐতিহাসিকভাবে স্বীকৃত জৈব যৌগসমূহ বিবেচনা করা হয় না। এই সংজ্ঞা অনুসারে ইউরিয়া এবং অক্সালিক এসিড জৈব যৌগ নয়। এই যৌগদুইটি প্রাণশক্তি মতবাদে বিতর্কের বিষয় ছিল। IUPAC এর "Nomenclature of Organic Chemistry" শীর্ষক বইয়ে সুনির্দিষ্টভাবে ইউরিয়া ও অক্সালিক এসিডকে জৈব যৌগ হিসেবে উল্লেখ করা হয়েছে। অন্যান্য যৌগ যাতে কার্বন-হাইড্রোজেন বন্ধন নেই তবে ঐতিহাসিকভাবে জৈব যৌগ হিসেবে পরিচিত, তাদের মধ্যে রয়েছে- বেনজিনহেক্সোল, মেসোক্স্যালিক এসিড, কার্বন টেট্রাক্লোরাইড। মেলিটিক এসিডে কোন কার্বন-হাইড্রোজেন বন্ধন না থাকলেও একে জৈব যৌগ হিসেবে বিবেচনা করা হয়। এই “কার্বন-হাইড্রোজেন বন্ধন নিয়ম” কার্বন-ফ্লোরিন বিশিষ্ট যৌগের ক্ষেত্রে যৌক্তিকতা নির্ধারণে সমস্যার সৃষ্টি করে। যেমন- এই নিয়ম অনুযায়ী টেফলন একটি অজৈব যৌগ কিন্তু টেফজেল জৈব যৌগ। একইভাবে অনেক হ্যালো-অ্যালকেনও এই নিয়ম অনুসারে অজৈব কিন্তু অন্যান্য জৌগসমূহ জৈব। এই কারণে এবং অন্যান্য কিছু কারণে কার্বন-হাইড্রোজেন বন্ধন বিশিষ্ট যৌগসমূহকে জৈব যৌগের একটি অংশ হিসেবে বিবেচনা করা হয়।

আধুনিক শ্রেণীবিন্যাস
জৈব বিক্রিয়াসমূহের শ্রেণীবিন্যাস
সংশ্লেষিত যৌগ
শ্রেণীবিভাগ