বেশি গোল করতে না পারলেও, আগুয়েরোর এই মৌসুম মোটামুটি ভালভাবেই কাটে। এটি ছিল এক দশকেরও বেশি সময়ের মধ্য আতলেতিকো মাদ্রিদের সেরা মৌসুম। ২০০৯ সালের ৩ নভেম্বর, চেলসির বিপক্ষে তিনি জোড়া গোল করেন। খেলাটি ২–২ সমতায় শেষ হয়। অ্যাটলেটিকো প্রতিযোগিতার প্রথম পর্ব থেকে বিদায় নিলেও, তারা উয়েফা ইউরোপা লীগে স্থান করে নেয় এবং ফাইনালে পৌছায়। ফুলহ্যামের বিপক্ষে খেলাটি ১–১ সমতায় শেষ হলে, অতিরিক্ত সময়ে ফরলানের গোলে ২–১ ব্যবধানে জয় পায় অ্যাটলেটিকো। প্রথম গোলটিও করেন ফরলান এবং উভয় গোলেই সহায়তা করেন আগুয়েরো। এছাড়া তিনি দলকে কোপা দেল রে’র ফাইনালে পৌছাতেও সাহায্য করেন, যদিও ১৯ মে ক্যাম্প ন্যুতে ফাইনালে সেভিয়ার বিপক্ষে হেরে শিরোপা হাতাছাড়া হয় তাদের।

২০১০ সালের ২৭ আগস্ট, ইন্টার মিলানের বিপক্ষে ইউরোপীয়ান সুপার কাপের ফাইনালে ২–০ ব্যবধানে জয় লাভ করে আতলেতিকো। আগুয়েরো একটি গোল করেন এবং একটি গোলে সহায়তা করেন। ২০১১ সালের ৪ জানুয়ারি, আতলেতিকো মাদ্রিদের দাপ্তরিক ওয়েবসাইটে ক্লাবের সাথে আগুয়েরোর নতুন চুক্তি নিশ্চিত করা হয়, যার মেয়াদ ছিল ২০১৪ সাল পর্যন্ত। এর পরের দিনই তাকে দলের সহ-অধিনায়কের দায়িত্ব দেওয়া হয়।

মৌসুমের শেষ খেলা: ম্যানচেস্টার সিটি ৩–২ কিউপিআর
ক্লাব ক্যারিয়ার
২০০৯–১০ মৌসুম
আতলেতিকো মাদ্রিদ