১৯৪৭ সালে ভারতের স্বাধীনতার পর দিল্লিতে নব প্রতিষ্ঠিত ন্যাশনাল ফিজিকাল ল্যাবোরেটরির পরিচালকের দায়িত্ব দেয়া হয় স্যার কৃষ্ণণকে। মৃত্যুর আগ পর্যন্ত তিনি এ দায়িত্ব পালন করেন। বিজ্ঞানী ও অধ্যাপক কৃষ্ণণ জাতীয় পর্যায়ের প্রশাসনিক পদে এসে কিছুটা অপ্রস্তুত হয়ে পড়লেও বৈজ্ঞানিক ভাবেই সামাল দেয়ার চেষ্টা করলেন সমস্ত রাজনৈতিক ও আমলাতান্ত্রিক জটিলতা। ১৯৪৮ সাল থেকে ১৯৬১ সালে মৃত্যুর আগ পর্যন্ত তিনি এটমিক এনার্জি কমিশনের সদস্য ছিলেন। ১৯৪৯ সালে ইন্ডিয়ান সায়েন্স কংগ্রেসের প্রেসিডেন্ট নির্বাচিত হন। বোর্ড অব রিসার্চ ইন নিউক্লিয়ার সায়েন্সের চেয়ারম্যানের দায়িত্বও পালন করেন এসময় । কিন্তু এত প্রশাসনিক ব্যস্ততার মাঝেও গবেষণার কাজ থেমে থাকেনি স্যার কৃষ্ণণের। আলোকের ব্যাতিচার, ইলেকট্রন-চাপ ও বিদ্যুৎ পরিবাহীতে তাপের বিস্তার নিয়ে কাজ করেছেন কৃষ্ণণ। সবচেয়ে বেশি কাজ করেছেন থার্মিওনিক্স নিয়ে(থার্মিওনিক্স হলো উত্তপ্ত বস্তু থেকে যে ইলেকট্রন নির্গত হয় তাদের কার্যকলাপ পর্যবেক্ষণ করে ইলেকট্রনগুলোকে নিয়ন্ত্রণ করার কাজ)। সহকর্মী ডক্টর জৈনের সহযোগিতায় ইলেকট্রনের সেচুরেশান প্রেসার নির্ণয়ের একটি নতুন পদ্ধতি আবিষ্কার করেন কৃষ্ণণ। সহকর্মী ডক্টর সুন্দরমের সহযোগিতায় উত্তপ্ত নলের মধ্যে তাপমাত্রার বণ্টন নীতির তত্ত্বীয় ভিত্তি স্থাপন করেন কৃষ্ণণ। ১৯৪৮ থেকে ১৯৬১ সালের মধ্যে চল্লিশটি গবেষণাপত্র প্রকাশিত হয় স্যার কৃষ্ণণের। ১৯৫৫ সালে আমেরিকান ন্যাশনাল একাডেমি অব সায়েন্সের বার্ষিক ডিনারে অতিথি বক্তা হিসেবে আমন্ত্রণ জানানো হয় স্যার কৃষ্ণণকে। এ এক বিরল সম্মান। এর আগে যাঁরা এ অনুষ্ঠানে বক্তৃতা দেয়ার জন্য আমন্ত্রিত হয়েছেন তাদের সবাই ছিলেন রয়েল সোসাইটির প্রেসিডেন্ট অথবা একাডেমি অব সায়েন্সের প্রেসিডেন্ট। কৃষ্ণণই ছিলেন প্রথম ব্যক্তি যিনি শুধুমাত্র ব্যক্তিগত যোগ্যতায় এ সম্মান পেলেন।

ইন্ডিয়ান এসোসিয়েশান ফর দি কাল্টিভেশান অব সায়েন্স
ন্যাশনাল ফিজিকাল ল্যাবোরেটরি
ধর্মবিশ্বাস
সামারফেল্ডের সাথে সাক্ষাৎ