আর্জেন্টিনার সিনিয়র দলের হয়ে আগুয়েরোর অভিষেক হয় ২০০৬ সালের ৩ সেপ্টেম্বর ব্রাজিলের বিপক্ষে একটি প্রীতি খেলায়। একজন টিনএজার হিসেবে তিনি আর্জেন্টিনার হয়ে ফিফা যুব চ্যাম্পিয়নশীপগুলোতেও অংশগ্রহণ করেন। লিওনেল মেসি এবং ফেরন্যান্দো গ্যাগোর সাথে তিনি ২০০৫ ফিফা যুব চ্যাম্পিয়নশীপ জিতেন। এছাড়া ২০০৮ গ্রীষ্মকালীন অলিম্পিকেও তারা বিজয়ী হয়।

ইন্ডিপেন্ডিয়েন্তে
আন্তর্জাতিক ক্যারিয়ার
২০০৮ গ্রীষ্মকালীন অলিম্পিক
২০০৬–০৭ মৌসুম