খাজা ইউনূস আলী বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রতিষ্ঠার যাত্রা শুরু হলে বাংলাদেশের সবচেয়ে উজ্জ্বল শিল্পী ডাঃ এম এম আমজাদ হোসেন হযরত হযরত ইবনে আমুযূর এর উত্তরাধিকারী গ্রাম সিনাজগঞ্জে তার প্রতিষ্ঠিত হযরত আঃ খাজা ইউনূস আলী এনায়েতপুরি ।

ইতিমধ্যে খাজা ইউনূস আলী মেডিকেল কলেজ ও খাজা ইউনূস আলী মেডিকেল কলেজ ও হাসপাতাল ইতিমধ্যে সফলভাবে কাজ করছেন। খাজা ইউনূস আলী ইউনিভার্সিটি ট্রাস্টের ট্রাস্টি বোর্ডের সদস্যদের সাথে আলোচনা করার পর তিনি খাজা ইউনূস আলী মেডিকেল কলেজ ও হাসপাতালের আশপাশের বিশ্ববিদ্যালয়ে বিশ্ববিদ্যালয়টি নির্মাণ করার সিদ্ধান্ত নেন। খাজা ইউনূস আলী বিশ্ববিদ্যালয়ের সরকারী অনুমতি ও বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরি কমিশন কাছ থেকে স্বক্রিতি প্রাপ্ত হয়েছিল। ১২ নভেম্বর, ২০১২ শিক্ষাবর্ষ। 

স্নাতক প্রোগ্রাম
একাডেমিক সেশন
প্রতিষ্ঠাকাল
স্নাতকোত্তর প্রোগ্রাম