জার্মান বিধায় দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধ ছড়িয়ে পড়লে বিশ্বযুদ্ধের শুরুতে সংক্ষিপ্ত সময়ের জন্যে অন্যান্য জার্মান নাগরিকদের পাশাপাশি অন্তরীণ ছিলেন ফুক্‌স। জুন থেকে ডিসেম্বর, ১৯৪০ সাল পর্যন্ত আইল অফ ম্যানের নিরাপত্তা হেফাজতে থেকে কানাডার কুইবেক প্রদেশে তাকে পাঠানো হয়। অধ্যাপক ম্যাক্স বর্ন তার মেধা সম্পর্কে সম্যক অবগত ছিলেন। ব্রিটিশ সরকার যখন জানতে পারে যে তিনি বার্মিংহ্যাম বিশ্ববিদ্যালয়ে আণবিক বোমা বিষয়ে গবেষণা করছেন ও পদার্থবিজ্ঞানে অগাধ জ্ঞান রাখেন, তখন তাকে মুক্তি দেয়া হয়। ১৯৪১ সালের শুরুর দিকে তাকে এডিনবরায় অস্থায়ীভাবে ফিরিয়ে আনা হয়। এরপর তিনি আরেকজন জার্মান শরণার্থী ও পদার্থবিদ রুডল্‌ফ পিয়ার্লসের অধীনে বার্মিংহ্যাম বিশ্ববিদ্যালয়ে ব্রিটিশ আণবিক বোমা গবেষণা প্রকল্প টিউব এলয়েজে কাজ করতে থাকেন। যুদ্ধকালীন সীমাবদ্ধতা স্বত্ত্বেও তাকে ১৯৪২ সালে ব্রিটিশ নাগরিকত্ব প্রদান করা হয়। এজন্যে তাকে দাপ্তরিক নিরাপত্তা আইনে স্বাক্ষর করতে হয়েছিল। 
যখন ফুক্‌স উপলদ্ধি করেন যে গবেষণা প্রকল্পের গুরুত্ব অপরিসীম ও তাতে তিনি সম্পৃক্ত রয়েছেন, তখন থেকেই তিনি বৈজ্ঞানিক গোপন তথ্যাদি সোভিয়েত ইউনিয়েন পাঠাতে শুরু করতে থাকেন। ১৯৪৩ সালে ফুক্‌সকে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে প্রেরণ করা হয়। উদ্দেশ্য ছিল লস আলামোজের ম্যানহাটন প্রকল্পে আণবিক বোমার মানোন্নয়নে তাত্ত্বিক ও বোমার নকশা প্রণয়ন সংক্রান্ত বিষয়ে অন্যান্য বিজ্ঞানীদের সাথে একযোগে কাজ করা। এ সংক্রান্ত নিজস্ব ধ্যান-ধারণা সোভিয়েত ইউনিয়নে হস্তান্তর করতে থাকেন। তার এই তথ্য পাচারের ফলে সোভিয়েত ইউনিয়নকে তাদের নিজস্ব পারমাণবিক বোমা প্রকল্পের উন্নয়ন কর্মকাণ্ডকে বিস্তার ঘটাতে কমপক্ষে এক বছর সময় থেকে বাঁচায়।

বিশ্বযুদ্ধ শেষ হলে তিনি পুনরায় ইংল্যান্ডে ফিরে আসেন। হেরওয়েলে অবস্থিত ব্রিটিশ পারমাণবিক গবেষণা কেন্দ্রের প্রধানের দায়িত্ব পালন করতে থাকেন তিনি।

দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধে ভূমিকা
প্রারম্ভিক জীবন
মুক্তিলাভ
শেষ জীবন