মলদোভীয় সংবিধান গাগাউজিয়াকে স্বায়ত্তশাসনের অধিকার দিয়েছে এবং ১৯৯৪ সালের গাগাউজ স্বায়ত্তশাসন আইন অনুযায়ী গাগাউজিয়ার জনগণ স্বায়ত্তশাসন ভোগ করে থাকে। আইন অনুযায়ী, মলদোভা যদি রোমানিয়ার সাথে একীভূত হবার ঘোষণা দেয়, তবে গাগাউজিয়া নিজেদের ইচ্ছামত চলতে পারে। গাগাউজীয় গণপরিষদের (গাগাউজ: "Halk Topluşu"; রোমানীয়: "Adunarea Populară") নিজস্ব বিচার ব্যবস্থায় আইন প্রণয়নের এখতিয়ার রাখে। তারা শিক্ষা, সংস্কৃতি, স্থানীয় উন্নয়ন, বাজেট ও কর সংক্রান্ত বিষয় নিয়ে আইন প্রণয়ন করতে পারে এবং প্রাদেশিক প্রশাসনকে তাদের কাজের কারণ দর্শানোর নির্দেশ দিতে পারে। গণপরিষদের দুইটি বিশেষ ক্ষমতা আছে: এটি মলদোভার অভ্যন্তরীণ ও পররাষ্ট্রনীতি তৈরি করার কাজে অংশ নিতে পারে; এবং, কেন্দ্রীয় প্রশাসন গাগাউজিয়ার বিচার ব্যবস্থায় হস্তক্ষেপ করলে তারা মলদোভার সাংবিধানিক আদালতে এর বিরুদ্ধে আপিল করার এখতিয়ার রাখে।

গাগাউজিয়ার সর্বোচ্চ সরকারি ব্যক্তি, যিনি গাগাউজিয়ার সমগ্র প্রশাসনের প্রধান, গাগাউজিয়ার গভর্নর (গাগাউজ: "Başkan"; রোমানীয়: "Guvernatorul Găgăuziei") বলে পরিচিয়। তিনি জনগণের ভোটে চার বছরের জন্য নির্বাচিত হন এবং তিনি সমগ্র গাগাউজীয় প্রশাসনের উপরে এখতিয়ার রাখেন। তিনি মলদোভা প্রজাতন্ত্রী সরকারের একজন সদস্যও। গাগাউজিয়ার গভর্নর হতে হলে কাউকে গাগাউজ ভাষায় অনর্গল কথা বলতে পারার ক্ষমতা থাকতে হবে এবং অন্যূন ৩৫ বছর বয়স্ক মলদোভীয় হতে হবে।

গাগাউজিয়ায় স্থানীয় কার্যনির্বাহী ক্ষমতা প্রয়োগের এখতিয়ার রাখে সেখানকার কার্যনির্বাহী কমিটি ("Bakannik Komiteti"/"Comitetul Executiv")। এর সদস্যরা গভর্নর কর্তৃক অথবা গাগাউজীয় গণপরিষদের প্রথম অধিবেশনে সংখ্যাগরিষ্ঠের ভোট পেয়ে নিযুক্ত হয়ে থাকেন। এই কমিটি গাগাউজিয়ায় মলদোভা প্রজাতন্ত্র এবং গাগাউজীয় গণপরিষদ প্রণীত আইনের প্রয়োগ নিশ্চিত করে থাকে।

স্বায়ত্তশাসনের অংশ হিসেবে গাগাউজিয়ার নিজস্ব পুলিশবাহিনী আছে। গাগাউজ হালকি নামের এক বিচ্ছিন্নতাবাদী রাজনৈতিক দলকে নিষিদ্ধ করা হয়েছে।

রাজনীতি
স্বাধীন মলদোভা
রুশ সাম্রাজ্য
যোগাযোগ ব্যবস্থা