কয়েক বছর আল-জাওয়াহিরি এবং তার পরিবারের ব্যাপারে কোন সংবাদ বের হয়নি। ধারণা করা হয়েছিলো, তাকে বিচারের দণ্ড অনুযায়ী ফাঁসি দেওয়া হয়েছে। কিন্তু, ২০০১ সালের অক্টোবরে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র আফগানে একটি গুহায় পাওয়া একটি মৃতদেহ তার ভাইয়ের কিনা সেটা যাচাই করতে তার ডিএনএর নমুনার জন্য অনুরোধ করে।

২০০৪ সালের ফেব্রুয়ারিতে আল-শারকুল আওসাত সংবাদপত্র ঘোষণা করে, "তারা নির্ভরযোগ্য সংবাদ পেয়েছে আল-জাওয়াহিরি জীবিত এবং তোরা কারাগারে বন্দী আছেন।" এই সংবাদটি ঐ মাসেই মিসরের অন্তর্বর্তীকালীন সরকার সত্য হিসেবে নিশ্চিত করেন। তিনি এটাও বলেন, "তার পরিবার মার্চে তাকে দেখতে যেতে পারেন।" এটা বলা হয়ে থাকে, মিসরের গোয়েন্দা সংস্থা মুখাবারাতের মাধ্যমে তিনি প্রহৃত এবং নির্যাতিত হন। মিসর ঘোষণা করে, তারা তার মোকদ্দমা দেখাশুনা করার জন্য নতুন ট্রাইব্যুনাল গঠন করবে।

২০০৬ সালের জুলাইয়ে আইনজীবী মামদুহ ইসমাইল শরিফ হাযা ( ")" উপনামধারী এক ব্যক্তির ব্যাপারে প্রতিবেদন পেশ করেন। যাকে তিনি আল-জাওয়াহিরির সহযোগী আবু আইয়ুব আল-মাসরি মনে করেন। আল-মাসরির ব্যাপারে অন্যান্য তথ্য ইসমাইলের মূল্যায়নের সাথে মিলে না। হয়তঃ "হাযা" মুহাম্মাদ আল-জাওয়াহিরিই (অথবা আলবেনিয়া ফেরত আইনে বন্দীদের মধ্য হতে অন্য কেউ।)

২০০৭ সালের এপ্রিলে আল-জাওয়াহিরি এবং অন্যান্য ইসলামপন্থী সন্ত্রাসবাদ সম্পর্কে তাদের পূর্বের চিন্তাধারা সংশোধন করার উপর ভিত্তি করে তাদের দণ্ড লঘু করার জন্য আবেদন করেন। আইনজীবি মুনতাসির আল-যায়াত আদালতে তার পক্ষে উকালতি করেন।

বন্দী জীবন
পরবর্তী কার্যক্রম
প্রাথমিক জীবন
গ্রেফতার