২০১৩ সালের ৫ ফেব্রুয়ারি আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল ১৯৭৩-এর ২০(৩) ধারা অনুযায়ী প্রমাণসাপেক্ষে কাদের মোল্লাকে দোষী সাব্যস্ত করে ও যাবজ্জীবন কারাদণ্ড প্রদান করে। একই সাথে তাকে বাড়তি ১৫ বছরের কারাদণ্ডের আদেশ দেন। রায়ে বলা হয়, এই ১৫ বছর তিনি গ্রেফতার হওয়ার পর যখন থেকে জেলে অবস্থান করছেন তখন থেকে কার্যকর হবে। পরবর্তীতে রাষ্ট্রপক্ষ সব্বোর্চ শাস্তি চেয়ে ও কাদের মোল্লা রায়ের বিরুদ্ধে আপিল করলে শুনানি শেষে সব্বোর্চ আদালত তাকে ২০১৩ সালের ১৭ সেপ্টেম্বর ষষ্ঠ অভিযোগের জন্য মৃত্যুদণ্ডের আদেশ দেন, চতুর্থ অভিযোগ প্রমাণ হওয়ায় পূর্বের রায় খালাসের পরিবর্তে যাবজ্জীবন এবং বাকী অভিযোগে পূর্বের রায়ই বহাল রাখা হয়।

যুদ্ধাপরাধের অভিযোগসমূহ
মৃত্যুদণ্ড
রাজনৈতিক জীবন
আদালতের রায়