প্রিন্সিপিয়া গ্রন্থে উল্লেখিত মূলনীতিসমূহ নিয়ে কাজ করার সময়ই নিউটন বিশ্ববিদ্যালয় কার্যাবলিতে আরও সক্রিয় হয়ে উঠেন। এ সময় রাজা দ্বিতীয় জেমস বিশ্ববিদ্যালয়ের সর্বময় কর্তৃত্ব এবং আনুগত্যের শপথ অস্বীকার করার সিদ্ধান্ত গ্রহণ করেন। নিউটন তার এই সিদ্ধান্তের প্রতিবাদ ও বিরোধিতা করায় কেমব্রিজ থেকে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন। রাজনীতির কাজ শেষে যখন তিনি পুনরায় বিশ্ববিদ্যালয়ে ফিরে আসেন তখন গুরুতর অসুস্থ হয়ে পড়েন। এই অসুস্থতার কারণে ১৬৯২ থেকে ১৬৯৩ খ্রিস্টাব্দে তিনি প্রায় সকল কর্মে অক্ষম ছিলেন। এর ফলে তার সহকর্মী ও বন্ধু-বান্ধবের মাঝে প্রভূত উদ্বেগের সৃষ্টি হয়েছিল। আরোগ্য লাভের পর তিনি বিশ্ববিদ্যালয় ত্যাগ করে সরকারের জন্য কাজ শুরু করেন। তার বন্ধু লক, রেন এবং লর্ড হালিফাক্সের সহযোগিতায় তিনি প্রথমে ১৬৯৫ খ্রিস্টাব্দে ইংলেন্ড সরকারের "ওয়ার্ডেন অফ দ্য মিন্ট" এবং পরবর্তীতে "মাস্টার অফ দ্য মিন্ট" পদে অধিষ্ঠিত হন। আমৃত্যু তিনি এই মাস্টার অফ দ্য মিন্ট পদেই বহাল ছিলেন।

অপর দিকে জীবনের প্রথম ভাগ থেকেই নিউটন ধর্মতত্ত্ব বিষয়ে পড়াশোনা করে আগ্রহ পেতেন। ১৬৯০ খ্রিস্টাব্দের আগে থেকেই তিনি ধর্মীয় ভবিষ্যদ্বাণী নিয়ে পড়াশোনা শুরু করেন। সে সময় তিনি লকের কাছে লেখা পত্রে এ সম্বন্ধে বিস্তারিত বর্ণনা দেন। এই পত্রটির নাম ছিল "An Historical Account of Two Notable Corruptions of The Scriptures"। এই পত্রটি ট্রিনিটির দুইটি প্যাসেজ বিষয়ে লেখা। এছাড়াও তিনি মৃত্যুর পূর্বে একটি পাণ্ডুলিপি লিখে যান। এর নাম "Observations on the Prophecies of Daniel and the Apocalypse"। এছাড়াও বাইবেলের কিছু সমালোচনা, ভাষ্য ও টীকা তিনি রচনা করেছিলেন।

ধর্মীয় চিন্তাধারা
প্রাথমিক জীবন
সরকারি চাকরি ও ধর্মতত্ত্ব বিষয়ে গবেষণা
গণিত