অ্যালেক্স ফার্গুসন আবেরডিন থেকে দলের ম্যানেজার হিসেবে যোগ দেন ও দলকে ১১তম অবস্থানে নিয়ে লীগ শেষ করেন। পরবর্তী মৌসুমে (১৯৮৭-৮৮) দলটি দ্বিতীয় স্থান দখল করে এবং জর্জ বেস্টের পর ব্রায়ান ম্যাকক্লেয়ার দ্বিতীয় ইউনাইটেড খেলোয়াড় হিসেবে এক মৌসুমে লীগে ২০ গোল করেন। শুরুতে আশা দেখালেও সাধারণ মানের খেলা খেলে এই মৌসুমেও তারা ১১তম স্থান দখল করে।

অবশ্য পরের দুই মৌসুমে ইউনাইটেড আবার পরীক্ষার সম্মুখীন হয় এবং আরেকটু হলেই দ্বিতীয় বিভাগে নেমে যেত। ফার্গুসনের চুক্তিবদ্ধ অনেক নতুন খেলোয়াড় প্রত্যাশানুযায়ী খেলতে পারেননি। ধরে নেয়া হয়েছিল ১৯৯০ এর শুরুতে ফার্গুসনকে বরখাস্ত করা হবে কিন্তু এফএ কাপের তৃতীয় রাউন্ডে নটিংহ্যাম ফরেস্টের বিরুদ্ধে ১-০ গোলের বিজয় তাকে বাঁচিয়ে দেয়। ইউনাইটেড এফএ কাপ জিতে নেয় ফাইনালে ক্রিস্টাল প্যালেসকে হারিয়ে দিয়ে। প্রথম খেলায় ৩-৩ ব্যবধানে সমতা থাকার পরের লেগের খেলায় ১-০ তে ম্যাচ জেতে ইউনাইটেড। কিন্তু পরবর্তী মৌসুমে প্রতিদ্বন্দ্বী লিডস ইউনাইটেডের কাছে লীগে পরাজিত হয়। এই বছরে ইউনাইটেড লীগ কাপের ফাইনালে উন্নীত হলেও সাবেক ম্যানেজার রন অ্যাটকিনসনের শেফিল্ড ওয়েডনেজডের কাছে হেরে বসে। অবশ্য এই ১৯৯০-৯১ মৌসুমেই উয়েফা কাপ উইনার্স কাপের ফাইনালে ইউনাইটেড তৎকালীন স্প্যানিশ লীগ বিজয়ী বার্সেলোনাকে ২-১ ব্যবধানে হারিয়ে দিয়ে শিরোপা জিতে নেয়। এর ফলে তারা ১৯৯১ সালের উয়েফা সুপার কাপে খেলার যোগ্যতা অর্জন করে। ১৯৯০-৯১ সালের ইউরোপীয়ান কাপ বিজয়ী রেড স্টার বেলগ্রেড ক্লাবকে তারা নিজেদের ওল্ড ট্রাফোর্ড মাঠে ১-০ গোলে হারায়। যদিও এটি দু'টি লেগে হবার কথা ছিল কিন্তু যুগোস্লাভিয়ার অস্থিতিশীল রাজনৈতিক পরিস্থিতির কারণে উয়েফা কেবল ওল্ড ট্রাফোর্ডের খেলাকেই বিবেচনায় আনে। ১৯৯২ সালে তারা আবার ফুটবল লীগ কাপের ফাইনালে পৌছায়। এবার অবশ্য ওয়েম্বলিতে নটিংহ্যাম ফরেস্টকে ১-০ ব্যবধানে হারিয়ে লীগ কাপ জেতে।

এই দশক খেলার মাঠের বাইরেও অনেক ঘটনাবহুল পরিস্থিতি তৈরি হয়েছিল। ১৯৮৯ সালে ক্লাবের চেয়ারম্যান মার্টিন এডওয়ার্ডস ব্যবসায়ী মাইকেল নাইটনের কাছে ক্লাবটি বিক্রি করার চেষ্টা করেন। ২০ মিলিয়ন পাউন্ডের লেনদেন প্রায় স্থির হয়ে গিয়েছিল। নাইটন ম্যানচেস্টার ইউনাইটেডের জার্সি পরে ওল্ড ট্রাফোর্ডেও গিয়েছিলেন। নাইটনকে ক্লাবের সম্পত্তি পর্যবেক্ষণের পুরো অধিকার দেয়া হয়। কিন্তু লেনদেন সম্পন্ন হবার আগেই নাইটনের লগ্নীকারীরা মুখ ফিরিয়ে নিলে ক্লাব বিক্রি বন্ধ হয়ে যায়। তবে যেহেতু নাইটন ক্লাবের আর্থিক নথিপত্র দেখে ফেলেছিলেন, তাকে ম্যানচেস্টার ইউনাইটেডের বোর্ড সদস্য নির্বাচন করা হয় যাতে তিনি আর্থিক অবস্থা নিয়ে মুখ বন্ধ রাখেন। টেইলরের রিপোর্টের পরিপ্রেক্ষিতে ক্লবার আর্থিক অবস্থার উন্নতির জন্য ১৯৯১ সালে লন্ডন স্টক এক্সচেঞ্জে ক্লাবের শেয়ার ছাড়া হয় ও ক্লাবটির সম্পত্তির পরিমাণ নির্ণয় করা হয় ৪৭ মিলিয়ন পাউন্ড। এতে দলের আর্থিক অবস্থা জনগণের কাছে প্রকাশ পায়। মার্টিন এডওয়ার্ড চেয়ারম্যান থাকলেও ক্লাবটি পাবলিক প্রতিষ্ঠান থেকে যায়।

১৯৯১ সালেই ডেনীয় গোলরক্ষক পিটার স্মাইকেল ইউনাইটেডে যোগ দেন। তিনি ১৭টি খেলায় গোলপোস্টে একটি গোলও খাননি। ১৯৯১-৯২ মৌসুমে ম্যানচেস্টার চরম রক্ষণাত্নক প্রতিভা দেখালেও লিডসের পিছনে লীগে দ্বিতীয় স্থান পায়। ১৯৯২ সালের নভেম্বরে এরিক ক্যান্টোনার আগমনের পর ক্লাবটি যেন নতুন প্রাণ ফিরে পায়। গ্যারি প্যালিস্টার, ডেনিস আরউইন ও পল ইন্স এর সাথে নতুন উদীয়মান তারকা রায়ান গিগস এর সমন্বয়ে গড়া দলটি ১৯৬৭ এর পর প্রথম লীগ চ্যাম্পিয়ন হয় ১৯৯২-৯৩ মৌসুমে। 
পরবর্তী মৌসুমে তারা প্রথমবারের মত দ্বৈত (লীগ ও এফএ কাপ) শিরোপা অর্জন করে। এসময় নটিংহ্যাম ফরেস্ট থেকে দলে অন্তর্ভুক্ত হন রয় কিন যিনি পরবর্তীতে দলের অধিনায়ক হন। একই বছরে ক্লাবের কিংবদন্তি ম্যানেজার ও ক্লাব প্রেসিডেন্ট স্যার ম্যাট বাজবি পরলোকগমন করেন জানুয়ারি ২০, ১৯৯৪ তারিখে।

১৯৯৪-৯৫ মৌসুমে ক্রিস্টাল প্যালেসের সমর্থক ম্যাথু সিমন্স ক্যান্টোনার প্রতি বর্ণবাদী খারাপ ভাষা ব্যবহারের করলে ক্যান্টোনা তাকে আঘাত করেন এবং তাকে আটমাসের নিষেধাজ্ঞা দেয়া হয়। তাদের শেষ লীগ ম্যাচ প্রত্যাহার ও এভারটনের কাছে এফএ কাপের ফাইনালে হেরে ইউনাইটেড এফএ ও লীগ দুটোতেই রানার্স আপ হয়। ফার্গুসন দলের প্রধান খেলোয়াড়দের বেচে দিয়ে সমর্থকদের শত্রুতে পরিণত হন। এসব খেলোয়াড়দের বদলে তিনি যুব-দলের খেলোয়াড়দের আনেন যার মধ্যে ছিলেন ডেভিড বেকহ্যাম, গ্যারি নেভিল, ফিল নেভিল ও পল স্কোলস। এই নতুন খেলোয়াড়েরা দ্রুত ইংল্যান্ড দলের নিয়মিত খেলোয়াড়ে পরিণত হন এবং আশ্চর্যজনক সফলতা দেখান। ফলে ইউনাইটেড ১৯৯৫-৯৬ মৌসুমে আবার দ্বৈত শিরোপা জিতে। ইউনাইটেড প্রথম ইংরেজ ক্লাব যারা দু'বার দ্বৈত শিরোপা লাভ করে, এবং তাদেরকে "ডাব্‌ল ডাব্‌ল" নামে ডাকা শুরু হয়।

১৯৯৬-৯৭ মৌসুমে তারা আবার লীগ জেতে ও এরিক ক্যান্টোনা ৩০ বছর বয়সে অবসরের ঘোষণা দেন। তারা পরবর্তী মৌসুম ভালোভাবে শুরু করলেও আর্সেনালের পরে দ্বিতীয় স্থান লাভ করে।

উচ্চ বিভাগে ফলাফল
নারী দল
ম্যালকম গ্লেজার অধিগ্রহণ
অ্যালেক্স ফার্গুসন যুগ, ত্রয়ীর পূর্বে (১৯৮৬-১৯৯৮)