সাধারণ পার্শ্বপ্রতিক্রিয়াগুলো অন্য বিটা ল্যাকটাম অ্যান্টিবায়োটিকের মত যেমন – বমিভাব, বমি, ছোট ছোট রক্ত ফুসকুড়ি (র‍্যাশ), অ্যান্টিবায়োটিক-গঠিত কোলাইটিস, এমনকি ডায়ারিয়াও হতে পারে। দুর্লভ কিন্তু কিছু কিছু কারণ যেমন – মানসিক পরিবর্তন, অলোকসংবেদনশীলতা-জনিত মাথাব্যথা, ঘুম কম হওয়া বা অনিদ্রা, বিভ্রান্তি, উদ্ভিগ্নতা, আলোক ও শব্দ সংবেদনশীলতা এবং অপরিষ্কার চিন্তা ইত্যাদি ক্ষেত্রে রোগীর বিবরণী পাওয়া যায়। এই সমস্যাগুলো দেখা দিলে তাৎক্ষণিক চিকিৎসা নেয়া প্রয়োজন। 
অ্যামক্সিসিলিনের প্রতি এল্যার্জিক প্রতিক্রিয়া হঠাৎ ও প্রবল হতে পারে। যত শীঘ্রই সম্ভব জরুরি চিকিৎসা গ্রহণ করা উচিত। মানসিক ভারসাম্য পরিবর্তন দিয়ে শুরু হয়ে তীব্র চুলকানির দরুন প্রায়ই ত্বকে র‍্যাশের সৃষ্টি হয়ে থাকে (আঙ্গুলের ডগা থেকে কুঁচকিতে ছড়িয়ে পড়ে) এবং জ্বরের তীব্রতা, বমিভাব, বমি। অন্য উপসর্গসমূহ সন্দেহপ্রবণ হলে গুরুত্বের সহিত নেয়া উচিত। অন্য আরো উপসর্গ যেমন র‍্যাশ, চিকিৎসা চলাকালীন অথবা চিকিৎসা বন্ধের সপ্তাহ পরে যে কোনো সময়ে দেখা দিতে পারে। কিছু কিছু লোকের যাদের এমোক্সিসিলিনের প্রতি এলার্জি রয়েছে তাদের ক্ষেত্রে তীব্র আকার ধারণ করতে পারে। 
এমোক্সিসিলিনের সাথে ক্লাভুলানিক এসিডের যুগলে ব্যবহার কোনো কোনো রোগীদের সামান্য হেপাটাইটিসের ভাব হয়। ছোট শিশুদের এমোক্সিসিলিনের অতিমাত্রায় লিথার্জি, বমি ও রেনাল ডিসফাংশন প্রতীয়মান হয়।

মালিকানাভুক্ত ঔষধসমূহ
উৎপাদন
ক্ষতিকর প্রভাব
এল্যার্জিবিহীন এমোক্সিসিলিন র‍্যাশ