১৯৮৬ সালের সেপ্টেম্বর মাসে নজিবউল্লাহর নির্দেশে ন্যাশনাল কম্প্রোমাইজ কমিশন (এনসিসি) গঠিত হয়। এই কমিশনের লক্ষ্য ছিল পাল্টা-বিপ্লবীদের সাথে যোগাযোগ করা। আনুমানিক ৪০,০০০ বিদ্রোহীর সাথে সরকারের যোগাযোগ স্থাপিত হয়। ১৯৮৬ সালের শেষে নজিবউল্লাহ ছয় মাসের যুদ্ধবিরতি ঘোষণা করেন এবং বিভিন্ন বিরোধী পক্ষের সাথে আলোচনা চলতে থাকে। এই আলোচনা সফল হলে একটি জোট সরকার গঠন করা যেত এবং পিডিপিএর একচেটিয়া ক্ষমতার অবসান হত। এই কার্যক্রম ব্যর্থ হয় তবে সরকার অনেক মুজাহিদিন যোদ্ধাকে সরকারি মিলিশিয়া হিসেবে নিযুক্ত করতে সক্ষম হয়। এই সমঝোতা চেষ্টার ফলে শহুরে আফগানদের অনেকে তাকে সমর্থন দেয়।

নজিবউল্লাহ এসময় দৃশ্যত ক্ষমতায় থাকলেও সোভিয়েত উপদেষ্টারা অধিকাংশ কাজ করছিলেন। আফগানিস্তানে সোভিয়েত রাষ্ট্রদূত ফিকরিয়াত তাবিভ গর্বাচেভের গভর্নর জেনারেলের মত কাজ করছেন বলে অভিযোগ উঠেছিল। ১৯৮৬ সালের জুলাই মাসে তাকে আফগানিস্তান থেকে ফিরিয়ে আনা হয়। সোভিয়েত পলিটব্যুরোর বৈঠকে গর্বাচেভ বলেছিলেন, "পুরনো উপকরণ দিয়ে নতুন দালান নির্মাণ কঠিন [...] আমি ঈশ্বরের কাছে আশা করি যে আমরা নজিবউল্লাহকে নিয়ে কোনো ভুল করিনি।" নজিবউল্লাহ সোভিয়েতদের প্রত্যাহারের বিরোধী ছিলেন। তিনি ধারণা করতেন যে সোভিয়েতদের উপস্থিতিই তাকে রক্ষা করতে পারবে। ১৯৮৬ সালের জুলাই মাসে ছয়টি সোভিয়েত রেজিমেন্ট আফগানিস্তান ত্যাগ করে। গর্বাচেভের মতে সোভিয়েত ইউনিয়ন এ দ্বারা দেখাতে চাইছিল যে তারা আফগানিস্তান ত্যাগ করা নিয়ে বাস্তবেই চিন্তিত।

১৯৮৮ সালের ১৪ এপ্রিল আফগান ও পাকিস্তান সরকার জেনেভা চুক্তিতে স্বাক্ষর করে। সোভিয়েত ইউনিয়ন ও যুক্তরাষ্ট্র জামিন হিসেবে স্বাক্ষর করে। এতে নির্দিষ্টভাবে বলা হয় যে সোভিয়েত সামরিক বাহিনী ১৯৮৯ সালের ১৫ ফেব্রুয়ারি নাগাদ আফগানিস্তান ত্যাগ করবে। পলিটব্যুরো বৈঠকে এডওয়ার্ড শেভারদনাদজ বলেন "আমরা শোচনীয় পরিস্থিতিতে আফগানিস্তান ত্যাগ করব", এবং তিনি অর্থনৈতিক অবনতি নিয়ে কথা বলেন। তিনি আফগানিস্তানে কমপক্ষে ১০,০০০ থেকে ১৫,০০০ সৈনিক রাখার পক্ষে ছিলেন। কেজিবি চেয়ারম্যান ভ্লাদিমির ক্রুয়ুচকভ এই অবস্থানকে সমর্থন দেন। তবে এই পদক্ষেপ নিলে সদ্য স্বাক্ষরিত জেনেভা চুক্তির লঙ্ঘন হত। নজিবউল্লাহ কোনোপ্রকার সোভিয়েত প্রত্যাহারের বিরোধী ছিলেন। সোভিয়েতদের চলে যাওয়ার পর অল্প সংখ্যক সোভিয়েত সেনা থেকে যায়, এদের মধ্যে ছিল সোভিয়েত দূতাবাসকে রক্ষা করা ছত্রীসেনা, সামরিক উপদেষ্টা, বিশেষ বাহিনী এবং দূরবর্তী প্রদেশসমূহে পরিদর্শনরত সৈনিক যারা মূলত আফগান-সোভিয়েত সীমান্তে নিয়োজিত ছিল।

আমিন এবং সোভিয়েত হস্তক্ষেপ: ১৯৭৯
নজিবউল্লাহ এবং সোভিয়েতদের আফগানিস্তান ত্যাগ: ১৯৮৬–১৯৮৯
কারমালের যুগ: ১৯৭৯–১৯৮৬
সাওর বিপ্লব এবং তারাকি: ১৯৭৮–১৯৭৯