শিশু নির্যাতন একটি জটিল ইন্দ্রিয়গাহ্য বিষয় যাতে অনেকগুলো কারণ জড়িত প্রাপ্তবয়স্ক কোন ব্যক্তি কেন শিশুদের প্রতি হিংসাত্মক আচরণ করে তার একক কোন কারণ পাওয়া যায় না। বিশ্ব স্বাস্থ্য সংস্থা এবং আন্তর্জাতিক শিশু নির্যাতন এবং অবহেলা বন্ধকারী সংস্থা (আইএসপিসিএএন) বেশ কিছু কারণ ব্যক্তি পর্যায়ে, তাদের সম্পর্কের পর্যায়ে, তাদের স্থানীয় কমিউনিটি পর্যায়ে এবং বড় পরিসরে সমাজে নির্ণয় করেছেন যা একত্রে শিশুর প্রতি অবহেলার দু্র্ব্যবহার কারণ। ব্যক্তি পর্যায়ে কিছু বিষয় যেমন বয়স, লিঙ্গ এবং ব্যক্তিগত ইতিহাস, সমাজের ক্ষেত্রে সংস্কৃতিক ধারা, আচার শিশুর প্রতি দু্র্ব্যবহার করতে উৎসাহিত করে যাতে শারীরিক শাস্তি প্রদান করতে বড়রা উৎসাহিত হয়। এর সাথে অর্থনৈতিক অসমানঞ্জস্যতা এবং সামাজিক নিরাপত্তার অভাবও জড়িত। আইএসপিসিএএন এবং বিশ্ব স্বাস্থ্য সংস্থা উল্লেখ করেছে যে, শিশু দু্র্ব্যবহার কমাতে ঝুকিপূর্ন এসব আচরণ বুঝতে হলে জটিল এইসব আন্তঃপ্রভাবক বিষয়গুলোকে বিবেচনা করতে হবে।

আমেরিকার মনস্তত বিশ্লেষক এলিজাবেথ ইয়াং-ব্রুয়েল তার শিশু মতবাদে ব্যক্ত করেন যে শিশুদের প্রতি ক্ষতি ন্যায্য করা এবং গ্রহণ করার বিষয়টি শিশুদের বড়দের দাস মনোভাবের বিশ্বাসের কারণে হয় যার ফলে শিশুদের বিরুদ্ধে তা একটি সংস্কারে পরিণত হয়েছে। তিনি মত দেন যখন এটি সরাসরি শিশু দু্র্ব্যবহার কারণ নয়, তবুও এই সব কারণকে অনুসন্ধান করতে হবে যাতে করে এর গভীরে কি প্রণোদনা হিসেবে কাজ করে তা বোঝা যায় সেই সাথে সামাজিক ব্যর্থতাও খুজে বের করতে হবে যাতে শিশুর চাহিদা ও বেড়ে ওঠা সঠিকভাবে নিশ্চিত করা যায়। "আর্ন্তজাতিক শিশু অধিকার সংবাদপত্র" যার প্রতিষ্ঠাতা সম্পাদক হলেন মাইকেল ফ্রিম্যান, অন্য মত প্রকাশ করে বলেন শিশু নির্যাতনের মূল কারণ শিশুদের বিরুদ্ধে সংস্কারের মধ্যেই বাস করে, বিশেষত যখন প্রাপ্তবয়স্ক ও শিশুদের অধিকার তুলনা করা হয় তখন দেখা যায় শিশুদের ক্ষেত্রে তা বড়দের মত সমান হয় না। তিনি লিখেন,"শিশু নির্যাতনের মূল বাবা-মায়ের মানসিক-শারীরিক অথবা সামাজিক-পারিপার্শ্বিক চাপ (যদিও তা পুরোপুরি অস্বীকার করা যায় না) ইত্যাদির মধ্যে নয়। এটার কারণ হল অসুস্থ সংস্কৃতি যা মানুষের মনকে প্রভাবিত করে শিশুকে সম্পদ, যৌন উদ্দীপক বস্তু হিসেবে দেখতে যার ফলে শিশুরা প্রাপ্তবয়স্কদের হিংসাত্মক আচরণ এবং লালসার শিকার হচ্ছে।".
যেসব বাবা-মায়েরা একে অপরকে শারীরিক নির্যাতন করে তারা অন্যদের তুলনায় বেশি শিশুদের নির্যাতন করে। যদিও এটা জানা কষ্টকর যে স্বামী স্ত্রী'র ঝগড়া শিশু নির্যাতনের একটি কারণ নাকি ঝগড়া এবং নির্যাতন দুটোই নির্যাতন উন্মুখ মানসিকতার ফসল। কোন কোন সময় বাবা-মায়েরা তাদের শিশুর কাছ থেকে আশা করে এমন কিছু যা শিশুর ক্ষমতার বাইরে। যখন শিশুদের ক্ষমতার বাইরে কোন কিছু বাবা-মা আশা করে যেমন এখনো স্কুলে যায় না এমন শিশুর কাছ থেকে নিজেকে দেখভাল করার আশা করা তখন শিশু তা করতে না পারলে হতাশ হয়ে পড়াটাকে শিশু নির্যাতনের কারণ হিসেবে দেখা হয়।

বেশিরভাগ শিশুর প্রতি শারীরিক হিংসাত্মক আচরণের কাজের পেছনে উদ্দেশ্য থাকে শাস্তি প্রদান করা। যুক্তরাষ্ট্রে, বাবা-মায়ের সাথে সাক্ষাৎকারকালীন সময়ে বাবা-মায়েরা বরেন যে, যেসব নির্যাতনের অভিযোগ দায়ের করা হয়েছে তার তিনভাগের দু'ভাগই শিশুর আচরণ ঠিক করার জন্য শাস্তি দিতে গিয়ে হয়েছে। অন্য দিকে কানাডীয় একটি গবেষণায় দেখা গেছে তিন ভাগ কেসেই শারীরিক নির্যাতন হয়েছে শারীরিক শাস্তির জন্য। অন্য গবেষণায় দেখা গেছে শিশু এবং বাচ্চারা যারা বড়দের একের অধিকবার পিটুনি খেয়েছে তাদের আঘাত মারাত্মক অথবা তারা এমন আঘাত পেয়েছে যার জন্য মেডিকেল সেবা নিতে হয়েছে। এমন দুব্যবহারের কারণ হিসেবে দেখা যায় শিশুদের অবাধ্যতা ও অনিচ্ছা বা না মেনে নেওয়ার মনোভাব । সাধারণ শারীরিক শাস্তি হিসেবে যেসব শাস্তি পরে শিশু নির্যাতন হিসেবে গন্য করা হয়েছে তা বিশ্লেষণ করে দেখে গেছে বাবা-মায়েরা নিজেদের রাগ সামলাতে না পারায় অথবা নিজের শারীরিক শক্তি বুঝতে না পারা অথবা শিশুর শারীরিক অসুস্থতার কথা জানা না থাকায় তা মারাত্মক পর্যায়ে গড়ায়।

কিছু বিশেষজ্ঞ মতামত দেন যে সাংস্কৃতিক বিশ্বাসের ফলে শারীরিক শাস্তি প্রদান শিশু নির্যাতনের আরেকটি কারণ এবং তা সমাধানে বিভিন্ন উদ্যোগ নেয়া হয়েছে।

যেসব শিশু অপরিকল্পিত গর্ভধারনের কারণে হয়েছে তারা বেশিরভাগ সময় নির্যাতন অথবা অবহেলার শিকার হয়। অধিকন্তু, অপরিকল্পিত গর্ভধারন নির্যাতনমুখি বা খারাপ সম্পর্ক স্থাপনের ফলে হয়ে থাকে, এবং সেখানে গর্ভধারনের সময় শারীরিক হিংসাত্মক আচরণ সম্ভাবনা থাকে। They also result in poorer maternal mental health, এবং তা শিশু ও মায়ের মধ্যে সম্পর্ককে কমিয়ে দেয়।

শারীরিকভাবে সুস্থ শিশু চেয়ে আংশিক বা সম্পূর্ন প্রতিবন্ধি শিশুকে বেশি নির্যাতন করা হয় এমন প্রমাণ সীমাবদ্ধ আকারে পাওয়া গেছে। শিশু নির্যাতনের একটি গবেষণায় দেখা যায় যে: শিশু নির্যাতনের ধরন, আকার শিশুর প্রতিবন্ধত্বের উপর নির্ভর করে সংঘঠিত হয়। এই গবেষণায় একটি প্রশ্নমালা নির্ধারণ করা হয় গবেষণার উদ্দ্যেশে যার বিষয় ছিল শিশু নির্যাতন। অংশগ্রহণকারীরা ছিল ৩১ জন প্রতিবন্ধি (১৫ জন দৃষ্টি প্রতিবন্ধি এবং ১৬ জন শ্রবণ প্রতিবন্ধি) এদের বতসোয়ানার একটি বিশেষ স্কুল থেকে বাছাই করা হয়। গবেষণায় পাওয়া যায় যে বেশিরভাগ অংশগ্রহণকারী ঘরের কাজে অংশ নিত। তারা যৌন, শারীরিক এবং মানসিকভাবেও নির্যাতনের শিকার হন তাদের শিক্ষকদের দ্বারা।এই গবেষণায় বেরিয়ে আসে যে প্রতিবন্ধি শিশুরা স্কুলে নির্যাতিত হবার আশংকা রয়েছে। 

নেশাজাতীয় নির্যাতন শিশু নির্যাতনের মধ্যে অন্যতম। আমেরিকার একটি গবেষণায় পাওয়া গেছে যেসব বাবা-মায়েরা বিভিন্ন বস্তু দিয়ে নিজেদের নির্যাতন করেন যেমন মদ, কোকেন, হিরোইন ইত্যাদি তারা শিশুদের বেশি দু্র্ব্যবহার করেন এবং আদালত প্রদত্ত নির্দেশ, সেবা এবং চিকিৎসা অমান্য করেন অন্য গবেষণায় পাওয়া গেছে শিশু দু্র্ব্যবহার ঘটনায় তিনভাগের দুইভাগ বা তারও বেশি বাবা-মায়েরা এরূপ সমস্যায় ভুগেন। এই গবেষণায় বিশেষভাবে মদ্যপান এবং শারীরিক নির্যাতন, এবং কোকেইন পান এবং যৌন নির্যাতন মধ্যে সম্পর্ক পাওয়া গেছে। নেশাজাতীয় দ্রব্য ব্যবহারের ফলে পরবর্তী সময়ে যে চাপ বা প্রভাব আসে তা বাবা-মায়ের আচরণগত পরিবর্তন করে কিছু আচরণ যা স্বাভাবিক অবস্থায় করেন না এমনটাও আসক্ত অবস্থায় দেখান। যদিও নির্যাতিত বুঝতে পারে না যে নির্যাতন খারাপ, তবুও মনে যে দ্বন্ধ সৃষ্টি হয় তা মারাত্মক হয়। ভেতরের রাগ বাইরে হতাশা হয়ে বেরিয়ে আসে। যখন শিশুটি ১৭/১৮ বছর হয় তখন সেই কষ্ট ভোলার জন্য পানাসক্ত এবং নেশায় আশক্ত হয়ে যায়। সেই ব্যক্তিটি যদি চাকরি না করে থাকে তবে নেশার টাকা জোগাতে অপরাধ কর্মে জড়াতে দ্বিধা করে না।

বেকারত্ব এবং অর্থকষ্ট শিশু নির্যাতন বাড়িয়ে তোলে। ২০০৯ সালে সিবিএস নিউজ রিপোর্ট করে যুক্তরাষ্ট্রে শিশু নির্যাতন ২০০০ সাল পরবর্তী অর্থনৈতিক মন্দার কারণে বেড়ে গেছে। এটি বাবার উদাহরণ টানে যেখানে তিনি কখনই শিশুর প্রাথমিক যত্নকারী ছিলেন না, তখন যেহেতু তিনি বেকার এবং শিশুর যত্নে অংশগ্রহণ করছেন তখন শিশুরা প্রায়শই আহত হচ্ছে।

প্রকারভেদ
কারণ
আবেগপ্রবণ
সংগঠন