১৯৬৯ সালের ২৫ মার্চ রাষ্ট্রপতি আইয়ুব খান পদত্যাগ করেন রেডিও এবং টেলিভিশনে দেওয়া এক বার্তার মাধ্যমে এবং তিনি সেনাবাহিনী প্রধান জেনারেল ইয়াহিয়া খানের কাছে দেশের অবস্থা সামাল দেওয়ার দায়িত্ব দিয়েছেন বলে বলেন। ইয়াহিয়া খান ঐদিন দুপুর দুইটায় আরেকটি রেডিও এবং টেলিভিশন বার্তায় নিজেকে দেশের প্রধান সামরিক আইন প্রশাসক হিসেবে ঘোষণা দেন, ঐদিনই রাতে তিনি আবার শুধু রেডিওবার্তায় নিজেকে দেশের রাষ্ট্রপতি ঘোষণা দেন। আইয়ুবের করে যাওয়া সকল সাংবিধানিক পরিবর্তন বাতিল সহ ইয়াহিয়া দেশে নতুন করে নির্বাচন হবে বলে ঘোষণা দেন। ১৯৬৯ সালের যে গণঅভ্যুত্থানের কারণে আইয়ুব পদত্যাগ করেছিলেন সেই গণঅভ্যুত্থান সম্পর্কে ইয়াহিয়া বলেন,
ইয়াহিয়া পূর্ব পাকিস্তানের গভর্নর মির্জা নুরুল হুদাকে সরিয়ে মেজর-জেনারেল মোজাফফর উদ্দীনকে নিয়োগ করেন (এ পদে পরে লেঃ জেনারেল সাহেবজাদা ইয়াকুব খান নিয়োগ পান) এবং ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের আশেপাশে সেনা মোতায়েন করা হয় যাতে ছাত্ররা আন্দোলন করতে না পারে। বাঙালিদের ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্টে নতুন ব্যাটেলিয়ন গঠনের কথাও ইয়াহিয়া সেনা সদর দপ্তরে বলেন। ১৯৬৯-১৯৭০ অর্থবছরে পূর্ব পাকিস্তানের জন্য ইয়াহিয়া নতুন বাজেট প্রণয়ন করেন যেটাতে অন্যান্য প্রদেশের চেয়ে ২.৮ শতাংশ বেশি বরাদ্দ দেওয়া হয় যদিও এটা বাস্তবায়িত হয়নি। ইয়াহিয়ার নির্দেশ অনুযায়ী ১৯৭০ সালের ৭ ডিসেম্বর পাকিস্তানের জাতীয় নির্বাচন অনুষ্ঠিত হয় যেটাতে বাঙালি জাতীয়তাবাদী শেখ মুজিবুর রহমান জয়ী হন, তার প্রতিদ্বন্দ্বী পাকিস্তান পিপলস পার্টির নেতা জুলফিকার আলি ভুট্টো হতাশা প্রকাশ করে ইয়াহিয়াকে বলেন মুজিবকে যেন ক্ষমতা দেওয়া না হয়, কারণ তিনি ক্ষমতায় গেলে পাকিস্তান ভেঙে দেবেন। ইয়াহিয়া পশ্চিম পাকিস্তানের বহু রাজনীতিবিদদের সঙ্গে আলোচনা করে একমত হন যে মুজিবকে ক্ষমতা দেওয়া যাবেনা কারণ তিনি বাঙালি জাতীয়তাবাদী এবং ১৯৬৮ সালের আগরতলা মামলায় তিনি দোষী সাব্যস্ত হয়েছিলেন ভারতের সহায়তায় পূর্ব পাকিস্তানকে পাকিস্তান থেকে খণ্ডিত করার জন্য।

জেনারেল ইয়াহিয়া খান ছিলেন একাধারে রাষ্ট্রপতি, প্রধান সামরিক আইন প্রশাসক, সশস্ত্র বাহিনী প্রধান, তথ্য এবং সম্প্রচার বিষয়ক মন্ত্রী, আইন এবং বিচার মন্ত্রী এবং পররাষ্ট্র এবং প্রতিরক্ষামন্ত্রী। এছাড়া জেনারেল হামিদ খান কে তিনি সেনাপ্রধান এবং স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী, ভাইস এ্যাডমিরাল সৈয়দ মুহাম্মদ আহসানকে অর্থমন্ত্রী এবং বাণিজ্য ও শিল্পমন্ত্রী হিসেবে নিয়োগ দেন আর বিমান বাহিনী প্রধান এয়ার মার্শাল নূর খানকে স্বাস্থ্য এবং শ্রম মন্ত্রণালয়ের দায়িত্ব দেওয়া হয়। 'ন্যাশনাল সিকিউরিটি কাউন্সিল' নামের এক নতুন সভার সভাপতিত্ব করতেন ইয়াহিয়া, মেজর-জেনারেল গোলাম ওমর ছিলেন ইয়াহিয়া খানের প্রতিরক্ষা এবং জাতীয় নিরাপত্তাবিষয়ক প্রধান উপদেষ্টা।

পূর্ব পাকিস্তানে শেখ মুজিবুর রহমান ১৯৭১ সালের ৭ মার্চ এক জ্বালাময়ী ভাষণ দেন, যেটাতে লক্ষাধিক লোকের সমাবেশ ঘটে। ইয়াহিয়া সরকার এ ভাষণ দেখে পূর্ব পাকিস্তান নিয়ে আলোচনার জন্য সেনাবাহিনী সদর দপ্তরে এক সভার আয়োজন করেন, যেখানে অধিকাংশ জেনারেল পূর্ব পাকিস্তানে সামরিক হামলা করার বিষয়ে মত দেন, তারা সবাই বলেন যে পূর্ব পাকিস্তানের গুটি কয়েক ছাড়া সব বাঙালিই পাকিস্তানকে খণ্ডিত করতে চায় এবং এজন্যে তারা সশস্ত্র হচ্ছে বলে গোয়েন্দারা জানিয়েছে, তাছাড়া ভারতের সঙ্গেও যোগাযোগ তাদের আছে এবং তারাও নাকি তাদেরকে সাহায্য করবে বলে বলেছে।

ইয়াহিয়া ১৫ মার্চ ঢাকায় মুজিবের সঙ্গে আলোচনা চালাতে আসেন, তবে পশ্চিম পাকিস্তান থেকে ৯ম এবং ১৬তম পদাতিক ডিভিশনের সৈন্য বিমানযোগে ঢাকায় নামানোর ব্যবস্থা করেন আগেই, পূর্ব পাকিস্তানে যুদ্ধ-অনুশীলন করানোর নামে, সৈন্যরা শ্রীলঙ্কা রুট দিয়ে আসে কারণ ভারতের ওপর দিয়ে পাকিস্তানি উড়োজাহাজের উড়তে মানা ছিলো, যদিও তারা তাদের সঙ্গে ভারী অস্ত্র-শস্ত্র আনতে পারেনি এবং এগুলো পরে জাহাজে করে আনা হয়। ২৫ মার্চ ইয়াহিয়া পশ্চিম পাকিস্তান চলে যান এবং পূর্ব পরিকল্পনা অনুযায়ী ঐ দিন রাত বারোটায় 'অপারেশন সার্চলাইট' নামের একটি সামরিক অভিযান ঢাকায় পরিচালনা করার আদেশ দিয়ে যান, যার উদ্দেশ্য ঢাকা থেকে সব বিদ্রোহী ছাত্র এবং আওয়ামী লীগের সদস্যদেরকে গ্রেফতার করা, এবং ঢাকার বাইরে সেনাবাহিনীতে কর্মরত সব বাঙালি সদস্যদেরকে গ্রেফতার করা।

অপারেশন সার্চলাইট পরিচালনার দায়িত্ব পান ৪র্থ কোরের অধিনায়ক লেফটেন্যান্ট-জেনারেল টিক্কা খান, তাকে লেফটেন্যান্ট জেনারেল সাহেবজাদা ইয়াকুব খান এর জায়গায় নিয়োগ দেয়া হয় ইস্টার্ন কমান্ডের অধিনায়ক এবং পূর্ব পাকিস্তানের গভর্নর হিসেবে এবং 'অপারেশন সার্চলাইট' ২৫ মার্চ রাত ১২টার পরে টিক্কা খানের নির্দেশেই মূলত শুরু হয়। অপারেশন সার্চলাইট সামরিক অভিযানের ফলশ্রুতিতে বাঙালিরা সেনাবাহিনী ত্যাগ করে মুক্তিবাহিনী নামের একটি বাহিনী গঠন করে যা পাকিস্তান সেনাবাহিনীর বিরুদ্ধে যুদ্ধ করবে। ইয়াহিয়া এপ্রিলের শুরুর দিকে মেজর-জেনারেল আমির আব্দুল্লাহ খান নিয়াজীকে (যিনি লাহোরে ১০ম পদাতিক ডিভিশনের অধিনায়কত্ব করছিলেন) লেফটেন্যান্ট-জেনারেল পদে পদোন্নতি দিয়ে পূর্ব পাকিস্তানে ইস্টার্ন কমান্ড কার্যালয়ে টিক্কার স্থলে তাকে অধিনায়ক নিযুক্ত করেন তবে টিক্কা গভর্নরের দায়িত্বে থেকে যান এবং সেপ্টেম্বরে পশ্চিম পাকিস্তানে বদলী হন।

বাঙালিরা মুক্তিবাহিনীতে ঢুকে পাকিস্তান সেনাবাহিনীর সাথে লড়াই এ লিপ্ত হয় যা তাদের স্বাধীনতা যুদ্ধ হিসেবে পরিচিতি পায়। রাষ্ট্রপতি ইয়াহিয়া যুক্তরাষ্ট্র সফর করেন মে'মাসে এবং ঐ দেশের রাষ্ট্রপতি রিচার্ড নিক্সনকে বলেন যে, পূর্ব পাকিস্তানে তার সেনাবাহিনী বিচ্ছিন্নতাবাদ-বিরোধী সামরিক অভিযানে লিপ্ত হয়েছে। যদিও জুলাই মাসে তিনি নিক্সনকে টেলিফোনে বলেন যে, পূর্ব পাকিস্তানের বিচ্ছিন্নতাবাদ বিরোধী সামরিক অভিযান এখন গৃহযুদ্ধে রূপ নিয়েছে। ১৯৭১ সালের নভেম্বরে ইয়াহিয়া ভারতের সঙ্গে পশ্চিম ফ্রন্টেও যুদ্ধ করার কথা ভাবেন, এবং ৩ ডিসেম্বর পাকিস্তান বিমান বাহিনী ভারতের পাঞ্জাব প্রদেশের বিমান ঘাঁটির ওপর বোমা বর্ষণ করলে ভারতের প্রধানমন্ত্রী ইন্দিরা গান্ধী পাকিস্তানের সঙ্গে যুদ্ধ জড়ানোর নির্দেশ তার দেশের তিন বাহিনীকে।

ডিসেম্বর ১৯৭১ এর দ্বিতীয় সপ্তাহে ইয়াহিয়া বুঝে যান যে যুদ্ধে পরাজয় নিশ্চিত, তাই তিনি ইস্টার্ন কমান্ডের অধিনায়ক জেনারেল নিয়াজীকে ১৪ ডিসেম্বর ভারতীয় সামরিক বাহিনীর কাছে আত্মসমর্পণ করতে বললেও নিয়াজী যুদ্ধ চালিয়ে যেতে চান, যদিও দুইদিন পর তিনি ভারতীয় সেনাবাহিনীর ইস্টার্ন কমান্ডের অধিনায়ক লেফটেন্যান্ট-জেনারেল জগজিৎ সিং অরোরার কাছে তার ৫ ডিভিশন সেনাসদস্য (প্রায় ৩০,০০০ সামরিক সদস্য) এবং অস্ত্রশস্ত্রসহ আত্মসমর্পণ বিষয়ক দলিলে স্বাক্ষর করেন। ২০ ডিসেম্বর ইয়াহিয়া রাষ্ট্রপতির পদ থেকে ইস্তফা দিয়ে জুলফিকার আলী ভুট্টোকে রাষ্ট্রপতির পদে বসিয়ে দিয়ে যান।

মৃত্যু
পূর্ব জীবন
ইয়াহিয়ার অধীনস্ত উর্ধ্বতন জেনারেলগণ (১৯৭১)
রাষ্ট্রপতি হিসেবে ইয়াহিয়া