ನೆಪ್ಚೂನಿನ ವಾಯುಮಂಡಲವು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಜಲಜನಕ ಮತ್ತು ಹೀಲಿಯಂ ಗಳಿಂದ ಕೂಡಿದ್ದು, ಗ್ರಹಕ್ಕೆ ನೀಲಿ ಬಣ್ಣವನ್ನು ಕೊಡುವ ಮೀಥೇನ್‌ನನ್ನೂ ಸ್ವಲ್ಪ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಹೊಂದಿದೆ.  ಯುರೇನಸ್ ಕೂಡ ಸುಮಾರು ನೆಪ್ಚೂನಿನಷ್ಟೇ ಹೀಲಿಯಂ‌ನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ನೆಪ್ಚೂನ್‌ನ ನೀಲಿ ಬಣ್ಣವು ಯುರೇನಸ್‌ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚು ಗಾಢವಾಗಿದೆ.  ಆದ್ದರಿಂದ, ಇನ್ನೂ ತಿಳಿದಿಲ್ಲದ ಯಾವುದೋ ವಸ್ತುವು ಈ ತೀವ್ರ ನೀಲಿ ಬಣ್ಣವನ್ನು ಉಂಟುಮಾಡುತ್ತಿದೆ ಎಂದು ಹೇಳಲಾಗಿದೆ.**  ಸುಮಾರು ೨,೫೦೦ ಕಿ.ಮೀ./ಪ್ರತಿ ಘಂ. (೧,೫೦೦ ಮೈಲಿ/ಪ್ರತಿ ಘಂ) ವೇಗದಲ್ಲಿ, ನೆಪ್ಚೂನ್‌ನ ಮಾರುತಗಳು ಸೌರಮಂಡಲದಲ್ಲೇ ಅತ್ಯಂತ ವೇಗದ ಮಾರುತಗಳಾಗಿವೆ.  ೧೯೮೯ರ ವಾಯೇಜರ್ ೨ರ ಯಾತ್ರೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ನೆಪ್ಚೂನ್‌ನ ದಕ್ಷಿಣಾರ್ಧಗೋಳದಲ್ಲಿ, <MASK> ಗ್ರಹದ ಮೇಲಿನ ಬೃಹತ್ ಕೆಂಪು ಚುಕ್ಕೆಯಂತೆ ಒಂದು ಬೃಹತ್ ಗಾಢ ಚುಕ್ಕೆಯು ಇದ್ದಿತು.  ಗ್ರಹವು ಸೂರ್ಯನಿಂದ ಬಹಳ ದೂರದಲ್ಲಿರುವುದರಿಂದ, ನೆಪ್ಚೂನ್‌ನ ಮೋಡದ ಪದರದ ತಾಪಮಾನವು ಸುಮಾರು −೨೧೦ ಕೆ. (−೩೪೬ಫ್ಯಾ.) ಗಳಷ್ಟಿದ್ದು, ಸೌರಮಂಡಲದಲ್ಲೇ ಅತಿ ಕಡಿಮೆ ತಾಪಮಾನಗಳಲ್ಲಿ ಸೇರಿದೆ.  ಆದರೆ, ೭,೦೦೦ ಕೆ.
ನೆಪ್ಚೂನ್
ಸೂರ್ಯ ಭೂಮಿ ಸೌರಮಂಡಲ ಗುರು