ಶಿವಸೇನೆಯ ಮೇಲೆ ಮುಸ್ಲಿಮರ ವಿರುದ್ಧ ಹಿಂಸಾಚಾರಗಳನ್ನು ಆಯೋಜಿಸಿದ ಆರೋಪಗಳಿವೆ.  ೧೯೯೨ರಲ್ಲಿ ಉತ್ತರ ಭಾರತದ ಪವಿತ್ರ ಕ್ಷೇತ್ರವಾದ <MASK> ಬಾಬ್ರಿ ಮಸೀದಿಯ ಉರುಳಿಸುವಿಕೆಯ ನಂತರ ಮುಂಬಯಿನಲ್ಲಿ ನಡೆದ ದಂಗೆಗಳಲ್ಲಿ ಶಿವಸೇನೆ ಸಕ್ರಿಯ ಪಾತ್ರವಹಿಸಿತ್ತು ಎಂಬುದು ಎಲ್ಲೆಡೆ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿರುವ ಆರೋಪ.  ೨೩ ಜನವರಿ ೧೯೯ರಂದು, ಆಗಿನ ಕಾಂಗ್ರೆಸ್-ನೇತೃತ್ವದ ಮಹಾರಾಷ್ಟ್ರ ಸರ್ಕಾರವು ಜಸ್ಟಿಸ್ ಬಿ.ಎನ್. ಶ್ರೀಕೃಷ್ಣ (ಆಗಿನ ಬಾಂಬೆ ಹೈಕೋರ್ಟ್‌ನ ನ್ಯಾಯಾಧೀಶರಾಗಿದ್ದವರು) ಅವರನ್ನು ದಂಗೆಯ ತನಿಖೆ ನಡೆಸಲು ಏಕವ್ಯಕ್ತಿ ಆಯೋಗದ ಮುಖ್ಯಸ್ಥರನ್ನಾಗಿ ನಿಯಮಿಸಿತು. ಆಯೋಗವು ಸೇನೆಯನ್ನು ಮುಸ್ಲಿಮ್-ವಿರೋಧಿ ದಂಗೆಗಳಲ್ಲಿ ನೇರವಾಗಿ ಭಾಗವಹಿಸಿದ್ದಕ್ಕಾಗಿ ಆರೋಪ ಹೊರಿಸಿದ್ದಲ್ಲದೆ, ಠಾಕ್ರೆ "ತನ್ನ ನಿಷ್ಠ ಅನುಯಾಯಿಗಳಿಗೆ ಮುಸ್ಲಿಮರ ವಿರುದ್ಧ ದಾಳಿಗಳನ್ನು ಆಯೋಜಿಸಲು ಆದೇಶ ನೀಡಿದ್ಧಾಗಿ" ಆಪಾದಿಸಿತು.  ಆದರೆ ಜುಲೈ ೨೦೦೦ದಲ್ಲಿ ಏಳು ವರ್ಷಗಳ ನ್ಯಾಯಾಂಗ ವಿಚಾರಣೆಗಳ ನಂತರ ಠಾಕ್ರೆಯನ್ನು ಎಲ್ಲಾ ಕ್ರಿಮಿನಲ್ ಆರೋಪಗಳಿಂದ ಮುಕ್ತಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು.  ಆದರೆ, ಆಧಾರವಾಗಿ ಸಲ್ಲಿಸಲಾದ ವರದಿಯು ಈ ರೀತಿಯಾಗಿ ಹೇಳುತ್ತದೆ: "
ಶಿವ ಸೇನಾ
ಅಯೋಧ್ಯೆಯಲ್ಲಿ ಬಾಂಬೆ ಉಡುಪಿ ಪುಣೆಯ