ਅੰਦੀਜਾਨ ਫ਼ਰਗਨਾ ਵਾਦੀ ਦੇ ਸਭ ਤੋਂ ਪੁਰਾਣੇ ਸ਼ਹਿਰਾਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਹੈ। ਸ਼ਹਿਰ ਦੇ ਕੁਝ ਹਿੱਸਿਆਂ ਵਿੱਚ ਪੁਰਾਤੱਤਵ ਵਿਗਿਆਨੀਆਂ ਨੇ 7ਵੀਂ ਅਤੇ 8ਵੀਂ ਸਦੀ ਦੀਆਂ ਚੀਜ਼ਾਂ ਨੂੰ ਲੱਭਿਆ ਹੈ।. ਇਤਿਹਾਸਕ ਤੌਰ ਤੇ ਅੰਦੀਜਾਨ ਸਿਲਕ ਰੋਡ ਤੇ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸ਼ਹਿਰ ਸੀ।

ਇਸ ਸ਼ਹਿਰ ਨੂੰ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਬਾਬਰ ਦੇ ਜਨਮ-ਸਥਾਨ ਦੇ ਤੌਰ ਤੇ ਜਾਣਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਹੜਾ ਕਿ ਕੁਝ ਔਕੜਾਂ ਦੇ ਬਾਵਜੂਦ ਭਾਰਤੀ ਉਪਮਹਾਂਦੀਪ ਵਿੱਚ ਮੁਗਲ ਸਲਤਨਤ ਦੀ ਨੀਂਹ ਰੱਖਣ ਵਿੱਚ ਕਾਮਯਾਬ ਹੋਇਆ ਅਤੇ ਉੱਥੋਂ ਦਾ ਪਹਿਲਾਂ ਮੁਗਲ ਬਾਦਸ਼ਾਹ ਬਣਿਆ। ਤੈਮੂਰ ਵੰਸ਼ ਦੇ ਰਾਜ ਦੇ ਦੌਰਾਨ, ਖ਼ਾਸ ਕਰਕੇ ਬਾਬਰ ਦੇ ਸਮੇਂ ਵਿੱਚ ਅੰਦੀਜਾਨ ਖੇਤਰ ਦਾ ਇੱਕ ਵੱਡਾ ਅਤੇ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸ਼ਹਿਰ ਸੀ। ਉਸ ਸਮੇਂ ਦੌਰਾਨ ਹੀ ਕਲਾ ਅਤੇ ਸੱਭਿਆਚਾਰ ਨੇ ਇਸ ਸ਼ਹਿਰ ਨੂੰ ਚਾਰ ਚੰਨ ਲਾਏ। 

18ਵੀਂ ਸਦੀ ਵਿੱਚ ਖਨਾਨ ਕੋਕੰਦ ਦੇ ਬਣਨ ਪਿੱਛੋਂ, ਰਾਜਧਾਨੀ ਅੰਦੀਜਾਨ ਤੋਂ ਹਟਾ ਕੇ ਕੋਕੰਦ ਬਣਾ ਦਿੱਤੀ ਗਈ। 19ਵੀਂ ਸਦੀ ਦੇ ਅੱਧ ਵਿੱਚ, ਰੂਸੀ ਸਲਤਨਤ ਨੇ ਅੱਜ ਦੇ ਮੱਧ ਏਸ਼ੀਆ ਦੇ ਖੇਤਰ ਤੇ ਕਬਜ਼ਾ ਕਰਨਾ ਸ਼ੁਰੂ ਕਰ ਦਿੱਤਾ। 1876 ਵਿੱਚ, ਰੂਸੀਆਂ ਨੇ ਖਨਾਨ ਕੋਕੰਦ ਤੇ ਅੰਦੀਜਾਨ ਸਮੇਤ ਕਬਜ਼ਾ ਕਰ ਲਿਆ। 
ਅੰਦੀਜਾਨ 1898 ਦੇ ਅੰਦੀਜਾਨ ਵਿਦ੍ਰੋਹ ਦਾ ਮੁੱਖ ਕੇਂਦਰ ਸੀ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸੂਫ਼ੀ ਲੀਡਰ ਮਦਾਲੀ ਇਸ਼ਾਨ ਨੇ ਰੂਸੀ ਬੈਰਕਾਂ ਉੱਪਰ ਹਮਲਾ ਕੀਤਾ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਉਹਨਾਂ ਦੇ 22 ਬੰਦੇ ਮਾਰੇ ਗਏ ਅਤੇ 16-20 ਤੱਕ ਜ਼ਖ਼ਮੀ ਹੋ ਗਏ। ਬਦਲੇ ਵਿੱਚ, 18 ਵਿਦ੍ਰੋਹੀਆਂ ਨੂੰ ਫ਼ਾਂਸੀ ਅਤੇ 360 ਨੂੰ ਜਲਾਵਤਨ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ। 
16 ਦਿਸੰਬਰ 1902 ਨੂੰ ਇੱਕ ਬਹੁਤ ਹੀ ਜ਼ਬਰਦਸਤ ਭੂਚਾਲ ਨੇ ਸ਼ਹਿਰ ਨੂੰ ਤਹਿਸ-ਨਹਿਸ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਜਿਸ ਨਾਲ ਇਸ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ 30000 ਘਰ ਤਬਾਹ ਹੋ ਗਏ ਅਤੇ 4500 ਲੋਕ ਮਾਰੇ ਗਏ। 1917 ਵਿੱਚ ਇਸ ਸ਼ਹਿਰ ਵਿੱਚ ਸੋਵੀਅਤ ਸੰਘ ਦੇ ਰਾਜ ਦੀ ਸਥਾਪਨਾ ਪਿੱਛੋਂ, ਇਹ ਉਜ਼ਬੇਕ ਸੋਵੀਅਤ ਸਾਮਰਾਜਵਾਦੀ ਗਣਰਾਜ ਦਾ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸ਼ਹਿਰ ਬਣ ਗਿਆ।

ਮੁੱਢਲਾ ਅਤੇ ਹੁਣ ਦਾ ਇਤਿਹਾਸ
ਇਤਿਹਾਸ
ਨਾਂ ਦਾ ਇਤਿਹਾਸ
ਮਈ 2005 ਕਤਲੇਆਮ