ക്ഷേത്രനാലമ്പലത്തിനകത്ത് തെക്കുപടിഞ്ഞാറേമൂലയിൽ പ്രത്യേകം തീർത്ത ശ്രീകോവിലിലാണ് സർവ്വവിഘ്നവിനാശകനും ശിവപാർവ്വതീപുത്രനുമായ ഗണപതിഭഗവാൻ കുടികൊള്ളുന്നത്. ഏകദേശം രണ്ടടി ഉയരം വരുന്ന ശിലാവിഗ്രഹമാണ് ഇവിടെ ഗണപതിയ്ക്ക്. ചതുർബാഹുവായ ഭഗവാന്റെ പുറകിലെ വലതുകയ്യിൽ മഴുവും പുറകിലെ ഇടതുകയ്യിൽ കയറും മുന്നിലെ ഇടതുകയ്യിൽ മോദകവുമുണ്ട്. മുന്നിലെ വലതുകൈ വരദമുദ്രാങ്കിതമാണ്. വിഘ്നേശ്വരനായ ഭഗവാന്റെ പ്രീതിയ്ക്കായി ദിവസവും ക്ഷേത്രത്തിൽ ഗണപതിഹോമം നടന്നുവരുന്നു. ഒറ്റയപ്പം, കറുകമാല, മോദകം തുടങ്ങിയവയാണ് ഗണപതിനടയിലെ പ്രധാന വഴിപാടുകൾ.

ക്ഷേത്ര നിർമ്മിതി
ഗണപതി
അയ്യപ്പൻ
ചരിത്രം