ക്ഷേത്രമതിൽക്കെട്ടിനുപുറത്ത് തെക്കുപടിഞ്ഞാറേമൂലയിൽ മണികണ്ഠനാൽത്തറയിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയ്ക്ക് ഒരു പ്രത്യേകക്ഷേത്രം പണിതിട്ടുണ്ട്. ഏഴുപതിറ്റാണ്ടുകളേ ആയിട്ടുള്ളൂ ഈ ക്ഷേത്രം പണിതിട്ട്. ഇതിനുപിന്നിൽ ഒരു കാരണമുണ്ട്: മണികണ്ഠനാൽ സ്വാതന്ത്ര്യസമരകാലത്ത് ഒരുപാട് പ്രസംഗങ്ങൾക്ക് വേദിയായി. പ്രശസ്തരായ നിരവധി സ്വാതന്ത്ര്യസമരസേനാനികൾ അക്കാലത്ത് ഇവിടെ വന്ന് പ്രസംഗിച്ചുപോയിരുന്നു. എന്നാൽ ക്ഷേത്രത്തിലേയ്ക്കുപോകുന്ന ഭക്തർക്ക് അത് വലിയൊരു പ്രശ്നമായി മാറി. തുടർന്ന് അവിടെ ചെറിയൊരു ക്ഷേത്രം പണിത് അവിടെ സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. ഇന്നത് വടക്കുംനാഥക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഉപക്ഷേത്രമായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. വള്ളീദേവയാനീസമേതനായ സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയാണ് പ്രതിഷ്ഠ. സമീപം ഗണപതിയും സാന്നിദ്ധ്യമാകുന്നുണ്ട്. പഞ്ചാമൃതവും പാലഭിഷേകവുമാണ് സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയ്ക്ക് പ്രധാന വഴിപാടുകൾ.

ഗണപതി
ഋഷഭൻ
ക്ഷേത്രനിർമ്മിതി
സുബ്രഹ്മണ്യൻ