പഴയ രേഖകളിൽ ഈ ക്ഷേത്രത്തിൻറെ പേർ തിരുമല്ലിനാഥന്റെ ക്ഷേത്രം എന്നാണ്. മല്ലിനാഥൻ ജൈനതീർത്ഥങ്കരനാണ്. ജൈനതീർത്ഥങ്കരന്മാർക്ക് പത്തി വിടർത്തിയ സർപ്പവുമായി വലിയ ബന്ധമുണ്ട്. പാർശ്വനാഥൻറെ അടയാളം പത്തി വിടർത്തിയ സർപ്പമാണ്. ലക്ഷ്മണൻ അനന്തന്റെ അവതാരമാണെന്നാണ് ഹിന്ദു വിശ്വാസം. ഇതിനടുത്ത് പാമ്പാടി എന്ന സ്ഥലമുള്ളതും നാഗബന്ധത്തിൻ സൂചനയാണ്. ഇതിൽ നിന്നും ജൈനക്ഷേത്രം ഹൈന്ദവക്ഷേത്രമാക്കി ലക്ഷ്മണ സങ്കല്പത്തിൽ പ്രതിഷ്ഠ നടത്തി പരിഷ്കരിച്ചു എന്നു കരുതുന്നു. തിരുവില്വാമലക്ഷേത്രം ഒരു ബുദ്ധക്ഷേത്രമായിരുന്നുവെന്നും ചില കഥകളുണ്ട്. ക്ഷേത്രത്തിനടുത്തുള്ള അയ്യപ്പക്ഷേത്രം അതിന്റെ സൂചനയായി കണ്ടുവരുന്നു.

ക്ഷേത്രത്തിലെ ആദ്യത്തെ അവകാശികൾ 'പരശുടയവർ' എന്നുപേരുള്ള ആറ് കുടുംബക്കാർക്കായിരുന്നു. മൂത്തത് സമുദായത്തിൽ ജനിച്ചവരായിരുന്നു ഇവർ. ഐതിഹ്യപ്രകാരം പരശുരാമൻ തന്റെ ആയുധമായ പരശു (മഴു) സമ്മാനിച്ച് ഇവരെ അധികാരികളാക്കുകയായിരുന്നു. അതിനാലാണ് 'പരശുടയവർ' എന്ന് ഇവർക്ക് പേരുവന്നത്. ഇവരിൽ മൂത്ത പരശുടയവർ കാര്യങ്ങൾക്ക് മേൽനോട്ടം വഹിയ്ക്കുകയും, മറ്റുള്ളവർ അദ്ദേഹത്തെ സഹായിയ്ക്കുകയും ചെയ്യുകയായിരുന്നു പതിവ്. ഇതുകൂടാതെ കാരായ്മക്കാരായും കോയ്മക്കാരായും വേറെയും ചിലർ ക്ഷേത്രത്തിലുണ്ടായിരുന്നു. ഇവരെല്ലാം കൂടിയതായിരുന്നു ക്ഷേത്രത്തിലെ മഹായോഗം. ഇവർ നിയമിച്ചിരുന്ന പ്രതിനിധിയായിരുന്നു 'സമുദായം'. പരശുടയവന്മാരും സമുദായവുമാണ് ക്ഷേത്രകാര്യങ്ങളിൽ പ്രധാന പങ്ക് വഹിച്ചിരുന്നവർ. അക്കാലത്ത്, എല്ലാ വർഷവും കുംഭമാസത്തിൽ കറുത്ത ദ്വാദശി ദിനത്തിലും കർക്കടകമാസം 16-ആം തീയതിയും ക്ഷേത്രത്തിലെ വടക്കേ വാതിൽമാടത്തിൽ ഭദ്രദീപം കൊളുത്തിവച്ച് ഇവർ യോഗം കൂടിയിരുന്നു. അന്ന് അവരെടുത്തിരുന്ന തീരുമാനങ്ങളെല്ലാം ഏകകണ്ഠേന എല്ലാവരും അനുസരിയ്ക്കേണ്ടതായിരുന്നു. കൊല്ലിനും കൊലയ്ക്കും വരെ അന്ന് ക്ഷേത്രത്തിൽ വിധിയുണ്ടായിരുന്നു.

പരശുടയവന്മാരുടെ കാലത്ത് ക്ഷേത്രത്തിൽ പടിഞ്ഞാറും കിഴക്കും നടകളിൽ കേരളീയശൈലിയിൽ ഏഴുനിലകളിൽ തീർത്ത അതിമനോഹരമായ അലങ്കാരഗോപുരങ്ങളുണ്ടായിരുന്നു. രാമായണഭാഗവതാദിപുരാണങ്ങളിലെ രംഗങ്ങൾ അതിമനോഹരമായി അവയിൽ ചിത്രീകരിച്ചിരുന്നു. ഇതുകാണാൻ പല സ്ഥലങ്ങളിൽ നിന്നും സഞ്ചാരികൾ വന്നിരുന്നു. രണ്ട് ഗോപുരങ്ങളിലും സന്ധ്യയ്ക്ക് വിളക്കുകൊളുത്തിവച്ചിരുന്നു. തിരുവില്വാമലയിൽ നിന്ന് 68 കിലോമീറ്റർ വടക്കുപടിഞ്ഞാറുമാറി ഭാരതപ്പുഴയുടെ മറുകരയിൽ സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന മറ്റൊരു മഹാക്ഷേത്രമായ തിരുനാവായ നാവാമുകുന്ദക്ഷേത്രത്തിന്റെ മുന്നിലുള്ള ആൽമരത്തിന്റെ മുകളിൽനിന്നുനോക്കിയാൽപ്പോലും അവ കാണാൻ കഴിയുമായിരുന്നുവത്രേ. തിരുവില്വാമലയിൽ പോകാൻ കഴിയാതിരുന്ന പലരും ഇത്തരത്തിൽ വില്വാദ്രിനാഥദർശനപുണ്യം നേടിയിരുന്നുവത്രേ. അക്കാലത്ത് ക്ഷേത്രത്തിലെ മൂത്ത പരശുടയവർ പടിഞ്ഞാറേ ഗോപുരത്തിലും ശാന്തിക്കാർ കിഴക്കേ ഗോപുരത്തിലുമാണ് താമസിച്ചിരുന്നത്. ഒരു ദിവസം രാത്രി ഇവർക്ക് ഒരേ സമയം വില്വാദ്രിനാഥന്റെ ദർശനമുണ്ടായി. ഭഗവാൻ അവരോട് സ്വപ്നത്തിൽ ഇങ്ങനെ പറഞ്ഞു: 'ഇവിടെ വിളക്കുകത്തിച്ചുവയ്ക്കേണ്ട യാതൊരു ആവശ്യവുമില്ല. ഇവിടെ കത്തിയ്ക്കുന്ന വിളക്കുകൾ തിരുനാവായ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ കിഴക്കേ നടയിലെ ആൽമരത്തിൽ നിന്നുനോക്കിയാലും കാണാൻ കഴിയും. രണ്ടിടത്തും ഒരേ ദിവസം ദർശനം നടത്തുന്നത് പുണ്യകരമാണ്.' ഇതൊന്ന് പരീക്ഷിച്ചറിഞ്ഞിട്ടുതന്നെ ബാക്കികാര്യം എന്നുവിചാരിച്ച പരശുടയവർ, പിറ്റേന്ന് ഒരു സുഹൃത്തിന്റെ കൂടെ തിരുനാവായയ്ക്ക് പുറപ്പെട്ടു. നാവാമുകുന്ദനെ തൊഴുത്, പ്രസാദം വാങ്ങിച്ചശേഷം ഇരുവരും ആൽത്തറയിൽ കയറിനിന്ന് കിഴക്കോട്ട് നോക്കിയപ്പോൾ ദൂരെ രണ്ട് ദീപങ്ങളും തെളിഞ്ഞുകണ്ടു. ഇത് ചിലരോട് പറയുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ, പിറ്റേന്ന് പുലർച്ചെ രണ്ടുഗോപുരങ്ങളും ഇടിമിന്നലേറ്റ് കത്തിനശിച്ചുപോയി. പിന്നീട് പ്രശ്നം വച്ചപ്പോൾ ഭഗവാന് തന്നെ തിരുവില്വാമലയിൽ വന്ന് നേരിട്ടുകാണുന്നതാണ് ഇഷ്ടമെന്ന് തെളിഞ്ഞു. അതിനെത്തുടർന്ന് ഗോപുരങ്ങൾ പുതുക്കിപ്പണിതില്ല. ഇന്നവയുടെ സ്ഥാനത്ത് തറകൾ മാത്രമേയുള്ളൂ.

പിൽക്കാലത്ത്, ക്ഷേത്രം പെരുമ്പടപ്പിനും (പിൽക്കാലത്ത് കൊച്ചി രാജ്യം) നെടുവിരിപ്പിനും (സാമൂതിരി കുടുംബം) ലഭിച്ചു. അക്കാലത്ത്, പാലക്കാട്ട് രാജാവും സാമൂതിരിയും പുറക്കോയ്മയും കൊച്ചി രാജാവ് മേൽക്കോയ്മയുമായി പ്രവർത്തിയ്ക്കുകയായിരുന്നു പതിവ്. കക്കാട്ട് നമ്പ്യാതിരിയായിരുന്നു അകക്കോയ്മ. കൊച്ചി രാജാവും സാമൂതിരിയും തമ്മിൽ അക്കാലത്ത് കടുത്ത ശത്രുതയായിരുന്നു. കാരണം, ക്ഷേത്രമിരിയ്ക്കുന്ന സ്ഥലം കൊച്ചി രാജ്യത്തായിരുന്നെങ്കിലും അപ്പുറം സാമൂതിരിയുടെ തട്ടകമായിരുന്നു. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഭൂസ്വത്തുക്കൾ പലതും അങ്ങനെ മലബാറിലായി. ഇത് പലതരത്തിലും അസ്വാരസ്യങ്ങളുണ്ടാക്കി. ക്ഷേത്രത്തിൽ അനാവശ്യത്തർക്കങ്ങളുണ്ടാക്കാനാണ് സാമൂതിരി ശ്രമിയ്ക്കുന്നതെന്ന് കൊച്ചി രാജാവും തന്റെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള ക്ഷേത്രം തട്ടിയെടുക്കാനാണ് കൊച്ചി ശ്രമിയ്ക്കുന്നതെന്ന് സാമൂതിരിയും പ്രസ്താവിച്ചു. തുടർന്ന്, ഇരുവരും പ്രശ്നപരിഹാരത്തിനായി ബ്രിട്ടീഷ് ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യാ കമ്പനിയെ സമീപിച്ചു. അന്ന് രാമവർമ്മ ശക്തൻ തമ്പുരാനായിരുന്നു കൊച്ചി രാജാവ്. ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യാ കമ്പനി അദ്ദേഹത്തിന് ക്ഷേത്രാവകാശം കൊടുത്തു. എന്നാൽ, സാമൂതിരിയ്ക്ക് ചില ഭൂവിഭാഗങ്ങൾ സമ്മാനിയ്ക്കാമെന്നും ഒത്തുതീർപ്പായി. പിൽക്കാലത്ത്, ഇതിനെക്കുറിച്ച് പല വാദപ്രതിവാദങ്ങളും നടന്നിരുന്നു. എന്നാൽ, ഇന്ന് രാജഭരണമില്ലാത്തതിനാൽ ഇവയ്ക്ക് യാതൊരു പ്രസക്തിയുമില്ല.

കേരളക്കരയെ കിടുകിടാ വിറപ്പിച്ച ടിപ്പു സുൽത്താൻ തന്റെ പടയോട്ടക്കാലത്ത് തിരുവില്വാമലയിലുമെത്തിയിരുന്നു. അന്ന് അദ്ദേഹം ക്ഷേത്രം തകർത്തുകളയാൻ തന്റെ പടയാളികളോട് ആവശ്യപ്പെടുകയും, അപ്രകാരം അവർ തകർക്കാൻ തുടങ്ങുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ, സ്ഥലം കൊച്ചിയുടേതാണെന്ന് അറിഞ്ഞപ്പോൾ അദ്ദേഹം പണി അവസാനിപ്പിച്ച് സ്ഥലം വിട്ടു. കൊച്ചി രാജാവ് ടിപ്പുവിന്റെ മിത്രമായിരുന്നു. പിൽക്കാലത്ത്, ക്ഷേത്രം പുതുക്കിപ്പണിതു. 1861-ൽ ക്ഷേത്രത്തിൽ ഒരു വൻ അഗ്നിബാധയുണ്ടായി. അതിനെത്തുടർന്ന് ചില പുതുക്കിപ്പണികളൊക്കെ നടത്തി. കലശത്തിന് ദിവസവും നിശ്ചയിച്ചു. എന്നാൽ, കലശത്തിന് ഏതാനും ദിവസം മുമ്പ് ക്ഷേത്രത്തിൽ വീണ്ടും അഗ്നിബാധയുണ്ടായി. കിഴക്കേ ശ്രീകോവിൽ കത്തിനശിച്ചില്ല. അവിടത്തെ വിഗ്രഹം പുറത്തെടുത്ത് ക്ഷേത്രക്കുളത്തിനടുത്തുകൊണ്ടുപോയി പൂജകൾ നടത്തി. പടിഞ്ഞാറേ ശ്രീകോവിൽ പൂർണ്ണമായും കത്തിനശിച്ചു. സ്വയംഭൂവായതിനാൽ, അവിടത്തെ വിഗ്രഹം എടുക്കാൻ കഴിഞ്ഞില്ല. എന്നാൽ, തീയണച്ച് ചെന്നുനോക്കിയപ്പോൾ വിഗ്രഹത്തിന് യാതൊരു കുഴപ്പവുമില്ല! പിന്നീട്, ക്ഷേത്രം പുതുക്കിപ്പണിതു. 1883-ലാണ് പണികൾ പൂർത്തിയാക്കി, ക്ഷേത്രം വീണ്ടും ഭക്തജനങ്ങൾക്ക് തുറന്നുകൊടുത്തത്. 

ഒരുകാലത്ത്, ക്ഷേത്രത്തിൽ വലിയ നാട്ടുപ്രമാണിമാർ വന്ന് പൂജകളും വഴിപാടുകളും കഴിച്ചിരുന്നു. കൊച്ചി രാജാവിന്റെ വകയായിരുന്നു ക്ഷേത്രത്തിലെ അത്താഴപ്പൂജ. ഉഷഃപായം കൊച്ചി വല്യമ്മത്തമ്പുരാട്ടിയാണ് കഴിച്ചിരുന്നത്. വെള്ളനിവേദ്യം സാമൂതിരി വകയായിരുന്നു. തിരുവിതാംകൂർ രാജാവ്, പാൽപ്പായസം വഴിപാടും നടത്തിപ്പോന്നു. ഇന്ന്, ഇതൊന്നുമില്ല. എന്നാൽ, സാധാരണക്കാരായ ഭക്തരുടെ വക ദിവസവും വഴിപാടുകളുണ്ട്. 1883-ൽ ക്ഷേത്രനവീകരണത്തിനുശേഷവും 1927-ൽ ഗോളക പുതുക്കിപ്പണിയലിനുശേഷവുമായി ഓരോ കലശവും നടത്തിയിരുന്നു. 

ക്ഷേത്രത്തിൽ, ഒരുകാലത്ത് ധാരാളം സ്വത്തുവകകളുണ്ടായിരുന്നു. ഒരുലക്ഷം പറ നെല്ലാണത്രേ ക്ഷേത്രത്തിലേയ്ക്ക് അന്നുവന്നിരുന്നത്. ഭൂപരിഷ്കരണനിയമം കാരണം ഇതിൽ വൻ കുറവുവന്നു. എന്നാൽ, തിരുവനന്തപുരം അനന്തപദ്മനാഭസ്വാമിക്ഷേത്രത്തിൽ സ്വത്തുക്കൾ കണ്ടെടുത്ത സമയത്ത് തിരുവില്വാമലയിലും വൻ സ്വത്തുക്കളുള്ളതായി കഥകൾ പ്രചരിച്ചിരുന്നു. എന്നാൽ, ഇന്നേവരെ അത് തെളിയിച്ചിട്ടില്ല.

ചരിത്രം
തിരുവില്വാമല ഏകാദശി
ക്ഷേത്രഭരണം
നാലമ്പലം