സംഭവം നടന്നയുടൻ തലശ്ശേരി സി.ഐ സുകുമാരന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ അന്വേഷണം ആരംഭിച്ചെങ്കിലും പിറ്റേന്നു തന്നെ ചുമതല ഡിവൈ.എസ്.പി രാധാകൃഷ്ണൻ ഏറ്റെടുത്തു. 15 ദിവസത്തിന് ശേഷം രാധാകൃഷ്ണനെ അന്വേഷണച്ചുമതലയിൽ നിന്നൊഴിവാക്കി. പിന്നീടു കേസന്വേഷിച്ചത് കണ്ണൂർ ക്രൈംബ്രാഞ്ച് ഡിവൈ.എസ്.പി സാലിയാണ്. ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ അന്വേഷണത്തിൽ വിശ്വാസമില്ല എന്ന് പറഞ്ഞുകൊണ്ട് ഫസലിന്റെ ഭാര്യ സി എച്ച് മറിയു സി.ബി.ഐ അന്വേഷണമാവശ്യപ്പെട്ടു ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചു. ഹൈക്കോടതി വിശദീകരണമാരാഞ്ഞപ്പോൾ അന്വേഷണം എസ്.പി മോഹൻദാസിന്റെ കീഴിലുള്ള സ്‌പെഷ്യൽ ഇൻവെസ്റ്റിഗേഷൻ ടീമിന് നൽകിയിട്ടുണ്ടെന്നും പ്രതികളെ ഉടൻ പിടികൂടുമെന്നുമായിരുന്നു സർക്കാർ മറുപടി നൽകി. മൂന്നുമാസത്തിനു ശേഷം മറിയു വീണ്ടും കോടതിയെ സമീപിച്ചു. ക്രൈം ബ്രാഞ്ച് അന്വേഷിച്ച കേസ് കോടതി സി.ബി.ഐക്ക് വിടുകയും ആ നിർദ്ദേശപ്രകാരം 2008 ഏപ്രിൽ 5-ന് സിബിഐ ഏറ്റെടുക്കുകയും ചെയ്തു. സി.ബി.ഐ അന്വേഷണത്തെ സർക്കാർ സുപ്രീം കോടതിയിൽ ചോദ്യം ചെയ്തു. എന്നാൽ,സി.ബി.ഐ അന്വേഷണത്തെ സുപ്രീം കോടതി ശരിവെച്ചു. ഈ കേസിൽ 2012 ജൂൺ 12 സി.ബി.ഐ എറണാകുളം ചീഫ് മജിസ്‌ടേറ്റ് കോടതിയിൽ കുറ്റപത്രം സമർപ്പിച്ചു.

ഈ കേസിൽ അന്നത്തെ ആഭ്യന്തരമന്ത്രി കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനെ പ്രതി ചേർക്കണമെന്ന ഹരജി ഹൈക്കോടതിയുടെ പരിഗണനക്ക് വന്നിട്ടുണ്ട്‌.
ഈ കേസിൽ ഏഴും എട്ടും പ്രതികളായ സി.പി.എം കണ്ണൂർ ജില്ലാ സെക്രട്ടറിയേറ്റ് അംഗം കാരായി രാജൻ തിരുവങ്ങാട് ലോക്കൽ സെക്രട്ടറി കാരായി ചന്ദ്രശേഖരൻ എന്നിവർക്കെതിരെ എറണാകുളം സി.ജെ.എം കോടതി ജാമ്യമില്ലാ അറസ്റ്റ് വാറൻഡ് പുറപ്പെടുവിച്ചിരുന്നു. ഇരുവരെയും ചോദ്യം ചെയ്യാനായി വിട്ടു നൽകില്ലെന്ന് സി.പി.എം നേതൃത്വം വ്യക്തമാക്കിയ സാഹചര്യത്തിലാണ് അറസ്റ്റ് വാറൻഡ് പുറപ്പെടുവിക്കണമെന്ന ആവശ്യവുമായി സിബിഐ കോടതിയെ സമീപിച്ചത്.


അന്വേഷണം
അന്വേഷണത്തിന്റെ നാൾവഴി
സിപിഐ(എം)ന്റെ നിഷേധം
വധം