1753 ഫെബ്രുവരിയിൽ ജോൺ പഞ്ചാബിന്റെ ചീഫ് കമ്മീഷണറായി. ഡൽഹൗസിയുടെ കീഴിൽ പഞ്ചാബ് ഭരണത്തിന്റെ പൂർണാധികാരവും ജോണിന് ലഭിച്ചു. ഫിനാൻഷ്യൽ കമ്മീഷണർ, ജ്യുഡീഷ്യൽ കമ്മീഷണർ എന്നിങ്ങനെ രണ്ട് സഹായികളും ജോണിനു കീഴിലുണ്ടായിരുന്നു. ബോർഡംഗമായിരുന്ന റോബർട്ട് മോണ്ട്ഗോമറി തന്നെയായിരുന്നു ജ്യുഡീഷ്യൽ കമ്മീഷണർ. ജോർജ് ഫ്രെഡറിക് എഡ്മണ്ട്സ്റ്റോൺ ആയിരുന്നു ഫിനാൻഷ്യൽ കമ്മീഷണർ. പിൽക്കാലത്ത് ഡൊണാൾഡ് മക്ലോഡും ജോണിനു കീഴിൽ ഫിനാൻഷ്യൽ കമ്മീഷണറായിരുന്നു.

ബോർഡിലെ അഭിപ്രായവ്യത്യാസങ്ങൾ മൂലം മുടങ്ങിക്കടന്ന പണികൾ പൂർത്തിയാക്കുക എന്നതായിരുന്നു ജോണിന്റെ ആദ്യത്തെ ചുമതല. ബോർഡിലെ പ്രവർത്തനകാലത്തുതന്നെ, ഡൽഹൌസിയുടെ പിന്തുണയോടെ മികച്ച സിവിൽ ഉദ്യോഗസ്ഥരെ കണ്ടെത്തി പരിശീലിപ്പിച്ചെടുക്കുകയെന്നത് ജോണിന്റെ നടപടികളിലൊന്നായിരുന്നു. ചീഫ് കമ്മീഷണറായപ്പോഴും ജോൺ ഈ രീതി തുടർന്നു. പുതിയ ചുമതലയിൽ അദ്ദേഹത്തിന് സിവിലിയൻ ഉദ്യോഗസ്ഥരെ മാത്രമല്ല, ഹെൻറിയുടെ കാലത്ത് പഞ്ചാബിൽ നിയമിക്കപ്പെട്ട സൈനിക-ഭരണജ്ഞരെക്കൂടി തന്നെ ശൈലിയിലേക്ക് പരിശീലിപ്പിച്ചെടുക്കുക എന്ന ശ്രമകരമായ ദൌത്യം കൂടിയുണ്ടായിരുന്നു. ജോൺ ചീഫ് കമ്മീഷണറായപ്പോൾ അവരിൽച്ചിലർ സ്ഥാനമൊഴിഞ്ഞു. ബാക്കിയുള്ളവർക്ക് ജോണിനുകീഴിൽത്തുടരാൻ കഠിനപ്രയത്നം നടത്തേണ്ടിവന്നു. തന്റെ സഹായികളോടുള്ള ജോണിന്റെ എഴുത്തുകൾ വിട്ടുവീഴ്ചയില്ലാതെ കാര്യക്ഷമമായി പ്രവര്ത്തിക്കുന്നതിന് അവരെ ഉപദേശിച്ചുകൊണ്ടുള്ള വളരെ തുറന്ന മനഃസ്ഥിതിയോടെയുള്ളതായിരുന്നു. ആവശ്യമുള്ളപ്പോഴെല്ലാം കടുത്ത ഭാഷയിലുള്ള വിമർശനങ്ങളുയർത്തിയിരുന്നു. എല്ലായ്പ്പോഴും കഠിനമായ ജോലികളായിരുന്നു അവരെ അദ്ദേഹം ഏൽപ്പിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നത്. ഹെൻറിയെ അപേക്ഷിച്ച്, ജോൺ എഴുത്തുകുത്തുകൾക്ക് വളരെ പ്രാധാന്യം നൽകിയിരുന്നു. ഈ പ്രാധാന്യം തന്റെ കീഴിലുള്ള മറ്റുള്ളവരും പാലിക്കണമെന്ന് നിഷ്കർഷയുമുണ്ടായിരുന്നു. ഒരു പ്രശ്നത്തിനെതിരെ പ്രതികരിക്കുന്നതിൽ താമസം വരുത്തുകയോ പണികൾ വച്ചുതാമസിപ്പിക്കുകയോ ചെയ്യുന്നത് അദ്ദേഹത്തിന്റെ നോട്ടത്തിലെ ഏറ്റവും വലിയ കുറ്റങ്ങളായിരുന്നു. ഇതിനെ അദ്ദേഹം കണക്കറ്റ് വിമർശിച്ചിരുന്നു. എഴുത്തുകുത്തുകൾക്കായി പ്രത്യേകസമയം കണ്ടെത്താതെ അത് മറ്റു പണികൾക്കൊപ്പം തന്നെ ചെയ്തുതീർക്കണമെന്നായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ അഭിപ്രായം. ജോണിന്റെ ഇത്തരം നിലവാരമാനദണ്ഡങ്ങൾ ഒട്ടേറ ചെറുപ്പക്കാരായ ഉദ്യേഗസ്ഥർക്ക് അസഹ്യമായിരുന്നു. അതിർത്തിപ്രദേശങ്ങളിലെ സൈനിക-ഭരണകർത്താക്കളോട് സൈനികനടപടികളിൽ അധികം ശ്രദ്ധപുലർത്താതെ സിവിലിയൻ ജോലികളിൽ കൂടുതൽ ശ്രദ്ധപുലർത്താൻ ജോൺ ആവശ്യപ്പെട്ടു. എഡ്വേഡ്സിനെയും നിക്കോൾസനെയും പോലുള്ള ഭരണപാടവമുള്ള സൈനികരെ അതിർത്തികളിൽ ആവശ്യമുണ്ടെന്ന് ജോണിന് ബോദ്ധ്യമുണ്ടായിരുന്നെങ്കിലും അദ്ദേഹം സിവിലിയൻ ഉദ്യോഗസ്ഥരെ കൂടുതലായി നിയമനത്തിന് പരിഗണിച്ചു. തന്റെ നിലവാരത്തിനനുസരിച്ചുള്ള ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ പോരായ്മ എപ്പോഴും ജോണിന് അനുഭവപ്പെട്ടിരുന്നു. യോഗ്യരായ ഉദ്യോഗസ്ഥർക്കായി വടക്കുപടിഞ്ഞാറൻ പ്രവിശ്യകളുടെ ഭരണാധികാരിയായിരുന്ന ജെയിംസ് തോമാസണും, ഡൽഹൗസിക്കും അദ്ദേഹം നിരന്തരം കത്തുകളയച്ചിരുന്നു. സിവിലിയൻ ഉദ്യോഗസ്ഥർക്ക് കൂടുതൽ ശമ്പളം ഉറപ്പാക്കുന്നതിനും അദ്ദേഹം ശ്രമങ്ങൾ നടത്തിയിരുന്നു.

ഇക്കാലത്ത് പഞ്ചാബിൽ ജില്ലാ ഓഫീസർ ആയിരുന്ന ചാൾസ് ഐറ്റ്ചിസൺ അന്നത്തെ ഭരണനടപടികളെക്കുറിച്ച് പറയുന്നത് ഇങ്ങനെയാണ്.
ഹെൻറിയുടെ കാലത്ത് പ്രവിശ്യാഭരണാധികാരികൾക്കുണ്ടായിരുന്ന സ്വതന്ത്രമായ നടപടികൾക്ക് നിയന്ത്രണം വന്നു. സമാധാനപരമായ മാർഗ്ഗങ്ങൾക്ക് ഒട്ടും സാധ്യതയില്ലാത്തപ്പോൾ മാത്രം സൈനികനടപടികളിലേക്ക് തിരിയുക എന്നതായി നയം.

പഞ്ചാബിലെ പാതകളുടെയും കനാലുകളുടെയും നിർമ്മാണം പുരോഗമിക്കുന്ന കാലഘട്ടം കൂടിയായിരുന്നു ഇത്. റോബർട്ട് നേപ്പിയറുടെ നേതൃത്വത്തിലായിരുന്നു ഈ ജോലികൾ നടന്നിരുന്നത്. ചെലവ് പരിഗണിക്കാതെ പുതിയ പദ്ധതികൾ ഏറ്റെടുത്ത് നടപ്പിലാക്കിയിരുന്ന നേപ്പിയറെ നിയന്ത്രിക്കുന്നതിനായിരുന്നു ജോൺ ഈ വിഷയത്തിൽ പാടുപെട്ടിരുന്നത്. 1853 തുടക്കത്തിൽ ഹെൻറിയുടെ മടക്കത്തിനു ശേഷം തന്നെ നേപ്പിയറോട് കൃത്യമായ ഇടവേളകളിൽ നടന്നുകൊണ്ടിരിക്കുന്ന പണികളുടെയെല്ലാം കണക്കുകൾ ബോധിപ്പിക്കാൻ ജോൺ ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നു. പക്ഷേ 1855 ആയിട്ടും ഇക്കാര്യത്തിൽ യാതൊരു പുരോഗതിയും ഉണ്ടായില്ല. നേപ്പിയറെ സ്ഥലം മാറ്റി നിയമിക്കണമെന്നുപോലും ജോൺ ഗവർണർ ജനറലിന് എഴുതിയിരുന്നു. ഹെൻറിയുമായി ഉണ്ടായിരുന്ന തർക്കങ്ങളുടെ ഒരു തുടർച്ച തന്നെയാണ് ഇതെന്ന് ജോണിന് ബോധ്യമായി. കാലക്രമേണ ജോണിന് നേപ്പിയറുടെ വകുപ്പിൽ നിയന്ത്രണം കൊണ്ടുവരാനായെങ്കിലും അവർ തമ്മിലുള്ള വ്യക്തിബന്ധം മയപ്പെടുത്താനായില്ല. ജോണുമായുള്ള അഭിപ്രായവ്യത്യാസം മൂലം ജോൺ നിക്കോൾസൺ പഞ്ചാബിൽ നിന്ന് കശ്മീരിലേക്ക് സ്ഥലം മാറിപ്പോയെങ്കിലും കുറച്ചുവർഷങ്ങൾക്കുശേഷം തിരിച്ചെത്തി പെഷവാറിന്റെ ചുമതലയേറ്റു.

റെവന്യൂ തന്നെയായിരുന്നു ജോണിന്റെ പ്രവർത്തനങ്ങളിലെ പ്രധാനഭാഗം. കൃഷിഭൂമിയുടെ ഉടമസ്ഥാവകാശം കർഷകരിൽനിന്ന് പണമിടപാടുകാരിലേക്കും പുറംദേശങ്ങളിലെ ജന്മിമാരിലേക്കും മാറുന്നത് അദ്ദേഹത്തെ അലട്ടി. 1854-ലെ പഞ്ചാബ് സിവിൽ നിയമം ഇത്തരം പ്രശ്നങ്ങൾക്കുള്ള പരിഹാരമായി ആവിഷ്കരിച്ചതാണ്. അവകാശികളും ബന്ധുക്കളുമല്ലാത്തവർക്ക് ഭൂമി കൈമാറുന്നതിൽ നിയന്ത്രണം ഇതിലൂടെ ഏർപ്പെടുത്തി. ബോർഡിന്റെ കാലത്ത് നടപ്പാക്കിയ സിവിൽ നിയമങ്ങൾക്കു പകരമായിരുന്നു ഈ പുതിയ നിയമം. പഞ്ചാബിലേക്ക് ടെലിഗ്രാഫ് ബന്ധം സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടതും ജോണിന്റെ ഈ ഭരണകാലത്താണ്.
പഞ്ചാബിന്റെ ചീഫ് കമ്മീഷണർ
ദില്ലിയിൽ
മാറുന്ന ഭരണരീതി
ജ്യേഷ്ഠനുമായുള്ള തർക്കങ്ങൾ