ക്ഷേത്രത്തിലെ മുഖ്യപ്രതിഷ്ഠ. ചതുർബാഹുവായ മഹാവിഷ്ണുവാണ് ഗുരുവായൂരപ്പനായി ആരാധിയ്ക്കപ്പെടുന്നത്. മൂന്നടിയോളം ഉയരം വരുന്ന കൃഷ്ണശിലാനിർമ്മിതമായ വിഗ്രഹം കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിയ്ക്കുന്നു. നിൽക്കുന്ന രൂപത്തിലുള്ള ഭഗവാനാണ്. തൃക്കൈകളിൽ ശംഖചക്രഗദാപദ്മങ്ങൾ കാണാം. വിഗ്രഹത്തിന്റെ പുറകിൽ രണ്ട് ആലവട്ടങ്ങൾ ഇണക്കിവച്ചിട്ടുണ്ട്. വിശ്വപ്രകൃതിയുടെ മൂലതേജസ്സിനെ മുഴുവൻ ആവാഹിച്ചുകൊണ്ട് ഗുരുവായൂരിലേതുപോലെ പട്ടാമ്പിയിലെ ശ്രീലകത്തും വാഴുന്ന ഗുരുവായൂരപ്പന് ഉദയാസ്തമനപൂജയാണ് പ്രധാന വഴിപാട്. കൂടാതെ പാൽപ്പായസം, തുളസിമാല, നെയ്വിളക്ക്, തൃക്കൈവെണ്ണ, അപ്പം, അട, അവിൽ തുടങ്ങിവയും വഴിപാടുകളിൽ പെടും. വിശേഷാവസരങ്ങളിൽ കൃഷ്ണനാട്ടവും പതിവുണ്ട്.

ഐതിഹ്യം
പ്രധാന പ്രതിഷ്ഠ
ശ്രീ ഗുരുവായൂരപ്പൻ (മഹാവിഷ്ണു/ശ്രീകൃഷ്ണൻ)
ഭഗവതി