മേൽപ്പറഞ്ഞ മൂന്ന് പ്രതിഷ്ഠകൾ കൂടാതെ ചിലയിടങ്ങിൽ വിശേഷാൽ ആരാധന നടക്കുന്നുമുണ്ട്. ഗണപതിയുടെ ശ്രീകോവിലിന് നേരെമുന്നിലുള്ള ഒരു ചെറിയ മുറിയിൽ സരസ്വതീസാന്നിദ്ധ്യം സങ്കല്പിച്ച് ആരാധിയ്ക്കുന്നുണ്ട്. തന്മൂലം ഈ മുറി "സരസ്വതി അറ" എന്നറിയപ്പെടുന്നു. നവരാത്രിക്കാലത്ത് പൂജവയ്പ്പ് നടത്തിയിരുന്നത് ഈ മുറിയിലാണ്. ഇപ്പോൾ അസൗകര്യം നിമിത്തം ക്ഷേത്രം കൂത്തമ്പലത്തിലേയ്ക്ക് മാറ്റി. ഗണപതിശ്രീകോവിലിനുമുന്നിൽ സ്ഥലം വളരെക്കുറവാണ് എന്നതിനാൽ ഭക്തർ തിക്കിത്തിരക്കുന്നത് പതിവാണ്. എന്നാൽ, സരസ്വതി അറയ്ക്ക് ദിവ്യത്വമുണ്ടെന്ന് 2017-ൽ നടന്ന ദേവപ്രശ്നത്തിൽ തെളിഞ്ഞതിനെത്തുടർന്ന് ഇത് പൊളിയ്ക്കരുതെന്ന് വിധി വന്നു. 

നാലമ്പലത്തിന്റെ പടിഞ്ഞാറുഭാഗത്ത്, ശ്രീകോവിലിന്റെ തൊട്ടുപുറകിലായി ഭീമാകാരമായ ഒരു കരിങ്കൽശില്പം കാണാം. അനന്തശയനരൂപത്തിലുള്ള മഹാവിഷ്ണുവിന്റേതാണ് ഈ ശില്പം. തിരുവനന്തപുരത്തെ പ്രസിദ്ധമായ ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രതിഷ്ഠയാണ് പരിവാരസമേതം ആവിഷ്കരിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിയ്ക്കുന്നത്. അനന്തനുമേൽ ശയിയ്ക്കുന്ന മഹാവിഷ്ണുഭഗവാൻ, ഭഗവദ്പാദങ്ങൾ തഴുകുന്ന ലക്ഷ്മീദേവി, നാഭീകമലത്തിലെ ബ്രഹ്മാവ്, വലതുകൈയ്ക്ക് താഴെയുള്ള ശിവലിംഗം, ഭഗവാനെ തൊഴുന്ന ഭക്തോത്തമന്മാരും മഹർഷിമാരും - ഇങ്ങനെ പലരും ഉൾപ്പെട്ടതാണ് ഈ ചിത്രം. നിത്യവും ഈ ശില്പത്തിന് വിളക്കുവയ്പുണ്ട്. മുമ്പ് ഇവിടെ ഒരു ചിത്രമാണുണ്ടായിരുന്നത്. ആദ്യകാലത്ത് ക്ഷേത്രത്തിലെ തിടമ്പെടുക്കാൻ അർഹതയുണ്ടായിരുന്ന മൂത്തത് ഒരിയ്ക്കൽ വരാൻ താമസിച്ചതിനെത്തുടർന്ന് മേൽശാന്തിയോട് ധിക്കാരമായി പെരുമാറുകയും, കുപിതനായ മേൽശാന്തി അയാളെ അന്ന് പടിഞ്ഞാറുഭാഗത്തുണ്ടായിരുന്ന വാതിൽ വഴി പുറത്താക്കുകയും, തുടർന്ന് അത് എന്നെന്നേയ്ക്കുമായി അടച്ചിടുകയും, അവിടെ അനന്തശയനചിത്രം സ്ഥാപിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു എന്നാണ് കഥ. അഹങ്കാരിയായ മൂത്തതിനെ പിന്നീടാരും കണ്ടിട്ടില്ലത്രേ! തുടർന്ന്, തിടമ്പെഴുന്നള്ളിയ്ക്കുന്നത് കീഴ്ശാന്തി മതിയെന്ന നിയമം വന്നു. 1970-ൽ ക്ഷേത്രത്തിലുണ്ടായ തീപ്പിടുത്തത്തിൽ ഈ ചിത്രം പൂർണ്ണമായും കത്തിനശിച്ചുപോയി. തുടർന്നുണ്ടായ പുനരുദ്ധാരണത്തെത്തുടർന്നാണ് ഇന്നത്തെ ശില്പം പണിതത്. ഇന്ന് ഇതിന് നിത്യവും വിളക്കുവയ്പുണ്ട്.

നാലമ്പലത്തിനകത്ത് വടക്കുപടിഞ്ഞാറേമൂലയിലെ കരിങ്കൽത്തൂണിൽ സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയുടെ പ്രതിഷ്ഠയുണ്ട്. ബാലസുബ്രഹ്മണ്യരൂപത്തിലുള്ള വിഗ്രഹമാണ്. വിഗ്രഹം ഭസ്മം വിതറിയ നിലയിലാണ് കാണപ്പെടുന്നതെങ്കിലും മുഖവും കൈകളും വ്യക്തമാണ്. വലതുചുമലിൽ ഭഗവാന്റെ ആയുധമായ വേൽ കാണാം. പൂജയില്ലെങ്കിലും ക്ഷേത്രനാലമ്പലത്തിനകത്തെത്തുന്ന ഭക്തർ ഈ സുബ്രഹ്മണ്യനെയും വന്ദിയ്ക്കാറുണ്ട്. വടക്കുഭാഗത്തെ വാതിലിൽ നിന്ന് അല്പം മാറി ഹനുമാൻ സ്വാമിയുടെ പ്രതിഷ്ഠയുമുണ്ട്. ഭക്തഹനുമാന്റെ രൂപത്തിലാണ് ഈ വിഗ്രഹം. തെക്കുഭാഗത്തുള്ള പ്രധാന ശ്രീകോവിലിലേയ്ക്ക് നോക്കി വന്ദിച്ചുനിൽക്കുന്ന രൂപത്തിലാണ് ഹനുമദ്വിഗ്രഹം കാണപ്പെടുന്നത്. വിഗ്രഹം സിന്ദൂരം വിതറിയ രൂപത്തിലാണ് കാണപ്പെടുന്നത്. വിഗ്രഹത്തിൽ വെറ്റിലമാലയും രാമനാമം രചിച്ച കടലാസുകൾ കൊണ്ടുള്ള മാലയും ചാർത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഇതുകൂടാതെ ദശാവതാരരൂപങ്ങളും ശ്രീകൃഷ്ണലീലകളും ശിവനും ദേവിമാരുമടക്കമുള്ള മൂർത്തികളുമെല്ലാം തൂണുകളിൽ നിറയുന്നു. 

ക്ഷേത്രത്തിൽ ശിവന് പ്രതിഷ്ഠയില്ലെങ്കിലും അദൃശ്യസാന്നിദ്ധ്യമായി കുടികൊള്ളുന്നു എന്നാണ് സങ്കല്പം. ബൃഹസ്പതിയും വായുദേവനും കൊണ്ടുവന്ന വിഷ്ണുവിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കാൻ അനുവാദം നൽകിയ ശിവൻ പാർവ്വതീഗണപതിസുബ്രഹ്മണ്യസമേതനായി സ്വയംഭൂവായി മമ്മിയൂരിൽ അവതരിച്ചു എന്ന വിശ്വാസത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഭഗവതിയെ തൊഴുത് വടക്കുകിഴക്കേമൂലയിലെത്തുമ്പോൾ ഭക്തർ മമ്മിയൂർ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ദിശയിലേയ്ക്ക് (വടക്കുപടിഞ്ഞാറ്) നോക്കി ശിവനെ വന്ദിയ്ക്കുന്നു. ക്ഷേത്രക്കുളമായ രുദ്രതീർത്ഥവും ക്ഷേത്രത്തിലെ മണിക്കിണറും ശിവനുമായി ഐതിഹ്യപരമായിത്തന്നെ ബന്ധപ്പെട്ടുകിടക്കുന്നു. രുദ്രതീർത്ഥം പണ്ട് വലിയൊരു തടാകമായിരുന്നെന്നും ക്ഷേത്രത്തിൽ നിന്ന് ഏകദേശം മൂന്ന് കിലോമീറ്റർ വടക്കുമാറി സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന താമരയൂർ വരെ അത് നീണ്ടുകിടന്നിരുന്നെന്നും വിശ്വസിയ്ക്കപ്പെടുന്നു. ഈ തടാകത്തിൽ നിറയെ താമരകൾ വിരിഞ്ഞിരുന്നെന്നും അവയിലെ ഒരു താമരയിലിരുന്നാണ് ശ്രീരുദ്രനായ ശിവൻ, പ്രചേതസ്സുകൾക്ക് രുദ്രഗീതം ഉപദേശിച്ചുകൊടുത്തതെന്നും ഐതിഹ്യകഥ പറയുന്നു. അങ്ങനെ രുദ്രൻ വസിച്ച തീർത്ഥം, രുദ്രതീർത്ഥം എന്നറിയപ്പെട്ടു. ഇന്നും ഈ കുളത്തിൽ ശിവസാന്നിധ്യമുള്ളതായി പറയപ്പെടുന്നു. ഇതിലെ സ്നാനം സർവ്വപാപഹരമാണെന്ന് വിശ്വസിച്ചുവരുന്നു. ശാന്തിക്കാരും ഭക്തരും ഈ കുളത്തിൽ കുളിച്ചാണ് ദർശനത്തിനെത്തുന്നത്. ഈ കുളത്തിലാണ് ഉത്സവാവസാനം ഭഗവാൻ ആറാടുന്നതും. ക്ഷേത്രനാലമ്പലത്തിനകത്ത് വടക്കുകിഴക്കേമൂലയിലുള്ള മണിക്കിണറിന്, രുദ്രകൂപം എന്നും പേരുണ്ട്. ഇതിലെ ജലം ഉപയോഗിച്ചാണത്രേ പ്രതിഷ്ഠാസമയത്ത് ശിവഭഗവാൻ ഗുരുവായൂരപ്പന് കലശമാടിയത്! അതാണ് "രുദ്രകൂപം" എന്ന പേരിനുപിന്നിലെന്നും പറയപ്പെടുന്നു. ഗുരുവായൂർ പരിസരത്തെവിടെയും ഇത്രയും ശുദ്ധമായ ജലമില്ലെന്നും ഇത് കുടിച്ചുകഴിഞ്ഞാൽ എല്ലാ അസുഖങ്ങളും മാറുമെന്നും വിശ്വസിയ്ക്കപ്പെടുന്നു. സാളഗ്രാമം അടക്കമുള്ള നിരവധി വിശേഷവസ്തുക്കൾ ഈ കിണറ്റിലുണ്ടെന്ന് കാലാകാലമായി വിശ്വസിച്ചുവരുന്നു. 1985-ൽ ക്ഷേത്രത്തിൽ നടന്ന മോഷണത്തിൽ നഷ്ടപ്പെട്ടുപോയ ആഭരണങ്ങൾ 2014 ഏപ്രിൽ 25-ന് തിരിച്ചുകിട്ടിയത് ഈ കിണറ്റിൽ നിന്നാണ്. കൂടാതെ, ക്ഷേത്രത്തിന്റെ തെക്കുഭാഗത്ത് ഒരു പറമ്പിൽ ഒരു കൂവളവൃക്ഷം കാണാം. ഇതും ശൈവസാന്നിദ്ധ്യമായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. 

ക്ഷേത്രത്തിന്റെ കിഴക്കേ നടയിൽ മുമ്പ് ദേവസ്വം വക സത്രം സ്ഥിതിചെയ്തിരുന്ന പറമ്പിൽ നാഗദൈവങ്ങളുടെ പ്രതിഷ്ഠയുണ്ട്. നാഗരാജാവായി അനന്തൻ കുടികൊള്ളുന്ന ഈ കാവിൽ, കൂടെ നാഗയക്ഷിയും ചിത്രകൂടവുമുണ്ട്. നിരവധി വൃക്ഷങ്ങൾ തഴച്ചുവളരുന്ന കാവ് വൃത്തിയായി സൂക്ഷിച്ചുവരുന്നുണ്ട്. നൂറും പാലും, മഞ്ഞൾപ്പൊടി അഭിഷേകം, സർപ്പം പാട്ട് തുടങ്ങിയവയാണ് നാഗദൈവങ്ങൾക്കുള്ള പ്രധാന വഴിപാടുകൾ. എല്ലാ മാസവും ആയില്യം നാളിൽ ആയില്യപൂജയും കന്നിമാസത്തിലെ ആയില്യം നാളിൽ സർപ്പബലിയും പതിവുണ്ട്. സർപ്പപ്രീതിയ്ക്ക് പ്രസിദ്ധമായ ചെർപ്പുളശ്ശേരിയിലെ പാതിരിക്കുന്നത്ത് മനയിലെ നമ്പൂതിരിയാണ് സർപ്പബലി നടത്തുന്നത്. ഇതിനോടനുബന്ധിച്ച് ധാരാളം കലാപരിപാടികളുമുണ്ടാകും. നാഗപ്രതിഷ്ഠയ്ക്കടുത്തുതന്നെ രക്ഷസ്സ്, കൊടുംകാളി സങ്കല്പങ്ങളുമുണ്ട്. ഇവർക്കും വിശേഷാൽ പൂജകളുണ്ടാകും.

മറ്റുള്ള സങ്കല്പങ്ങൾ
ജ്ഞാനപ്പാനയുടെ ഉദ്ഭവം
മഞ്ജുള
ഗജരാജൻ ഗുരുവായൂർ കേശവൻ