നാലമ്പലത്തിന് പുറത്ത് തെക്കുപടിഞ്ഞാറേമൂലയിൽ പ്രത്യേകം ശ്രീകോവിലിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായാണ് ഹരിഹരപുത്രനും താരകബ്രഹ്മമൂർത്തിയുമായ ശ്രീ അയ്യപ്പസ്വാമിയുടെ പ്രതിഷ്ഠ. അമൃതകലശധാരിയായ ഭഗവാനാണ് ഈ ശ്രീകോവിലിലുള്ളത്. അതിനാൽ ഇവിടെ ഭജിയ്ക്കുന്നത് രോഗശാന്തിയ്ക്ക് അത്യുത്തമമായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. ഈ ശ്രീകോവിലിന് മുന്നിൽ ഒരു മുഖപ്പുണ്ട്. ഇവിടെയാണ് ശബരിമലയ്ക്ക് പോകുന്ന ഭക്തർ മാലയിടുന്നതും കെട്ടുനിറയ്ക്കുന്നതുമെല്ലാം. എള്ളുതിരി കത്തിയ്ക്കലാണ് അയ്യപ്പസ്വാമിയുടെ പ്രധാന വഴിപാട്. ഇതിന് പ്രത്യേകം സ്റ്റാൻഡ് ഇവിടെയുണ്ട്. കൂടാതെ നെയ്യഭിഷേകം, അഷ്ടാഭിഷേകം, പുഷ്പാഭിഷേകം, അപ്പം, അട, എള്ളുപായസം തുടങ്ങിയവയും പ്രധാന വഴിപാടുകളാണ്.

ഉപദേവതകൾ
നിത്യപൂജകൾ
ക്ഷേത്ര പരിസരവും മതിലകവും
അയ്യപ്പൻ