"മൈസൂരു കടുവ" എന്ന പേരിൽ പ്രസിദ്ധനായ ടിപ്പു സുൽത്താൻ മലബാറിൽ നടത്തിയ പടയോട്ടത്തിന്റെ സമയത്ത് ഗുരുവായൂരിന് വടക്ക് സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന ഒരുപാട് പ്രസിദ്ധ ക്ഷേത്രങ്ങൾ (ഉദാ: തളിപ്പറമ്പ് രാജരാജേശ്വരക്ഷേത്രം, കടലായി ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രം, തിരുവങ്ങാട് ശ്രീരാമസ്വാമിക്ഷേത്രം, കോഴിക്കോട് തളി മഹാക്ഷേത്രം) തകർക്കപ്പെടുകയുണ്ടായി. അവയിൽ പലതും പിൽക്കാലത്ത് പുനർനിർമ്മിയ്ക്കപ്പെട്ടെങ്കിലും ചിലതിൽ ഇന്നും പടയോട്ടത്തിന്റെ പാടുകൾ കാണാം. ഗുരുവായൂർ ക്ഷേത്രവും ടിപ്പുവിന്റെ പടയാളികൾ തകർത്തുകളയുമോ എന്ന ആശങ്ക നാട്ടുകാരായ ഭക്തരിൽ ഉണർന്നുവന്നു. ക്ഷേത്രം തകർക്കപ്പെട്ടാലും കുഴപ്പമില്ല, പാതാളാഞ്ജനശിലയിൽ തീർത്ത വിഗ്രഹം തകർക്കപ്പെട്ടാൽ അതുപോലൊരു വിഗ്രഹം പിന്നീടുണ്ടാക്കിയെടുക്കാൻ പാടാണ് എന്ന് മനസ്സിലാക്കിയ ഭക്തർ, ക്ഷേത്രം ഊരാളനായ മല്ലിശ്ശേരി നമ്പൂതിരിപ്പാടിനെയും തന്ത്രി, ഓതിയ്ക്കന്മാർ, ശാന്തിക്കാർ, കഴകക്കാർ തുടങ്ങിയവരെയും വിവരമറിയിച്ചു. അപകടം മനസ്സിലാക്കിയ അവർ സുരക്ഷിതമായ ഒരു സ്ഥാനം അന്വേഷിച്ചുനടന്നപ്പോൾ കണ്ടെത്തിയത്, കേരളത്തിലെ മറ്റൊരു പ്രസിദ്ധ ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രമായ അമ്പലപ്പുഴ ക്ഷേത്രമാണ്. അമ്പലപ്പുഴ അന്ന് തിരുവിതാംകൂറിന്റെ ഭാഗമായിരുന്നു. അതിനാൽ, അങ്ങോട്ട് വിഗ്രഹം കൊണ്ടുപോകുന്നതിന് തിരുവിതാംകൂർ രാജാവിന്റെ അനുമതി വേണമായിരുന്നു. "ധർമ്മരാജ" എന്ന പേരിൽ പ്രസിദ്ധനായ കാർത്തിക തിരുനാൾ രാമവർമ്മയായിരുന്നു അപ്പോഴത്തെ തിരുവിതാംകൂർ രാജാവ്. അമ്പലപ്പുഴയിലേയ്ക്ക് വിഗ്രഹം കൊണ്ടുവരുന്നതിന് അദ്ദേഹം തന്ത്രിയ്ക്കും ഊരാളന്മാർക്കും പൂർണ്ണ അനുമതി നൽകി. തുടർന്ന് ഘോഷയാത്രയായി വിഗ്രഹം അമ്പലപ്പുഴയിലെത്തിച്ചു. അവിടെ ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രത്തിന്റെ തെക്കുഭാഗത്തുള്ള പഴയ ചെമ്പകശ്ശേരി രാജവംശത്തിന്റെ കൊട്ടാരമായിരുന്ന തെക്കേ മഠത്തിൽ പ്രത്യേകം ശ്രീകോവിലും തിടപ്പള്ളിയും കിണറും പണിത് ഗുരുവായൂരപ്പനെ അവിടെ താത്കാലികമായി കുടിയിരുത്തി. ഇന്നും അമ്പലപ്പുഴയിൽ ആ ശ്രീകോവിലും തിടപ്പള്ളിയും കിണറുമെല്ലാമുണ്ട്. പിന്നീട് കുറച്ചുകാലം മാവേലിക്കരയിലെ എണ്ണയ്ക്കാട്ട് കൊട്ടാരത്തിലും ഗുരുവായൂരപ്പനെ കുടിയിരുത്തി. അതിനുശേഷമാണ് വീണ്ടും ഗുരുവായൂരിലേയ്ക്ക് വിഗ്രഹം കൊണ്ടുവന്നത്. ഇതിനിടയിൽ സമീപത്തുള്ള പല ക്ഷേത്രങ്ങളും തകർത്ത് ഗുരുവായൂർ ക്ഷേത്രം ആക്രമിയ്ക്കാൻ വന്ന ടിപ്പുവിന്, ചില ദുർനിമിത്തങ്ങൾ മൂലം ആ പദ്ധതി ഉപേക്ഷിയ്ക്കേണ്ടി വരികയും, പിന്നീട് അദ്ദേഹം ഗുരുവായൂരപ്പന് ചില സമർപ്പണങ്ങൾ നടത്തുകയും ചെയ്യുകയുണ്ടായി.

ഗുരുവായൂരപ്പൻ അമ്പലപ്പുഴയിൽ കുടികൊണ്ടിരുന്ന കാലത്തുണ്ടായ രസകരമായ ചില സംഭവങ്ങൾ കൊട്ടാരത്തിൽ ശങ്കുണ്ണി തന്റെ പ്രസിദ്ധകൃതിയായ ഐതിഹ്യമാലയിൽ കുറിച്ചിട്ടുണ്ട്. "ചില ഈശ്വരന്മാരുടെ പിണക്കം" എന്ന പേരിലുള്ള ലേഖനത്തിലാണ് അദ്ദേഹം ഒരേ ഈശ്വരന്റെ രൂപഭാവങ്ങളായ ഗുരുവായൂരപ്പനും അമ്പലപ്പുഴ കൃഷ്ണനും തമ്മിൽ നടന്നതായി പറയപ്പെടുന്ന വഴക്കിന്റെ കഥ വിവരിയ്ക്കുന്നത്. ആ കഥ ഇങ്ങനെ പോകുന്നു: ഗുരുവായൂരപ്പന്റെ നമസ്കാരസദ്യയ്ക്ക് വിളമ്പുന്ന വിഭവങ്ങൾ മറ്റുള്ള പാത്രങ്ങളിലേയ്ക്ക് മാറ്റുന്ന പതിവില്ല. എന്നാലും സാധാരണയായി അവയ്ക്ക് ക്ലാവുചുവ പിടിയ്ക്കാറുമില്ല. എന്നാൽ, അമ്പലപ്പുഴയിൽ ഭഗവാൻ കുടികൊണ്ട സമയത്ത് സദ്യയ്ക്കുണ്ടാക്കുന്ന കാളൻ മുതലായ കറികളിൽ ക്ലാവുചുവ ഉണ്ടാകുക പതിവായി. ഇത് ഗുരുവായൂരപ്പനോടുള്ള സ്പർദ്ധ നിമിത്തം അമ്പലപ്പുഴ കൃഷ്ണൻ ചെയ്തതാണെന്ന് ഭക്തർ പറഞ്ഞുപരത്തി. കുറച്ചുദിവസം കഴിഞ്ഞപ്പോൾ അമ്പലപ്പുഴയിലെ പ്രസിദ്ധമായ പാൽപ്പായസനിവേദ്യത്തിൽ അട്ടയും പാറ്റയും കൊതുകും മറ്റും ചത്തുവീഴുന്ന സ്ഥിതിയും കാണാനിടയായി. ഇത് ഗുരുവായൂരപ്പന്റെ പ്രതികാരമായും വ്യഖ്യാനിയ്ക്കപ്പെട്ടു. ഗുരുവായൂരപ്പനെ മാവേലിക്കരയിലേയ്ക്ക് മാറ്റുന്നതുവരെ ഇത്തരം പ്രശ്നങ്ങൾ തുടർന്നുകൊണ്ടിരുന്നു.

എങ്കിലും ഗുരുവായൂരപ്പൻ അമ്പലപ്പുഴയിൽ കുടികൊണ്ട കാലം ഇരുക്ഷേത്രങ്ങൾക്കും കൂടുതൽ പ്രശസ്തിയുണ്ടാക്കി. പുതിയ ചില സങ്കല്പങ്ങൾ ഇരുക്ഷേത്രങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പിറവിയെടുക്കുന്നതിന് ഇത് വഴിതെളിച്ചു. അമ്പലപ്പുഴയിൽ ഉച്ചപ്പൂജയ്ക്ക് പാൽപ്പായസം എഴുന്നള്ളിയ്ക്കുന്ന സമയത്ത് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ വടക്കേ നടയ്ക്കുമുകളിൽ ഒരു കൃഷ്ണപ്പരുന്ത് വട്ടമിട്ട് പറക്കുന്നത് കാണാം. ഇത് ഗുരുവായൂരപ്പന്റെ സാന്നിദ്ധ്യമാണെന്ന് ഭക്തർ വിശ്വസിച്ചുവരുന്നു. തന്മൂലം ഗുരുവായൂരിൽ ഉച്ചപ്പൂജ അമ്പലപ്പുഴയിലെ ഉച്ചപ്പൂജയ്ക്ക് മുമ്പ് അവസാനിപ്പിയ്ക്കുകയും അതുകഴിഞ്ഞ ഉടനെ നടയടയ്ക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. ഗുരുവായൂരിലെ ഉച്ചശീവേലി വൈകീട്ട് നടതുറന്ന ശേഷമാണ് നടത്തുന്നത്. മറ്റൊരു ക്ഷേത്രത്തിലും ഈ പ്രത്യേകതയില്ല. 

ഗുരുവായൂരപ്പന്റെ ഐതിഹ്യകഥകൾ
ഗജരാജൻ ഗുരുവായൂർ കേശവൻ അനുസ്മരണം
പള്ളിവേട്ട
ഗുരുവായൂരപ്പനും അമ്പലപ്പുഴ ശ്രീകൃഷ്ണനും