പത്തും പതിനൊന്നും നൂറ്റാണ്ടുകളിൽ മലങ്കര സഭ നെസ്തോറിയമായിരുന്നു എന്ന് പറയുന്നവരുണ്ട്. എന്നാൽ ട്രാവൻ‌കൂർ സ്റ്റേറ്റ് മാനുവൽ പോലെയുള്ള ഗ്രന്ഥങ്ങൾ പറയുന്നത് മലങ്കര സഭ അന്ത്യോക്യ പാത്രിയാർക്കീസിന്റെ കീഴിൽ ആയിരുന്നു എന്നാണ്. പന്ത്രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടിനേക്കുറിച്ച് അറിവ് തരുന്ന ഒരു രേഖയാണ് ആയിരത്തിയൊരുനൂറ്റിത്തൊണ്ണൂറ്റിയൊൻപതിൽ മഹാനായ മിഖായേൽ പാത്രിയാർക്കിസിന്റെ കാലത്ത് ഉണ്ടാക്കപ്പെട്ട ഉണ്ടാക്കപ്പെട്ട സുറിയാനി ബൈബിൾ. ഈ പുസ്തകം പതിനെട്ടാം നൂറ്റാണ്ടിൽ കേരളത്തിൽ വന്ന ക്ലോഡിയസ് ബുക്കാനൻ എന്ന പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് മിഷനറി കൈവശം കൊടുത്തു. ആ പുസ്തകത്തിൽ ദൈവമാതാവായ മറിയാമിന്റെ പെരുന്നാ‍ളിനും മറ്റുമുള്ള പ്രത്യേക ബൈബിൾ വായനകൾ അടയാളപ്പെടുത്തിയിരുന്നു. നെസ്തോറിയർക്ക് മറിയാമിനുള്ള പ്രത്യേക പെരുന്നാളുകൾ ഇല്ല.
പതിമൂന്ന് മുതൽ പതിനഞ്ചാം നൂറ്റാണ്ടുകളെക്കുറിച്ച് തെളിവുകൾ ഒന്നും ഇല്ല. എങ്കിലും മലങ്കര കത്തോലിക്ക സഭയുടെ മോർ ഈവാനിയോസ് മെത്രാപ്പൊലീത്തായുടേയും ഇന്ത്യൻ ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ പൗലോസ് മോർ അത്തനാസ്യോസ് മെത്രാപ്പൊലീത്തായുടേയും അഭിപ്രായത്തിൽ മലങ്കര സഭ ആകമാന സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ കീഴിൽ ആയിരുന്നു.

മലങ്കര സഭ പത്താം നൂറ്റാണ്ട് മുതൽ പതിഞ്ചാം നുറ്റാണ്ട് വരെ
വിശ്വാസസ്വഭാവം
ത്രിത്വം
നെസ്തോറിയ സ്വാധീനം