അരുവിപ്പുറം ക്ഷേത്രത്തെ കേന്ദ്രീകരിച്ച് അവിടത്തെ ഭക്തജനങ്ങളെ ഉൾക്കൊള്ളിച്ചുകൊണ്ട് മുൻപേ നടന്നുവന്നിരുന്ന വാവൂട്ടുയോഗം 1899-ൽ അരുവിപ്പുറം ക്ഷേത്രയോഗം എന്നപേരിൽ പിന്നീട് പുനഃസംഘടിപ്പിക്കപ്പെട്ടു. ഇത് പിന്നീട് 1903 ജനുവരി 7-ന് നാരായണഗുരു പ്രസിഡണ്ടും കുമാരനാശാൻ ജനറൽ സെക്രട്ടറിയുമായി രൂപംകൊണ്ട ശ്രീനാരായണ ധർമപരിപാലന (എസ് എൻ ഡി പി) യോഗമായി മാറി. ഈ സംഘടനയെ മാതൃകാപരമായ ഒരു ജാതിമതാതീത സംഘടനയായി വളർത്തിക്കൊണ്ടുവരികയും സമൂഹത്തെ സർവതോമുഖമായ പുരോഗതിയിലേക്കു നയിക്കുകയും ചെയ്യുകയായിരുന്നു ഗുരുവിന്റെ ലക്ഷ്യം. ആദ്യത്തെ ഏതാനും വർഷങ്ങളിൽ സാമാന്യം ഭേദപ്പെട്ട രീതിയിൽ കാര്യങ്ങൾ മുന്നോട്ടുപോയി. എന്നാൽ യോഗം നേതാക്കളിൽ പലരും അവസരോചിതമായി ഉയർന്നുചിന്തിക്കുകയും പ്രവർത്തിക്കുകയും ചെയ്യാത്തതുമൂലം യോഗവും ഗുരുവും തമ്മിലുള്ള ബന്ധത്തിൽ ക്രമേണ വിടവ് അനുഭവപ്പെട്ടു. തന്റെ ദർശനത്തിന്റെ കാതലായ ഏകജാതിസന്ദേശം താൻ കെട്ടിപ്പടുത്ത സംഘത്തെപ്പോലും ബോധ്യപ്പെടുത്താനാവാത്തതിൽ അദ്ദേഹം ദുഃഖിതനായി. ഒടുവിൽ, 1916 മേയ് 22-ന് നാരായണഗുരു എസ് എൻ ഡി പി യോഗവുമായി തനിക്കുള്ള എല്ലാ ബന്ധങ്ങളും വിച്ഛേദിക്കുന്നതായി കാണിച്ചുകൊണ്ട് ഡോക്ടർ പൽ‌പ്പുവിന് അദ്ദേഹം ഇപ്രകാരം കത്തെഴുതി:

ജനനം, ബാല്യം
എസ്എൻഡിപി
അരുവിപ്പുറം പ്രതിഷ്ഠ
സന്യാസം