1988 ഏപ്രിൽ 4-ന് ഒപ്പുവക്കപ്പെട്ട കരാറനുസരിച്ച് സോവിയറ്റ് സേന അഫ്ഗാനിസ്താനിൽ നിന്നും പിന്മാറാൻ ധാരണയാകുകയും 1988 ഏപ്രിലിൽ ആദ്യഘട്ട സോവിയറ്റ് സേനാപിന്മാറ്റം നടക്കുകയും ചെയ്തു. സേനാപിന്മാറ്റത്തിനു ശേഷം സർക്കാർ നിയന്ത്രണത്തിലുള്ള അഫ്ഗാനിസ്താന്റെ ഭാഗങ്ങളിൽ തിരഞ്ഞെടുപ്പ് നടന്നു. പുതിയ പാർലമെന്റിൽ നജീബുള്ളയുടെ കക്ഷിയായ പി.ഡി.പി.എക്ക് ഭൂരിപക്ഷം നഷ്ടപ്പെട്ടു. അങ്ങനെ 1988 മേയ് 26-ന് സുൽത്താൻ അലി കേഷ്ത്മന്ദിനു പകരം മുഹമ്മദ് ഹസൻ ഷാർഖിനെ പുതിയ പ്രധാനമന്ത്രിയായി നജീബുള്ള നിയമിച്ചു. മുൻപ് പ്രസിഡണ്ട് മുഹമ്മദ് ദാവൂദ് ഖാനു കീഴിൽ ഉപപ്രധാനമന്ത്രിയായിരുന്ന മുഹമ്മദ് ഹസൻ ഷാർഖ്. ഇദ്ദേഹം പി.ഡി.പി.എ. അംഗമായിരുന്നില്ല. നജീബുള്ളയുടെ അധികാരകേന്ദ്രം വ്യാപകമാക്കുന്നതിനായിരുന്നു ഈ നടപടി. ഇതേ വർഷം നവംബറിൽ തന്റെ ആഭ്യന്തരമന്തരമന്ത്രിയും ഖൽഖി വിഭാഗത്തിന്റെ മുതിർന്ന നേതാവുമായിരുന്ന മുഹമ്മദ് ബഷീർ ഗുലാബ്സോയെ മോസ്കോയിലെ സ്ഥാനപതിയാക്കി പറഞ്ഞയക്കുകയും ചെയ്തു.

1988 ഡിസംബറിൽ അഫ്ഗാൻ പ്രതിരോധകക്ഷികളുടെ പ്രതിനിധികൾ പ്രൊഫസർ ബുർഹാനുദ്ദീൻ റബ്ബാനിയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ അഫ്ഗാനിസ്താനിലെ സോവിയറ്റ് സ്ഥാനപതിയായിരുന്നു യൂറി വൊറോണ്ട്സോവുമായി സൗദി അറേബ്യൻ നഗരമായ തൈഫിൽ വച്ച് ഒരു കൂടീക്കഴ്ച നടത്തി. സോവിയറ്റ് സേനാപിന്മാറ്റത്തിനു ശേഷം കാബൂളിലെ പുതിയ സർക്കാരിൽ നജീബുള്ളക്കും അയാളുടെ കക്ഷിക്കും ഒരു സ്ഥാനവും നൽകേണ്ടെന്ന് മുജാഹിദീനുകളും, നൽകണമെന്ന് സോവിയറ്റ് യൂനിയനും ശഠിച്ചതോടെ ഈ ചർച്ച നിഷ്ഫലമായി.

1989 ഫെബ്രുവരിയോടെ സോവിയറ്റ് സേന പൂർണ്ണമായും അഫ്ഗാനിസ്താനിൽ നിന്നും പിന്മാറി. സോവിയറ്റ് സേനയുടെ പിന്മാറ്റത്തോടെ, ഭരണകൂടത്തിന്റെ എല്ലാ മാർക്സിസ്റ്റ് ചിഹ്നങ്ങളും ഒഴിവാക്കിയും വിഭജിച്ച് ഭരിക്കുക എന്ന തന്ത്രമുപയോഗിച്ചും നിലനിൽപ്പിനായുള്ള ശ്രമങ്ങൾ നജീബുള്ള തുടർന്നു.

അനുയായികളുടെ കൂറുമാറ്റം
സോവിയറ്റ് സേനയുടെ പിന്മാറ്റവും തിരഞ്ഞെടുപ്പും
അധികാരം നഷ്ടപ്പെടുന്നു
അന്ത്യം