നെറ്റ്വെയറിന്റെ ഏറ്റവും പ്രശസ്തമായ പതിപ്പായിരുന്നു 1989-ലിറിങ്ങിയ 3.x. ഈ പതിപ്പിൽ 32 ബിറ്റ് പ്രോട്ടക്റ്റഡ് മോഡിന്റെ പിന്തുണയാരംഭിച്ചു. അങ്ങനെ 16 എം.ബി. എന്ന റാം പരിധിയും അവസാനിച്ചു. ഒപ്പം കൂടിയ ശേഷിയുള്ള ഹാർഡ് ഡിസ്കുകൾക്കും പിന്തുണയാരംഭിച്ചു. ഫയൽ അലോക്കേഷൻ ടേബിളും (ഫാറ്റ്), ഡയറക്റ്ററി എൻട്രി ടേബിളും എന്നിവ മൊത്തമായി നെറ്റ്വെയർ മെമ്മറിയിലേക്കെടുക്കുന്നതിനാൽ ഹാർഡ്‌ഡിസ്ക് ശേഷി കൂട്ടുന്നതിന് പ്രൈമറി മെമ്മറി പരിധി കൂടുന്നത് അനിവാര്യമായിരുന്നു.

സോഫ്റ്റ്വെയറിനെ ഘടകങ്ങളായി (modules) തിരിച്ചിരുന്നതിനാൽ നെറ്റ്വെയർ മൂന്നാം പതിപ്പിൽ കാര്യനിർവ്വഹണവും വിപുലീകരണവും എളുപ്പമായിരുന്നു. ഓരോ സെർവർ ധർമ്മങ്ങൾക്കും വേണ്ടുന്ന സോഫ്റ്റ്‌വേർ ഘടകങ്ങളെ തുടക്കത്തിലോ ആവശ്യമുള്ളപ്പോളോ കൂട്ടിച്ചേർക്കാനും ഒഴിവാക്കാനുമുള്ള സൗകര്യം ഇതിലുണ്ടായിരുന്നു. നെറ്റ്വെയർ ലോഡബിൾ മൊഡ്യൂൾ (NLM) എന്നാണ് ഇത്തരം ഘടകങ്ങളെ പറയുന്നത്. നെറ്റ്വെയറിൽ ഉൾപ്പെടുത്താവുന്ന ആന്റി-വൈറസ്, ബാക്കപ്പ്, ഡാറ്റാബേസ്, വെബ് സെർവർ തുടങ്ങിയ സോഫ്റ്റ്വെയറുകൾ ഇത്തരം എൻ.എൽ.എം. ഘടകങ്ങളായാണ് വന്നിരുന്നത്. ‌

നെറ്റ്വെയർ 3.x ൽ ആരംഭിച്ച നെറ്റ്വെയർ ഫയൽസിസ്റ്റം 386 (NWFS 386) തന്നെയാണ് നെറ്റ്വെയർ 5.x പതിപ്പുവരെയും സ്വതേ ഉപയോഗിച്ചിരുന്നത്. ഇതിൽ ഫയലുകൾക്ക് 4 ജി.ബി. വരെ വലിപ്പം സാധ്യമായിരുന്നു. ഡിസ്ക് വോള്യത്തിന്റെ പരമാവധിശേഷി 1 ടി.ബി. ആയി ഉയർത്തുകയും ഇത്തരം വോള്യങ്ങളെ പരമാവധി 16 ഭാഗങ്ങളായി (സെഗ്മെന്റുകൾ) പല ഹാർഡ്‌ഡിസ്കുകളിൽ വ്യാപിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യാമായിരുന്നു. സെർവർ പ്രവർത്തിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കേതന്നെ ഉപയോക്താക്കൾക്ക് ഒരു തടസ്സവും നേരിടാതെ, ഉപയോഗിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുന്ന ഒരു ഡിസ്ക് വോള്യത്തിൽ സെഗ്മെന്റുകൾ കൂട്ടിച്ചേർത്ത് അതിന്റെ ശേഷി വർദ്ധിപ്പിക്കാനും പറ്റുമായിരുന്നു. നെറ്റ്വെയർ ഫയൽ സിസ്റ്റത്തിലെ ഫയലുകളുടെ പേരുകൾ ഡോസ് ശൈലിക്കിണങ്ങുംവിധമായിരുന്നു. സ്വതേ ഫയലിന്റെ പേരിന്റെ പരമാവധി നീളം 8 അക്ഷരങ്ങളും എക്സ്റ്റെൻഷൻ പരമാവധി 3 അക്ഷരങ്ങളുമായിരുന്നു. നീളം കൂടിയ ഫയൽ നാമങ്ങൾക്കുള്ള പിന്തുണയും ഒരു എൻ.എൽ.എം. മൊഡ്യൂൾ ചേർത്ത് ലഭ്യമാക്കാമായിരുന്നു.

ഉപയോക്താക്കളുടെ വിവരങ്ങളും അവർക്കുള്ള ആക്സസ് നിയന്ത്രണങ്ങളും ശേഖരിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് ബൈൻഡറി സെർവീസസ് എന്നൊരു ഡാറ്റാബേസ് ആയിരുന്നു നെറ്റ്വെയർ ഉപയോഗിച്ചിരുന്നത്. ഒന്നിലധികം നെറ്റ്വെയർ സെർവറുകൾ ശൃംഖലയിലുള്ളപ്പോൾ ഉപയോക്താവ് ഓരോ സെർവറിലേക്കും പ്രത്യേകം പ്രത്യേകം ലോഗിൻ ചെയ്യേണ്ടതുണ്ടായിരുന്നു. മാത്രമല്ല ഓരോ സെർവറിനു വേണ്ടിയും പ്രത്യേകം പ്രത്യേകം ഉപയോക്താക്കളേയും അവരുടെ അവകാശങ്ങളും ക്രമീകരിക്കേണ്ടിയിരുന്നു. ഇതിനൊരു പരിഹാരമായി നെറ്റ്വെയർ 3.x-ൽ അവതരിപ്പിക്കപ്പെട്ട ഉൽപ്പന്നമാണ് നെറ്റ്വെയർ നെയിം സെർവീസെസ്. ഉപയോക്താവിന്റെ വിവരങ്ങളും വിവിധ സെർവറുകളിലുള്ള അവരുടെ അവകാശങ്ങളും ഒരുമിച്ച് ഈ സംവിധാനത്തിൽ ശേഖരിക്കപ്പെടുന്നു. 

കുറച്ചുകാലം പോർട്ടബിൾ നെറ്റ്വെയർ എന്ന പേരിൽ നെറ്റ്വെയർ 3-ന്റെ ഒരു ഒ.ഇ.എം. പതിപ്പും നോവെൽ വിപണിയിലിറക്കിയിരുന്നു. ഹ്യൂലറ്റ്-പാക്കാഡ്, ഡി.ഇ.സി., ഡേറ്റ ജനറൽ എന്നീ നിർമ്മാതാക്കളുമായുള്ള പങ്കാളിത്തത്തിലിറക്കിയ ഈ പതിപ്പുകൾ, നെറ്റ്വെയറിന്റെ സോഴ്സ് കോഡ് അവരുടെ യുണിക്സ് ഓപ്പറേറ്റിങ് സിസ്റ്റങ്ങൾക്കായി മാറ്റിയെടുത്തതായിരുന്നു. എങ്കിലും പോർട്ടബിൾ നെറ്റ്വെയർ കാര്യമായി വിറ്റഴിഞ്ഞില്ല.

നെറ്റ്വെയർ 3.x സജീവമായി നിൽക്കുന്ന കാലയളവിൽ, നെറ്റ്വെയർ എസ്.എഫ്.ടി.-III എന്ന പേരിൽ നോവെൽ അതിന്റെ ആദ്യത്തെ ഹൈ-അവൈലബിലിറ്റി ക്ലസ്റ്ററിങ് സംവിധാനം അവതരിപ്പിച്ചു. ഇതിൽ ഒരു നെറ്റ്വെയർ സെർവറിനെ എല്ലായ്പോഴും അതേപടി മറ്റൊരു കമ്പ്യൂട്ടറിലേക്ക് പകർത്തിക്കൊണ്ടിരിക്കും. ഈ രണ്ടു സെർവറുകളും തമ്മിൽ വേഗതയേറിയ (സാധാരണയായി 100 എം.ബി.പി.എസ്.) ഒരു നെറ്റ്വർക്ക് ലിങ്ക് മുഖേന ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കും.
ഈ രണ്ടു സെർവറുകളും, അവ തമ്മിലുള്ള ലിങ്കിന്റെ അനുവദനീയമായുള്ള ദൂരം വരെയുള്ള അകലത്തിൽ സ്ഥാപിക്കാമായിരുന്നു. ഏതെങ്കിലും കാരണവശാൽ ഇതിൽ ഒരു സെർവറോ ഡിസ്കോ തകരാറിലായാൽ ഉപയോക്താക്കൾക്ക് അസൗകര്യമില്ലാതെ ഒരു ചെറിയ ഇടവേളക്കു ശേഷം, ശേഷിക്കുന്ന സെർവർ നിയന്ത്രണം പൂർണ്ണമായും ഏറ്റെടുക്കുമായിരുന്നു.
നെറ്റ്വെയർ 3.x പതിപ്പിന്റെ ആദ്യമിറക്കിയ ക്ലൈന്റ് ടി.എസ്.ആർ. പ്രോഗ്രാമുകൾ 80386 പ്രോസസറുകളിലെ 32 ബിറ്റ് രെജിസ്റ്ററുകളിലെ 16 ഹൈ ബിറ്റുകൾക്ക് മാറ്റം വരുത്തുകയും ഇവ മറ്റൊരു പ്രോഗ്രാമിനും ഉപയോഗിക്കാൻ പറ്റാത്തതാക്കി മാറ്റുകയും ചെയ്തിരുന്നു. ഇത് അബദ്ധത്തിൽ സംഭവിച്ചതാണോ അതോ ഇങ്ങനെത്തന്നെ രൂപകൽപന ചെയ്തതാണൊഎന്നുറപ്പില്ല.

നെറ്റ്വെയർ 41x-ഉം നെറ്റ്വെയർ ഫോർ സ്മോൾ ബിസിനസും
നെറ്റ്വർക്ക് സേവനങ്ങൾക്കായി രൂപകൽപ്പനചെയ്ത നോൺ-പ്രീഎംറ്റീവ് ഓപ്പറേറ്റിങ് സിസ്റ്റം
നെറ്റ്വെയർ 3x
ഡിസ്കിനു പകരം ഫയൽ പങ്കിടുക