ആദ്യ ഘട്ടത്തിൽ പൊന്നാനി അഴിമുഖത്ത് നിർമ്മിക്കപ്പെട്ട നാവിക ആസ്ഥാനം കേന്ദ്രമാക്കിയായിരുന്നു സൈനിക നീക്കങ്ങൾ നടന്നിരുന്നത് കുഞ്ഞാലി കോട്ട എന്നായിരുന്നു ഇവിടം അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്. നാവിക ശേഷി വളർന്നതോടെ പ്രവർത്തനമണ്ഡലം പിന്നീട് കോഴിക്കോട് അളകപുഴ തീരത്തേക്ക് മാറ്റുകയായിരുന്നു. ഇവിടങ്ങൾ കേന്ദ്രീകരിച്ചു കുട്ടി അലി, പാച്ചി മരക്കാർ എന്നിവരോടൊപ്പം രക്തം ത്രസിപ്പിക്കുന്ന സാഹസിക ആക്രമണങ്ങൾ പോർച്ചുഗീസുകാർക്കെതിരെ സംഘടിപ്പിക്കാൻ കുഞ്ഞാലി ഒന്നാമനായിരുന്നു. പീരങ്കിയും ആധുനിക യുദ്ധ സജ്ജീകരണങ്ങളുമായി വരുന്ന വൻ പറങ്കി കപ്പലുകളെ കുട്ട്യാലി മരക്കാരുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള പോർ പറവകൾ എന്ന പരിശീലനം സിദ്ധിച്ച ചെറിയ പോരാട്ട സംഘങ്ങൾ പൊടുന്നനെ വളയുകയും മിന്നലാക്രമണം നടത്തിയ ശേഷം ആഴം കുറഞ്ഞ ഭാഗത്തേക്ക് പെട്ടെന്ന് പിന്തിരിയുകയും ചെയ്യുന്ന സൈനിക തന്ത്രമായിരുന്നു കുഞ്ഞാലി ഒന്നാമൻറെത്. ആധുനിക യുദ്ധ നിരൂപകർ ഹിറ്റ് ആൻഡ് റൺ എന്ന് വിശേഷിപ്പിക്കുന്ന ഈ സൈനിക തന്ത്രം ‘കുഞ്ഞാലി തന്ത്രം’ (Kunhali Tactics) എന്ന പേരിൽ ഇന്ത്യൻ നേവി സിലബസിൽ കുറിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. ഗറില്ല പോരാട്ടം കടലിലേക്ക് വ്യാപിപ്പിച്ചതും മികച്ച സൈനിക തന്ത്രങ്ങളിലൊന്നായിരുന്നു. വലിയ ഹസ്സൻ, പാച്ചി മരയ്ക്കാർ എന്നിവരുടെ കീഴിൽ കടൽ ഗറില്ലകളുടെ പ്രതേക സൈന്യവും കുഞ്ഞാലി ഒന്നാമൻ രൂപീകരിച്ചു. പന്തലായനി തൊട്ട് കണ്ണൂർ വരെയുള്ള തീരങ്ങളിൽ പറങ്കി കപ്പലുകളെ തകർത്ത് മുക്കിയതടക്കമുള്ള ഏറ്റുമുട്ടലുകളിലധികവും അരങ്ങേറിയത് ഇവരുടെ കീഴിലായിരുന്നു. 

പോർച്ചുഗീസ് അധിനിവേശത്തിനെതിരെ നിരവധി യുദ്ധങ്ങളാണ് കുഞ്ഞാലി ഒന്നാമൻറെ നേതൃത്വത്തിൽ അരങ്ങേറിയിരുന്നത്. 1506 ഇൽ പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യത്തിനെതിരെ നടത്തിയ യുദ്ധമാണ് ഇതിൽ പ്രധാനം. സൈനിക തലവൻ ഡൊം ലൊവുറെസോ അൽമേഡയുടെ കപ്പൽ പട വ്യൂഹത്തിനെതിരെയുള്ള അക്രമണത്തിൽ സാമൂതിരിപ്പടയെ സഹായിക്കാൻ തുർക്കി -ഈജിപ്ത്-ഗുജറാത്ത് സുൽത്താന്മാരുടെ സഖ്യസേനയും അണിചേർന്നിരുന്നു. 1506 കണ്ണൂർ യുദ്ധംത്തിൽ വിജയം പോർച്ചുഗീസിനായിരുന്നു. 1507 നവംബർ 14 ന് പൊന്നാനി ആക്രമിച്ച അൽമേഡ കോഴിക്കോട് രാജ്യത്തിനും മാപ്പിളമാർക്കും വ്യാപക നാശ നഷ്ടങ്ങൾ സമ്മാനിച്ചു. ഇതോടെ മാപ്പിള പോരാളികൾ സംഘടിച്ചു പ്രത്യാക്രമണം നടത്തുകയും ഭീകരമായ യുദ്ധത്തിൽ നാശം സംഭവിക്കാൻ തുടങ്ങിയതോടെ പറങ്കി കപ്പലുകൾ കൊച്ചിയിലേക്ക് പിൻവലിഞ്ഞു 

സുൽത്താൻ ഖാനിസുൽ ഗൗരിക്കുള്ള സന്ദേശവുമായി ഈജിപ്തിലേക്കുള്ള സാമൂതിരിയുടെ നയതന്ത്ര സംഘത്തിൽ പ്രതേക ദൂതനെന്ന നിലയിൽ മരക്കാർ ഉണ്ടായിരുന്നു. സാമൂതിരിയുടെ നിർദ്ദേശാനുസരണം സൈനുദീൻ മഖ്ദൂം സുൽത്താൻ കുറി അയക്കുകയും യുദ്ധമന്ത്രി മീർ ഹുസൈൻറെ (ആമിർ ഹുസ്സൈൻ അൽ കുർദി) നേതൃത്വത്തിൽ 13 കപ്പൽ നിറയെ 1500 മിസ്ർ ഭടന്മാർ കോഴിക്കോടും, പൊന്നാനിയിലും തമ്പടിക്കുകയും പോർച്ചുഗീസ് വിരുദ്ധ പോരാട്ടത്തിന് പിന്തുണയേകുകയുമുണ്ടായി. അറബ് സൈന്യം കോഴിക്കോട് ചരക്ക് കപ്പലുകൾക്ക് സുരക്ഷ നൽകുകയും അക്രമണത്തിനൊരുങ്ങിയ പോർച്ചുഗീസ് കപ്പൽ പിടിച്ചെടുക്കുകയും ചെയ്തു. 

മലയാള തീരങ്ങളിൽ തിരിച്ചടികൾ ശക്തമായതോടെ ഗുജറാത്ത് രാജ്യ തീരങ്ങളിലേക്ക് സ്ഥാനമാറ്റം നടത്തിയ പോർച്ചുഗീസ് സൈനിക കപ്പലുകളെ ഗുജറാത്ത് സുൽത്താനേറ്റിന്റെ തെക്ക് ഭാഗത്തുള്ള ചൗൾ ദ്വീപിലേക്ക് നൂറിലേറെ പോർ നൗകകളിലായി കടന്നു ചെന്ന കുഞ്ഞാലിയുടെ സൈന്യം ആക്രമിച്ചു. മിസ്ർ സൈന്യവുമായി ചേർന്ന് കോഴിക്കോട് സൈന്യം ചേർന്ന് നടത്തിയ ഈ ഉഗ്രപോരാട്ടം പറങ്കികളെ തീർത്തും നാമാവശേഷമാക്കി. ഇതോടെ ഇന്ത്യൻ മഹാസമുദ്രത്തിലെ പോർച്ചുഗീസ് ആക്രമണങ്ങൾക്ക് തൽക്കാലം വിരാമമായി. 
1508 മാർച്ചിലാണ് ഈ മഹായുദ്ധം നടന്നത്. കെയ്റൊ സുൽത്താന്റെയും, ഗുജറാത്ത് സുൽത്താന്റെയും സാമൂതിരിയുടെ കുഞ്ഞാലി സൈന്യവും, പോർച്ച്ഗീസ് വൈസ്രോയിയുടെ മകൻ നയിച്ച കപ്പൽ പടയുമായി ഏറ്റുമുട്ടി. മായമാമ മരയ്ക്കാർ ഉൾപ്പെടെയുള്ള പോരാളികളുൾപ്പടെ നൂറ് ഓടങ്ങളിലായിരുന്നു മരയ്ക്കാർ സൈന്യവിന്യാസം. അതിരൂക്ഷമായ യുദ്ധത്തിൽ പോർച്ചുഗീസ് കപ്പൽപ്പട പാടെ തറപറ്റുകയും സൈന്യാധിപൻ ലോറൻസോ അൽമേഡ കൊലപ്പെടുകയുമുണ്ടായി. ചൗൾ യുദ്ധം 1508 മരയ്ക്കാർ സേനയുടെ കീർത്തി വർദ്ധിപ്പിച്ച പോരാട്ടം കൂടിയായിരുന്നു.ഈ യുദ്ധ വിജയം കോഴിക്കോടിന് അഭിമാന മുഹൂർത്തമായി മാറി. കോഴിക്കോട് ഈജിപ്ത്, ഗുജറാത്ത് സുൽത്താനേറ്റ് സൈനിക കൂട്ടുകെട്ടിനും ഇത് വഴിയൊരുക്കി
1509 ഇൽ സാമൂതിരി രാജ്യത്തെ ആക്രമിച്ച് കീഴടക്കാനുള്ള പോർച്ചുഗീസ് നീക്കത്തെ മരയ്ക്കാർ സൈന്യം വിഫലമാക്കി. ആ വർഷം തന്നെ 1509 ഡോൺ ഫാൻസ്കോയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ 18 കപ്പലുകളിൽ ആയുധക്കൂമ്പാരങ്ങളുമായി 1200 പോർച്ചുഗീസ് സൈനികർ ഡ്യൂവിലെത്തി. ഡ്യു യുദ്ധം (1509) മരയ്ക്കാർ സൈന്യത്തിനും സഖ്യത്തിനും കനത്ത നാശം സമ്മാനിച്ചു. 
ഡ്യൂ ഗവർണ്ണറുടെ കൂറ് മാറ്റത്തെ തുടർന്ന് ഈ യുദ്ധത്തിൽ മിസ്ർ സേന ഒറ്റപ്പെടുകയും തുടർന്ന് പിൻവാങ്ങുകയുമുണ്ടായി. പോരാട്ടത്തിൽ ഇരു പക്ഷത്തിനും വിജയമുണ്ടായില്ലെങ്കിലും ഗുജറാത്ത് സുൽത്താനുമായുള്ള അഭിപ്രായ വ്യത്യാസത്തെ തുടർന്ന് യുദ്ധം നിർത്തി ഈജിപ്ത് -മരക്കാർ സൈനികർ തങ്ങളുടെ നാടുകളിലേക്ക് മടങ്ങുകയാണുണ്ടായത് 

ജീവചരിത്രം
പോരാട്ടങ്ങൾ
അവസാന ഘട്ട പോരാട്ടങ്ങൾ
ആക്രമണ പരമ്പരകൾ