നദീ സംയോജനപദ്ധതിയെ അനുകൂലിക്കുന്നവർ പറയുന്നത് അധികജലം തിരിച്ചു വിടുന്നത് രാജ്യത്തെ വിവിധ ഭാഗങ്ങളിലെ വരൾച്ചയും വെള്ളപ്പൊക്കവും തടയുന്നതിന് നല്ലതെന്നാണ്. എന്നാൽ, കടലിലേക്ക് ശുദ്ധ ജലമൊഴുകുന്നത് തടയുന്നതാണ് പദ്ധതിയെന്ന് പരിസ്ഥിതി പ്രവർത്തകർ കുറ്റപ്പെടുത്തുന്നു. കടലിലെ മത്സ്യസമ്പത്തിനെ പ്രതികൂലമായി ബാധിക്കുന്നതാണ് പദ്ധതിയെന്നും അവർ കുറ്റപ്പെടുത്തുന്നു. നദികളിൽ അധികജലമുണ്ടെന്ന തെറ്റായ ധാരണയാണ് പദ്ധതിക്ക് പിറകിലെന്ന് പ്രശസ്ത പരിസ്ഥിതി പ്രവർത്തക വന്ദന ശിവ ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നു. അധികമെന്നോ കമ്മിയെന്നോ നദികളിലെ ജലത്തെക്കുറിച്ച് പറയാൻ പറ്റില്ല. നദീതടങ്ങളുടെ പരിസ്ഥിതി കാത്തുസൂക്ഷിക്കുന്നിടങ്ങളിൽ നദികൾ 'ജീവിക്കുന്നു'. ബാക്കിയുള്ളവ 'മരിക്കും' അവർ പറയുന്നു.. 70 മുതൽ 100 കൊല്ലങ്ങൾക്കിടയിൽ നദികളുടെ ഗതി മാറുമെന്ന് പരിസ്ഥിതി പ്രവർത്തകർ മുന്നറിയിപ്പ് നൽകുന്നു. ഇന്ന് നദികൾ ബന്ധിപ്പിച്ചാലും നൂറു കൊല്ലം കഴിയുമ്പോൾ അവയുടെ ഗതിമാറ്റത്തെ തടയാൻ കഴിയില്ല. അതോടൊപ്പം, പദ്ധതി നടപ്പാക്കുന്നതിന് വൻതോതിൽ ജനങ്ങളെ കുടിയിറക്കേണ്ടി വരുമെന്നും പരിസ്ഥിതി പ്രവർത്തകർ കുറ്റപ്പെടുത്തുന്നു. 
വിവിധ വാദഗതികൾ
പദ്ധതിയുടെ പുനർ ജനനം
സുപ്രീം കോടതി അനുമതി
കേരളത്തിന്റെ നിലപാട്