അമിനോ അമ്ലങ്ങളെ പല തരത്തിൽ വർഗീകരിക്കാം. അമിനൊ ഗ്രൂപ്പുകളുടേയും അമ്ല ഗ്രൂപ്പുകളുടേയും സംഖ്യകളെ ആസ്പദമാക്കി വർഗീകരിക്കുന്നതാണ് സാധാരണ സമ്പ്രദായം. രണ്ടു ഗ്രൂപ്പുകളും ഓരോന്നുവീതം ഉള്ള അമിനോ അമ്ലങ്ങളെ ഉദാസീനങ്ങൾ (neutral) എന്നും, അമ്ല ഗ്രൂപ്പ് അമിനൊ ഗ്രൂപ്പിനെക്കാൾ അധികമുള്ളവയെ അസിഡികങ്ങൾ (acidic) എന്നും അമിനൊ ഗ്രൂപ്പ് ആസിഡ് ഗ്രൂപ്പിനേക്കാൾ അധികമുള്ളവയെ ബേസികങ്ങൾ (basic) എന്നും മൂന്നായി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു. നവീന രീതിയിലുള്ള വർഗീകരണത്തിൽ അമിനോ അമ്ലങ്ങളെ ആലിഫാറ്റിക, ആരൊമാറ്റിക, ഹെറ്ററൊസൈക്ലിക എന്നിങ്ങനെ മൂന്നു തരമായി തിരിച്ചിട്ടുണ്ട്. ഓരോ ഇനത്തിലും ഉപവിഭാഗങ്ങളുമുണ്ട്. ആദ്യത്തെ രീതിയനുസരിച്ചു പ്രോട്ടീൻ-ലഭ്യങ്ങളായ അമിനോ അമ്ലങ്ങളെ മൂന്നായി തരംതിരിച്ചു ഒരു പട്ടിക താഴെ കൊടുത്തിരിക്കുന്നു:

ലൈസിൻ
ഓർനിഥൈൻ
വർഗീകരണം
ട്രിപ്റ്റൊഫാൻ