1795 ഒക്ടോബർ 20-ന് ബ്രിട്ടീഷുകാർ ഡച്ചുകാരിൽ നിന്നും പ്രദേശത്തിന്റെ നിയന്ത്രണം പിടിച്ചെടുത്തുവെങ്കിലും ഈ പള്ളി കൈവശം വയ്ക്കാൻ ബ്രിട്ടീഷുകാർ ഡച്ചുകാർക്ക് അനുമതി നൽകി. 1804-ൽ ഡച്ചുകാർ ആംഗ്ലിക്കൻ സഭയ്ക്ക് ഈ പള്ളി സ്വമനസാലെ വിട്ടുകൊടുത്തു. ഇത് ഇന്ത്യൻ സർക്കാരിന്റെ എക്ലസ്റ്റിയാക്കൽ ഡിപ്പാർട്ടുമെന്റിന്റെ കീഴിൽ കൊണ്ടുവരപ്പെട്ടു. ആംഗ്ലിക്കന്മാർ പള്ളിയുടെ കാവൽപിതാവായി വിശുദ്ധ ഫ്രാൻസിസിനെ സ്വീകരിച്ചുവെന്നാണ് വിശ്വാസം.

1816-ൽ റവ. തോമസ് നോർട്ടൺ കൊച്ചി സന്ദർശിച്ചപ്പോൾ ഈ പള്ളിയുടെ ശോച്യാവസ്ഥ കാണുകയും അറ്റകുറ്റപ്പണികൾ ചെയ്യിപ്പിച്ച് ബിഷപ്പ് മിഡിൽട്ടണിനെക്കൊണ്ട് ഒരു കൺഫർമേഷൻ സർവീസ് നടത്തിക്കുകയും ചെയ്തുവത്രേ. ഇതിനു ശേഷം കഴിവുള്ള ധാരാളം ചാപ്ലൈന്മാർ ഇവിടെ ജോലി ചെയ്തിരുന്നതായി പ്രസ്താവിക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. കോട്ടയം സി.എം.എസ്. കോളേജിന്റെ വൈസ് പ്രിൻസിപ്പളായിരുന്ന റെവ.ബ്രാഗ്ഷാ ആയിരുന്നു ബ്രിട്ടീഷുകാരുടെ കീഴിൽ ഇവിടുത്തെ അവസാന ചാപ്ലിൻ. 

1923 ഏപ്രിലിൽ പള്ളിയെ പ്രൊട്ടക്റ്റഡ് മോണ്യുമെന്റ്സ് ആക്ട് (1904) പ്രകാരം സംരക്ഷിത സ്മാരകമായി പ്രഖ്യാപിച്ചു. ഇപ്പോൾ ഇത് ആർക്കിയോളജിക്കൽ സർവേ ഓഫ് ഇന്ത്യയുടെ കീഴിലുള്ള സംരക്ഷിത സ്മാരകമാണ്.

ബ്രിട്ടീഷുകാർ
ചർച്ച് ഓഫ് സൗത്ത് ഇന്ത്യ
പോർച്ചുഗീസുകാർ
വാസ്കോ ഡ ഗാമ