ഹരിഹരപുത്രനും താരകബ്രഹ്മസ്വരൂപനുമായ അയ്യപ്പസ്വാമി നാലമ്പലത്തിനുപുറത്ത് തെക്കുപടിഞ്ഞാറുഭാഗത്ത് പ്രത്യേക ശ്രീകോവിലിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിയ്ക്കുന്നു. പ്രധാനക്ഷേത്രത്തിൽ നിന്ന് 50 അടി താഴ്ചയിലാണ് അയ്യപ്പസ്വാമിയുടെ ക്ഷേത്രം കാണപ്പെടുന്നത്. അതുകൊണ്ടുതന്നെ ഈ പ്രതിഷ്ഠ 'കുണ്ടിലയ്യപ്പൻ' എന്നറിയപ്പെടുന്നു. ഒന്നരയടി ഉയരം വരുന്ന, ഇരിയ്ക്കുന്ന രൂപത്തിലുള്ള ശിലാവിഗ്രഹത്തിന് പക്ഷേ, ശബരിമലയിലെ വിഗ്രഹത്തിൽ നിന്ന് കാര്യമായ വ്യത്യാസമുണ്ട്. അയ്യപ്പസ്വാമിയോടൊപ്പം അതേ പീഠത്തിൽ ശ്രീമഹാദേവനും പാർവ്വതീദേവിയുമുണ്ട്. ഇത്തരത്തിലൊരു പ്രതിഷ്ഠ ഇവിടെ മാത്രമേയുള്ളൂ. ഉത്സവക്കാലത്ത് വില്വാദ്രിനാഥന്റെ അരിയെഴുന്നള്ളിപ്പ് പുറപ്പെടുന്നത് കുണ്ടിലയ്യപ്പൻ ക്ഷേത്രത്തിൽ നിന്നാണ്. മണ്ഡലകാലത്ത് ഭക്തർ മാലയിടുന്നതും കെട്ടുനിറയ്ക്കുന്നതും ഇവിടെത്തന്നെയാണ്. നീരാജനം, നെയ്യഭിഷേകം, അഷ്ടാഭിഷേകം, പുഷ്പാഭിഷേകം തുടങ്ങിയവയാണ് അയ്യപ്പസ്വാമിയ്ക്ക് പ്രധാന വഴിപാടുകൾ.

പാർവ്വതി
ശ്രീകോവിലുകൾ
ശിവൻ
അയ്യപ്പൻ