ഹൈപ്പോതലാമസ്സിൽ നാഡീകോശങ്ങൾ അഥവാ ന്യൂറോണുകളുടെ കോശശരീരഭാഗം ഒരു ആവരണത്താൽ പൊതിഞ്ഞ് ഗോളാകൃതിയിലോ മറ്റോ സൂക്ഷിക്കുന്നതാണ് ന്യൂക്ലിയസ്സുകൾ. നാഡീയമായും അന്തഃസ്രാവീയമായും ഇവയ്ക്ക് പ്രവർത്തനവൈദഗ്ദ്ധ്യമുണ്ട്. ഹൈപ്പോതലാമസ്സിൽ പതിനൊന്നിലധികം ന്യൂക്ലിയസ്സുകളുണ്ട്. ഹൈപ്പോതലാമസ്സിൽ ഇവ കാണപ്പെടുന്ന പ്രധാന ഭാഗത്തിനും (Region) സൂക്ഷ്മഭാഗത്തിനും (Area) അനുസരിച്ചാണ് ഇവയ്ക്ക് നാമകരണം ചെയ്യാറുള്ളത്. 

ഹൈപ്പോതലാമിക് ന്യൂക്ലിയസ്സുകൾ താഴെത്തന്നിരിക്കുന്നു:
ന്യൂക്ലിയസ്സുകൾ
ലിംബിക് സിസ്റ്റവുമായുള്ള ബന്ധം
ആഹാരമെടുക്കലിലുള്ള പങ്ക്
ജലപുനരാഗിരണവും ജലസംതുലനവും