കൊട്ടാരക്കരത്തമ്പുരാൻ വർഷം തോറും ആര്യങ്കാവ് ശ്രീധർമ്മശാസ്താക്ഷേത്രത്തിൽ പോകുക പതിവായിരുന്നു. പിന്നീട് കൊട്ടാരക്കരയിൽ നിന്ന് ആര്യങ്കാവിലേക്ക് പോകുന്നത് ബുദ്ധിമുട്ടാവുകയും അതിന് പരിഹാരമായി മഹാരാജാവ്, ധർമ്മശാസ്താവിന്റെ ചീന്മുദ്രാങ്കിത യോഗാസനത്തിലുള്ള ഒരു പഞ്ചലോഹവിഗ്രഹം നിർമ്മിക്കുകയും, രാജ്യകാര്യങ്ങൾക്കുവേണ്ടി എവിടെ പോയാലും കൂടെക്കൊണ്ടുപോകുകയും ചെയ്തിരുന്നു. ഈ വിഗ്രഹം വിധിപ്രകാരം പ്രതിഷ്ഠിക്കണം എന്ന് ആഗ്രഹിക്കുകയയും അതിനനുയോജ്യമായ സ്ഥലം ബ്രാഹ്മണർ വസിക്കുന്ന പനയഞ്ചേരി ആണെന്ന് കാണുകയും അവിടെ ക്ഷേത്രം പണിഞ്ഞ് വിഗ്രഹം സ്ഥാപിക്കുകയും ചെയ്തു. 

തിരുവിതാംകൂർ രാജവംശത്തിലെ എളയിടത്ത് സ്വദേശത്തു(ഇളയിടത്ത് സ്വരൂപം) പെട്ടിരുന്ന പ്രദേശങ്ങളാണ് നെടുമങ്ങാട്, പത്തനാപുരം, കൊട്ടാരക്കര, ചെങ്കോട്ട എന്നീ പ്രദേശങ്ങൾ. ഈ സ്വരുപത്തിന്റെ ആസ്ഥാനം ആദ്യകാലത്ത് കുന്നുംമേലും, പിന്നീട് കൊട്ടാരക്കരയിലേക്കും മാറ്റി. കൊട്ടാരക്കരത്തമ്പുരാന്റെ ഭരണപ്രദേശമായിരുന്നു അഞ്ചൽ. 

പ്രസിദ്ധനായ മാർത്താണ്ഡവർമ്മ മഹാരാജാവ് കൊട്ടാരക്കരത്തമ്പുരാനെ ചതുരംഗകളിയിൽ പരാജയപ്പെടുത്തി. ഉച്ചഭക്ഷണത്തിന് സമയമായിട്ടും കളി തീരാതെ വന്നപ്പോൾ ഒരു വലിയ വാർപ്പ് ചതുരംഗപലകയ്ക് മുകളിൽ കമഴ്ത്തി കളിതാല്ക്കാലികമായി അവസാനിപ്പിച്ചു. മാർത്താണ്ഡവർമ്മയുടെ വലംകൈ ആയിരുന്ന രാമയ്യൻ ദളവ പന്തികേടുണ്ടെന്ന് കണ്ട് അനന്തപുരിയിൽ നിന്ന് അതിവേഗം കൊട്ടാരക്കര കൊട്ടാരത്തിലെ കളിസ്ഥലത്തെത്തി. തുടർന്ന് അദ്ദേഹം ചതുരംഗപലകയ്ക്ക് മുകളിൽ കമഴ്ത്തിയ വാർപ്പ് പൊക്കുകയും തിരിച്ചു വരുകയും ചെയ്തു. ഉച്ചയൂണ് കഴിഞ്ഞെത്തിയ മഹാരാജാവ് രാമയ്യനെ കണ്ടപ്പോൾ വിവരമെന്തെന്നു ചോദിച്ചു. ആനക്കൊട്ടിലിലെ ബാലകൃഷ്ണൻ അപകടകാരിയെന്നു പറഞ്ഞു. രാജാവിന് കാര്യം പിടികിട്ടുകയും കരു നീക്കി കളി ജയിക്കുകയും ചെയ്തു. കൊട്ടാരക്കര ദേശം തിരുവിതാംകൂറിനോട് ഏകോപിപ്പിച്ചു. കൊട്ടാരക്കരത്തമ്പുരാന്റെ പ്രത്യേക അപേക്ഷ പ്രകാരം അഞ്ചൽ ധർമ്മശാസ്താവിന് പൂജയും വിളക്കും ബ്രാഹ്മണ സദ്യയും രാജകുടുംബം ഉള്ളിടത്തോളം കാലം നിലനിർത്തണമെന്ന് മാർത്താണ്ഡവർമ്മരാജാവ് കല്പിച്ചു,അങ്ങനെ ക്ഷേത്രം തിരുവിതാംകൂർ ദേവസ്വം വകുപ്പിന് കീഴിലായി. പിന്നീട് ദേവസ്വം കമ്മീഷണറായിരുന്ന കോയിക്കൽ തമ്പുരാൻ ക്ഷേത്രം പുനർ നിർമ്മിക്കാൻ ഉത്തരവിടുകയും ചെയ്തു.
കോട്ടാരക്കര തമ്പുരാന്റേതെന്നും കരുതപ്പെടുന്ന വാളും പരിചയും ഇന്നും ക്ഷേത്രത്തിൽ സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു. മകരമാസത്തിലെ ഉത്രം നാളിന് ഏഴു നാൾ മുമ്പ് ക്ഷേത്രത്തിൽ ഉത്സവത്തിന്കൊടിയേറുന്നു. അന്നു മുതൽ ഊട്ടു തുടങ്ങുന്നു എന്നാണ് വിശ്വാസം . അന്ന് ഉണ്ണിയപ്പം വാർത്ത് പ്രസാദമായി കരക്കാർക്ക് നൽകുന്നു. പണ്ട് കൊടിയേറ്റിനുശേഷം ഏഴു ദിവസം ബ്രാഹ്മണർക്ക് സദ്യകൊടുക്കുന്ന പതിവുണ്ടായിരുന്നു. 
ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഘടന
ഐതിഹ്യം
വഴിപാടുകൾ
പ്രത്യേകതകൾ