നാവിക സേനയുടെ ഓരോ ഘടകങ്ങളുടെയും ചാർജ് വഹിക്കുന്നതിന് പ്രത്യേകമായി ഡയറക്ടർമാർ ഉണ്ട്. ഇതിനും പുറമെ വിവിധ നേവൽ കമാൻഡുകളുടെ ഭരണ നിർവഹണത്തിനായി ഫ്ലാഗ്ആഫീസർ കമാൻഡിങ് ചീഫ്മാരെയും നിയോഗിച്ചിട്ടുണ്ട്. ഒട്ടാകെ മൂന്നു നേവൽ കമൻഡുകളാണുള്ളത്; വെസ്റ്റേൺ, ഈസ്റ്റേൺ, സതേൺ എന്നിവ. ഫ്ലാഗ് ആഫീസർ കമാൻഡിങ് ചീഫ്മാരുടെ കീഴിൽ ഭരണപരവും യുദ്ധതന്ത്ര പരവുമായ ചുമതലകൾ വഹിക്കുന്നതിന് റീർ അഡ്മിറൽമാരും ഉണ്ട്.

വിദേശങ്ങളുമായി നയതന്ത്രരംഗത്ത് പ്രവർത്തിക്കുന്നതിന് നേവൽ ഉപദേഷ്ടാക്കളെയും അറ്റാഷേകളെയും സുഹൃദ്രാഷ്ട്രങ്ങളിലെ നാവിക സേനയ്ക്കു പരിശീലനം നൽകുന്നതിന് ട്രെയിനിങ് ആഫീസർമാരെയും നിയോഗിക്കുന്ന പതിവുണ്ട്.

ശാഖകൾ
എക്സിക്യൂട്ടീവ്
നാവികശക്തി
പ്രിൻസിപ്പൽ സ്റ്റാഫ് ആഫീസർമാർ