നിസ്സഹകരണ-ഖിലാഫത്ത് പ്രസ്ഥാനങ്ങളുടെ വളർച്ചയോട് കൂടി രാഷ്ട്രീയ കാര്യങ്ങളിൽ അദ്ദേഹത്തിന് താല്പര്യം ജനിക്കാൻ തുടങ്ങി.. ഏതാണ്ട് ഇക്കാലത്താണ് കോഴിക്കോട് നിന്നും കെ.പി. കേശവമേനോന്റെ പത്രാധിപത്യത്തിൽ മാതൃഭൂമി ത്രൈവാരികയായി പുറത്തു വരാൻ തുടങ്ങിയത്. ആ വാരികയിലൂടെ അദ്ദേഹം ലോകത്തേയും പ്രത്യേകിച്ച് കേരളത്തേയും നോക്കിക്കണ്ടു. ലോകമാന്യ എന്ന രാഷ്ട്രീയ വാരികയിൽ പത്രാധിപരായിരുന്നത് അദ്ദേഹത്തിന്റെ ബന്ധു കുറൂർ നീലകണ്ഠൻ നമ്പൂതിരിയായിരുന്നു. അധികാരികൾ അദ്ദേഹത്തെ ജയിലിൽ അടച്ചപ്പോൾ ശങ്കരന് അദ്ദേഹത്തോട് ആരാധന തോന്നി. 1923-ൽ പതിന്നാലാം വയസ്സിൽ നമ്പൂതിരി യോഗക്ഷേമസഭയുടെ വള്ളുവനാട് ഉപസഭയുടെ സെക്രട്ടറിയായതാണ് സാമൂഹ്യ രംഗത്ത് ആദ്യത്തെ കാൽ വയ്പ്. നമ്പൂതിരിമാർക്കിടയിലെ സാമുദായിക പരിഷ്കരണ പ്രസ്ഥാനമായ യോഗക്ഷേമ സഭയുടെ ഭാരവാഹികളിലൊരാളായിത്തീർന്നു അദ്ദേഹം. യോഗക്ഷേമ സഭയുടെ പ്രവർത്തനങ്ങൾക്കു വേണ്ടിയാണ് താൻ പേനയും പെൻസിലും എടുത്തതെന്ന് അദ്ദേഹം തന്നെ പിൽക്കാലത്ത് രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.

സ്കൂൾ പഠനകാലത്ത് രാഷ്ട്രീയത്തിലുള്ള അഭിനിവേശം നിമിത്തം അന്ന് ചെന്നൈയിൽ വച്ച് നടന്ന ഇന്ത്യൻ നാഷണൽ കോൺഗ്രസ്സ് സമ്മേളനത്തിൽ പങ്കെടുത്തു. സൈമൺ കമ്മീഷനെതിരെയുള്ള ആഹ്വാനങ്ങൾ ഉയർന്ന കാലം ആയിരുന്നു അത്. ഇതിനുശേഷം രണ്ടു മാസം കഴിഞ്ഞ് പയ്യന്നൂർ വച്ച് കേരള സംസ്ഥാനത്തെ രാഷ്ട്രീയ സമ്മേളനം ജവഹർലാൽ നെഹ്രുവിന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ നടന്നു. അതിൽ വച്ച് മിതവാദികൾ സ്വരാജ് മതിയെന്നും തീവ്രവാദികൾ പൂർണ്ണസ്വാതന്ത്ര്യം വേണമെന്നും പറഞ്ഞുണ്ടായ വാദ പ്രതിവാദങ്ങൾ അദ്ദേഹത്തിനെ സജീവ രാഷ്ട്രീയത്തിലേയ്ക്ക് വലിച്ചിഴച്ചു. സൈമൺ കമ്മിഷനെതിരായ പ്രതിഷേധത്തിന്റെ ഭാഗമായി നാട്ടിലെമ്പാടും വിദ്യാർത്ഥികൾ ക്ലാസുകൾ ബഹിഷ്കരിച്ചപ്പോഴും വിദ്യാർത്ഥിയായിരുന്ന ഇ എം എസ് അതിൽ പങ്കാളിയായില്ല. ഈ ഭീരുത്വം പിൽക്കാലത്ത് മനസ്സിനെ മഥിച്ചതും നിയമലംഘന പ്രസ്ഥാനത്തിൽ പങ്കെടുക്കാൻ കോഴിക്കോട്ടേക്കു വണ്ടികയറുന്നതിനു കാരണമായെന്നു ജീവചരിത്രകാരനായ അപ്പുക്കുട്ടൻ വള്ളിക്കുന്ന് അഭിപ്രായപ്പെടുന്നു.
ഇതേ സമയത്ത് നമ്പൂതിരി യോഗക്ഷേമ സഭയുടെ യുവജന വിഭാഗത്തിലിരുന്നു കൊണ്ട് സാമൂഹിക പരിവർത്തനത്തിനായി അദ്ദേഹം ശ്രമിച്ചു. 'പാശുപതം' എന്ന വാരികയിൽ നമ്പൂതിരി നിയമം പരിഷ്കരിച്ച് കുടുംബസ്വത്തിൽ കാരണവർക്കുള്ള അധികാരം കുറച്ച് മറ്റുള്ളവർക്കും മാന്യമായി ജീവിക്കാൻ അവസരം ഉണ്ടാവണമെന്ന് അദ്ദേഹം ശക്തിയായി വാദിച്ചു. അങ്ങാടിപ്പുറം സ്കൂളിനടുത്ത് സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ട ഗ്രന്ഥശാലയിലെ സ്ഥിരം സന്ദർശകനായി അദ്ദേഹം.
പ്രധാന കൃതികൾ
സാമൂഹ്യ-രാഷ്ട്രീയരംഗത്ത്
വിദ്യാഭ്യാസം
കുടുംബജീവിതം