റോമിലെ ദൗത്യത്തിനൊടുവിൽ ജോസെഫസ് യെരുശലേമിൽ മടങ്ങിയെത്തിയത് റോമൻ ആധിപത്യത്തിനെതിരെയുള്ള യഹൂദജനതയുടെ കലാപത്തിന്റെ തുടക്കത്തിലായിരുന്നു. പുരോഹിത-ഉപരിവർഗ്ഗ വിഭാഗങ്ങളിൽ പെട്ട മറ്റുള്ളവരെപ്പോലെ ജോസെഫസും ആദ്യം ആ കലാപത്തിൽ നിന്നു അകന്നുനിന്നു. എന്നാൽ ക്രമേണ ഭാഗ്യം യഹൂദരുടെ രാഷ്ട്രീയാഭിലാഷങ്ങളെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നുവെന്ന് തോന്നിയപ്പോൾ അദ്ദേഹവും ഉപരിവർഗ്ഗത്തിലെ ഇതരരും നിലപാട് മാറ്റി. യെരുശലേമിലെ സൻഹെദ്രിൻ അദ്ദേഹത്തെ ഉത്തരഭാഗത്ത് ഗലീലയിലെ യഹൂദപ്പോരാളികളുടെ തലവനായി അവിടേയ്ക്കയച്ചു. ഗലീലയിലെ യഹൂദകൃഷീവലന്മാരും മറ്റും ചേർന്ന് സംഘടിപ്പിച്ചിരുന്ന സ്വകാര്യസേനയുടെ നേതാവായ യോഹന്നാൻ ഗിസ്ച്ചലയുമായുള്ള ജോസെഫസിന്റെ അകൽച്ച യഹൂദർക്ക് ബലക്ഷയമായി. അന്ത്യോഖ്യയിൽ നിന്ന് മുന്നേറിവന്ന റോമൻ സൈന്യാധിപൻ വെസ്പേഷ്യന്റെ സേനയോട് എതിർത്തു നിൽക്കാൻ അവർക്ക് കരുത്തുണ്ടായില്ല. ഗലീലയിലെ തന്ത്രപ്രാധാനമായ സെപ്പോറിസ് നഗരം എളുപ്പത്തിൽ സൈന്യത്തിന് കീഴടങ്ങി. ക്രി.വ. 67-ലെ വസന്തകാലത്ത് ജോത്തപാത്തയിലെ കോട്ടയിൽ അഭയം തേടിയ ജോസെഫസിനേയും കൂട്ടാളികളേയും സൈന്യം വളഞ്ഞു. കീഴടങ്ങുകയലാതെ അവർക്ക് വഴിയില്ലെന്നായി. എന്നാൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ കുടെയുണ്ടായിരുന്ന പോരാളികളിൽ പലർക്കും അതിന് സമ്മതമല്ലായിരുന്നു. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ നിന്നുള്ള തന്റെ രക്ഷപെടലിനെക്കുറിച്ച് ജോസെഫസ് പറയുന്നത് സങ്കീർണ്ണവും വിചിത്രവുമായ ഒരു കഥയാണ്. നാല്പതോളം വരുന്ന പോരാളികൾ പരസ്പരം കൊന്ന് ആത്മഹത്യ ചെയ്യാൻ തീരുമാനിച്ചെന്നും നാല്പതുപേരിൽ ബാക്കിയായ അദ്ദേഹവും മറ്റൊരാളും സൈന്യത്തിനു കീഴടങ്ങിയെന്നുമാണ് ആ കഥയുടെ ചുരുക്കം.

ആത്മകഥ
ജീവിതം
റോമൻ പക്ഷത്ത്
യുദ്ധം