നിരവധി ഐതിഹ്യ കഥകളാൽ സമ്പന്നമാണ് ചെങ്ങന്നൂർ ക്ഷേത്രം. ശിവപാർവ്വതീ വിവാഹവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഒരു കഥയാണ് അവയിൽ ഏറ്റവും പ്രസിദ്ധം. അതിങ്ങനെ:

പാർവ്വതീപരമേശ്വരന്മാരുടെ വിവാഹത്തിൽ ബ്രഹ്മാവ്, വിഷ്ണു, ഇന്ദ്രൻ, ലക്ഷ്മി, സരസ്വതി തുടങ്ങി ദേവീദേവന്മാരുടെയും മഹർഷിമാരുടെയും ഒരു നീണ്ടനിര തന്നെ പങ്കെടുത്തിരുന്നു. ഇവരുടെയെല്ലാം ഭാരം കാരണം ഭൂമി ചരിഞ്ഞുപോകുമോ എന്നായിരുന്നു എല്ലാവരുടെയും ഭയം. അപ്പോൾ ഭഗവാൻ ഇതിനൊരു പരിഹാരമായി അഗസ്ത്യമുനിയെ തെക്കുഭാഗത്തിരുത്തി. ഉയരം കുറഞ്ഞ ശരീരപ്രകൃതിയായിരുന്ന അഗസ്ത്യമുനിയ്ക്ക് എങ്ങനെ ഭൂമിയുടെ ചരിവ് പരിഹരിയ്ക്കാനാകുമെന്നായി ദേവന്മാരുടെ സംശയം. എന്നാൽ, തെക്കുഭാഗത്തെ ശോണാദ്രിയിൽ (ഇന്നത്തെ ചെങ്ങന്നൂർ) തപസ്സിരുന്നുകൊണ്ട് അഗസ്ത്യമുനി ഭൂമിയെ ചരിയാതെ നിലനിർത്തി. തന്റെ ദിവ്യദൃഷ്ടി കൊണ്ട് മുനി ശിവപാർവ്വതീ പരിണയം കണ്ടു. വിവാഹശേഷം ഭഗവാൻ പാർവ്വതീസമേതനായി അഗസ്ത്യമുനിയെ കാണാൻ ശോണാദ്രിയിലെത്തി. അവിടെ വച്ച് ദേവിയ്ക്ക് ഋതു ഉണ്ടാകുകയും തുടർന്ന് ഋതുശാന്തിവിവാഹം നടത്തുകയും ചെയ്തു.അങ്ങനെ അഗസ്ത്യമഹർഷിയ്ക്ക് ശിവപാർവ്വതീസ്വയംവരത്തിൽ പങ്കെടുക്കാത്തതിലുള്ള ദുഃഖം തീർന്നുകിട്ടി. ഋതുശാന്തികല്യാണം നടന്ന സ്ഥലത്താണ് ക്ഷേത്രത്തിലെ ദേവീചൈതന്യം പ്രസരിക്കുന്ന ശക്തിതീർത്ഥം എന്നറിയപ്പെടുന്ന തീർത്ഥക്കുളം ഉള്ളതെന്നാണ് ഐതീഹ്യം. ഈ കുളത്തിന്റെ അടിയിൽ ഋതുശാന്തികല്യാണം നടത്തിയ അഗസ്ത്യരുടെ ഹോമകുണ്ഡത്തിന്റെ അവശിഷ്ടങ്ങൾ ഉണ്ടെന്നാണ് സങ്കല്പം. ഇവിടെയാണ് മീനൂട്ട് വഴിപാട് നടത്തുന്നത്. തനിയ്ക്ക് പൂജ നടത്താൻ എന്നും കുടികൊള്ളണമെന്ന അഗസ്ത്യമഹർഷിയുടെ അഭ്യർത്ഥനയെത്തുടർന്ന് ശിവപാർവ്വതിമാർ സ്വയംഭൂവായി ചെങ്ങന്നൂരിൽ അവതരിച്ചു. ഇതാണ് ഇന്ന് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ വടക്കുകിഴക്കുഭാഗത്ത് കാണപ്പെടുന്ന മൂലക്ഷേത്രമായ 'കുന്നത്ത് മഹാദേവക്ഷേത്രം'. ചെങ്ങന്നൂർ ക്ഷേത്ര ദർശനം പൂർണ്ണം ആകണമെങ്കിൽ ഇവിടെയും ദർശനം നടത്തണം എന്നത്രെ സങ്കൽപ്പം. ഇവിടെ ദർശനം നടത്തുന്നത് വന്ധ്യതയ്ക്കും പരിഹാരമാണെന്ന് ഭക്തരുടെ വിശ്വാസം. കുന്നത്ത് മഹാദേവൻ കുട്ടികളോട് ഏറെ വാത്സല്യം ഉള്ളവനാണെന്ന് ഐതീഹ്യം. അതിനാൽ കുട്ടികളെ ഈ ക്ഷേത്രത്തിൽ കൊണ്ടുവരുന്നത് ബാലാരിഷ്ടത മാറാൻ ഉത്തമമാണ് എന്ന് ഭക്തർ വിശ്വസിക്കുന്നു. അതിന് വേണ്ടി നടത്തപ്പെടുന്ന വിശേഷാൽ വഴിപാടാണ് "കൊട്ടും ചിരിയും". (കുട്ടികൾക്ക് ഇഷ്ടപ്പെട്ട മധുര പലഹാരങ്ങളും ഫലവര്ഗങ്ങളും പൂജിച്ചു വിതരണം ചെയ്യുന്നു. ആ സമയത്ത് കുട്ടികൾ കൈകൊട്ടി ചിരിക്കുന്നു. സന്താന ലാഭത്തിനും കുട്ടികളുടെ രോഗദുരിത ശമനത്തിനും ആയുസിനും വേണ്ടിയാണ് പ്രസിദ്ധമായ ഈ വഴിപാട് നടത്തുന്നത്) സ്വയംവരത്തിനുശേഷം ബ്രഹ്മാദികൾ പിരിഞ്ഞുപോകുകയും സ്ഥലം കാടുപിടിച്ച് ദീർഘകാലം കിടക്കുകയും ചെയ്തു. പിന്നീട് മധുരാനഗരം ദഹിപ്പിച്ച ഭദ്രകാളിയുടെ അംശമായ കണ്ണകി കൊടുങ്ങല്ലൂരിലേക്കുള്ള യാത്രാമദ്ധ്യേ ഇവിടെ വിശ്രമിച്ചു തപസ് അനുഷ്ടിച്ചതായും ഐതീഹ്യമുണ്ട്. അതിനാൽ ചെങ്ങന്നൂരമ്മയെ കണ്ണകീ, കാളീ ഭാവത്തിലും ആരാധിച്ചിരുന്നു. ആസാമിലെ കാമാഖ്യക്ക് തുല്യമാണ് കേരളത്തിലെ ചെങ്ങന്നൂർ ക്ഷേത്രം എന്ന് സങ്കല്പമുണ്ട്. ചെങ്ങന്നൂരമ്മ അരയരാജാവിന്റെ മകളാണ് എന്നും മറ്റൊരു ഐതീഹ്യമുണ്ട്. മഹാദേവന്റെ ശാപത്താൽ ശ്രീപാർവതി ഒരു മുക്കുവ കുടുംബത്തിൽ ജനിച്ചതായും മുക്കവ യുവാവിന്റെ രൂപത്തിൽ വന്ന പരമശിവനെ സ്വയംവരം ചെയ്തതായും പുരാണത്തിൽ കഥയുണ്ട്. ഇതുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ശിവരാത്രിക്ക് ആലപ്പാട്ടെ അരയ സമുദായക്കാർ നടത്തുന്ന ചടങ്ങാണ് "പരിശംവയ്പ്പ്". അരയ കുലാചാരപ്രകാരം വിവാഹസമയത്തുള്ള ചടങ്ങാണ് "പരിശം വയ്ക്കൽ". അതിനാൽ അരയ സമുദായക്കാരുടെ കുലദൈവമായും ചെങ്ങന്നൂരമ്മയെ ആരാധിക്കുന്നു. 

വർഷങ്ങൾ ഒരുപാട് കഴിഞ്ഞു. ഇതിനിടയിൽ പരശുരാമൻ കേരളത്തിലേയ്ക്ക് നിരവധി ബ്രാഹ്മണരെ കൊണ്ടുവരികയും അവർക്ക് താമസിയ്ക്കാൻ പാകത്തിൽ സ്ഥലം വെട്ടിത്തെളിച്ച് വൃത്തിയാക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. ഈ പുരോഹിതരെ 64 ഗ്രാമക്കാരാക്കി തിരിച്ച പരശുരാമൻ, അവർക്ക് ആരാധന നടത്താൻ പാകത്തിൽ നൂറ്റെട്ട് ശിവാലയങ്ങളും നൂറ്റെട്ട് ദുർഗ്ഗാലയങ്ങളും നിർമ്മിച്ചുകൊടുത്തു. ആ 64 ഗ്രാമങ്ങളിലൊന്നായിരുന്നു ചെങ്ങന്നൂർ ഗ്രാമം. 'ശോണാദ്രി' എന്ന സംസ്കൃതപദം മലയാളത്തിൽ 'ചെങ്കുന്നൂർ' എന്നും പിന്നീട് അതു ലോപിച്ച് 'ചെങ്ങന്നൂർ' എന്നും മാറുകയായിരുന്നു. ആ നാട്ടിലെ പേരുകേട്ട നാടുവാഴി കുടുംബമായ വഞ്ഞിപ്പുഴ മഠത്തിലെ തമ്പുരാനായിരുന്നു ഭരണാധികാരി. ഇപ്പോൾ ക്ഷേത്രമിരിയ്ക്കുന്ന സ്ഥലം 'നയനാരുപിള്ള' എന്നയാൾക്ക് തമ്പുരാൻ പാട്ടത്തിനുകൊടുത്തിരുന്നു. അവിടം കൊടുംകാടായിരുന്നു. 

അക്കാലത്തൊരു ദിവസം നയനാരുപിള്ളയുടെ വേലക്കാരിയായ ഒരു പുലയസ്ത്രീ ആ കാട്ടിൽ പുല്ലുചെത്താൻ വന്നപ്പോൾ തന്റെ അരിവാളിന് മൂർച്ച കൂട്ടാനായി അവിടെക്കണ്ട ഒരു കല്ലിൽ ഉരച്ചുനോക്കുകയും അതിൽ നിന്ന് രക്തപ്രവാഹമുണ്ടാകുകയും ചെയ്തു. ഈ സംഭവം കണ്ട് പരിഭ്രാന്തയായ അവർ വിവരം നയനാരുപിള്ളയെയും നയനാരുപിള്ള ഈ വിവരം വഞ്ഞിപ്പുഴ തമ്പുരാനെയും അറിയിച്ചു. തമ്പുരാൻ ഉടനെ അന്നാട്ടിലെ ഏതാനും ബ്രാഹ്മണർക്കൊപ്പം സ്ഥലത്തെത്തി. അവരിലൊരാൾ പ്രസിദ്ധ താന്ത്രികകുടുംബമായ താഴമൺ മഠത്തിലെ വലിയ പോറ്റിയായിരുന്നു. സ്വയംഭൂവായ ഒരു ശിവലിംഗത്തിൽ നിന്നാണ് രക്തപ്രവാഹമുണ്ടാകുന്നതെന്നും രക്തപ്രവാഹം നിലയ്ക്കണമെങ്കിൽ മുപ്പത്താറുപറ നെയ്യുകൊണ്ട് ശിവലിംഗത്തിൽ അഭിഷേകം നടത്തണമെന്നും ഇല്ലെങ്കിൽ ജ്യോതിർലിംഗം അപ്രത്യക്ഷമാകുമെന്നും പോറ്റി അറിയിച്ചതിനെത്തുടർന്ന് തമ്പുരാൻ മഠത്തിൽ നിന്ന് അഭിഷേകത്തിനുള്ള നെയ്യും നിവേദ്യത്തിനുള്ള വസ്തുക്കളും കൊണ്ടുവരികയും പോറ്റി മന്ത്രതന്ത്രാദികളോടുകൂടി അഭിഷേകവും നിവേദ്യസമർപ്പണവും നടത്തുകയും ചെയ്തു. 

പിന്നീട് വഞ്ഞിപ്പുഴ തമ്പുരാനും താഴമൺ പോറ്റിയടക്കമുള്ള പുരോഹിതരും ചേർന്ന് ക്ഷേത്രം പണിയാനുള്ള ആലോചന നടത്തി. ശിവനെക്കൂടാതെ ശക്തിസ്വരൂപിണിയായ ശ്രീപാർവ്വതിയെയും ക്ഷേത്രത്തിൽ പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കണമെന്നും, കണ്ണകിയുടെ ചൈതന്യവും പ്രദേശത്തു കുടികൊള്ളുന്നുവെന്നും, ശ്രീകോവിൽ പണിയുമ്പോൾ ശിവനും പാർവ്വതിയ്ക്കുമായി ഗർഭഗൃഹം വീതിച്ചുകൊടുക്കണമെന്നും പോറ്റി തമ്പുരാനെ അറിയിച്ചു. ആ സമയത്താണ് പറയിപെറ്റ പന്തിരുകുലത്തിലെ അംഗമായ സാക്ഷാൽ ഉളിയന്നൂർ പെരുന്തച്ചൻ അവിടെയെത്തിച്ചേർന്നത്. തമ്പുരാനും പോറ്റിയും പെരുന്തച്ചനെ സാദരം സത്കരിച്ചിരുത്തുകയും ക്ഷേത്രനിർമ്മാണത്തെക്കുറിച്ച് വിശദമായി സംസാരിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. അതനുസരിച്ച് പെരുന്തച്ചൻ രണ്ടുമൂന്നുദിവസം അവിടെ താമസിച്ച് ശ്രീകോവിൽ, നമസ്കാരമണ്ഡപങ്ങൾ, കൂത്തമ്പലം, ഗോപുരങ്ങൾ, ഉപദേവാലയങ്ങൾ തുടങ്ങിയവയുടെ കണക്കുകൾ ചാർത്തിക്കൊടുക്കുകയും ഉടനെ വരാമെന്നുപറഞ്ഞ് സ്ഥലം വിടുകയും ചെയ്തു. മൂന്നുമാസം കഴിഞ്ഞാണ് പെരുന്തച്ചൻ ചെങ്ങന്നൂരിൽ മടങ്ങിയെത്തിയത്. അപ്പോഴേയ്ക്കും ക്ഷേത്രത്തിൽ കൂത്തമ്പലമൊഴികെയുള്ള എല്ലാ ഭാഗങ്ങളും പണികഴിപ്പിച്ചിരുന്നു. കൂത്തമ്പലത്തിന്റെ പണി തുടങ്ങിയിട്ടുപോലുമുണ്ടായിരുന്നില്ല. അണ്ഡാകൃതിയിലാണ് കൂത്തമ്പലത്തിന്റെ പണി നിശ്ചയിച്ചിരുന്നത്. ഇതുചെയ്യാൻ ശില്പികൾക്കൊന്നും കഴിയുന്നില്ല എന്ന് മനസ്സിലാക്കിയ പെരുന്തച്ചൻ, കൂത്തമ്പലത്തിന്റെ നിർമ്മാണം സ്വയം ഏറ്റെടുക്കാൻ തീരുമാനിച്ചു. തുടർന്ന് വളരെ കുറച്ചുദിവസം കൊണ്ട് അദ്ദേഹം കൂത്തമ്പലത്തിന്റെ നിർമ്മാണം പൂർത്തീകരിച്ചു. അവിടെ പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കാനായി ശിലകൊണ്ട് ഒരു ദേവീരൂപവും അദ്ദേഹം നിർമ്മിച്ചു. തുടർന്ന് ഒരു മംഗളമുഹൂർത്തത്തിൽ ഭഗവതിയെ ശ്രീലകത്ത് പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. നിരവധി ഭക്തജനങ്ങൾ ചെങ്ങന്നൂരപ്പനെയും ചെങ്ങന്നൂരമ്മയെയും തൊഴുത് നിർവൃതിയടഞ്ഞു. അങ്ങനെയാണ് ചെങ്ങന്നൂർ നഗരത്തിന് തിലകക്കുറിയായി വിളങ്ങുന്ന ഈ മഹാക്ഷേത്രം രൂപം കൊണ്ടത്.

തൃച്ചെങ്ങന്നൂരപ്പൻ (പരമശിവൻ)
ഐതിഹ്യം
ദക്ഷിണാമൂർത്തി
തിരുവുത്സവം