രണ്ടു ധ്വജസ്തംഭങ്ങൾ ഉള്ള ചുരുക്കം ചിലക്ഷേത്രങ്ങളിൽ ഒന്നാണ് വാഴപ്പള്ളി മഹാക്ഷേത്രം. മഹാദേവക്ഷേത്ര നടയിലും, മഹാഗണപതി ക്ഷേത്ര നടയിലുമാണ് കൊടിമരങ്ങൾ ഉള്ളത്. രണ്ടും ചെമ്പുകൊടിമരങ്ങളാണ്. ചേരരാജ പെരുമാൾ‍ രണ്ടു ക്ഷേത്രനടയിലും ധ്വജപ്രതിഷ്ഠകൾ നടത്തി മീനമാസത്തിൽ തിരുവാതിര നാളിൽ ആറാട്ട് ആകത്തക്കരീതിയിൽ പത്തു ദിവസത്തെ ഉത്സവം നിശ്ചയിച്ചു. ഗണപതി നടയിൽ കൊടിമര പ്രതിഷ്ഠ നടത്തി ഉച്ചനേദ്യം തിരിച്ചെടുത്തു എന്ന് ഒരു ഐതിഹ്യം ഉണ്ട്. ഐതിഹ്യം എന്തായാലും ഗണപതിനടയിൽ ഉച്ചനേദ്യം പടിത്തരമായിട്ടില്ല. രാജഭരണം മാറി ദേവസ്വം ഭരണത്തിൽ വന്നപ്പോഴും ഇവിടെ ഗണപതിനടയിൽ ഉച്ചപൂജയുണ്ടെങ്കിലും ഇപ്പോഴും ദേവസ്വത്തിൽ നിന്ന് നേദ്യമില്ല (സങ്കല്പം). ഇവിടെ ഗണപതി തന്റെ ഉച്ചനേദ്യം പുറത്തുനിന്ന് വരുത്തി കഴിക്കുന്നു എന്നാണ് വിശ്വാസം. പ്രസിദ്ധമായ വാഴപ്പള്ളി ഗണപതിയപ്പമാണ് ഉച്ചയ്ക്ക് നിവേദിക്കുന്നത്. 

മഹാദേവന്റെ നടയിൽ നന്തിയെ ശിരസ്സിലേറ്റിക്കൊണ്ട് നിൽക്കുന്ന കൊടിമരത്തിനാണ് ഇവിടെ നീളം കൂടുതൽ. ഏകദേശം നൂറടി ഉയരം വരും. മൂഷികനെ ശിരസ്സിലേറ്റുന്ന ഗണപതിനടയിലെ കൊടിമരത്തിന് എൺപതടി ഉയരമേയുള്ളൂ. 

നാഗരാജാവ്, നാഗയക്ഷി
സുബ്രഹ്മണ്യൻ
ധ്വജസ്തംഭം
രാജശേഖര വർമ്മൻ