ക്ഷേത്രം നിർമ്മിക്കപ്പെട്ടത് ചേര രാജാക്കന്മാരാലാണെന്ന് അനുമാനിക്കാൻ ചരിത്രതാളുകൾ വഴികാട്ടുന്നുണ്ട്. . മുൻപ് ബുദ്ധമത ആരാധനാകേന്ദ്രമായിരുന്നു കണ്ടിയൂർ ക്ഷേത്രം. ഈ ബുദ്ധക്ഷേത്രം മാവേലിയുടെ നേത്രത്വത്തിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെയും കുടുംബാംഗങ്ങളുടേയും ആരാധനക്കായാാണ് പണി കഴിപ്പിച്ചിട്ടുൺടായിരുന്നത്. എന്നാൽ ഇത് പിന്നീട് ശിവക്ഷേത്രമായൊ പരിണമിച്ചു.  രാജാവ് ബുദ്ധ സന്യാസിയായതിനും 100 വർഷങ്ങൾക്ക് ശേഷം 15 നൂറ്റാണ്ടിലാണിത് എന്ന് സംഘകാല കൃതികളിൽ നിന്നും മണിപ്രവാള കൃതികളിലുടെയും അനുമാനിക്കാം ക്രി.വ. 823 ൽ സ്ഥാപിതമായതാണ് ക്ഷേത്രം എന്ന് ശിലസാസനങ്ങളിൽ നിന്ന് അനുമാനിക്കാം . ഇതോടൊപ്പം അക്കാലത്ത് സമയം അളക്കുന്നതിനായി കണ്ടിയൂരബ്ദം എന്ന പേരിൽ പുതിയ ഗണനാക്രമവും നിലവിൽ വന്നതായി രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു. 14 നുറ്റാണ്ടിൽ രചിക്കപ്പെട്ട ശിവവിലാസം എന്ന സംസ്കൃതകൃതി രചിച്ച ദാമോദക ചാക്യാർ ക്ഷേത്രം ദേവദാസികളുടെ കൈവശത്തിലായിരുന്നു എന്നു സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ക്ഷേത്രത്തിലെ ദേവദാസിയായ ചെറുകര കുട്ടത്തിയെ അന്നത്തെ കണ്ടിയൂർ മറ്റം രാജാവ് വിവാഹം കഴിച്ചതായും ചെറുകര ഉണ്ണീയാടി, മുത്തൂറ്റ് ഇളയച്ചി, ഉണ്ണിച്ചക്കി, കരുങ്ങാട്ടെ ഉണ്ണൂലികൾ എന്നിവരായിരുന്നു ക്ഷേത്ര അവകാശികൾ എന്നും കൂട്ടിച്ചേറ്ക്കുന്നു. മാവേലിക്കരയിൽ ദേവദാസികളുടെ സ്വാധിനം വെളിപ്പെടുത്തുന്നതാണീ രേഖ. 

ഈ ക്ഷേത്രാങ്കണത്തിൽ പ്രദക്ഷിണ വഴിയിൽ സ്ഥാപിച്ചിരുന്ന ഒരു ശിലാശാസനം പിന്നീട് അക്ഷരങ്ങൾ കൂടുതൽ മാഞ്ഞുപോകാതിരിക്കുവാനായി ക്ഷേത്ര ചുമരിൽ ഉറപ്പിച്ചിരിക്കുന്നത് നമുക്ക് കാണാം. രണ്ടാം ചേരസാമ്രാജ്യത്തിലെ ചക്രവർത്തിയായിരുന്ന രാജശേഖര വർമ്മൻ ഇവിടെ ക്ഷേത്രം പുനരുദ്ധീകരിച്ചുവെന്നാണ് ചരിത്രം. 1218ലെ കണ്ടിയൂർ ശാസനത്തിൽ രവികേരളവർമ്മയേയും (1215-1240)അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഭാര്യ ഉണ്ണിയച്ചിയേയും പറ്റിപറയുന്നതല്ലാതെ ഓടനാട്ടുരാജാവായ കോതവർമ്മ വേണാട്ടുരാജാവിന്റെ നിർദ്ദേശപ്രകാരം കണ്ടിയൂർ ക്ഷേത്രം പുതുക്കിപ്പണിയുന്നതായും പറയുന്നു. )

അന്ന് അവിടെയുണ്ടായിരുന്ന ബുദ്ധപ്രതിഷ്ഠയാണ് മാവേലിക്കര നഗരത്തിൽ ബുദ്ധജംഗ്ഷനിൽ ഇന്നു കാണുന്ന ബുദ്ധപ്രതിമ. കേരള ചരിത്രത്തിനു മുതൽക്കൂട്ടായ പല ശിലാശാസനങ്ങളും രേഖകളും ലഭിച്ച മഹാക്ഷേത്രം കൂടിയാണിത്. ) 

ഓടനാട് കായംകുളത്തോട് ചേരുന്നതിനും മുൻപ് വേറെ നാട്ടുരാജ്യമായി പരിലസിക്കുകയായിരുന്നു. പിന്നീട് വീര ഉദയവർമ്മൻ കായംകുളത്തോടും അതിനുശേഷം അനിഴം തിരുനാൾ തിരുവിതാംകൂറിനോടും യോജിപ്പിച്ചു. അന്ന് കായംകുളം രാജാവ് തന്റെ ഉടവാൾ കണ്ടിയൂർ ക്ഷേത്രത്തിൽ ദേവന്റെ നടയിൽ സമർപ്പിച്ച് പടിഞ്ഞാറേ നടവഴി പുറത്തേക്ക് ഓടി. അതിനുശേഷം പിന്നീട് ഇന്നുവരെ ക്ഷേത്രത്തിലെ പടിഞ്ഞാറേ നാലമ്പല നട തുറന്നിട്ടില്ല.
രാമൻ കോതവർമ്മന്റെ ശാസനം
ഇരവിവർമ്മന്റെ ശാസനം
ഉപദേവപ്രതിഷ്ഠകൾ
ചരിത്രം