2003-ൽ എ.എസ്.ഐയോട് ആഴത്തിൽ പഠിക്കാനും പര്യവേഷണങ്ങൾ നടത്തി തർക്ക മന്ദിരത്തിന്റെ അടിയിലുള്ള സമുച്ചയം എന്താണെന്ന് കണ്ടെത്താനും കോടതി ഉത്തരവിട്ടു. എ.എസ്.ഐയുടെ റിപ്പോർട്ട് പ്രകാരം തർക്കമന്ദിരത്തിന്റെ അടിയിൽ ക്ഷേത്രം ആണെന്നുള്ള വ്യക്തമായ തെളിവുകളിലേയ്ക്ക് വിരൽ ചൂണ്ടി.ആർക്കിയോള ജിക്കൽ സർവേ ഓഫ് ഇന്ത്യ (എ.എസ്.ഐ) 1970-ലും 1992-ലും 2003-ലും തർക്കസ്ഥലത്തിന് ചുറ്റും നടത്തിയ പുരാവസ്തു ഗവേഷണങ്ങൾ, അവിടെ ഒരു വലിയ ഹൈന്ദവ സമുച്ചയം ഉണ്ടായിരുന്നു എന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു. 
"വിവിധ ദൈവിക പ്രതിമകളാൽ കൊത്തിവച്ചിട്ടുള്ള കല്ലുകളാലും പുരാതന കൊത്തുപണികളാലും നിറഞ്ഞ 50 തൂണുകൾ ഒരു വലിയ സമുച്ചയത്തിന്റെ ഭാഗമാണ്"

2003 മാർച്ചിൽ തുടങ്ങി, ആഗസ്റ്റിൽ കോടതിയുടെ ഉത്തരവുപ്രകാരം നടത്തിയ പര്യവേഷണത്തിൽ എ.എസ്.ഐ സംഘത്തിന് 1360 തെളിവുകൾ ലഭിച്ചു. കോടതി എ.എസ്.ഐയോട് പഠനങ്ങളുടെ റിപ്പോർട്ട് സമർപ്പിക്കാൻ ആവശ്യപ്പെടുകയും എ.എസ്.ഐ 574 പേജുള്ള റിപ്പോർട്ട് അലഹാബാദ് ഹൈക്കോടതിക്ക് സമർപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. രേഖാചിത്രങ്ങളും സ്ഥലത്തിന്റെ ഭൂമിശാസ്ത്രരേഖകളും എഴുതപ്പെട്ട അഭിപ്രായങ്ങളും ചേർത്താണ് എ.എസ്.ഐ റിപ്പോർട്ട് സമർപ്പിച്ചത്. "തർക്കമന്ദിരത്തിന്റെ അടിയിൽ കണ്ടെത്തിയ സമുച്ചയം പത്താം നൂറ്റാണ്ട് മുതൽ നിലനിന്നിരുന്ന ഒന്നാണ്" എന്നതിന് തെളിവുണ്ട് എന്നാണ് എ.എസ്.ഐ റിപ്പോർട്ടിൽ ഉള്ളത്. 50x30 മീറ്റർ ചുറ്റളവിലുള്ള ബ്രുഹത്തായ സമുച്ചയം തർക്കമന്ദിരത്തിന്റെ കൃത്യം അടിയിലായി സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു. പര്യവേക്ഷണത്തിൽ 50 തൂണുകളുടെ അടിസ്ഥാനശിലകൾ, അടിയിലുള്ള ചുണ്ണാമ്പ് കല്ലുകളുടെ മുകളിൽ സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു. മുഗൾ ഭരണം ആരംഭിച്ചതിനു മുൻപുവരെ തർക്കസ്ഥലം പൊതുവായ ഇടമായി വളരെക്കാലം നിലനിന്നിരുന്നു എന്നും ആധുനിക പര്യവേഷണ രീതികളിലൂടെ ഇത് പതിമൂന്നാം നൂറ്റാണ്ട് വരെ പിന്നോട്ട് പോകുന്നു എന്നും കണ്ടെത്തി.

എ.എസ്.ഐയുടെ റിപ്പോർട്ട് പ്രകാരം, അശോകൻ ബ്രാഹ്മിയുടെ മുദ്രയുള്ള ഒരു വളയം മറ്റൊരു പ്രധാന കണ്ടെത്തലായിരുന്നു. സുംഗ കാലഘട്ടത്തിലെ സാംസ്കാരിക അധിനിവേശത്തിനു ശേഷം കുഷൻ കാലഘട്ടം വരുകയും പിന്നീട് മെഡീവൽ കാലഘട്ടത്തിന്റെ ആദ്യ സമയങ്ങളിൽ 50 മീറ്റർ ചുറ്റളവുള്ള സമുച്ചയം നിർമ്മിക്കപ്പെടുകയും അതിന് അധികകാലം നിലനിൽക്കാൻ സാധിക്കാതെ വരികയും ചെയ്തപ്പോൾ ആ സമുച്ചയത്തിലെ 50 തൂണുകളിൽ നാലെണ്ണം പര്യവേക്ഷണത്തിൽ കണ്ടെത്തുകയും ചെയ്തു. മൂന്നു നിലകളിലായി നിലകൊണ്ടിരുന്ന അന്നത്തെ തകർക്കപ്പെട്ട സമുച്ചയത്തിന്റെ നിരവധി ഭാഗങ്ങൾ തർക്കമന്ദിരം പണിയാൻ വീണ്ടും ഉപയോഗിക്കുകയും അതിലൂടെ അവ പൊതുവായി ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന സമുച്ചയത്തിന്റെ ഭാഗമാണെന്ന് കണ്ടെത്തുകയും ചെയ്തു. ഈ പുരാതന സമുച്ചയത്തിന്റെ മുകളിലായി ആണ് പതിനാറാം നൂറ്റാണ്ടിൽ പണിത തർക്കമന്ദിരം സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത് എന്ന് എ.എസ്.ഐ റിപ്പോർട്ട് പറഞ്ഞവസാനിപ്പിക്കുന്നു.
ചരിത്രം
ലിബർഹാൻ റിപ്പോർട്ട്
ആർക്കിയോളജി റിപ്പോർട്ട്
സ്ഥലത്തിൻ മേലുള്ള തർക്കം