ശങ്കരാചാര്യരുടെ കാലശേഷം ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ അവകാശം ശിഷ്യനായ തൃശ്ശൂർ നടുവിൽ മഠം സ്വാമിയാർക്ക് ലഭിച്ചു. തലമുറകളായി പാലിച്ചുപോന്ന അവകാശം പിന്നീട് ഗുരുവായൂരിൽത്തന്നെയുള്ള മല്ലിശ്ശേരി മനയ്ക്ക് ലഭിച്ചു. ഗുരുവായൂർ ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഉടമസ്ഥാവകാശവും മല്ലിശ്ശേരി മനയ്ക്കുതന്നെയായിരുന്നു. ടിപ്പു സുൽത്താൻ മലബാർ ആക്രമിച്ചപ്പോൾ അതിന്റെ തെക്കേ അതിർത്തിപ്രദേശമായിരുന്ന ഗുരുവായൂരിലും ആക്രമണമുണ്ടായി. പ്രധാനക്ഷേത്രമായ ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രമൊഴികെ അവിടെയുണ്ടായിരുന്ന മിക്ക ക്ഷേത്രങ്ങളും ആക്രമണത്തിൽ തകർന്നു. പാർത്ഥസാരഥിക്ഷേത്രവും അക്കൂട്ടത്തിലുണ്ടായിരുന്നു. തുടർന്ന് ഒരുപാടുകാലം ഈ ക്ഷേത്രം ആരുടെയും ശ്രദ്ധയേറ്റുവാങ്ങാതെ കഴിയുകയായിരുന്നു. പ്രധാനക്ഷേത്രമായ ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രം എല്ലാവരുടെയും ശ്രദ്ധയേറ്റുവാങ്ങി ലോകപ്രശസ്തിയിലേയ്ക്ക് കുതിയ്ക്കുന്ന സമയത്ത് ശ്രീകൃഷ്ണഭഗവാൻ തന്നെ മറ്റൊരു രൂപത്തിൽ കുടികൊള്ളുന്ന ഈ ക്ഷേത്രം ജീർണ്ണിച്ച് നിലംപരിശാകാറായ മട്ടിൽ ഗുരുവായൂർ പട്ടണത്തിന്റെ ഒരു മൂലയിൽ കഴിയുകയായിരുന്നു. 1971 വരെ ഈ സ്ഥിതി തുടർന്നു.

1971-ൽ ക്ഷേത്രശ്രീകോവിലിന്റെ മേൽക്കൂര ജീർണ്ണിച്ച് നിലംപതിച്ചു. അപ്പോഴാണ് ഇങ്ങനെയൊരു ക്ഷേത്രം കിടക്കുന്ന കാര്യം പലരുമറിഞ്ഞത്. തുടർന്ന് നാട്ടുകാരും ഭക്തജനങ്ങളും ചേർന്ന് നോക്കിയപ്പോൾ അവർ കമനീയമായ ഭഗവദ്വിഗ്രഹം യാതൊരുകേടുപാടും കൂടാതെ കിടക്കുന്നത് കണ്ടു. കൂടാതെ തകർന്നുപോയ മഹാക്ഷേത്രത്തിന്റെ തിടപ്പള്ളി, വാതിൽമാടം, ചുറ്റമ്പലം, മതിൽക്കെട്ട്, ക്ഷേത്രക്കുളം തുടങ്ങിയവയുടെ സ്ഥാനങ്ങളും അവശിഷ്ടങ്ങളും കണ്ടെത്തി പുനർനിർമ്മാണപ്രവർത്തനങ്ങൾ തുടങ്ങുകയും ചെയ്തു. തിരുനാമാചാര്യൻ ആഞ്ഞം മാധവൻ നമ്പൂതിരിയാണ് എല്ലാറ്റിനും നേതൃത്വം വഹിച്ചത്. തൃപ്പൂണിത്തുറ ഈശ്വരവാര്യരായിരുന്നു സ്ഥപതി. ഒടുവിൽ ഏറെനാളത്തെ പരിശ്രമത്തിനൊടുവിൽ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ പുതുക്കിപ്പണികളെല്ലാം തീരുകയും 1977 ജൂൺ 29-ന് മിഥുനമാസത്തിലെ അനിഴം നക്ഷത്രത്തിൽ പ്രതിഷ്ഠ നടക്കുകയും ചെയ്തു. ഗുരുവായൂരിലെ അന്നത്തെ വലിയ തന്ത്രിയായിരുന്ന യശഃശരീരനായ പുഴക്കര ചേന്നാസ് പരമേശ്വരൻ നമ്പൂതിരിയാണ് പ്രതിഷ്ഠാകർമ്മം നിർവ്വഹിച്ചത്. 

പുനഃപ്രതിഷ്ഠയ്ക്കുശേഷം ക്ഷേത്രത്തിന് വൻ ഉയർച്ചയാണുണ്ടായത്. ക്ഷേത്രഭരണത്തിന് ഒരു ഭക്തജനസമിതി നിലവിൽ വന്നു. ഇന്ന് വളരെ മികച്ച രീതിയിലാണ് ക്ഷേത്രം മുന്നോട്ട് പോയിക്കൊണ്ടിരിയ്ക്കുന്നത്. ഇന്ന് ഗുരുവായൂരിൽ വരുന്ന ധാരാളം ഭക്തർ ഇവിടെയും ദർശനത്തിന് വരുന്നുണ്ട്.

ഇതിനിടയിൽ ചില വിവാദങ്ങളും ക്ഷേത്രത്തെ ചുറ്റിപ്പറ്റിയുണ്ടായി. മലബാർ ദേവസ്വം ബോർഡ് ഈ ക്ഷേത്രം ഏറ്റെടുക്കാൻ പല തവണ ശ്രമിച്ചിരുന്നു. ഇതിനെതിരെ ഭക്തജനസമിതി വൻ തോതിൽ പ്രതിഷേധിച്ചിരുന്നു. ഇതിനിടയിൽ ഭക്തജനസമിതിയ്ക്കെതിരെയും ചില ആരോപണങ്ങൾ ഉയർന്നുവന്നിരുന്നു. വൻ തോതിൽ അഴിമതിയും സ്വജനപക്ഷപാതവും ഭക്തജനസമിതിയ്ക്കെതിരെ ആരോപിയ്ക്കപ്പെടുകയുണ്ടായി. ഇവയ്ക്കെതിരെ ആദ്യം ചാവക്കാട് സബ് കോടതിയിലും പിന്നീട് പടിപടിയായി സുപ്രീം കോടതിയിലും വരെ കേസെത്തി. ഇതിനിടയിൽ 2016 ഓഗസ്റ്റിൽ കേരള ഹൈക്കോടതി പാർത്ഥസാരഥിക്ഷേത്രത്തെ പൊതുക്ഷേത്രമായി പ്രഖ്യാപിച്ചു. ഇതിനെതിരെ ഭരണസമിതിയും ഹിന്ദുസംഘടനകളും വൻ തോതിൽ രംഗത്തുവന്നു. 

2017 ഏപ്രിൽ 26-ന് ക്ഷേത്രം ഏറ്റെടുക്കാൻ മലബാർ ദേവസ്വം ബോർഡ് ഉദ്യോഗസ്ഥരും ഗുരുവായൂർ സബ് ഇൻസ്പകടറും വില്ലേജ് ഓഫീസറുമടങ്ങുന്ന ഒരു സംഘം ഗുരുവായൂരിലെത്തി. യാതൊരു മുന്നറിയിപ്പുമില്ലാതെയാണ് അവർ ക്ഷേത്രം ഏറ്റെടുക്കാനെത്തിയത്. ഇതെത്തുടർന്ന് ഏപ്രിൽ 30-ന് ശങ്കരജയന്തി ദിവസം ക്ഷേത്രം ഭക്തജനസമിതിയുടെയും ഹിന്ദു ഐക്യവേദി അടക്കമുള്ള പ്രബല ഹൈന്ദവ സംഘടനകളുടെയും മറ്റും നേതൃത്വത്തിൽ നാമജപഘോഷയാത്ര നടത്തി. മേയ് 6-നും ഇത്തരത്തിൽ നാമജപഘോഷയാത്ര നടന്നിരുന്നു. ഇതിൽ പ്രസംഗിയ്ക്കാൻ വന്ന ഹിന്ദു ഐക്യവേദി ജനറൽ സെക്രട്ടറി കെ.പി. ശശികല ടീച്ചറെയും കൂട്ടരെയും പോലീസ് അറസ്റ്റ് ചെയ്തു. എന്നാൽ, പോലീസ് സ്റ്റേഷനിലും ഇവർ നാമജപം തുടരുകയായിരുന്നു. ഒടുവിൽ, ഈ ഉത്തരവിന് താത്കാലിക സ്റ്റേ അനുവദിയ്ക്കാൻ ഹൈക്കോടതി തീരുമാനിച്ചു.

2017 സെപ്റ്റംബർ 21-ന് സ്റ്റേ കാലാവധി അവസാനിച്ചു. അന്നും ക്ഷേത്രം ഏറ്റെടുക്കാൻ മലബാർ ദേവസ്വം ബോർഡ് അധികൃതർ ക്ഷേത്രത്തിലെത്തി. എന്നാൽ, മുമ്പത്തേതിന് വിപരീതമായി അന്ന് വൻ സംഘർഷമാണ് ക്ഷേത്രത്തിലുണ്ടായത്. ഭക്തരും അധികൃതരും തമ്മിൽ വാക്കേറ്റമുണ്ടായപ്പോൾ പോലീസ് ഇടപെട്ടു. ചിലരെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തുനീക്കി. മറ്റുചിലരാകട്ടെ, ഗോപുരവാതിലടച്ച് നാമജപം തുടങ്ങി. വളരെയധികം പ്രതിഷേധപരിപാടികൾ ഇതിന്റെ ഭാഗമായി നടത്തിപ്പോന്നിരുന്നു. ഒടുവിൽ, 2017 നവംബർ 7-ന് പുലർച്ചെ 2:30-ന് മലബാർ ദേവസ്വം ബോർഡ് അധികൃതർ വന്ന് ക്ഷേത്രം ഏറ്റെടുത്തു. ഇതിന്റെ പേരിൽ ബി.ജെ.പി. തൃശ്ശൂർ ജില്ലയിൽ ഹർത്താൽ ആഹ്വാനം ചെയ്തു. എന്നാൽ, അതോടെ ബഹളങ്ങൾ അവസാനിയ്ക്കുകയായിരുന്നു.

ഐതിഹ്യം
ചരിത്രം
ക്ഷേത്രനിർമ്മിതി
ഗുരുവായൂർ ഏകാദശി മഹോത്സവം