2006-07 സീസണിൽ മെസ്സി സ്ഥിരമായി ഒന്നാം ടീമിൽ ഇടംപിടിച്ചു തുടങ്ങി. 26 മത്സരങ്ങളിൽ നിന്നായി 14 ഗോളുകൾ മെസ്സി നേടി. നവംബർ 12 ന് റയൽ സരഗോസയുമായുള്ള മത്സരത്തിനിടെ പരിക്കേറ്റതുമൂലം അദ്ദേഹത്തിന് മൂന്ന് മാസം നഷ്ടപ്പെട്ടു. അർജന്റീനയിൽ വെച്ച് അദ്ദേഹം സുഖം പ്രാപിച്ചു. പരിക്ക് ഭേദപ്പെട്ടതിനു ശേഷമുള്ള ആദ്യ മത്സരം ഫെബ്രുവരി 11 ന് റേസിംഗ് സന്റാൻഡറിനെതിരെ ആയിരുന്നു. ആ മത്സരത്തിൽ അദ്ദേഹം രണ്ടാം പകുതിയിൽ ഒരു പകരക്കാരനായാണ് കളിക്കാനിറങ്ങിയത്. മാർച്ച് 11 ന് നടന്ന ക്ലാസിക്ക് മത്സരത്തിൽ മെസ്സി വളരെ നല്ല നിലവാരത്തിലാണ് കളിച്ചത്. 10 പേരായി ചുരുങ്ങിയ ബാർസലോണക്ക് അദ്ദേഹം തന്റെ ഹാട്രിക്കിലൂടെ സമനില നേടിക്കൊടുത്തു. അദ്ദേഹം നേടിയ മൂന്നു ഗോളുകളും സമനില ഗോളുകളായിരുന്നു (Equalisers).അതിലെത്തന്നെ അവസാനത്തെ ഗോൾ ഇഞ്ച്വറി ടൈമിലായിരുന്നു നേടിയത്. ഇതിലൂടെ, ക്ലാസ്സിക്ക് മത്സരത്തിൽ ഇവാൻ സമോറാനോക്ക് ശേഷം (1994-95 സീസണിൽ റയൽ മാഡ്രിഡിന് വേണ്ടി) ഹാട്രിക് നേടുന്ന ആദ്യ കളിക്കാരനായി. ഈ നേട്ടം കൈവരിക്കുന്ന ഏറ്റവും പ്രായം കുറഞ്ഞ കളിക്കാരനും മെസ്സി തന്നെയാണ്. സീസണിന്റെ അവസാനത്തോടു കൂടി അദ്ദേഹം കൂടുതൽ ഗോളുകൾ നേടാൻ തുടങ്ങി. ലീഗിൽ അദ്ദേഹം നേടിയ 14 ഗോളുകളിൽ 11 ഗോളുകളും അവസാന 13 മത്സരങ്ങളിൽ നിന്നാണ്.

"പുതിയ മറഡോണ" എന്ന പേര് അദ്ദേഹത്തിന് ചാർത്തി നൽകപ്പെട്ടു. ഒരേയൊരു സീസണിനുള്ളിൽ തന്നെ മറഡോണയുടെ പ്രശസ്തമായ പല ഗോളുകളും പുനഃസൃഷ്ടിച്ചത് അതിനൊരു കാരണമായി. 2007 ഏപ്രിൽ 18 ന് കോപ്പ ദെൽ റെയ് സെമി ഫൈനൽ മത്സരത്തിൽ ഗെറ്റാഫെക്കെതിരെ അദ്ദേഹം 2 ഗോളുകൾ നേടി. മെക്സിക്കോയിൽ വെച്ച് നടന്ന 1986 ലെ ഫുട്ബോൾ ലോകകപ്പിൽ ഇംഗ്ലണ്ടിനെതിരെ മറഡോണ നേടിയ ഗോളിനോട് (നൂറ്റാണ്ടിന്റെ ഗോൾ എന്നും അറിയപ്പെടുന്നു) വളരെയധികം സാമ്യമുള്ളവയായിരുന്നു അവ. ഇതിലൂടെ മെസ്സി മറഡോണയുമായി വളരെയധികം താരതമ്യം ചെയ്യപ്പെട്ടു. സ്പാനിഷ് പത്രങ്ങൾ മെസ്സിയെ "മെസ്സിഡോണ" എന്ന് വിളിച്ചു. അദ്ദേഹം ആ ഗോളിനിടയിൽ 62 മീറ്ററുകൾ (203 അടികൾ) തന്നെ ഓടി, 6 കളിക്കാരെ (ഗോളിയടക്കം) തന്നെ കബളിപ്പിച്ചു, ഒരേ സ്ഥാനത്തുനിന്നു തന്നെ നിറയൊഴിച്ചു, ആഹ്ലാദസമയത്ത്, 21 വർഷങ്ങൾക്കു മുമ്പ് മെക്സിക്കോയിൽ മറഡോണ ചെയ്തതുപോലെ കോർണർ പതാകക്കടുത്തേക്ക് ഓടി. മത്സരത്തിനു ശേഷം പത്രസമ്മേളനത്തിൽ സഹകളിക്കാരനായ ഡെക്കോ പറഞ്ഞു : ""എന്റെ ജീവിതത്തിൽ ഞാൻ കണ്ട ഏറ്റവും മികച്ച ഗോളാണ് അത്."" 1986 ലോകകപ്പിലെ ഇംഗ്ലണ്ടിനെതിരായ ക്വാർട്ടർ ഫൈനലിൽ മറഡോണ നേടിയ ദൈവത്തിന്റെ കൈ എന്ന് പ്രശസ്തമായ ഗോളിനോട് സമാനമായ ഒരു ഗോൾ മെസ്സി എസ്പാന്യോളിനെതിരെ നേടി. മെസ്സി പന്തിനായി കുതിക്കുകയും ഗോളിയായ കാർലോസ് കമേനിയെ കബളിപ്പിച്ച് ആ പന്ത് സ്വന്തം കൈകൊണ്ട് വലയിലേക്ക് തട്ടിയിടുകയുമാണ് ചെയ്തത്. അത് ശരിയായ ഒരു ഹാൻഡ്ബോൾ ആണെന്ന് റീപ്ലേകളിൽ വ്യക്തമായിരുന്നെങ്കിലും ഗോൾ നൽകപ്പെട്ടു. 

2012-13 സീസൺ
2011 കോപ്പ അമേരിക്ക
2006 ലോകകപ്പ്
2006-07 സീസൺ