 2002 മേയ് ൽ ജാക്സൺ, ബ്രിട്ടീഷ് ടിവി വ്യക്തിത്വം മാർട്ടിൻ ബഷീർ  നയിക്കുന്ന ഒരു ഡോക്യുമെന്ററി ഫിലിം സംഘത്തിന് താൻ പോകുന്ന എല്ലായിടത്തും  അനുഗമിക്കാൻ അനുവദിച്ചു. ഈ പരിപാടി ലിവിംഗ് വിത്ത് മൈക്കൽ ജാക്സൺ എന്ന പേരിൽ 2003 മാർച്ചിൽ ടെലിവിഷനിൽ സംപ്രേഷണം ചെയ്യപ്പെട്ടത്. ഈ പരിപാടിയിലെ ഒരു  രംഗത്തിൽ, ജാക്സൺ പതിമൂന്നു വയസ്സുകാരനോട് ഉറങ്ങുന്നതിനുള്ള തയ്യാറെടുപ്പുകൾ ചർച്ച ചെയ്യുന്നത് വിവാദമായി. ഈ  ഡോക്യുമെന്ററി സംപ്രേഷണം ചെയ്ത ഉടൻ സന്ത ബാര്ബര കൗണ്ടി അറ്റോർണി ഓഫീസ് ക്രിമിനൽ അന്വേഷണം തുടങ്ങി. പിന്നീട് മാസങ്ങൾക്ക് ശേഷം കേസിന്റെ വിചാരണയ്ക്കിടെ ജാക്സൺ ഈ ഡോക്യുമെന്ററിയുടെ മുഴുവൻ ദൃശ്യം തന്റെ സ്വകാര്യ ക്യാമറയിൽ പകർത്തിയ "ദ ഫൂട്ടേജ് യൂ വേർ നെവർ മെന്റ് ടു സീ" എന്ന പേരിൽ കോടതിയിൽ പുറത്തിറക്കി. ഇതിൽ ബഷീർ ജാക്സന്റെ കുട്ടികളുമായിട്ടുള്ള ബന്ധത്തെ പൊതുവായി പ്രകീർത്തിക്കുന്നുണ്ടായിരുന്നു. അതുപോലെ പിന്നീട് ആരോപണമുന്നയിച്ച കുട്ടിയുടെ മാതാവ് ജാനറ്റ് "മൈക്കലും തന്റെ കുട്ടികളുമായിട്ടുള്ള ബന്ധം മനോഹരമായ, സ്നേഹവാനായ, അച്ഛൻ-മകൻ, മകൾ ഒന്നാണ് എന്നും തനിക്കും കുട്ടികൾക്കും ജാക്സൺ കുടുംബാംഗത്തെ പോലെ ആണ്" എന്നു സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തുന്നതും ഈ വീഡിയോയിൽ ഉണ്ടായിരുന്നു. ഈ ഭാഗം ഒഴിവാക്കിയായിരുന്നു ബഷീർ തന്റെ ഡോക്യുമെന്ററി പുറത്തിറക്കിയത്. ഫെബ്രുവരി2003 LAPD യും DCFS യും നടത്തിയ  പ്രാഥമിക അന്വേഷണം റിപ്പോർട്ട്  ഫെബ്രുവരി 2003 നടത്തിയത് ശേഷം ഈ ആരോപണം  "അടിസ്ഥാനരഹിതം" എന്നായിരുന്നു റിപ്പോർട്ട് നൽകിയത്. എന്നാൽ ഡോക്യുമെന്ററിയിൽ തന്റെ മകൻ ഉൾപ്പെട്ടതോടെ ആ ബാലന്റെ മാതാവ് ജാക്സൺ തന്റെ മകനോട് മോശമായി പെരുമാറി എന്ന് അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥരോട് പറഞ്ഞു. തുടർന്ന് 2003 നവംബറിൽ ഏഴ് കുറ്റങ്ങൾ ജാക്സൺന്റെ പേരിൽ ചാർത്തപ്പെടുകയും അറസ്റ്റ് ചെയ്യപ്പെടുകയും ചെയ്തു. ജാക്സൺ ഈ ആരോപണങ്ങൾ എല്ലാം നിഷേധിച്ചു. വിവിധ അഭിഭാഷകരും ജാക്സൻ അനുകൂലികളും  പോലീസ് ന്റെ യും മാധ്യമങ്ങളുടെയും ജാക്സൺ കുറ്റക്കാരനാണെന്ന് സ്ഥാപിക്കാനായുള്ള ശ്രമമായിട്ടാണ് ഈ പ്രവൃത്തികളെ കണ്ടത്. മറ്റു ചിലർ കറുത്ത വർഗ്ഗക്കാർക്കെതിരെയുള്ള പോലീസിന്റെ ആക്രമണമായിട്ടും ഇതിനെ വിലയിരുത്തി. തുടർന്ന് 10 ലക്ഷം ഡോളറിന്റെ ജാമ്യത്തിൽ ജാക്സണെ മോചിപ്പിച്ചു. ഈ തുക പിന്നീട് ജാക്സണെ കുറ്റവിമുക്തനായ സമയത്ത് തിരിച്ചു കൊടുക്കാൻ കോടതി ഉത്തരവിട്ടു. അറസ്റ്റ് സമയത്ത് പോലീസ് തന്നെ പീഡിപ്പിച്ചു എന്നു ആരോപിച്ച ജാക്സൺ തന്റെ കൈകളിലെ ക്ഷതങ്ങൾ കാണിക്കുകയും തന്റെ ചുമലുകളുടെ സ്ഥാനം തെറ്റിയെന്നും പറഞ്ഞു. പീപ്പ്ൾ വി. ജാക്സൺ എന്ന പേരിലുള്ള ഈ വിചരണ, സാന്താ മരിയ കാലിഫോർണിയയിലെ കോടതിയിൽ ജനുവരി 31, 2005 ന് തുടങ്ങിയ  ഇത് അഞ്ചുമാസം നീണ്ടു. ഇത് പിന്നീട് "നൂറ്റാണ്ടിന്റെ വിചാരണ" എന്ന പേരിലും അറിയപ്പെട്ടു. ജൂൺ 13, 2005, ജാക്സണെ കോടതി എല്ലാ കുറ്റങ്ങളിൽ നിന്നും കുറ്റവിമുക്തനാക്കുകയും ചെയ്തു. പരാതി ഉന്നയിച്ച കുട്ടിയുടെ മാതാവിന് പിഴയും മറ്റു ശിക്ഷകളും വിധിച്ചു. കോടതി വിചാരണയ്ക്കു ശേഷം ഷെയഖ് അബ്ദുല്ല യുടെ ക്ഷണ പ്രകാരാം ജാക്സണും മക്കളും ബഹ്റൈൻ ലേക്ക് താമസം മാറി.

മരണശേഷം
1993-94: ആദ്യ ബാല ലൈംഗിക  ആരോപണവും ആദ്യ വിവാഹവും
മരണവും അനുസ്മരണവും
2003-05: രണ്ടാം ലൈംഗിക ബാലപീഡനാരോപണവും കുറ്റവിമുക്തമാക്കലും