കേരളത്തിലെ ആദ്യകാല ക്രിസ്ത്യാനികൾ അധികവും തോമാശ്ലീഹയുടെ കാലത്ത് മതപരിവർത്തനം നടത്തിയ യഹൂദന്മാരും നാട്ടുകാരും മദ്ധ്യപൗരസ്ത്യ ദേശത്ത് നിന്നും മറ്റും കുടിയേറി വന്നവരും ആയിരുന്നു. പ്രാദേശികമായ ആചാരങ്ങൾ അവർക്കിടയിൽ വേണ്ടുവോളം ഉണ്ടായിരുന്നു. അന്നത്തെ രാജാക്കന്മാരുടെ കാലത്ത് അവർക്ക് പ്രത്യേകം പരിഗണനകൾ കിട്ടിയിരുന്നു. ഹിന്ദുക്കളായ അദ്ധ്യാപകരുടെ കീഴിൽ വിദ്യ അഭ്യസിക്കുകയും പതിവായിരുന്നു. 

മാർ തോമാ നസ്രാണികൾ 1502-ൽ വന്നെത്തിയ വാസ്കോ ഡ ഗാമയുടെ അടുത്ത് തങ്ങളെ പോർത്തുഗൽ രാജാവിന് കീഴിലാക്കണമെന്നും മറ്റും അഭ്യർത്ഥിച്ചു. അങ്ങനെ പോർട്ടുഗീസുകാർ അവരുടെ കൂടെ മിഷണറിമാർ കൊണ്ടുവന്നു തുടങ്ങി. ആദ്യം ഇവരോട് വളരെ സൗഹാർദ്ദപരമായാണ് കഴിഞ്ഞു വന്നത്. ആദ്യകാലങ്ങളിൽ വിശുദ്ധനായ ഫ്രാൻസിസ് സേവ്യറിന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ മത പ്രവർത്തനങ്ങൾ നടന്നിരുന്നതൊന്നും ആരും എതിർത്തിരുന്നില്ല. എന്നാൽ പിൽക്കാലങ്ങളിൽ കേരളത്തിലെ നസ്രാണി ക്രിസ്ത്യാനികളെ പൂർണ്ണമായും തങ്ങളുടെ വരുതിയിൽ കൊണ്ടുവരാനുള്ള ശ്രമങ്ങൾ പോർട്ടുഗീസുകാരുടെ ഭാഗത്തുനിന്നുണ്ടായി. 

ആദ്യകാലങ്ങളിൽ കേരളത്തിലെ നസ്രാണി സഭയെ പേർഷ്യയിൽ നിന്നും മറ്റുമുള്ള മെത്രാന്മാരായിരുന്നു ഭരിച്ചിരുന്നത്. വ്യാപാരപരമായ ബന്ധങ്ങൾ പേർഷ്യയുമായി അന്നു കൂടുതൽ ഉണ്ടായിരുന്നതും പേർഷ്യയിലെ ഭരണാധികാരികൾ ക്രിസ്ത്യാനികളെ പീഡിപ്പിച്ചിരുന്നതും മൂലം നിരവധി മെത്രാന്മാർ ഇന്ത്യയിലേയ്ക്ക് വന്നതുമാണ് കാരണങ്ങൾ എന്നു ശ്രീ. ജോസഫ് പുലിക്കുന്നേൽ സമർത്ഥിക്കുന്നു. ഇക്കാരണത്താൽ പാരമ്പര്യമായി പാത്രിയാർക്കീസിൻ കീഴിലായിരുന്നു കേരളത്തിലെ ക്രൈസ്തവർ. 

1541-ൽ ഫ്രാൻസിസ്കൻ വൈദികർ കൊടുങ്ങല്ലൂരിൽ ദേവാലയം നിർമ്മിച്ചു. 1542- ല് ഈശോസഭക്കാരും (ജെസ്യൂട്ട്) 1548-ൽ ഡൊമിനിക്കൻ സഭക്കാരും 1572-ൽ അഗസ്തീനിയൻ സഭക്കാരും ഇന്ത്യയിൽ എത്തി. ഇതിൽ ഇശോ സഭക്കാരുടെ പ്രവർത്തനങ്ങളാണ് ക്രിസ്തുമതത്തിന് ഇവിടെ കൂടുതൽ വേരോട്ടം നൽകിയത്. പോർട്ടുഗീസുകാർക്ക് അഭിമതരായിരുന്നു ഈശോ സഭക്കാർ. 

1534-ൽ ഗോവാ രൂപത സ്ഥാപിതമായതോടെ ഇന്ത്യയിലെ ക്രൈസ്തവകേന്ദ്രം ഗോവയാക്കിത്തീർക്കാൻ പോർത്തുഗീസുകാരും അവരുമായി ചേർന്നു ഇശോസഭക്കാരും പ്രവർത്തനത്തിനു ആക്കം കൂട്ടി. ഗുഡ് ഹോപ്പ് മുനമ്പ് മുതൽ ചൈന വരെ പോർട്ടുഗീസ് സർവ്വാധിപത്യമുള്ള സ്ഥലങ്ങളിലെ സഭാഭരണവും ഗോവയുടെ കീഴിൽ കൊണ്ടുവന്നു. ഇവയുടെയെല്ലാം ആത്മീയ പരമാധികാരം റോമിലെ മാർപാപ്പയ്ക്കു തന്നെയായിരുന്നെങ്കിലും, സഭയുടെ ഭരണാധികാരം അഥവാ മെത്രാന്മരെ നിയോഗിക്കലും മറ്റും പോർട്ടുഗീസ് രാജാവിന് വിട്ടു കൊടുത്തുകൊണ്ട് ഒരു ഉടമ്പടി നിലവിൽ വന്നു, ഇതാണ് പാഡ്രുവാഡോ ഉടമ്പടി. ഇതനുസരിച്ച് പോർട്ടുഗൽ രാജ്യാധിപനാണ് അവരുടെ ഭരണഭൂവിഭാഗങ്ങളിലെ സഭാഭരണം നടത്തിയിരുന്നത്. എന്നാൽ പാഡ്രുവാഡൊ ഭരണത്തിലല്ലാത്ത സ്ഥലങ്ങളിൽ സഭാഭരണം നടത്താനായി മാർപാപ്പയുടെ മേൽനോട്ടത്തിൽ രൂപീകൃതമായ സമിതിയുണ്ടായിരുന്നു. ഇതാണ് പ്രൊപ്പഗാന്താ തിരുസംഘം. എന്നാൽ കേരളത്തിൽ പൂർണ്ണമായും പോർട്ടുഗീസ് ആധിപത്യം ഇല്ലാഞ്ഞതിനാൽ ഇവിടത്തെ നസ്രാണികൾ ഒരു തരം അനിശ്ചിതത്വത്തിൽ ആയിരുന്നു. പാഡ്രുവാഡോ ഭരണത്തിൽ കീഴിൽ ഒരു വിഭാഗം, പ്രൊപ്പഗാന്താ ഭരണത്തിൽ ഒരു വിഭാഗം ഇതല്ലാതെ ബാബിലോണിയൻ പാത്രിയാർക്കീസിന്റെ കീഴിലിരുന്നാൽ മതിയെന്നു വാദിച്ചിരുന്ന യാഥാസ്ഥിതിക വിഭാഗം. അവസാനത്തെ വിഭാഗങ്ങളെ ഇല്ലാതാക്കി പാഡ്രുവാഡോ ഭരണത്തിൽ കീഴിൽ എല്ലാവരെയും കൊണ്ടുവരാനായീ പോർട്ടുഗീസുകാരുടെ ശ്രമം. ഇതിൽ മുൻകൈയെടുത്തു പ്രവർത്തിച്ചിരുന്നത് ഈശോ സഭക്കാരായിരുന്നു. അവർക്ക് കൊടുങ്ങല്ലൂരിലെ അമ്പഴക്കാട് എന്ന സ്ഥലത്ത് വൈദിക പഠനകേന്ദ്രവും ദേവാലയവും ഉണ്ടായിരുന്നു. (ഇത് സെൻറ് പോൾസ് എന്നറിയപ്പെട്ടിരുന്നു. പ്രാദേശിക ഭാഷയിൽ ഇത് സെയിന്റ്പൊളൂർ എന്നും ഇന്നത്തെ സാമ്പാളൂർ എന്നും ആയി മാറി).

1553-ൽ കൊച്ചി രൂപത സ്ഥാപിക്കുകയും ഗോവാ അതിരൂപതയുടെ കീഴിലാക്കുകയും ചെയ്തെങ്കിലും സുറിയാനിക്കാർ അങ്കമാലി രൂപതയുടെ (അകത്തോലിക രൂപത) കീഴിൽ തന്നെ സ്വതന്ത്രമായി പ്രവത്തിച്ചു. ഇത് പോർട്ടുഗീസുകാർക്ക് അത്ര ഇഷ്ടമായിരുന്നില്ല. അങ്ങനെയിരിക്കെ അങ്കമാലി മെത്രൊപ്പോലീത്തയായിരുന്ന മാർ ആബ്രഹാം കാലം ചെയ്തു. ഇത് അവസരപ്പെടുത്തി ഗോവ മെത്രൊപ്പോലീത്തയായിരുന്ന ഡോ. അലെക്സിയൂസ് ഡെ മെനസിസ് ഉടനെ കേരളത്തിലെത്തി അങ്കമാലി യെ ഗോവയ്ക്കു കീഴിൽ കൊണ്ടുവരുവാനുള്ള ശ്രമങ്ങൾ ആരംഭിച്ചു. എന്നാൽ പാരമ്പര്യമനുസരിച്ച് അങ്കമാലി രൂപതയുടെ ഭരണം ഗീവർഗ്ഗീസ് ആർച്ച് ഡീക്കൺ ഏറ്റിരുന്നു. അദ്ദേഹം ഗോവ മെത്രൊപ്പോലീത്തയുടെ മേലധികാരം സമ്മതിക്കാൻ തയ്യാറായില്ല. എന്നാൽ മെനസിസ് അദ്ദേഹത്തെ തന്ത്രപൂർവ്വം തന്റെ വാസസ്ഥലത്തുവച്ച് ഒരു രേഖയിൽ ഒപ്പിടുവിച്ചു. അന്ത്യോക്യായിലെ പാത്രിയാർക്കീസുമായി ബന്ധം വിടുവിക്കുന്നതിന്റെ രേഖയായിരുന്നു അത്. അന്ന് കത്തോലിക്കാ വിഭാഗത്തിന്റെ തലവൻ മാർ ശെമയോനും നെസ്തോറിയൻ വിഭാഗത്തിന്റേത് മാർ ഏലിയാസുമായിരുന്നു. എന്നാൽ ബാബേലിലെ എല്ലാവരും നെസ്തോറിയന്മാരാണെന്നും കത്തോലിക്കരല്ലെന്നും വരുത്തിത്തീർക്കാനുള്ള ശ്രമമായിരുന്നു മെനസിസിന്റേത്. ഇത് കേരളത്തിലെ സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികളെ അസംതൃപ്തരാക്കിയ സംഭവമായിരുന്നു. അർക്കദിയാക്കോൻ, മെനസിസിന്റെ കയ്യിലെ പാവ മാത്രമായിത്തീർന്നിരുന്നു.

ഉദയംപേരൂർ സുന്നഹദോസ്
ചരിത്രം
കൂനൻ കുരിശിനു ശേഷം
പേരിനു പിന്നിൽ