ആരോപണവിധേയരായ ഗൂഢാലോചനക്കാരുടെ വിചാരണ മെയ് 9 ന് ആരംഭിച്ചു. വിചാരണയ്ക്കായി സിവിലിയൻ കോടതിക്ക് പകരം ഒരു സൈനിക ട്രൈബ്യൂണൽ തീരുമാനിക്കപ്പെട്ടു. ഒരു വലിയ ഗൂഢാലോചനയായി പൊതുജനങ്ങളാൽ തിരിച്ചറിയപ്പെട്ട ഈ കേസിൽ കൂടുതൽ തെളിവുകൾ നൽകി കോടതിയെ സഹായിക്കുവാൻ സിവിലിയൻ കൊടതിയേക്കാളുപരി ഒരു സൈനിക ട്രിബ്യൂണലിനു സാധിക്കുമെന്നാണ് സർക്കാർ ഉദ്യോഗസ്ഥർ വിചാരിച്ചത്. ആരോപണവിധേയരായ എട്ടുപേരേയും ഒരേസമയം വിചാരണക്കു വിധേയരാക്കിയിരുന്നു. സറാട്ടിന്റെ നിരപരാധിത്വത്തെക്കുറിച്ച് ചരിത്രകാരന്മാർക്കിടയിൽ വ്യത്യസ്ത വീക്ഷണങ്ങളാണുള്ളത്. ചരിത്രകാരനായ ലോറി വെർജ് അഭിപ്രായപ്പെട്ടതനുസരിച്ച്  ഡോ. സാമുവൽ അലക്സാണ്ടർ മുഡ്ഡിൻറെ കാര്യത്തിൽ മാത്രമേ കുറ്റാരോപിതരിൽ ഒരാൾ അപരാധിയോ നിരപരാധിയോ  എന്ന നിലയിൽ എതിർകക്ഷികളുടെയിടയിൽ വിവാദമുണ്ടായിരുന്നുള്ളുവെന്നാണ്. ഇക്കാര്യത്തിൽ മറ്റൊരു പണ്ഡിതനായിരുന്ന തോമസ് റീഡ് ടർണർ പറയുന്നത്  ലിങ്കണെ വധിക്കുവാൻ ഗൂഢാലോചന നടത്തിയ എട്ടുപേരിൽ സറാട്ടിനെതിരേയുള്ള കേസ് അക്കാലത്തും ശേഷമുള്ള കാലത്തും ഏറ്റവും വിവാദപരമായതായിരുന്നുവെന്നാണ്. 

ആയുധപ്പുരയുടെ മൂന്നാമത്തെ നിലയിലെ വടക്കുകിഴക്കു ഭാഗത്തുള്ള ഒരു മുറി കോടതി മുറിയായി നിശ്ചയിക്കപ്പെടുകയും കാഴ്ചക്കാരുടെ കടന്നുകയറ്റമോ തടസ്സപ്പെടുത്തലോ ഒഴിവാക്കുന്നതിനായി തടവുപുള്ളകളെ ഒരു അരികു വാതിലിലൂടെ കോടതിമുറിയിലെത്തിക്കുകയും ചെയ്തു. സറാട്ടിന് വിചാരണ വേളയിൽ അവരുടെ അസുഖത്താലും വനിതയായതിനാലും പ്രത്യേക പരിഗണന നൽകപ്പെട്ടു. കോടതിമുറിയിൽ മറ്റു തടവുകാരിൽനിന്നു വേർ‌തിരിച്ചാണ് അവരെ ഇരുത്തിയിരുന്നത്. വിചാരണ സമയത്ത് മറ്റു തടവുകാരുടെ ഇരുവശങ്ങളിലും സായുധരായ കാവൽക്കാരുണ്ടായിരുന്നതുപോലെ സറാട്ടിനുമുണ്ടായിരുന്നോ എന്ന കാര്യത്തിൽ രേഖകളുടെ ഉറവിടങ്ങളിൽ വൈജാത്യം കാണപ്പെടുന്നു. മറ്റുള്ളവരുടെ കൈത്തണ്ടയും കണങ്കാലും ചങ്ങലകളാൽ ബന്ധിച്ചിരുന്നു. എന്നാൽ സറാട്ടിന്റെ കൈകാലുകൾ സ്വതന്ത്രമായിരുന്നു. അരുകില്ലാത്ത തൊപ്പി ധരിക്കുവാനും കാഴ്ചക്കാരിൽനിന്നു മുഖം മറയ്ക്കുക്കുന്നതിന് ഒരു മൂടുപടവും അവർക്ക് അനുവദിക്കപ്പെട്ടിരുന്നു. വിചാരണാ സമയത്ത് അവരുടെ രോഗം വഷളാകുകയും കൂടുതൽ വലുതും മെച്ചപ്പെട്ടതുമായ ഒരു തടവറയിലേയ്ക്കു മാറ്റപ്പെടുകയും ചെയ്തിരുന്നു.

മേരി സറാട്ടിന്റെമേൽ ചുമത്തപ്പെട്ടത് പ്രേരണാക്കുറ്റം, സഹായം ചെയ്യൽ, സത്യം മറക്കൽ, പ്രബോധനം, കൂട്ടുപ്രതികൾക്കു സുരക്ഷിതസ്ഥാനമൊരുക്കൽ എന്നിവയായിരുന്നു. ഫെഡറൽ സർക്കാർ തുടക്കത്തിൽ അവർക്കും മറ്റുള്ളവർക്കും നിയമോപദേശം തേടാൻ ശ്രമിച്ചിരുന്നു. എന്നാൽ യൂണിയനോട് അവിശ്വസ്തത ആരോപിക്കപ്പെടുമെന്നുള്ള ഭീതിയാൽ അറ്റോർണി ജനറൽമാർ ഈ ജോലി ഏറ്റെടുക്കുവാൻ തയ്യാറായില്ല. സറാട്ട് തന്റെ നിയമോപദേഷ്ടാവായി റിവേർഡി ജോൺസനെ നിലനിർത്തിയിരുന്നു. 1864-ലെ പ്രസിഡന്റ് തെരഞ്ഞെടുപ്പിൽ വോട്ടർമാരിൽ നിന്നു വിശ്വസ്തതയ്ക്കുള്ള സത്യവാങ്മൂലം ആവശ്യപ്പെട്ടുകൊണ്ട്, സറാട്ടിനു കോടതിയിൽ പ്രതിരോധിക്കുവാൻ അനുവദിക്കുവാനുള്ള ജോൺസന്റെ അവകാശത്തെ ഒരു സൈനിക കമ്മീഷന്റെ അംഗം വെല്ലുവിളിക്കാൻ ശ്രമിച്ചിരുന്നു. വളരെയധികം ചർച്ചകൾക്കു ശേഷം, ഈ എതിർപ്പു പിൻവലിക്കപ്പെട്ടു. പക്ഷേ, അദ്ദേഹത്തിന്റെ സ്വാധീനത്തിന് ക്ഷതം സംഭവിക്കുകയും, കോടതിയിലെ മിക്ക സെഷനുകളിലും അദ്ദേഹം  പങ്കെടുക്കാതിരിക്കുകയും ചെയ്തു. സറാട്ടിന്റെ നിയമപരിരക്ഷയുടെ ഭൂരിഭാഗവും മറ്റ് രണ്ട് അഭിഭാഷകരായ ഫ്രെഡറിക് ഐകെൻ, ജോൺ വെസ്ലി ക്ലാമ്പ്ലിറ്റ് എന്നിവരാണ് അവതരിപ്പിച്ചത്.

ഗൂഢാലോചനയുമായി സറാട്ടിനെ ബന്ധിപ്പിക്കുകയെന്നതായിരുന്നു പ്രധാന പ്രോസിക്യൂഷൻ തന്ത്രം. പ്രസിഡന്റിന്റെ കൊലപാതകത്തിന് മൂന്ന് ദിവസങ്ങൾക്ക് ശേഷം പവൽ സറാട്ടിന്റെ ബോർഡിംഗ് ഹൌസിലെത്തിയത് അവർക്കുനേരേയുള്ള നിർണ്ണായകമായ തെളിവ് ആണെന്നു സർക്കാർ വാദിച്ചു. പ്രോസിക്യൂഷൻ ഒൻപത് സാക്ഷികളെ ഹാജരാക്കിയെങ്കിലും ഇവരുടെ കേസുകൾ ജോൺ എം. ലോയ്ഡ്, ലൂയിസ് ജെ. വെയ്ച്ച്മാൻ എന്നീ രണ്ടു പേരുടെ മാത്രം സാക്ഷ്യത്തെ ആശ്രയിച്ചായിരുന്നു. മാർച്ച് മാസത്തിൽ തോക്കുകളും മറ്റു വസ്തുക്കളും മദ്യശാലയിൽ ഒളിപ്പിച്ചുവെച്ചിരുന്നുവെന്നും ‘വെടിക്കോപ്പുകൾ തയ്യാറാണ്’ എന്നുള്ള സറാട്ടും താനുമായുള്ള രണ്ടു സംഭാഷണങ്ങളെക്കുറിച്ചും 1865 മാർച്ച് 13, 15, 15 തീയതികളിലായി ലോയ്ഡ് സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി. ഇതിൽ വെയ്ച്ച്മാന്റെ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തൽ പ്രാധാന്യമർഹിക്കുന്നതായിരുന്നു. കാരണം സറാട്ടിനും മറ്റ് ഗൂഢാലോചനക്കാർക്കുമിടയിൽ ഒരു അടുത്ത ബന്ധം സ്ഥാപിക്കുന്നതിന് ഈ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തലിനു സാധിച്ചു. 1864 നവംബർമുതൽ താൻ ബോർഡിംഗ് ഹൌസിലെ താമസക്കാരനായിരുന്നുവെന്നും ജോൺ ജൂനിയർ, അറ്റ്സെറോഡ്റ്റ്, ബൂത്ത്, പവൽ എന്നിവരുമായി സമാഗമം നടത്തുകയും സംഭാഷണം നടത്തുകയും ചെയ്യുന്നത് താൻ കാണുകയോ അല്ലെങ്കിൽ പറഞ്ഞു കേട്ടതായോ അയാൾ മെയ് 16 മുതൽ 19 വരെയുള്ള ദിവസങ്ങളിൽ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി.

ഏപ്രിൽ 11, 14 തീയതികളിൽ വീച്ച്മാൻ സറാട്ടിനെ മദ്യശാലയിലെത്തിച്ചിരുന്നതായും അവരും ലോയ്ഡും തമ്മിൽ ഏറെസമയം സ്വകാര്യ സംഭാഷണത്തിലേർപ്പെട്ടിരുന്നതായും വീച്ച്മാൻ സ്ഥിരീകരിച്ചു പറയുകയും ബൂത്ത് ബൈനോക്കുലറടങ്ങിയ ഒരു പൊതി സറാട്ടിനു കൈമാറുന്നതും  അത് അവർ ലോയിഡിനു കൈമാറുന്നതു കണ്ടതായും വീച്ച്മാൻ കോടതിയിൽ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി.  പ്രദേശത്തു പ്രവർത്തിച്ചിരുന്ന കോൺഫെഡറേറ്റ് ചാരപ്രവർത്തനങ്ങൾ, വാർത്താ വാഹക ശൃഖലകൾ എന്നിവയും അതിലെ സറാട്ട് കുടുംബത്തിന്റെ ബന്ധവും അറ്റ്സെറോഡ്റ്റ്,പവൽ എന്നിവരുമായുള്ള അടുപ്പത്തേക്കുറിച്ചും വിശദമായ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തൽത്തന്നെ അയാൾ നൽകി.  ബൂത്ത്, ജോൺ എന്നിവരോടൊപ്പം താനും കൂടി സംബന്ധിച്ച ഡിസംബർ 23 ലെ കൂടിക്കാഴ്ചയെക്കുറിച്ചും അനന്തരം നാഷണൽ ഹോട്ടലിലെ ബൂത്തിന്റെ മുറിയിൽ മറ്റുള്ളവരും ബൂത്തുമായി നടത്തിയ മറ്റൊരു കൂടിക്കാഴ്ച്ചയെക്കുറിച്ചും അയാൾ കോടതിയിൽ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി. അന്തിമമായി, 1865 മാർച്ചിൽ ലിങ്കനെ തട്ടിക്കൊണ്ടുപോകാൻ നടത്തിയ ശ്രമം വിഫലമായതിനെത്തുടർന്ന് ബോർഡിംഗ് ഹൌസിൽ പൊതുവായുണ്ടായ  വികാരവിക്ഷോഭത്തേക്കുറിച്ചും അയാൾ സൈനിക ട്രൈബ്യൂണലിനുമുന്നിൽ വെളിപ്പെടുത്തൽ നടത്തി.

മറ്റ് പ്രോസിക്യൂഷൻ സാക്ഷികൾ വീച്ച്മാന്റെ സാക്ഷ്യത്തെ ശക്തിപ്പെടുത്തുന്ന പ്രസ്താവനകളാണു നടത്തിയത്. ബോർഡിംഗ് ഹൌസിലെ ഒരു താമസക്കാരനായിരുന്ന ഹോണോറ ഫിറ്റ്സ്പാട്രിക്ക്, അറ്റ്സെറാഡ്റ്റിന്റേയും, ബൂത്ത്, പവൽ എന്നിവരുടേയും ബോർഡിംഗ് ഹൌസിലേയ്ക്കുള്ള സന്ദർശനത്തെ സ്ഥിരീകരിച്ചു.  ലോയ്ഡിന്റെ സഹോദരപത്നിയായിരുന്ന എമ്മാ ഓഫുട്ട്  ഏപ്രിൽ 11 നും 14 നും ലോയ്ഡും സറാട്ടുമായി ദീർഘനേരം സംസാരിക്കുന്നതു കണ്ടുവെന്ന് (പക്ഷേ കേട്ടില്ല) സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തുകയുണ്ടായി.  സറാട്ടിന്റെ അറസ്റ്റും ആ സമയത്തെ പവലിന്റെ കടന്നുവരവും താൻ പവലിനെ അറിയില്ലെന്ന സറാട്ടിന്റെ നിഷേധവും സർക്കാർ ഏജൻറുമാർ കോടതിയിൽ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി.  സത്യത്തിൽ ലിങ്കൺ കൊല്ലപ്പെട്ടശേഷം പവൽ ബോർഡിംഗ് ഹൌസിൽ അഭയം തേടിയെത്തിയത് സറാട്ടിനുമേൽ മോശം സ്വാധീനം ചെലുത്തിയെന്നുവേണം കരുതുവാൻ.  പവലിനെ അറിയില്ലെന്നുള്ള സറാട്ടിന്റെ നിഷേധവും (അല്ലെങ്കിൽ  തിരിച്ചറിയാൻ സാധിക്കുന്നതിലെ അവരുടെ പരാജയം) അവർക്ക് എതിരായി ഭവിച്ചു.  വീടിനുള്ളിൽ നടത്തിയ തങ്ങളുടെ  തിരച്ചിലും അങ്ങനെ ലഭിച്ചുവെന്നു പറയപ്പെടുന്ന തെളിവുകളെക്കുറിച്ചും (ഫോട്ടോഗ്രാഫുകൾ, ആയുധങ്ങൾ മുതലായവ)  ഏജൻസികൾ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി.  ലിങ്കണിന്റെ മരണത്തിനു മുമ്പുള്ള കാലങ്ങളിൽ സറാട്ട് ഗൂഢാലോചനയിൽ സജീവ പങ്കുവഹിച്ചിട്ടുണ്ട് എന്ന രീതിയിലുള്ള ലോയിഡിന്റെ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തൽ പ്രോസിക്യൂഷനു കേസിലെ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ടതായിരുന്നു. വിചാരണ നടപടികൾ മെയ് 22 ന് അവസാനിപ്പിച്ചു. 

പ്രധാന പ്രോസിക്യൂഷൻ സാക്ഷികളായിരുന്ന ലോയിഡ്, വീച്ച്മാൻ എന്നിവരുടെ മൊഴികളെ  സംശയംവച്ച് ചോദ്യംചെയ്യുകയെന്നതായിരുന്നു പ്രതിരോധ തന്ത്രം. സറാട്ടിനു യൂണിയനോട് വിശ്വസ്തതയുണ്ടായിരുന്നുവെന്നും സറാട്ട്വില്ലെയിലേയ്ക്കുള്ള അവരുടെ യാത്രകൾ വെറും നിർദ്ദോഷപരമായിരുന്ന ഒന്നായിരുന്നുവെന്നും  ബൂത്തിന്റെ പദ്ധതികളേക്കുറിച്ച് അവർക്ക് യാതൊരു അറിവുമില്ലായിരുന്നുവെന്നും തെളിയിക്കാൻ തങ്ങൾക്കു സാധിക്കുമെന്നു പ്രതിവിഭാഗം പ്രത്യാശിച്ചു. പ്രതിരോധ നിരയിലുണ്ടായിരുന്ന 31 സാക്ഷികളും സറാട്ട് നിരപരാധിയാണെന്നു സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി.  കടം കൊടുക്കുവാൻ സർറാറ്റിനെ പ്രേരിപ്പിച്ചിരുന്നുവെന്ന് ജോർജ്ജ് എച്ച്. കാൾവർട്ട് സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി. അതുപോലെതന്നെ കാൽവർട്ടിന്റെ പണാവശ്യത്തെ തൃപ്തിപ്പെടുത്തുന്നതിനായി ജോൺ നോത്തിയിൽനിന്ന്  പണം വാങ്ങുവാൻ സറാട്ട് ശ്രമിച്ചതായി ബെന്നെറ്റ് ഗ്വിൻ പറഞ്ഞു.  കടം വാങ്ങുന്നതിനായി ഏപ്രിൽ 11 ന് മദ്യശാലയിൽ ഏപ്രിൽ 11 നു എത്തിച്ചേരുവാൻ സറാട്ടിൽനിന്നു ഒരു കത്തു ലഭിച്ചിരുന്നതായും നോത്തേയും വെളിപ്പെടുത്തി.

നിരവധി സാക്ഷികൾ ലോയിഡിന്റെ സ്വഭാവ ദൂഷ്യത്തെക്കുറിച്ചും അമിതമായ മദ്യപാനത്തെക്കുറിച്ചുമുള്ള സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തലുകൾ നടത്തി. മറ്റു സാക്ഷികളിൽ ചിലർ, ലിങ്കന്റെ കൊലപാതകം നടന്ന ദിവസം, ആ ദിവസത്തെ സംഭവവികാസങ്ങളേക്കുറിച്ച് കൃത്യമായി ഓർമ്മിക്കുവാൻപോലും സാധിക്കാത്ത രീതിയിൽ അയാൾ കൂടിയ അളവിൽ മദ്യം സേവിച്ചിരുന്നുവെന്നും സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി. കോൺഫെഡറേറ്റ് ഏജന്റായിരുന്ന അഗസ്റ്റസ് ഹൊവെൽ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തിയത്, വീച്ച്മാൻ ഒരു കോൺഫെഡറേറ്റ് ചാരനായുംകൂടി പ്രവർത്തിച്ചിരുന്നതിനാൽ ഒരു വിശ്വാസയോഗ്യനായ സാക്ഷിയല്ല എന്നായിരുന്നു. (ഹൊവെൽ ഒരു കോൺഫെഡറേറ്റ് ചാരനായിരുന്നുവെന്നും അയാളുടെ വാക്കുകൾ വിശ്വസിക്കാൻ പാടില്ലെന്നും  പ്രോസിക്യൂഷൻ ഇതിനിടെ വാദിക്കുവാൻ ശ്രമിക്കുകയും ചെയ്തു.) അറ്റ്സെറോഡ്റ്റിനെ ബോർഡിംഗ് ഹൗസിലേയ്ക്കു കൂട്ടിക്കൊണ്ടുവന്നത് വീച്ച്മാൻ ആണെന്ന് അന്ന സറാട്ട് സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി. വീട്ടിൽനിന്നു കണ്ടെടുത്ത ബൂത്തിന്റെ ഫോട്ടോ അവളുടേതാണെന്നും യൂണിയൻ രാഷ്ട്രീയ, സൈനിക നേതാക്കളുടെ ഫോട്ടോഗ്രാഫുകളും അവൾ സൂക്ഷിച്ചിരുന്നുവെന്നും അന്ന സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി. ബോർഡിംഗ് ഹൌസിലെ രാഷ്ട്ര വഞ്ചനാപരമായ പ്രവർത്തനങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള ചർച്ചകൾ ഒരിക്കലും കേൾക്കാനിടയായിട്ടില്ല എന്നും ബൂത്തിന്റെ അവിടുത്തെ സന്ദർശനങ്ങൾ വെരും ഹ്രസ്വമായിരുന്നുവെന്നും അന്ന വെളിപ്പെടുത്തി. തന്റെ മാതാവിന്റെ കാഴ്ച്ച ശക്തിക്കു തകരാറുണ്ടായിരുന്നതിനാൽ പവലിനെ തിരിച്ചറിയുന്നതിൽ മാതാവിനു സംഭവിച്ച പരാജയത്തെക്കുറിച്ചും  അന്ന സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തി. അഗസ്റ്റ ഹോവെൽ, ഹൊണോറ ഫിറ്റ്സ്പാട്രിക് എന്നീ മുൻ വാല്യക്കാരിയും അടിമയും മേരി സറാട്ടിന്റെ കാഴ്ച്ചക്കുറവിനേക്കുറിച്ചു സാക്ഷ്യം പറഞ്ഞു. മുൻ വാല്യക്കാരിയും അടിമയും മേരി സറാട്ട് യൂണിയൻ സൈനികർക്ക് ഭക്ഷണം നൽകിയിരുന്നതായും വെളിപ്പെടുത്തി. കോടതിയിലെ വിസ്താരത്തിന്റെ അവസാനത്തിൽ, അവരുടെ യൂണിയനോടുള്ള കൂറും അടിയുറച്ച ക്രിസ്തീയവിശ്വാസവും ദയാവായ്പുകളും സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തുന്നതിന് അനേകർ വിളിക്കപ്പെടുകയും വിസ്തരിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു. പ്രോസിക്യൂഷൻ പ്രതിവാദം നടത്തുമ്പോൾ, ഗവൺമെന്റ് അഭിഭാഷകർ തങ്ങളുടെ നിലപാടിനെ സാധൂകരിക്കുവാൻ നാലു സാക്ഷികളെ വിളിക്കുകയും അവർ വീച്ചമാന്റേത് വിശ്വാസയോഗ്യായ പ്രസ്താവനകളാണെന്നു സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു.

പ്രതിഭാഗത്തിന്റെ അവസാന വാദം അവതരിപ്പിച്ചത് ജോൺസണും ഐക്കനും ചേർന്നായിരുന്നു. ഒരു സിവിലിയൻ കോടതിക്കെതിരേ ഒരു മിലിട്ടറി ട്രിബ്യൂണലിനുള്ള അധികാരത്തെ ജോൺസൺ ചോദ്യംചെയ്തു. മഡ്ഡിന്റെ അഭിഭാഷകനും ഇതേകാര്യത്തെത്തന്നെ ചോദ്യം ചെയ്തിരുന്നു.  കോടതിയുടെ അധികാരപരിധിയെയും ഐക്കൻ വെല്ലുവിളിച്ചിരുന്നു. ലോയ്ഡ്, വീച്ച്മാൻ എന്നിവർ അവിശ്വസനീയരായ സാക്ഷികളാണെന്നും സറാട്ടിനെതിരേയുള്ളതെല്ലാം സാഹചര്യത്തെളിവുകൾ മാത്രമാണെന്നും അദ്ദേഹം കൂട്ടിച്ചേർത്തു. ലിങ്കണെ വധിക്കാനുള്ള ഗൂഢാലോചനയിലേക്ക് സറാട്ടിനെ ബന്ധിപ്പിക്കുന്ന ഒരേയൊരു തെളിവ് ലോയ്ഡ്, വിച്ച്മാൻ തുടങ്ങിയവരുടെ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തലുകളിൽനിന്നു മാത്രമാണെന്നും രണ്ടുപേരും കള്ളസാക്ഷ്യമാണു പറഞ്ഞതെന്നും അദ്ദേഹം സമർത്ഥിച്ചു. (ഡൊറോത്തി കുൻഹാർഡ്റ്റ് എഴുതിയിരിക്കുന്നത് രണ്ടാമന്റെ കള്ള സാക്ഷ്യം യുദ്ധകാര്യ സെക്രട്ടറി എഡ്വിൻ എം. സ്റ്റാൻഡന്റെ പ്രേരണയാലാണെന്നു തെളിവുണ്ടെന്നാണ്).

ജഡ്ജി അഡ്വക്കറ്റ് ജോൺ ബിംഗ്ഹാം പ്രോസിക്യൂഷനുവേണ്ടിയുള്ള ക്ലോസിംഗ് വാദം അവതരിപ്പിച്ചു. വിചാരണയുടെ തുടക്കം മുതൽ കേസ് ഈ മിലിട്ടറി കോടതിയുടെ അധികാരത്തിലായിരുന്നതുകൊണ്ടു മാത്രമല്ല ഒരു സൈനിക അധികാര പരിധിയിലുള്ള പ്രദേശത്തു യുദ്ധകാലത്തു നടന്ന കുറ്റകൃത്യമായിരുന്നതിനാലും ഉന്നത ഗവൺമെന്റ് ഉദ്യോഗസ്ഥർക്കെതിരെ നടന്ന രാജ്യദ്രോഹ പ്രവർത്തനങ്ങളായതിനാലും ഈ കേസിൽ ഒരു സൈനിക കോടതിക്ക് അധികാര പരിധിയുണ്ട് എന്ന് അദ്ദേഹം വാദിച്ചു. ഗൂഢാലോചന നടന്നത് സറാട്ട് ബോർഡിങ് ഹൗസിലാണെന്നും അറ്റ്സെറോഡ്റ്റ്, ബോത്ത്, പവൽ എന്നിവരെല്ലാംതന്നെ സറാട്ടുമായി കണ്ടുമുട്ടിയിരുന്നുവെന്നും ബിംഗ്ഹാം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. സറാട്ട് ഓരോ തവണ സറാട്ട്വില്ലെയിലേയ്ക്കു വാഹനം വാടകക്കെടുത്തു പോകുമ്പോഴും ബൂത്ത് പണം കൊടുത്തിരുന്നു. സറാട്ടിന്റെ ഈ യാത്രകൾ ഗൂഢാലോചനയിൽ നിർണ്ണായകമായിരുന്നുവെന്നു തെളിവുകൾ ഉണ്ടായിരുന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. ലോയ്ഡിന്റെ മൊഴി കൃത്യത്തിൽ പങ്കെടുത്ത മറ്റുള്ളവരെ ശരിവെക്കുന്നതാണെന്ന് ബിങ്ഹാം പറഞ്ഞു. അതുപോലെതന്നെ മദ്യശാലയിലെ ആയുധങ്ങൾ മറച്ചുവച്ചിരിക്കുന്ന സ്ഥലം വെളിപ്പെടുത്താനുള്ള അയാളുടെ വൈമുഖ്യം വാടകക്കാരനെന്ന നിലയിൽ ലോയ്ഡിന് സറാട്ടിനോടുള്ള വിധേയത്വവുമായിരിക്കാമെന്ന് ബിംഗ്ഹാ പറഞ്ഞു. സറാട്ടിനെ തേടി പവൽ സറാട്ട് ഹൗസിൽ പവൽ തിരിച്ചെത്തിയതു മാത്രംമതി അവർ കുറ്റക്കാരിയെന്നു തെളിയിക്കാനെന്നും ഗൂഢാലോചനാ നിയമപ്രകാരം ഒരു വ്യക്തി ചെയ്യുന്ന കുറ്റകൃത്യത്തിലെ എല്ലാ ഗൂഢാലോചനക്കാരും അതേ കുറ്റകൃത്യത്തിൽ ഒരുപോലെ കുറ്റവാളികളാണെന്നുമുള്ള ഗവൺമെന്റിന്റെ പ്രധാന വാദമുഖങ്ങളോടെ ബിങ്ഹാം പറഞ്ഞവസാനിപ്പിച്ചു.

1865 ജൂൺ 28-ന് വിചാരണ അവസാനിച്ചു. വിചാരണയുടെ അവസാന നാലു ദിവസങ്ങളെയാണ് സറാട്ടിനു കടുത്ത അസുഖം ബാധിക്കുകയും തടവടയിൽത്തന്നെ കഴിയുവാൻ അവരെ അനുവദിക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു.  ചരിത്രകാരനായ റോയ് ഇസഡ് ചാംലിയുടെ അഭിപ്രായത്തിൽ, ഇരുവിഭാഗങ്ങളിലെ വാദങ്ങളിലും പഴുതുകളുണ്ടായിരുന്നു. റിവേർഡ് ജോൺസന്റെ കാര്യത്തിലൊഴികെ,  അതിയായ വൈദഗ്ദ്യമുള്ള അറ്റോർണിമാർ രണ്ടുവിഭാഗത്തിലും ഉൾപ്പെട്ടിരുന്നില്ല. ലോയ്ഡും സറാട്ടുമായി സംഭാഷണത്തിലേർപ്പെട്ട സമയം ലോയ്ഡിനോടൊപ്പം വണ്ടിയിൽ സഹയാത്ര ചെയ്തുവെന്ന പറഞ്ഞയാളെ ഒരു സാക്ഷിയെന്ന നിലയിൽ ഹാജരാക്കാൻ സാധിക്കാതെയിരുന്നത് സർക്കാരിന്റെ കേസ് ദുർബ്ബലപ്പെടുത്തിയിരുന്നു. അതുപോലെതന്നെ ലോയ്ഡിന്റെ വെളിപ്പെടുത്തലിലെ “വെടിക്കോപ്പുകൾ തയ്യാറാണ്” എന്ന കഥയുടെ നിജസ്ഥിതിയോ ആദ്യകാലങ്ങളിൽ ഏറ്റവുമധികം വിജയകരമായ അന്വേഷണങ്ങൾ നടത്തിയ മെട്രോപോളിറ്റൻ പോലീസ് മേധാവി എ.ആർ. റിച്ചാർഡ്സിന്റെ അന്വേഷണങ്ങളോ തെളിയിക്കുവാനും പ്രോസിക്യൂഷനു സാധിച്ചിരുന്നില്ല. സറാട്ടുമായുള്ള ബൂത്തിന്റെ കണ്ടുമുട്ടൽ നടന്നത് ഉച്ചയ്ക്കാണോ അല്ലെങ്കിൽ കൊലപാതകത്തിന്റെയന്നു വൈകുന്നേരമാണോ എന്ന കാര്യത്തിലും സർക്കാർ പൂർണമായി അന്വേഷണം നടത്തിയില്ല. സാക്ഷികളെ ക്രോസ് വിസ്താരം ചെയ്തത് ശരിയായി തയ്യാറെടുക്കാതെയും ദുർബലവുമായിട്ടായിരുന്നു. ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ടത്, ചരിത്രകാരനായ റോയ് സി. ചേമ്പർ ജൂനിയർ പറയുന്നതനുസരിച്ച്, ജോൺ ജൂണിയറിനെ പിടികൂടാനുള്ള ഗവണ്മെന്റിന്റെ ശ്രമവും വിഫലമായിയെന്നുള്ളതാണ്. പ്രതിവിഭാഗത്തിന്റെ കേസിലും ഒരു പ്രശ്നമുണ്ടായിരുന്നു. മേരിയുടെ മദ്യശാലയിലേയ്ക്കുള്ള അവസാനത്തെ സന്ദർശനത്തിന്റെ കാര്യത്തിൽ വീച്ച്മാന്റെ മൊഴിയിലെ കാലഗണനയിലെ വൈരുദ്ധ്യത്തെ പ്രതിവിഭാഗം ഒരിക്കലും പിന്തുടരുകയോ അന്വേഷിക്കുകയോ ചെയ്തില്ല. ഇതുവഴി  വീച്ച്മാന്റെ മൊഴിയുടെ വിശ്വാസ്യതക്കു മുഴുവൻ  തുരങ്കം വയ്ക്കാമായിരുന്നു.

സൈനിക ട്രൈബ്യൂണൽ ജൂൺ 29 നും 30 നും കുറ്റക്കാർക്ക് ശിക്ഷ വിധിച്ചു. സറാട്ടിന്റെ കുറ്റം രണ്ടാം ഘട്ടത്തിലാണു പരിഗണിക്കപ്പെട്ടത്. അവരുടെ കേസിൽ തെളിവുകളുടേയും സാക്ഷികളുടെ വിശ്വസനീയതകളുടേയും പ്രശ്നങ്ങൾ ഉണ്ടായിരുന്നു. ജൂൺ 30 നാണ് ശിക്ഷ വിധിച്ചത്. സൈനിക കോടതി രണ്ടു കുറ്റങ്ങളൊഴികെ ബാക്കി എല്ലാ കുറ്റങ്ങളിലും അവർ കുറ്റവാളിയെന്നു വിധിച്ചു ന്യായാധിപന്മാരുടെ ഒമ്പത് വോട്ടിൽ ആറുപേർ വധശിക്ഷയാണ് ആവശ്യപ്പെട്ടത്.  ഫെഡറൽ ഗവൺമെൻറ് വധ ശിക്ഷക്കു വധിച്ച ആദ്യത്തെ വനിതയായിമാറി സറാട്ട്. ജൂലായ് അഞ്ചിനാണ് ഈ വിധിയുടെ പൊതുപ്രഖ്യാപനം ഉണ്ടായത്. പവൽ ഈ വിധിയെക്കുറിച്ച് അറിഞ്ഞപ്പോൾ അദ്ദേഹം പറഞ്ഞത് എല്ലാ കുറ്റങ്ങളിലും സറാട്ട് പൂർണമായും നിരപരാധിയാണെന്നാണ്. വധശിക്ഷയ്ക്ക് മുമ്പുള്ള രാത്രിയിൽ, സറാട്ടിന്റെ പുരോഹിതന്മാരും അന്ന സറാട്ടും പവലിനെ സന്ദർശിക്കുകയും അയാളിൽനിന്നു മേരി നിരപരാധിയായാണെന്നു പ്രഖ്യാപിക്കുന്ന ശക്തമായ ഒരു പ്രസ്താവന പുറത്തുകൊണ്ടുവന്നു. വധശിക്ഷയ്ക്ക് മേൽനോട്ടം വഹിക്കുന്ന ക്യാപ്റ്റൻ ക്രിസ്ത്യൻ റാത്തിന് ഈ വിവരം കൈമാറ്റം ചെയ്യപ്പെട്ടിരുന്നെങ്കിലും പവലിന്റെ പ്രസ്താവന മേരി സറാട്ടിന്റെ മരണശിക്ഷയെ തടയാൻ അധികാരമുള്ള ഒരുത്തരെയും സ്വാധീനിച്ചില്ല. ഗൂഢാലോചനയിലേയ്ക്ക് അവരെ കൂടുതൽ ഉൾപ്പെടുത്തുന്ന രീതിയിൽ ജോർജ് അറ്റ്സെറോഡ്റ്റ് അവളെ പുഛിച്ചു സംസാരിച്ചു. സറാട്ടിനെ ഗൂഢാലോചനയിൽനിന്ന് ഒഴിവാക്കുന്ന പ്രസ്താവന നടത്തിയ കുറ്റവാളികളിലെ ഒരേയൊരാൾ പവൽ മാത്രമായിരുന്നു.

ജഡ്ജ് അഡ്വക്കേറ്റ് ജനറൽ ജോസഫ് ഹോൾട്ടിനോട് മാതാവിന്റെ ജീവനുവേണ്ടി അന്നാ സർറാത്ത് ആവർത്തിച്ച് അപേക്ഷിച്ചുവെങ്കിലും ദയാവായ്കപു നൽകാൻ വിസമ്മതിക്കപ്പെട്ടു.  ദയാഹർജിക്ക് വേണ്ടി അപേക്ഷിക്കാനായി പ്രസിഡന്റ് ആൻഡ്രൂ ജോൺസണെ പല തവണ കാണുവാൻ ശ്രമിച്ചെങ്കിലും അദ്ദേഹത്തെ കാണാൻ ഒരിക്കലും അനുവദിക്കപ്പെട്ടില്ല

സറാട്ടിന്റെ പ്രായവും ലിംഗവും പരിഗണിച്ച് ശിക്ഷയിൽ ഇളവുണ്ടാകണമെന്നും മരണശിക്ഷ ജീവപര്യന്തമായി ഇളവു ചെയ്യണമെന്നും കാണിച്ച് ഒൻപതു ജഡ്ജിമാരിൽ അഞ്ചുപേർ ഒപ്പുവച്ച ഒരു കത്ത് പ്രസിഡന്റ് ജോൺസണ് കൊടുക്കുവാൻ തയ്യാറാക്കിയിരുന്നു. സറാട്ടും മറ്റുള്ളവരു തൂക്കിക്കൊല്ലപ്പെടുന്നതിനു രണ്ടു ദിവസം മുമ്പ്, അതായത് ജൂലൈ 5 വരെ ഹോൾട്ട് ഈ കത്ത് ജോൺസണു കൈമാറിയില്ല. വധശിക്ഷ നടപ്പാക്കാനുള്ള നിർദ്ദേശം ജോൺസൻ ഒപ്പിട്ടെങ്കിലും സറാട്ടിന്റെ ദയാഹർജിക്കുവേണ്ടി ഉത്തരവിട്ടില്ല. ജോൺസൺ പിന്നീടു പറഞ്ഞത് അദ്ദേഹം ഒരിക്കലും ഈ ദയാഹർജി കണ്ടിട്ടില്ലെന്നാണ്. എന്നാൽ ഹോൾട്ട് വാദിക്കുന്നത് താൻ ദയാഹർജി ജോൺസണെ കാണിച്ചുവെന്നും ഒപ്പിടാൻ വിസമ്മതിച്ചുവെന്നുമാണ്.

വിചാരണ
വിവാഹജീവിതം
ആഭ്യന്തര യുദ്ധവും വിധവത്വവും
അറസ്റ്റും തടവും