ഒരു സ്ഥലത്തു തന്റെ മിഷനറി പ്രവർത്തനം മൂലം സഭ സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടാൽ പിന്നീടു പുതിയ സ്ഥലത്തെക്ക് പോകണം എന്നായിരുന്നു നാഗലിന്റെ ആഗ്രഹം. അതിനാൽ 1899-ൽ 32-ആമത്തെ വയസ്സിൽ കുന്നംകുളത്തു നിന്നു ഏകദേശം 32 കി.മീ. അകലെയുള്ള പറവൂർ എന്ന സ്ഥലത്തേക്ക് തന്റെ പ്രവർത്തനവും താമസവും മാറ്റി.
ഇതിനകം അദ്ദേഹം അറിയപ്പെടുന്ന ഒരു പ്രഭാഷകനും അദ്ധ്യാപകനും ആയി തീർന്നതു മൂലം ധാരാളം കൺവെൻഷൻ വേദികളിലെക്കു ക്ഷണം ലഭിച്ചു. 1898-ൽ 31-ആമത്തെ വയസ്സിൽ ക്രിസ്തീയ സ്നാനം എന്ന പേരിൽ ഒരു പുസ്തകം എഴുതിയിരുന്നു. മുതിർന്ന സ്നാനം(Anabaptism) എന്ന പേരിൽ എന്നറിയപ്പെടുന്ന സ്നാനത്തെ സാധൂകരിച്ചു കൊണ്ടു മലയാളത്തിലെഴുതപ്പെട്ട ആദ്യത്തെ പുസ്തങ്ങളിൽ ഒന്നായി ഇതു കരുതപ്പെടുന്നു.
നാളുകൾക്കു ശെഷം 1906-ൽ, 39-ആമത്തെ വയസ്സിൽ നാഗൽ തൃശൂർ നഗര പ്രാന്തത്തിലുള്ള നെല്ലിക്കുന്നത്തു കുറേ സ്ഥലം വാങ്ങി ഒരു അനാഥശാലയും വിധവാ മന്ദിരവും ആരംഭിച്ചു. ആ മിഷൻ കേന്ദ്രത്തിനു 'റഹബോത്ത്' എന്നാണു നാമകരണം ചെയ്തത്. ഈ അനാഥശാല നൂറുവർഷത്തിലേറെയുള്ള സേവന പാരമ്പര്യത്തോടെ ഇപ്പോഴും നിലനിൽക്കുന്നു.

കേരളത്തിലെ പ്രവർത്തനം
പറവൂരിലേക്ക്
അവസാനകാലം
ആദ്യകാലം