മംഗോൾ വാഴ്ച തകർന്നതോടെ (1350-ൽ) തിബത്തിലെ ശാക്യമഠത്തിന്റെ ഭരണവും തകർന്നു. ശാക്യ ലാമയുടെ ഭരണത്തെ മാറ്റി ഫഗ്മൊദ്രു വംശത്തിലെ ജങ്ചൂബ് ഗ്യാൽ‍ത്സെൻ (ഭരണകാലം 1350-1364) തിബത്തിനെ നയിച്ചു. ഈ രാജാവു് മംഗോൾ സ്വാധീനത്തിൽ നിന്ന് വേറിട്ട ഭരണസമ്പ്രദായമാണ് തുടർന്നത്. 

1350 മുതൽ 1481 വരെ ഫഗ്മൊദ്രു വംശരാജാക്കൻമാർ തിബത്ത് ഭരിച്ചു. 1406-ൽ രാജകീയക്ഷണപ്രകാരം ഫഗ്മൊദ്രു രാജവംശത്തിലെ ദക്പ ഗ്യാൽത്സെൻ രാജാവു് മിങ് രാജവംശത്തിന്റെ ചീന സന്ദർശിച്ചത് പ്രധാനസംഭവമാണ്. തത്ത്വജ്ഞാനിയായ ത്സോങ്-ഖ-പ ( Tsong-kha-pa) (1357 – 1419) ആരംഭിച്ച ഗേലൂഗ് ശാല വലിയ ബുദ്ധമതനവീകരണ മുന്നേറ്റം സൃഷ്ടിച്ചു. 1409-ൽ ഗന്ദെൻ ആശ്രമം സ്ഥാപിച്ചതോടെ ഇതിന്റെ തുടക്കമായി. ദ്രെപുങ് ആശ്രമവും സേര ആശ്രമവും ഈ പ്രസ്ഥാനത്തിന്റെ ഭാഗമായുണ്ടായ മറ്റു് പ്രധാന ആശ്രമങ്ങളാണ്. (ഇന്ന് ഇതിന്റെ പ്രധാന ആചാര്യൻ ദലൈ ലാമയാണെങ്കിലും ഗന്ദെൻ ആശ്രമാധിപനായ ഗന്ദെൻ തൃപയാണ് ഔപചാരിക തലവൻ ) 
ത്സോങ്-ഖ-പയുടെ അനന്തരവനും പ്രധാനശിഷ്യനുമായ ഗെന്ദുൻ ദ്രുപ് (Gendun Drup 1391 – 1474) പരമ ആദരണീയ പണ്ഡിത വിശുദ്ധനായിഅറിയപ്പെട്ടു. ആദ്യത്തെ ദലൈ ലാമയായി പിൽക്കാലത്ത് അദ്ദേഹത്തെകണക്കാക്കി. 1447-ൽ ഗെന്ദുൻ ദ്രുപ് ശിങ്ഗത്സെയിൽ (Shigatse) സ്ഥാപിച്ച തശിൽഹുമ്പോ (Tashilhunpo) ആശ്രമം പിൽക്കാലത്ത് പഞ്ചൻ ലാമമാരുടെ ആസ്ഥാനവുമായി. ഗേലൂഗ് പാരമ്പര്യത്തിൽ പ്രധാനാചാര്യന്മാരിൽ രണ്ടാമനാണ് പഞ്ചൻ ലാമ (ഒന്നാമൻ ദലൈ ലാമയാണ്). ഗെന്ദുൻ ദ്രുപ് മരിച്ചു് രണ്ടുവർഷം കഴിഞ്ഞു് ജനിച്ച ഒരുകുട്ടിയിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ ആത്മാവുണ്ടെന്ന് പ്രചരിയ്ക്കപ്പെടുകയും ആ കുട്ടി അദ്ദേഹത്തിന്റെപിൻഗാമിയായി അംഗീകരിയ്ക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു. ഒരു ലാമ മരിയ്ക്കുമ്പോൾ അദ്ദേഹത്തിന്റെ ആത്മാവു് തിബത്തിലെവിടെയങ്കിലും ഒരു ശിശുവായിജനിയ്ക്കുമെന്ന സങ്കല്പം പ്രാമാണികവുമായി. 
1430കളോടെ ഭരണം ദുർ‍ബലമാവുകയും അസ്ഥിരതയിലേയ്ക്ക് വീഴുകയും ചെയ്തു. രാജ്യം വിവിധ നാടുവാഴികളുടെ കൈകളിലമരുകയും മഠങ്ങൾ തമ്മിൽ അധികാരമൽ‍സരത്തിലാവുകയും ചെയ്ത കാലമാണിത്. 
1481 മുതൽ 1565 വരെ റിൻ‍പുങ് വംശരാജാക്കൻമാരും1565 മുതൽ 1642 വരെ ത്സാങ് വംശരാജാക്കൻമാരും തിബത്തിനെ നയിച്ചു.
ഗേലൂഗ് ശാലയുടെ ഉന്നതലാമയായ സോനം ഗ്യാത്സോയെ 1578-ൽ മംഗോളിയയുടെ തുമേദ് രാജാവു് അൾത്താൻ ഖാൻ മംഗോളിയയിലേയ്ക്ക് ക്ഷണിച്ചു. ഖോഖ് നൂരിനടുത്ത് വച്ചു് അവർ നടത്തിയകൂടിക്കാഴ്ചയിൽ സോനം ഗ്യാത്സോയെ ദലൈ ലാമയെന്ന് വിളിച്ചത് പിന്നീടു് അദ്ദേഹത്തിന്റെ സ്ഥാന നാമമായി മാറി. അദ്ദേഹം (സോനം ഗ്യാത്സോ) മൂന്നാമത്തെ ദലൈ ലാമയായാണ് പരിഗണിയ്ക്കപ്പെട്ടത്. സാഗരം എന്നർത്ഥമുള്ള ഗ്യാത്സോ എന്ന തിബത്തൻ പദത്തിന്റെ മംഗോളിയൻ സമാനപദമായിരുന്നു ദലൈ എന്നത്. ദലൈ ലാമ എന്നതിന് ജ്ഞാനസാഗരമായയാൾ എന്നർത്ഥം. 

ചരിത്രം
പ്രാചീന ഇന്ത്യൻ സംസ്കാരത്തിന്റെ ഭാഗം
മംഗോൾ ബന്ധം
ഫഗ്മൊദ്രു-റിൻപുങ്-ത്സാങ് രാജാക്കൾ