കേരളത്തിൽ സ്ഥാപിതമായ ഈ പ്രാചീനക്രൈസ്തവ സഭയുടെ 4 മുതൽ 15-ആം നൂറ്റാണ്ടു വരെയുള്ള ചരിത്രം പരിശോധിച്ചാൽ പേർഷ്യയിലുള്ള ക്രിസ്തീയ സഭയുമായി ബന്ധം ഉണ്ടായിരുന്നു എന്നു കാണാം. റോമിനോടോ മറ്റു പാശ്ചാത്യ രാജ്യങ്ങളോടോ ബന്ധപ്പെടാൻ കഴിയാഞ്ഞ അന്നാളുകളിൽ വ്യാപാരശൃംഖലകളിലൂടെയാണ് ഈ ബന്ധം ഉണ്ടായത്. പഹ്ലാവി ഭാഷയിൽ മേൽകുറിപ്പുകളോടു കൂടിയ പേർഷ്യൻ കുരിശുകൾ കേര‍ളത്തിന്റെ പല ഭാഗങ്ങളിൽ നിന്നും ലഭിച്ചിട്ടുണ്ട് എന്നത് ഇതിനു തെളിവാണ്. ഇടയ്ക്കും മുറയ്ക്കും തങ്ങളെ ഭരിക്കുന്നതിൻ പേർഷ്യയിലെ ബിഷപ്പുമാരുടെ സേവനം ഇതു മൂലം ആദ്യം ഇവിടത്തെ വിശ്വാസികൾക്ക് ലഭിച്ചുപോന്നു എന്ന് അനുമാനിക്കപ്പെടുന്നു. ക്രി.വ. മുന്നൂറുകളിൽ പേർഷ്യയിലെ ബിഷപ്പായിരുന്ന ദാവൂദ് ഇവിടെ സന്ദർശിക്കുകയും മതപരിവർത്തനങ്ങൾ നടത്തുകയും ചെയ്തു എന്നും കരുതപ്പെടുന്നു. ക്രി.വ. 345 -ൽ ഒരു കച്ചവടക്കാരനായിരുന്ന ക്നായി തൊമ്മന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ 400 പേരോളം വരുന്ന ഒരു സംഘം പേർഷ്യയിൽ നിന്ന് മലബാർ തീരത്തെത്തി എന്നു വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു. ഇന്നത്തെ ക്നാനായ സമുദായം ആ സംഘത്തിന്റെ പിന്മുറക്കാരാണ്. ക്രി.വ. 825 -ൽ മറ്റൊരു പേർഷ്യൻ വ്യാപാരിയായ മാർവൻ സബ്രിസോയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ, മാർ സബോർ, അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഇരട്ടസഹോദരനായ മാർ ആഫ്രോത്ത് എന്നീ രണ്ട് ബിഷപ്പുമാർ അടക്കം മറ്റൊരു സംഘം കൊല്ലം തുറമുഖം വഴി കേരളത്തിലെത്തി എന്നു മറ്റൊരു വിശ്വാസവുമുണ്ട്. അന്നത്തെ കൊല്ലം രാജാവായിരുന്ന ചേരമാൻ പെരുമാൾ ഇവർക്ക് താമസിക്കാൻ സ്ഥലവും അതോടൊപ്പം ചെമ്പുതകിടിൽ (ചേപ്പേട്) ആലേഖനം ചെയ്ത് ചില പ്രത്യേക അവകാശങ്ങളും കൊടുത്തതായി വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു (തരിസാപള്ളി ശാസനങ്ങൾ). ഈ ചേപ്പേടുകളിൽ 2 എണ്ണം മലങ്കര ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ അധീനതയിലുള്ള കോട്ടയം പഴയ സെമിനാരിയിലും ഒരെണ്ണം മലങ്കര മാർത്തോമ്മാ സഭയുടെ ആസ്ഥാനമായ തിരുവല്ലയിലെ പുലാത്തീനിലും സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു. ബാബിലോണിയൻ പാത്രിയർക്കിസിന്റെ കീഴിൽ നിന്നു വന്ന ബിഷപ്പുമാർ നെസ്തോറിയന്മാരായിരുന്നു. ഇപ്പൊഴും തൃശൂരിൽ കൽദായ സുറിയാനി സഭയ്ക്ക് മാർ യോഹന്നാന്റെ പേരിൽ ഒരു പള്ളി ഉണ്ട്. അവർക്ക് നെസ്തോറിയൻ പാത്രിയർക്കീസുമായി ബന്ധമുണ്ട് എന്ന് പറയപ്പെടുന്നു. 

ഇങ്ങനെ പേർഷ്യൻ, സിറിയൻ സഭകളുമായുള്ള ബന്ധത്തിൽ നിന്നാണ് സുറിയാനി സഭ എന്നുള്ള പേർ ഉടലെടുക്കുന്നത്. ഇങ്ങനെ പല പേർഷ്യൻ ക്രിസ്തീയ സഭകളുമായി സഭാപരമായ ബന്ധം ഉണ്ടായിരുന്നു എങ്കിലും മലബാറിലെ ക്രിസ്തീയ സഭ സ്വതന്ത്രവും അതിന്റെ ഭരണം തദ്ദേശീയമായി സ്വന്തം അർക്കദിയോക്കോന്മാരുടെ കീഴിൽ ആയിരുന്നു എന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു.

ഇങ്ങനെയൊക്കെയായിരുന്നെങ്കിലും പോർത്തുഗീസുകാരുടെ വരവിനുമുൻപ് തദ്ദേശീയരായ ക്രിസ്ത്യാനികൾ പ്രാർത്ഥനയിലും മറ്റും ചില വ്യത്യാസങ്ങൾ ഉണ്ടായിരുന്നു എന്നതൊഴിച്ചാൽ അവരുടെ ഹിന്ദു പാരമ്പര്യം വിട്ടു മാറിയിട്ടില്ലാത്തവരായിരുന്നു. ഉയർന്ന ജാതിയിൽ നിന്നു വന്നവർ അന്ന് തീണ്ടിക്കുളിയും, ജാതിക്കുളിയും താഴ്ന്ന ജാതിയിൽ നിന്നു വന്ന ക്രിസ്ത്യാനികളോട് പ്രയോഗിച്ചിരുന്നു. 

പക്ഷേ AD 1498ൽ വാസ്കോ ഡ ഗാമയുടെ വരവോടെ പോർച്ചുഗീസുകാർ ഇന്ത്യയിൽ വന്നു ആധിപത്യം ഉറപ്പിക്കുവാൻ തുടങ്ങി. 16, 17 നൂറ്റാണ്ടുകളിൽ അവർ തങ്ങളുടെ ആധിപത്യം ഉറപ്പിച്ചു. റോമൻ കത്തോലിക്ക സഭയുടെ മിഷനറി പ്രവർത്തനം മലങ്കരയിലെ ക്രിസ്തീയ സഭയിൽ സ്വാധീനം ഉണ്ടാക്കാൻ തുടങ്ങിയതും ഇക്കാലത്താണ്. അതിനു മുൻപ് മലങ്കരയിലെ ക്രിസ്തീയ സഭയ്ക്ക് റോമൻ കത്തോലിക്ക സഭയുമായി കാര്യമായ ബന്ധം ഒന്നും ഉണ്ടായിരുന്നില്ല. അന്ന് പോർച്ചുഗീസുകാർ കിഴക്കൻ രാജ്യങ്ങളിലെ പ്രധാന ശക്തിയായിരുന്നു. മാത്രമല്ല പ്രധാനപ്പെട്ട കപ്പൽ ചാലുകൾ ഒക്കെ അവരുടെ അധീനതയിൽ ആയിരുന്നു. റോമൻ കത്തോലിക്ക സഭ ഈ അനുകൂല സാഹചര്യം മുതലെടുത്ത് മലബാറിലെ ക്രിസ്തീയ സഭയുടെ മേൽ ആധിപത്യം സ്ഥാപിച്ചു തുടങ്ങി. അതിനു വേണ്ടി ഗോവയിലെ ആർച്ച് ബിഷപ്പ് ഡോ. അലെക്സൊ ഡെ മെനസിസ് 1599-ൽ മലബാറിലെത്തി എറണാകുളത്തിനു തെക്കുള്ള ഉദയംപേരൂർ എന്ന സ്ഥലത്ത് ഒരു മലബാറിലെ ക്രിസ്തീയ സഭയെ റോമാ സഭയുടെ കീഴിൽ ആക്കുക എന്ന ഉദ്ദേശത്തോടുകൂടി ഒരു സുനഹദോസ് വിളിച്ചുകൂട്ടി. (ഈ സുനഹദോസ് ഉദയം‍പേരൂർ സുന്നഹദോസ് എന്ന പേരിൽ പിന്നീട് പ്രശസ്തമായി.) അന്നത്തെ മലങ്കര സഭകളിൽ നിന്ന് സുനഹദോസിനു വന്ന പ്രധിനിധികളെ കൊണ്ട് ആർച്ച് ബിഷപ്പ് വായിച്ച പോപ്പിന്റെ കല്പന ബലമായി അംഗീകരിപ്പിച്ചു. അങ്ങനെ കേരളത്തിലെ സുറിയാനി ക്രിസ്താനികൾ റോമാ സഭയുടെ സിംഹാസനത്തിനു കീഴിൽ വന്നു. പല ആചാരങ്ങളും തദ്ദേശീയമായവയും വിലക്കി. അയിത്തം ആചരിക്കുന്നത് തടഞ്ഞു.താഴ്ന്ന ജാതിക്കാർ വെള്ളമെടുത്താൽ കുളം, കിണർ എന്നിവ തോണ്ടി ശുദ്ധിയാക്കുന്നതും യാഗം, യജ്ഞം എന്നിവയും എന്നാൽ താഴന്ന ജാതിയിൽ നിന്നു വന്നവർ ചെയ്തിരുന്ന മന്ത്രവാദം, വശീകരണം, ചാരായ വില്പന എന്നിവയും തടഞ്ഞു.

മലങ്കര ക്രിസ്ത്യാനികൾക്ക് അവരുടെ പ്രാചീനമായ ക്രൈസ്തവ പാരമ്പര്യം തുടരുന്നതിലായിരുന്നു താല്പര്യം. സിറിയൻ സഭകളിൽ നിന്ന് ഒരു ബിഷപ്പിനെ കൊണ്ടുവരുന്നതിനായി റോമാ സഭയുടെ കീഴിൽ അസഹിഷ്ണുതിരായി കഴിഞ്ഞിരുന്ന മലങ്കരയിലെ ക്രിസ്ത്യാനികൾ ശ്രമിച്ചു. പക്ഷേ അവരുടെ അതിനുള്ള ശ്രമം വിഫലമാകുന്നു എന്നു കണ്ടപ്പോൾ റോമാ സഭയെ അംഗീകരിക്കാത്തവരായ മലബാറിലെ ക്രിസ്ത്യാനികൾ എല്ലാം AD 1653ൽ മട്ടാഞ്ചേരി എന്ന സ്ഥലത്ത് ഒരുമിച്ചു കൂടി ഒരു കുന്നിന്റെ മുകളിൽ ഒരു മരക്കുരിശ് സ്ഥാപിച്ച് അതിൽ നിന്ന് ഒരു കയർ കെട്ടി താഴോട്ട് പിടിച്ചു. അതിനുശേഷം അവിടെ അന്ന് വന്ന ഒരു വിഭാഗം മലങ്കര ക്രിസ്ത്യാനികൾ ഈ കയറിൽ പിടിച്ചു കൊണ്ട് റോമാ സഭയുമായോ പോപ്പുമായോ യാതൊരു വിധ സഖ്യത്തിനും ഇല്ല എന്ന് സത്യം ചെയ്ത് പ്രഖ്യാപിച്ചു കൊണ്ട് റോമാ സഭയുടെ ഭരണത്തിൻ കീഴിൽ നിന്നു പുറത്തു വന്നു.അവർ പുത്തൻ കൂറ്റുകാർ എന്നറിയപ്പെട്ടു. ഒരു വിഭാഗം പഴയകൂറ്റുകാർ എന്ന പേരിൽ പോപ്പിന്റെ ഭരണത്തിൽ തന്നെ തുടര്ന്നു. ഇങ്ങനെ സത്യം ചെയ്തപ്പോൾ അവർ പിടിച്ചിരുന്ന കയറിന്റെ വലിവ് മൂലം അവർ സ്ഥാപിച്ചിരുന്ന കുരിശ് ഒരു വശത്തേയ്ക്ക് ചരിഞ്ഞു. അതിനാൽ ഈ സത്യം ചെയ്യൽ പിന്നീട് കൂനൻ കുരിശു സത്യം എന്ന പേരിൽ പിന്നീട് പ്രശസ്തമായി.

കൂനൻ കുരിശു സത്യത്തിനു ശേഷം 1653 ൽ മലങ്കരയിലെ 12 പുരോഹിതന്മാർ ചേർന്ന് തോമസ് എന്ന പുരോഹിതനെ ബിഷപ്പായി വാഴിച്ചു. അതിനു ശേഷം 1665-ൽ അന്തോക്ക്യൻ പാത്രിക്കിസിനോട് വിധേയത്വം പുലർത്തുന്ന യെരുശലേമിലെ മാർ ഗ്രിഗോറിയോസ് ഇദ്ദേഹത്തെ മാർത്തോമ്മാ I എന്ന നാമം കൊടുത്ത് മലങ്കര സഭയുടെ മെത്രാപ്പോലിത്ത ആക്കി. മാർത്തോമ്മാ I നെ മെത്രാപ്പോലിത്തയായി വാഴിച്ചതിലൂടെ എപ്പിസ്‌ക്കോപ്പൽ പിന്തുടർച്ച പുനഃസ്ഥാപിച്ചു. അങ്ങനെ സുറിയാനി സഭയും മലങ്കര സഭയും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം തുടങ്ങി എന്ന് കരുതപ്പെടുന്നു. ഇങ്ങനെ സിറിയൻ സഭയുമായുള്ള ബന്ധം മൂലം മലങ്കര സഭയെ മലങ്കര സുറിയാനി സഭ എന്നും പറയുന്നു.

1653-ൽ മാർത്തോമ്മാ I നെ മെത്രാപ്പോലിത്താ ആക്കി വാഴിക്കാൻ ഉപയോഗിച്ച സിംഹാസനം ഇപ്പോഴും മാത്തോമ്മാ സഭയുടെ മെത്രാപ്പോലിത്തയുടെ ആസ്ഥാനമായ പുലാത്തീനിൽ സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു. ഇപ്പോഴും പുതിയ മെത്രാപ്പോലിത്തമാരെ വാഴിക്കുമ്പോൾ ഈ സിംഹാസനം ഉപയോഗിക്കുന്നു.

1653 മുതൽ 1843 വരെ പത്തു ബിഷപ്പുമാരെ മാർത്തോമ്മാ എന്ന പേരിൽ മെത്രാപ്പോലിത്ത ആയി വാഴിച്ചു. ഈ പത്തുപേരിൽ നാല് പേർ മാർ ദിവാന്ന്യോസ് എന്ന സ്ഥാനപ്പേര് സ്വീകരിച്ചു.

മാർത്തോമ്മാ VIന്റെ (ഇദ്ദേഹം ദിവാന്ന്യോസ് മാർ ഗ്രിഗോറിയോസ് I എന്ന പേർ ആയിരുന്നു സ്വീകരിച്ചിരുന്നത്) കാലത്ത് ഒരു വിദേശ ബിഷപ്പ്, മാർ കൂറിലോസ് എന്ന മറ്റൊരു ബിഷപ്പിനെ വാഴിച്ചു. ദിവാന്ന്യോസ് I ഇതിനെതിര പ്രതിഷേധം ഉയർത്തി. മാർ കൂറിലോസ് തന്റെ സിംഹാസനം കുന്നകുളത്തിനടുത്തുള്ള തോഴിയൂർ എന്ന സ്ഥലത്ത് സ്ഥാപിച്ചു ഭരണം തുടങ്ങി. ഈ സഭ സ്വതന്ത്ര സുറിയാനി സഭ, തോഴിയൂർ എന്ന പേരിൽ അറിയപ്പെടുന്നു. മാർത്തോമ്മാ സഭ ഈ സഭയുമായി വളരെ അടുത്ത ബന്ധം പുലർത്തുന്നു.

ഈ സമയം മലങ്കര സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികൾ ലണ്ടനിലെ ചർച്ച് മിഷ്ൻ സൊസൈറ്റി അയച്ച മിഷനറിമാരുമായി അടുത്ത ബന്ധം പുലർത്താൻ തുടങ്ങി. പക്ഷേ താമസിയാതെ ഈ ബന്ധത്തിൽ വിള്ളലുകൾ വീഴാൻ തുടങ്ങി. മിഷനറിമാരുടെ പ്രവർത്തനം മൂലം മറ്റ് മതങ്ങളിൽ നിന്നു ക്രിസ്തുമതത്തിലേക്ക് വന്നവരേയും തങ്ങളോട് കൂറുപുലർത്തുന്ന മലങ്കര സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനികളേയും കൊണ്ട് അവർ 1879-ൽ ചർച്ച് ഓഫ് ഇംഗ്ലണ്ടിന്റെ തിരുവിതാംകൂർ-കൊച്ചി ഭദ്രാസനം സ്ഥാപിച്ചു. 

പക്ഷേ മിഷനറിമാരുമായി ഉണ്ടാക്കിയ ബന്ധം മൂലമുള്ള സ്വാധീനം അവിടെ അവസാനിച്ചില്ല. അവരുമായുണ്ടായിരുന്ന ബന്ധം മൂലം മലങ്കര ക്രിസ്ത്യാനികളിലെ ഒരു ചെറിയ സമൂഹം അതുവരെ പുരോഹിതർ കുത്തകയാക്കിവെച്ചിരുന്ന വേദപുസ്തകം സൂക്ഷ്മമായി പഠിക്കാനാരംഭിച്ചു. ആ സമയത്തോടടുതന്നെയാണ് ബൈബിൾ മലയാളത്തിലേക്ക് പരിഭാഷപ്പെടുത്തിയത്. അങ്ങനെ ബൈബിൾ പഠിക്കാൻ ആരംഭിച്ചപ്പോൾ നൂറ്റാണ്ടുകൾ കൊണ്ട് സഭയിൽ കടന്നു കൂടിയ പല അനാചാരങ്ങളും വേദപുസ്തകത്തിനെതിരായ പല പ്രവർത്തനങ്ങളും അവർ കണ്ടെത്തി. അങ്ങനെ മലങ്കര സഭയിൽ ഒരു നവീകരണ പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ചു. ഈ നവീകരണ പ്രവർത്തനത്തിന്റെ രണ്ട് പ്രമുഖ നേതാക്കൾ ആയിരുന്നു പാലക്കുന്നത്ത് അബ്രഹാം മല്പാനും (1796-1845) കൈതയിൽ ഗീവർഗീസ് മല്പാനും (1800-1855).

ഇവർ രണ്ടു പേരും 1813-ൽ പുലിക്കോട്ടിൽ മാർ ദിവാന്ന്യോസ് മെത്രാപ്പോലിത്താ (മാർത്തോമ്മാ പത്താമൻ) സ്ഥാപിച്ച സുറിയാനി സെമിനാരിയിലെ അദ്ധ്യാപകരായിരുന്നു. രണ്ട് പേർക്കും ബ്രിട്ടിഷ് മിഷനറിമാരുമായി വളരെ അടുത്ത ബന്ധം പുലർത്താനും വേദ പുസ്തകം ആഴത്തിൽ പഠിക്കാനും ശ്രമിച്ചു. അതിലൂടെ ക്രിസ്തീയ ജീവിതത്തെ കുറിച്ച് ഒരു പുതിയ ഉൾക്കാഴ്ച ലഭിയ്ക്കാനും സഭയുടെ പ്രവത്തനം പുതിയ നിയമത്തിന്റെ പശ്ചാത്തലത്തിൽ എങ്ങനെയായിരിക്കണം എന്നു മനസ്സിലാക്കാനും സാധിച്ചു. മാത്രമല്ല പശ്ച്യാത്യ നാടുകളിൽ ഉണ്ടായ നവീകരണങ്ങളെ കുറിച്ചും ഇവർ മനസ്സിലാക്കി. ഇതോടു കൂടി ഇവർക്ക് രണ്ട് പേർക്കും അവരോട് വിധേയത്വം പുലർത്തുന്ന ആളുകൾക്കും മലങ്കര സഭയിൽ ഒരു ഉണർവ്വ് ഉണ്ടാകേണ്ടതിന്റെ ആവശ്യകത തിരിച്ചറിഞ്ഞു.

നവീകരണ കാലഘട്ടം (1836- 1899)
നവീകരണത്തിനു ശേഷമുള്ള കാലം (1899-ഇന്നു വരെ)
ആദ്യ കാലങ്ങൾ
ഇടവകകൾ