1552 ഏപ്രിൽ 17-ആം തിയതി സേവ്യർ ഗോവയിൽ നിന്ന് സാന്താ ക്രൂസ് എന്ന കപ്പിലിൽ ചൈനയിലേക്കു തിരിച്ചു. ഏറെ കഷ്ടതകൾ നിറഞ്ഞ യാത്രക്കൊടുവിൽ ആഗസ്റ്റു മാസം അവരുടെ കപ്പൽ കാന്റൻ നദീമുഖത്ത്, ചൈനീസ് തീരത്തു നിന്ന് 14 കിലോമീറ്റർ അകലെയുള്ള ഷാങ്ങ് ചുവാൻ എന്ന ദ്വീപിലെത്തി. അൽവേരോ ഫെരേയ്‌രാ എന്ന ഈശോസഭാ വൈദികാർത്ഥിയും, അന്തോണിയോ എന്നു പേരായ ഒരു ചീനക്കാരനും ദക്ഷിണേന്ത്യയിൽ നിന്നു പോയ ക്രിസ്റ്റഫർ എന്ന പരിചാരകനും അദ്ദേഹത്തിനൊപ്പമുണ്ടായിരുന്നു. അക്കാലത്ത് യൂറോപ്യന്മാർ ചൈനയിൽ പ്രവേശിക്കുന്നത് വധശിക്ഷയർഹിക്കുന്ന കുറ്റമായിരുന്നിട്ടും വഴി കിട്ടിയാൽ പ്രവേശനത്തിനു ശ്രമിക്കാൻ സേവ്യർ ആഗ്രഹിച്ചു. ആ കാത്തിരിപ്പിനിടെ അദ്ദേഹത്തിനു പനി പിടിപെട്ടു. ജ്വരബാധിതനായിരിക്കെ സേവ്യർ മണിക്കൂറുകൾ ഏതോ അജ്ഞാതഭാഷയിൽ സംസാരിച്ചെന്നും അധരങ്ങൾ യേശുനാമം ആവർത്തിച്ചിരുന്നെന്നും അദ്ദേഹത്തോടൊപ്പമുണ്ടായിരുന്ന അന്തോണിയോ സാക്ഷ്യപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. ജ്വരമൂർച്ഛയിൽ അദ്ദേഹം സംസാരിച്ചത് മാതൃഭാഷയായ ബാസ്ക് ആയിരിക്കാനാണു സാദ്ധ്യത എന്നു കരുതപ്പെടുന്നു. 1552 ഡിസംബർ 2ന് 46 വയസ്സുള്ളപ്പോൾ ഫ്രാൻസിസ് സേവ്യർ ഷാങ്ങ് ചുവാൻ ദ്വീപിൽ അന്തരിച്ചു. "കർത്താവേ നിന്നിൽ ഞാൻ പ്രത്യാശ വച്ചു; എന്നെ നിത്യനിരാശയിൽ വീഴ്ത്തരുതേ" എന്ന പ്രാർത്ഥന ആയിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ അന്ത്യമൊഴി എന്നു പറയപ്പെടുന്നു.

മരണം
ദൗത്യാരംഭം
ജപ്പാൻ
മരണശേഷം