1983 ൽ ജോൺപോൾ രണ്ടാമൻ മാർപാപ്പയെ റോമിൽ സന്ദർശിക്കുന്ന സമയത്ത് മദർ തീരെ ക്ഷീണിതയായിരുന്നു. കൂടാതെ അവിടെ വെച്ച് മദർ തെരേസക്ക് ഹൃദയാഘാതം ഉണ്ടാവുകയും ചെയ്തു . 1989 ൽ രണ്ടാമതും ഹൃദയാഘാതം വന്നപ്പോൾ കാർഡിയാക് പേസ് മേക്കർ എന്ന ഉപകരണം പിടിപ്പിച്ചാണ് ഹൃദയത്തിന്റെ പ്രവർത്തനം സാധാരണനിലയിലാക്കിയത്. എന്നാൽ 1991 ൽ വന്ന ന്യൂമോണിയ വീണ്ടും ഹൃദയത്തിന്റെ അസുഖങ്ങളെ തിരിച്ചുകൊണ്ടു വന്നു. താൻ ഏറ്റെടുത്തിരിക്കുന്ന ഉത്തരവാദിത്തങ്ങളിൽ നിന്നും ഒഴിയാൻ മദർ തെരേസ തീരുമാനിച്ചു. അഞ്ച് മാസത്തോളം മദർ സുപ്പീരിയർ എന്ന സ്ഥാനത്തു നിന്നും ഒഴിഞ്ഞു നിന്നു. മദറിനുശേഷം മിഷണറീസ് ഓഫ് ചാരിറ്റിയുടെ ഭാവി എന്തായിരിക്കുമെന്നു പോലും ഈ സംഘടനയെക്കുറിച്ച് ആളുകൾ ഉൽക്കണ്ഠാകുലാരാവാൻ തുടങ്ങി. ദൈവം എന്നെ കണ്ടെത്തിയപോലെ, എന്റെ പകരക്കാരിയേയും കണ്ടെത്തും എന്ന് പറഞ്ഞ് അവരെയെല്ലാം ആശ്വസിപ്പിക്കുകയായിരുന്നു മദർ. എന്നാൽ സന്യാസിനിമാർ മദർ തെരേസയിൽത്തന്നെ വിശ്വാസമർപ്പിക്കുകയായിരുന്നു. 1996 ൽ മദർ വീണു തോളെല്ലിനു പരുക്കേൽക്കുകയുണ്ടായി. കൂടാതെ ആഗസ്റ്റ് മാസത്തിൽ വന്ന മലേറിയ മദറിനെ വല്ലാതെ തളർത്തി, അതോടൊപ്പം ഹൃദയധമനിക്കു സാരമായ തകരാറുണ്ടാകുകയും ചെയ്തു. ഹൃദയശസ്ത്രക്രിയ നടത്തിയെങ്കിലും ആരോഗ്യം തീരെ മോശമാവുകയായിരുന്നു. 1997 മാർച്ച് 13 ന് മിഷണറീസ് ഓഫ് ചാരിറ്റിയുടെ എല്ലാ ചുമതലകളിൽ നിന്നും മദർ തെരേസ ഒഴിവായി. 

1997 സെപ്തംബർ 5 ന് എൺപത്തിയേഴാമത്തെ വയസ്സിൽ കൽക്കത്തയിൽ വച്ച് മദർ തെരേസ മരണമടഞ്ഞു. 

ഒരാഴ്ചക്കാലത്തോളം അവരുടെ മൃതദേഹം പൊതുജനങ്ങൾക്ക് അന്ത്യോപചാരമർപ്പിക്കുവാനായി പൊതുദർശനത്തിനു വച്ചിരുന്നു. മദർ തെരേസ സമൂഹത്തിനു നൽകിയ സംഭാവനകളെ പരിഗണിച്ച് സംസ്ഥാനബഹുമതികളോടെയുള്ള സംസ്കാരചടങ്ങുകളാണ് നടത്തിയത്. ലോകനേതാക്കൾ വരെ മദർ തെരേസയുടെ അവസാനയാത്രക്ക് ദൃക്സാക്ഷിയാകാൻ എത്തിയിരുന്നു. ഈ ലോകത്തിന്റെ സമാധാനമായിരുന്നു മദർ തെരേസ എന്നാണ് ഐക്യരാഷ്ട്രസഭയുടെ സെക്രട്ടറി ജനറൽ ആയിരുന്ന സേവ്യർ പെരസ് അന്ന് പറഞ്ഞത് 

ലോകത്തിന്റെ മറ്റു ഭാഗങ്ങളിൽ നിന്നും
മരണം
മിഷണറീസ് ഓഫ് ചാരിറ്റി
ബംഗ്ലാദേശ്