1400-ൽ തിമൂറിഡ്സ് മറ്റൊരു സൈനിക നടപടി ആരംഭിക്കുകയും കാര കൊയിൻലുവിനെയും ജലായരിദുകളെയും ഒരുപോലെ പരാജയപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. ഖ്വറ യൂസഫും സുൽത്താൻ അഹമ്മദ് ജലായിറും പാലായനം ചെയ്യുകയും ആദ്യം മാമെലൂക്കുകളുടെയുടുത്തും പിന്നീട് ഓട്ടോമൻ സുൽത്താൻ ബയേസിദ് ഒന്നാമന്റെയുടുത്തും അഭയം തേടുകയും ചെയ്തു. 1402 ൽ അവർ സംയോജിച്ച് ഒരു സൈന്യവുമായി മടങ്ങിയെത്തി. എന്നിരുന്നാലും, ബാഗ്ദാദിന്റെ നിയന്ത്രണം തിരിച്ചുപിടിച്ചതോടെ അവർ തമ്മിൽ വഴക്കിടുകയും ഖ്വറ യൂസുഫ് സുൽത്താൻ അഹമ്മദ് ജലായിറിനെ നഗരത്തിൽ നിന്ന് പുറത്താക്കുകയും ചെയ്തു. സുൽത്താൻ അഹമ്മദ് ജലായിർ മംലൂക്ക് ഈജിപ്തിലെ സുൽത്താനായ നാസിർ-അദ്-ദിൻ ഫറാജിന്റെ പക്കൽ അഭയം തേടിയെങ്കിലും തിമൂറിനെ ഭയന്ന സുൽത്താൻ അദ്ദേഹത്തെ പിടികൂടി ജയിലിലടച്ചു. 1403-ൽ അൽഗാമി കനാൽ യുദ്ധത്തിൽ തിമൂറിഡ്സ് ഖ്വറ യൂസഫിനെ ഒരിക്കൽക്കൂടി പരാജയപ്പെടുത്തുകയും ബാഗ്ദാദിൽ നിന്ന് പുറത്താക്കുകയും ഒപ്പം സഹോദരൻ യാർ അലിയെ വധിക്കുകയും ചെയ്തതോടെ അദ്ദേഹം അക്കാലത്തു മാമെലുക്കുകൾ ഭരിച്ചിരുന്ന ഡമാസ്കസിൽ അഭയം തേടാൻ നിർബന്ധിതനായി.

നാസിർ-അദ്-ദിൻ ഫറാജിന്റെ ഉത്തരവ് പ്രകാരം താമസിയാതെ ഇരുവരും ജയിലിലടക്കപ്പെട്ടു. ജയിലിൽ കഴിഞ്ഞ ഇരു നേതാക്കളും അവരുടെ സൗഹൃദം പുതുക്കുകകയും അതോടൊപ്പം ഭാവിയിൽ സുൽത്താൻ അഹമ്മദ് ജലായിർ ബാഗ്ദാദ് കൈവശം വയ്ക്കുവാനും ഖ്വറ യൂസഫ്അസർബൈജാൻ കൈവശം വയ്ക്കാനുമുള്ള ഒരു ധാരണയുമുണ്ടാക്കി. അഹ്മദ് ഖ്വറ യൂസഫിന്റെ മൂത്ത പുത്രൻ പിർബുദാഗിനെ ദത്തെടുക്കുകയും ചെയ്തു. 1405 ൽ തിമൂർ മരിച്ചപ്പോൾ നാസിർ-അദ്-ദിൻ ഫറാജ് ഇരുവരെയും മോചിപ്പിച്ചു. എന്നിരുന്നാലും, ഫാറൂക്ക് സുമെർ പറയുന്നതനുസരിച്ച്, ദമാസ്കസിലെ വിമതൻ ഷെയ്ഖ് മഹ്മൂദിന്റെ ഉത്തരവിലാണ് അവരെ വിട്ടയക്കപ്പട്ടതെന്നാണ്.

ഖ്വറ യൂസുഫ് ഈജിപ്തിലെ പ്രവാസത്തിൽ നിന്ന് മടങ്ങി അനറ്റോലിയയിലേക്ക് തിരിച്ചുപോയി. വാനിലെ തിമൂറിന്റെ ഗവർണറായിരുന്ന ഇസാദിൻ ഷിറിലനെ കീഴടങ്ങാൻ അദ്ദേഹം നിർബന്ധിക്കുകയും അതേസമയം തിമൂർ നിയമിച്ചിരുന്ന മറ്റൊരു വൈസ്രോയിയായ അൽട്ടാമിസിനെ പിടികൂടി ബാർക്വുക്കിലേക്ക് അയക്കുകയും ചെയ്തു. പിന്നീട് അദ്ദേഹം അസർബൈജാനിലേക്ക് നീങ്ങി. 1406 ഒക്ടോബർ 14 ന് നഖ്‌ചിവാൻ യുദ്ധത്തിൽ തിമൂർ വംശജനായ അബുബക്കറിനെ പരാജയപ്പെടുത്തിക്കൊണ്ട് അദ്ദേഹം തബ്രിസ് വീണ്ടും കീഴടക്കി. അബുബക്കറും പിതാവ് മിറാൻ ഷായും അസർബൈജാൻ തിരിച്ചുപിടിക്കാൻ ശ്രമിച്ചുവെങ്കിലും 1408 ഏപ്രിൽ 20 ലെ സർദ്രൂഡ് യുദ്ധത്തിൽ അവർ നിർണ്ണായക തോൽവി ഏറ്റുവാങ്ങുകയും മിറാൺ ഷാ കൊല്ലപ്പെടുകയും ചെയ്തു.  കിഴക്കൻ ഏഷ്യയുടെ ചരിത്രത്തിലെ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട ഈ യുദ്ധം തിമൂറിന്റെ പടിഞ്ഞാറൻ ആക്രമണങ്ങളുടെ ഫലങ്ങളെ അസാധുവാക്കി. 

1409 ൽ അദ്ദേഹം താബ്രിസിൽ പ്രവേശിക്കുകയും ഷിർവാനിലേക്കും ഷാക്കിയിലേയ്ക്കുമായി ഒരു മിന്നലാക്രമപ്പാർട്ടിയെ അയച്ചുവെങ്കിലും അത് ഫലവത്തായില്ല. ബിസ്തം ബേഗിന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ സുൽത്താനിയയും കാസ്വിനു പിടിക്കാൻ മറ്റൊരു ആക്രമണ സേനയേയും അയച്ചു. അതേ വർഷം, അദ്ദേഹം അനറ്റോലിയയിലേക്ക് മുന്നേറുകയും സാലിഹ് സിഹബെദ്ദീൻ അഹമ്മദിനെ സ്ഥാനഭ്രഷ്ടനാക്കിക്കൊണ്ട് അർതുക്വിഡ്സിന്റെ മാർദിൻ ശാഖയുടെ അന്ത്യംകുറിക്കുകയും ചെയ്തു. പകരം യൂസഫിന്റെ ഒരു മകളെ വിവാഹം കഴിച്ചുകൊണ്ട് മൊസൂൾ ഭരിക്കാൻ സാലിഹ് സിഹാബെദീനെ അയക്കുകയും ചെയ്തു.

പ്രാമുഖ്യത്തിലേയ്ക്കുള്ള ഉയർച്ച
പിൽക്കാല വാഴ്ച
തിമൂറിഡ് അധിനിവേശം
മരണം