മതത്തിന്റെ പല വിശ്വാസങ്ങളെയും അദ്ദേഹം ഖണ്ഡിച്ചതിനാൽ പള്ളിക്ക് അദ്ദേഹത്തോട് വിദ്വേഷം തോന്നി. അവർ അദ്ദേഹത്തെ ജയിലിലടച്ചു. തന്റെ ദർശനങ്ങൾ തെറ്റാണെന്ന് പറഞ്ഞാ‍ൽ മാപ്പ് കൊടുക്കാമെന്നും അവർ അറിയിച്ചു. അതിനു വേണ്ടി സമ്മർദ്ദം ഏറിയപ്പോൾ അദ്ദേഹം ഇങ്ങനെ പറഞ്ഞു, ‘ ഞാൻ നിങ്ങളുടെ കൈയ്യിലാൺ. ദൈവത്തിനു മാത്രം സത്യമറിയാം. എന്നാൽ ഭൂമി സൂര്യനു ചുറ്റും കറങ്ങുകയാണെന്ന് എനിക്കറിയാം’. 

1613-ൽ സൂര്യകളങ്കങ്ങളെപ്പറ്റി രചിച്ച ഗ്രന്ഥം (Letters on Sunspots) ലിൻസിയൻ അക്കാദമി പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു. അതിന്റെ ആമുഖത്തിൽ സൂര്യകളങ്കങ്ങൾ കണ്ടെത്തിയത്‌ ഗലീലിയോ ആണെന്ന്‌ ചേർത്തത്‌ ജസ്യൂട്ട്‌ വാനശാസ്‌ത്രജ്ഞൻ ക്രിസ്‌റ്റഫർ ഷീനറുമായി കഠിനമായ സ്‌പർദയ്‌ക്കിടയാക്കി. വ്യാഴത്തിന്റെ ചന്ദ്രൻമാരുടെ ഉദാഹരണം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി കോപ്പർനിക്കസിന്റെ സിദ്ധാന്തം അംഗീകരിക്കുന്ന ഒരു പ്രസ്‌താവനയും ഗ്രന്ഥത്തിൽ കടന്നുകൂടി. ഇതുസംബന്ധിച്ച്‌ ഗലീലിയോയുടെ സ്വകാര്യ അഭിപ്രായങ്ങളും എത്തേണ്ട കാതുകളിൽ എത്തുന്നുണ്ടായിരുന്നു. ഗലീലിയോയ്‌ക്കെതിരെ വിമർശം ഉയരാൻ തുടങ്ങി. പ്രശ്‌നങ്ങൾ പരിഹരിക്കാനും അന്തരീക്ഷം മയപ്പെടുത്താനുമായി റോമിലേക്ക്‌ വീണ്ടുമൊരു യാത്രയ്‌ക്ക്‌ അദ്ദേഹം ഒരുങ്ങി. കാര്യങ്ങൾ അത്ര പന്തിയല്ലെന്ന്‌ റോമിലെ ടസ്‌കൻ അമ്പാസഡർ നൽകിയ മുന്നറിയിപ്പും, മോശമായ തന്റെ ആരോഗ്യസ്ഥിതിയും അവഗണിച്ച്‌ 1615 ഡിസംബർ 11-ന്‌ റോമിൽ സ്ഥാനപതിയുടെ വസതിയിലെ ഔദ്യോഗിക അതിഥിയായി ഗലീലിയോ എത്തി.

ആരും പ്രതീക്ഷിക്കാത്ത ചില സംഭവങ്ങളാണ്‌ ഗലീലിയോ എത്തിയതോടെ റോമിൽ അരങ്ങേറിയത്‌. കർദിനാൾ ബെല്ലാർമിന്റെ ഉപദേശപ്രകാരം പോൾ ആറാമൻ മാർപാപ്പ ഒരു പാപ്പൽ കമ്മീഷനെ നിയമിച്ചു. കോപ്പർനിക്കസിന്റെ ആശയങ്ങൾ മതവിരുദ്ധമാണോ എന്ന്‌ കണ്ടെത്തുകയായിരുന്നു കമ്മീഷന്റെ ജോലി. സൂര്യൻ പ്രപഞ്ചകേന്ദ്രമെന്ന്‌ പറയുന്നത്‌ വിഡ്‌ഢിത്തവും വങ്കത്തവുമാണ്‌, അതുകൊണ്ട്‌ തന്നെ ആ വിശ്വാസം മതദ്രോഹപരവുമാണ്‌ എന്ന്‌ കമ്മീഷൻ വിധിയെഴുതി. ഇതിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ കോപ്പർനിക്കസ്‌ ആശയങ്ങളിൽ 'വിശ്വസിക്കുകയോ അതിനെ പ്രതിരോധിക്കുകയോ അത്‌ പഠിപ്പിക്കുകയോ അരുത്‌' എന്ന്‌ ഗലീലിയ്‌ക്ക്‌ മുന്നറിയിപ്പു നൽകാൻ ബല്ലാർമിനെ മാർപാപ്പ ചുമതലപ്പെടുത്തി. ഗലീലിയോ ഈ നിർദ്ദേശത്തിനോട്‌ എതിർപ്പ്‌ പ്രകടിപ്പിച്ചാൽ മതദ്രോഹവിചാരണ നേരിടേണ്ടി വരുമെന്ന്‌ വ്യക്തമാക്കാനും മാർപാപ്പ നിർദ്ദേശം നൽകി.

പിന്നീട്‌ നടന്ന കാര്യങ്ങളെപ്പറ്റി ചരിത്രരേഖകളിൽ ചില അവ്യക്തതകളുണ്ട്‌. 1616 ഫെബ്രുവരി 26-നാണ്‌ മാർപാപ്പയുടെ ഉത്തരവ്‌ ഔദ്യോഗികമായി ധരിപ്പിക്കാൻ ബെല്ലാർമിൻ ഗലീലിയോയെ വിളിപ്പിച്ചത്‌. മതദ്രോഹവിചാരണയുടെ ഔദ്യോഗിക ചുമതലക്കാരും മുറിയിലുണ്ടായിരുന്നു. ഗലീലിയോ എതിർപ്പ്‌ പ്രകടിപ്പിച്ചാൽ അപ്പോൾ തന്നെ തടവിലാക്കാനായിരുന്നു ഉദ്ദേശം. എതിർപ്പ്‌ പ്രകടിപ്പിക്കാതെ അദ്ദേഹം മാർപാപ്പയുടെ ഉത്തരവ്‌ കേട്ടു. പക്ഷേ, മതദ്രോഹവിചാരണക്കാർ അവിടെ നടന്ന കാര്യങ്ങൾ രേഖപ്പെടുത്തുകയും ആ അനൗദ്യോഗി മിനിറ്റ്‌സിൽ ഗലീലിയോയെക്കൊണ്ട്‌ ഒപ്പിടുവിക്കാൻ ശ്രമിക്കുകയും ചെയ്‌തു. രോക്ഷാകുലനായ ബല്ലാർമിൻ ഗലീലിയോയെ ഉടൻതന്നെ മുറിയിൽനിന്ന്‌ മാറ്റി. ഗലീലിയോ ശിക്ഷിക്കപ്പെട്ടതായി കിംവദന്തി പരന്നു. അങ്ങനെയൊന്നും സംഭവിച്ചില്ല എന്നുള്ള ബെല്ലാർമിന്റെ സാക്ഷിപത്രവും ക്ഷതമേറ്റ മനസുമായി ഗലീലിയോ ഫ്‌ളോറൻസിലേക്ക്‌ മടങ്ങി.

മതം 'വിജയിച്ചു'
മതവിചാരണ
മഹാനായ ജ്യോതിശാസ്ത്രജ്ഞൻ
ദോലക(പെൻഡുല) സിദ്ധാന്തം(1584-1585)