പരശുരാമനാൽ പ്രതിഷ്ഠിതമായ നൂറ്റെട്ടു ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ ഒന്നിതെന്നാണ് ഐതിഹ്യം. രണ്ടാം ചേരസാമ്രാജ്യത്തിലെ രണ്ടാമത്തെ ചേരരാജാവായിരുന്ന ചേരമാൻ പെരുമാൾ നായനാർ (ക്രി.വ. 800-844) അതീവ ശിവ ഭക്തനായിരുന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ സമകാലീകനായിരുന്നു ആദി ശങ്കരാചാര്യർ (ക്രി.വ. 788-820). അദ്ദേഹത്തിന്റെ കാലത്താണ് വാഴപ്പള്ളി ക്ഷേത്രം പുതുക്കിപണിത് ക്ഷേത്ര പടിത്തരങ്ങൾ ചിട്ടപ്പെടുത്തിയത്. വർത്തുളാകൃതിയിലുള്ള കരിങ്കൽ ശ്രീകോവിലിന്റെ മൂന്ന് ഭിത്തികൾക്കുള്ളിലായി‌ കിഴക്കോട്ട്‌ ശിവലിംഗപ്രതിഷ്ഠയ്ക്കു വേണ്ടിയും, പടിഞ്ഞാറേയ്ക്ക്‌ പാർവ്വതി പ്രതിഷ്ഠയ്ക്കു വേണ്ടിയും ഗർഭഗൃഹം പണിതു. വട്ടശ്രീകോവിലിനകത്തു തന്നെ തെക്കോട്ട് ദർശനമായി ദക്ഷിണാമൂർത്തിയെയും, ഗണപതിയെയും പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. നാലമ്പലത്തിനകത്ത് തെക്കുകിഴക്കേ മൂലയിൽ വലിയ തിടപ്പള്ളിയും ശ്രീകോവിലിന്റെ കിഴക്കും പടിഞ്ഞാറും ഭാഗങ്ങളിൽ കുക്കുടാകൃതിയിൽ നമസ്കാര മണ്ഡപങ്ങളും ക്ഷേത്രനടയിൽ വലിയ ബലിക്കല്ലും പണികഴിപ്പിച്ചു. നാലമ്പലത്തിനു പുറത്ത് കന്നിമൂലയിൽ ശാസ്താവിനെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. (ബുദ്ധ പ്രതിഷ്ഠയെ ശാസ്താവായി പ്രതിഷ്ഠിച്ചു). ക്ഷേത്രതന്ത്രിയായി തരണല്ലൂർ പരമ്പരക്കും (പിന്നീട് ക്ഷേത്ര തന്ത്രം മൂന്നില്ലങ്ങളിലായി പിരിഞ്ഞ് കുഴിക്കാട്ടില്ലം, പറമ്പൂരില്ലം, മേന്മനയില്ലം എന്നിങ്ങനെയായി), നിത്യശാന്തിക്കായി കാസർഗോഡ് തുളു ബ്രാഹ്മണകുടുംബത്തേയും അധികാര സ്ഥാനം നൽകി അവരോധിച്ചു. മേൽശാന്തിയെ കുടശാന്തിയായി വാഴിച്ച് കുടശാന്തി മഠത്തിൽ താമസസൗകര്യവും ചെയ്തുകൊടുത്തു. ക്ഷേത്ര ഗോപുരത്തിനു പുറത്ത് കിഴക്കുവശത്ത് കുടശാന്തിമഠം കാണാം.

ശിവക്ഷേത്ര പുനഃപ്രതിഷ്ഠാ വേളയിൽ ക്ഷേത്ര തന്ത്രിക്കു പെട്ടെന്ന് മൂത്ര ശങ്ക അനുഭവപ്പെടുകയും ശിവലിംഗ പ്രതിഷ്ഠക്കുള്ള ജീവകലശം സമയത്ത് ക്ഷേത്രതന്ത്രിക്ക് അഭിഷേകം ചെയ്യാനാവാതെ വന്നു. തന്ത്രി ശരീരശുദ്ധി വരുത്തി ക്ഷേത്രത്തിൽ തിരികെ വരുമ്പോൾ അകത്ത് കലശകൊട്ട് കേട്ടു, പുനഃപ്രതിഷ്ഠ കഴിഞ്ഞെന്നു മനസ്സിലാക്കി. ശിവലിംഗ പുനഃപ്രതിഷ്ഠയും പരശുരാമൻ നടത്തിയെന്നാണ് ഐതിഹ്യം. അതിനു സ്മരണയായി ചേരമാൻ പെരുമാൾ നാലമ്പലത്തിലിനുള്ളിൽ അഗ്നികോണിൽ പരശുരാമനെ കുടിയിരുത്തി. പരശുരാമനു നിത്യേന പൂജയുണ്ട്. ഉപയോഗിക്കാതെവന്ന ഈ കലശം ഇലവന്തി തീർത്ഥസ്ഥാനത്ത് ഗണപതി സങ്കല്പത്തിൽ പ്രതിഷ്ഠനടത്തി അഭിഷേകം ചെയ്തുവത്രേ. ആ പ്രതിഷ്ഠാവേളയിൽ നേദിച്ച ഒറ്റയപ്പമാണ് വാഴപ്പള്ളി ഗണപതിയപ്പം എന്ന് പിന്നീട് പ്രസിദ്ധിയാർജ്ജിച്ചത്. ഇന്നു കാണുന്ന ഗണപതി ക്ഷേത്രസമുച്ചയം ചേരമാൻ പെരുമാളിന്റെ കാലത്താണ് നിർമ്മിച്ചത്.

അഷ്ടപദി
എതൃത്തപൂജ
ബ്രഹ്മരക്ഷസ്സ്
ഐതിഹ്യം