1996-ൽ തിരഞ്ഞെടുപ്പീനെ തുടർന്ന് അധികാരത്തിൽ വന്ന 13-ദിവസം മാത്രം ആയുസ്സുണ്ടായിരുന്ന വാജ്പൈ മന്ത്രിസഭയിൽ പ്രതിരോധ വകുപ്പ് മന്ത്രിയായിരുന്നു മഹാജൻ.1998-ൽ ബി.ജെ.പി വീണ്ടും അധികാരത്തിലേറിയപ്പോൾ പ്രധാനമന്ത്രിയുടെ ഉപദേശ്ടകനായി നിയമിക്കപ്പെട്ട ഇദ്ദേഹം അതേ വർഷം തന്നെ ഈ സ്ഥാനം രാജി വയ്ക്കുകയും ജുലൈയിൽ രാജൃസഭയിലേക്കു തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു. 1998 ഡിസംബറിൽ വിവരസാങ്കേതിക-പ്രക്ഷേപണ, ഭക്ഷൃ പ്രക്രിയ എന്നീ വകുപ്പുകളോടുകൂടി മന്ത്രിയായി നിമിക്കപ്പെട്ടു. 1999 ഒക്ടോബറിൽ മഹാജൻ പാർലമെൻ്ററി കാരൃ, ജലവിഭവ വകുപ്പുകളിലേക്കു മാറ്റപ്പെട്ടു. ഒരു മാസത്തിനുള്ളിൽത്തന്നെ ജലവിഭവ വകുപ്പൊഴിഞ്ഞു അദ്ദേഹം വിണ്ടും വിവരസാങ്കേതിക-പ്രക്ഷേപണ വകുപ്പേറ്റെടുത്തു.

2001-ൽ പ്രക്ഷുതമായ സാഹചരൃങ്ങളിലാണ് മഹാജൻ ശാർത്താപ്രക്ഷേപണ വകുപ്പിലേക്കു നിയമിക്കപ്പെടുന്നതു. 1994-ലെ ടെലികോം നയം പ്രകാരം സ്വകാരൃ കമ്പനികൾക്കു തുറന്ന ലേലത്തിനുശേഷം ലേലത്തിലൂടെ നിശ്ചയിക്കപ്പെട്ട ലൈസൻസ് ഫീ അടച്ച് സെല്ലുലാർ ടെലിഫോണിയിൽ പങ്കെടുക്കാവുന്നതായിരുന്നു. എന്നാൽ കോൺട്രാക്റ്റ് ലഭിച്ച കമ്പനികൾക്കു ഈ ലൈസൻസ് ഫീ അടക്കാൻ കഴിയാത്ത അവസ്ഥയായി. 'വിന്ന്ന്നേഴ്സ് കർസ്സ്' എന്നിതു വിശേഷിപ്പിക്കപ്പെട്ടു. അന്നത്തെ വാർത്താപ്രക്ഷേപണ വകുപ്പ് മന്ത്രി ജഗ്മോഹൻ ഈ കമ്പനികൾക്കെതിരെ കർശന നടപടികളെടുക്കാൻ ശ്രമിച്ചതിനെത്തുടർന്ന് വകുപ്പിൽ നിന്നും പുറത്താക്കപ്പെട്ടു. തുടർന്ന് പ്രധാനമന്ത്രിയായ വാജ്പൈയ് തന്നെ ഈ വകുപ്പേറ്റെടുക്കുകയും(രാം വിലാസ് പാസ്വനെ സഹമന്ത്രിയായി വച്ചുക്കൊണ്ട്) 1999-ലെ പുതിയ ടെലികോം നയത്തിനു മേൽനോട്ടം വഹിക്കുകയും ചെയ്തു. പുതിയ നയത്തിൽ മുൻ നിശ്ചയിക്കപ്പെട്ട ലൈസൻസ് ഫീയ്ക്കു പകരം ഒരു റവനൃു വിഭജന ധാരണ സൃഷ്ടിക്കപ്പെട്ടു. നിയമം പകുതി വഴി മധൃേ മാറ്റുന്നുവെന്നും സർക്കാരിനു നിതുതി നഷ്ടമുണ്ടാക്കിയെന്നും ചൊല്ലി ഈ നീക്കം വിമർശിക്കപെട്ടു. ഈ പശ്ചാത്തലത്തിലാണ് 2001 ആഗസ്റ്റിൽ മഹാജൻ കാബിനറ്റ് പുനഃസംഘടനയെത്തുടർന്ന് (വിവരസാങ്കേതിക-വാർത്താപ്രക്ഷേപണ വകുപ്പുകളുടെ ലയനത്തിനുകൂടി കാരണമായ) ഈ നയം നടപ്പാക്കുന്നതിനായി വാർത്താപ്രക്ഷേപണ വകുപ്പിലേക്കു കടന്നുവന്നത്. അദ്ദേഹത്തിൻ്റെ കാലയളവിൽ ടെലിഫോൺ കണക്ഷനുകളുടെ എണ്ണം മുൻപ്പൊരിക്കലും കാണാത്ത രീതിയിൽ വർദ്ധിക്കുകയും ഈ സേവനങ്ങൾക്കു വേണ്ടിയുള്ള തുക കുറയുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ റിലയൻസ് ഇൻഫോകോമിനു ലൈസൻസ് ഫീ അടയ്ക്കാതെത്തന്നെ രാജൃാന്തര സേവനങ്ങൾ നടത്താനുള്ള അനുമതി നല്കിയെന്ന ആരോപണവും മഹാജനെതിരെ ഉയർന്നു വന്നു.
വി.എസ്.എൻ.എൽ-ൻ്റെ സ്വകാരൃവത്കരണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് അന്നത്തെ ഒാഹരി വിൽപന വകുപ്പ് മന്ത്രിയായ അരൂൺ ശൗരിയുമായി ഒരു തർക്കത്തിലും മഹാജൻ ഏർപ്പെട്ടു. ഈ കാരണങ്ങൾക്കൊണ്ടാണ് അദ്ദേഹം 2003-ലെ കാബിനറ്റ് പുനസംഘടനയെത്തുടർന്ന് പുറത്തായതെന്ന് കരുതപ്പടുന്നു. വാർത്താപ്രക്ഷേപണ വകുപ്പിലേക്കു ശൗരി നിയമിക്കപ്പെടുകയും മഹാജൻ ബി.ജെ.പിയുടെ ജനറൽ സെക്രട്ടറിയായി നിയമിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു. തനിക്കു ലഭിച്ചതു സ്ഥാനത്താഴ്ചയല്ലെന്നും കേവലം തേരിലെ സന്ചാരിയിൽ നിന്നും തേരാളിയിലേക്കുള്ള മാറ്റമാണെന്നും മാധൃമ ചർച്ചകൾക്കു വിരാമമിട്ടുക്കൊണ്ടദ്ദേഹം പറഞ്ഞു.

സർക്കാരിൽ
ശിവാനി ഭത്തനാഗർ കൊലപാതകത്തിലെ ആരോപണം
ടെലികോം വകുപ്പ് മന്ത്രിയായിരിക്കെയുള്ള ആരോപണങ്ങൾ
ജീവിതം