മഹ്മൂദ് ഷാ ഹെറാത്തിലേക്ക് പലായനം ചെയ്തതിനെത്തുടർന്ന് 1818 മുതൽക്കു തന്നെ കാബൂളും കന്ദഹാറും ബാരക്സായ് സഹോദരന്മാരുടെ കീഴിൽ വന്നെങ്കിലും ഭരണം നേരിട്ട് ഏറ്റെടുക്കാൻ ഇവർ തയ്യാറായിരുന്നില്ല. ഫത് ഖാന്റെ അഭാവം ഇവരെ ആശയക്കുഴപ്പത്തിലാക്കിയിരുന്നു. വിവിധ സാദോസായ് വംശജരെ ഷാ ആയി നിയമിച്ച് പാവഭരണം നടത്താൻ ശ്രമിച്ചെങ്കിലും ഇതിലും വിജയം കണ്ടില്ല. തിമൂർ ഷായുടെ ഒരു പുത്രനായിരുന്ന അയൂബ് മിർസ ഇത്തരത്തിൽ ബാരക്സായ്കളുടെ കീഴിൽ ഭരണം നടത്തിയിരുന്ന അവസാനത്തെ സാദോസായ് ചക്രവർത്തിയാണ്. ഇദ്ദേഹത്തെ 1823-ൽ അധികാരത്തിൽ നിന്ന് ബാരക്സായ് സഹോദരന്മാർ പുറത്താക്കിയതോടെ കാബൂളിൽ നാഥനില്ലാത്ത അവസ്ഥയായി. 

ഇതിനു പുറമേ സിഖുകാരുടെ ആക്രമണവും അഫ്ഗാനികളെ വലക്കുന്നുണ്ടായിരുന്നു. 1823-ൽ സിഖുകാർ ബാരക്സായ്കളെ നോഷേറ യുദ്ധത്തിൽ വച്ച് പരാജയപ്പെടുത്തുകയും മുഹമ്മദ് അസം ഖാൻ എന്ന ഒരു ബാരക്സായ് സഹോദരനെ കൊലപ്പെടുത്തി. ഇതോടെ പെഷവാറിന്റെ നിയന്ത്രണവും അഫ്ഗാനികൾക്ക് നഷ്ടമായി. 

1826-ൽ ബാരക്സായ് സഹോദരന്മാരിൽ ഏറ്റവും ഇളയവനായ ദോസ്ത് മുഹമ്മദ് ഖാൻ കാബൂളിൽ ഭരണം ഏറ്റെടുത്തതൊടെ കാബൂളിലെ ബാരക്സായ് ഭരണത്തിന് ആരംഭമായി

അമാനുള്ള ഖാൻ
ദോസ്ത് മുഹമ്മദ് ഖാൻ
ഷേർ അലി ഖാൻ
അധികാരത്തിലേക്ക്