ഇന്ന് ക്ഷേത്രത്തിലുള്ള ധന്വന്തരിവിഗ്രഹം ദ്വാപരയുഗത്തിൽ ശ്രീകൃഷ്ണഭഗവാന്റെ മാതാപിതാക്കളായ വസുദേവരും ദേവകിയും പൂജിച്ചതാണെന്ന് വിശ്വസിച്ചുവരുന്നു. ഈ വിഗ്രഹം ക്ഷേത്രത്തിലെത്താൻ കാരണമായ ഒരു കഥയുണ്ട്. അതിങ്ങനെ:

ആയുർവേദത്തിന്റെ ദേവനായ ധന്വന്തരിയ്ക്ക് ഒരു ക്ഷേത്രം പണിയണമെന്ന് നെല്ലുവായ ദേശവാസികൾ തീരുമാനിച്ചു. അവിടെ പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കാൻ ഉചിതമായ ഒരു വിഗ്രഹത്തിനായി അടുത്തുള്ള മുരിങ്ങത്തേരി എന്ന സ്ഥലത്തെ ഒരു ചെറിയ കുന്നിൽ നിന്ന് ഒരു ശില കൊണ്ടുവന്ന് അതിൽ വിഗ്രഹം പണിയിച്ചു. തുടർന്ന് ക്ഷേത്രനിർമ്മാണം പൂർത്തിയാക്കി പ്രതിഷ്ഠയ്ക്കുള്ള ഒരുക്കങ്ങൾ നടന്നുവരുന്നതിനടിയിൽ എവിടെനിന്നോ രണ്ട് ബ്രാഹ്മണബാലന്മാർ മുമ്പിൽ വരികയും പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കാൻ നിർദ്ദേശിച്ച വിഗ്രഹത്തെക്കാൾ ദിവ്യമായ ഒരു വിഗ്രഹമുണ്ടെന്ന് പറയുകയും ചെയ്തു. തുടർന്ന് അവരോടൊപ്പം അടുത്തുള്ള പറമ്പിലേയ്ക്കുപോയ നാട്ടുകാർ വിഗ്രഹം കണ്ടെത്തുകയും ക്ഷേത്രത്തിൽ അത് പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. ആദ്യം പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കാൻ നിർദ്ദേശിച്ച വിഗ്രഹം അടുത്തുള്ള പറമ്പിൽ പ്രത്യേകം ക്ഷേത്രം പണിത് പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. പിൽക്കാലത്ത് അത് ക്ഷേത്രമതിലകത്തേയ്ക്ക് മാറ്റി. ഈ പ്രതിഷ്ഠയാണ് 'ചെറുതേവർ' എന്ന് ഇന്നറിയപ്പെടുന്നത്. വിഗ്രഹം കണ്ടെത്തിയ ബ്രാഹ്മണബാലന്മാർ മഹാവൈദ്യന്മാരായ അശ്വിനീദേവകളാണെന്ന് വിശ്വസിച്ചുവരുന്നു. 

പ്രസിദ്ധമായ ഗുരുവായൂർ ക്ഷേത്രവുമായി വളരെ അടുത്ത ബന്ധം നെല്ലുവായ ക്ഷേത്രത്തിനുണ്ട്. ഇരുക്ഷേത്രങ്ങളും തമ്മിൽ ഏകദേശം 20 കിലോമീറ്റർ ദൂരവ്യത്യാസം മാത്രമേയുള്ളൂ. ഇരുക്ഷേത്രങ്ങളിലെയും മൂർത്തികൾ വിഷ്ണുവിന്റെ അവതാരങ്ങളാണ്. ഇരുക്ഷേത്രങ്ങളിലെയും വിഗ്രഹങ്ങൾ വസുദേവരും ദേവകിയും പൂജിച്ചവയാണെന്ന് വിശ്വസിച്ചുപോരുന്നു. ഇരുക്ഷേത്രങ്ങളിലെയും മൂർത്തികൾ പരസ്പരാഭിമുഖമായാണ് പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിയ്ക്കുന്നത്. കൂടാതെ, വിവിധ രോഗങ്ങൾ മാറുന്നതിന് ഇരുക്ഷേത്രങ്ങളിലെയും ഭജനമിരിയ്ക്കലും വിശേഷമായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. 

ഐതിഹ്യം
ക്ഷേത്രനിർമ്മിതി
ക്ഷേത്രപരിസരവും മതിലകവും
ചരിത്രം