റൊണാൾഡീന്യോയുടെ ക്ലബ്ബ് മാറ്റത്തെ തുടർന്ന് അദ്ദേഹത്തിന്റെ 10 ആം നമ്പർ ജേഴ്സി മെസ്സിക്ക് ലഭിച്ചു. 2008 ഒക്ടോബർ 1 ന് ഷക്തർ ഡൊണെറ്റ്സ്കിനെതിരായ ചാമ്പ്യൻസ് ലീഗ് മത്സരത്തിൽ, തിയറി ഹെൻട്രിക്ക് പകരമിറങ്ങി, 1-0 ന് പിന്നിൽ നിൽക്കുകയായിരുന്ന ബാർസലോണയെ അവസാന 7 മിനിട്ടുകൾക്കുള്ളിൽ 2 ഗോളുകൾ നേടി 2-1 ജയത്തിലേക്ക് മെസ്സി നയിച്ചു. അത്‌ലെറ്റിക്കോ മാഡ്രിഡിനെതിരായ അടുത്ത മത്സരം മെസ്സിയും അദ്ദേഹത്തിന്റെ അടുത്ത സുഹൃത്തായ സെർജിയോ അഗ്യൂറോയും തമ്മിലുള്ള സൗഹൃദ യുദ്ധമായാണ് പറയപ്പെട്ടത്. ആ മത്സരത്തിൽ മെസ്സി ഫ്രീകിക്കിലൂടെ ഒരു ഗോൾ നേടുകയും ഒരു ഗോളിന് വഴി തെളിക്കുകയും ചെയ്തതിലൂടെ അത്‌ലറ്റിക്കോ മാഡ്രിഡിനു മേൽ ബാർസ 6-1 വിജയം നേടി. സെവിയ്യക്കെതിരായി നടന്ന മത്സരത്തിൽ മെസ്സി മറ്റ് രണ്ട് ആകർഷകമായ ഗോളുകൾ കൂടി നേടി. അതിൽ ഒരെണ്ണം 23 മീറ്ററുകൾ (25 വാര) അകലെ നിന്ന് അടിച്ചതും മറ്റൊന്ന് ഗോളിയെ കബളിപ്പിച്ച് വിഷമകരമായ ഒരു സ്ഥലത്ത് നിന്നും നേടിയതുമാണ്. 2008 ഡിസംബർ 13 ന് നടന്ന ആ സീസണിലെ ആദ്യ ക്ലാസിക് മത്സരത്തിൽ മെസ്സി ബാർസലോണയുടെ രണ്ടാം ഗോൾ നേടുകയും ബാർസ 2-0 ന് ജയിക്കുകയും ചെയ്തു. 2008 ലെ ഫിഫ പ്ലെയർ ഓഫ് ദ ഇയർ പുരസ്കാരത്തിൽ അദ്ദേഹം 678 പോയന്റുകളോടെ രണ്ടാം സ്ഥാനത്തെത്തി.

അത്‌ലറ്റിക്കോ മാഡ്രിഡിനെതിരായി ബാർസലോണ 3-1 ന് ജയിച്ച ഒരു കോപ്പ ഡെൽ റേയ് മത്സരത്തിലാണ് മെസ്സി 2009 ലെ ആദ്യ ഹാട്രിക് നേടിയത്. 2009 ഫെബ്രുവരി 1 ന് റേസിംഗ് സന്റാൻഡറിനെതിരായ മത്സരത്തിൽ 1-0 ന് പിന്നിൽ നിൽക്കുകയായിരുന്ന ബാർസലോണയെ പകുതി സമയത്തിൽ പകരക്കാരനായി ഇറങ്ങി 2 ഗോളുകൾ നേടി 2-1 വിജയത്തിലേക്ക് മെസ്സി നയിച്ചു. അതിലെ രണ്ടാം ഗോൾ ബാർസലോണയുടെ സ്പാനിഷ് ലീഗിലെ 5000 ആമത് ഗോൾ ആയിരുന്നു. ലാ ലിഗയുടേ 28 ആം ഘട്ടത്തിൽ മലാഗക്കെതിരെ അദ്ദേഹം സീസണിലെ തന്റെ 30 ആം ഗോൾ നേടുകയും അതുവഴി ബാർസലോണയെ 6-0 വിജയത്തിലേക്ക് നയിക്കുകയും ചെയ്തു. 2009 ഏപ്രിൽ 8 ന് ബയേൺ മ്യൂണിക്കിനെതിരായി നടന്ന ഒരു ചാമ്പ്യൻസ് ലീഗ് മത്സരത്തിൽ മെസ്സി 2 ഗോളുകൾ നേടുകയും ആ പരമ്പരയിൽ 8 ഗോളുകൾ എന്നത് സ്വന്തം നേട്ടങ്ങൾക്കൊപ്പം ചേർക്കുകയും ചെയ്തു. ഏപ്രിൽ 18 ന് ഗെറ്റാഫെക്കെതിരായ 1-0 ജയത്തിൽ നേടിയ ഗോളിലൂടെ മെസ്സി ലാ ലിഗയിൽ ആ സീസണിൽ 20 ഗോളുകൾ കുറിച്ചു. റയൽ മാഡ്രിഡിനു മുകളിൽ വ്യക്തമായ 6 പോയന്റിന്റെ ലീഡോഡെ ബാർസലോണ ലീഗ് പട്ടികയിൽ തലപ്പത്തെത്തി.

സീസൺ അവസാനിക്കുന്നതിനു മുമ്പായി സാന്റിയാഗോ ബെർണാബൂവിൽ വെച്ച് റയൽ മാഡ്രിഡിനെതിരായി നടന്ന മത്സരത്തിൽ മെസ്സിയുടെ ഇരട്ടഗോൾ (സീസണിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ 35 ഉം 36 ഉം ഗോളുകൾ) പ്രകടനത്തിന്റെ പിൻബലത്തിൽ ബാർസലോണ 6-2 ന് വിജയിച്ചു. അത് 1930 ന് ശേഷം റയലിന്റെ ഏറ്റവും കനത്ത പരാജയമായിരുന്നു. ഓരോ ഗോൾ നേടിയതിനു ശേഷവും അദ്ദേഹം ആരാധകരുടെ അടുത്തേക്ക് ഓടുകയും "Síndrome X Fràgil" (Fragile X Syndrome എന്ന രോഗത്തിന്റെ കറ്റാലൻ നാമം) എന്നെഴുതിയ കുപ്പായം ക്യാമറക്ക് മുന്നിൽ കാണിക്കുകയും ചെയ്തു. ആ രോഗത്തിനടിമപ്പെട്ട കുട്ടികളോടുള്ള തന്റെ സഹകരണം വ്യക്തമാക്കുകയായിരുന്നു അദ്ദേഹം അതിലൂടെ. ചാമ്പ്യൻസ് ലീഗ് സെമി-ഫൈനൽ മത്സരത്തിൽ ചെൽസിക്കെതിരെ ആന്ദ്രെ ഇനിയെസ്റ്റ നേടിയ ഇഞ്ചുറി ടൈം ഗോളിലൂടെ ബാർസലോണയെ ഫൈനലിൽ മാഞ്ചസ്റ്റർ യുണൈറ്റഡിനെ നേരിടുന്നതിന് പ്രാപ്തരാക്കിയതിൽ മെസ്സിക്കും വലിയൊരു പങ്കുണ്ടായിരുന്നു. മെയ് 13 ന് അത്‌ലറ്റിക്കോ ബിൽബാവോക്കെതിരായി നടന്ന കോപ്പ ഡെൽ റേയ് കലാശപ്പോരാട്ടത്തിൽ ഒരു ഗോൾ നേടുകയും രണ്ട് ഗോളുകൾക്ക് വഴിവെക്കുകയും ചെയ്തതിലൂടെ ബാർസലോണ 4-1 ന് വിജയിക്കുകയും മെസ്സി തന്റെ ആദ്യ കോപ്പ ഡെൽ റേയ് കപ്പ് നേടുകയും ചെയ്തു. മെസ്സിയുടെ മികച്ച പ്രകടനത്തിലൂടെ ബാർസലോണ ലാ ലിഗ കപ്പും നേടി ആ സീസണിൽ ഡബിൾ പൂർത്തിയാക്കി. മെയ് 27 ന് നടന്ന ചാമ്പ്യൻസ് ലീഗ് ഫൈനലിൽ മെസ്സി 70 ആം മിനിട്ടിൽ നേടിയ ഗോളടക്കം 2 ഗോളിന് ബാർസലോണ മാഞ്ചസ്റ്റർ യുണൈറ്റഡിനെ തോൽപ്പിക്കുകയും കിരീടം കരസ്ഥമാക്കുകയും ചെയ്തു. 9 ഗോളുകളോടെ ചാമ്പ്യൻസ് ലീഗ് പരമ്പരയിൽ ഏറ്റവും കൂടുതൽ ഗോളുകൾ നേടുന്ന താരവുമായി മാറി മെസ്സി. പരമ്പരയുടെ ചരിത്രത്തിൽ ഈ നേട്ടം കൈവരിക്കുന്ന ഏറ്റവും പ്രായം കുറഞ്ഞ വ്യക്തിയും മറ്റാരുമായിരുന്നില്ല. ആ വർഷത്തിൽ തന്നെ യുവേഫ ക്ലബ്ബ് ഫോർവേർഡ് ഓഫ് ദ ഇയർ, യുവേഫ ക്ലബ്ബ് ഫുട്ബോളർ ഓഫ് ദ ഇയർ എന്നീ പുരസ്കാരങ്ങളും അദ്ദേഹത്തെ തേടിയെത്തി. ആ സീസണിൽ ബാർസലോണ ലാ ലിഗ, കോപ്പ ഡെൽ റേയ്, ചാമ്പ്യൻസ് ലീഗ് എന്നിങ്ങനെ മൂന്ന് കിരീടങ്ങൾ നേടി. ഒരു സീസണിൽ മൂന്ന് കിരീടങ്ങൾ നേടുന്ന ആദ്യ സ്പാനിഷ് ക്ലബ്ബായി ബാർസലോണ മാറി.

2007 കോപ്പ അമേരിക്ക
2008-09 സീസൺ
2006-07 സീസൺ
വ്യക്തിഗത ജീവിതം