പിന്നെ അവർ ശാന്തസമുദ്രത്തിൽ അന്തമില്ലാത്തതെന്നു തോന്നിക്കുന്ന യാത്ര തുടങ്ങി. അടുത്ത 98 ദിവസങ്ങളിൽ ആകെ കണ്ടത് രണ്ടു ചെറിയ ദ്വീപുകൾ മാത്രമായിരുന്നു. കപ്പലിൽ ഇല്ലായ്മകൾ പെരുകുകയും നാവികരെ സ്കർ‌വി രോഗം വലയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. ഇടയ്ക്ക് ഗുവാം ദ്വീപ് കണ്ടെങ്കിലും ദ്വീപുവാസികളുടെ ശത്രുത മൂലം അവിടെ ഇറങ്ങിയില്ല. 1521 ഏപ്രിൽ 7-ന്‌ അവർ ഫിലിപ്പീൻസിലെ സീബു ദ്വീപിൽ ഇറങ്ങി. കപ്പലിലെ ദൗർലഭ്യങ്ങൾ നീക്കാൻ വേണ്ട വിഭവങ്ങൾ അവിടുന്ന് സമാഹരിക്കേണ്ടിയിരുന്നു. പ്രതിഫലമായി, സമീപത്തുള്ള മാക്ടാൻ ദ്വീപിലെ ശത്രുവുമായുള്ള യുദ്ധത്തിൽ സീബു ദ്വീപിലെ രാജാവിനെ സഹായിക്കാൻ മഗല്ലൻ സമ്മതിച്ചു. എന്നാൽ മാക്ടാനിലെ യുദ്ധത്തിൽ അതിരുകടന്ന ആത്മവിശ്വാസത്തോടെ, ആവശ്യത്തിനു മുൻ‌കരുതലുകളില്ലാതെ പങ്കെടുത്ത മഗല്ലൻ കൊല്ലപ്പെട്ടു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ മൃതദേഹം പോലും കണ്ടുകിട്ടിയില്ല.
അവശേഷിച്ച നാവികർ രണ്ടു കപ്പലുകൾക്കു മാത്രമേ തികയുമായിരുന്നുള്ളൂ. ഒരു കൂട്ടർ, അമേരിക്കയിലെ സ്വർണ്ണം തേടിയാവാം ശാന്തസമുദ്രത്തിൽ വന്ന വഴിയേ തിരികെപോയി. വിക്ടോറിയ എന്ന കപ്പലിന്റെ ചുമതല ഏറ്റെടുത്ത ഹുവാൻ സെബാസ്റ്റിൻ ദെൽ കാനോ അതിനെ സുഗന്ധദ്വീപുകൾ(spice islands) കടത്തി ഇൻഡ്യൻ മഹാസമുദ്രത്തിലും ശുഭപ്രതീക്ഷാമുനമ്പ് ചുറ്റി ആഫ്രിക്കയുടെ പശ്ചിമതീരത്തും എത്തിച്ചു. കേപ്പ് വെർദേ ദ്വീപിലെത്തിയ കപ്പലിലെ നാവികരിൽ പകുതിപേരെ അവിടെയുണ്ടായിരുന്ന പോർച്ചുഗീസുകാർ ബന്ധനത്തിലാക്കി. 22 പേർ എങ്ങനെയോ രക്ഷപ്പെട്ടുപോയി. 1522 സെപ്തംബർ 8-ന്‌ മൂന്നോളം വർഷങ്ങൾക്കു ശേഷം വിക്ടോറിയ സ്പെയിനിലെ സെവിൽ തുറമുഖത്ത് മടങ്ങിയെത്തി. യാത്ര തുടങ്ങിയപ്പോൾ ഉണ്ടായിരുന്ന 280 പേരിൽ 18 പേർ മാത്രമാണ്‌ ആ കപ്പലിൽ അപ്പോൾ ഉണ്ടായിരുന്നത്.

മഗല്ലൻ കടല്പാത
സാഹസയാത്ര
വിലയിരുത്തൽ
മരണം, ശേഷം