സ്വാതന്ത്യസമരകാലത്ത് സാമുദായികതയെ ശക്തമായി നിരാകരിച്ച അദ്ദേഹം ഇന്ത്യാവിഭജനത്തെ ശക്തമായി എതിർത്തു. പകരം വിവിധ സംസ്കാരങ്ങളുടെ കോൺഫെഡറേഷൻ എന്നതായിരുന്നു മൗദൂദിയുടെ സങ്കല്പം. ഇന്ത്യാവിഭജനം ഒരു യാഥാർഥ്യമായതിനെത്തുടർന്ന് അദ്ദേഹം പാകിസ്താനിലേക്ക് പോവുകയായിരുന്നു. മുസ്‌ലിംകൾക്കായി കേവല ദേശരാഷ്ട്രങ്ങൾ എന്നതിന് പകരം ഇസ്‌ലാമിക തത്ത്വങ്ങൾ പിന്തുടരുന്ന ഇസ്‌ലാമിക രാഷ്ട്രസ്ഥാപനം എന്ന സങ്കല്പമായിരുന്നു അദ്ദേഹം പുലർത്തിയിരുന്നത്.
1947 ആഗസ്റ്റിൽ പാകിസ്താനിൽ താമസമാക്കിയ മൗദൂദി അവിടെ ഒരു ഇസ്‌ലാമികഭരണഘടനക്കായി പരിശ്രമിച്ചു. ഭരണാധികാരികൾ കടുത്ത നടപടികളോടെ അദ്ദേഹത്തെ നേരിട്ടു. പല തവണ അദ്ദേഹത്തെ അറസ്റ്റ്‌ ചെയ്ത്‌ ജയിലിലടച്ചു. 1953-ൽ ഖാദിയാനീ പ്രശ്‌നത്തെക്കുറിച്ച്‌ ഒരു ലഘുലേഖ എഴുതിയതിന്റെ പേരിൽ രാജ്യദ്രോഹക്കുറ്റം ചുമത്തി പട്ടാളകോടതി മൗദൂദിക്ക്‌ വധശിക്ഷ വിധിച്ചു. മാപ്പപേക്ഷ നൽകി കുറ്റവിമുക്തവാൻ അവസരം ലഭിച്ചെങ്കിലും അദ്ദേഹം തന്റെ നിലപാടിൽ ഉറച്ച്‌ നിൽക്കുകയാണുണ്ടായത്‌. ഒടുവിൽ പാകിസ്താനകത്തും ലോകത്തിന്റെ ഇതര ഭാഗങ്ങളിലും ഉണ്ടായ എതിർപ്പിനെത്തുടർന്ന് വധശിക്ഷ ജീവപര്യന്തം തടവായി ചുരുക്കാനും പിന്നീട്‌ അതു തന്നെ റദ്ദാക്കാനും ഭരണകൂടം നിർബന്ധിതമായി.
കശ്മീരിലെ പാക് നുഴഞ്ഞുകയറ്റത്തിനെ എതിർത്തതിന്റെ പേരിലും അദ്ദേഹം വിചാരണ നേരിടേണ്ടി വന്നിട്ടുണ്ട്. നുഴഞ്ഞുകയറ്റം ഒരിക്കലും ഇസ്‌ലാമിക തത്ത്വങ്ങളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നതല്ല എന്നതായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ നിലപാട്.

പാകിസ്താനിൽ
രാഷ്ട്രീയത്തിൽ
സംഭാവനകൾ
അംഗീകാര‌ങ്ങൾ