കേരളത്തിലെ നൂറ്റെട്ട് ശിവക്ഷേത്രങ്ങളിൽ പ്രാധാന്യമേറിയ ഇവിടുത്തെ ബിംബപ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയത് വൈഷ്ണവാശഭൂതനായ ശ്രീ പരശുരാമനാണ് പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയത് എന്നാണ് ഐതിഹ്യം. എന്നാൽ, ക്ഷേത്രോദ്ഭവവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് മറ്റൊരു കഥയും പറഞ്ഞുകേൾക്കുന്നുണ്ട്. അതിങ്ങനെ:

ചേലക്കരയിലെ വേളനേഴി മനയിലെ നമ്പൂതിരി തൃശ്ശൂർ വടക്കുന്നാഥന്റെ വലിയ ഭക്തനായിരുന്നു. എല്ലാമാസവും മുടങ്ങാതെ വടക്കുന്നാഥക്ഷേത്രദർശനം നടത്തിയിരുന്ന അദ്ദേഹത്തിന് പ്രായാധിക്യം കാരണം ദർശനം നടത്താനാകാതെ വരുമെന്നായപ്പോൾ ദുഃഖിതനായ അദ്ദേഹം വടക്കുന്നാഥനെ ശരണം പ്രാപിച്ചു. കരുണാസാഗരമായ മഹാദേവൻ, തന്റെ ഭക്തൻ ആഗ്രഹിയ്ക്കുന്ന സ്ഥലത്ത് താൻ കുടികൊള്ളാമെന്നുപറഞ്ഞ് നമ്പൂതിരിയെ അനുഗ്രഹിച്ചു. ഈ സംഭവം നടന്നതിന്റെ പിറ്റേദിവസം വെങ്ങാനെല്ലൂർ കുന്നിന്മുകളിൽ പുല്ലരിയാൻ വന്ന ഒരു പുലയസ്ത്രീ തന്റെ അരിവാളിന് മൂർച്ച കൂട്ടാൻ അടുത്തുകണ്ട ഒരു കല്ലിൽ ഉരച്ചുനോക്കിയപ്പോൾ അതിൽ നിന്ന് രക്തപ്രവാഹമുണ്ടായി. വിവരമറിഞ്ഞ് നാട്ടിലെ ഭരണാധികാരിയായ തൊട്ടാശ്ശേരി തലശ്ശാനോർ എത്തുകയും സ്വയംഭൂവായ ഒരു ശിവലിംഗത്തിൽ നിന്നാണ് രക്തപ്രവാഹമുണ്ടാകുന്നതെന്ന് മനസ്സിലാക്കുകയും ചെയ്തു. തലശ്ശാനോർ വിവരം നമ്പൂതിരിയെ അറിയിച്ചപ്പോൾ അദ്ദേഹം അത്യധികം സന്തോഷവാനായി ശിവലിംഗത്തിനടുതെത്തി സാഷ്ടാംഗം പ്രണമിച്ചു. തുടർന്ന്, പെരുവനം ഗ്രാമത്തിൽ പെട്ട 41 ഇല്ലക്കാർ ചേർന്ന് ശിവന് ഒരു ക്ഷേത്രം പണിതു. വടക്കുന്നാഥക്ഷേത്രത്തിലേതുപോലെ പാർവ്വതീദേവിയെയും ക്ഷേത്രത്തിൽ പ്രതിഷ്ഠിച്ചു. ഭക്തനായ നമ്പൂതിരി, നിത്യേന ക്ഷേത്രദർശനം നടത്തി മുക്തിയടഞ്ഞു. അങ്ങനെയാണ് വെങ്ങാനെല്ലൂർ ക്ഷേത്രം ഉദ്ഭവിച്ചത്. 
പൂജാ ക്രമങ്ങൾ
ഐതിഹ്യം
ശ്രീകോവിൽ
ക്ഷേത്ര വാസ്തുവിദ്യ