അവസാനകാലത്ത് ഒട്ടേറെ രോഗങ്ങൾ ലൂഥറെ ദുർബ്ബലനാക്കി. ദഹനക്കേട്, ഉറക്കമില്ലായ്ക, തലചുറ്റൽ, വയറുവേദന, വൃക്കരോഗം, ചെവിപഴുപ്പ്, കുടൽപ്പുണ്ണ്, സന്ധിവാതം, നടുവുവേദന, കിതപ്പ് എന്നിവയെല്ലാം അദ്ദേഹത്തെ വലച്ചു. വേദനശമനത്തിനും ഉറക്കത്തിനുമായി ലൂഥർ മദ്യത്തെ ആശ്രയിക്കുകയും വിവിധതരം ഔഷധങ്ങളും പ്രാർത്ഥനയും പരീക്ഷിക്കുകയും ചെയ്തു. രോഗപീഡ അദ്ദേഹത്തിന്റെ മാനസികാവസ്ഥയേയും ബാധിച്ചു. "സമയവും ഭക്ഷണവും മദ്യവും ചേർന്ന് മസ്തിഷ്കം ഉൾപ്പെടെയുള്ള ആന്തരികാവയവങ്ങളെ വിഷലിപ്തമാക്കിയപ്പോൾ", ലൂഥറുമായി ഇടപെടുന്നത് മെലാഞ്ച്തൺ ഉൾപ്പെടെയുള്ള ഉറ്റസുഹൃത്തുക്കൾക്കു പോലും പ്രയാസമായി. 
ഈ അവസ്ഥയിലും ലൂഥർ തന്റെ തൂലിക കൈവെടിഞ്ഞില്ല. എന്നാൽ രചനകളിൽ പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന അഭിപ്രായങ്ങൾ ഒന്നിനൊന്ന് യാഥാസ്ഥിതികവും ക്രൂരവും മയമില്ലാത്തതും ആയിത്തീർന്നു. രാജനീതിയിൽ ഇക്കാലത്ത് അദ്ദേഹം സ്വീകരിച്ച നിലപാടുകൾ അതിയാഥാസ്ഥിതികവും ദുർബ്ബലവിഭാഗങ്ങൾക്കെതിരെ അധികാരിവർഗ്ഗത്തേയും ബലപ്രയോഗത്തേയും പിന്തുണക്കുന്നവയും ആയി. "ലോകത്തെ ജപമാല കൊണ്ടു ഭരിക്കാനാവില്ല" എന്നായിരുന്നു ഒരു നിരീക്ഷണം. അടിമവ്യവസ്ഥയെ ന്യായീകരിക്കാൻ അദ്ദേഹം ബൈബിളിലെ പഴയനിയമത്തെ ആശ്രയിച്ചു. "ആടും, കന്നുകാലികളും, ആൺവേലക്കാരും പെൺവേലക്കാരും മറ്റും, യജമാനന്മാർക്ക് ഇഷ്ടം പോലെ കൈമാറ്റം ചെയ്യാൻ അവകാശമുള്ള സ്വത്തുക്കളാണെന്ന് അദ്ദേഹം കരുതി. എല്ലാവരും ദൈവം അവരെ ആക്കിയ അവസ്ഥയോടു സമരസപ്പെട്ടു ജീവിക്കണം എന്ന ലൂഥറുടെ സിദ്ധാന്തം പിൽക്കാലത്ത്, പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് നാടുകളിൽ യാഥാസ്ഥിതികതയുടെ മുഖ്യ ആശ്രയമായിത്തീർന്നു.

ശീതകാലത്ത് വിറ്റൻബർഗ്ഗിൽ നിന്നു ജന്മസ്ഥലമായ എസ്ലെബാനിലേക്ക് ഒരു തർക്കം പരിഹരിക്കാനായി 1546 ജനുവരിയിൽ നടത്തിയ യാത്രക്കൊടുവിലാണു ലൂഥറുടെ അന്ത്യം സംഭവിച്ചത്. എസ്ലെബാനിലെ താമസത്തിനിടെ അദ്ദേഹം അവിടെ നിന്ന് ഭാര്യയ്ക്ക് സ്നേഹവും ഫലിതവും നിറഞ്ഞ കത്തുകൾ എഴുതി. ഫെബ്രുവരി 17-ന് ആഹ്ലാദകരമായ ഒരു വിരുന്നിൽ പങ്കെടുത്ത അദ്ദേഹത്തിന് അടുത്ത പ്രഭാതത്തിൽ കടുത്ത വയറ്റിൽ-വേദന തുടങ്ങി. താമസിയാതെ (1546 ഫെബ്രുവരി 18-ന്) അദ്ദേഹം മരിച്ചു. വിറ്റൻബർഗ്ഗിലേക്കു കൊണ്ടുപോയ ലൂഥറുടെ മൃതദേഹം, 29 വർഷം മുൻപ് അദ്ദേഹം, 95 വാദങ്ങൾ വാതിലിൽ തറച്ച് പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് നവോത്ഥാനത്തിന്റെ കൊടുങ്കാറ്റ് അഴിച്ചുവിട്ട അവിടത്തെ ദേവാലയത്തിൽ സംസ്കരിച്ചു.

അവസാനകാലത്ത് എഴുതിയ വിൽപത്രത്തിൽ ലൂഥർ, അത്തരമൊരു രേഖയുടെ നൈയ്യാമികമായ രൂപ-വ്യവസ്ഥകളെ അവഗണിച്ചു. വിൽപത്രത്തിന്റെ ഔപചാരികഭാഷയോ മുക്ത്യാരുടെ (attorney) സാക്ഷ്യമോ, നീചപാപിയെങ്കിലും ക്രിസ്തുവിന്റെ സുവിശേഷവേലക്കാരൻ എന്ന നിലയിൽ ഭൂ-സ്വർഗ്ഗ-നരകങ്ങളിൽ പേരെടുത്തിരിക്കുന്ന തന്റെ കാര്യത്തിൽ ആവശ്യമില്ല എന്ന് അതിൽ അദ്ദേഹം എഴുതി. "ദൈവത്തിന്റെ നോട്ടറിയും സുവിശേഷത്തിന്റെ സാക്ഷിയുമായ ഡോക്ടർ മാർട്ടിൽ ലൂഥർ ഇതെഴുതി" എന്ന സ്വന്തം സാക്ഷ്യത്തിലാണ് ആ രേഖ സമാപിച്ചത്. ലൂഥറുടെ ഈ സാക്ഷ്യം അംഗീകരിച്ച സാക്സണിയിലെ ഭരണാധികാരി, അസാധാരണമായ ഈ വിൽപത്രത്തെ മാനിച്ചു.

വാർട്ട്ബർഗ് കോട്ടയിൽ
അവസാനവർഷങ്ങൾ
ആദ്യകാലജീവിതം
ജൂതവിരോധം