പുരി ജഗന്നാഥ ക്ഷേത്രം അഹിന്ദുക്കൾക്ക് തുറന്ന് കൊടുക്കണമെന്ന് ആവശ്യമുന്നയിച്ചതിനാൽ പൂജാരിമാരുടെ ശക്തമായ വിമർശനമേൽക്കേണ്ടി വന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ആവശ്യം ശുദ്ധ ഹിന്ദുവിരുദ്ധ സ്വഭാവമുള്ളതാണെന്ന് അവർ അഭിപ്രായപ്പെട്ടു".
തന്റെ സ്വന്തം സംഘടനയിൽ നിന്നും അദ്ദേഹത്തിന്‌ നേരെ വിമർശനങ്ങൾ വന്നു. അഗ്നിവേശ് കപട ആര്യസമാജനാണെന്നും ഇന്ത്യയിലെ പ്രശസ്തമായ ഒരു സംഘടനയെ ഹൈജാക്ക് ചെയ്ത കമ്മ്യൂണിസ്റ്റാണ്‌ എന്നും വിമർശിക്കപ്പെട്ടു. 1995 ൽ ആര്യസമാജിൽ നിന്നും അദ്ദേഹത്തെ പുറത്താക്കി.ആര്യസമാജ പ്രസഥാനം നിരവധി ശ്രദ്ധേയമായ ചോദ്യങ്ങൾക്ക് സ്വാമി അഗ്നിവേശിൽ നിന്ന് ഉത്തരം തേടുന്നു..

പുരസ്കാരങ്ങൾ
ജീവിത രേഖ
മൂത്രപാനവിവാദം
വിമർശനങ്ങൾ