ജോൺ പഞ്ചാബിൽ ഭരണത്തിലിരിക്കുന്ന അവസാനകാലത്തുതന്നെ അദ്ദേഹത്തെ ഇന്ത്യയിലെ ഗവർണർ ജനറൽ സ്ഥാനത്തേക്ക് പരിഗണിച്ചിരുന്നു. എന്നാൽ പ്രഭുക്കൻമാർക്കുമാത്രമേ ഈ ഉന്നതപദവി നൽകുമായിരുന്നുള്ളൂ എന്ന കീഴ്വഴക്കമുണ്ടായിരുന്നതിനാലാണ് ഈ സ്ഥാനം അദ്ദേഹത്തിന് ലഭിക്കാതെപോയത്. 1863 നവംബറിൽ ഇന്ത്യയുടെ ഗവർണർ ജനറലും വൈസ്രോയിയുമായിരുന്ന എൽജിൻ പ്രഭു രോഗബാധിതനായി മരണമടഞ്ഞു. ഉടൻതന്നെ തൽസ്ഥാനത്തേക്ക് ജോണിന്റെ പേര് നിർദ്ദേശിക്കപ്പെട്ടു. 1863-ൽ വടക്കുപടിഞ്ഞാറൻ അതിർത്തിയിൽ ഒരു യുദ്ധം പൊട്ടിപ്പുറപ്പെട്ടതുമൂലം, കുലമഹിമയല്ല, കാര്യപരിചയം ഉള്ളവരെ വേണം വൈസ്രോയ് സ്ഥാനത്തേക്ക് നിയമിക്കേണ്ടതെന്ന വാദത്തിന് ശക്തി പകർന്നു. 1863 നവംബർ 30-ന് ജോൺ ഇന്ത്യയിലെ വൈസ്രോയിയായി നിയമിക്കപ്പെട്ടു.

ഈ നിയമനത്തിൽ ജോൺ വളരെ സന്തോഷിച്ചു. എന്നാൽ കുടുംബം വീണ്ടും വേർപിരിയുമെന്നും, ജോണിന്റെ ആരോഗ്യകാര്യങ്ങളിലെ ആശങ്കയും മൂലം ഹാരിയറ്റ് ഇതിൽ ദുഃഖിച്ചു. ഹാരിയറ്റിന്റെ നിർബന്ധപ്രകാരം വൈദ്യോപദേശം തേടിയതിനുശേഷമാണ് ജോൺ ഇന്ത്യയിലേക്ക് പോകാൻ തീരുമാനമെടുത്തത്. 1863 ഡിസംബർ 9-ന് അദ്ദേഹം ഇന്ത്യയിലേക്ക് യാത്രയാരംഭിച്ചു. ഗർഭിണിയായിരുന്ന ഹാരിയറ്റും മറ്റു വീട്ടുകാരും ഇംഗ്ലണ്ടിൽ തുടർന്നു. 1864 ശരത്കാലത്ത് അവർക്ക് ഒരു പെൺകുട്ടികൂടി പിറന്നു. ജോൺ ഇന്ത്യയിലെത്തിയതിനു ശേഷം,1865 ഡിസംബറിൽ ഹാരിയറ്റും ഇളയ പെൺകുട്ടിയും ഇന്ത്യയിലേക്ക് വരുകയും ജോണിന് കുടുംബജീവിതം തുടരാനാകുകയും ചെയ്തു.

1864 ജനുവരി 12-നാണ് ജോൺ കൽക്കത്തയിലെത്തിയത്. അതിർത്തിയിലെ പ്രശ്നങ്ങൾ അവസാനിപ്പിക്കുന്നതിന് എത്രയും പെട്ടെന്ന് ലാഹോറിലേക്കെത്തണമെന്നായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ ആഗ്രഹം. എന്നാൽ ജോൺ ഇന്ത്യയിലെത്തുംമുമ്പേ അതിർത്തിയിലെ പ്രശ്നങ്ങൾ അവസാനിച്ചിരുന്നു. എൽജിൻ പ്രഭുവിന്റെ മരണത്തിനുശേഷം കൽക്കത്തയിലെ ഭരണനടപടികളിൽ കുടിശ്ശികകൾ തീർക്കുക എന്നതായി അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രധാനജോലി. ഷർട്ട്സ്ലീവ്സും സ്ലിപ്പറും വേഷമാക്കി അർദ്ധരാത്രിവരെയിരുന്ന് ജോൺ ജോലി ചെയ്തു. ഇടക്കൊക്കെ ഏതെങ്കിലും സന്ദർശകരെ കാണാനുണ്ടെങ്കിൽ ആ വേഷത്തിൽത്തന്നെ കാണുമായിരുന്നു. മുൻ ഗവർണർ ജനറൽമാരിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി നഗരത്തിലൂടെ അദ്ദേഹത്തിന് നടത്തം പതിവായിരുന്നു. ഇത് നാട്ടുകാരെ അത്ഭുതപ്പെടുത്തിയിരുന്നു.

തന്റെ ഓഫീസിന്റെ പ്രവർത്തനച്ചെലവ് അദ്ദേഹം കുറച്ചുകൊണ്ടുവന്നു. സർക്കാർ കാര്യാലയങ്ങളിൽ പ്രാർത്ഥനകൾക്ക് ഏർപ്പാട് ചെയ്തു. മിക്ക ജോലിക്കാർക്കും ഞായറാഴ്ച അവധി നൽകി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ സാമ്പത്തിക നടപടികളും മതാഭിനിവേശവും മൂലം തദ്ദേശീയ പത്രങ്ങൾ പ്യൂറിറ്റൻ (puritan) എന്നാണ് വിശേഷിപ്പിച്ചിരുന്നത്. 

വർഷാവർഷം ചൂടുകാലത്ത് തലസ്ഥാനം സിംലയിലേക്ക് മാറ്റുന്ന നടപടി ആരംഭിച്ചത് ജോൺ ആയിരുന്നു. 1870-കളോടെ സിംല ഒരു വേനൽക്കാലതലസ്ഥാനമായി അംഗീകരിക്കപ്പെട്ടുകഴിഞ്ഞിരുന്നു. 1864-ലാണ് ആദ്യമായി 484 പേരടങ്ങിയ സർക്കാർ ഉദ്യോഗസ്ഥർ സിംലയിലേക്ക് യാത്ര ചെയ്തത്. 1864-ൽത്തന്നെ സിംലയിൽ ഒരു സൈനിക ആസ്ഥാനം സ്ഥിരമായി തുടങ്ങാനും തീരുമാനമായി.
നാട്ടുരാജാക്കൻമാരെ വിളിച്ചുകൂട്ടി മഹാദർബാർ നടത്തുന്ന പതിവാരംഭിച്ചതും ജോണിന്റെ വൈസ്രോയ് കാലയളവിലാണ്. 1864-ലെ ശരത്കാലത്ത് ലാഹോറിലാണ് ആദ്യത്തെ മഹാദർബാർ നടന്നത്. താൻ ലെഫ്റ്റനന്റ് ഗവർണറായിരിക്കേ നിർമ്മാണദ്ഘാടനം നടത്തിയ ലാഹോർ സെൻട്രൽ റെയിൽവേ സ്റ്റേഷനിലാണ് അദ്ദേഹം 1864-ൽ തന്റെ ഇഷ്ടനഗരമായ ലാഹോറിൽ ചെന്നിറങ്ങിയത്. ലാഹോറിൽ തന്റെ പേരിലുള്ള ലോറൻസ് ഹോളിന്റെ ഉദ്ഘാടനവും അദ്ദേഹം ഈ സന്ദർശനത്തിൽ നടത്തി. ഏതാണ് 600-ഓളം നാട്ടുരാജാക്കന്മാരും അവരുടെ അനുചരൻമാരും എൺപതിനായിരത്തോളം പട്ടാളക്കാരും ലാഹോറിലെ ഈ മഹാദർബാറിൽ പങ്കെടുത്തിരുന്നു. ഈ സമയത്ത് അദ്ദേഹം നിരവധി നാട്ടുരാജാക്കന്മാരുമായി ചർച്ചകൾ നടത്തുകയും കപൂർത്തലയിലെ രാജാവിന് സ്റ്റാർ ഓഫ് ഇന്ത്യ ബഹുമതി സമ്മാനിക്കുകയും ചെയ്തു. രഞ്ജിത് സിങ് സൈനികപരിശോധനക്കുപയോഗിച്ചിരുന്ന, ലാഹോറിന് വടക്കുവശത്തുള്ള മൈതാനത്താണ് മഹാദർബാർ നടന്നത്. രാജ്ഞിയുടെ പ്രതിനിധിയായി വൈസ്രോയ് പ്രധാന സിംഹാസനത്തിൽ ഇരിക്കുകയും ഒരു വശത്ത് നാട്ടുരാജാക്കന്മാർ അവരുടെ റാങ്കനുസരിച്ചും മറുവശത്ത് ബ്രിട്ടീഷ് ഉദ്യോഗസ്ഥരും ഇരുന്നുകൊണ്ടായിരുന്നു മഹാദർബാർ നടന്നിരുന്നത്. ജമ്മു കശ്മീരിലെ രൺബീർ സിങ് ആയിരുന്നു ഈ മഹാദർബാറിൽ ഏറ്റവും ഉയർന്ന സ്ഥാനക്കാരനായ രാജാവ്. ഹിന്ദുസ്ഥാനിയിലാണ് ജോൺ ഈ ദർബാറിൽ പ്രസംഗിച്ചത്. ദർബാറിൽ മുഗൾ ശൈലിയിലുള്ള കാഴ്ചസമർപ്പിക്കലും (നസർ) തിരിച്ച് ഖെലാത്ത് സമ്മാനിക്കൽ ചടങ്ങുമുണ്ടായിരുന്നു. പഞ്ചാബ് ഭരണകാലത്ത് ജോൺ വളരെ വിമർശിച്ച ചടങ്ങായിരുന്നു ഇത്. 1857-ലെ ലഹളക്കുശേഷം നാട്ടുരാജാക്കന്മാരുടെ പ്രാധാന്യം കൂടുതൽ ജോണിന് ബോദ്ധ്യപ്പെട്ടുവെന്ന് വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു. മുൽത്താനിലേക്കുള്ള റെയിൽവേബന്ധവും ജോൺ ഈ സമയത്ത് ഉദ്ഘാടനം ചെയ്തു.

ദില്ലിയിൽ
ഇന്ത്യയുടെ വൈസ്രോയ്
അവസാനവർഷങ്ങൾ
അഫ്ഗാനിസ്താനുമായുള്ള ഉടമ്പടികൾ