ടിപ്പുസുൽത്താൻ മറ്റ് മതങ്ങളോട് അസഹിഷ്ണുത പുലർത്തിയിരുന്നു എന്നു വിമർശനങ്ങളുണ്ട്. സ്ഥല പേരുകളോട് പോലും ടിപ്പു അസഹിഷ്ണുത കാണിച്ചു, കൂർഗിലെ യുദ്ധത്തിൽ ആയിരക്കണക്കിന് ആളുകളെ തടവുകാരായി പിടിച്ച് മതം മാറ്റി, പേർഷ്യൻ ഭാഷയെ ഔദ്യോഗിക ഭാഷയാക്കി, ബ്രിട്ടീഷുകാരെ തോൽപ്പിക്കാൻ പേർഷ്യ, അഫ്ഘാനിസ്ഥാൻ, തുർക്കി എന്നീ മുസ്ലീം രാജ്യങ്ങളുടെ സഹായം തേടി, മലബാറിൽ ധാരാളം ഹിന്ദു ക്ഷേത്രങ്ങളും ക്രിസ്ത്യൻ ദേവാലയങ്ങളും നശിപ്പിച്ചു, ചില ക്ഷേത്രങ്ങളെ മുസ്ലീം പള്ളികളാക്കി, തെക്കെ ഇന്ത്യയിലെ തന്റെ രാജ്യം വലുതാക്കാൻ അയൽ രാജ്യങ്ങളെയെല്ലാം ആക്രമിച്ചപ്പോൾ ഹൈദരാബാദിലെ നൈസാമിനെ ആക്രമിക്കാതിരിക്കാൻ ശ്രദ്ധിച്ചു തുടങ്ങിയവ ടിപ്പുവിന്റെ മതപരമായ അസഹിഷ്ണുതയ്ക്ക് തെളിവായി പറയപ്പെടാറുണ്ട്. 

1999 -ൽ ടിപ്പുവിന്റെ മരണത്തിന്റെ ഇരുനൂറാം വാർഷികം ആചരിക്കാനുള്ള തയ്യാറെടുപ്പുകൾക്കുള്ളിൽ കർണ്ണാടകയിൽ ഇക്കാര്യത്തിൽ വൻവിവാദം തന്നെ പൊട്ടി പുറപ്പെട്ടു. ഹിന്ദുമതത്തിനോട് കടുത്ത അസഹിഷ്ണുത കാട്ടുകയും ദ്രോഹങ്ങൾ പ്രവർത്തിക്കുകയും ചെയ്ത ടിപ്പുവിന്റെ മരണം ആചരിക്കാൻ പണം ചിലവഴിക്കുന്നത് ദുർവ്യയമാണെന്നു ബജ്‌‌രംഗ്‌‌ ദൾ, വിശ്വഹിന്ദു പരിഷത് നേതാക്കൾ വാദിച്ചു. അതിനു മുമ്പേ ""ടിപ്പുവിന്റെ വാൾ"" എന്ന ദൂരദർശൻ പരമ്പരയെ തുടർന്ന് വൻവിവാദങ്ങളുണ്ടായിട്ടുണ്ട്. പരമ്പരയേയും ടിപ്പുവിനേയും വിമർശിച്ച് ബോംബെ മലയാളി സമാജം ആദ്യം എഴുതുകയും പിന്നീട് വോയിസ് ഓഫ് ഇന്ത്യ പ്രസ്ഥാനം ഏറ്റെടുക്കുകയും ചെയ്ത ""ടിപ്പു സുൽത്താൻ വില്ലനോ നായകനോ"" എന്ന ലേഖന സമാഹാര പുസ്തകത്തിൽ ടിപ്പുവിനുണ്ടായിരുന്നുവെന്നു പറയപ്പെടുന്ന മതപരമായ അസഹിഷ്ണുതയെ കടുത്ത ഭാഷയിൽ വിമർശിച്ചിട്ടുണ്ട്. ടിപ്പു നിർബന്ധിത മതം മാറ്റം നടത്തിയതിനു തെളിവായി ടിപ്പു മറ്റുള്ളവർക്കയച്ച കത്തുകൾ ഇതിനുപോത്ബലകമായി പുസ്തകത്തിൽ ചേർക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. ബ്രിട്ടീഷ് സൈന്യത്തിലുണ്ടായിരുന്ന വില്യം കിർക്ക്പാട്രിക്ക് എന്ന സൈനിക ഉദ്യോഗസ്ഥൻ ശേഖരിച്ച് 1811-ൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ""ടിപ്പുസുൽത്താന്റെ തിരഞ്ഞെടുത്ത കത്തുകൾ"" എന്ന പുസ്തകത്തിൽ നിന്നുള്ളവയാണ് ടിപ്പു നിർബന്ധിത മതം മാറ്റം നടത്തിയതിനു തെളിവായി ടിപ്പു മറ്റുള്ളവർക്കയച്ച കത്തുകൾ. ഈ ഗണത്തിൽ പെടുന്ന കുറേ മറ്റു കത്തുകൾ കേരളത്തിലെ ചരിത്രകാരനായിരുന്ന കെ.എം. പണിക്കർ ശേഖരിച്ചതായി പുസ്തകത്തിൽ കൊടുത്തിട്ടുണ്ട്. ദക്ഷിണേന്ത്യ മുഴുവൻ പിടിച്ചെടുത്ത ശേഷം എപ്രകാരമോ ബ്രിട്ടീഷുകാരെ തുരത്തി ഇന്ത്യയുടെ സുൽത്താനാകാമെന്നല്ലാതെ ദേശസ്നേഹ വിചാരങ്ങളൊന്നും ടിപ്പുവിനില്ലായിരുന്നുവെന്നും, ടിപ്പു നശിപ്പിച്ച നിരവധി പ്രധാന ക്ഷേത്രങ്ങളുടെ പേരും പുസ്തകത്തിന്റെ ആമുഖത്തിൽ പി.സി.എൻ. രാജ എഴുതിയിട്ടുണ്ട്. ടിപ്പുവിന്റെ പടയോട്ടകാലത്ത് ആലുവായിലും അതിനു വടക്കുമുണ്ടായിരുന്ന സിറിയൻ കത്തോലിക്കരുടെ പള്ളികളും വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനങ്ങളും കൃഷിഭൂമിയും നശിപ്പിക്കപ്പെട്ടുവെന്നു പറയപ്പെടുന്നു. ഗുരുവായൂരിനും പരിസരപ്രദേശത്തുമുള്ള പള്ളികളും അമ്പലങ്ങളും കൊള്ളയടിക്കപ്പെട്ടുവെന്നും പറയപ്പെടുന്നു. വില്യം ലോഗൻ തന്റെ "മലബാർ മാനുവലിൽ" കേരളത്തിൽ ടിപ്പുവും സൈന്യവും നശിപ്പിച്ച ക്ഷേത്രങ്ങളുടെ കുറിപ്പ് കൊടുത്തിട്ടുണ്ട്

1784-ൽ മംഗലാപുരത്തു നടത്തിയ യുദ്ധത്തിൽ ടിപ്പു 23 ക്രിസ്ത്യൻ പള്ളികൾ നശിപ്പിച്ചുവെന്നും, നിരവധി പേരെ ബലമായി മതമാറ്റത്തിനു വിധേയമാക്കിയെന്നും, കത്തോലിക്കരായ വളരെയധികം ആൾക്കാരെ തടവിലാക്കിയെന്നും, അവർ പതിനാറു വർഷങ്ങൾ കഴിഞ്ഞ് ടിപ്പുവിന്റെ മരണത്തിനു ശേഷമാണ് സ്വതന്ത്രരായതെന്നും പറയപ്പെടുന്നു. ടിപ്പുവിനെ യുദ്ധങ്ങളിൽ സഹായിക്കാനെത്തിയ എന്നാൽ പിന്നീട് ടിപ്പുവിന്റെ മതപരമായ അസഹിഷ്ണുതയിൽ മനംമടുത്ത് പിന്മാറിയതെന്ന് പറയപ്പെടുന്ന ഫ്രഞ്ച് നാവികനായ ഫ്രാൻകോയിസ് റിപ്പോഡിന്റെ ഡയറിക്കുറിപ്പുകളിൽ മംഗലാപുരത്തും ഉത്തരകേരളത്തിലും ടിപ്പു ഇസ്ലാമിതര മതങ്ങളോട് കൈക്കൊണ്ട ക്രൂരസമീപനത്തെ രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു. 1970 ജനുവരി 18-നു ടിപ്പു, സെയ്ദ് അബ്ദുൽ ദുലായി എന്ന വ്യക്തിക്ക് എഴുതിയ, കോഴിക്കോട്ടുള്ള ഹിന്ദുക്കളെ മിക്കവാറും പൂർണ്ണമായും മതം മാറ്റിയെന്നും, ഇനിയും മതം മാറാത്തവരെ താൻ മാറ്റുമെന്നും ഇത് താനൊരു ജിഹാദായാണ് കരുതുന്നതെന്നും പറയുന്ന കത്തും, തൊട്ടടുത്ത ദിവസം ബുർദുസ് സമൗൻ ഖാന് അയച്ച, മലബാറിൽ നാലുലക്ഷം പേരെ മതം മാറ്റിയതായി പറയുന്ന കത്തുമൊക്കെ ടിപ്പുവിന്റെ മതപരമായ അസഹിഷ്ണുതയ്ക്ക് തെളിവായി കാണിക്കപ്പെടാറുണ്ട്. 

സംഘപരിവാർ പോലുള്ള സംഘടനകൾ ടിപ്പു ഇസ്ലാമിന്റെ പോരാളിയായാണ് പ്രവർത്തിച്ചിരുന്നത് എന്നു പരാമർശിക്കാറുണ്ട്. ആർ.എസ്.എസ്. അതിന്റെ മുഖപത്രത്തിൽ ടിപ്പു നൂറുകണക്കിനു നായർ കുടുംബങ്ങളെ ഇസ്ലാം മതത്തിലേയ്ക്ക് മതപരിവർത്തനം നടത്തി എന്നു പറഞ്ഞിരുന്നു .

2006-ൽ കർണ്ണാടക ഉന്നത വിദ്യാഭ്യാസ മന്ത്രിയായിരുന്ന ഡി.എച്ച്. ശങ്കരമൂർത്തി പാഠപുസ്തകങ്ങളിൽ നിന്നും ടിപ്പുവിനെ കുറിച്ചുള്ള ഭാഗം നീക്കണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ടത് വിവാദമായിരുന്നു. ആയിരക്കണക്കിന് ഹിന്ദുക്കളെ നിർബന്ധിത മതപരിവർത്തനത്തിനു വിധേയമാക്കിയ, അമ്പലങ്ങൾ നശിപ്പിച്ച, കന്നടയ്ക്കു പകരം പേർഷ്യൻ ഔദ്യോഗിക ഭാഷയാക്കിയ ടിപ്പുവിനെ വീരനായകനായി കണക്കാക്കാൻ കഴിയില്ലെന്നാണ് അദ്ദേഹം പറഞ്ഞത്. വ്യാപക എതിർപ്പുകൾക്കിടയിലും ശങ്കരമൂർത്തി വാക്കുകൾ പിൻവലിക്കാൻ തയ്യാറായില്ല, പകരം പേർഷ്യനിൽ നാണയങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കിയ, തന്റെ രണ്ടു കരവാളിലൊന്നിൽ പേർഷ്യനിൽ തന്റെ മതത്തിൽ വിശ്വസിക്കാത്തവരെ കൊല്ലാനുള്ള ആഗ്രഹം കൊത്തിവെച്ച ആളാണ് ടിപ്പുവെന്നു പറയുകയാണുണ്ടായത്. കർണ്ണാടക, 2014 ജനുവരി 26-നു അറുപത്തഞ്ചാം റിപ്പബ്ലിക് ദിന പരേഡിൽ ടിപ്പുസുൽത്താന്റെ ഫ്ലോട്ട് അവതരിപ്പിച്ചതിനെത്തുടർന്നും, ടിപ്പു കിരാതനായിരുന്നുവെന്നും കൂട്ടക്കൊലപാതകങ്ങൾ ചെയ്തയാളായിരുന്നുവെന്നതുമടക്കമുള്ള സമാനമായ ആരോപണങ്ങൾ ട്വിറ്ററിലും മറ്റും ടിപ്പുവിനെതിരെ ഉയർന്നിരുന്നു.

2015 നവംബറിൽ ടിപ്പു സുൽത്താൻ ജയന്തി ആഘോഷിക്കാനുള്ള കർണ്ണാടക സർക്കാരിന്റെ തീരുമാനം, കർണ്ണാടകയിൽ കലാപത്തിനിടയാക്കി. സർക്കാരിന്റെ തീരുമാനം ന്യൂനപക്ഷ പ്രീണനമാണെന്ന് ആരോപണം ഉണ്ടായി. ഹൈന്ദവ സംഘടനകൾ നടത്തിയ പ്രതിഷേധത്തിനിടെ വിശ്വഹിന്ദു പരിഷത്തിന്റെ നേതാക്കളിലൊരാൾ കൊല്ലപ്പെടുകയും നിരവധി പേർക്ക് പരിക്കേൽക്കുകയും ചെയ്തു. വിവിധ ഹിന്ദു സംഘടകൾക്കൊപ്പം ബി.ജെ.പി.യും പ്രതിഷേധങ്ങളിൽ പങ്കാളികളായി. ജയന്തി ആഘോഷം ബഹിഷ്കരിച്ച ബി.ജെ.പി., ടിപ്പു മതഭ്രാന്തനായിരുന്നുവെന്നും കന്നട വിരുദ്ധനായിരുന്നുവെന്നും ആരോപിക്കുകയും ചെയ്തു. ആർ.എസ്.എസ്. അനുകൂല പ്രസിദ്ധീകരണമായ "പാഞ്ചജന്യ" ലക്ഷക്കണക്കിന് ഹിന്ദുക്കളെ കൊന്നൊടുക്കുകയും മതംമാറ്റുകയും ചെയ്ത ടിപ്പു, "ദക്ഷിണേന്ത്യയുടെ ഔറംഗസേബ്" ആണെന്ന് പ്രഖ്യാപിക്കുകയുണ്ടായി. ന്യൂനപക്ഷ പ്രീണനത്തിനായി ടിപ്പു ജയന്തി ആഘോഷിക്കാനുള്ള തീരുമാനം മൂലം നാല് പേർ മരണപ്പെട്ടെന്നും ആർ.എസ്.എസ്. അനുകൂല പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങൾ വിമർശിച്ചിരുന്നു. ഹൈന്ദവ സംഘടകൾക്ക് പുറമേ ഇതര സംഘടനകളും പ്രധാനമായും മംഗലാപുരത്തെയും പടിഞ്ഞാറൻ തീരപ്രദേശങ്ങളിലേയും ക്രിസ്ത്യൻ വിഭാഗങ്ങളും പ്രതിഷേധത്തിൽ പങ്ക് കൊണ്ടു. കർണ്ണാടകയിൽ തന്നെ കൊടക് ജില്ലയിലാണ് ഏറ്റവും ശക്തമായ പ്രതിഷേധമുണ്ടായത്. ഇവിടെ രണ്ട് പേർ പ്രതിഷേധത്തിനിടെ മരിക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. ടിപ്പു സ്വാതന്ത്ര്യസമര പോരാളി ഒന്നുമല്ലായിരുന്നുവെന്നും, ബ്രിട്ടീഷുകാരോട് പോരാടിയത് ഫ്രഞ്ച്കാർക്ക് വേണ്ടിയായിരുന്നുവെന്നും സുബ്രഹ്മണ്യൻ സ്വാമി വിമർശനങ്ങളോട് കൂട്ടിച്ചേർത്ത് ആരോപിച്ചു. 2019-ൽ കർണ്ണാടക സർക്കാർ ടിപ്പുജയന്തി ആഘോഷം നിർത്തിവെക്കാൻ തീരുമാനിച്ചു.

ആരോപണങ്ങൾ
ബ്രിട്ടീഷ് താൽപ്പര്യങ്ങൾ
കടത്തനാട്
രണ്ടാം ആംഗ്ലോ-മൈസൂർ യുദ്ധം