ആദ്യം ഇവിടെ വിഷ്ണുക്ഷേത്രം മാത്രമേ ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളു. "പള്ളിപ്പുറം ക്ഷേത്രം" എന്നായിരുന്നു പേര്. തന്മൂലം പള്ളിപ്പുറത്തപ്പൻ എന്നാണ് ഭഗവാൻ ഇന്നും അറിയപ്പെടുന്നത്. പെരുമ്പടപ്പുസ്വരൂപത്തിലെ ഒരു രാജാവ് കാശിയിലെ പുരാണപുരിയിൽ നിന്നും ഭഗവതിയെ ഭജിച്ച് ആദ്യം വിഷ്ണുക്ഷേത്രത്തിനടുത്തുള്ള അരയാൽത്തറയിലും പിന്നീട് ക്ഷേത്രത്തിൻറെ തിടപ്പള്ളിയിലും കൊണ്ടുവന്ന് പ്രതിഷ്ഠിച്ചു എന്നാണ് വിശ്വാസം. ഈ ഉപദേവതയ്ക്കാണ് പിന്നീട് വിഷ്ണുവിനൊപ്പം പ്രാധാന്യം ലഭിച്ചത്. ഭഗവതിയ്ക്ക് പ്രാധാന്യം ലഭിച്ചപ്പോൾ സ്ഥലനാമവും 'പുരാണപുരി' എന്നായി. ഇത് മലയാളീകരിച്ചാണ് പഴയന്നൂരായത്. 

ഭഗവതി ആദ്യമായി രാജാവിനോടൊപ്പം വന്നത് ഒരു പൂവൻകോഴിയുടെ രൂപത്തിലായിരുന്നുവെന്നാണ് വിശ്വാസം. തന്മൂലമാണ് ക്ഷേത്രത്തിൽ പൂവൻകോഴി വളർത്തൽ പ്രധാന വഴിപാടായി മാറിയത്. പിൽക്കാലത്ത് കൊച്ചി രാജകുടുംബത്തിന്റെ പ്രധാന പരദേവതകളിലൊരാളായി മാറിയ പഴയന്നൂരമ്മയ്ക്ക് കൊച്ചിയ്ക്കടുത്ത് മട്ടാഞ്ചേരിയിലും ക്ഷേത്രം വന്നു. ഇത് കൊച്ചി പഴയന്നൂർ ഭഗവതിക്ഷേത്രം എന്നറിയപ്പെടുന്നു. കൊച്ചി രാജകുടുംബത്തിന്റെ ആസ്ഥാനങ്ങളിലൊന്നായിരുന്ന മട്ടാഞ്ചേരി കൊട്ടാരത്തിനകത്താണ് ഈ ക്ഷേത്രം. പഴയന്നൂരിലേതുപോലെ ഇവിടെയും സമീപം ശിവക്ഷേത്രവും വിഷ്ണുക്ഷേത്രവുമുണ്ട്. 

ഐതിഹ്യം
ശ്രീ പഴയന്നൂരമ്മ (ഭഗവതി)
ക്ഷേത്രനിർമ്മിതി
വേട്ടേയ്ക്കരൻ