ഷൈബാനി ഖാന്റെ മരണം, സമർഖണ്ഡ് സ്വന്തമാക്കാനുള്ള അവസാന അവസരമായി ബാബർ കരുതി. സഫവി സുൽത്താൻ ഇസ്മായിൽ ഒന്നാമനുമായി സന്ധി ചേരുകയും അദേഹത്തിന്റെ മേൽകോയ്മ അംഗീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. പകരം ഷാ, ഷൈബാനി ഖാൻ ഖാൻ ജയിലിലടച്ച ബാബറിന്റെ സഹോദരി ഖാൻസദയെ വിട്ടുകൊടുത്തു. ഷാ ബാബറിന് ഒരുപാടു സ്വത്തുക്കളും പണവും നൽകി; പ്രത്യുപകാരമെന്നോണം ബാബർ ഷായുടെ രീതിയിൽ വസ്ത്രധാരണം ചെയ്യാനും ഷിയാക്കളുടെ രീതികൾ പിന്തുടരുവാനും തുടങ്ങി. . പള്ളിയിൽ വാങ്ക് വിളിക്കുന്നതും ഷായുടെ പേരിലായിരുന്നു. 
സമർഖണ്ഡിലെത്തിയ ബാബർ, പേർഷ്യക്കാരുടെ സഹായത്തോടെ നഗരം അധീനതയിലാക്കി. എന്നാൽ ഷിയാക്കളായ പേർഷ്യക്കാരുമായുള്ള സുഹൃദ്ബന്ധം അധികകാലം നീണ്ടില്ല. ഷാ ഇസ്മായിൽ മുന്നോട്ടുവച്ച നിബന്ധനകൾ, ബാബറിന് തന്റെ സുന്നികളായ ജനങ്ങളുടെ താല്പര്യത്തിനൊപ്പം നടത്തിക്കൊണ്ടുപോകാൻ പറ്റാത്തവിധം അസൗകര്യമുള്ളതായിരുന്നു. അതുകൊണ്ട് പേഷ്യകാരുമായുള്ള ബന്ധം ബാബർ ഉപേക്ഷിച്ചു. ഇതിനെത്തുടർന്ന് ഉസ്ബെക്കുകൾ വീണ്ടും ആക്രമിക്കുകയും ബാബറിന് സമർഖണ്ഡ് ഉപേക്ഷിച്ച് 1514-ൽ വീണ്ടും കാബൂളിലേക്ക് മടങ്ങേണ്ടിവരുകയും ചെയ്തു.

ഗോഗ്രാ യുദ്ധം
ഒന്നാം പാനിപ്പത്ത് യുദ്ധം
പോരാട്ടങ്ങൾ
വീണ്ടും സമർഖണ്ഡിലേക്ക്