ആദ്യകാലത്ത് ജാവയുടെ നിർമ്മാണപ്രവർത്തനങ്ങളിൽ മൈക്രോസോഫ്റ്റും പങ്കാളിയായിരുന്നു. പിന്നീട് മൈക്രോസോഫ്റ്റ് വിൻഡോസിനൊപ്പം വിതരണം ചെയ്തുവന്ന ജാവ സോഫ്റ്റ്‍വെയറിൽ ശരിക്കുമുള്ള ജാവയിലെ ചില ഭാഗങ്ങൾ പ്രവർത്തിക്കില്ലായിരുന്നു. അതേസമയം മൈക്രോസോഫ്റ്റിന്റെ സ്വന്തമായ പ്രത്യേകതകളെ അത് പിന്തുണക്കുകയും ചെയ്യുമായിരുന്നു. ഇത് ജാവയുടെ ഉപയോഗാനുമതിയുടെ ലംഘനമായതിനാൽ സൺ മൈക്രോസോഫ്റ്റിനെതിരേ കോടതിനടപടികൾ സ്വീകരിക്കുകയും 2 കോടി ഡോളർ നഷ്ടപരിഹാരം നേടുകയും ചെയ്തു
. മൈക്രോസോഫ്റ്റ് ജാവ വിൻഡോസിനൊപ്പം വിതരണം ചെയ്യുന്നതു നിർത്തി. പിന്നീട് ഇന്റർനെറ്റ് എക്സ്പ്ലോററിൽ നിന്നും ആപ്‌ലറ്റുകൾക്കുള്ള പിന്തുണ നീക്കം ചെയ്യുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ സൺ തരുന്ന പ്ലഗ്ഗിന്നുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഇന്റർനെറ്റ് എക്സ്പ്ലോററിൽ ആപ്‌ലറ്റുകൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്നതാണ്. ജാവയിലെ മൈക്രോസോഫ്റ്റിന്റെ പങ്കാളിത്തവും കോടതിയിലെത്തിയിട്ടുണ്ട്. വ്യവസായങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള മത്സരത്തെ അതിജീവിക്കാൻ മോശപ്പെട്ട രീതികൾ മൈക്രോസോഫ്റ്റ് പുറത്തെടുത്തു എന്ന ഗൗരവകരമായ ആരോപണമാണ് അന്നുന്നയിക്കപ്പെട്ടത്. അവർ നൽകുന്ന പതിപ്പുകളിൽ ശരിക്കുമുള്ള ജാവയുമായി പൊരുത്തക്കേടുകൾ ഉണ്ടാക്കി ജാവയെ നശിപ്പിക്കാനുള്ള ശ്രമങ്ങൾ സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ഭീമൻ നടത്തിയിട്ടുണ്ടെന്ന് കോടതി നിരീക്ഷിച്ചു. മുമ്പ് ജെ++ എന്നൊരു ഭാഷയും മൈക്രോസോഫ്റ്റ് രൂപകല്പന ചെയ്തിരുന്നു. അതും വിവാദത്തിലായിത്തീർന്നു, പിന്നീട് ലേഖനവ്യവസ്ഥയിലും ഉള്ളടക്കത്തിലും ജാവയെ അനുസ്മരിപ്പിക്കുന്നതും ജാവയോടു കിടപിടിക്കുന്നതുമായ സി ഷാർപ്പ് എന്ന പുതിയ ഭാഷ മൈക്രോസോഫ്റ്റ് നിർമ്മിച്ചു. ഇന്ന് വിൻഡോസിൽ ജാവയും സി ഷാർപ്പും സമാന്തരങ്ങളായി മുന്നോട്ടു പോകുന്നു. സി ഷാർപ്പിൽ നിന്നും ‘ജാവ 5‘ ചില വിശേഷഗുണങ്ങൾ കടംകൊണ്ടിട്ടുമുണ്ട്.

മൈക്രോസോഫ്റ്റ് വിൻഡോസ് ഉപകരണങ്ങൾക്കായി സൃഷ്ടിച്ച ജാവ സമാന പ്ലാറ്റ്ഫോമായ ഡോട്ട് നെറ്റിൽ വിഷ്വൽ ജെ++ എന്ന ജാവയുടെ ലേഖനവ്യവസ്ഥ തന്നെ ഉപയോഗിക്കുന്ന പഴയ ഭാഷയെ വിഷ്വൽ ജെഷാർപ്പ് ഡോട്ട് നെറ്റ് (Visual J# .NET) എന്ന പേരിൽ വിളക്കിച്ചേർത്തിട്ടുണ്ട്. ജാവയുടെ ആദ്യകാല പതിപ്പുകളിലൊന്നായ ജെ.ഡി.കെ 1.1.4 -നെയാണ് ജെ# ഡോട്ട് നെറ്റ് അനുവർത്തിക്കുന്നത്. അതുകൊണ്ട് ഒരു ജാവ പ്രോഗ്രാമർ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ഗുണങ്ങൾ 
അതിലുണ്ടാകാനിടയില്ല. ജാവയിൽ കഴിവുതെളിയിച്ചവരെ ഡോട്ട് നെറ്റിലേയ്ക്ക് ആകർഷിക്കാൻ ജമ്പ് റ്റു ഡോട്ട് നെറ്റ് (JUMP to .NET - Java User Migration Path to .NET) എന്നൊരു പദ്ധതിയും മൈക്രോസോഫ്റ്റ് ആവിഷ്കരിച്ചിട്ടുണ്ട്.
ജാവ എംഇ
ജാവയും മൈക്രോസോഫ്റ്റും
വികസനം
വിർച്ച്വൽ മെഷീൻ