8.3 രീതിയിലുള്ള പേരുകൾ പിന്തുണക്കുന്ന ഫയൽ സിസ്റ്റമാണ് ഡോസ് പിന്തുണക്കുന്നത്: അതായത് ഫയലിന്റെ പേരിന് പരമാവധി 8 അക്ഷരങ്ങളും, അതിന്റെ വാലായി (എക്റ്റെൻഷൻ) പരമാവധി മൂന്നക്ഷരങ്ങളുമുപയോഗിക്കാം. ഡോസിന്റെ രണ്ടാംപതിപ്പുമുതൽ സ്ഥാനക്രമമനുസരിച്ചുള്ള ഡയറക്റ്ററികളും (hierarchial directory) പിന്തുണക്കാനാരംഭിച്ചു. ഡയറക്റ്ററിയുടെ പേരുകളും ഫയലിന്റെ പേരുകൾ പോലെ 8.3 ശൈലിയിലായിരിക്കണം. ഡോസ് ആന്തരികമായി സൂക്ഷിക്കുന്ന കറണ്ട് ഡയറക്റ്ററി സ്ട്രക്ചർ (സി.ഡി.എസ്.) പട്ടികയുടെ പരിമിതിമൂലം ഒരു ഡ്രൈവിലെ പ്രധാന ഡയറക്റ്ററിയും ഉപഡയറക്റ്ററികളും അടങ്ങുന്ന പാത്തിന്റെ പരമാവധി നീളം 64 അക്ഷരങ്ങളേ ആകാവൂ. ഡ്രൈവിന്റെ പേരും ഡയറക്റ്ററി പാത്തും ഫയലിന്റെ പേരും ഉൾപ്പെടുന്ന (drive:\dir1\dir2\...\filename.ext) ഒരു മുഴുവൻ ഫയൽപേര് 80 അക്ഷരങ്ങൾ വരെയാകാം. 

ഫയൽ അലോക്കേഷൻ ടേബിൾ അഥവാ ഫാറ്റ് എന്ന ഫയൽസിസ്റ്റമാണ് ഡോസ് ഉപയോഗിക്കുന്നത്. എം.എസ്.-ഡോസിന്റെ ആദ്യപതിപ്പുകളിൽ ഉപയോഗിച്ചിരുന്ന "ഫാറ്റ്12" ഒരു ഡ്രൈവിൽ 4078 ക്ലസ്റ്ററുകളാണ് പിന്തുണച്ചിരുന്നത്. ഡോസ് 3 പതിപ്പുമുതൽ "ഫാറ്റ്16" ഫയൽസിസ്റ്റം ഉപയോഗിക്കാനാരംഭിച്ചു. ഇതിൽ ഒരു ഡ്രൈവിൽ പിന്തുണക്കപ്പെടുന്ന ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ എണ്ണം 65518 ആയി. ഡോസ് 3.31 പതിപ്പിൽ "ഫാറ്റ്16ബി" അവതരിപ്പിക്കപ്പെടുകയും അതുവരെയുണ്ടായിരുന്ന പരമാവധി ഡിസ്ക് ശേഖരണ പരിധി 32 എം.ബിയിൽ നിന്ന് 2 ജി.ബിയായി ഉയർന്നു. എം.എസ്. ഡോസ് 7.1 (വിൻഡോസ് 9.x-ന്റെ ഡോസ് ഘടകം) പതിപ്പിൽ അവതരിപ്പിക്കപ്പെട്ട് "ഫാറ്റ്32" ആണ് ഈ ശ്രേണിയിലെ ഏറ്റവും പുതിയ ഫയൽസിസ്റ്റം. 32 ബിറ്റ് അഡ്രസ് ഉപയോഗിക്കുന്ന ഫാറ്റ്32-ൽ 137 ജി.ബി. വരെ ശേഷിയുള്ള ഡ്രൈവുകൾ ഉപയോഗിക്കാനാകും.

3.1 പതിപ്പുമുതൽ ഡോസിൽ ഫയൽ റീഡയറക്റ്റ് പിന്തുണ ചേർത്തിരുന്നു. നെറ്റ്വർക്കിങ്ങിനുവേണ്ടിയാണ് ഇത് തുടക്കത്തിൽ ഉപയോഗിച്ചതെങ്കിലും പിൽക്കാലത്ത് MSCDEX ഉപയോഗിച്ചുള്ള സി.ഡി.-റോം ഡ്രൈവ് പിന്തുണക്കായി ഉപയോഗിച്ചു. ഐ.ബി.എം. പി.സി. ഡോസ് 4.0 പതിപ്പിൽ ഇൻസ്റ്റോളബിൾ ഫയൽ സിസ്റ്റം (ഐ.എഫ്.എസ്.) പിന്തുണയുണ്ടായിരുന്നെങ്കിലും 5.0 പതിപ്പിൽ ഇത് പിൻവലിച്ചു.

ഫയൽ സിസ്റ്റം
മെമ്മറി മാനേജ്മെന്റ്
കരുതൽ ഉപകരണനാമങ്ങൾ
സോഫ്റ്റ്‌വേർ