നാലമ്പലത്തിന് പുറത്ത് കിഴക്കുഭാഗത്താണ് അയ്യപ്പസ്വാമിയുടെ പ്രതിഷ്ഠ. വനശാസ്താസങ്കല്പത്തിലാണ് പ്രതിഷ്ഠ. അതിനാൽ ശ്രീകോവിലിന് മേൽക്കൂരയില്ല. അരയടി ഉയരം വരുന്ന ശിവലിംഗസമാനമായ വിഗ്രഹമാണിവിടെ. മുന്നിൽ ഒരു മുഖപ്പിട്ടിട്ടുണ്ട്. ഈ നടയ്ക്കുമുന്നിലാണ് ശബരിമലയ്ക്കുപോകുന്ന ഭക്തർ മാലയിടുന്നതും കെട്ടുനിറയ്ക്കുന്നതും. നീരാജനമാണ് അയ്യപ്പസ്വാമിയ്ക്ക് പ്രധാന വഴിപാട്. 

ശ്രീകോവിൽ
നിത്യപൂജകളും വഴിപാടുകളും
അയ്യപ്പൻ
ശ്രീരാമസ്വാമി