1901-ൽ ഇദ്ദേഹത്തെ മദ്രാസ് പ്രസിഡൻസിയിലെ കോ-ഓപറേറ്റീവ് ക്രെഡിറ്റ് സൊസൈറ്റികളുടെ രജിസ്ട്രാർ ആയി നിയമിച്ചു. 1902 മാർച്ച് മുതൽ 1906 വരെ ഇദ്ദേഹം അസിസ്റ്റന്റ് കളക്ടറായും ജോലി ചെയ്തു. അതിനുശേഷമാണ് ഇദ്ദേഹത്തെ തിരുവിതാംകൂർ ദിവാനായി നിയമിച്ചത്.

1907-ൽ അയ്യൻകാളി ദളിതരുടെ വിദ്യാഭ്യാസത്തിനായി ശ്രമിക്കുവാൻ സാധു ജന പരിപാലന സംഘം സ്ഥാപിക്കുകയുണ്ടായി. . രാജഗോപാലാചാരി ഈ നീക്കത്തെ പിൻതുണയ്ക്കുകയുണ്ടായി. 1907-ൽ തിരുവിതാംകൂർ സർക്കാർ ദളിത് വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് സ്കൂളിൽ പ്രവേശനം നൽകുന്നതിനുള്ള ഉത്തരവ് പുറത്തിറക്കി. ഉയർന്ന ജാതിക്കാരായ ഭൂപ്രഭുക്കളായിരുന്നു മിക്ക സ്കൂളുകളും നിയന്ത്രിച്ചിരുന്നത്. ഇവർ സർക്കാരുത്തരവിനെ തുറന്നെതിർക്കുകയും ദളിത് വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് പ്രവേശനം നിഷേധിക്കുകയും ചെയ്തു. ഇതിനെതിരേ പ്രഷോഭം പൊട്ടിപ്പുറപ്പെട്ടു. പിന്നോക്ക ജാതിക്കാരായ തൊഴിലാളികൾ വയലുകളിൽ ജോലി ചെയ്യാൻ കൂട്ടാക്കിയില്ല. 1910-ൽ രാജഗോപാലാചാരിയും വിദ്യാഭ്യാസവകുപ്പിന്റെ മേധാവിയായ മിച്ചലും ദളിത് വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് പ്രവേശനം നൽകാനുള്ള ഉത്തരവ് പരസ്യമാക്കിയതോടെ വിവാദത്തിന് അറുതി വന്നു. 

രാജഗോപാലാചാരി ഭരണരംഗത്തും മാറ്റങ്ങൾ കൊണ്ടുവരുകയുണ്ടായി. ദളിതരെ ഇതിനു മുൻപ് ഭരണത്തിൽ നിന്നു മാറ്റി നിർത്തിയിരുന്നുവെങ്കിലും സംസ്ഥാന നിയമനിർമ്മാണ സഭയിലേയ്ക്ക് ഇവരെയും നാമനിർദ്ദേശം ചെയ്യാനുള്ള ചട്ടം ഇദ്ദേഹം കൊണ്ടുവന്നു. തിരുവിതാം കൂർ സ്റ്റേറ്റ് അസംബ്ലിയിലേയ്ക്ക് ആദ്യമായി നാമനിർദ്ദേശം ചെയ്യപ്പെട്ട ദളിത് അംഗമായിരുന്നു അയ്യങ്കാളി. ഷേക്ക് ഹമദാനി തങ്ങൾക്ക് ഇസ്ലാമിക് കോളേജ് സ്ഥാപിക്കുവാനായി ഇദ്ദേഹം എട്ട് ഏക്കർ ഭൂമിയും നൽകുകയുണ്ടായി. 

ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ ഭരണകാലത്ത് വിവാദങ്ങളുമുണ്ടായിരുന്നു. വൈക്കം മൗലവിയെപ്പറ്റിയുള്ള തന്റെ ഗ്രന്ഥത്തിൽ എം.എ. ഷുക്കൂർ രാജഗോപാലാചാരിയുടെ ഭരണം ഏകാധിപത്യസ്വഭാവം കാണിച്ചിരുന്നുവെന്ന് ആരോപിക്കുന്നുണ്ട്. 

ആദ്യകാലജീവിതവും ഔദ്യോഗിക ജീവിതവും
തിരുവിതാംകൂർ ദിവാൻ
കുടുംബം
കൊച്ചിയുടെ ദിവാൻ