അവസാന കാലത്ത് മാധവറാവു വിദ്യാഭ്യാസ സമ്പ്രദായം ഉടച്ചുവാർക്കുവാൻ ശ്രമിച്ചു. ബറോഡയിലെ ദിവാനായി ജോലി ചെയ്യുമ്പോൾ തന്നെ മാധവറാവുവിനെ മദ്രാസ് യൂണിവേഴ്സിറ്റിയിലെ ഫെലോ ആയി നിയമിക്കുകയുണ്ടായി. സ്ത്രീകളുടെ വിദ്യാഭ്യാസത്തിനായി ഇദ്ദേഹം പ്രചാരണം നടത്തുകയും ശൈശവ വിവാഹത്തെ എതിർക്കുകയും ചെയ്തു. ഹിന്ദു "ശാസ്ത്രങ്ങളെ" വാച്യാർത്ഥത്തിൽ എടുക്കുന്നതിനെയും അദ്ദേഹം വിമർശിച്ചു. എങ്കിലും ഇദ്ദേഹം സാമൂഹിക പരിഷ്കരണത്തിന്റെ കാര്യത്തിൽ ഒരിക്കലും തീവ്രനിലപാടുകൾ എടുത്തിട്ടില്ല.

1885-ൽ മദ്രാസ് ഗവർണറായിരുന്ന, എം.ഇ. ഗ്രാന്റ് ഡഫിന്റെ നിർബന്ധത്തെത്തുടർന്ന് മാധവറാവു മലബാർ ലാന്റ് റെന്യർ കമ്മീഷന്റെ അദ്ധ്യക്ഷസ്ഥാനം വഹിച്ചു. 1887-ൽ ഇദ്ദേഹം മദ്രാസ് സർവ്വകലാശാലയുടെ കൺവക്കേഷൻ പരിപാടിയുടെ അദ്ധ്യക്ഷനായിരുന്നു.

ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ ജീവിതത്തിന്റെ അവസാന വർഷങ്ങളിൽ ബ്രിട്ടീഷ് സോഷ്യോളജിസ്റ്റും രാഷ്ട്രീയ ചിന്തകനുമായ ഹെർബർട്ട് സ്പെൻസറിന്റെ കൃതികളിൽ ആകൃഷ്ടനാവുകയും അവയുടെ പഠനത്തിനായി സമയം ചിലവഴിക്കുകയും ചെയ്യുമായിരുന്നു. വിവിധ പത്രങ്ങളിൽ രാഷ്ട്രീയം, മതം, ജ്യോതിഷം മുതലായ വിഷയങ്ങളെ അധികരിച്ച് ഇദ്ദേഹം ലേഖനങ്ങളെഴുതുമായിരുന്നു. "നേറ്റീവ് തിങ്കർ" "നേറ്റീവ് ഒബ്സർവർ" എന്നീ കള്ളപ്പേരുകളായിരുന്നു ഇദ്ദേഹം ഉപയോഗിച്ചിരുന്നത്. ജർമനി ആഫ്രിക്കൻ പ്രദേശങ്ങൾ കയ്യടക്കുന്നതിനെപ്പറ്റിയും ഹിന്ദു സ്ത്രീകളുടെ വസ്ത്രധാരണ‌ത്തെപ്പറ്റിയും ഇദ്ദേഹം പത്രങ്ങളിൽ അഭിപ്രായങ്ങളെഴുതിയിട്ടുണ്ട്. ജർമനിയുടെ ആഫ്രിക്കൻ അധീശത്വത്തെപ്പറ്റി ഇദ്ദേഹം എഴുതിയ ലേഖനം ജർമനിയുടെ ചാൻസലറായിരുന്ന ബിസ്മാർക്കിന് ഇദ്ദേഹം അയച്ചുകൊടുക്കുകയും ബിസ്മാർക്ക് അനുമോദനമറിയിച്ചുകൊണ്ട് മറുപടി അയയ്ക്കുകയും ചെയ്യുകയുണ്ടായി. 1889-ൽ "ഹിന്റ്സ് ഓൺ ദി ട്രെയിനിംഗ് ഓഫ് നേറ്റീവ് ചിൽഡ്രൺ ബൈ എ നേറ്റീവ് തിങ്കർ" എന്ന പേരിൽ എഴുതിയ ലഘുലേഖ ഗുജറാത്തി, മറാ‌ഠി, മലയാളം മുത‌ലായ പല ഇന്ത്യൻ ഭാഷകളിലേയ്ക്കും മൊഴിമാറ്റപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. തമിഴിൽ ചെറു കവിതകളും ഇദ്ദേഹം രചിച്ചിട്ടുണ്ട്.

ജീവിതാന്ത്യത്തോടടുത്ത് ആരോഗ്യപ്രശ്നങ്ങൾ ഇദ്ദേഹത്തെ അലട്ടിയിരുന്നു. 1890 ഡിസംബർ 22-ന് ഇദ്ദേഹത്തിന് മൈലാപ്പൂരിലെ സ്വവസതിയിൽ വച്ച് മസ്തിഷ്കാഘാതം ബാധിച്ചു. മൂന്നു മാസങ്ങൾക്കുശേഷം 1891 ഏപ്രിൽ 4-ന് അറുപത്തിമൂന്നാം വയസിൽ ഇദ്ദേഹം മരണമടഞ്ഞു.

കുടുംബം
ആദ്യകാല ജീവിതവും ഔദ്യോഗിക ജീവിതത്തിന്റെ തുടക്കവും
ജോലി ഉപേക്ഷിക്കൽ
പിൽക്കാല ജീവിതം