എന്നാൽ, ക്ഷേത്രമുണ്ടായത് പിന്നെയും ഒരുപാട് കാലം കഴിഞ്ഞ് കലിയുഗത്തിൽ ക്രിസ്ത്വബ്ദം എട്ടാം നൂറ്റാണ്ടിലാണ്. അതിനുപിന്നിലുമുണ്ട് ഒരു കഥ: ഒരു രാത്രിയിൽ ചേരമാൻ പെരുമാൾ കോട്ടയത്തിന് പടിഞ്ഞാറുള്ള വേമ്പനാട്ട് കായലിലൂടെ തോണിയിൽ സഞ്ചരിയ്ക്കുകയായിരുന്നു. കിഴക്കുഭാഗത്തെ ആകാശത്ത് നക്ഷത്രങ്ങൾ തിളങ്ങിനിൽക്കുന്നത് അദ്ദേഹം ആസ്വദിച്ചുനിന്നു. എന്നാൽ, അവയിൽ സപ്തർഷികൾ മാത്രം കറങ്ങുന്നതും നാമം ജപിയ്ക്കുന്നതും അദ്ദേഹത്തിന്റെ ശ്രദ്ധയിൽ പെട്ടു. ഈ അത്ഭുതം മനസ്സിലാക്കിയ അദ്ദേഹം തോണിക്കാരനോട് തോണി കിഴക്കുഭാഗത്തേയ്ക്ക് തിരിയ്ക്കാൻ ആജ്ഞാപിച്ചു. തുടർന്ന് ഇന്ന് ക്ഷേത്രമിരിയ്ക്കുന്ന സ്ഥലത്തിന്റെ പടിഞ്ഞാറുഭാഗം വരെയെത്തിയ അദ്ദേഹം ആ ദൃശ്യത്തിൽ വീണ്ടും മതിമറന്നുനിന്നു. പെരുമാൾ അവിടെയെത്തിയ വിവരമറിഞ്ഞ സ്ഥലത്തെ ഒരു പ്രമാണിയായ പാഴൂർ പണിക്കർ അദ്ദേഹത്തെ യഥാവിധി സ്വീകരിച്ചു. താൻ കണ്ട അത്ഭുതദ്ദൃശ്യത്തിന്റെ കാര്യം പെരുമാൾ പണിക്കരോട് പറഞ്ഞു. അപ്പോൾ പണിക്കർ പെരുമാളോട് ഇങ്ങനെ പറഞ്ഞു: 'കിഴക്കുഭാഗത്തെ മലയിൽ അതിദിവ്യമായ ഒരു ഈശ്വരസാന്നിദ്ധ്യമുണ്ട്. പണ്ട് കപിലമഹർഷി പൂജിച്ചിരുന്ന അതിദിവ്യമായ വൈഷ്ണവസാന്നിദ്ധ്യമാണത്. അതാണ് അങ്ങ് കണ്ട ദർശനത്തിന്റെ തത്ത്വം. ഈയിടെ ഇരവി എന്നുപേരുള്ള ഒരു വേടൻ മല കിഴങ്ങുപറിയ്ക്കാനായി അവിടം കുഴിച്ചുനോക്കിയപ്പോൾ പെട്ടെന്ന് രക്തപ്രവാഹമുണ്ടായി. സംഭവമെന്താണെന്ന് മനസ്സിലാക്കാനായി അയാൾ നോക്കിയപ്പോഴാണ് അവിടത്തെ ദൈവികസാന്നിദ്ധ്യം മനസ്സിലായത്. ഇപ്പോൾ ആ സ്ഥലം ഇരവിയുടെ കൈവശമാണ്.' ഇത്രയും കേട്ടറിഞ്ഞ പെരുമാൾ ഉടനെത്തന്നെ പണിക്കരെയും കൂട്ടി കിഴക്കൻമല ലക്ഷ്യമാക്കി യാത്ര തിരിച്ചു. അന്നിവിടം ഘോരവനമായിരുന്നു. വളരെ ബുദ്ധിമുട്ടി മല കയറിയെത്തിയ പെരുമാൾ ഉടനെത്തന്നെ ഇരവിയെ കണ്ടെത്തുകയും അയാളിൽ നിന്ന് കാര്യം മനസ്സിലാക്കുകയും ചെയ്തു. തുടർന്ന്, അദ്ദേഹം ആ സ്ഥലം മൂന്നുതവണ വലം വയ്ക്കുകയും സ്ഥലം ഇനിമുതൽ വെന്നിമലക്കോട്ട എന്നറിയപ്പെടുമെന്നും ഇനി ഇവിടെ ആദിവാസികൾ താമസിയ്ക്കേണ്ടതില്ലെന്നും എന്നാൽ, അവർക്ക് മലയടിവാരത്ത് താമസിയ്ക്കാമെന്ന് വിളംബരം ചെയ്യുകയും ചെയ്തു.

തുടർന്ന് വെന്നിമലക്കോട്ടയ്ക്കകത്ത് ക്ഷേത്രം പണികഴിപ്പിയ്ക്കാനായി പെരുമാൾ തീരുമാനമെടുത്തു. അതിന് മുന്നോടിയായി അദ്ദേഹം ഒരു വിഷ്ണുവിഗ്രഹം പണികഴിപ്പിച്ചു. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ പണി പൂർത്തിയായി. പ്രതിഷ്ഠാകർമ്മത്തിനും ദിവസങ്ങൾക്കുമുമ്പുതന്നെ തന്ത്രി, ശാന്തിക്കാർ, കഴകക്കാർ, വാദ്യ-മേളപ്രമാണിമാർ തുടങ്ങിയവരെല്ലാം പെരുമാളുടെ കൊട്ടാരത്തിലെത്തി. എന്നാൽ, പ്രതിഷ്ഠയ്ക്ക് രണ്ടുദിവസം മാത്രം മുമ്പ് ഇതുവഴി ഒരു താപസൻ കടന്നുവന്നു. പെരുമാൾ പണികഴിപ്പിച്ച വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠയ്ക്ക് അനുയോജ്യമല്ലെന്ന് അദ്ദേഹം പ്രഖ്യാപിച്ചു. എന്നാൽ പെരുമാൾ ഇത് അംഗീകരിച്ചില്ല. തുടർന്ന് താപസൻ, തന്റെ കയ്യിലുള്ള ഒരു കൂറ്റൻ വടി കൊണ്ട് വിഗ്രഹം രണ്ടാക്കിമാറ്റി. അപ്പോൾ അതിൽ നിന്ന് മലിനജലം ഒഴുകുകയും തുടർന്ന് ഒരു തവള പുറത്തുചാടുകയും ചെയ്തു. ഇതിൽ പെരുമാൾക്ക് ഒരേ സമയം സന്തോഷവും സങ്കടവും തോന്നി. തുടർന്ന് താപസൻ ഇങ്ങനെ അരുൾ ചെയ്തു: 'അല്ലയോ മഹാരാജൻ, ഇവിടെനിന്ന് അല്പം മാറി ഒരു തീർത്ഥക്കുളമുണ്ട്. അവിടെ അതിദിവ്യമായ ഒരു വിഷ്ണുവിഗ്രഹം വർഷങ്ങളായി കിടപ്പുണ്ട്. ആ വിഗ്രഹത്തിൽ ശ്രീരാമലക്ഷ്മണന്മാരുടെ ചൈതന്യം ആവാഹിച്ച് പ്രതിഷ്ഠ നടത്തണം. അതുവഴി എല്ലാ ശ്രേയസ്സുമുണ്ടാകും.'

പിറ്റേന്ന് രാവിലെത്തന്നെ പെരുമാൾ എല്ലാവരെയും കൂട്ടി തീർത്ഥക്കുളത്തിലേയ്ക്ക് പുറപ്പെട്ടു. കുളത്തിലിറങ്ങാൻ നോക്കിയ സമയത്ത് ചില അപശബ്ദങ്ങൾ കേട്ടു. തൊട്ടുപിന്നാലെ, അവിടെ ആരും ഇറങ്ങരുതെന്ന അശരീരിയും മുഴങ്ങി. അപ്പോൾ തലേന്ന് കൊട്ടാരത്തിൽ വച്ചുകണ്ട അതേ താപസൻ വീണ്ടും പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടു. അദ്ദേഹം തുടർന്ന് ഇങ്ങനെ പറഞ്ഞു: 'പണ്ട്, ഇവിടെ വിഗ്രഹം പൂജിച്ചിരുന്ന താപസന്മാർ വിഷ്ണുവിഗ്രഹത്തിനൊപ്പം ഒരു ദേവീവിഗ്രഹവും പൂജിച്ചിരുന്നു. ആ വിഗ്രഹവും ഇന്നിവിടെ കിടപ്പുണ്ട്. തന്ത്രിയെക്കൊണ്ട് ദേവീചൈതന്യം ആവാഹിപ്പിച്ചുവേണം വിഷ്ണുവിഗ്രഹമെടുക്കാൻ. ക്ഷേത്രത്തിൽ ഭഗവാന്റെ വാമാംഗത്തിൽ തെക്കുകിഴക്കേ മൂലയിൽ ദേവിയെ പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കണം. പ്രതിഷ്ഠാമുഹൂർത്തമാകുമ്പോൾ ഒരു കൃഷ്ണപ്പരുന്ത് ഇവിടെ പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ട് വട്ടമിട്ടുപറന്ന് താഴികക്കുടത്തിൽ വന്നിരിയ്ക്കും. ആ സമയത്ത് വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കണം.' ഇത്രയും പറഞ്ഞശേഷം ആ താപസൻ അപ്രത്യക്ഷനായി. അദ്ദേഹം കപിലമഹർഷിയാണെന്ന് വിശ്വസിയ്ക്കുന്നു.

പെരുമാൾ താപസൻ പറഞ്ഞതുപോലെത്തന്നെ ആദ്യം തന്ത്രിയെക്കൊണ്ട് ദേവീചൈതന്യം ആവാഹിപ്പിച്ച് വിഗ്രഹങ്ങൾ മുങ്ങിയെടുത്തു. പിറ്റേന്ന് പ്രതിഷ്ഠാമുഹൂർത്തമടുത്തപ്പോൾ താപസൻ പറഞ്ഞതുപോലെ ഒരു കൃഷ്ണപ്പരുന്ത് പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടു. എന്നാൽ അത് വട്ടമിട്ടുപറന്നെങ്കിലും താഴികക്കുടത്തിലിരിയ്ക്കുന്നില്ലെന്നുകണ്ട പെരുമാൾ വിഷമിച്ചു. എങ്കിലും, കൃഷ്ണപ്പരുന്തിന്റെ ആഗമനം ശുഭസൂചകമായിക്കണ്ട അദ്ദേഹം ഉടനെത്തന്നെ പ്രതിഷ്ഠാകർമ്മം നിർവ്വഹിച്ചു. തുടർന്ന്, ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ചുമതല നാട്ടുകാരെ ഏല്പിച്ചശേഷം അദ്ദേഹം നാട്ടിലേയ്ക്ക് തിരിച്ചുപോകുകയും ചെയ്തു.

നമസ്കാരമണ്ഡപം
അയ്യപ്പൻ
നാലമ്പലം
ക്ഷേത്രം