തുടർന്ന് ലൂഥർ സന്യാസജീവിതം തെരഞ്ഞെടുത്തു. പിൽക്കാലത്ത് അദ്ദേഹം ഈ തീരുമാനത്തെ 1505 ജനുവരി 2-നുണ്ടായ ഒരനുഭവത്ത അടിസ്ഥാനത്തിൽ വിശദീകരിച്ചു. വീട്ടിൽ നിന്നു സർവകലാശാലയിലേക്കു കുതിരപ്പുറത്ത് മടങ്ങുകയായിരുന്ന അദ്ദേഹം ഒരു കൊടുങ്കാറ്റിലും ഇടിമിന്നലിലും പെട്ടു. മരണത്തെ മുന്നിൽക്കണ്ട അദ്ദേഹത്തെ തന്നെ കാത്തിരിക്കുന്ന ദൈവവിധി ഭയപ്പെടുത്തി. "അന്നാ പുണ്യവതീ രക്ഷിച്ചാലും, ഞാൻ സന്യാസിയായിക്കൊള്ളാം!" എന്നദ്ദേഹം വിളിച്ചു പറഞ്ഞു. ആ സഹായാഭ്യർത്ഥനയെ അലംഘനീയമായ ഒരു പ്രതിജ്ഞയായി കണ്ട അദ്ദേഹം സർവകലാശാല വിട്ടുപോയി 1505 ജൂലൈ 17-ന് എയ്ഫർട്ടിലെ അഗസ്റ്റീനിയൻ സന്യാസഭവനത്തിൽ പ്രവേശിച്ചു. എന്നാൽ രണ്ടു സുഹൃത്തുക്കളുടെ മരണം മൂലമുണ്ടായ വിഷാദമാണ് ലൂഥറുടെ തീരുമാനത്തിനു പിന്നിൽ പ്രവർത്തിച്ചതെന്ന് ഒരു സുഹൃത്ത് കരുതി. ഈ മാറ്റം ലൂഥറെത്തന്നെ ദുഃഖിപ്പിച്ചതായി കരുതാൻ ന്യായമുണ്ട്. വിടവാങ്ങൽ അത്താഴത്തിൽ പങ്കെടുത്തശേഷം, സന്യാസഭവനത്തിന്റെ വാതിലോളം തന്നെ അനുഗമിച്ച സുഹൃത്തുക്കളോട് അദ്ദേഹം പറഞ്ഞത്, "ഇന്നു നിങ്ങൾ എന്നെ കാണുന്നു, എന്നാൽ ഇനിയൊരിക്കലും കാണുകയില്ല", എന്നായിരുന്നു. മകന്റെ വിദ്യാഭ്യാസം വ്യർത്ഥമായി എന്ന ചിന്ത ലൂഥറുടെ പിതാവിനെ രോഷാകുലനാക്കി.

ക്രിസ്തീയസന്യാസിയുടെ സമർപ്പിതജീവിതം സ്വീകരിച്ച ലൂഥർ ദീർഘമായ ഉപവാസങ്ങളും, പ്രാർത്ഥനകളും, തീർത്ഥയാത്രകളും, ഇടക്കിടെയുള്ള കുമ്പസാരവും ആയി ജീവിച്ചു. "സന്യാസത്തിലൂടെ ആർക്കെങ്കിലും സ്വർഗ്ഗം പ്രാപിക്കാൻ കഴിയുമെങ്കിൽ എനിക്കു കഴിയേണ്ടതായിരുന്നു" എന്നാണ് ഈ കാലത്തെക്കുറിച്ച് അദ്ദേഹം പിന്നീട് പറഞ്ഞത്. ആഴമായ ആത്മീയനൈരാശ്യത്തിന്റെ കാലമായി അതിനെ അദ്ദേഹം വിശേഷിപ്പിച്ചു. "രക്ഷകനും ആശ്വാസകനുമായ ക്രിസ്തുവുമായുള്ള ബന്ധം നഷ്ടപ്പെട്ട ഞാൻ അവനെ എന്റെ പാവപ്പെട്ട ആത്മാവിന്റെ ജയിലധികാരിയും ആരാച്ചാരുമായി കണ്ടു" എന്ന് അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു.

അതിരുകടന്ന ആത്മശോധനയിൽ നിന്നു രക്ഷപെടാനായി ലൂഥർ അക്കാദമിക രംഗത്തേക്കു തിരിയുന്നത് നന്നായിരിക്കുമെന്ന് ആശ്രമാധിപൻ ജോഹാൻ വോൺ സ്റ്റൗപിറ്റ്സ് കരുതി. 1507-ൽ പുരോഹിതനായി അഭിഷേകം ചെയ്യപ്പെട്ട ലൂഥർ, 1508-ൽ വിറ്റൻബർഗ്ഗ് സർവകലാശാലയിൽ ദൈവശാസ്ത്രാദ്ധ്യാപകനായി. അതേവർഷം അദ്ദേഹത്തിന് ബൈബിൾ പഠനത്തിലും, 1509-ൽ പീറ്റർ ലൊംബാർഡിന്റെ "സെന്റൻസുകൾ" എന്ന കൃതിയിലും ബിരുദങ്ങൾ ലഭിച്ചു. 1512 ഒക്ടോബർ 19-ന് ദൈവശാസ്ത്രത്തിൽ ഡോക്ടർ ബിരുദം നേടിയ ലൂഥർ, വിറ്റൻബർഗ് സർവകലാശലയിലെ തിയോളജിക്കൽ ഫാക്കൽറ്റിയിൽ ബൈബിൾ പണ്ഡിതൻ(Doctor in Bible) എന്ന നിലയിൽ സ്വീകരിക്കപ്പെട്ടു. ജീവിതാവസാനം വരെ അദ്ദേഹം ആ പദവിയിൽ തുടർന്നു.

സന്യാസി, അദ്ധ്യാപകൻ
സഭാഘടന
ബൃഹദ്കുടുംബം
വേംസിലെ പ്രതിനിധിസഭയിൽ