റാസ അലി കോയമ്പത്തൂർക്ക് തിരികെപ്പോയ ശേഷം കാട്ടിലെ ഒളിത്താവളങ്ങളിൽ ഒളിച്ചിരുന്ന ഹിന്ദുക്കൾ മൈസൂർ സേനയോടു യുദ്ധം ചെയ്തു. അവർ മൺസൂണിൽ ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യ കമ്പനിയുടെ സഹായത്തോടെ കോട്ടകളും വളരെയേറെ ഭൂപ്രദേശങ്ങളും തിരികെപ്പിടിച്ചു. പക്ഷേ 1766 ജൂണിൽ ഹൈദർ അലി തന്നെ പടനയിച്ചെത്തുകയും എതിർത്തുനിന്ന പടയാളികളെ വലിയതോതിൽ കൊന്നൊടുക്കുകയും 15000 -ഓളം നായന്മാരെ കാനറയിലേക്ക് നാടുകടത്തുകയും ചെയ്തു. ഗസറ്റീയറിലെ വിവരപ്രകാരം നാടുകടത്തിയ 15000 നായന്മാരിൽ 200 -ഓളം ആൾക്കാർ മാത്രമേ ജീവനോടെ അവശേഷിച്ചുള്ളൂ. താനൂർ രാജ്യത്തെ പുതിയങ്ങാടിയിൽ നടന്ന പ്രധാനമായൊരു ഏറ്റുമുട്ടലിൽ ഹിന്ദുക്കൾ സമ്പൂർണ്ണമായി പരാജയപ്പെട്ടു. മൈസൂർ സേന ശക്തമായി ആക്രമിച്ച് ആ ഗ്രാമം തിരിച്ചുപിടിച്ചു. ഇതേത്തുടർന്ന് നൂറുകണക്കിനു നായന്മാർ കാട്ടിലെ ഓളിത്താവളങ്ങളിലേക്ക് രക്ഷപ്പെട്ടു. ഇതിനെല്ലാം ശേഷം പാലക്കാടു വച്ച് നായന്മാർക്ക് മാപ്പുകൊടുക്കുകയുണ്ടായി.

ഹൈദറിന്റെ പ്രതികരണം അതിക്രൂരമായിരുന്നു. യുദ്ധം അടിച്ചമർത്തിയശേഷം പല കലാപകാരികളെയും വധിച്ചു. ആയിരക്കണക്കിന് ആൾക്കാരെ നിർബന്ധപൂർവ്വം മൈസൂരേക്ക് നാടുകടത്തി. ഇനിയും ഇത്തരം യുദ്ധങ്ങൾ ഉണ്ടാവാതിരിക്കാൻ നായർവിരുദ്ധ നിയമങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കി. ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യ കമ്പനിയെ പിന്തുണച്ച ജില്ലകൾക്ക് അമിതമായ നികുതികൾ ചുമത്തി.

കോഴിക്കോട്ടേ കിരീടാവകാശിയായ എരാൾപ്പാട് തെക്കേ മലബാറിൽ നിന്നും ടിപ്പുവിന് എതിരെയുള്ള ആക്രമണം തുടർന്നുകൊണ്ടിരുന്നു. നിരന്തരമായ അസ്ഥിരതകളും പോരാട്ടങ്ങളും കാരണം മലബാറിലെ പല ഭാഗങ്ങളും നാട്ടുരാജാക്കന്മാർക്ക് തിരികെ നൽകി അവയെ മൈസൂറിന്റെ സാമന്തരാജ്യങ്ങളായി നിലനിർത്താൻ ടിപ്പു നിർബന്ധിതനായി. എന്നാൽ മലബറിലേക്ക് പ്രവേശിക്കാനുള്ള തന്ത്രപരമായ സ്ഥലങ്ങളായ കോലത്തുനാടും പാലക്കാടും മൈസൂരിന്റെ നേരിട്ടുള്ള നിയന്ത്രണത്തിൽ തന്നെ നിലനിർത്തി. വർഷങ്ങൾക്കുശേഷം ചില ഉടമ്പടികൾ പ്രകാരം കോലത്തുനാട് കോലത്തിരിക്ക് തിരികെ നൽകുകയുണ്ടായി. 
1767 -ന്റെ തുടക്കത്തിൽ മൈസൂർ സൈന്യം ബ്രിട്ടീഷുകാരുടെ സഖ്യകഷിയായ തിരുവിതാംകൂറിനെ വടക്കുനിന്ന് ആക്രമിച്ചെങ്കിലും ഫലവത്തായില്ല. 1767 -ൽ വടക്കേ മലബാറിലെ 2000 -ത്തോളം വരുന്ന കോട്ടയം നായന്മാരുടെ സൈന്യം 4000 അംഗങ്ങളുള്ള മൈസൂർ പടയെ എതിരിട്ടു തോൽപ്പിച്ചു. മൈസൂർ പടയുടെ ആയുധങ്ങളും പടക്കോപ്പുകളും കൊള്ളയടിച്ചു. മൈസൂർ പടയെ കെണിയിലാക്കി അവരുടെ സേനയെയും വാർത്താവിനിമയമാർഗ്ഗങ്ങളെയും വിജയകരമായി തകർത്തു. 

അടുത്ത വർഷം ക്യാപ്റ്റൻ തോമസ് ഹെൻറി നയിച്ച ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യ കമ്പനിയുടെ പട്ടാളം അറക്കൽ രാജ്യത്തേക്ക് മൈസൂറിൽ നിന്നും ആയുധം എത്തുന്നത് തടയാൻ ബത്തേരിയിലെ കോട്ട ഉപരോധിച്ചെങ്കിലും മൈസൂർ സൈന്യത്തിന്റെ തിരിച്ചടിയിൽ പിന്മാറേണ്ടിവന്നു. 

ലഹളകളെയെല്ലാം വിജയകരമായി അടിച്ചമർത്തി തന്ത്രപ്രധാനമായ പാലക്കാട്ട് ഒരു കോട്ട നിർമ്മിച്ച ശേഷം മലബാർ പ്രദേശത്തു നിന്നും 1768 -ൽ മൈസൂർ സേന പിൻവാങ്ങുകയുണ്ടായി. കോലത്തുനാടിന്റെ അധികാരം അറക്കൽ രാജ്യത്തിനു നൽകി. അറക്കലും ബ്രിട്ടീഷുകാരും തമ്മിലുള്ള കലഹങ്ങൾ തുടർന്നു. 1770 -ൽ ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യ കമ്പനി രണ്ടത്തറ തിരിച്ചുപിടിച്ചു.

മലബാറിലെ ഹിന്ദുരാജാക്കന്മാർ കരാർപ്രകാരമുള്ള വാഗ്ദാനങ്ങൾ പാലിക്കാത്തതിനെത്തുടർന്ന് 1773 -ൽ സെയ്ദ് സാഹിബിന്റെയും ശ്രീനിവാസറാവുവിന്റെയും നേതൃത്വത്തിലുള്ള മൈസൂർ പട താമരശ്ശേരി ചുരം വഴി വരികയും മലബാറിനെ വീണ്ടും മൈസൂരിന്റെ നേരിട്ടുള്ള അധികാരത്തിൻകീഴിൽ ആക്കുകയും ചെയ്തു.

കൊച്ചിരാജ്യം മൈസൂരിന്റെ അധീശത്വം അംഗീകരിക്കുന്നു
ടിപ്പു സുൽത്താന്റെ തിരുവിതാംകൂർ ആക്രമണം (1789-1790)
മൈസൂർ ഭരണം (1766–1773)
ഹിന്ദു ക്ഷേത്രങ്ങൾ നശിപ്പിക്കൽ