അന്നനാളത്തിന്റെയോ കുടലിന്റെയോ ഏതെങ്കിലും ഭാഗം പൂർണ വളർച്ച പ്രാപിക്കാതിരിക്കാറുണ്ട്. ഇതിന് അട്രീസിയ (Atresia) എന്നു പറയുന്നു. കടിഞ്ഞൂൽ കുട്ടികളിലുണ്ടാകുന്ന ഒരു വൈകല്യം ആമാശയത്തിന്റെ ഒരു ഭാഗം ചുരുങ്ങിപ്പോകുക എന്നതാണ് (congenital pyloric stenosis). എപ്പോഴുമുള്ള ഛർദി ഇതിന്റെ ഒരു പ്രധാനലക്ഷണമാണ്. വൻകുടലിന്റെ ഒരു ഭാഗം വളരെ വലുതായിരിക്കുന്ന അവസ്ഥയ്ക്ക് മെഗാകോളൻ (megacolon) എന്നു പറയുന്നു. ഇതും ജൻമനാ ഉണ്ടാകുന്ന ഒരു വൈകല്യമാണ്. ഗർഭസ്ഥശിശുവിലെ വിറ്റെലോ-ഇന്റസ്റ്റൈനൽ ഡക്ട് (vitello-Intestinal duct) ജനിച്ചതിനുശേഷവും അപ്രത്യക്ഷമാകാതിരുന്നാൽ മെക്കൽസ്ഡൈവേർട്ടിക്കുലം (Meckel's diverticulam) എന്ന വൈകല്യം ഉണ്ടാകുന്നു. സാധാരണയായി കണ്ടുവരുന്ന മറ്റൊരു ദഹനേന്ദ്രിയവൈകല്യമാണ് മലദ്വാരം അടഞ്ഞിരിക്കുന്ന അവസ്ഥ (Imperforate anus).

അസ്ഥിവൈകല്യങ്ങൾ
അനെൻസെഫാലി
ഇനെൻസെഫാലി
ദഹനേന്ദ്രിയവൈകല്യങ്ങൾ