നേരത്തേതന്നെ മദ്ധ്യപൗരസ്ത്യദേശക്കാരുമായും ചൈനക്കാരുമായും ആഫ്രിക്കൻ രാജ്യങ്ങളുമായും ഇന്ത്യയ്ക്ക് വ്യാപാരബന്ധങ്ങൾ ഉണ്ടായിരുന്നുവെങ്കിലും പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ വരവ് കേരളത്തിന്റെയും ഇന്ത്യയുടെയും ചരിത്രത്തിൽ ചരിത്രത്തിലെ ഒരു സുപ്രധാന സംഭവമാവാൻ കാരണം അവർ പൗരസ്ത്യരാജ്യങ്ങളിൽ സാമ്രാജ്യത്വ മേധാവിത്വത്തിനുവേണ്ടി ശ്രമിച്ചതാണ്. പോർച്ചുഗൽ രാജാവ് ഡോം മാനുവൽ ഒന്നാമന്റെ നിർദ്ദേശപ്രകാരം പുറപ്പെട്ട വാസ്കോ ഡ ഗാമ 1498 മെയ് മാസത്തിൽ കാപ്പാട് വന്നിറങ്ങി 

വാസ്കോ ഡ ഗാമയെ ആതിഥ്യമര്യാദകളോടെ സ്വീകരിച്ചെങ്കിലും സാമൂതിരിയുമായുള്ള കൂടികാഴ്ച വലിയ പ്രയോജനമൊന്നും ചെയ്തില്ല. തനിക്ക് വിൽക്കാൻ കഴിയാതിരുന്ന വസ്തുക്കൾ കോഴിക്കോട് നിലനിർത്തുകയും അവ നോക്കിനടത്താൻ തന്റെ ആൾക്കാരെ അവിടെ താമസിക്കാൻ അനുവദിക്കണമെന്നുമുള്ള അഭ്യർഥന സാമൂതിരി ചെവികൊണ്ടില്ല, മറിച്ച് മറ്റേത് കച്ചവടക്കാരെപ്പോലെയും ചുങ്കമടക്കണമെന്നാണ് ഗാമയോട് സാമൂതിരി കൽപ്പിച്ചത്. ഇത് അവർ തമ്മിലുള്ള ബന്ധം വഷളാക്കി. 1500-ൽ പെഡ്രോ അൽവാരിസ് കബ്രാളിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ഒരു സംഘത്തെയാണ് പോർച്ചുഗൽ രാജാവ് അയച്ചത്.
കോഴിക്കോട് ഒരു ഫാക്ടറി അവർക്ക് തുടങ്ങാൻ കഴിഞ്ഞെങ്കിലും അറബികളുമായുള്ള പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ ബന്ധം വഷളായി. അറബികളുടെ കപ്പലുകൾ പിടിച്ചെടുത്ത് അവരെ കൂട്ടക്കൊല ചെയ്തപ്പോൾ തദ്ദേശീയർ തിരിച്ചടിക്കുകയും ഫാക്റ്ററി കത്തിക്കുകയും കരയിലുണ്ടായിരുന്ന പോർച്ചുഗീസുകാരിൽ പകുതിയോളം പേരെ വധിക്കുകയും ചെയ്തു ചെയ്തു. തുടർന്ന് കൊച്ചി രാജ്യത്തിലേക്ക് പോയ കബ്രാളിനെ അവർ ആദരപൂർവ്വം സ്വീകരിക്കുകയും കപ്പലുകളിൽ ചരക്കുകൾ കയറ്റാൻ അനുവദിക്കുകയും ചെയ്തു. വാസ്കോ ഡ ഗാമ ഫെബ്രുവരി 1502. ൽ 15 കപ്പലുകളും 800 പുരുഷന്മാരുമായി കോഴിക്കോട് രണ്ടാമതും എത്തിച്ചേർന്നു കോഴിക്കോട് നിന്ന് എല്ലാ മുസ്ലിംകളും പുറത്താക്കാൻ ആവശ്യപ്പെട്ടു. ഇതു നിരസിക്കപ്പെട്ടപ്പോൾ നഗരം ആക്രമിച്ച് അരി കയറ്റിയ നിരവധി കപ്പലുകൾ പിടിച്ചെടുത്ത് ജോലിക്കാരെ അംഗഭംഗപ്പെടുത്തി

കൊച്ചി രാജ്യവും പോർച്ചുഗീസും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം പുഷ്ടിപ്പെട്ടപ്പോൾ കൊച്ചിയും കണ്ണൂരും കേന്ദ്രമാക്കി സാമൂതിരിയുടെ നേരെ നിരവധി യുദ്ധങ്ങൾ നടന്നു. 1503-ൽ തുടങ്ങി 1570 വരെനീണ്ടുനിന്ന ഈ യുദ്ധങ്ങളിൽ എല്ലാ ഭാഗത്തുമായി നിരവധിപേർ മരണപ്പെട്ടു. നശിച്ചുപോയി. 1509-ൽ, അൽഫോൺസൊ ഡി ആൽബക്കർകീ പൗരസ്ത്യദേശത്തെ പോർച്ചുഗീസ് വൈസ്രോയിയായി നിയമിതനായി. 

മാർഷൽ കൊറ്റിഞ്ഞോയുടെ കീഴിൽ ഒരു പുതിയ നാവികസൈന്യം കോഴിക്കോട് കീഴടക്കാനായി എത്തി. സാമൂതിരി കൊട്ടാരം പിടിച്ചടക്കുകയും നഗരം തീ വെച്ചു നശിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ രാജാവ് അണിനിരത്തിയ സൈന്യം മാർഷൽ കൊടിഞ്ഞോയെ വധിച്ച് അൽബുക്ക്വർക്കിയെ മുറിവേല്പിച്ചു. എന്നാൽ സമർഥനായ അൽബുക്ക്വർക്കി കേരളത്തിലെ പോർച്ചുഗീസ് താൽപര്യം സംരക്ഷിക്കുന്നതിനായി 1513-ൽ സാമൂതിരിയുമായി ഉടമ്പടി ഉണ്ടാക്കി. എന്നാൽ 1515-നും 1518-നുമിടയിൽ സാമൂതിരിയെ വധിക്കാൻ ശ്രമിച്ചത് അവർ തമ്മിലുള്ള ബന്ധം ഉലച്ചു. 1520-കൾ മുതൽ കുഞ്ഞാലി മരക്കാറുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള നാവിക സൈന്യം കപ്പലുകൾ 1589 വരെ പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യത്തിൻ കനത്ത നാശനഷ്ടങ്ങൾക്ക് വരുത്തിവെച്ചു. ഇതിൽ സാമൂതിരിയെ സഹായിച്ചത് മുഖ്യമന്ത്രി മാങ്ങാട്ടച്ചൻ, ധർമ്മോത്തു പണിക്കർ, കുതിരവട്ടത്ത് നായർ, കുഞ്ഞാലി മരക്കാർ എന്നിവരായിരുന്നു.

1503-ൽ, പോർച്ചുഗീസുകാർ താനൂർ (വെട്ടത്തുനാട്) രാജാവിന്റെ അനുമതിയോടെ ചാലിയത്ത് ഒരു കോട്ട പണിതു ഇന്ത്യൻ സമുദ്രത്തിലെ ആധിപത്യം ഉറപ്പിച്ചു. സാമൂതിരിയെ നേരിടാനും യുദ്ധമുണ്ടാവുകയാണെങ്കിൽ എളുപ്പത്തിൽ സാമൂതിരിയുടെ കീഴിലുള്ള പ്രദേശങ്ങളിൽ എത്തിച്ചേരാനും ഇത് വഴിയൊരൊക്കി. 1571-ൽ സാമൂതിരി ഈ കോട്ട ആക്രമിച്ചു കീഴടക്കി, പോർച്ചുഗീസ് സഖ്യകക്ഷിയായിരുന്ന വിജയനഗര സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ പരാജയവും അതേസമയത്തായിരുന്നു. പോർച്ചുഗീസുകാർ കോട്ട ഉപേക്ഷിക്കാൻ നിർബന്ധിതരായി, തുടർന്ന് കോട്ട പൂർണ്ണമായും പൊളിച്ചു, ഇത് പോർച്ചുഗീസ്കാരുടെ പതനത്തിന് തുടക്കം കുറിച്ചു. പിന്നീട് ഒരു സമവായത്തിനായി അവർ 1578-ൽ വീണ്ടും സാമൂതിരി സമീപിച്ചു. 1588 ആയപ്പോഴേക്കും അവർ കോഴിക്കോട്ട് താമസിക്കുകയും 1591-ൽ സാമൂതിരി സംഭാവനയായി നൽകിയ സ്ഥലത്തു ഒരു പള്ളി പണിയുകയും ചെയ്തു. ഈ സുഹൃദ്ബന്ധം കുഞ്ഞാലി മരക്കാറെ സാമൂതിരിയുമായി ക്രമേണ അകറ്റി.

1663 ആയപ്പോഴേക്കും ഡച്ചുകാർ പോർച്ചുഗീസുകാരെ പരാജയപ്പെടുത്തി കൊല്ലം, കൊടുങ്ങല്ലൂർ, പുറക്കടം, കൊച്ചി, കണ്ണൂർ എന്നീ കോട്ടകളിൽ പിടിച്ചടക്കുക്കി.

ബ്രിട്ടീഷ് അധിനിവേശം
ദേശീയ പ്രസ്ഥാനം
പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ വരവ്
ആദ്യകാല ചരിത്രം