കുംഭമാസത്തിലെ കറുത്തപക്ഷത്തിലെ ചതുർദ്ദശി ദിവസം ആഘോഷിയ്ക്കപ്പെടുന്ന ശിവരാത്രിയാണ് ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന ആഘോഷം. മറ്റു ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി വൈദികാചാരങ്ങൾക്ക് മുൻതൂക്കം നൽകിയാണ് മമ്മിയൂർ ക്ഷേത്രത്തിലെ ശിവരാത്രി ആഘോഷം. ശുദ്ധിക്രിയകൾ, ലക്ഷാർച്ചന, ഏകാദശ രുദ്രാഭിഷേകം, ചുറ്റുവിളക്ക്, നിറമാല തുടങ്ങിയവയാണ് ശിവരാത്രിനാളിലെ പ്രധാന ചടങ്ങുകൾ. ശിവരാത്രിനാളിൽ രാത്രി വിളക്കെഴുന്നള്ളിപ്പിനും ശ്രീഭൂതബലിയ്ക്കുമായി ശിവനെയും വിഷ്ണുവിനെയും ആനപ്പുറത്ത് എഴുന്നള്ളിയ്ക്കുന്നു. ഇത് ഈ ക്ഷേത്രത്തിലെ ഒരു പ്രത്യേകതയാണ്. ശ്രീഭൂതബലിയ്ക്ക് ചെണ്ടമേളമാണ് അകമ്പടിയേകുന്നത്. തുടർന്ന് ഇടയ്ക്കയും നാദസ്വരവും ഉപയോഗിച്ചുള്ള പ്രദക്ഷിണം നടത്തുന്നു. വർണ്ണശബളമായ വെടിക്കെട്ടോടെ പരിപാടികൾ അവസാനിയ്ക്കുന്നു. അന്ന് രാത്രി നടയടയ്ക്കില്ല. പകരം, രാത്രിയിലെ ഓരോ യാമത്തിലും യാമപൂജയും അതിനോടനുബന്ധിച്ചുള്ള കലശാഭിഷേകവുമുണ്ടാകും. നിരവധി ഭക്തരാണ് ഉറക്കമൊഴിച്ച് യാമപൂജകൾ തൊഴാൻ കഴിച്ചുകൂട്ടുന്നത്. 

ശിവരാത്രിയോടനുബന്ധിച്ച് ക്ഷേത്രത്തിൽ കലാപരിപാടികളുണ്ടാകാറുണ്ട്. ശാസ്ത്രീയ സംഗീതം, ഗാനമേള, കഥാപ്രസംഗം, ഭരതനാട്യം, മോഹിനിയാട്ടം, കുച്ചിപ്പുടി തുടങ്ങിയവ അവയിൽ പ്രധാനമാണ്. ക്ഷേത്രമതിലകത്ത് വടക്കുകിഴക്കേമൂലയിൽ ഇതിനോടനുബന്ധിച്ച് ഒരു സ്റ്റേജ് കെട്ടിപ്പൊക്കിയിട്ടുണ്ട്. 'നടരാജമണ്ഡപം' എന്നാണ് ഇതിന് പേരിട്ടിട്ടുള്ളത്. എന്നാൽ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട കലാപരിപാടി, ശിവരാത്രിയ്ക്ക് തൊട്ടുമുമ്പുള്ള മൂന്നുദിവസം ക്ഷേത്രത്തിൽ നടത്തുന്ന മത്തവിലാസം കൂത്താണ്. ശിവക്ഷേത്രങ്ങളിൽ മാത്രം നടത്തിവരുന്ന ഈ കൂത്ത്, പല്ലവരാജാവായിരുന്ന മഹേന്ദ്രവിക്രമ വർമ്മൻ രചിച്ച മത്തവിലാസപ്രഹസനത്തെ ആസ്പദമാക്കി രൂപം കൊണ്ടതാണ്. ബ്രഹ്മഹത്യാപാപം തീർക്കാൻ ശിവനെ തപസ്സുചെയ്യുന്ന സത്യസോമനെന്ന ബ്രാഹ്മണൻ ശിവന്റെ നിർദ്ദേശാനുസരണം കപാലിവേഷത്തിൽ നൃത്തം ചെയ്യുന്നുവെന്നാണ് സങ്കല്പം. സത്യസോമന്റെ നൃത്തം കണ്ട് അനുഗ്രഹം തേടുന്നവർക്ക് അഭീഷ്ടകാര്യങ്ങൾ സാധിക്കുമെന്നാണ് വിശ്വാസം. ശിവരാത്രിനാളിൽ രാത്രി തന്നെ ക്ഷേത്രത്തിൽ ഗുരുവായൂർ ദേവസ്വം വക കൃഷ്ണനാട്ടം കളിയുമുണ്ടാകും. ശിവൻ കഥാപാത്രമായി വരുന്ന ബാണയുദ്ധമാണ് അന്നേദിവസത്തെ കഥ. 

ഗണപതി
ശിവരാത്രി
ക്ഷേത്രനിർമ്മിതി
ശ്രീ പാർവ്വതീദേവി