പത്തുഗ്രാമോളം ഭാരമുള്ള ഹൈപ്പോതലാമസ്സിന് 1-1.5 സെന്റീമീറ്റർ വ്യാസമുണ്ട്.ഹൈപ്പോതലാമസ് ഇതിനുതാഴെയുള്ള പീയൂഷഗ്രന്ഥിയുമായി ഇൻഫൻഡിബുലം അഥവാ പിറ്റ്യൂട്ടറി സ്റ്റാക്ക് (Pituitary stalk) വഴി പരസ്പരം ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. മസ്തിഷ്കത്തിലെ ലിംബിക് സിസ്റ്റം എന്ന ഭാഗത്തിന്റെ വിവിധതലങ്ങളെ ഇരുദിശകളിലും പരസ്പരം ബന്ധപ്പെടുത്തുന്ന നാഡീയപാതയുണ്ട്. ഇതിനായി താഴെപ്പറയുന്ന മൂന്നുദിശകളിൽ നാഡീയആവേഗങ്ങളെ ഇവ അയയ്ക്കുന്നുണ്ട്. 
ഘടന
വൈകാരിക പെരുമാറ്റത്തിലുള്ള പങ്ക്
അന്തഃസ്രാവീയധർമ്മങ്ങൾ
രക്തസംവഹനത്തിലുള്ള പങ്ക്