എന്നാൽ ഇക്കാലത്തു തന്നെ അദ്ദേഹം ഒരു പ്രത്യേകതരം പരിവർത്തനത്തിലൂടെ കടന്നുപോയി. അതേവരെ, ഏതെങ്കിലും ഒരു മതത്തോട് പ്രത്യേകമായ മമത പുലർത്താത്ത അജ്ഞേയവാദിയായിരുന്ന മെർട്ടൺ, 22-ആമത്തെ വയസ്സിനടുത്ത്, ക്രിസ്തുമതത്തിലേയ്ക്കും, പ്രത്യേകമായി കത്തോലിക്കാവിശ്വാസത്തിലേക്കും ആകർഷിക്കപ്പെടാൻ തുടങ്ങി. കൊളൊംബിയായിൽ ഗവേഷണബിരുദലബ്ധിയുടെ അടുത്തെത്തിയിരുന്ന അദ്ദേഹം ആ വഴിക്കു മുന്നോട്ടുപോകുന്നതിനു പകരം, സമീപത്തുള്ള ഒരു ഫ്രാൻസിസ്കൻ കലാലയത്തിൽ അദ്ധ്യാപകനാവുകയും, ന്യൂയോർക്കിലെ ഹാർലെം പ്രദേശത്ത് ക്രിസ്തീയ സാമൂഹ്യപ്രവർത്തനത്തിൽ മുഴുകുകയും ചെയ്തു. സന്യാസജീവിതത്തിലുള്ള താത്പര്യം വർദ്ധിച്ച മെർട്ടൺ ഫ്രാൻസിസ്കൻ സന്യാസസമൂഹത്തിൽ ചേരാനാണ് ആദ്യം തീരുമാനിച്ചത്. എങ്കിലും ഒടുവിൽ അദ്ദേഹം ചേർന്നത്, കടുത്ത തപോനിനിഷ്ഠയ്ക്ക് പേരുകേട്ടിരുന്ന സിസ്റ്റേർഷ്യൻ സഭയിലാണ്. രണ്ടാം ലോകമഹായുദ്ധത്തിനു പുതിയ വഴിത്തിരിവു നൽകിക്കൊണ്ട് ജപ്പാൻ അമേരിക്കയുടെ പേൾ ഹാർബർ ആക്രമിച്ചിട്ടു രണ്ടു ദിവസം കഴിഞ്ഞ്, 1941 ഡിസംബർ 9-ന് മെർട്ടൺ, കെന്റക്കി സംസ്ഥാനത്തെ ഗെത്സമേനിയിൽ സിസ്റ്റേർസിയന്മാരുടെ ട്രാപ്പിസ്റ്റ് ആശ്രമത്തിൽ ചേർന്നു. അപ്പോൾ അദ്ദേഹത്തിനു 26 വയസ്സുണ്ടായിരുന്നു. 1943 ഏപ്രിൽ മാസം, ബ്രിട്ടീഷ് വ്യോമസേനയിൽ അംഗമായിരുന്ന മെർട്ടന്റെ സഹോദരൻ ജോൺ പോൾ ഒരു വ്യോമാക്രമണദൗത്യത്തിനിടെ വിമാനം തകർന്നു മരിച്ചു.

യാത്ര
'ഏഴെടുപ്പു മല'
സന്യാസം
കേംബ്രിഡ്ജ്