1940 കളായപ്പോഴേക്കും കോൺഗ്രസ്സിൽ നിന്നും വിട്ട് ഇടതുപക്ഷചിന്താഗതി വച്ചു പുലർത്തിയ നേതാക്കൾ അണ്ടർഗ്രൗണ്ടിൽ നിന്നും വെളിച്ചത്തിലേക്ക് വന്നു പ്രവർത്തിക്കാൻ തുടങ്ങി. ഒളിവിലായിരുന്ന കാലഘട്ടത്തിൽ അവർക്ക് കോൺഗ്രസ്സിലുണ്ടായിരുന്ന സ്വാധീനശക്തി നഷ്ടപ്പെട്ടിരുന്നു. അതോടെ പുതിയ ഒരു പ്രസ്ഥാനത്തിലിറങ്ങി പ്രവർത്തിക്കാൻ അവർ നിർബന്ധിതരായിത്തീർന്നു. സോവിയറ്റ് യൂണിയന്റെ മാതൃകയിൽ ഒരു സോഷ്യലിസ്റ്റ് സമൂഹം കെട്ടിപ്പടുക്കണം എന്ന് പാർട്ടിയുടെ നേതൃത്വം ചിന്തിച്ചിരുന്നുവെങ്കിലും അതെങ്ങിനെ എന്ന് അവർക്കറിയാമുണ്ടായിരുന്നില്ല. മാർക്സിസം എന്ന ആശയം അവർക്ക് അപരിചിതമായിരുന്നു. കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് പാർട്ടി ഇന്ത്യയിൽ നിരോധിക്കപ്പെട്ടു. അതിന്റെ നേതാക്കളെ സർക്കാർ വേട്ടയാടാൻ തുടങ്ങി. കൃഷ്ണപിള്ളയടക്കമുള്ള നേതാക്കൾ ഒളിവിൽ പോയി. ഒളിവിലിരുന്നുകൊണ്ടാണ് നേതാക്കൾ പാർട്ടിയുടെ സംഘടനാപ്രവർത്തനങ്ങൾ നടത്തിയിരുന്നത്. പാർട്ടിയുടെ നേതാക്കളെ ഒരു സ്ഥലത്തു നിന്നും മറ്റൊരു സ്ഥലത്തേക്ക് എത്തിക്കുന്നതും, സന്ദേശങ്ങൾ കൈമാറുന്നതുമെല്ലാം ടെക് എന്ന ഒരു രഹസ്യസംവിധാനത്തിലൂടെയായിരുന്നു. പ്രവർത്തന സൗകര്യത്തിനായി കേരളത്തെ പതിനൊന്നും ഭാഗങ്ങളായി തിരിച്ചിരുന്നു. പാതാള ലോകം ഓഫീസ് എന്നാണ് ഓരോ ഭാഗത്തേയും പാർട്ടി കേന്ദ്രങ്ങൾ അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്. 
1942 ൽ കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് നേതാക്കൾക്ക് ഒളിവിൽ നിന്നും പുറത്തു വന്നു പ്രവർത്തിക്കാൻ കഴിഞ്ഞു. ഇക്കാലത്താണ് കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് പാർട്ടിയുടെ ഔദ്യോഗിക മുഖപത്രമായ ദേശാഭിമാനി പ്രസിദ്ധീകരിക്കപ്പെടുന്നത്. ദേശാഭിമാനിയുടെ അച്ചടിയും പ്രചാരണവും എല്ലാം വളരെയധികം കടുത്ത പ്രതിസന്ധികൾ തരണം ചെയ്തായിരുന്നു. ഇതിനു വേണ്ടി ഒരു സുശക്തമായ സംഘടന കെട്ടിപ്പടുക്കേണ്ടതുണ്ടായിരുന്നു. കൂടാതെ ധാരാളം ധനവും വേണ്ടിയിരുന്നു. അക്കാലത്തെ മികച്ച സംഘാടകനും, ജനകീയ നേതാവുമായിരുന്ന കൃഷ്ണപിള്ളയായിരുന്നു കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് പാർട്ടിക്കു വേണ്ടി ഈ വെല്ലുവിളി ഏറ്റെടുത്തത്. 
ശൈശവ ദശ
ആദ്യത്തെ കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് സർക്കാർ
കയ്യൂർ സമരം
നക്സൽ മുന്നേറ്റം