പെരിയാറിന്റെ ചരിത്രം കേരളചരിത്രവുമായി വളരെ ബന്ധപ്പെട്ടതാണ്‌. സംഘം കൃതികളിൽ ചൂർ‌ണി നദി യെന്നും താമ്രപരണിയെന്ന പേരിലും ഈ നദിയെ പ്രതിപാദിച്ചിരിക്കുന്നു 
കൊടുങ്ങല്ലൂരിൽ നിന്നും പാണ്ഡ്യ തലസ്ഥാനമായ മദുരയിലേക്കു പെരിയാർ നദിയോരത്തുകൂടി ചരക്കുകൾക്കും മറ്റുമായി ജലഗതാഗത പാത ഉണ്ടായിരുന്നതായി സംഘം കൃതികളിൽ പറയുന്നു. പതിറ്റുപത്തില് ചേരതലസ്ഥാനമായ വഞ്ചി പെരിയാറിൻ തീരത്താണ് എന്ന് പറയുന്നുണ്ട്. മുൻകാലങ്ങളിൽ ഈ പ്രസ്താവന ചൂർണ്ണ തിരുച്ചിറപ്പള്ളിയിലെ അമരാവതി നദിയാണ് എന്ന തെറ്റിദ്ധാരണ ഉണ്ടാക്കിയിരുന്നു. അടുത്തകാലത്ത് നടന്ന ഗവേഷണങ്ങൾ പെരിയാറാണ് ഇത് എന്ന് തെളിയിക്കുന്നുണ്ട്. പുറനാനൂറിൽ രണ്ടു ചേരരാജാക്കന്മാരെപ്പറ്റി വിവരിക്കുമ്പോളാണ് വഞ്ചി നഗരത്തേയും പൊരുനൈ നദിയേയും പറ്റി വർണ്ണിക്കുന്നത്. 
താമ്രപർണ്ണി നദിയുടെ പര്യായമാണ് പൊരുന്തവും പൊരുനൈയും. പശ്ചിമഘട്ടത്തിൽ നിന്ന് കിഴക്കോട്ടൊഴുകുന്ന താമ്രപർണ്ണി നദിയുടെ അതേ ഉത്ഭവമാണ് പെരിയാറിനും എന്ന വിശ്വാസമാണ് ഇതിന് കാരണം. ഇവിടെ ഇല്ലിത്തോട്-മുളങ്കുഴി ഭാഗത്ത് മഹാശിലാസ്മാരകങ്ങൾ എന്ന് സംശയിക്കപ്പെടുന്ന ഗുഹകൾ കാണപ്പെടുന്നുണ്ട്. കേരളചരിത്രത്തിൽ പ്രാചീനശിലായുഗമില്ല എന്ന് വാദിച്ചവർക്ക് മറുപടിയായി ആദ്യമായി അതിന് തെളിവുകൾ ലഭിച്ചത് പെരിയാറിന്റെ തീരത്തുനിന്നാണ്. തെന്മലക്കടുത്തുള്ള ചെന്തുരുണിമലയിൽ നിന്നാണ് അവശിഷ്ടങ്ങൾ കണ്ടെടുത്തത്. ക്രി.വ. 1341 ലെ പെരിയാർ വെള്ളപ്പൊക്കത്തിൽ ആദ്യപ്രതിഷ്ഠ നിലനിന്നിരുന്ന ക്ഷേത്രം നശിച്ചു പോവുകയും പകരം വടക്ക് വശത്തുള്ള ഉയർന്ന കരയിൽ പുതിയ ക്ഷേത്രം സ്ഥാപിക്കുകയും ചെയ്തു. പെരിയാറിന്റെ തീരത്താണ് പ്രാചീനകാലത്തെ ഐതിഹാസികമായ കൊടുങ്ങല്ലൂർ (മുസിരിസ് ) സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. 
ആദിശങ്കരന്റെ ജന്മം കൊണ്ട് പ്രസിദ്ധമായ കാലടി പെരിയാറിന്റെ തീരത്താണ്‌. അദ്ദേഹവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഐതിഹ്യത്തിലെ മുതലക്കടവ് ഇന്നും നിലനിൽക്കുന്നു. ശങ്കരാചാര്യരുടെ അമ്മ ആര്യാംബയുടെ സ്മാരകവും പെരിയാർ തീരത്താണ്‌. പെരിയാറ്റിലെ ജലത്തിന്‌ ഔഷധഗുണം ഉണ്ടെന്നു കരുതുന്ന നിരവധി ആദിവാസി വിഭാഗങ്ങളുടെ വിവാഹച്ചടങ്ങുകൾക്ക് പെരിയാറ്റിലെ ജലം അത്യാവശ്യമാണ്‌. പെരിയാറ്റിന്റെ അരികിലുള്ള നിരവധി ക്ഷേത്രങ്ങളുടേയും പള്ളികളുടേയും ചടങ്ങുകളും പെരിയാറ്റിലെ ജലത്തെ ആശ്രയിച്ചാണ്‌ നടന്നുവരുന്നത്. തിരുവിതാംകൂർ, കൊച്ചി എന്നിവിടങ്ങളിലെ രാജാക്കന്മാർ തങ്ങൾക്ക് കുളിച്ചു താമസിക്കുവാനായി പെരിയാറിന്റെ തീരത്ത് പ്രത്യേകം സൗകര്യങ്ങൾ ഒരുക്കിയിരുന്നു. അവയിൽ ആലുവ പാലസ്, അന്ത്രപ്പേർ കെട്ടിടം, കോഡർ മാളിക, ചൊവ്വര കൊട്ടാരം തുടങ്ങിയവ ഇന്നും അവശേഷിക്കുന്നുണ്ട്. പോർട്ടുഗീസുകാരും ഡച്ചുകാരും ഈ രീതി പിന്തുടർന്നിരുന്നു. 
തോമാശ്ലീഹ മലയാറ്റൂർ എത്തിയത് പെരിയാറിന്റെ കൈവഴികളിലൂടെയായിരുന്നു എന്നു വിശ്വസിക്കുന്നവരും ഉണ്ട്. മലയാറ്റൂർ ഇന്ന് അന്തർദ്ദേശീയ തീർത്ഥാടന കേന്ദ്രമായിക്കഴിഞ്ഞു. കേരളത്തിൽ സുഗന്ധവ്യഞ്ജനങ്ങൾക്കായി പോർട്ടുഗീസുകാരും ഡച്ചുകാരും ഇംഗ്ലീഷുകാരും മറ്റും കേരളത്തിൽ എത്തിയപ്പോൾ ഇടുക്കിയിലെ കാടുകളിൽ നിന്ന് സുഗന്ധദ്രവ്യങ്ങൾ മലയിറക്കി കൊണ്ടുവന്നിരുന്നത് പെരിയാറ്റിലൂടെയായിരുന്നു. മലയാറ്റൂർ-നീലീശ്വരം ഭാഗത്ത് ബ്രിട്ടീഷുകാർ അവരുടെ തടിഡിപ്പോകൾ സ്ഥാപിച്ചിരുന്നു. 

ടിപ്പു സുൽത്താന്റെ കാലത്ത് തിരുവിതാംകൂർ ആക്രമിക്കാനെത്തിയ പടയാളികൾ പെരിയാറ്റിലെ മലവെള്ളപ്പാച്ചിൽ കണ്ട് ഭയന്ന് പിന്മാറി എന്നും ചരിത്രം രേഖപ്പെടുത്തുന്നു. ക്രി.വ.1341 പെരിയാറിൽ ഉണ്ടായ വെള്ളപ്പൊക്കത്തിൽ കൊടുങ്ങല്ലൂരിലെ അഴി അടയുകയും പിന്നീട് കൊച്ചിയിലെ അഴിമുഖം തുറക്കുകയും ചെയ്തു. അതോടെ തോട്ടുമുഖത്ത് വെച്ച് പെരിയാർ രണ്ടായി പിരിഞ്ഞു. ഒരു കൈവഴി പഴയതുപോലെ ദേശം, മംഗലപ്പുഴ വഴി കൊടുങ്ങല്ലൂർ കായലിൽ ചേരുന്നു. പുതിയതായി ഉണ്ടായ കൈവഴി ആലുവയെ രണ്ടായി മുറിച്ച് തെക്കോട്ട് ഒഴുകി കഞ്ഞുണ്ണിക്കരയിൽ വെച്ച് പിന്നെയും രണ്ടായി പിരിഞ്ഞ് ഒരു കൈവഴി വരാപ്പുഴയിലേക്കും മറ്റേത് കൊച്ചി കായലിലേക്കും ചേർന്നു തുടങ്ങി. ഈ മാറ്റത്താൽ കൊടുങ്ങല്ലൂരിനെ തുറമുഖയോഗ്യമാക്കിയിരുന്ന അഴി അടഞ്ഞ് തുറമുഖം ഉപയോഗ്യമല്ലാതായി. ചേരൻ‌മാരുടെ പ്രധാന നഗരിയും പുരാതന കേരളത്തിലെ പ്രധാന തുറമുഖവുമായിരുന്ന കൊടുങ്ങല്ലൂരിന്റെ പതനവും കൊച്ചിയുടെ ഉയർച്ചയും ഈ ഭൂമിശാസ്ത്രപരമായ മാറ്റങ്ങൾ കാരണമായിരുന്നു.

ചരിത്രം
മലിനീകരണം
മത്സ്യബന്ധനം
ഇടുക്കി ജലസംഭരണിക്കുശേഷം