ബാബർ സാമ്രാജ്യം സ്ഥാപിച്ചെങ്കിലും ദക്ഷിണമദ്ധ്യേഷ്യയിൽ നിന്നുള്ള പുതിയ തിമൂറി ഭരണാധികാരികളെ ഇന്ത്യയിലുള്ളവർ ശക്തമായി എതിർത്തിരുന്നു. ഈ എതിർപ്പുകൾ കാരണം മുഗൾ സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ നിലനില്പിനു് തന്നെ ഭീഷണിയുണ്ടായി. ബാബറുടെ പിൻ‌ഗാമികളുടെ കാലത്താണു് മുഗൾ സാമ്രാജ്യം ശക്തമായത്. ബാബറിനു ശേഷം വന്ന ഹുമായൂൺ, അക്ബർ എന്നിവരാണ് രാജ്യത്ത് ഏകീകരണവും ഭരണക്രമവും സ്ഥാപിച്ചത്. പഷ്‍തൂൺ നേതാവായ ഷേർഷാ സൂരി, ഹുമായൂണിനെ തോൽപ്പിക്കുകയും സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ ഒട്ടേറെ ഭാഗങ്ങളും പിടിച്ചടക്കിയെങ്കിലും 10 വർഷത്തിനു ശേഷം ഹൂമായൂൺ തന്നെ ഷേർഷായുടെ ദുർബ്ബലരായ പന്‌ഗാമികളെ തോല്പിച്ച് ഭരണം പിടിച്ചെടുത്തു. 

ഹുമായൂണിന്റേയും അക്ബറുടേയും കാലത്ത്, പുറത്തു നിന്നുള്ള ശക്തികളുടെ ആക്രമണങ്ങൾക്കു പുറമേ, കന്ദഹാർ, കാബൂൾ തുടങ്ങിയ വടക്കുപടിഞ്ഞാറൻ പ്രവിശ്യകളിലെ മുഗൾ പ്രതിനിധികളായ സ്വന്തം സഹോദരന്മാർ വരെ മുഗൾ ചക്രവർത്തിക്ക് വെല്ലുവിളിയുയർത്തിയിരുന്നു. പരസ്പരമുള്ള ഈ മത്സരങ്ങളെത്തുടർന്ന് ഉസ്ബെക്കുകൾ വടക്കൻ അഫ്ഗാനിസ്താനിലും, ഇറാനിലെ സഫവികൾ പടിഞ്ഞാറൻ അഫ്ഗാനിസ്താനിലും ആക്രമണങ്ങൾ നടത്തുകയും പ്രദേശങ്ങൾ പിടിച്ചടക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. മുൻപ് മുഗൾ ഭരണത്തിലായിരുന്ന കന്ദഹാർ സഫവികൾ ഷാ താഹ്മാസ്പിന്റെ കീഴിൽ 1558-ൽ കൈയടക്കി. ഇതിനു ശേഷം കന്ദഹാറും തെക്കൻ അഫ്ഘാനിസ്താനും 1595 വരേക്കും സഫവികളുടെ കീഴിലായിരുന്നു. 1585-ൽ കാബൂളിലെ വിമതനായിരുന്ന തന്റെ അർദ്ധസഹോദരൻ ഹക്കീം മിർസയുടെ മരണശേഷം അക്ബറിന് സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ വടക്കുപടീഞ്ഞാറൻ ഭാഗങ്ങളിൽ സ്വാധീനം ഉറപ്പിക്കാനായി. ഇതോടെ ഉസ്ബെക്കുകളുമായി സന്ധിയിലേർപ്പെടുകയും, കാബൂളിനും പെഷവാറിനും ഇടയിലുള്ള പഷ്തൂണുകളുടെ വെല്ലുവിളികളെ സമർത്ഥമായി നേരിട്ട് ഈ പ്രദേശങ്ങളിൽ ഭരണസ്ഥിരത കൈവരിക്കാനും കഴിഞ്ഞു. 

1574-ൽ സ്വയം യുദ്ധത്തിനു നേതൃത്വം നൽകി, കിഴക്കുളള ബിഹാർ ബംഗാൾ പ്രവിശ്യകൾ അക്ബർ മുഗൾ സാമ്രാജ്യത്തോടു ചേർത്തു.

തെക്കുഭാഗത്ത് ഖാണ്ഡേശും, അഹമ്മദ്നഗറിന്റെ ഒരു ചെറിയ ഭാഗവും, ബീരാറും മാത്രമെ അക്ബറുടെ അധീനതയിലുണ്ടായിരുന്നുളളു. ജഹാംഗീർ ഇതിനു മാറ്റമൊന്നും വരുത്തിയില്ല. ഡക്കാൻ മുഴുവൻ കയ്യടക്കാനുളള ശ്രമം ആരംഭിച്ചത് ഷാ ജഹാനും ഇതിൽ പൂർണ്ണമായും വിജയിച്ചത് ഔറംഗസേബും ആണ്.

ഔറംഗസേബിന്റെ കാലത്തോളം സിംഹാസനം ഭദ്രമായിരുന്നു, അതിനുശേഷം വന്ന ദുർബലരായ മുഗൾ ചക്രവർത്തിമാരും,അവരുടെ അധികാരമോഹികളായ മന്ത്രിമാരും, അവസരവാദികളായ യൂറോപ്യൻ വാണിജ്യസ്ഥാപനങ്ങളും എല്ലാം മുഗൾ സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ തകർച്ചക്ക് കാരണമായി.

അവസാനം
വംശവൃക്ഷം
വികാസം
ആരംഭം