നിത്യേന അഞ്ചുപൂജകളും മൂന്നുശീവേലികളുമുള്ള ക്ഷേത്രമാണ് തൃക്കാക്കര വാമനമൂർത്തിക്ഷേത്രം. ഇവയിൽ മൂന്ന് പൂജകൾ (ഉഷഃപൂജ, ഉച്ചപ്പൂജ, അത്താഴപ്പൂജ) ശിവക്ഷേത്രത്തിലും നടത്തുന്നുണ്ട്. പുലർച്ചെ നാലരയ്ക്ക് ശംഖനാദത്തോടെ പള്ളിയുണർത്തി അഞ്ചുമണിയ്ക്ക് നടതുറക്കുന്നു. നിർമ്മാല്യദർശനമാണ് ആദ്യത്തെ ചടങ്ങ്. അതിനുശേഷം അഭിഷേകവും മലർ നിവേദ്യവും നടത്തുന്നു. അഞ്ചേമുക്കാലോടെ ഉഷഃപൂജയും തുടർന്ന് സൂര്യോദയസമയത്ത് എതിരേറ്റുപൂജയും നടത്തുന്നു. ആറരയ്ക്ക് എതിരേറ്റുശീവേലി നടത്തുന്നു. എട്ടുമണിയ്ക്ക് പന്തീരടിപൂജയാണ്. പത്തരയ്ക്ക് ഉച്ചപ്പൂജയും പതിനൊന്നരയ്ക്ക് ഉച്ചശീവേലിയും നടത്തി ഉച്ചയ്ക്ക് പന്ത്രണ്ടുമണിയ്ക്ക് നടയടയ്ക്കുന്നു.

വൈകീട്ട് അഞ്ചുമണിയ്ക്ക് വീണ്ടും നടതുറക്കുന്നു. സന്ധ്യയ്ക്ക് സൂര്യാസ്തമയമനുസരിച്ച് ദീപാരാധന നടത്തുന്നു. തുടർന്ന് ഏഴരയോടെ അത്താഴപ്പൂജയും എട്ടുമണിയ്ക്ക് അത്താഴശീവേലിയും നടത്തി എട്ടരയ്ക്ക് വീണ്ടും നടയടയ്ക്കുന്നു.

സാധാരണ ദിവസങ്ങളിലെ പൂജാക്രമങ്ങളാണ് മേൽ സൂചിപ്പിച്ചത്. വിശേഷദിവസങ്ങളിലും ഉദയാസ്തമനപൂജയുള്ള ദിവസങ്ങളിലും സൂര്യ-ചന്ദ്രഗ്രഹണങ്ങളുള്ള ദിവസങ്ങളിലും ഇവയിൽ മാറ്റമുണ്ടാകും. എല്ലാ മാസവും തിരുവോണം നക്ഷത്രദിവസം തന്ത്രിപൂജയും പ്രസാദ ഊട്ടുമുണ്ടാകാറുണ്ട്. 

നിത്യപൂജകളും തന്ത്രവും
ഭഗവതി
ബ്രഹ്മരക്ഷസ്സ്
ക്ഷേത്രനിർമ്മിതി