2005 സെപ്റ്റംബറിൽ ഗ്രെഗ് ചാപ്പൽ സിംബാവെ പര്യടനത്തിനിടയിൽ ഇന്ത്യയുടെ കോച്ചായി ചുമതലയേറ്റു.ഇദ്ദേഹവും ഗാംഗുലിയുമായുള്ള തർക്കം പലപ്പോഴും തലക്കെട്ടുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ തുടങ്ങിയിരുന്നു. തുടർന്ന് ഗാംഗുലി ഇന്ത്യയെ നയിക്കാൻ "ശാരീരികവും മാനസികവുമായ" ഫിറ്റല്ല എന്നും അദ്ദേഹത്തിന്റെ "വിഭജിച്ച് ഭരിക്കൽ"  പെരുമാറ്റം ടീമിനെ ദോഷകരമായി ബാധിക്കുമെന്നും ചാപ്പൽ ബിസിസിഐയ്ക്ക് ഇമെയിൽ അയച്ചു.ഈ ഇമെയിൽ മാധ്യമങ്ങൾക്ക് ചോർന്നതും ഗാംഗുലിയുടെ ആരാധകരിൽ നിന്നും വലിയ പ്രതിഷേധമാണുണ്ടായത്.ഗാംഗുലി ഇന്ത്യൻ മീഡിയയിൽ നിന്നും പിന്തുണയാണ് ഈ വിഷയത്തിൽ ലഭിച്ചിരുന്നത്. ഒടുവിൽ ബോർഡ് ഇക്കാര്യത്തിൽ ഇടപെടുകയും രണ്ടു പേർക്കുമിടയിൽ തർക്കപരിഹാരത്തിന് നിർദ്ദേശിക്കുകയും ചെയ്തു.
ഇതിന്റെ ഭാഗമായി ഗാംഗുലി, ചാപ്പൽ, സിംബാവെ പര്യടനത്തിനുള്ള ഇന്ത്യൻ ടീം മാനേജർ അമിതാഭ് ചൗധരി എന്നിവർ ബിസിസിഐ കമ്മിറ്റി മുമ്പാകെ ഹാജരാകുകയും പ്രശ്നങ്ങളൊന്നുമില്ലാതെ ഒരുമിച്ച് പ്രവർത്തിക്കാമെന്നുറപ്പു നൽകുകയും ചെയ്തു. തന്റെ മോശം പ്രകടനവും കോച്ച് ചാപ്പലുമായിട്ടുള്ള അഭിപ്രായ വ്യത്യാസങ്ങളും മൂലം  ക്യാപ്റ്റൻ സ്ഥാനത്തു നിന്ന് ഗാംഗുലിയെ ഒഴിവാക്കി ദ്രാവിഡിനെ നിയമിച്ചു.പത്ത് മാസങ്ങൾക്ക് ശേഷം ദക്ഷിണാഫ്രിക്കൻ പര്യടനത്തിൽ സുരേഷ് റെയ്നയുടെയും മുഹമ്മദ് കൈഫ് -ന്റെയും മോശം ഫോമിനെ തുടർന്ന് ഗാംഗുലി ടീമിൽ തിരിച്ചുവിളിക്കപ്പെട്ടു.
2006 ഐസിസി ചാമ്പ്യൻസ് ട്രോഫിയിലും തുടർന്നു ദക്ഷിണാഫ്രിക്കയിലെ ഏകദിന പരമ്പരയിലും ഇന്ത്യയുടെ പ്രകടനം മോശമായിരുന്നു 4-0 ആയിരുന്നു ഇന്ത്യ ആ പരമ്പര തോറ്റത്. ടെസ്റ്റ് ടീമിൽ തിരിച്ചെത്തിയ ഗാംഗുലി ദക്ഷിണാഫ്രിക്കയ്ക്കെതിരെ 37/4 ഇന്ത്യ പരുങ്ങി നിൽക്കുന്ന സമയത്ത് ബാറ്റ് ചെയ്യാനെത്തുകയും 83 റൺസ് നേടുകയും അതുപോലെ അടുത്ത ഇന്നിംഗ്സിൽ 51 റൺസ് നേടുകയും ഇന്ത്യയെ പരമ്പരയിലെ ആദ്യ വിജയത്തിലേക്ക് നയിക്കുകയും ചെയ്തുതു. ഈ മത്സരത്തിൽ തന്റെ പരമ്പരാഗത ബാറ്റിംഗ് ശൈലിയിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി മിഡിൽ സ്റ്റംപ് ഗാർഡ് എടുത്താണ് ഗാംഗുലി കളിച്ചത്. 
ഈ പരമ്പര ഇന്ത്യ തോറ്റെങ്കിലും ഗാംഗുലിയാണ് ഈ പരമ്പരയിൽ ഇന്ത്യയ്ക്കു വേണ്ടി കൂടുതൽ റൺസുകൾ നേടിയത്. 
ടെസ്റ്റിലെ മികച്ച പ്രകടനത്തോടെ ഏകദിന ടീമിലേക്കും തിരിച്ചു വിളിക്കപ്പെട്ട ഗാംഗുലി വെസ്റ്റ് ഇൻഡീസ് , ശ്രീലങ്ക എന്നിവർക്കെതിരായ ഏകദിന ടൂർണമെന്റുകളിൽ സ്ഥാനം പിടിച്ചു.രണ്ടു വർഷത്തിനിടയിൽ നടന്ന തന്റെ ആദ്യ ഏകദിന ഇന്നിംഗ്സിൽ, വെസ്റ്റ് ഇൻഡീസിനെതിരെ നേടിയ 98 റൺസ് ഇന്ത്യയെ വിജയത്തിലേക്ക് നയിച്ചു. രണ്ടു പരമ്പരകളിലും മികച്ച പ്രകടനം കാഴ്ചവച്ച ഗാംഗുലിയുടെ ശരാശരി 70 റൺസായിരുന്നു.അതു പോലെ ശ്രീലങ്കയ്ക്കെതിരായ പരമ്പരയിലെ മാൻ ഓഫ് ദ സീരീസ് പുരസ്കാരവും ഗാംഗുലിയ്ക്കായിരുന്നു.

2007 ലോകകപ്പിനുള്ള ഔദ്യോഗിക ടീമിൽ ഇടം പിടിച്ച ഗാംഗുലി ബംഗ്ലാദേശിനെതിരായ ആദ്യ റൗണ്ട് പോരാട്ടത്തിനൊടുവിൽ പുറത്തായ ഇന്ത്യക്ക് വേണ്ടി ഏറ്റവും റൺസ് നേടിയ താരമായിരുന്നു. ലോകകപ്പിലെ ഗ്രൂപ് സ്റ്റേജിലെ പുറത്താക്കിയതിനു ശേഷം ഇന്ത്യൻ ടീമിലെ ചില അംഗങ്ങളും ചാപ്പലും തമ്മിലുള്ള വിള്ളലിനെക്കുറിച്ചുള്ള റിപ്പോർട്ടുകൾ പുറത്തു വന്നു. വേഗത്തിൽ സ്കോർ ചെയ്യാനുള്ള ടീം മാനേജ്മെൻറിൻറെ നിർദ്ദേശങ്ങൾ ഗാംഗുലി ശ്രദ്ധിച്ചില്ല എന്ന് ആരോപണമുയർന്നു.കോച്ച് ഞങ്ങളുടെ മനോഭാവത്തെ ചോദ്യം ചെയ്തതാണ് ടീമിനെ ഏറ്റവും അധികം വേദനിപ്പിക്കുന്നതെന്ന സച്ചിന്റെ പരാമർശത്തെ തുടർന്ന്. ചാപ്പൽ തന്റെ കരാർ പുതുക്കാതെ വ്യക്തിപരമായ കാരണങ്ങൾ ചൂണ്ടിക്കാണിച്ച് ഇന്ത്യൻ ടീമിന്റെ പരിശീലക സ്ഥാനം ഉപേക്ഷിക്കുകയും ചെയ്തു.2007 ഡിസംബർ 12 ന് ഗാംഗുലി പാകിസ്താനെതിരെ കളിക്കുമ്പോൾ തന്റെ കരിയറിലെ ആദ്യ ഇരട്ട സെഞ്ച്വറി ആയി പരമ്പരയിലെ മൂന്നാം ടെസ്റ്റിന്റെ ആദ്യ ഇന്നിംഗ്സിൽ അദ്ദേഹം 239 റൺസ് നേടി.ഈ മത്സരത്തിൽ അഞ്ചാം വിക്കറ്റിൽ യുവരാജ് സിംഗിനൊപ്പം ചേർന്ന് 300 റൺസാണ് ഇവർ കൂട്ടിച്ചേർത്തത്. 2007 ൽ ടെസ്റ്റ്, ഏകദിന മത്സരങ്ങളിൽ ഗാംഗുലി മികച്ച പ്രകടനമാണ് കാഴ്ചവച്ചത്. 2007 ൽ ടെസ്റ്റ് മത്സരങ്ങളിൽ ജാക്ക് കാലീസിനു പിറകിൽ ഏറ്റവും കൂടുതൽ റൺസ് നേടിയ രണ്ടാമത്തെ ഉയർന്ന വ്യക്തിഗത സ്കോററായ ഗാംഗുലി  61.44 ശരാശരിയിൽ (മൂന്ന് സെഞ്ചറിയും നാല് അർദ്ധ സെഞ്ചറിയും അടക്കം) 1106 റൺസ് നേടി. 2007 ൽ ഏകദിനത്തിൽ ഏറ്റവും കൂടുതൽ റൺസ് നേടിയ അഞ്ചാമത്തെ കളിക്കാരനുമായിരുന്ന ഗാംഗുലി 44.28 ശരാശരിയോടെ 1240 റൺസാണ് ആ വർഷം നേടിയത്.

1972-1989: ആദ്യകാല ജീവിതവും ക്രിക്കറ്റും
2008-2012: അന്താരാഷ്ട്ര ക്രിക്കറ്റിൽ നിന്നുള്ള വിരമിക്കൽ, ഐപിഎൽ
2006-07: ഗ്രെഗ് ചാപ്പലുമായിട്ടുള്ള തർക്കം, തിരിച്ചുവരവ്
2000-05: നായകനായിട്ടുള്ള സ്ഥാനാരാഹോണവും വിജയവും