520 ആയപ്പോൾ 40 വയസ്സുള്ള ബോത്തിയസ് ഭരണത്തിലും നീതിന്യായവ്യവസ്ഥയിലേയും ഏറെ അധികാരങ്ങളുള്ള "മജിസ്റ്റർ ഒഫിസിയോറം" എന്ന പദവിയിൽ എത്തിയിരുന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ രണ്ടുമക്കളും കോൺസൽ സ്ഥാനത്തേക്ക് ഉയർത്തപ്പെട്ടതും പിതാവിന്റെ പദവി വ്യക്തമാക്കി.
എന്നാൽ 523-ൽ ബൈസന്റൈൻ ചക്രവർത്തി ജസ്റ്റിൻ ഒന്നാമനുമായി രഹസ്യസമ്പർക്കം പുലർത്തിയെന്ന സംശയത്തിൽ തിയൊഡോറിക്ക് ബോത്തിയസിനെ രാജ്യദ്രോഹം ആരോപിച്ച് അറസ്റ്റ് ചെയ്യിച്ചു. ജസ്റ്റിന്റെ യാഥാസ്ഥിതിക ക്രിസ്തുമതവും തിയൊഡോറിക്കിന്റെ ആരിയൻ വിശ്വാസവും തമ്മിലുള്ള അന്തരം അവർക്കിടയിലെ രാഷ്ടീയ ശത്രുത വർദ്ധിപ്പിച്ചിരുന്നു. ശത്രുക്കളുടെ അപവാദപ്രചരണമാണ് തന്റെ വീഴ്ചക്ക് കാരണമായി ബോത്തിയസ് പറയുന്നത്. പലവഴിക്കും അപകടം ഭയന്ന തിയൊഡോറിക്ക്, ഭൂവുടമകളായ ഉപരിവർഗ്ഗത്തിൽ നിന്ന് വേറേ ചിലരേയും കൂടി അറസ്റ്റു ചെയ്തു വധശിക്ഷ നൽകി. തിയൊഡോറിക്കിന്റെ പിൻഗാമിയായി പ്രഖ്യാപിക്കപ്പെട്ടിരുന്ന യൂത്താറിക്കിന്റെ അകാലചരമത്തെ തുടർന്ന് പിന്തുടർച്ചയെ സംബന്ധിച്ചുണ്ടായ തർക്കങ്ങളിൽ ബോത്തിയസ് എടുത്ത നിലപാടും ചക്രവർത്തിക്ക് അനിഷ്ടകരമായി എന്നു കരുതണം. 
യഥാർത്ഥകാരണം എന്തുതന്നെ ആയിരുന്നാലും അധികാരവും പദവികളും സ്വത്തും എല്ലാം നഷ്ടമായ ബോത്തിയസ് ഇറ്റലിയിലെ പാവിയയിൽ തടവിലായി. അടുത്ത വർഷം 44 വയസ്സുള്ളപ്പോൾ അദ്ദേഹത്തെ വധിച്ചു. എങ്ങനെയായിരുന്നു വധം എന്ന കാര്യത്തിൽ തർക്കമുണ്ട്; കോടാലിയോ വാളോ കൊണ്ട് വെട്ടിയോ ഗദ കൊണ്ട് അടിച്ചോ ആയിരുന്നിരിക്കാം അദ്ദേഹത്തെ വധിച്ചത്. ബോത്തിയസിന്റെ ഭൗതികാശരീരം പാവിയയിലെ "സുവർണ്ണാകാശത്തിലെ പത്രോസ്" പള്ളിയിൽ അടക്കം ചെയ്തു.

'വിശുദ്ധൻ'
പാഠപുസ്തകങ്ങൾ
ക്രിസ്തുമതവും ബോത്തിയസും
പിൽക്കാലജീവിതം