സി.പി.എമ്മിന്റെ തുടക്ക കാലം വളരെ ബുദ്ധിമുട്ടുകൾ നിറഞ്ഞതായിരുന്നു. കേരളത്തിലും ബംഗാളിലും ബിഹാറിലും നിരവധി പ്രവർത്തകരെയും നേതാക്കളെയും സമരങ്ങളുടെയും മറ്റു പ്രവർത്തനങ്ങളുടെയും പേരിൽ പോലീസ് ജയിലിൽ അടച്ചു . പാർട്ടിയുടെ കൽക്കട്ട കോൺഗ്രസ്സിന്റെ സമയത്ത് പല പ്രമുഖ നേതാക്കളേയും വിചാരണ കൂടാതെ ജയിലിലടക്കുകയുണ്ടായി. കൽക്കട്ടയിലെ പൊതുഗതാഗത സംവിധാനമായ ട്രാംവേയുടെ നിരക്കു വർദ്ധനക്കെതിരേയും, ഭക്ഷ്യവിലവർദ്ധനക്കെതിരേയും ജനകീയ സമരങ്ങളിൽ പങ്കെടുത്ത നേതാക്കളെ പോലീസ് അറസ്റ്റ് ചെയ്തു ജയിലിലടച്ചു . അതുപോലെ തന്നെ 1965 ൽ കേരളത്തിൽ പാർട്ടിയുടെ നേതാക്കളെ കൂട്ടമായി അറസ്റ്റുചെയ്തു ജയിലിലാക്കുകയുണ്ടായി. ഓഗസ്റ്റ് 9, 1965 ൽ ബീഹാറിലെ കോൺഗ്രസ്സ് സർക്കാരിനെതിരേ സമരം ചെയ്ത സി.പി.ഐ(എം) പ്രവർത്തകരെ പോലീസ് മൃഗീയമായി വേട്ടയാടി. ജയിലിൽ നിന്നും വിട്ടയക്കപ്പെട്ട ആന്ധ്രപ്രദേശ് നേതാവായ പി. സുന്ദരയ്യ പിന്നീട് ചികിത്സക്കായി മോസ്ക്കോയിലേക്കു പോവുകയുണ്ടായി. സെപ്തംബർ 1965 മുതൽ ഫെബ്രുവരി 1966 വരെയുള്ള കാലഘട്ടത്തിൽ സുന്ദരയ്യ ആശുപത്രിയിലായിരുന്നു..
1964 ന്റെ അവസാന കാലത്ത് പാർട്ടിയുടെ കേന്ദ്ര കമ്മിറ്റി തൃശ്ശൂരിൽ വെച്ചു കൂടുവാൻ തീരുമാനിച്ചിരുന്നുവെങ്കിലും, നേതാക്കൾക്കെതിരേ നടന്ന അറസ്റ്റ് നടപടികാരണം ആ തീരുമാനം ഉപേക്ഷിക്കുകയാണുണ്ടായത്. പിന്നീട് പാർട്ടിയുടെ ആദ്യ കേന്ദ്ര കമ്മിറ്റി 1966 ജൂണിൽ ചേർന്നു. അവിടെ വെച്ച് ബംഗാൾ രാഷ്ട്രീയത്തിൽ മറ്റു രാഷ്ട്രീയ പാർട്ടികളുമായി സഖ്യം രൂപീകരിക്കുവാൻ തീരുമാനിക്കുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ ഈ രാഷ്ട്രീയ ബന്ധത്തിൽ നിന്ന് രാഷ്ട്രീയസ്വയംസേവക് സംഘിനോട് പ്രതിപത്തിയുള്ള ജനസംഘ് എന്ന പാർട്ടിയേയും, ചക്രവർത്തി രാജഗോപാലാചാരിയുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സ്വതന്ത്രതപാർട്ടിയേയും ഒഴിവാക്കിയിരുന്നു. ഈ തീരുമാനത്തെ ചൈന, അൽബേനിയ, ന്യൂസീലാൻഡ് എന്നിവിടങ്ങളിലെ കമ്യൂണിസ്റ്റ് ഘടകങ്ങൾ എതിർത്തതിനെ തുടർന്ന് അതേ വർഷം ഒക്ടോബറിൽ ജലന്ധറിൽ വെച്ചു നടന്ന ദേശീയ കൗൺസിൽ ഈ നിലപാട് മാറ്റി, ഇടതു ചിന്താഗതികളുള്ള പാർട്ടികളുമായി മാത്രമേ സഖ്യത്തിൽ ഏർപ്പെടുകയുള്ളൂ എന്ന് തീരുമാനിച്ചു .

നന്ദിഗ്രാം പ്രശ്നം
തിരഞ്ഞെടുപ്പ് ചിഹ്നം
കേരള നിയമസഭ 1969
ആദ്യ കാലം