ഉത്തരമലബാർ മേഖലയിലെ ഉന്നതവിദ്യാഭ്യാസ വികാസത്തിന് പ്രാമുഖ്യം ​നൽകി കൊണ്ട് 1995-ൽ "മലബാർ സർവകലാശാല" എന്ന പേരിൽ ഗവർണർ വിജ്ഞാപനം ​ചെയ്ത്, പിന്നീട് "കണ്ണൂർ സർവകലാശാല എന്ന നാമത്തിൽ 1996-ൽ സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടു.
കണ്ണൂർ ജില്ലയിലെ മാങ്ങാട്ട്പറമ്പാണ് (കന്യാകുമാരി - പൻവേൽ(NH-66) ദേശീയപാതയ്ക്ക് സമീപം)സർവകലാശാലയുടെ ആസ്ഥാനം​.
കണ്ണൂർ - കാസർഗോഡ് റവന്യൂജില്ലകളും വയനാട് ജില്ലയിലെ മാനന്തവാടി താലൂക്കും കണ്ണൂർ സർവകലാശാലയുടെ അധികാരപരിധിയിൽ പെടുന്നു. 
തലശ്ശേരി, പയ്യന്നൂർ, നീലേശ്വരം​, മാനന്തവാടി, കാസർഗോഡ്, മാങ്ങാട്ട്പറമ്പ് എന്നിവിടങ്ങളിൽ സർവകലാശാല ക്യാമ്പസ് സൌകര്യം ​ഉണ്ട്.
കണ്ണൂർ സർവകലാശാല
കേരള കാർഷിക സർവകലാശാല
കേരളകലാമണ്ഡലം
മഹാത്മാഗാന്ധി സർവകലാശാല