ഭദ്രാസനം അങ്കമാലിയായിരുന്നതിനാൽ സൂനഹദോസ് അങ്കമാലിയിൽ വച്ചു നടത്താൻ ആയിരുന്നു ആദ്യം തീരുമാനിച്ചിരുന്നത്. എന്നാൽ അർക്കദിയോക്കാന് അങ്കമാലിയിൽ ഒരു വൻ നസ്രാണിപ്പട്ടാളം ഉണ്ടായിരുന്നത് ഇതിന് തടസ്സമായി കണക്കാക്കപ്പെട്ടു. അടിയന്തര സമയത്ത് പോർട്ടുഗീസ് പട്ടാളത്തിന് എത്തിച്ചേരുകയും ബുദ്ധിമുട്ടായതിനാൽ അതിന് തക്ക സ്ഥലമായി ഉദയം‍പേരൂർ പള്ളി മെനസിസ് തിരഞ്ഞെടുക്കുകയായിരുന്നു. 
1599 ജൂൺ 20 മുതൽ 26 വരെ നീണ്ടു നിന്ന ഇന്ത്യയിലെ ആദ്യത്തെ സൂനഹദോസിൽ 153 കത്തനാർമാരും 600 അൽമായരും പോർട്ടുഗീസ് പ്രതിനിധികൾ അടക്കം ആകെ 832 പേർ പങ്കെടുത്തു. ഈ സൂനഹദോസിനെ കുറിച്ച് ക്രൈസ്തവ ചരിത്രകാരന്മാരുടെ ഇടയിൽ ഇന്നും വ്യത്യസ്ത അഭിപ്രായങ്ങൾ നിലനിൽക്കുന്നു. ഇതിന് യഥാർത്ഥത്തിൽ മാർപാപ്പയുടെ അംഗീകാരമില്ലാത്തതിനാൽ ഇതിന് നിയമ സാധുതയില്ലാ എന്നാണ് ചിലർ വാദിക്കുന്നത്. തീരുമാനങ്ങൾ എകപക്ഷീയമായിരുന്നു എന്നുമാണ് അവർ കരുതുന്നത്. എന്നാൽ നിയമാനുസ്രണമായിരുന്നെന്നും അർക്കദിയോക്കാനടക്കം മലങ്കര സഭയുടെ പ്രമുഖ നേതാക്കന്മാരുടെ അഭിപ്രായങ്ങൾക്കനുസരിച്ചാണ് ഇതിലെ തീരുമാനങ്ങൾ നടത്തിയതെന്നും മറ്റൊരു കൂട്ടം പറയുന്നു. സൂനഹദോസിൽ വച്ച് പാഷാണ്ഡത ആരോപിക്കപ്പെട്ട എല്ലാ ആചാരരീതികൾ ഉപേക്ഷിക്കുകയും, ഗ്രന്ഥങ്ങൾ തീയിട്ട് നശിപ്പിക്കുകയും ലത്തീൻ ആരാധനാക്രമങ്ങൾ ഏർപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. പാഷാണ്ഡത ആരോപിക്കപ്പെട്ട മാർ സബോർ, മാർ അഫ്രോത്ത് എന്നിവരുടെ പേരിലുള്ള പള്ളികൾ എല്ലാം സകല വിശുദ്ധന്മാരുടെ പേരിലേയ്ക്ക് പുനർനാമകരണം ചെയ്യുകയും ചെയ്തു. ഉദയം‍പേരൂർ പള്ളി, അകപ്പറമ്പ് പള്ളി, കൊല്ലത്തെ തരിസാ പള്ളി എന്നിവ അക്കൂട്ടത്തിൽ പെടുന്നു.

അവസാനകാലം
ഗോവയിൽ
സൂനഹദോസിനു ശേഷം
ഉദയം‍പേരൂർ സൂനഹദോസ്