കുഷാനന്മാരുടെ ഭരണകാലം അവസാനിച്ചതിൽ പിന്നെ ഗുപ്തരാജവംശത്തിന്റെ കാലത്താണ് (4 മുതൽ 6 വരെ നൂറ്റാണ്ടുകളിൽ) മഹായാന ബുദ്ധമതം ഇന്ത്യയിൽ വീണ്ടും ശക്തി പ്രാപിച്ചത്. മഹായാ‍ന വിദ്യാ കേന്ദ്രങ്ങൾ ഈ കാ‍ലഘട്ടത്തിൽ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുകയുണ്ടായി. വടക്കു കിഴക്കൻ ഭാരതത്തിലെ അതിപ്രശസ്തവും, ചരിത്രഗതിയെ നിർണായകമായി സ്വാധീനിച്ചതും,ഏറ്റവും വലിയതുമായ ബുദ്ധമത സർവ്വകലാശാലയായ നളന്ദ ഇതിൽ പ്രമുഖമാണ്. നൂറ്റാണ്ടുകളോളം നിലനിന്നിരുന്ന ഈ മഹാവിദ്യാ കേന്ദ്രത്തിൽ നാഗാർജ്ജുനനെപ്പോലുള്ള പോലുള്ള പ്രശസ്തരായ ഒട്ടനവധി ഗുരുക്കന്മാരുണ്ടായിരുന്നു.ഗുപ്ത ബുദ്ധകല യുടെ സ്വാധീനം തെക്കു കിഴക്കൻ ഏഷ്യ മുതൽ ചൈന വരെ വ്യാപിച്ചിരുന്നു.
ഹൂണന്മാരുടെ അധിനിവേശവും അതിനു ശേഷം മിഹിർകുള യുടെ ക്രൂരമായ അടിച്ചമർത്തലിനെയുമൊക്കെ തുടർന്ന് ആറാം നൂറ്റാണ്ടോട് കൂടി ഭാരതത്തിൽ ബുദ്ധമതം ദുർബലമാക്കപ്പെട്ടു.

ഭാരതത്തിലുടനീളമുള്ള തന്റെ യാത്രയിൽ ആന്ധ്ര, ധന്യകടക, ദ്രാവിഡ എന്നിവിടങ്ങളിലൊക്കെ ബുദ്ധമതം പ്രചാരത്തിലുണ്ടായിരുന്നതായി കണ്ടിരുന്നുവെന്ന് ഹുയാൻസാങ്ങ് രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. ആധുനിക ഭാരതത്തിലെ ആന്ധ്രാപ്രദേശ്, തമിഴ്‌നാട് എന്നീ സംസ്ഥാനങ്ങളെയാണ് ഹുയാൻസാങ്ങ് സൂചിപ്പിച്ചത്. 
ആധുനിക നേപ്പാളിനു ചുറ്റുമുള്ള പ്രദേശങ്ങളിലെ ഉപേക്ഷിക്കപ്പെട്ട സ്തൂപങ്ങളെപറ്റിയും, ഗൗഡ സാമ്രാജ്യത്തിലെ (ആധുനിക പടിഞ്ഞാറൻ ബംഗാൾ) ശ്ശാങ്ക എന്ന രാജാവ് ബുദ്ധസന്യാസിമാരെ അടിച്ചമർത്തിയിരുന്നതിനെ പറ്റിയുമൊക്കെ വിവരിക്കുമ്പോൾ തന്നെ ഹർഷവർദ്ധനൻ ബുദ്ധമതത്തെ സംരക്ഷിച്ചിരുന്നതും ഹുയാൻസാങ്ങ് രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഹർഷവർദ്ധന ന്റെ സാമ്രാജ്യം അവസാനിച്ചതിനു ശേഷം രജപുത്ര സാമ്രാജ്യത്തിലേക്കു വഴി വച്ച ഒട്ടനവധി ചെറു സാമ്രാജ്യങ്ങൾ ഗംഗാതടങ്ങളിൽ വ്യാപകമായി രൂപവത്കരിക്കപ്പെട്ടു. ഇത് ബുദ്ധമത ഭരണ ഗോത്രങ്ങളുടെ അവസാനത്തിന് വഴി വച്ചു. മാത്രവുമല്ല പിന്നീട് ബംഗാൾ പ്രദേശത്തു രൂപം കൊണ്ട പലാ സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ ഉദയം വരെ, രാജസംരക്ഷണത്തിന്റെ സുരക്ഷിതത്വവും ബുദ്ധമതത്തിനു ലഭിച്ചിരുന്നില്ല.

മഹായാന ബുദ്ധമതം തുടർന്ന് 8 മുതൽ 12 നൂറ്റാണ്ട് വരെ വളർച്ച പ്രാപിക്കുകയും ഭൂട്ടാൻ, സിക്കിം എന്നിവിടങ്ങളിലേക്ക് പടരുകയും ചെയ്തു. പലാ സാമ്രാജ്യം ഹിന്ദു സേനാ സാമ്രാജ്യത്തിനു മുന്നിൽ അടിയറവു പറയുന്നതു വരെ ഈ വളർച്ച തുടർന്നു. പലാ ഭരണകാലം ഒട്ടനവധി ആരാധനാലയങ്ങളും ബുദ്ധകലയുടെ ഒരു വ്യതിരിക്തരൂപവും സൃഷ്ടിച്ചിരുന്നു. പലയിടങ്ങളിലും ബുദ്ധമതം ജൈനമതത്തിനും ഹിന്ദുവിശ്വാസങ്ങൾക്കും വഴിമാറിക്കൊടുത്തിരുന്നതായി ഹുയാൻസാങ്ങ് നിരീക്ഷിച്ചിട്ടുണ്ട് പത്താം നൂറ്റാണ്ടോടു കൂടി ബംഗാളിലെ പലാ സാമ്രാജ്യത്തിനു പുറത്ത് ബുദ്ധമതം വലിയ തകർച്ചയെ നേരിടുകയും ഹൈന്ദവ വിശ്വാസങ്ങൾ ശക്തിപ്രാപിക്കുകയും ചെയ്തു. വൈഷ്ണവ ഹൈന്ദവതയിൽ ബുദ്ധൻ വിഷ്ണുവിന്റെ ഒൻപതാം അവതാരമാണെന്ന സങ്കൽപ്പം ഇക്കാലത്ത് ഉരുത്തിരിഞ്ഞു വന്നു. 
ഇന്ത്യയിൽ ബുദ്ധമതത്തിന്റ്റെ തകർച്ചയ്ക്ക് ആക്കം കൂട്ടിയ ഒരു നാഴികക്കല്ലാണ് 1193 ൽ മുഹമ്മദ് ഖിൽജിയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ തുർക്കിയിൽ നിന്നു വന്ന ഇസ്ലാം ആക്രമണകാരികൾ നളന്ദ ചുട്ടുകരിച്ചത്. പന്ത്രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ ഒടുക്കത്തോടെ ബൌദ്ധന്മാരുടെ ശക്തികേന്ദ്രമായിരുന്ന ബീഹാറിലും മറ്റും ഇസ്ലാമിക മുന്നേറ്റമുണ്ടായതും, രാഷ്ട്രീയ സ്വാധീനം നഷ്ടപ്പെട്ടതും സാമൂഹികവും ജാതീയവുമായ സമ്മർദ്ദങ്ങളും എല്ലാം ബുദ്ധമതം വടക്ക് ഹിമാലയ താഴ്വാരങ്ങളിലേക്കും തെക്ക് ശ്രീലങ്കയിലേക്കും ചുരുങ്ങുന്നതിന് കാരണമായിത്തീർന്നു. അതു പോലെ ഹിന്ദുമത നവോത്ഥാന പ്രസ്ഥാനങ്ങളായ അദ്വൈതവും ഭക്തിപ്രസ്ഥാനവും, സൂഫിമാരുടെ സേവന പ്രവർത്തനങ്ങളുമൊക്കെ ബുദ്ധമതത്തിന്റെ പ്രഭാവം ഇല്ലാതാക്കുന്നതിൽ പ്രധാന പങ്കു വഹിച്ചു.

ഗ്രീക്ക്-ബുദ്ധമത സമ്പർക്കം
ഭാരതം
ഥേർവാദ നവോത്ഥാനം (ക്രിസ്തുവർഷം പതിനൊന്നാം നൂറ്റാണ്ടു മുതൽ)
ശുംഗവംശത്തിന്റെ ഉദയം (ക്രി മു രണ്ടാം നൂറ്റാണ്ട് - ഒന്നാം നൂറ്റാണ്ട്)