പ്രശ്നങ്ങൾ പരിഹരിക്കുവാനായി മാനുവൽ ഒന്നാമന്റെ നിർദ്ദേശപ്രകാരം 1502 ജനുവരി 10-ന്‌ രണ്ടാം ദൌത്യവുമായി ഗാമ വീണ്ടും ഇന്ത്യയിലെയ്ക്ക് പുറപ്പെട്ടു. ഗാമയെ പേർഷ്യ, അറേബ്യ, ഇന്ത്യ എന്നീ സമുദ്രങ്ങളുടെ അഡ്മിറലായി നിയമിച്ചിരുന്നു. ഇത്തവണ സായുധസേനാ ബലം കൂടുതൽ ആയിരുന്നു സംഘത്തിൽ.നാവികവ്യൂഹത്തിൽ 15 കപ്പലുകളും എണ്ണൂറു സൈനികരുമുണ്ടായിരുന്നു. ഗാമയുടെ മരുമകൻ എസ്തെവായോ, അമ്മാവൻ വിൻസെൻറ് സൊദ്രേ എന്നിവരും സംഘത്തിൽ ഉണ്ടായിരുന്നു കബ്രാൾ ഇത്രയും കാലം കൊണ്ട് കേരളത്തിൽ തുടങ്ങി വച്ച പോർത്തുഗീസ് സ്ഥാപനങ്ങളുടെ സം‍രക്ഷണം ആയിരുന്നു അവരുടെ പ്രധാന ലക്ഷ്യം. വരുന്ന വഴിക്ക് കിഴക്കൻ ആഫ്രിക്കയിൽ ഖിൽവായിലെ ഷേയ്ക്കിനെ സന്ദർശിച്ച് കപ്പപ്പണം സമാഹരിച്ചു. ഇത്തവണത്തെ വരവ് അതിക്രൂരമായാണ് ഗാമ നിർവ്വഹിച്ചത്. കോഴിക്കോടിനടുത്ത് നിരവധി കപ്പലുകൾ കൊള്ളയടിച്ചു, പലതും നശിപ്പിച്ചു. കണ്ണൂരിലെത്തി കോലത്തിരിയുമായി വ്യാപാരക്കരാറിലേർപ്പെട്ടു. ചരക്കുകൾ കയറ്റി തിരിച്ചു പോകുന്ന വഴിക്ക് മൂറുകൾ വൻ കപ്പൽ വ്യൂഹവുമായി ആക്രമിച്ചെങ്കിലും ഗാമയുടെ സാമർത്ഥ്യം മൂലം വിജയം പോർട്ടുഗീസുകാർക്കായിരുന്നു. പല കപ്പലുകളും നശിപ്പിക്കുകയും കൊച്ചിയിലേയ്ക്ക് കൊണ്ടുവരുകയും ചെയ്തു. പട്ടാളക്കാരെ കൊച്ചിയിൽ ഇറക്കി ഗാമ വീണ്ടും പോർട്ടുഗലിലേയ്ക്ക് തിരിച്ചു പോയി. പോകുന്നവഴിക്ക് മക്കയിലേയ്ക്ക് തീർത്ഥാടനത്തിനു പോയിക്കൊണ്ടിരുന്ന മേറി എന്ന കപ്പൽ മുക്കി അതിലെ യാത്രക്കരെ കൊല്ലുകയും ചെയ്തു. ചരിത്രാതീതകാലം മുതൽ അഭംഗുരമായി തുടർന്ന ഇന്ത്യൻ സമുദ്രവ്യാപാരത്തിന്‌ ആദ്യാമായ് കളങ്കം ചാർത്തിയ സംഭവം അതായിരുന്നു. അതോടെ ഇന്ത്യയുടെ ചരിത്രത്തിലെ പുതിയ നാഴികക്കല്ല് പിറന്നു. 

വൈസ്റേയി എന്ന നിലയിൽ ഗാമയുടെ രണ്ടാം വരവ് അത്യന്തം വിജയകരമായിരുന്നു. 29 എണ്ണമുള്ള കപ്പൽ വ്യൂഹം അദ്ദേഹം നശിപ്പിക്കുകയും ഒട്ടനവധി നാടുവാഴികളുമായി സന്ധിയിൽ ഏർപ്പെട്ട് വ്യാപാരം മെച്ചപ്പെടുത്തി. ഒരു ദശലക്ഷം സ്വർണ്ണം മതിപ്പുള്ള ചരക്കുകൾ കൊണ്ടുവരികയും ചെയ്തു. 

മാനുവൽ രാജാവ് ഇത്തവണയും ബഹുമതികൾ കൊണ്ട് അദ്ദേഹത്തെ ആദരിച്ചു. ഇത്തവണ സിനെസിനു പകരം വിദിഗ്വിരയും ഫ്രാദേസ് വില്ലയും അദ്ദേഹത്തിന് നൽകപ്പെട്ടു. 1519 ൽ അദ്ദേഹത്തിന് കോണ്ടേസ് ഡി വിദിഗ്വിര എന്ന സ്ഥാനം നൽകി ആദരിച്ചു. അന്നു മുതൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെയും കുടുംബത്തിന്റെയും പേരിനും മുന്നിൽ ഡോം (പ്രഭു, Lord) എന്ന സംജ്ഞ ചേർക്കപ്പെടുകയും രാജകീയ രക്തമില്ലാത്ത അദ്യത്തെ പ്രഭു കുടുംബമായി മാറുകയും ചെയ്തു.

മൂന്നാം ദൗത്യം
ജനനം
കിഴക്കൻ ആഫ്രിക്കയിൽ
ഗാമയുടെ രണ്ടാം ദൗത്യം