തെക്കുംകൂർ രാജവംശവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടുകിടക്കുന്ന ഒരു കഥയാണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഉത്പത്തിയ്ക്കുപിന്നിൽ. കൊട്ടാരത്തിൽ ശങ്കുണ്ണി തന്റെ പ്രസിദ്ധ കൃതിയായ ഐതിഹ്യമാലയിൽ പരാമർശിച്ചിട്ടുള്ള കഥയാണിത്. അതിങ്ങനെ:

ഒരിയ്ക്കൽ, തൃശ്ശിവപ്പേരൂർ വടക്കുംനാഥനോട് അഗാധമായ ഭക്തിയുണ്ടായിരുന്ന ഒരു തെക്കുംകൂർ രാജാവുണ്ടായിരുന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ രാജധാനിയ്ക്കടുത്ത് അന്ന് തളിക്കോട്ട ക്ഷേത്രമുണ്ടായിരുന്നു. അവിടെ അദ്ദേഹം നിത്യവും പോയി തൊഴുകയും ചെയ്തിരുന്നു. എന്നാൽ, വടക്കുംനാഥനെ മാസത്തിലെ ആദ്യത്തെ തിങ്കളാഴ്ച തൃശ്ശൂരിൽ പോയിത്തൊഴുതില്ലെങ്കിൽ അദ്ദേഹത്തിന് തൃപ്തിയാകുമായിരുന്നില്ല. ഇന്നത്തെപ്പോലെ വാഹനസൗകര്യമില്ലാത്ത അക്കാലത്ത് തോണിയിലും നടന്നുമാണ് അദ്ദേഹം പോയിരുന്നത്. ഏകദേശം മൂന്നുദിവസമെടുക്കുമായിരുന്നു അന്ന് കോട്ടയത്തുനിന്നും തൃശ്ശൂരിലെത്താൻ. എന്നാൽ, തമ്പുരാന് പ്രായമായതോടെ വടക്കുംനാഥനെ പോയിത്തൊഴാൻ നിർവ്വാഹമില്ലാതെയായി. അദ്ദേഹം മനമുരുകി വടക്കുംനാഥനോട് പ്രാർത്ഥിച്ചു. ഭഗവാൻ അദ്ദേഹത്തിനുമുന്നിൽ പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ട് തമ്പുരാൻ തന്നെത്തേടി ഇനി തൃശ്ശൂർ വരെ വരേണ്ടെന്നും തമ്പുരാന്റെ നാട്ടിൽ തന്നെ താൻ കുടികൊള്ളുന്നതാണെന്നും അരുൾ ചെയ്തു. അങ്ങനെ, രാജാവ് നാട്ടിലേയ്ക്ക് മടങ്ങി. മടങ്ങുംവഴി വൈക്കത്തും അദ്ദേഹം വന്നു. അവിടെ ദർശനം നടത്തുന്ന സമയത്ത് അദ്ദേഹം ഒരു ദരിദ്രബ്രാഹ്മണനെ കണ്ടു. ദേഹമാസകലം ഭസ്മം പൂശി, രുദ്രാക്ഷമാലകൾ ധരിച്ച്, താടിയും മുടിയും നീട്ടിവളർത്തിയ ആ മഹാബ്രാഹ്മണനെ കണ്ട തമ്പുരാൻ ഉടനെ അദ്ദേഹത്തിനടുത്തെത്തി. അദ്ദേഹം ഇങ്ങനെ പറഞ്ഞു: ഇതറിഞ്ഞ തമ്പുരാൻ നമ്പൂതിരിയോട് തന്റെ കൂടെ വന്നാൽ എല്ലാം ശരിയാക്കിത്തരാമെന്ന് പറഞ്ഞു. അങ്ങനെ നമ്പൂതിരി തമ്പുരാനോടൊപ്പം തളിക്കോട്ടയിൽ താമസമാക്കി. അടുത്ത ഭജനദിവസത്തിനുള്ള ദിവസമാകാറായപ്പോൾ ചില രാജഭടന്മാർ പ്രതിനിധിയെ വിട്ട് വടക്കുംനാഥന് വഴിപാട് നടത്തിയ്ക്കാൻ തമ്പുരാനോട് പറഞ്ഞു. എന്നാൽ, അദ്ദേഹത്തിനത് ഇഷ്ടമായില്ല. ഒരു ദിവസം രാത്രിയിൽ തമ്പുരാന് ഭഗവാന്റെ സ്വപ്നദർശനമുണ്ടായി. ഭഗവാൻ അതിൽ അദ്ദേഹത്തോട് ഇങ്ങനെ പറഞ്ഞു: 

ഇന്ന് ക്ഷേത്രമിരിയ്ക്കുന്ന നക്കരക്കുന്ന്, അന്ന് കാടുപിടിച്ചുകിടക്കുകയായിരുന്നു. വന്യജന്തുക്കൾ അതുവഴി സ്വൈരവിഹാരം നടത്തിപ്പോന്നു. ആനയെ തളയ്ക്കാനായി ഈ കാട് ഉപയോഗിച്ചിരുന്നുവെന്നും, അതുവഴി 'ആനക്കരക്കുന്ന്' എന്ന് സ്ഥലത്തിന് പേരുവന്നുവെന്നും അതാണ് നക്കരക്കുന്നായതെന്നുമാണ് വിശ്വാസം. അക്കാലത്ത് ക്ഷേത്രത്തിന് വടക്കുകിഴക്കുഭാഗത്ത് ഒരു സ്വാമിയാരുമഠമുണ്ടായിരുന്നു. അവിടത്തെ ചില പണിക്കാർ ഒരുദിവസം കാടുതെളിയ്ക്കാനായി കുന്നിലെത്തിയപ്പോൾ മൂർച്ച കൂട്ടാനായി അടുത്തുകണ്ട ഒരു കല്ലിൽ തങ്ങളുടെ അരിവാളുകൾ ഉരച്ചു. അപ്പോൾ ആ കല്ലിൽ നിന്ന് രക്തപ്രവാഹമുണ്ടായി. അവർ ഉടനെ പ്രശ്നം വച്ചുനോക്കി. സ്വയംഭൂവായ ഒരു ശിവലിംഗത്തിൽ നിന്നാണ് രക്തപ്രവാഹമുണ്ടാകുന്നതെന്ന് അവർ കണ്ടെത്തി. തുടർന്ന് രാജധാനിയിലേയ്ക്ക് ഓടിപ്പോയ അവർ രാജാവിനെയും വിവരമറിയിച്ചു. അദ്ദേഹം ഭടന്മാർക്കൊപ്പം സന്തോഷാധിക്യത്താൽ ശിവലിംഗത്തിനടുത്തേയ്ക്ക് നടന്നുവന്നു. അപ്പോഴേയ്ക്കും കാട് മുഴുവൻ വെട്ടിത്തെളിച്ചിരുന്നു. സ്വപ്നത്തിൽ കണ്ടപോലെ അവിടെ ശിവലിംഗത്തിന് നേരെമുന്നിൽ നന്തിയും പിന്നിൽ അല്പം ഇടതുമാറി വെളുത്ത ചെത്തിച്ചെടിയുമുണ്ടായിരുന്നു. തമ്പുരാന്റെ കണ്ണിൽ നിന്ന് ആനന്ദാശ്രുക്കൾ പൊഴിഞ്ഞു. അദ്ദേഹം, തന്റെ രാജ്യത്തെയും പ്രജകളെയുമെല്ലാം ഭഗവദ്പാദങ്ങളിൽ സമർപ്പിയ്ക്കുന്നതായി പ്രഖ്യാപിച്ചു. തുടർന്ന്, തന്റെ രാജ്യത്തെ ഏറ്റവും വലിയൊരു ക്ഷേത്രം തമ്പുരാൻ അവിടെ തന്റെ ഇഷ്ടദേവന് പണികഴിപ്പിച്ചു. നാലുഭാഗത്തും ഗോപുരങ്ങൾ, കൂത്തമ്പലം, ശ്രീകോവിൽ, ഉപദേവതാലയങ്ങൾ, നമസ്കാരമണ്ഡപം - അങ്ങനെ മഹാക്ഷേത്രലക്ഷണങ്ങളെല്ലാം ഒത്തിണങ്ങിയ ഒരു ക്ഷേത്രമായിരുന്നു അത്. പേരേപ്പറമ്പ് നമ്പൂതിരിയെ അവിടത്തെ ശാന്തിക്കാരനാക്കി. തരണനല്ലൂർ നമ്പൂതിരിയായിരുന്നു തന്ത്രി. തുടർന്ന്, തമ്പുരാൻ അവിടെ വന്നുതൊഴുത് മുക്തിയടഞ്ഞു. 

ക്ഷേത്ര ഉത്പത്തി
ഐതിഹ്യം
ക്ഷേത്രനിർമ്മിതി
ശ്രീ തിരുനക്കരഭഗവാൻ (ശിവൻ)