2009 യുവേഫ സൂപ്പർ കപ്പ് ജയിച്ചതിനു ശേഷം, താൻ കണ്ടിട്ടുള്ള ഏറ്റവും മികച്ച കളിക്കാരൻ മെസ്സിയാണെന്ന് ബാർസലോണയുടെ മാനേജറായ ജൊസെപ് ഗാർഡിയോള പറഞ്ഞു. സെപ്റ്റംബർ 18 ന് മെസ്സി ബാർസലോണയുമായി പുതിയ കരാറിലൊപ്പിട്ടു. 2016 വരെയുള്ള ആ കരാറനുസരിച്ച് അദ്ദേഹത്തിന്റെ വില €250 മില്ല്യണും വാർഷികവരുമാനം €9.5 മില്ല്യണിന് അടുത്തുമായിരുന്നു. ഇതോടെ അദ്ദേഹം സ്ലാട്ടൻ ഇബ്രാഹിമോവിച്ചിനൊപ്പം ലാ ലിഗയിലെ ഏറ്റവും കൂടുതൽ പ്രതിഫലം ലഭിക്കുന്ന താരമായി മാറി. നാല് ദിവസങ്ങൾക്ക് ശേഷം, സെപ്റ്റംബർ 22 ന് റേസിംഗ് സന്റാന്ററുമായി ലാ ലിഗയിൽ നടന്ന മത്സരത്തിൽ അദ്ദേഹം രണ്ട് ഗോളുകൾ നേടുകയും ഒരു ഗോളിന് വഴിവെക്കുകയും ബാർസലോണ ആ മത്സരം 4-1 ന് സ്വന്തമാക്കുകയും ചെയ്തു. സെപ്റ്റംബർ 29 ന് ഡൈനാമോ കീവിനെതിരായ മത്സരത്തിൽ അദ്ദേഹം ആ സീസണിലെ തന്റെ ആദ്യ യൂറോപ്യൻ ഗോൾ നേടുകയും ബാർസലോണ 2-0 ന് വിജയിക്കുകയും ചെയ്തു. കാമ്പ് ന്യൂവിൽ നടന്ന മത്സരത്തിൽ റയൽ സരഗോസക്കെതിരെ ബാർസലോണ 6-1 ന് ജയിച്ച മത്സരത്തിൽ മെസ്സി ഗോൾ നേടുകയും ലാ ലിഗയിലെ തന്റെ സമ്പാദ്യം ഏഴ് മത്സരങ്ങളിൽ നിന്നും ആറ് ഗോളാക്കി ഉയർത്തുകയും ചെയ്തു.

2009 ഡിസംബർ 1 ന് 2009 ലെ യൂറോപ്യൻ ഫുട്ബോളർ ഓഫ് ദ ഇയർ ആയി മെസ്സി തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. രണ്ടാമതെത്തിയ ക്രിസ്റ്റ്യാനോ റൊണാൾഡോയെ ചരിത്രത്തിലെ ഏറ്റവും വലിയ വ്യത്യാസത്തിന് (473-233) പിന്നിലാക്കിക്കൊണ്ടാണ് മെസ്സി ഈ നേട്ടം കരസ്ഥമാക്കിയത്. അതിനു ശേഷം, ഫ്രാൻസ് ഫുട്ബോൾ മാഗസിൻ, മെസ്സി ഇങ്ങനെ പറഞ്ഞതായി രേഖപ്പെടുത്തി: "ഞാനിത് എന്റെ കുടുംബത്തിനായി സമർപ്പിക്കുന്നു. എനിക്ക് അവരെ വേണ്ടപ്പോഴെല്ലാം അവരുടെ സാന്നിധ്യം എന്നോടൊപ്പമുണ്ടായിരുന്നു."
ഡിസംബർ 19 ന് 2009 ഫിഫ ക്ലബ്ബ് ലോകകപ്പിൽ എസ്റ്റുഡിനേറ്റ്സുമായി അബു ദാബിയിൽ നടന്ന കലാശപ്പോരാട്ടത്തിൽ മെസ്സിയാണ് ബാഴ്സലോണയുടെ വിജയഗോൾ കുറിച്ചത്. ആ വർഷത്തിൽ ക്ലബ്ബിന്റെ ആറാമത് കിരീടമായിരുന്നു അത്. രണ്ട് ദിവസത്തിനു ശേഷം, ക്രിസ്റ്റ്യാനോ റൊണാൾഡോയേയും സാവിയേയും കക്കായേയും ആന്ദ്രേ ഇനിയേസ്റ്റയേയും പിന്നിലാക്കിക്കൊണ്ട് ഫിഫ വേൾഡ് പ്ലെയർ ഓഫ് ദി ഇയർ പുരസ്കാരം മെസ്സി കരസ്ഥമാക്കി. ആദ്യമായായിരുന്നു മെസ്സി ഈ പുരസ്കാരം കരസ്ഥമാക്കിയത്. ഇതോടെ ഈ പുരസ്കാരം ലഭിക്കുന്ന ആദ്യ അർജന്റീനക്കാരനായി മെസ്സി മാറി. 2010 ജനുവരി 10ന് സി ഡി ടെനറിഫുമായി നടന്ന മത്സരത്തിൽ മെസ്സി 2010 ലേയും ആ സീസണിലേയും തന്റെ ആദ്യ ഹാട്രിക് നേടി. ആ മത്സരത്തിൽ അവർ 0-5 ന് വിജയിച്ചു. ജനുവരി 17ന് സെവിയ്യക്കെതിരെ 4-0 ന് ജയിച്ച മത്സരത്തിൽ ക്ലബ്ബിനു വേണ്ടി തന്റെ 100 ആമത് ഗോൾ കണ്ടെത്താനും മെസ്സിക്ക് കഴിഞ്ഞു.

അതിനുശേഷം നടന്ന 5 മത്സരങ്ങളിൽ നിന്നായി മെസ്സി 11 ഗോളുകൾ നേടി. മലാഗക്കെതിരെ 2-1 ന് ജയിച്ച മത്സരത്തിൽ 84 ആം മിനിട്ടിലാണ് ആദ്യ ഗോൾ നേടിയത്. അൽമേരിയക്കെതിരെ നടന്ന മത്സരം 2-2 ന് സമനിലയിൽ അവസാനിച്ചു. ആ മത്സരത്തിൽ മെസ്സി 2 ഗോളുകൾ നേടി. ആ ആഴ്ചയിൽ മെസ്സി എട്ട് ഗോളുകൾ നേടിക്കൊണ്ട് തന്റെ ജൈത്രയാത്ര തുടർന്നു. വലൻസിയക്കെതിരായി നടന്ന ഹോം മത്സരത്തിൽ ഹാട്രിക്ക് നേടിക്കൊണ്ടായിരുന്നു തുടക്കം. ആ മത്സരത്തിൽ ബാഴ്സ 3-0 ന് ജയിച്ചു. അതിനുശേഷം സ്റ്റുട്ട്ഗർട്ടുമായി 4-0 ന് ജയിച്ച മത്സരത്തിൽ രണ്ട് ഗോളുകളായിരുന്നു മെസ്സിയുടെ സമ്പാദ്യം. ആ വിജയം ചാമ്പ്യൻസ് ലീഗ് ക്വാർട്ടർ ഫൈനലിലേക്കുള്ള അവരുടെ യാത്ര സുഗമമാക്കി. സ്പാനിഷ് ലീഗിൽ സരഗോസക്കെതിരായി നടന്ന അടുത്ത മത്സരത്തിൽ മെസ്സി ഒരിക്കൽ കൂടി ഹാട്രിക്ക് നേടി. ആ മത്സരം ബാഴ്സ 4-2 ന് സ്വന്തമാക്കി. ഇതോടെ സ്പാനിഷ് ലീഗിൽ അടുത്തടുത്ത മത്സരങ്ങളിൽ ഹാട്രിക്ക് നേടുന്ന ആദ്യത്തെ ബാഴ്സലോണ കളിക്കാരനായി മാറാനും മെസ്സിക്ക് കഴിഞ്ഞു. 2010 മാർച്ച് 24 ന് ഒസാസുനക്കെതിരെ നടന്ന മത്സരം ബാഴ്സലോണക്ക് വേണ്ടി അദ്ദേഹത്തിന്റെ 200 ആം മത്സരമായിരുന്നു.

2010 ഏപ്രിൽ 6 ന് ആഴ്സണലിനെതിരായി നടന്ന ചാമ്പ്യൻസ് ലീഗ് ക്വാർട്ടർ ഫൈനൽ രണ്ടാം പാദ മത്സരത്തിൽ (ബാഴ്സയുടെ ഹോം മത്സരമായിരുന്നു) ബാഴ്സ 4-1 ന് ജയിച്ചപ്പോൾ അതിൽ 4 ഗോളും നേടിയത് മെസ്സിയായിരുന്നു. ഒരു മത്സരത്തിൽ തന്നെ 4 ഗോളുകൾ നേടുന്നത് മെസ്സിയുടെ കരിയറിൽ ആദ്യത്തെ സംഭവമായിരുന്നു. ബാഴ്സലോണയുടെ എക്കാലത്തേയും മികച്ച ഗോൾവേട്ടക്കാരനായ റിവാൾഡോയെ മറികടക്കാൻ ഈ മത്സരത്തിലൂടെ മെസ്സിക്കായി. ഏപ്രിൽ 10 ന് ചിരവൈരികളായ റയൽ മാഡ്രിഡുമായി അവരുടെ മൈതാനത്ത് വെച്ച് നടന്ന ക്ലാസ്സിക്ക് പോരാട്ടത്തിൽ (എൽ ക്ലാസിക്കോ), ബാഴ്സ 2-0 ന് ജയിച്ചപ്പോൾ അവരുടെ ആദ്യ ഗോൾ മെസ്സിയുടെ ബൂട്ടിൽ നിന്നായിരുന്നു. ആ സീസണിലെ അദ്ദേഹത്തിന്റെ 40 ആം ഗോളായിരുന്നു അത്. മെയ് 1 ന് വിയ്യാറയലിനെതിരെ അവരുടെ തട്ടകത്തിൽ നേടിയ 4-1 വിജയത്തിൽ രണ്ട് ഗോളുകൾ മെസ്സിയുടെ വകയായിരുന്നു. വെറും 3 ദിവസങ്ങൾക്ക് ശേഷം, മെയ് 4 ന്, ടെനെറിഫിനെതിരായ ഹോം മത്സരത്തിൽ നേടിയ 4-1 വിജയത്തിൽ 2 ഗോളുകൾ മെസ്സി നേടി. മെയ് 8 ന് സെവിയ്യക്കെതിരായ എവേ മത്സരത്തിലെ വിജയത്തിൽ ലാ ലിഗയിൽ സീസണിൽ തന്റെ 32 ആമത് ഗോൾ കണ്ടെത്താൻ മെസ്സിക്കായി. വല്ലാഡോയിഡുമായി നടന്ന അവസാന മത്സരത്തിൽ രണ്ടാം പകുതിയിൽ രണ്ട് ഗോളുകൾ നേടുക വഴി 1996-97 ൽ റൊണാൾഡോ സ്ഥാപിച്ച 34 ഗോളിന്റെ ക്ലബ്ബ് റെക്കോർഡിനൊപ്പമെത്താനും മെസ്സിക്ക് കഴിഞ്ഞു. ടെൽമോ സറ സ്ഥാപിച്ച എക്കാലത്തേയും റെക്കോർഡിന് 4 ഗോളുകൾ മാത്രം പിന്നിലായി സീസൺ അവസാനിപ്പിക്കാനും മെസ്സിക്കായി. 2010 ജൂൺ 3 ന് തുടർച്ചയായ രണ്ടാം വർഷവും പ്ലെയർ ഓഫ് ദി ഇയർ പുരസ്കാരം മെസ്സിക്ക് ലഭിച്ചു.

മാധ്യമങ്ങളിൽ
ആദ്യ കാല ജീവിതം മെസ്സി
2010-11 സീസൺ
2009-10 സീസൺ