അനന്തന്റെ മുകളിൽ യോഗനിദ്രയിൽ പള്ളികൊള്ളുന്ന മഹാവിഷ്ണുവാണ് ഇവിടുത്തെ പ്രതിഷ്ഠ. പതിനെട്ടടി നീളം വരുന്ന വിഗ്രഹം. പത്മനാഭസ്വാമിയുടെ വിഗ്രഹം കടുശർക്കരയോഗക്കൂട്ടുകൊണ്ടുണ്ടാക്കിയതിനാൽ അഭിഷേകം ചെയ്താൽ അലിഞ്ഞുപോകും. അതിനാൽ ഭഗവാന്റെ മറ്റൊരു വിഗ്രഹം ഇവിടെ സ്ഥാപിച്ചിട്ടുണ്ട്. ഈ വിഗ്രഹത്തിലാണ് അഭിഷേകം നടത്തുന്നത്.ശ്രീ ഭഗവത് രൂപം മൂന്നു ഭാഗങ്ങളായി മാത്രമേ ദർശിക്കാനാകൂ. വലതുകൈ ചിന്മുദ്രയോടു കൂടി അനന്തതൽപത്തിനു സമീപം തൂക്കിയിട്ടിരിക്കുന്നു. അതിനു താഴെ ശിവലിംഗ പ്രതിഷ്ഠയുണ്ട്‌, ഭഗവാൻ ശ്രീ മഹാദേവനെ നിത്യവും പൂജിക്കുന്നതായി സങ്കല്പം. അനന്തന്റെ പത്തികൊണ്ട്‌ ദേവന്റെ മൂർധാവ്‌ മൂടിയിരിക്കുന്നു. ശ്രീപദ്മനാഭന്റെ നാഭിയിൽ നിന്നും പുറപ്പെടുന്ന താമരയിൽ ചതുർമുഖനായ ബ്രഹ്മാവിന്റെ രൂപം കാണാം. ഒരേ ശ്രീകോവിലിൽ ത്രിമൂർത്തികളുടെ (ബ്രഹ്മാവ്, വിഷ്ണു, ശിവൻ) സാന്നിദ്ധ്യം ഈ ദേവാലയത്തിന്റെ പ്രത്യേകതയാണ്. അതിനു പുറകിലായി ഋഷിവര്യന്മാരുടെ കല്ലിൽ വാർത്ത രൂപങ്ങളുമുണ്ട്‌. ഭഗവാന്റെ മാറിടത്തിനെതിരെയായി ശ്രീഭഗവതിയെയും അൽപം അകലെ ഭൂമീ ദേവിയെയും പ്രതിഷ്ഠിച്ചിട്ടുണ്ട്‌. അനന്തന്റെ മുകളിൽ പള്ളികൊള്ളുന്ന തേവർ കുടികൊള്ളുന്ന ദേശത്തിനു തിരുവനന്തപുരം എന്നപേരും ലഭിച്ചു. . 

ക്ഷേത്ര നിർമ്മിതി
ബി നിലവറയും ശ്രീബലരാമനും
വിഷു
പത്മനാഭ പ്രതിഷ്ഠ