ആത്മീയവിശ്വാസങ്ങളിലും മന്ത്രവാദസങ്കല്പങ്ങളിലും നിന്ന് ശരീരശാസ്ത്രം വ്യത്യസ്തമാണെന്നു മനുഷ്യൻ മനസ്സിലാക്കിയതോടുകൂടി അനാറ്റമിയുടെ പ്രാരംഭം കുറിക്കപ്പെട്ടു. അഥർവ വേദത്തിലും പ്രാചീന ഈജിപ്തിലെ ലിഖിതങ്ങളിലും അനാറ്റമിയെപ്പറ്റിയുള്ള ആദ്യസൂചനകൾ കാണാം. അരിസ്റ്റോട്ടലിന്റെയും ലിയോണാർഡോ ഡാവിഞ്ചിയുടെയും നിഗമനങ്ങളിൽ അനാറ്റമി ഗണ്യമായ സ്വാധീനം ചെലുത്തിയിരുന്നു. ഗാലൻ എന്ന ഗ്രീകോ-റോമൻ ശാസ്ത്രജ്ഞൻ (130-200) ആണ് അനാറ്റമിക്ക് ആദ്യമായി ഒരു ശാസ്ത്രത്തിന്റെ പദവി നല്കിയത്. അവിടുന്നിങ്ങോട്ടുള്ള ശതകങ്ങളിൽ അനാറ്റമിയെപ്പറ്റി ആധികാരികമായ പുസ്തകങ്ങളും നിഗമനങ്ങളും ഉണ്ടായിരുന്നുവെങ്കിലും ജന്തുക്കളെയും ശവശരീരത്തെയും കീറിമുറിച്ച് (dissection) അവയുടെ അവയവഘടന മനസ്സിലാക്കുക എന്ന തത്ത്വം പരക്കെ അംഗീകരിക്കപ്പെട്ടിരുന്നില്ല. (ബി.സി. 335-280 വരെ ജീവിച്ചിരുന്ന ഹിറോഫിലിസും അദ്ദേഹത്തിന്റെ ശിഷ്യനായിരുന്ന ഇറാസിസ്റ്റ്രാറ്റസും ഇപ്രകാരമുള്ള പഠനങ്ങൾ നടത്തിയിരുന്നു.)

എട്ടും ഒൻപതും ശതകങ്ങളിൽ ആണ് 'ഡിസെക്ഷൻ' വഴി അനാറ്റമി പഠിക്കുക എന്നുള്ള പരിപാടി നടപ്പിലാക്കപ്പെട്ടത്. പിന്നെയും ഒരു മൂന്നു നാലു ശദകങ്ങളോളം ശവശരീരങ്ങൾ (അവ ദിവ്യമാണെന്നുള്ളതുകൊണ്ട്) അനാറ്റമി പഠനത്തിനു ലഭ്യമായിരുന്നില്ല. അക്കാലങ്ങളിലെ യൂറോപ്യൻ ചരിത്രത്തിൽ, ശവശരീരം ലഭിക്കുവാൻ വേണ്ടി ശ്മശാനങ്ങൾ കവർച്ചചെയ്ത് വൈഷമ്യങ്ങൾ സഹിച്ചിരുന്നവരെപ്പറ്റി ധാരാളം പരാമർശങ്ങളുണ്ട്. പിന്നീട് വിവിധ രാജ്യങ്ങളിൽ നിയമപ്രാബല്യം മൂലം (Anatomy Acts) ഇത്തരം പരീക്ഷണങ്ങളും പഠനോപാധികളും സർവസാധാരണമായി. അനാറ്റമിയിൽ ലഭിച്ച അറിവാണ് വില്യം ഹാർവി (1578-1657) എന്ന ഇംഗ്ളീഷ് ഭിഷഗ്വരന് രക്തസംക്രമണത്തെപ്പറ്റിയുമുള്ള അടിസ്ഥാന വിവരം നല്കിയത്. മൊത്തമായ ശരീരഘടനയെപ്പറ്റി (അതായത് അസ്ഥികൂടം, മാംസപേശികൾ, അവയവങ്ങൾ, രക്തധമനികൾ, ഞരമ്പുകൾ എന്നിവയെപ്പറ്റി) ഉള്ള സാമാന്യമായ അറിവല്ലാതെ ഈ അവയവങ്ങൾക്ക് നിദാനമായ കോശങ്ങളെപ്പറ്റിയോ അവയുടെ രൂപത്തെപ്പറ്റിയോ അന്നും ശരിക്ക് അറിവുണ്ടായിത്തുടങ്ങിയിരുന്നില്ല. 1866-ൽ ലൂവൻഹോക്ക് സൂക്ഷ്മദർശിനി കണ്ടുപിടിച്ചതോടുകൂടി കോശങ്ങളുടെ ഘടനയെപ്പറ്റി നിരീക്ഷണ ഗവേഷണ പരമ്പരകൾ ആരംഭിച്ചു. ഇന്നു ലോകത്തിലെ നിരവധി ഗവേഷണ-പഠന സ്ഥാപനങ്ങളിലായി അനാറ്റമിയുടെ വിവിധ അവാന്തരവിഭാഗങ്ങളിൽ പഠനം നടത്തുന്ന ഒട്ടേറെ ശാസ്ത്രജ്ഞരും പ്രവർത്തകരും ഉണ്ട്.

വിസർജനേന്ദ്രിയ വ്യൂഹം (Excretory system)
അന്തഃസ്രാവീ വ്യൂഹം (Endocrine system)
ആരംഭം
പേശീ വ്യൂഹം (Muscular system)