ക്ഷേത്രമതിൽക്കെട്ടിനുളളിലും പരിസരങ്ങളിലും ധാരാളം ഉപദേവാലയങ്ങളുണ്ട്. അയ്യപ്പന്റെ പരിവാരങ്ങളെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചിരിക്കുന്ന ചെറുമണ്ഡപങ്ങളും അമ്മൻകോവിലുകളും ഇവയിലുൾപ്പെടുന്നു. കറുപ്പസ്വാമി, കറുപ്പായിഅമ്മ, ചേപ്പാറമുണ്ടൻ, ചേപ്പാണിമാടൻ, കാളമാടൻ, കൊച്ചിട്ടാണൻ (കൊച്ചിട്ടിനാരായണൻ), ശിങ്കിലിഭൂതത്താൻ തുടങ്ങിയ പേരുകളിൽ അറിയപ്പെടുന്ന മൂർത്തികളുടേതാണ് ഈ പ്രതിഷ്ഠകൾ. ചതുർബാഹുവായ വിഷ്ണുവിന്റെയും ചില ഭഗവതികളുടെയും പ്രതിഷ്ഠകളും ഇക്കൂട്ടത്തിലുണ്ട്.
രഥോത്സവം
ഉത്സവം
വിഷചികിത്സ
ഉപദേവാലയങ്ങൾ