സ്വാതന്ത്ര്യം ലഭിക്കുന്നതിനുമുൻപ് അദ്ദേഹം ബോംബെ യുടെ ആഭ്യന്തരമന്ത്രിയായിരുന്നു. സ്വാതന്ത്ര്യലബ്ധിക്കുശേഷം അദ്ദേഹം 1952-ൽ ബോംബെ സംസ്ഥാനത്തിന്റെ മുഖ്യമന്ത്രിയായി തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. മറാഠി ഭാഷയും, ഗുജറാത്തി ഭാഷയും സംസാരിക്കുന്ന ജനങ്ങൾ തിങ്ങിപ്പാർത്ത ബോംബെ സംസ്ഥാനത്ത് ഇരു വിഭാഗങ്ങളും ഭാഷാടിസ്ഥാനത്തിൽ പ്രത്യേക സംസ്ഥാനം ആവശ്യപ്പെട്ടു. ഒരു ശക്തനായ നേതാവായി അറിയപ്പെട്ട മൊറാർജി ചിലപ്പോഴൊക്കെ അധികാരത്തിന്റെ മുഷ്കും അസാധാരണമായ പ്രവർത്തികളും കാണിക്കാറുണ്ടായിരുന്നു. സംയുക്ത മഹാരാഷ്ട്ര സമിതിയുടെ ഒരു സമാധാനപരമായ ജാഥയ്ക്കുനേരെ മൊറാർജിയുടെ ഉത്തരവനുസരിച്ച് പോലീസ് വെടിവെച്ചു. ഈ വെടിവെയ്പ്പിൽ 105 നിരപരാധികൾ കൊല്ലപ്പെട്ടു. മഹാരാഷ്ട്ര സംസ്ഥാനത്തിന്റെ രൂപവത്കരണത്തിന് ഈ സംഭവം ഹേതുവായി. ആഭ്യന്തരമന്ത്രി എന്ന നിലയിൽ മൊറാർജി സിനിമകളിലും എല്ലാ വിധ രംഗാവതരണങ്ങളിലും ചുംബനരംഗങ്ങൾ നിരോധിച്ചു. ഒരു അടിയുറച്ച ഗാന്ധിയനായിരുന്നുവെങ്കിലും മൊറാർജി സാമുദായികമായി യാഥാസ്ഥിതികനും വ്യവസായങ്ങളെ പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കുന്നവനും തുറന്ന വാണിജ്യ വ്യവസ്ഥയ്ക്കുവേണ്ടി നിലകൊള്ളുന്നവനുമായിരുന്നു. ഈ നിലപാടുകൾ നെഹ്രുവിന്റെ‍‍ സോഷ്യലിസ്റ്റ് ചിന്താഗതികൾക്കു കടകവിരുദ്ധമായിരുന്നു. 

കോൺഗ്രസ് നേതൃനിരയിൽ മൊറാർജി പലപ്പോഴും നെഹറുവിന്റെ എതിരാളിയായി കണക്കാക്കപ്പെട്ടു. നെഹറുവിനെ പ്രായാധിക്യവും അവശതകളും അലട്ടിയപ്പോൾ മൊറാർജിക്ക് നെഹറുവിനുശേഷം പ്രധാനമന്ത്രിപദം ലഭിക്കുമെന്ന് പലരും വിശ്വസിച്ചിരുന്നു. എങ്കിലും നെഹറുവിന്റെ മരണത്തിനുശേഷം (1964) നെഹറുവിന്റെ പക്ഷത്തുനിലകൊണ്ട ലാൽ ബഹാദൂർ ശാസ്ത്രിക്ക് പ്രധാനമന്ത്രിപദം ലഭിച്ചു. അന്ന് മൊറാർജി ഈ നീക്കത്തിനെതിരെ വലിയ പ്രതിഷേധം പ്രകടിപ്പിച്ചില്ല. എങ്കിലും ശാസ്ത്രിയുടെ മരണത്തിനു ശേഷം (1966) അദ്ദേഹം പ്രധാനമന്ത്രിപദത്തിനു വേണ്ടി തീവ്രമായി ശ്രമിക്കുകയും ഇന്ദിരയുമായി രാജ്യത്തിന്റെ ഭാവി ഭാഗധേയത്തിനുവേണ്ടി ഒരു തുറന്ന പോരാട്ടം നടത്തുകയും ചെയ്തു. 351 വോട്ടുകൾ ലഭിച്ച ഇന്ദിര 169 വോട്ടുകൾ ലഭിച്ച മൊറാർജിയെ തോല്പിച്ച് ഇന്ത്യയുടെ പ്രധാനമന്ത്രിയായി.

സ്വാതന്ത്ര്യത്തിനു ശേഷം
ആദ്യകാലം
പ്രധാനമന്ത്രി
1969-ലെ പിളർപ്പ്