ഹാബ്സ്ബുർഗ് രാജവംശം റോമൻ കത്തോലിക്കാ വിശ്വാസികളായിരുന്നു. ആദ്യമൊക്കെ ഹുസ്സൈറ്റുകളോട് മതസഹിഷ്ണത പ്രകടിപ്പിച്ചെങ്കിലും പിന്നീട് ഈനിലപാട് മാറി. ഹാബ്സ്ബർഗ് രാജാക്കൻമാർ കത്തോലിക്കൻ സ്ഥാപനങ്ങളെ ശക്തിപ്പെടുത്താൻ ശ്രമിച്ചത് ബൊഹിമീയൻ പ്രൊട്ടസ്റ്റൻറുകൾക്ക് (ഹുസ്സൈറ്റുകൾക്ക്) സ്വീകാര്യമായില്ല. ഇരു വിഭാഗക്കാരും തമ്മിലുള്ള സ്പർധ ബൊഹീമിയയെ പ്രക്ഷുബ്ധമാക്കി.1618 -ൽ ഇത് മൂർധന്യത്തിലെത്തി. ഹാബ്സ്ബർഗ് വാഴ്ച ക്കെതിരെ ബൊഹീമിയൻ പ്രൊട്ടസ്റ്റൻറുകൾ യുദ്ധത്തിനിറങ്ങി. 1620-ൽ വൈറ്റ് മൗണ്ടൻ എന്ന സ്ഥലത്തു വെച്ചു ഇരു വിഭാഗക്കാരുടേയും സൈന്യങ്ങൾ തമ്മിൽ ഏറ്റുമുട്ടി. ബൊഹീമിയൻ പ്രൊട്ടസ്റ്റൻറുകൾ പരാജയപ്പെട്ടു. ബൊഹീമിയക്ക് മതസ്വാതന്ത്ര്യം മാത്രമല്ല സ്വതന്ത്രരാജ്യമെന്ന പദവിയും നഷ്ടപ്പെട്ടു, ബൊഹീമിയ ഓസ്ട്രിയൻ സാമ്രാജ്യത്തിൽ ലയിപ്പിക്കപ്പെട്ടു. , പിന്നീട് ഹാബ്സ്ബർഗ് രാജവംശം, ഹാബ്സ്ബർഗ്-ലോറൈൻ വംശമായി പരിണമിച്ചതോടെ ബൊഹീമിയൻ പ്രദേശം ഓസ്ട്രോ-ഹങ്കേറിയൻ സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ ഭാഗമായി. ഈ സ്ഥിതി 1918 വരെ തുടർന്നു.

ചെകോസ്ലാവാക്യ (1918-1993)
ഹാബ്സ്ബർഗ് രാജവംശം രണ്ടാം ഘട്ടം (1526-1918)
ബൊഹെമിയയുടെ സുവർണകാലം
പ്രെമിസ്ലൈഡ് രാജവംശം(1198-1306)