24 അടി നീളവും 18 അടി വീതിയും 18 അടി ഉയരവുമുള്ള അതിഭീമാകാരമായ ഒരു ഗുഹയാണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിലെ ശ്രീകോവിൽ. കരിങ്കല്ലിൽ തീർത്ത ഈ ഗുഹയ്ക്ക് വടക്കുഭാഗത്താണ് പ്രവേശനകവാടം. മറ്റുള്ള മൂന്നുഭാഗങ്ങളിലും അടഞ്ഞ വഴിയാണ്. വലിയൊരു പാറയുടെ ഒത്ത നടുക്കായാണ് ശ്രീകോവിൽ സ്ഥിതിചെയ്യുന്നത്. ഇതിനകത്ത് ഒരു മുറിയേയുള്ളൂ. അതാണ് ശിവലിംഗം കുടിയിരിയ്ക്കുന്ന ഗർഭഗൃഹം. ആറടിയിലധികം ഉയരം വരുന്ന സ്വയംഭൂവായ ശിവലിംഗം കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിയ്ക്കുന്നു. കാമദേവനെ വധിച്ചശേഷം ക്രോധമടങ്ങാത്ത ശിവനായാണ് പ്രതിഷ്ഠാസങ്കല്പം. അതിനാൽ, മൂന്നാം തൃക്കണ്ണ് തുറന്ന ഭാവമായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. ഒരിയ്ക്കൽ കിഴക്കുഭാഗത്ത് നടയുണ്ടാക്കാൻ ശ്രമിച്ചപ്പോൾ ചില അനർത്ഥങ്ങൾ കാണാനിടയാകുകയും തന്മൂലം ആ ശ്രമം ഉപേക്ഷിയ്ക്കുകയും ചെയ്തുവത്രേ. ഇതുമൂലം ശിവലിംഗത്തിന്റെ ഇടതുവശത്താണ് (വടക്കുഭാഗം) നട പണിതിരിയ്ക്കുന്നത്. സോപാനപ്പടിയും അലങ്കാരങ്ങളുമെല്ലാം അവിടെയാണ്. "പാർശ്വദർശനം" എന്നാണ് ഇതിന് പറയുക. കേരളത്തിലെ മറ്റൊരു ശിവക്ഷേത്രത്തിലും ഈ പ്രത്യേകതയില്ല. ശിവഭഗവാന്റെ ഉഗ്രതയ്ക്ക് ശമനമുണ്ടാക്കാൻ എന്ന സങ്കല്പത്തിൽ പാർവ്വതീദേവിയുടെ സങ്കല്പവും ശ്രീകോവിലിൽ കൊണ്ടുവന്നിട്ടുണ്ട്. സ്വയംവരപാർവ്വതിയായാണ് സങ്കല്പം. ശ്രീപാർവ്വതീപ്രീതിയ്ക്ക് പിൻവിളക്ക് കൊളുത്തുന്നത് അതിവിശേഷമായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു.

ശ്രീകോവിലിൽ ശിവലിംഗത്തിന്റെ പുറകുവശത്ത് കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി ഗണപതിഭഗവാന്റെ ഒരു രൂപം പാറയിൽ കൊത്തിവച്ചിട്ടുണ്ട്. ഏകദേശം നാലടി ഉയരം വരുന്ന ഈ രൂപം ഗുഹയ്ക്കകത്തായതിനാൽ ഭക്തർക്ക് പുറത്തുനിന്ന് ദർശിയ്ക്കാനാകില്ല. എങ്കിലും ഇത് നിൽക്കുന്ന ഭാഗത്തിനുനേരെയും ഒരു നട പണിതിട്ടുണ്ട്. ഇതിലൂടെയാണ് ഗണപതിയുടെ നിവേദ്യം നടത്തുന്നത്. അഗ്നിദേവൻ നിത്യവും ഭഗവാനോടൊപ്പം വസിയ്ക്കുന്നു എന്നാണ് സങ്കല്പം. തന്മൂലം, മഴക്കാറുള്ളപ്പോൾ ഭഗവാനെ പുറത്തേയ്ക്ക് എഴുന്നള്ളിയ്ക്കാറില്ല. ആഗ്നേയതേജസ്സിൽ നിന്നാണ് ശിവപുത്രനായ സുബ്രഹ്മണ്യന്റെ പിറവി എന്ന് വിശ്വാസമുള്ളതിനാൽ ഇത് സുബ്രഹ്മണ്യസാന്നിദ്ധ്യമായും കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. തന്മൂലം ക്ഷേത്രശ്രീകോവിൽ ഇവിടെ കൈലാസത്തിന് തുല്യമായി മാറുന്നു. ശ്രീകോവിൽ ഗുഹയായതിനാൽ അതിനുചുറ്റും പ്രദക്ഷിണം സാദ്ധ്യമല്ല. അതിനാൽ, ഓവുമുറിഞ്ഞുള്ള പ്രദക്ഷിണത്തിന്റെ പ്രശ്നം ഇവിടെയില്ല. 

ശ്രീകോവിൽ
നാലമ്പലം
ക്ഷേത്രനിർമ്മിതി
നിത്യപൂജകൾ