ഒക്ടോബർ 1999 ലാണ് ലയൺ എയർ എന്ന സ്ഥാപനം സഹോദരങ്ങളായ റുസേയിൽ,കുസ്നാൻകിരാന എന്നിവരാലാണ് സ്ഥാപിക്കപെട്ടത്‌.ആദ്യമായി ജക്കാട്ട, ടെന്സ്പരാർ എന്നീസ്ഥലങ്ങളിലേക്കാണ്‌ സേവനം ആരംഭിച്ചത്.ലീസിന്‌ ഏടുത്ത വിമാനത്തിലയിരുന്നു ആദ്യത്തെസേവനം.ഇതായിരുന്നു ഇന്തോനേഷ്യയിലെ ആദ്യത്തെ ചെലവ്കുറഞ്ഞ വിമാനം. ലയൺ എയർ ടാറ്റായുമായി ലയിക്കാനുള്ളതീരുമാനം ഉള്ളതിനാൽ ഈ എയർലൈൻ ഗുആർട ഇന്തോനേഷ്യക്ക് ശേഷം 2011 ലെ രേണ്ടാമത്തെ IATA ഇന്തോനേഷ്യ മെമ്പർ കാരിയർ ആവാൻ ശ്രമിച്ചു. പക്ഷെ സുരക്ഷാ വിഴ്ച്ചയിൽ തോൽവിയടഞ്ഞാലും ഈ കുറവ് പെട്ടെന്ന് തന്നെ നികത്തുകയും ചെയ്തു. 
ഇന്തോനേഷ്യയിലെ തന്നെ രണ്ടു പ്രധാന എയർ പോര്ട്ടുകളായ ആമ്ബോൻ, മാണ്ടോ എന്നിവിടങ്ങളിൽ വിജയകരമായി പ്രവർത്തിക്കുന്നു.
2011 ൽ ഇൻഡോനേഷ്യൻ വാഹന നിയന്ത്രണ മന്ത്രാലയം 13 എയർലയിനുകളുടെ സമയനിർവഹണം മോശമാനെന്ൻ വിലയിരുത്തി. അതിൽ ഒന്ൻ ലയൺ എയർ 

ആയിരുന്നു. പിന്നീട് ഇൻഡോനേഷ്യ വാഹന നിയന്ത്രണ മന്ത്രാലയം തന്നെ ജക്കാത്തയിലെ റൺവേയിലെ തിരക്ക് കാരണമാണ് ഈ സ്ഥിതിവിശേഷം എന്ന് തിരുത്തിപറയുകയും ചെയ്തു. 18 നവംബർ 2011 ൽ പ്രഖ്യാപിച്ചത് പ്രകാരം ബോയിംഗ് 737 MAX ,ബോയിംഗ് 737-900 CR വിമാനവും സംയുക്തമായി വാണിജ്യസംബന്ധമായ വിമാനങ്ങളാണ് 21.7 ബില്ലിയൻരൂപയ്ക്കാണ് ഓർഡർ ചെയ്തിരിക്കുന്നത്. 
2011 ലെ കണക്കു പ്രകാരം 120 ഉദ്ധിഷ്ട സ്ഥലങ്ങളിലേക്കുള്ള സേവനവും100

സ്വദേശിയവും,20അന്തർദേശിയ സേവനങ്ങളാണ് ലയൺ എയർനുള്ളത്.

ജനുവരി 2012 വീണ്ടും മന്ത്രാലയ വൃത്തങ്ങൾ അറിയിച്ചു ഇതിലെ ചില പൈലറ്റുകളും,ജീവനക്കാരും ക്രിസ്റ്റൽ മേതംഫെറ്റാമിൻ എന്ന മയക്കു മരുന്നിനു അടിമാകളനെന്നും.പിന്നീട് മൊഹമ്മദ്‌ നാസിർ എന്ന പൈലറ്റിനെയും മറ്റ് രണ്ടു കോ പൈലറ്റുമാരേയും അറസ്റ്റ് ചെയ്യുകയും ചെയ്തു.

ലയൺ എയറിൻറെ ചരിത്രം
ലയൺ എയറിൻറെ സംഭവങ്ങളും, അപകടങ്ങളും
വ്യോമായാനരംഗത്തെ കുറവുകൾ
പുറത്തേക്കുള്ള കണ്ണികൾ