ഒരുപാട് വിമർശനങ്ങളും പാപ്പ ഇക്കാലത്ത് നേരിട്ടു. ലോകത്ത് നടക്കുന്ന ശിശുപീഡനത്തിലും മറ്റും പാപ്പ മൗനം പാലിച്ചുവരുന്നതായി ചിലർ ആരോപണമുയർത്തിയിരുന്നു. എന്നാൽ, കുട്ടികളെ പീഡിപ്പിയ്ക്കുന്നവർക്ക് സഭയിൽ സ്ഥാനമുണ്ടാകില്ലെന്ന് പറഞ്ഞ് അദ്ദേഹം ഈ ആരോപണങ്ങൾ പൊളിച്ചു. സ്ത്രീകൾക്ക് പൗരോഹിത്യം അനുവദിച്ചുകൊടുക്കുന്നതിനെയും മാർപ്പാപ്പ എതിർത്തിരുന്നു. ലിംഗസ്വഭാവം, ലൈംഗികത, ദയാവധം, കൃത്രിമബീജസങ്കലനം, ഗർഭഛിദ്രം തുടങ്ങിയവയ്ക്കെതിരെ അദ്ദേഹം നടത്തിയ നിലപാടുകൾ കടുത്ത വിമർശനം ഏറ്റുവാങ്ങി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ചില പരിഷ്കാരങ്ങളും വിമർശനം ഏറ്റുവാങ്ങിയിരുന്നു. രണ്ടാം വത്തിക്കാൻ കൗൺസിലിൽ കൊണ്ടുവന്ന പുതിയ പരിഷ്കാരങ്ങൾ വഴി നിർത്തലാക്കിയ ലത്തീൻ ഭാഷയിലെ ആരാധനാക്രമവും, പ്രാദേശികഭാഷയുടെ ഉപയോഗവും പരമ്പരാഗതവാദികളുടെ വിമർശനം ഏറ്റുവാങ്ങി. കത്തോലിക്കാസഭയെ പുനഃകേന്ദ്രീകരണത്തിന് കാരണക്കാരനായും അദ്ദേഹം കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. പീഡനം, പരസ്ത്രീബന്ധം തുടങ്ങിയവയിൽ ആരോപണവിധേയനായ മാർസിയൽ മാർസെൽ എന്ന ക്രിസ്തീയപുരോഹിതനെതിരെ നടത്തിയ അന്വേഷണം മന്ദീഭവിപ്പിച്ചതിലും പാപ്പയുടെ പങ്ക് ആരോപിയ്ക്കപ്പെടുന്നുണ്ട്. 

മൂന്ന് പ്രാവശ്യം സന്ദർശിച്ച രാജ്യങ്ങൾ
ഭാരതത്തിൽ
വിമർശനങ്ങൾ
ആർച്ച്ബിഷപ്പ്, കർദ്ദിനാൾ