ക്ഷേത്രത്തിൽ പ്രതിഷ്ഠയില്ലെങ്കിലും ശിവന്റെ അദൃശ്യസാന്നിദ്ധ്യമുള്ളതായി കാണപ്പെടുന്നു. ബൃഹസ്പതിയും വായുദേവനും കൊണ്ടുവന്ന വിഷ്ണുവിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കാൻ അനുവാദം നൽകിയ ശിവൻ പാർവ്വതീഗണപതിസുബ്രഹ്മണ്യസമേതനായി മമ്മിയൂരിൽ അവതരിച്ചു എന്നാണ് കഥ. തന്മൂലം ഭഗവതിയെ തൊഴുത് വടക്കുകിഴക്കേമൂലയിലെത്തുമ്പോൾ ഭക്തർ മമ്മിയൂർ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ദിശയിലേയ്ക്ക് (വടക്കുപടിഞ്ഞാറ്) നോക്കി ശിവനെ വന്ദിയ്ക്കുന്നു. ക്ഷേത്രനാലമ്പലത്തിനകത്ത് വടക്കുഭാഗത്തെ ഒരു കരിങ്കൽത്തൂണിൽ പാർവ്വതീസമേതനായ ശിവന്റെ രൂപം കൊത്തിവച്ചിട്ടുണ്ട്, പടിഞ്ഞാട്ട് ദർശനമായി. ഭക്തർ ഇവിടെയും വന്ദിയ്ക്കാറുണ്ട്. 

ശിവൻ
പ്രത്യേക വഴിപാടുകൾ
ധ്വജസ്തംഭം (കൊടിമരം)
ഉപദേവതമാർ