ശ്വാസനാളത്തിന്റെ ഘടനാപരമായ പ്രതിരോധങ്ങളെയൊക്കെ ഭേദിച്ച് വായുകോശങ്ങളിലെത്തുന്ന രോഗാണു പലവിധത്തിലുള്ള പ്രതിരോധപ്രക്രിയകളെ നേരിടേണ്ടതായിട്ടുണ്ട്. ശക്തമായ കോശജ്വലനം (inflammation) വഴി രോഗിയുടെ ശരീരം നടത്തുന്ന ഈ ചെറുത്തുനില്പിന്റെ ഭാഗമായി കലകളുടെ നാശം, കഫക്കെട്ട്, പഴുപ്പുണ്ടാകൽ, നീർക്കെട്ട് എന്നിവ സംഭവിക്കാം. പല രോഗാണുക്കളാൽ ഉണ്ടാകുന്ന ന്യുമോണിയയിലെ പ്രതികരണങ്ങളിലെല്ലാം പൊതുവായ ചില രീതികൾ കാണാമെങ്കിലും ചില പ്രത്യേകതകൾ രോഗാണുക്കൾക്കനുസൃതമായും കാണപ്പെടാം.
ഉദാഹരണത്തിനു വൈറസുകൾ പൊതുവേ ശ്വസനേന്ദ്രിയത്തിലെ വായു അറകൾക്കിടയ്ക്കുള്ള അന്തരാളകലകളിലാണു ("interstitium") കോശജ്വലനവും നീർക്കെട്ടുമുണ്ടാക്കുന്നത്. ഇൻഫ്ലുവെൻസ വൈറസ് ബാധയിലും മറ്റും ഈ നീർക്കെട്ട് വായു അറകളെ നശിപ്പിക്കുകയും രോഗമൂർച്ഛയിൽ തീവ്ര ശ്വസനനിരോധ സിൻഡ്രോമിനു (Acute Respiratory Distress Syndrome) വരെ കാരണമാകുകയും ചെയ്യാം.

ന്യൂമോകോക്കസ് ബാക്റ്റീരിയമൂലമുള്ള അണുബാധ ശ്വാസകോശത്തിന്റെ ഏതെങ്കിലും പാളിയിൽ മുഴുവനായി നീർക്കെട്ടുണ്ടാക്കുകയും തുടർന്ന് അവിടെ അണുബാധ “ഘനീഭവി”ക്കുകയുമാണു ചെയ്യുക. ഇതിനെ സം‌പിണ്ഡനമെന്ന് (consolidation) വിളിക്കുന്നു. സ്റ്റാഫിലൊകോക്കസ് ബാക്റ്റീരിയാ ബാധയാകട്ടെ കടുത്ത പഴുപ്പിലേക്കും ഊതക്ഷയത്തിലേക്കും, ശ്വാസകോശപ്പരുവിലേക്കും (abscess) നയിക്കാം. പഴുപ്പുനിറഞ്ഞ ഒരു കോടരം (cavity) ശ്വാസകോശത്തിലുണ്ടാവുന്നതും ഇതിൽ അസാധാരണമല്ല. ക്ഷയരോഗ ബാക്റ്റീരിയയും ആപ്സർജിലസ് പോലുള്ള പൂപ്പലുകളുമൊക്കെ ശ്വാസകോശത്തിൽ ദീർഘകാലം നീണ്ടുനിൽക്കുന്ന സനാതന കോശജ്വലനപ്രക്രിയകളാണുണ്ടാക്കാറ്. ഇതുമൂലം പലപ്പോഴും അണുബാധയുള്ളിടത്ത് കട്ടിയേറിയ കണികാമയമുഴകൾ (granuloma) ഉണ്ടാകാം.

രോഗാണുക്കളും രോഗിയിലെ പ്രതിരോധ പ്രതികരണവും
പ്രതിരോധക്ഷയമുള്ളവരിലെ ന്യുമോണിയ
ഇയോസിനോഫിലിക ന്യുമോണിയ (Eosinophilic Pneumonia)
ആശുപത്രിജന്യവും രോഗചികിത്സാർജ്ജിതവുമായ ന്യുമോണിയ