1942 ഫെബ്രുവരി രണ്ടിനാണ് വിചാരണക്കുശേഷം കോടതി വിധി പ്രസ്താവിച്ചത്. മഠത്തിൽ അപ്പു, കോയിത്താറ്റിൽ ചിരുകണ്ടൻ, പൊടോര കുഞ്ഞമ്പുനായർ, പള്ളിക്കൽ അബൂബക്കർ, ചൂരിക്കാടൻ കൃഷ്ണൻനായർ എന്നിവർക്ക് കോടതി വധശിക്ഷ വിധിച്ചു. മുപ്പത്തെട്ടു പേരെ കോടതി വിട്ടയച്ചു. ബാക്കി പ്രതിപ്പട്ടികയിലുള്ളവർക്ക് അഞ്ചു വർഷവും, രണ്ടു വർഷവും വീതം കഠിനതടവിനു ശിക്ഷിച്ചു. വിധി പ്രസ്താവിക്കുമ്പോൾ കൃഷ്ണൻനായർക്ക് 15 വയസ്സായിരുന്നു പ്രായം, അതുകൊണ്ട് ശിക്ഷ നടപ്പാക്കുന്നതിനു മുമ്പ് പ്രൊവിൻഷ്യൻ സർക്കാരിന്റെ ഉത്തരവിനായി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യണമെന്നും കോടതി വിധിന്യായത്തിൽ പ്രസ്താവിക്കുകയുണ്ടായി. പോലീസുകാരന്റെ ദുഷ്പ്രവർത്തികളെക്കുറിച്ച് വിധിയുടെ ഒരു ഭാഗത്ത് നിശിതമായി തന്നെ വിമർശിച്ചിരുന്നു. കേസിൽ രണ്ടാം പ്രതിയായിരുന്ന വി.വി.കുഞ്ഞമ്പുവിനെതിരേ സാക്ഷി പറഞ്ഞ പതിനൊന്നുപേരും കള്ളസാക്ഷിയാണ് പറഞ്ഞതെന്ന് കോടതി കണ്ടെത്തി. ഈ പതിനൊന്നു പേരും സാക്ഷി പറഞ്ഞ മറ്റു പ്രതികളും നിരപരാധികളാണെന്ന് കണ്ടെത്തി, വി.വി.കുഞ്ഞമ്പുവിനെയടക്കം കോടതി വെറുതെ വിട്ടു.. കേസിൽ പ്രായപൂർത്തിയാവാത്തതുകൊണ്ട് വധശിക്ഷ ലഭിക്കാതിരുന്ന ചൂരിക്കാടൻ കൃഷ്ണൻനായർക്ക് പിന്നീട് അഞ്ചുവർഷത്തെ തടവ് ശിക്ഷ ലഭിക്കുകയുണ്ടായി.

മൂന്നാംപ്രതിയായിരുന്ന ഇ.കെ.നായനാരെ പിടികൂടാൻ കഴിയാഞ്ഞതുകൊണ്ട് അദ്ദേഹത്തെ പ്രതിപ്പട്ടികയിൽ നിന്നും ഒഴിവാക്കുകയുണ്ടായി. എന്നാൽ കയ്യൂർ കേസിൽ പ്രതിയായ നായനാർ മറ്റൊരാളായിരുന്നുവെന്നും മുൻ കേരളമുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന ഇ.കെ.നായനാരെ ആളുമാറി കേസിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയതാണെന്നും ഒരഭിപ്രായമുള്ളതായി ചരിത്രഗവേഷകൻ എ.ശ്രീധരമേനോൻ രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു. ഇ.കെ.നായനാർക്ക് കയ്യൂർസമരത്തിൽ നേരിട്ടു പങ്കുണ്ടായിരുന്നില്ല എന്നും അദ്ദേഹം അഭിപ്രായപ്പെടുന്നു

വിധി
സമരം
കോയിത്താറ്റിൽ ചിരുകണ്ടൻ
പൊടോര കുഞ്ഞമ്പു നായർ