ഇലക്ട്രോൺ നീക്കപ്പെടുന്ന പ്രവർത്തനമായ ഓക്സീകരണം ഹൈഡ്രജനിൽ നടക്കുമ്പോൾ ഔപചാരികമായി H രൂപപ്പെടുന്നു, ഇലക്ട്രോണൊന്നുമില്ലാതെ ഒരു പ്രോട്ടോൺ മാത്രമുള്ള അണുകേന്ദ്രമാണ് ഇത്. അതുകൊണ്ടാണ്ട് H നെ പലപ്പോഴും പ്രോട്ടോൺ എന്ന് സൂചിപ്പിക്കപ്പെടുന്നത്. അമ്ലങ്ങളെ കുറിച്ചുള്ള വിവരണങ്ങളുടെ കേന്ദ്രഭാഗമാണ് ഇത്. ബ്രോൺസ്റ്റെഡ്-ലോറി (Bronsted-Lowry) സിദ്ധാന്തമനുസരിച്ച് അമ്ലങ്ങളെന്നാൽ പ്രോട്ടോൺ ദാതാക്കളും ക്ഷാരങ്ങളെന്നാൽ പ്രോട്ടോൺ സ്വീകർത്താക്കളുമാണ്. 

ഇലക്ട്രോണുകളോടെയുള്ള മറ്റ് അണുക്കളും തന്മാത്രകളുമുള്ള ലായനികളിലും അയോണിക പരലുകളിലും വെറും പ്രോട്ടോൺ മാത്രമായ H ന് നിലനിൽപ്പില്ല. ഉന്നത താപനിലകളിലുള്ള പ്ലാസ്മ അവസരങ്ങളിലല്ലാത്ത ഇത്തരം സന്ദർഭങ്ങളിൽ അണുക്കളുടേയും തന്മാത്രകളുടേയും ഇലക്ട്രോൺ മേഘങ്ങളിൽ നിന്ന് പ്രോട്ടോണുകൾ വേർപെടുത്താനും സാധിക്കില്ല, അവ അവിടെ പറ്റിച്ചേർന്നു തന്നെ കിടക്കും. എന്നാൽ മറ്റ് പദാർത്ഥളുടെ മേൽ ബന്ധിക്കപ്പെട്ട് കിടക്കുന്ന ധന ചാർജോടെയുള്ള ഹൈഡ്രജൻ കാറ്റയോണിനെ 'പ്രോട്ടോൺ' എന്ന് സൂചിപ്പിച്ചു വരുന്നു, അതു പോലെ സ്വതന്ത്രമായി കിടക്കുന്ന പ്രോട്ടോണുകളെ "" എന്നും സൂചിപ്പിക്കുന്നു.

ലായനിയിൽ "നഗ്ന പ്രോട്ടോൺ" എന്ന് വിവരിക്കുന്നതിനു പകരം ജലീയമായ അമ്ല ലായനികൾ ഭാവനാപരമായ "ഹൈഡ്രോണിയം അയോൺ" () ഉണ്ടെന്ന രീതിയിൽ പരിഗണിക്കപ്പെടുന്നു. അങ്ങനെയെങ്കിലും ലായനിയിൽ ചേർക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ഹൈഡ്രജൻ കാറ്റയോണുകൾ പോലെയുള്ള ക്ലസ്റ്ററുകൾ ക്രമീകരക്കപ്പെടുകയാണെന്നാണ് മനസ്സിലാക്കപ്പെടുന്നത്. ജലം മറ്റ് ലായനികളിൽ ചേരുമ്പോഴാണ് മറ്റ് ഒക്സോണിയം അയോണുകൾ കാണപ്പെടുന്നത്.

ഭൂമിയിൽ കാണപ്പെടുന്നില്ലെങ്കിലും പ്രപഞ്ചത്തിൽ ഏറ്റവും സുലഭമായി കാണപ്പെടുന്ന അയോണുകളിലൊന്നാണ് , ഇത് പ്രോട്ടോണീകരിക്കപ്പെട്ട തന്മാത്ര ഹൈഡ്രജൻ അല്ലെങ്കിൽ ത്രയാണു ഹൈഡ്രജൻ കാറ്റയോൺ (triatomic hydrogen cation) എന്ന് വിളിക്കപ്പെടുന്നു.

ഐസോടോപ്പുകൾ
ഇലക്ട്രോൺ ഊർജ്ജനിലകൾ
സംയുക്തങ്ങൾ
പ്രോട്ടോണുകളും അമ്ലങ്ങളും