ദക്ഷിണാഫ്രിക്കയിലെ എല്ലാ ജനവിഭാഗങ്ങളെയും ഉൾപ്പെടുത്തി നടത്തിയ ആദ്യത്തെ ജനാധിപത്യതിരഞ്ഞെടുപ്പ് 27 ഏപ്രിൽ 1994നു നടന്നു. എ. എൻ. സി 62% വോട്ടുകൾ നേടുകയും 10 മേയ്‌ 1994-നു മണ്ടേല ദക്ഷിണാഫ്രിക്കയുടെ ആദ്യത്തെ കറുത്തവർഗ്ഗക്കാരനായ പ്രസിഡന്റായി സ്ഥാനമേറ്റെടുത്തു. ആഫ്രിക്കൻ നാഷണൽ പാർട്ടിക്ക് ഭരണത്തിൽ മുൻപരിചയം ഉണ്ടായിരുന്നില്ലെങ്കിലും, നാഷണൽ പാർട്ടിയിലെ അംഗങ്ങൾ പുതിയ മന്ത്രിസഭയിൽ ഉണ്ടായിരുന്നുവെന്നത് മണ്ടേലക്ക് സഹായകരമായിരുന്നു. നാഷണൽ പാർട്ടിയിലെ ഡി ക്ലാർക്ക്‌ ആദ്യത്തെ ഡെപ്യൂട്ടി പ്രസിഡെന്റായും, താബോ എംബെക്കി രണ്ടാമത്തെ ഡെപ്യൂട്ടി പ്രസിഡന്റായും നാഷണൽ യൂണിറ്റി സർക്കാർ രൂപികരിക്കപ്പെട്ടു. പുതിയ സർക്കാരിന്റെ നയരൂപീകരണത്തിന് ഡെപ്യൂട്ടി പ്രസിഡന്റ് താബോ എംബെക്കിയെയാണ് മണ്ടേല ചുമതലയേൽപ്പിച്ചത്. 1999 ജൂൺ വരെ പ്രസിഡണ്ട്‌ സ്ഥാനത്ത്‌ തുടർന്ന മണ്ടേല, വർണ്ണവിവേചനത്തിൽനിന്നും ന്യൂനപക്ഷഭരണത്തിൽനിന്നും രാജ്യത്തെ ഐക്യത്തിലേക്ക്‌ നയിച്ചത്‌ അന്താരാഷ്ട്ര ശ്രദ്ധയാകർഷിച്ചു. 

76 ആമത്തെ വയസ്സിൽ അദ്ദേഹം സജീവ രാഷ്ട്രീയത്തിൽ നിന്നും പൂർണ്ണമായി വിരമിച്ചു. 1995 ൽ ബ്രിട്ടണിലെ എലിസബത്ത് രാജ്ഞി മണ്ടേലയെ ദക്ഷിണാഫ്രിക്കയിൽ വന്ന് സന്ദർശിച്ചത്, പാർട്ടിയിലെ മുതലാളിത്തവിരുദ്ധചേരിയിൽ നിന്നും വളരെയധികം വിമർശനത്തിനിടയാക്കി. വളരെ ലളിത ജീവിതം നയിച്ചിരുന്ന ഒരു വ്യക്തിയായിരുന്നു മണ്ടേല, തന്റെ വരുമാനത്തിന്റെ മൂന്നിലൊന്ന് താൻ തന്നെ തുടങ്ങിയ നെൽസൺ മണ്ടേല ചിൽഡ്രൻസ് ഫണ്ടിലേക്ക് സംഭാവനയായി നൽകിയിരുന്നു. 
1994 ൽ മണ്ടേലയുടെ ആത്മകഥയായ ലോങ് വാക്ക് ടു ഫ്രീഡം പ്രസിദ്ധീകരിച്ചു. 1995 ൽ ഭാര്യയായിരുന്ന വിന്നിയുമായി വിവാഹമോചന നടപടികളാരംഭിച്ചു. 1995 ൽ തന്നെ മൊസാംബിക്കിലെ രാഷ്ട്രീയ പ്രവർത്തകയായ ഗ്രേസ മഷേലുമായി മണ്ടേല ബന്ധം ആരംഭിച്ചിരുന്നു. മൊസാംബിക്കിലെ മുൻ പ്രസിഡന്റായിരുന്ന സമോറ മഷേലിന്റെ വിധവയായിരുന്നു ഗ്രേസ.

വർണ്ണവിവേചനത്തിനു വിരാമം
ആരോഗ്യനില
ദക്ഷിണാഫ്രിക്കൻ പ്രസിഡണ്ട്
ഗാന്ധിയൻ ആദർശങ്ങൾ