ഏകദേശം 30 മുതൽ 40 മിനിട്ടുവരെ സമയമെടുത്തു ചെയ്യുന്ന പൂജയാണ് ഇത്. ചങ്ങഴിമുറ്റത്തെ ഉണ്ണിയെ കൊന്ന പരിഹാരത്തിനായി ക്ഷേത്രത്തിൽ പന്തീരടിപൂജയ്ക്കുള്ള വസ്തുവകകൾ ഏർപ്പാടാക്കി നൽകിയത് ചെമ്പകശ്ശേരി രാജാവാണ്. പന്തീരടി പ്രസാദം (പന്തീരടിയുടെ പടച്ചോറ്) ഏറ്റുവാങ്ങാനായി കല്പിച്ചനുവദിച്ചു നൽകിയത് തിരുവെങ്കിടപുരം വാര്യത്തിനാണ്; ക്ഷേത്രത്തിൽ ഇന്നും ക്ഷേത്രത്തിൽ തിരുവെങ്കിടപുരം വാര്യത്തിനാണ് പന്തീരടിയുടെ പടച്ചോറ്.

ഉഷഃപൂജ
പുനഃധ്വജപ്രതിഷ്ഠ
പത്തില്ലത്തിൽ പോറ്റിമാർ
പന്തീരടിപൂജ