സാമാന്യം വലിപ്പമുള്ള രണ്ടുനില ചതുരശ്രീകോവിലാണ് തിരുനക്കര ക്ഷേത്രത്തിലുള്ളത്. മുഖമണ്ഡപത്തോടുകൂടിയ ശ്രീകോവിലിന്റെ ഇരുനിലകളും ചെമ്പുമേഞ്ഞിട്ടുണ്ട്. ശ്രീകോവിലിന്റെ മുകളിൽ മനോഹരമായ സ്വർണ്ണത്താഴികക്കുടം തിളങ്ങിനിൽക്കുന്നു. ശ്രീകോവിലിനകത്ത് മൂന്ന് മുറികളുണ്ട്. അവയിൽ പടിഞ്ഞാറേ അറ്റത്തുള്ളതാണ് വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിച്ച ഗർഭഗൃഹം. ഒന്നരയടി ഉയരം വരുന്ന സ്വയംഭൂവായ ശിവലിംഗം കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിയ്ക്കുന്നു. ശിവന് പ്രിയപ്പെട്ട കൂവളമാല, തുമ്പപ്പൂമാല, രുദ്രാക്ഷമാല തുടങ്ങിയവകൊണ്ട് വിഗ്രഹത്തിന്റെ നല്ലൊരു ഭാഗവും മൂടിയിട്ടിട്ടുണ്ടാകും. സ്വയംഭൂലിംഗമായതിനാൽ, മിനുക്കുപണികളൊന്നും തന്നെ നടത്തിയിട്ടില്ല. ശിവലിംഗത്തിനടുത്ത് കഷ്ടിച്ച് അരയടി മാത്രം ഉയരമുള്ള ഒരു പാർവ്വതീപ്രതിഷ്ഠയുമുണ്ട്. വളരെ സൂക്ഷിച്ചുനോക്കിയാൽ മാത്രമേ പഞ്ചലോഹനിർമ്മിതമായ ഈ കൊച്ചുവിഗ്രഹം കാണാൻ കഴിയൂ. ശിവലിംഗത്തിൽ നിന്ന് വീണുകിടക്കുന്ന മാലകൾ ഈ ദേവീപ്രതിഷ്ഠയെയും മൂടും. വിശ്വപ്രകൃതിയുടെ മൂലതേജസ്സിനെ മുഴുവൻ ആവാഹിച്ചുകൊണ്ട് പരബ്രഹ്മസ്വരൂപനായ സാക്ഷാൽ തിരുനക്കരമഹാദേവൻ, സ്വയംഭൂവായി പാർവ്വതീസമേതനായി ശ്രീലകത്ത് വാഴുന്നു.

ശ്രീകോവിൽ അതിമനോഹരമായ ചുവർച്ചിത്രങ്ങൾ കൊണ്ടും ദാരുശില്പങ്ങൾ കൊണ്ടും അലംകൃതമാണ്. ശിവകഥകൾ, ദശാവതാരം തുടങ്ങിയവ അവയിൽ പ്രധാനമാണ്. വടക്കുവശത്ത് വ്യാളീമുഖത്തോടുകൂടി ഓവ് നിർമ്മിച്ചിരിയ്ക്കുന്നു. ശിവക്ഷേത്രമായതിനാൽ ഇവിടെ പൂർണ്ണപ്രദക്ഷിണം പാടില്ല.

ശ്രീകോവിൽ
ദുർഗ്ഗാദേവി
നാലമ്പലം
ബ്രഹ്മരക്ഷസ്സ്