28 ഓഗസ്റ്റ് 2013 ന് മുജാഹിദീൻ സ്ഥാപകരിലൊരാളായ യാസിൻ ഭട്കലിനെയും മറ്റൊരു ഇന്ത്യൻ മുജാഹിദീൻ പ്രവർത്തകനെയും ഇന്ത്യൻ പോലീസും എൻ.ഐ.എയും ചേർന്ന് നേപ്പാൾ അതിർത്തിയിൽ വച്ച് അറസ്റ്റുചെയ്തു. ഇത് ഈ സംഘത്തെ പിടികൂടാനുള്ള പ്രവർത്തനങ്ങളിലെ ഒരു സുപ്രധാന വഴിത്തിരിവായിരുന്നു . 2008 ലെ അഹമ്മദാബാദ് സ്ഫോടന പരമ്പരയിലെ പ്രധാന വഴിത്തിരിവ് ലഭിച്ചത് സ്വിച്ച് ഓഫ് ആയിരുന്ന അഞ്ച് മൊബൈൽ ഫോൺ നമ്പറുകളിൽനിന്നാണെന്ന് ഗുജറാത്ത് പോലീസ് പറയുന്നു. സ്ഫോടനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ഭീകരർ അഞ്ചു സിം കാർഡുകൾ വാങ്ങിച്ചതായി ജോയിന്റ് കമ്മീഷണറായിരുന്ന ആശിഷ് ഭാട്ടിയ പറഞ്ഞു. ഈ സിം കാർഡുകൾ ഉള്ള മൊബൈൽ ഫോണുകൾ സ്ഫോടനം നടന്ന ദിവസം (ജൂലായ് 26) സ്വിച്ച് ഓഫായിരുന്നു. പൊതു ടെലിഫോൺ ബൂത്തുകളിൽ നിന്ന് ആ സിം കാർഡുകളിലേക്ക് വിളിക്കപ്പെടുന്ന ഫോൺ കോളുകളുടെ വിശകലനം അന്വേഷണത്തിന് മുഖ്യതെളിവുകൾ നൽകി. 

ഇവരുടെ നേതാവായ മുഫ്തി അബു ബഷീർ (അബ്ദുൾ വസീർ) അറസ്റ്റിലായ പത്തു പ്രതികളിൽ ഒരാളാണ്. 14 ഓഗസ്റ്റ് 2008ന് ഉത്തർപ്രദേശിലെ അസംഗ്രാഹിലെ സരായ്മീറിലുള്ള ഇയാളുടെ അച്ഛന്റെ വീട്ടിൽ വച്ചായിരുന്നു അറസ്റ്റ്. ഉത്തർപ്രദേശ് പോലീസിന്റെ സഹായത്തോടെയാണ് ഇയാളെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തത് . 

ഇവിടെയുള്ള ലോക്കൽ മദ്രസാത്തുൽ ഇഷാഹിലും പിന്നീട് സഹാറൻപൂറിലുള്ള ദിയോബന്ധിലും ഇയാൽ പഠനം നടത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഈ സ്ഫോടനത്തിന് 75,000 രൂപയുചെലവായെന്ന് ബഷീർ അവകാശപ്പെട്ടു. ഒരു സിമി പ്രവർത്തകൻ കച്ചിലെ തന്റെ വീട് വിറ്റാണ് ഈ തുക കണ്ടെത്തിയത്. 

സ്ഫോടനത്തിന്റെ സഹ ഗൂഢാലോചനക്കാരനായ തൗഖീർ എന്നറിയപ്പെടുന്ന അബ്ദുൾ സുബ്ഹാൻ ഖുറേഷിയോടൊപ്പം അഹമ്മദാബാദിൽ താമസിക്കുമ്പോളാണ് ബഷീർ അഞ്ചു സിം കാർഡുകൾ വിവിധ പ്രാദേശിക പേരുകളും വിലാസങ്ങളും ഉപയോഗിച്ച് സംഘടിപ്പിച്ചത്. ഗൂഢാലോചനയുടെ ആസൂത്രണത്തിൽ മൊഡ്യൂളിലെ മറ്റ് അംഗങ്ങളുമായി ബന്ധം നിലനിർത്താൻ ഈ സെൽ ഫോൺ നമ്പറുകൾ ഉപയോഗിച്ചു. ജൂലൈ 26 ന് ബഷീർ ഈ സിം കാർഡുകൾ ബോംബ് സ്ഥാപിക്കുന്നവർക്ക് നൽകിയിരുന്നു. ബോംബ് സ്ഥാപിച്ചതിനുശേഷം ഓരോ അംഗവും പൊതു ടെലഫോൺ ബൂത്തുകളിലൂടെ മറ്റുള്ളവരെ വിവരമറിയിച്ചു. ഈ നമ്പറുകൾ കോളുകൾ സ്വീകരിക്കുന്നതിന് മാത്രം ഉപയോഗിച്ചു. ജുഹാപുരയിൽ നിന്ന് ധാരാളം കോളുകൾ ഉണ്ടായിരുന്നു. അവിടെ സംഘത്തിന്റെ പ്രധാന അംഗങ്ങളിൽ ഒരാളായ സഹീദ് ഷെയ്ഖ് സാർക്ക്ജ് ഹൈവേക്ക് സമീപം സന്ധി അവന്യുവിൽ താമസിച്ചിരുന്നു. സ്ഫോടനത്തിനുശേഷം ഈ നമ്പറുകൾ പെട്ടെന്ന് നിഷ്ക്രിയമായിത്തീർന്നു. 

2013 ഫെബ്രുവരി 21, 7:01ന് ഹൈദരാബാദിൽ നടന്ന സഫോടനങ്ങളിൽ ഇന്ത്യൻ മുജാഹിദീനിന് പങ്കുണ്ടെന്ന് സർക്കാർ സംശയിക്കുന്നു. 

മുംബൈയിലെ പോലീസ് കസ്റ്റഡിയിലുള്ള ഇന്ത്യൻ മുജാഹിദ്ദീന്റെ പ്രധാന അംഗങ്ങൾ ഇത് സ്ഥിരീകരിക്കാനായി സർക്കാർ കാത്തിരിക്കുന്നു. 

2014 മാർച്ചിൽ ഡൽഹി പോലീസിലെ സ്പെഷ്യൽ സെൽ നാലുപേരെ അറസ്റ്റു ചെയ്തു. ഇവരിൽ ഒരാൾ വാക്കിസ് എന്ന ജാവേദ് എന്നയാളാണ്. ഈ സംഘത്തിലുള്ള ബോംബ് നിർമ്മാണത്തിൽ വൈദഗ്ദ്ധ്യമുള്ളവരിൽ ഒരാളാണ് ജാവേദ്. ഇവർ രാജസ്ഥാനിലെ ജയ്പൂരിലും ജോധ്പുറിലും വച്ചാണ് അറസ്റ്റിലായത്. 

ന്യൂഡൽഹിയിലെ ജുമ മസ്ജിദിൽ നടന്ന തീവ്രവാദി ആക്രമണത്തിൽ ഉൾപ്പെടെ നിരവധി കേസുകളിൽ പ്രതിയാണ് ഇജാസ് ഷെയ്ക്ക്. 2014 സെപ്റ്റംബർ 6 ന് പടിഞ്ഞാറൻ ഉത്തർപ്രദേശിലെ സഹാറൻപൂർ മേഖലയിൽ നിന്നും ഡൽഹി പോലീസ് സ്പെഷൽ സെൽ ഇയാളെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തു. ഇന്ത്യൻ മുജാഹിദ്ദീന്റെ ഒരു പ്രധാന അംഗമായി ഇയാൾ കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. 

സംശയിക്കപ്പെട്ടവരും അറസ്റ്റുകളും
പശ്ചാത്തലം
ഡൽഹി ഗ്രൂപ്പ്
ജാമിയ നഗർ ഏറ്റുമുട്ടൽ