നിത്യേന അഞ്ചുപൂജകളും മൂന്നുശീവേലികളുമുള്ള മഹാക്ഷേത്രമാണ് വൈക്കം മഹാദേവക്ഷേത്രം. കാലത്ത് മൂന്നുമണിയോടെ നടതുറന്നുകഴിഞ്ഞാൽ ആദ്യം നിർമ്മാല്യദർശനം. നിർമ്മാല്യം തൊഴുന്നത് അതിവിശിഷ്ടമായി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. അതിനുശേഷം ശിവലിംഗത്തിലെ അലങ്കാരങ്ങളൊക്കെ മാറ്റുന്നു. തുടർന്ന് ശംഖാഭിഷേകം. ക്ഷേത്രക്കുളത്തിലെ ജലം വലമ്പിരി ശംഖിൽ നിറച്ച് മന്ത്രപുരസ്സരം അഭിഷേകം ചെയ്യുന്ന ചടങ്ങാണിത്. ശംഖാഭിഷേകത്തിനുശേഷം ശിവലിംഗം ഭസ്മം, രുദ്രാക്ഷമാല, കൂവളമാല, തുമ്പപ്പൂമാല, ചന്ദ്രക്കലകൾ, ത്രിനേത്രങ്ങൾ തുടങ്ങിയവകൊണ്ട് അലങ്കരിച്ച് മനോഹരമാക്കുന്നു. പിന്നെ മലർ നിവേദ്യം. അതിനുശേഷം നാലുമണിയ്ക്ക് ഉഷഃപൂജ നടത്തുന്നു. സൂര്യോദയസമയത്ത് എതിരേറ്റുപൂജയും തുടർന്ന് ശിവന്റെ തിടമ്പ് എഴുന്നള്ളിച്ചുകൊണ്ട് എതിരേറ്റുശീവേലിയും നടത്തുന്നു. ശീവേലി കഴിഞ്ഞാൽ നവകാഭിഷേകവും പലതരം ധാരകളും നടത്തും. എട്ടുമണിയ്ക്ക് പന്തീരടിപൂജ. നിഴലിന് പന്ത്രണ്ടടി നീളമുള്ളപ്പോൾ നടത്തുന്ന പൂജയായതുകൊണ്ടാണ് ഈ പേരുവന്നത്. പിന്നീട് പതിനൊന്നുമണിയ്ക്ക് ഉച്ചപൂജ തുടങ്ങുന്നു. അതിനോടനുബന്ധിച്ച് ശതകലശമുണ്ട്. ഉച്ചപൂജയ്ക്കുശേഷം ഉച്ചശീവേലി. രാവിലത്തെ ശീവേലിയ്ക്കുള്ള അതേ ചടങ്ങുകളാണ് ഉച്ചശീവേലിയ്ക്കും. ഉച്ചശീവേലി കഴിഞ്ഞ് ഉച്ചയ്ക്ക് പന്ത്രണ്ടുമണിയ്ക്ക് നടയടയ്ക്കുന്നു.

വൈകീട്ട് നാലുമണിയ്ക്ക് വീണ്ടും നട തുറക്കുന്നു. സന്ധ്യയ്ക്ക് സൂര്യാസ്തമയസമയത്ത് ദീപാരാധന നടക്കുന്നു. പണ്ട് ഇവിടത്തെ പരദേശബ്രാഹ്മണരുടെ വകയായി 'സന്ധ്യവേല' എന്നൊരു ചടങ്ങ് മുമ്പ് എല്ലാ ദിവസവും ദീപാരാധനാസമയത്ത് ഉണ്ടായിരുന്നു. ഇന്ന് അത് വിശേഷദിവസങ്ങളിൽ മാത്രമായി ഒതുങ്ങി. ദീപാരാധന കഴിഞ്ഞാൽ രാത്രി എട്ടുമണിയ്ക്ക് അത്താഴപൂജയും എട്ടരയ്ക്ക് അത്താഴശീവേലിയും നടത്തി ഒമ്പതുമണിയ്ക്ക് നടയടയ്ക്കുന്നു.

ക്ഷേത്രത്തിൽ സാധാരണദിവസങ്ങളിലെ പൂജാക്രമങ്ങളാണ് മേൽ വിവരിച്ചവ. വിശേഷദിവസങ്ങളിൽ (ഉദാ: വൈക്കത്തഷ്ടമി മഹോത്സവം, ശിവരാത്രി, തിങ്കളാഴ്ച, പ്രദോഷവ്രതം, തിരുവാതിര (വിശേഷിച്ച് ധനുമാസത്തിൽ), ഉദയാസ്തമനപൂജ, സഹസ്രകലശം) പൂജകൾക്ക് മാറ്റം വരും. ഈ ദിവസങ്ങളിൽ ഋഷഭവാഹനത്തിലേറ്റിയാണ് അത്താഴശീവേലി നടത്തുന്നത്.

ക്ഷേത്രത്തിൽ ഭദ്രകാളി മറ്റപ്പിള്ളി, മേക്കാട്ട് എന്നീ കുടുംബങ്ങളിൽ നിന്നായി രണ്ട് തന്ത്രിമാരുണ്ട്. രണ്ട് തന്ത്രിമാർ ക്ഷേത്രത്തിൽ വന്നതിനെപ്പറ്റി രസകരമായ ഒരു കഥയുണ്ട്. ആദ്യം ക്ഷേത്രത്തിൽ ഒരു തന്ത്രിയേ ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളൂ. വൈക്കത്തിനടുത്തുള്ള മോനാട്ടില്ലത്തിനായിരുന്നു തന്ത്രാധികാരം. ഒരിയ്ക്കൽ ക്ഷേത്രത്തിൽ അതിഭയങ്കരമായ ഒരു അഗ്നിബാധയുണ്ടായി. വിവരമറിഞ്ഞ തന്ത്രി ഉടനെത്തന്നെ ഓടിയെത്തി ശ്രീകോവിലിനകത്ത് കയറി ശിവലിംഗം ഒരു തുണികൊണ്ട് മൂടി. താൻ മരിച്ചാലും കുഴപ്പമില്ല, വിഗ്രഹം രക്ഷപ്പെടണം എന്നായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ ആഗ്രഹം. വരുണമന്ത്രം ജപിച്ച് തന്ത്രി ശ്രീകോവിലിൽ ശിവലിംഗത്തിനടുത്തുതന്നെ കഴിഞ്ഞു. നാട്ടുകാർ ഓടിയെത്തി തീയണച്ചപ്പോൾ തന്ത്രിയ്ക്ക് ബോധമില്ല. ഉടനെ മുഖത്ത് വെള്ളം തെളിച്ച് അദ്ദേഹത്തെ ഉണർത്തി. പിന്നീട് ശ്രീകോവിലിൽനിന്ന് പുറത്തിറങ്ങിയശേഷം അദ്ദേഹം ശിവലിംഗത്തിലേയ്ക്ക് നോക്കി ഇങ്ങനെ പറഞ്ഞു: 'അല്ലയോ വൈക്കത്തപ്പാ, ഇനി ഇതുപോലെ വല്ല അത്യാഹിതവും വന്നാൽ എന്റെ വംശത്തിൽ പെട്ടവർ രക്ഷിയ്ക്കാൻ തുനിഞ്ഞെന്ന് വരില്ല. അതിനാൽ ഞാൻ തന്ത്രം ഒഴിയുന്നു'. എന്നാൽ അക്കാര്യം വൈക്കത്തപ്പന് ഇഷ്ടമായില്ലെന്നാണ് കഥ. തന്ത്രമൊഴിഞ്ഞതിന്റെ ഫലമായി ആ കുടുംബം അന്യം നിന്നുപോയി. പിന്നീട് തന്ത്രം മേക്കാട്ടില്ലക്കാർക്ക് കിട്ടി. അങ്ങനെയിരിയ്ക്കെ ക്ഷേത്രത്തിൽ കൊട്ടാൻ അവകാശമുള്ള മാരാർ കുടുംബത്തിൽ പുരുഷന്മാർ ആരുമില്ലാതായി. ഗർഭിണിയായ ഒരു മാരസ്യാർ മാത്രം അവശേഷിച്ചു. അവർ ബന്ധുക്കളോട് കാര്യം പറഞ്ഞപ്പോൾ കൊട്ട് തുടരാൻ അവർ പറഞ്ഞു. അങ്ങനെ അവർ ക്ഷേത്രത്തിൽ കടന്ന് തന്ത്രിയോട് അനുവാദം ചോദിച്ചു. തന്ത്രി പറഞ്ഞു: 'നിന്റെ കുടുംബത്തിന്റെ വൃത്തി തുടരണമെങ്കിൽ നിനക്ക് തുടരാം. പക്ഷേ നിനക്ക് കൊട്ടാനാകുമെന്ന് നീ തെളിയിയ്ക്കണം'. മാരസ്യാർ പറഞ്ഞു: 'അങ്ങനെയെങ്കിൽ അങ്ങനെ'. തുടർന്ന് തന്ത്രി ശ്രീഭൂതബലി തൂകാൻ തുടങ്ങി. മാരസ്യാർക്ക് സാക്ഷാൽ നടരാജമൂർത്തിയുടെ ആവേശമുണ്ടായി. അവർ തിമില മുറുക്കിക്കൊട്ടാൻ തുടങ്ങി. തന്ത്രിയ്ക്ക് കണക്കനുസരിച്ച് ബലി തൂകാൻ കഴിയാതെ വന്നു. ഭൂതഗണങ്ങൾ അദ്ദേഹത്തിനുനേരെ വായും പൊളിച്ച് പാഞ്ഞടുത്തു. അദ്ദേഹം നക്ഷത്രമെണ്ണിക്കിടപ്പായി. ആ സമയത്ത് തന്ത്രവിദ്യാകുലപതിയായ ഭദ്രകാളി മറ്റപ്പിള്ളി നമ്പൂതിരിപ്പാട് ക്ഷേത്രത്തിന് പടിഞ്ഞാറുള്ള വേമ്പനാട്ട് കായലിലൂടെ തോണിയിൽ യാത്ര ചെയ്യുകയായിരുന്നു. കൊച്ചീരാജാവിനെ കണ്ട് സ്വദേശത്തേയ്ക്ക് മടങ്ങുകയായിരുന്ന അദ്ദേഹം ക്ഷേത്രത്തിൽ നടക്കുന്ന കോലാഹലങ്ങൾ കേട്ട് തോണി കരയ്ക്കടുപ്പിയ്ക്കാൻ തോണിക്കാരനോട് പറഞ്ഞു. തുടർന്ന് പടിഞ്ഞാറേ നടയിലൂടെ അകത്ത് കടന്ന അദ്ദേഹം ഉടനെ മേക്കാട്ട് തന്ത്രിയെ കണ്ടു. ശ്രീഭൂതബലിയുടെ ബുദ്ധിമുട്ടുകൾ മേക്കാടൻ മറ്റപ്പിള്ളിയെ പറഞ്ഞുകേൾപ്പിച്ചു. തന്ത്രം പകുതി തനിയ്ക്കും തരുമോ എന്ന് മറ്റപ്പള്ളി മേക്കാടനോട് ചോദിച്ചു. മേക്കാടൻ സമ്മതിച്ചു. ഉടനെത്തന്നെ മറ്റപ്പള്ളി ക്ഷേത്രക്കുളത്തിൽ മുങ്ങി തറ്റുടുത്ത് വന്ന് മേക്കാടന്റെ കയ്യിൽനിന്ന് ഹവിസ്സ് വാങ്ങി ബലി തൂകാൻ തുടങ്ങി. മാരസ്യാരോട് അടച്ചുകൊട്ടാൻ അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. തുടർന്ന് രണ്ട് തന്ത്രിമാരും കൂടി ബലി തൂകി. കൂടാതെ മറ്റപ്പിള്ളി തന്റെ പെരുവിരൽ ഒരു പേനാക്കത്തി കൊണ്ട് മുറിച്ച് അതിൽനിന്നുള്ള ചോര ഭൂതഗണങ്ങൾക്ക് കൊടുത്തു. അങ്ങനെ ഒന്നിടവിട്ട വർഷങ്ങളിൽ തന്ത്രം ഭദ്രകാളി മറ്റപ്പിള്ളിയും മേക്കാടനും കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ തുടങ്ങി. ഇതിന്റെ പ്രതീകമായി ഒരുവർഷം ഉത്സവത്തിന് കൊടിക്കൂറ തെക്കോട്ടാണ് (ഭദ്രകാളി മറ്റപ്പിള്ളി ഇല്ലത്തിന്റെ സ്ഥാനം) കെട്ടുന്നതെങ്കിൽ അടുത്ത വർഷം വടക്കോട്ടായിരിയ്ക്കും (മേക്കാട്ട് ഇല്ലത്തിന്റെ സ്ഥാനം).

ക്ഷേത്രത്തിലെ മേൽശാന്തി അവകാശം തരണി ഇല്ലത്തിനാണ്. വൈക്കം ക്ഷേത്രത്തിലെ ശാന്തിയ്ക്കായി കടത്തുനാട്ടുനിന്ന് കുടിയേറിവന്ന ഒരു ബ്രാഹ്മണകുടുംബമാണിത്. ആദ്യം ചോഴമംഗലത്തില്ലത്തുനിന്നായിരുന്നു മേൽശാന്തി. പിന്നീട് ആറങ്ങോട്ടില്ലത്തിനായി. ഈ രണ്ടില്ലങ്ങളും അന്യം നിന്നുപോയപ്പോഴാണ് തരണി ഇല്ലം മേൽശാന്തിമാരായത്. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ കിഴക്കേ നടയിലാണ് മേൽശാന്തിമഠം. തരണി ഇല്ലത്തിനൊപ്പം കടത്തനാട്ടുനിന്ന് കുടിയേറിവന്ന മറ്റ് പത്ത് ബ്രാഹ്മണകുടുംബങ്ങൾ കീഴ്ശാന്തിപ്പണി ചെയ്യുന്നു.

നിത്യപൂജകൾ
നാലമ്പലം
രാമായണമാസം, ഗണപതിഹോമം, ഇല്ലം നിറ, തൃപ്പുത്തരി
ക്ഷേത്രപരിസരവും മതിലകവും