യുവാൻ ഡി യെപെസ് ആൽവരസ് എന്ന് നാമകരണം ചെയ്യപ്പെട്ട യോഹന്നാൻ ജനിച്ചത്, യഹൂദമതത്തിൽ നിന്ന് കത്തോലിക്കാസഭയിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യപ്പെട്ട ഒരുകുടുംബത്തിലാണ്. പിതാവ് ധനികകുടുംബത്തിൽ നിന്നായിരുന്നെങ്കിലും ഒരു നെയ്ത്തുകാരന്റെ മകളായ യോഹന്നാന്റെ അമ്മയെ വിവാഹം കഴിച്ചതിനെ തുടർന്ന്, കുടുംബം അദ്ദേഹത്തെ പുറത്താക്കുകയും കുടുംബസ്വത്തിനുള്ള അവകാശം എടുത്തുകളയുകയും ചെയ്തിരുന്നു. യോഹന്നാൻ ബാലനായിരിക്കുമ്പോൾ തന്നെ പിതാവ് മരിച്ചു. യോഹന്നാനും അദ്ദേഹത്തിന്റെ രണ്ട് മൂത്ത സഹോദരന്മാരും വിധവയായ അമ്മയും ദാരിദ്ര്യവുമായി മല്ലടിച്ച് സ്പെയിനിലെ കാസ്റ്റീൽ പ്രവിശ്യയിലെ പലഗ്രാമങ്ങളിലും മാറിമാറി താമസിച്ചു. ആ അലഞ്ഞുതിരിയലിനൊടുവിൽ 1551-ൽ അവർ മെദീന ദെൽ കാമ്പോ എന്ന ഗ്രാമത്തിലെത്തി. അവിടെ ആശുപത്രിയിൽ ജോലിചെയ്ത യോഹന്നാൻ 1559 മുതൽ 1563 വരെ പാവപ്പെട്ട കുട്ടികൾക്കുവേണ്ടി ഈശോസഭക്കാർ നടത്തിയിരുന്ന ഒരു സ്കൂളിൽ പഠിച്ചു. സ്പാനിഷ് വിശുദ്ധൻ ഇഗ്നേഷ്യൻ ലയോള അടുത്തകാലത്ത് സ്ഥാപിച്ച ഒരു പുതിയ പ്രസ്ഥാനമായിരുന്നു ഈശോസഭ അന്ന്. 1563 ഫെബ്രുവരി 24-ന് അദ്ദേഹം കർമ്മലീത്താ സന്യാസസഭയിൽ പ്രവേശിച്ച്, യോഹന്നാൻ ഹുവാൻ ഡി സാന്തോ മറ്റിയ എന്ന പേരിൽ സന്യാസാർത്ഥിയായി.
അടുത്ത വർഷം(1564) കർമ്മലീത്താസന്യാസിയായി വ്രതവാഗ്ദാനം നടത്തിയതിനെ തുടർന്ന്, അദ്ദേഹം സലമാങ്കായിലെത്തി അവിടത്തെ പ്രസിദ്ധമായ സർവകലാശാലയിലെ വിശുദ്ധ അന്ത്രയോസിന്റെ കോളേജിൽ ദൈവശാസ്ത്രവും തത്ത്വശാസ്ത്രവും പഠിച്ചു. വേദപുസ്തകവ്യാഖ്യാനത്തിലും, എബ്രായ-അരമായ ഭാഷകളിലും അതത് വിഷയങ്ങളിലെ വിദഗ്ദ്ധന്മാരിൽ നിന്ന് അക്കാലത്ത് നേടിയ അറിവ്, യോഹന്നാന്റെ പിൽക്കാലരചനകളെയൊക്ക സ്വാധീനിച്ചിട്ടുണ്ട്. ബൈബിൾ വ്യാഖ്യാനത്തിൽ അവിടെ അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഗുരുവായിരുന്ന ളൂയീസ് ഡി ലിയോൺ എന്ന സന്യാസി ആ രംഗത്തെ ഒന്നാം‌കിടക്കാരിൽ ഒരാളായിരുന്നു. എബ്രായബൈബിളിലെ ഉത്തമഗീതം അദ്ദേഹം സ്പാനിഷ് ഭാഷയിലേക്ക് മൊഴിമാറ്റം ചെയ്തിരുന്നു. ബൈബിൾ ഗ്രന്ഥങ്ങളെ നാട്ടുഭാഷയിലേക്ക് പരിഭാഷചെയ്യുന്നത് വിലക്കപ്പെട്ടിരുന്ന അക്കാലത്ത്, ആ മൊഴിമാറ്റം വിവാദപരമായി.

ജനനം, വിദ്യാഭ്യാസം
തടവ്, എഴുത്ത്
കർമ്മല മലകയറ്റവും മറ്റും
ജീവിതം