ക്ഷേത്രത്തിലെ മുഖ്യപ്രതിഷ്ഠകളിലൊന്ന്. സാധാരണ ക്ഷേത്രങ്ങളിലുള്ളതുപോലെത്തന്നെയാണ് ഇവിടെയും വിഷ്ണുപ്രതിഷ്ഠ. നാലടി ഉയരമുള്ള നിൽക്കുന്ന രൂപത്തിലുള്ള ശിലാവിഗ്രഹത്തിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായാണ് പരമാത്മാവായ ഭഗവാൻ കുടികൊള്ളുന്നത്. ചതുർബാഹുവായ ഭഗവാൻ തൃക്കൈകളിൽ ശംഖ്, ചക്രം, ഗദ, താമര എന്നിവ ധരിച്ചിരിയ്ക്കുന്നു. ഗുരുവായൂരപ്പപ്രതിഷ്ഠയ്ക്ക് സാക്ഷ്യം വഹിച്ച ശിവൻ മമ്മിയൂരിൽ സ്വയംഭൂവായി അവതരിച്ചപ്പോൾ വിഷ്ണുവും ഇവിടെ കുടികൊണ്ടുവെന്നും തന്മൂലം ഈ പ്രതിഷ്ഠ ശ്രീഗുരുവായൂരപ്പൻ തന്നെയാണെന്നും വിശ്വസിച്ചുവരുന്നു. പാൽപ്പായസം, അപ്പം, അട, വെണ്ണ, കദളിപ്പഴം, തുളസിമാല, പുരുഷസൂക്താർച്ചന തുടങ്ങിയവയാണ് വിഷ്ണുഭഗവാന്റെ പ്രധാന വഴിപാടുകൾ.

ശ്രീ മമ്മിയൂരപ്പൻ (ശിവൻ)
ശ്രീ മഹാവിഷ്ണു
തിരുവാതിര
ശ്രീകോവിലുകൾ