നിത്യേന അഞ്ചുപൂജകളും മൂന്നുശീവേലികളുമുള്ള മഹാക്ഷേത്രമാണ് പഴയന്നൂർ ഭഗവതിക്ഷേത്രം. പുലർച്ചെ അഞ്ചുമണിയ്ക്ക് നടതുറക്കുന്നു. ആദ്യം നിർമ്മാല്യദർശനമാണ്. അതിനുശേഷം അഭിഷേകവും മലരുനിവേദ്യവും നടത്തുന്നു. തുടർന്ന് അഞ്ചരയോടെ ഉഷഃപൂജയും സൂര്യോദയസമയത്ത് എതിരേറ്റുപൂജയും ഗണപതിഹോമവും നടത്തുന്നു. രാവിലെ ഏഴുമണിയ്ക്ക് ഉഷഃശീവേലിയാണ്. എട്ടുമണിയ്ക്ക് പന്തീരടിപൂജയും തുടർന്ന് പത്തുമണിയോടെ ഉച്ചപ്പൂജയും പത്തരയ്ക്ക് ഉച്ചശീവേലിയും നടത്തി പതിനൊന്നുമണിയ്ക്ക് നടയടയ്ക്കുന്നു.

വൈകീട്ട് അഞ്ചുമണിയ്ക്ക് വീണ്ടും നടതുറക്കുന്നു. സന്ധ്യയ്ക്ക് സൂര്യാസ്തമയമനുസരിച്ച് ദീപാരാധന നടത്തുന്നു. ഏഴുമണിയ്ക്ക് അത്താഴപ്പൂജയും ഏഴരയ്ക്ക് അത്താഴശീവേലിയും കഴിഞ്ഞ് രാത്രി എട്ടുമണിയ്ക്ക് വീണ്ടും നടയടയ്ക്കുന്നു.

സാധാരണദിവസങ്ങളിലെ പൂജാക്രമങ്ങളാണ് മേൽ സൂചിപ്പിച്ചത്. വിശേഷദിവസങ്ങളിലും (ഉദാ: കൊടിയേറ്റുത്സവം, നിറമാല, നവരാത്രി, തൃക്കാർത്തിക, അഷ്ടമിരോഹിണി) സൂര്യ-ചന്ദ്രഗ്രഹണങ്ങളുള്ള ദിവസങ്ങളിലും ഉദയാസ്തമനപൂജയുള്ള ദിവസങ്ങളിലും ഇവയ്ക്ക് മാറ്റമുണ്ടാകും. ഉദയാസ്തമനപൂജയുള്ള ദിവസം പതിനെട്ട് പൂജകളുണ്ടാകും. 

പെരുവനം കുന്നത്ത് പടിഞ്ഞാറേടത്ത് ഭട്ടതിരിമാർക്കാണ് ക്ഷേത്രത്തിലെ തന്ത്രാധികാരം. മേൽശാന്തി, കീഴ്ശാന്തി പദവികൾ ദേവസ്വം ബോർഡ് നിയമനമാണ്.

നിത്യപൂജകളും തന്ത്രവും
ഉത്സവങ്ങൾ
ശ്രീ പഴയന്നൂരമ്മ (ഭഗവതി)
നാഗദൈവങ്ങൾ