തെക്കുകിഴക്കൻ സുലവേസിയിൽ, 05°12’-06°10’തെക്കും and 123°20’-124°39’കിഴക്കുമായി വാകടോബി ദേശീയോദ്യാനം സ്ഥിതിചെയ്യുന്നു. ഈ ദേശീയോദ്യാനത്തിന്റെ വടക്കുകിഴക്കായി ബാൻഡ കടലും തെക്കുപടിഞ്ഞാറായി ഫ്‌ളോറസ് കടലും സ്ഥിതിചെയ്യുന്നു.

വാങ്ങി-വാങ്ങി, കടെലുപ, ടോമിയ, ബിനോങ്കോ എന്നീ നാല് വലിയ ദ്വീപുകളും, ടോക്കോബാവോ, ഉത്തര ലിൻറെ, ദക്ഷിണ ലിന്റെ, ഹോഗാ, ടോളണ്ടോണോ, കമ്പെനോനി മുതലായ അനേകം ചെറു ദ്വീപുകളും കൂട്ടിച്ചേർന്നതാണ് വാകടോബി ദേശീയോദ്യാനം. വാങ്ങി-വാങ്ങി ദ്വീപിലെ 274 മീറ്റർ (899 അടി) ആണ് ഏറ്റവും ഉയരം കൂടിയ വാകടോബി ദേശീയോദ്യാനത്തിലെ സ്ഥലം. ടോമിയ ദ്വീപിലെ ലാഗോലെ കുന്ന് (271 മീ.), ബിനോങ്കോ ദ്വീപിലെ റ്റർപാടു കുന്ന് (222 മീ.), കടെലുപ ദ്വീപിലെ സംപുവാജിവോളോ പർവതം(203 മീ.) എന്നിവയാണ് ഉയരം കൂടിയ മറ്റു സ്ഥലങ്ങൾ. ജലത്തിന്റെ ആഴം വ്യത്യസ്തമാണ്. ഏറ്റവും ആഴം കൂട്ടിയ സ്ഥലം 1,044 മീറ്റർ (3,425 അടി) ആണ്.

ഇന്തോനേഷ്യയിലെ മൂന്നാമത്തെ വലിയ സമുദ്രോദ്യാനമാണ് വാകടോബി. പ്രസിദ്ധനായ ഫ്രഞ്ച് സമുദ്രാന്തര ഗവേഷകനും,പര്യവേക്ഷകനും ചലച്ചിത്രകാരനുമായിരുന്ന ഴാക്ക് കുസ്തോ വാകടോബി ദ്വീപുകളെ വെള്ളത്തിനടിയിലെ നിർവാണം എന്നാണ് വിശേഷിപ്പിച്ചത്. ഇന്ന് വാകടോബി ജില്ല മുഴുവൻ പരന്നു കിടക്കുന്ന ഒരു ദേശീയോദ്യാനമാണിത്. 1.4 ദശലക്ഷം ഹെക്ടർ വിസ്തൃതിയാണിതിനുള്ളത്. ഇതിൽ ഒമ്പത് ലക്ഷം ഹെക്ടറിലും ഉഷ്ണമേഖലാ പവിഴപ്പുറ്റുകൾ നിലനിൽക്കുന്നു. ലോകത്തിൽ തന്നെ പവിഴപ്പുറ്റിന്റെ ഇനങ്ങളുടെയും, മത്സ്യങ്ങളുടെ ഇനങ്ങളുടെയും എണ്ണത്തിൽ ഒന്നാം സ്ഥാനം വാകടോബി ദേശീയോദ്യാനത്തിനാണ്. ഇന്തോനേഷ്യയിലെ ഏറ്റവും വലിയ പവിഴപ്പുറ്റ് പരിസ്ഥിതിയാണ് വാകറ്റോബി. ഓസ്‌ട്രേലിയയിലെ ഗ്രേറ്റ് ബാരിയർ റീഫ് മാത്രമാണ് വലിപ്പത്തിൽ വാകടോബിയേക്കാൾ മുന്നിലുള്ളത്.
വലുതും ചെറുതും ആയ മത്സ്യങ്ങളുടെയും, ഡോൾഫിനുകളുടെയും, കടലാമകളുടെയും, തിമിംഗിലങ്ങളുടെയും ആവാസ വ്യവസ്ഥയാണ് ഈ പവിഴപ്പുറ്റുകൾ.

ഇവിടത്തെ 143 ദ്വീപുകളിൽ ഏഴെണ്ണത്തിൽ മാത്രമേ മനുഷ്യവാസമുള്ളൂ. ഏകദേശം ഒരു ലക്ഷമാണ് ഇവിടങ്ങളിലെ ആകെ ജനസംഖ്യ. ബാജോ സമുദായവും, മുക്കുവരായ നാടോടികളുമാണ് ഈ ദ്വീപുകളിൽ അധിവസിക്കുന്ന പ്രധാന ജനവിഭാഗങ്ങൾ.

മനുഷ്യവാസം
സംരക്ഷണവും ഭീഷണികളും
ഭൂമിശാസ്ത്രം
ജൈവ വൈവിദ്ധ്യം