കമ്പനിയുടെ മാറിയ ലക്ഷ്യം പഴശ്ശിയെ അസ്വസ്ഥനാക്കി. പിന്നീട് ഭരണകാര്യങ്ങളിൽ കമ്പനിയുടെ യാതൊരു ഇടപെടലുകളും കേരളവർമ്മ പഴശ്ശിരാജ അനുവദിച്ചില്ല. തന്റെ അനുവാദം കൂടാതെ കോട്ടയം ചന്തയിൽ മുസ്ലിങ്ങൾ പണികഴിപ്പിച്ച പള്ളി പഴശ്ശിരാജ പൊളിച്ചുകളയുകയും കൂടാതെ ആറു മുസ്ലിങ്ങളെ വധിക്കുകയും ചെയ്തു. പഴശ്ശിയെ പിണക്കാൻ കമ്പനിയും തയ്യാറായിരുന്നില്ല. നേരത്തേ പഴശ്ശിയെക്കൊണ്ട് ഒപ്പിടുവിച്ച കരാറിൽ വിട്ടുവീഴ്ചകൾ ചെയ്യാൻ കമ്പനി തയ്യാറായി. മൈസൂർ സൈന്യവുമായുള്ള യുദ്ധത്തിൽ സഹായിച്ചതിനുള്ള പ്രത്യുപകാരമാണ് ഈ ഇളവുകളെന്ന് കമ്പനി പ്രഖ്യാപിക്കുകയും ചെയ്തു. 

എന്നാൽ പിന്നീടു വന്ന കമ്പനി മേധാവിയായ ജെ.സ്റ്റീവൻസ് , ഇത്തരം ഇളവുകളെല്ലാം ഉടനടി റദ്ദു ചെയ്തു. മാത്രവുമല്ല പഴശ്ശിരാജയുമായി കമ്പനി ഒപ്പു വെച്ച എല്ലാ കരാറുകളും അവസാനിക്കുന്നതായി പ്രഖ്യാപിക്കുകയും ചെയ്തു. കൂടാതെ കോട്ടയംകോവിലകത്തുനിന്നും നികുതിപിരിക്കുന്നതിൽനിന്നും കുറുമ്പ്രനാട് രാജാവിനെ പഴശ്ശി തടഞ്ഞു. കമ്പനിയോട് എല്ലാ അർത്ഥത്തിലും, കേരളവർമ്മ ശത്രുത പ്രഖ്യാപിച്ചു. കമ്പനിയുടെ ശത്രുക്കൾക്ക് അദ്ദേഹം അഭയം നൽകി. പഴശ്ശിയെ തോൽപ്പിക്കാതെ അവിടെ അധികാരം പിടിച്ചടക്കാനാവില്ലെന്നു മനസ്സിലാക്കിയ ബ്രീട്ടീഷ് സർക്കാർ അദ്ദേഹത്തെ പരാജയപ്പെടുത്താൻ ജെയിംസ് ഗോർഡന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ ഒരു സേനയെ അങ്ങോട്ടേക്കയച്ചു. പഴശ്ശിയെ പിടിക്കാനായില്ലെങ്കിലും പട്ടാളം കൊട്ടാരം കൊള്ളയടിക്കുകയും ആയുധങ്ങളും പണവും കരസ്ഥമാക്കുകയും ചെയ്തു.

പഴശ്ശിയെ പിടികൂടാൻ എല്ലാ തന്ത്രങ്ങളും ബ്രിട്ടീഷ് സൈന്യം പ്രയോഗിച്ചെങ്കിലും, വയനാടൻ കാടുകളിലേക്ക് കടന്ന അദ്ദേഹത്തെ പിടിക്കുക അത്ര എളുപ്പമായിരുന്നില്ല. മാത്രവുമല്ല, ഗോത്രസമുദായങ്ങളായ കുറുമ്പരുടേയും, കുറിച്യരുടേയും സഹായം പഴശ്ശിക്ക് വേണ്ടുവോളം ലഭിച്ചിരുന്നു. പഴശ്ശിയെ തടവിലാക്കുന്നതിനായി അദ്ദേഹത്തിന്റെ അനുയായികളെ ഭീഷണിപ്പെടുത്തുക എന്നതായിരുന്നു കമ്പനി സ്വീകരിച്ച മറ്റൊരു മാർഗ്ഗം, പക്ഷേ രാജ്യസ്നേഹികളായ അവർ അതിനും വഴങ്ങിയില്ല. പഴശ്ശിയെ പിടികൂടുന്നതിൽ കമ്പനിക്കേറ്റ പരാജയം വല്ലാത്ത അപമാനം വരുത്തിവെച്ചു. അവസാനം കമ്പനി പഴശ്ശിയോട് ഒത്തുതീർപ്പിലെത്തി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ കയ്യിൽ നിന്നും കൊള്ളയടിച്ച പണവും സ്വർണ്ണവും എല്ലാം കമ്പനി തിരികെ കൊടുക്കുകയും വാർഷിക ചെലവിലേക്ക് എണ്ണായിരം രൂപ നൽകാനും തീരുമാനമായി. പഴശ്ശിരാജ ടിപ്പു സുൽത്താനുമായി സഖ്യമുണ്ടാക്കിയേക്കുമോയെന്നും കമ്പനി ഭയപ്പെട്ടിരുന്നു.

ഒന്നാം പഴശ്ശിയുദ്ധം
ഈസ്റ്റിന്ത്യ കമ്പനിയോടുള്ള ശത്രുത
രണ്ടാം പഴശ്ശിയുദ്ധം
രാജകുടുംബത്തിലെ തർക്കങ്ങൾ