ഈ രണ്ടു വിവാദങ്ങളിലും തെളിവില്ലാത്തതിനാൽ കേസ് എടുത്ത് അന്വേഷിക്കണ്ടാ എന്ന നിലപാടായിരുന്നു കേരള സർക്കാരിന്റേത്. എന്നാൽ വിജിലൻസ് കോടതിയിൽ നൽകിയ ഹർജി പ്രകാരം കോടതി ഈ രണ്ടു കേസുകളും വിജിലൻസ് വിഭാഗം അന്വേഷിച്ച് പ്രാഥമിക റിപ്പോർട്ട് സമർപ്പിക്കുവാൻ ആവശ്യപ്പെട്ടു. തിരുവനന്തപുരം വിജിലൻസ് എൻ‌ക്വയറി കമ്മീഷണർ ആന്റ് സ്പെഷ്യൽ ജഡ്ജി കെ. ശശിധരൻ നായർ ആണ് അന്വേഷണത്തിനു ഉത്തരവിട്ടത്. 
ഇന്ത്യൻ ലോയേഴ്സ് കോൺഗ്രസ് സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി പി. റഹീം നൽകിയ രണ്ട് ഹർജ്ജികളിലാണ് കോടതി വിജിലൻസ് അന്വേഷണത്തിനു ഉത്തരവിട്ടത്. ആരോപണവിധേയർ പൊതുപ്രവർത്തകർ ആയതിനാൽ ഉചിതമായ പ്രാഥമികാന്വേഷണം വിജിലൻസ് നടത്തണമെന്നും അതിനുശേഷമേ കേസ് രേഖപ്പെടുത്താവൂ എന്നും കോടതി നിർദ്ദേശിച്ചു. എല്ലാ വിജിലൻസ് അന്വേഷണവും മൂന്നുമാസത്തിനകം പൂർത്തിയാക്കണം എന്ന സർക്കാർ ഉത്തരവ് (ജി.ഒ.പി. നമ്പ്ര 65 / 1992) ഈ കോടതി ഉത്തരവു വരുമ്പോൾ നിലവിലുണ്ട്. ഹർജ്ജിക്കാരനുവേണ്ടി വിജിലൻസ് മുൻ ലീഗൽ അഡ്വൈസർ വക്കം ജി. ശശീന്ദ്രൻ ഹാജരായി. ഹർജ്ജികളിൽ സർക്കാർ കക്ഷി അല്ലാതിരുന്നിട്ടും പ്രോസിക്യൂഷനുവേണ്ടി വിജിലൻസ് ലീഗൽ അഡ്വൈസർ ആർ.എസ്. ജ്യോതി ആണ് ഹാജരായത്. എന്നാൽ ദേശാഭിമാനിയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട രണ്ടു കോഴക്കേസുകളിൽ വിജിലൻസ് അന്വേഷണം ആവശ്യമില്ലെന്നു വാദിക്കാൻ സർക്കാർ ആരെയും ചുമതലപ്പെടുത്തിയിരുന്നില്ലെന്ന് നിയമമന്ത്രി എം. വിജയകുമാർ പറഞ്ഞു. വിജിലൻസ് അന്വേഷണം വേണ്ടെന്ന് സർക്കാർ വാദിച്ചുവെന്നുള്ള വാർത്തകൾ അദ്ദേഹം നിഷേധിച്ചു. 

സംഭവവികാസങ്ങൾ
ലോട്ടറിയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട വിവാദം
പാശ്ചാത്തലം
കോടതി കേസ്