മലബാർ ദേവസ്വം ബോർഡിന്റെ നിയന്ത്രണത്തിൽ ക്ഷേത്ര ഊരാളനായ സാമൂതിരി രാജാവ് മാനേജിംഗ് ട്രസ്റ്റിയും ദേവസ്വം ബോർഡ് നിയമിക്കുന്ന നാല് ട്രസ്റ്റി ബോർഡ് മെമ്പർമാരും അടങ്ങുന്നതാണ് നാവാമുകുന്ദക്ഷേത്ര ദേവസ്വം ഭരണസമിതി. ക്ഷേത്രജീവനക്കാരോ അവരുടെ അടുത്ത ബന്ധുക്കളോ ട്രസ്റ്റീ ബോർഡിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുക്കുവാൻ അർഹരല്ല എന്നാണ് കീഴ്വഴക്കം. ക്ഷേത്രഭരണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കാര്യങ്ങൾ എല്ലാം തന്നെ ട്രസ്റ്റി ബോർഡിൽ പാസ്സാക്കിയാൽ മാത്രമെ നടപ്പാക്കാൻ സാധിക്കുകയുള്ളൂ. അഞ്ചു വർഷമാണ് ട്രസ്റ്റി ബോർഡംഗങ്ങളൂടെ കാലാവധി.

ക്ഷേത്രത്തിലെ പൂജാനുഷ്ഠാന സംബന്ധിയായ കാര്യങ്ങളിൽ തീരുമാനമെടുക്കാനുള്ള പരമാധികാരം ക്ഷേത്രം തന്ത്രിക്കാണ്. കൽപ്പുഴ ഇല്ലക്കാർക്കാണ് ഇവിടുത്തെ താന്ത്രികാധികാരം. മേൽശാന്തി സ്ഥാനം അരീക്കര ഇല്ലക്കാർക്കാണ്.

നാവാമുകുന്ദൻ
നിറപുത്തരി
ക്ഷേത്രഭരണം
പിതൃതർപ്പണം