വർക്കല ക്ഷേത്രത്തിന് ഏകദേശം ആയിരത്തിലധികം വർഷം പഴക്കമുണ്ടെന്ന് പറയപ്പെടുന്നു. എന്നാൽ അത് വ്യക്തമാക്കാനുള്ള രേഖകൾ കുറവാണ്. പിന്നീടൊരു കാലത്ത് ക്ഷേത്രം വിദേശികളുടെയും മറ്റും ആക്രമണം കാരണം തകർന്നുപോയി. ആ സമയത്താണ് ബാധോപദ്രവം കൊണ്ട് പൊറുതിമുട്ടിയിരുന്ന ഒരു പാണ്ഡ്യരാജാവ് ഇവിടെയെത്തിയത്. തന്റെ നാട്ടിലേതടക്കം പ്രശസ്തമായ നിരവധി ക്ഷേത്രങ്ങൾ സന്ദർശിച്ചിട്ടും അദ്ദേഹത്തിന് ബാധോപദ്രവത്തിൽ നിന്ന് മുക്തിയുണ്ടായില്ല. അങ്ങനെ പതുക്കെ വർക്കലയിലെത്തിയ അദ്ദേഹം, നാശോന്മുഖമായ ജനാർദ്ദനസ്വാമിക്ഷേത്രം കാണാനിടയായി. ആ ക്ഷേത്രം നന്നാക്കണമെന്ന് ആഗ്രഹിച്ച രാജാവ് ജനാർദ്ദനസ്വാമിയോട് പ്രാർത്ഥിച്ചു. അങ്ങനെയിരിയ്ക്കേ ഒരു അശരീരിയുണ്ടായി. അതിങ്ങനെയായിരുന്നു:

ഭഗവാന്റെ അരുളപ്പാടാണ് ഇതെന്ന് മനസ്സിലാക്കിയ രാജാവ്, പിറ്റേന്ന് കടൽത്തീരത്തെത്തുകയും പൂക്കളൊഴുകുന്നത് കണ്ട ഭാഗത്ത് ഇറങ്ങിത്തപ്പി വിഗ്രഹം കണ്ടുപിടിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. പറഞ്ഞതുപോലെ വിഗ്രഹത്തിന്റെ മുന്നിലെ വലതുകൈ നഷ്ടപ്പെട്ടിരുന്നു. അവിടെ സ്വർണ്ണത്തിൽ ഒരു കൈ വച്ചുപിടിപ്പിയ്ക്കുകയും അത് ഉറച്ചുപോകുകയും ചെയ്തു. തുടർന്ന്, തന്റെ ചെലവുമുഴുവൻ വിനിയോഗിച്ച് അദ്ദേഹം ക്ഷേത്രം പണിതു. അങ്ങനെയാണ് ഈ ക്ഷേത്രം നിലവിൽ വന്നത്.

ഒരിയ്ക്കൽ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ പടിഞ്ഞാറുള്ള കടൽ വഴി പോകുകയായിരുന്ന ഡച്ചുകാർ, പെട്ടെന്ന് കപ്പൽ കുടുങ്ങിയതായി മനസ്സിലാക്കുകയും, നാട്ടുകാരിൽ നിന്ന് ക്ഷേത്രത്തെക്കുറിച്ചറിഞ്ഞ കപ്പിത്താൻ, സഹായിയോടൊപ്പം ക്ഷേത്രത്തിലെത്തുകയും രണ്ട് പടുകൂറ്റൻ മണികൾ ക്ഷേത്രത്തിൽ സമർപ്പിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. അതോടെ കപ്പൽ ഓടിത്തുടങ്ങി. ഈ മണികൾ ഇന്നും ക്ഷേത്രമുറ്റത്ത് തെക്കുഭാഗത്തായി കാണാം. ഇവയിൽ കപ്പിത്താന്റെയും സഹായിയുടെയും പേരുകൾ കൊത്തിവച്ചിട്ടുണ്ട് (പീറ്റർ വോൺ ബെൽസൺ, മൈക്കിൾ എഡ്വാർഡ്).

പിൽക്കാലത്ത്, ക്ഷേത്രം തിരുവിതാംകൂർ രാജാക്കന്മാരുടെ കീഴിൽ വന്നു. അക്കാലത്ത് ക്ഷേത്രം വൻ ഭൂസ്വത്തുക്കളുള്ളതായിരുന്നു. വർക്കലയിലും സമീപപ്രദേശങ്ങളിലുമായി കണ്ടമാനം ഭൂസ്വത്തുകൾ ഇവരുടെ പേരിലുണ്ടായിരുന്നു. തിരുവിതാംകൂർ ഇന്ത്യൻ യൂണിയനിൽ ചേർന്നപ്പോഴാണ് ക്ഷേത്രം തിരുവിതാംകൂർ ദേവസ്വം ബോർഡ് ഏറ്റെടുത്തത്. ഇപ്പോൾ ദേവസ്വം ബോർഡിനുകീഴിലെ ഒരു ഗ്രൂപ്പ് ആസ്ഥാനമാണ് വർക്കല. വൻ നടവരവുള്ള ക്ഷേത്രമാണിത്. 

ഐതിഹ്യം
ക്ഷേത്രപരിസരവും മതിലകവും
ക്ഷേത്രസ്ഥാനം
ചരിത്രം