അക്കാലത്ത് കേരളത്തിൽ മാർത്തോമാ ക്രിസ്ത്യാനികളെ ഭരിച്ചിരുന്നത് മാർ ജേക്കബ് എന്ന മെത്രാൻ ആയിരുന്നു. അന്നുവരെ കേരളത്തിൽ മാർത്തോമാ ക്രിസ്ത്യാനികളെ ഭരിക്കാൻ അവസരം ലഭിച്ചിരുന്നത് പൗരസ്ത്യ റോമാ സാമ്രാജ്യത്തിലായിരുന്ന പേർഷ്യ, സിറിയ, കൽദായ, അർമേനിയ, ഓർമുസ്, അന്ത്യോക്ക്യ തുടങ്ങിയ സ്ഥലങ്ങളിൽ നിന്നും വന്ന മെത്രാന്മാരായിരുന്നു. റോമൻ പാത്രിയാർക്കീസിന് അതുവരെ അവരുടെ മേൽ നിയന്ത്രണം ഉണ്ടായിരുന്നില്ല. ഇക്കാലത്ത് ഇങ്ങനെ പൗരസ്ത്യ റോമിൽ നിന്നും വന്നു ചേർന്നിരുന്ന ചില മെത്രാന്മാരിൽ നെസ്തോറിയന്മാരും ഉണ്ടായിരുന്നു. മാർത്തോമ്മാ ക്രിസ്ത്യാനികൾ പക്ഷേ നെസ്തോറിൻ സിദ്ധാന്തം തുടങ്ങിയ വിശ്വാസ പരമായ കാര്യങ്ങളിൽ വലിയ പ്രാധാന്യം കല്പിക്കാത്തവരായിരുന്നു. കൂടുതലും ഗൃഹാതുരരായിരുന്ന അവർ സമാന ഭാഷ സംസാരിക്കുന്നതോ ക്രിസ്ത്യാനികളോ ആയ ആരേയും വർവേൽക്കുകയും ബഹുമാനിക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. ഇക്കാരണത്താൽ വന്നു ചേർന്ന മെത്രാന്മാർ അവരെ നെസ്തോറിയൻ വിശ്വാസം പ്രചരിപ്പിച്ചിരിക്കാം.

പോർച്ചുഗീസുകാർ 1500-കളിൽ ഇവിടെ എത്തിച്ചേർന്നതുമുതൽ ശേഷം ഇത്തരം നെസ്തോറിയൻ വിശ്വാസങ്ങളെ അവസാനിപ്പിക്കാൻ അവസരം കാത്തിരിക്കുകയായിരുന്നു. എന്നാൽ മാർത്തോമാ ക്രിസ്ത്യാനികൾ മാർ ജേക്കബിന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ നല്ലൊരു ശക്തിയായി മാറിയിരുന്നു, ഇക്കാരണത്താൽ പോർട്ടുഗീസുകാർക്ക് കാര്യമായി ഒന്നും ചെയ്യാൻ സാധിച്ചില്ല. അദ്ദേഹത്തിന്റെ നിര്യാണശേഷം വന്ന മെത്രൊപ്പോലിത്ത മാർ ആബ്രഹാം ആയിരുന്നു. അദ്ദേഹം മുൻ‍ഗാമിയുടെ അത്ര ശക്തനായിരുന്നില്ല. ഇത് മനസ്സിലാക്കിയ പോർട്ടുഗീസുകാർ അദ്ദേഹത്തെ സമ്മർദ്ദം മൂലം കത്തോലിക്കാ വിശ്വാസം പരസ്യമായി അംഗീകരിപ്പിച്ചെങ്കിലും അദ്ദേഹത്തിൽ സംശയം ഉണ്ടായ അവർ പിന്നീട് അദ്ദേഹത്തെ പേർഷ്യയിലേഉക്ക് തിരിച്ചയച്ചു. അദ്ദേഹം അവർക്ക് ഒരു മെത്രപ്പോലീത്തയെ വേണമെന്ന് അഭ്യർത്ഥിച്ചുകൊണ്ട് പേർഷ്യയിലേയും കൽദായയിലേയും മറ്റും പാത്രിയാർക്കീസിൺ സന്ദേശങ്ങൾ അയച്ചു. ഇതെല്ലാം പക്ഷേ പോർട്ടുഗീസുകാർ തടഞ്ഞു. കത്തുകൾ‍ ഒന്നും പുറത്തേയ്ക്ക് പോയില്ല. എന്നാൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ കുറ്റങ്ങളും കുറവുകളെയും കുറിച്ച് ക്ലെമൻറ് എട്ടാമൻ മാർപാപ്പയ്ക്ക് വിവരം ലഭിക്കുകയും ഡോ. മെനസിസിനെ അന്വേഷിക്കാൻ ഏല്പിക്കുകയും ചെയ്തു അദ്ദേഹത്തെകുറിച്ച് അന്വേഷിക്കാൻ നിയുക്തനായ ഡോ. മെനസിസ് വിശദമായ ഒരു അന്വേഷണ റിപ്പോർട്ട് മാർപാപ്പയ്ക്ക് അയച്ചു. 

മാർ അബ്രഹാമിന്റെ നിര്യാണത്തെ തുടർന്ന് ജാതിക്കു കർത്തവ്യൻ എന്ന് തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടിരുന്ന അർക്കദിയാക്കോൻ ഗീവർഗീസ് (Archdeacon) ഭരണം പരമ്പരാഗതമായി ഏറ്റെടുക്കുകയും അതു ചില പ്രശ്നങ്ങൾക്കിടവരുത്തുകയും ചെയ്ത സന്ദർഭത്തിലാണ് ഡോ. മെനസിസ് കേരളത്തിലേയ്ക്ക് വരാൻ തീർച്ചപ്പെടുത്തിയത്. ഇതിന് മാർപാപ്പയുടെ സമ്മതം ഉണ്ടായിരുന്നു എന്നാണ് പറയപ്പെടുന്നത്. കുഞ്ഞാലി മരയ്ക്കാരുടെ പ്രവർത്തനങ്ങൾക്ക് അറുതി വരുത്തുവാനും അദ്ദേഹം തീർച്ചപ്പെടുത്തി. 1598 സെപ്റ്റംബറിൽ ഗോവയിൽനിന്ന് മലബാറിലേയ്ക്ക് യാത്ര ആരംഭിച്ചു. വടകര, കോട്ടക്കൽ എത്തി പോർട്ടുഗീസു മേധാവികളുമായി കുഞ്ഞാലി മരക്കാരെക്കുറിച്ച് കൂടിയാലോചന ചെയ്ത ശേഷമാണ് അദ്ദേഹം തന്റെ കേരള പര്യടനം ആരംഭിച്ചത്. പിന്നീട് ചിറക്കൽ കോവിലകത്തു ചെന്ന കോലത്തിരിയേയും അവിടെ നിന്ന് സാമൂതിരിയേയും സന്ദർശിച്ചു. 1599- ഫെബ്രുവരിയിൽ കൊച്ചിയിൽ വന്നിറങ്ങി. അദ്ദേഹത്തിന് വിപുലമായ സ്വീകരണമാണ് ഒരുക്കിയിരുന്നത്. എന്നാൽ അറിയിച്ചിട്ടും ഗീവർഗീസ് അർക്കദിയാക്കോൻ ആഗതനായില്ല. പിന്നീട് അർക്കദിയാക്കോൻ മെനസിസുമായി രമ്യതയിൽ എത്തുകയായിരുന്നുവത്രേ.

ഡോ. മെനസിസ് പിന്നീട് കേരളത്തിലെ പള്ളികൾ എല്ലാം സന്ദർശിച്ച് അവിടങ്ങളിലെ ആചാരാനുഷ്ടാനങ്ങൾ മനസ്സിലാക്കുകയും നിരവധി പേരെ മതപരിവർത്തനം നടത്തുകയും ചെയ്തു. അർക്കദിയോക്കാന്റെ എതിർപ്പുകളെ അവഗണിച്ചുകൊണ്ട് മുപ്പത്തിയെട്ടുപേർക്ക് വൈദികപട്ടം നൽകി. കേരളത്തിലെ വിശ്വാസങ്ങൾക്കെതിരെ സമരം പ്രഖ്യാപിപ്പിച്ചു. എന്നാൽ മാർത്തോമായുടെ അനുയായികൾ എന്നവകാശപ്പെട്ട അർക്കദിയാക്കോനും കൂട്ടരും ചെറുത്തുനിന്നു. അവരുടെ പാരമ്പര്യത്തിന്മേലുള്ള കടന്നുകയറ്റമായാണ് അവർ ഇതിനെ കണ്ടത്. എന്നാൽ ഡോ. മെനസിസ് ഒരുപക്ഷേ തെറ്റായ വിശ്വാസം എന്ന് അദ്ദേഹം കരുതിയിരുന്നവ നിർമ്മാർജ്ജനം ചെയ്യാനായിരുന്നിരിക്കണം ഈ നടപടികളിലൂടെ ശ്രമിച്ചത്. അദ്ദേഹം അർക്കദിയാക്കോന് പത്തു കല്പനകൾ കോടുത്തു. അവ താഴെ പറയുന്നവയായിരുന്നു.

ഗോവയിൽ
സന്യാസം, വിദ്യാഭ്യാസം
ജനനം, ബാല്യം
കേരളത്തിൽ