ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന ഉത്സവം വൃശ്ചികമാസത്തിലെ വൈക്കത്തഷ്ടമി മഹോത്സവമാണ്. മറ്റ് ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി കൊടിയേറ്റും ആറാട്ടും നോക്കിയല്ല ഉത്സവം നടത്തുന്നത്. മൊത്തം പതിമൂന്ന് ദിവസം നീണ്ടുനിൽക്കുന്ന ഉത്സവത്തിന്റെ പന്ത്രണ്ടാം നാൾ അഷ്ടമി വരുന്ന വിധത്തിലാണ് ഉത്സവം. മുളയിടലും കലശാഭിഷേകവും വഴി തുടങ്ങുന്ന ഉത്സവം അങ്കുരാദിയാണ്. തുടർന്ന് സന്ധ്യയ്ക്ക് കൊടിയേറ്റം നടക്കുന്നു. കൊടിയേറിക്കഴിഞ്ഞാൽ പതിമൂന്ന് ദിവസം ഗംഭീരൻ ആഘോഷപരിപാടികളുണ്ട്. രോഹിണിദിവസം സന്ധ്യയ്ക്കാണ് കൂടിപ്പൂജ. വൈക്കത്തപ്പന്റെ പുത്രനായ ഉദയനാപുരത്തപ്പൻ (സുബ്രഹ്മണ്യൻ) ആറാട്ടുകഴിഞ്ഞ് തിരിച്ച് ക്ഷേത്രത്തിലേയ്ക്കുപോകുന്ന വഴിയ്ക്കുവച്ച് പിതാവിനെ കാണാൻ വൈക്കത്തെത്തും. തുടർന്ന് ഇരുവരുടെയും ബിംബങ്ങൾ അടുത്തുവച്ച് ശ്രീകോവിൽ നടയടച്ച് പൂജ തുടങ്ങുന്നു. ആ സമയത്ത് ശിവൻ, പാർവ്വതീഗണപതീസുബ്രഹ്മണ്യസമേതനായി കൈലാസത്തിൽ അമരുന്നു എന്നാണ് വിശ്വാസം. കൂടിപ്പൂജയുടെ മന്ത്രങ്ങൾ തന്ത്രിയ്ക്കും മേൽശാന്തിയ്ക്കും മാത്രമേ അറിയൂ. 

പന്ത്രണ്ടാം ദിവസമാണ് പ്രസിദ്ധമായ വൈക്കത്തഷ്ടമി. അന്ന് പതിവിലും ഒരുമണിക്കൂർ നേരത്തേ നട തുറക്കും. അഷ്ടമിനാളിലെ മഹാനിർമ്മാല്യദർശനത്തിന് വൻ ഭക്തജനത്തിരക്കായിരിയ്ക്കും. അന്ന് ക്ഷേത്രത്തിൽ നിവേദ്യങ്ങളില്ല. പുത്രനായ സുബ്രഹ്മണ്യന്റെ വിജയത്തിനായി ഭഗവാൻ ഉപവാസമനുഷ്ഠിയ്ക്കുന്നു എന്നാണ് വിശ്വാസം. എന്നാൽ ഭക്തജനങ്ങൾക്ക് ഗംഭീരൻ സദ്യയുണ്ടായിരിയ്ക്കും. താനൊഴികെ മറ്റാരും അന്ന് പട്ടിണി കിടക്കരുത് എന്ന് ഭഗവാന് നിർബന്ധമാണത്രേ! ക്ഷേത്രത്തിലെ വടക്കേ ഗോപുരം അന്നുമാത്രമേ തുറക്കൂ. അതിലൂടെ വൈകീട്ട് ഉദയനാപുരത്തപ്പന്റെ എഴുന്നള്ളത്തുമുണ്ട്. ഭീകരന്മാരായ താരകാസുരനെയും ശൂരപത്മനെയും കൊലപ്പെടുത്തിയശേഷം വാദ്യഘോഷങ്ങളുടെ അകമ്പടിയോടെയെത്തുന്ന സുബ്രഹ്മണ്യനെ മഹാദേവൻ കിഴക്കേ ആനക്കൊട്ടിലിലേയ്ക്ക് കൊണ്ടുപോകുന്നു. തുടർന്ന് വലിയ കാണിയ്ക്ക. ആദ്യം വരുന്നത് കറുകയിൽ കൈമളാണ്. തുടർന്ന് ഭക്തരും ദേവസ്വം അധികൃതരുമെല്ലാം കാണിയ്ക്കയിടുന്നു. വൈക്കത്തിനടുത്ത് താമസിയ്ക്കുന്ന ഭക്തർ, അഷ്ടമിദിവസം ക്ഷേത്രത്തിൽ വന്ന് തൊഴുതില്ലെങ്കിൽ അത് അപകടകരമാണെന്ന് വിശ്വസിയ്ക്കപ്പെടുന്നു. കാണിക്കയിട്ടുകഴിഞ്ഞാൽ വെടിക്കെട്ടാണ്. ആകാശത്ത് വിരിയുന്ന വർണ്ണവിസ്മയം ആയിരങ്ങളെ അത്ഭുതത്തിലാഴ്ത്തും. പിന്നീട് വേദനാജനകമായ 'കൂടിപ്പിരിയൽ' എന്ന ചടങ്ങാണ്. ശിവന്റെയും സുബ്രഹ്മണ്യന്റെയും തിടമ്പുകളേന്തിയ ആനകൾ വേദനാജനകമായ പല ശബ്ദങ്ങളുമുയർത്തും. വാദ്യോപകരണങ്ങളെല്ലാം നിർത്തി, വിളക്കണച്ച് തികച്ചും മൗനത്തോടെ സുബ്രഹ്മണ്യൻ ഉദയനാപുരത്തേയ്ക്കും ശിവൻ ശ്രീകോവിലിലേയ്ക്കും തിരിച്ചുപോകുന്നു. ജഗദീശ്വരനായിട്ടും, സ്വന്തം പുത്രന്റെ വേർപാടോർത്ത് ദുഃഖിതനായാണ് ശിവന്റെ മടക്കം. പിറ്റേ ദിവസമാണ് ക്ഷേത്രത്തിൽ ആറാട്ട്. അതിന് വലിയ പ്രാധാന്യമൊന്നുമില്ല. ക്ഷേത്രക്കുളത്തിലാണ് ആറാട്ട്. ആറാട്ട് കഴിഞ്ഞുവരുന്ന ദേവന്റെ ക്ഷീണം മാറ്റാനായി വെള്ളാട്ട് മൂസ്സിന്റെ വക മുക്കുടി നിവേദ്യവും അന്നുണ്ടാകും. 

മലയാളസിനിമാസംഗീതകുലപതിയും വൈക്കത്തപ്പന്റെ പരമഭക്തനുമായിരുന്ന വി. ദക്ഷിണാമൂർത്തി സ്വാമിയുടെ ഓർമ്മയ്ക്കായി 2013-ൽ ആരംഭിച്ച 'ദക്ഷിണാമൂർത്തി സംഗീതോത്സവം' ചുരുങ്ങിയകാലം കൊണ്ട് ജനശ്രദ്ധ പിടിച്ചുപറ്റിയിട്ടുണ്ട്. വൈക്കത്തഷ്ടമി മഹോത്സവത്തിന്റെ ഭാഗമായാണ് ഇത് നടത്തുന്നത്. ഗുരുവായൂരിലെ ചെമ്പൈ സംഗീതോത്സവത്തിന്റെ മാതൃകയിലാണ് ഇതും നടത്തുന്നത്. 13 ദിവസമാണ് മൊത്തം സംഗീതോത്സവവും.

ഓണാഘോഷങ്ങൾ
ക്ഷേത്രപ്രതിഷ്ഠയും നിർമ്മാണവും
നിത്യപൂജകൾ
വൈക്കത്തഷ്ടമി മഹോത്സവം