പൊതുജീവിതം പോലെ തന്നെ ആദർശസുരഭിലമായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ സ്വകാര്യ ജീവിതവും. ഇ.കെ.അയ്യാക്കുട്ടി ജഡ്ജിയുടെ മകൾ പാർവ്വതി ആയിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ പത്നി. 1930-ൽ അവർ വിവാഹിതരായി. ഐഷയും സുഗതനുമാണ് അദ്ദേഹത്തിന്റെ മക്കൾ. അയ്യപ്പൻ പച്ചക്കറി കൃഷിയിൽ അതീവ തല്പരനായിരുന്നു.

ഒടുവിലത്തെ 15 വർഷത്തോളം സജീവമായ പൊതുപ്രവർത്തനത്തിൽ നിന്നും വിരമിച്ച് വായനയ്ക്കും എഴുത്തിനുമായി അദ്ദേഹം സമയം വിനിയോഗിച്ചു. മരണം വരെ അദ്ദേഹം കേരളകൗമുദിയിൽ ‘ആഴ്ച്ചക്കുറിപ്പുകൾ’ എന്ന പംക്തിയിൽ കുറിപ്പുകളെഴുതിയിരുന്നു. 1968 മാർച്ച് 6-ന് ഹൃദ്രോഗബാധിതനായി അദ്ദേഹം അന്തരിച്ചു.

അസവർണ്ണർക്ക് നല്ലത് ഇസ്ലാം
ശ്രീനാരായണ സേവികാ സമാജം
കുടുംബജീവിതം
അദ്ധ്യാപകൻ