ആകാരതാരതമ്യശാസ്ത്രം (മോർഫോളജി), ശരീരശാസ്ത്രം (ഫിസിയോളജി), ജൈവരസതന്ത്രം (ബയോകെമിസ്ട്രി), പരിസ്ഥിതിശാസ്ത്രം (ഇക്കോളജി), ജനിതകശാസ്ത്രം (ജനറ്റിക്സ്) എന്നീ പഠനമേഖലകളിലെ സങ്കേതങ്ങളാണ് സൂക്ഷ്മജീവിവർഗീകരണത്തിന് വ്യാപകമായി ഉപയോഗിക്കുന്നത്. ശരീരധർമശാസ്ത്രം (ഫിസിയോളജി), ജനിതകശാസ്ത്രം (ജനറ്റിക്സ്) എന്നീ പഠനമേഖലകളുപയോഗിച്ചുള്ള സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ വർഗീകരണം എപ്പോഴും പ്രായോഗികമല്ല. ഫൈലോജനറ്റിക് മാർക്കറുകൾ ഉപയോഗിച്ചുള്ള പരിണാമപരമായ ബന്ധം വിവിധ സൂക്ഷ്മജീവിവിഭാഗങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള പാരസ്പര്യമോ വ്യത്യാസമോ കണ്ടെത്തുന്നതിന് പര്യാപ്തമല്ല. ആറുകിങ്ഡം വർഗീകരണരീതിയിൽ എല്ലാ കിങ്ഡങ്ങളിലും സൂക്ഷ്മജീവികൾക്ക് സ്ഥാനമുണ്ട്. വൈവിധ്യപൂർണവും സങ്കീർണവുമായ വിവിധ വർഗീകരണമാർഗങ്ങൾ സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ വർഗീകരണത്തിനുപയോഗിക്കുന്നു. കോശത്തിൽ നിയതമായ മർമ്മ (ന്യൂക്ലിയസ്)മില്ലാത്ത പ്രോകാരിയോട്ട് വിഭാഗത്തിലും കോശത്തിൽ നിയതമായ മർമമുള്ള യൂക്കാരിയോട്ട് വിഭാഗത്തിലും സൂക്ഷ്മജീവികളുണ്ട്.
സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ വർഗീകരണം
ബാക്ടീരിയകൾ വരുത്തുന്ന ഭക്ഷ്യവിഷബാധ
ആർക്കിയ
മനുഷ്യന്റെ ആരോഗ്യം