1862-ൽ മദ്രാസ്‌ സിവിൽ സർവീസിൽ സേവനത്തിനായി അദ്ദേഹം ഇന്ത്യയിൽ എത്തി. തമിഴ്, തെലുങ്ക്, മലയാളം എന്നീ പ്രാദേശികഭാഷാ പരീക്ഷകൾ പാസ്സായ ശേഷം ആദ്യം ആർക്കാട്‌ ജില്ലയിൽ അസിസ്റ്റന്റ്‌ കളക്ടറായും ജോയിൻറ് മജിസ്ട്രേറ്റായും പിന്നീട്‌ വടക്കേ മലബാറിൽ സബ് കളക്ടറായും (1867) ജോയിന്റ് മജിസ്ട്രേറ്റായും നിയമിതനായി. 1872 ൽ അദ്ദേഹം നാട്ടിലേക്ക് മടങ്ങിപ്പോവുകയും ഒരു വർഷത്തിനുശേഷം മടങ്ങിയെത്തുകയും ചെയ്തു. ഇപ്രാവശ്യം തലശ്ശേരിയിൽ വടക്കേ മലബാറിൻറെ ആക്റ്റിംഗ് ജില്ലാ സെഷന്സ് ജഡ്ജിയായും മലബാറിൻറെ കളക്ടറായി നിയമിതനായി. അടുത്ത വർഷം തെക്കേ മലബാറിൻറെ ആക്റ്റിംഗ് ജില്ലാ സെഷൻസ് ജഡ്ജിയായും നിയമിതനായി. തെക്കേ മലബാറിൻറെ ജില്ലാ നീതിപതിയായി സ്ഥാനമെടുത്തതോടെയാണ് അദ്ദേഹം മാപ്പിളത്താലൂക്കുകളിലെ കാർഷികപ്രശ്നങ്ങളെക്കുറിച്ചും കൊളോണിയൽ ഭരണം ഉണ്ടാക്കിയ കുടിയായ്മ പ്രശ്നത്തെക്കുറിച്ചും സമഗ്രമായി പഠിച്ചത്. 1875ൽ അദ്ദേഹം മലബാർ കളക്റ്ററായി. അതേ സമയം തന്നെ അദ്ദേഹം ജില്ലാ മജിസ്റ്റ്രേറ്റായും പ്രവർത്തിച്ചു. ഇക്കാലത്താണ്‌ അദ്ദേഹം ആ ഭൂപ്രദേശത്തിൻറെ ജനകീയ പ്രശ്നങ്ങളിൽ പ്രത്യേക താൽപര്യമെടുത്തു തുടങ്ങിയത്‌. 

മലബാറിലെ മാപ്പിളത്താലൂക്കിൽ നിലവിലുള്ള കാണ-ജന്മ മര്യാദയെപ്പറ്റി, വിശദമായി പഠിച്ച്‌ സുദീർഘമായൊരു റിപ്പോർട്ട്‌ തയ്യാറാക്കി. (1882) ഇത് മലബാർ ടെനൻസി റിപ്പോർട്ട് എന്ന പേരിൽ അറിയപ്പെടുന്നു. ഇതേ വർഷം അദ്ദേഹം മദ്രാസ് സർ‌വകലാശാലയുടെ ഫെല്ലോ ആയി നിയമിക്കപ്പെട്ടു. തുടർന്ന് അദ്ദേഹത്തിന്‌ മദ്രാസ് റവന്യൂ ബോർഡിൻറെ മൂന്നാം ആക്റ്റിങ്ങ് മെംബറായി ഉദ്യോഗക്കയറ്റവും ലഭിച്ചു. അടുത്തവർഷം തിരുവിതാം‌കൂർ-കൊച്ചിയുടെ ആക്റ്റിംഗ് റസിഡൻറായി.(1883 മേയ് -1884 ഫെബ്രുവരി)ഇതിനിടക്ക് മലബാർ കുടിയായ്മ നിയമം സംബന്ധിച്ച റിപ്പോർട്ടുണ്ടാക്കുന്ന പ്രത്യേക ജോലിയിൽ അദ്ദേഹം പ്രവേശിച്ചു. 1884 ജൂലൈയിൽ അട്ടപ്പാടി വാലി സംബന്ധിച്ച കേസ് നടത്തുവാനുള്ള ഊഴമായിരുന്നു. സൈലൻറ് വാലി ഉൽപ്പെടെയുള്ള അട്ടപ്പാടി വനപ്രദേശം കൈവശപ്പെടുത്താൻ ചിലർ നടത്തിയ ഗൂഢാലോചന തകർത്തതും ലോഗൻ തന്നെ.
ലിബറൽ ആയ ഉദ്യോഗസ്ഥനും ചരിത്രകാരനുമായാണ് വില്യം ലോഗൻ വിശേഷിപ്പിക്കപ്പെടുന്നത്. ആദ്യകാലത്ത് മറ്റ് ബ്രിട്ടീഷ് അധികാരികളെ പോലെ ഏകപക്ഷീയമായ നിപാടുകൾ ഇദ്ദേഹം വെച്ചു പുലർത്തിയിരുന്നുവെങ്കിലും പിന്നീട് ആ സമീപനത്തിൽ മാറ്റം വന്നു. മലബാർ മാന്വൽ രചനയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഗവേഷണങ്ങളിൽ വരക്കൽ മുല്ല അടക്കമുള്ള ഇസ്ലാം പുരോഹിതരുമായി ബന്ധപ്പെടാനിടയാക്കിയത് നയ വ്യതിയാനത്തിന് ഇടയാക്കിയിരുന്നുവെന്ന് ഇദ്ദേഹത്തിൻറെ പിൽക്കാല ചെയ്തികൾ അടിവരയിടുന്നുണ്ട്. മാപ്പിള ലഹളകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിൽ മാപ്പിള കുടിയാന്മാരെ പോലെ തന്നെ ജന്മികളും ബ്രിട്ടീഷ് സർക്കാരും തുല്യ ഉത്തരവാദികളാണെന്ന വില്യം ലോഗൻറെ വിലയിരുത്തൽ ബ്രിട്ടീഷ് അധികാര കേന്ദ്രങ്ങളെ പിടിച്ചുലച്ചിരുന്നു.

ഭരണാധികാരിയെന്ന നിലയിൽ
മലബാർ മാനുവൽ
ഇന്ത്യയിൽ
ജീവചരിത്രം