2015 ജൂലൈ 27ന് ഷില്ലോംഗിൽ വച്ച് കലാം അന്തരിച്ചു. ഷില്ലോംഗിലെ ഇന്ത്യൻ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് മാനേജ്മെന്റിൽ വച്ച്, 'വാസയോഗ്യമായ ഗ്രഹങ്ങൾ' എന്ന വിഷയത്തിന്റെ പേരിൽ കുട്ടികൾക്ക് ക്ലാസെടുത്തുകൊണ്ടിരിയ്ക്കൂമ്പോൾ പെട്ടെന്നുണ്ടായ ഹൃദയാഘാതത്തെത്തുടർന്ന് അദ്ദേഹം കുഴഞ്ഞുവീഴുകയായിരുന്നു. സംഭവസ്ഥലത്തുവച്ചുതന്നെ അദ്ദേഹം ഈ ലോകത്തോട് വിടപറഞ്ഞു. പിന്നീട് മൃതദേഹം ആദ്യം ഡൽഹിയിലെ വസതിയിലേയ്ക്ക് കൊണ്ടുപോയി. തുടർന്ന് ജന്മനാടായ രാമേശ്വരത്തെത്തിച്ചു. അവിടെയുള്ള പൈക്കറുമ്പ് ശ്മശാനത്തിൽ വച്ച് പൂർണ്ണ ഔദ്യോഗിക ബഹുമതികളോടെ സംസ്കരിച്ചു. പ്രധാനമന്ത്രി നരേന്ദ്ര മോദി, അന്നത്തെ കേരള മുഖ്യമന്ത്രി ഉമ്മൻ ചാണ്ടി തുടങ്ങിയ പ്രമുഖർ അദ്ദേഹത്തിന്റെ ശവസംസ്കാരത്തിൽ പങ്കെടുത്തു.

സ്മാരകങ്ങൾ
വ്യക്തിജീവിതം
വിഷൻ ഇന്ത്യ-2020
മരണം