കൊടുങ്ങല്ലൂരിന്റെ ഏറ്റവും പ്രാചീനമായ പേര് മുചിരി എന്നാണ്. ഇത് അക്കാലത്ത് എറ്റവും വലിയ തുറമുഖം അഥവാ മുന്തിയ ചിറ അഥവാ മുന്തിയ തുറൈ, മുതുനീർ മുന്തുറൈ എന്നൊക്കെയാണ് പഴം തമിഴ് പാട്ടുകളിൽ വിവരിക്കപ്പെടുന്നത്. വിദേശീയർ ഇതിന്റെ മുസിരിസ് എന്നു വിളിച്ചു. മുസിരിസ്‌ ഇന്ത്യയിലെ എറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട തുറമുഖം ("Premium Emporium Indiac") ആണെന്നു പ്ലിനി രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്‌ . വാല്മീകി രാമായണത്തിൽ സുഗ്രീവൻ മുരചിപട്ടണം എന്നു വിശേഷിപ്പിച്ചതും ഇതു തന്നെയെന്നു കരുതുന്നു. 
സംഘകാല കൃതികളിൽ ഇതു മുചിരിപട്ടണമായും കുലശേഖരൻ‌മാരുടെ കാലത്ത്‌ മഹോദയപുരം എന്നും തമിഴർ മകോതൈ, മഹൊതേവർ പട്ടിനം എന്നുമെല്ലാമായിരിക്കാം വിളിച്ചിരുന്നത്‌ എന്നു ചരിത്രകാരന്മാർ വിശ്വസിക്കുന്നു. മഹത്തായ കോട്ട നിലനിന്നിരുന്നതിനാൽ കോട്ടയുടെ പേരിൽ മാകോതൈ (കോട്ടൈ) എന്നും അതിന്റെ അധിപനെ കോതൈ, കോട്ടയ്യൻ എന്നും വിളിച്ചിരുന്നു എന്നും കരുതുന്നവരുണ്ട്. കോട്ട നിലവിൽ വരുന്നതിനു മുൻപ് വേലി ആയിരുന്നു ഇതെന്നും പറയപ്പെടുന്നു. ഇക്കാരണത്താലാണ് ആദികാല ചേരരാജാവിനെ മാവേലിക്കരയുടെ അധിപൻ എന്ന രീതിയിൽ മാവേലി എന്നും വിളിക്കുന്നത്. 

എന്നാൽ ഇന്നത്തെ പേരായ കൊടുങ്ങല്ലൂർ എങ്ങനെ ഉണ്ടായി എന്നതിന് നിരവധി വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ ഉണ്ട്. 



തൃക്കുലശേഖരപുരം ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രം
പേരിനു പിന്നിൽ
ചേരമാൻ ജുമാ മസ്ജിദ്
ആദിചേരന്മാരുടെ സാമ്രാജ്യം