ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രത്തിലെ മറ്റൊരു ഉപപ്രതിഷ്ഠയാണ് ആറ്റായ ശിവൻ. പണ്ട് ഗായത്രിപ്പുഴയുടെ കരയിലുണ്ടായിരുന്ന ഒരു ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാനമൂർത്തിയായിരുന്ന ഈ ശിവനെ പിന്നീട് വെള്ളപ്പൊക്കത്തിൽ ക്ഷേത്രം നശിച്ചുപോയപ്പോൾ ഇവിടെക്കൊണ്ടുവന്ന് പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കുകയായിരുന്നു. ശ്രീകൃഷ്ണശ്രീകോവിലിന്റെ വടക്കുകിഴക്കുഭാഗത്ത് പടിഞ്ഞാട്ട് ദർശനമായാണ് ഈ പ്രതിഷ്ഠ. ശിവപ്രീതികരമായ എല്ലാ വഴിപാടുകളും ഇവിടെ നടത്താവുന്നതാണ്.

നാഗദൈവങ്ങൾ
തിരുവുത്സവം
ആറ്റായ ശിവൻ
രാമായണമാസം, ഇല്ലംനിറ, തൃപ്പുത്തരി, ഗണപതിഹോമം