1801-ൽ പഴയ സുഹൃത്ത് ഷെല്ലിങ്ങിന്റെ പ്രേരണയിൽ ഹേഗൽ യേന സർവകലാശാലയിൽ ശമ്പളമില്ലാത്ത ലക്‌ചററായിൽ ജോലി സ്വീകരിച്ചു. ഗ്രഹങ്ങളുടെ ഭ്രമണപഥങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള ഒരു പഠനം സമർപ്പിച്ചതിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിലായിരുന്നു നിയമനം. ഷെല്ലിങ്ങ് അവിടെത്തന്നെ പ്രൊഫസറായിരുന്നു. അതേവർഷംതന്നെ, "ഫിച്ചേയുടേയും ഷെല്ലിങ്ങിന്റേയും തത്ത്വചിന്താവ്യവസ്ഥകൾ തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസം" എന്ന ഹേഗലിന്റെ ആദ്യപുസ്തകം പ്രസിദ്ധീകരിക്കപ്പെട്ടു. ഹേഗലിന്റെ ക്ലാസ്സുകൾ യുക്തിയും തത്ത്വമീമാംസയും എന്ന വിഷയത്തിലായിരുന്നു. അതിനുപുറമേ അദ്ദേഹം ഷെല്ലിങ്ങുമായി ചേർന്ന്, "യഥാർഥ തത്ത്വചിന്തയുടെ ഉള്ളടക്കവും അതിരുകളും" എന്ന വിഷയത്തെക്കുറിച്ച് പഠനപ്രസംഗങ്ങൾ നടത്തുകയും ഒരു തത്ത്വചിന്താസം‌വാദശാല സംഘടിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. ഷെല്ലിങ്ങും ഹേഗലും ചേർന്ന് തത്ത്വചിന്താനിരൂപണപത്രിക എന്നൊരു പ്രസിദ്ധീകരണവും തുടങ്ങി. അവരിരുവരും അതിൽ എഴുതിയിരുന്നു. 1803-ൽ ഷെല്ലിങ്ങ് യേന വിട്ടുപോകുന്നതുവരെ ആ സം‌രംഭം തുടർന്നു.

1805-ൽ, തത്ത്വചിന്തയിൽ ഹേഗലിന്റെ എതിർപക്ഷത്തായിരുന്ന ഫ്രൈസിന് യേന സർവകലാശാല പ്രൊഫസറായി ഉദ്യോഗക്കയറ്റം കൊടുത്തു. തനിക്കുമുൻപേ ഫ്രൈസിന് കയറ്റം കൊടുത്തതിൽ പ്രതിക്ഷേധിച്ച് ഹേഗൽ അന്ന് പ്രഷ്യയിലെ സാംസ്കാരികമന്ത്രിയായിരുന്ന പ്രഖ്യാതകവി ഗെയ്ഥേക്ക് ഒരു പ്രതിക്ഷേധക്കുറിപ്പയച്ചു. തുടർന്ന് ഹേഗലിനും ശമ്പളമില്ലാത്ത അസാധാരണ പ്രൊഫസറായി (Extraordinary Professor) നിയമനം കിട്ടി. അക്കാലത്ത് പുനഃസംഘടിക്കപ്പെട്ട ഹീഡൽബർഗ്ഗ് സർവകലാശാലയിൽ നിയമനം നേടാൻ ഹേഗൽ നടത്തിയ ശ്രമം പരാജയപ്പെട്ടു. ഫ്രൈസിന് അവിടെ ശമ്പളത്തോടുകൂടി സ്ഥിരമായ പ്രൊഫസർ തസ്തിക പിന്നീട് ലഭിച്ചത് ഹേഗലിന് തിരിച്ചടിയായി. 
കാര്യമായ വരുമാനമൊന്നുമില്ലാതെ വിഷമിച്ചിരുന്ന ഹേഗലിന് വളരെക്കാലമായി പദ്ധതിയിട്ടിരുന്ന ഒരു പുസ്തകത്തിന്റെ പ്രസിദ്ധീകരണം വൈകിക്കുക വയ്യെന്നായി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ തത്ത്വചിന്താവ്യവസ്ഥയുടെ ഒരു സുപ്രധാന രൂപരേഖയാണ് "മനസ്സിന്റെ പ്രതിഭാസവിജ്ഞാനം" എന്ന പേരിൽ ഇന്നറിയപ്പെടുന്ന ആ പുസ്തകം. 1806 ഒക്ടോബർ 14-ന് ഹേഗൽ പുസ്തകത്തിന്റെ അവസാന മിനിക്കുപണികൾ നടത്തിക്കൊണ്ടിരിക്കുമ്പോൾ, യേന നഗരത്തിനുവെളിയിൽ ഒരു സമതലത്തിൽ നെപ്പോളിയന്റേയും പ്രഷ്യയുടേയും സൈന്യങ്ങൾ, യേനയിലെ യുദ്ധം എന്ന ചരിത്രപ്രസിദ്ധമായ ഏറ്റുമുട്ടലിന് ഒരുങ്ങുകയായിരുന്നു. യുദ്ധത്തിന്റെ തലേന്നാണ് ആ കൃതി പൂർത്തിയായത്. നെപ്പോളിയൻ അന്ന് യേന നഗരത്തിൽ പ്രവേശിച്ചു. ആ കാഴ്ച ഹേഗലിനെ ഹർഷപുളകിതനാക്കിയെന്നു കരുതണം. സുഹൃത്ത് ഫ്രീഡ്രീച്ച് നീഥാമ്മറിനുള്ള ഒരു കത്തിൽ ഹേഗൽ ഇങ്ങനെ എഴുതി:-

താൻ കീഴടക്കിയ മറ്റുപല നഗരങ്ങളിലെയും സർവകലാശാലകൾ അടച്ചുപൂട്ടിയ നെപ്പോളിയൻ യേനയുടെ കാര്യത്തിൽ അതു ചെയ്തില്ല. എന്നാൽ, യുദ്ധം പട്ടണത്തിന് കടുത്ത നാശനഷ്ടങ്ങൾ വരുത്തിയതുമൂലം വിദ്യാർത്ഥികൾ കൂട്ടത്തോടെ സർവകലാശാല വിട്ടുപോകാൻ തുടങ്ങി. അതോടെ ഹേഗലിന്റെ സാമ്പത്തികസ്ഥിതി ഒന്നുകൂടി വഷളായി. പോരാഞ്ഞ് അടുത്ത ഫെബ്രുവരി മാസം, ഭർത്താവിനാൽ ഉപേക്ഷിക്കപ്പെട്ടിരുന്ന ഹേഗലിന്റെ വീട്ടുടമസ്ഥ, ക്രിസ്റ്റീനാ ബർഖാർട്ട്, അദ്ദേഹത്തിൽ ജനിച്ച മകൻ ജോർജ്ജ് ലുഡ്‌വിഗ് ഫ്രീഡ്രീച്ച് ഫിഷറെ(1807-31) പ്രസവിച്ചു.

ലെക്‌ചറർ
നിയോഗം
ജീവിതാന്ത്യം
മനസ്സിന്റെ തത്ത്വചിന്ത