അയ്യപ്പസ്വാമിയോടൊപ്പം അതേ പീഠത്തിലാണ് ശിവന്റെയും പ്രതിഷ്ഠ. ഒന്നരയടി പൊക്കം വരുന്ന സ്വയംഭൂവായ ശിവലിംഗം കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിയ്ക്കുന്നു. കൂടുതൽ പ്രാധാന്യം അയ്യപ്പസ്വാമിയ്ക്ക് കൊടുത്തിരിയ്ക്കുന്നതിനാൽ ഇവിടെ ശിവന്റെ മുമ്പിൽ നന്ദിപ്രതിഷ്ഠയില്ല. ശിവലിംഗത്തിൽ ദിവസവും രാവിലെ ധാര നടത്തുന്നുണ്ട്. കൂടാതെ ശംഖാഭിഷേകം, രുദ്രാഭിഷേകം, മൃത്യുഞ്ജയഹോമം, പിൻവിളക്ക്, കൂവളമാല തുടങ്ങിയവയും ശിവഭഗവാന് പ്രധാന വഴിപാടുകളാണ്. ശിവരാത്രിദിവസം ശിവന് വിശേഷാൽ പൂജകളും അഭിഷേകവുമുണ്ടാകും. ഗുരുവായൂരപ്പനാൽത്തറയിൽ മമ്മിയൂരപ്പനായും പരമശിവൻ സാന്നിദ്ധ്യമരുളുന്നു.

ഹനുമാൻ
സ്ഥലനാമം
പാർവ്വതി
ശിവൻ