1505-ൽ ബാബറിന്റെ അമ്മാവനായ ഹെറാത്തിലെ സുൽത്താൻ ഹുസൈൻ മിർസ (ഹുസൈൻ ബൈഖാറ) ആവശ്യപ്പെട്ട പ്രകാരം അദ്ദേഹത്തെ സഹായിക്കാനായി അവിടേക്ക് തിരിച്ചു. പല സമയങ്ങളിലും ബാബറിന്റെ സഹായഭ്യാർത്ഥനകൾ നിരസിച്ചിട്ടുള്ള ആളാണ് മിർസ. ബാബർ എത്തുന്നതിനു മുന്നേ തന്നെ അദ്ദേഹം മരിക്കുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ തന്റെ മറ്റു മാതുലന്മാർ ഷയ്ബാനി ഖാനോട് പിടിച്ച് നില്കാൻ കെല്പില്ലാത്തവരാണെന്നു മനസ്സിലാക്കിയ ബാബർ ഹെറാത്തിൽ തന്നെ നിലയുറപ്പിച്ചു. ഇക്കാലത്ത് അദ്ദേഹം സാഹിത്യകാര്യങ്ങളിൽ ശ്രദ്ധവയ്ക്കുകയും നഗരപരിഷ്കരണ രീതികൾ മനസ്സിലാക്കുകയും ചെയ്തു. ഉയ്ഗുർ എന്ന ചൈനീസ് വംശജനായ മീർ അലി ഷേയര് നവ്വായിയുമായി അടുപ്പത്തിലായി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ചഗതായി ഭാഷയിലെ പ്രവീണ്യത്തിൽ ആകൃഷ്ടനായാണ് തന്റെ ബാബർനാമഎഴുതാൻ ചഗതായ് ഭാഷ ഉപയോഗപ്പെടുത്തിയത്. 

1507-ൽ ബാബർ കന്ദഹാർ പിടിച്ചെടുത്തു. അവിടെ തന്റെ സഹോദരൻ നസീർ മിർസയെ ഭരണമേൽപ്പിച്ച് അദ്ദേഹം കാബൂളിലേക്ക് തിരിച്ചു. 

എന്നാൽ ഷൈബാനി ഖാൻ മാതുലന്മാരെ പ്രലോഭിപ്പിക്കുകയും വീണ്ടും ഉപജാപങ്ങൾ തുടങ്ങുകയും ചെയ്തതോടെ ബാബർ പിന്മാറാൻ നിർബന്ധിതനായി. 1509-ൽ കാബൂളിലേയ്ക്ക് തിരിച്ചു വന്നു. വന്ന പാടേ ഉസ്ബെക്കുകാർ ഷൈബാനി ഖാന്റെ നേതൃത്വത്തിൽഹെറാത്ത് പിടിച്ചെടുത്തു. ഇത് ബാബർ നേരത്തെ തന്നെ പ്രതീക്ഷിച്ചിരുന്നു. ബന്ധു കൂടിയായ ഷൈബാനി ഖാന്റെ ഇത്തരം ഹീന നടപടികളെ പറ്റി ബാബർ നാമയിൽ പ്രതിപാദിക്കുന്നുണ്ട്.

ഹെറാത്ത് പിടിച്ച ഉസ്ബെക്കുകൾ തുടർന്ന് കന്ദഹാർ പിടിച്ചെടുക്കുകയും അർഘൂൻ കുടുബത്തെ വീണ്ടും ഭരണത്തിൽ പ്രതിഷ്ടിക്കുകയും ചെയ്തു. . 

ഇക്കാലത്ത് സ്വന്തം മാതുലനും സൈന്യത്തിന്റെ ഒരു വിഭാഗത്തിന്റെ മേധവിയുമായ ഹൈദർ മിർസാ വിപ്ലവവുമായി ബാബറിനു നേരെ തിരിഞ്ഞെങ്കിലും ബാബർ പെട്ടെന്നുതന്നെ അത് അടിച്ചമർത്തി. ഇതെല്ലാം കാരണം സൈന്യത്തിന് ബാബറോടുളള മതിപ്പും ബഹുമാനവും ഇരട്ടിച്ചു.

ഷൈബാനി ഖാൻ വരുന്നെന്നറിഞ്ഞ് ബാബർ കാന്ദഹാറിൽ നിന്നും പിൻ‍വാങ്ങി. ഇവിടെയാണ് ജീവിതത്തിൽ ആദ്യമായി തന്നിൽ തന്നെ വിശ്വാസം നഷ്ടപ്പെട്ടത് എന്ന് അദ്ദേഹം എഴുതുന്നു. പിന്നീട് ഷാ ഇസമായിൽ ഒന്നാമൻ (പേർഷ്യയിലെ സഫവി സുൽത്താൻ) ഷൈബാനി ഖാനെ കൊല്ലുകയാണ് ഉണ്ടായത്. 

ഒന്നാം പാനിപ്പത്ത് യുദ്ധം
പലായനം
സമർഖണ്ഡിനും ഫർഗാനക്കും വേണ്ടിയുള്ള ആദ്യകാലപോരാട്ടങ്ങൾ
ഹെറാത്തിനും കന്ദഹാറിനും വേണ്ടിയുള്ള പോരാട്ടങ്ങൾ