കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ്‌ ഭരണകൂടത്തിനെതിരെയുള്ള ഇസ്ലാമികവാദികളുടെ മുജാഹിദീൻ സേനയുടെ നീക്കങ്ങൾക്ക്‌ അമേരിക്ക പിന്തുണ നൽകിപ്പോന്നിരുന്നു. ഇതിനു മറുപടിയെന്നോണമാണ് 1979-ൽ സോവിയറ്റ് യൂണിയൻ അഫ്‌ഗാന്റെ നിയന്ത്രണം കൈക്കലാക്കിയത്. അമേരിക്ക, പാകിസ്താൻ എന്നീ രാജ്യങ്ങളുടെ പിന്തുണയോടെ മുജാഹിദീനുകൾ നടത്തിയ ചെറുത്തുനിൽപ്പിനെത്തുടർന്ന് 1989-ൽ സോവ്യറ്റ്‌ സൈന്യം പിൻവാങ്ങിയെങ്കിലും 1992 വരെ കമ്മ്യൂണിസ്റ്റുകൾ ഭരണത്തിൽ തുടർന്നു. 

1992-ൽ കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് പ്രസിഡണ്ട് നജീബുള്ളയെ പുറത്താക്കി, മുജാഹിദീനുകൾ കാബൂളിൽ അധികാരത്തിലെത്തി. വിവിധ മുജാഹിദീൻ വിഭാഗങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ആഭ്യന്തര യുദ്ധങ്ങൾക്കാണ്‌ പിന്നീട്‌ അഫ്‌ഗാനിസ്ഥാനിൽ കളമൊരുങ്ങിയത്‌. ഇസ്ലാമിക് സ്റ്റേറ്റ് ഓഫ് അഫ്ഗാനിസ്താൻ എന്നറിയപ്പെടുന്ന ഒരു ഭരണകൂടത്തിന് മുജാഹിദീനുകൾ രൂപം കൊടുത്തെങ്കിലും വിവിധ മുജാഹിദീൻ വിഭാഗങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള പരസ്പരകലഹം മൂലം രാജ്യത്ത് അരാജകത്വം നിലനിന്നു. ബുർഹാനുദ്ദീൻ റബ്ബാനിയാണ് ഇക്കാലത്ത് മുജാഹിദീൻ സർക്കാറിന്റെ പ്രസിഡണ്ടായിരുന്നത്.

ഇസ്ലാമിക് റിപ്പബ്ലിക് ഓഫ് അഫ്ഗാനിസ്താൻ
ശകർ, ഇന്തോ സിഥിയർ, കുശാനർ
ഇസ്ലാമികപ്രതിരോധം
താലിബാൻ ആധിപത്യം