നായർമാരിൽ പല ഉപജാതികൾ നിലനിന്നിരുന്നതിനെപ്പറ്റി ജാതിനിർണയം എന്ന പുരാതനമായ ഗ്രന്ഥത്തിന്റെ കാലം മുതൽക്കുതന്നെ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. ചാതുർവർണ്യം ചാതുർവ്വർണ്യക്രമമനുസരിച്ചു നായന്മാർ ക്ഷത്രിയർ തന്നെയാണ് പക്ഷെ ഇവരിൽ മിക്ക ഉപജാതികൾക്കും വേദാധികാരം ഇല്ലായിരുന്നു. ഇതുകൊണ്ടുതന്നെ മറ്റു ക്ഷത്രിയവംശജരിൽ നിന്നും വ്യത്യസ്തരായിരുന്നു ഇവർ. കേരളത്തിലെ ഒട്ടു മിക്ക നാടുവാഴികളും (ഏറ്റവും പ്രബലരായ സാമൂതിരിയും തിരുവിതാംകൂർ രാജാവും അടക്കം) രാജാക്കന്മാരും നായർ കുലത്തിൽ പെട്ടവരായിരുന്നു .നായർ വംശീയരിൽ ക്ഷത്രിയസ്ഥാനമുള്ളവരും ശൂദ്രസ്ഥാനമുള്ളവരും സങ്കരവർണ്ണികരും അനഭിജാത ശൂദ്രർ(താഴ്ന്ന ജാതി ശൂദ്രർ) എന്നിങ്ങനെ പലവിധമുണ്ടായിരുന്നു.എന്നാൽ നായൻമാർ പരശുരമാനാൽ പലായനം ചെയപ്പെട്ടു പൂണൂൽ ഉപേക്ഷിച്ച ക്ഷത്രിയർ ആണെന്നും ഐതിഹ്യമുണ്ട്. വില്യംലോഗൻ,സൂസൻ ബല്ലി അടക്കം ഉള്ളവരുടെ ലേഖനങ്ങളിൽ നായർമാരെ ക്ഷത്രിയർ ആയി ആണ് പറഞ്ഞിരിക്കുന്നത്.നായരിൽ തന്നെ ക്ഷത്രിയ പദവി ഉള്ളവരും ശൂദ്ര വൈശ്യ പദവി ഉള്ളവരും ഉണ്ട്.തിരുവിതാംകൂറിലെ നായന്മാരെ മറുനാടൻ ശൂദ്രവിഭാഗങ്ങളിൽനിന്നും വേർതിരിച്ചുപറയാൻ മലയാള ശൂദ്രർ എന്നു നമ്പുതിരിമാർ വിളിച്ചിരുന്നു എന്നു് 'ദക്ഷിണേന്ത്യയിലെ ജാതികളും ഗോത്രങ്ങളും എന്ന ഗ്രന്ഥത്തിൽ എഴുതിയിട്ടുണ്ടു്. 

116 വിഭാഗം നായർമാരുണ്ട് എന്ന് 1901-ലെ സെൻസസ് പറയുന്നു. പ്രധാനമായ വിഭാഗങ്ങൾ താഴെപ്പറയുന്നവയാണ്.

പുരുഷന്മാർ
ഇല്ലത്തുനായർ
അവാന്തര വിഭാഗങ്ങൾ
സ്വരൂപത്തുനായർ