നാലമ്പലത്തിനകത്ത് തെക്കുപടിഞ്ഞാറേമൂലയിൽ പ്രത്യേകം ശ്രീകോവിലിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായാണ് സർവ്വവിഘ്നഹരനും ശിവപാർവ്വതീപുത്രനുമായ ഗണപതിഭഗവാന്റെ പ്രതിഷ്ഠ. രണ്ടടി ഉയരം വരുന്ന ശിലാവിഗ്രഹം സാധാരണ ഗണപതിവിഗ്രഹങ്ങളുടെ രൂപത്തിൽ തന്നെയാണ് കാണപ്പെടുന്നത്. വിഘ്നേശ്വരപ്രീതിയ്ക്കായി ക്ഷേത്രത്തിൽ നിത്യേന ഗണപതിഹോമം നടത്തിവരുന്നുണ്ട്. ഒറ്റയപ്പം, മോദകം, കറുകമാല, നാളികേരമുടയ്ക്കൽ തുടങ്ങിയവയാണ് മറ്റ് പ്രധാന വഴിപാടുകൾ. 

നാഗദൈവങ്ങൾ
ഗണപതി
ശ്രീ ഗുരുവായൂരപ്പൻ (മഹാവിഷ്ണു/ശ്രീകൃഷ്ണൻ)
അയ്യപ്പൻ