ഈ ക്ഷേത്രത്തെപ്പറ്റിയുള്ള ഒരു ഐതിഹ്യപ്രകാരം വില്വമംഗലത്തു സ്വാമിയാരാണ് ക്ഷേത്രത്തിനു സ്ഥാനം നിശ്ചയിച്ചത്. ചെമ്പകശ്ശേരി രാജാവ് ഒരു ദിവസം സ്വാമിയാരുമൊത്തു വള്ളത്തിൽ യാത്ര ചെയ്യുകയായിരുന്നു. ആ സമയം കർണാനന്ദകരമായ ഓടക്കുഴൽഗാനം കേട്ട് രാജാവ് ചുറ്റുപാടും നോക്കി. എന്നാൽ ആ പ്രദേശത്തെങ്ങും ആരും ഉണ്ടായിരുന്നില്ല. ശ്രീകൃഷ്ണന്റെ ഓടക്കുഴൽ ഗാനമാണു കേട്ടതെന്നും അവിടെ ഒരു ക്ഷേത്രം പണിയണമെന്നും സ്വാമിയാർ രാജാവിനെ അറിയിച്ചു. അങ്ങനെയാണ് ആ ക്ഷേത്രം അവിടെ പണി ചെയ്യപ്പെട്ടതെന്ന് ഐതിഹ്യങ്ങൾ പറയുന്നു. 

അമ്പലപ്പുഴയിൽ പ്രസിദ്ധമായ ഐതിഹ്യമാണ് നാറാണത്തുഭ്രാന്തൻ നടത്തിയ പ്രതിഷ്‌ഠ. പ്രതിഷ്‌ഠാസമയത്ത് അഷ്ടബന്ധം ഉറയ്ക്കാതെ തന്ത്രിമാർ (പുതുമനയും കടികക്കോലും) വിഷമിച്ചു. അപ്പോൾ ആ വഴി വന്ന നാറാണത്തുഭ്രാന്തനോട് അപേക്ഷിച്ചതനുസരിച്ച് അദ്ദേഹം കയ്യിലിരുന്ന മീൻ ശ്രീകോവിലിനു പുറത്തുവെച്ചെന്നും വായിലെ മുറുക്കാൻ (താംബൂലം) തുപ്പി വിഗ്രഹം ഉറപ്പിച്ചെന്നും വിശ്വസിക്കുന്നു. താംബൂലം ഒഴുക്കി വിഗ്രഹപ്രതിഷ്‌ഠ നടത്തിയതു കൊണ്ട് താംബൂലപ്പുഴയെന്നും പിന്നീട് അമ്പലപ്പുഴയെന്നും പേരുവന്നെന്നും പറയപ്പെടുന്നു.

തന്ത്രിമാരെപ്പറ്റിയും ഒരൈതിഹ്യം നിലവിലുണ്ട്. തുടക്കത്തിൽ കടികക്കോൽ മനയിലെ തിരുമേനി മാത്രമാണു ഉണ്ടായിരുന്നത്. പ്രതിഷ്ഠിക്കാനായി തയ്യാറാക്കിയ വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠായോഗ്യമല്ലെന്ന് പുതുമന തിരുമേനി പറഞ്ഞതിനെ കടികക്കോൽ നമ്പൂതിരി എതിർക്കുകയും തെളിയിക്കാൻ ആവശ്യപ്പെടുകയും തെളിയിച്ചാൽ പാതി തന്ത്രം കൊടുക്കാമെന്നു പ്രഖ്യാപിക്കുകയും ചെയ്തു. ഉടൻ വിഗ്രഹം തല്ലിത്തകർത്തു. അപ്പോൾ അതിൽ നിന്നും അഴുക്കുവെള്ളവും തവളയും പുറത്തു ചാടി. പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കാനുള്ള വിഗ്രഹം ക്ഷേത്രക്കുളത്തിൽ ഉണ്ടെന്ന് പുതുമന പറഞ്ഞതനുസരിച്ച് കടിയക്കോൾ മുങ്ങിത്തപ്പിയെടുത്ത വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ഠിച്ചു.

കുട്ട വരവ്
തൃക്കൊടിയേറ്റ്
ഐതിഹ്യം
അമ്പനാട്ട് പണിക്കരുടെ വരവ്