തുടർന്ന് മുസ്‌ലിം ബ്രദർഹുഡിൽ (ഇഖ്‌വാനുൽ മുസ്‌ലിമൂൻ) ചേർന്ന അദ്ദേഹം സാമൂഹിക, രാഷ്ട്രീയ, സാമ്പത്തിക അസമത്വങ്ങളുടെ കാരണങ്ങളും ഇസ്‌ലാമിക പരിഷ്കരണശ്രമങ്ങളുടെ അനിവാര്യതയും സംബന്ധിച്ച്‌ ശക്തമായ നിരീക്ഷണങ്ങൾ നടത്തി. ഇഖ്‌വാൻ മുഖപത്രത്തിന്റെ ചീഫ്‌ എഡിറ്ററായി, ഇസ്‌ലാമിനെ സമ്പൂർണ്ണ ജീവിത പദ്ധതിയായി വിവരിക്കുന്ന ഒട്ടേറെ ലേഖനങ്ങളും ഗ്രന്ഥങ്ങളുമെഴുതി.

1954ൽ ഭരണകൂടത്തെ അട്ടിമറിക്കാൻ ശ്രമിച്ചെന്ന കുറ്റം ചുമത്തി അറസ്റ്റ്‌ ചെയ്ത അദ്ദേഹത്തെ 15 വർഷത്തെ കഠിനതടവിനാണ്‌ ശിക്ഷിച്ചത്‌. കൈറോയിലെ ജറാഹ്‌ ജയിലിൽ പത്തു വർഷം കഴിഞ്ഞ അദ്ദേഹത്തിന്റെ ആരോഗ്യനില വഷളായതിനെത്തുടർന്ന് ഇറാഖ്‌ പ്രസിഡൻറ് അബ്ദുസ്സലാം ആരിഫ്‌ ഇടപെട്ട്‌ മോചിപ്പിക്കുകയായിരുന്നു.

1954ൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രശസ്തമായ മആലിമു ഫിത്ത്വരീഖ്‌ (വഴിയടയാളങ്ങൾ) പുറത്തിറങ്ങി. അതേ തുടർന്ന് പ്രസിഡൻറ് അബ്ദുനാസറിനെ വധിക്കാൻ പ്രേരണ നൽകി എന്ന കുറ്റമാരോപിച്ച്‌ അദ്ദേഹം വീണ്ടും അറസ്റ്റ്‌ ചെയ്യപ്പെട്ടു. ഗ്രന്ഥത്തിലെ പല ഭാഗങ്ങളും തെളിവായുദ്ധരിച്ച്‌ ഭരണകൂടം അദ്ദേഹത്തിന് വധശിക്ഷയാണ്‌ വിധിച്ചത്‌. വിവിധ മുസ്‌ലിം നാടുകളിൽ നാസറിന്റെ തീരുമാനത്തിനെതിരെ പ്രതിഷേധമുയർന്നു. എന്നാൽ ഖുതുബിന്റെ വധശിക്ഷ റദ്ദ്‌ ചെയ്യാനുള്ള ആവശ്യങ്ങളൊന്നും വക വെക്കാതിരുന്ന നാസിറിന്റെ ഭരണകൂടം 1966 ഓഗസ്റ്റ്‌ 29ന് അദ്ദേഹത്തെ തൂക്കിലേറ്റി. വിശുദ്ധ ഖുർആന്‌ എഴുതിയ വ്യാഖ്യാനമായ ഫീ ദിലാലിൽ ഖുർആൻ (ഖുർആന്റെ തണലിൽ) അടക്കം 24 കൃതികൾ അദ്ദേഹത്തിന്റെതായുണ്ട്. നോവലുകളും ചെറുകഥകളും സൗന്ദര്യശാസ്ത്ര സംബന്ധിയായ ലേഖനങ്ങളുമൊക്കെ സയ്യിദിന്റെ രചനകളിലുൾപ്പെടുന്നു.

ഔദ്യോഗിക ജീവിതം
പുറത്തേക്കുള്ള കണ്ണികൾ
കുറിപ്പുകൾ
മുസ്‌ലിം ബ്രദർഹുഡിൽ