1766-ൽ ഹൈദർ അലി കോഴിക്കോട് കീഴടക്കി പിന്നാലെ ഗുരുവായൂരും. ക്ഷേത്രം നശിപ്പിക്കാതിരിക്കാൻ ക്ഷേത്രാധികാരികളോട് ഹൈദർ 10000 ഫണം ആവശ്യപ്പെടുകയും അവർ അത് ഹൈദറിനു കൊടുക്കുകയും ചെയ്തു. മലബാർ ഗവർണർ ആയിരുന്ന ശ്രീനിവാസ റാവുവിന്റെ ഹൈദർ ഗുരുവായൂരിനെ നശിപ്പിക്കന്നതിൽനിന്നും പിന്മാറി.

ടിപ്പു വീണ്ടും 1789-ൽ കോഴിക്കോട് ആക്രമിച്ചു. ഗുരുവായൂർ അമ്പലത്തിന് ആക്രമണമുണ്ടാകുമെന്ന് ഭയന്ന് മല്ലിശ്ശേരി നമ്പൂതിരിയും കക്കാട് ഓതിക്കനും ചേർന്ന് വിഗ്രഹം ഒളിപ്പിക്കുകയും ഉൽസവവിഗ്രഹത്തെ അമ്പലപ്പുഴ ശ്രീകൃഷ്ണ ക്ഷേത്രത്തിലേക്ക് കൊണ്ടുപോവുകയും ചെയ്തു. മല്ലിശ്ശേരി വിഗ്രഹം അമ്പലപ്പുഴക്ക് കൊണ്ടുപോയതും അവിടെ കായലിൽ ഇട്ടതും പിന്നീട് കൊണ്ടുവന്നതും ഗുരുവായൂർ-മമ്മിയൂർ കളരി ചെപ്പേടിൽ പറയുന്നുണ്ട്. ചെറിയ ക്ഷേത്രങ്ങൾ ടിപ്പു നശിപ്പിച്ചെങ്കിലും സമയത്ത് മഴ വന്നതുകൊണ്ട് വലിയ ക്ഷേത്രം രക്ഷപ്പെട്ടു. 1792-ൽ ടിപ്പുവിന്റെ തോൽവിക്ക് ശേഷം 1792 സെപ്റ്റംബർ 17 ന് വിഗ്രങ്ങൾ പുനഃപ്രതിഷ്ഠിച്ചെങ്കിലും നിത്യപൂജകളെല്ലാം തടസ്സപ്പെട്ടിരുന്നു.

കൊച്ചി
മറാഠ-മൈസൂർ യുദ്ധം
കേരളത്തിൽ
ഗുരുവായൂരിലെ വിഗ്രഹം ഒളിപ്പിച്ചത്