മസ്തിഷ്കത്തിൽ ഡയൻസെഫലോൺ എന്ന ഭാഗത്തുള്ള നാഡീയവും അന്തഃസ്രാവീയവുമായ ധർമ്മങ്ങൾ നിർവ്വഹിക്കുന്ന ഭാഗമാണ് ഹൈപ്പോതലാമസ്. ഇതിലുള്ള നാഡീകോശങ്ങളുടെ കോശശരീരഭാഗങ്ങൾ ചേർന്നുണ്ടാകുന്ന മർമ്മങ്ങൾ (ന്യൂക്ലിയസ്സുകൾ) ആണ് പെരുമാറ്റപരവും വൈകാരികപരവുമായ ശാരീരികപ്രവർത്തനങ്ങളുടെ നിയന്ത്രണത്തിൽ പങ്കെടുക്കുന്നത്. നാഡീവ്യവസ്ഥയെ പീയൂഷഗ്രന്ഥി വഴി അന്തഃസ്രാവി വ്യവസ്ഥയുമായി ബന്ധിപ്പിക്കുന്ന മുഖ്യധർമ്മമാണ് ഇവ നിർവ്വഹിക്കുന്നത്. ശരീരതാപനില, ജലസംതുലനം, രക്തസംവഹന പ്രക്രിയ, മുലപ്പാൽ സ്രവണം, ഗർഭാശയഭിത്തി സങ്കോചം എന്നിവയിലെല്ലാം നിയതധർമ്മങ്ങൾ നിർവ്വഹിക്കുന്ന ഹൈപ്പോതലാമസ് ശരീരത്തിൽ മറ്റെല്ലാ അന്തഃസ്രാവി ഗ്രന്ഥികളുടേയും പ്രവർത്തനത്തിൽ അതിശ്രദ്ധേയമായ നിയന്ത്രണം നിർവ്വഹിക്കുന്നു.
പത്തുഗ്രാമോളം ഭാരമുള്ള [4] ഹൈപ്പോതലാമസ്സിന് 1-1.5 സെന്റീമീറ്റർ വ്യാസമുണ്ട്.[5] ഹൈപ്പോതലാമസ് ഇതിനുതാഴെയുള്ള പീയൂഷഗ്രന്ഥിയുമായി ഇൻഫൻഡിബുലം അഥവാ പിറ്റ്യൂട്ടറി സ്റ്റാക്ക് (Pituitary stalk) വഴി പരസ്പരം ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. മസ്തിഷ്കത്തിലെ ലിംബിക് സിസ്റ്റം എന്ന ഭാഗത്തിന്റെ വിവിധതലങ്ങളെ ഇരുദിശകളിലും പരസ്പരം ബന്ധപ്പെടുത്തുന്ന നാഡീയപാതയുണ്ട്. ഇതിനായി താഴെപ്പറയുന്ന മൂന്നുദിശകളിൽ നാഡീയആവേഗങ്ങളെ ഇവ അയയ്ക്കുന്നുണ്ട്.[6]


ഹൈപ്പോതലാമസ്
എക്ഡൈഷ്യൽ ഗ്രന്ഥി
Y-അവയവം
കോർപ്പസ് അലാറ്റം