സോവിയറ്റ് യൂണിയന്റെ വിഘടനത്തിനും സ്വാതന്ത്ര്യ പ്രഖ്യാപനത്തിനും ശേഷം കിർഗിസ്ഥാൻ പൂർണമായും അംഗീകരിക്കപ്പെട്ട ഫിഫയും എ.എഫ്.സി അംഗവും ആയി. 1992 ഓഗസ്റ്റ് 23 ന് സെൻട്രൽ ഏഷ്യ ടൂർണമെന്റിൽ ഉസ്ബെക്കിസ്ഥാനെതിരെ താഷ്കന്റിൽ അവർ ആദ്യ മത്സരം കളിച്ചു, 3-0 ന് പരാജയപ്പെട്ടു. 

1993 ജൂണിൽ കിർഗിസ്ഥാൻ ഇറാനിലെ ടെഹ്‌റാനിലേക്ക് 1993 ഇക്കോ കപ്പിനായി യാത്രയായി. ജൂൺ 6 ന് അസർബൈജാനോട് 3–2ന് തോറ്റ അവർ രണ്ട് ദിവസത്തിന് ശേഷം താജിക്കിസ്ഥാനെതിരെ 1–1 സമനിലയിൽ പിരിഞ്ഞു. 

1994 ഏപ്രിലിൽ ഉസ്ബെക്കിസ്ഥാനിലെ താഷ്‌കന്റിൽ നടന്ന ടൂർണമെന്റിൽ കിർഗിസ്ഥാൻ മറ്റ് മധ്യേഷ്യൻ ടീമുകളെ കളിച്ചു. ഏപ്രിൽ 13 ന് അവർ തുർക്ക്മെനിസ്ഥാനോട് 5–1, തുടർന്ന് ഏപ്രിൽ 15 ന് താജിക്കിസ്ഥാനോട് തോറ്റു. രണ്ട് ദിവസത്തിന് ശേഷം ആതിഥേയരോട് 3-0 ന് പരാജയപ്പെടുന്നതിന് മുമ്പ് ഏപ്രിൽ 17 ന് അവർ കസാഖിസ്ഥാനെതിരെ 0-0 സമനിലയിൽ പിരിഞ്ഞു. 

കിർഗിസ്ഥാനിൽ ഫുട്ബോൾ വികസിപ്പിക്കാനുള്ള താൽപ്പര്യങ്ങൾ കുറവായതിനാൽ കിർഗിസ്ഥാൻ പോരാട്ടം തുടർന്നു. ദേശീയ ടീമിനെ വികസിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള അടിസ്ഥാന സംഭവവികാസങ്ങൾ ദേശീയ ടീമിന് പലപ്പോഴും ഇല്ലായിരുന്നു, മധ്യേഷ്യൻ അയൽ രാജ്യങ്ങളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ കിർഗിസ്ഥാൻ താജിക്കിസ്ഥാൻ, തുർക്ക്മെനിസ്ഥാൻ, കസാക്കിസ്ഥാൻ, ഉസ്ബെക്കിസ്ഥാൻ എന്നിവയ്ക്ക് പിന്നിൽ നിൽക്കുന്നു, രണ്ടാമത്തേത് ഈ മേഖലയിലെ ഏറ്റവും ശക്തമായ ടീമാണ്. ഇതൊക്കെയാണെങ്കിലും, 2006 എ‌എഫ്‌സി ചലഞ്ച് കപ്പിൽ വെങ്കലം നേടിയത് പോലുള്ള ചില സുപ്രധാന ഫലങ്ങൾ നേടാൻ കിർഗിസ്ഥാന് ഇപ്പോഴും കഴിഞ്ഞു. 

1992 മുതൽ 2010 വരെ: സമരം
ചരിത്രം
2019 AFC ഏഷ്യൻ കപ്പ്
മത്സരങ്ങൾ