പിൽക്കാലത്ത് ക്ഷേത്രം വടക്കുംകൂർ രാജ്യത്തിന് കീഴിലായി. അക്കാലത്തും ക്ഷേത്രം പ്രൗഢിയോടെ നിലകൊണ്ടു. വടക്കുംകൂറിനെ തിരുവിതാംകൂർ ആക്രമിച്ച് കീഴടക്കിയപ്പോൾ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ പ്രാധാന്യം അസ്തമിയ്ക്കുകയും തൃക്കാരിയൂരും തിരുവിതാംകൂറിലെ എണ്ണമറ്റ ക്ഷേത്രങ്ങളിലൊന്നാകുകയും ചെയ്തു. എങ്കിലും, തിരുവിതാംകൂർ രാജകുടുംബാംഗങ്ങൾ ഇവിടെ വന്ന് ദർശനം നടത്തുക പതിവുണ്ടായിരുന്നു. അക്കാലത്തൊരിയ്ക്കൽ ക്ഷേത്രം അഗ്നിബാധയ്ക്കിരയായി. ഒരുദിവസം രാത്രിയിൽ ഉറങ്ങിക്കിടക്കുകയായിരുന്ന ശാന്തിക്കാർ തീപടരുന്ന ശബ്ദം കേട്ട് ഉണരുകയായിരുന്നു. തുടർന്ന്, ഭയപ്പെട്ടോടിയ മേൽശാന്തി ശ്രീകോവിലിൽ കയറി തിടമ്പെടുത്തു. ശിവലിംഗം ചെമ്പുതുണികൊണ്ട് മൂടി. മേൽശാന്തി തിടമ്പ് ക്ഷേത്രക്കുളത്തിൽ മുക്കിപ്പിടിച്ചു. അങ്ങനെയാണെങ്കിൽ തീയണയുമെന്നായിരുന്നു വിശ്വാസം. ഭാഗ്യവശാൽ, ക്ഷേത്രത്തിന് കാര്യമായ തകരാറുകളൊന്നും പറ്റിയില്ല. തുടർന്ന്, അറ്റകുറ്റപ്പണികൾ നടന്നു. ശ്രീ മൂലം തിരുനാൾ രാമവർമ്മത്തമ്പുരാനായിരുന്നു അപ്പോൾ തിരുവിതാംകൂർ മഹാരാജാവ്. അദ്ദേഹം ക്ഷേത്രം സർക്കാരിനുകീഴിൽ കൊണ്ടുവന്നു. ഇന്ന് ക്ഷേത്രം തിരുവിതാംകൂർ ദേവസ്വം ബോർഡിന്റെ കീഴിലാണ്.

വടക്കുംകൂർ ക്ഷേത്രഭരണം കയ്യാളിയിരുന്ന കാലത്ത് ധാരാളം തമിഴ് ബ്രാഹ്മണർ ഇവിടെയെത്തിയിരുന്നു. തമിഴ്നാട്ടിലെ തിരുച്ചിറപ്പള്ളിയിലുണ്ടായ ചില കലാപങ്ങളെത്തുടർന്ന് പലായനം ചെയ്ത് ഇവിടെയെത്തിയതാണത്രേ അവർ. തൃക്കാരിയൂർ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ പടിഞ്ഞാറുഭാഗത്ത് അവർക്ക് താമസിയ്ക്കാൻ വീടുകൾ നിർമ്മിച്ചുകൊടുത്തു. അത് കാലാന്തരത്തിൽ അഗ്രഹാരമായി മാറി. ക്ഷേത്രത്തിൽ അവർക്ക് ചില പ്രത്യേക അവകാശങ്ങളും കൊടുത്തിരുന്നു. നടശ്ശാന്തി, കുടശ്ശാന്തി, പുരാണപാരായണം തുടങ്ങിയവ അവയിൽ പ്രധാനമായിരുന്നു. വൈക്കത്തേതുപോലെ ഇവിടെയും ഘട്ടിയം ചൊല്ലൽ പതിവുണ്ടായിരുന്നു. ഇതും തമിഴ് ബ്രാഹ്മണരുടേതായിരുന്നു.

ശ്രീകോവിൽ
വടക്കുംകൂർ, തിരുവിതാംകൂർ രാജ്യങ്ങൾ
ഉപദേവതകൾ
ഐതിഹ്യം