കേരളത്തിലെ ക്രൈസ്തവ സഭ പേർഷ്യൻ സഭയുമായുള്ള ബന്ധത്തിൽ നിലനിന്നിരുന്നതായി കരുതപ്പെടുന്നു. ആറാം നൂറ്റാണ്ടു മുതലെങ്കിലും പേർഷ്യൻ സഭയുടെ വൈദിക മേൽനോട്ടത്തിലായിരുന്നു കേരളത്തിലെ സഭയെന്ന് പറയാം. കേരളത്തിലെ മാർത്തോമാ ക്രിസ്ത്യാനികളുടെ ഇടയിൽ പൗരസ്ത്യ സുറിയാനി ആരാധനാക്രമങ്ങളും പാരമ്പര്യങ്ങളും നിലവിൽ വരുവാൻ ഈ ബന്ധം കാരണമായി. ആത്മീയ മേൽനോട്ടം പേർഷ്യയിൽ നിന്നുള്ള മെത്രാന്മാർ നിർവ്വഹിച്ചിരുന്നപ്പോഴും സാമുദായിക നേതൃത്വം അർക്കദിയാക്കോൻ അഥവാ "ജാതിക്കു കർത്തവ്യൻ" എന്ന പദവിയിലുള്ള നാട്ടുക്രിസ്ത്യാനി തലവനായിരുന്നു. 16-ആം നൂറ്റാണ്ടിൽ ഉദയംപേരൂർ സുന്നഹദോസിലൂടെ കേരളത്തിലെ ക്രൈസ്തവ സഭ റോമാസഭയുടെ ഭാഗമായെങ്കിലും 1653-ൽ കൂനൻകുരിശ് സത്യത്തിലൂടെ മാർത്തോമാ ക്രിസ്ത്യാനികളിൽ ഒരു ഭാഗം ഈ ബന്ധം തള്ളിക്കളയുകയും അന്നത്തെ അർക്കദിയാക്കോനായിരുന്ന തോമസിനെ മെത്രാനാക്കുവാൻ തീരുമാനിക്കുകയും ചെയ്തു. 1653 മേയ് 22-ന് ആലങ്ങാട്ട് വെച്ച് 12 വൈദികർ ചേർന്ന് മാർത്തോമാ ഒന്നാമൻ എന്ന പേരിൽ ഇദ്ദേഹത്തെ മെത്രാനായി വാഴിച്ചു. മാർത്തോമാ ഒന്നാമനോടൊപ്പം നിന്ന വിഭാഗം മലങ്കര സഭ എന്ന് പിൽക്കാലത്ത് അറിയപ്പെട്ടു.

എന്നാൽ ഈ രീതിയിലുള്ള മെത്രാൻ സ്ഥാനാരോഹണം അപ്പോസ്തോലിക പിന്തുടർച്ച പ്രകാരം അംഗീകൃതമല്ലെന്നുള്ള മറുവിഭാഗത്തിന്റെ ആക്ഷേപവും അധികാരപരമായും സാമുദായികവുമായുമുള്ള അസ്ഥിരതകളും അലക്സാന്ത്ര്യ, അന്ത്യോഖ്യ തുടങ്ങിയ സ്ഥലങ്ങളിലെ പൗരസ്ത്യ സഭാതലവന്മാരുമായി ബന്ധം സ്ഥാപിക്കുവാൻ മലങ്കര സഭയെ പേരിപ്പിച്ചു. അതിൻ പ്രകാരം 1655-ൽ സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ യരുശലേമിലെ ബിഷപ്പായിരുന്ന ഗ്രിഗോറിയോസ് അബ്ദുൽ ജലീൽ കേരളത്തിലെത്തുകയും മാർത്തോമാ ഒന്നാമന്റെ സ്ഥാനാരോഹണം ക്രമപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുമായുള്ള ബന്ധത്തിലൂടെ മലങ്കര സഭയിൽ പാശ്ചാത്യ സുറിയാനിയിലുള്ള ആരാധനാക്രമവും ആചാരങ്ങളും പ്രചാരത്തിലെത്തി. പകലോമറ്റം തറവാട്ടിലെ അംഗമായിരുന്ന മാർത്തോമാ ഒന്നാമനെ തുടർന്നു മാർത്തോമാ ഒൻപതാമൻ വരെ അതേ കുടുംബത്തിൽ നിന്നു തന്നെയുള്ള എട്ടു പേർ കൂടി മാർത്തോമാ മെത്രാന്മാർ എന്ന സ്ഥാനത്തേക്ക് തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. 1816-ൽ മാർത്തോമാ പത്താമനായി നേതൃസ്ഥാനത്തെത്തിയ പുലിക്കോട്ടിൽ ജോസഫ് മാർ ദീവന്നാസ്യോസിന്റെ കാലം മുതൽ മാർത്തോമാ മെത്രാൻ എന്നതിനു പകരമായി മലങ്കര മെത്രാപ്പോലിത്ത എന്ന് ഈ സ്ഥാനം അറിയപ്പെടുവാൻ തുടങ്ങി.

19-ആം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ തുടക്കത്തിൽ മലങ്കര സഭ ഇംഗ്ലണ്ടിൽ നിന്നുള്ള സി.എം.എസ്സ് മിഷണറിമാരുമായി സഹകരിച്ചു പ്രവർത്തിക്കുവാൻ ആരംഭിച്ചു. 1815-ൽ ആരംഭിച്ച കോട്ടയം പഴയ സെമിനാരിയെ ഒരു മികച്ച വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനമാക്കുന്നതിനും മറ്റും ഇവർ യത്നിച്ചിരുന്നു. എന്നാൽ പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് ചിന്താഗതികൾ നടപ്പിൽ വരുത്തുവാനുള്ള ഇവരുടെ ശ്രമങ്ങൾ മൂലം 1836-ൽ മാവേലിക്കരയിൽ വെച്ച് കൂടിയ മലങ്കര പള്ളി പ്രതിപുരുഷയോഗത്തിലെ തീരുമാനപ്രകാരം ഈ ബന്ധം വിച്ഛേദിക്കപ്പെട്ടു. തുടർന്ന് മിഷണറിമാരുടെ ആശയങ്ങളുമായി അടുപ്പമുള്ള ഒരു ചെറിയ വിഭാഗം സഭാംഗങ്ങൾ ആംഗ്ലിക്കൻ സഭയിലേക്ക് മാറുകയും പിൽക്കാലത്ത് ഇവർ സി.എസ്.ഐ. സഭയുടെ ഭാഗമാവുകയും ചെയ്തു. ഈ വേർപിരിയലിനു പുറമേ മലങ്കര സഭയുടെ വിശ്വാസങ്ങളിലും ആരാധനാരീതികളിലും നവീകരണത്തിന്റെ ആവശ്യകതയുണ്ടെന്ന് ചിന്തിക്കുന്ന ഒരു വിഭാഗം കൂടി ഉടലെടുക്കുകയും അത് മാർത്തോമ്മാ സഭയുടെ രൂപീകരണത്തിന് കാരണമാവുകയും ചെയ്തു. 

1911-ൽ ഉണ്ടായ അധികാരതർക്കങ്ങൾ സഭയിൽ മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്തയെയും സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ തലവനായ പാത്രിയർക്കീസിനെയും അനുകൂലിക്കുന്നവരായ രണ്ടു വിഭാഗങ്ങളായി ഭിന്നിക്കുന്നതിന് കാരണമായി. 1958-ൽ ഇരുവിഭാഗങ്ങളും ഒന്നായെങ്കിലും 1975-ൽ വീണ്ടും രണ്ടു വിഭാഗങ്ങളായി. ഇവരിൽ ആദ്യവിഭാഗം മലങ്കര ഓർത്തഡോക്സ് സുറിയാനി സഭ എന്നും രണ്ടാമത്തെ വിഭാഗം യാക്കോബായ സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനി സഭ എന്നും ഇപ്പോൾ അറിയപ്പെടുന്നു. 1912-ൽ മുറിമറ്റത്തിൽ പൗലോസ് മാർ ഈവാനിയോസിനെ ബസേലിയോസ് പൗലോസ് പ്രഥമൻ എന്ന പേരിൽ കാതോലിക്കയായി വാഴിച്ചതോടെ മലങ്കര ഓർത്തഡോക്സ് സഭയിൽ കാതോലിക്കോസ് സ്ഥാനം നിലവിൽ വന്നു. ആദ്യകാലങ്ങളിൽ കാതോലിക്കോസ് സ്ഥാനവും മലങ്കര മെത്രപ്പോലീത്ത സ്ഥാനങ്ങളും രണ്ട് വ്യത്യസ്ത അധികാര സ്ഥാനങ്ങളായിരുന്നെങ്കിലും 1934 മുതൽ രണ്ടു സ്ഥാനങ്ങളും ഒരാൾ തന്നെ വഹിക്കുന്ന പതിവാണുള്ളത്.

ആരാധനാവർഷം
വിശ്വാസസ്വഭാവം
ആരാധനാക്രമം
ചരിത്രം