ഗുരുവായൂർ ക്ഷേത്രത്തിലെ പൂജാവിധികളുമായി സാമ്യമുള്ള പൂജകളാണ് പട്ടാമ്പി പടിഞ്ഞാറേമഠം ക്ഷേത്രത്തിലുമുള്ളത്. അഞ്ചുപൂജകളും മൂന്നുശീവേലികളുമുള്ള മഹാക്ഷേത്രമാണിത്. എന്നാൽ, ചില വ്യത്യാസങ്ങളും കാണാം. ഇവിടെ രാവിലെ അഞ്ചുമണിയ്ക്കാണ് നടതുറക്കുന്നത്. തുടർന്ന് നിർമ്മാല്യദർശനം നടത്തുന്നു. നിർമ്മാല്യത്തിനുശേഷം എണ്ണയഭിഷേകം, വാകച്ചാർത്ത്, ശംഖാഭിഷേകം തുടങ്ങിയ ചടങ്ങുകളാണ്. വാകച്ചാർത്തിനുശേഷം ഭഗവാന്റെ വിഗ്രഹം അലങ്കരിച്ച് മലർ, ശർക്കര, കദളിപ്പഴം എന്നിവ നേദിയ്ക്കൂന്നു. തുടർന്ന് ആറുമണിയോടെ നടയടച്ച് ഉഷഃപൂജ നടത്തുന്നു. സൂര്യോദയസമയത്ത് എതിരേറ്റുപൂജയും ഗണപതിഹോമവും നടത്തുന്നു. തുടർന്ന് ഉഷഃശീവേലി. തന്റെ ഭൂതഗണങ്ങൾക്ക് അന്നം നൽകുന്നത് ഭഗവാൻ നേരിട്ടുകാണുന്നു എന്നതാണ് ശീവേലിയുടെ സങ്കല്പം. വാദ്യമേളങ്ങളുടെ അകമ്പടിയോടെ നാലമ്പലത്തിനകത്തും പുറത്തുമായി മൂന്നുവീതം പ്രദക്ഷിണം വച്ച് അകത്തും പുറത്തുമുള്ള ബലിക്കല്ലുകളിലെല്ലാം ബലിതൂകിയ ശേഷം വലിയ ബലിക്കല്ലിലും ബലിതൂകുന്നതോടെ ശീവേലി അവസാനിയ്ക്കുന്നു. രാവിലെ എട്ടുമണിയോടെ പന്തീരടിപൂജയും തുടർന്ന് പത്തുമണിയ്ക്ക് ഉച്ചപ്പൂജയും പത്തരയ്ക്ക് ഉച്ചശീവേലിയും നടത്തിയ ശേഷം പതിനൊന്നുമണിയ്ക്ക് നടയടയ്ക്കുന്നു.

അയ്യപ്പൻ
നിത്യപൂജകൾ
നമസ്കാരമണ്ഡപം
നാഗദൈവങ്ങൾ