ഭാരതപ്പുഴയുടെ മറുകരയിൽ തവനൂരിനടുത്ത് ചെറുതിരുനാവായയിലുള്ള ഈ ക്ഷേത്രം ഈ പ്രദേശത്തെ ത്രിമൂർത്തീസംഗമസ്ഥാനമാക്കുന്നു. പഴയ കേരളത്തിലെ 108 ശിവക്ഷേത്രങ്ങളിലൊന്നാണിത്. ക്ഷേത്രത്തിൽ ചെറിയൊരു വട്ടശ്രീകോവിലാണുള്ളത്. തകർന്നുകിടക്കുന്ന ഈ ശ്രീകോവിലിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി സാക്ഷാൽ പരമശിവൻ വാഴുന്നു. അടുത്ത് മറ്റൊരു ചെറിയ ശ്രീകോവിലിൽ ബ്രഹ്മാവും വാഴുന്നു. എന്നാൽ ശിവശാപം കൊണ്ടോ എന്തോ, ബ്രഹ്മാവിന് പൂജയും വിളക്കുമില്ല. നാവാമുകുന്ദക്ഷേത്രത്തിന്റെയും ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്റെയും ഐതിഹ്യത്തെപ്പറ്റി ഒരു കഥയുണ്ട്:

പണ്ട്, ഈ സ്ഥലത്ത് ഒരു യാഗം നടത്താൻ ത്രിമൂർത്തികളും ദേവേന്ദ്രനും തീരുമാനിച്ചു. അതിനായി ശിവനും ബ്രഹ്മാവും നദിയുടെ തെക്കേക്കരയിലും വിഷ്ണുവും ദേവേന്ദ്രനും വടക്കേക്കരയിലും താമസിച്ചു. നിർഭാഗ്യവശാൽ ഇവരുടെ പത്നിമാർ (ഗായത്രി, സരസ്വതി, ലക്ഷ്മി, പാർവ്വതി, ഇന്ദ്രാണി) നദികളായി മാറി. അതോടെ യാഗം മുടങ്ങി. പിൽക്കാലത്ത് ക്ഷത്രിയരെ കൂട്ടക്കൊല ചെയ്തതിന്റെ പാപം തീർക്കാൻ ഇവിടെ വന്ന പരശുരാമൻ ഉപാസിക്കുന്നതിനായി ത്രിമൂർത്തികൾക്ക് ക്ഷേത്രങ്ങൾ പണിതു. ത്രിമൂർത്തീസംഗമസ്ഥാനത്തെ പിതൃതർപ്പണവും ശ്രാദ്ധക്രിയകളും പിതൃക്കൾക്ക് മോക്ഷകാരണമാകും എന്നാണ് വിശ്വാസം. അതിനാൽ ധാരാളമാളുകൾ ദിവസവും പിതൃതർപ്പണത്തിനായെത്തുന്നു.

നവയോഗികൾ
ഗണപതി
ചെറുതിരുനാവായ ബ്രഹ്മാ-ശിവക്ഷേത്രം
നാവാമുകുന്ദൻ