ബോത്തിയസ് ക്രൈസ്തവചിന്തകനാണെന്നും 'പേഗൻ' ചിന്തകനാണെന്നും വാദമുണ്ട്. അദ്ദേഹം പിന്തുടർന്നിരുന്നത് ക്രിസ്തുമതമോ 'പേഗൻ' മതമോ എന്നത് തർക്കവിഷയമാണ്ക്രിസ്തീയകുടുംബത്തിലായിരിക്കാം ജനിച്ചതെങ്കിലും "മതത്യാഗിയായ" ജൂലിയൻ ചക്രവർത്തിയെപ്പോലെ (Julian the 'Apostate') ക്രിസ്തുമതം ഉപേക്ഷിച്ച് അദ്ദേഹം 'പേഗൻ' മതം സ്വീകരിച്ചിരിക്കാമെന്ന് കരുതുന്നവരുണ്ട്. ആശ്വാസത്തിനായി അനേകർ ക്രിസ്തുമതത്തിലേക്കു തിരിഞ്ഞപ്പോൾ ബോത്തിയസ് ആശ്വാസം കണ്ടെത്തിയത് 'പേഗൻ' മതത്തിലാണെന്ന് ഇറ്റാലിയൻ ചരിത്രകാരനായ മോമിഗ്ലിയാനോ കരുതുന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ക്രിസ്തുമതവിശ്വാസം തകർന്നു - ആ തകർച്ചയുടെ സമ്പൂർണ്ണത മൂലം, തന്റെ വിശ്വാസത്തിന്റെ തിരോധാനം അദ്ദേഹം ശ്രദ്ധിച്ചതുതന്നെയില്ല.
എന്നാൽ ബോത്തിയസ് ക്രിസ്ത്യാനിയായിരുന്നെന്ന് പരക്കെ വിശ്വാസമുണ്ട്. ഇറ്റാലിയൻ കവി ഡാന്റെയും ഈ വിശ്വാസം പങ്കുപറ്റിയിരുന്നെന്ന് കരുതണം. പ്രഖ്യാതമായ ദിവൈൻ കോമഡിയുടെ 'പറുദീസ' എന്ന മൂന്നാം ഭാഗത്ത്, സ്വർഗ്ഗത്തിലെത്തുന്ന കവി, ബോത്തിയസിന്റെ ആത്മാവിനെ കണ്ടുമുട്ടുന്നു. ഡാന്റെക്ക് അദ്ദേഹത്തെ പരിചയപ്പെടുത്തിക്കൊടുക്കുന്നത് ക്രൈസ്തവദാർശനികൻ തോമസ് അക്വീനാസ് ആണ്. പാവിയയിലെ "സുവർണ്ണാകാശത്തിലെ പത്രോസിന്റെ പള്ളിയിൽ" ഭൗതികശരീരം സംസ്കരിക്കപ്പെട്ട ബോത്തിയസിന്റെ ആത്മാവിനെ അക്വീനാസ് ഇങ്ങനെ പരിചയപ്പെടുത്തുന്നു:-

ബോത്തിയസിന്റെ ചക്രം
'വിശുദ്ധൻ'
"തത്ത്വചിന്തയുടെ സമാശ്വാസം"
ക്രിസ്തുമതവും ബോത്തിയസും