ഗുരുതരമായ രോഗം സുഖപ്പെടുത്തിയതിനെ തുടർന്ന് ഇബ്നു സീനയെ അമീറിന്റെ വൈദ്യനായി അദ്ദേഹം നിയമിച്ചു. ഇതായിരുന്നു ആദ്യത്തെ നിയമനം (997). നിയമനത്തിൽ അദ്ദേഹത്തിന്‌ ലഭിച്ച പ്രധാനപ്പെട്ട പാരിതോഷികം സമാനിയനിലെ രാജകീയ ഗ്രന്ഥാലയങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുവാനുള്ള അവസരമായിരുന്നു. അതുവഴി കൂടുതൽ പാണ്ഡിത്യം നേടാനുള്ള അവസരവും. അധികം താമസിയാതെ ഗ്രന്ഥാലയം അഗ്നിക്കിരയായപ്പോൾ ശത്രുക്കൾ ഇബ്നു സീനയുടെ മേൽ കുറ്റമാരോപിക്കുകയും, അതുവഴി കൂടുതൽ വിജ്ഞാനം കരസ്ഥമാക്കാനുള്ള അവസരം അദ്ദേഹത്തിന്‌ നഷ്ടമാവുകയും ചെയ്തു. ഇതിനെതുടർന്ന് പിതാവിന്റെ വ്യാപാരത്തിൽ സഹായിച്ചുകഴിയേണ്ടിവന്നു. ഈ സമയത്താണ്‌ തന്റെ ആദ്യകാല രചനകൾക്ക് അദ്ദേഹം സമയം കണ്ടെത്തിയത്.

ഇബ്നു സീനയ്ക്ക് 22 വയസ്സുള്ളപ്പോൾ പിതാവിനെ നഷ്ടമായി. 1004 ഡിസംബറോടെ സമാനിയൻ ഭരണത്തിന്റെ അന്ത്യഘട്ടമെത്തിയിരുന്നു. ഗസ്നിയിലെ മഹ്മൂദ് വെച്ച് നീട്ടിയ സ്ഥാനമാനങ്ങൾ സ്വീകരിക്കാതെ അദ്ദേഹം പശ്ചിമഭാഗത്തേക്ക് യാത്ര ചെയ്ത് ഇന്നത്തെ ഉസ്ബാക്കിസ്ഥാനിൽപ്പെട്ട ഖോർഗഞ്ചിൽ എത്തുകയും, പണ്ഡിതൻമാരെ ബഹുമാനിച്ചിരുന്ന അവിടുത്തെ വസീർ അദ്ദേഹത്തിന്‌ പ്രതിമാസം സ്റ്റൈപ്പന്റ് ഏർപ്പാടാക്കുകയും ചെയ്തു. ഈ വേതനം വളരെ തുച്ഛമായിരുന്നു, തന്റെ കഴിവുകൾ ഉപയോഗിക്കാനുള്ള അവസരത്തിനായി അദ്ദേഹം നിഷാപൂർ മർവ് എന്നീ ജില്ലകളിലെ വിവിധ സ്ഥലങ്ങളിൽ അലഞ്ഞുതിരിഞ്ഞ് ഖൊറാസനിന്റെ അതിരുകൾ വരെ സഞ്ചരിച്ചു. ദൈലമിലേയും മധ്യപേർഷ്യയിലേയും ഉദാരനായ ഭരണാധികാരിയും പണ്ഡിതനും കവിയുമായ ഷംസ് അൽ-മാആലി കാവൂസിൽ അഭയം പ്രതീക്ഷിച്ചെങ്കിലും അനുചരന്മാർ നടത്തിയ വിപ്ലവത്തുതുടർന്ന് കാവൂസ് വധിക്കപ്പെടുകായാണുണ്ടായത് (1052). കഠിനമായ രോഗത്താൽ ഇബ്നു സീനയ്ക്ക് വളരെ വിഷമം നേരിട്ട ഘട്ടവുമായിരുന്നു അത്. കാസ്പിയൻ കടലിന്‌ സമീപത്തുള്ള ഖൂർഖാനിൽ വെച്ച് തന്റെ ചങ്ങാതിയെ കണ്ടുമുട്ടുകയുണ്ടായി. ചങ്ങാതിയുടെ വീടിനടുത്തുള്ള കെട്ടിടത്തിൽവെച്ച് അദ്ദേഹം പ്രമാണശാസ്ത്രത്തിലും (logic) ജ്യോതിശാസ്ത്രത്തിലും അധ്യാപനം നടത്തി. തന്റെ പല കൃതികളും അദ്ദേഹം അവിടെവെച്ച് രചിക്കുകയുണ്ടായി. ഹിർകാനിയയിൽ താമസിക്കുന്ന ഈ അവസരത്തിലാണ്‌ അദ്ദേഹം "വൈദ്യശാസ്ത്ര ബൃഹത്ഗ്രന്ഥത്തിന്റെ" രചന ആരംഭിച്ചത്.

അനന്തരം അദ്ദേഹം തെഹറാനിന്‌ (ഇന്നത്തെ ഇറാന്റെ തലസ്ഥാനം) സമീപമുള്ള റായിൽ താമസമുറപ്പിച്ചു (റാസിയുടെ ജന്മദേശമാണ്‌ റായ്). ബൂയിലെ അമീറിന്റെ കാലശേഷം അദ്ദേഹത്തിന്റെ അനന്തരാവകാശി മകനായ മജ്ദ് അൽ-ദൗലയായിരുന്നു. ആ സമയം പ്രായപൂർത്തിയെത്താത്തതിനെ തുടർന്ന് പകരം മജ്ദിന്റെ മാതാവായിരുന്നു ഭരിച്ചിരുന്നത് (സയ്ദഹ് കാത്തൂൻ). റായിൽ വെച്ചാണ്‌ ഇബ്നു സീന തന്റെ മുപ്പതോളം ചെറിയ രചനകൾ പൂർത്തിയാക്കിയത്. പിന്നീട് സയ്ദഹ് കാത്തൂനും അവരുടെ രണ്ടാം മകനായ ഷംസ് അൽ-ദൗലയും തമ്മിലുണ്ടായ അധികാരതർക്കം അവിടം വിടാൻ ഇബ്നു സീനയെ നിർബന്ധിച്ചു. ഖസ്‌വീനിലെ തൽക്കാലിക വാസത്തിന്‌ ശേഷം ദക്ഷിണഭാഗത്തേക്ക് സഞ്ചരിച്ച് ഹമദാനിൽ എത്തിച്ചേർന്നു. അപ്പോഴേക്കും അവിടം ഷംസ് അൽ-ദൗല തന്റെ ഭരണം സ്ഥാപിച്ചു കഴിഞ്ഞിരുന്നു. ആദ്യം അവിടത്തെ ഒരു മേലെതട്ടിലുള്ള ഒരു വനിതയുടെ കീഴിൽ സേവനമനുഷ്ഠിച്ചു. ഇബ്നു സീനയുടെ ആഗമനം അറിഞ്ഞ അമീർ അദ്ദേഹത്തെ ഭിഷഗ്വരനായി സ്വീകരിക്കുകയും, പാരിതോഷികങ്ങൾ നൽകി പറഞ്ഞയക്കുകയും ചെയ്തു. ഇബ്നു സീന അവിടുത്തെ വസീറിന്റെ കാര്യാലയത്തിൽ ഉയർന്ന സ്ഥാനം വഹിക്കുകപോലുമുണ്ടായി. പക്ഷേ അമീർ നാട്ടിൽനിന്ന് ബഹിഷ്ക്കരിക്കപ്പെട്ടതിനെ തുടർന്ന് ശൈഖ് അഹ്മദ് ഫദലിന്റെ വീട്ടിൽ ഒളിച്ച് താമസിച്ചു, ഏതാണ്ട് അമീർ സ്ഥാനം തിരിച്ച്പിടിക്കുന്നത് വരെ നാൽപ്പത് ദിവസത്തോളം ഇങ്ങനെ തുടർന്നു. ഭരണം ഇളകിമറിയുന്ന അവസ്ഥയിൽ വരെ അദ്ദേഹം തന്റെ പഠനങ്ങളിലും അദ്ധ്യാപനങ്ങളിലും മുഴുകുകയാണ്‌ ചെയ്തത്. വൈകുന്നേരങ്ങളിൽ തന്റെ വിഖ്യാത ബൃഹത്ഗ്രന്ഥങ്ങളിൽ നിന്ന് ശിഷ്യന്മാരെ അഭ്യസിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. അമീറിന്റെ മരണത്തെ തുടർന്ന്, വസീറായി അവരോധിതനായതിന്‌ ശേഷം അവിടുത്തെ മരുന്ന്ശാലയിൽ ഒതുങ്ങിക്കൂടി, അതീവ താൽപര്യപൂർവ്വവും ശ്രദ്ധയോടുകൂടിയും തന്റെ രചനകളിൽ മുഴുകുകയും ചെയ്തു.

അതേസമയം ഇസ്ഫഹാൻ നഗരമുഖ്യന്‌ അദ്ദേഹം തന്റെ സേവനങ്ങൾ വാഗ്ദാനം ചെയ്ത് ഒരു കത്തെഴുതി. ഹമദാനിലെ പുതിയ അമീർ ഇബ്നു സീനയുടെ കത്തിനെ പറ്റിയും ഒളിച്ചിരിക്കുന്നയിടവും മനസ്സിലാക്കി അദ്ദേഹത്തെ തടവിലാക്കുകയുണ്ടായി. ഇതേസമയം ഹമദാനിലേയും ഇസ്ഫഹാനിലേയും ഭരണാധികാരികൾ തമ്മിൽ യുദ്ധം തുടരുകയും, ഇസ്ഫാൻ ഭരണാധികാരി ഹമദാനിനേയുടെ അതിന്റെ പട്ടണങ്ങളേയും പിടിച്ചടക്കി അവിടെയുണ്ടായിരുന്ന താജിക്ക് കൂലിപടയാളികളെ പുറത്താക്കുകയും ചെയ്തു. യുദ്ധം അടങ്ങിയപ്പോൾ അമീറിന്റെ കൂടെ ഹമദാനിലേക്ക് തന്റെ ഗ്രന്ഥങ്ങളടക്കം മടങ്ങിയെത്തി. പിന്നീട് തന്റെ സഹോദരൻ, പ്രിയപ്പെട്ട ശിഷ്യൻ, രണ്ട് അടിമകൾ എന്നിവരോടൊപ്പം സൂഫി വര്യന്റെ വേഷത്തിൽ നഗരത്തിന്‌ പുറത്ത് കടന്നു. ദുർഘടം നിറഞ്ഞ ഒരു യാത്രയ്ക്കൊടുവിൽ ഇസ്ഫഹാനിൽ എത്തിച്ചേർന്നു. അവിടെ രാജകുമാരന്റെ വക ഹൃദ്യമായ ഒരു വരവേൽപ്പ് അദ്ദേഹത്തിന്‌ ലഭിക്കുകയുണ്ടായി.

പ്രായപൂർത്തിയായതിന്‌ ശേഷം
അപദാനങ്ങൾ
ഇബ്നു സീനൻ തത്ത്വചിന്ത
കൃതികൾ