യോഹന്നാന്റെ "ആത്മാവിന്റെ ഇരുണ്ട രാത്രി" എന്ന രചനയുടെ പേര്, ആത്മീയപ്രതിസന്ധികളെ സൂചിപ്പിക്കാൻ ഇന്ന് പരക്കെ ഉപയോഗിക്കപ്പെടാറുണ്ട്. ശരീരമെന്ന വീട്ടിൽ നിന്നിറങ്ങി ദൈവസാമീപ്യത്തിലേക്കുള്ള മനുഷ്യാത്മാവിന്റെ യാത്രയാണ് ആ രചനയുടെ വിഷയം. അതിന്റെ പശ്ചാത്തലമായി രാത്രിയെ തെരഞ്ഞെടുത്തത് സ്രഷ്ടാവിനെ അന്വേഷിക്കുന്ന ആത്മാവിന് അവന്റെ സാമീപ്യത്തിന്റെ വെളിച്ചം ലഭിക്കുന്നതിനുമുൻപ് നേരിടേണ്ടിവരുന്ന കഷ്ടപ്പാടുകളുടേയും ഏകാന്തതയുടേയും ഇരുട്ടിനെ സൂചിപ്പിക്കാനാണ്. കവിതയിലെ ഖണ്ഡങ്ങൾ ഇരുണ്ട രാത്രിയുടെ പുരോഗതിയിലെ ഘട്ടങ്ങളാണ്. അത്മീയമായ പക്വതയിലേക്കും ദൈവസംസർഗത്തിലേക്കുമുള്ള മനുഷ്യന്റെ വേദനാനിർഭരമായ യാത്രയുടെ ചിത്രമാണ് ഈ കവിത. 1586-ൽ, ഈ കവിത രചിച്ച് ഒരുവർഷം കഴിഞ്ഞ്, അതേപേരിൽ തന്നെ യോഹന്നാൻ അതിനൊരു വ്യാഖ്യാനവും എഴുതി. അതിൽ അദ്ദേഹം കവിതയെ വരികളായെടുത്ത് വിശദീകരിച്ചു.

ജീവിതം
അത്മാവിന്റെ ഇരുണ്ട രാത്രി
ജനനം, വിദ്യാഭ്യാസം
യോഹന്നാന്റെ സ്വാധീനം