അക്കാലത്ത് ബ്രിട്ടീഷ് ഇന്ത്യയിലെ ബോംബെ പ്രസിഡൻസിയിലുൾപ്പെട്ടിരുന്നതും ഇന്നത്തെ പാകിസ്താനിലെ സിന്ധിൽ കറാച്ചിക്കു സമീപമുള്ള വസീർ മാൻഷനിലെ രണ്ടാം നിലയിലെ ഒരു വാടക അപ്പാർട്ട്മെൻറിൽ ജിന്നാബായി പൂഞ്ചയുടേയും അദ്ദേഹത്തിന്റെ പത്നി മിത്തിബായിയുടേയും  പുത്രനായി 1876 ലാണ് അദ്ദേഹം ജനിച്ചത്. ജീന്നയുടെ ജനനസമയത്ത് അദ്ദേഹത്തിനു നൽകിയിരുന്ന പേര് മഹോമെദാലി ജിന്നാബായ് എന്നായിരുന്നു. ജിന്നയുടെ കുടുംബം ഗുജറാത്തി ഇസ്മായിലി ഷിയ മുസ്ലീം പശ്ചാത്തലത്തിൽ നിന്നുള്ളവരായിരുന്നുവെങ്കിലും ജിന്ന പിന്നീട് ട്വെൽവർ ഷിയ ബോധനങ്ങളെയാണ് പിന്തുടർന്നത്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ മരണശേഷം, പിൽക്കാല ജീവിതത്തിൽ അദ്ദേഹം സുന്നി വിഭാഗത്തിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്തിരുന്നതായി ബന്ധുക്കളും മറ്റ് സാക്ഷികളും അവകാശപ്പെട്ടു. മരിക്കുമ്പോൾ അദ്ദേഹത്തിന്റെ മതം ഒന്നിലധികം കോടതി കേസുകളിൽ തർക്കത്തിലായിരുന്നു. ജിന്ന സമ്പന്നമായ ഒരു വ്യാപാര പശ്ചാത്തലത്തിൽ നിന്നുള്ളയാളായിരുന്നു. ഒരു വ്യാപാരിയായിരുന്ന അദ്ദേഹത്തിന്റെ പിതാവ്, ഗോണ്ടാൽ നാട്ടുരാജ്യത്തിലെ (കത്തിയവാർ, ഗുജറാത്ത്) പനേലി ഗ്രാമത്തിൽ തുണി നെയ്ത്തുകാരുടെ കുടുംബത്തിലാണ് ജനിച്ചത്; ജിന്നയുടെ മാതാവും ആ ഗ്രാമത്തിൽ നിന്നുതായിരുന്നു. 1875-ൽ കറാച്ചിയിലേക്ക് താമസം മാറ്റുന്നതിനുമുമ്പായി അവർ വിവാഹിതരായി. 1869 ൽ സൂയസ് കനാൽ തുറന്നതോടെ, മുമ്പ് ഷിപ്പിംഗിനായി കൂടുതൽ ആശ്രയിക്കപ്പെട്ടിരുന്ന ബോംബെയേക്കാൾ യൂറോപ്പിന് 200 നോട്ടിക്കൽ മൈൽ അടുത്താണ് കറാച്ചി എന്ന അനുകൂലകാരണത്താൽ കറാച്ചി നഗരം അക്കാലത്ത് ഒരു വമ്പിച്ച സാമ്പത്തിക കുതിച്ചുചാട്ടം ആസ്വദിക്കുകയായിരുന്നു. മാതാപിതാക്കളുടെ രണ്ടാമത്തെ കുട്ടിയായിരുന്ന ജിന്നയ്ക്ക് ഇളയ സഹോദരി ഫാത്തിമ ജിന്ന ഉൾപ്പെടെ മൂന്നു സഹോദരിമാരും മൂന്ന് സഹോദരന്മാരും ഉണ്ടായിരുന്നു. മാതാപിതാക്കൾ ഗുജറാത്തി സ്വദേശികളായിരുന്നതിനാൽ കുട്ടികൾക്ക് കച്ചിയും ഇംഗ്ലീഷും സംസാരിക്കാൻ സാധിച്ചു. മാതൃഭാഷയായ ഗുജറാത്തിയിലോ ഉർദുവിലോ ജിന്നയ്ക്ക് പ്രാവീണ്യമുണ്ടായിരുന്നില്ല എന്നിരുന്നാലും ഇംഗ്ലീഷിൽ അദ്ദേഹത്തിന് കൂടുതൽ പ്രാവീണ്യമുണ്ടായിരുന്നു.. ഫാത്തിമ ഒഴികെ, അദ്ദേഹത്തിന്റെ സഹോദരങ്ങളെക്കുറിച്ച് വളരെക്കുറച്ച് അറിവുകളേയുള്ളു. അവർ എവിടെയാണ് താമസമാക്കിയത് അല്ലെങ്കിൽ നിയമപരമായ ജോലിയിലും രാഷ്ട്രീയ ജീവിതത്തിലും അദ്ദേഹം മുന്നേറിയപ്പോൾ സഹോദരനുമായി കൂടിക്കാഴ്ച നടത്തിയിരുന്നോ തുടങ്ങിയ കാര്യങ്ങളിൽ വ്യക്തതയില്ല.

കുട്ടിക്കാലത്ത്, മുഹമ്മദ് അലി ജിന്ന ബോംബെയിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഒരു അമ്മായിയോടൊപ്പം താമസിക്കുകയും അവിടെയുള്ള ഗോക്കൽ ദാസ് തേജ് പ്രൈമറി സ്കൂളിലും പിന്നീട് കത്തീഡ്രൽ ആന്റ് ജോൺ കോനൻ സ്കൂളിലും പഠനം നടത്തുകയും ചെയ്തിരുന്നു. കറാച്ചിയിൽ അദ്ദേഹം സിന്ധ്-മദ്രസ-തുൾ-ഇസ്ലാമിലും ക്രിസ്ത്യൻ മിഷനറി സൊസൈറ്റി ഹൈസ്കൂളിലും തുടർ വിദ്യാഭ്യാസം ചെയ്തു. ഹൈസ്കൂൾകാലത്ത് ബോംബെ സർവകലാശാലയിൽ നിന്ന് അദ്ദേഹം മെട്രിക്കുലേഷൻ നേടി. അദ്ദേഹത്തിന്റെ പിന്നീടുള്ള വർഷങ്ങളിലും പ്രത്യേകിച്ച് അദ്ദേഹത്തിന്റെ മരണശേഷവും  അദ്ദേഹം തന്റെ ഒഴിവു സമയങ്ങൾ പൂർണ്ണമായി പോലീസ് കോടതിയിൽ ചെലവഴിച്ചു, നിയമ നടപടികൾ ശ്രദ്ധിച്ചു, ഒപ്പം വെളിച്ചത്തിന്റെ അഭാവം പരിഹരിക്കുവാൻ തെരുവ് വിളക്കുകളുടെ സഹായത്തോടെ തന്റെ പുസ്തകങ്ങളെ വായിച്ചു തുടങ്ങി പാകിസ്താൻ സ്ഥാപകന്റെ ബാല്യകാലത്തെക്കുറിച്ചുള്ള ധാരാളം നിറം പിടിപ്പിച്ച കഥകൾ പ്രചരിപ്പിക്കപ്പെട്ടിരുന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഔദ്യോഗിക ജീവചരിത്രകാരനായ, ഹെക്ടർ ബൊളിത്തോ, 1954 ൽ ജിന്നയുടെ ജീവിച്ചിരിപ്പുണ്ടായിരുന്ന ബാല്യകാല സഹകാരികളുമായി അഭിമുഖം നടത്തിയതനുസരിച്ച്, ചെറുപ്പക്കാരനായ ജിന്ന മറ്റ് കുട്ടികളെ പൊടിയിൽ മാർബിൾ കളിക്കുന്നതിൽ നിന്ന് നിരുത്സാഹപ്പെടുത്തിയതായും ഉയരങ്ങളിലെത്തുവാനും കൈകളും വസ്ത്രങ്ങളും വൃത്തിയായി സൂക്ഷിക്കാനും ക്രിക്കറ്റ് കളിക്കാനും പ്രേരിപ്പിച്ചിരുന്നതായുള്ള ചില കഥകൾ കുറിച്ചിരുന്നു.

ഇംഗ്ലണ്ടിലെ വിദ്യാഭ്യാസം
ജീവിതരേഖ
ആദ്യകാലം
പിൽക്കാല ജീവിതം