അഞ്ചും ആറും നൂറ്റാണ്ടുകളിൽ പൗരസ്ത്യ സഭ നെസ്തോറിയൻ സിദ്ധാന്തവും അതിനെ ചുറ്റിപ്പറ്റിയുള്ള തർക്കങ്ങളിലും പെട്ടിരിക്കുകയായിരുന്നു. എന്നാലും മലങ്കര സഭയെ പരിപാലിച്ചിരുന്ന സെലൂഷ്യൻ കാതോലിക്കോസ് ഈ സിദ്ധാന്ത രൂപവത്കരണം കഴിഞ്ഞ് ഒന്നര നൂറ്റാണ്ട് വരെ യാക്കോബ്യമായിരുന്നു. പക്ഷെ ക്രി.വ. 498-ഇൽ സെലൂഷ്യൻ കാതോലിക്ക നെസ്തോറിയൻ സിദ്ധാന്തം അംഗീകരിക്കുകയും താൻ ഇനി മുതൽ അന്ത്യോക്യ പാത്രിയർക്കീസിന് കീഴിലല്ല, പക്ഷെ ഒരു സ്വതന്ത്ര സഭാ തലവനാണ് എന്നു പ്രഖ്യാപിക്കുകയും ബാബിലോണിയൻ പാത്രിയർക്കീസ് എന്ന പേർ് സ്വയം സ്വീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. 

എന്നാൽ കേരളത്തിലെ സഭ സുറിയാനി പാരമ്പര്യത്തിൽ തന്നെ തുടർന്നു. ഇതിനുള്ള തെളിവുകൾ പലതാണ്. കോട്ടയം വലിയ പള്ളീയിൽ സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന പേർഷ്യൻ കുരിശാണ് അതിൽ ഒരെണ്ണം. അതിൽ സുറിയാനിയിലും പാലവിയിലും എഴുത്തുകൾ ഉണ്ട്. പാലവിയിലെ എഴുത്തുകൾ കാരണം അവ സുറിയാനി പാരമ്പര്യം തന്നെയാണ് അന്ന് ഉണ്ടായിരുന്നതെന്ന് ഉറപ്പിക്കാം.

അഞ്ചും ആറും നൂറ്റാണ്ടുകളും നെസ്തോറീയൻ സിദ്ധാന്തവും
ഹോണവാർ മിഷൻ
ത്രിത്വം
സഭയുടെ അധികാരശ്രേണി