മലങ്കര ഓർത്തഡോക്സ് സുറിയാനി സഭയിലെ കക്ഷിപിരിവിനു് ബാധകമായ ഭാരത സുപ്രീം കോടതി വിധി 1995ലുണ്ടായി. 1995 ഓഗസ്റ്റ് ഒന്നാം തീയതി ഒരു കൽപനയിലൂടെ അന്ത്യോക്യാ സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ പാത്രിയർക്കീസ് ഈ വിധിയെ സ്വാഗതം ചെയ്തുതു്പ്രകാരവും ടെലിഫോൺ മുഖേന കിട്ടിയ അദ്ദേഹത്തിന്റെ സമ്മതപ്രകാരവും സുപ്രീം കോടതി വിധിയുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ മലങ്കര സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയും മലങ്കര ഓർത്തഡോക്സ് സുറിയാനി സഭയും യോജിച്ചു് ഒന്നായിത്തീരുവാൻ 1996 നവംബർ അഞ്ചാം തീയതി ബസേലിയോസ് പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ കക്ഷിയായ മലങ്കര സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ എപ്പിസ്കോപ്പൽ സുന്നഹദോസ് പരുമ്പള്ളി യൂലിയോസ് സെമിനാരിയിൽ അന്ത്യോക്യൻ സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ പാത്രിയർക്കീസയച്ച പ്രതിനിധികളുടെ സാന്നിദ്ധ്യത്തിൽ സമ്മേളിച്ചു് ഏകകണ്ഠമായി തീരുമാനമെടുത്തു.

ബസേലിയോസ് പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ ബാവ 1996 സെപ്റ്റംബർ ഒന്നാംതീയതി കാലം ചെയ്തതിനെതുടർന്നു് കണ്ടനാടു് ഭദ്രാസനത്തിന്റെ പൂർണ മെത്രാപ്പോലീത്തയായി ഡോ. തോമസ് മാർ അത്താനാസ്യോസ് മെത്രാപ്പോലീത്ത ചുമതലയേറ്റതിനു് 6-11-1996-ലെ മലങ്കര സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ (ബസേലിയോസ് പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ കക്ഷി) എപ്പിസ്കോപ്പൽ സുന്നഹദോസ് അജണ്ടവച്ചു് ചേർന്നു് അംഗീകാരം നൽകി.

1995-ലെ സുപ്രീം കോടതി വിധി നടപ്പാക്കുന്നതിന്റെ ഭാഗമായി കാനോനിക പൌരസ്ത്യ കാതോലിക്കോസു് കൂടിയായിരുന്ന മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്ത പ രിശുദ്ധ ബസേലിയോസ് മാർത്തോമ്മാ മാത്യൂസ് ദ്വിതീയൻ ബാവ മലങ്കര സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനി അസോസിയേഷൻ തെരഞ്ഞെടുപ്പു് നടപടികളുമായി 1997-ൽ നീങ്ങിയപ്പോൾ ഡോ. തോമസ് മാർ അത്താനാസ്യോസ് മെത്രാപ്പോലീത്ത അടക്കം നാലു് മെത്രാപ്പോലീത്തമാരടങ്ങുന്ന ഒരുവിഭാഗം (മൂവാറ്റുപുഴ ബാവാ പക്ഷം) ബസേലിയോസ് പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ ബാവാ കക്ഷിയിലെ മെത്രാപ്പോലീത്തമാർ അതുമായി സഹകരിയ്ക്കാൻ തീരുമാനിച്ചു. ബസേലിയോസ് പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ ബാവാ കക്ഷിയിലെ എതിർ വിഭാഗം (അന്ത്യോക്യാ ബാവാ പക്ഷം) മെത്രാപ്പോലീത്തമാർ അതുമായി സഹകരിയ്ക്കാതെ പരിശുദ്ധ ബസേലിയോസ് മാർത്തോമ്മാ മാത്യൂസ് ദ്വിതീയൻ ബാവയുടെ മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്താസ്ഥാനം ചോദ്യം ചെയ്തു് കേസുകൾ കൊടുത്തതോടെ മലങ്കര സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയെന്ന ബസേലിയോസ് പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ ബാവാ കക്ഷി രണ്ടായി പിളർന്നു.

1997-1998 കാലത്തു് ബസേലിയോസ് പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ ബാവാ കക്ഷിയിലെ മൂവാറ്റുപുഴ ബാവാ പക്ഷക്കാരും അന്ത്യോക്യാ ബാവാ പക്ഷക്കാരുമായ മെത്രാപ്പോലീത്തമാരെല്ലാവരും വിവിധ പള്ളിക്കേസുകളിലായി 1934-ലെ മലങ്കര സഭാഭരണഘടനയോടു് കൂറും വിധേയത്വവും പ്രഖ്യാപിച്ചു് പ്രതിജ്ഞയെടുത്തു് മലങ്കര ഓർത്തഡോക്സ് സുറിയാനി സഭയുടെ മെത്രാപ്പോലീത്തമാരെന്ന തൽ‍സ്ഥിതി (പുതിയ മലങ്കര സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനി അസോസിയേഷൻ തെരഞ്ഞെടുപ്പു് വരെ ലഭിയ്ക്കുന്നതു്) നിലനിറുത്തി. അതോടെ മലങ്കര സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയും മലങ്കര ഓർത്തഡോക്സ് സുറിയാനി സഭയും ഒന്നു് തന്നെയായി. 1997-ൽ മണ്ണത്തൂർ സെന്റ് ജോർജ് പള്ളിയുടെകേസുമായി ബന്ധപ്പെട്ടാണു് ഡോ. തോമസ് മാർ അത്താനാസ്യോസ് മെത്രാപ്പോലീത്ത സഭാഭരണഘടനയംഗീകരിച്ചതു്. 

പരിശുദ്ധ ബസേലിയോസ് മാർ‍ത്തോമ്മാ മാത്യൂസ് ദ്വിതീയൻ ബാവയുടെ മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്താസ്ഥാനം ചോദ്യംചെയ്തു് ബസേലിയോസ് പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ ബാവാ കക്ഷിയിലെ അന്ത്യോക്യാ ബാവാ പക്ഷ മെത്രാപ്പോലീത്തമാർ കൊടുത്ത കേസിൽ 2001 നവംബറിൽ ഒത്തുതീർപ്പുവിധിയായി. പരിശുദ്ധ ബസേലിയോസ് മാർത്തോമ്മാ മാത്യൂസ് ദ്വിതീയൻ‍ ബാവ തന്നെ പേരു് വച്ചു് മലങ്കര സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനി അസോസിയേഷൻ തെരഞ്ഞെടുപ്പു് നടത്തട്ടെയെന്നും അദ്ദേഹം മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്തയാണോയെന്നുള്ള ഹിതപരിശോധനയും തെരഞ്ഞെടുപ്പിന്റെ ഭാഗമായി നടത്തണമെന്നും ഇരുകക്ഷികളുടെയും സമ്മതത്തോടെ സുപ്രീം കോടതി നിർദ്ദേശിച്ചു. പക്ഷെ, പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ ബാവാ കക്ഷിയിലെ അന്ത്യോക്യാ ബാവാ പക്ഷ മെത്രാപ്പോലീത്തമാർ 2002-ൽ തെരഞ്ഞെടുപ്പു് ബഹിഷ്കരിയ്ക്കുകയും മലങ്കര സഭയ്ക്കു് സമാന്തരമായി യാക്കോബായ സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനി സഭ എന്ന പേരിൽ മറ്റൊരു സഭയായി മാറുകയും ചെയ്തു. അന്ത്യോക്യാ സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ കീഴിൽ ഉപസഭയായാണു് യാക്കോബായ സുറിയാനി ക്രിസ്ത്യാനി സഭ നില്ക്കുന്നതു്.

കൃതികൾ
1995-ലെ സുപ്രീം കോടതി വിധിയ്ക്കു് ശേഷം
പൂർവാശ്രമം
യൂറോപ്യൻ സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ്‌ സഭയുടെ രൂപവല്കരണം