നിത്യേന അഞ്ചുപൂജകളും മൂന്നുശീവേലികളുമുള്ള മഹാക്ഷേത്രമാണ് ചോറ്റാനിക്കര ശ്രീഭഗവതിക്ഷേത്രം. രാവിലെ മൂന്നുമണിയ്ക്ക് നിയമവെടി. തുടർന്ന് ഏഴുതവണ ശംഖുവിളിയുണ്ടാകും. അതിനുശേഷം നാലുമണിയ്ക്ക് നടതുറക്കുന്നു. നിർമ്മാല്യദർശനമാണ് ആദ്യത്തെ ചടങ്ങ്. തുടർന്ന് അഭിഷേകവും നിവേദ്യവും. മൂലവിഗ്രഹം രുദ്രാക്ഷശില കൊണ്ടുള്ളതായതിനാൽ ജലാഭിഷേകം മാത്രമേ സാധിയ്ക്കൂ. മറ്റ് അഭിഷേകങ്ങൾക്ക് ഒരു അർച്ചനാബിംബമുണ്ട്. മുമ്പ് സൂചിപ്പിച്ചതുപോലെ ആദ്യം ഭഗവതിയ്ക്ക് നിവേദ്യം സമർപ്പിച്ചത് ചിരട്ടയിലാതുകൊണ്ട് ഇവിടെ ചിരട്ടയിലാണ് രാവിലെ നിവേദ്യം. പിന്നീട് നാലരയ്ക്ക് ഉഷഃപൂജയും അഞ്ചരയ്ക്ക് എതിരേറ്റുപൂജയും നടത്തുന്നു. ഇവയ്ക്കിടയിൽ അഞ്ചുമണിയ്ക്ക് ശിവന്റെ നടയിൽ ധാരയുമുണ്ട്. എതിരേറ്റുപൂജ കഴിഞ്ഞാൽ ആറരയ്ക്ക് ഉഷഃശീവേലി. തന്റെ ഭൂതഗണങ്ങൾക്ക് നിവേദ്യം സമർപ്പിയ്ക്കുന്നത് ഭഗവതി നേരിട്ടുകാണുന്നു എന്നതാണ് ഇതിനുപിന്നിലുള്ള അർത്ഥം. ശീവേലി കഴിഞ്ഞാൽ എട്ടുമണിയോടെ പന്തീരടിപൂജയും അഭിഷേകങ്ങളും നടത്തുന്നു. അതുകഴിഞ്ഞാൽ പതിനൊന്നുമണിയ്ക്ക് ശിവന്റെ നടയിൽ വീണ്ടും ധാരയാണ്. പതിനൊന്നരയ്ക്ക് ഉച്ചപൂജ. ഉച്ചപൂജയ്ക്കുശേഷം ഉച്ചശീവേലി. രാവിലത്തെ ശീവേലിയ്ക്കുള്ള അതേ ചടങ്ങുകളാണ് ഇതിനും. തുടർന്ന് പന്ത്രണ്ടരയ്ക്ക് നടയടയ്ക്കുന്നു.

വൈകീട്ട് നാലുമണിയ്ക്ക് വീണ്ടും നടതുറക്കുന്നു. അതത് ദിവസത്തെ സൂര്യാസ്തമയമനുസരിച്ചാണ് ദീപാരാധന. പിന്നീട് ഏഴരയ്ക്ക് അത്താഴപൂജയും എട്ടുമണിയ്ക്ക് അത്താഴശീവേലിയുമാണ്. അതുകഴിഞ്ഞാൽ കീഴ്ക്കാവിൽ ഗുരുതിപൂജ തുടങ്ങും. ശാക്തേയപൂജാവിധികളാണ് ഗുരുതിപൂജയ്ക്കുള്ളത്. വാഴകൊണ്ട് തോരണം കെട്ടി പരിസരം മുഴുവൻ അലങ്കരിച്ച് വൃത്തിയാക്കിയശേഷം മേൽശാന്തി വന്ന് പ്രത്യേകപൂജകൾ നടത്തുന്നു. തുടർന്ന് ഗുരുതിതർപ്പണം തുടങ്ങുന്നു. ഇത് കാണാൻ ആയിരങ്ങളുണ്ടാകും. ഇവയെല്ലാം കഴിഞ്ഞാൽ ഒമ്പതുമണിയ്ക്ക് വീണ്ടും നടയടയ്ക്കുന്നു.

സാധാരണ ദിവസങ്ങളിലെ പൂജാക്രമങ്ങളാണ് മേൽ സൂചിപ്പിച്ചത്. വിശേഷദിവസങ്ങളിലും (ഉദാ: കൊടിയേറ്റുത്സവം, നവരാത്രി, തൃക്കാർത്തിക, വിഷു, ഓണം) ഉദയാസ്തമനപൂജയുള്ള ദിവസങ്ങളിലും സൂര്യ-ചന്ദ്രഗ്രഹണങ്ങളുള്ള ദിവസങ്ങളിലും പൂജാവിധികൾക്ക് മാറ്റമുണ്ടാകും. 

ക്ഷേത്രത്തിന്റെ തന്ത്രാധികാരം തൃപ്പൂണിത്തുറ പുലിയന്നൂർ മനയ്ക്കാണ്. കൊച്ചിൻ ദേവസ്വം ബോർഡ് നിയമിയ്ക്കുന്ന വ്യക്തികളാണ് മേൽശാന്തിയും കീഴ്ശാന്തിയുമാകുക. മേൽക്കാവിലും കീഴ്ക്കാവിലും പ്രത്യേകം ശാന്തിക്കാരുണ്ട്. ഇവർ ഓരോ മാസവും മാറിമാറി പ്രവർത്തിയ്ക്കുന്നു. 

വിശേഷദിവസങ്ങൾ
നിത്യപൂജകൾ
ശ്രീ ചോറ്റാനിക്കരയമ്മ (കീഴ്ക്കാവ്)
ചോറ്റാനിക്കര യക്ഷിയും, രണ്ടാം അഭിഷേകവും