മുസ്ലീം സാമ്രാജ്യങ്ങളെ കൂട്ടുപിടിച്ച് ആധുനിക പാകിസ്താനിലോട്ടുള്ള മുസ്ലിംകൾടെ ആഗമനം സൗത്ത് ഏഷ്യയിൽ മതപരമായ അതിർത്തി ഉണ്ടാക്കിയെടുക്കുകയും തന്മൂലം ആധുനിക പാകിസ്താൻ്റെ പുരോഗതിക്കും സൗത്ത് ഏഷ്യയിലാകമാനം ഇസ്ല്ലാം ഭരണം പടർന്നു പിടിക്കുന്നതിനുള്ള ചവിട്ടുപടിയാവുന്നതിനു കാരണമാവുകയും ചെയ്തു.
ഗസ്നാവിദ് സാമ്രാജ്യം, ഗോറിദ് സാമ്രാജ്യം ഡൽഹി സുൽത്താനേറ്റ് എന്നിവയുൾപ്പെടെയുള്ള നിരവധി ഇസ്ലാമിക്ക് സാമ്രാജ്യത്തിൻ്റെ ഭരണത്തെ പിന്തുടർന്നു വന്ന മുഗൾ വംശം 1526 മുതൽ 1739 വരെ ആ പ്രദേശത്തെ തങ്ങളുടെ ഭരണ പരിധിയിലാക്കി. മിഡിൽ ഇസ്റ്റിൽ നിന്നും സെൻ്റട്രൽ ഏഷ്യയിൽ നിന്നും പല സൂഫി മിഷനറീസും  ദക്ഷിണേഷ്യ യിൽ ടിയേറി പാർക്കുകയും തന്മൂലം ബഹു ഭൂരിഭാഗം ജനങ്ങളും ഇസ്ലാമിലോട്ട് മാറുകയും ചെയ്തു. പാകിസ്താനിലെ സൂഫിസം എന്നത് രാജ്യത്ത് വളരെയധികം പ്രാധാന്യമർഹിക്കുന്ന ഒന്നായ് മാറി.

ദില്ലി സുൽത്താനത്തും പിന്നീട് മുഗൾ സാമ്രാജ്യവും വടക്കേ ഇന്ത്യയുടെ ഭാഗം ഭരിച്ചു.  ദില്ലി സുൽത്താനത്തിന്റെയും മുഗൾ ഭരണത്തിന്റെയും കാലഘട്ടത്തിൽ മുസ്ലീം അഭയാർഥികൾ, പ്രഭുക്കൾ, സാങ്കേതികവിദഗ്ദ്ധർ, ഉദ്യോഗസ്ഥർ, പടയാളികൾ, വ്യാപാരികൾ, ശാസ്ത്രജ്ഞർ, ആർക്കിടെക്റ്റുകൾ, കലാകാരന്മാർ, അധ്യാപകർ, കവികൾ, കലാകാരന്മാർ, ദൈവശാസ്ത്രജ്ഞന്മാർ, സുഫികൾ  മറ്റു ഇസ്ലാം ജനത എന്നിവരെ ഇസ്ലാമിലേക്ക് ആകർഷിപ്പിച്ചു. അങ്ങനെ അവർ കൂട്ടമായി പാലായനം ചെയ്യുകയും ദക്ഷിണേഷ്യയിൽ സ്ഥിരതാമസമാക്കുകയും ചെയ്തു.  സുൽത്താൻഗിയാസുദ്ദീൻ ബാൽബന്റെ ഭരണകാലത്ത്  (1266-1286) ഖാവരെസ്മിയയിൽ മുഗളിന്റെ കടന്നാക്രമണം കാരണം 15 ചക്രവർത്തിമാരുൾപ്പടെ ആയിരക്കണക്കിന് മധ്യേഷൻ മുസ്ലിംങ്ങൾ രാഷ്ട്രീയ ആശ്രയം തേടിയെത്തി.

മധ്യേഷ്യൻ വംശഹത്യയിൽ നിന്നും രക്ഷപ്പെടുന്ന ആദ്യ മുസ്ലീം അഭയാർഥികൾ, ഇറാനിൽ നിന്നുള്ള ഭരണാധികാരികൾ, ചൈനയിൽ നിന്നുള്ള ചിത്രകാരന്മാർ, സമർകണ്ട്, നിഷാപൂർ, ബുഖാറ, മുസ്ലീം രാജ്യങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള വിശുദ്ധന്മാരും വിശുദ്ധന്മാരും, എല്ലാ മേഖലകളിൽ നിന്നുള്ള ശില്പികളുമായും പുരുഷന്മാരുമായും, ഗ്രീക്ക് വൈദ്യശാസ്ത്രത്തിൽ ഡോക്ടർമാരും, എല്ലായിടത്തുനിന്നുമുള്ള തത്ത്വചിന്തകന്മാരും സുൽത്താൻ ഇൽത്തെമിഷിന്റെ കോടതിയിൽ ഉണ്ടായിരുന്നു. 

വ്യത്യസ്ത വിഭാഗത്തിലുള്ള മുസ്ലിം പട്ടാളക്കാരുടെ സഹായത്തോടെ മുഗൾ രാജവംശം ലോഡി വംശത്തെ പരാജയപ്പെടുത്തിയ പാനിപ്പത്ത് യുദ്ധത്തിന് ശേഷം (1526)  അവർക്ക് എസ്റ്റേറ്റുകൾ സമ്മാനിക്കപ്പെട്ടു. തുടർന്ന് നവപാകിസ്താനിൽ അവർ സ്ഥിരതാമസമാക്കി.

നവ പാകിസ്താനിലെ ഇസ്ലാമിന്റെ പ്രവേശം
സിന്ധിലെ ഉമയ്യദ് കയ്യേറ്റം
സുന്നി
ഇസ്ലാമും പാകിസ്താൻ മൂവ്മെന്റും