1985 മാർച്ച് 31-ന് ക്ഷേത്രത്തിൽ അതിഭയങ്കരമായ ഒരു മോഷണം നടക്കുകയുണ്ടായി. ഭഗവാന് ചാർത്തിയിരുന്ന 60 ഗ്രാം തൂക്കം വരുന്ന 24 നീലക്കല്ലുകളും അമൂല്യരത്നങ്ങളുമടങ്ങിയ നാഗപടത്താലി, 45 ഗ്രാം തൂക്കം വരുന്ന മഹാലക്ഷ്മിമാല, 90 ഗ്രാം തൂക്കം വരുന്ന നീലക്കല്ലുമാല എന്നിവയാണ് അന്ന് മോഷണം പോയത്. കേരളചരിത്രത്തിലെ ഏറ്റവും കുപ്രസിദ്ധമായ മോഷണങ്ങളിലൊന്നായിരുന്നു ഇത്; ഒപ്പം ഏറ്റവുമധികം ചർച്ചാവിഷയമായതും. 

ആറുമാസത്തെ കാലാവധിക്കുശേഷം അന്നത്തെ മേൽശാന്തി കക്കാട് ദാമോദരൻ നമ്പൂതിരി സ്ഥാനമൊഴിഞ്ഞ ദിവസമായിരുന്നു മോഷണം. പതിവുരീതിയുടെ ഭാഗമായി സ്ഥാനചിഹ്നമായ താക്കോൽക്കൂട്ടം ശ്രീകോവിലുനുമുന്നിലെ നമസ്കാരമണ്ഡപത്തിൽ സമർപ്പിച്ച് സ്ഥാനമൊഴിയുന്നതിനിടയിലാണ് ദാമോദരൻ നമ്പൂതിരി വിഗ്രഹത്തിൽ മൂന്ന് ആഭരണങ്ങളുടെ കുറവ് കണ്ടെത്തിയത്. തുടർന്ന് പൊട്ടിക്കരഞ്ഞുകൊണ്ടാണ് അദ്ദേഹം ക്ഷേത്രം വിട്ടത്. പലരും അന്ന് അദ്ദേഹത്തെ ഇക്കാര്യത്തിൽ സംശയിച്ചു. മറ്റുചിലർ പ്രമുഖ കോൺഗ്രസ് നേതാവും പിൽക്കാല പൊന്നാനി എം.എൽ.എയും അന്നത്തെ ഗുരുവായൂർ ദേവസ്വം ചെയർമാനുമായിരുന്ന പി.ടി. മോഹനകൃഷ്ണനെയാണ് സംശയിച്ചത്. മോഹനകൃഷ്ണൻ തിരുവാഭരണം മോഷ്ടിച്ച് അന്നത്തെ മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന കെ. കരുണാകരന് സമർപ്പിച്ചു എന്നുവരെ ആക്ഷേപങ്ങൾ ഉയർന്നു. 1987-ലെ നിയമസഭാ തിരഞ്ഞെടുപ്പിൽ ഈയൊരു വാദം ഉന്നയിച്ചുകൊണ്ടായിരുന്നു അന്നത്തെ പ്രതിപക്ഷനേതാവായിരുന്ന ഇ.കെ. നായനാരുടെയും കൂട്ടരുടെയും പ്രചരണം. 'കള്ളാ കരുണാകരാ, എന്റെ തിരുവാഭരണം തിരിച്ചുതരാതെ നീ എന്നെ കാണാൻ വരരുത്' എന്ന് ഗുരുവായൂരപ്പൻ കരുണാകരനോട് പറയുന്ന രീതിയിൽ കാർട്ടൂണുകൾ പ്രചരിച്ചു. 'ചെപ്പുകിലുക്കണ കരുണാകരാ നിന്റെ ചെപ്പുതുറന്നൊന്നു കാട്ടൂ നീ' എന്ന രീതിയിൽ പാരഡി ഗാനങ്ങളും ഇതിനിടയിൽ പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടു. ഇതിനിടയിൽ അഞ്ചുവട്ടം ക്ഷേത്രം മേൽശാന്തിയായി പ്രവർത്തിച്ച ക്ഷേത്രം ഓതിക്കൻ കൂടിയായിരുന്ന ദാമോദരൻ നമ്പൂതിരിയുടെ കയ്യിൽനിന്ന് ദേവസ്വം അയ്യായിരം രൂപ നഷ്ടപരിഹാരം പിരിച്ചെടുത്തു. അദ്ദേഹത്തെയും മക്കളായ അരുണനെയും ദേവദാസനെയും നുണപരിശോധനയ്ക്ക് വിധേയരാക്കി. ദാമോദരൻ നമ്പൂതിരിയുടെ മകൾ സുധയുടെ വിവാഹവും മുടങ്ങി. ഇല്ലത്ത് പോലീസ് കയറിയിറങ്ങി. മനസ്സമാധാനമെന്നൊന്ന് കുടുംബത്തിൽ ഇല്ലാതായി. 

ഗുരുവായൂരപ്പന്റെ പരമഭക്തനായിരുന്ന കരുണാകരനെയും മോഹനകൃഷ്ണനെയും കളിയാക്കിക്കൊണ്ട് 1987-ൽ അധികാരത്തിലേറിയ ഇടതുപക്ഷസർക്കാർ, പക്ഷേ ഇക്കാര്യത്തിൽ അലംഭാവം കാണിച്ചു. അന്വേഷണം വേണ്ടപോലെ മുന്നോട്ട് കൊണ്ടുപോകാൻ അവർക്കായില്ല. 1993-ൽ കേസ് അന്വേഷിച്ച കുന്നംകുളം മജിസ്ട്രേറ്റ് കോടതി ദാമോദരൻ നമ്പൂതിരിയെയും മക്കളെയും നിരപരാധികളെന്നുകണ്ട് വെറുതെവിട്ടു. എന്നാൽ ആ വാർത്ത കേൾക്കാൻ ദാമോദരൻ നമ്പൂതിരിയുണ്ടായിരുന്നില്ല. 1989-ൽ കടുത്ത മനോവേദന മൂലം അദ്ദേഹം അന്തരിച്ചുപോയിരുന്നു. പിന്നീട് മകൻ ദേവദാസൻ നമ്പൂതിരി 1998-ലും 2002-ലുമായി രണ്ടുവട്ടം മേൽശാന്തിയായി. 

1985, 1990, 2007 എന്നീ വർഷങ്ങളിൽ ക്ഷേത്രത്തിൽ ദേവപ്രശ്നം നടത്തി. ആ ദേവപ്രശ്നങ്ങളിലെല്ലാം തിരുവാഭരണങ്ങൾ ക്ഷേത്രക്കിണറ്റിലുണ്ടെന്ന് കണ്ടെത്തി. തുടർന്ന് 1990-ലും 2013-ലും ക്ഷേത്രക്കിണർ വറ്റിച്ച് പരിശോധന നടത്തി. എന്നാൽ അപ്പോഴൊന്നും തിരുവാഭരണങ്ങൾ കിട്ടിയില്ല. 2013 മാർച്ചിൽ നടത്തിയ പരിശോധനയിൽ ക്ഷേത്രക്കിണറ്റിൽനിന്ന് ഏതാനും സാളഗ്രാമങ്ങളും പൂജാപാത്രങ്ങളും മറ്റും ലഭിച്ചു. 2014 ഏപ്രിൽ 25-ന് ക്ഷേത്രക്കിണർ വീണ്ടും വറ്റിച്ച് പരിശോധന നടത്തി. തുടർന്ന് തിരുവാഭരണങ്ങളിലെ നാഗപടത്താലി തിരിച്ചുകിട്ടി. മറ്റുള്ളവ കണ്ടുപിടിയ്ക്കാനുള്ള ശ്രമം നടന്നുവരുന്നു.

മോഷണം
കോയ്മ അറ
മേടവിഷു
ശിവൻ