ബൂട്ട്സെക്റ്ററിന്റെ സഹായത്തോടെ മെമ്മറിയിൽ പകർത്തപ്പെടുന്ന ഡോസ് സിസ്റ്റം ഫയലുകൾ (IO.SYS, MSDOS.SYS എന്നിവ) ചിതറിക്കിടക്കരുത് (ഫ്രാഗ്മെന്റഡ് ആയിരിക്കരുത്). കൂടാത ഇവ ഡയറക്റ്ററി പട്ടികയിൽ ആദ്യ രണ്ടു സ്ഥാനങ്ങളിലുമായിരിക്കണം. അതുകൊണ്ട്, ബൂട്ട് ചെയ്യാവുന്ന ഒരു ഡിസ്കിൽ നിന്ന് ഈ ഫയലുകൾ നീക്കം ചെയ്തതിനു ശേഷം അവ വീണ്ടും ചേർത്താൽക്കൂടിയും ആ ഡിസ്കിൽ നിന്ന് ബൂട്ട് ചെയ്യാൻ സാധിക്കണമെന്നില്ല. എങ്കിലും ഷെൽ (COMMAND.COM) ആവശ്യമെങ്കിൽ മാറ്റാവുന്നതാണ്. പ്രത്യേക ആപ്ലിക്കേഷനുവേണ്ടി മാത്രം സജ്ജീകരിച്ചിട്ടുള്ള കമ്പ്യൂട്ടറുകളിൽ അവ വേഗത്തിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നതിന് ഇങ്ങനെ ചെയ്യാറുമുണ്ട്. എന്നാൽ ഡി.ആർ.-ഡോസിന്റെ ഒരു പതിപ്പിനും ഈ പരിമിതികളില്ല; അതിൽ സിസ്റ്റം ഫയലുകൾ റൂട്ട് ഡയറക്റ്ററിയിൽ ആയിരിക്കണമെന്നേയുള്ളൂ; മാത്രമല്ല അവ ചിതറിക്കിടക്കുന്നതും പ്രശ്നമല്ല. അതുകൊണ്ട് ഡി.ആർ. ഡോസിന്റെ ബൂട്ട്സെക്റ്റർ ഉള്ള ഒരു ഡിസ്കിന്റെ റൂട്ട് ഡയറക്റ്ററിയിൽ അതിന്റെ സിസ്റ്റം ഫയലുകൾ വെറുതേ പകർത്തിയിട്ടാൽത്തന്നെ അതിൽ നിന്ന് ബൂട്ട് ചെയ്യാനാകും.

പി.സി. ഡോസിന്റെയും ഡി.ആർ.-ഡോസിന്റെയും അഞ്ചാം പതിപ്പുമുതൽ ഡോസ് സിസ്റ്റം ഫയലുകളുടെ പേര് IO.SYS, MSDOS.SYS എന്നിവയുടെ സ്ഥാനത്ത് യഥാക്രമം IBMIO.COM, IBMDOS.COM എന്നിങ്ങനെയാക്കിയിരുന്നു. ഡി.ആർ.-ഡോസിന്റെ പഴയ പതിപ്പുകളിൽ DRBIOS.SYS, DRBDOS.SYS എന്നിങ്ങനെയായിരുന്നു സിസ്റ്റം ഫയലുകളുടെ പേര്.

ടെർമിനേറ്റ് ആൻഡ് സ്റ്റേ റെസിഡെന്റ്
സമ്പർക്കമുഖം
ഡ്രൈവുകളുടെ പേര്
ബൂട്ടിങ് അനുക്രമം