2009ലെ സൈനിക കലാപം സമയത്ത്, സഹാറ ഖാതൂന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള പ്രതിനിധി സംഘം സൈനിക സമരക്കാരുമായി ചർച്ച നടത്തിയത് ഏറെ വിവാദങ്ങൾക്കിടയാക്കി. സമരക്കാർ ബെംഗ്ലാദേശ് റൈഫിൾസിലെ ഉദ്യോഗസ്ഥർക്ക് എതിരെ പ്രക്ഷോഭം ആരംഭിച്ചത്. 
ബെംഗ്ലാദേശ് റൈഫിൾസിന്റെ കാംപിന് അകത്ത് പ്രവേശിച്ച് സമരക്കാരുമായി ചർച്ച നടത്തിയ ഖാതൂൻ, സമരക്കാരോട് ആയുധം താഴെവെക്കാൻ ആവശ്യപ്പെട്ടു. ഈ കലാപത്തിൽ 53 മുതിർന്ന സൈനിക ഉദ്യോഗസ്ഥരും 3 സൈനികരുടെ കുടുംബങ്ങളും കൊല്ലപ്പെട്ടു. ഈ കൂട്ടക്കൊല തടയുന്നതിൽ സഹാറ ഖാതൂൻ പരാജയപ്പെട്ടുവെന്ന് വിമർശനമുയർന്നു. ഹിസ്ബു ത്താഹിറിർ എന്ന നിരോധിത സംഘടനയുടെ പ്രവർത്തകരുടെ മരണവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടും ഏറെ വിമർശനങ്ങൾ ഏൽക്കേണ്ടി വന്നിട്ടുണ്ട്. 
എ്‌നാലും, സൈനിക കലാപം നിയന്ത്രിക്കുന്നതിൽ സഹാറ ഖാതൂന്റെ ശ്രമങ്ങൾ ഏറെ സഹായകരമായതാണ് ഔദ്യോഗിക വിലയിരുത്തൽ. സമരക്കാരുമായി സന്ധി സംഭാഷണം നടത്തുകയും അവർ ആയുധം വെച്ച് കീഴടങ്ങുകയും ചെയ്തതിനാൽ 40ഓളം മുതിർന്ന സൈനിക ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ ജീവൻ രക്ഷിക്കാനായി.

സൈനിക കലാപം
ജന്മാഷ്ടമി വിവാദം
മന്ത്രി പദവിയിൽ
നിയമവിരുദ്ധമായ കോലപാതകങ്ങൾ