രണ്ടാംചേര രാജാകന്മാർ നേരിട്ടു ഭരണം നടത്താതെ നാടുവാഴികളെക്കൊണ്ടും മറ്റും ഭരണം നടത്തുകയും തുടർന്നു വ്യാപാര ബന്ധങ്ങൾ മുറിഞ്ഞതോടെ അപ്രസക്തമായ ഇവിടം പിന്നീട്‌ ചേര രാജാക്കന്മാരുടെ സാമന്തന്മാർ കുലശേഖരൻ എന്ന സ്ഥാനപ്പേരു സ്വീകരിച്ചു ഭരണം തുടർന്നിരിക്കാം എന്നും വിശ്വസിക്കുന്നു. കുലശേഖര ആഴ്‌വർ തൊട്ട്‌ രാമവർമ്മ കുലശേഖരൻ വരെ പതിമൂന്നു കുലശേഖരന്മാരാണ്‌ മൂന്നു നൂറ്റാണ്ടുകാലം ഇവിടം ഭരിച്ചിരുന്നത്‌. (ക്രി.പി.800-1102) സുന്ദരമൂർത്തി നായനാരുടെ കാലത്ത് മഹോദയപുരം അയിരുന്നു ആസ്ഥാനം. ഇതിനിടക്കുള്ള സ്ഥലമായ തിരുവഞ്ചിക്കുളം ശുകസന്ദേശത്തിൽ പ്രതിപാദിക്കപ്പെടുന്നുണ്ട്. ഇതിനും വടക്കായാണ് (9 കി. മീ.) തൃക്കണാമതിലകം (ഇന്ന് മതിലകം)സ്ഥിതിചെയ്യുന്നത്. ചിലപ്പതികാരം എഴുതിയ ഇളങ്കോവടികൾ ജീവിച്ചിരുന്നതിവിടെയാണ്. 

ചോളന്മാരുടെ ആക്രമണങ്ങളെ തുരത്താൻ ചാവേറ്റു പടയെ സൃഷ്ടിച്ചത്‌ അവസാനത്തെ കുലശേഖരനായിരുന്ന രാമവർമ്മ കുലശേഖരനായിരുന്നു. ഇദ്ദേഹം പിന്നീട്‌ കൊല്ലം ആസ്ഥാനമാക്കി പുതിയൊരു രാജ്യം ആരംഭിയ്ക്കുകയും പിൽക്കാലത്തു വേണാട്‌ എന്നറിയപ്പെടുകയ്യും ചെയ്തു. 

പ്രവാചകനായ മുഹമ്മദ് നബിയുടെ കാലത്തിനു മുൻപേ തന്നെ അറബികൾ കേരളത്തിൽ വ്യാപാരത്തിൽ ഏർപ്പെട്ടിരുന്നു. ഇവരുടെ പ്രധാന കേന്ദ്രം കൊടുങ്ങല്ലൂരായിരുന്നു. ഒടുവിലത്തെ രാജാവായിരുന്ന ചേരമാൻ പെരുമാൾ ഇസ്ലാം മതം സ്വീകരിക്കുകയും ഹജ്ജിനു പോകുകയും ചെയ്തു എന്നും ഐതിഹ്യമുണ്ട്‌. പ്രവാചകനു ശേഷം കേരളത്തിലെത്തിയ മാലിക് അബ്നു ദിനാർ നിർമ്മിച്ച ചേരമാൻ ജുമാ മസ്ജിദ്‌ അന്നത്തെ ചേര രാജാവിന്റെ കോവിൽ തന്നെയായിരുന്നു . ഇതാണ് ഇന്ത്യയിലെ ആദ്യത്തെ മുസ്ലീം പള്ളി. ഇത് കേരളീയ ശൈലിയും പാരമ്പര്യവും ഉൾക്കൊണ്ടുകൊണ്ടാണു നിർമ്മിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത്‌. അറേബ്യയിൽ നിന്നു വന്ന മാലിക് ഇബ്നു ദീനാർ എന്ന മുസ്ലീം സിദ്ധൻ പെരുമാളിന്റെ സഹായത്തോടെ നിർമ്മിച്ചതാണിത്‌. അദ്ദേഹം നിർമ്മിച്ചു എന്നു കരുതുന്ന മറ്റു എട്ടു പള്ളികൾ കൊല്ലം, കാസർഗോഡ്‌, ശ്രീകണ്ഠേശ്വരം, വളർപട്ടണം, മടായി, ധർമ്മടം, പന്തലായിനിക്കൊല്ലം,ചാലിയം എന്നിവിടങ്ങളിലാണ്‌ 
വ്യാപാര ബന്ധങ്ങൾ സ്ഥാപിക്കുന്നതിനും കുരുമുളക് പോലുള്ള സുഗന്ധദ്രവ്യങ്ങൾ വ്യാപരം ചെയ്യുന്നതിനുമായി 1498-ൽ കേരളത്തിലെത്തിയ പോർട്ടുഗീസുകാർ 1503-ൽ കൊച്ചിരാജാവിന്റെ സഹായത്തോടേ കോട്ടപ്പുറം, പള്ളിപ്പുറം എന്നിവിടങ്ങളിൽ കോട്ടകൾ പണിതു. മറ്റു രാജ്യക്കാരും കടൽ കൊള്ളക്കാരെയും പ്രതിരോധിക്കാനായിരുന്നു ഇത്. ഇതിന് നേതൃത്വം നൽകിയത് വാസ്കോ ഡ ഗാമ എന്ന പ്രസിദ്ധ വൈസ്രോയിയാണ്. ഇത് 17-ആം നൂറ്റാണ്ടിൽ ഡച്ചുകാരുടെ കയ്യിലായി. കൊച്ചിയെ സംരക്ഷിക്കുന്നതിനായി നിർമ്മിച്ച നെടുങ്കോട്ട ആരംഭിക്കുന്നത് കൊടുങ്ങല്ലൂരു നിന്നാണ്. പ്രശസ്ത ഡച്ചു കാപ്റ്റൻ ഡിലനോയ് ആണ് കൊടുങ്ങല്ലൂരുനിന്നും ആരംഭിച്ച് സഹ്യപർവ്വതം വരെ നീളുന്ന ബൃഹത്തായ ഈ കോട്ട രൂപകല്പന ചെയ്തത്. ഹാലക്കിന്റെ കോട്ട എന്നു ടിപ്പു സുൽത്താൻ പരാമർശിച്ചതായി രേഖകൾ ഉണ്ട്. പിന്നീട് 1790-ൽ ടിപ്പു സുൽത്താൻ വളരെയധികം ശ്രമമ [[നെടുങ്കോട്ട[[ പിടിച്ചെടുക്കുകയും കൊള്ളയടിക്കുകയും ഏതാണ്ട് ഒരു പരിധിവരെ നശിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. പിന്നീട് [[സാമൂതിരി|സാമൂതിരിയും]] ഈ കോട്ട നശിപ്പിച്ചവരുടെ കൂട്ടത്തിൽ പെടുന്നു. ഇന്ന് ജീർണ്ണിച്ച അവസ്ഥയിലായി കോട്ടയെ പുരാവസ്തുവകുപ്പ് സംരക്ഷിത സ്മാരകമായി കണക്കാക്കി സംരക്ഷിച്ചുവരുന്നു. 

യഹൂദ കുടിയേറ്റം ഉണ്ടായതിനുശേഷം വളരെക്കാലം യഹൂദരുടെ പ്രധാന വാണിജ്യകേന്ദ്രമായിരുന്നു കൊടുങ്ങല്ലൂർ. കൊടുങ്ങല്ലൂരിൻടുത്തുള്ള [[മാള]]യിൽ യഹൂദരുടെ കുടിയിരുപ്പ് കേന്ദ്രങ്ങൾ ഉണ്ടായിരുന്നു. ഇന്ന് അവിടെയുള്ള യഹൂദശ്മശാനം മറ്റൊരു സംരക്ഷിതസ്മാരകമാണ് [[1565]] ൽ [[യഹൂദർ|യഹൂദന്മാർ]] പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ ഉപദ്രവം സഹിക്കവയ്യാതായപ്പോൾ കൊടുങ്ങല്ലൂർ വിട്ട്‌ കൊച്ചിയിലേക്ക്‌ പൊയി. ഈ കുടിമാറ്റത്തിനു ശേഷമാണു [[മട്ടാഞ്ചേരി|മട്ടാഞ്ചേരിയിലെ]] പ്രസിദ്ധമായ ജൂത സിനഗോഗ്‌ ([[1567]])നിർമ്മിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത്‌.

ക്രിസ്തീയ ചരിത്രത്തിൽ പ്രമുഖസ്ഥാനമുള്ള [[ഉദയംപേരൂർ സുന്നഹദോസ്‌]]([[1559]]) നടന്നത് കൊടുങ്ങല്ലൂരിനു തെക്കാണ്‌. ഇക്കാലത്ത് ‌ ഒരു വിഭാഗം ക്രിസ്ത്യാനികൾ പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ സ്വാധീനത്തിലായിരുന്നു, കേരളത്തിലെ മറ്റൊരു വിഭാഗം ക്രിസ്ത്യാനികളെ [[കത്തോലിക്ക സഭ|കത്തോലിക്ക സഭയിലേക്ക്]] ചേർക്കാൻ ഈ സുന്നഹദോസിന് സാധിച്ചു.

പുറത്തേക്കുള്ള കണ്ണികൾ
വി മൈക്കേൽസ് ദേവാലയം
രണ്ടാം ചേരസാമ്രാജ്യകാലം
ചേരമാൻ ജുമാ മസ്ജിദ്