യാക്കോബായ സുറിയാനി സഭയുടെ കേരളത്തിലെ തലസ്ഥാനം  എറണാകുളം  ജില്ലയിലെ  പുത്തൻകുരിശ്  ആണ്. സഭാ ശീശ്മകളെത്തുടർന്ന് കോട്ടയം, കോതമംഗലം, മുവാറ്റുപുഴ തുടങ്ങി പലയിടങ്ങളിലായി മാറ്റിസ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടിരുന്ന സഭയുടെ ആസ്ഥാനം ഇപ്പോൾ സ്ഥിരമായി എറണാകുളം ജില്ലയിലെ പുത്തൻകുരിശ് ആയി ക്രമീകരിച്ചിരിക്കുന്നു. പുത്തൻ‌കുരിശ് പത്രോസ് പൌലോസ് ശ്ലീഹന്മാരുടെ പള്ളിക്ക് സമീപമായി സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന ആസ്ഥാനം ഇപ്പോഴത്തെ കാതോലിക്കയായ ബസേലിയോസ് തോമസ് പ്രഥമൻ ബാവയാൽ സ്ഥാപിതമായതാണ്. കാലം ചെയ്ത ഇഗ്നാത്തിയോസ് സാഖാ പ്രഥമൻ പാത്രിയർക്കീസ് ബാവയുടെ നാമത്തിലാണ് ആസ്ഥാനം സ്ഥാപിച്ചിരിക്കുന്നത്. 
തൊണ്ണൂറുകളിൽ മുവാറ്റുപുഴ സ്ഥിതി ചെയ്തിരുന്ന മുൻ സഭാസ്ഥാനം അന്നത്തെ കാതോലിക്ക ബാവയുടെ വിയോഗശേഷം സഭാതർക്കത്തിൽ കൈമോശം വന്നതിനാലാണ് പിന്നീട് പുത്തൻകുരിശ് പുതിയ ആസ്ഥാനം സ്ഥാപിച്ചത്. സഭയുടെ പ്രാദേശിക എപ്പിസ്കോപ്പൽ സുന്നഹദോസും അഖില മലങ്കര സുവിശേഷ യോഗവും നടത്തപ്പെടുന്നത് ഇവിടെ വച്ചാണ്.
ആസ്ഥാനത്തോട് ചേർന്ന് സഭയുടെ ഔദ്യോഗിക പ്രസിദ്ധീകരണ വിഭാഗമായ ജെ.എസ്.സി. പബ്ലിക്കേഷൻസും സഭയുടെ പൊതുകാര്യ-മാധ്യമകാര്യ വിഭാഗവും കാതോലിക്ക അരമനയും സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു. അരമനയുടെ ചാപ്പൽ പൌലോസ് മോർ അത്താനാസ്യോസ് തിരുമേനിയുടെ നാമത്തിലാണ് സ്ഥാപിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത്. അരമനയോട് ചേർന്നുതന്നെ സെ. തോമസ് ആർട്ട്സ് ആന്റ് സയൻസ് കോളജ് എന്ന പേരിൽ ഒരു കോളജും പ്രവർത്തിക്കുന്നുണ്ട്. സഭയുടെ സണ്ടേസ്കൂൾ പ്രസ്ഥാനത്തിന്റെ ആസ്ഥാനവും പുത്തൻകുരിശ് ആണ്.

സഭാ ആസ്ഥാനം
മാർത്തോമ്മാ സഭ
സഭയുടെ ഭക്തസംഘടനകൾ
ക്രിസ്തുവിന്റെ ദൈവത്വം