സമാൻ ഷായെ പുറത്താക്കി, 1800-ആമാണ്ടിൽ മഹ്മൂദ് ഷാ, കാബൂളിൽ അധികാരത്തിലെത്തി. ഫത് ഖാന്റെ ശക്തമായ പിന്തുണയിൽ ഇദ്ദേഹം ഭരണം നടത്തിയെങ്കിലും മൂന്നു വർഷമേ ഈ ഭരണം നീണ്ടുള്ളൂ. തുടക്കത്തിൽ കന്ദഹാറിലും വടക്കൻ അഫ്ഗാനിസ്താനിലും ചില വിജയങ്ങൾ നേടാനും, സമാൻ ഷായുടെ സഹോദരൻ ഷാ ഷൂജയുടെ സേനയെ പലവട്ടം പരാജയപ്പെടുത്താൻ സാധിച്ചെങ്കിലും 1803 ജൂൺ മാസം, മഹ്മൂദിനെ തോൽപ്പിച്ച് ഷാ ഷൂജ അധികാരത്തി. 

പല അട്ടിമറിശ്രമങ്ങളേയും അതിജീവിച്ച ഷൂജ, 1809 വരെ അധികാരത്തിൽ തുടർന്നു. ഇന്ത്യയിലെ ബ്രിട്ടീഷുകാരുമായി ആദ്യമായി ബന്ധം സ്ഥാപിച്ച കാബൂൾ ഭരണാധികാരിയായിരുമായിരുന്നു ഷാ ഷൂജ. 1809-ൽ ബ്രിട്ടീഷുകാരുടെ പ്രതിനിധിയായിരുന്ന മൌണ്ട്സ്റ്റ്യുവർട്ട് എൽഫിൻസ്റ്റോൺ ഷാ ഷുജായെ സന്ദർശിക്കുകയും ഒരു സൗഹൃദസന്ധിയിൽ ഒപ്പുവക്കുകയും ചെയ്തു. 

1809-ൽ മഹ്മൂദ് ഷായുടേയും ഫത് ഖാന്റേയും സൈന്യം ഷാ ഷൂജയെ പരാജയപ്പെടുത്തി കാബൂൾ പിടിച്ചടക്കി. മഹ്മൂദ് രണ്ടാം വട്ടവും കാബൂളിൽ അധികാരത്തിലേറി.
മുഹമ്മദ് സമാൻ ഖാൻ സാദോസായ്
സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ അധഃപതനം
മഹ്മൂദ് ഷാ, ഷാ ഷൂജ
അഹമ്മദ് ഷാ അബ്ദാലി