ബീഗിൾ യാത്രയിലായിരിക്കെത്തന്നെ, ഡാർവിന്റെ ഗുരു ഹെൻസ്ലോ, ശിഷ്യൻ ശേഖരിച്ചയച്ചിരുന്ന ജീവാശ്മമാതൃകകളും ഭൗമശാസ്ത്രസംബന്ധിയായ നിരീക്ഷണങ്ങളടങ്ങുന്ന കത്തുകളിലെ വിവരങ്ങൾ ചേർത്ത ഒരു ലഘുലേഖയും ഒരു കൂട്ടം പ്രകൃതിശാസ്ത്രജ്ഞന്മാരെ കാണിച്ചത് ശിഷ്യന്റെ പ്രശസ്തി വർദ്ധിപ്പിച്ചു. 1836 ഒക്ടോബർ 2-ന് ബീഗിൾ തിരിച്ചെത്തിയപ്പോൾ ഡാർവിന് ശാസ്ത്രലോകത്ത് താരപരിവേഷം കിട്ടിയിരുന്നു. ഷ്രൂസ്ബറിയിലെ ബന്ധുക്കളെ സന്ദർശിച്ചശേഷം ഡാർവിൻ കേംബ്രിഡ്ജിലെത്തി ഹെൻസ്ലോയെ കണ്ടു. ശേഖരിച്ചുകൊണ്ടുവന്ന മാതൃകകൾ തരംതിരിച്ചെടുക്കാൻ കഴിവുള്ള ജീവശാസ്ത്രം ജീവശാസ്ത്രജ്ഞന്മാരെ കണ്ടെത്താൻ ഹെൻസ്ലോ ഡാർവിനെ ഉപദേശിച്ചു. സസ്യമാതൃകകളുടെ ചുമതല ഹെൻസ്ലോ സ്വയം ഏറ്റെടുത്തു. ഡാർവിന്റെ പിതാവ്, മകന് സാമ്പത്തിക സുരക്ഷയിൽ ശാസ്ത്രാന്വേഷണം തുടരാൻ വേണ്ട ധനസഹായം ഉറപ്പാക്കി. ഡാർവിൻ, അനുമോദനങ്ങൾ ഏറ്റുവാങ്ങിയും ശേഖരിച്ച മാതൃകകളുടെ വിദഗ്ദ്ധപഠനത്തിന് സഹായം തേടിയും ലണ്ടണിലെ സ്ഥാപനങ്ങൾ കയറിയിറങ്ങി. ജന്തുശാസ്ത്ര മാതൃകകളുടെ പഠനത്തിൽ പുരോഗതി കുറവായിരുന്നു. അവ നിരുപയുക്തമായി നശിച്ചുപോകാൻ പോലും സാധ്യത കണ്ടു.

ഡാർവിനെ കാണാൻ താത്പര്യപ്പെട്ടിരുന്ന ചാൾസ് ലിൽ ആദ്യമായി അദ്ദേഹത്തെ കണ്ടത് 1836 ഒക്ടോബർ 29-നാണ്. പ്രശസ്തിയിലേക്കുയർന്നുകൊണ്ടിരുന്ന ശരീരഘടനാശാസ്ത്രജ്ഞൻ(anatomist) റിച്ചാർഡ് ഓവനെ, ലിൽ ഡാർവിന് പരിചയപ്പെടുത്തി. ഡാർവിന്റെ ശേഖരത്തിലുണ്ടായിരുന്ന ജീവാശ്മ അസ്ഥികളെ വിശകലനം ചെയ്യാനുള്ള സൗകര്യം ഓവന്റെ സ്ഥാപനമായ ശസ്ത്രക്രിയാവിദഗ്ദ്ധന്മാരുടെ രജകീയ കലാലയത്തിൽ (Royal College of Surgeons) ഉണ്ടായിരുന്നു. ഓവന്റെ പഠനങ്ങളുടെ അതിശയകരമായ നിഗമനങ്ങൾ തേവാങ്കുവർഗ്ഗത്തിൽ(sloth) പെട്ട പല ജീവികളിലേക്കും വിരൽചൂണ്ടി. നേരത്തേ കേട്ടിട്ടില്ലായിരുന്ന സ്കെലിഡോത്തീരിയത്തിന്റെ മിക്കവാറും മുഴുവനായ ഒരസ്ഥികൂടം, നീർക്കുതിരയുടെ വലിപ്പവും കരണ്ടുതിന്നുന്ന ജീവികളുടെ സ്വഭാവവുമായി, ഭീമൻ കാപ്പിബരായെപ്പോലുള്ള ടോക്സോഡൺ എന്ന ജന്തുവിന്റെ തലയോട്, ഒരു കൂറ്റൻ ആർമഡില്ലോയുടെ പുറം ചട്ടയുടെ ഭാഗങ്ങൾ തുടങ്ങിയവ ഡാർവിൻ ശേഖരിച്ചുകൊണ്ടുവന്ന ജീവാശ്മമാതൃകകളിൽ ചിലതായിരുന്നു. ഉന്മൂലനാശം സംഭവിച്ചിരുന്ന ഈ ജീവിവർഗ്ഗങ്ങൾ അപ്പോൾ തെക്കേ അമേരിക്കയിലുണ്ടായിരുന്നവയോട് അടുത്തബന്ധമുള്ളവയായിരുന്നു.

ഡിസംബർ മദ്ധ്യത്തോടെ താൻ ശേഖരിച്ചുകൊണ്ടുവന്ന മാതൃകകളുടെ ക്രമീകരണത്തിനും കുറിപ്പുകളുടെ തിരുത്തിയെഴുതലിനുമായി ഡാർവിൻ കേംബ്രിഡ്ജിലേക്ക് പോയി. തന്റെ ആദ്യ പ്രബന്ധത്തിൽ അദ്ദേഹം, തെക്കേ അമേരിക്കൻ ഭൂഖണ്ഡം ക്രമേണ ഉയർന്നുകൊണ്ടിരിക്കുകയാണെന്ന് വാദിച്ചു. 1837 ജനുവരി 4-ന്, ലില്ലിന്റെ പൂർണ്ണ പിന്തുണയോടെ അദ്ദേഹം ആ പ്രബന്ധം ലണ്ടൻ ഭൂമിശാസ്ത്രസഭക്കു മുൻപിൽ അവതരിപ്പിച്ചു. അതേ ദിവസം തന്നെ, താൻ ശേഖരിച്ചുകൊണ്ടുവന്ന സസ്തനി, പക്ഷി ജൈവമാതൃകകൾ അദ്ദേഹം ജന്തുശാസ്ത്രസഭക്കു മുൻപാകെയും അവതരിപ്പിച്ചു. ഗാലപ്പാഗോസിലെ കറുത്ത പക്ഷി(black bird) , പെരും ചുണ്ടൻ(gros beak), ഫിഞ്ച് (finch) മുതലായ വ്യത്യസ്ത ജനുസ്സിൽ പെട്ടവയായി ഡാർവിൻ കരുതിയ പക്ഷികളെല്ലാം ഫിഞ്ചിന്റെ തന്നെ ജനുസ്സിലെ പന്ത്രണ്ട് വംശഭേദങ്ങളാണെന്ന് പ്രസിദ്ധ പക്ഷി ശാസ്ത്രജ്ഞനായ ജോൺ ഗൗൾഡ് തിരിച്ചറിഞ്ഞു. 1837 ഫെബ്രുവരി 17-ന് ഡാർവിൻ ഭൂമിശാസ്ത്രസഭയുടെ കൗൺസിലിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. അദ്ധ്യക്ഷപ്രസംഗത്തിൽ ഡാർവിന്റെ ശേഖരത്തിലെ ജീവാശ്മങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള ഓവന്റെ നിഗമനങ്ങൾ സഭക്കു മുൻപാകെ അവതരിപ്പിച്ച ലിൽ, വംശങ്ങളുടെ ഭൂമിശാസ്ത്രപരമായ തുടർച്ച (geographical continuity of species) വ്യക്തമാക്കുന്ന ആ നിഗമനങ്ങൾ, പ്രകൃതിപ്രതിഭാസങ്ങളുടെ നൈരന്തര്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള തന്റെ സിദ്ധാന്തങ്ങളെ (uniformitarinism) പിന്തുണക്കുന്നതായി വാദിച്ചു.
തന്റെ കർമ്മരംഗത്തിനടുത്തായിരിക്കാനായി, ഡാർവിൻ 1837 മാർച്ച് 6-ന് ലണ്ടനിലേക്ക് താമസം മാറ്റി. അവിടെ ചാൾസ് ബാബേജിനേയും മറ്റും പോലുള്ള ശാസ്ത്രജ്ഞന്മാരുടേയും ചിന്തകന്മാരുടേയും സാമൂഹ്യകൂട്ടായ്മയിൽ അദ്ദേഹവും പങ്കാളിയായി. ദൈവം ജീവനെ സംവി‌ധാനം ചെയ്തത് വ്യതിരിക്തമായ അത്ഭുത സൃഷ്ടികളിലൂടെയല്ല പ്രകൃതിനിയമങ്ങളിലൂടെയാണെന്ന് ബാബേജ് വാദിച്ചിരുന്നു. സ്വതന്ത്രചിന്തകനായ തന്റെ സഹോദരൻ ഇറാസ്മസിനടുത്താണ് ഡാർവിൻ താമസിച്ചിരുന്നത്. വിഗ് കക്ഷിയുമായി അടുത്ത ബന്ധം പുലർത്തിയിരുന്ന ഇറാസ്മസിന്റെ ഉറ്റ സുഹൃത്തുക്കളിലൊരാൾ തോമസ് മാൽത്തൂസിന്റെ ആശയങ്ങൾ പ്രചരിപ്പിക്കുന്നതിൽ മുൻകൈയ്യെടുത്തിരുന്ന ഹാരിയറ്റ് മാർട്ടിന്യൂ എന്ന എഴുത്തുകാരനായിരുന്നു. ഭക്ഷണലഭ്യതയെക്കവിഞ്ഞ് ദരിദ്രജനങ്ങൾ പെറ്റുപെരുകുന്നത് തടയാനായി ദരിദ്രജനനിയമങ്ങൾ (Poor Law)പൊളിച്ചെഴുതാനുള്ള വിഗ് കക്‌ഷിയുടെ നിർദ്ദേശത്തിനു പിന്നിൽ മാൽത്തൂസിന്റെ ആശയങ്ങളായിരുന്നു. പുതിയ വംശങ്ങളുടെ ഉല്പത്തി "രഹസ്യങ്ങളുടെ രഹസ്യം" ആണെന്ന ജോൺ ഹെർഷലിന്റെ ആശയം പരക്കെ ചർച്ച ചെയ്യപ്പെട്ടിരുന്നു. വംശങ്ങൾ പുതുതായി കിട്ടിയ സ്വഭാവങ്ങളിലൂടെ ജീവിതകാലത്തുതന്നെ പരിവർത്തിതമാകുന്നുവെന്ന എന്ന ആശയത്തെ വൈദ്യശാസ്ത്രരംഗത്തെ പലരും പിന്തുണച്ചു. എന്നാൽ ഡാർവിന്റെ സുഹൃത്തുക്കളായിരുന്ന ശാസ്ത്രജ്ഞന്മാർ അതിനെ അനുചിതവും സമൂഹസ്ഥിരതയെ അട്ടിമറിച്ചേക്കാവുന്നതുമായ ആശയമായി കരുതി തള്ളി.

ഗാലപ്പാഗോസിലെ വ്യത്യസ്ത ദ്വീപുകളിൽ നിന്നുള്ള പരിഹാസിപ്പക്ഷികൾ ഒരേവംശത്തിന്റെ വകഭേദങ്ങളല്ല, വ്യത്യസ്തവംശങ്ങളിൽ പെടുന്നവയാണെന്നും കുരുവികൾ ഫിഞ്ചുകളുടെ മറ്റൊരു വംശമാണെന്നും ഗൗൾഡ് തിരിച്ചറിഞ്ഞു. തന്റെ ശേഖരത്തിലെ ഫിഞ്ച് മാതൃകകളെ ഡാർ‌വിൻ ദ്വീപുകൾ തിരിച്ച് ലേബൽ ചെയ്തിരുന്നില്ല. എന്നാൽ ഫിറ്റ്സ്റോയ് ഉൾപ്പെടെയുള്ള ബീഗിളിലെ മറ്റു യാത്രക്കാരുടെ കുറിപ്പുകളിൽ നിന്ന് ഓരോ വംശവും വ്യത്യസ്ത ദ്വീപുകളിൽ നിന്നുള്ളവയാണെന്ന് വ്യക്തമായി. ഗാലപ്പാഗോസിൽ കണ്ട ആമകൾ അവിടെ ഉൽഭവിച്ചവയാണെന്ന് ജന്തുശാസ്ത്രജ്ഞനായ തോമസ് ബെൽ തെളിയിച്ചു. മാർച്ച് പകുതിയായപ്പോൾ, ജീവിച്ചിരിക്കുന്നവയും വംശനാശം വന്നവയുമായ ജീവികളുടെ ഭൂമിശാസ്ത്രപരമായ വിതരണത്തെ സംബന്ധിച്ച് തന്റെ ചുവന്ന നോട്ടുപുസ്തകത്തിൽ എഴുതിയ കുറിപ്പുകളിൽ, "ഒരു വംശം മറ്റൊന്നായി മാറുന്നതിനുള്ള സാധ്യത" ഡാർവിൻ പരാമർശിക്കുന്നുണ്ട്. ജൂലൈ പകുതിയോടെ 'ബി' നോട്ടുപുസ്തകത്തിൽ എഴുതിത്തുടങ്ങിയ കുറിപ്പുകളിൽ, വംശങ്ങളുടെ വ്യത്യസ്ത താവഴികൾ സ്വതന്ത്രമായി ഔന്നത്യത്തിലേക്ക് പരിണമിക്കുന്നുവെന്ന ലാമാർക്കിന്റെ നിലപാടിനെ ഡാർവിൻ തള്ളിക്കളയുന്നു. ജീവൻ, ഒരേ പരിണാമ വൃക്ഷത്തിന്റെ ജനുസ്സുകളായുള്ള ശാഖപിരിയലാണെന്നും അതിൽ ഒരു ജീവിയെ മറ്റൊന്നിനുമേലെയുള്ളതായി കാണുന്നത് ശരിയല്ലെന്നും ഡാർവിൻ വാദിച്ചു.

രാഷ്ട്രീയവ്യാഖ്യാനങ്ങൾ
ബീഗിളിന്റെ യാത്ര
ഡാർവിന്റെ മക്കൾ
പരിണാമ സിദ്ധാന്തത്തിന്റെ തുടക്കം