ദക്ഷിണാമൂർത്തിയോട് ചേർന്നുതന്നെയാണ് ശ്രീലകത്തു ഗണപതിയുടെ പ്രതിഷ്ഠ. ഈ പ്രതിഷ്ഠയായിരുന്നു ആദ്യകാലങ്ങളിൽ പ്രധാനം. ഇപ്പോഴത്തെ പ്രധാന ഗണപതി മൂർത്തിയെ പിൽക്കാലത്ത് പ്രതിഷ്ഠിച്ചതാണ്‌.. ക്ഷേത്രത്തിൽ ധാരാളം ഗണപതി പ്രതിഷ്ഠകളുണ്ട്. ശിലാവിഗ്രഹങ്ങളും, അതുപോലെതന്നെ ദാരുശില്പങ്ങളുമുണ്ട്. പെരുംതച്ചൻ നിർമ്മിച്ചതെന്നു വിശ്വസിക്കുന്ന കരിങ്കൽത്തൂണിലും ഗണപതി പ്രതിഷ്ഠയുണ്ട്.

ശിവരാത്രി
ക്ഷേത്ര മതിൽകെട്ട്
നിർമാല്യം
ശ്രീലകത്തു ഗണപതി