ഫാദർ ജർസിയെ എങ്ങനെയെങ്കിലും കുടുക്കണമെന്ന വിചാരം പട്ടാളത്തിൽ ശക്തമായി. രഹസ്യപ്പോലീസ് എല്ലായ്പ്പോഴും ഫാദർ ജർസിയെ വീക്ഷിച്ചു. ടെലിഫോൺ സന്ദേശങ്ങൾ നിരീക്ഷിക്കപ്പെട്ടു. പ്രോസിക്യൂഷൻ കാര്യാലയത്തിൽ ഫാദർ ജർസിയെ വിചാരണ നടത്തി. ഫാദർ ജർസിയുടെ അമ്മായി സമ്മാനിച്ച ഫ്ലാറ്റിൽ റെയ്ഡു നടത്തുകയും രഹസ്യപ്പോലീസ് മുൻകൂട്ടി ഒളിപ്പിച്ചു വച്ചിരുന്ന ആയുധങ്ങളും ചില രേഖകളും അവിടെ നിന്നും കണ്ടെടുക്കുകയും ചെയ്തു. അങ്ങനെ ഫാദർ ജർസി അറസ്റ്റു ചെയ്യപ്പെട്ടു. എന്നാലുടനെ തന്നെ ബിഷപ്പ് ദാബ്രോവ്സ്കി സമയോചിതമായി ഇടപെട്ട് ഫാദർ ജർസിയെ മോചിപ്പിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിനെതിരായുള്ള കേസുകൾ കള്ളക്കേസുകളായിരുന്നുവെന്നും തെളിയിക്കപ്പെട്ടു. എന്നാൽ അച്ചടിശാലയിൽ നിന്നും കണ്ടെടുത്ത രേഖകളുടെ പേരിൽ ഫാദർ ജർസി വീണ്ടും വിചാരണ ചെയ്യപ്പെട്ടു. തുടർന്ന് 1984 ഓഗസ്റ്റിൽ പുതിയ വിചാരണക്കായി തയ്യാറെടുത്ത ഫാദർ ജർസിയും മറ്റു പലരും കമ്യൂണിസത്തിന്റെ നാല്പതാം വർഷത്തിൽ നൽകിയ പൊതുമാപ്പിൽ മോചിതരായി. 

മാധ്യമങ്ങളിലും മറ്റും ഫാദർ ജർസിക്കെതിരായി വാർത്തകൾ വന്നു തുടങ്ങി. ഇസ്‌വെസ്തിയ എന്ന സോവിയറ്റ് പത്രത്തിലാണ് ആദ്യമായി വാർത്ത വന്നത്. അതോടൊപ്പം ഫാദർ ജർസിക്കെതിരായുള്ള പരാതികൾ ന്മെത്രാന്മാരുടെ സംഘത്തിനും ലഭ്യമായി തുടങ്ങി. പട്ടാളഭരണ നിലവിൽ വന്നപ്പോൾ അതിനെ ഉന്മൂലനം ചെയുവാൻ പ്രവർത്തിച്ച വൈദികനാണ് ഫാദർ ജർസിയെന്ന് രേഖകളടക്കം അവർ ചൂണ്ടിക്കാണിച്ചു. ഫാദർ ജർസിയെ എങ്ങനെയെങ്കിലും കുടുക്കണമെന്ന വിചാരം പട്ടാളത്തിൽ ശക്തമായി. രഹസ്യപ്പോലീസ് എല്ലായ്പ്പോഴും ഫാദർ ജർസിയെ വീക്ഷിച്ചു. ടെലിഫോൺ സന്ദേശങ്ങൾ നിരീക്ഷിക്കപ്പെട്ടു. പ്രോസിക്യൂഷൻ കാര്യാലയത്തിൽ ഫാദർ ജർസിയെ വിചാരണ നടത്തി. ഫാദർ ജർസിയുടെ അമ്മായി സമ്മാനിച്ച ഫ്ലാറ്റിൽ റെയ്ഡു നടത്തുകയും രഹസ്യപ്പോലീസ് മുൻകൂട്ടി ഒളിപ്പിച്ചു വച്ചിരുന്ന ആയുധങ്ങളുംചില രേഖകളും അവിടെ നിന്നും കണ്ടെടുക്കുകയും ചെയ്തു. അങ്ങനെ ഫാദർ ജർസി അറസ്റ്റു ചെയ്യപ്പെട്ടു. അതോടൊപ്പം 1984-ലെ പൊതുമാപ്പിൽ ഉൾപ്പെടുത്താതിരുന്ന കുറ്റങ്ങളും ചാർത്തപ്പെട്ടു. 1984 ഓഗസ്റ്റ് 15-ന് അച്ചനെതിരെ ചുമത്തപ്പെട്ട കുറ്റം ദേവാലയ പ്രസംഗപീഠം രാജ്യദ്രോഹത്തിനായി ഉപയോഗിച്ചു എന്നതായിരുന്നു. 1983 ഡിസംബർ 12-ന് പ്രോസിക്യൂട്ടർ കാര്യാലയവും ഈ കുറ്റം ചുമത്തിയിരുന്നു. സംസ്ഥാന ഭരണനേതൃത്വത്തെയും അച്ചൻ അപമാനിച്ചുവെന്ന കുറ്റവും ചുമത്തി. പള്ളിമുറിയിൽ നിന്നും പിസ്റ്റൽ കണ്ടെടുത്തതായും കുറ്റമുണ്ട്. ക്രമസമാധനം തകർക്കുന്ന തരത്തിൽ രേഖകൾ വിതരണം നടത്തിയെന്നതായിരുന്നു രഹസ്യപ്പോലീസിന്റെ ആരോപണം. ഫാദർ ജർസി നടത്തിയ പ്രസംഗങ്ങളിൽ സോളിഡാരിറ്റി പ്രവർത്തകരെ പ്രശംസിക്കുകയും സർക്കാരിനെ കുറ്റപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തുവെന്നായിരുന്നു 1983 സെപ്റ്റംബർ 13 ലെ കുറ്റം. ഫാദർ ജർസിയുടെ ഭവനത്തിൽ 1983 ഡിസംബർ 12-ന് നടത്തിയ റെയ്ഡിൽ 1200 ലീഫ്‌ലെറ്റുകൾ കണ്ടെത്തി. അതിൽ മേയ് 29-ന് കുർബാനയിൽ പങ്കെടുത്ത് സ്വാതന്ത്ര്യത്തിനായി പ്രാർഥിക്കുവാനുള്ള ആഹ്വാനം അടങ്ങിയിരുന്നു. 

നിർബന്ധിത സൈനികസേവനം
കള്ളക്കേസുകൾ
മരണം
ജോൺ പോൾ രണ്ടാമൻ മാർപാപ്പയുടെ സന്ദർശനം