മാർത്തോമ്മാ സഭയ്ക്ക് വ്യക്തമായി നിർവചിക്കപ്പെട്ട ഒരു ഭരണ ഘടന ഉണ്ട്. ത്രിത്വത്തിലുള്ള വിശ്വാസം, യേശുക്രിസ്തുവിലൂടെ ആണ് രക്ഷ എന്ന വിശ്വാസം, എല്ലാ ദൈവശാസ്ത്രപമായ വിശ്വാസങ്ങളുടേയും അടിസ്ഥാനം വേദപുസ്തകം ആണെന്നുള്ള വിശ്വാസം, മുതലായ ചില അടിസ്ഥാന ശിലകളിൽ ആണ് സഭയുടെ ഭരണ ഘടന പടുത്തുയർത്തിയിരിക്കുന്നത്. 

സഭയുടെ ഭരണ സംവിധാനം മൂന്നായി വിഭജിച്ചിരിക്കുന്നു.

സ്ഥാപനങ്ങൾ
ഭദ്രാസനങ്ങൾ
ഇടവകകൾ
ഭരണം