മൂന്നുമുതൽ നാലുവരെ ബില്യൺ വർഷങ്ങൾക്കുമുമ്പ് ഒറ്റക്കോശമുള്ള ജീവികളായാണ് ഭൂമുഖത്ത് ആദ്യസൂക്ഷ്മജീവികൾ രൂപപ്പെട്ടത്. തുടർന്ന് നാളുകളോളം പരിണാമപ്രക്രിയ നിശ്ചലമായിരുന്നു. പ്രീകാമ്പ്രിയൻ ഇയോണിൽ തുടർന്നുള്ള മൂന്നുബില്യൺ വർഷത്തേയ്ക്ക് മൈക്രോസ്കോപ്പിക് ജീവികൾ മാത്രമേ ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളൂ. അതിനാൽത്തന്നെ ഭൗമചരിത്രത്തിന്റെ സിംഹഭാഗവും സൂക്ഷ്മജീവികൾ കൈയടക്കി. 220 ദശലക്ഷം വർഷങ്ങൾക്കുമുമ്പുള്ള ആംബറിൽ ബാക്ടീരിയ, ആൽഗ, ഫംഗസ് എന്നിവയെ കണ്ടെത്തിയത് ട്രയാസിക് പീരീഡിനുശേഷം വളരെ ലഘുവായ മാറ്റങ്ങളേ ഇവയ്ക്ക് വന്നിട്ടുള്ളൂ എന്ന് തെളിയിക്കുന്നു. 
സൂക്ഷ്മജീവികൾക്ക് താരതമ്യേന വളരെ വേഗത്തിലുള്ള പരിണാമനിരക്കാണുള്ളത്. മിക്ക സൂക്ഷ്മജീവികൾക്കും വളരെപ്പെട്ടെന്ന് വിഭജിക്കാനാകും. ബാക്ടീരിയകൾക്ക്, വ്യത്യസ്ത സ്പീഷീസുകൾ തമ്മിൽത്തന്നെ, കോൻജുഗേഷൻ, ട്രാൻഫോർമേഷൻ, ട്രാൻസ്ഡക്ഷൻ എന്നീ പ്രക്രിയകളിലൂടെ വളരെ വേഗത്തിൽ നേരിട്ട് ജീനുകളെ കൈമാറാനുമാകും. ഇത്തരത്തിലുള്ള തിരശ്ചീന ജീൻ കൈമാറ്റവും ഒപ്പമുള്ള ഉയർന്ന മ്യൂട്ടേഷൻ നിരക്കും മറ്റുചില ജനിതക വ്യതിയാനസാദ്ധ്യതകളും സൂക്ഷ്മജീവികളെ പ്രകൃതിനിർദ്ധാരണം വഴി വളരെ വേഗത്തിൽ പരിണമിച്ചുവരാനും വൈവിധ്യമാർന്ന ആവാസങ്ങളിൽ ജീവിക്കുന്നതിനും കാരണമാകുന്നു. സൂപ്പർബഗുകളെ രൂപപ്പെട്ടതും ആധുനിക ആന്റിബയോട്ടിക്കുൾക്ക് പ്രതിരോധം കാണിക്കുന്ന രോഗകാരികളായ ബാക്ടീരിയകൾ രൂപപ്പെട്ടതും ഈ പ്രത്യേകതകൾ കൊണ്ടാണ് എന്നത് മെഡിക്കൽ രംഗത്ത് വലിയ പ്രാധാന്യം കൈവരുത്തിയിട്ടുണ്ട്.
സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ പരിണാമം
ആർക്കിയ
രോഗങ്ങൾ
ബാക്ടീരിയ