ബ്രിട്ടീഷുകാരുടെ വിദ്യാഭ്യാസരീതിയിൽ ഇന്ത്യയിലെ മുസ്ലീം സമുദായക്കാർ തീരെ തൃപ്തരല്ലായിരുന്നു. തങ്ങളുടെ കുട്ടികളുടെ വിദ്യാഭ്യാസം മുസ്ലിം സമുദായത്തിന്റെ കരങ്ങളിലായിരിക്കണമെന്ന് അവർ ആഗ്രഹിച്ചിരുന്നുവെങ്കിലും രാഷ്ട്രീയവും സാമൂഹികവുമായി ധാരാളം തടസ്സങ്ങൾ ഉണ്ടായിരുന്നു. നിലവിലുള്ള വ്യവസ്ഥിതിയുമായി ഒത്തുപോകാനേ തൽക്കാലം അവർക്കു കഴിഞ്ഞിരുന്നുള്ളു. 
സ്വാതന്ത്ര്യസമരപ്രസ്ഥാനത്തിന്റെ ഭാഗമായി കോളനിഭരണത്തിന്റെ കീഴിലുള്ള വിദ്യാഭ്യാസം ബഹിഷ്കരിക്കാൻ ഗാന്ധിജി ആഹ്വാനം ചെയ്തു. അലിഗഢ് സർവ്വകലാശാലയിലെ ഒരുകൂട്ടം അദ്ധ്യാപകരും വിദ്യാർത്ഥികളും ഈ സമരാഹ്വാനത്തിൽ ജോലിയും വിദ്യാഭ്യാസവും ബഹിഷ്കരിച്ച് കോളനി വിരുദ്ധ സമരത്തിൽ പങ്കാളികളായി. 1920 ഒക്ടോബർ 29 ന് ജാമിയ മില്ലിയ ഇസ്ലാമിയയുടെ ശിലാസ്ഥാപനം നടന്നു. നിസ്സഹകരണപ്രസ്ഥാനവും, മാറിയ രാഷ്ട്രീയ സാഹചര്യങ്ങളും സർവ്വകലാശാലയെ വല്ലാത്തൊരു പ്രതിസന്ധിയിലേക്ക് എത്തിച്ചു.

1927 ൽ വിദേശത്തുനിന്നും സാമ്പത്തികശാസ്ത്രത്തിൽ ഡോക്ടറേറ്റ് കരസ്ഥമാക്കിയ സാക്കിർ ഹുസ്സൈൻ ഇന്ത്യയിലേക്ക് തിരിച്ചുവരികയും അടച്ചുപൂട്ടുന്ന സ്ഥിതിയിലായ ജാമിയ ഇസ്ലാമിയ സർവ്വകലാശാലയുടെ നേതൃത്വപദവിയിലേക്ക് എത്തിച്ചേരുകയും ചെയ്തു. പ്രതിമാസം നൂറ് ഇന്ത്യൻ രൂപയായിരുന്നു സാക്കിറിന്റെ ശമ്പളം. പിന്നീട് 20 വർഷം ആ സ്ഥാനത്ത് തന്നെ അദ്ദേഹം തുടർന്നു. തന്റെ നേതൃത്വ പാടവത്തിൽ ഈ സർവ്വകലാശാ‍ല ഇന്ത്യയുടെ സ്വാതന്ത്ര്യസമരകാലഘട്ടത്തിൽ വിദ്യാഭ്യാസസമ്പ്രദായത്തിന് ധാരാളം സംഭാവനകൾ നൽകി. ഈ സമയത്ത് ഇന്ത്യയിലെ മികച്ച വിദ്യാഭ്യാസവിദഗ്ദ്ധന്മാരിൽ ഒരാളായി ഹുസൈൻ അറിയപ്പെട്ടിരുന്നു. തന്റെ പ്രവർത്തനങ്ങൾക്ക് അദ്ദേഹത്തിന് തന്റെ രാഷ്ട്രീയ ശത്രുക്കളായ മുഹമ്മദ് ജിന്നയെ പോലുള്ളവരിൽ നിന്നും പോലും അഭിനന്ദനങ്ങൾ ലഭിച്ചിരുന്നു.

ജാമിയ ഇസ്ലാമിയ സർവ്വകലാശാലയുടെ നേതൃത്തിൽ ഇരിക്കുന്ന സമയത്ത് തന്നെ വിദ്യാഭ്യാസമേഖലയിൽ സമൂലമായ മാറ്റങ്ങൾക്ക് അദ്ദേഹം ശ്രമിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. ഇക്കാലഘട്ടത്തിൽ സാക്കിർ ഇന്ത്യയിലെ അറിയപ്പെടുന്ന വിദ്യാഭ്യാസവിദഗ്ദ്ധനായി അറിയപ്പെട്ടിരുന്നു. ഇന്ത്യക്ക് സ്വാതന്ത്ര്യം കിട്ടിയതിനു ശേഷം ഹുസൈൻ അലിഗഡ് മുസ്ലീം സർവ്വകലാശായയുടെ വൈസ് ചാൻസലർ ആയി സേവനമനുഷ്ഠിച്ചു. സാക്കിർ അലിഡഢിൽ ഔദ്യോഗിക ജീവിതം ആരംഭിക്കുമ്പോൾ അത് ഒരു പിളർപ്പിന്റെ പാതയിലായിരുന്നു. ഇന്ത്യാ വിഭജനത്തെത്തുടർന്ന് ഒരു വിഭാഗം അദ്ധ്യാപകരും, വിദ്യാർത്ഥികളും പുതിയ പാകിസ്താൻ എന്ന രാഷ്ട്രത്തിന്റെ പിന്തുണക്കുന്നവരായി മാറിയിരുന്നു. ഈ സമയത്ത് ഹുസ്സൈൻ സർവ്വകലാശാലയുടെ നേതൃത്വം ഏറ്റെടുക്കുകയും, രാജ്യത്തെ മുൻനിര ഉന്നത പഠന വിദ്യാലയമായി അതിനെ ഉയർത്താൻ ശ്രമം നടത്തുകയും ചെയ്തു.

ജാമിയ മില്ലിയ ഇസ്ലാമിയ
ഔദ്യോഗിക ജീവിതം
വിദേശത്തേക്ക്
ആദ്യകാലജീവിതം