2000 ലെ കോഴ വിവാദത്തിൽ ടീമിലെ ചില കളിക്കാർ  ഒത്തുകളിച്ചതിനെ തുടർന്ന് ഗാംഗുലി ക്യാപ്റ്റനായി തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു.സച്ചിന്റെ മോശം ആരോഗ്യവും മറ്റു ചില കാരണങ്ങളും ഇതിനു കാരണമായി .ക്യാപ്റ്റൻ എന്ന നിലയിൽ നന്നായി തുടങ്ങിയ ഗാംഗുലി ദക്ഷിണാഫ്രിക്കക്കെതിരായുള്ള അഞ്ച് മത്സരങ്ങളുടെ ഏകദിന പരമ്പര നേടി പിന്നീട്  2000 - ലെ ഐ.സി.സി. നോക്കൗട്ട് ട്രോഫി ഫൈനലിലേക്കീ ഇന്ത്യൻ ടീമിനെ നയിച്ചു.ഫൈനലിലടക്കം രണ്ടു സെഞ്ചുറി നേടിയെങ്കിലും നാലു വിക്കറ്റിനു ന്യൂസിലാന്റ് ജേതാക്കളായി.അതേ വർഷം, ഗാംഗുലി ഇംഗ്ലണ്ടിൽ കൗണ്ടി ക്രിക്കറ്റിൽ ഒരു കൈ നോക്കിയെങ്കിലും അത് അത്ര വിജയകരമായിരുന്നില്ല.ലങ്കാഷെയർ സഹ താരം ആൻഡ്രൂ ഫ്ലിന്റോഫ് ഗാംഗുലിയെ ചാൾസ് രാജകുമാരനോടാണ് ഉപമിച്ചത്.2001-ന്റെ തുടക്കത്തിൽ ഓസ്ട്രേലിയയുടെ ഇന്ത്യ പര്യടനത്തിൽ മൂന്ന് ടെസ്റ്റ്  അഞ്ച് ഏകദിന മത്സരങ്ങളാണ് ഉണ്ടായിരുന്നത് .ഇതിൽ നാലു മത്സരങ്ങളുടെ ടോസ് സമയത്ത് ഗാംഗുലി വൈകി എത്തി വിവാദം സൃഷ്ടിച്ചു. ഇത് ഓസ്ട്രേലിയൻ നായകൻ സ്റ്റീവ് വോയെ കുപിതനാക്കി. പിന്നീട് നാലാം ഏകദിനത്തിന്റെ ടോസ് സമയത്ത് ഗാംഗുലി പരിശീലന സമയത്ത് ധരിക്കുന്ന വസ്ത്രം ധരിച്ചെത്തിയത് കൂടുതൽ വിവാദം സൃഷ്ടിച്ചു. ക്രിക്കറ്റിൽ ടോസിംങ് സമയത്ത് ഈ വേഷം അസാധാരണമാണ്.എന്നിരുന്നാലും ഈ പരമ്പര 2-1 ന് ഇന്ത്യ നേടി.രണ്ടാം ടെസ്റ്റിലെ ഇന്ത്യയുടെ വിജയം ഓസ്ട്രേലിയയുടെ 16 ടെസ്റ്റുകളുടെ റെക്കോഡ് വിജയത്തിനാണ് തടയിട്ടത്.ഈ മത്സരത്തിൽ ഒന്നാമിന്നിംങ്ങ്സിൽ 274 റൺസ്  ലീഡ് വഴങ്ങിയ ഇന്ത്യ പരാജയം ഉറ്റുനോക്കുകയായിരുന്നതിനെ തുടർന്ന് ഫോളോ ഓൺ ചെയ്യേണ്ടി വന്ന ഇന്ത്യ വി.വി.എസ്. ലക്ഷ്മൺ (281), രാഹുൽ ദ്രാവിഡ് (180) എന്നിവരുടെ സെഞ്ചറിയുടെ ബലത്തിൽ നാലാം ദിനം മുഴുവൻ ബാറ്റ് ചെയ്ത ഇന്ത്യ ഓസ്ട്രേലിയക്കു മുന്നിൽ 384 റൺസിന്റെ വിജയലക്ഷ്യം വെക്കുന്നു. ഈ ലക്ഷ്യം നേടാൻ സാധിക്കാതിരുന്ന ഓസ്ട്രേലിയ പരാജയപ്പെട്ടു.ഇതോടെ  ഫോളോ ഓണിനു നിർബന്ധിച്ച ശേഷം തോൽവി വഴക്കുന്ന മൂന്നാമത്തെടീമായി ഓസ്ട്രേലിയ മാറി..2001 നവംബറിൽ ഗാംഗുലിയുടെ ഭാര്യ ഡോണ അവരുടെ മകൾ സന ഗാംഗുലിയ്ക്ക് ജന്മം നൽകി. 2002 ലോർഡ് വെച്ചു നടന്ന നാറ്റ് വെസ്റ്റ് സീരീസിലെ അവസാന മത്സരത്തിൽ ടീം അംഗങ്ങളായ യുവരാജ് സിംഗ്, മുഹമ്മദ് കൈഫ് തുടങ്ങിയവരുടെ ഗംഭീരമായ പ്രകടനം ഇന്ത്യയെ വിജയത്തിലേക്ക് നയിച്ചു. പവലിയനിൽ വെച്ച് തന്റെ കുപ്പായം ഊരി വീശിയാണ് ഇന്ത്യയുടെ വിജയം ഗാംഗുലി ആഘോഷിച്ചത്. പിന്നീട് ക്രിക്കറ്റിന്റെ "മാന്യൻമാരുടെ കളി" എന്ന ചിത്രം തകർത്തിനും  ലോർഡ്സിലെ പ്രോട്ടോക്കോൾ ലഘിച്ചതിനും ഗാംഗുലി ഖേദം പ്രകടിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്. ഇന്ത്യയിലെ ഒരു പര്യടനത്തിനിടയിൽ ബ്രിട്ടീഷ് താരം ആൻഡ്രൂ ഫ്ലിൻറോഫ് നടത്തിയത് താൻ അനുകരിക്കുക മാത്രമാണ് താൻ  ചെയ്തതെന്ന് അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു..2003 ലെ ക്രിക്കറ്റ്‌ വേൾഡ് കപ്പിൽ ഇന്ത്യ ഫൈനലിലെത്തി .1983 ശേഷം ആദ്യമായാണ് ഇന്ത്യ ലോകകപ്പ് ഫൈനൽ എത്തിയത് .ഫൈനലിൽ ഇന്ത്യ ഓസ്ട്രേലിയയോട് പരാജയപ്പെട്ടു. വ്യക്തിപരമായി ഗാംഗുലിയ്ക്ക് വളരെ നല്ല ഒരു ടൂർണമെന്റായിരുന്നു ഇത്. മൂന്ന് സെഞ്ചുറികൾ ഉൾപ്പെടെ 58,12 ശരാശരിയിൽ 465 റൺസാണ് ഈ വേൾഡ് കപ്പിൽ ഗാംഗുലി നേടിയത്.<ref name="SC Ganguly / One-Day Internationals / Series averages"></ref>

2004 ആയപ്പോഴേക്കും, ക്യാപ്റ്റനെന്ന നിലയിൽ ഗംഭീര വിജയം കൈവരിച്ചിട്ടുള്ള ഗാംഗുലിയെ. മാധ്യമങ്ങൾ  ഇന്ത്യയുടെ ഏറ്റവും മികച്ച ക്രിക്കറ്റ് ടീം ക്യാപ്റ്റനായി വിലയിരുത്താൻ തുടങ്ങി.എന്നിരുന്നാലും ക്യാപ്റ്റനായിരുന്ന ശേഷമുള്ള ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രകടനം മോശമായിട്ടാണ് വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നത്.പ്രത്യേകിച്ചും 2003-ലെ ലോകകപ്പിനു ശേഷം..2004 ൽ, 1969 നു ശേഷം ഓസ്ട്രേലിയ ഇന്ത്യയിൽ ആദ്യമായി ഒരു ടെസ്റ്റ് പരമ്പര സ്വന്തമാക്കി.നാഗ്പൂരിൽ നടക്കുന്ന മൂന്നാം ക്രിക്കറ്റ് ടെസ്റ്റിനിടെ പിച്ചിനെ ചൊല്ലി ഗാംഗുലി ബിസിസിഐ യുമായി അഭിപ്രായ വ്യത്യസം ഉണ്ടായി.ഗ്രൗണ്ട്സ്മെൻ ഗാംഗുലിയുടെ അഭിപ്രാത്തിനെതിരായി പുല്ലു നിറഞ്ഞ പിച്ചാണ് ഒരുക്കിയത്. ഇത് ഇന്ത്യൻ നായകനെതിരെയുള്ള ഒരു തരം പ്രതികാര നടപടിയായി വിദ്ഗ്ത്തർ വിലയിരുത്തി.താൽകാലിക നായകനായിരുന്ന ആദം ഗിൽക്രിസ്റ്റ് ടോസ്സിനായി വന്നപ്പോൾ രാഹുൽ ദ്രാവിഡിനെയാണ് കണ്ടത്.ഗാംഗുലി എവിടെയെന്ന ഗിൽക്രിസ്റ്റിന്റെ ചോദ്യത്തിനു വ്യക്തമായ മറുപടി നൽകാതിരുന്ന ദ്രാവിഡ് "ഓ ആർക്കറിയാം" എന്നാണുത്തരം നൽകിയത്.

2004 ൽ ഗാംഗുലിക്ക് പത്മശ്രീ ബഹുമതി ലഭിച്ചു. കായികരംഗത്തെ മികവുറ്റ സംഭാവനകൾ പരിഗണിച്ച് 2004 ജൂൺ 30 ന് അന്നത്തെ രാഷ്ട്രപതി ഡോ. എ. പി. ജെ. അബ്ദുൾ കലാം ആണ് പുരസ്കാരദാനം ചെയ്തത്.

2005 ഒക്ടോബറിൽ മോശമായ പ്രകടനം മൂലം ടീമിൽ നിന്നും സ്ഥാനം നഷടപ്പെട്ടു. തുടർന്ന് ദ്രാവിഡ് ഇന്ത്യൻ ക്യാപ്റ്റനായി തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു.

1972-1989: ആദ്യകാല ജീവിതവും ക്രിക്കറ്റും
കളി രീതിയും സ്വാധീനങ്ങളും
2008-2012: അന്താരാഷ്ട്ര ക്രിക്കറ്റിൽ നിന്നുള്ള വിരമിക്കൽ, ഐപിഎൽ
2000-05: നായകനായിട്ടുള്ള സ്ഥാനാരാഹോണവും വിജയവും