മതിൽക്കകത്ത് തെക്കു-പടിഞ്ഞാറെ മൂലയിലാണ് (കന്നി മൂലയിൽ) ശാസ്താക്ഷേത്രം സ്ഥിതിചെയ്യുന്നത്. കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി ജടാവൽക്കലത്തോടെ പീഠത്തിലിരിക്കുന്നതാണ് പ്രതിഷ്ഠ. വാഴപ്പള്ളി ബുദ്ധക്ഷേത്രം ആയിരുന്ന കാലത്തെ ബുദ്ധ പ്രതിഷ്ഠയാവാം ഇത്. ഇവിടുത്തെ പ്രധാന വഴിപാടുകൾ എള്ളുകിഴിയും നീരാജനവും ആണ്. മണ്ഡലകാലങ്ങളിലെ ദീപാരാധനയും ആഴിപൂജയും ഉണ്ടാകും. സാധാരണ ആഴിപൂജ ദിവസങ്ങളിൽ "വില്ലടിച്ചാംപാട്ട്" എന്ന കലാരൂപം ക്ഷേത്രത്തിൽ അരങ്ങേറാറുണ്ട്.

വിശേഷ ദിവസങ്ങൾ

ഉച്ചപൂജ
വാഴപ്പള്ളി ശാസനം
നമസ്കാരമണ്ഡപം
ശാസ്താവ്