നിറയെ വിമർശനങ്ങളും ബാബ നേരിട്ടിട്ടുണ്ട്. ഇവയിൽ മിക്കതും അദ്ദേഹത്തിന്റെ പഴയ സഹപ്രവർത്തകരിൽ നിന്നും യുക്തിവാദ ചിന്തകരിൽ നിന്നുമാണ്. പ്രധാനമായും അദ്ദേഹത്തിന്റെ 'അത്ഭുത'ങ്ങളെക്കുറിച്ചാണ് വിമർശനങ്ങളുണ്ടായിട്ടുള്ളതെങ്കിലും പീഡനം, ബലാത്സംഗം, പണം തട്ടിയെടുക്കൽ, കൊലപാതകം തുടങ്ങിയവയും അദ്ദേഹത്തിന്റെ പേരിൽ ആരോപിയ്ക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. 

1972-ൽ കേരളത്തിലെ പ്രമുഖ യുക്തിവാദ ചിന്തകനായിരുന്ന എ.ടി. കോവൂരാണ് ആദ്യമായി ബാബയ്ക്കെതിരെ ഒരു ആരോപണം ഉന്നയിച്ചത്. ആയിടെയായി ഒരു സായിഭക്തൻ സീക്കോ കമ്പനിയുടെ ഒരു വാച്ച് ബാബ അത്ഭുതത്തിലൂടെ സൃഷ്ടിച്ചെടുത്തു എന്ന് പറയുകയും, അത് വ്യാജമാണെന്ന് തെളിയുകയും ചെയ്ത സാഹചര്യത്തിൽ നിന്നാണ് കോവൂർ ഈ ആരോപണം ഉന്നയിച്ചത്. അദ്ദേഹത്തിന്റെ വാക്കുകൾ ഇപ്രകാരമായിരുന്നു: 

വിമർശനങ്ങൾ
ആദ്യകാലം
ആദ്യക്ഷേത്രവും, പുട്ടപർത്തിയുടെ വികസനവും
മസ്തിഷ്കാഘാതവും അത്ഭുതരോഗശാന്തിയും