ഷേർഷായുടെ ഭരണസംവിധാനം അക്ബർ വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു. കേന്ദ്രീകൃത ഭരണമാണു ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ കാലത്തു നിലവിലിരുന്നത്. ഏകാധിപത്യത്തിലും രാജവാഴ്ചയിലുമാണ് അക്ബർ വിശ്വസിച്ചിരുന്നത്. ചക്രവർത്തിയുടെ ആജ്ഞാനുവർത്തികളായി മന്ത്രിമാരും വകുപ്പധ്യക്ഷന്മാരും നിയമിതരായി. 'വക്കീൽ' (പ്രധാന മന്ത്രി: മേലന്വേഷണം), 'ദിവാൻ' (ധനകാര്യം), 'ബക്ഷി' (സൈനികകാര്യങ്ങൾ), 'സദർ' (മതകാര്യം) എന്നിവയ്ക്കു മന്ത്രിപ്രമുഖന്മാരും അവർക്കു പുറമേ വകുപ്പധ്യക്ഷന്മാരും അസംഖ്യം മറ്റുദ്യോഗസ്ഥന്മാരും ഭരണകാര്യങ്ങൾ നിർവഹിച്ചുവന്നു.

വിശാലമായ മതനിരപേക്ഷത അദ്ദേഹത്തെ പ്രശസ്തനാക്കി. അമുസ്ലിംകൾക്ക് ഏർപ്പെടുത്തിയിരുന്നു ജിസിയ എന്ന നികുതി അദ്ദേഹം എടുത്തുകളഞ്ഞു. നിരക്ഷരനായ മുഗൾ ചക്രവർത്തിയായി അദ്ദേഹം അറിയപ്പെടുന്നു. അദ്ദേഹം ദീൻ ഇലാഹി എന്ന മതം രൂപവത്കരിച്ചു. എല്ലാ മതവിഭാഗക്കാരെയും ഭരണകാര്യത്തിൽ പങ്കെടുപ്പിക്കുകയെന്ന നയം അക്ബർ ആവിഷ്കരിച്ചു. 'മൻസബ്ദാരി' സമ്പ്രദായത്തിലാണ് ഉദ്യോഗസ്ഥന്മാരുടെ പദവി നിശ്ചയിക്കപ്പെട്ടിരുന്നത്. കാര്യശേഷിക്കനുസരിച്ച് പദവി ഉയർത്തുകയെന്ന ചക്രവർത്തിയുടെ നയം ഭരണകൂടത്തിന്റെ കഴിവ് വർദ്ധിപ്പിച്ചു. 

രാഷ്ട്രീയവും സൈനികവുമായ കാര്യങ്ങൾ വഹിക്കുന്ന ഒരു സുബേദാറുടെ മേൽനോട്ടത്തിലുള്ള സുബാ എന്നു വിളിച്ചിരുന്ന പ്രവിശ്യകളായി സാമ്രാജ്യം വിഭജിച്ചിരുന്നു. ഓരോ സുബാകൾക്കും സാമ്പത്തികകാര്യങ്ങൾ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിന്‌ ദിവാൻ എന്ന ഒരു ഉദ്യോഗസ്ഥനും ഉണ്ടായിരുന്നു. സുബാകളിലെ ക്രമസമാധാന നില കാത്തു സൂക്ഷിക്കുന്നതിന്‌ സുബേദാർമാരെ സഹായിക്കുന്നതിന്‌ മറ്റു ഉദ്യോഗസ്ഥരുമുണ്ടായിരുന്നു. ബക്ഷി എന്നു വിളിക്കുന്ന സൈനിക ധനകാര്യസ്ഥന് മതപരവും സാമൂഹികവുമായ കാര്യങ്ങൾക്കുള്ള സദ്‌ർ എന്നു വിളിക്കുന്ന മന്ത്രിയും ഫൗജ്ദാർ എന്ന സൈന്യാധിപരും കോത്വാൽ എന്ന നഗര കാവൽസേനാനായകരും ഈ ഉദ്യോഗസ്ഥരിൽ പെടുന്നു.

1570-ൽ ഫത്തേപ്പൂർ സിക്രിയിലായിരുന്നപ്പോൾ അക്ബർ വിവിധ മതസ്ഥരുമായി ചർച്ചകൾ നടത്തിയിരുന്നു. ഇബാദത് ഖാനയിൽ വച്ചാണ്‌ ഈ ചർച്ചകൾ നടന്നിരുന്നത്. 'സുൾഫ് ഇ കുൽ' എന്ന വിശ്വശാന്തി ആശയം അദ്ദേഹത്തിൽ ഉടലെടുക്കുന്നതിന്‌ സഹായകമായി. തന്റെ സാമ്രാജ്യത്തിലെ വിവിധ മതങ്ങളിൽ വിശ്വസിക്കുന്ന ജനങ്ങളെ വേർതിരിച്ചു കാണാതിരിക്കുന്നതിനും, പകരം നീതി, സമാധാനം എന്നിവയിലധിഷ്ഠിതമായ ഭരണം കെട്ടിപ്പടുക്കുന്നതിനും ഇത് അദ്ദേഹത്തെ സഹായിച്ചു. 'സുൾഫ് ഇ കുൽ' അടിസ്ഥാനമാക്കിയ ഭരണവീക്ഷണം രൂപപ്പെടുത്തുന്നതിന്‌ അബുൾ ഫസലും അക്ബറിന്റെ കാര്യമായി സഹായിച്ചു. തുടർന്നു വന്ന ജഹാംഗീറും ഷാ ജഹാനും അക്ബറുടെ ഇതേ ഭരണരീതികൾ തന്നെയാണ്‌ പിന്തുടർന്നിരുന്നത്.

അക്ബർ നടപ്പാക്കി ഭരണനടപടികൾ അബുൾ ഫസൽ എഴുതിയ അക്ബർനാമയിൽ വിശദമായി പ്രതിപാദിച്ചിട്ടുണ്ട്. പ്രത്യേകിച്ചും അതിന്റെ അവസാന വാല്യമായ 'ഐൻ ഇ അക്ബരി'യിൽ. 

വടക്കുപടിഞ്ഞാറൻ മേഖലയിലെ സൈനികനീക്കങ്ങൾ
നാണയം
ഭരണം
അക്ബറുടെ മതം