ദോസ്ത് മുഹമ്മദ് ഖാന് 27 മക്കളുണ്ടായിരുന്നു. ഇതിൽ പ്രധാനികളായ മൂന്നു പേർ‍, അതായത് മുഹമ്മദ് അക്ബർ ഖാന്‍, ഗുലാം ഹൈദർ ഖാൻ‍, മുഹമ്മദ് അക്രം ഖാൻ എന്നിവർ യഥാക്രമം 1847, 1858, 1852 എന്നീ വർഷങ്ങളിൽ, മരണമടഞ്ഞതിനു ശേഷം അദ്ദേഹം തന്റെ ഇളയ പുത്രൻമാരിലൊരാളായ ഷേർ അലി ഖാനെയാണ് പിൻ‌ഗാമിയായി പ്രഖ്യാപിച്ചിരുന്നത്. ദോസ്ത് മുഹമ്മദിന്റെ പ്രിയ്യപ്പെട്ട ഭാര്യയും ദുറാനി കുടുംബാംഗവുമായിരുന്ന ബീബി ഖദീജയുടെ പുത്രനായിരുന്നു ഷേർ അലി. തന്റെ പിതാവിന്റെ മരണശേഷം ഷേർ അലി, അമീർ ആയി ചുമതലയേറ്റു.

തുടക്കത്തിൽത്തന്നെ തന്റെ മൂത്ത അർദ്ധസഹോദരന്മാരിൽ നിന്നും ഷേർ അലിക്ക് വെല്ലുവിളികൾ നേരിടേണ്ടി വന്നു. ദോസ്ത് മുഹമ്മദിന്റെ പുത്രന്മാരിൽ മൂത്തവനായ മുഹമ്മദ് അഫ്സൽ ഖാന്റെ പുത്രൻ അബ്ദ് അൽ റഹ്മാൻ ഖാൻ 1866-ൽ ഷേർ അലിയെ പരാജയപ്പെടുത്തുകയും തന്റെ പിതാവിനെ അമീർ ആയി വാഴിക്കുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ മുഹമ്മദ് അഫ്സൽ ഖാന്റെ ഭരണം വളരെ ചുരുങ്ങിയ കാലം മാത്രമേ നീണ്ടു നിന്നുള്ളൂ. 1867 ഒക്ടോബർ 7-ന് അദ്ദേഃഅം മരണമടയുകയും സഹോദരൻ മുഹമ്മദ് അസം ഖാൻ അധികാരത്തിലേറുകയും ചെയ്തു.

1869 ജനുവരി മാസത്തിൽ ഷേർ അലിയും അയാളുടെ പുത്രനായ യാക്കൂബ് ഖാനും ചേർന്ന് ബ്രിട്ടീഷുകാരുടെ സാമ്പത്തികസഹായത്തോടെ കാബൂൾ പിടിച്ചെടുത്തു. തുടർന്ന് ഇറാനിലേക്ക് പലായനം ചെയ്ത മുഹമ്മദ് അസംഖാൻ ഇതേ വർഷം ഒക്ടോബറിൽ അവിടെ വച്ച് മരനമടഞ്ഞു. അബ്ദ് അൽ റഹ്മാനാകട്ടെ, വടക്കൻ അഫ്ഗാനിസ്താനിലെ മസാർ ഇ ഷറീഫിലേക്കും അവിടെ നിന്ന്‌ താഷ്കണ്ടീലേക്കും പലായനം ചെയ്തു.

പഷ്തൂൺ ഭരണാധികാരികളിൽ കാര്യക്ഷമമായ ഭരണം കാഴ്ചവച്ച ഒരു ഭരണാധികാരിയായിരുന്നു ഷേർ അലി ഖാൻ, ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ കാലത്ത് രാജ്യത്ത് നിരവധി സാമ്പത്തിക, സാമൂഹികപരിഷ്കാരങ്ങൾ നടപ്പിലാക്കി.

1870-കളിൽ ബ്രിട്ടീഷ് റഷ്യൻ സാമ്രാജ്യങ്ങൾക്കിടയിലെ വൻ‌കളി മൂർദ്ധന്യാവസ്ഥയിലെത്തി. ഒരു റഷ്യൻ ദൂതനെ സ്വീകരിച്ചതിന്റെ പേരിൽ ബ്രിട്ടീഷുകാർ 1878-ൽ അഫ്ഗാനിസ്താൻ ആക്രമിക്കുകയും കാബൂൾ പിടിച്ചടക്കുകയും ചെയ്തു. വടക്കോട്ട് പലായനം ചെയ്ത ഷേർ അലി 1879-ൽ ബൽഖിൽ വച്ച് മരണമടയുകയും ചെയ്തു.

ഷേർ അലി ഖാന്റെ വിമതനായ പുത്രൻ, മുഹമ്മദ് യാക്കൂബ് ഖാനെ, തടവിൽ നിന്നും മോചിപ്പിച്ച് ബ്രിട്ടീഷുകാർ രാജാവാക്കി. യാക്കൂബ് ഖാൻ ബ്രിട്ടീഷുകാരുമായി ഗന്ദാമാക്ക് സന്ധി എന്നറിയപ്പെടുന്ന ഒരു സന്ധിയിലൊപ്പുവക്കുകയും ചെയ്തു. 1879 മേയ് 26-നാണ് ഈ കരാർ ഒപ്പുവക്കപ്പെട്ടത്. ഈ സന്ധിയിലൂടെ അഫ്ഗാനിസ്താന്റെ വിദേശനയം ബ്രിട്ടീഷ് മേൽക്കോയ്മക്ക് കീഴിലായി. സന്ധിയിലെ വ്യവസ്ഥപ്രകാരം ബ്രിട്ടീഷുകാർ കാബൂളിൽ സ്ഥിരം സൈനികത്താവളം ആരംഭിച്ചെങ്കിലും സന്ധിക്കെതിരെയുള്ള ജനക്ഷോഭം മൂലം ബ്രിട്ടീഷുകാർക്ക് തിരിച്ചടികൾ നേരിട്ടു. തുടർന്ന് ഭരണം ബ്രിട്ടീഷുകാർ നേരിട്ട് ഏറ്റെടുക്കുകയും മുഹമ്മദ് യാക്കൂബ് ഖാൻ ഇന്ത്യയിലേക്ക് പലായനം ചെയ്യുകയും ചെയ്തു.

ബാരക്സായ് വംശം
ഷേർ അലി ഖാൻ
അബ്ദുർറഹ്മാൻ ഖാൻ
ദോസ്ത് മുഹമ്മദ് ഖാൻ