ആദ്യകാലത്ത്, ചുടുകട്ട കൊണ്ട് നിർമ്മിക്കപ്പെട്ടിരുന്ന ഈ കോട്ട, സികർവാർ ഗോത്രത്തിന്റെ അധീനതയിലായിരുന്നു. 1080-ആമാണ്ടിൽ ഗസ്നവികൾ ഇത് പിടിച്ചെടുത്തു എന്നതാണ് കോട്ടയെക്കുറിച്ചുള്ള ആദ്യചരിത്രപരാമർശം. ദില്ലി സുൽത്താനായിരുന്ന സിക്കന്ദർ ലോധി (1487–1517), ആഗ്രയിലേക്ക് തലസ്ഥാനം മാറ്റുകയും ഈ കോട്ടയിൽ നിന്നും ഭരണം നടത്തുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. ഇക്കാലത്ത് ആഗ്രക്ക് ഒരു രണ്ടാംതലസ്ഥാനം എന്ന പദവി കൈവന്നു. 1517-ൽ സിക്കന്ദർ ലോധി മരണമടഞ്ഞതും ഈ കോട്ടയിൽ വച്ചായിരുന്നു. 1526-ലെ ഒന്നാം പാനിപ്പത്ത് യുദ്ധത്തിൽ തോൽപ്പിക്കപ്പെടുന്നവരെ സിക്കന്ദറിന്റെ പുത്രനായ ഇബ്രാഹിം ലോധി, കോട്ടയുടെ നിയന്ത്രണം നിലനിർത്തിയിരുന്നു. ഇക്കാലത്ത് നിരവധി കൊട്ടാരങ്ങളും, കുളങ്ങളും, പള്ളികളും അദ്ദേഹം ഈ കോട്ടക്കകത്ത് പണികഴിപ്പിച്ചിരുന്നു.

പാനിപ്പത്ത് യുദ്ധത്തിലെ വിജയത്തിനു ശേഷം, മുഗളർ ഈ കോട്ടയും ഇവിടത്തെ വൻസമ്പത്തും പിടിച്ചടക്കി. കോഹിനൂർ രത്നവും ഇക്കൂട്ടത്തിലുണ്ടായിരുന്നു. തുടർന്ന് മുഗൾ ചക്രവർത്തി ബാബർ ഈ കോട്ടയിലായിരുന്നു വസിച്ചത്. ബാബറുടെ മരണശേഷം 1530-ൽ ഹുമയൂൺ ചക്രവർത്തിയായതും ഇതേ കോട്ടയിൽവച്ചാണ്. 1540-ൽ ഹുമയൂണിനെ പരാജയപ്പെടുത്തിയ പഷ്തൂൺ നേതാവായ ഷേർഷാ സൂരി തുടർന്നുള്ള അഞ്ചു വർഷക്കാലം കോട്ട നിയന്ത്രണത്തിലാക്കി. 1556-ൽ ഹുമയൂൺ പഷ്തൂണുകളെ തോൽപ്പിച്ചതോടെ ആഗ്ര കോട്ട വീണ്ടും മുഗളരുടെ പക്കൽ തിരിച്ചെത്തി.
1558-ൽ അക്ബർ, ആഗ്രയെ സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ തലസ്ഥാനമാക്കുകയും ഈ കോട്ടയിൽ വസിക്കാനാരംഭിക്കുകയും ചെയ്തു. ഇഷ്ടികയാൽ നിർമ്മിക്കപ്പെട്ടിരുന്ന ഈ കോട്ട, അന്ന് ബാദൽഗഢ് എന്നായിരുന്നു അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത് എന്ന് അക്ബറൂടെ കാലത്തെ ചരിത്രകാരനായിരുന്ന അബുൾ ഫസൽ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. 1565-ലാണ് അക്ബർ ഇവിടത്തെ പുതിയ കോട്ടയുടെ നിർമ്മാണപ്രവർത്തനങ്ങൾ ആരംഭിച്ചത്. നാശോന്മുഖമായിരുന്ന ഈ കോട്ട, രാജസ്ഥാനിലെ ബറൗലിയിൽ നിന്നും എത്തിച്ച ചുവന്ന മണൽക്കല്ലുപയോഗിച്ച്, അക്ബർ പുതുക്കിപ്പണിഞ്ഞു. കോട്ടമതിലുകളുടെ ഉൾവശം, ഇഷ്ടികകൊണ്ടും, പുറംഭാഗം മണൽക്കലുകൊണ്ടുമാണ് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്. ഏകദേശം 2000 കൽ‌വെട്ടുകാരും, 2000 ചുണ്ണാമ്പുകൂട്ടുകാരും 8000-ത്തോളം മറ്റു തൊഴിലാളികളും ഈ കോട്ടയുടെ നിർമ്മാണത്തിൽ പങ്കാളികളായി. എട്ടുവർഷത്തോളമെടുത്ത് 1573-ൽ ഈ കോട്ടയുടെ പണി പൂർത്തിയായി.

അക്ബറുടെ പൗത്രനായ ഷാജഹാന്റെ ഭരണകാലത്താണ് കോട്ടക്ക് ഇന്നത്തെ രൂപം കൈവരുന്നത്. തന്റെ മുത്തച്ഛനിൽ നിന്നും വ്യത്യസ്തമായി ഷാജഹാൻ, ഇവിടെ നിർമ്മിച്ച കെട്ടിടങ്ങളെല്ലാം വെണ്ണക്കല്ലുകൊണ്ടുള്ളതായിരുന്നു. കെട്ടിടങ്ങളിൽ സ്വർണ്ണത്തിന്റേയും ഇടത്തരം വിലപിടിപ്പുള്ള കല്ലുകളുടെയും ഉപയോഗം ഈ കാലഘട്ടത്തിലെ പ്രത്യേകതയാണ്. നിലവിലുണ്ടായിരുന്ന പല കെട്ടിടങ്ങളും ഇടിച്ചുനിരത്തിയാണ് ഷാജഹാൻ തന്റെ കെട്ടിടങ്ങൾ‌ പണിഞ്ഞത്. ഷാജഹാന്റെ ജീവിതാന്ത്യത്തിൽ, അദ്ദേഹത്തിന്റെ പുത്രനായ ഔറംഗസേബ് അദ്ദേഹത്തെ ഈ കോട്ടയിൽ തടവിലാക്കി. മുഗളർക്കു ശേഷം, കോട്ട ബ്രിട്ടീഷുകാരുടെ നിയന്ത്രണത്തിലായി. ബ്രിട്ടീഷ് ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യാക്കമ്പനിയുടെ ഇന്ത്യയിലെ ഭരണത്തിന് അറുതി വരുത്തിയ ശിപായിലഹളസമയത്ത് ഈ കോട്ട ഒരു യുദ്ധവേദിയായിരുന്നു. 

ഇന്ന് കോട്ടയുടെ കുറേ ഭാഗം ഇന്ത്യൻ സൈന്യത്തിന്റെ നിയന്ത്രണത്തിലാണ്. മുഗൾകാല കെട്ടിടങ്ങൾ അടങ്ങുന്ന തെക്കുകിഴക്കേ മൂല, ആർക്കിയോളജിക്കൽ സർവേ ഓഫ് ഇന്ത്യയുടെ കൈവശമാണ്. ഈ ഭാഗം സന്ദർശകർക്കായി തുറന്നുകൊടുത്തിട്ടുമുണ്ട്.

ചരിത്രം
കോട്ടയുടെ ഭാഗങ്ങൾ
ജഹാംഗീറിന്റെ സിംഹാസനം
ദിവാൻ-ഇ ഖാസ്