മതിലകം രേഖകളിൽ പരാമർശിയ്ക്കുന്ന ഐതിഹ്യപ്രകാരം ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രം തുളുസന്ന്യാസിയായ ദിവാകരമുനിയാൽ കലിയുഗാരംഭത്തിൽ 900-കളിൽ പ്രതിഷ്ഠിതമായതാണ്‌. ദിവാകരമുനി വിഷ്ണുപദം പ്രാപിക്കുന്നതിനായി കഠിനതപസ്സനുഷ്ഠിക്കുകയും, തപസ്സിൽ സന്തുഷ്ടനായ മഹാവിഷ്ണു ബാലരൂപത്തിൽ പ്രത്യക്ഷപ്പെടുകയും ചെയ്തു. ആ ശിശുവിനെ കണ്ട്‌ മുനി സന്തുഷ്ടനായി. തന്റെ പൂജാവേളയിൽ ആ ദിവ്യകുമാരന്റെ ദർശനം തനിയ്ക്ക്‌ നിത്യവും ലഭ്യമാകണമെന്ന്‌ മുനി പ്രാർഥിച്ചു. തന്നോട്‌ അപ്രിയമായി പ്രവർത്തിയ്ക്കുന്നതു വരെ താൻ ഉണ്ടാകുമെന്ന്‌ ബാലൻ സമ്മതിക്കുകയും ചെയ്തു. പലപ്പോഴും മുനിയുടെ മുന്നിൽ ബാലൻ വികൃതി പ്രകടിപ്പിയ്ക്കുമായിരുന്നു. ക്രമേണ അത്‌ അനിയന്ത്രിതമായി. മുനി ധ്യാനനിരതനായിരിക്കവെ മഹാവിഷ്ണുവിന്റെ പ്രതീകമായി പൂജിച്ചിരുന്ന സാളഗ്രാമം ബാലൻ വായ്ക്കുള്ളിലാക്കി. സാളഗ്രാമം അശുദ്ധമാക്കിയതിൽ രോഷാകുലനായ മുനി ഇടതുകൈ കൊണ്ട്‌ ബാലനെ തള്ളിമാറ്റി. കുണ്ഠിതപ്പെട്ട ബാലൻ ഇനിയെന്നെ കാണണമെങ്കിൽ അനന്തൻകാട്ടിൽ വരണം എന്നുരുവിട്ട്‌ അപ്രത്യക്ഷനായി എന്നു ഐതിഹ്യം. ബാലന്റെ വേർപിരിയലിൽ ദുഃഖിതനായ മുനി ബാലനെ കാണാൻ അനന്തൻകാട് തേടി യാത്ര തുടർന്നു. ദിവാകരമുനിയല്ല വില്വമംഗലമായിരുന്നു അനന്തങ്കാട്ടിൽ വന്നതെന്നും ദർശനം അദ്ദേഹത്തിനാണു ലഭിച്ചതെന്നുമുള്ള മറ്റൊരു ഐതിഹ്യം കൂടി പ്രചാരത്തിലുണ്ട്. ഒരിക്കൽ ഗുരുവായൂരപ്പന് വില്വമംഗലം സ്വാമിയാർ ശംഖാഭിഷേകം നടത്തുകയായിരുന്നു. അപ്പോൾ ഭഗവാൻ വന്ന് അദ്ദേഹത്തിന്റെ കണ്ണുകൽ പൊത്തിപ്പിടിച്ചു. ദേഷ്യം വന്ന വില്വമംഗലം ഇതിനെതിരെ പറഞ്ഞപ്പോൽ ഭഗവാൻ അനന്തൻകാട്ടിലേക്കുപോയി. അനന്തൻകാട് എവിടെയാണെന്നറിയാത്ത വില്വമംഗലം അവിടം തപ്പിനടന്നു. അതിനിടെയിൽ തൃപ്രയാറിലെത്തിയപ്പോൾ ഭഗവാൻ അത് ശുചീന്ദ്രം സ്ഥാണുമാലയപ്പെരുമാളുടെ ജടയാണെന്ന് അദ്ദേഹത്തോട് പറഞ്ഞു. 

ദിവാകരമുനിയാണോ വില്വമംഗലമാണോ എന്നു വിഭിന്നാഭിപ്രായം ഉണ്ടങ്കിലും ഒരു പുലയസ്ത്രീയുടെ സാന്നിധ്യം രണ്ടു കഥകളിലും പറയുന്നുണ്ട്. മുനിയുടെ അനന്തൻകാട് തേടിയുള്ള യാത്രയ്ക്കിടയിലെ വിശ്രമവേളയിൽ ഒരു പുലയസ്ത്രീ തന്റെ വികൃതിയായ കുഞ്ഞിനെ ശാസിയ്ക്കുന്നതു കാണാൻ ഇടവന്നു. "ഞാൻ നിന്നെ അനന്തൻകാട്ടിലേയ്ക്ക്‌ വലിച്ചെറിയും" എന്ന സ്ത്രീയുടെ വാക്കുകൾ അദ്ദേഹം ശ്രദ്ധിച്ചു. മുനി പുലയസ്ത്രീയേയും കൂട്ടി അനന്തൻകാട്ടിലേക്ക്‌ പോകുകയും, അവിടെ അനന്തശയനത്തിൽ സാക്ഷാൽ പത്മനാഭസ്വാമി പള്ളികൊള്ളുന്ന ദൃശ്യം ദർശനം ലഭിയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. മുനി പിന്നീട്‌ ഭഗവദ്ദർശനത്തിനായി അവിടെ തപസ്സനുഷ്ഠിച്ചു. അധികം വൈകിയില്ല. അവിടെയുണ്ടായിരുന്ന വൻവൃക്ഷം കടപുഴകി വീഴുകയും, മഹാവിഷ്ണു അനന്തശായിയായി മുനിയ്കകു മുന്നിൽ പ്രത്യക്ഷപ്പെടുകയും ചെയ്തു. ഭഗവാന്റെ ശിരസ്‌ തിരുവല്ലത്തും, പാദങ്ങൾ തൃപ്പാപ്പൂരും, ഉരോഭാഗം തിരുവനന്തപുരത്തുമായി കാണപ്പെട്ടു. ഇന്ന് മൂന്നിടത്തും ക്ഷേത്രങ്ങളുണ്ട്. ഭഗവദ്സ്വരൂപം പൂർണമായും ദർശിക്കുവാൻ കഴിയാത്തവണ്ണം വലിപ്പമുള്ളതായിരുന്നുവത്രേ. തന്റെ കൈവശമുണ്ടായിരുന്ന യോഗദണ്ഡിന്റെ മൂന്നിരട്ടി നീളമായി ഭഗവത്സ്വരൂപം ദർശിക്കാനാകണമെന്ന്‌ പ്രാർഥിച്ചു. ആ പ്രാർഥന ഫലിച്ചതിനാൽ, ഇന്നുകാണുന്ന രൂപത്തിൽ ദർശനം കിട്ടിയെന്നു ഐതിഹ്യം പറയുന്നു.. മുനി ഭക്ത്യാദരപൂർവം ഭഗവാനെ വന്ദിക്കുകയും പൂജാദി കർമങ്ങൾ ആരംഭിക്കുകയും ചെയ്തു. കാസർഗോഡ് ജില്ലയിലുള്ള അനന്തപുര തടാകക്ഷേത്രം ആണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ മൂലസ്ഥാനം എന്ന് കരുതുന്നവരുണ്ട്.

ബി നിലവറയും ശ്രീബലരാമനും
ക്ഷേത്രോത്പത്തി
പുനഃനിർമ്മാണം
നിത്യ പൂജകൾ