ആറുമാസ കാലം നീണ്ടു നിന്ന വിപ്ലവ ഭരണത്തിൽ ഒരാഴ്ചയാണ് ആലി മുസ്ലിയാരുടെ ഭരണ കാലയളവെങ്കിലും ബ്രിട്ടീഷ് രേഖകളിൽ ഒരു മാസം വരെ ആലി മുസ്ലിയാർ പ്രദേശത്തു ഭരണം നടത്തിയതായി പറയപ്പെടുന്നു . ഇതിനിടെ കെ.പി. കേശവമേനോൻ, മുഹമ്മദ് അബ്ദുറഹ്മാൻ സാഹിബ്, കെ.എം. മൗലവി സാഹിബ്, കെ.വി ഗോപാലകൃഷ്ണ മേനോൻ, പൊൻമാടത്തു മൊയ്തീൻ കോയ, കൊടുങ്ങല്ലൂർ ശേഖരമേനോൻ, ഇ. മൊയ്തീൻ മൗലവി, യു. ഗോപാലമേനോൻ, മാണിക്യത്ത് ഗോപാലമേനോൻ, കെ. മാധവമേനോൻ, ടി.വി ചന്തുക്കുട്ടി നായർ, എ.പി. മൊയ്തീൻ കോയ മധുരവനം ഗോവിന്ദക്കുറുപ്പ് തുടങ്ങിയവരുടെ നേതൃത്വത്തിൽ കോൺഗ്രസ് പ്രതിനിധി സംഘം ആലി മുസ്ലിയാരെ സന്ദർശിക്കുകയും ബ്രിട്ടീഷ് സർക്കാരിന് മുന്നിൽ കീഴടങ്ങാനാവിശ്യപ്പെടുകയും ചെയ്തു . മുസ്‌ലിയാർ ഒന്നും പ്രതികരിച്ചില്ലെങ്കിലും ലവക്കുട്ടി, കുഞ്ഞലവി, ചെമ്പ്രശ്ശേരി തങ്ങൾ, വാരിയൻ കുന്നൻ എന്നിവർ ആ നിർദ്ദേശം തള്ളി കളഞ്ഞു. 
രജിസ്ട്രാർ എ പി കരുണാകര മേനോൻ ഗർഭിണിയായ തൻറെ ഭാര്യയും കുട്ടികളും ലഹള ബാധിത പ്രദേശത്ത് കുടുങ്ങിയിരിക്കുകയാണെന്നും പട്ടാളവും ലഹളക്കാരും തമ്മിൽ ഏറ്റുമുട്ടൽ നടക്കുന്നതിനാൽ തനിക്ക് അവിടം പോകാൻ കഴിയുന്നില്ലെന്നുമുള്ള സങ്കടം മുസ്ലിയാരുമായി പങ്ക് വെച്ചു. ലവക്കുട്ടിയെയും സംഘത്തെയും അയച്ചു മേനോൻറെ ഭാര്യയേയും മക്കളെയും മഞ്ചക്കിൽ താങ്ങിയെടുത്ത് അവരുടെ ബന്ധു ഗൃഹത്തിലേക്ക് മുസ്‌ലിയാർ എത്തിച്ചു നൽകി. 

ബാംഗ്ലൂരിൽ നിന്ന് കൂടുതൽ പട്ടാളമെത്തുകയും കോഴിക്കോട് ,തിരൂർ, മലപ്പുറം എന്നീ സ്ഥലങ്ങൾ കേന്ദ്രീകരിച്ചു തിരൂരങ്ങാടിയിലേക്കു സൈനിക നീക്കം നടത്തുകയും ചെയ്തു .ബ്രിട്ടീഷ് പട്ടാളത്തിന്റെ ആക്രമണങ്ങളിൽ നിന്നും രക്ഷപ്പെടുന്നതിനുവേണ്ടി ഖിലാഫത്ത് അനുകൂലികൾ കലുങ്കുകൾ തകർത്തും മരങ്ങൾ മുറിച്ചിട്ടു മാർഗതടസ്സമുണ്ടാക്കിയെങ്കിലും ഫലം കണ്ടില്ല .

1921 ആഗസ്റ്റ് 30 ാം തിയ്യതി അസ്തമയയത്തോടെ അത്യാധുനിക ആയുധ സജ്ജരായ ഒരു വൻസേനാ വ്യൂഹം തിരൂരങ്ങാടി കിഴക്കേ പള്ളി വളഞ്ഞു. ഇൻസ്‌പെക്ടർ ജനറൽ ആർമിറ്റേജ്, പോലീസ് സൂപ്രണ്ട് ഹിച്ച് കോക്ക്, ഡെപ്യൂട്ടി സൂപ്രണ്ട് ആമു സാഹിബ്, ലഫ്റ്റനൻറ് റാഡ് ക്ലിഫ് എന്നിവർ നേതൃത്വം നൽകിയ പോലീസ് സൈനിക ബറ്റാലിയനുകൾ, മേജർ ഹോപ് നയിച്ച രണ്ട് ബറ്റാലിയൻ ഡോർസെറ്റ് റെജിമെൻറ്, കേണൽ ഹംഫ്രിയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ ഉള്ള സൈനിക സംഘം എന്നിവയുൾപ്പെടെ സംയുക്ത ഓപ്പറേഷനായിരുന്നു അത്. 
പള്ളിയുടെ മുകളിലത്തെ നിലയിൽ ആലി മുസ്ലിയാരും നൂറോളം അനുയായികളും ഉണ്ടായിരുന്നു. വെള്ളക്കൊടി പിടിച്ചു കീഴടങ്ങാൽ മുസ്ലിയാരോട് സൈന്യം ആവശ്യപ്പെട്ടു. രാവിലെ മറുപടി നൽകാമെന്ന് പള്ളിയിൽ നിന്നും അറിയിപ്പുണ്ടായി. പള്ളിക്കും ചുറ്റും പീരങ്കികൾ സ്ഥാപിച്ചു സൈന്യം കാത്തിരുന്നു. ഹദ്ദാദ് റാത്തീബ് ചൊല്ലി ചീരണി വിളമ്പി മുസ്ലിയാരും കൂട്ടരും പ്രാർത്ഥന നടത്തി. പ്രഭാത നമസ്കാരത്തോടെ സൈന്യം വെടിവെക്കുകയും പള്ളിയിൽ ഉള്ളവർ കീഴടങ്ങാൻ കൂട്ടാക്കാതെ പ്രത്യാക്രമണം നടത്തുകയും ചെയ്തു. വൈകുന്നേരം വരെ പോരാട്ടം നീണ്ടു നിന്നു ഇതോടെ ക്ഷമ കേട്ട സൈന്യം പീരങ്കികൾ ഉപയോഗിച്ച് പള്ളി തകർക്കുമെന്ന് മുന്നറിയിപ്പ് നൽകി. പള്ളി തകരുന്നത് ഒഴിവാക്കാൻ ആലിമുസ്ലിയാരടക്കം 38 പേർ പട്ടാളത്തിന് മുന്നിൽ കീഴടങ്ങി. 24 മാപ്പിളമാർ കൊല്ലപ്പെട്ട കിഴക്കേ പള്ളി വെടിവെപ്പിൽ ബ്രിട്ടീഷ് സൈനികരിൽ എത്രപേർ മരിച്ചുവെന്ന് വ്യക്തമല്ല. ആക്രമണങ്ങൾ ഉണ്ടാകുമെന്ന ഭീതിയിൽ അറസ്റ്റിലായവരെ ഉടനെ തന്നെ കോഴിക്കോട്ടേക്ക് കൊണ്ട് പോയി. ആലിമുസ്ലിയാരെ കോഴിക്കോട്ടുവെച്ച് സ്പെഷ്യൽ ട്രൈബ്യൂണൽ വിചാരണ നടത്തി. ബ്രിട്ടീഷ് ചക്രവർത്തിക്കെതിരായി യുദ്ധത്തിലേർപ്പെട്ടു വെന്നതായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിൽ ആരോപിക്കപ്പെട്ട കുറ്റം. വിചാരണയെ നിസ്സംഗതയോടെ നേരിട്ട മുസ്ലിയാരും കൂട്ടരും സർക്കാർ നൽകിയ ബാലകൃഷ്ണ മേനോൻ എന്ന അഭിഭാഷകനെ നിരാകരിച്ചു. നവംബർ 2 തിയ്യതി ജെ ഡബ്ള്യു ഹ്യോഗസ്റ്റിന്റെ കീഴിലുള്ള പാനൽ അദ്ദേഹമടക്കം പത്തു പേരെ വധശിക്ഷക്ക് വിധിച്ചു, ബാക്കിയുള്ളവരെ നാടുകടത്തി. . 

ബാക്കിയുള്ള ഖിലാഫത് പ്രവർത്തകരിൽ ലവക്കുട്ടി പരിക്ക് കാരണം മരണപ്പെട്ടു. കുഞ്ഞലവിയാകട്ടെ വലിയോറയിൽ നടന്ന പോരാട്ടത്തിൽ രക്തസാക്ഷിത്വം വരിച്ചു. സീതിക്കോയ തങ്ങളും, വാരിയംകുന്നത്ത് കുഞ്ഞഹമ്മദ് ഹാജിയും, ചെമ്പ്രശ്ശേരി തങ്ങളും,കൊന്നാര തങ്ങളും പിടിയിലായി. ഇവരെ വിചാരണ ചെയ്തു പരസ്യമായി വെടിവെച്ചുകൊന്നു. ഏറനാട്, വള്ളുവനാട്, പൊന്നാനി, കോഴിക്കോട് എന്നീ താലൂക്കുകളിലെ 110 ഗ്രാമങ്ങളിൽ സൈന്യം തേർവാഴ്ച നടത്തി. പന്തീരായിരത്തോളം മാപ്പിളമാർ ഈ സൈനിക നീക്കത്തിൽ കൊലചെയ്യപ്പെട്ടു. ആയിരകണക്കിന് ആളുകളെ ആന്തമാൻ ദ്വീപുകളിലേക്ക് നാടുകടത്തി. എണ്ണമറ്റ മാപ്പിളമാർ ജയിൽവാസത്തിന് വിധേയരായി. യുദ്ധച്ചെലവ് ഈടാക്കുന്നതിന് വേണ്ടി സർക്കാർ മാപ്പിളമാർക്ക് കൂട്ടപ്പിഴയിട്ടു.

വധശിക്ഷയ്ക്ക് വിധിച്ച ആലി മുസ്ലിയാരെ കോയമ്പത്തൂരിലേക്ക് കൊണ്ട് പോയി. ജനക്കൂട്ടത്തിന്റെ ആക്രമണം ചെറുക്കാനും, പുണ്യാളനായ മുസ്ലിയാരുടെ ഖബറിടം തീർത്ഥാടന കേന്ദ്രമാകുന്നത് ഒഴിവാക്കാനുമായിരുന്നു അത്.

1922 ഫെബ്രുവരി 2 പുലർച്ചെ കോയമ്പത്തൂർ സെൻട്രൽ ജയിലിൽ വെച്ച് ആലി മുസ്ല്യാരെയും പന്ത്രണ്ട് അനുയായകളെയും തൂക്കിലേറ്റി. തൂക്കിലേറ്റുന്നതിനു തൊട്ടു മുൻപാണ് മുസ്ലിയാരെ അധികാരികൾ വിവരമറിയിച്ചത്. മന്ദഹാസത്തോടെ തലകുലുക്കിയ മുസ്‌ലിയാർ വുളു എടുക്കാൻ വെള്ളം ആവിശ്യപ്പെടുകയും നമസ്കരിക്കുകയും ചെയ്തു. തുടർന്ന് വധ ശിക്ഷ നടപ്പാക്കി. 
ഒരു വിഭാഗം ചരിത്രകാരന്മാർ പ്രദേശവാസികളെ ഉദ്ധരിച്ചു രേഖപ്പെടുത്തിയത് മുസ്‌ലിയാർ ദൈവത്തിന് സാഷ്ടാംഗം ചെയ്യുമ്പോഴാണ് മരണപ്പെട്ടതെന്നും പക തീർക്കുവാനായി മൃതദേഹത്തെയാണ് ബ്രിട്ടീഷ് സൈന്യം തൂക്കിലേറ്റിയത് എന്നുമാണ്. 
എന്നാൽ ബ്രിട്ടീഷ് രേഖകൾ അദ്ദേഹത്തെ ജീവനോടെ തൂക്കിലേറ്റി എന്നാണ് വിവരിക്കുന്നത്. 
കോയമ്പത്തൂരിലെ മലയാളികൾ മലബാർ മുസ്ലിം അസോസിയേഷൻ രൂപീകരിച്ച്‌ തൂക്കിലേറ്റപ്പെട്ടവരുടെ മൃതദേഹങ്ങൾ ഏറ്റു വാങ്ങി, കോയമ്പത്തൂർ സുൽത്താൻപേട്ടയിലെ മുസ്‌ലിം ശ്മശാനത്തിൽ അവരുടെ മൃതദേഹങ്ങൾ ഖബറടക്കി. 1958 ൽ കോയമ്പത്തൂരിൽ അവർക്കായി ഒരു സ്മാരകം പടുത്തുയർത്തപ്പെട്ടു. 

കേരളത്തിലെ പ്രമുഖ പണ്ഡിതൻമാരിൽ ഒരാളായിരുന്ന കെ.സി. അബ്ദുല്ലക്കുട്ടി മുസ്‌ലിയാർ ആലി മുസ്ലിയാരുടെ മകനും, പ്രമുഖ ചരിത്രകാരനും പണ്ഡിതനുമായ നെല്ലിക്കുത്ത് മുഹമ്മദ് മുസ്‌ലിയാർ പൗത്രനുമാണ് ഹാഷിയത്തുൽ തുഹ്ഫത്തുൽ ഇഖ്‌വാൻ ഫീ ഇൽമിൽ ബലാഖ, ശറഹു തുഹ്ഫത്തുൽ വർദ്ദിയ്യ ഫിന്നഹ്‌വ് എന്നീ മത ഗ്രന്ഥങ്ങൾ ആലി മുസ്ലിയാരുടെ തൂലികയാൽ രചയിതമായവയാണ്. 
വിവാദങ്ങൾ
മരണം
ബ്രിട്ടീഷ് വിരുദ്ധ സമരരംഗത്ത്
സ്വാതന്ത്ര്യ പ്രഖ്യാപനം