ഭക്ഷണപദാർഥങ്ങൾ പുളിച്ചുപോകുന്നത് സൂക്ഷ്മാണുക്കളുടെ പ്രവർത്തനം മൂലമാണെന്ന് പാസ്ചർ തെളിയിച്ചു. ഈ സൂക്ഷ്മാണുക്കൾ ഉണ്ടാകുന്നത് സ്വയമല്ലെന്നും, ബയോജെനിസിസ് (ജീവനിൽ നിന്നു മാത്രമേ ജീവൻ ഉണ്ടാവുകയുള്ളൂ) എന്ന പ്രക്രിയയിലൂടെയാണെന്നും അദ്ദേഹം വാദിച്ചു. ഈ സങ്കല്പത്തിന് തെളിവായി അദ്ദേഹം നടത്തിയ പരീക്ഷണമാണ് വളഞ്ഞ കഴുത്തുള്ള ഫ്ളാസ്ക് കൊണ്ടുള്ള പരീക്ഷണം. ചൂടാക്കിയ മൃഗസൂപ്പ് അദ്ദേഹം വളഞ്ഞ കഴുത്തുള്ള പാത്രത്തിൽ വച്ചു. ഫിൽട്ടർ ഉപയോഗിച്ച് അതിൽ അന്യവസ്തുക്കളൊന്നും വീഴുന്നില്ല എന്ന് ഉറപ്പുവരുത്തി. വായു കടക്കുന്നത് നീണ്ട, ഹംസത്തിന്റെ കഴുത്തുപോലെയുള്ള കുഴലിലൂടെയായിരുന്നു. ഇങ്ങനെ സൂക്ഷിച്ച മൃഗസൂപ്പിൽ സൂക്ഷ്മാണുക്കൾ വളരില്ല എന്നതുകൊണ്ട് അത് കാലങ്ങളോളം കേടുകൂടാതെ ഇരുന്നു. എന്നാൽ, വളഞ്ഞ കുഴൽ പൊട്ടിച്ചുകളഞ്ഞപ്പോൾ സൂക്ഷ്മാണുക്കൾ വളരുന്നതായി കണ്ടു. ഈ പരീക്ഷണത്തിലൂടെ, ജീവനുള്ളവയിൽ നിന്നു മാത്രമേ ജീവൻ ഉൽഭവിക്കുകയുള്ളൂ എന്ന സിദ്ധാന്തം അദ്ദേഹം മുന്നോട്ടു വച്ചു. ജീവൻ അജൈവ വസ്തുക്കളിൽ നിന്ന് ഞൊടിയിടയിൽ ഉണ്ടാകുന്നു എന്ന സങ്കൽപ്പം ഇതോടെ ഇല്ലാതായി. 
രോഗം ബാധിക്കുന്നതിന് കാരണക്കാർ സൂക്ഷ്മാണുക്കളാണെന്ന പാസ്ചറിന്റെ പിൽക്കാല സിദ്ധാന്തത്തിനെ ന്യായീകരിക്കുന്നതായിരുന്നു ഈ സിദ്ധാന്തം.
രോഗങ്ങൾ ഉണ്ടാവാനുള്ള കാരണം സൂക്ഷ്മാണുക്കളാണെന്ന് പാസ്ചറിനു മുൻപു തന്നെ ഫ്രാക്കസ്റ്റൊറോ, ബാസ്സി, ഫ്രെഡ്രിക്ക് ഹെന്ലി എന്നീ ശാസ്ത്രജ്ഞന്മാർ കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. എന്നാൽ ഇതു വ്യക്തമായി പരീക്ഷണങ്ങളിലൂടെ തെളിയിക്കുകയും അതിന്റെ ആധികാരികത യൂറോപ്പിലൊട്ടാകെ പ്രചരിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തത് പാസ്ചർ ആണ്. അദ്ദേഹമാണ് ജേം തിയറിയുടെ പിതാവ് എന്നറിയപ്പെടുന്നത്. ബാക്ടീരിയോളജിയുടെ പിതാവായും റോബർട്ട് കോക്കിനോടൊപ്പം ഇദ്ദേഹവും അറിയപ്പെടുന്നു. 
പാലും, വീഞ്ഞും കാലക്രമേണ കേടുവരുന്നത് സൂക്ഷ്മാണുക്കളുടെ വളർച്ച മൂലമാണ് എന്ന് പാസ്ചറാണ് ആദ്യമായി നിരീക്ഷിച്ചത്. പാൽ കേടുവരാതിരിക്കാൻ ചൂടാക്കുന്ന വിദ്യ കണ്ടുപിടിച്ചതും പാസ്ചറാണ്. ചൂടാക്കുന്നതു വഴി അണുക്കൾ നശിക്കുമെന്നും അദ്ദേഹം മനസ്സിലാക്കിയിരുന്നു. അദ്ദേഹം ക്ളോഡ് ബെർണാഡ് എന്ന ശാസ്ത്രജ്ഞനോടൊപ്പം 20 ഏപ്രിൽ 1862-ന് ഈ കണ്ടുപിടിത്തം ആദ്യമായി പരീക്ഷിച്ച് വിജയം വരിച്ചു. ഈ വിദ്യ പിന്നീട് 'പാസ്ചുറൈസേഷൻ' എന്ന പേരിൽ അറിയപ്പെട്ടു.
സൂക്ഷ്മാണുക്കൾ ശരീരത്തിൽ പ്രവേശിക്കുമ്പോളാണ് രോഗമുണ്ടാവുന്നതെന്ന് പാസ്ചർ കണ്ടെത്തി. ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ പഠനം ഉദ്ധരിച്ചാണ് പിൽക്കാലത്ത് ജോസഫ് ലിസ്റ്റർ എന്ന ശാസ്ത്രജ്ഞൻ അണുവിമുക്തമാക്കുന്ന പ്രക്രിയ കണ്ടുപിടിച്ചത്. 
1865-ൽ പട്ടുനൂൽപ്പുഴുക്കൾ ചത്തുപോകാൻ കാരണമായ രണ്ട് രോഗങ്ങളെപ്പറ്റി പഠനം നടത്തിയ പാസ്ചർ, രോഗകാരണം സൂക്ഷ്മാണുക്കളാണെന്ന് കണ്ടെത്തി. രോഗമുണ്ടാക്കുന്ന സൂക്ഷ്മാണുക്കളെ നീക്കം ചെയ്യുന്നതു വഴി രോഗംരോഗത്തെ നിയന്ത്രിക്കാൻ കഴിയും എന്നദ്ദേഹം പ്രസ്താവിച്ചു.
ചില സൂക്ഷ്മാണുക്കൾക്ക് ഓക്സിജൻ കൂടാതെ ജീവിക്കാൻ കഴിയും എന്ന് അദ്ദേഹം കണ്ടെത്തി. ഇതിനെ "പാസ്ചർ പ്രഭാവം" എന്നാണ് ശാസ്ത്രലോകം വിളിക്കുന്നത്.
regards

രോഗത്തിന്റെ സൂക്ഷ്മാണു സിദ്ധാന്തം
ആദ്യകാല ജീവിതം
മരണം
പുസ്തകങ്ങൾ