1578:ൽ കൊടുങ്ങല്ലൂരിൽ വെച്ചു സാമൂതിരിയെ സന്ദർശിച്ചു പോർച്ചുഗീസ് നയതന്ത്ര പ്രതിനിധി ഹ്യു ഗോൺസലോ ഡി കമ്മര വിലപേശൽ നടത്തി. തന്ത്ര പ്രധാനമായ പൊന്നാനിയിൽ കോട്ട പണിയുക ദീർഘ നാളായുള്ള പറങ്കികളുടെ സ്വപ്ന പദ്ധതിയിൽ ഊന്നി കൊണ്ടായിരുന്നു സംഭാഷണങ്ങൾ അരങ്ങേറിയത്. പോർച്ചുഗീസിനെതിരായ ആക്രമണങ്ങൾ അവസാനിപ്പിക്കുകയും കോഴിക്കോടും പൊന്നാനിയിലും കോട്ട പണിയാൻ അനുവദിക്കുകയും ചെയ്താൽ കോഴിക്കോടിൻറെ വ്യാപാര വളർച്ചയ്ക്ക് തടസ്സം നിൽക്കാതെ സഹായങ്ങൾ നൽകാം എന്ന വാഗ്ദാനം നൽകി. മരയ്ക്കാർ സേന ശക്തമായ വിയോജിപ്പ് പ്രകടിപ്പിച്ചതോടെ കോഴിക്കോട് കോട്ട അനുവദിക്കാമെന്നും പൊന്നാനിൽ പറ്റില്ലെന്നും സാമൂതിരി അറിയിച്ചു. അങ്ങനെയാണെങ്കിൽ കോഴിക്കോട് വേണ്ട പൊന്നാനി മതിയെന്ന പോർച്ചുഗീസ് നയതന്ത്ര പ്രതിനിധിയുടെ ആവിശ്യം പട്ടു മരയ്ക്കാർ ശക്തമായി എതിർത്തു പൊന്നാനി പോലുള്ള തന്ത്ര പ്രധാനമായ സ്ഥാനത്ത് കോട്ട പണിതാൽ ചാലിയം ആവർത്തിക്കുമെന്ന മുന്നറിയിപ്പ് നൽകി. മരക്കാരുടെ വാദം പരിഗണിച്ചു പൊന്നാനിയിൽ കോട്ട പണിയാൻ അനുവദിക്കില്ലെന്ന് തീർത്ത് പറഞ്ഞതിനെ തുടർന്ന് ഭാഷണം അലസിപ്പിരിഞ്ഞു.
വിലപേശൽ പരാജയപ്പെതിനെ തുടർന്ന കോപാകുലനായ പറങ്കി സൈന്യം കൊച്ചി രാജ്യത്തിൻറെ സൈനിക സഹായത്തോടെ കോഴിക്കോടിനെ ആക്രമിച്ചു. തീര ഗ്രാമങ്ങൾ ചുട്ടെരിച്ചു. കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ അവരെ പിന്തുടർന്നെങ്കിലും ഏറ്റുമുട്ടലിനു നിൽക്കാതെ പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യം ഗോവയിലേക്ക് പിൻവാങ്ങി. 

ഇതേ വർഷം തന്നെ മൊറോക്കയിൽ നടന്ന കബീർ അൽ കസർ യുദ്ധംത്തിൽ പോർച്ചുഗീസിനെ തച്ചു തരിപ്പണമാക്കിയ അറബ് സൈന്യം പോർച്ചുഗീസ് രാജാവ് സെബാസ്റ്റ്യനെ വധിച്ചു കളഞ്ഞു. അന്താരാഷ്‌ട്ര തലത്തിൽ പോർച്ചുഗീസിന്‌ ഏറ്റ കനത്ത തിരിച്ചടിയായിരുന്നു ഇത്. പോർച്ചുഗീസ് സാമ്രാജ്യത്വത്തിനെതിരായ അന്താരാഷ്ട്ര സഖ്യത്തിൽ കോഴിക്കോട് രാജ്യവും അംഗമായതിനാൽ ഇതിൻറെ പരിണതി ഫലങ്ങൾ അറബിക്കടലിൽ ബാധിക്കും മുൻപ് സന്ധി ഉണ്ടാകണമെന്ന് വൈസ്രോയി തീരുമാനിച്ചു. സന്ധിക്കായി ക്ഷണിച്ചു പോർച്ചുഗീസ് ദൂതന്മാർ സാമൂതിരിയെ മുഖം കാട്ടി. 

1579-ൽ മരയ്ക്കാർ സേനാംഗമടക്കം സാമൂതിരിയുടെ മൂന്നു പ്രതിനിധികൾ ഉൾപ്പെട്ട ഉന്നത തല ഉദ്യോഗസ്ഥ സംഘം ചർച്ചക്കായി ഗോവയിലെത്തി. അതിഗംഭീരമായ വരവേൽപ്പാണ് കോഴിക്കോട് നയതന്ത്ര സംഘത്തിന് അവിടെ ലഭിച്ചത്. എന്നാൽ പൊന്നാനിയിൽ കോട്ട വേണമെന്ന ആവശ്യത്തിൽ പോർച്ചുഗീസുകാർ ഉറച്ചു നിന്നതോടെ ആ ചർച്ചയും അലസി. 

തുളുനാട്ടിൽ നിന്നും മലബാറിലേക്കുള്ള അരി ഇറക്കുമതിക്ക് വീണ്ടും പോർച്ചുഗീസുകാർ വിഘ്നം സൃഷ്ടിച്ചു. 1582–83 കാലയളവിൽ അരി കയറ്റി കൊണ്ടുപോകുകയായിരുന്നു അമ്പതോളം കോഴിക്കോടൻ കപ്പലുകൾ പറങ്കികൾ പിടിച്ചെടുത്തു. ഇതോടെ അതിർത്തി ബേധിക്കാതെയുള്ള സൈനിക തന്ത്രങ്ങൾ മാറ്റാൻ ‘കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ’ നിർബന്ധിതനായി. ചൗളിലെ പോർച്ചുഗീസ് കേന്ദ്രങ്ങൾ അക്രമിക്കാനായി കുട്ടി അലിയുടെ കീഴിൽ പടക്കപ്പലുകൾ അയച്ചു. കോറാമണ്ഡൽ കടൽപാതയിലേക്ക് കുട്ടി മൂസയുടെ നേതൃത്വത്തിൽ പോർപറവകളെ നിയോഗിച്ചു. കുട്ടി മൂസയുമായി പോരാട്ടത്തിൽ പിടിച്ചു നിൽക്കാനാവാതെ പറങ്കി സൈന്യം പിൻവാങ്ങിയതോടെ കിഴക്കൻ തീരങ്ങൾ മരയ്ക്കാർ സൈന്യത്തിൻറെ കൈപിടിയിലായി. കിഴക്കൻ അറബിക്കടലിൽ നിന്നും പറങ്കി കപ്പലുകളെ തുരത്തിയ ശേഷം ലങ്കയിലെ ജാഫ്നൻ തീരങ്ങളിലുള്ള പറങ്കി കേന്ദ്രങ്ങൾക്കെതിരെ കുട്ടി മൂസ ആക്രമണം അഴിച്ചു വിട്ടു. നിരവധി പോർച്ചുഗീസ് കപ്പലുകൾ പിടിച്ചെടുത്തു. മരയ്ക്കാർ സൈന്യത്തിൻറെ ഉശിരും പോരും നേരിട്ടറിഞ്ഞ ജാഫ്ന പട്ടണം രാജാവ് കുട്ടി മൂസയെ രാജധാനിയിലേക്ക് ക്ഷണിക്കുകയും കോഴിക്കോട് നാവിക കേന്ദ്രം ജാഫ്നയിൽ നിർമ്മിക്കാൻ സ്ഥലം അനുവദിക്കുകയും ചെയ്തു. ഇതേ സമയം പടിഞ്ഞാറൻ തീരത്തേക്ക് സൈനിക നീക്കം നടത്തിയ പട്ടു മരയ്ക്കാർ ടാബുൾ-മലായ് കടൽപാതയിൽ ആധിപത്യമുറപ്പിക്കുകയും നിരവധി പോർച്ചുഗീസ് കപ്പലുകളെ ആക്രമിച്ചു നശിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. 

1984-ൽ പുതിയ സാമൂതിരി അധികാരമേറ്റെടുത്തതോടെ പറങ്കികൾ വീണ്ടും സന്ധി സംഭാഷണത്തിനായി കോഴിക്കോട്ടെത്തി. മരയ്ക്കാർ സൈന്യ ആക്രമണം അവസാനിപ്പിക്കുകയും പൊന്നാനിയിൽ കോട്ടയ്ക്കക്ക് അനുമതിയും തന്നാൽ കോഴിക്കോടിൻറെ വ്യാപാരത്തിന് എല്ലാ വിധ പിന്തുണയും നൽകാമെന്ന മോഹനവാഗ്ദാനം പുതിയ രാജാവിനെ അറിയിച്ചു.

ദീർഘമായ ചർച്ചക്കൊടുവിൽ പറങ്കികളുടെ ഈ സ്വപ്ന പദ്ധതി ‘സാമൂതിരി’ അംഗീകരിച്ചു. സന്ധി ഉടമ്പടിയിൽ ഒപ്പുചാർത്തി. 9 തൻറെ അഭിപ്രായം ആരായാതെ പൊന്നാനിയിൽ പോർച്ചുഗീസുകാർക്ക് കോട്ട അനുവദിച്ചു നൽകിയ പുതു രാജാവിൻറെ നടപടിയിൽ വിഷമം തോന്നിയ ‘മരയ്ക്കാർ’ പോർച്ചുഗീസുകാർ മുൻകാലങ്ങളിൽ ചെയ്ത വഞ്ചനകളും കരാർ ലംഘനങ്ങളും രാജാവിൻറെ മുൻപാകെ ഉണർത്തിച്ചു. “പറങ്കികളുടെ ശക്തി നാം ക്ഷയിപ്പിച്ച ഈ സമയത്ത് തന്ത്ര പ്രധാനമായ പൊന്നാനിയിൽ കോട്ട പണിതാൽ നമ്മുടെ നാവിക സേനയ്ക്ക് മേൽ പോർച്ചുഗീസിന് മേധാവിത്യമുണ്ടാകുമെന്ന” കാര്യങ്ങളും ശ്രദ്ധയിൽ പ്പെടുത്തി. കടലിൻറെ സുരക്ഷയാണ് കരയുടെ സുരക്ഷ എന്ന കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻറെ വാക്കുകൾ കാര്യഗൗരവമായി തന്നെ രാജൻ ഉൾക്കൊണ്ടു. ഈ വിഷയങ്ങളിൽ ‘വൈസ്രോയി ഡി ഡ്യുറ്റെറ്റ ഡി മെനസസുമായി’ തുടർചർച്ചകൾ നടന്നു. മുൻകാലങ്ങളിലേത് പോലെ കരാർ ലംഘനങ്ങളൊന്നും പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ ഭാഗത്ത് നിന്നുണ്ടായില്ല. പറങ്കികൾ കരാറിൽ ഏറെകാലം ഉറച്ചു നിന്നു. കോഴിക്കോട് കച്ചവടസംഘത്തിന് ഗുജറാത്ത്, സിന്ധ്, അറേബ്യൻ നാടുകളിലേക്കും, തിരിച്ചു അറേബ്യാ,പേർഷ്യ, ചീന ഗുജറാത്ത് കച്ചവടക്കാർക്ക് കോഴിക്കോട് വന്നെത്തി ചരക്ക് ശേഖരിക്കാനുള്ള അവസ്ഥയും സംജാതമായി. പോർച്ചുഗീസ് -കോഴിക്കോട് സംഘർഷ സമയങ്ങളിലെല്ലാം മരയ്ക്കാർ സേനയുടെ അകമ്പടിയിൽ കോഴിക്കോട്ടെ കച്ചവട സംഘങ്ങൾ യാത്ര നടത്താറുണ്ടെങ്കിലും തിരിച്ചു അവിടങ്ങളിലെ സഞ്ചാരികൾ പോർച്ചുഗീസ് അക്രമം മൂലം കോഴിക്കോട്ടേക്ക് വന്നെത്തുന്നത് ഗണ്യമായി കുറഞ്ഞിരുന്നു. പതിവിൽ നിന്നും വ്യത്യസ്തമായി പോർച്ചുഗീസ് കരാർ പാലിച്ചതോടെ കോഴിക്കോട് പതിയെ പഴയ പ്രതാപ കാലത്തേക്ക് തിരിഞ്ഞു നടക്കാൻ തുടങ്ങി. ഈ കാലയളവുകളിലൊന്നും മരയ്ക്കാർ - പോർച്ചുഗീസ് യുദ്ധങ്ങൾ അരങ്ങേറിയില്ലെങ്കിലും പറങ്കികളുടെ മുൻകാല ചരിത്രം അറിയുന്ന പട്ടു മരയ്ക്കാർ നിതാന്ത ജാഗ്രതയിലായിരുന്നു. ഏതു നിമിഷവും പറങ്കികൾ കരാർ ലംഘിച്ചു ആക്രമണങ്ങൾ അഴിച്ചു വിടുമെന്നും അന്ന് തങ്ങളുടെ തലയ്ക്ക് മുകളിൽ കിടന്നാടുന്ന വാളായ് മാറുക പൊന്നാനിയിലെ പറങ്കി കോട്ടയായിരിക്കുമെന്നും ‘പട്ടു മരയ്ക്കാർ’ ദീർഘവീക്ഷണം ചെയ്തിരുന്നു. പൊന്നാനി കോട്ടയും തീരവും മരയ്ക്കാർ സൈന്യത്തിൻറെ കടുത്ത നിരീക്ഷണ വലയത്തിലാക്കുവാൻ അത്തരം നിഗമനങ്ങൾ കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമനെ പ്രേരിതമാക്കി.

‘കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ’ നടത്തുന്ന നിരീക്ഷണ റോന്തു ചുറ്റലുകൾ ഉടമ്പടിക്ക് വിരുദ്ധമാണെന്നു പൊന്നാനി കോട്ട അധിപൻ ‘ഗാസ്പാർഫാഗാണ്ടൻസ്’ സാമൂതിരിയെ അറിയിച്ചു. കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമനെ നിയന്ത്രിക്കാൻ ‘സാമൂതിരിക്ക്’ ആവുന്നില്ലെങ്കിൽ സൈനികമായി സഹായിക്കാൻ ഗവർണ്ണർ ആവിശ്യപ്പെട്ടിട്ടുണ്ടെന്ന കാര്യവും പോർച്ചുഗീസ് അഡ്മിറൽ സാമൂതിരിയെ അറിയിച്ചുവെങ്കിലും അതിലെ ലക്ഷ്യങ്ങളെ പറ്റി കൃത്യമായി ബോധ്യമായുണ്ടായിരുന്ന ‘സാമൂതിരി’ കുഞ്ഞാലിയെ വിളിച്ചു വരുത്തുകയോ ശാസിക്കുകയോ ചെയ്തില്ല .
തങ്ങളുടെ ചൂണ്ടയിൽ ‘സാമൂതിരി’ കൊത്തുന്നില്ലെന്നു മനസ്സിലായതോടെ മരയ്ക്കാർ സൈന്യത്തിൻറെ നിരീക്ഷണ ഓടങ്ങൾക്കെതിരെ പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യം ഒളിയാക്രമണം നടത്തി. ശക്തമായ പ്രതിരോധത്തിൽ പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യം പിന്തിരിയുകയും ഏതാനും പോർച്ചുഗീസ് സൈനികർ മരയ്ക്കാർ സൈന്യത്തിൻറെ പിടിയിലകപ്പെടുകയും ചെയ്തു. ഇവരെ ‘പട്ടുമരയ്ക്കാർ’ കുഞ്ഞാലി കോട്ടയിലെ തടവറയിൽ അടച്ചു. 

വൈസ്രോയി ഡി മെൻസീസിന് പകരം ‘മാനുവൽ ഡിസൂസ കുടിഞ്ഞോ’ 1588 ൽ പോർച്ചുഗീസ് ഗവർണ്ണർ ആയതോടെ പറങ്കികൾ കരാർ ലംഘിച്ചു കൊണ്ട് അതിശക്തമായ ആക്രമണങ്ങൾ കോഴിക്കോട്ടെ കച്ചവട കപ്പലുകൾക്ക് നേരെ അഴിച്ചു വിട്ടു. ചരക്കുകൾ കൊള്ളയടിച്ചു, തന്ത്ര പ്രധാനമായ പൊന്നാനി കോട്ട പറങ്കികളുടെ കൈവശമായതിനാൽ കോഴിക്കോടിൻറെ പ്രതിരോധനീക്കങ്ങൾ തുടക്കത്തിലേ തകർത്ത് കളയാൻ അവർക്കായി.

അതേ വർഷം തന്നെ 700 പോർച്ചുഗീസ് സൈനികരുടെ അകമ്പടിയോടെ സഞ്ചരിച്ച ഭീമാകാരമായ പോർച്ചുഗീസ് കപ്പൽ ‘കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ’ ആക്രമിച്ചു പിടിച്ചെടുത്ത് ചരക്കുകൾ കൈവശപ്പെടുത്തി, സൈനികരെ തടവിലാക്കി. 1589 ൻറെ തുടക്കത്തിൽ ചൈനയിൽ നിന്നും ചരക്കുകളും ശേഖരിച്ചു പോർച്ചുഗീസിലേക്ക് പോവുകയായിരുന്ന മറ്റൊരു വലിയ കപ്പൽ ഇന്ത്യൻ മഹാസമുദ്രത്തിൽ നിന്നും പിടിച്ചെടുത്തു കോഴിക്കോടെത്തിച്ചു. അത്യന്തം വിലപിടിപ്പുള്ള വസ്തുക്കൾ അടങ്ങിയതായിരുന്നു ഈ കപ്പൽ. റോന്ത് പാറാവിലേർപ്പെട്ട കുട്ടി മൂസയുടെ കപ്പലിനെ അപ്രതീക്ഷിതമായി പോർച്ചുഗീസ് പോർക്കപ്പലുകൾ ആക്രമിച്ചു. ആന്ദ്രേ മത്ഥിയാസ് അൽബുക്കർക്ക് നിയോഗിച്ച സമർത്ഥനായ പോർച്ചുഗീസ് ക്യാപ്റ്റൻ ‘ആൻട്രെ ഫുർട്ടാട’ ആയിരുന്നു എതിർപക്ഷത്ത്. 20 കപ്പലുകളിൽ നിന്ന് അതി ശക്തമായ ആക്രമണം നേരിടേണ്ടി വന്നിട്ടും കുട്ടി മൂസയും സഹസൈനികരും രക്ഷപ്പെടുകയാണുണ്ടായത്. 

അവശേഷിച്ച തുരുത്തായ അറബി കടലിലും, ഇന്ത്യൻ മഹാസമുദ്രത്തിലും തങ്ങളുടെ ആധിപത്യം തകരുന്നത് മനസ്സിലാക്കിയ പോർച്ചുഗീസ് രാജാവ് വിഷയത്തിലിടപ്പെട്ടു. പതിറ്റാണ്ടുകളായി ‘കുഞ്ഞാലിമാർ’ സൃഷ്ടിക്കുന്ന തലവേദന ഇല്ലാതാക്കണമെങ്കിൽ കുഞ്ഞാലിയെയും- സാമൂതിരിയേയും രണ്ടുതട്ടിലാക്കണമെന്നും അതിനു വേണ്ട തന്ത്രങ്ങൾ പ്രാവർത്തികമാക്കി ഇരുവരെയും അകറ്റണമെന്നും കാട്ടി വൈസ്രോയിക്ക് എഴുത്തയച്ചു.

ശക്തമായ തിരിച്ചടികൾ ഉണ്ടായതോടെ എന്തുവിലകൊടുത്തും കുഞ്ഞാലിയെ ഇല്ലായ്മ ചെയ്യണമെന്നും അതിനായി സാമൂതിരിയുടെ വിശ്വസ്തത നേടിയെടുക്കണമെന്നും കാട്ടി പോർച്ചുഗീസ് സൈനിക ഉദ്യോഗസ്ഥർ ഗവർണറെ സന്ദർശിച്ചു. ‘ഫത്തീർ ഫ്രാൻസിസ്കോ’ എന്ന ജസ്യൂട്ട് പാതിരിയും ‘അഡ്മിറൽ ടോം അൽവാരോ അബ്റാജെൻസും’മായിരുന്നു ഇതിനായി വൈസ്രോയിക്ക് മേൽ സമ്മർദം ചെലുത്തിയത്. വൈസ്രോയിയുടെ സമ്മതം കിട്ടിയതോടെ സാമൂതിരിയെ സന്ദർശിച്ച പ്രതിനിധികൾ വ്യാപാരനേട്ടങ്ങൾ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുകയും പകരം കുഞ്ഞാലിയുടെ ആക്രമണങ്ങൾ ഒരിക്കലും പറങ്കികൾക്ക് നേരെ ഉണ്ടാകില്ല ഉറപ്പും, കോഴിക്കോട് പോർച്ചുഗീസ് ചർച്ച് പണിയാനുള്ള അവകാശവും, കോഴിക്കോടിൻറെ തടവറയിലുള്ള മുഴുവൻ പറങ്കി തടവുകാരെയും മോചിപ്പിക്കാമെന്ന വാക്കും നേടിയെടുത്ത് കൊണ്ടുള്ള ധാരണ പത്രത്തിൽ ഒപ്പു ചാർത്തി. 1591 ലെ ഈ ഉടമ്പടി പ്രകാരം പോർച്ചുഗീസുകാർക്ക് കോഴിക്കോട് താവളമാക്കാനും, പോർച്ചുഗീസ് കർത്താസ് (പാസ്) ഉള്ള കപ്പലുകളുമായി മാത്രമേ വാണിജ്യം നടത്തുവെന്നുമുള്ള ഉറപ്പും സ്ഥാനം പിടിച്ചിരുന്നു. ഇതനുസരിച്ചു പാസ് നൽകുവാനായി ബെൽചെയർ ഫെരേരയുടെ കീഴിൽ പ്രതിനിധിയും നിയമിക്കപ്പെട്ടു. 

പറങ്കികളെ ഭീഷണിപ്പെടുത്തുന്ന രീതിയിലുള്ള റോന്ത് ചുറ്റലുകൾ അവസാനിപ്പിക്കണമെന്നും, ഇനി ഒരിക്കലും പറങ്കികളെ ആക്രമിക്കരുതെന്നും പോർച്ചുഗീസ് തടവുകാരെ മുഴുവൻ വിട്ടയക്കണമെന്നും ആവിശ്യപ്പെട്ട് കൊണ്ടുള്ള ‘രാജതിട്ടൂരം’ പട മരയ്ക്കാരെ തേടിയെത്തി. പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ കാൽ ചുവട്ടിൽ രാജ്യത്തെ അടിയറ വെച്ച കരാറിലും, രാജ ശാസനയിലും കടുത്ത അമർശമുണ്ടായിരുന്നുവെങ്കിലും പരസ്യമായി ധിക്കരിക്കാതെ പോർച്ചുഗീസ് തടവുകാരെ മോചിപ്പിച്ചു തിട്ടൂരം നടപ്പിൽ വരുത്തുകയാണ് കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ ചെയ്തത്. 

പറങ്കികളുമായുള്ള ഏറ്റു മുട്ടലുകളിൽ നിന്നും പൂർണ്ണമായും വിട്ടു നിന്നെങ്കിലും കോട്ട ബലപ്പെടുത്തിയും , മികവാർന്ന ആയുധങ്ങൾ കരസ്ഥമാക്കിയും, വെടിമരുന്ന് ശേഖരിച്ചും തൻറെ സൈന്യത്തെ കൂടുതൽ കാര്യക്ഷമതയുള്ളവരാക്കി മാറ്റാനുള്ള പ്രവർത്തനങ്ങളിൽ ‘പട്ടു മരയ്ക്കാർ’ വ്യാപൃതനായി. 
സാമൂതിരി വരുതിയിലായതോടെ ഏതു വിധേനയും കുഞ്ഞാലിയെ മാറ്റി നിർത്തുവാനുള്ള ചതുരംഗ കളികളിലേക്ക് പോർച്ചുഗീസുകാർ നീങ്ങി. മരയ്ക്കാർ സേന ഇല്ലാതായാൽ മാത്രമേ തങ്ങളുടെ ആധിപത്യം നിലനിൽക്കുകയുള്ളൂ എന്ന തിരിച്ചറിവുണ്ടായിരുന്ന ‘വൈസ്രോയി മത്ഥിയാസ് ഡി ബുക്കർക്ക്’ സാമൂതിരിയെ വശീകരിച്ചു വരുതിയിലാക്കുവാനായി അൽവാരോ ഡി അബ്റജാസിനെ നിയോഗിച്ചു. കുഞ്ഞാലിയുടെ ആയുധ സംഭരണം കരാറിന് വിരുദ്ധമാണെന്നു സാമൂതിരിയെ ഉണർത്തിച്ച പോർച്ചുഗീസ് പട്ടാള മേധാവികൾ കുഞ്ഞാലിയെ സ്ഥാന ഭ്രഷ്ടനാക്കാനും, കുഞ്ഞാലി കോട്ട ഒഴിപ്പിക്കുവാനുമായി സാമൂതിരിയിൽ സമ്മർദം ചെലുത്തി. 1594-ൽ ഒട്ടനേകം കപ്പലുകളിലായി പോർച്ചുഗീസ് സൈനികർ മലബാറിലേക്കെത്തി ചേർന്നു. പോർച്ചുഗീസുകാരുടെ അഭ്യർത്ഥനയെ തള്ളിക്കളഞ്ഞു കൊണ്ട് “കുഞ്ഞാലിക്കെതിരായ ഒരു നീക്കവും നമ്മുടെ ഭാഗത്ത് നിന്നുണ്ടാവില്ലെന്നും നിങ്ങളുടെ ഭാഗത്ത് നിന്നുണ്ടാവുന്ന പക്ഷം കരാറിൽ നിന്നും പിന്മാറുമെന്നുമുള്ള” മുന്നറിയിപ്പാണ് പോർച്ചുഗീസ് പ്രതിനിധികൾക്ക് സാമൂതിരിയിൽ നിന്നും ലഭിച്ചത്.

അരിശം പൂണ്ട പോർച്ചുഗീസുകാർ കോഴിക്കോടിൻറെ മൂന്ന് കപ്പലുകളെ ആക്രമിച്ചു കൊള്ളയടിച്ചു രണ്ടായിരത്തോളം പേരെ കൊന്നൊടുക്കി. ഇതോടെ പോർച്ചുഗീസുമായുള്ള കരാറിൽ നിന്ന് ‘സാമൂതിരി’ പിൻവാങ്ങി. അതിക്രമം ചെറുക്കുവാനായി ‘കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ’ പടപ്പുറപ്പാട് നടത്തി.

ജാവയിൽ നിന്ന് വരികയായിരുന്ന പോർച്ചുഗീസ് കപ്പൽ ആക്രമിച്ച മരയ്ക്കാർ പട 14 പോർച്ചുഗീസ് സൈനികരെ കൊല്ലുകയും കപ്പൽ പിടിച്ചെടുക്കുകയും ചെയ്തു. കപ്പലിലുണ്ടായിരുന്ന വ്യാപാരികളെ വെറുതെ വിട്ടെങ്കിലും ചരക്കുകൾ മുഴുവൻ കൈവശപ്പെടുത്തി. 1594-ഏപ്രിലിൽ ഗോവയ്ക്കടുത്തു വെച്ചു പട്ടു മരയ്ക്കാർ പോർച്ചുഗീസ് സൈന്യത്തെ നേരിട്ടു, രക്തരൂക്ഷിതമായ പോരാട്ടത്തിനൊടുവിൽ മുഴുവൻ പോർച്ചുഗീസ് സൈനികരെയും കൊന്നൊടുക്കി വ്യക്തമായ ആധിപത്യം നേടി വിജയശ്രീലാളിതനായി മടങ്ങി. മാസങ്ങൾക്കുള്ളിൽ തന്നെ ആൻഡ്രെ ഫർട്ടാടയുടെ സൈന്യം കോഴിക്കോടൻ കപ്പൽ കൊള്ളയടിച്ചു അതിലുണ്ടായിരുന്ന 200 പേരെ കൊന്നൊടുക്കി. 

തുടർന്ന് അറുപതിലധികം കപ്പലുകളിലായി പോർച്ചുഗീസ് പട കോഴിക്കോടിനെ ലാക്കാക്കി നീങ്ങി. പ്രതിരോധ വ്യൂഹമായി കുഞ്ഞാലി മൂന്നാമൻ അറബിക്കടലിൽ നിലയുറപ്പിച്ചു. പന്തലായനിയിൽ വെച്ച് അതുഗ്ര യുദ്ധം നടന്നു, അത്യാധുനിക ആയുധങ്ങളും ആയിരകണക്കിന് സൈനികരെയും വഹിച്ചു വന്ന പോർച്ചുഗീസ് പടകപ്പലുകളെ തകർത്ത് തരിപ്പണമാക്കി വലിച്ചെറിഞ്ഞ് പട്ടു മരയ്ക്കാർ ചരിത്രത്തിൻറെ തങ്ക ലിപികളിലേക്ക് കടന്നു കയറി.

പോരാട്ട ചാതുര്യം
വിയോഗം
സന്ധികളും മഹാ യുദ്ധങ്ങളും
ജീവചരിത്രം