വയനാട്ടിലെ തിരുനെല്ലിക്കാടുകളിൽ വെച്ചായിരുന്നു വർഗ്ഗീസിന്റെ അന്ത്യം. പോലീസുമായുള്ള ഏറ്റുമുട്ടലിൽ കൊല്ലപ്പെട്ടു എന്നായിരുന്നു ഔദ്യോഗിക ഭാഷ്യം. എന്നാൽ വയനാട്ടിൽ തിരുനെല്ലിയിലെ ഒരു കുടിലിൽ നിന്ന് രാവിലെ പിടികൂടിയ വർഗ്ഗീസിനെ, മേലുദ്യോഗസ്ഥരുടെ (അന്നത്തെ ഡെപ്യൂട്ടി എസ്.പി ആയ എ. ലക്ഷ്മണ, ഡി.ഐ.ജി ആയ പി. വിജയൻ എന്നിവരുടെ) നിർദ്ദേശ പ്രകാരം 1970 ഫെബ്രുവരി 18-നു വൈകിട്ട്, താൻ തന്നെ നേരിട്ട് വെടിവെച്ച് കൊല്ലുകയായിരുന്നു എന്ന് രാമചന്ദ്രൻ നായർ എന്ന പോലീസ് ഉദ്യോഗസ്ഥൻ 1998-ൽ വെളിപ്പെടുത്തി.

നക്സലൈറ്റുകളുടെ ആശ്രിതയായ ഇട്ടിച്ചിരി മനയമ്മ എന്ന വിധവയുടെ വീട്ടിൽ വർഗ്ഗീസും കൂട്ടരും ഒളിച്ചു താമസിക്കുന്ന വിവരം ശിവരാമൻ നായർ എന്ന ഒറ്റുകാരൻ മുഖേന, സമീപത്തുള്ള അമ്പലത്തിനടുത്ത് തമ്പടിച്ചിരിക്കുന്ന സി. ആർ. പി. എഫ് സേനയറിഞ്ഞു. അവിടെ ഒറ്റയ്ക്കും നിരായുധനുമായിരുന്ന വർഗ്ഗീസിനെ അധികം എതിർപ്പില്ലാതെ തന്നെ പോലീസ് കീഴടക്കി അറസ്റ്റ് ചെയ്തു. അന്ന് വൈകിട്ടായിരുന്നു വർഗ്ഗീസിന്റെ കൊലപാതകം നടന്നത്.

"വിപ്ലവം ജയിക്കട്ടെ" എന്നു പറഞ്ഞ് ചിരിച്ചുകൊണ്ടാണ് വർഗ്ഗീസ് മരിച്ചത് എന്നാണ് രാമചന്ദ്രൻ നായർ പറയുന്നത്. വർഗ്ഗീസിന് മരണത്തിനു മുൻപ് ചോറുവാരി കൊടുത്തു എന്നും കത്തിച്ച ബീഡി കൊടുത്തു എന്നും പറയുന്നു. 

വർഗ്ഗീസിനെ വെടിവെച്ചു കൊന്ന സ്ഥലം എന്ന് കരുതുന്ന തിരുനെല്ലിയിലെ കാട്ടാനകൾ മേയുന്ന വനത്തിനു നടുവിലെ വർഗ്ഗീസ് പാറ ഇന്ന് ആദിവാസി യുവാക്കൾ പരിശുദ്ധമായി കരുതുന്നു. എല്ലാ ചരമ വാർഷികത്തിനും ധാരാളം ആദിവാസികൾ ഇവിടെ ഒത്തുചേർന്ന് ചെങ്കൊടി ഉയർത്തുന്നു. 

രാമചന്ദ്രൻ നായർ ഈ വെളിപ്പെടുത്തലിനു പിന്നാലെ അറസ്റ്റ് ചെയ്യപ്പെട്ടു. കേസ് സി.ബി.ഐയുടെ അന്വേഷണത്തിലാണ്. ജാമ്യം ലഭിച്ച രാമചന്ദ്രൻ നായർ 2006 നവംബർ മാസത്തിൽ ശ്വാസകോശ സംബന്ധമായ രോഗങ്ങളാൽ മരിച്ചു. അദ്ദേഹം ഒരു ആത്മകഥയും എഴുതിയിട്ടുണ്ട്.

കോടതിവിധി
വിവാദങ്ങൾ
മരണം
ചലച്ചിത്രം