നാലമ്പലത്തിനകത്ത് തെക്കുപടിഞ്ഞാറേമൂലയിൽ പ്രത്യേക ശ്രീകോവിലിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായാണ് ശിവന്റെ പ്രതിഷ്ഠ. എവിടത്തേതും പോലെ ശിവലിംഗമാണ് ഇവിടെയും പ്രതിഷ്ഠ. ഒരടിയോളം ഉയരം വരുന്ന ഈ ശിവലിംഗം ശിവന് പ്രിയപ്പെട്ട കൂവളമാല, തുമ്പപ്പൂമാല, രുദ്രാക്ഷമാല എന്നിവകൊണ്ട് മൂടിയാണ് മിക്കവാറും കാണപ്പെടുന്നത്. സാധാരണ ശിവക്ഷേത്രങ്ങളിലേതുപോലെ ധാര, ശംഖാഭിഷേകം, ഭസ്മാഭിഷേകം, കൂവളമാല, പിൻവിളക്ക് തുടങ്ങിവയാണ് ഇവിടെയും പ്രധാന വഴിപാടുകൾ.

ക്ഷേത്രത്തിന്റെ പുറത്ത് തെക്കുഭാഗത്തും ഒരു ശിവക്ഷേത്രമുണ്ട്. പ്രധാനക്ഷേത്രത്തെക്കാൾ പഴക്കം കൂടുതൽ ഈ ക്ഷേത്രത്തിനാണെന്ന് വിശ്വസിച്ചുവരുന്നു. നൂറ്റെട്ട് ശിവാലയങ്ങളിൽ പരാമർശമുള്ള പഴയന്നൂർ ക്ഷേത്രമാണിത്. കിഴക്കോട്ടാണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്റെയും ദർശനം. രണ്ടടി ഉയരം വരും ഇവിടത്തെ ശിവലിംഗത്തിന്.

ശ്രീ പള്ളിപ്പുറത്തപ്പൻ (മഹാവിഷ്ണു)
നാഗദൈവങ്ങൾ
ശിവൻ
ഗണപതി