പരിവർത്തനത്തിനുശേഷം യുസ്തൂസ് യോസഫിനെ ഗ്രീക്ക്, ഇംഗ്ലീഷ് എന്നീ ഭാഷകളും ബൈബിളും പഠിക്കാനായി കോട്ടയം സെമിനാരിയിലേക്ക് അയച്ചു. അവിടെനിന്നു പഠനം പൂർത്തിയാക്കി ഇറങ്ങിയ അദ്ദേഹത്തെ 1865 നവംബർ 26-നു സി.എം.എസ്. സഭയിലെ ഡീക്കനായി വാഴിച്ചു. 1865 ഡിസം‌ബറിൽ അദ്ദേഹം മാവേലിക്കര സി.എം.എസ് ഇടവകയിൽ സഹവികാരിയായി നിയമിതനായി.

യുസ്തൂസ് യോസഫ് ബൈബിൾ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള തന്റെ പ്രബോധനങ്ങളിൽ കേരളാക്രൈസ്തവസഭകളിൽ ഒരു നവീകരണം ഉണ്ടാകേണ്ടതിന്റെ ആവശ്യകത ജനങ്ങളെ ബോദ്ധ്യപ്പെടുത്തി. മാവേലിക്കരയോടു ചേർന്ന പ്രദേശങ്ങളിൽ ധാരാളം ഉണർവ്വ് യോഗങ്ങൾ നടന്നു. യുസ്തൂസ് യോസഫിനു പാട്ടുകൾ പാടാനുള്ള താലന്ത് ഈ യോഗങ്ങളിൽ വിശേഷിച്ചും പ്രകടമായി. സി.എം.എസ്. സഭയുടെ അധികാരികൾ യുസ്തൂസ് യൊസഫിന്റെ പ്രവർത്തനങ്ങളിൽ സം‌പ്രീതരായി. അവർ അദ്ദേഹത്തെ 1868-ൽ മാവേലിക്കര കന്നേറ്റി സി.എം.എസ്. ഇടവകയുടെ വികാരിയായി നിയമിച്ചു. വലിയ ആത്മാർത്ഥതയോടെ അദ്ദേഹം തേവലക്കര, കൃഷ്ണപുരം, പുതുപ്പള്ളി, കറ്റാനം, ചേപ്പാട് തുടങ്ങിയ പ്രദേശങ്ങളിൽ ഉണർവ്വ് യോഗങ്ങൾക്ക് സം‌ഘടിപ്പിച്ചു. വിദ്വാൻകുട്ടിയച്ചന്റെ വാഗ്‌സാമർത്ഥ്യവും, ഭാഷാജ്ഞാനവും, വേദപാണ്ഡിത്യവും, അദ്ദേഹത്തിന്റെ സഹോദരന്മാരുടെ സം‌ഗീത സിദ്ധിയും ജനങ്ങളെ ആകർഷിച്ചു. ആംഗ്ലിക്കൻ സഭയിൽ പെട്ടവർ മാത്രമല്ല, മലങ്കര സഭയിൽ പെട്ടവരും വിദാൻകുട്ടിയച്ചന്റെ പ്രസം‌ഗങ്ങൾ കേൾക്കാനും അദ്ദേഹം രചിച്ച ഉണർവ്വുപാട്ടുകൾ എറ്റു പാടാനും വന്നു കൂടി.

സന്ദർഭോജിതമായി യുസ്തൂസ് യോസഫ് ധാരാളം കീർത്തനങ്ങൾ രചിച്ചു. മലയാളത്തിലുള്ള ക്രിസ്തീയ കീർത്തനങ്ങൾ വിദ്വാൻകുട്ടിയച്ചന്റെ യോഗങ്ങൾക്ക് എത്തിയിരുന്നവർ കൂട്ടമായി ആലപിക്കാൻ തുടങ്ങി. ആ കാലഘട്ടത്തിൽ യുസ്തൂസ് യോസഫ് അച്ചനും സഹോദരന്മാരും രചിച്ചാലപിച്ചിട്ടുള്ള ക്രിസ്തീയ കീർത്തനങ്ങൾ മലയാള ഭാഷയ്ക്കും കേരളക്രൈസ്തവസഭയ്ക്കും സം‌ഗീത ലോകത്തിനും എണ്ണപ്പെട്ട സംഭാവനകളായി കരുതിപ്പോരുന്നു.

വിദ്വാൻകുട്ടിയച്ചനു മുൻപ് കേരളത്തിലെ ക്രൈസ്തവആരാധനയിൽ, ദൈവസ്നേഹത്തേയും കുരിശുമരണത്തേയും കുറിച്ച് പൗരസ്ത്യ ഓർത്തഡോക്സുകാരും സുറിയാനി കത്തോലിക്കരും സുറിയാനിയിലും, ആം‌ഗ്ലിക്കൻ സഭാവിഭാക്കാർ ഇം‌ഗ്ലീഷിലും, ലത്തീൻ കത്തോലിക്കർ ലത്തീനിലും, പാശ്ചാത്യ-പൗരസ്ത്യ രാഗങ്ങളിലുള്ള കീർത്തനങ്ങളാണു ആലപിക്കാറുണ്ടായിരുന്നത്. എന്നാൽ ഭാരതീയ ശാസ്ത്രീയ സം‌ഗീത പൈതൃകവും, ലയ-വിന്യാസങ്ങളും ഉപയോഗിച്ച്, ക്രിസ്തീയ ഭക്തി പ്രമേയങ്ങളെ സ്വതന്ത്രമായി ആർക്കും പാടാവുന്ന പാട്ടുകളാക്കി മാറ്റുന്ന പ്രക്രിയ ആദ്യം തുടങ്ങിയത് വിദ്വാൻ കുട്ടിയച്ചനാണ്‌.

ക്രൈസ്തവ പുരോഹിതനായിരുന്ന അദ്ദേഹം സഭാപഞ്ചാംഗത്തിലെ വിശേഷദിനങ്ങളിൽ പാടാനുള്ള അനവധി പാട്ടുകളും രചിച്ചു. അങ്ങനെ രചിച്ച പാട്ടുകളിൽ ചിലത് താഴെ പറയുന്നവ ആണ്‌.


യുയോമയ സഭയുടെ പിറവി
കേരളാ ക്രൈസ്തവ സഭയിലെ ഉണർവ്വു കാലഘട്ടം
പുതിയ സഭയുടെ പിറവി
സിഎംഎസ് സഭയിൽ