ഇക്കാലത്ത് ഖ്വിബിലായ് ഖാനെ അംഗീകരിച്ചിരുന്ന ഇറാനിലെ മറ്റൊരു മംഗോളിയൻ സാമ്രാജ്യമായിരുന്ന ഇൽഖാനികളുമായി ചഗതായ്കൾ നിരന്തരം പോരടിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. 

പതിമൂന്നാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ അവസാനവും 14-ആം നൂറ്റാണ്ടീന്റെ തുടക്കത്തിലുമായി ട്രാൻസോക്ഷ്യാനയിലെ ചഗതായ് ഭരണാധികാരികൾ അമു ദാര്യക്ക് തെക്കോട്ട് അവരുടെ നിയന്ത്രണം വ്യാപിപ്പിച്ചു. 1318 മുതൽ 1326 വരെ ഭരണത്തിലിരുന്ന കെബെഗ് ഖാൻ ആയിരുന്നു ഈ നടപടികൾക്ക് നേതൃത്വം നൽകിയിരുന്നത്. ചെങ്കിസ് ഖാന്റെ കാലത്ത് തകർക്കപ്പെട്ട ബാൾഖ്, കെബെഗ് ഖാൻ പുനർനിർമ്മിച്ചു. താമസിയാതെ ഖുണ്ടുസ്, ബാഘ്ലാൻ‍, ബദാഖ്ശാൻ, കാബൂൾ, ഗസ്നി, കന്ദഹാർ എന്നീപ്രദേശങ്ങളടങ്ങുന്ന ഇന്നത്തെ അഫ്ഘാനിസ്താന്റെ ഭൂരിഭാഗവും ചഗതായികളുടെ നിയന്ത്രണത്തിൽ വന്നു. 1333-ൽ കിഴക്കൻ അഫ്ഘാനിസ്താനിലൂടെ സഞ്ചരിച്ച ഇബ്ൻ ബത്തൂത്ത, ഇവിടത്തെ എല്ലാ പ്രദേശങ്ങളിലേയും ചഗതായ് ഭരണകർത്താക്കളുടെ സാന്നിധ്യം സൂചിപ്പിച്ചിട്ടുണ്ട്. എന്നാൽ ഈ സമയത്തും, സിസ്താൻ തദ്ദേശീയഭരണാധികാരികളാണ് നിയന്ത്രിച്ചിരുന്നത്.

ഇൽഖാനികളെ അപേക്ഷിച്ച് ചഗതായികൾക്കിടയിൽ ഇസ്ലാമികവൽക്കരണം സാവധാനത്തിലായിരുന്നു നടന്നത്. 1326-34 കാലത്ത് തർമഷിറിൻ ഖാന്റെ ഭരണകാലത്ത്, ചഗതായികൾ ഇസ്ലാം മതം സ്വീകരിച്ചു എങ്കിലും ഇറാനിലെ ഇൽഖാനികളൊടുള്ള ശത്രുത അതുപോലെ തുടർന്നിരുന്നു. ചഗതായ് ഖാന്റെ നേരിട്ടുള്ള വംശപരമ്പര താർമാഷിറിൻ ഖാന്റെ ഭരണത്തോടെ അവസാനിച്ചു. 1334-ൽ ഇദ്ദേഹം കിഴക്കൻ തുർക്കിസ്താനിൽ നിന്നുള്ള് സ്വന്തം അനുചരന്മാരാൽ അധികാരഭ്രഷ്ടനാക്കപ്പെടുകയായിരുന്നു. പിൽക്കാലത്ത് ട്രാൻസോക്ഷ്യാനയിലെ സാമ്രാജ്യം തദ്ദേശീയ തുർക്കോമംഗോളിയൻ വംശനേതാക്കളുടെ നിയന്ത്രണത്തിലായി.

സ്വാതന്ത്ര്യം
ചഗതായ് ഉലു
തിമൂർ
ഇൽഖാനികളുമായുള്ള മത്സരം