മലയാളഭാഷയിൽ സ്വരസഹായം കൂടാതെ പദാന്തത്തിൽ തനിയേ നിൽക്കാവുന്ന, സ്വന്തമായി ലിപിയുള്ള, വ്യഞ്ജങ്ങളെ ചില്ലുകൾ എന്ന ഗണത്തിൽ പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു. യ, ര, റ, ല, ള, ഴ, ണ, ന, മ എന്നീ ഒൻപതു വ്യഞ്ജനങ്ങളേ മലയാളത്തിൽ പദാന്തത്തിൽ വരൂ. എന്നാൽ സംസ്കൃതപദങ്ങൾ അതേപോലെ മലയാളത്തിൽ ഉപയോഗിക്കുമ്പോഴും, സംസ്കൃതം മലയാളലിപിയിൽ എഴുതുമ്പോഴും മറ്റും ക, ട, ത എന്നീ വ്യഞ്ജനങ്ങളും പദാന്തത്തിൽ വരും. യകാരം സ്വതന്ത്രമായി വരുന്ന സന്ദർഭങ്ങൾ കുറവായതിനാൽ അതിനെ ചില്ലുകളിൽ പെടുത്താറില്ല. ര-റകൾക്കും ള-ഴകൾക്കും പദാന്തത്തിൽ നിർവിഷമീകരണം സംഭവിച്ച് ധ്വനിഭേദമില്ലാതാകുന്നു. അനുസ്വാരം മകാരത്തിന്റെ ചില്ലാണെന്ന് കേരളപാണിനി അഭിപ്രായപ്പെടുന്നുവെങ്കിലും അതിനോടു വിയോജിക്കുന്ന പണ്ഡിതന്മാരും ഉണ്ട്. സംസ്കൃതത്തിന്റെ രീതിയിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി, കേവലമകാരം വരുന്ന സ്ഥലങ്ങളിൽ മലയാളത്തിൽ അനുസ്വാരത്തിന്റെ ലിപി ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഇക്കാരണത്താലാകണം കേരളപാണിനി അനുസ്വാരത്തെ മലയാളഭാഷയെ സംബന്ധിച്ചിടത്തോളം മകാരത്തിന്റെ ചില്ലായും കണക്കാക്കുന്നത്. ചില്ലുകളെ കുറിക്കുന്ന ലിപികൾ താഴെ:
സ്വരങ്ങൾ
നിയന്ത്രിതസ്വനിമങ്ങളും പ്രാന്തസ്വനിമങ്ങളും
ചില്ലുകൾ
വ്യഞ്ജനങ്ങൾ