ക്ഷേത്രേശന്മാർ പോയതോടെ അവരുടെ പരദേവതാ ക്ഷേത്രം അനാഥമാവുകയുംകാലക്രമത്തിൽ നശിച്ചുപോകുകയും ചെയ്തു.പിന്നീട് ഈ ദേവി ചൈതന്യം ഇവിടെത്തെ ജലാശയത്തിലൂടെ ഒഴുകിയെത്തി ഈ ദേവി സ്ഥാനത്ത് എത്തിപ്പെടുകയും ചെയ്തു.എന്നാൽ ആകാലത്ത് ഇവിടെയുണ്ടായിരുന്ന ബ്രാഹ്മണർ ആരാധിച്ചു വന്നിരുന്നത് ഭദ്രകാളീ ചൈതന്യത്തെയെയായിരുന്നു ജലാശയത്തിലൂടെ ഒഴുകി വന്ന ചെമ്മതിട്ടയിലെ ദുർഗ്ഗ ചൈതന്യം ഭദ്രകാളീ ചൈതന്യത്തിൽ വിലയം പ്രാപിക്കുകയും ചെയ്തുവത്രേ. അങ്ങനെ ആ ദേശത്തിൻറെ പേരായ ചെമ്മംതിട്ട ഈ ദേശത്തിന് കൂടി ലഭിച്ചു.പിന്നീട് ബ്രാഹ്മണ അധികാരത്തിനു ശേഷം ക്ഷത്രീയാധികാരത്തിൽ വന്നു ചേർന്നപ്പോൾ രാജഭരണത്തിന് കീഴിൽ ഈ ക്ഷേത്രം സംരക്ഷിച്ചു ആരാധനകൾ നടത്തിപോരികയും, ചെയ്തു. അടുത്ത കാലം വരെ ചെമ്മംതട്ട നായർ എന്ന കുടുംബത്തിൻറെ ഉടമസ്ഥതയിൽ ആയിരുന്നു ഈ ക്ഷേത്രം അവരുടെ കയ്യിൽ നിന്നും ഈ ക്ഷേത്രവും ഭൂസ്വത്തുക്കളും അന്യാധീനപ്പെട്ടു പോകുമെന്നായപ്പോൾ മഠതമന മാധവൻ എമ്പ്രാന്തിരി എന്നയാൾക്ക് കൈമാറുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ അദ്ദേഹത്തിൻറെ കാലശേഷം അനന്തരാവകാശികൾ ഇല്ലാതിരുന്നതിനാൽ ക്ഷേത്രം എച്ച്.ആർ ആൻഡ്‌ സി .സി ഏറ്റെടുത്തു ഭരണം നടത്തി പോരികയും ചെയ്യുന്നു. ഇപ്പോൾ മലബാർ ദേവസ്വം ബോർഡ് ആണ് ക്ഷേത്രചുമതല വഹിക്കുന്നത്. 
ക്ഷേത്രപ്രവേശനം
ഐതിഹ്യം
ക്ഷേത്രഭരണം
പുനരുദ്ധാരണം