ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന ആണ്ടുവിശേഷം നവരാത്രിയാണ്. കന്നിമാസത്തിൽ കറുത്തവാവ് കഴിഞ്ഞുള്ള ഒമ്പത് ദിവസങ്ങളാണ് നവരാത്രിയായി ആചരിച്ചുവരുന്നത്. കേരളത്തിൽ പ്രധാനമായും അവസാനത്തെ മൂന്ന് ദിവസമാണ് വിശേഷം. സദാസമയവും സരസ്വതീസാന്നിദ്ധ്യം കൊണ്ട് ധന്യമായ ശ്രീ ദക്ഷിണമൂകാംബികാക്ഷേത്രത്തിൽ നവരാത്രിയ്ക്ക് വളരെയധികം പ്രാധാന്യമുണ്ട്. ഒമ്പത് ദിവസവും ദേവിയ്ക്ക് വിശേഷാൽ പൂജകളും വഴിപാടുകളുമുണ്ടാകും. ദുർഗ്ഗാഷ്ടമിനാളിൽ സന്ധ്യയ്ക്ക് പുസ്തകങ്ങളും പണിയായുധങ്ങളും സംഗീതോപകരണങ്ങളും പൂജയ്ക്കുവയ്ക്കുന്നു. മഹാനവമി നാളിൽ അടച്ചുപൂജയാണ്. വിജയദശമിനാളിൽ രാവിലെ പൂജ കഴിഞ്ഞ് പുസ്തകങ്ങളും പണിയായുധങ്ങളും സംഗീതോപകരണങ്ങളും അവയുടെ ഉടമസ്ഥർക്ക് തിരിച്ചുകൊടുക്കുന്നു. അന്നേദിവസം ആയിരക്കണക്കിന് കുരുന്നുകൾ ക്ഷേത്രത്തിൽ വിദ്യാരംഭം കുറിയ്ക്കുന്നു. ക്ഷേത്രത്തിൽ അന്ന് വൻ ഭക്തജനത്തിരക്കുണ്ടാകും. 

ഗണപതി
നിത്യപൂജകളും തന്ത്രവും
നവരാത്രി
മഹാവിഷ്ണു