ജൈവരസതന്ത്രം, ആകൃതി, ഉപാപചയം തുടങ്ങിയവയുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ 20-ആം നൂറ്റാണ്ടിൽ, പ്രോക്കാരിയോട്ടകൾ ഒരേ കൂട്ടം ജീവികളായി വർഗ്ഗീകരിച്ചിരുന്നത്. ഉദാഹരണത്തിന്, സൂക്ഷ്മാണു ശാസ്ത്രജ്ഞന്മാർ ശരീരത്തിന്റെ ആകൃതി, അവയുടെ കോശഭിത്തിയുടെ ആകൃതി, കഴിക്കുന്ന ആഹാരം തുടങ്ങിയവയെ അടിസ്ഥാനപ്പെടുത്തിയാണ് വർഗ്ഗീകരണം നടത്തിയത്. എന്നാൽ 1965-ൽ ശാസ്ത്രജ്ഞന്മാർ പുതിയ ഒരു സമീപനം കൊണ്ടുവന്നു, ജീനുകളുടെ നിരകൾ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഏതേതു ജീവികൾ സാധുതയോടുകൂടി പരസ്പരം ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു എന്നു കണ്ടെത്തി. ഈ സമീപനത്തെ ഫൈലോജനിറ്റിക്സ് എന്നു പറയുന്നു, ഇതേ രീതി പിൽക്കാലങ്ങളിൽ തുടർന്നുപോന്നു.

അർക്കിയ വംശവൃക്ഷത്തിൽ പ്രോക്കാരിയോട്ടെയിലെ പുതിയ വിഭാഗമായി വർഗ്ഗീകരിച്ചത് 1977 കാൾ വോസീ, ജോർജ്ജ് ഇ. ഫോക്സ് എന്നിവർ റൈബോസോമൽ ആർ.എൻ.എ (rRNA) ജീനുകളുടെ അനുക്രമത്തിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ്. ഈ രണ്ടു വിഭാഗങ്ങൾ നാമകരണം ചെയ്തത് അർക്കിബാക്റ്റീരിയ, യൂബാക്റ്റീരിയ എന്നായിരുന്നു, ജന്തുലോകം ഉപ ജന്തുലോകം എന്നിവയായി വോസിയും ഫോക്സും പരിഗണിച്ചത്. വോസി ഇവ പുതിയ തരം ജീവി വിഭാഗമാണെന്നു വാദിച്ചു. ഈ മാറ്റങ്ങൾക്ക് ഊന്നൽ നൽകാൻ ഈ വിഭാഗങ്ങളെ പിന്നീട് അർക്കിയ എന്നും ബാക്റ്റീരിയ എന്നും പുനർനാമകരണം ചെയ്തു. അർക്കിയ എന്ന പേര് പുരാതന ഗ്രീക്ക് പദവും "പുരാതന വസ്തു" എന്ന് അർത്ഥം വരുന്ന ൽ നിന്നാണ്. 

തുടക്കത്തിൽ മീഥനോജെനുകൾ മാത്രമാണ് ഈ പുതിയ സാമ്രാജ്യത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയത്, അർക്കിയകൾ ഉപ്പു കായലുകളിലെ താപ നീരുറവകൾ പോലുള്ള പരുഷമായ ആവാസ വ്യവസ്ഥയിലാണ് ഇവ കാണപ്പെട്ടത്. 20-ആം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ അവസാനത്തോടെ പ്രകൃതിതിയിലെമ്പാടും പടർന്നുകിടക്കുന്നവയാണിതെന്ന് കണ്ടെത്തുകയും, പിന്നീടിവ മണ്ണ്, സമുദ്രം, നീർതടം എന്നിവിടങ്ങളിലും കാണപ്പെടുന്നതായും കണ്ടെത്തി. പക്ഷെ ഈ കണ്ടെത്തൽ പ്രകൃതിയിൽ നിന്നും ലഭ്യമായ ഇവയുടെ മർമ്മാമ്ലം മൂലമാണ്, പരീക്ഷണ ശാലകളിൽ ഇതിനെ വളർത്തിയെടുത്തിട്ടില്ല.

പുതിയ സാമ്രാജ്യം
പരിതഃസ്ഥിതി
ആകൃതിയും പുരോഗതിയുടെ സംഗ്രഥനവും പ്രവർത്തനവും
യൂക്കാറ്റിയോട്ടസിനോടുള്ള ബന്ധം