ആറ്റത്തിനെ കുറിച്ചുളള ആദ്യത്തെ ആശയം ഇൻഡ്യയിൽ നിന്നായിരുന്നു. ബി.സി.ഇ. 600 നും 200നും ഇടയിൽ ജീവിച്ചിരുന്ന കണാദ മഹർഷി എല്ലാ വസ്തുക്കളും ചെറുകണങ്ങളാൽ നിർമ്മിതമാണെന്നു കണ്ടെത്തി. ഏറ്റവും ചെറിയ കണത്തെ അദ്ദേഹം അണു എന്നു നാമകരണം ചെയ്തു. രണ്ടണുക്കൾ ചേർന്നാൽ ദ്വയാണു ഉണ്ടാകും എന്ന് അദ്ദഹം പ്രസ്താവിച്ചു. അനേകം അണുക്കൾ ചേർന്നാണു എല്ലാ ഭാരമുള്ള വസ്തുക്കളും ഉണ്ടാകുക എന്നും പറഞ്ഞു.

എല്ലാവസ്തുക്കളും വിഭജിക്കാനാവാത്ത വിവിധതരത്തിലുള്ള ചെറു കണികകൾ കൊണ്ടു നിർമ്മിതമാണ് എന്ന് ബി.സി.ഇ. 460 മുതൽ 370 വരെ ജീവിച്ചിരുന്ന ഗ്രീക്ക് തത്ത്വചിന്തകനായ ഡെമോക്രിറ്റസ് അഭിപ്രായപ്പെട്ടിരുന്നു. ഇത്തരം കണികകളെ അദ്ദേഹം ആറ്റം എന്നു വിളിച്ചു. 
1803-ൽ ഇംഗ്ലീഷ് രസതന്ത്രജ്ഞനായ ജോൺ ഡാൾട്ടൻ (1766-1844) ഒരു അണുസിദ്ധാന്തം മുന്നോട്ടു വച്ചു. ഓരോ മൂലകവും അതിന്റേതായ തരത്തിലുള്ള അണുക്കളാൽ നിർമ്മിതമാണെന്നായിരുന്നു അത്. വ്യത്യസ്ത തരത്തിലുള്ള അണുക്കൾ കൂടിച്ചേർന്ന് സംയുക്തങ്ങൾ ഉണ്ടാകുന്നുവെന്നു അദ്ദേഹം അഭിപ്രായപ്പെട്ടു. 1827-ൽ ജീവശാസ്ത്രജ്ഞാനായിരുന്ന റോബർട്ട് ബ്രൗൺ ബ്രൗണിയൻ ചലനത്തിന്‌ വിശദീകരണം നൽകിയപ്പോൾ ജലതന്മാത്രകളെക്കുറിച്ച് പരാമർശിച്ചു..
1897-ൽ ഇംഗ്ലീഷ് ഭൌതികശാസ്ത്രജ്ഞനായ ജെ.ജെ. തോംസൺ ഇലക്ട്രോൺ കണ്ടെത്തി.അദ്ദേഹം മുന്നോട്ടുവച്ച ആറ്റം മാതൃക പ്ലം പുഡിങ് മാതൃക എന്നറിയപ്പെടുന്നു. ഏകദേശം 10 മീറ്റർ വ്യാസാർദ്ധമുള്ള ഗോളാകൃതിയിലുള്ള ആറ്റത്തിൽ, ഒരു പുഡ്ഡിംഗിൽ പ്ലം പഴങ്ങൾ എന്നപോലെ, വിരുദ്ധ ചാർജ്ജുള്ള കണങ്ങൾ ചിതറിക്കിടക്കുന്നു എന്ന് അദ്ദേഹം അഭിപ്രായപ്പെട്ടു. ആറ്റത്തിന്റെ വൈദ്യുത തുലനാവസ്ഥ വിശദീകരിയ്ക്കുവാൻ ഈ മാതൃകയ്ക്കു കഴിഞ്ഞുവെങ്കിലും ഹൈഡ്രജൻ സ്പെക്ട്രത്തെക്കുറിച്ച് വിശദീകരിയ്ക്കുന്നതിൽ പരാജയപ്പെട്ടു.

1911-ൽ ഏണസ്റ്റ് റൂഥർഫോർഡ് സ്വർണത്തകിടിൽ തട്ടി ചിതറി പുറത്തുവരുന്ന ആൽ‍ഫാകണങ്ങളുടെ സ്വഭാവം പഠനവിധേയമാക്കി. അദ്ദേഹം ഒരേ സ്രോതസ്സിൽ നിന്നുള്ള ഒരുകൂട്ടം ആൽഫാ കണങ്ങളെ, കനം കുറഞ്ഞ ഒരു സ്വർണത്തകിടിൽ പതിക്കാനനുവദിച്ചു. ഭൂരിഭാഗം കണങ്ങളും ചലനഗതിയ്ക്ക് വ്യതിയാനം സംഭവിക്കാതെ പുറത്തേയ്ക്കു വന്നു. അതിൽനിന്നും ആറ്റത്തിനുള്ളിലെ 90% സ്ഥലവും ശൂന്യമാണെന്ന് റൂഥർഫോർഡ് അനുമാനിച്ചു. വളരെക്കുറച്ച് ആൽഫാകണങ്ങൾ ആറ്റത്താൽ ആഗിരണം ചെയ്യപ്പെട്ടു. അവ ആറ്റത്തിനുള്ളിൽ ചിതറിക്കിടക്കുന്ന നെഗറ്റീവ് ചാർജുള്ള കണങ്ങളുടെ സാന്നിദ്ധ്യത്തിന്‌ തെളിവു നൽകി. എണ്ണായിരത്തിൽ ഒരു ആൽഫാകിരണത്തിന്‌ സഞ്ചാരപഥത്തിൽ ഗണ്യമായ വ്യതിയാനം സംഭവിച്ചു. അതിൽ നിന്ന് ആറ്റത്തിനു നടുവിൽ വളരെച്ചെറിയ ഭാഗത്ത് പോസിറ്റീവ് ചാർജ്ജ് കേന്ദ്രീകരിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നതായി അനുമാനിക്കപ്പെട്ടു..

പ്രസ്തുത പരീക്ഷണത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ റൂഥർഫോർഡ് ഒരു ആറ്റം മാതൃകയ്ക്ക് രൂപം നൽകി. സൗരയൂഥത്തിനു ചുറ്റും ഗ്രഹങ്ങൾ ചലിയ്ക്കുന്നതുപോലെ അണുകേന്ദ്രത്തിനു ചുറ്റും ഇലക്ട്രോണുകൾ സദാ ചലിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുന്നുവെന്നായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ അനുമാനം. ആറ്റത്തിന്റെ കേന്ദ്രഭാഗത്ത് സ്ഥിതിചെയ്യുന്ന ന്യൂക്ലിയസിൽ ആറ്റത്തിന്റെ മുഴുവൻ പോസിറ്റീവ് ചാർജ്ജും ഭൂരിഭാഗം പിണ്ഡവും കേന്ദ്രീകരിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നുവെന്നും, അതിനുചുറ്റും ഇലക്ട്രോണുകൾ സദാ കറങ്ങിക്കൊണ്ടിരിക്കുന്നുവെന്നും അദ്ദേഹം അഭിപ്രായപ്പെട്ടു.സൗരയൂഥ മാതൃകയെന്നും ഈ ആറ്റം മോഡലിന്‌ പേരുണ്ട്.

ആറ്റത്തിന്റെ സ്ഥിരത വിശദീകരിയ്ക്കാൻ കഴിയാത്തതാണ്‌ ഈ മാതൃകയുടെ പ്രധാന ന്യൂനത. നിരന്തരം ഭ്രമണം ചെയ്യുന്ന ഏതൊരു വസ്തുവിനെയും പോലെ ഇലക്ട്രോണും അഭികേന്ദ്രബലം മൂലമുണ്ടാകുന്ന ഊർജ്ജനഷ്ടത്തിന്‌ വിധേയമാകും. അങ്ങനെ പൂർണമായും ഊർജ്ജം നഷ്ടപ്പെടുന്ന ഇലക്ട്രോണുകൾ ന്യൂക്ലിയസിൽ പതിച്ചാൽ ആറ്റം നശിക്കും. എന്നാൽ ആറ്റം സ്ഥിരമാണെന്ന് അതിനോടകം തന്നെ തെളിയിക്കപ്പെട്ടിരുന്നു. ഇക്കാരണത്താൽ റൂഥർഫോർഡിന്റെ ആറ്റം മാതൃക നിരസിയ്ക്കപ്പെട്ടു.
റൂഥർഫോർഡിന്റെ ആറ്റം മാതൃകയും, മാക്സ് പ്ലാങ്കിന്റെ ക്വാണ്ടം സിദ്ധാന്തത്തിലെ ചില ആശയങ്ങളും സം‌യോജിപ്പിച്ച് നീൽസ് ബോർ 1913-ൽ ബോർ മാതൃകയ്ക്ക് രൂപം നൽകി. ഇലക്ട്രോണുകളുടെ ഭ്രമണപഥത്തിന്‌ അദ്ദേഹം ഓർബിറ്റ് അഥവാ ഷെൽ എന്ന പേരു നൽകി. ഓരോ ഭ്രമണപഥവും നിശ്ചിത ഊർജ്ജവും കോണീയസം‌വേഗവും(angular mementum) ഉള്ളവയാണെന്നും അവയുടെ സം‌വേഗം h/2╥ (h-പ്ലാങ്ക് സ്ഥിരാങ്കം)ന്റെ പൂർണസംഖ്യാഗുണിതങ്ങളായിരിക്കുമെന്നുംഅദ്ദേഹം അഭിപ്രായപ്പെട്ടു. താഴ്ന്ന ഊർജ്ജനിലയിലുള്ള ഒരു ഇലക്ട്രോണിന്‌ ഊർജ്ജം സ്വീകരിച്ചുകൊണ്ട് ഉയർന്ന ഊർജ്ജനിലയിലേയ്ക്കും,ഉയർന്ന ഊർജ്ജനിലയിലുള്ളവയ്ക്ക് ഊർജ്ജം നഷ്ടപ്പെടുത്തിക്കൊണ്ട് താഴ്ന്ന ഊർജ്ജനിലയിലേയ്ക്കും പ്രയാണം നടത്താമെന്നും,അങ്ങനെ ആഗിരണം ചെയ്യപ്പെടുകയോ സ്വതന്ത്രമാക്കപ്പെടുകയോ ചെയ്യുന്ന ഊർജ്ജം e=hf(f-തരംഗത്തിന്റെ ആവൃത്തി) എന്ന സമവാക്യം അനുസരിക്കുന്നുവെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു.ഇങ്ങനെ ഇലക്ട്രോൺ സ്ഥാനാന്തരം മൂലമുണ്ടാകുന്ന ഊർജ്ജവ്യതിയാനം ഹൈഡ്രജൻ സ്പെൿട്രത്തിന്റെ രൂപവത്കരണത്തിന്‌ കാരണമാകുന്നു എന്നതായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ വിശദീകരണം.
1926-ൽ എർവിൻ ഷ്രോഡിങർ ഷ്രോഡിങർ സമവാക്യം വികസിപ്പിച്ചതോടെ ആറ്റത്തിന്റെ ഘടനയെക്കുറിച്ച് കൂടുതൽ വ്യക്തമായി.ആറ്റത്തിനുള്ളിൽ ഇലക്ട്രോണുകൾ കണ്ടെത്താൻ സാദ്ധ്യതയുള്ള സ്ഥലങ്ങളെ ഓർബിറ്റലുകൾ എന്നു വിളിച്ചു. ഓരോ പ്രധാന ഊർജ്ജനിലയ്ക്കും നിരവധി ഉപഊർജ്ജനിലകളും(സബ്ഷെല്ലുകൾ) ഓർബിറ്റലുകളും ഉണ്ടാകാമെന്ന് ക്വാണ്ടം സംഖ്യകളുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ തെളിയിക്കപ്പെട്ടു.ഹെയ്സൻബർഗ്ഗിന്റെ അനിശ്ചിതത്വതത്വവും,പോളിയുടെ സിദ്ധാന്തവും(Pauli's exclusion principle) ഓഫ്ബാ സിദ്ധാന്തവും(aufbau principle) ഓർബിറ്റലുകളിൽ ഇലക്ട്രോണുകൾ ക്രമീകരിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന രീതി വിശദമാക്കി.

1950കളിൽ കണികാത്വരണികൾ ഉപയോഗിച്ചുള്ള പഠനത്തിൽ ന്യൂട്രോണും പ്രോട്ടോണും ഹാഡ്രണുകൾ കൊണ്ടും ഓരോ ഹാഡ്രണും ക്വാർക്കുകൾ കൊണ്ടും നിർമ്മിതമാണെന്ന് കണ്ടുപിടിച്ചു. ഈ കണ്ടു പിടിത്തത്തിന്‌ 1969-ൽ മുറെ ജെൽമാൻ എന്ന അമേരിക്കൻ ഭൗതികശാസ്ത്രജ്ഞന്‌ നോബൽ സമ്മാനം ലഭിച്ചു. 1985-ൽ അമേരിക്കൻ ഭൗതികശാസ്ത്രജ്ഞനായ സ്റ്റീവ് ചു വും സംഘവും ലേസർ രശ്മികൾ ഉപയോഗിച്ച് ആറ്റത്തിനുള്ളിലെ താപനിലയ്ക്ക് വ്യതിയാനം വരുത്താമെന്ന് കണ്ടെത്തി.അതേ വർഷം തന്നെ വില്യം ഡി ഫിലിപ് സോഡിയം മാഗ്നെറ്റിക് ട്രാപ്പ് പ്രതിഭാസത്തിനും വിശദീകരണം നൽകി. ഈ രണ്ടു കണ്ടുപിടിത്തങ്ങളും ശീതീകരിച്ച ആറ്റങ്ങളിലെ ബോസ്-ഐൻസ്റ്റീൻ കണ്ടെൻസേഷൻ എന്ന അവസ്ഥയ്ക്ക് തെളിവു നൽകി. ഈ അവസ്ഥയിലുള്ള അണുക്കളുടെ സ്വഭാവം ഇന്നും പൂർണമായി നിർവചിയ്ക്കപ്പെട്ടിട്ടില്ല.

ക്വാർക്കുകൾ ആറുതരത്തിലുണ്ടെന്നും, അവയിൽ അപ്,ഡൗൺ, ആന്റി-ക്വാർക്കുകളുടെ സമ്യോജനഫലമാണ്‌ പ്രോട്ടോണും ന്യൂട്രോണുമടക്കമുള്ള അടിസ്ഥാനകണങ്ങളെന്നും ഇരുപതാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ അവസാനം തന്നെ കണ്ടെത്തിയിരുന്നു. ക്വാർക്ക് ഘടനയുടെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ കണങ്ങൾ ബേരിയോണുകൾ, മീസോണുകൾ എന്നിങ്ങനെ തരംതിരിക്കപ്പെട്ടു. 2002-ൽ ജപ്പാനിൽ നടന്ന അന്താരാഷ്ട്ര ശാസ്ത്ര സമ്മേളനത്തിൽ പെന്റാക്വാർക്കുകൾ അഥവാ എക്സോട്ടിക് ബേരിയോൺ അവസ്ഥയുടെ സാന്നിദ്ധ്യം ചർച്ചചെയ്യപ്പെട്ടു. ബിഗ് ബാംഗ് സ്ഫോടനത്തിനു ശേഷം നിലനിന്നിരുന്ന ക്വാർക്ക് ഗ്ലുവോൺ പ്ലാസ്മയെന്ന ദ്രവ്യത്തിന്റെ അവസ്ഥ ലാർജ് ഹാഡ്രോൺ കൊളൈഡറിലൂടെ കൃത്രിമമായി പുനഃസൃഷ്ടിച്ച് അണുവിലെ മൗലികകണങ്ങളെക്കുറിച്ച് പഠിക്കാനുള്ള ശ്രമത്തിലാണ്‌ ശാസ്ത്രജ്ഞർ ഇപ്പോൾ.

കാന്തിക ആഘൂർണം(Magnetic moment)
അണുവിന്റെ ഘടന
ചരിത്രം
ആറ്റത്തിന്റെ വലിപ്പം