1507-ൽ ഹെറാത്ത് ഉസ്ബെക്കുകളായ ഷൈബാനി രാജവംശത്തിലെ മുഹമ്മദ് ഷൈബാനി ഖാൻ ആക്രമിച്ചു കീഴടക്കി. എന്നാൽ മുൻ‌കാല അധിനിവേശങ്ങൾ പോലെ നഗരം കൊള്ളയടിച്ച് നശിപ്പിക്കാൻ ഷൈബാനികൾ ശ്രമിച്ചില്ല. ഇവരുടെ സമീപനം വളരെ മാന്യമായിരുന്നു. മുൻ ഹെറാത്തി ഉദ്യോഗസ്ഥരെ തത്സ്ഥാനത്തുതന്നെ നിയമിച്ച് ജനജീവിതം സാധാരണഗതിയിൽ തുടരാൻ അനുവദിക്കുകയും നഗരവാസികളീൽ നിന്നും കരം മാത്രം പിരിക്കുകയും ചെയ്തു. 

1510-ൽ ഉസ്ബെക്കുകളെ പരാജയപ്പെടുത്തി പേർഷ്യയിലെ സഫവികൾ ഹെറാത്ത് കൈക്കലാക്കി. പതിനാറും പതിനേഴും നൂറ്റാണ്ടുകളിൽ ഹെറാത്ത്, സഫവികളുടെ നിയന്ത്രണത്തിലായിരുന്നു. എങ്കിലും ഉസ്ബെക്കുകൾ ഇവിടെ ഇടക്കിടെ ആക്രമണങ്ങൾ നടത്തിക്കൊണ്ടിരുന്നു. ഇടക്ക് ചില അവസരങ്ങളിൽ ഹെറാത്ത് ഉസ്ബെക്ക് നിയന്ത്രണത്തിലാകുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. പേർഷ്യക്കാരുടെ നിയന്ത്രണത്തിലായതോടെ മുൻപ് അധികവും സുന്നികളായിരുന്ന ഹെറാത്തിലെ തദ്ദേശീയർ, ഷിയാ വിശ്വാസത്തിലേക്ക് ക്രമേണ മാറി.

പതിനേഴാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ അവസാനവും പതിനെട്ടാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ ആരംഭത്തിലും, ഹെറാത്ത്, അബ്ദാലി പഷ്തൂണുകളുടെ കേന്ദ്രമായി. 1715/16-ൽ അബ്ദാലികൾ പേർഷ്യക്കാരിൽ നിന്നും ഹെറാത്ത് പിടിച്ചടക്കി. പിന്നീട് 1732-ൽ നാദിർ ഷാ വീണ്ടും ഹെറാത്ത് പിടീച്ചടക്കിയെങ്കിലും ഷായുടെ മരണശേഷം, 1747-ൽ അഹ്മദ് ഷാ അബ്ദാലിയുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ദുറാനി സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ കീഴിലായി. ഏതാണ്ട് 70 വർഷത്തിനു ശേഷം ദുറാനി സാമ്രാജ്യം ശീഥിലമാകുമ്പോൾ രാജവംശത്തിന്റെ അവസാന അഭയകേന്ദ്രമായിരുന്നു ഹെറാത്ത്. 1818-ൽ മഹ്മൂദ് ഷാ ദുറാനി, ഹെറാത്തിൽ അഭയം തേടുകയും ഹെറാത്തിൽ നിന്നും ഭരണം തുടരുകയും ചെയ്തു. മഹ്മൂദിന്‌ശേഷം പുത്രൻ കമ്രാൻ ഇവിടെ നിന്നും ഭരണം നടത്തി.

തിമൂറി സാമ്രാജ്യകാലം
ചരിത്രം
പതിനഞ്ചാം നൂറ്റാണ്ടിനു ശേഷം
ചരിത്രാവശിഷ്ടങ്ങൾ