പിന്നീട് അധികാരത്തിലെത്തിയ ചന്ദ്രശേഖർ സർക്കാർ അന്വേഷണം സി.ബി.ഐ ക്കു വിടുകയുണ്ടായി. ഡി.ആർ. കാർത്തികേയന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ഒരു പ്രത്യേക അന്വേഷണ സംഘമാണ് കേസന്വേഷിച്ചത്. കൊലപാതകത്തിന്റെ ആസൂത്രണവും നടത്തിപ്പും എൽ.ടി.ടി.ഇ ആണെന്നു അന്വേഷണ സംഘം കണ്ടെത്തി. സുപ്രീം കോടതി ഈ കണ്ടെത്തൽ സ്ഥിരീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. 

രാജീവ് ഗാന്ധിയുടെ കൊലപാതകത്തിന് ദ്രാവിഡ മുന്നേറ്റ കഴകം എന്ന സംഘടന പുലികൾക്ക് വേണ്ട സഹായങ്ങൾ ചെയ്തുകൊടുത്തുവെന്ന് ഇതിനെക്കുറിച്ചന്വേഷിച്ച് മിലാപ് ചന്ദ് ജെയിന്റെ ഇടക്കാല റിപ്പോർട്ടിൽ പറയുന്നു. സുബ്രഹ്മണ്യൻ സ്വാമിയുടെ വിദേശ ബന്ധങ്ങളെക്കുറിച്ചന്വേഷിക്കണമെന്നും റിപ്പോർട്ടിൽ ശുപാർശചെയ്തിരിക്കുന്നു. 1991 മേയ് 21 ന് മുൻകൂട്ടി തയ്യാറാക്കിയ ഒരു പരിപാടി ഡൽഹിയിലുണ്ടായിരുന്നിട്ടും, അതു റദ്ദാക്കി സുബ്രഹ്മണ്യൻ സ്വാമി തന്റെ സഹപ്രവർത്തകരെ ആരേയും അറിയിക്കാതെ മദ്രാസിൽ തങ്ങിയത് സംശയാസ്പദമാണെന്ന് കമ്മീഷൻ നിരീക്ഷിച്ചിരുന്നു.
സുരക്ഷാ വീഴ്ച
സൂത്രധാരർ
കൊലപാതകം
അന്വേഷണം