പതിനാലാം നൂറ്റാണ്ട് മുതൽ, മദ്ധ്യപൗരസ്ത്യദേശത്തെ സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുടെ ശക്തി കുറഞ്ഞു കുറഞ്ഞു വന്നു. മതവൈരങ്ങളും ഉൾപ്പിണക്കങ്ങളും ഈ തകർച്ചയുടെ ആക്കം കൂട്ടി. ഈ കാലഘട്ടത്തിൽ കേരളവുമായുള്ള ബന്ധങ്ങൾ വിഛേദിക്കപ്പെട്ടു. അക്കാലഘട്ടത്തിൽ കേരളത്തിൽ എത്തിച്ചേർന്ന നെസ്തോറിയ മെത്രാന്മാരുടെ ആരാധനാ വസ്ത്രധാരണ എന്നിവയിലുള്ള സാമ്യം മൂലം മലങ്കര സഭ അവരെ സ്വീകരിച്ചിരുന്നു. 

അന്നെത്തിച്ചേർന്ന നെസ്തോറിയ മെത്രാന്മാർക്ക് മലങ്കര സഭയെക്കുറിച്ച് അറിയില്ലായിരുന്നു എന്നതിന് ഒരു വലിയ തെളിവാണ് ഒരു മെത്രാൻ അവരുടെ കാതോലിക്കക്ക് അയച്ച കത്ത്. അതിൻപ്രകാരം ആ മെത്രാൻ ഈ സ്ഥലത്തേക്കുറിച്ചും ഇവിടത്തെ സഭയെക്കുറിച്ചും വിശദീകരിച്ചു കൊടുക്കുന്നുണ്ട്. ഇതിന് മുൻപ് ഇവിടെ ഉണ്ടായിരുന്നതാണ് ആ സഭയെങ്കിൽ അങ്ങനെ വിശദീകരിക്കേണ്ട കാര്യം ഇല്ലല്ലൊ.

ക്രി.വ. 1490 മുതൽ 1599 വരെ മലങ്കര സഭക്ക് മെത്രാന്മാരെ അയച്ചിരുന്നത് നെസ്തോറിയ സഭ ആയിരുന്നു. ഇക്കാലത്ത് മലങ്കര സഭ മുഴുവനായും നെസ്തോറിയ വിശ്വാസം കൈക്കൊണ്ടു എന്നൊരു വാദം ഉണ്ട്. പൌരസ്ത്യ ക്രൈസ്തവീയതയെ പാഷാണ്ഡത എന്ന് കരുതി തള്ളിക്കളഞ്ഞ ജെസ്യൂട്ട് ബിഷപ്പ് മെനസിസ്നും അദ്ദേഹം വിളിച്ചുകൂട്ടിയ ഉദയം‍പേരൂർ സുന്നഹദോസ് മുതലായവയും ഈ വാദത്തെ അംഗീകരിച്ചിരുന്നു. എകിലും അക്കാലത്ത് നടന്ന ഒരു സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സുന്നഹദോസിൽ പങ്കെടുത്ത സഭയുടെ കാതോലിക്ക സ്വയം “കിഴക്കിന്റെയും ഇന്ത്യയുടെയും കാതോലിക്ക“ എന്നാണ് വിശേഷിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നത്.

കാതോലിക്കാ സ്ഥാനം
നെസ്തോറിയ സ്വാധീനം
അസോസിയേഷൻ
1912-1964 വരെ