നാലമ്പലത്തിനുപുറത്ത് വടക്കുപടിഞ്ഞാറേമൂലയിൽ പ്രത്യേകം ശ്രീകോവിലിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായാണ് ശിവപാർവ്വതീപുത്രനായ സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയുടെ പ്രതിഷ്ഠ. ബാലസുബ്രഹ്മണ്യരൂപത്തിലാണ് വിഗ്രഹം. ഏകദേശം നാലടി ഉയരം വരുന്ന ശിലാവിഗ്രഹമാണ്. സുബ്രഹ്മണ്യന്റെ നടയിലും മുഖപ്പുണ്ട്. പാലഭിഷേകം, പഞ്ചാമൃതം എന്നിവയാണ് പ്രധാന വഴിപാടുകൾ. മാസം തോറുമുള്ള ഷഷ്ഠിവ്രതവും, മകരമാസത്തിലെ തൈപ്പൂയവുമാണ് സുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമിയ്ക്ക് വിശേഷദിവസങ്ങൾ. 

ക്ഷേത്ര ഉത്പത്തി
സുബ്രഹ്മണ്യൻ
ഗണപതി
പ്രതിഷ്ഠകൾ