ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന പ്രതിക്ഷ്ഠ ലക്ഷ്മിസമേതനായ നാരായണനാണെന്ന് പുരാണ തമിഴ് ഗ്രന്ഥമായ ദിവ്യപ്രബന്ധത്തിൽ പരാമർശം കാണുന്നു. അത്യപൂർവമായ ഒരു ശിലയിൽ തീർത്ത വിഗ്രഹമാണ്. എന്നാൽ ഇപ്പോൾ പഞ്ചലോഹം കൊണ്ട് പൊതിഞ്ഞിരിക്കുന്നു. ഏകദേശം നാലടി ഉയരം വരും. നിൽക്കുന്ന രൂപത്തിലാണ് വിഗ്രഹം. ചതുർബാഹുവായ ഭഗവാൻ ശംഖചക്രഗദാപദ്മങ്ങൾ ധരിച്ചിരിയ്ക്കുന്നു. രണ്ടുനിലകളോടുകൂടിയ ചതുരശ്രീകോവിലിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി ഭഗവാൻ വാഴുന്നു. 

വിഷുസംക്രമദിവസം ഭഗവാന്റെ പാദാരവിന്ദങ്ങളിൽ ഉദയസൂര്യന്റെ കിരണങ്ങൾ വന്നുപതിക്കുന്നവിധത്തിലാണ് ക്ഷേത്രത്തിന്റെ നിർമ്മാണം. ഗുരുവായൂരിലെപ്പോലെ ഇവിടെയും കൊടിമരവും ബലിക്കല്ലുമെല്ലാമുണ്ടെങ്കിലും പ്രധാനകവാടത്തിൽനിന്നുനോക്കിയാൽത്തന്നെ ഭഗവദ്വിഗ്രഹം കാണാൻ കഴിയും. 

മുമ്പ് പ്രതിഷ്ഠിച്ച എട്ടു വിഗ്രഹങ്ങൾ അന്തർദ്ധാനം ചെയ്ത സ്ഥലമായതിനാൽ പണ്ടുകാലത്ത് ക്ഷേത്രദർശനം നടത്താൻ വരുന്ന ഭക്തർ മണ്ണിൽ ചവുട്ടി നടക്കുന്നതിനുപകരം മുട്ടുകുത്തിനിന്നാണ് തൊഴുതിരുന്നത്. വിഗ്രഹത്തിനുമുകളിൽ ചവുട്ടാൻ പാടില്ല എന്ന നിയമം അന്നത്തെ ജനങ്ങൾ കർശനമായും പാലിച്ചുപോന്നിരുന്നു. എന്നാൽ ഇന്ന് ആരും ഈ നിയമം പാലിച്ചുപോകാറില്ല. അതിനാൽ സാധാരണക്ഷേത്രങ്ങളിലേതുപോലെ ദർശനം നടക്കുന്നു.

ഇവിടത്തെ പ്രതിഷ്ഠയുടെ പേരിനെച്ചൊല്ലി ഒരുപാട് തർക്കങ്ങൾ നിലനിൽക്കുന്നുണ്ട്. നാവാമുകുന്ദൻ എന്നാണോ നവമുകുന്ദൻ എന്നാണോ എന്നതുതന്നെ പ്രധാനപ്രശ്നം. നവയോഗികൾ പ്രതിഷ്ഠിച്ച മുകുന്ദൻ (വിഷ്ണു) നവമുകുന്ദനാണെന്ന് ചിലരും തിരുനാവായയിൽ വാഴുന്ന മുകുന്ദൻ നാവാമുകുന്ദനാണെന്ന് മറ്റുചിലരും പറയുന്നു. എന്തായാലും നാവാമുകുന്ദൻ എന്ന പേരുതന്നെയാണ് പ്രസിദ്ധം.

പിതൃതർപ്പണം
തിരുനാവായ ശ്രീ അയ്യപ്പസ്വാമിക്ഷേത്രം
നവയോഗികൾ
നാവാമുകുന്ദൻ