ചതുരാകൃതിയിൽ ഇരുനിലയിൽ പണിതീർത്ത സൗധങ്ങളാണ് ഇവിടെയുള്ള മുഖ്യശ്രീകോവിലുകൾ. മുഖമണ്ഡപത്തോടുകൂടിയ ഈ ശ്രീകോവിലുകളുടെ പുറംചുവരുകൾ ചുവർച്ചിത്രങ്ങൾ കൊണ്ട് അലങ്കരിച്ചിട്ടുണ്ട്. കരിങ്കല്ലിൽ തീർത്ത ശ്രീകോവിലുകളുടെ ഇരുനിലകളും ചെമ്പുമേഞ്ഞിട്ടുണ്ട്. മുകളിൽ സ്വർണ്ണത്താഴികക്കുടങ്ങൾ പ്രശോഭിച്ചുനിൽക്കുന്നു. രണ്ട് ശ്രീകോവിലുകൾക്കകത്തും മൂന്നുമുറികൾ വീതമുണ്ട്. രണ്ടിടത്തും പടിഞ്ഞാറേ അറ്റത്താണ് വിഗ്രഹങ്ങൾ പ്രതിഷ്ഠിച്ച ഗർഭഗൃഹങ്ങൾ. രണ്ടടി ഉയരം വരുന്ന സ്വയംഭൂവായ ശിവലിംഗവും നാലടി ഉയരം വരുന്ന ചതുർബാഹുവിഷ്ണുവിഗ്രഹവും യഥാക്രമം തെക്കും വടക്കുമുള്ള ശ്രീകോവിലുകളിൽ കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി കുടികൊള്ളുന്നു. ശിവന് പ്രിയപ്പെട്ട കൂവളമാല, തുമ്പപ്പൂമാല, രുദ്രാക്ഷമാല എന്നിവകൊണ്ട് ശിവലിംഗത്തിന്റെ മുക്കാൽ ഭാഗവും മറഞ്ഞിരിയ്ക്കുന്നുണ്ടാകും. വിഷ്ണുവിഗ്രഹമാണെങ്കിൽ ചന്ദനം ചാർത്തി, പീതാംബരവും ചുറ്റി, സർവ്വാഭരണങ്ങളുടെ പ്രഭയോടെ വിളങ്ങുന്നു. വിശ്വപ്രകൃതിയുടെ മൂലതേജസ്സിനെ മുഴുവൻ ആവാഹിച്ചുകൊണ്ട് ശ്രീമമ്മിയൂരപ്പനും ശ്രീനാരായണനും മമ്മിയൂരിൽ വാഴുന്നു.

ശിവനും വിഷ്ണുവും തുല്യപ്രാധാന്യത്തോടെ കുടികൊള്ളുന്ന ക്ഷേത്രമായതിനാൽ ഇരുവർക്കും പ്രത്യേകമായി അകത്തെ ബലിവട്ടം പണിതിട്ടുണ്ട്. അഷ്ടദിക്പാലകർ (കിഴക്ക് - ഇന്ദ്രൻ, തെക്കുകിഴക്ക് - അഗ്നി, തെക്ക് - യമൻ, തെക്കുപടിഞ്ഞാറ് - നിര്യതി, പടിഞ്ഞാറ് - വരുണൻ, വടക്കുപടിഞ്ഞാറ് - വായു, വടക്ക് - കുബേരൻ, വടക്കുകിഴക്ക് - ഈശാനൻ), സപ്തമാതൃക്കൾ (ബ്രഹ്മാണി, വൈഷ്ണവി, മഹേശ്വരി, ഇന്ദ്രാണി, വരാഹി, കൗമാരി, ചാമുണ്ഡി), വീരഭദ്രൻ, ഗണപതി, ശാസ്താവ്, അനന്തൻ, ദുർഗ്ഗ, സുബ്രഹ്മണ്യൻ, ബ്രഹ്മാവ് എന്നിവരെ പ്രതിനിധീകരിയ്ക്കുന്ന ബലിക്കല്ലുകൾ ഇവിടെ കാണാം. ശിവന്റെ ശ്രീകോവിലിന്റെ പടിഞ്ഞാറുഭാഗത്ത് പാർവ്വതീദേവിയുടെ സങ്കല്പമുണ്ട്. ഇവിടെ ശിവഭഗവാൻ പാർവ്വതീദേവിയെ തൃത്തുടയിലിരുത്തി ദർശനം നൽകുന്ന ഭാവത്തിലാണ് കുടികൊള്ളുന്നത്. എന്നാൽ, ദേവിയുടെ പ്രത്യക്ഷീഭാവം പടിഞ്ഞാട്ടാണ്. അതിനാലാണ് ഇവിടെ ശക്തമായ ദേവീസാന്നിദ്ധ്യം വന്നത്. പാർവ്വതീദേവിയ്ക്ക് ഇവിടെ ദിവസവും വിളക്കുവയ്പുണ്ട്. രണ്ട് ശ്രീകോവിലുകളുടെയും വടക്കുവശത്ത് ഓവ്, വ്യാളീമുഖത്തോടെ പണിതിട്ടുണ്ട്. ശിവന്റെ ശ്രീകോവിലിനുചുറ്റും പൂർണപ്രദക്ഷിണം പാടില്ല

ബ്രഹ്മരക്ഷസ്സ്
നിത്യപൂജകളും തന്ത്രവും
ക്ഷേത്രപരിസരവും മതിലകവും
ശ്രീകോവിലുകൾ