പരിണാമവാദത്തിന്റെ ചട്ടക്കൂടായി തെരഞ്ഞെടുത്ത പ്രകൃതിനിർദ്ധാരണസിദ്ധാന്തത്തെ ചിട്ടപ്പെടുത്തുകയെന്നതായി ഡാർവിന്റെ "പ്രധാന ഹോബി". ജീവജാതികൾ മാറ്റമില്ലാതെ നിലനിൽക്കുന്നവയല്ലെന്ന് തീർച്ചപ്പെടുത്താനും പ്രകൃതിനിർദ്ധാരണസിദ്ധാന്തത്തെ മിനുക്കി കുറ്റമറ്റതാക്കാനുമായി ഡാർവിൻ നടത്തിയ ഗവേഷണത്തിൽ, മൃഗപാലനലോകത്തെ അന്വേഷണങ്ങളും ചെടികളെ ഉപയോഗിച്ചുള്ള പരീക്ഷണങ്ങളും ഉൾപ്പെട്ടു. പത്തുവർഷത്തിലേറെ, ബീഗിൾ പര്യവേഷണത്തിന്റെ ശാസ്ത്രീയഫലങ്ങൾ പ്രസിദ്ധീകരിക്കുകയെന്ന മുഖ്യജോലിയുടെ പിന്നാമ്പുറത്ത് അദ്ദേഹം ഈ ഗവേഷണത്തിലും ഏർപ്പെട്ടു.

1839-ൽ ഫിറ്റ്സ്റോയിയുടെ യാത്രാപത്രിക പുറത്തുവന്നപ്പോൾ, അതിന്റെ മൂന്നാം ഭാഗമായിരുന്ന ഡാർവിന്റെ "കുറിപ്പുകളും അഭിപ്രായങ്ങളും" വൻവിജയമായതിനാൽ ആ വാല്യം മാത്രമായി വീണ്ടും പ്രസിദ്ധീകരിക്കേണ്ടിവന്നു.

1842 ആദ്യം ഡാർവിൻ തന്റെ ആശയങ്ങൾ വിശദീകരിച്ച് ലില്ലിന് ഒരു കത്തെഴുതി. ജീവിവംശങ്ങൾ ഓരോന്നിനും കൃത്യമായ ഒരു തുടക്കമുണ്ടെന്ന തന്റെ നിലപാടിനോട് ഇപ്പോൾ ഡാർവിന് യോജിപ്പില്ലെന്നറിഞ്ഞപ്പോൾ ലില്ലിന് അത്ഭുതം തോന്നി. മേയ് മാസത്തിൽ, പവിഴപ്പുറ്റുകളെക്കുറിച്ച് ഡാർവിൻ മൂന്നുവർഷം അദ്ധ്വാനിച്ചെഴുതിയ ഗ്രന്ഥം വെളിച്ചം കണ്ടു. പിന്നെ അദ്ദേഹം പ്രകൃതിനിർദ്ധാരണസിദ്ധാന്തത്തിന്റെ ഒരു രൂപരേഖ പെൻസിലിൽ എഴുതി. ലണ്ടണിലെ സമ്മർദ്ദത്തിൽ നിന്ന് രക്ഷപെടാനായി നവംബർ മാസം, ഡാർവിൻ സകുടുംബം നഗരപ്രാന്തത്തിലുള്ള ഗ്രാമവസതിയിലേക്ക് പോയി. 1844 ജനുവരി 11-ന് ഡാർവിൻ, തന്റെ ആശയങ്ങൾ വിവരിച്ച് പ്രഖ്യാത സസ്യശാസ്ത്രജ്ഞൻ ജോസഫ് ഡാൾട്ടൻ ഹുക്കർക്ക് എഴുതി. "കൊലപാതകം പറഞ്ഞു കുമ്പസാരിക്കുന്നതുപോലെയാണ്" തനിക്കപ്പോൾ തോന്നുന്നതെന്നും നാടകീയഫലിതത്തിൽ അദ്ദേഹം ആ കത്തിൽ എഴുതി. ഹുക്കറുടെ മറുപടി ഡാർവിന് ആശ്വാസം പകർന്നു. പലപ്പോഴായി സൃഷ്ടിയുടെ ഒരു പരമ്പരതന്നെയും തുടർന്ന് ഓരോ ജീവിവംശത്തിലും ക്രമാനുഗതമായ മാറ്റവും നടന്നിട്ടുണ്ടാകുമെന്നാണ് തന്റെ വിശ്വാസമെന്നും, ഈ മാറ്റത്തിന്റെ വിശദീകരണമായി അപ്പോൾ നിലവിലുണ്ടായിരുന്ന ഒരു സിദ്ധാന്തവും തൃപ്തികരമായി തനിക്ക് തോന്നിയിട്ടില്ലാത്തതിനാൽ, ഇക്കാര്യത്തിൽ ഡാർവിന്റെ നിലപാടറിയാൻ താൻ കാത്തിരിക്കുകയാണെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു.

ജൂലൈ മാസത്തോടെ ഡാർവിൻ പെൻസിലിൽ എഴുതിയ രൂപരേഖ 230 പുറമുള്ള ഒരു പ്രബന്ധമായി വികസിപ്പിച്ചു. താൻ അകാലത്തിൽ മരിച്ചാൽ അതേവരെ നടത്തിയ ഗവേഷണത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി അതിനെ മറ്റാർക്കെങ്കിലും വികസിപ്പിക്കാനാകുമെന്ന് ഡാർവിൻ കരുതി. അതിനിടെ "സൃഷ്ടിയുടെ ജീവശാസ്ത്രപരമായ അവശിഷ്ടങ്ങൾ" (Vestiges of the natural history of creation) എന്ന ശീർഷകത്തിൽ അജ്ഞാതനായ ഒരാൾ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച പുസ്തകത്തിൽ തന്റെ വാദങ്ങൾ പലതും, വംശപരിവർത്തനത്തിന് ബോദ്ധ്യം തരുമാറുള്ള വിശദീകരണങ്ങളൊന്നും നൽകാതെയാണെങ്കിലും, ആവർത്തിച്ചിരുന്നത് ഡാർവിനെ അത്ഭുതപ്പെടുത്തി. അതൊരു അപക്വരചനയായിരുന്നു. അതിലെ ഭൗമശാസ്ത്രവും ശരീരശാസ്ത്രവും ഡാർവിൻ തള്ളിക്കളയുകയും ചെയ്തു. എന്നാൽ ഏറെ വിറ്റഴിഞ്ഞ ആ പുസ്തകം വംശപരിവർത്തനത്തിൽ മധ്യവർഗ്ഗത്തിനുള്ള താത്പര്യം വർദ്ധിപ്പിച്ച് ഡാർവിന്റെ സിദ്ധാന്തത്തിന്റെ പ്രസിദ്ധീകരണത്തിന് വഴിയൊരുക്കുകയും എല്ലാ മറുവാദങ്ങൾക്കും ഉത്തരം കണ്ടെത്തി തന്റെ സിദ്ധാന്തത്തെ കുറ്റമറ്റതാക്കേണ്ടതിന്റെ ആവശ്യകത അദ്ദേഹത്തിന് ബോദ്ധ്യമാക്കിക്കൊടുക്കുകയും ചെയ്തു. 1846-ൽ ഡാർവിൻ ഭൗമശാസ്ത്രസംബന്ധിയായ തന്റെ മൂന്നാമത്തെ പുസ്തകം പൂർത്തിയാക്കി. ജീവിവർഗ്ഗങ്ങളുടെ പൊതുപൗതൃകത്ത്വത്തെക്കുറിച്ചുള്ള തന്റെ പുതിയ ആശയങ്ങളുടേയും ഗ്രാന്റിൽ നിന്ന് പഠിച്ച ശരീരശാസ്ത്രത്തിന്റേയും ബലത്തിൽ, ബീഗിൾ യാത്രയിൽ ശേഖരിച്ചുകൊണ്ടുവന്ന ബാർണക്കിളുകളെ മുറിച്ചുപരിശോധിച്ച് വർഗ്ഗീകരിക്കാൻ ഇതോടെ അദ്ദേഹത്തിന് സ്വാതന്ത്ര്യം കിട്ടി. 1847-ൽ ഡാർവിന്റെ പ്രബന്ധം വായിച്ച ഹുക്കർ അതിനെ സമചിത്തതയോടെ വിമർശിക്കുന്ന കുറിപ്പുകൾ അയച്ചുകൊടുത്തു. എന്നാൽ ഡാർവിന്റെ സിദ്ധാന്തത്തിന് അനുകൂലമോ പ്രതികൂലമോ ആയ നിലപാടെടുക്കാൻ അദ്ദേഹം തയ്യാറായില്ല. ഇപ്പോഴും സൃഷ്ടിപ്രവർത്തനം തുടരുകയാണെന്ന വാദത്തോടുള്ള ഡാർവിന്റെ എതിർപ്പിനെ ഹുക്കർ ചോദ്യം ചെയ്യുകയും ചെയ്തു.

1849-ൽ, ആരോഗ്യസ്ഥിതി മെച്ചപ്പെടുത്താനായി ഡാർവിൻ മൽവേൺ മലകളിലുള്ള പ്രകൃതിചികിത്സകനായ ഡോക്ടർ ജെയിംസ് ഗള്ളിയുടെ ആരോഗ്യസദനത്തിൽ(spa) പോയി. അവിടെ ജലചികിത്സയിൽ നിന്ന് കിട്ടിയ ആശ്വാസം ഡാർവിനെ അത്ഭുതപ്പെടുത്തി. എന്നാൽ 1851-ൽ പ്രിയപ്പെട്ട മകൾ ആനി ഗുരുതരമായ രോഗാവസ്ഥയിലായതോടെ, തന്റെ ആരോഗ്യപ്രശ്നങ്ങൾ പാരമ്പര്യസിദ്ധമായിരിക്കാമെന്ന ഡാർവിന്റെ ഭയം വർദ്ധിച്ചു. പ്രതിസന്ധികളുടെ ഒരു ദീർഘപരമ്പരയുടെ അവസാനം ആനി മരിച്ചപ്പോൾ ക്രിസ്തുമതത്തിലുള്ള വിശ്വാസം ഡാർവിന് മിക്കവാറും നഷ്ടമായി.

എട്ടുവർഷക്കാലം സിറിപീഡിയ വർഗത്തിൽ പെട്ട ബാർനക്കിളുകളെക്കുറിച്ച് നടത്തിയ പഠനത്തിൽ നിന്ന്, മാറിയ പരിസ്ഥിതികളിൽ, ചില്ലറമാറ്റങ്ങൾ വന്ന ശരീരാവയവങ്ങൾ വ്യത്യസ്തമായ കാര്യങ്ങൾക്ക് ഉപകരിക്കുമെന്ന തന്റെ സിദ്ധാന്തത്തിന് മതിയായ തെളിവുകൾ ഡാർവിന് കണ്ടെത്താൻ കഴിഞ്ഞു. ഈ പഠനം ഡാർവിന് 1853-ൽ റോയൽ സൊസൈറ്റിയുടെ മെഡൽ നേടിക്കൊടുക്കുകയും ജീവശാസ്ത്രജ്ഞനെന്ന നിലയിൽ അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രശസ്തി വർദ്ധിപ്പിക്കുകയും ചെയ്തു. 1854-ൽ വംശവ്യതിയാനത്തെക്കുറിച്ചുള്ള ഗവേഷണം അദ്ദേഹം പുനരാരംഭിച്ചു. പൂർവികരിൽ നിന്ന് പിൻഗാമികൾക്കുള്ള വ്യത്യാസങ്ങൾക്ക് കാരണം, അവയിൽ ആകസ്മികമായുണ്ടാകുന്ന പരിവർത്തനങ്ങൾ പ്രകൃതിയിലെ പുതിയ സാഹചര്യങ്ങളിൽ പ്രസക്തി കണ്ടെത്തുന്നതുകൊണ്ടാണെന്ന് ആ വർഷം നവം‌ബറിൽ അദ്ദേഹം മനസ്സിലാക്കി.

കുറിപ്പുകൾ
സിദ്ധാന്തം പ്രസിദ്ധീകരണത്തിന്റെ വഴിയിൽ
ഡാർവിന്റെ മതവീക്ഷണം
അത്യധ്വാനം, രോഗം, വിവാഹം