AD 1200-നു ശേഷം ആണ് ഇവിടെ ഇന്നത്തെ ക്ഷേത്രം പണിതത് എന്ന് പറയപ്പെടുന്നു. 
മറ്റൊരു സമയത്ത്, രാജാവ് തന്റെ രാജ്യവും മറ്റും അമ്പലപ്പുഴ ശ്രീകൃഷ്ണസ്വാമിക്ക് സാങ്കല്പികമായി കാഴ്ച്ചവച്ചു. ദേവനാരായണൻ എന്ന സ്ഥാനപ്പേര് സ്വീകരിച്ചു.18-ആം നൂറ്റാണ്ടിൽ (1746-ൽ) തിരുവിതാംകൂർ രാജാവായിരുന്ന അനിഴം തിരുനാൾ മാർത്താണ്ഡവർമ്മ ചെമ്പകശ്ശേരിയെ ആക്രമിച്ചു കീഴ്പെടുത്തിയ ശേഷം ചെമ്പകശ്ശേരി രാജാവിന്റെ ശൈലി സ്വീകരിച്ചാണു തിരുവിതാംകൂറിനെ ശ്രീപദ്മനാഭനു സമർപ്പിച്ച ശേഷം പദ്മനാഭദാസൻ എന്ന പേരു സ്വീകരിച്ചത് എന്ന് പറയപ്പെടുന്നു.

ഒരു ക്ഷാമകാലത്ത്, ചെമ്പകശ്ശേരി രാജാവ് തലവടി സ്വദേശിയായിരുന്ന ഒരു തമിഴ് ബ്രാഹ്മണപ്രഭുവിൽ നിന്നും കുറച്ചു ധനം വായ്പ വാങ്ങുകയുണ്ടായി. എന്നാൽ ആ കടം പറഞ്ഞ സമയത്തു തിരികെ കൊടുക്കാൻ സാധിച്ചില്ല. ഒരിക്കൽ ആ ബ്രാഹ്മണൻ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ കിഴക്കേ നടയിൽ വന്ന് തന്റേ കുടുമ അഴിച്ചു ശപഥം ചെയ്തു പറഞ്ഞു, രാജാവു തന്റെ കടം വീട്ടാതെ ഇന്നത്തെ ഉച്ചപൂജ നടത്തരുതു എന്നു. അതു കേട്ട ഖിന്നനായ രാജാവ് തന്റെ മന്ത്രിയായ മണക്കാട്ടമ്പിള്ളി മേനോനോട് കാര്യം പറയുകയും ചെയ്തു. മേനോന്റെ നിർദ്ദേശപ്രകാരം അമ്പലപ്പുഴ ദേശത്തെ സകല കരക്കാരും തങ്ങളുടെ മുഴുവൻ നെല്ലും ക്ഷേത്രത്തിന്റെ കിഴക്കെ നടയിൽ കൊണ്ടു ചൊരിഞ്ഞു. മന്ത്രി ബ്രാഹ്മണനോടു ഉച്ചപൂജയ്ക്കു മുൻപായി ധാന്യം എല്ലാം എടുത്തു മാറ്റുവാനും ആവശ്യപ്പെട്ടു. എന്നാൽ അവിടത്തെ ഒരു വള്ളക്കാരും ബ്രാഹ്മണനെ സഹായിക്കാൻ കൂട്ടാക്കിയില്ല. ചുരുക്കത്തിൽ ആ ബ്രാഹ്മണൻ ആ നെല്ലെല്ലാം ക്ഷേത്രത്തിലേക്കു സമർപ്പിച്ച് പറഞ്ഞു: 'ആ നെല്ലിന്റെ വിലയും പലിശയും കൊണ്ടു ഭഗവാനു നിത്യവും ഉച്ചപ്പൂജക്കു പാല്പായസം നൽകൂ.' അന്നു മുതലാണു ഇപ്പോൾ നാം കാണുന്ന പാൽപ്പായസം തുടങ്ങിയത്.

കേരളത്തിലെ പ്രധാന ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രമായ ഗുരുവായൂർ ക്ഷേത്രവുമായും അമ്പലപ്പുഴയ്ക്ക് വലിയ ബന്ധമുണ്ട്. ടിപ്പു സുൽത്താൻ ഗുരുവായൂർ ആക്രമിയ്ക്കുമോ എന്ന് സംശയം തോന്നിയ സമയത്ത് ഗുരുവായൂർ ക്ഷേത്രം ഊരാളനായിരുന്ന മല്ലിശ്ശേരി നമ്പൂതിരിയും തന്ത്രിയും ശാന്തിക്കാരും കഴകക്കാരും കൂടി ഗുരുവായൂരപ്പന്റെ വിഗ്രഹം അമ്പലപ്പുഴയിലേയ്ക്ക് കൊണ്ടുവന്നു. പഴയ ചെമ്പകശ്ശേരി രാജകൊട്ടാരമായിരുന്ന അമ്പലപ്പുഴ തെക്കേ മഠത്തിൽ പ്രത്യേകം ശ്രീകോവിലും തിടപ്പള്ളിയും കിണറും പണികഴിപ്പിച്ച് ഗുരുവായൂരപ്പനെ അവിടെ കുടിയിരുത്തി. ഇന്നും അമ്പലപ്പുഴയിൽ ആ ശ്രീകോവിലും തിടപ്പള്ളിയും കിണറുമെല്ലാമുണ്ട്. അവിടെ വിളക്കുവയ്പുമുണ്ട്. എന്നാൽ, സമീപത്തെ ക്ഷേത്രങ്ങൾ പലതും തകർത്തിട്ടും ടിപ്പുവിന് ഗുരുവായൂർ ക്ഷേത്രം മാത്രം തകർക്കാൻ കഴിഞ്ഞില്ല. തുടർന്ന്, ഗുരുവായൂരിലേയ്ക്ക് വിഗ്രഹം മടക്കിക്കൊണ്ടുപോയി. ഇന്നും അമ്പലപ്പുഴയിൽ പാൽപ്പായസം എഴുന്നള്ളിയ്ക്കുമ്പോൾ വടക്കേ നടയിൽ ഒരു കൃഷ്ണപ്പരുന്ത് വട്ടമിട്ട് പറക്കുന്നത് കാണാം. അത് സാക്ഷാൽ ഗുരുവായൂരപ്പന്റെ സാന്നിദ്ധ്യമായി ഭക്തർ വിശ്വസിച്ചുവരുന്നു. തന്മൂലം, ഗുരുവായൂരിൽ ഉച്ചപ്പൂജ കഴിഞ്ഞ ഉടനെ നടയടയ്ക്കുന്നു.

ആറാട്ട്
നാടകശാല സദ്യ
ചരിത്രം
ശുദ്ധാദി കലശപൂജ