അന്ന് എഞ്ചിനീയറിങ് കോളേജ് പ്രിൻസിപ്പാളായിരുന്ന, പിന്നീട് അലീഗഢ് മുസ്‌ലീം സർവ്വകലാശാല പ്രോ വൈസ് ചാൻസലറുമായ പ്രൊ. കെ.എം. ബഹാവുദ്ദീൻ, വിദ്യാർത്ഥികളെ ഹോസ്റ്റലിൽ നിന്ന് അറസ്റ്റ് ചെയ്ത വിവരം, ഹോസ്റ്റലിന്റെ ആക്ടിങ് വാർഡനായിരുന്ന ഗണിതാധ്യാപകൻ ഡോ. മുരളീധരൻ അറിയിച്ചതിനെ തുടർന്ന്, പോലീസ് പിടിച്ചുകൊണ്ടുപോയ വിദ്യാർത്ഥികളുടെ പിതാക്കന്മാരെ യഥാസമയം വിവരമറിയിച്ചു. തുടർന്ന് ഒരു വിദ്യാർത്ഥിയെ ക്യാമ്പിൽ നിന്ന് രക്ഷപെടുത്താൻ ആ വിദ്യാർത്ഥിയുടെ പിതാവിനു കഴിഞ്ഞുവെങ്കിലും, എറണാകുളത്ത് താമസിച്ചിരുന്ന രാജന്റെ പിതാവ് ഈച്ചരവാരിയർ അന്വേഷിച്ചറിഞ്ഞ് കക്കയം ക്യാമ്പിലെത്തിയെങ്കിലും രാജനെ കണ്ടെത്താനായില്ല. അദ്ദേഹം സുഹൃത്തായിരുന്ന മുഖ്യമന്ത്രി അച്യുതമേനോനേയും സമീപിച്ചു. എന്നാൽ മേനോൻ ഈ കാര്യത്തിൽ സഹായിച്ചില്ല എന്നു വാരിയർ അദ്ദേഹം എഴുതിയ ആത്മകഥയിൽ എടുത്തു പറയുന്നുണ്ട്‌. "എനിക്ക് പോയി ഉടുപ്പിട്ട് പോയി പിടിക്കാൻ പറ്റില്ലെല്ലോ" എന്ന് പറഞ്ഞ് പോയതിൽ പിന്നീട് അചുതമേനോൻ ദുഃഖിച്ചതായി പിന്നീട് പന്ന്യൻ രവീന്ദ്രൻ വെളിപ്പെടുത്തി. ആഭ്യന്തരമന്ത്രിയായ കരുണാകരനും, ഡി.ഐ.ജി. ആയിരുന്ന ജയറാം പടിക്കലും ആയിരുന്നു അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് കാര്യങ്ങൾ നടത്തിയിരുന്നത്‌. 
അടിയന്തരാവസ്ഥക്ക്‌ ശേഷം ഈച്ചരവാരിയർ, തടങ്കലിൽ ഉണ്ട് എന്ന് വിശ്വസിക്കുന്ന ഒരാളെ കോടതിയിൽ ഹാജരാക്കാനുള്ള ഹേബിയസ്‌ കോർപ്പസ്‌ ഹർജി 1977 മാർച്ച് 25-നു ഫയൽ ചെയ്തു. കോഴിക്കോട് പോലീസ് സൂപ്രണ്ട് ആയിരുന്ന ലക്ഷ്മണ, ഡി.ഐ.ജി. ജയറാം പടിക്കൽ, ആഭ്യന്തര മന്ത്രി കെ. കരുണാകരൻ, എസ്.ഐ. പുലിക്കോടൻ നാരായണൻ തുടങ്ങിയവരൊക്കെ കേസിന്റെ ഭാഗമായി. അന്ന് എഞ്ചിനീയറിങ് കോളേജ് പ്രിൻസിപ്പാളായിരുന്ന കെ.എം. ബഹാവുദ്ദീന്റെ സുസ്ഥിരമായ നിലപാടുകൾ കോടതിയെ സ്വാധീനിക്കുകയും, രാജന്റെ കൊലപാതകം തെളിയാൻ കാരണമാവുകയും ചെയ്തു. കക്കയത്ത് പോലീസ് ക്യാമ്പ് പ്രവർത്തിച്ചിട്ടില്ല എന്ന പറഞ്ഞ സർക്കാരിന്റെ വാദം, സ്വന്തം വിദ്യാർത്ഥികളെ അന്വേഷിച്ച് തന്റെ ഔദ്യോഗിക കാറിൽ, കക്കയത്തുള്ള വിദ്യുച്ഛക്തി വകുപ്പ് കെട്ടിടത്തിൽ പ്രവർത്തിച്ചിരുന്ന പോലീസ് ക്യാമ്പിൽ എത്തിയ പ്രിൻസിപ്പാളിന്റെ സാക്ഷി മൊഴിയുടെ മുന്നിൽ കോടതി തള്ളിക്കളഞ്ഞു. വിദ്യാർത്ഥികളെ പ്രിൻസിപ്പാളിനെ അറിയിക്കാതെ കസ്റ്റഡിയിലെടുത്ത വിവരം, പ്രിൻസിപ്പാൾ കോളേജ് മാനേജ്മെന്റിനേയും, വിദ്യാഭ്യാസവകുപ്പിനേയും, വിദ്യാർത്ഥികളുടെ രക്ഷാകർത്താക്കളേയും അറിയിച്ചിട്ടുണ്ടായിരുന്നു എന്നതും തെളിവായി. തുടർന്ന് രാജനെ കസ്റ്റഡിയിൽ എടുത്തിട്ടില്ല എന്നു വാദിച്ച പ്രതികൾ പിന്നീട്‌ മൊഴിമാറ്റി. രാജൻ മരിച്ചിട്ടില്ലെന്നാണ് കരുണാകരൻ ആദ്യം കോടതിയിൽ സത്യവാങ്മൂലം നൽകിയത്. രാജനെ അറസ്റ്റ് ചെയ്തിട്ടില്ലെന്ന് നിയമസഭയിൽ പറഞ്ഞു. രാജനടക്കമുള്ള നക്‌സലുകളെ ഒതുക്കി എന്ന് പിന്നീട് തെരഞ്ഞെടുപ്പ് വേളയിൽ പ്രസംഗിച്ചു. പിന്നീട്, രാജൻ മരിച്ചെന്ന് കോടതിയിൽ പറഞ്ഞു. രാജന്റെ മരണം ഉറപ്പായി എങ്കിലും, പ്രതികളുടെ മർദ്ദനമേറ്റാണ്‌ രാജൻ മരിച്ചത്‌ എന്ന് തെളിയിക്കാൻ കഴിഞ്ഞില്ല. രാജന്റെ മൃതദേഹം ഇന്നേ വരെ കണ്ടെടുക്കപ്പെട്ടിട്ടില്ല. ഇതിനാൽ പ്രതികൾ എല്ലാവരും അപ്പീലിൽ കുറ്റവിമുക്തരാക്കപ്പെട്ടു. എങ്കിലും കരുണാകരന് രാജിവെക്കേണ്ടതായി വന്നു. കരുണാകരൻ പൊതുവേ ഉദ്യോഗസ്ഥർ തന്നെ ഒന്നും അറിയിച്ചില്ല എന്ന നിലപാടാണ് എടുത്തിരുന്നത്. ഉദ്യോഗസ്ഥർ ആകട്ടെ എല്ലാം മുകളിൽ നിന്നുള്ള നിർദ്ദേശപ്രകാരമാണ് പ്രവർത്തിച്ചതെന്ന നിലപാടാണ് എടുത്തത്. ജയറാം പടിക്കൽ ഇതിനായി കരുണാകരനെ വിളിക്കാൻ ട്രങ്ക് കോൾ ബുക്ക് ചെയ്തതിന്റെ തെളിവും വിസ്താരവേളയിൽ ഹാജരാക്കിയിരുന്നു.

വർഗ്ഗീസ് വധക്കേസിൽ തടവിലായിരുന്ന അന്നത്തെ ഡി.വൈ.എസ്.പി. ലക്ഷ്മണ (അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് കോഴിക്കോട് എസ്.പി.) തടവിലിളവ് ലഭിച്ച് പുറത്ത് വന്നപ്പോൾ, അന്വേഷണത്തിലെ അപാകത കൊണ്ടാണ് രാജന്റെ മരണം തെളിയാതെ പോയതെന്നും, രാജനെ കസ്റ്റഡിയിലെടുത്ത ശ്രീധരൻ എന്ന ഉദ്യോഗസ്ഥനെ രാഷ്ട്രീയ സ്വാധീനത്തെ തുടർന്ന് പ്രതിയോ സാക്ഷിയോ ആക്കുകയോ ചെയ്തില്ലെന്നും, രാജൻ മരണപ്പെട്ട വിവരം അടിയന്തരാവസ്ഥക്കാലത്ത് കരുണാകരൻ അറിഞ്ഞിരുന്നില്ലെന്നും പറഞ്ഞിരുന്നു. 

2006 ഏപ്രിൽ 14-ന്‌ ഈ കേസിൽ പ്രധാന കക്ഷിയായിരുന്ന പ്രൊഫ. ഈച്ചര വാരിയർ 85-മത്തെ വയസ്സിൽ അന്തരിച്ചു. രാജന്റെ അമ്മ രാധ 2000-ൽ തന്നെ മരിച്ചിരുന്നു.
അന്വേഷണം
രാജനെ കസ്റ്റഡിയിലെടുക്കൽ
നിത്യജീവിതത്തിൽ
മരണം