ക്ഷേത്രത്തിലെ മുഖ്യപ്രതിഷ്ഠകളിലൊന്ന്. ശാന്തഭാവത്തിലുള്ള ശിവനായാണ് സങ്കല്പം. മൂന്നടി ഉയരമുള്ള ശിവലിംഗം കിഴക്കോട്ട് ദർശനമായി പ്രതിഷ്ഠിയ്ക്കപ്പെട്ടിരിയ്ക്കുന്നു. മണികണ്ഠനായ അയ്യപ്പന്റെ പിതാവ് (ഈശ്വരൻ) എന്ന അർത്ഥത്തിലാണ് പ്രതിഷ്ഠയ്ക്ക് ഈ പേരുവന്നതെന്ന് വിശ്വസിയ്ക്കപ്പെടുന്നു. സ്വയംഭൂവാണ് മണികണ്ഠേശ്വരത്തപ്പന്റെ ലിംഗം. വിശ്വപ്രകൃതിയുടെ മൂലതേജസ്സിനെ മുഴുവൻ ആവാഹിച്ചുകൊണ്ട് ശ്രീലകത്ത് കുടികൊള്ളുന്ന ഭഗവാന് ശംഖാഭിഷേകം, ധാര, കൂവളമാല, പിൻവിളക്ക് തുടങ്ങിയവയാണ് പ്രധാന വഴിപാടുകൾ. കുടുംബസമേതസങ്കല്പത്തിലുള്ള ശിവനായതിനാൽ ഉമാമഹേശ്വരപൂജ പോലുള്ള വഴിപാടുകളുമുണ്ട്. 

ഐതിഹ്യം
ക്ഷേത്രപരിസരവും മതിലകവും
മണികണ്ഠേശ്വരൻ (ശിവൻ)
ക്ഷേത്രനിർമ്മിതി