പുഴയോരം കൈയേറി കൃഷിയ്ക്കും ടൂറിസത്തിനും മറ്റ് ആവശ്യങ്ങൾക്കുമുപയോഗിക്കുന്നതാണ് ഏറ്റവും വലിയ പ്രശ്‌നം. പുഴത്തീരത്തെ സംബന്ധിച്ച് പുഴയിലെ ഒഴുക്ക് വളരെ പ്രധാനമാണ്. അണക്കെട്ടുകളാണ് ഈ ഒഴുക്കിനെ ബാധിക്കുന്ന പ്രധാന പ്രശ്‌നം. പുഴത്തീരത്തെ സ്ഥലം പൊതുഭൂമിയായതിനാൽ ഈ ഭാഗത്ത് നശീകരണപ്രവണതയും കൂടുതലാണ്. പുഴത്തീരത്തെ മരങ്ങൾ അനാവശ്യമായി വെട്ടിവീഴ്ത്തുന്നത് കൂടാതെ പുഴയിലെ വെള്ളം ജലസേചനത്തിനും മറ്റുമായി ചൂഷണം ചെയ്യുന്നതും പതിവായിത്തീർന്നിരിക്കുന്നു. വിറക്, തടി, കൃഷി, അനധികൃത മീൻപിടുത്തം, മൃഗവേട്ട എന്നിവയ്ക്ക് വേണ്ടിയെല്ലാം പുഴയോരക്കാടുകൾ നശിപ്പിക്കുന്നു. അളവിൽ കവിഞ്ഞ മണലെടുപ്പും ജലചൂഷണവും കാരണം ജലനിരപ്പ് താഴ്ന്നതും പുഴയോരസസ്യങ്ങൾ നശിക്കാൻ കാരണമായി. അശാസ്ത്രീയമായ മണലെടുപ്പ് കാരണം നദിയുടെ അടിത്തട്ട് താഴുകയും തീരം ഇടിയുകയും ചെയ്യുന്നു. ഇത് പുഴയോരസസ്യങ്ങളെയും ജലലഭ്യതയെയും പുഴയെ ആശ്രയിക്കുന്ന ജനങ്ങളെയും സാരമായി ബാധിക്കുന്നു. 

ടൂറിസമാണ് ഇന്ന് പുഴയും തീരവും നേരിടുന്ന ഏറ്റവും പ്രധാന പ്രശ്‌നം. ടൂറിസത്തിനായുള്ള നിർമ്മാണപ്രവൃത്തികൾക്കായി പുഴത്തീരം യാതൊരു നിയന്ത്രണവുമില്ലാതെ നൽകുന്നത് അവിടത്തെ സസ്യജന്തുജാലങ്ങൾക്ക് ഭീഷണിയായിത്തീരുന്നു. പ്ലാസ്റ്റിക്കടക്കമുള്ള മാലിന്യങ്ങൾ നിക്ഷേപിക്കുന്നതും വൃക്ഷത്തൈകളും വിത്തുകളും നശിപ്പിക്കുന്നതും വന്യജീവികളെ ശല്യം ചെയ്യുന്നതും അനിയന്ത്രിത ടൂറിസത്തിന്റെ മറ്റ് പ്രശ്‌നങ്ങളാണ്. 

ജനപങ്കാളിത്തത്തോടെ സംരക്ഷണം
പുഴയോരസസ്യങ്ങൾ
പുഴയോര ആവാസവ്യവസ്ഥ
പുഴയോരത്തെ പ്രശ്‌നങ്ങൾ