പുതിയങ്ങാടി വലിയ മാളിയക്കൽ തറവാട്ടിൽ ക്രി മു: 1840 ലാണ് വരക്കൽ മുല്ലക്കോയ തങ്ങളുടെ ജനനം. സയ്യിദ് മുഹമ്മദ് , മരക്കാരകത്ത് ശരീഫ ചെറിയ ബീവി എന്നിവരാണ് ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ മാതാ പിതാക്കൾ . ഹളറൽ മൗത്തിൽ നിന്ന് ഇസ്ലാമിക പ്രബോധനത്തിനായി വന്ന പണ്ഡിതനും ഖാദിരിയ്യ സ്വൂഫിവര്യനുമായ സയ്യിദ് ഹാമിദ് അലി ബാഅലവി ഇദ്ദേഹത്തിൻറെ പിതാമഹനാണ്. ജന്മി,ആത്മീയ ജ്ഞാനികളുടെ കുടുംബമെന്ന പേരിലും , പണ്ഡിത ആത്മീയ ജ്ഞാനികളുടെ ആധിക്യം കൊണ്ടും , നിരവധി അമൂല്യ ഗ്രന്ഥ ശേഖരത്താലും വലിയ മാളിക തറവാട് അക്കാലത്തു പ്രസിദ്ധി നേടിയിരുന്നു.

പിതാവിൽ നിന്നും ബന്ധു ജനങ്ങളിൽ പെട്ട പണ്ഡിതന്മാരിൽ നിന്നുമായിരുന്നു വരക്കൽ മുല്ലക്കോയയുടെ പ്രാഥമിക പഠനം . ശേഷം വേദ പാരായണ ശാസ്ത്രം , കർമ്മ ശാസ്ത്രം , ആത്മീയ ശാസ്ത്രം എന്നിവയിൽ കിൻസിങ്ങാൻറകത് അബൂബക്കർ കുഞ്ഞിഖാസി, സയ്യിദ് അലി അത്താസ് അൽ മദീന ,അബുദുല്ലാഹിൽ മഗ്രിബി അൽ യെമൻ എന്നീ പ്രമുഖ പണ്ഡിതന്മാരിൽ നിന്നും വിദ്യ നുകർന്നതിന് ശേഷം സ്വദേശത്തു തിരിച്ചു വന്നു മതാധ്യാപകനായി ജോലി നോക്കി.അറബി, ഉറുദു, പാഴ്സി , ഭാഷകളിലുള്ള പ്രാവീണ്യം അറക്കൽ രാജവംശ ത്തിൻറെ മതകാര്യ ഉപദേശി എന്ന നിലയിൽ നിന്നും മാറി വിദേശ വിഭാഗ തലവനായി നിയമിതനാകുന്നതിൽ കൊണ്ട് ചെന്നെത്തിച്ചു. തുർക്കി, യെമൻ ,ശാം , പേർഷ്യൻ ,നൈസാം , ഫ്രഞ്ച് ,ബ്രിട്ടീഷ് ഭരണാധികാരികളുമായി നയതന്ത്ര സൗഹൃദ ബന്ധം സ്ഥാപിക്കാൻ ഈ ജോലി മുല്ല കോയയെ സഹായിച്ചു. 
തത്വ ചിന്തകനെന്നതിലുപരി ബഹുഭാഷാ പണ്ഡിതൻ കൂടിയായിരുന്നു ഇദ്ദേഹം. പരമ്പരാഗതമായി കൈമാറിവന്നതും, സ്വരൂപിച്ചതുമായ നിരവധി ഭാഷകളിലുള്ള ഒട്ടനേകം ബൃഹത്ത് ഗ്രന്ഥങ്ങൾ വരക്കൽ ഗ്രന്ഥശാലയിൽ ഉണ്ടായിരുന്നു. ഇക്കാരണത്താൽ മലബാർ കളക്ടർ വില്യം ലോഗൻ മലബാർ മാന്വൽ രചന കാലത്തു വിവര ലഭ്യതയ്ക്കും ,തുഹ്ഫത്തുൽ മുജാഹിദീൻ അടക്കമുള്ള അറബ് ചരിത്ര ഗ്രന്ഥങ്ങളുടെ ഉള്ളടക്കം മനസ്സിലാക്കാനും മുല്ലക്കോയ തങ്ങളെ സമീപിച്ചിരുന്നു . തങ്ങൾ മലബാർ മാന്വൽ രചനയ്ക്കായി ലോഗനെ സഹായിക്കുകയും ഈ ബന്ധം സൗഹൃദമായി പിന്നീട് മാറുകയുമുണ്ടായി. എന്നാൽ മുല്ലക്കോയയുമായുള്ള സൗഹൃദം വില്യം ലോഗന് വിനയായി മാറുകയാണുണ്ടായത്. മാപ്പിള ലഹളകൾക്ക് പിറകിലുള്ള യഥാർത്ഥ കാരണങ്ങൾ ജന്മിമാരുടെ ക്രൂര നിയമങ്ങളും ബ്രിട്ടീഷ് സർക്കാർ കാട്ടുന്ന പകപോക്കലുകളുമാണെന്ന വില്യം ലോഗൻറെ നിഗമനങ്ങൾ അധികാര കേന്ദ്രങ്ങളെ ചൊടിപ്പിച്ചു അതോടെ അദ്ദേഹം സ്ഥലം മാറ്റപ്പെടുകയും തരം താഴ്ത്തപ്പെടുകയും ചെയ്തു

ഇരുപതാം നൂറ്റാണ്ടിൽ യാഥാസ്ഥിക മുസ്ലിങ്ങളും, പണ്ഡിതരും ബ്രിട്ടീഷ് സർക്കാരിനെതിരെ മലബാറിൽ കലാപങ്ങൾ സംഘടിപ്പിക്കുന്ന സന്ദർഭത്തിലായിരുന്നിട്ടു പോലും ബ്രിട്ടീഷ് സർക്കാരുമായി ഒരേറ്റു മുട്ടൽ പാത വരക്കൽ മുല്ല കോയ സ്വീകരിച്ചിരുന്നതായി കാണ്മാനില്ല. എന്നാൽ സൗഹൃദ ബന്ധം ഉണ്ടായിരുന്നു താനും.സർക്കാരിന് അദ്ദേഹം കൃത്യമായി നികുതികൾ അടച്ചിരുന്നു. വില്യം ലോഗൻറെ കാലത്ത് മുല്ലക്കോയയെ സർക്കാർ പലവട്ടം പ്രശംസിക്കുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്
ഏറനാടിനെ അപേക്ഷിച്ചു കോഴിക്കോട്ടെ മാപ്പിളമാർ സമ്പന്നന്മാരും , ജന്മികളുമായിരുന്നു . ഒരു കുടിയാൻ - ജന്മി സർക്കാർ ഏറ്റുമുട്ടലുകൾ ദുർലഭമായേ കോഴിക്കോട് അരങ്ങേറിയിരുന്നുള്ളു. വരക്കൽ മുല്ലക്കോയ ഒരു ജന്മി കുടുംബഅംഗമായിരുന്നു, അദ്ദേഹം അറക്കൽ ആലിരാജയുടെ ദർബാറിൽ ഉന്നത ഉദ്യോഗസ്ഥ്യം വഹിക്കുന്ന ആളുമായിരുന്നു. ഇത്തരം പാശ്ചാത്തലങ്ങൾ ആയിരിക്കണം ബ്രിട്ടീഷ് വിരുദ്ധ തട്ടിൽ നിന്നും മുല്ലക്കോയയെ മാറ്റി നിർത്താൻ കാരണമായത്.
വരക്കൽ മുല്ലക്കോയയും , മലബാർ കളക്ടറും തമ്മിലുള്ള സൗഹൃദത്തിന് മറ്റൊരു കാരണമായി പറയുന്നത് മുസ്ലിം ആത്മീയ നേതാക്കളെ സമ്മർദ്ദത്തിലാക്കാതെ വശത്താക്കുക എന്ന ബ്രിട്ടീഷ് നയമാണ്. അക്കാലത്തെ മുസ്ലിം പുണ്യ പുരുഷന്മാരായ ആത്മീയ ജ്ഞാനികളിൽ ഒരാളായിരുന്നു മുല്ലക്കോയ തങ്ങൾ, ദൂര ദിക്കുകളിൽ നിന്ന് പോലും തീർത്ഥാടകർ അദ്ദേഹത്തെ സന്ദർശിക്കാൻ വരാറുണ്ടായിരുന്നു . വരക്കൽ സ്റ്റേഷൻ എന്നാണ് ഇന്നത്തെ വെസ്റ്റ് ഹിൽ സ്റ്റേഷൻ അന്ന് അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്.മലബാറിൽ ആത്മീയ പുരുഷന്മാരായ മുസ്ലിം പണ്ഡിതരെ പരമാവധി പ്രകോപിപ്പിക്കാതെയിരിക്കുകയെന്ന ബ്രിട്ടീഷ് തന്ത്രം പ്രാവർത്തികമാക്കുന്ന നിലപാടായിരുന്നു അന്ന് സർക്കാർ കൈകൊണ്ടിരുന്നത്. മമ്പുറം സെയ്തലവിയെ അറസ്റ്റു ചെയ്യാതിരുന്നതും ,ഉമർഖാദിയെ അറസ്റ്റു ചെയ്തു വിട്ടയച്ചതും ഭൂരിഭാഗം ആത്മീയ നേതാക്കന്മാരെ മെക്കയിലേക്കു നാട് കടത്തിയതുമൊക്കെ ഈയൊരു നയ നിലപാടിൻറെ ഭാഗമായിട്ടായിരുന്നു. മുല്ലക്കോയയോട് സൗഹൃദം കാട്ടുവാൻ കളക്ടർക്ക് ഈ നിലപാടും പ്രചോദിതമായിരുന്നിരിക്കണം. വില്യം ലോഗന് ശേഷം അധികാരം ഏറ്റെടുത്ത കളക്ടർ വൈസ്രോയിയുടെ പ്രതേക അനുമതിയോടെ ഖാൻ ബഹാദൂർ പട്ടം മുല്ലക്കോയക്ക് വാഗ്ദാനം ചെയ്തു. മലബാറിലുടനീളം അനുയായികളുള്ള ദിവ്യൻ പ്രത്യക്ഷമായി ബ്രിട്ടീഷ് പട്ടം നേടിയാൽ ഗുണകരമായി മാറും എന്ന തിരിച്ചറിവായിരുന്നു ഇതിനു പിറകിൽ. വാഗ്ദാനം സ്വീകരിക്കാതെ നിങ്ങളുടെ മുൻ കളക്ടർ ലോഗൻ സായിപ്പിന് തുഹ്ഫത്തുൽ മുജാഹിദ്ദീൻ വിവർത്തനം ചെയ്തു കൊടുത്ത ആളാണ് ഞാനെന്ന കാര്യം മറക്കരുത് എന്ന് സരസമായി മറുപടി നൽകുകയായിരുന്നു കോയ ചെയ്തത് . 

മലബാറിലെ കാർഷിക വിപ്ലവം പൊട്ടി പുറപ്പെടുന്ന സമയത്ത് വാർദ്ധക്യത്തിലേക്കു ചുവടുകൾ എടുത്തു വെച്ചിരുന്നു മുല്ലക്കോയ. മലബാർ ഖിലാഫത്ത് സഭ രൂപീകരണത്തിൻറെ ഭാഗമായി വരക്കൽ മുല്ലക്കോയയെ ഖിലാഫത് നേതാക്കൾ സന്ദർശിച്ചുവിരുന്നെങ്കിലും ഖിലാഫത്തിൽ ഏതെങ്കിലും ഒരു സ്ഥാനം വഹിക്കാൻ വിസമ്മതിക്കുകയാണ് തങ്ങൾ ചെയ്തത്. നേതൃത്വ പദവിൽ പ്രവാചക കുടുംബത്തിൽ പെട്ട ആളുകൾ വേണമെന്നും രാഷ്ട്രീയത്തിലുപരി മത കാര്യങ്ങളിലും ഖിലാഫത്ത് ഇടപെടണമെന്നുമുള്ള അദ്ദേഹത്തിൻറെ വാദങ്ങൾ ദേശീയ നേതാക്കൾ തള്ളിയതായിരുന്നു ഇതിനു കാരണം. പിന്നീട് ഈ കാര്യം പരിഗണിക്കാം എന്നുറപ്പു കിട്ടിയതിനാൽ 1920 നവംബറിൽ മുല്ലക്കോയയുടെ അധ്യക്ഷതയിൽ സഭാടൗണ് ഹാളില് ലോക്കൽ ഖിലാഫത്ത് കമ്മിറ്റി വിളിച്ചു കൂട്ടി.എൺപത് വയസ്സായിരുന്നു അന്നദ്ദേഹത്തിൻറെ പ്രായം. 
ഖിലാഫത്ത് ചേരിയിലുള്ള മുല്ലക്കോയയെ നിരീക്ഷിക്കാൻ പോലീസ് ഉദ്യോഗസ്ഥരോട് ആവശ്യപ്പെടുകയും ഗവർണർക്കു ഇത് സൂചിപ്പിച്ച സന്ദേശം കൈമാറുകയുമല്ലാതെ പ്രതികാര നടപടികളൊന്നും തന്നെ മലബാർ കളക്ടറിൽ നിന്നുമുണ്ടായില്ല .ഉയർന്ന ജന പിന്തുണയും , ആത്മീയ നേതാവെന്ന പരിഗണനയും കൊണ്ട് മുല്ലക്കോയയ്ക്കെതിരെ ഏതെങ്കിലും തരത്തിലുള്ള നീക്കങ്ങൾ വ്യാപകമായ ജനരോഷം വിളിച്ചു വരുത്തുമെന്ന് ഭയം വെള്ളക്കാർക്കുമുണ്ടായിരുന്നു. അറസ്റ്റുകൾക്കു പകരം കോഴിക്കോട്ടുള്ള മുസ്ലിം പ്രമാണിമാർക്ക് പ്രഭു പട്ടങ്ങൾ നൽകി ആദരിച്ചു പരമാവധി പ്രകോപനം സൃഷ്ട്ടിക്കാതെ സർക്കാർ അനുകൂല നിലപാടിലേക്ക് വിരുദ്ധരെ എത്തിക്കുക എന്ന നയതന്ത്ര ചാരുതയാണ് കളക്ടർ പ്രകടിപ്പിച്ചത്.

അവലംബം
ജീവിത രേഖ
സമസ്ത രൂപീകരണം
കർമ്മ രംഗം