പ്രധാന വാണിജ്യകേന്ദ്രമായിരുന്ന മുസിരിസ്സിന്റെ( ഇന്നത്തെ <MASK> അധ:പതിക്കുകയുണ്ടായി. 1341 കളിൽ പെരിയാറിൽ വെള്ളപ്പൊക്കമുണ്ടായി മുസിരിസ്സിലേക്ക് കപ്പലുകൾ അടുക്കാൻ പറ്റാത്ത വിധം ചളി വന്നടിഞ്ഞ് തടസ്സം രൂപമെടുത്തു.  ഏതാണ്ട് വെള്ളപ്പൊക്കത്തിന്റെ ഫലമായാണ്‌ കൊച്ചി അഴിമുഖത്തിന്റെ ജനനവും. പിന്നീട്കോഴിക്കോട്ഒരു തുറമുഖമെന്നനിലയിൽ ശക്തി പ്രാപിക്കുകയും സാമൂതിരി അതു  കൈവശപ്പെടുത്തിവയ്ക്കുകയും മുസ്ലീങ്ങൾക്കും അറബി കൾക്കും മാത്രമായി തുറന്നു കൊടുക്കുകയും ചെയ്തു വന്നു. കോഴിക്കോട് തുറമുഖത്തോളം വരില്ലെങ്കിലും കൊച്ചിയിലെ അഴിയിലൂടെ മറ്റു വിദേശീയർ വ്യാപാരം നടത്തി വന്നു.  കേരളത്തിന്റെ തീര‍പ്രദേശങ്ങളുടെ വാണിജ്യവ്യാപരങ്ങളുടെ കുത്തക കൈയടക്കാൻ യൂറോപ്യൻ ശക്തികൾ സ്ഥിരം യുദ്ധങ്ങളിലും ഏർപ്പെട്ടു. കൊച്ചി നിരന്തരം ഇതിനു സാക്ഷ്യം വഹിച്ചു. 1500-ൽ കബ്രാൾ ഇവിടം സ്വന്തമാക്കി. പിന്നീട് 1663-ൽ ഡച്ചുകാർ യുദ്ധം ചെയ്തു ഇതു കീഴ്പ്പെടുത്തി.പിന്നീട് 1795-ൽ ബ്രിട്ടിഷുകാർ ഇത് അവരുടേതാക്കി മാറ്റി. എന്നാൽ ആദ്യകാല ബ്രീട്ടീഷ് ഭരണം പഴയകാലത്തെ ഭരണനേട്ടങ്ങളെ ഇല്ലായ്മ ചെയ്യാൻ മാത്രമായിരുന്നു. കൊച്ചിയിലെ നിരവധി കെട്ടിടങ്ങൾ തകർക്കപ്പെടുകയും പട്ടണം നാശത്തിന്റെ വക്കിൽ എത്തുകയും ചെയ്തു.
റോബർട്ട്‌ ബ്രിസ്റ്റോ
മാഞ്ചസ്റ്റർ വൈപ്പിൻ കൊച്ചിയെ കൊടുങ്ങല്ലൂർ