1996 മുതൽ 1998 കാലഘട്ടത്തിൽ ഇ.കെ. നായനാർ മന്ത്രിസഭയിൽ വിദ്യുച്ഛക്തി മന്ത്രിയായിരിക്കുമ്പോൾ, ലാവലിൻ കമ്പനിയുമായി നടന്ന സർക്കാർ ഇടപാടിൽ അഴിമതി നടന്നിട്ടുണ്ടെന്ന് ആരോപണമുണ്ടായി. ഇതിനെ തുടർന്ന് യു. ഡി. എഫ് ഭരണകാലത്ത് സംസ്ഥാന വിജിലൻസ് അന്വേഷണം നടത്തുകയും പിണറായി വിജയൻ തെറ്റു ചെയ്തിട്ടില്ലെന്നു കണ്ടെത്തുകയും ചെയ്തിരുന്നു . എന്നാൽ പിന്നീട് കേസ് അന്വേഷിച്ച <MASK> പിണറായി വിജയനെ ഒൻപതാം പ്രതിയായി ചേർക്കുകയും പ്രോസിക്യൂട്ട് ചെയ്യാൻ അനുമതി തേടുകയും ചെയ്തു. സിപിഐ(എം) നേതൃത്വത്തിലുള്ള ഇടതുപക്ഷജനാധിപത്യമുന്നണി മന്ത്രിസഭ സഭ അതിന് അനുമതി നിഷേധിച്ചെങ്കിലും അന്നത്തെ കേരളാ ഗവർണ്ണർ ആർ.എസ്. ഗവായി അദ്ദേഹത്തെ പ്രോസിക്യൂട്ട്‌ ചെയ്യാൻ അനുമതി നൽകി. മഹാരാഷ്ട്രയിൽ തന്റെ മകന്റെ തിരഞ്ഞെടുപ്പു വിജയത്തിന് കോൺഗ്രസ് സഹായം ഉറപ്പുവരുത്താൻ ആർ.എസ്‌. ഗവായ്‌ യു. ഡി. എഫ് നേതാക്കളുടെ ഇംഗിതത്തിനൊത്ത് ചെയ്തതാണിതെന്നു സിപിഐ(എം) ആരോപിച്ചിരുന്നു. കേരളാ ഗവർണ്ണറുടെ ഈ തീരുമാനത്തെ പിണറായി വിജയൻ സുപ്രീംകോടതിയിൽ ചോദ്യംചെയ്തു.
പിണറായി വിജയൻ
സി.ബി.ഐ സി.പി.ഐ.എം മഹാരാഷ്ട്രയിൽ സി.പി.ഐ.(എം)