എന്നിരുന്നാലും ഇന്ത്യൻ നാഷണൽ കോൺഗ്രസുമായി ദൃഡമായ ബന്ധം ഇന്ത്യൻ നാഷണൽ കൗൺസിൽ സ്ഥാപിച്ചിരുന്നു. ജാപ്പനീസ് സഹകരണത്തിനുവേണ്ടി ഇന്ത്യൻ നാഷണൽ കോൺഗ്രസിന്റെ സഹായവും ഈ സമയങ്ങളിൽ ഇന്ത്യൻ നാഷണൽ കൗൺസിൽ തേടിയിട്ടുണ്ടായിരുന്നു.  എന്നാൽ ഇന്ത്യൻ ഇൻഡിപെൻഡൻസ് ലീഗുമായി ഇന്ത്യൻ നാഷണൽ കൗൺസിൽ പല അഭിപ്രായഭിന്നതകളും പ്രകടിപ്പിച്ചിരുന്നു. സ്വാമി സത്യാനന്ദ പുരി, <MASK> ചൈനയിലെയും ടോക്കിയോയുടെ ആന്റി - ഇംപീരിയലിസ്റ്റ് നയങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കാര്യങ്ങളെ ചോദ്യം ചെയ്തിരുന്നു.  1942-ൽ ടോക്കിയോയിൽ വച്ച് നടന്ന ടോക്കിയോ കോൺഫറൻസിൽ പങ്കെടുക്കുന്നതിനായി യാത്രചെയ്യവേ ഉണ്ടായ വിമാനാപകടത്തിൽ സ്വാമി സത്യാനന്ദ പുരിയും ഗ്യാനി പ്രീതം സിങ്ങും കൊല്ലപ്പെട്ടു. ഇതിനെത്തുടർന്ന് ടോക്കിയോ കോൺഫറൻസിൽ വച്ച് തെക്കുകിഴക്കൻ ഏഷ്യയിലെ ഇന്ത്യൻ സ്വാതന്ത്ര്യസമര പ്രസ്ഥാനങ്ങളുടെ നേതൃത്വം, റാഷ് ബിഹാരി ബോസ് ഏറ്റെടുക്കുകയുണ്ടായി. ഇതിനുശേഷം നടന്ന ബാങ്കോക്ക് കോൺഫറൻസിലും ഇന്ത്യൻ നാഷണൽ കൗൺസിൽ തങ്ങളുടെ പ്രതിനിധി സംഘത്തെ അയച്ചിരുന്നു. 
ഇന്ത്യൻ നാഷണൽ കൗൺസിൽ
ഇന്ത്യൻ ചൈനയിലെയും ജാപ്പനീസ് കൊറിയയിലെയും