1595 ജനുവരി 25-ന്, മാർ അബ്രാഹമിനെക്കുറിച്ചുള്ള പരാതിയിന്മേൽ അന്വേഷണത്തിന് ക്ലെമന്റ് എട്ടാമൻ മാർപ്പാപ്പ ഉത്തരവിറക്കി. <MASK> കൊണ്ടുപോയി വിചാരണചെയ്യാനും കുറ്റം തെളിഞ്ഞാൽ തടവിൽ പാർപ്പിക്കാനുമായിരുന്നു കല്പന. എന്നാൽ അപ്പോഴേക്കും മാർ അബ്രാഹം വയോവൃദ്ധനും രോഗാതുരനുമായിരുന്നതിനാൽ ഈ തീരുമാനം നടപ്പാക്കാൻ കഴിഞ്ഞില്ല. പകരം, അദ്ദേഹത്തിന്റെ കാലശേഷം അങ്കമാലി രൂപതയിൽ താൽക്കാലിക ഭരണാധികാരിയെ (ആഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റർ) നിയമിക്കാൻ ഗോവ മെത്രാപ്പോലീത്തയെ അധികാരപ്പെടുത്തുന്ന ഒരുത്തരവ് 1597 ജനുവരി 21-ന് മാർപ്പാപ്പ പുറപ്പെടുവിച്ചു.  1597-ൽ തന്നെ മാർ അബ്രാഹം മരിച്ചു. മാർപ്പാപ്പായുടെ ഉത്തരവനുസരിച്ച് മെത്രാപ്പോലീത്തയുടെ ഉപദേഷ്ടാവായിരുന്ന ഫ്രാൻസിസ് റോസിനെ അദ്ദേഹത്തിന്റെ സ്ഥാനത്ത് അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്ററായി ആദ്യം നിയമിച്ചെങ്കിലും, ആ നിയമനത്തിനെതിരെയുള്ള പ്രതികരണങ്ങളുടെ തീക്ഷ്ണത കണ്ട്, അർക്കദ്യാക്കോൻ പദവിയിലുരുന്ന ഗീവർഗീസിനെ ചില വ്യവസ്ഥകളോടെ അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്ററായി നിയമിച്ചു.
മാർ അബ്രാഹം മെത്രാപ്പോലീത്ത
ഗോവയിലെ റോമിലെത്തിയ കേരളത്തിലെ ഗോവയിൽ