1990 നും 2000 കളുടെ ഇടയിലും എ.ആർ. റഹ്മാന്റെ നിരവധി ആൽബങ്ങളിൽ കല്യാണി മേനോൻ കൂടെ പ്രവർത്തിച്ചിട്ടുണ്ട് . 1995 ൽ പുതിയ മന്നർഗൾ എന്ന ചിത്രത്തിൽ വാടി സാത്തുകുടി എന്ന ഗാനം ആലപിച്ചു. 1995 ൽ <MASK> അഭിനയിച്ച മുത്തു എന്ന ചിത്രത്തിലെ കുളുവാളിലെ എന്ന ഗാനത്തിൽ ഉള്ള ഓമന തീങ്കൾ  എന്ന ഭാഗം കല്യാണി പാടിയതാണ്.  പിന്നീട് അലെയ്പായുതെയുടെ ടൈറ്റിൽ ട്രാക്ക്, പാർതാലെ പരവസം (2001) സിനിമയിലെ "അധിസയാ തിരുമണം" എന്ന ഗാനവും, ഗൗതം മേനോന്റെ വിണ്ണൈത്താണ്ടി വരുവായ എന്ന ചിത്രത്തിന്റെ തമിഴ്, തെലുങ്ക്, ഹിന്ദി എന്നീ പതിപ്പുകൾക്ക് വേണ്ടിയും കല്യാണി പാടിയിട്ടുണ്ട്.  കല്യാണി റഹ്മാന്റെ  വന്ദേമാതാരത്തിന്റെ ആൽബത്തിലും പാടിയുണ്ട് . കൂടാതെ ശ്രീനിവാസിന്റെ ഉസ്സെലെ എന്ന ആൽബത്തിലെ ഗോപാലകൃഷ്ണ ഭാരതിയുടെ "എപ്പോ വരുവരോ" എന്ന ഗാനത്തിന്റെ പുതിയ പതിപ്പ്  ഉണ്ണികൃഷ്ണനോടോപ്പം കല്യാണി ആലപിച്ചിട്ടുണ്ട്. 
കല്യാണി മേനോൻ
ബാലാജി ശ്രീനിവാസിന്റെ ഉണ്ണികൃഷ്ണനോടോപ്പം രജനികാന്ത്