പരിക്ക് മൂലം മെസ്സിക്ക് രണ്ട് മാസത്തോളം കളിക്കളത്തിൽ നിന്നും വിട്ടുനിൽക്കേണ്ടതായി വന്നു. 2005-06 സീസണിന്റെ അവസാനത്തിൽ 2006 ലോകകപ്പിൽ മെസ്സിയുടെ സാന്നിധ്യം ഉണ്ടാവുമോയെന്ന സംശയം പോലുമുണ്ടായി. എന്നിരുന്നാലും 2006 മെയ് 15 ന് ലോകകപ്പിലേക്കുള്ള ടീം തിരഞ്ഞെടുത്തപ്പോൾ മെസ്സി അതിലുണ്ടായിരുന്നു. ലോകകപ്പിനു മുമ്പ് അർജന്റീന U-20 ടീമിന് വേണ്ടി ഒരു മത്സരത്തിൽ 15 മിനിട്ടും അർജന്റീനക്ക് വേണ്ടി അംഗോളക്കെതിരെ ഒരു സൗഹൃദ മത്സരത്തിൽ 64 ആം മിനിട്ട് മുതലും കളിച്ചു. ലോകകപ്പിൽ ഐവറി കോസ്റ്റിനെതിരായി നടന്ന <MASK> ഉദ്ഘാടനമത്സരം പകരക്കാരുടെ ബെഞ്ചിലിരുന്നാണ് മെസ്സി കണ്ടത്. സെർബിയ & മോണ്ടിനെഗ്രോവിനെതിരായ അടുത്ത മത്സരത്തിൽ 74 ആം മിനുട്ടിൽ മാക്സി റോഡ്രിഗസിനു പകരക്കാരനായി മെസ്സി കളത്തിലിറങ്ങി.ഒരു ലോകകപ്പിൽ അർജന്റീനക്ക് വേണ്ടി കളിക്കുന്ന ഏറ്റവും പ്രായം കുറഞ്ഞ കളിക്കാരനായി മെസ്സി മാറി. കളിക്കാനിറങ്ങി ഒരു മിനിട്ടിനുള്ളിൽ തന്നെ മെസ്സി ഹെർനൻ ക്രെസ്പോയുടെ ഗോളിനു വഴിവെച്ചു.
ലയണൽ മെസ്സി
അർജന്റീന ജർമ്മനിക്കെതിരെ അർജന്റീനയുടെ കൊളംബിയക്കെതിരെയായിരുന്നു