ശങ്കരാചാര്യരുടെ കാലശേഷം ഈ ക്ഷേത്രത്തിന്റെ അവകാശം ശിഷ്യനായ <MASK> നടുവിൽ മഠം സ്വാമിയാർക്ക് ലഭിച്ചു. തലമുറകളായി പാലിച്ചുപോന്ന അവകാശം പിന്നീട് ഗുരുവായൂരിൽത്തന്നെയുള്ള മല്ലിശ്ശേരി മനയ്ക്ക് ലഭിച്ചു. ഗുരുവായൂർ ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഉടമസ്ഥാവകാശവും മല്ലിശ്ശേരി മനയ്ക്കുതന്നെയായിരുന്നു. ടിപ്പു സുൽത്താൻ മലബാർ ആക്രമിച്ചപ്പോൾ അതിന്റെ തെക്കേ അതിർത്തിപ്രദേശമായിരുന്ന ഗുരുവായൂരിലും ആക്രമണമുണ്ടായി. പ്രധാനക്ഷേത്രമായ ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രമൊഴികെ അവിടെയുണ്ടായിരുന്ന മിക്ക ക്ഷേത്രങ്ങളും  ആക്രമണത്തിൽ തകർന്നു. പാർത്ഥസാരഥിക്ഷേത്രവും അക്കൂട്ടത്തിലുണ്ടായിരുന്നു. തുടർന്ന് ഒരുപാടുകാലം ഈ ക്ഷേത്രം ആരുടെയും ശ്രദ്ധയേറ്റുവാങ്ങാതെ കഴിയുകയായിരുന്നു. പ്രധാനക്ഷേത്രമായ ശ്രീകൃഷ്ണക്ഷേത്രം എല്ലാവരുടെയും ശ്രദ്ധയേറ്റുവാങ്ങി ലോകപ്രശസ്തിയിലേയ്ക്ക് കുതിയ്ക്കുന്ന സമയത്ത് ശ്രീകൃഷ്ണഭഗവാൻ തന്നെ മറ്റൊരു രൂപത്തിൽ കുടികൊള്ളുന്ന ഈ ക്ഷേത്രം ജീർണ്ണിച്ച് നിലംപരിശാകാറായ മട്ടിൽ ഗുരുവായൂർ പട്ടണത്തിന്റെ ഒരു മൂലയിൽ കഴിയുകയായിരുന്നു. 1971 വരെ ഈ സ്ഥിതി തുടർന്നു.
ഗുരുവായൂർ പാർത്ഥസാരഥിക്ഷേത്രം
ചന്ദ്രനും കുജനും തൃശ്ശൂർ ഗംഗാനദി