എന്നാൽ, തെക്കുംകൂർ തിരുവിതാംകൂറിന്റെ ഭാഗമായതോടെ കോട്ടയത്തിന്റെ പ്രാധാന്യം ഇല്ലാതാകുകയും തിരുനക്കര ക്ഷേത്രം, തിരുവിതാംകൂറിലെ എണ്ണം പറഞ്ഞ ക്ഷേത്രങ്ങളിലൊന്നായി ഒതുക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു. പേരുകേട്ട വാണിജ്യകേന്ദ്രം എന്ന പദവിയും കോട്ടയത്തിന് നഷ്ടമായി. 1880 വരെ ഈ സ്ഥിതി തുടർന്നു. തിരുവിതാംകൂറിൽ വന്ന ശേഷമുള്ള ആദ്യകാലങ്ങളിൽ, <MASK> ആസ്ഥാനമായിരുന്ന വടക്കൻ ഡിവിഷനിൽ പെട്ട ഒരു താലൂക്ക് മാത്രമായിരുന്നു കോട്ടയം. 1879-ൽ അന്നത്തെ തിരുവിതാംകൂർ ദിവാനായിരുന്ന നാണുപിള്ള, വടക്കൻ ഡിവിഷന്റെ ആസ്ഥാനമാകാൻ എന്തുകൊണ്ടും യോഗ്യത കോട്ടയത്തിനാണെന്ന് പറയുകയുണ്ടായി. എന്നാൽ, അന്ന് നാടുവാണിരുന്ന ആയില്യം തിരുനാൾ രാമവർമ്മ രാജാവിന് ഇത് സമ്മതമായിരുന്നില്ല. അദ്ദേഹത്തിന്റെ മരണശേഷം സ്ഥാനമേറ്റ വിശാഖം തിരുനാൾ രാമവർമ്മയുടെ കാലത്താണ് വടക്കൻ ഡിവിഷന്റെ ആസ്ഥാനം കോട്ടയത്തേയ്ക്ക് മാറ്റിയത്. ഇത് കോട്ടയത്തിനും, അതുവഴി തിരുനക്കര ക്ഷേത്രത്തിനും ഒരു പുത്തൻ ഉണർവ് നൽകി. തിരുവിതാംകൂർ ഇന്ത്യൻ യൂണിയനിൽ ലയിച്ചശേഷം ക്ഷേത്രം തിരുവിതാംകൂർ ദേവസ്വം ബോർഡിന് കീഴിലായി. 1950-കളിൽ ക്ഷേത്രത്തിൽ വൻ തോതിൽ മാറ്റങ്ങൾ നടന്നു.
തിരുനക്കര മഹാദേവക്ഷേത്രം
ചേർത്തല ആയില്യം ഗുരുവായൂരിലേതുപോലെ കൂത്തമ്പലം