എന്നാൽ സാമൂതിരി കൊച്ചീരാജാവിന്റെ അനുസരണക്കേടിൽ ക്ഷുഭിതനായി അറബികളുടെ സഹായത്തോടെ കൊച്ചിയിൽ വമ്പിച്ച കപ്പൽ പടയുമായി വന്ന് യുദ്ധം ചെയ്തു. ആദ്യത്തെ യുദ്ധത്തിൽ കൊച്ചി സൈന്യം പരാജയപ്പെട്ടു, രാജാവ് <MASK> അഭയം തേടി. എന്നാൽ താമസിയാതെ പോർട്ടുഗീസ് കപ്പൽ‌പ്പടയുമായി എത്തിയ അൽബുക്കെർക്ക് കൊച്ചിക്ക് തുണയായി. സാമൂതിരിയുമായി ഉഗ്ര പോരാട്ടം നടത്തി അവരെ തിരിച്ചോടിച്ചു. കൊച്ചീരാജാവിനെ വൈപ്പിനിൽ നിന്ന് കൂട്ടിക്കൊണ്ടുവന്ന് തിരികെ സിംഹാസനത്തിലിരുത്തി. പ്രത്യുപകാരമായി പോർത്തുഗീസുകാർക്ക് അവരുടെ പണ്ടികശാലയെ സം‌രക്ഷിക്കാനും ശത്രുക്കളെ നേരിടാനുമായി ഒരു കോട്ട കെട്ടാനുള്ള അനുമതി രാജാവ് നൽകി. ഇതിനായി ഒരു കുന്നും ആവശ്യമായ മരങ്ങളും അവർക്ക് നൽകി എന്ന് ഗുണ്ടർട്ട് വിവരിക്കുന്നു.
ഫോർട്ട് കൊച്ചി
മഹോദയപുരത്തു വൈപ്പിൻ‌കയിൽ കോഴിക്കോടിനെ എറണാകുളം