കമ്മ്യൂണിസ്റ്റ് സർക്കാരിന്റെ പതനത്തിനു ശേഷം മുജാഹിദീനുകളുടെ സർക്കാർ കാബൂളിൽ അധികാരത്തിലെത്തിയെങ്കിലും കാബൂളിലേക്ക് നീങ്ങാതെ യൂനിസ് ഖാലിസ് നംഗർഹാറിൽത്തന്നെ തുടർന്നു. 1996-ൽ <MASK> നംഗർഹാർ നിയന്ത്രണത്തിലാക്കിയതോടെ മറ്റു പ്രധാന മുജാഹിദീൻ നേതാക്കളിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി യൂനിസ് ഖാലിസ് താലിബാന് നിശ്ശബ്ദപിന്തുണനൽകി. താലിബാൻ ഭരണകാലത്ത് ഖാലിസ് പാകിസ്താനിൽ കഴിച്ചുകൂട്ടി. താലിബാന്റെ പരാജയത്തിനു ശേഷം യൂനിസ് ഖാലിസിന്റെ അനുയായികൾ ജലാലാബാദിൽ തങ്ങളുടെ സ്ഥാനം തിരിച്ചുപിടിച്ചു. 2001-ൽ ഒസാമ ബിൻ ലാദന് തോറാ ബോറയിൽ നിന്നും രക്ഷപ്പെടുന്നതിന് സൗകര്യമൊരുക്കിക്കൊടുത്തത് യൂനിസ് ഖാലിസ് ആണെന്ന് അമേരിക്ക ആരോപിച്ചിരുന്നു.
മുഹമ്മദ് യൂനിസ് ഖാലിസ്
ഇസ്ലാമികപ്രതിരോധകക്ഷിയായ ഐക്യരാഷ്ട്രസഭയിലേക്കും അഫ്ഗാനിസ്താനിലെ താലിബാൻ