കണ്ണൂർ ജില്ലയിലെ രാഷ്ട്രീയ കൊലപാതക കേസുകളിൽ <MASK> അന്വേഷണം പ്രഖ്യാപിച്ച രണ്ടാമത്തെ കേസായിരുന്നു സൈനുദ്ദീൻ വധക്കേസ് (ഒന്നാമത്തേത് ഫസൽ വധക്കേസ് ആയിരുന്നു). ഭരണ കക്ഷിയുടെ പ്രവർത്തകരാണ് കൊലപാതകം നടത്തി എന്നതിനാൽ കേസിന്റെ ആദ്യ ഘട്ടത്തിൽ തന്നെ കേസന്വേഷണത്തിൽ ഇടപെടലുകൾ ഉണ്ടായി. സംഭവത്തിൽ അറസ്റ്റ് ചെയ്ത പ്രതികളെ മർദ്ദിച്ചു എന്ന കുറ്റം ചുമത്തി ഇരിട്ടി  സി.ഐ. മുരളീധരനെ കീഴുദ്യോഗസ്തനായ എസ്.ഐ അറസ്റ്റു ചെയ്യുന്ന സംഭവങ്ങൾ വരെ അരങ്ങേറി. പിന്നീട് ആഭ്യന്തര മന്ത്രിയായ കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണന്റെ നിർദ്ദേശ പ്രകാരം ഡി.വൈ.എസ്.പി ഷൌക്കത്ത് അലിയെയും സി.ഐ. മുരളീധരനെയും സ്ഥലം മാറ്റുകയും സസ്പെൻസ് ചെയ്യുകയും ചെയ്തു. ഇതേ തുടർന്ന് ലോക്കൽ പോലിസിന്റെ അന്വേഷണം തൃപ്തികരമല്ലെന്നു ചൂണ്ടിക്കാട്ടി സൈനുദ്ദീന്റെ മാതാവ് സുബൈദ സമർപ്പിച്ച ഹരജിയിൽ കേസ് അന്വേഷണം സി.ബി.ഐക്ക് കൈമാറാൻ 2008 സപ്തംബറിൽ ഹൈക്കോടതി ഉത്തരവിട്ടു.
സൈനുദ്ദീൻ വധക്കേസ്
സി.പി.എമ്മുകാർ സി.പി.ഐ.എമ്മുകാർ സി.ബി.ഐ മൈസൂറിൽകൂടി