1798-ൽ നെപ്പോളിയനൊപ്പം ഇദ്ദേഹം <MASK> പര്യടനത്തിന് പുറപ്പെട്ടു. ലോവർ ഈജിപ്റ്റ് പ്രദേശത്തിന്റെ ഗവർണറായി ഇദ്ദേഹം നിയമിതനായി.  ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഡെ'ഈജിപ്റ്റ് എന്ന സ്ഥാപനത്തിന്റെ സെക്രട്ടറി എന്ന ചുമതലയും ഇദ്ദേഹം വഹിക്കുകയുണ്ടായി. ഇംഗ്ലീഷ് നാവികസേന ഈജിപ്റ്റും ഫ്രാൻസുമായുള്ള ബന്ധം വിച്ഛേദിച്ചതിനാൽ ഇദ്ദേഹം പടക്കോപ്പുകളുണ്ടാക്കാനുള്ള സംവിധാനങ്ങൾ ഈജിപ്റ്റിൽ തന്നെ നിർമ്മിക്കുകയുണ്ടായി. ഈജിപ്ഷ്യൻ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടിന് ഇദ്ദേഹം ധാരാളം ശാസ്ത്രീയ പ്രബന്ധങ്ങളും സമർപ്പിക്കുകയുണ്ടായി. നെപ്പോളിയൻ കെയ്റോയിൽ ആരംഭിച്ച ഈജിപ്ഷ്യൻ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് കെയ്റോ ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് എന്നും അറിയപ്പെടുന്നു. പൗരസ്ത്യദേശങ്ങളിൽ ഇംഗ്ലീഷുകാർക്കുണ്ടായിരുന്ന സ്വാധീനം കുറയ്ക്കുകയായിരുന്നു ഉദ്ദേശം. ബ്രിട്ടീഷ് വിജയങ്ങൾക്കും ജനറൽ മെനൗവിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ഫ്രഞ്ചുപടയുടെ 1801-ലെ പരാജയത്തിനും ശേഷം ഫൗറിയർ ഫ്രാൻസിലേയ്ക്ക് മടങ്ങി.
ജോസഫ് ഫൊറിയർ
ഈജിപ്ഷ്യൻ ഫ്രാൻസിലെ കുശാനസാമ്രാജ്യത്തിന്റെ ഫ്രഞ്ച്