2006 മേയ് മാസത്തിലാണ് ഫസലിനെ കൊലപ്പെടുത്താനുള്ള ഗൂഢാലോചന നടന്നത്. അന്നത്തെ നിയമസഭാ തിരഞ്ഞെടുപ്പിൽ എൻ.ഡി.എഫിന്റെ പിന്തുണ തേടാൻ <MASK> നിർബന്ധിതമാവുന്ന സാഹചര്യം ഉണ്ടായതാണ് കൊലപാതകത്തിൽ കലാശിച്ചത്. കൊലയ്ക്കു പിന്നിൽ ആർ.എസ്.എസ് ആണെന്നു വരുത്തിത്തീർക്കാൻ പ്രതികളായ നേതാക്കൾ ശ്രമിച്ചു. സി.പി.ഐ(എം) വിട്ട് ആർ.എസ്.എസിൽ ചേർന്ന അശോകന്റെ അടുത്ത ബന്ധുവായ മണ്ഡലം കാര്യവാഹകിന്റെ വീടിനു സമീപം ഫസലിന്റെ രക്തംപുരണ്ട തൂവാലയിട്ടത് അന്വേഷണം വഴിതെറ്റിക്കാൻ വേണ്ടിയായിരുന്നു.  സി.പി.ഐ(എം) നേതാക്കൾ കൊലപാതകികൾക്ക് ഒളിസങ്കേതം ഒരുക്കുകയും  മൈസൂരിലേക്ക് ഉല്ലാസയാത്ര നടത്താൻ സൗകര്യം ചെയ്തുകൊടുക്കുകയും ചെയ്തു. ഫസലിന്റെ കൊലപാതകത്തിനു ദൃക്‌സാക്ഷിയായ വീട്ടമ്മ സമീറയ്ക്ക്  സി.പി.ഐ(എം) നേതാക്കൾ പണം വാഗ്ദാനം ചെയ്തിരുന്നുവെന്നും കുറ്റപത്രത്തിൽ പറയുന്നു.കേസിന്റെ ഉത്തരവാദിത്തം ഏറ്റെടുക്കാൻ ആർ.എസ്.എസ് പ്രവർത്തകൻ ഷാജി (കുട്ടപ്പൻ)യെ സി.പി.ഐ(എം) നേതൃത്വം സമീപിച്ചതായും കുറ്റപത്രത്തിൽ പറയുന്നു. സി.പി.ഐ(എം) പ്രവർത്തകനായിരിക്കെയുള്ള പരിചയവും ബന്ധവും ദുരുപയോഗിച്ചാണ് ഷാജിയെ പാർട്ടി നേതാക്കൾ സമീപിച്ചത്. പാർട്ടിയുടെ ആവശ്യം നിരസിച്ച ഷാജി പിന്നീട് ദുരൂഹ സാഹചര്യത്തിൽ മരിച്ചു.
ഫസൽ വധക്കേസ്
സി.ബി.ഐ ആർ.എസ്.എസ് സ്പെയിനിന് സി.പി.ഐ(എം)