പാരീസിൽ അക്വീനാസ്  ഇത്തവണ ചെലവഴിച്ച മൂന്നു വർഷക്കാലം വിവാദഭരിതമായിരുന്നു.  അദ്ദേഹത്തിന്‌ നേരിടേണ്ടി വന്നത് ബ്രബാന്തിലെ സിഗറിനെപ്പോലുള്ള അവ്വരോവാദികളെ മാത്രമായിരുന്നില്ല.  <MASK> രചനകൾ അരിസ്റ്റോട്ടിലിന്റെ ചിന്തയുടെ തെറ്റായ ചിത്രമാണ്‌ നൽകുന്നതെന്ന് സ്ഥാപിക്കാനാണ്‌ അക്വീനാസ് ശ്രമിച്ചത്.  അരിസ്റ്റോട്ടിലിന്റെ ദർശനത്തിന്റെ ശരിയായ വ്യാഖ്യാനം ക്രിസ്തീയ വിശ്വാസവുമായി മിക്കവാറും യോജിച്ചുപോകുന്നവയാണെന്ന് അദ്ദേഹം വാദിച്ചു. എന്നാൽ ക്രിസ്തീയവിശ്വാസത്തെ ന്യായീകരിക്കാൻ ഒരു പേഗൻ ചിന്തകനെ ആശ്രയിക്കുന്നത് ശരിയല്ലെന്ന് ബൊനവന്തുരായെപ്പോലുള്ള ഫ്രാൻസിസ്കന്മാരും മറ്റും കരുതി.  പാരിസ് സർ‌വകലാശാലയിൽ ഫ്രാൻസിസ്കന്മാരുടെ തത്ത്വചിന്താവിഭാഗത്തിന്റെ മേധാവിയായി ബൊനവന്തുരയെ പിന്തുടർന്നു വന്ന തോമസ് പെക്കാം, ക്രിസ്തീയദൈവശാസ്ത്രത്തിൽ പേഗൻ ദർശനത്തെ കലർത്തിയതിന്‌ അക്വീനാസിനെ നിശിതമായി വിമർശിച്ചു.
തോമസ് അക്വീനാസ്
അവ്വരോസിന്റെ അഗസ്റ്റിന്റെ പ്ലേറ്റോയുടെ അവ്വരോസ്