പിൽക്കാലത്ത്, ക്ഷേത്രം <MASK> (പിൽക്കാലത്ത് കൊച്ചി രാജ്യം) നെടുവിരിപ്പിനും (സാമൂതിരി കുടുംബം) ലഭിച്ചു. അക്കാലത്ത്, പാലക്കാട്ട് രാജാവും സാമൂതിരിയും പുറക്കോയ്മയും കൊച്ചി രാജാവ് മേൽക്കോയ്മയുമായി പ്രവർത്തിയ്ക്കുകയായിരുന്നു പതിവ്. കക്കാട്ട് നമ്പ്യാതിരിയായിരുന്നു അകക്കോയ്മ. കൊച്ചി രാജാവും സാമൂതിരിയും തമ്മിൽ അക്കാലത്ത് കടുത്ത ശത്രുതയായിരുന്നു. കാരണം, ക്ഷേത്രമിരിയ്ക്കുന്ന സ്ഥലം കൊച്ചി രാജ്യത്തായിരുന്നെങ്കിലും അപ്പുറം സാമൂതിരിയുടെ തട്ടകമായിരുന്നു. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഭൂസ്വത്തുക്കൾ പലതും അങ്ങനെ മലബാറിലായി. ഇത് പലതരത്തിലും അസ്വാരസ്യങ്ങളുണ്ടാക്കി. ക്ഷേത്രത്തിൽ അനാവശ്യത്തർക്കങ്ങളുണ്ടാക്കാനാണ് സാമൂതിരി ശ്രമിയ്ക്കുന്നതെന്ന് കൊച്ചി രാജാവും തന്റെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള ക്ഷേത്രം തട്ടിയെടുക്കാനാണ് കൊച്ചി ശ്രമിയ്ക്കുന്നതെന്ന് സാമൂതിരിയും പ്രസ്താവിച്ചു. തുടർന്ന്, ഇരുവരും പ്രശ്നപരിഹാരത്തിനായി ബ്രിട്ടീഷ് ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യാ കമ്പനിയെ സമീപിച്ചു. അന്ന് രാമവർമ്മ ശക്തൻ തമ്പുരാനായിരുന്നു കൊച്ചി രാജാവ്. ഈസ്റ്റ് ഇന്ത്യാ കമ്പനി അദ്ദേഹത്തിന് ക്ഷേത്രാവകാശം കൊടുത്തു. എന്നാൽ, സാമൂതിരിയ്ക്ക് ചില ഭൂവിഭാഗങ്ങൾ സമ്മാനിയ്ക്കാമെന്നും ഒത്തുതീർപ്പായി. പിൽക്കാലത്ത്, ഇതിനെക്കുറിച്ച് പല വാദപ്രതിവാദങ്ങളും നടന്നിരുന്നു. എന്നാൽ, ഇന്ന് രാജഭരണമില്ലാത്തതിനാൽ ഇവയ്ക്ക് യാതൊരു പ്രസക്തിയുമില്ല.
തിരുവില്വാമല ശ്രീവില്വാദ്രിനാഥക്ഷേത്രം
തിരുവില്വാമല പെരുമ്പടപ്പിനും മദ്ധ്യകേരളത്തിൽ തിരുവിതാംകൂർ