1505-ൽ <MASK> ആദ്യത്തെ പോർച്ചുഗീസ് വൈസ്രോയിയായി നിയമിക്കപ്പെട്ട ഫ്രാൻസിസ്കോ അൽമീഡയെ അനുഗമിച്ച 22 കപ്പലുകളുടെ വ്യൂഹത്തിൽ 25 വയസ്സുള്ള മഗല്ലൻ ചേർന്നു.  ഗോവയിലും കൊച്ചിയിലും കൊല്ലത്തുമായി അദ്ദേഹം എട്ടു വർഷം ഇൻഡ്യയിൽ ചെലവിട്ടു. 1506-ലെ കണ്ണൂർ യുദ്ധവും 1509-ലെ ഡിയൂ യുദ്ധവും ഉൾപ്പെടെയുള്ള സൈനികസം‌രംഭങ്ങളിലും മഗല്ലൻ പങ്കെടുത്തു. കണ്ണൂർ യുദ്ധത്തിൽ അദ്ദേഹത്തിനു പരിക്കേറ്റിരുന്നു. പിന്നീട് ഡിയഗോ ലോപസ് സെക്വീരായുടെ നേതൃത്വത്തിൽ മലാക്കയിലേക്കു പോയ ആദ്യത്തെ പോർച്ചുഗീസ് ദൗത്യസംഘത്തിലും മഗല്ലൻ ചേർന്നു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ സുഹൃത്തും, ഒരുപക്ഷേ ബന്ധുവുമായിരുന്ന ഫ്രാൻസെസ്കോ സെരാവോയും ആ ദൗത്യത്തിൽ ഉണ്ടായിരുന്നു.മലാക്കയിലെത്തിയ ആ ദൗത്യസംഘം ഒരു ഗൂഢാലോചനയ്ക്ക് ഇരയായതിനെ തുടർന്ന് ദൗത്യം ഉപേക്ഷിച്ചു. ഗൂഢാലോചനയെക്കുറിച്ച് സംഘനേതാവിനു മുന്നറിയിപ്പു നൽകുന്നതിലും കരയിൽ ഇറങ്ങിക്കഴിഞ്ഞിരുന്ന അദ്ദേഹത്തെ അപകടം കൂടാതെ രക്ഷപ്പെടുത്തുന്നതിലും മഗല്ലൻ നിർണ്ണായകമായ പങ്കു വഹിച്ചു.  ഇത് അദ്ദേഹത്തിനു ബഹുമതികളും ജോലിക്കയറ്റവും നേടിക്കൊടുത്തു.
ഫെർഡിനാന്റ് മഗല്ലൻ
പോർച്ചുഗലിലെ പോർച്ചുഗലിലേയ്ക്കു ഇൻഡ്യയിലെ സ്പെയിനിനും