ഇവിടെ കണ്ടു വരുന്ന ആവാസവ്യവസ്ഥകൾ ഇനി പറയുന്നവയാണ്. കണ്ടൽ വനങ്ങൾ, തീരദേശ വനങ്ങൾ, താഴ്ന്ന ചതുപ്പ് നിലങ്ങൾ, നദീതീര കുറ്റിക്കാടുകൾ, താഴ്ന്നനില <MASK>, പർവത മഴക്കാടുകൾ, പവിഴപ്പുറ്റുകൾ. വാകടോബി ദ്വീപസമൂഹത്തിൽ 25 തരം പവിഴപ്പുറ്റ് കൂട്ടങ്ങൾ ഉണ്ട്. അതിൽ തീരപ്പുറ്റ്, പവിഴരോധിക, പവിഴപ്പുറ്റ് വലയം എന്നിവ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. 2003 ൽ നടത്തിയ സർവേയിൽ പവിഴപ്പുറ്റുകളിലെ 15 കുടുംബങ്ങളിലും 68 ജനറയിലും പെട്ട 396 ഉപവിഭാഗങ്ങളെ കണ്ടെത്തുകയുണ്ടായി. ഇതിൽ Acropora formosa, Acropora hyacinthus, Psammocora profundasafla, Pavona cactus, Leptoseris yabei, Fungia molucensis, Lobophyllia robusta, Merulina ampliata, Platygyra versifora, Euphyllia glabrescens, Tubastraea frondes, Stylophora pistillata, Sarcophyton throchelliophorum, എന്നിവയും  Sinularia ഉപവർഗ്ഗവും ഉൾപ്പെടുന്നു.
വാകടോബി ദേശീയോദ്യാനം
മഴക്കാടുകൾ പവിഴപ്പുറ്റുകൾ സുലവേസിയിൽ ദേശീയോദ്യാനമാണ്