ഇതിനിടെ ചില ദൗർഭാഗ്യങ്ങളും മഗല്ലനെ അലട്ടി. അസെമ്മൂറിലെ യുദ്ധത്തിലേറ്റ മുറിവ് അദ്ദേഹത്തിനു സ്ഥിരമായ മുടന്തു നൽകി. അനുമതിയില്ലാതെ അവധിയെടുത്ത മഗല്ലൻ <MASK> അധികാരികളുടെ അപ്രീതിക്കു പാത്രമായി. മൂറുകളുമായി നിയമാനുസൃതമല്ലാത്ത കച്ചവടത്തിൽ ഏർപ്പെട്ടു എന്ന ആരോപണവും അദ്ദേഹത്തിന്റെ മേൽ ഉന്നയിക്കപ്പെട്ടു. ആ ആരോപണം കള്ളമാണെന്നു തെളിഞ്ഞെങ്കിലും 1514 മേയ് മാസത്തിനു ശേഷം കാര്യമായ ഒരുദ്യോഗവാഗ്ദാനവും അദ്ദേഹത്തിനു ലഭിച്ചില്ല. 1515 അവസാനം ഒരു പോർച്ചുഗീസ് കപ്പലിലെ നാവികനായി നിയമനം കിട്ടിയെങ്കിലും മഗല്ലൻ അതു സ്വീകരിച്ചില്ല.  1517-ൽ, സുഗന്ധദ്വീപുകളിലേയ്ക്കുള്ള ഒരു പര്യവേഷണയാത്രയെ സഹായിക്കാനുള്ള തന്റെ അഭ്യർത്ഥന നിരസിച്ച മാനുവേൽ ഒന്നാമൻ രാജാവുമായുള്ള കലഹത്തെ തുടർന്ന് മഗല്ലൻ പോർച്ചുഗൽ വിട്ടു സ്പെയിനിലേയ്ക്കു പോയി. സ്പെയിനിലെ സെവില്ലിൽ തന്റെ നാട്ടുകാരൻ ഡിയഗോ ബാർബോസയുടെ സൗഹൃദം നേടിയ മഗല്ലൻ അദ്ദേഹത്തിന്റെ മകൾ ബിയാട്രിസ് ബാർബോസയെ വിവാഹം കഴിച്ചു. അവർക്കു രണ്ടു മക്കൾ ജനിച്ചെങ്കിലും രണ്ടുപേരും ശൈശവത്തിലേ മരിച്ചു.
ഫെർഡിനാന്റ് മഗല്ലൻ
സ്പെയിനിലേയ്ക്കു പോർച്ചുഗലിനും സ്പെയിനിനും പോർച്ചുഗീസ്