1503-ൽ, പോർച്ചുഗീസുകാർ താനൂർ (<MASK>) രാജാവിന്റെ അനുമതിയോടെ ചാലിയത്ത് ഒരു കോട്ട പണിതു ഇന്ത്യൻ സമുദ്രത്തിലെ ആധിപത്യം ഉറപ്പിച്ചു. സാമൂതിരിയെ നേരിടാനും യുദ്ധമുണ്ടാവുകയാണെങ്കിൽ എളുപ്പത്തിൽ സാമൂതിരിയുടെ കീഴിലുള്ള പ്രദേശങ്ങളിൽ എത്തിച്ചേരാനും ഇത് വഴിയൊരൊക്കി. 1571-ൽ സാമൂതിരി ഈ കോട്ട ആക്രമിച്ചു കീഴടക്കി, പോർച്ചുഗീസ് സഖ്യകക്ഷിയായിരുന്ന വിജയനഗര സാമ്രാജ്യത്തിന്റെ പരാജയവും അതേസമയത്തായിരുന്നു. പോർച്ചുഗീസുകാർ കോട്ട ഉപേക്ഷിക്കാൻ നിർബന്ധിതരായി, തുടർന്ന് കോട്ട പൂർണ്ണമായും പൊളിച്ചു, ഇത് പോർച്ചുഗീസ്കാരുടെ പതനത്തിന് തുടക്കം കുറിച്ചു. പിന്നീട് ഒരു സമവായത്തിനായി അവർ 1578-ൽ വീണ്ടും സാമൂതിരി സമീപിച്ചു. 1588 ആയപ്പോഴേക്കും അവർ കോഴിക്കോട്ട് താമസിക്കുകയും 1591-ൽ സാമൂതിരി സംഭാവനയായി നൽകിയ സ്ഥലത്തു ഒരു പള്ളി പണിയുകയും ചെയ്തു.  ഈ സുഹൃദ്ബന്ധം കുഞ്ഞാലി മരക്കാറെ സാമൂതിരിയുമായി ക്രമേണ അകറ്റി.
കോഴിക്കോടിന്റെ ചരിത്രം
വെട്ടത്തുനാട് ആസ്ട്രേലിയയിലാണ്‌ മാതൃഭൂമിയും കേരളത്തിലെ