1999-ൽ ജനതാദൾ പിളരുകയും ചില നേതാക്കന്മാർ ബി.ജെ.പി.യുടെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള ദേശീയ ജനാധിപത്യ സഖ്യത്തിൽ ചേരുവാനായി ജനതാദൾ (യുനൈറ്റഡ്) എന്ന കക്ഷി രൂപീകരിക്കുകയും ചെയ്തു. ജോർജ്ജ് ഫെർണാണ്ടസ് ആയിരുന്നു ജനതാദൾ (യുനൈറ്റഡ്) കക്ഷിയുടെ നേതാവ്. എച്ച്.ഡി. ദേവഗൗഡ ജനതാദൾ (സെക്കുലാർ) കക്ഷിയുടെ നേതാവായി തുടർന്നു. പിളർപ്പിനു കാരണം ദേശീയ ജനാധിപത്യ സഖ്യത്തിൽ ചേരുന്നതിനുള്ള എതിർപ്പായിരുന്നുവെങ്കിലും ദേവ ഗൗഡ <MASK> തുടക്കം മുതൽ തന്നെ തുല്യ അകൽച്ച പാലിച്ചിരുന്നു. 2004-ലെ തിരഞ്ഞെടുപ്പിൽ കർണാടകത്തിൽ പാർട്ടി തിരികെ വരുകയും ഭരണസഖ്യത്തിന്റെ ഭാഗമാവുകയും ചെയ്തു. ഇതെത്തുടർന്ന് എച്ച്.ഡി. കുമാരസ്വാമി 20 മാസത്തേയ്ക്ക് ബി.ജെ.പി. പിന്തുണയോടെ ഭരണം നടത്തി. 
ജനതാദൾ (സെക്കുലർ)
ആർ.എസ്.എസിനോട് കോൺഗ്രസിനോടും കർണാടകം ജനസംഘത്തിലെ