പിന്നെ അവർ <MASK> അന്തമില്ലാത്തതെന്നു തോന്നിക്കുന്ന യാത്ര തുടങ്ങി.   അടുത്ത 98 ദിവസങ്ങളിൽ ആകെ കണ്ടത് രണ്ടു ചെറിയ ദ്വീപുകൾ മാത്രമായിരുന്നു. കപ്പലിൽ ഇല്ലായ്മകൾ പെരുകുകയും നാവികരെ സ്കർ‌വി രോഗം വലയ്ക്കുകയും ചെയ്തു. ഇടയ്ക്ക് ഗുവാം ദ്വീപ് കണ്ടെങ്കിലും ദ്വീപുവാസികളുടെ ശത്രുത മൂലം അവിടെ ഇറങ്ങിയില്ല. 1521 ഏപ്രിൽ 7-ന്‌ അവർ ഫിലിപ്പീൻസിലെ സീബു ദ്വീപിൽ ഇറങ്ങി. കപ്പലിലെ ദൗർലഭ്യങ്ങൾ നീക്കാൻ വേണ്ട വിഭവങ്ങൾ അവിടുന്ന് സമാഹരിക്കേണ്ടിയിരുന്നു. പ്രതിഫലമായി, സമീപത്തുള്ള മാക്ടാൻ ദ്വീപിലെ ശത്രുവുമായുള്ള യുദ്ധത്തിൽ സീബു ദ്വീപിലെ രാജാവിനെ സഹായിക്കാൻ മഗല്ലൻ സമ്മതിച്ചു. എന്നാൽ മാക്ടാനിലെ യുദ്ധത്തിൽ അതിരുകടന്ന ആത്മവിശ്വാസത്തോടെ, ആവശ്യത്തിനു മുൻ‌കരുതലുകളില്ലാതെ പങ്കെടുത്ത മഗല്ലൻ കൊല്ലപ്പെട്ടു.  അദ്ദേഹത്തിന്റെ മൃതദേഹം പോലും കണ്ടുകിട്ടിയില്ല.
ഫെർഡിനാന്റ് മഗല്ലൻ
യൂറോപ്പിൽ കണ്ണൂർ ആഫ്രിക്കയുടെ ശാന്തസമുദ്രത്തിൽ