ഇതിനിടയിൽ ചില വിവാദങ്ങളും ക്ഷേത്രത്തെ ചുറ്റിപ്പറ്റിയുണ്ടായി. മലബാർ ദേവസ്വം ബോർഡ് ഈ ക്ഷേത്രം ഏറ്റെടുക്കാൻ പല തവണ ശ്രമിച്ചിരുന്നു. ഇതിനെതിരെ ഭക്തജനസമിതി വൻ തോതിൽ പ്രതിഷേധിച്ചിരുന്നു. ഇതിനിടയിൽ ഭക്തജനസമിതിയ്ക്കെതിരെയും ചില ആരോപണങ്ങൾ ഉയർന്നുവന്നിരുന്നു. വൻ തോതിൽ അഴിമതിയും സ്വജനപക്ഷപാതവും ഭക്തജനസമിതിയ്ക്കെതിരെ ആരോപിയ്ക്കപ്പെടുകയുണ്ടായി. ഇവയ്ക്കെതിരെ ആദ്യം <MASK> സബ് കോടതിയിലും പിന്നീട് പടിപടിയായി സുപ്രീം കോടതിയിലും വരെ കേസെത്തി. ഇതിനിടയിൽ 2016 ഓഗസ്റ്റിൽ കേരള ഹൈക്കോടതി പാർത്ഥസാരഥിക്ഷേത്രത്തെ പൊതുക്ഷേത്രമായി പ്രഖ്യാപിച്ചു. ഇതിനെതിരെ ഭരണസമിതിയും ഹിന്ദുസംഘടനകളും വൻ തോതിൽ രംഗത്തുവന്നു.
ഗുരുവായൂർ പാർത്ഥസാരഥിക്ഷേത്രം
ചാവക്കാട് ചന്ദ്രനും അനിഴം കുജനും