నికరాగువా సరస్సు లోనికి 40 కి పైగా చిన్న చిన్న నదులు ప్రవహిస్తున్నాయి. వీటిలో టిపిటాపా నది ముఖ్యమైనది. ఇది నికరాగువా సరస్సును మనాగువా సరస్సుతో కలుపుతుంది. మిగిలినవన్నీ చిన్నా చితకా నదులు.

సరస్సు యొక్క తూర్పు తీరం (పనలోయ ప్రాంతం నుండి శాన్ కార్లోస్ వరకూ వున్న తీరం) నుండి సరస్సులోనికి అనేక చిన్న నదులు ప్రవహిస్తున్నాయి. వీటిలో మలకతోయ (Malacatoya), టెకలోస్టోతే (Tecolostote), మేయల్ (Mayales), అకోయాప (Acoyapa), ఓయటే (Oyate), తాపేనగునాసాప (Tapenaguasapa), పియెడ్ర (Piedra), తులే (Tule) నదులు చెప్పుకోదగినవి. ఇవన్నీ నికరాగువా సెంట్రల్ పీఠభూమి లోని వర్షపాతారణ్యాలనుండి ప్రవహిస్తూ తూర్పు వైపు నుండి సరస్సు లోనికి కలుస్తాయి.
రైవాస్ ప్రాంతం నుండి ప్రవహిస్తున్న ఒకోమొగో (Ochomogo) నది జపాటెరా ద్వీపానికి అభిముఖంగా సరస్సులో కలుస్తుంది. దక్షిణతీరం నుండి సరస్సులోనికి ప్రవహించే నదులలో సపోయా (Sapoa), సబలోస్ (Sabalos), నినో (Nino), జపోటే (Zapote), ఫ్రియో (Frio) నదులు ముఖ్యమైనవి. ఇవన్నీ కోస్టారికన్ భూభాగం నుండి ప్రవహిస్తున్నాయి. ఈ నదులు, సరస్సులో కలుస్తున్న ప్రాంతాలలో శాశ్వతమైన చిత్తడినేలలు ఏర్పడ్డాయి. ఫ్రియో నదీ నుంచి వచ్చే జలాలు ఇలా సరస్సులోనికి ప్రవేశించగానే, దానికి అతి సమీపంలోనే సరస్సు నుంచి జలాలు పెద్దఎత్తున ఖాళీ అవుతూ, శాన్ జువాన్ నదీ లోనికి ప్రవహిస్తాయి. అందువల్ల ఫ్రియో నది నుండి వచ్చే నీరు వెంటనే శాన్ జువాన్‌లో కలిసిపోతుంది.

నికరాగువా సరస్సు నుండి వెలుపలకు ప్రవహించే నదులలో శాన్ జువాన్ నది అతి ముఖ్యమైనది. సరస్సు యొక్క ఆగ్నేయ తీరం నుండి బయటకు ప్రవహించే శాన్ జువాన్ నది, తన ప్రవాహ మార్గంలో భాగంగా దట్టమైన అటవీ ప్రాంతం గుండా 180 కి.మీ దూరం పైగా ప్రయాణించి చిట్ట చివరకు కరేబియన్ సముద్రంలోకి కలిసిపోతుంది. అట్లాంటిక్ మహా సముద్రంలో సంగమించడానికి ముందు శాన్ జువాన్ నది, నికరాగువా-కోస్టారికా దేశాల మధ్య కొంత దూరం వరకు సహజ సరిహద్దుగా ప్రవహిస్తుంది.

తీర నదులు
దీవులు-ద్వీప సమూహాలు
సిచ్లిడ్ చేపలు
జంతుజాలం