1556 లో తన భర్త సింహాసనాన్ని అధిరోహించిన తరువాత పద్నాలుగు సంవత్సరాల వయస్సులో రుకైయా మొఘలు సామ్రాజ్యం చక్రవర్తిని అయింది. ఆమె వివాహజీవితం సంతానరహితంగా మిగిలిపోయినప్పటికీ ఆమె అక్బరు అభిమాన మనవడు ప్రిన్సు ఖుర్రం (భవిష్యత్తు చక్రవర్తి షాజహాన్ ) విద్యను రుకైయా పర్యవేక్షించింది. ఆమె తన భర్త వలె కాక బాగా విద్యావంతురాలు. రుకైయా రాకుమారుని దత్తు తీసుకోవడం అంతఃపురంలో ఆమె శక్తి, అధికారాలను తెలియజేస్తుంది. మొఘలు అంతఃపుర మహిళలలో ఆమె విశేషాధికారం కలిగి ఉంది. ఇది మొఘలు అంతఃపుర మహిళలకు వారు వారి పిల్లల సంరక్షణ వహించడానికి అధికారం లేదని తెలియజేస్తుంది. అఖుర్రం జన్మించడానికి కొంతసమయం ముందు జ్యోతిష్కులు ఆయన భవిష్యత్తు చక్రవర్తి ఔతాడని రుకైయాబేగంకు చెబుతారు. అందువలన జన్మించడానికి ముందే సంతానానికి సాంరాజ్యప్రాధాన్యత లభించింది. 1592 లో జన్మించిన ఖుర్రం ఆరురోజుల ప్రాయంలోనే ఆయన తల్లి జగత్ గోసైనీ నుండి తీసుకుని రుకైయాకు అప్పగించాలని అఆదేశించి అక్బరు తన భార్య రుకైయా కోరికను తీర్చాడు. రుకైయా సంరక్షణలో ఖుర్రం సంరక్షణ జరగాలని ఆదేశించడంతో భవిష్యత్తు చకేవర్తిని సంరక్షించాలన్న రుకైయా కోరిక నెరవేరింది. అక్బరు ఖుర్రంతో ఏర్పరుచుకున్న సంబంధంతో సమానమైన అనుబంధం రుకైయా, ఖుర్రంలు పంచుకున్నారు. జహంగీరు మాటలలో "ఎల్లప్పుడూ ఆయన [ఖుర్రామ్] నాకు [జహంగీరు] ను సిఫార్సు చేశాడు. ఇతర పిల్లలకు అతనికీ మధ్య ఎలాంటి పోలిక లేదని చెబుతూ ఆయన (అక్బర్) తన నిజమైన బిడ్డగా గుర్తించబడ్డాడు. జుహాంగిర్ కూడా తన కుమారుడైన ఖుర్రంను రుకైయా ప్రేమించినట్లు తన జ్ఞాపకాలలో పేర్కొన్నాడు. "ఆమెకు స్వంత కుమారుడిగా ఉంటే ప్రేమించినదాని కంటే అధికంగా ఖుర్రంను ప్రేమించింది " అని పేర్కొన్నాడు. 
" అయనకు 14 సంవత్సరాలు ముగిసేవరకు ఖుర్రం రుకైయాతో ఉండిపోయాడు. 1605 లో అక్బరు మరణించిన తరువాత యువ యువరాజు తన తండ్రి ఇంటికి తిరిగి వెళ్ళటానికి అనుమతించబడ్డాడు. తరువాత ఆయన తనకు జన్మ ఇచ్చిన తల్లికి తల్లికి దగ్గరగా జీవితం గడిపాడు. 

పిల్లలను లేనప్పటికీ రుకైయా తన భర్తచే ఎక్కువగా గౌరవించబడింది. ఆమె 1557 లో వివాహం చేసుకుని 1605 లో మరణించే వరకు పట్టమహిషిగా ఉంది. రుకైయా అంతఃపురంలో పెద్దరికంతో ఆమె భర్త పాలనలో, అతని వారసుడి (జహంగీర్ ) పాలనలో గౌరవించబడింది. ఆమె ఉన్నతమైన వంశం కారణంగా మీర్జా హిందాలు కుమార్తె ఒక మొఘలు యువరాణి అక్బరు మొదటి, ప్రధాన భార్యగా గౌరవించబడింది.

చక్రవర్తిని న్యాయస్థానంలో రాజకీయాల్లో చురుకుగా పాల్గొని అక్బరు వద్ద గణనీయమైన విశేషాధికారాలను అనుభవించింది. 1600 లలో తండ్రి-కొడుకుసంబంధంలో చీలిక ఏర్పడినప్పుడు ఆమె, సలీమాబేగంతో కలిసి ఆమె భర్త అక్బరు, సవతి కుమారుడు సలీం (జహంగీర్) మధ్య ఒప్పందం కుదరడానికి చర్చలు సాగించడంలో ఆమె కీలకమైన పాత్ర వహించింది. ఒప్పంద ఫలితంగా చివరకు మొఘల్ సింహాసనానికి సలీం చేపట్టడానికి మార్గం సుగమం చేయడానికి ఈ చర్చలు సహాయపడ్డాయి. 1601 లో సలీం అలహాబాదులో ఒక స్వతంత్ర న్యాయస్థానాన్ని ఏర్పాటు చేయడం ద్వారా అతని తండ్రి ఇంకా సజీవంగా ఉన్నప్పుడు "సలీం షా"గా చక్రవర్తి బిరుదును తీసుకుని అక్బరుకు వ్యతిరేకంగా తిరుగుబాటు చేశాడు. అక్బరు విశ్వాసకులు సలహాదారుడు, అబూల్ ఫజ్ల్ హత్యకు జహంగీరు కూడా ప్రణాళిక వేసాడు. ఈ పరిస్థితి ఎంతో క్లిష్టమైనది, అక్బరుకు చాలా ఆందోళన కలిగించింది. సలీం కొరకు ఎవ్వరూ అభ్యర్ధన వేయలేదు. చివరకు ఆయనకు రుకైయా సుల్తాన్ బేగం, సాలిమా సుల్తాన్ బేగం సహాయంగా ఉండి జహంగీరు కొరకు క్షమాపణ కోసం వేడుకున్నారు. అక్బరు వారి కోరికను మన్నించాడు. సలీం చక్రవర్తి ముందు హాజరు కావడానికి అనుమతించబడ్డాడు. అతని సవతి తల్లులు, ఆయన నాయనమ్మ హమిదా బాను బేగం ప్రయత్నాల ద్వారా 1603 లో రాకుమారుడు చివరికి క్షమించ బడ్డాడు.

అక్బరు ఎల్లప్పుడూ తప్పు చేసినవారిని క్షమించలేదు. కొన్నిసార్లు అతని నిర్ణయాలు తిరిగి వెనుకకు తీసుకోలేదు. ఒకసారి రుకైయా ఆమె అత్తగారు హమీదా బాను బేగం కలిసి లాహోర్లో షియాను హత్య చేసిన ఒక సున్నీ ముస్లిం కొరకు క్షమాపణ కోరినప్పుడు అది నిరాకరించబడింది. అది పూర్తిగా మతపరమైన మూఢవిశ్వాసం కారణంగా జరిగింది.జహంగీరు పాలనలో ఖన్-ఇ-అజాం, మిర్జా అజీజ్ కోకా కోసం క్షమాభిక్షను పొందడానికి రుకైయా, సలీమా సుల్తాన్ బేగం కీలక పాత్ర పోషించారు. 

చక్రవర్తిని
మరణం
భతృహీన చక్రవర్తిని
అక్బరుతో వివాహం