இந்தியாவுக்குக் கடல்வழி கண்டுபிடிப்பதில் ஈடுபட்ட எசுப்பானிய-போர்த்துகீசிய நாட்டவர் இந்தியாவுக்குக் கத்தோலிக்க சமயத்தையும் கொண்டுவந்தார்கள். 1498, மே 20ஆம் நாள் வாஸ்கோ ட காமா கோழிக்கோடு நகருக்கு அருகே காப்பாடு என்னும் கிராமத்தில் வந்திறங்கினார். அதைத் தொடர்ந்து இரண்டாவது கப்பல் 1500, திசம்பர் 24ஆம் நாள் வந்துசேர்ந்தது. அதற்குத் தலைமை வகித்தவர் பேத்ரோ ஆல்வாரெஸ் காப்ரால் () என்பவர். 

அவரையும் அவருடைய குழுவினரையும் கொச்சி இராச்சியத்தை ஆண்ட அரசர் உண்ணி கோத வர்மா திருமூலப்பாடு என்பவர் மகிழ்ச்சியோடு வரவேற்றார். இதை அறிந்த கோழிக்கோடு சாமூதிரி கொச்சி இராச்சியத்தின்மீது போர்தொடுத்தார். ஆனால் 1503 திசம்பர் 24இல் கொச்சியை வந்தடைந்த போர்த்துகீசியப் படை அஃபோன்சோ தே ஆல்புகெர்க்கே () என்பவரின் தலைமையில் கொச்சி அரசரை எதிர்த்தவர்களின் படையை முறியடித்தது. இதற்குக் கைம்மாறாகக் கொச்சி அரசர் போர்த்துகீசியர் கொச்சி நகரில் ஒரு கோட்டை கட்ட இசைவு அளித்தார்.

அரச அரண்மனையும் இந்துக் கோவில்களும் தவிர வேறு கட்டடங்கள் கல், சாந்து போன்ற உறுதியான பொருள்களால் கட்டப்படுவதற்கு அனுமதி இல்லாத அக்காலத்தில், கிறித்தவக் கோவில் ஒன்றைக் கல், சாந்து போன்ற பொருள்களைக் கொண்டு உறுதியாகக் கட்டி எழுப்ப அரசர் இசைவு அளித்தார். இவ்வாறு திருச்சிலுவைக் கோவில் கட்டுவதற்கான அடிக்கல் 1505, மே 3ஆம் நாள் இடப்பட்டது. அந்நாள் "திருச்சிலுவை கண்டெடுக்கப்பட்ட திருநாள்" என்று கொண்டாடப்பட்ட நாள் ஆகும். எனவே அக்கோவிலுக்கு "திருச்சிலுவைக் கோவில்" (போர்த்துகீசம்: "Santa Cruz") என்னும் பெயர் இடப்பட்டது. இன்று கொச்சி கோட்டை ("Fort Cochin") என்று அழைக்கப்படும் இடத்திற்குக் கிழக்குப் பக்கம் அக்கோவில் அமைந்திருந்தது..

போர்த்துகீசிய மறைப்பணியாளர்களும் தொடக்க காலத் திருச்சிலுவைக் கோவிலும் (1505-1558)
கோவிலின் வரலாறு
கோவிலின் கலையழகு
கொச்சி மறைமாவட்டத்தின் தலைமைக் கோவில்