இந்திய காங்கிரஸ் ஆரம்பித்து நான்கு ஆண்டுகள் கழித்து திலகர் 1889-ல் காங்கிரஸில் சேர்ந்தார். அப்பொழுது அது அடிமை மனப்பாங்கு கொண்டதாக இருந்தது. 1893-ல் விவேகானந்தரின் சிகாகோ உரை திலகரை மிகவும் கவர்ந்தது. திலகர் 1893-ல் மக்களிடயே நாட்டுப்பற்றை ஏற்படுத்த கணபதி உற்சவம் கொண்டாட ஆரம்பித்தார். இன்றும் அந்த உற்சவம் மராட்டிய மாநிலத்தின் அடையாளமாக கோலாகலமாக கொண்டாடப்படுகிறது. 1895-ல் சிவாஜி உற்சவம் கொண்டாட ஆரம்பித்தார்.இதனால் மக்களிடையே ஏற்பட்ட ஒற்றுமை அரசாங்கத்திற்குக் கலக்கத்தை ஏற்படுத்தியது.

1895ல் திலகர் புனே முனிசிபல் உறுப்பினராகத் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்டார். அக்காலகட்டத்தில் மக்கள் பிரதிநிதிகளுக்கு எந்த அதிகாரமும் இல்லை.1896 இறுதியில் பம்பாயிலும் புனேவிலும் பிளேக் நோய் பரவியது.திலகர் துன்புறும் மக்களுடன் தானும் இருந்து அவர்களுக்காக உழைத்தார். தாமே மருத்துவமனை ஒன்றும் அமைத்தார். பிளேக் நோய் பரவிய சமயத்தில் அனுப்பப்பட்ட ரான்ட் என்பவரும் லெப்டினன்ட் அய்ர்ஸ்ட் என்பவரும் சாப்பிக்கர் சகோதரர்களால் சுட்டுக்கொல்லப்பட்டனர். திலகர் எழுதிய தலையங்கங்களே இந்தக் கொலைகளுக்குத் தூண்டுதலாக அமைந்தன என்று 1897-ஆம் ஆண்டு சிறையில் அடைக்கப்பட்டார். சிறையில் வேதங்களின் காலம் குறித்து ஆராய்ந்தார்.18 மாதம் சிறைத்தண்டனை 12 மாதமாகக் குறைக்கப்பட்டது. தண்டனை முடிந்து வெளிவரும்போது மிகுந்த மக்கள் செல்வாக்குபெற்ற தலைவராக வெளிவந்தார். மக்கள் அவரை வரவேற்க கூட்டமாகக் காத்திருந்தனர்.
லார்டு கர்ஸன் 1905- ஆம் ஆண்டு வங்காளத்தை இரண்டாகப் பிரித்தார். இதை திலகர் கடுமையாக எதிர்த்தார். சுதேசி பொருட்கள் ஆதரவு, அந்நிய பொருட்கள் பகிஷ்கரிப்பு முதலியவற்றை திலகர் முன்னின்று நடத்தினார். இது பின்னாளில் காந்திஜியால் ஒத்துழையாமை இயக்கம் என்ற புதிய பெயரில் நடைமுறைப்படுத்தப்பட்டது. திலகருக்கு வங்கத்தைச் சேர்ந்த விபின் சந்த்ர பாலும் பஞ்சாபைச் சேர்ந்த லாலா லஜபத் ராயும் துணை நின்றனர். இவர்கள் லால்- பால்- பால் என்றும் மும்மூர்த்திகள் என்றும் அழைக்கப்பட்டனர். வங்கத்தைச் சேர்ந்த அரவிந்தரும் வ. உ. சிதம்பரம் பிள்ளையும் திலகருடன் இருந்தனர். கோகலே போன்றோர் ஆங்கிலேயரை எதிர்க்காமல் எதையும் கேட்டுபெற வேண்டும் என்ற கொள்கை உடையவர்கள். அவர்களுக்கு திலகரின் செயல்கள் அச்சத்தை ஏற்படுத்தியது.

1907-ஆம் ஆண்டு காங்கிரஸ் கூட்டத்தில் காங்கிரஸ் மிதவாதிகள், அமிதவாதிகள் என்று இரண்டாகப் பிரிந்தது. மிதவாதிகள் தங்களை ஆள்பவர்கள் ஆங்கிலேயர்கள் என்பதை எப்போதும் நினைத்திருந்தார்கள்.அமிதவாதிகள் தங்களை ஆள்பவர்கள் அந்நியர்கள், சுதந்திரம் தங்களது பிறப்புரிமை என்று நினைத்தார்கள். திலகர் அமிதவாதிகள் தலைவரானார். அவர் செயலற்று இருப்பதை விரும்பவில்லை. ஆங்கில ஆட்சியை எதிர்த்து தொடர்ந்து மக்களிடையே பிரச்சாரம் செய்தார்.

1908 ஏப்ரல் 30 அன்று முசாஃபர்பூரில் பிரபுல்ல சாஹி, குதிராம் போஸ் என்ற இரண்டு வங்க இளைஞர்கள் கின்ஸ்போர்ட் என்ற மேஜிஸ்டிரேட் மீது குண்டு வீசினர். அதில் கென்னடி என்பவரது மனைவியும் மகளும் கொல்லப்பட்டனர். பிரபுல்ல சாஹி தன்னைத்தானே சுட்டுக்கொண்டு இறந்தார். குதிராம் போஸூக்குத் தூக்குத்தண்டனை விதிக்கப்பட்டது. இவர்களது செயலைப் பாராட்டி திலகர் கேசரி இதழில் தலையங்கம் எழுதினார். அதனால் ஆங்கில அரசு அவரைக் கைது செய்து பர்மாவில் உள்ள மாண்டலே சிறைக்கு அனுப்பியது. 1908- லிருந்து 1914 வரை சிறையில் இருந்தார். சிறையில் கீதா இரகசியம் என்ற நூலை எழுதினார்.அவர் சிறையில் இருந்து வெளிவந்தபோது கடுமையான நீரிழிவு நோயினால் பாதிக்கப்பட்டார். அவர் சிறையில் இருந்தபோது அவரது மனைவி இறந்தார்.

காங்கிரஸ்
ஹோம்ரூல்
இளமைக்காலம்
மாக்ஸ் முல்லர் கடிதம்