விலங்கு பிடித்தல், மாணிக்க அகழ்வு, மரம் வெட்டுதல், சேனைப் பயிர்ச்செய்கை மற்றும் சுதந்திரமாக அலையும் கால்நடைகள் வனத்தினுள் நுழைதல் என்பன 'யால தேசிய வனம்' எதிர்கொள்ளும் முக்கிய சவால்களாகும். விலங்கு பிடிப்போரினால் இதன் காவலர் மூவர் கொல்லப்பட்டுள்ளனர். மாணிக்க ஆற்று நெடுகிலும் மாணிக்க அகழ்வு இடம் பெறுகிறது. அவ்வாறே மாணிக்க அகழ்வுக்காகத் தோண்டப்பட்ட 30 மீ.(98 அடி) ஆழமான சுரங்கக் குழிகள் "கும்புக்கன் ஓயா" பகுதியிலும் காணப்படுகின்றன. சேனைப் பயிர்ச்செய்கையானது இக்காட்டின் மூன்றாம், நான்காம் பிரிவுகளுக்கு அண்மித்து இடம்பெறுவதால் காட்டுக்கும் பாதிப்புக்கள் ஏற்படுகின்றன. இதன் காரணமாக மாணிக்க ஆற்றின் கரைகளில் உள்ள மரங்கள் பலவும் சாகின்றன. புகையிலைப் பயிர்ச்செய்கை, சுற்றுலாப் பயணிகளால் ஏற்படும் இரைச்சல் மற்றும் வளி மாசடைதல் என்பனவும் சூழற் பாதுகாப்பு தொடர்பில் கட்டாயமாகக் கருதப்பட வேண்டியவை ஆகும். அவ்வாறே வெளியிலிருந்து கொண்டு வந்து நடப்பட்ட தாவர இனங்களின் வளர்ச்சியும் இங்கு இயற்கையாக உள்ள தாவர இனங்களுக்குக் கேடாக அமைகின்றது. காட்டின் மிக உட்புறமான பகுதிகளை வெட்டி கஞ்சாப் பயிர்ச்செய்கையும் நிகழ்கிறது.

"பாத்தனன்கல" பகுதியில் மீனவர்கள் வனவிலங்குகளைப் பிடிப்பதும் குழப்புவதும் நடைபெறுகிறது. மீன் வலைகளில் அரிய இன கடலாமைகள் அகப்படுகின்றன. மீனவர்கள் உட்பகுதிகளில் பொறிகளை அமைத்திருப்பதுடன் கடலாமைகளின் முட்டைகளைத் தோண்டி எடுக்கின்றனர். அவர்கள் குப்பை கூளங்களைக் கடற்கரையில் வீசியெறிந்து அதனை மாசுபடுத்துகின்றனர். 1950 வரையில் நடைமுறைப்படுத்தப்பட்டது போன்று களைகளைத் தேர்ந்தெடுத்து அழிக்காமல் இருப்பதனால் புன்னிலங்கள் காடுகளினுட் பகுதியிலும் களைகள் வளர்ச்சியடையக் காரணமாகின்றது.

கடந்த காலங்களில் சுற்றுலாத்துறை வளர்ச்சி காரணமாக காட்டுக்குள் வரும் வண்டிகளால் விலங்குகளின் நடமாட்டம் தடைப்படுவதும் அவற்றுடன் மோதுவதும் குறிப்பிடத் தக்கன. மேலும் வருகை தரும் பல்லாயிரக்கணக்கான புனிதப் பயணிகளும் அவர்களைக் குறி வைத்து இடம்பெறும் வணிகமும் "சித்துல்பாகுவ" பகுதியில் இந்நிலையை இன்னும் மோசமடையச் செய்கிறது. இந்நிலையைச் சமாளிப்பதற்காக இலங்கை வனவிலங்குப் பாதுகாப்புத் திணைக்களம் மேய்ச்சல் நிலங்களை முகாமை செய்தல், சிறிய குளங்களைப் பராமரித்தல், வெளித் தாவரங்கள் வளர்வதைத் தடுத்தல் முதலான நடவடிக்கைகளை மேற்கொண்டுள்ளது. யானைகள் காட்டை அண்மித்த கிராமங்களுக்குச் செல்வதைத் தடுப்பதற்காக இங்கு 40 கி.மீ.(25 மைல்) நீளமான மின்சார வேலி இடப்பட்டுள்ளது.

பறவைகள்
சவால்களும் பாதுகாப்பும்
பருவ நிலை
காடுகள்