அசாம் மாகாணத்தின் சில்ஹெட் மாவட்டத்தில் கரிம்கஞ்ச் என்ற இடத்தில் பிறந்தார். இவரது தந்தை கான் பகதூர் சையத் சிக்கந்தர் அலி துணை பதிவாளராக இருந்தார். இவர் தனது தந்தைவழி வம்சாவளியை ஷா அஹ்மத் முத்தவக்கிலில் இருந்து கண்டுபிடித்தார். அலியின் தாயார், அம்துல் மன்னன் கதுன், பஞ்சகந்தாவின் பால் குடும்பத்தின் இஸ்லாமியமயமாக்கப்பட்ட கிளையான பகதூர்பூரின் சவுத்ரி ஆவார். முஸ்தபா மூன்று சகோதரர்களில் இளையவர், அவர்களில் சையத் முர்தாசா அலி என்பவரும் ஒரு எழுத்தாளர் . 

சில்ஹெட் அரசு பைலட் உயர்நிலைப் பள்ளியில் மெட்ரிகுலேஷன் தேர்விலும், எம்.சி கல்லூரியில் இடைநிலை தேர்விலும் முஜ்தாபா அலி தேர்ச்சி பெற்றார். சாந்திநிகேதனில் உள்ள விஸ்வபாரதி பல்கலைக்கழகத்திற்குச் சென்று 1926இல் பட்டம் பெற்றார். பல்கலைக்கழகத்தின் முதல் பட்டதாரிகளில் இவரும் ஒருவர். அலிகார் முஸ்லீம் பல்கலைக்கழகத்தில் ஒரு குறுகிய காலம் படித்தார். பின்னர், இவர் பேராசிரியராக கல்வித் துறையில் (1927-1929) பணியாற்ற காபூலுக்குச் சென்றார். 1929 முதல் 1932 வரை வில்ஹெல்ம் ஹம்போல்ட் உதவித்தொகையுடன் ஜெர்மனிக்குச் சென்று பெர்லினில் உள்ள பல்கலைக்கழகங்களிலும் பின்னர் பான்னிலும் படித்தார். 1932 இல் கோஜாசு பற்றிய ஒப்பீட்டு மத ஆய்வுகள் குறித்த ஆய்வுக் கட்டுரையுடன் பான் முனைவர் பட்டம் பெற்றார். 

தொழில்
மொழிச் செயல்பாடு
ஆரம்பகால வாழ்க்கை மற்றும் கல்வி
மரணம் மற்றும் ஆளுமை