மேரி இலண்டனில் சென் யேம்சு அரண்மனையில் 1662 ஏப்ரல் 30 இல் யோர்க் இளவரசருக்கும் (பின்னாளில் இரண்டாம் யேம்சு மன்னருக்கும்), அவரது முதல் மனைவி ஆன் ஹைடுக்கும் மூத்தவராகப் பிறந்தார். மேரியின் மாமா இரண்டாம் சார்லசு மன்னர், இங்கிலாந்து, இசுக்கொட்லாந்து, அயர்லாந்து என்ற மூன்று இராச்சியங்களையும் ஆண்டவர். மேரி ஆங்கிலிக்க வழிபாட்டு முறையைப் பின்பற்றியவர். இவரது மூதாதை ஸ்காட்லாந்தின் முதலாம் மேரியின் நினைவாக மேரி எனப் பெயரிடப்பட்டார். மேரியின் தாயாருக்கு எட்டு பிள்ளைகள் பிறந்தனர் எனினும், மேரி, மற்றும் அவரது இளைய சகோதரி ஆன் ஆகியோரைத் தவிர்த்து ஏனையோர் சிறு வயதிலேயே இறந்து போயினர். தந்தை இரண்டாம் சார்லசுவிற்கு சட்டபூர்வமாக பிள்ளைகள் இல்லாததால், தந்தைக்குப் பின்னர் மேரியே அடுத்த வாரிசாக இருந்தார்.

மேரியின் தந்தை ரோமன் கத்தோலிக்கராக 1668 இலும், தாய் எட்டாண்டுகள் பின்னரும் ரோமன் கத்தோலிக்கராக மதம் மாறினர். ஆனாலும் மேரியும், ஆனும் ஆங்கிலிக்கர்களாகவே தொடர்ந்தும் இருந்தனர். இவர்கள் இருவரும் பெற்றோரிடம் இருந்து பிரிந்து ரிச்மண்ட் அரண்மனையில் வளர்ந்து வந்தனர். 1671 இல் தாயார் இறக்கவே, தந்தை 1673 இல் மேரி என்னும் கத்தோலிக்கரைத் திருமணம் புரிந்தார். இவர் மேரியை விட 4 வயதே மூத்தவர்.

15-வது அகவையில், மேரியை ஒல்லாந்தைச் சேர்ந்த வில்லியமுக்கு திருமணம் செய்து வைக்க தீர்மானிக்கப்பட்டது. வில்லியம் இரண்டாம் சார்லசு மன்னரின் சகோதரி மேரியின் மகன் ஆவார். இவர் புரட்டஸ்தாந்து மதத்தவர். ஆரம்பத்தில், இரண்டாம் சார்லசு, இடச்சு ஆட்சியாளருடன் சம்பந்தம் வைக்க எதிர்ப்புத் தெரிவித்தார். அவர் மேரியை பிரெஞ்சு இளவரசர் லூயிக்குக் கொடுக்க விரும்பியிருந்தார். லூயி கத்தோலிக்கராக இருந்ததால் அவர் பிரான்சுடன் இணைப்பை ஏற்படுத்த விரும்பியிருந்தார். ஆனால் இங்கிலாந்து நாடாளுமன்றத்தின் அழுத்தத்தினால் வில்லியமை ஏற்றுக் கொண்டார். தந்தை யேம்சு வில்லியமை மணக்க மேரியிடம் கூறிய போது, "அவள் அன்று முழுவதும், அடுத்த நாளும் கண்ணீர் சிந்தியபடி இருந்தாள்" என வரலாற்று ஆவணங்கள் தெரிவிக்கின்றன.

ஆரம்ப வாழ்க்கை
மறைவு
திருமணம்
மாண்புமிகு புரட்சி