கராச்சி காவல்துறையால் பிணைய மீட்பு அனுப்பப்பட்ட மின்னஞ்சலை வைத்து IP முகவரியைக் கண்டறிந்த பிறகு, மூன்று சந்தேகத்திற்குரிய நபர்கள் பிடிபட்டனர். அந்தக் கைதுகள் பாகிஸ்தானிய துப்பறியும் நிபுணர் மிர் ஜுபாயிர் மஹ்மூத், பாகிஸ்தான் CIA கணினி வல்லுநர்களின் உதவி பெற்று விசாரணை செய்த பிறகு நடைபெற்றன. கடத்தலுக்கு முக்கியமூலமாகச் செயல்பட்ட அகமது ஓமர் சாயித் ஷேக், முன்னால் ISI அதிகாரி பிரிக். எய்ஜாஸ் ஷாவிடம் சரணடைந்தார், அவர் ஷேக்கின் இருப்பிடத்தகவல் பற்றி ஒருவாரம் முழுவதும் கராச்சி காவல் துறைக்கு மறைத்து வைத்திருந்தார். அகமது ஓமர் சாயித் ஷேக் 1994 ஆம் ஆண்டில் இந்தியாவில் மேற்கத்திய சுற்றுலாப் பயணிகள் கடத்தப்பட்டதுடன் தொடர்பில் இந்தியச் சிறையில் இருந்தவர், மேலும் டிசம்பர் 1999 ஆம் ஆண்டில் இந்திய ஏர்லைன்ஸ் விமானம் 814 பயணிகளுடன் கடத்தப்பட்டத்தை விடுவிப்பதற்குப் பரிமாற்றமாக இந்திய அரசாங்கத்தால் விடுதலை செய்யப்பட்டார்.

அந்த நேரத்தில் பெர்லின் தந்தை அவரது இஸ்ரேலியக் குடியுரிமை விசாரணையின் மீது ஏதேனும் தீய விளைவுகளை ஏற்படுத்திவிடுமோ என்று பயந்தார். 
மார்ச் 21, 2002 இல், பாகிஸ்தானில், அகமது ஓமர் சாயித் சேக் மற்றும் மூன்று மற்ற சந்தேகத்திற்குரியவர்கள் டேனியல் பெர்லின் கடத்தல் மற்றும் கொலையில் அவர்களது பங்களிப்புக்காகக் குற்றஞ்சாட்டப்பட்டனர். அவர்கள் ஜூலை 15, 2002 இல் குற்றவாளிகள் எனத் தீர்ப்பளிக்கப்பட்டனர், மேலும் ஷேக்குக்கு மரண தண்டனை விதிக்கப்பட்டது. ஷேக் அவரது மரணதண்டனைக்கு எதிராக மேல்முறையீடு செய்தார், ஆனால் அவரது வழக்கின் விசாரணை தொடர்ந்து 30 முறைகளுக்கும் மேலாக ஒத்தி வைக்கப்பட்டது, மேலும் தீர்மானமான தேதி எதுவும் நிர்ணயிக்கப்படவில்லை.

மார்ச் 10, 2007 இல், ஓசாமா பின் லேடனின் கீழ் மூன்றாவது ஆணையிடுபவராகக் கூறப்படும் அல் கொய்தா செயலாளராகக் குற்றஞ்சாட்டப்படும் காலித் ஷேக் முகமது டேனியல் பெர்லின் கொலைக்கான அவரது போராளி நிலைத் திறனாய்வுத் தீர்ப்பாயத்திற்கு முன்பு, பொறுப்பேற்க வேண்டும் என வலியுறுத்தப்பட்டது. அவர் அவரைத் தலையைத் துண்டித்தார் என வலியுறுத்தப்பட்டது.
அவரது தீர்ப்பாய விசாரணையின் போது ஒப்புதல் வாக்குமூலம் படிக்கையில், காலித் ஷேக் முகமதுவின் பதிவில் பின்வருவன தொடர்ந்தது:

நான் எனது ஆசிர்வாதம் பெற்ற வலது கரத்துடன் பாகிஸ்தான், கராச்சியில் அமெரிக்க யூத டேனியல் பெர்லின் தலையைத் துண்டித்தேன்.

இந்த ஒப்புதல் தொடர் வார்த்தை, அவரது இரகசியமான CIA விசாரணை மையத்தின் சர்ச்சைக்குரிய குறுக்கு விசாரணையில் இடம்பெற்ற வார்த்தைகளில் இருந்து 2002 ஆம் ஆண்டில் வெளிவந்தது.

மார்ச் 19, 2007 இல், அகமது ஓமர் சாயித் ஷேக்கின் வழக்கறிஞர்கள், காலித் ஷேக் முகமதுவின் குறுக்கு விசாரணை அவர்களது கட்சிக்காரருக்குச் சாதகமாக இருப்பதைக் கண்டனர்.
அவர்கள் பெர்லின் கொலையில் அவரது கட்சிக்காரர் பங்கு பெற்றிருக்கிறார் என்பதை எப்போதும் ஏற்றுக்கொள்கின்றனர், ஆனால் அவர்கள் எப்போதும் காலித் ஷேக் முகமதுதான் உண்மையான கொலைகாரர் என வாதிடுகின்றனர். அவர்கள் அவர்களது கட்சிக்காரரின் மரண தண்டனையில் காலித் ஷேக் முகமதுவின் ஒப்புதலை மையமாக பங்களிக்க வைக்கத் திட்டமிடுகின்றனர்.

அப்போதைய-பாகிஸ்தான் ஜனாதிபதி பெர்வெஸ் முஷாரஃப் அவரது "இன் த லைன் ஆஃப் ஃபயர்" புத்தகத்தில் சில நேரத்தில் இரட்டை ஏஜண்டாக இருந்த MI6 இன் ஏஜன்ட் மூலமாக பெர்ல் கொலை செய்யப்பட்டார் என்று குறிப்பிட்டிருந்தார்.

கைதுகள்
பெர்ல் வீடியோ
பாரம்பரியம்
தலையைத் துண்டித்தல்