மரியா கோவிலில் முதல் சீரமைப்புப்பணி 5ஆம் நூற்றாண்டிலும் 8ஆம் நூற்றாண்டிலும் நடந்தது.

திருத்தந்தை இரண்டாம் இன்னசெண்ட் காலத்தில் (1140-1143) மரியா கோவில் அதன் பழைய அடித்தளத்தின் மீதே மீண்டும் புதிதாகக்கட்டப்பட்டது. இரண்டாம் அனகிலேத்துஸ் என்பவர் 1130-1138 காலத்தில் எதிர்-திருத்தந்தையாக இருந்தார். அவர் இறந்ததும் அவரது உடல் டைபர் நதிக்கரை புனித மரியா கோவிலில் அடக்கம் செய்யப்பட்டிருந்தது.

திருத்தந்தை இரண்டாம் இன்னசெண்டுக்கு எதிராக எழுந்த எதிர்-திருத்தந்தையின் உடல் மரியா கோவிலில் அடக்கம் செய்யப்பட்டதை அவர் விரும்பவிலை. எனவே அக்கல்லறையையும் அதோடு கோவிலையும் இன்னசெண்டு பிரித்தெடுத்தார். அனிசேட்டஸ் அடக்கம் செய்யப்பட்ட அதே இடத்தில் தமக்கென்று ஒரு கல்லறை எழுப்பினார் திருத்தந்தை இன்னசெண்ட்.

மரியா கோவிலின் உள்ளே எழுகின்ற அயோனிய தூண்கள் ("ionic capitals") மிகுந்த கலைவேலைப்பாடு கொண்டவை. அத்தூண்கள் மன்னர் கரக்கால்லாவின் பொதுக்குளியகம் ("Baths of Caracalla") அல்லது, ஜனிக்குலம் குன்றிலிருந்த ஐசிஸ் ("Isis") கடவுளின் கோவிலிலிருந்து வந்திருக்க வேண்டும். அத்தூண்களில் செதுக்கப்பட்டிருந்த முகங்கள் ஐசிஸ், செரப்பிஸ், ஹார்ப்பொக்ராட்டெஸ் ஆகிய தெய்வங்களுக்குரியது என்று 19ஆம் நூற்றாண்டில் கலை வரலாற்றாசிரியர்கள் கண்டுபிடித்தனர். இத்தகவலை அறிந்த திருத்தந்தை ஒன்பதாம் பயஸ் பிற சமய தெய்வங்களின் முகங்களைத் தூணிலிருந்து அகற்றிவிட 1870இல் ஆணை பிறப்பித்தார்.

கோவிலில் பாதுகாக்கப்படும் மீபொருள்கள்
வரலாறு
கோவில் சீரமைப்பு வேலை
இன்றைய கோவிலின் முன்னோடி