பாறேக்காட்டில் எர்ணாகுளம் பேராயராகப் பணிபுரிந்த காலத்திலும் அதற்கு முன்னரும் சீரோ-மலபார் சபை தன் வழிபாட்டு முறையைப் புதிப்பது பற்றி தீவிர விவாதத்தில் ஈடுபட்டிருந்தது. [[வத்திக்கான்]] நிர்வாகத் துறையாகிய கீழைத் திருச்சபைகள் பேராயம் சீரோ-மலபார் சபை வரலாற்றில் கல்தேய சபையோடு தொடர்புகொண்டிருந்ததைக் காட்டி, அதன் சீர்திருத்தம் பண்டைய கல்தேய முறைக்கு ஏற்ப அமையவேண்டும் என்னும் கருத்தைத் தெரிவித்தது.

ஆனால், பாறேக்காட்டில் சீரோ-மலபார் சபை இந்தியாவுக்கே உரிய பாணியில், கீழைத் திருச்சபை மரபுகளை மதித்து, கல்தேய மயமாக்கலுக்கு இடம்கொடாமல் தன்னைப் புதுப்பிக்க வேண்டும் என்னும் கருத்துக் கொண்டிருந்தார். இதனால் பழைமைவாதிகளுக்கும் புதுமைவாதிகளுக்கும் இடையே கருத்து வேறுபாடு வலுத்தது. அந்தச் சர்ச்சையில் பாறேக்காட்டில் புதுமைவாதிகளுக்கு ஆதரவு அளித்தார் என்று பரவலாகக் கருதப்பட்டது.

ஆயர் பட்டம்
வழிபாட்டு முறை பற்றிய சர்ச்சை
இரண்டாம் வத்திக்கான் பொதுச்சங்கத்தில் பங்கேற்பு
குருப்பட்டம்