வில்வமங்கலத்து சாமியார் என்பவர், நாராயணனுக்கு தினமும் பூஜை செய்து வந்தார். பூஜை நடக்கும் நேரங்களில் பகவான், ஒரு சிறுவனின் வடிவில் வந்து சாமியாருக்கு தொந்தரவு கொடுப்பார். சாமியாரின் மீது ஏறி விளையாடுவதும், பூஜைக்குரிய பூக்களை நாசம் செய்வதும், பூஜை பாத்திரங்களில் சிறுநீர்கழிப்பதும் மாயக்கண்ணனின் லீலைகளாக இருந்தன. சாமியாரின் சகிப்புத் தன்மையை பரிசோதிக்க இப்படி நடந்ததாக வரலாறு கூறுகிறது. ஒரு நாள் கண்ணனின் தொந்தரவை சகிக்க முடியாத சாமியார் கோபத்தில், "உண்ணீ! (சின்ன கண்ணா) தொந்தரவு செய்யாமல் இரு' எனக் கூறி அவனைப் பிடித்து தள்ளினார். கோபம் அடைந்த கண்ணன் அவர் முன் தோன்றி, ""பக்திக்கும், துறவுக்கும் பொறுமை மிகவும் தேவை. உம்மிடம் அது இருக்கிறதா என சோதிக்கவே இவ்வாறு நடந்தேன். இனி நீர் என்னைக் காண வேண்டுமானால், அனந்தன் காட்டிற்குத் தான் வரவேண்டும், எனக் கூறி மறைந்து விட்டார். தன் தவறை உணர்ந்த சாமியார் அனந்தன் காடு என்றால் எங்கிருக்கிறது என்றே தெரியாதே என்ற கவலையில் புறப்பட்டார். பலநாள் திரிந்தும், காட்டைக் கண்டு பிடிக்க முடியவில்லை. பலரிடம் கேட்டும் அனந்தன் காடு எங்கிருக்கிறது என அறியமுடியவில்லை. ஒரு நாள் வெயிலில் நடந்து தளர்ந்து ஒரு மரத்தின் நிழலில் அமர்ந்தார். பக்கத்தில் இருந்த குடிசை வீட்டில் கணவன் மனைவிக்கிடையே சண்டை நடந்து கொண்டிருந்தது. அப்போது கணவன் மனைவி யிடம், "இனியும் நீ என்னிடம் சண்டைக்கு வந்தால், உன்னை அடித்து கொன்று, அனந்தன் காட்டில் கொண்டு எறிந்து விடுவேன், என மிரட்டினான். சாமியார் மகிழ்ச்சியுடன் அந்த வீட்டுக்கு சென்றார். அவர்களைச் சமாதானம் செய்து வைத்த சாமியார், அனந்தன் காட்டை பற்றிகேட்டார். அந்த வாலிபனும் காட்டை காட்டினான். அங்கு கல்லும், முள்ளும் ஏராளமாக இருந்தது. என்றாலும் பகவானை காணும் ஆவலில் அவற்றை கடந்து முன்னேறினார். இறுதியில் பகவானை கண்டார். அப்போது அவர் "உண்ணிக் கண்ணனாக' இருக்கவில்லை, அனந்த சயனத்தில் வீற்றிருக்கும் இறைவன் விஷ்ணுவின் ரூபத்தில் காட்சி அளித்தார் -(அனந்தா என்ற பாம்பின் மேல் படுத்தவாறு காட்சியளித்தார்). அவரது உருவம் மிகப்பெரியதாகக் காணப்பட்டது.மேலும் அவர் அத்தனை பெரிய ரூபம் எடுத்ததால், முனிவரால் விஷ்ணுவை சரியாக தரிசனம் செய்ய இயலவில்லை என்றும், அதே போல் அவரை பிரதக்ஷணம் அதாவது வலம் வர முடியவில்லை என்றும் மன்றாடினார். மேலும் அவர் இறைவனிடம் தமது கையில் இருக்கும் தண்டத்தின் மூன்று மடங்கு அளவில் சுருங்கி, அவருக்காக காட்சி அளிக்குமாறு வேண்டிக்கொண்டார். இறைவனும், உடனுக்குடன் அவர் வேண்டிக்கொண்ட போலவே காட்சி அளித்தார் மேலும் பக்த கணங்கள் அவரை மூன்று வாதில்கள் வழியாகவே வழிபடவேண்டும் என்று கற்பித்தார். இந்த வாதில்கள் வழியாகவே இன்று நாம் இறைவனை சேவித்து வருகிறோம். முதல் வாதில் வழியாக. நாம் பரம சிவனை வணங்குகிறோம், இரண்டாம் வாதில் வழியாக நாம் நாபிக்கமலத்தில் இருக்கும் பிரம்மனை வழிபடுகிறோம் மற்றும் மூன்றாவது வாதில் வழியாக நாம் விஷ்ணுவின் பாதங்களை சேவிக்கிறோம், அப்படி செய்வதால் நாம் முக்தி அடையலாம் என்று நம்புகிறோம். மீண்டும் சாமியாரை பகவான் சீண்டினார். தனக்கு பசிஎடுப்பதாக கூறிய பகவானுக்கு, காட்டில் கிடைத்த மாங்காயில் உப்பு சேர்த்து, ஒரு தேங்காய் சிரட்டையில் வைத்து கொடுத்தார். பின்னர் திருவிதாங்கூர் மன்னருக்கு தகவல் தெரிவித்தார். மன்னர், எட்டு மடங்களில் உள்ள பிராமண பூஜாரிகளை அழைத்துக் கொண்டு, அனந்தன் காட்டுக்கு புறப்பட்டார். ஆனால், அங்கே சுவாமி இல்லை. என்றாலும் மன்னர், அந்த இடத்தில் அனந்த பத்மநாபனுக்கு கோயில் கட்ட ஏற்பாடு செய்தார். அங்கு, அனந்தன் பாம்பு மீது பள்ளி கொண்ட பரந்தாமனின் சிலை பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டது. "பத்மநாப சுவாமி' என்ற திருநாமம் சூட்டப்பட்டது.

சேரமான் பெருமான் இக்கோயிலை முதன் முதலில் எழுப்பி, பூஜை முறைகளுக்கும் திருவிழாக்களுக்கும் ஆலய நிர்வாகத்திற்கும் ஏற்பாடுகள் செய்ததாகவும் ஓலைச்சுவடிகள் வாயிலாக அறிய முடிகிறது. தொள்ளாயிரம் வருடங்களுக்கு முன்னர் ஆலயம் மீண்டும் புதுப்பிக்கப்பட்டது. 
அதன் பின் ஸ்ரீ பத்மநாபர் கோவில் மற்றும் அதன் சொத்துக்களை எட்டுவீட்டில் பிள்ளமார் என்ற சக்தி வாய்ந்த ஜமீன்தார்கள் ஆண்டுவந்தனர், மேலும் எட்டர யோகம் என்ற அமைப்பு அவர்களுக்கு வழிகாட்டியாக திகழ்ந்தது. பிறகு மார்த்தாண்ட வர்மன், பிள்ளமார்கள் மற்றும் அவர்களுடைய வம்சத்து "குஞ்சு தம்பிகளை" போரில் தோற்கடித்து, கோவிலைக் கைப்பற்றினார்.
முந்தைய திருவாங்கூர் சமஸ்தான த்தின் மகாராஜாவான மார்த்தாண்ட வர்மன் இந்தக் கோவிலை கடைசியாக புதுப்பித்தார்.ஒரு முறை 1686-ல், கோவில் வளாகத்தில் ஒரு பெரிய தீ விபத்து ஏற்பட்ட பொழுது, அந்த இலுப்பை மரத்தால் ஆன விக்ரக மூர்த்தியின் ஒரு பாகம் எரிந்து அழிந்தது, அப்பொழுது, இறைவன் அந்நாளில் இராஜ்ஜியத்தை பரிபாலித்து வந்த அரசரிடம் சிறிது கோபமாக இருந்ததை அந்நிகழ்ச்சி தெரிவிக்கிறது.தீப்பிடித்துக் கோயில் அழிந்து விட்டதால், மீண்டும் மன்னர் மார்த்தாண்ட வர்மரின் முயற்சியால் 1729-இ அது புதுப்பிக்கப்பட்டது. அச்சமயத்தில்தான் இலுப்பை மரத்தாலான மூல மூர்த்தி அகற்றப்பட்டு, 12008 சாளக்கிராமத்தினாலும் "கடுசர்க்கரா" என்ற அஷ்டபந்தனக் கலவையாலும் நிறுவப்பட்ட புது "அனந்தசயன மூர்த்தி" பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டது.பெருமாளின் 108 திருப்பதிகளுள் இதுவும் ஒன்று. அனந்தன் மீது பள்ளி கொண்ட அனந்த பத்மநாபன் விக்ரகம் 18 அடி நீளம் உடையது குறிப்பிடத்தக்கது.

திருவிழாக்கள்
பிற தெய்வங்கள்
தரிசனம்
தல வரலாறு