மலேரியாவிற்கு சிகிச்சை அளிப்பதற்கு பல மருந்துகளின் பிரிவுகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. குளோரோகுயின் உலகத்தின் பல பகுதிகளில் பல வருடங்களாகப் பயன்படுத்தப்பட்டு வரும் மலேரியா எதிர்ப்பு மருந்தாக இருக்கிறது. இது மிகவும் விலை மலிவானதும் இன்றும் மிகவும் பயன் தருவதாகவும் இருக்கிறது. எனினும், "பிளாஸ்மோடியம் ஃபால்ஸிபாரத்திற்கு" குளோரோகுயினை எதிர்க்கும் சக்தி இருக்கிறது என்ற செய்தி ஆசியா முதல் ஆப்பிரிக்கா வரை பரவிவிட்டது. உலகத்தில் பாதிக்கப்பட்டப் பகுதிகளில் பல மிகவும் ஆபத்தானது என்று கருதப்படும் பிளாஸ்மோடியத்தின் வகைகளுக்கு எதிராக இந்த மருந்து பயன் தரவில்லை. குளோரோகுயின் பயன் தருவதாகக் கருதப்படும் மற்ற நோய்த்தொற்றுகளில் இது இன்னும் முதல் தேர்வாகத் தான் உள்ளது. துரதிர்ஷ்டவசமாக, குயினைன் மற்றும் ஆர்டிமிஸினின் போன்ற மற்ற மருந்துகளுக்கு உள்ள குறைந்த உணர்திறனுடன் குளோரோகுயின்-தடுப்புத்திறன் தொடர்புடையதாக இருக்கிறது.

சிகிச்சைக்காக பல மருந்து பொருட்கள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. ஆனால் அவற்றில் சில மருந்துப் பொருட்களே நோயைத் தடுப்பதற்காக (நோய்த் தடுப்பு) பயன்படுத்தப்படுகின்றன. இரண்டு காரணங்களுக்காக பல மருந்துகள் (தடுப்பதற்கும் சிகிச்சையளிப்பதற்கும்) பயன்படுத்தப்படலாம்; மலேரியா நோய்க்கு சிகிச்சை அளிப்பதற்கு அதிகமான மருந்துகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. மருந்துகள் பயன்படுத்தப்படும் இடத்தில் இருக்கும் எதிர்ப்பாற்றல் கொண்ட ஒட்டுண்ணிகளின் அதிர்வெண்ணை அடிப்படையாகக் கொண்டே அவை வழங்கப்படுகின்றன. பீட்டா பிளோக்கர் ப்ரோப்ரானோலால் (beta blocker propranolol) என்ற ஒரு மருந்து மலேரியா எதிர்ப்பு மருந்தாகப் பயன்படுத்தப்படுவதற்கு ஆராய்ச்சி செய்யப்பட்டு வருகிறது. இது முக்கியமாக மருந்தை எதிர்க்கும் திறன் கொண்ட வகைகளின் சிகிச்சைக்காக உருவாக்கப்பட்டு வருகிறது. இரத்த சிவப்பணுவில் நுழைந்து நோய்த்தொற்றை உருவாக்கும் "பிளாஸ்மோடியத்தின் திறனை ப்ரோப்ரானோலால் தடைசெய்கிறது மற்றும் இது ஒட்டுண்ணி நகலாக்கமாகவும் இருக்கிறது " . "நார்வெஸ்டன் யூனிவர்சிடி ஆராய்ச்சியாளர்கள் 2006 ஆம் ஆண்டு டிசம்பர் மாதம் செய்த ஆய்வில் " P. ஃபால்ஸிபாரத்திற்கு" எதிராக செயல்பட்டுக் கொண்டிருக்கும் மருந்துகளுக்கு தேவையான மருந்தளவை 5 முதல் 10-மடிப்புகள் (ஃபோல்டு) வரை ப்ரோப்ரானோலால் குறைக்கலாம் என்று கருத்துரைக்கப்படுகிறது. சிகிச்சைகளின் சேர்க்கையும் இதில் பங்கு வகிக்கிறது என்று பரிந்துரைக்கிறது." 

தற்போது கிடைக்கக்கூடிய மலேரியா எதிர்ப்பு மருந்துகளாவன:


"பிளாஸ்மோடியம் ஃபால்ஸிபாரம்" வெற்றிகரமாக நோய்க்கிருமி வளர்ப்பு செய்யப்பட்ட போது மருந்துகளின் உருவாக்கத்திற்கு உதவியாக இருந்தது. புதிய மருந்துகளை தேர்வு செய்வதற்காக ஆய்வுக்கூட பரிசோதனைகள் செய்ய அனுமதிக்கப்பட்டது.

"ஆர்ட்மீஸியா அனுவா" தாவரத்தின் பிரித்தெடுத்தல் மூலம், ஆர்டிமிஸினின் அல்லது பாதி-செயற்கையான வழிப்பொருட்கள் (குயினைனுக்கு தொடர்பில்லாத பொருட்கள்) சேர்மத்தைக் கொண்டிருக்கிறது. இது 90% செயற்திறன் வீதங்களைக் கொடுக்கிறது. ஆனால் மக்களின் தேவைக்கு ஏற்ப வழங்கப்படுவதில்லை. ர்வாண்டாவில் P. ஃபால்ஸிபாரம் மலேரியாவின் நோய் வீரியமற்ற நிலையில் இருந்த குழந்தைகளைக் கொண்டு ஆய்வு செய்யப்பட்டது. அதில் அமோடியகுயின் மட்டும் தனியாக வழங்கப்படுவதற்கு (OR = 0.34) பதிலாக ஆர்டெசுனேட்டுடன் சேர்க்கை மருந்தாக வழங்கப்பட்ட போது சிகிச்சைக்கு-பின்பு 28 வது நாளில் குறைந்த மருத்துவ மற்றும் ஒட்டுண்ணியல் ரீதியான செயலிழப்புகள் ஏற்பட்டதை அந்த ஆய்வில் விளக்கிக் காண்பிக்கப்பட்டது. எனினும், இந்த ஆய்வின் போது அமோடியகுயினுக்கு அதிகமான எதிர்ப்பு சக்தி இருப்பதும் குறிப்பிடப்பட்டது.
2001 ஆம் ஆண்டிலிருந்து உலக சுகாதார நிறுவனம் பழைய மருந்துகளுக்கு எதிர்ப்பு சக்திக்கொண்ட வீரியமற்ற மலேரியா இருக்கும் பகுதிகளில் ஆரம்பநிலை சிகிச்சையாக ஆர்டிமிஸினின் அடிப்படையாகக் கொண்ட சேர்க்கை சிகிச்சையை (ACT) பயன்படுத்தும் படி பரிந்துரைத்தது. சமீபத்தில் வெளியான WHO மலேரியா சிகிச்சைக்கான வழிகாட்டி குறிப்புகள், நான்கு வித்தியாசமான ACTகளை பரிந்துரைக்கின்றன. பெரும்பாலான ஆப்பிரிக்க நாடுகளையும் சேர்த்து பல நாடுகள் அவர்களுடைய அதிகாரப்பூர்வமான மலேரியா சிகிச்சை கோட்பாடுகளில் இந்த மாற்றத்தை பின்பற்றினாலும் ACTஐ நடைமுறைப்படுத்துதலில் சிகிச்சைக்கு ஆகும் செலவு ஒரு மிகப்பெரிய தடையாக தான் இருந்தது. ஏனெனில் ACTற்கு ஆகும் செலவு பழைய மருந்துகளுக்கு ஆகும் செலவை விட இருபது மடங்கு அதிகமாக இருக்கிறது. இதன் காரணத்தினால் மலேரியா ஆண்டு முழுவதும் தோன்றும் நோயாக இருக்கும் பல நாடுகளால் இந்த செலவை ஈடுசெய்ய முடியவில்லை. ஆர்டிமிஸினின் மூலக்கூறு இலக்குகள் சர்ச்சைக்குரியதாகவே இருக்கிறது. இருப்பினும், அகச்சோற்றுவலையில் இருக்கும் கால்சியம் எக்கியான SERCA ஆர்டிமிஸினின் எதிர்ப்பு சக்தியுடன் தொடர்புடையதாக இருக்கிறது என்று சமீபத்தில் செய்யப்பட்ட ஆய்வு கருத்துரைக்கிறது. மலேரியா ஒட்டுண்ணிகள் ஆர்டிமிஸினின் எதிர்ப்பு சக்தியை உருவாக்கிக் கொள்ளலாம் மற்றும் அந்த எதிர்ப்பு சக்தி SERCAவின் சடுதி மாற்றத்தின் மூலம் உற்பத்தி செய்யப்படலாம். எனினும் ஆர்டிமிஸினின் மற்றும் அதனுடைய ஒப்புமைகளுக்கு மிகப்பெரிய இலக்காக மிட்டோகாண்டிரியன் இருக்கிறது என்று மற்ற ஆய்வுகள் கருத்துரைக்கின்றன.

அதிகமாக பயன் தரக்கூடிய மலேரியா எதிர்ப்பு மருந்துகள் சந்தையில் கிடைத்தாலும் கூட அந்த மருந்துகளை முறையாக அல்லது தேவைப்படும் போது பெற வசதியில்லாத நிலையில் இருக்கும். நோய் ஆண்டு முழுவதும் தோன்றும் பகுதிகளில் வசிக்கும் மக்களுக்கு இந்த நோய் அச்சுறுத்தலாகவே இருக்கிறது. மருந்தகம் மற்றும் சுகாதார தளங்களுக்கு போக முடியாத நிலை மற்றும் மருந்தின் விலைகளும் இதற்கு மிகப்பெரிய தடைகளாக இருக்கின்றன. 2002 ஆம் ஆண்டில் ஆண்டு முழுவதும் தோன்றும் நாடுகளில் இருக்கும் மலேரியா நோய்த்தொற்றுடைய ஒரு நபரின் சிகிச்சைக்காக கொடுக்கும் ஒரு மருந்தளவிற்கு $0.25 முதல் $2.40 வரை செலவாகும் என்று மெடிசன்ஸ் சான்ஸ் ஃப்ராண்டியர்ஸ் கணக்கிட்டது.

மலேரியா எதிர்ப்பு மருந்துகள்
G6PD
தடுக்கும் முறைகள்
போலியான மருந்துகள்