கோவில் வேலை நடந்துகொண்டிருந்தபோதே, பிரான்சிஸ்கு சபைத் தலைவர் சகோதரர் எலியா அசிசி நகர் மக்கள் சிலரோடு சேர்ந்து, புனித பிரான்சிசுவின் உடலை அவர் அடக்கம் செய்யப்பட்ட புனித ஜோர்ஜ் கோவிலிலிருந்து எடுத்து, புதிய கோவிலின் அடித்தளத்தில் பூமிக்குக் கீழே ஆழத்தில், பெரிய பீடத்துக்குக் கீழே இரகசியமாகக் கொண்டு வைத்துவிட்டார். இது 1230, மே மாதம் 25ஆம் நாள் நடந்தது.

அசிசிக்கு அருகிலிருந்த பெரூஜியா நகர மக்கள் பிரான்சிசின் புனித உடலைத் தங்கள் நகருக்குக் கொண்டு செல்ல விரும்பி, அவ்வுடலைக் கவர்ந்து விடுவார்களோ என்ற அச்சத்தால்தான் அவர் இவ்வாறு செய்தார். அக்காலத்தில், புனிதர் ஒருவரின் உடல் ஒரு நகரத்தில் அடக்கம் செய்யப்பட்டு, அவருடைய மீபொருள்கள் ("relics") நகரத்தில் பாதுகாக்கப்பட்டால் அந்நகரம் ஆபத்துகளிலிருந்து காக்கப்படும் என்னும் நம்பிக்கை மக்களிடையே இருந்தது.

பிரான்சிசின் கல்லறை கோவிலின் பெரிய பீடத்தின் கீழே அமைக்கப்பட்டது. மேலும் கல்லறைமீது ஒரு பெருங்கல் வைக்கப்பட்டது. எனவே, புதிய கோவிலில் மிக ஆழத்தில் அமைக்கப்பட்ட புனித பிரான்சிசு கல்லறை பல நூற்றாண்டுகளாக மக்களால் அணுகமுடியாத ஆழத்தில் இருந்தது. 1818ஆம்.ஆண்டு திசம்பர் 12ஆம் நாள் புனித பிரான்சிசின் கல்லறை மீண்டும் கண்டுபிடிக்கப்பட்டது. கல்லறையைக் கண்டுபிடிப்பதற்காக அகழ்வாய்வு வல்லுநர்கள் 52 நாள் உழைக்க வேண்டியிருந்தது.

பிரான்சிசு மனமாற்றம் அடைந்த வரலாறு
புனித பிரான்சிசின் உடல் மாற்றப்பட்டது
பிரான்சிஸ்கு மூன்றாம் சபை உருவாதல்
பிரான்சிசு தாம் உடுத்திருந்த உடையையும் துறந்த நிகழ்ச்சி