"புதிதாக" அல்லது "தொடக்கத்திலிருந்தே" கணிப்பு புரத வடிவமைப்பு எதிர்வுகூறலுக்கான தொழில்நுட்பங்கள் புரத மடிப்புக் குறித்த ஆய்வுகளுடன் தொடர்பானவை,ஆனால் கண்டிப்பாக முற்றாக மாறுபட்டவை. மூலக்கூற்று இயக்கவியல் (MD) என்பது சிலிக்கோவில் புரத மடிப்பு மற்றும் இயக்கவியல் ஆய்வுக்கு முக்கியமான ஒரு கருவியாகும். கணிப்புச் செலவு காரணமாக, தொடக்கத்திலிருந்தே தெளிவான நீருடனான MD மடிப்பு பாவனைகள் பெப்தைட்டுகளுக்கும் மிகவும் சிறிய புரதங்களுக்கும் மட்டுப்படுத்தப்பட்டுள்ளன. பெரிய புரதங்களின் MD பாவனைகள் பரிசோதனைக்குரிய வடிவமைப்பின் இயக்கவியல் அல்லது இதன் உயர்-வெப்பநிலை மடியாமைக்கு மட்டுப்படுத்தப்பட்டதாகவே தொடர்ந்தும் இருக்கும். சிறிய அளவான (சுமார் 50 எச்சங்கள்) அல்லது பெரிய புரதங்களை மடித்தல் போன்ற நீண்ட நேர செயலாக்கங்களை போலியாகச் செய்வதன் பொருட்டு (சுமார் 1 மைக்ரோவினாடிக்கு அப்பால்) புரத மாதிரிகளில் சில தோராயங்கள் அல்லது எளிமைப்படுத்துதல்களை அறிமுகம் செய்யவேண்டும். தாழ்த்தப்பட்ட புரத பிரதிநிதித்துவத்தையும் (அணுக்களைக் கொண்ட குழுக்களைப் பிரதிநிதித்துவம் செய்யும் பொய்யான-அணுக்கள் வரையறுக்கப்பட்டுள்ளன) மற்றும் புள்ளிவிவரவியல் வளத்தையும் பயன்படுத்தும் அணுகுமுறையனது புரத வடிவமைப்பு எதிர்வுகூறுதலில் மட்டும் பயனுள்ளதாக அன்றி, மடிப்பு வழிமுறைகளைப் பெருக்கும் திறனும் உள்ளது.

புரத மடிப்பு அல்லது புரத வடிவமைப்பை எதிர்வுகூறுதல் போன்ற சிக்கல்களைத் தீர்க்க தனிப்பட்ட கணினிகளின் செயல்படாமலுள்ள CPU அல்லது GPU நேரத்தைப் பயன்படுத்தும் கணக்கிடுகின்ற பணித்திட்டங்கள் உள்ளன.. இந்த பணித்திட்டங்களுக்கு ஆதரவு தெரிவிக்க மக்கள் இவற்றை அவர்களின் கணினியில் அல்லது PlayStation 3 இல் இயக்கலாம். இந்த பணித்திட்டங்களில் எவ்வாறு பங்கெடுப்பது என்பது பற்றிய தகவலைப் பெற கீழேயுள்ள இணைப்புகளை (எடுத்துக்காட்டாக Folding@Home) பார்க்கவும்.

வட்டமான இரு வண்ணத் தன்மை
மடிப்பு மற்றும் அமினோ அமிலம் வரிசைக்கு இடையேயான தொடர்பு
புரதங்களின் அதிர்வுக்குரிய வட்டமான இரு வண்ணத் தன்மை
புரதம் மூன்றாம் நிலை வடிவமைப்பின் கணிப்பு எதிர்வுகூறல்