১৬ সেপ্টেম্বর, তিন মাসের মধ্যে দ্বিতীয়বারের মত বার্সেলোনা মেসির সাথে তাদের চুক্তি নবায়ন করে। এসময় মূল দলের খেলোয়াড় হিসেবে মেসির পারিশ্রমিক বাড়ানো হয় এবং চুক্তির মেয়াদ বাড়িয়ে ২০১৪ সাল পর্যন্ত করা হয়। ২০০৫ সালের ২৬ সেপ্টেম্বর, মেসিকে স্পেনের নাগরিকত্ব প্রদান করা হয়, এবং তিনি লা লিগায় খেলার সুযোগ পেয়ে যান। ২৭ সেপ্টেম্বর, মেসি ঘরের মাঠে ইতালীয় ক্লাব উদিনেসের বিপক্ষে চ্যাম্পিয়নস লীগে তার প্রথম খেলায় মাঠে নামেন। মেসি যখন মাঠে নামেন তখন ক্যাম্প ন্যু এর দর্শকগন তাকে দাড়িয়ে অভ্যর্থনা জানান।

মেসি লা লিগায় ১৭ খেলায় ৬ গোল এবং চ্যাম্পিয়নস লীগে ৬ খেলায় ১ গোল করেন। ২০০৬ সালের ৭ মার্চ, চেলসির বিপক্ষে চ্যাম্পিয়নস লীগের দ্বিতীয় পর্বের দ্বিতীয় লেগের খেলায় মেসির ডান উরুর পেশী ছিঁড়ে যায়। ফলে সেসমই তাকে মৌসুমের ইতি টানতে হয়। ঐ মৌসুমে রাইকার্ডের অধীনে বার্সেলোনা স্পেন এবং ইউরোপের চ্যাম্পিয়ন হিসেবে মৌসুম শেষ করে।

ক্লাব
২০০৫–০৬ মৌসুম
২০১৩–১৪ মৌসুম
২০১০ বিশ্বকাপ