১৯৫২ খ্রিষ্টাব্দে মুহাম্মদ নজিব ও জামাল আবদেল নাসেরের নেতৃত্বে ফ্রি অফিসার্স মুভমেন্টের বিপ্লবের পর মিশরের রাজতন্ত্র উৎখাত করা হয়। এরপর বিশ্ববিদ্যালয় এবং মসজিদ পৃথক হয়। ১৯৫৫ খ্রিষ্টাব্দে আধুনিক ক্যাম্পাসের জন্য মসজিদের চারপাশের স্থান অধিগ্রহণ করে স্থাপনা ভেঙে ফেলা হয়। মসজিদ এরপর থেকে আর শিক্ষালয় হিসেবে টিকে থাকেনি। ১৯৬১ খ্রিষ্টাব্দে কলেজকে বিশ্ববিদ্যালয়ের পর্যায়ে উন্নীত করা হয়। ১৯৬১ খ্রিষ্টাব্দের আইনে আল-আজহারের শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান ও ধর্মীয় প্রতিষ্ঠান হিসেবে ভূমিকাকে পৃথক করা হয়। এই আইনে আল-আজহারে ধর্ম বহির্ভূত বিষয়াদি অন্তর্ভুক্ত করা হয় যেমন চিকিৎসা, প্রকৌশল, অর্থনীতি ইত্যাদি। এসকল সংস্কারের পর আল-আজহার কর্তৃক পরিচালিত বিদ্যালয়গুলোতে মিশরীয় ছাত্রদের সংখ্যা অনেকাংশে বৃদ্ধি পায়। ১৯৭০ থেকে ১৯৮০ এর দশকের মধ্যে এসব বিদ্যালয়ের ছাত্রসংখ্যা ৯০,০০০ থেকে বৃদ্ধি পেয়ে ৩,০০,০০০তে পৌছায়। ১৯৯০ এর দশকের শুরুতে এই সংখ্যা ১০,০০,০০০ হয় এবং ২০০১ এ তা ১৩,০০,০০০ ছাড়িয়ে যায়।
প্রধানমন্ত্রী ও রাষ্ট্রপতি থাকাকালীন সময়ে নাসের আল-আজহারের উলামাদের প্রভাব খর্ব করতে এবং নিজ প্রয়োজনে ব্যবহার করতে চেয়েছিলেন। ১৯৫২ খ্রিষ্টাব্দে ওয়াকফ জাতীয়করণ করা হয় এবং নবগঠিত আওকাফ মন্ত্রণালয়ের অধীনে ন্যস্ত করা হয়। ফলে মসজিদ তার নিজ অর্থনৈতিক বিষয়াদি পরিচালনার দায়িত্ব থেকে বঞ্চিত হয়। ১৯৫৫ খ্রিষ্টাব্দে তিনি শরিয়া আদালত বিলুপ্ত করে একে রাষ্ট্রীয় বিচারিক ব্যবস্থার সাথে অঙ্গীভূত করেন ফলে উলামাদের স্বাধীনতা অনেক কমে যায়। ১৯৬১ খ্রিষ্টাব্দের সংস্কার আইন দ্বারা ১৯৩৬ খ্রিষ্টাব্দের আল-আজহারের স্বাধীনতার স্বীকৃতি দেয়া আইন বাতিল করা হয় এবং "শাইখুল আজহার" পদে নিয়োগে রাষ্ট্রপতিকে ক্ষমতা অর্পণ করা হয়। এই পদটি উসমানীয় যুগে সৃষ্টি করা হয়েছিল। সেসময় থেকে এই পদে উলামাদের মধ্য থেকে কাউকে নিয়োগ দেয়া হত এবং উলামারা নিয়োগের দায়িত্বপালন করতেন। তবে রাষ্ট্রীয় ক্ষেত্রে কর্তৃত্ব প্রদর্শনে অক্ষম হলেও জনগণের মধ্যে আল-আজহারের প্রভাব বজায় ছিল এবং একে জাতি ও রাষ্ট্রের ইসলামি চরিত্রের প্রতীক হিসেবে দেখা হত। বিপ্লবের পর আল-আজহার রাষ্ট্রীয় আমলাতন্ত্রের অংশ হয়ে পড়ে। পাঠ্যক্রমের স্বাধীনতা ও মসজিদ হিসেবে ভূমিকা খর্ব হয়। ধর্মীয় আইন ব্যাখ্যার জন্য সরকারি প্রতিষ্ঠান প্রতিষ্ঠিত হওয়ার পর উলামাদের কর্তৃত্ব আরো কমে যায়। এসব সংস্কার উলামাদের স্বাধীনতা খর্ব করলেও তারা রাষ্ট্রীয় ব্যবস্থায় অঙ্গীভূত হয়ে পুনরায় তাদের অবস্থান প্রতিষ্ঠিত করেছেন। ১৯৬১ এর আইনে উলামাদেরকে রাষ্ট্রীয় সম্পদের সরবরাহ দিয়েছিল তবে মূল নিয়ন্ত্রণ তাদের হাতে ছিল না। নাসের উলামাদেরকে রাষ্ট্রীয় ব্যবস্থার অধীনস্থ করতে চাইলেও অতিমাত্রায় প্রভাব খর্ব করার প্রস্তাব তিনি ফিরিয়ে দিয়েছিলেন। এমন একটি প্রস্তাব তাহা হুসাইন ১৯৫৫ খ্রিষ্টাব্দে উত্থাপন করেছিলেন। এতে আল-আজহারের পাঠ্যক্রমে পরিচালিত প্রাথমিক ও মাধ্যমিক শিক্ষাব্যবস্থা তুলে দিয়ে বিশ্ববিদ্যালয়কে একটি আধুনিক, ধর্মনিরপেক্ষ, কলেজিয়েট শিক্ষাব্যবস্থার অধীনে শুধুমাত্র ধর্মীয় অণুষদ হিসেবে রাখার প্রস্তাব করা হয়েছিল। উলামারা এই প্রস্তাবের বিরোধিতা করেছিলেন। তবে আল-আজহারের প্রভাব নিয়ে নাসেরের কর্মকাণ্ড তার ব্যক্তিগত রাজনৈতিক বিবেচনায় সম্পাদিত হয়েছিল যাতে তার শাসনকে আল-আজহার বৈধতা দেয়।

আল-আজহার এরপর সরকারি ব্যবস্থার অঙ্গীভূত হয় এবং সরকারের বিভিন্ন কাজের বৈধতা দিতে ব্যবহৃত হয়। পূর্বে উলামারা সমাজতন্ত্রকে ইসলামের বিরোধী বলে বক্তব্য দিলেও বিপ্লব পরবর্তী সময়ের ভূমি সংস্কারের ব্যাপারে সমর্থন পাওয়া যায়। নাসের একে ইসলামি সমাজতন্ত্র বলতেন উলামারা মুসলিম ব্রাদারহুড ও ওয়াহাবি প্রভাবের সাথে ভারসাম্য রাখতে সহায়তা করেছেন। নাসেরকে একবার হত্যার চেষ্টা করা হলে ব্রাদারহুডকে দোষারোপ করা হয়েছিল এবং সংগঠনকে নিষিদ্ধ করা হয়। ব্রাদারহুডের সদস্যদের গণগ্রেপ্তার শুরু হওয়ার পর নাসেরের উলামাদের সমর্থন প্রয়োজন হয় তাই তিনি আল-আজহারের উপর জারি করা কিছু নিয়ম শিথিল করেন। এরপর উলামারা ব্রাদারহুডের ব্যাপারে তার কার্যক্রমকে সমর্থন দেন এবং পরবর্তী সময়গুলোতেও সমর্থন বজায় রেখেছিলেন। তবে নাসের ও আল-আজহার উভয়ে ব্রাদারহুডের বিপক্ষে গেলেও সংগঠন তাদের কাজ চালু রেখেছিল। আল-আজহারের তরফ থেকে ১৯৬৭ খ্রিষ্টাব্দে ইসরায়েলের সাথে যুদ্ধকে বৈধতা দেয়া হয়েছিল।

১৯৭০ খ্রিষ্টাব্দে নাসেরের মৃত্যুর পর আনোয়ার সাদাত মিশরের রাষ্ট্রপতি হন। তিনি আল-আজহারকে আরব বিশ্বে মিশরীয় নেতৃত্বের প্রতীক হিসেবে দেখতে চেয়েছিলেন। তিনি বলেছিলেন "আরব বিশ্ব মিশর ও তার আজহার ছাড়া চলতে পারে না।" ব্রাদারহুডের ক্রমবর্ধমান প্রভাবের কারণে সাদাত ব্রাদারহুড ও উলামাদের উপর কিছু নিষেধাজ্ঞা শিথিল করেছিলেন। ১৯৭১ খ্রিষ্টাব্দে সাদাত তার অবস্থানকে আক্রমণ করছে মনে হওয়ায় অনেক সাংবাদিক ও সংগঠনের উপর চড়াও হন। সমালোচনা বন্ধের জন্য তার কার্যক্রমের অংশ হিসেবে রাষ্ট্রীয় নীতির সমালোচক বা বিরোধী উলামাদের উপর নিষেধাজ্ঞা জারি করেছিলেন। আল-আজহারের উলামাগণ রাষ্ট্রীয় অঙ্গ হিসেবে ব্যবহৃত হতে থাকেন। ইসলামপন্থিসহ আরো অনেক গোষ্ঠী তাদের এই ভূমিকার নিন্দা জানায়। প্রভাবশালী ইসলামপন্থি ব্যক্তিত্ব শুকরি মুস্তাফা সরকারের প্রতি সমর্থনের জন্য উলামাদের নিন্দা জানিয়েছিলেন। মিশরের জনগণ ইসরায়েলকে শত্রু বিবেচনা করলেও সাদাত ইসরায়েলের সাথে শান্তি স্থাপন করতে চেয়েছিলেন। আল-আজহার এক্ষেত্রে তাকে সমর্থন দেয়।

১৯৮১ খ্রিষ্টাব্দে আনোয়ার সাদাত নিহত হওয়ার পর হোসনি মুবারক তার উত্তরসুরি হন। মুবারকের অধীনে আল-আজহার পূর্বের চেয়ে বেশি স্বাধীনতা পেয়েছে। জাদ আল-হক ১৯৮২ থেকে ১৯৯৪ খ্রিষ্টাব্দে তার মৃত্যুর আগপর্য‌ন্ত শাইখুল আজহার ছিলেন। তিনি দাবি করতেন যে সরকার যদি চায় যে আল-জামাআ আল-ইসলামিয়া বা অণুরূপ সংগঠনগুলোর সাথে আল-আজহার কার্যকরভাবে মোকাবেলা করুক তবে আরো বেশি স্বাধীনতা দিতে হবে এবং ধর্মীয় ঘোষণা দেয়ার অণুমতি দিতে হবে। মুবারকের শাসনামলে সরকারের তরফ থেকে আল-আজহারকে কিছু ক্ষমতা অর্পণ করা হয়। ১৯৯০ এর দশকে সেন্সরশিপ আইনের পরিবর্তনের ফলে আল-আজহার প্রিন্ট ও ইলেক্ট্রনিক মাধ্যম পর্যবেক্ষণ করার সুবিধা পায়। নিয়মানুযায়ী অভিযোগ আসার পর আল-আজহার কাজ শুরু করতে পারত, তবে বাস্তবে এভাবে কাজ হত না। সম্প্রচারের পূর্বে টিভির স্ক্রিপ্ট অণুমোদনের জন্য নিয়মিতভাবে আল-আজহারে পাঠানো হত।

আল-আজহার বিশ্বজুড়ে সুন্নিদের ভেতর মর্যাদা ধরে রাখতে সক্ষম হয়েছে। সুন্নিরা সংখ্যাগরিষ্ঠ হওয়ায় মুসলিম বিশ্বের আল-আজহারের প্রভাব রয়েছে। মিশরের বাইরেও আল-আজহার তার ধর্মীয় সিদ্ধান্ত প্রদান করেছে। উপসাগরীয় যুদ্ধের পূর্বে সৌদি আরবের বাদশাহ ফাহাদ বিন আবদুল আজিজ ইসলামের দুইটি প্রধান মসজিদ মসজিদুল হারাম ও মসজিদে নববী সৌদি আরবে অবস্থিত হওয়ায় বিদেশি সৈনিকদের দেশে অবস্থানের অণুমতি দেয়া সঠিক হবে কিনা তা জানতে সৌদি আরবের গ্র্যান্ড মুফতির পরিবর্তে‌ আল-আজহারের কাছে ফতোয়া চেয়েছিলেন। ২০০৩ খ্রিষ্টাব্দে নিকোলা সার্কোজি ফ্রান্সের স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী থাকাকালীন সময়ে ফ্রান্সের বিদ্যালয়গুলোতে মুসলিম ছাত্রীদের হিজাব না পড়ার অণুমতি দেয়ার জন্য ফ্রেঞ্চ কাউন্সিল অফ দ্য মুসলিম ফেইথের পরিবর্তে আল-আজহারের কাছে অণুরোধ করেছিলেন। আল-আজহার থেকে এই অণুরোধের অণুকূলে সিদ্ধান্ত এসেছিল। এই সিদ্ধান্ত ব্যাপকভাবে সমালোচিত হয়।

২০১১ বিপ্লব পরবর্তী সময়
বাব আল-গিন্দি
১৯৫২ এর বিপ্লব পরবর্তীকাল
স্থাপত্য