১৯০৪ সালে রুশ-জাপান যুদ্ধ শুরু হয়। আনুষ্ঠানিক যুদ্ধ ঘোষণার পূর্বেই জাপান পোর্ট আর্থারে অবস্থানরত রুশ নৌবহরে আক্রমন করে। রাশিয়ার ফার ইষ্ট নৌবহর আটকা পরলে, অবশিষ্ট একটি নৌবহর বাল্টিক ফ্লীটকে পৃথিবীর অন্য প্রান্ত থেকে ডেকে পাঠান হয়। উত্তর সাগরে ব্রিটিশ একটি মাছ ধরা নৌকার উপর গুলি বর্ষনের ঘটনার জের স্বরূপ এবং জাপানের সাথে সামরিক মৈত্রী চুক্তি থাকার কারণে যুক্তরাজ্য বাল্টিক ফ্লীটকে তাদের নিয়ন্ত্রণে থাকা সুয়েজ খাল ব্যবহার করার অনুমোতি দেয়নি। অনেক ঘুরো পথে আসার জন্য এই নৌবহর পৌছাতে সময় নেয় নয় মাস। নৌবহরকে বহুদূর পথ অনেক দুর্ঘটনার মধ্য দিয়ে অতিক্রম করার পর সুসমিয়া প্রনালীর নৌ-যুদ্ধে জাপানি নৌবহরের আক্রমনে বাল্টিক ফ্লীট প্রায় নিশ্চিহ্ন হয়ে যায়। স্থলযুদ্ধে রাশিয়ান বাহিনী যুদ্ধক্ষেত্রে রসদ সরবরাহের ক্ষেত্রে ব্যাপক সমস্যায় পরে। ট্র্যান্স-সাইবেরিয়ান রেলপথ ছিল যুদ্ধের রসদ ও সৈন্য সরবরাহের মূল লাইন। নয় মাস নৌ অবরোধের পর জাপানের হাতে পোর্ট আর্থারের পতন হয়।

অনেকের মতে জাপানের সাথে যুদ্ধে জড়িয়ে পড়ার বিষয়টি নিতান্তই একটি হটকারি সিদ্ধান্ত ছিল। নিকোলাসের বিশ্বাস ছিল যে এই যুদ্ধ রাশিয়ানদের মনোবল ও দেশপ্রেম বৃদ্ধি করবে। কিন্তু অনেক দূরের একটি যুদ্ধক্ষেত্রে গিয়ে যুদ্ধ পরিচালনা করার যে অর্থনৈতিক পরিনতি তিনি বিবেচনায় আনেননি। যুদ্ধে জাপানের কাছে পরাজয় অবশ্যাম্ভাবী হয়ে ওঠে। সন্ধি ও শান্তির দাবী জোড়াল হতে থাকে। নিকোলাসের মাতা এবং মাতার জ্ঞাতি ভাই জার্মানির কাইজার ইউলহেলম নিকোলাসকে দ্রুত শান্তি আলোচনা শুরু করতে পরামর্শ দেন। শান্তি প্রক্রিয়ার শুরুর পরিবর্তে নিকোলাস যুদ্ধ চালিয়ে যাবার ব্যাপারে অনঢ় থাকেন। ১০ অক্টোবর পাঠান এক টেলিগ্রামে তিনি কাইজারকে জানান যে তিনি জাপানিদের মাঞ্চুরিয়া থেকে বিতাড়িত না করা পর্য়ন্ত যুদ্ধ চালিয়ে যেতে চান। ২৭-২৮ মে ১৯০৫ সাল জাপান কর্তৃক রাশিয়ান ফ্লীট নিশ্চিহ্ন হওয়ার পর নিকোলাস শান্তী চু্ক্তি করতে রাজী হন। তিনি শান্তী প্রক্রিয়ায় আমেরিকার মধ্যস্থতায় রাজী ছিলেন। সের্গেই উইট্টেকে আলোচনার পূর্ণ ক্ষমতা দেয়া হয়। পোর্টসমাউথ চুক্তি স্বাক্ষরের মাধ্যমে এই যুদ্ধ শেষ হয়।

পারিবারিক পটভূমি
রুশ-জাপান যুদ্ধ
সম্পদ
জারেভিচ আলেক্সেই এর অসুস্থতা এবং রাস পুটিন