২০০০ সালের জুলাই মাসে, ফ্লোরেন্তিনো পেরেজ রিয়াল মাদ্রিদের ১৫তম সভাপতি নির্বাচিত হন। তিনি ক্লাবটির €২৭০ মিলিয়নের ঋণ পরিশোধ করার এবং ক্লাবটিকে সকল প্রকারের আধুনিক সুযোগ সুবিধা প্রদান করার অঙ্গীকার করেন। যাহোক, পেরেজের নির্বাচনী প্রচারণার প্রাথমিক প্রতিশ্রুতির অংশ হিসেবে তিনি রিয়ালের চিরপ্রতিদ্বন্দ্বী বার্সেলোনার খেলোয়াড় লুইস ফিগোকে রিয়াল মাদ্রিদে যোগদান করিয়েছিলেন। পরবর্তী বছর, ক্লাবটি তাদের প্রশিক্ষণ কেন্দ্র পুনর্নির্মাণ করেছিল এবং গ্রীষ্মে প্রচুর অর্থ খরচ করে বিশ্বের সেরা তারকাদের দলে অন্তর্ভুক্ত করে "গ্যালাক্তিকোস" গঠন করেছিল; যেখানে জিনেদিন জিদান, রোনালদো, লুইস ফিগো, ডেভিড বেকহ্যাম এবং ফাবিও কান্নাভারোর মতো তারকা খেলোয়াড় ছিল। এটি একটি বিতর্কের বিষয় যে, উক্ত সময়ে প্রচুর অর্থ ব্যয় করে দল গঠন করা সফল হয়েছিল কি-না; কেননা উক্ত দল নিয়ে রিয়াল মাদ্রিদ শুধুমাত্র ২০০২ সালে উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লীগ শিরোপা, আন্তর্মহাদেশীয় কাপ ও ২০০৩ সালে লা লিগা শিরোপা জয়লাভ করেছিল এবং পরবর্তী তিন মৌসুম তারা কোন প্রধান শিরোপা জয়লাভ করতে সক্ষম হয়নি।

২০০৩ সালে, লা লিগা শিরোপা জয়ের কয়েকদিন বিতর্কের সৃষ্টি হয়। ফ্লোরেন্তিনো পেরেজ দ্বারা তৎকালীন কোচ ভিসেন্তে দেল বস্ককে পদচ্যুত করার মাধ্যমে সর্বপ্রথম বিতর্কের সৃষ্টি হয়। অতঃপর এক ডজনের মতো খেলোয়াড় ক্লাব ছেড়ে চলে যায়, যাদের মধ্যে রিয়ালের অধিনায়ক ফার্নান্দো হিয়েরো অন্যতম। একই সময় মধ্যমাঠের খেলোয়াড় ক্লদ্‌ মাকেলেলে ক্লাবের সর্বনিম্ন বেতনপ্রাপ্ত খেলোয়াড় হওয়ার প্রতিবাদে প্রশিক্ষণ কেন্দ্রে যোগদান করতে অস্বীকৃতি যান, পরবর্তীতে তিনি চেলসিতে যোগদান করেছিলেন। এই বিষয় নিয়ে জিদান বলেছিলেন, "ফুটবলের একটি সাধারণ নিয়ম রয়েছে: কখনোই জয়ী দলে পরিবর্তন করতে নেই"। অতঃপর রিয়াল মাদ্রিদ কার্লোস কুইরোজকে তাদের নতুন কোচ হিসেবে নিয়োগ দিয়েছিল, যার অধীনে রিয়াল বেতিসের বিরুদ্ধে কষ্টার্জিত জয়ের মাধ্যমে ঘরোয়া লীগ শুরু করেছিল।

২০০৫–০৬ মৌসুমটি বেশ কয়েকটি প্রতিশ্রুতিমূলক নতুন চুক্তি স্বাক্ষরের মধ্য দিয়ে শুরু হয়েছিল; তাদের মধ্যে হুলিও বাপতিস্তা (€২৪ মিলিয়ন), রবিনিয়ো (€৩০ মিলিয়ন) এবং সার্জিও রামোস (€২৭ মিলিয়ন) অন্যতম। তারপরও, রিয়াল মাদ্রিদ উক্ত মৌসুমটি ভালোভাবে শুরু করতে ব্যর্থ হয়েছিল; তার মধ্যে ২০০৫ সালের নভেম্বর মাসে সান্তিয়াগো বার্নাব্যুতে বার্সেলোনার কাছে ০–৩ গোলে হার উল্লেখযোগ্য। পরের মাসে, রিয়ালের তৎকালীন কোচ ভান্দেরলেই লুক্সেমবুর্গো পদচ্যুত হয়েছিল এবং তার পরিবর্তে হুয়ান রামোন লোপেজ কারো রিয়ালের দায়িত্ব গ্রহণ করেছিলেন। অতঃপর রিয়াল মাদ্রিদ অল্প সময়ের জন্য জয়ের গতি পেয়েছিল যেটি কোপা দেল রে-র কোয়ার্টার ফাইনালের প্রথম লেগ রিয়াল জারাগোজার কাছে ৬–১ গোলে হারার মাধ্যমে বাধাপ্রাপ্ত হয়েছিল। এর পরপরই, আর্সেনালের কাছে সামগ্রিকভাবে ১–০ গোলে হারার মাধ্যমে রিয়াল মাদ্রিদ টানা চতুর্থবারের মতো উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লীগ হতে বাদ পরে গিয়েছিল। ২০০৬ সালের ২৭শে ফেব্রুয়ারি, ফ্লোরেন্তিনো পেরেজ পদত্যাগ করেছিলেন।

বায়ার্ন মিউনিখ
মাঠ
এল ডার্বি মাদ্রিলেনো
ফ্লোরেন্তিনো পেরেজ যুগ