পেশাওয়ারে আল-জাওয়াহিরি ওসামা বিন লাদেনের সাথে সাক্ষাত করেন। বিন লাদেন তখন "মুজাহিদদের" একটি ঘাঁটি পরিচালনা করছিলেন। এই ঘাঁটি ফিলিস্তিনি শাইখ আব্দুল্লাহ ইউসুফ আযযাম কর্তৃক প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল। আল-জাওয়াহিরির মৌলবাদি অবস্থান তাকে এবং তার দলকে শাইখ আযযামকে বিন লাদেনের অর্থনৈতিক সমৃদ্ধি থেকে লাভবান হবার জন্য মুখোমুখি প্রতিযোগিতায় দাড় করিয়ে দেয়। জাওয়াহিরি দুইটি জাল পাসপোর্ট তৈরি করেন। একটি সুইজারল্যান্ডীয় আমিন উসমান নামে অপরটি ডাচ পাসপোর্ট মুহাম্মাদ হিফনাওয়ি নামে।

ব্রিটিশ সাংবাদিক জেসন বার্ক লিখেন, "আল-জাওয়াহিরি আফগান যুদ্ধ চলাকালীন নিজস্ব অভিযান চালান। মধ্যপ্রাচ্য থেকে স্বেচ্ছাসেবক আনয়ন করেন এবং প্রশিক্ষণ দেন। আফগানে তার দল পর্যন্ত পৌঁছতে সিআইএকে ৫০০ মিলিয়ন ডলার ঢালতে হয়েছিলো।"

সাবেক এফবিআই এজেন্ট আলি সউফান তার বই "The Black Banners" (অর্থ: কালো পতাকা) -এ উল্লেখ করেন, "আয়মান আল-জাওয়াহিরি আযযামকে হত্যার জন্য সন্দেহভাজন হিসেবে ১৯৮৯ সালে অভিযুক্ত হয়েছিলেন।

আল কায়েদার প্রধান কমান্ডার হিসেবে উত্থান
মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র
মাকতাবুল খিদামাত
আল কায়েদা