ফিনফিশ চাষে উল্লেখযোগ্য পরিমাণ মৎস্যখাদ্য বা অন্যান্য উচ্চ প্রোটিন সমৃদ্ধ খাদ্যের উৎস দরকার হতে পারে। মূলত, প্রাকৃতিক খাবারের ব্যবস্থা এবং কৃত্রিম খাদ্যের কম হজম হওয়ার কারণে প্রচুর মৎস্যখাদ্য নষ্ট হয়।

খাঁচায় পালন করা মাছকে খাওয়ানোর জন্য বিভিন্ন ধরণের পদ্ধতি ব্যবহার করা হয়। কিছু প্রকল্পে হাত দিয়ে খাবার দেওয়ার প্রচলিত পদ্ধতি অনুসরণ করা হয়; আবার কিছু প্রকল্পে রয়েছে কম্পিউটার নিয়ন্ত্রিত স্বয়ংক্রিয় খাদ্য সরবরাহকারী সিস্টেম যা সিটু আপটেক সেন্সর ব্যবহারের মাধ্যমে খাদ্যের হার নির্ণয় করে। উপকূলীয় মাছের খামারে অতিরিক্ত খাবার প্রদানের ফলে মূলত সমুদ্রের তলদেশে ড্রেটাসের প্রকোপ বৃদ্ধি পায় (যা সমুদ্রের তলদেশে বাস করে এবং জড় পরিবেশের পরিবর্তন সাধন করে)। তবে হ্যাচারি এবং স্থলভিত্তিক খামারে অতিরিক্ত খাদ্য অপচয় হয় এবং পার্শ্ববর্তী অঞ্চল ও স্থানীয় উপকূলীয় পরিবেশের উপর নেতিবাচক প্রভাব ফেলতে পারে। এই প্রভাবটি সাধারণত সেই অঞ্চলেই সীমাবদ্ধ থাকে এবং এই প্রভাব ছড়িয়ে পড়া মূলত সাগরের গভীরতা ও স্রোতের বেগের উপর নির্ভর করে।

অন্যান্য
কৃত্রিম প্রবাল
পলায়ন বা অন্য জীবের আক্রমণ
চাষের খাঁচা থেকে নির্গত বর্জ্য