১৬০০ সালে রানী প্রথম এলিজাবেথ কর্তৃক ভারত মহাসাগরে বাণিজ্য করার রাজকীয় সম্মতি পাওয়ার পর ইংলিশ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি প্রথমে কোণায় ইংল্যান্ডের পতাকাযুক্ত তেরোটি লাল এবং সাদা স্ট্রাইপের একটি পতাকা গ্রহণ করে। স্ট্রাইপের সংখ্যা হিসেবে ১৩ কে গ্রহণ করার কারণ হিসেবে বলা হয়ে থাকে যে ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানির বেশ কয়েকজন শেয়ারহোল্ডার ছিলেন ফ্রিম্যাসনস, এবং তেরো সংখ্যাটি ফ্রিম্যাসনরিতে শক্তিশালী বলে বিবেচিত। তবে, বিভিন্ন প্রতিবেদনে বিভিন্ন সংখ্যার স্ট্রাইপের কথা বলা হয়েছে।

দূর-প্রাচ্যে বাণিজ্য করার সময় পতাকাটি ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানির জন্য প্রথম সমস্যার কারণ হয়ে দাঁড়ায় সেন্ট জর্জ'স ক্রস ব্যবহারের কারণে। জাপানে ১৬১৬ সালে কোম্পানির জাহাজগুলিকে বন্দর থেকে ফিরিয়ে দেওয়া হয় কারণ পতাকাটিতে ব্যবহৃত ক্রসচিহ্নটিকে খ্রিস্টান ধর্মের প্রতীক হিসেবে দেখা হত, যা জাপানিরা ১৬১৪ সালেই নিষিদ্ধ ঘোষণা করেছিল। টনকিনের ল-রাজবংশ (Lê dynasty) কোম্পানির এই পতাকার ব্যবহারকে নিষিদ্ধ করে। কেননা তাঁরা বিশ্বাস করত যে ক্রসচিহ্নটি খ্রিস্টান ধর্ম প্রচারের একটি মাধ্যম, যার প্রচার টনকিনিরা নিষিদ্ধ করেছিল। বাণিজ্যে কোম্পানিটির প্রতিদ্বন্দ্বী, ডাচ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানি ইংরেজ কোম্পানির পক্ষে যুক্তি দিয়েছিল যে ক্রসটি ইংরেজ জাতির প্রতীক, খ্রিস্টান ধর্মের প্রতীক নয়। তবে টনকিনিরা পতাকাটি উড়ানো নিষিদ্ধ করার সিদ্ধান্তে অটল থাকে যতক্ষণ পর্যন্ত ক্রসটি সরানো না হয়। ১৬৭৩ সালে যখন কোম্পানিটি জাপানের সাথে বাণিজ্য পুনরায় চালু করার চেষ্টা করছিল তখন তারা প্রাথমিকভাবে ঘোষণা করে যে তারা তাদের পতাকা পরিবর্তন করবে না। তবে স্থানীয় পরামর্শ এবং জাপানি কর্তৃপক্ষের কাছে কারণ ব্যাখ্যা চাওয়ার পর সংস্থাটি দূর-প্রাচ্যে বাণিজ্য করার ক্ষেত্রে লাল এবং সাদা স্ট্রাইপযুক্ত একটি পতাকা ব্যবহার করা শুরু করে, তবে তাতে ইংল্যান্ডের পতাকা ছিল না।

১৬৮২ সালে ডাচ ইস্ট ইন্ডিজের বাটাভিয়ায় ডাচ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানির সৈন্যদল কর্তৃক পতাকা ছিড়ে ফেলার অভিযোগে ইংরেজ ও ডাচ সরকারের মধ্যে উত্তেজনার কেন্দ্রবিন্দুতে ছিল এই পতাকাটি। যদিও ডাচরা অঞ্চলটিতে নিজেদের অবস্থান শক্তিশালী করার জন্য যুদ্ধজাহাজ প্রেরণ করেছিল, তবে সেটি কোনও ফলাফল বয়ে আনেনি, কারণ অভিযোগকারী ব্যক্তি বাটাভিয়ার উপস্থিত ছিলেন না। এবং কোম্পানির পরিচালক বা ইংল্যান্ডের রাজা দ্বিতীয় চার্লস কারোরই ডাচদের সাথে সামরিক সংঘর্ষে লিপ্ত হওয়ার ইচ্ছা ছিল না।

মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের পতাকার সাথে তুলনা
ইংরেজ নিয়ন্ত্রণ
যুক্তরাজ্য
গ্রেট ব্রিটেন