১৯৭১ সালে পাকিস্তানি সৈন্যরা পূর্ব পাকিস্তানে নৃশংস সামরিক আক্রমণ শুরু করে যার ফলস্বরূপ বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ শুরু হয়। পাকিস্তান নৌবাহিনীর ফ্রান্সে নির্মাণাধীন ডুবোজাহাজ "পিএনএস ম্যাংরো" থেকে ৮ জন বাঙালি নাবিক বিদ্রোহ করেন এবং বাংলাদেশে ফিরে নৌবাহিনীর ভিত্তি তৈরি করেন। পরবর্তীতে আরও বিদ্রোহী নৌসেনা তাদের সাথে যুক্ত হন। ১৯৭১ সালের জুলাই মাসে "সেক্টর কমান্ডার্স কনফারেন্সে" বাংলাদেশ নৌবাহিনীর আনুষ্ঠানিক যাত্রা শুরু হয়। শুরুতে নৌবাহিনীর জনবল ছিল ৪৫ জন আর সরঞ্জাম ছিল ভারত থেকে পাওয়া দুটি টহল জাহাজ "পদ্মা" ও " পলাশ"। এই জাহাজগুলো পাকিস্তানি নৌবহরের উপর আক্রমণের কাজে ব্যবহৃত হত। যুদ্ধের সময় ১০ নম্বর সেক্টর ছিল নৌ সেক্টর। তবে যুদ্ধকালীন সময়ে নৌকমান্ডোরা সারা দেশেই অভিযান চালিয়েছেন। অন্য সেক্টরে অভিযান চালানোর সময় সেক্টর কমান্ডের সাথে সমন্বয় করে নেয়া হত।

যুদ্ধের সময় নৌসেনাদের প্রধান লক্ষ্য ছিল সামুদ্রিক যোগাযোগের পথ বন্ধ করা এবং সকল সমুদ্র ও নদীবন্দরগুলো ব্যবহার অনুপযোগী করে তোলা। সে লক্ষে তারা সারা দেশব্যাপী ৪৫টি প্রথাগত ও অপ্রথাগত আক্রমণ চালান। ১৯৭১ সালের ১৫ অগাস্ট বাংলাদেশ নৌবাহিনী ও মুক্তিবাহিনীর নৌযোদ্ধারা অপারেশন জ্যাকপট নামক একটি কমান্ডো অভিযান চালান চট্টগ্রাম ও মোংলা সমুদ্রবন্দর এবং চাঁদপুর ও নারায়ণগঞ্জ নদীবন্দরে। এই অভিযানে মোট ২৬টি জাহাজ ধ্বংস হয় ও আরও বহু জাহাজ ক্ষতিগ্রস্ত হয়। এসব জাহাজের মধ্যে রয়েছে "এমভি হরমুজ", "এমভি আল আব্বাস", "ওরিয়েন্ট বার্জ নং-৬" এবং "এসএস লাইটিং" এর মত জাহাজ যারা পাকিস্তানি বাহিনীর জন্য অস্ত্র ও সামরিক সরঞ্জাম বহন করছিল। দেশ শত্রুমুক্ত হওয়ার আগ পর্যন্ত এই নৌকমান্ডোরা সারাদেশে অসংখ্য সফল অভিযান পরিচালনা করেন। ১৯৭১ সালের ১০ ডিসেম্বর ভারতীয় বিমানবাহিনীর ভুলবশত আক্রমণে পদ্মা ও পলাশ ডুবে যায়। অফিশিয়াল তথ্য অনুযায়ী মুক্তিযুদ্ধকালে নৌবাহিনীর সাথে যুক্ত ছিল ৩৩৪ জন সদস্য যাদের মধ্য ২২ জন যুদ্ধে শহীদ হন।

প্রশাসনিক শাখা
একাবিংশ শতাব্দী
নৌপ্রধানগণের তালিকা
১৯৭১: স্বাধীনতা যুদ্ধ ও বাংলাদেশ নৌবাহিনীর জন্ম