এইচএমএস বিগ্‌লের দ্বিতীয় সমুদ্রযাত্রার পর চার্লস ডারউইন-এর নমুনার সংগ্রহ যথেষ্ট সমৃদ্ধ হয়েছিল। এই সময়, ১৮৩৬ খ্রিঃ ২৯ শে অক্টোবর চার্লস লিয়েল তার সাথে রিচার্ড ওয়েনের পরিচয় করিয়ে দেন। ওয়েন দক্ষিণ আমেরিকা থেকে সংগৃহীত জীবাশ্মের উপর গবেষণা করতে সম্মত হন। ডারউইন প্রাথমিকভাবে ধারণা করেছিলেন যে ঐ অঞ্চলের বর্তমান বাসিন্দা ক্ষুদ্রাকার ইঁদুর ও স্লথ জাতীয় প্রাণীরা তাদের আফ্রিকাবাসী বৃহদাকার বিলুপ্ত সংস্করণসমূহের উত্তরসূরী। কিন্তু ওয়েনের গবেষণার ফলে বোঝা যায় যে ডারউইনের সংগৃহীত হাড়গুলো ঐ একই প্রকার প্রাণীদেহের, অর্থাৎ দক্ষিণ আমেরিকাতেও আলাদাভাবে দৈত্যাকার স্লথ ও ইঁদুর থেকে বর্তমান কাল পর্যন্ত বিবর্তন কাজ করেছে এবং ডারউইনের প্রাথমিক ধারণা ভুল। বেশ কিছু ক্ষেত্রে এইভাবে ওয়েন কর্তৃক সংশোধিত হয়ে ডারউইন তার প্রাকৃতিক নির্বাচন তত্ত্বে উপনীত হতে পেরেছিলেন।

এই সময়ে ওয়েন জোহানেস পিটার মুলার-এর দ্বারা অনুপ্রাণিত হন এবং একটি নতুন তত্ত্ব নিয়ে আলোচনা করতে থাকেন যে সজীব পদার্থের মধ্যে এক রকম অন্তর্নিহিত "সংগঠক শক্তি" কাজ করে যা কলাকোশের বৃদ্ধি থেকে শুরু করে একক জীব তথা প্রজাতিসমূহেরও আয়ুষ্কাল নির্ধারণের জন্য দায়ী। অন্যদিকে ১৮৩৮ খ্রিঃ ১৯ শে ডিসেম্বর জিওলজিক্যাল সোসাইটি অফ লন্ডন-এর সেক্রেটারি ওয়েন তার বন্ধুদের সাথে ল্যামার্ক কর্তৃক প্রচারিত রবার্ট এডমন্ড গ্রান্ট-এর কিছু তত্ত্বের পরিশোধিত সংস্করণের তীব্র সমালোচনা করেন। গ্রান্ট ছিলেন ডারউইনের শিক্ষক, ফলে গ্রান্টের তত্ত্বের অবমাননা তাকে নিজের মতামত সম্পর্কে কুন্ঠিত করেছিল। ১৮৪১ খ্রিঃ সদ্যবিবাহিত ডারউইন অসুস্থ থাকার সময় তার বৈজ্ঞানিক বন্ধুদের যে অল্প কয়েকজন সংবাদ নিতে যান, ওয়েন ছিলেন তাদের একজন; যদিও প্রজাতির পরা-পরিব্যক্তি (Transmutation of Species) সংক্রান্ত যে কোনো আলোচনায় ওয়েনের প্রকাশ্য অনীহা ডারউইনকে তার তত্ত্ব প্রকাশ থেকে বিরত রেখেছিল।

১৮৪০ এর দশকের কোনো একটা সময়ে ওয়েন এই সিদ্ধান্তে উপনীত হন যে প্রজাতির উদ্ভবের পিছনে কোনো বিবর্তনীয় প্রক্রিয়ার প্রভাব আছে। তিনি ধারণা করেছিলেন ছয়টি সম্ভাব্য পদ্ধতিতে এই প্রক্রিয়া সম্পন্ন হয়— অপুংজনি, দীর্ঘায়িত বিকাশকাল, অপরিণত ভ্রূণের জন্ম, গঠনের বংশগত ত্রুটি, ল্যামার্কীয় অপুষ্টি, ল্যামার্কীয় অতিপুষ্টি এবং পরা-পরিব্যক্তি, এবং এগুলোর মধ্যে পরা-পরিব্যক্তির সম্ভাবনাই তিনি সবচেয়ে কম মনে করতেন। বিজ্ঞানের ইতিহাসবিদ ইভলিন রিচার্ডস সওয়াল করেছেন যে ওয়েন প্রকৃতপক্ষে বিবর্তনের ক্রমিক উন্নয়নমূলক প্রক্রিয়ার সমর্থক ছিলেন, কিন্তু ঐ মতের উপর ১৮৪৪ খ্রিঃ প্রকাশিত অজ্ঞাত এক লেখকের রচিত বই "ভেস্টিজেস অফ দ্য ন্যাচারাল হিস্ট্রি অফ ক্রিয়েশন" বহুনিন্দিত হওয়ার পর সে'কথা জনসমক্ষে প্রকাশ করা থেকে বিরত হন (পরে জানা যায় বইটির লেখক ছিলেন রবার্ট চেম্বার্স)। ওয়েন নিজে ১৮৪৯ খ্রিঃ তার নিবন্ধ "নেচার অফ দ্য লিম্বস" প্রকাশের সময় বিবর্তনমুখী মতামত প্রকাশের জন্য সমালোচিত হন। উক্ত নিবন্ধের শেষভাগে তিনি ইঙ্গিত করেছিলেন যে মাছ থেকে প্রাকৃতিক নিয়মে মানুষের আবির্ভাব হয়েছে। তার সমালোচক পত্রিকা ম্যাঞ্চেস্টার স্পেক্টেটরের বক্তব্য ছিল এই মতের মাধ্যমে ওয়েন অস্বীকার করেছেন যে মানুষ আসলে ঈশ্বরের সৃষ্টি।

ডারউইনের তত্ত্বের ক্রমোন্নয়নের সময় ১৮৪৯ খ্রিঃ বার্নাকল-দের উপর তার গবেষণার ফলে বোঝা যায় তাদের দেহখণ্ডকগুলো অন্যান্য ক্রাস্টেশিয়ানদের থেকেই বিবর্তনের ধারায় আলাদা হয়ে গেছে। ডারউইন এবং ওয়েন উভয়ের কাছেই তুলনামূলক শারীরস্থানের এই সামঞ্জস্য বিবর্তনীয় উত্তরাধিকারের প্রমাণ রূপে প্রতিভাত হয়। ওয়েন ঘোড়ার ক্রমবিবর্তনের একটি জীবাশ্মভিত্তিক নিবেদন পেশ করেন এবং এইভাবে তার "সুনির্দিষ্ট ক্রমপরিণতি" মতবাদের সপক্ষে যুক্তি দেন। ১৮৫৪ খ্রিঃ ওয়েন ব্রিটিশ অ্যাসোসিয়েশন ফর দ্য অ্যাডভান্সমেন্ট অফ সায়েন্স-এ সদ্য আবিষ্কৃত গোরিলা প্রভৃতি 'পাশবিক' নরবানরের দু'পায়ে দাঁড়ানো ও মানুষে বিবর্তনের অসম্ভাব্যতার উপর বক্তৃতা দেন, কিন্তু মানুষ যে অন্যান্য নরবানর থেকে পরা-পরিব্যক্তি ছাড়া অন্য কোনো ব্যবস্থার মাধ্যমে বিবর্তিত হয়েছে, সেই সম্ভাবনাও উড়িয়ে দেননি। অপরদিকে চরমপন্থী শ্রমিক সংগঠন প্রভৃতিরা মানুষের 'বাঁদুরে উৎস' সম্বন্ধে অত্যন্ত উৎসাহী হয়ে উঠেছিল। এই সমস্ত ধারণাকে চূর্ণ করতে ওয়েন রয়াল অ্যাসোসিয়েশনের সভাপতি হিসেবে প্রাইমেটদের মস্তিষ্কের উপর তার আনুষ্ঠানিক গবেষণার ফল প্রকাশ করে বলেন যে মানুষের মস্তিষ্কের বেশ কিছু গঠনগত বৈশিষ্ট্য অন্য প্রাইমেটদের মস্তিষ্কে নেই, এবং সেইসূত্রে মানুষ একটা আলাদা অধঃশ্রেণীর অন্তর্গত। এই ঘোষণার ফলে একটি বিতর্কের সূত্রপাত হয় যা পরবর্তীকালে "দ্য গ্রেট হিপোক্যাম্পাস কোয়েশ্চন" হিসেবে তীব্র বিদ্রূপের সম্মুখীন হয়েছিল। ওয়েনের মূল বক্তব্য ছিল এই যে, অন্য নরবানর এবং অন্যান্য প্রাণীদের তুলনায় মানুষের মস্তিষ্ক ও অবশিষ্ট দেহের আয়তনের অনুপাত অনেক বেশি। ডারউইন লেখেন, "মানুষ যে শিম্পাঞ্জির থেকে [অতটা] আলাদা এটা আমি মানতে পারি না"। ওয়েনের বিরোধী টমাস হেনরি হাক্সলি তার ১৮৫৮ খ্রিঃ মার্চ মাসে রয়াল ইন্সটিটিউশনে প্রদত্ত বক্তৃতায় ওয়েনের বক্তব্য খন্ডন করে বলেন যে গঠনগত দিক থেকে গোরিলারা মানুষের যতটা কাছাকাছি বেবুনেরও ঠিক ততটাই। তিনি বিশ্বাস করতেন যে "প্রকৃতপক্ষে, মানসিক এবং নৈতিক গুণাবলী... আমাদের মধ্যে যে মাত্রায় আছে, অন্যান্য প্রাণীদের মধ্যেও ঠিক তাই"। এই কথা ছিল ঐ একই স্থানে ওয়েনের উত্থাপিত মানুষের অসাধারণত্বের দাবির ঠিক বিপরীত।

"অন দ্য অরিজিন অফ স্পিসিস"-এ ডারউইনের তত্ত্ব প্রকাশিত হওয়ার পর বইটির লেখক ওয়েনের কাছে একটি নোট পাঠান যেখানে এই তত্ত্ব সম্বন্ধে লেখা ছিল "ব্যাপারটাকে ঘৃণ্য মনে হতে পারে"।
ওয়েন দ্রুত সাড়া দিয়ে যথাযথ ভদ্রতা সহকারে লেখেন যে তিনি দীর্ঘকাল যাবৎ বিশ্বাস করেন "উপস্থিত প্রভাবক" সমূহের দ্বারাই প্রজাতির "পরিকল্পিত" অস্তিত্ব সম্ভব হয়েছে। এরপর ডারউইন ওয়েনের সাথে দীর্ঘ কথোপকথনে অংশগ্রহণ করেন এবং ওয়েন জানান যে ডারউইনের বইতেই "প্রজাতির উৎপত্তির প্রক্রিয়া সম্বন্ধে আজ অবধি প্রকাশিত" সবচেয়ে বেশি গ্রহণযোগ্য ব্যাখ্যা পাওয়া যায়, যদিও তার মনে এই সংশয় তখনও ছিল যে পরা-পরিব্যক্তির তত্ত্ব মানুষকে পাশবিক বলে চিহ্নিত করবে। সম্ভবত ডারউইন ওয়েনকে আশ্বস্ত করেছিলেন এই বলে যে তিনি গোটা ব্যাপারটাকে পূর্বনির্ধারিত কোনো 'নকশার' ফল হিসেবে দেখছেন। ওয়েন এই কথাকে "সৃষ্টিকারী শক্তি"র প্রতি তাঁদের দু'জনের সাধারণ বিশ্বাসের সূচক হিসেবে অনুবাদ করেন।

ব্রিটিশ মিউজিয়ামের প্রাকৃতিক ইতিহাসের সংগ্রহের প্রধান থাকার সময় ওয়েন "অরিজিন"- এর উপর অজস্র প্রশ্ন ও অভিযোগমূলক চিঠি পান। এই সময় ঐ ব্যাপারে তাঁর ব্যক্তিগত মতামত সম্পর্কে যদিও কিছু জানা যায় না। সংসদীয় একটি কমিটির সামনে প্রাকৃতিক ইতিহাসের আলাদা জাদুঘরের প্রয়োজনীয়তা নিয়ে বক্তব্য রাখার সময় তিনি খেয়াল করিয়ে দেন: "গোটা বুদ্ধিজীবী মহল এই বছর প্রজাতির উৎপত্তি সম্পর্কিত একটা বই নিয়ে আলোড়িত হয়ে আছে; আর তার ফলে কী হচ্ছে? দর্শকেরা ব্রিটিশ মিউজিয়ামে আসেন আর বলেন, 'আমাদের এইসব পায়রাগুলো দেখান। টাম্বলার কোথায়? পাউটার কোথায়?' আর আমি লজ্জা সত্ত্বেও বলতে বাধ্য হই, আমি আপনাদের ওগুলোর কোনোটাই দেখাতে পারব না।"... "আপনাদের ওইসব প্রজাতির নমুনা দেখানোর ক্ষেত্রে, বা এমন কোনোরকম সাহায্যের ক্ষেত্রে যা সমস্ত রহস্যের গূঢ়তম রহস্য তথা প্রজাতির উৎপত্তি সম্পর্কে আলোকপাত করতে পারবে — এরকম স্থান বা পরিকাঠামো আমাদের নেই; কিন্তু অবশ্যই এরকম জায়গার প্রয়োজন আছে, আর ব্রিটিশ মিউজিয়াম ছাড়া আর কোথায়ই বা তেমন উপযুক্ত স্থান পাওয়া যাবে?"

অবশ্য হাক্সলির আক্রমণাত্মক মনোভাবের ফলও ফলতে শুরু করেছিল। ১৮৬০ খ্রিঃ এপ্রিল মাসে "এডিনবরা রিভিউ" পত্রিকায় "অরিজিন" বইটির উপর ওয়েনের লেখা কিন্তু লেখক-পরিচয়বিহীন একটি রিভিউ প্রকাশিত হয়। এখানে ওয়েন ক্রুদ্ধভাবে বইটির বিরুদ্ধে সৃষ্টিতত্ত্বের অবমাননার অভিযোগ আনেন; সেইসঙ্গে ডারউইন যে ওয়েনের "সজীব উপাদানের পূর্বনির্ধারিত ক্রমপরিণতির নিরন্তর প্রক্রিয়াকে" পুরোপুরি অবজ্ঞা করেছেন সেই কারণেও ক্ষোভ প্রকাশ করেন। এছাড়া ডারউইনের "শিষ্য" হুকার ও হাক্সলিকেও একহাত নিয়ে বলেন তাদের কার্যকলাপ তাদের "অদূরদর্শী আনুগত্যের" পরিচায়ক, এবং আলোচনাধীন বইটি "বিজ্ঞানের সেই রকম অপব্যবহারের দ্যোতক ... যার কবলে পড়ে একটি প্রতিবেশী রাষ্ট্র আজ থেকে প্রায় সত্তর বছর আগে সাময়িকভাবে তাদের মর্যাদা জলাঞ্জলি দিয়েছিল"। এখানে ওয়েন ফরাসি বিপ্লবের প্রসঙ্গ এনেছেন। ডারউইনের কাছে এই রিভিউ "হিংসুক, চূড়ান্ত অসূয়াপ্রসূত, ধূর্ত, এবং ... ক্ষতিকারক" রূপে প্রতিভাত হয় এবং পরবর্তীকালে তিনি বলেন, "লন্ডনবাসীরা বলে যে আমার বই নিয়ে লোকে আলোচনা করে বলে ও (ওয়েন) নাকি হিংসায় পাগল হয়ে গেছে। ওয়েন আমায় যেরকম প্রবলভাবে ঘৃণা করে তেমনভাবে কারো দ্বারা ঘৃণিত হওয়া পীড়াদায়ক"।

ডারউইনের তত্ত্বের প্রতিক্রিয়ার সময় হাক্সলি ও ওয়েনের বাগ্‌যুদ্ধ অব্যাহত থাকে। ওয়েন হাক্সলির বদনাম করার চেষ্টা করেন তাকে "পরিবর্তিত নরবানর থেকে মানুষের উদ্ভবের তত্ত্বের সমর্থক" হিসেবে চিহ্নিত করে। "এথিনিয়াম"-এ হাক্সলির একটি রচনার শিরোনাম ছিল 'এপ অরিজিন অফ ম্যান অ্যাজ টেস্টেড বাই দ্য ব্রেইন' (মস্তিষ্কের দ্বারা পরীক্ষিত মানুষের বাঁদর-উৎস)। ১৮৬২ খ্রিঃ (আর অন্যান্য সময়ে) হাক্সলি নরবানরের মস্তিষ্কের ব্যবচ্ছেদ এবং প্রদর্শনের একাধিক ব্যবস্থা করেন (যেমন বিএ মিটিং-এ অনুষ্ঠিত একটি কর্মশালা যেখানে উইলিয়াম হেনরি ফ্লাওয়ার ব্যবচ্ছেদের কাজটি করেছিলেন)। তথাকথিত 'অনুপস্থিত অঙ্গ' সমূহের উপস্থিতির চাক্ষুষ প্রমাণ (হিপোক্যাম্পাস মাইনর ইত্যাদি) কার্যত ওয়েনের বিরুদ্ধে মিথ্যাচারের অভিযোগ আনার কাজে ব্যবহৃত হয়। ওয়েন বলেছিলেন যে নরবানরদের মস্তিষ্কে উক্ত গঠনগুলোর অনুপস্থিতিই মানুষের সাথে তাদের পার্থক্যের প্রধান কারণ। হাক্সলির ব্যবচ্ছেদের পরেও তিনি শুধু স্বীকার করেন যে গঠনগুলো যদিও অপরিণত বা অনুন্নত রূপে নরবানরদের মস্তিষ্কে থাকতে পারে, তাও মানুষ ও নরবানরের পার্থক্যের প্রধান নির্ণায়ক মস্তিষ্কেরই আয়তন। হাক্সলি দুই বছর ধরে প্রচারকার্য চালান এবং ব্যাপক সাফল্য লাভ করেন। প্রতিটা কর্মশালার পর আরও বেশি সংখ্যক বিজ্ঞানী ডারউইনের তত্ত্বের সমর্থনে এগিয়ে আসতে থাকেন এবং সাধারণভাবে বিজ্ঞান জগৎ ঐ তত্ত্বের সমর্থক হয়ে ওঠে। ওয়েন বলেছিলেন মানুষ বড় মস্তিষ্কের কারণে নরবানরদের থেকে আলাদা, কিন্তু হাক্সলি বলেন মানুষের নিজেদের জাতিগত বৈচিত্র্যের তুলনায় ঐ পার্থক্য নগন্য। ওয়েনের সমালোচনামূলক একটি গবেষণাপত্রে হাক্সলি সরাসরি লেখেন, "আমরা যদি ক অর্থাৎ ইউরোপীয় মগজ, খ অর্থাৎ বসজেসম্যান মগজ এবং গ অর্থাৎ ওরাং-ওটান মগজ পাশাপাশি সাজিয়ে রাখি, তাহলে ক আর খ এর মধ্যে যতটা পার্থক্য আজ অবধি বোঝা গেছে, খ আর গ এর মধ্যেও ঠিক সেরকম"। ওয়েন এর উত্তর হিসেবে বলেন যে প্রকৃতপক্ষে মানুষের বিভিন্ন জাতির মস্তিষ্ক একই রকম আয়তন ও ক্ষমতাবান, আর মানুষের মস্তিষ্ক যে গোরিলা প্রভৃতি অন্যান্য নরবানরের মস্তিষ্কের দ্বিগুণ বড় - গোরিলার দেহ মানুষের চেয়ে অনেক বড় হওয়া সত্ত্বেও - এই ব্যাপারটাই মানুষকে আলাদা করতে সক্ষম। ১৮৬১ খ্রিঃ হাক্সলি জুলজিকাল সোসাইটি কাউন্সিলে যোগদান করলে ওয়েন সংস্থাটি থেকে বেরিয়ে যান, আর পরের বছর হাক্সলি ওয়েনের বিরুদ্ধে "ইচ্ছাকৃত ও উদ্দেশ্যপ্রণোদিত মিথ্যাচারের" অভিযোগ এনে তার রয়াল সোসাইটিতে নির্বাচিত হওয়ার সম্ভাবনা শেষ করেন (আরও দেখুন; টমাস হেনরি হাক্সলি)।

১৮৬৩ খ্রিঃ ওয়েন ব্রিটিশ মিউজিয়ামের "আর্কিওপ্টেরিক্স" জীবাশ্মটি কেনেন। এই জীবাশ্মটি ডারউইনের ভবিষ্যদ্বাণী সফল করে প্রমাণ করে যে ডানায় অব্যবহারযোগ্য আঙুলবিশিষ্ট আদিম পাখির খোঁজ একদিন পাওয়া যাবে। যদিও ওয়েন নিজে এটিকে স্রেফ পাখি বলেই ঘোষণা করেছিলেন।

ওয়েন ও ডারউইনের সমর্থকদের বিবাদ চলতেই থাকে। ১৮৭১ খ্রিঃ ওয়েন কিউ-তে অবস্থিত জোসেফ ডালটন হুকার-এর উদ্ভিদবিদ্যা-সংগ্রহশালাটির সরকারি সাহায্য বন্ধ করে দেওয়ার হুমকিতে জড়িত বলে প্রমাণ পাওয়া যায়। ওয়েন সম্ভবত প্রতিষ্ঠানটিকে তার ব্রিটিশ মিউজিয়ামের আওতায় আনার চেষ্টা করছিলেন। ডারউইন এর পর মন্তব্য করেন, "আমি ওয়েনকে ঘৃণা করি বলে লজ্জা পেতাম, কিন্তু এবার জীবনের শেষ দিন পর্যন্ত এই ঘৃণা আমি যত্ন করে পালন করব"।

মাছ, সরীসৃপ, পাখি ও ডাইনোসরের নামকরণ
ওয়েন, ডারউইন এবং বিবর্তন মতবাদ
উত্তরাধিকার
স্তন্যপায়ী সংক্রান্ত কাজ