রাষ্ট্রপতি সুপ্রিম কোর্টের প্রধান বিচারপতিকে এবং প্রধান বিচারপতির পরামর্শক্রমে অন্যান্য বিচারপতিদের নিযুক্ত করেন। সংসদের দুই কক্ষে কোনো বিচারপতির অপসারণের পক্ষে প্রস্তাব দুই-তৃতীয়াংশ সংখ্যাগরিষ্ঠতার ভোটে পাস হলে, তবেই রাষ্ট্রপতি সংশ্লিষ্ট বিচারপতিকে অপসারিত করতে পারেন।
রাষ্ট্রপতি কোনো ব্যক্তির মৃত্যুদণ্ড সম্পূর্ণ মকুব করতে পারেন, সাময়িকভাবে হ্রাস করতে পারেন, বিশেষ ক্ষেত্রে মুলতুবি করতে পারেন, বা লঘু করতে পারেন। অন্যান্য ক্ষেত্রে তিনি দণ্ডের চরিত্র না বদলে একটির বদলে অপর দণ্ডের ব্যবস্থা করতে পারেন।

রাষ্ট্রপতি কয়েকটি বিচারবিভাগীয় সুবিধা ভোগ করেন:

সংসদীয়
ভারতের জীবিত প্রাক্তন রাষ্ট্রপতিগণ
বিচারবিভাগীয় ক্ষমতা
কার্যনির্বাহী ক্ষমতা