ইন্টারনেটের প্রথমদিকের বটনেটগুলি ক্লায়েন্ট-সার্ভার নকশা অনুসারে কাজ করত। সাধারণত, এই বটনেটগুলি আইআরসি (IRC-Internet Relay Chat) নেটওয়ার্ক কিংবা ওয়েবসাইটের মাধ্যমে কাজ করে থাকে। আক্রান্ত ক্লায়েন্টে পূর্বে থেকেই নির্ধারিত একটি জায়গা দখল করে নিয়ে এটি সার্ভার থেকে নির্দেশের অপেক্ষা করে। বটের নিয়ন্ত্রক সার্ভারে তার নির্দেশ প্রেরণ করেন, যেটা সার্ভার আক্রান্ত ক্লায়েন্টগুলিতে ছড়িয়ে দেয়। ক্লায়েন্টে বটগুলি নির্দেশ অনুযায়ী কাজ করে তথ্য সার্ভারে পাঠাতে থাকে।
আইআরসি বটনেটগুলির ক্ষেত্রে, আক্রান্ত ক্লায়েন্ট কোন আক্রান্ত আইআরসি সার্ভারের সাথে যুক্ত হয় এবং আগে থেকে বট নিয়ন্ত্রকের তৈরী করা চ্যানেলে যোগদান করে। এক্ষেত্রে বট নিয়ন্ত্রক আইআরসি সার্ভারের মাধ্যমে চ্যানেলে নির্দেশ পাঠাতে থাকে। প্রতিটি ক্লায়েন্ট নির্দেশগুলি গ্রহণ করে এবং সে মোতাবকে কাজ আইআরসি চ্যানেলে তথ্য ফেরত পাঠাতে থাকে।
অনেক আগে থেকেই আইআরসি তার যোগাযোগের প্রটোকলের কারণে ‘কমান্ড এন্ড কন্ট্রোল’এর আওতাধীন। বট নিয়ন্ত্রক নিজে একটা আইআরসি চ্যানেল তৈরী করে নেয় যাতে আক্রান্ত ক্লায়েন্টগুলি যোগ দিতে পারে। এমনকি নিয়ন্ত্রক বটকে নির্দেশ পাঠাতে চ্যানেলের প্রসঙ্গ পরিবর্তন করে দিতে পারে। যেমনঃ 
codice_1
এই বার্তাটি বট নিয়ন্ত্রক যদি পাঠায় তার মানে হল #channel এর সকল আক্রান্ত ক্লায়েন্টগুলিকে www.victim.com এ DDoS আক্রমণ চালাতে নির্দেশ দিচ্ছে। বট ক্লায়েন্টগুলি আক্রমণ শুরু করলে ফিরতি বার্তায় এরকম তথ্য দিতে পারে-
codice_2
আইআরসি ব্যবহারে একটিই সমস্যা যে বটনেট হিসেবে ব্যবহৃত হতে প্রতিটি বট ক্লায়েন্টকে তার সার্ভার, পোর্ট এবং চ্যানেল সম্বন্ধে অবশ্যই জানতে হবে। ম্যালওয়্যার প্রতিরোধকারী (Anti-malware) সংস্থাগুলি টের পেলে এসব সার্ভার ও চ্যানেল বন্ধ করে দেয়, যাতে বটনেট আক্রমণ রোধ করা যায়। যদি এরকমও হয়, তাও ক্লায়েন্টগুলি আক্রান্ত অবস্থাতেই থাকে। তারা যেহেতু কোন নির্দেশ গ্রহণ করতে পারছে না, সেক্ষেত্রে সুপ্ত অবস্থাতেই ক্লায়েন্টে থেকে যায়। এই সমস্যা সমাধানে, একটি বটনেটের একাধিক সার্ভার বা চ্যানেল থাকতে পারে। যদি কোন একটা সার্ভার বা চ্যানেল বন্ধ হয়ে যায় তো বটগুলি অন্য আরেকটি সার্ভার বা চ্যানেলে স্থান পরিবর্তন করে নেয়। এরপরেও আইআরসি চলাচলে নজর রেখে সম্ভাব্য চ্যানেল কিংবা সার্ভার খুঁজে বের করে বন্ধ করে দেয়া সম্ভব। 
অনেক বৃহৎ বটনেট আইআরসি-র পরিবর্তে ডোমেইন (domain) ব্যবহার করে থাকে। এগুলি মূলত দুর্ভেদ্য হোস্টিং সার্ভিসে স্থান নিয়ে থাকে।

ব্যবহার
কমান্ড এন্ড কন্ট্রোল
ক্লায়েন্ট-সার্ভার মডেল (Client-server model)
বটনেটের মৌলিক উপাদানসমূহ