১৯২২ খ্রিষ্টাব্দে বিশ শতকের প্রথম সংস্কার সাধিত হয়। এসময় জেরুজালেমের গ্র্যান্ড মুফতি মুহাম্মদ আমিন আল-হুসাইনির অধীন সুপ্রিম মুসলিম কাউন্সিল তুর্কি স্থপতি মিমার কামালউদ্দিন বেকে মসজিদুল আকসা ও এর পরিপার্শ্বের স্থাপনাগুলো সংস্কারের জন্য দায়িত্ব দেয়। এছাড়াও কাউন্সিল ব্রিটিশ স্থপতি, মিশরীয় প্রকৌশল বিশেষজ্ঞ এবং স্থানীয় কর্মকর্তাদের সংস্কারে অবদান ও তদারকির দায়িত্ব দিয়েছিল। এই সংস্কারের মধ্যে ছিল মসজিদের প্রাচীন উমাইয়া ভিত্তি মজবুত করা, ভেতরের কলাম মজবুত করা, নতুন বীম যুক্তকরণ, একটি মঞ্চ নির্মাণ, আর্চ এবং মূল গম্বুজের ভেতরের অংশ সংরক্ষণ, দক্ষিণ দেয়াল পুনর্নির্মাণ এবং কেন্দ্রীয় সারির কাঠগুলো কংক্রিটের স্ল্যাব দ্বারা প্রতিস্থাপন। এসময় প্লাস্টারে ঢাকা পড়ে যাওয়া ফাতেমীয় আমলের মোজাইক ও খোদিত লিপি ফিরিয়ে আনা হয়। আর্চগুলো স্বর্ণ এবং সবুজ ছোপযুক্ত জিপসাম দ্বারা সৌন্দর্যমন্ডিত করা হয় এবং কাঠের বীমগুলো পিতল দ্বারা প্রতিস্থাপন করা হয়। কিছু স্টেইন্ড গ্লাসের জানালা তাদের আব্বাসীয় ও ফাতেমীয় নকশা অপরিবর্তিত রেখে নতুন করা হয়। ১৯২৭ ও ১৯৩৭ খ্রিষ্টাব্দের ভূমিকম্পে মসজিদ ক্ষতিগ্রস্ত হয়েছিল তবে ১৯৩৮ ও ১৯৪২ খ্রিষ্টাব্দে তা সারিয়ে তোলা হয়।

১৯৬৯ খ্রিষ্টাব্দের ২১ আগস্ট অস্ট্রেলীয় পর্যটক ডেনিস মাইকেল রোহান কর্তৃক মসজিদে অগ্নিকান্ডের ঘটনা ঘটে। রোহান ওয়ার্ল্ডওয়াইড চার্চ অফ গড নামক এভাঞ্জেলিকাল খ্রিষ্টান গোষ্ঠীর সদস্য ছিলেন। তার ধারণা ছিল যে মসজিদুল আকসা পুড়িয়ে ফেলার মাধ্যমে তিনি যীশুর দ্বিতীয় আগমনকে ত্বরান্বিত করতে পারবেন এবং ইহুদি মন্দির তৈরীর পথ করতে পারবেন। রোহানকে এরপর একটি মানসিক হাসপাতালে ভর্তি করা হয়। এই ঘটনার প্রেক্ষিতে সেই বছর রাবাতে মুসলিম দেশগুলোর এক বৈঠক অণুষ্ঠিত হয়। সৌদি আরবের তৎকালীন বাদশাহ ফাহাদ বিন আবদুল আজিজ এর উদ্যোক্তা ছিলেন। এই অগ্নিকান্ডের ঘটনা ওআইসি গঠনের ক্ষেত্রে প্রভাবকের ভূমিকা পালন করেছে।

১৯৮০ এর দশকে গুশ এমুনিম আন্ডারগ্রাউন্ড নামক সংগঠনের সদস্য বেন শোশান ও ইয়েহুদা এতজায়ন আল-আকসা মসজিদ ও কুব্বাত আস সাখরা উড়িয়ে দেয়ার পরিকল্পনা করেন। এতজায়ন বিশ্বাস করতেন যে স্থাপনা দুটি উড়িয়ে দিলে তা ইসরায়েলের আধ্যাত্বিক জাগরনে ভূমিকা রাখবে এবং ইহুদি জনগণের সকল সমস্যা সমাধান করবে। তারা এও ধারণা করতেন যে তৃতীয় মন্দির মসজিদের স্থানে নির্মিত হতে হবে। প্রথম ইন্তিফাদা চলার সময় ১৯৮৮ খ্রিষ্টাব্দের ১৫ জানুয়ারি ইসরায়েলি সেনারা মসজিদের বাইরে বিক্ষোভকারীদের উপর রাবার বুলেট ও টিয়ার গ্যাস ছোড়ে এবং এতে ৪০ জন মুসল্লি আহত হয়। ১৯৯০ খ্রিষ্টাব্দের ৮ অক্টোবর দাঙ্গায় ইসরায়েলি সীমান্ত পুলিশ কর্তৃক ২২ জন ফিলিস্তিনি নিহত ও ১০০ জনের বেশি আহত হয়। টেম্পল মাউন্ট ফেইথফুল নামক ইহুদি ধর্মীয় গোষ্ঠী তৃতীয় মন্দিরের ভিত্তি স্থাপন করতে যাচ্ছে ঘোষণা করলে এই প্রতিবাদ শুরু হয়েছিল।

২০০০ খ্রিষ্টাব্দের ২৮ সেপ্টেম্বর ইসরায়েলের তৎকালীন বিরোধীদলীয় নেতা এরিয়েল শ্যারন এবং লিকুদ পার্টির সদসরা ১০০০ সশস্ত্র রক্ষীসহ আল-আকসা চত্বর পরিদর্শন করেন। ব্যাপক সংখ্যক ফিলিস্তিনি এর প্রতিবাদ করে। শ্যারন ও লিকুদ পার্টির সদস্যরা স্থানত্যাগ করার পর হারাম আল শরিফের প্রাঙ্গণে ইসরায়েলি দাঙ্গা পুলিশের উপর পাথর নিক্ষেপের মাধ্যমে বিক্ষোভ শুরু হয়। পুলিশ টিয়ার গ্যাস ও রাবার ছুড়লে ২৪ জন আহত হয়। এই পরিদর্শনের ফলে পাঁচ বছরব্যপী আন্দোলন চলে সাধারণভাবে আল-আকসা ইন্তিফাদা নামে পরিচিত। তবে কিছু ধারাভাষ্যকার ফিলিস্তিনি কর্তৃপক্ষের কর্মকর্তা, যেমন ইমাদ ফালুজি ও আরাফাতের উদ্ধৃতি দিয়ে দাবি করেন যে ইন্তিফাদা কয়েক মাস আগে ইয়াসির আরাফাতের ক্যাম্প ডেভিড আলোচনা থেকে ফেরার পর থেকে পরিকল্পনা করা হয়েছিল। ২৯ সেপ্টেম্বর ইসরায়েলি সরকার মসজিদে ২,০০০ দাঙ্গা পুলিশ মোতায়েন করে। জুমার নামাজের পর একদল ফিলিস্তিনি মসজিদ ত্যাগ করার পর তারা পুলিশের উপর পাথর নিক্ষেপ করে। পুলিশ এরপর মসজিদ চত্বরে প্রবেশ করে গুলি ও রাবার বুলেট ছোড়া শুরু করে ফলে চারজন নিহত ও প্রায় ২০০ জন আহত হয়।

২০১৪ খ্রিষ্টাব্দের ৫ নভেম্বর ইসরায়েলি পুলিশ ১৯৬৭ খ্রিষ্টাব্দে জেরুজালেম দখল করার পর প্রথমবার আল-আকসায় প্রবেশ করে বলে ইসলামিক ওয়াকফের পরিচালক শাইখ আজ্জাম আল-খতিব উল্লেখ করেছেন। পূর্ববর্তী মিডিয়া রিপোর্টে বলা হয় এ পুলিশ হারাম আল শরিফ চত্বরে প্রবেশ করেছে, মসজিদে নয়।

আধুনিক যুগ
বহির্ভাগ ও বারান্দা
স্থাপত্য
মিনার