নাগাতোমো ২৪ মার্চ ২০০৮ সালে জাপানের হয়ে ১ম খেলার সুযোগ পায়। ১৩ নভেম্বর ২০০৮ সালে সিরিয়ার বিপক্ষে ১ম আন্তর্জাতিক গোল দেন। ২০০৮ সালে বেইজিং অলিম্পিক গেমসে জাপান ফুটবল দলের প্রতিনিধিত্ব করেন।

২০১০ ফিফা বিশ্বকাপে জাপানের হয়ে প্রতিনিধিত্ব করেন। নাগাতোমো ২০১১ সালে এএফসি এশিয়ান কাপের জন্য জাপান জাতীয় দলে ডাক পায়। ঐ টুর্নামেন্টে তিনি জাপানের হয়ে প্রতিটি ম্যাচ খেলেন। ২০১৩ ফিফা কনফেডারেশন কাপে জাপানের হয়ে সব ম্যাচ খেলেন। জাপান ঐ আসরে গ্রুপ পর্বের ৩ টি ম্যাচ খেলার পর বাদ পরে যায়।

২০১৪ ফিফা বিশ্বকাপে জাপানের খেলা ৩ টি ম্যাচে প্রতিটিতেই তিনি অংশ নেন। তবে জাপান গ্রুপ পর্বের বাধা টপকাতে পারেনি।

আন্তর্জাতিক ক্যারিয়ার
এফসি টোকিও
তথ্যসূত্র
ইন্টার মিলান