শাহজাহানের চার পুত্রই বিভন্ন প্রদেশের সুবাহদার হিসাবে নিয়োজিত ছিলেন। সম্রাট সর্বদা তার জ্যেষ্ঠ্য পুত্র দারা শিকোকে অধিক প্রাধান্য দিতেন। অপর তিন ভ্রাতা এতে ক্ষুব্ধ ছিলেন এবং নিজেদের মধ্যে দারার বিরুদ্ধে ঐক্যবদ্ধ হয়েছিলেন। মুঘল সাম্রাজ্যে এমন কোন পূর্বাধিকার ছিল না যে সম্রাটের মৃত্যু হলে তার জ্যেষ্ঠ্য পুত্র সিংহাসনের উত্তরাধিকারী হবেন। সিংহাসনের দাবিদারদের মধ্যে যুদ্ধ এবং মৃত্যু, পিতাকে সিংহাসনচ্যূত করে ক্ষমতা দখল করা প্রভৃতি ঘটনার মধ্য দিয়ে মুঘল সাম্রাজ্যের ক্ষমতার পালা বদল ঘটত। মূলত সামরিক শক্তির বলেই বিষয়টি নিষ্পত্তি হত। শাহজাহানের চার পুত্রই শাসক হিসাবে যোগ্য ছিলেন। কিন্তু মূল ক্ষমতার দ্বন্দ্ব শুধুমাত্র দারাশিকো এবং আওরঙ্গজেবের মধ্যে সিমীত ছিল। কারণ ক্ষমতার আড়ালে থাকা অনেক রাজকর্মচারী এবং অন্যান্য প্রভাবশালীদের সমর্থন এই দুইজনের পেছনে বেশি ছিল। 
আদর্শগত দিক দিয়েও তাদের মধ্যে যথেষ্ট মতপার্থক্য ছিল। দারাশিকো ছিলেন সম্রাট আকবর এর মত ধর্মনিরপেক্ষ নীতিতে বিশ্বাসী। অপরদিকে আওরঙ্গজেব ছিলেন একজন কট্টর মুসলিম। সামরিক ও বেসামরিক কর্মকর্তাদের আনুগত্য দারাশিকো এবং আওরঙ্গজেবের আদর্শ ও নীতির উপরে নির্ভর করেনি বরং অনেকটা তাদের নিজ স্বার্থ, রাজপরিবারের নৈকট্য এবং এই দুজনের নেতৃত্ব ও প্রতিভার উপর নির্ভর করেছিল। এই দুই শাহাজাদার বিভক্তি শাহী প্রশাসনের হিন্দু ও মুসলিম সম্প্রদায়ের মধ্যে বিভেদ তৈরী করতে পারেনি। তবে শাহী পরিবারের সদস্যরা দুই জনের সমর্থনে বিভক্ত হয়ে পরেছিল। মুঘল শাহাজাদী জাহানারা ধর্মীয় দৃষ্টিভঙ্গিতে দারাশিকোর মতাদর্শে বিশ্বাসী হলেও তিনি আওরঙ্গজেবকেই সমর্থন করতেন।

শাহজাহান দারা শিকোকে পরবর্তি সম্রাট হিসাবে ঘোষণা করার পর অসুস্থ হয়ে নতুন নির্মিত নগরী শাহজাহানাবাদে (পুরাতন দিল্লি) চিকিৎসাধিন হন। তিনি মূত্রথলির পীড়ায় ভুগছিলেন। এ সময় সম্রাট শাহাজাহান মারা গেছেন এমন একটি গুজব ছড়িয়ে পরে। অন্যান্য ভাইয়েরা ধারনা করেছিলেন ক্ষমতা দৃঢ় করার কৌশল হিসাবে দারা পিতার মৃত্যুর সংবাদ গোপান করেছিলেন। 
শাহ সুজা যিনি তখন বাংলার সুবাহদার হিসাবে ১৬৫৭ সাল থেকে দায়িত্ব পালন করছিলেন, তিনি নিজেকে রাজমহলের নবাব হিসাবে ঘোষণা করে তার সেনা ও নৌ বাহিনী নিয়ে রাজধানী আগ্রার উদ্দেশে যাত্রা করেন। বেনারসের নিকট দারা শিকোর পুত্র সুলায়মান সুখন ও রাজা জয় সিং এর নেতৃত্বে প্রেরিত বাহিনীর সাথে তাদের যুদ্ধ হয়। শাহাজাদা মুরাদের ন্যায় দাক্ষিনাত্য থেকে আওরঙ্গজেব এবং গুজরাট থেকে শাহজাদা মুরাদও একই ভাবে সসৈন্যে দিল্লি অভিমুেখে যাত্রা করেন। তাদের এই সামরিক অভিযান পরিচালনার কারণ সম্রাটের মৃত্যু নিয়ে গুজব নিয়ে ভুলবুঝাবুঝি না পরিস্থিতির সুযোগ নেবার অভিপ্রায় তা নিশ্চিত নয়।

কিছুটা সুস্থ হয়ে শাহজাহান আগ্রায় ফিরে আসেন। দারাশিকো তাকে মুরাদ ও সুজার বিরুদ্ধে সৈন্যে প্রেরনের জন্য অনুরোধ করেন। তারা ইতিমধ্যে তাদের নিজ নিজ প্রদেশের স্বাধীন শাসক হিসাবে নিজেদেরকে ঘোষণা করেছিলেন। ইতমধ্যে ১৬৫৮ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে শাহজাদা শাহ সুজা বেনারসে দারা শিকোর বাহিনীর কাছে পরাজিত হন। মুরাদের বিরুদ্ধে প্রেরিত বাহিনী আবিষ্কার করে যে আওরঙ্গজেব এবং মুরাদের বাহিনী জোটবদ্ধ হয়েছে । তাদের মধ্যে এই মর্মে চুক্তি হয় যে, ক্ষমতায় যেতে পারলে তারা সমগ্র সাম্রাজ্য নিজেদের মধ্যে ভাগ করে নেবে। ১৬৫৮ সালের এপ্রিল মাসে দারা শিকোর বাহিনী আওরঙ্গজেবের বাহিনীর নিকট পরাজিত হয়। দারাশিকো'র মূলবাহিনী তখন পলাতক সুজাকে অনুসরণ করে বিহার পর্যন্ত চলে গিয়েছিল। আওরঙ্গজেব বাহিনীকে প্রতিহত করার জন্য দারাশিকো কাশিম খাঁ এবং যশোবন্ত সিংহকে পাঠান। এদের মধ্যে কোন একটা ভুল বোঝাবুঝির জন্য আওরঙ্গজেব যুদ্ধে জয়লাভ করেছিলেন। আওরঙ্গজেব এবং মুরাদের সম্মিলিত বাহিনী রাজধানী আগ্রার দিকে অগ্রসর হয়। একদিকে আওরঙ্গজেব বাহিনীর নিকট পরাজিত হয়ে এবং অন্যদিকে মুরাদকে শাহ সুজা কে ধাওয়া করতে যাওয়া তার অপর সেনাবাহিনী বিহার থেকে অতি দ্রুত রাজধানীতে ফেরত আসা সম্ভব নয় বুঝতে পেরে দারাশিকো আওরঙ্গজেব বাহিনীকে প্রতিহত করার জন্য জোট গঠন করার চেষ্টা করেন। কিন্তু ইতিমধ্যে আওরঙ্গজেব উপযুক্তদের তার জোটে অন্তর্ভুক্ত করে ফেলেছিল। দারাশিকো তরিঘড়ি করে আওরঙ্গজেবের বিরুদ্ধে যুদ্ধের প্রস্তুতি গ্রহণ করে। তার অপ্রস্তুত সেনাবাহিনী আওরঙ্গজেব এর যুদ্ধবাজ এবং অতন্ত সুশৃংখল সেনাবাহিনীর মোকাবেলা করতে মে মাসের শেষের দিকে সামুগর যুদ্ধক্ষেত্রে উপস্থিত হয়। সমর নায়ক হিসেবে দারাশিকো কিংবা তার সৈন্যগণ কেউই আওরঙ্গজেব এর সেনাবাহিনীর সমকক্ষ ছিল না। দারাশিকো এই যুদ্ধ জয়ের বিষয়ে অতি আত্মবিশ্বাসী ছিলেন। তার পিতা জীবিত থাকা অবস্থায় ভাইদের বিরুদ্ধে এ ধরনের যুদ্ধ পরিচালনা করতে অনেকেই তাকে নিষেধ করেছিল। সিংহাসন প্রাপ্তির জন্য এতটাই মরিয়া ছিলেন যে তিনি এ পরামর্শে কর্ণপাত করেননি।"দারাশিকো'র পরাজয়ের পর শাহজাহানকে আগ্রা দুর্গে বন্দি করা হয়। সেখানে তিনি দীর্ঘ আট বছর তার প্রিয় কন্যা জাহানারার তত্ত্বাবধানে ছিলেন।"

এরপর আওরঙ্গজেব তার মিত্র মুরাদ বক্সের সাথে করা প্রতিজ্ঞা ভঙ্গ করে ছিলেন। সম্ভবত এই অভিপ্রায় তার অনেক আগে থেকেই ছিল। আওরঙ্গজেব মুরাদকে গোয়ালিয়র দুর্গে বন্দী করেন। গুজরাটের এক দেওয়ানকে হত্যার দায়ে ৪ ডিসেম্বর ১৬৬১ সালে তার মৃত্যুদণ্ড কার্যকর করা হয়।

১০ আগস্ট ১৬৫৯ সালে ধর্ম ত্যাগের অভিযোগে দারাকে মৃত্যুদণ্ডে দণ্ডিত করা হয়। তার কর্তিত মস্তক শাহজাহান এর নিকট প্রেরণ করা হয়েছিল। দুর্বল অসুস্থ বৃদ্ধ শাহজাহানকে আগ্রা দুর্গে বন্দী করে রাখা হয়। কিন্তু আওরঙ্গজেব কখনোই তার প্রতি দুর্ব্যবহার করেননি। ১৬৬৬ সালে শাহজাহান মারা যান।

ফরাসিদের সাথে সম্পর্ক
ধারাবাহিক সামরিক অভিযানসমূহ
সামরিক সরঞ্জাম
বিদ্রোহ দমন