১৯৮৪-৮৫ মৌসুমে মাএ ১৬ বছর বয়সে উদিনেসের বিপক্ষে ম্যাচ দিয়ে সিরি এ তে মালদিনির অভিষেক ঘটে। ঐ ম্যাচে তিনি মাঠে বদলি হিসেবে নেমেছিলেন। ঐ মৌসুমে তিনি সিরি এ তে ঐ একটি ম্যাচই খেলেছিলেন। কিন্তু এর পরের মৌসুম থেকেই তিনি এসি মিলানের প্রথম একাদশের নিয়মিত খেলোয়াড়ে পরিণত হন। ১৯৮৭-৮৮ মৌসুমে তিনি মিলানের হয়ে প্রথমবারের মতো সিরি এ জিতেন। এর পরের দুই মৌসুমে এসি মিলান টানা উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লিগ জেতে। ১৯৯১-৯২ মৌসুম থেকে ১৯৯৩-৯৪ মৌসুম পর্যন্ত এসি মিলান টানা তিনবার সিরি এ জিতে। এর মধ্যে ১৯৯১-৯২ মৌসুমে মিলান অপরাজিত থেকে সিরি এ চ্যাম্পিয়ন হয় এবং ১৯৯৩-৯৪ মৌসুমে সিরি এ জেতার পাশাপাশি উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লিগও জেতে। ঐ সময় মালদিনি, ফ্রাংকো বারেসি, আলেসান্দ্রো কোস্তাকুর্তা ও মাউরো টাসোট্টি সমন্বয়ে গঠিত মিলানের ডিফেন্সকে সর্বকালের অন্যতম সেরা ডিফেন্স লাইন-আপ বলে মনে করা হয়। পরবর্তীতে ফ্রাংকো বারোসির অবসরের পর তিনি আলেসান্দ্রো নেস্তার সাথেও ডিফেন্সে শক্তিশালী জ়ুটি গড়ে তুলেছিলেন।
১৯৯৪ সালে মিলানকে সিরি এ ও উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লিগ জেতাতে এবং ইতালিকে বিশ্বকাপের ফাইনালে নিয়ে যেতে গুরুত্বপুর্ণ ভূমিকা পালন করায় মালদিনি ঐ বছর ওয়ার্ল্ড সকার ম্যাগাজিনের বর্ষসেরা ফুটবলার নির্বাচিত হন। তিনি প্রথম ডিফেন্ডার হিসেবে ঐ পুরস্কারটি জিতেন। ১৯৯৫-৯৬ সালে তিনি মিলানের হয়ে ৫ম বারের মতো সিরি এ জেতেন।

১৯৯৭ সালে ফ্রাংকো বারেসি ফুটবল থেকে অবসর নিলে মালদিনি এসি মিলানের অধিনায়কত্ব পেয়ে যান। ১৯৯৮-৯৯ মৌসুমে এসি মিলান তার নেতৃত্বে সিরি এ জেতে।

২০০২-০৩ মৌসুমে মিলান উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লিগ জেতে। ফাইনালে মিলান জুভেন্টাসকে টাইব্রেকারে হারায়। মালদিনি ছিলেন ফাইনালের ম্যাচ সেরা। 
এটি ছিল মিলানে মালদিনির খেলোয়াড় হিসেবে চতুর্থ ও অধিনায়ক হিসেবে প্রথমবারের মতো উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লিগ শিরোপা, ঠিক ৪০ বছর আগে তার বাবা সিজার মালদিনিও মিলানের অধিনায়ক হিসেবে ইউরোপিয়ান কাপ জিতেছিলেন।
পরবর্তী মৌসুমে মিলান সিরি এ জেতে। মালদিনি ঐ মৌসুমে সিরি এ এর সেরা ডিফেন্ডারের পুরস্কার জিতেন। ঐ পুরস্কারটি ২০০০ সাল থেকে চালু হয়েছিল। 
২০০৪-০৫ মৌসুমে মিলান উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লিগের ফাইনালে লিভারপুলের মুখোমুখি হয়। খেলা শুরু হওয়ার পরপরই ৫১ সেকেন্ডের মাথায় মালদিনি গোল করেন। এটি চ্যাম্পিয়ন্স লিগের ফাইনালের ইতিহাসে সবচেয়ে দ্রুততম গোল। প্রথমার্ধ শেষে এসি মিলান ৩-০ গোলে এগিয়ে ছিল। কিন্তু, দ্বিতীয়ার্ধে লিভারপুল ৩ গোল করে ম্যাচে দারুণভাবে ফিরে আসে। শেষ পর্যন্ত মিলান টাইব্রেকারে লিভারপুলের কাছে হেরে যায়। ঐ পরাজয়কে মালদিনি তার ক্যারিয়ারের সবচেয়ে বাজে মূহুর্ত বলে মনে করেন।

২০০৬-০৭ মৌসুমে এসি মিলান আবারও উয়েফা চ্যাম্পিয়নস লিগ জেতে। ফাইনালে লিভারপুলকে হারিয়ে মিলান ২০০৪-০৫ মৌসুমের পরাজয়ের বদলা নেয়।
এটি ছিল মিলানের হয়ে মালদিনির পঞ্চম চ্যাম্পিয়নস লিগ শিরোপা। ঐ মৌসুমে মালদিনি টুর্নামেন্টের সেরা ডিফেন্ডারের পুরস্কার জেতেন। ঐ পুরস্কারটি ১৯৯৯ থেকে ২০১০ সাল পর্যন্ত চালু ছিল।

২০০৮-০৯ মৌসুম শেষে মালদিনি ফুটবল থেকে অবসর নিয়ে নেন। অবসরের পর এসি মিলান ক্লাব কর্তৃপক্ষ তিন নম্বর জার্সিটি তার ছেলে ব্যতিত আর কোনো খেলোয়াড়কে না দেবার সিদ্ধান্ত নেয়।
মালদিনি এসি মিলানের হয়ে সব প্রতিযোগিতা মিলিয়ে ৯০২ ম্যাচ খেলেছেন। এটিই এসি মিলানের হয়ে সবচেয়ে বেশি ম্যাচ খেলার রেকর্ড।

আন্তর্জাতিক ক্যারিয়ার
ব্যক্তিগত
দলীয়
ক্লাব ক্যারিয়ার