২০১০ সালের ১৬ই ডিসেম্বর থেকে তিনি কারাগারে রয়েছেন। প্রাথমিকভাবে তাকে বিএনপির ডাকা হরতালে গাড়ি ও এর মালিককে পোড়ানোর মামলায় জিজ্ঞাসাবাদ করা হয়। পরবর্তিতে তাকে যুদ্ধাপরাধের মামলায় গ্রেফতার দেখানো হয়। ২০১২ সালের ৪ঠা এপ্রিল বাংলাদেশের আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল সালাউদ্দিন কাদের চৌধুরীর বিরুদ্ধে ১৯৭১ সালে মানবতাবিরোধী অপরাধের ২৩টি অভিযোগ গঠন করে।

তার বিরুদ্ধে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনাল কর্তৃক আনীত অভিযোগগুলোর মধ্যে কিছু হলঃ

দন্ড
শিক্ষাজীবন
মানবতাবিরোধী অপরাধ
রাজনৈতিক জীবন