২০০৯ সালের ৩০শে এপ্রিল, মার্কিন সরকার বিবৃত করে, আল-জাওয়াহিরি আল কায়েদার আক্রমণ এবং সেনাবিভাগের কমান্ডার হিসেবে নিযুক্ত হয়েছেন। এবং ওসামা বিন লাদেন তখন থেকে শুধুমাত্র দলটির ভাবাদর্শগত নেতা হিসেবে বিবেচিত হন। যাইহোক, ২০১১ সালে ওসামা বিন লাদেনের মৃত্যুর পর একজন মার্কিন গোয়েন্দা কর্মকর্তা যিনি বিন লাদেনকে হামলার পরিকল্পনায় প্রগাঢ়ভাবে জড়িত ছিলেন, তিনি উদ্ধৃত করেন: ‘‘অ্যাবোটাবাদের এই গৃহটি (যেখানে বিন লাদেন নিহত হন) আল কায়েদা প্রধানের শাসন এবং নিয়ন্ত্রণের কেন্দ্র হিসেবে সক্রিয় ছিল। তিনি আল কায়েদার অভিযানের ব্যাপারে যুদ্ধকৌশলগত সিদ্ধান্ত এবং পরিকল্পনাগ্রহণে সক্রিয় ছিলেন।’’

বিন লাদেনের মৃত্যুর পর সাবেক মার্কিন (সন্ত্রাসবাদ মোকাবেলাবিষয়ক) জাতীয় নিরাপত্তা উপদেষ্টা সহকারী জুয়ান জ্যারাটে বলেন, "পরিষ্কারভাবে অনুমান করা যায়, আল কায়েদার নেতৃত্ব আল-জাওয়াহিরিই দিবেন।" তবে, একজন জ্যেষ্ঠ মার্কিন কেন্দ্রীয় মুখপাত্র বলেছিলেন, যদিও আল-জাওয়াহিরির ব্যাপারে ধারণা করা যায় যে, তিনিই পরবর্তী আল কায়েদা প্রধান হবেন। কিন্তু তার নেতৃত্ব বৈশ্বিক আল কায়েদার বহু অনুসারী কর্তৃক গৃহীত হয়নি, বিশেষতঃ উপসাগরীয় এলাকায়। জ্যারাটে আরো বলেন, বিন লাদেন থেকে আল-জাওয়াহিরি অধিক বিতর্কিত এবং কম দক্ষতাসম্পন্ন ছিলেন। আল কায়েদা আরব উপদ্বীপ শাখার নেতৃস্থানীয় সদস্য রাশেদ মুহাম্মাদ ইসমাইল (ওরফে "আবুল ফিদা") বিবৃত করেন যে, আমির হবার জন্য আল-জাওয়াহিরি সবচেয়ে যোগ্য।

পাকিস্তানি সাংবাদিক হামিদ মীর প্রতিবেদন করেছেন, তিনি বিশ্বাস করেন যে, আয়মান আল-জাওয়াহিরি আল কায়েদার আরম্ভকালে অভিযান বিষয়ক প্রধান ছিলেন। এছাড়া তিনি উল্লেখ করেন, "তিনিই এমন ব্যক্তি যিনি এগারো সেপ্টেম্বরে যা ঘটেছিল সে ব্যাপারে চিন্তা করতে পারেন।" আক্রমণের কয়েকদিনের মধ্যেই জাওয়াহিরির নাম বিন লাদেনের প্রধান সহকারী সেনাধ্যক্ষ হিসেবে তালিকায় যুক্ত করা হয়। তালিকার প্রতিবেদনে তাকে বিন লাদেনের চেয়ে দুর্বল একজন শত্রু হিসেবে উল্লেখ করা হয়।

সুদান
পরিবার
আল কায়েদার প্রধান কমান্ডার হিসেবে উত্থান
প্রাথমিক জীবন