১৫২২ খ্রিষ্টাব্দে বাবুর কান্দাহারকে একটি অবরোধের পরে টেনে নিয়ে যায় এবং এটি সংযুক্ত করে। এরপরে শাহ বেগ আরঘুন বুক্কুরকে (নিম্ন সিন্ধু) তার প্রাতিষ্ঠানিক রাজধানী করেন। তিনি ১৫২৪ সালে মারা যান এবং তাঁর পুত্র শাহ হুসেন তাঁর স্থলাভিষিক্ত হন। শাহ হুসেন বাবরের নামে খুতবা পড়ে মুলতান আক্রমণ করেছিলেন। লংঘা দ্বারা শাসিত মুলতান ১৫২৮ সালে একটি দীর্ঘ অবরোধের পরে পতন হয় এবং শাহ হুসেন নগরের গভর্নর নিযুক্ত হন। শাহ হোসেইন থট্টার উদ্দেশ্যে মুলতান ত্যাগের কিছুক্ষণ পরেই, রাজ্যপালকে শহর থেকে বের করে দেওয়া হয়। বিদ্রোহীরা একটি সময়ের জন্য মুলতানকে স্বাধীনভাবে শাসন করত, কিন্তু শীঘ্রই এটি মুঘল সাম্রাজ্যের কাছে জমা দেয়, যা ১৫২৬ সালে দিল্লির দখলের পরে বাবর দ্বারা প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল।

১৫৪০ সালে শাহ হুসেনকে বাবরের উত্তরসূরী হুমায়ুনের আগমন মোকাবেলা করতে হয়েছিল, যিনি শের শাহ সুরি দ্বারা মধ্যযুগীয় ভারত থেকে বহিষ্কার হয়েছিলেন। হুমায়ূন শাহ হুসেনকে শেরশাহ সুরির বিরুদ্ধে লড়াইয়ে সহায়তা করার জন্য অনুরোধ করেছিলেন, কিন্তু তাকে তা করাতে রাজি করতে পারেননি। এর কিছু পরে হুমায়ূন পরে শাহ হুসেনের কাছ থেকে সিন্ধু জয় করার চেষ্টা করেছিলেন, কিন্তু পরবর্তীকালে তারা অচলাবস্থায় জোর করতে সক্ষম হয়। মোগল সম্রাট অবশেষে সিন্ধ ত্যাগ করতে রাজি হন এবং ১৫৩৩ সালে কান্দাহারে যাত্রা শুরু করেন।

শাহ হুসেন তাঁর জীবনের শেষের দিকে এগিয়ে যাওয়ার সাথে সাথে শাসনের পক্ষে ক্রমশ অক্ষম হয়ে পড়েন। এ কারণেই, সিন্ধের অভিজাতরা মির্জা মুহাম্মদ 'ইসা তর্খনকে, যিনি ১৫৫৪ সালে আরঘুনদের সিনিয়র শাখার সদস্য ছিলেন, তাদের শাসক হিসাবে নির্বাচিত করার সিদ্ধান্ত নিয়েছিলেন। শাহ হুসেনকে একপাশে রাখা হয় এবং ১৫৫৬ সালে নিঃসন্তান অবস্থায় মারা যান।

আরঘুন শাখা
তারখান শাখা
সিন্ধুর আরঘুন রাজবংশ
কান্দাহারের গভর্নর আরঘুন