কায়রো শহর জওহর আল-সিকিলি প্রতিষ্ঠা করেছিলেন। তিনি ছিলেন সিসিলি থেকে আগত গ্রিক বংশোদ্ভূত ফাতেমীয় সেনাপতি। তিনি ফাতেমীয় খিলাফতের পূর্ববর্তী রাজধানীর নামানুসারে এর নাম দিয়েছিলেন "আল-মানসুরিয়া"। ৯৭২ খ্রিষ্টাব্দে প্রথম এই মসজিদ ব্যবহৃত হয়। একে তখনকার সাধারণ রীতি হিসেবে তখন "জামি আল-মানসুরিয়া" (, "মানসুরিয়ার মসজিদ") বলা হত। খলিফা আল-মুইজ লিদিনাল্লাহ শহরের নাম বদলে "আল-কাহিরা" () রাখেন যার অর্থ বিজয়ী। এরপর মসজিদের নাম "জামি আল-কাহিরা" (, "কায়রোর মসজিদ") হয়।

মসজিদের বর্তমান নামটি খলিফা আল-মুইজ থেকে মিশরের দ্বিতীয় ফাতেমীয় খলিফা আল-আজিজ বিল্লাহর সময় প্রদান করা হয়েছে। "আজহার" শব্দটি "জাহরা" শব্দের পুংলিঙ্গ। "জাহরা" ছিল মুহাম্মদ (সা) এর কন্যা ও চতুর্থ খলিফা আলি ইবনে আবি তালিবের স্ত্রী ফাতিমার সম্মানসূচক উপাধি। ফাতেমীয় খলিফারা নিজেদেরকে ফাতিমার বংশধর দাবি করতেন। একটি তত্ত্ব অনুযায়ী আল-আজহার নামটি তার সম্মানসূচক নাম থেকে এসেছে। তবে এই তত্ত্বটি কোনো আরব সূত্র কর্তৃক সমর্থিত নয় এবং পরবর্তী পাশ্চাত্য সূত্রগুলো এ ব্যাপারে সত্য-মিথ্যা উভয়ে মত প্রকাশ করেছে।

আরেকটি তত্ত্ব অনুযায়ী ফাতেমীয় খলিফাদের প্রাসাদের নামানুসারে মসজিদের নামকরণ হয়েছে। মসজিদের নিকটে অবস্থিত অবস্থিত প্রাসাদসমূহকে সম্মিলিতভাবে "আল-কুসুর আল-জাহিরা" () বলা হত। রাজকীয় বাগানের নামও "জাহরা" থেকে উদ্ভূত আরেকটি নামে নামকরণ করা হয়েছে। মসজিদের নাম "জামি আল-কাহিরা" থেকে "আল-আজহার" হওয়ার পূর্বে প্রাসাদসমূহের নির্মাণ ও নামকরণ সম্পন্ন হয়।

"জামি" শব্দটি আরবি ধাতু "জামাআ" থেকে উদ্ভূত যার অর্থ সমবেত হওয়া। জামাতের সাথে নামাজ পড়া হয় এমন মসজিদের ক্ষেত্রে এই শব্দ ব্যবহার হয়। ধ্রুপদি আরবিতে "জামি আল-আজহার" বলা হলেও মিশরীয় আরবিতে একে গামা হিসেবে পরিবর্তিত হয়েছে।

স্থাপত্য
নাম
বর্তমান কাঠামো
ফাতেমীয়দের অধীনে কাঠামোগত পরিবর্তন