এই মৌসুমে আতলেতিকো মাদ্রিদে যোগ দেন উরুগুয়ের স্ট্রাইকার দিয়েগো ফরলান। ফলে দলের আক্রমনভাগ সজ্জিত হয় আগুয়েরো এবং ফরলানকে নিয়ে। ২০০৮–০৯ মৌসুমেও আগুয়েরো নিজেকে দলের নিয়মিত গোলদাতা হিসেবে পরিচয় করিয়ে দেন। ২০০৮ সালের ১৬ সেপ্টেম্বর, তিনি চ্যাম্পিয়নস লিগে পিএসভি এর বিপক্ষে তার প্রথম গোল করেন। খেলায় আতলেতিকো মাদ্রিদ ৩–০ ব্যবধানে জয় লাভ করে এবং দ্বিতীয় পর্বে নিজেদের স্থান নিশ্চিত করে।

২০০৯ সালের মার্চে, বার্সেলোনার বিপক্ষে আগুয়েরো এবং ফরলান উভয়েই জোড়া গোল করেন। খেলায় আতলেতিকো মাদ্রিদ ৪–৩ ব্যবধানে জয় লাভ করে। মৌসুমে লা লিগায় তিনি ১৭ গোল করেন এবং পিচিচি ট্রফির দশজন দাবিদারের মধ্যে তিনিও ছিলেন, যা তার ক্লাব সতীর্থ ফরলান জেতেন। লা লিগায় চতুর্থ স্থানে থেকে মৌসুম শেষ করে আতলেতিকো মাদ্রিদ।

ম্যানচেস্টার সিটি
ক্লাব ক্যারিয়ার
২০০৭–০৮ মৌসুম
২০০৮–০৯ মৌসুম