"আস্ত্রোনোমিয়া নোভা" প্রকাশের পর থেকেই কেপলার জ্যোতির্বিজ্ঞানের উপর একটি পাঠ্যপুস্তক রচনা করতে চাইছিলেন। ১৬১৫ সালে "এপিতোমে আস্ত্রোনোমিয়াই কোপেরনিকানাই"-এর ("Epitome of Copernican Astronomy") তিনটি খণ্ডের প্রথমটি রচনা শেষ করেন যা ১৬১৭ সালে প্রকাশিত হয়। দ্বিতীয় খণ্ড ১৬২০ এবং তৃতীয় ও শেষ খণ্ড ১৬২১ সালে প্রকাশিত হয়। শিরোনাম পড়লে মনে হয় এ বুঝি কেবলই কোপের্নিকুসের সৌরকেন্দ্রিক মতবাদের উপর ভিত্তি করে, কিন্তু আসলে এতে তিনি নিজের উপবৃত্ত-ভিত্তিক ব্যবস্থা পুরোপুরি বর্ণনা করেছিলেন। এপিতোমে কেপলারের সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ রচনা হিসেবে স্বীকৃত হয়। গ্রহীয় গতির তিনটি সূত্রই এতে স্থান পায় এবং প্রকাশিত হয় ভৌত কার্যকারণের মাধ্যমে স্বর্গীয় (সে সময়কার বিশ্বাস অনুসারে) বস্তুসমূহের গতিবিধির ব্যাখ্যা। আস্ত্রোনোমিয়া নোভাতে গ্রহীয় গতির সূত্র কেবল মঙ্গল গ্রহের ক্ষেত্রে প্রয়োগ করা হয়েছিল। কিন্তু এই গ্রন্থে সবগুলো গ্রহ, উপগ্রহ এবং গালিলেও কর্তৃক আবিষ্কৃত বৃহস্পতি গ্রহের চারটি উপগ্রহের ক্ষেত্রেও এটি প্রয়োগ করেন। অবশ্য পর্যবেক্ষণের উপাত্ত থেকে কিভাবে উপবৃত্তাকার কক্ষপথ প্রতিপাদন করা যায় সে নিয়ে কিছু লিখেননি।

"রুডলফীয় তালিকা" এবং তার সাথে সংশ্লিষ্ট এফিমেরিস নিয়ে কাজ করতে গিয়ে কেপলার একটি নতুন জ্যোতিষতাত্ত্বিক বর্ষপঞ্জি প্রকাশ করে ফেলেন যা বিপুল জনপ্রিয়তা অর্জন করে। এখান থেকে পাওয়া অর্থই তার পরবর্তী কাজের ব্যয় বহনে কাজে লেগেছিল, বিশেষ করে যখন রাজকোষ থেকে অর্থ সংস্থান বন্ধ হয়ে যায়। ১৬১৭ থেকে ১৬২৪ সালের মধ্যে প্রকাশিত মোট ৬টি বর্ষপঞ্জিতে তিনি গ্রহের অবস্থান, আবহাওয়া এবং এমনকি রাজনৈতিক ঘটনারও ভবিষ্যদ্বাণী করেন। রাজনৈতিক ভবিষ্যদ্বাণীর অনেকগুলোই চতুরভাবে মিলে গিয়েছিল কারণ সমকালীন রাজনৈতিক ও ধর্মীয় অবস্থা সম্পর্কে তিনি খুব ভাল জ্ঞান রাখতেন এবং সে অনুযায়ী ভবিষ্যৎ কি হবে তা অণুমান করা কঠিন ছিল না। কিন্তু ১৬২৪ সালে যখন রাজনৈতিক অস্থিতিশীলতা কমে যায় এবং ভবিষ্যদ্বাণীর অনেকগুলোই মিথ্যা প্রমাণিত হতে থাকে তখন তিনি নিজেই বিপদে পড়েন। তার শেষ বর্ষপঞ্জি গ্রাৎসে জনসমক্ষে পোড়ানো হয়েছিল।
১৬১৫ সালে উরসুলা রাইনগোল্ড, যার সাথে কেপলারের ভাই ক্রিস্টোফের আর্থিক দ্বন্দ্ব্ব চলছিল, আদালতে অভিযোগ করেন যে কেপলারের মা কাথারিনা অশুভ চোলাইকৃত মদ খাইয়ে তাকে অসুস্থ করে দিয়েছে। এ নিয়ে বিতর্কের জন্ম হয় এবং ১৬১৭ সালে কাথারিনাকে ডাকিনীবিদ্যা চর্চার অভিযোগে অভিযুক্ত করা হয়। সে সময় মধ্য ইউরোপে ডাকিনীদের বিচার হওয়া খুব স্বাভাবিক ঘটনা ছিল। ১৬২০ সালের আগস্টে কাথারিনাকে ১৪ মাসের জন্য আটক করা হয়, মুক্তি পান ১৬২১ সালের অক্টোবরে। কেপলারের উপযুক্ত আইনি প্রতিরোধের কারণেই এই মুক্তি সম্ভব হয়েছিল। অভিযোক্তাদের হাতে সুদৃঢ় কোন প্রমাণ ছিল না, ছিল কেবল কিছু কানকথা এবং কেপলারের "সোমনিয়ুম" বইয়ের একটি বিকৃত পুরাতন সংস্করণ যাতে লেখা ছিল কিভাবে ঐন্দ্রজালিক ঔষধ মিশ্রিত করে এবং একটি শয়তানের সাহায্য নেয়। অবশ্য "তেরিশিও ভের্বালিস" (ডাকিনী হওয়ার কারণে তার আসন্ন শাস্তির সচিত্র বর্ণনা) এর কাথারিনার কাছ থেকে স্বীকারোক্তি আদায়ের সর্বশেষ চেষ্টা করা হয়েছিল। বিচার চলাকালে কেপলার তার অন্য সব গবেষণা বাদ দিয়ে কেবল "ঐকতান তত্ত্ব" নির্মাণে মনোনিবেশ করেন। ফলাফল ১৬১৯ সালে বই হিসেবে প্রকাশিত হয় যার নাম "হারমোনিকেস মুন্ডি" (Harmony of the World)।

প্রাগ (১৬০০–১৬১২)
"এপিতোমে আস্ত্রোনোমিয়াই কোপেরনিকানাই", বর্ষপঞ্জি ও মা-র বিচার
"আস্ত্রোনোমিয়া নোভা"
দ্বিতীয় বিয়ে