কংগ্রেসের তুলনায় প্রতিরক্ষা নীতি ও সন্ত্রাসবাদের বিরুদ্ধে বিজেপির অবস্থান অধিকতর আগ্রাসী ও প্রকৃতিগতভাবে জাতীয়তাবাদী। এনডিএ সরকার পারমাণবিক অস্ত্র পরীক্ষা করেছিল এবং প্রিভেনশন অফ টেররিজম অ্যাক্ট পাস করেছিল। এই দুটি পদক্ষেপই বহুল সমালোচিত হয়। এনডিএ সরকার কারগিলে অনুপ্রবেশকারীদের বিরুদ্ধে সেনা মোতায়েন করে এবং রাষ্ট্রসংঘের ওয়ার অন টেররিজম নীতি সমর্থন করে।

আগের কংগ্রেস সরকারও পারমাণবিক অস্ত্র পরীক্ষা করার যোগ্যতা অর্জন করলেও, বাজপেয়ী সরকারই প্রথম ভারতের ঐতিহাসিক পারমাণবিক অস্ত্র এড়িয়ে চলার নীতি থেকে সরে এসে ১৯৯৮ সালে পোখরান-২ পারমাণবিক পরীক্ষা কার্যকর করে। পাকিস্তান মধ্যম রেঞ্জের একটি ব্যালিস্টিক ক্ষেপণাস্ত্র পরীক্ষা করার পরই এই পরীক্ষা করা হয়। এই পরীক্ষাকে বিশ্বকে ভারতের সামরিক ক্ষমতা প্রদর্শনের এবং বিজেপির মধ্যে পাকিস্তান-বিরোধী ভাবধারার প্রদর্শন হিসেবে ধরা হয়।

বাজপেয়ী সরকার ভারতীয় সামরিক বাহিনীকে আদেশ করেছিল কাশ্মীর অঞ্চল থেকে পাকিস্তানি সেনাদের বিতাড়িত করার জন্য। এই ঘটনা পরে কারগিল যুদ্ধ নামে পরিচিত হয়। যদিও পাকিস্তানি অনুপ্রবেশের আগাম খবর না পাওয়ার জন্য এই সরকারের গোয়েন্দা বিভাগ সমালোচিতও হয়েছিল। তবে কারগিল যুদ্ধে ভারতীয় সামরিক বাহিনী সফলভাবে পাকিস্তানি সেনাবাহিনীকে বিতাড়িত করে। বাজপেয়ী প্রশাসন মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের সন্ত্রাসবাদ বিরোধী যুদ্ধকে সমর্থন করে। সরকার আশা করেছিল কাশ্মীরে সন্ত্রাস ও অনুপ্রবেশের ক্ষেত্রে ভারত সমর্থন আদায় করতে পারবে। এর ফলে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের সঙ্গে ভারতের প্রতিরক্ষা সম্পর্ক দৃঢ় হয় এবং অস্ত্র কেনাবেচায় সমঝোতা হয়।

২০০১ সালে ভারতীয় সংসদে জঙ্গিহানার পর ওই বছর ডিসেম্বর মাসে এনডিএ সরকার প্রিভেনশন অফ টেররিজম অ্যাক্ট পাস করে। সরকারের লক্ষ্য ছিল সন্ত্রাসবাদের বিরুদ্ধে সরকারের অবস্থানকে দৃঢ় করা। প্রথমে রাজ্যসভায় এই বিল পাস করতে না পেরে, এনডিএ একটি নজিরবিহীন পদক্ষেপ নেয়। সরকার সংসদের যুগ্ম অধিবেশন ডাকে। এই অধিবেশনে লোকসভায় সংখ্যাধিক্যের জেরে বিলটি পাস হয়ে যায়। এই আইন বলে অনেককে সন্ত্রাসবাদী অভিযোগে কারারুদ্ধ করা হয়। যদিও বিরোধী দলসমূহ ও গবেষকরা এই আইনটিকে নাগরিক অধিকারের উপর হস্তক্ষেপ আখ্যা দিয়েছিল এবং জাতীয় মানবাধিকার কমিশন বলেছিল যে, এই আইনের মূল লক্ষ্য করা হয়েছে মুসলমানেদের। ২০০৪ সালে কংগ্রেস সরকার এই আইন প্রত্যাহার করে নেয়।
প্রতিষ্ঠা ও প্রথম যুগ
প্রতিরক্ষা ও সন্ত্রাসবাদ
এনডিএ সরকার (১৯৯৮–২০০৪)
২০০২ গুজরাত দাঙ্গা