নিনটেনডোর বিভিন্ন আভ্যন্তরীণ গবেষণা ও উৎকর্ষ দলের সমন্বয়ে নিনটেনডো ইএডি ("Nintendo Entertainment Analysis & Development") শাখাটি জন্ম নিয়েছে, যার প্রারম্ভিককালের কর্ণধার ছিলেন মিয়ামোতো। নিনটেনডো ইএডি প্রায় ১৫ মাসের ভিতর "এফ-জিরো" গেমটি তৈরি করেছিল, যা ছিল সুপার নিনটেনডো এন্টারটেইনমেন্ট সিস্টেম বা এসএনইএস কনসোলের অবমুক্তিকালীন একটি গেম। মিয়ামোতো পরে এসএনইএসের আরও কিছু গেমে কাজ করেছেন, যাদের মধ্যে উল্লেখযোগ্য "স্টার ফক্স"। এই গেমটির জন্য প্রোগ্রামার জেজ স্যান নিনটেনডোকে এসএনইএসের জন্য সুপার এফএক্স চিপ নামে একটি হার্ডওয়্যার আপগ্রেড তৈরিতে সম্মত করেছিলেন, যার মাধ্যমে কনসোলটির ত্রিমাত্রিক গ্রাফিক্স প্রদর্শনের দক্ষতা বৃদ্ধি পায়। এই হার্ডওয়্যার ব্যবহার করে মিয়ামোতো এবং কাৎসুয়া এগুচির ডেভলপ করা "স্টার ফক্স" ছিল অন্যতম একটি প্রারম্ভিক ত্রিমাত্রিক গ্রাফিক্স সম্পন্ন গেম।

মিয়ামোতো এই কনসোলটির জন্য দুটি "মারিও" গেম তৈরি করেছেন। "সুপার মারিও ওয়ার্ল্ড" ছিল এসএনইএসের অবমুক্তিকালীন গেম এবং কনসোলটির সাথে দেয়া থাকতো। এতে "ইয়োশি" নামের একটি ডায়নোসর চরিত্র যোগ করা হয়েছিল, যা পরে নিনটেনডোর আরও অনেক গেমে উপস্থিত হয়েছে। এবং দ্বিতীয় গেমটি হল "সুপার মারিও আরপিজি", যা সিরিজের পূর্ববর্তী গেমগুলো থেকে ভিন্নধর্মী: প্ল্যাটফর্মারের পরিবর্তে কাহিনীনির্ভর রোল-প্লেইং গেম। এই গেমটির জন্য মিয়ামোতোর অধীনে নিনটেনডো এবং স্কয়ার কোং. সমন্বিত একটি দল কাজ করেছে। গেমটির গ্রাফিক্স তৈরিতেই প্রায় এক বছর সময় লেগেছিল।

মিয়ামোতো এসএনইএসের জন্য "জেল্ডা" সিরিজের তৃতীয় গেম "দ্য লেজেন্ড অফ জেল্ডা: এ লিংক টু দ্য পাস্ট" তৈরি করেছেন। এটি প্ল্যাটফর্মার ঘরানা থেকে বের হয়ে সিরিজটির প্রাথমিক রূপে তথা "টপ-ডাউন" ধারায় ফিরে যায়। এই গেমটিতে এমন বেশ কিছু বৈশিষ্ট্য যোগ করা হয়েছিল, যা "জেল্ডা" সিরিজের অত্যাধুনিক গেমগুলো পর্যন্তও উপস্থিত রয়েছে, যেমন একটি বিকল্প বাস্তবতা বা সমান্তরাল জগৎ, "মাস্টার সোর্ড", এবং অন্যান্য অস্ত্র ও উপকরণ।

এসময় সাতোশি তাজিরির পোকেমন সিরিজের প্রথম গেম "পোকেমন রেড" এবং "ব্লু" তৈরিতে মিয়ামোতো পরামর্শকের ভূমিকায় ছিলেন। তিনি গেমটির প্রযোজকও ছিলেন এবং কিছু সামাজিক অনুষঙ্গ যোগ করার অনুপ্রেরণা দিয়েছেন। পোকেমন পরবর্তীতে বিশ্বব্যাপী অন্যতম জনপ্রিয় বিনোদন ফ্র্যাঞ্চাইজে পরিণত হয়েছে, এবং প্রচুর গেম, এনিমে, কমিকস, খেলনা প্রভৃতির জন্ম দিয়েছে।

মিয়ামোতো নিনটেনডো ৬৪ কনসোলের জন্যও প্রধানত তার চলমান সিরিজগুলোরই একাধিক গেম তৈরি করেছেন। মিয়ামোতো ছিলেন কনসোলটির অবমুক্তিকালীন গেম "সুপার মারিও ৬৪" এর প্রধান পরিচালক। গেমটি ডেভলপ করার সময় তিনি চরিত্রের নকশা এবং ভার্চুয়াল ক্যামেরা পদ্ধতি নিয়ে প্রথমে কাজ শুরু করেছিলেন। মিয়ামোতো এবং অন্যান্য ডেভলপাররা প্রথমদিকে নিশ্চিত ছিলেন না যে গেমটির গতিপথ কোন দিকে যাবে, এবং ক্যামেরা ও সজ্জা নির্ধারণ করতেই বেশ কয়েক মাস সময় খরচ করে ফেলেছিলেন। প্রাথমিক নকশাটা ছিল স্থির পথসম্পন্ন আইসোমেট্রিক গঠনের, তবে পরে স্বাধীন চলাচলযোগ্য ত্রিমাত্রিক নকশা চূড়ান্ত বাছাই করা হয়। নিনটেনডো ৬৪ কন্ট্রোলারেরও নকশাতেও মিয়ামোতোর গুরুতর অবদান আছে।
"সুপার মারিও ৬৪" এবং "স্টার ফক্স ৬৪" এর অভিজ্ঞতা কাজে লাগিয়ে মিয়ামোতো তৈরি করেন তার পরবর্তী গেম, ""। তিনি গেমটির পরিচালক দলের প্রধান ছিলেন। গেমটিতে "সুপার মারিও ৬৪" এর ইঞ্জিনই ব্যবহৃত হয়েছে, তবে এতটা পরিবর্তনকৃত যে বস্তুত সম্পূর্ণ ভিন্ন একটি ইঞ্জিনে পরিণত হয়েছিল। নিনটেনডো ইএডি-এর একটি নতুন কৌশল হিসেবে "অকারিনা অফ টাইম"-এর বিভিন্ন অংশ বিভিন্ন পরিচালকের নিয়ন্ত্রিত ছিল। তবে এভাবে ডেভলপমেন্টের গতি কমে গেলে পরে মিয়ামোতো কেন্দ্রীয় পরিচালকের ভূমিকা নেন (দোভাষী অনুবাদক বিল ট্রিনেনের সহায়তায়)। গেমের ডেভলপমেন্ট দলটি ত্রিমাত্রিক গেমে অনভিজ্ঞ ছিল, তবে সহপরিচালক মাকোতো মিয়ানাগার ভাষায়, তাদের মধ্যে ছিল নতুন এবং অনন্য কিছু তৈরির প্রচণ্ড উদ্দীপনা। মিয়ামোতো "অকারিনা অফ টাইম" এর পরে "" নামে জেল্ডা সিরিজের আরেকটি গেম তৈরি করেন। পূর্ববর্তী গেমটির ইঞ্জিন এবং গ্রাফিক্স উপকরণ পুনর্ব্যবহার করে অপেক্ষকৃত ছোট একটি দল মাত্র ১৮ মাসেই "মেজোরা'স মাস্ক" সম্পন্ন করে ফেলে।

মিয়ামোতো এন৬৪ এর জন্য "মারিও" সিরিজের বেশ কিছু সহবর্তী গেমও তৈরি করেছেন, যেমন "মারিও কার্ট ৬৪" এবং "মারিও পার্টি"।

২০০০–২০১১: গেমকিউব, উয়ি, এবং ডিএস
১৯৯০–২০০০: সুপার নিনটেনডো, নিনটেনডো ৬৪, "সুপার মারিও ৬৪", এবং "অকারিনা অফ টাইম"
বাণিজ্যিক গ্রহণযোগ্যতা
ডেভলপমেন্টগত নীতি