১৬২৩ সালে কেপলার অবশেষে রুডলফীয় তালিকা সম্পূর্ণ করেন, যাকে সে সময় তার সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ কাজ ভাবা হয়েছিল। অবশ্য সম্রাটের সাথে প্রকাশনা বিষয়ক বোঝাপড়া এবং ট্যুকো ব্রাহের উত্তরাধিকারীদের সাথে লেনদেনের বিষয় ছিল বলে মুদ্রিত হতে হতে ১৬২৭ সাল হয়ে যায়। এর মধ্যে ধর্মীয় অসহিষ্ণুতা ও বিশৃঙ্খলা, যা ছিল চলমান ত্রিশ বছরের যুদ্ধের প্রধাণ কারণ, আবারও কেপলার ও তার পরিবারকে বিপাকে ফেলে দেয়। ১৬২৫ সালে ক্যাথলিক কাউন্টার-রিফর্মেশনের এজেন্টরা কেপলারের গ্রন্থাগার তালাবদ্ধ করে রাখে, ১৬২৬ সালে লিনৎস শহর অবরোধ করা হয়। অগত্যা তিনি উলম শহরে চলে যান এবং সেখানে নিজ খরচায় তালিকাটি প্রকাশের ব্যবস্থা করেন।

১৬২৮ সালে জেনারেল ভালেনস্টাইনের অধীনে পরিচালিত পুণ্য রোমান সম্রাট ফের্ডিনান্ডের সেনাবাহিনী জয়লাভ করায় অবস্থা কেপলারের অণুকূলে আসে এবং তিনি ভালেনস্টাইনের উপদেষ্টা মনোনীত হন। জেনারেলের সরাসরি রাজ-জ্যোতিষী না হলেও কেপলার রাজ-জ্যোতিষীদের জন্য জ্যোতির্বৈজ্ঞানিক হিসাব-নিকাশ করে দিতেন এবং মাঝেমধ্যে রাশিচক্রও লিখতেন। শেষ বছরগুলোতে তিনি প্রচুর ভ্রমণ করেন, প্রাগের রাজদরবার থেকে লিনৎস এবং উলম, সেখান থেকে সাগানের একটি সাময়িক বাড়িতে এবং সবশেষে রেগেন্সবুর্গে। রেগেন্সবুর্গে আসার পরপরই অসুস্থ হয়ে পড়েন। ১৬৩০ সালের ১৫ই নভেম্বর মৃত্যুবরণ করেন, তাকে রেগেন্সবুর্গেই সমাধিস্থ করা হয়। সুয়েডীয় সেনাবাহিনী গির্জার প্রাঙ্গণ ধ্বংস করে দেয়া তার কবরটি হারিয়ে গিয়েছিল। কেবল কেপলারের নিজের লেখা সমাধিলিপিটিই রক্ষিত আছে:

ট্যুকো ব্রাহের সাথে
"দিয়োপোত্রিকে", "সোমনিয়ুম" ও অন্যান্য পাণ্ডুলিপি
ব্যক্তিগত ও রাজনৈতিক দুর্ভোগ
"রুডলফীয় তালিকা" এবং শেষ বছরগুলো