সামশুল আলম হত্যার অব্যবহতি পরে কলকাতা হাইকোর্টে একটি মামলা দায়ের হয়। এটি ইতিহাসে হাওড়া-শিবপুর ষড়যন্ত্র মামলা বলে পরিচিত। এই মামলায় ডি.এস.পি সামশুল আলম খুনের সঙ্গে জড়িত থাকার অভিযোগে বাঘা যতীন সহ ৪৭ জনকে গ্রেফতার করা হয়। কিন্তু সেই অভিযোগের সত্যতা প্রমাণ করা সরকারের পক্ষে প্রায় অসম্ভব ছিল। কারণ আলমের হত্যাকারী বীরেন্দ্র পুলিশের একটি প্রশ্নেরও উত্তর দেননি। এই পরিস্থিতিতে সরকার একটি জঘন্য চক্রান্তের পরিকল্পনা করে। বীরেন্দ্রর হাতে তুলে দেওয়া হয় ওদেরই বিপ্লবীদলের এক গোপন ইস্তাহারের অনুরূপ একটি কাগজ, যেটি আদতেও সেই বিপ্লবীদলের নয়। সেই কাগজে যতীন্দ্রনাথ 'স্বাক্ষরিত' (বলাই বাহুল্য স্বাক্ষরটি অনুকৃত) একটি নিবন্ধে সামশুল হত্যাকান্ডের ঘটনাটিকে পুলিশের পূর্বপরিকল্পিত বলে দাবি করা হয়। বলা হয় যে সামশুল আলম কে বীরেন্দ্রনাথ দত্তগুপ্ত হত্যা করেননি। হত্যা করেছেন সতীশ সরকার নামে একজন। একই সঙ্গে ওই নিবন্ধে বীরেন্দ্রকে পুলিশের চর হিসেবে উল্লেখ করা হয়। বীরেন্দ্রনাথ পুলিশের এই চক্রান্তের বিন্দুবিসর্গ অনুমান করতে পারেননি। তার ধারণা হয়েছিল যতীন্দ্রনাথ মিথ্যাচার করে তাকে স্বদেশবাসীর কাছে বিশ্বাসঘাতক প্রতিপন্ন করেছেন। এই কলঙ্কমোচনের জন্য বীরেন্দ্র মরিয়া হয়ে ওঠেন এবং ফাঁসির আগের দিন (২০শে ফেব্রুয়ারি, ১৯১০) তিনি তার স্বীকারোক্তিতে জানান যে তিনিই যতীন্দ্রনাথের নির্দেশে সামশুলকে হত্যা করেছেন। বীরেন্দ্রর এই স্বীকারোক্তিতে যতীন্দ্রনাথ সহ আরো অনেক বিপ্লবী এক গভীর সমস্যার সম্মুখীন হন। ১৯১০ সালের ২১শে ফেব্রুয়ারি অধুনা আলিপুর প্রেসিডেন্সি জেলে বীরেন্দ্রনাথ দত্তগুপ্তের ফাঁসি হয়। 

সামশুল আলম হত্যার পটভূমি
এক জঘন্য ষড়যন্ত্র এবং বীরেন্দ্রনাথের স্বীকারোক্তি
প্রথম জীবন
সামশুল হত্যা এবং বীরেন্দ্রনাথের বিচার