গবেষকদের ব্যবহারের জন্য প্রাচীন ও দুর্লভ আরবি, ফার্সি, সংস্কৃত, পালি ও বাংলা পান্ডুলিপি; দুষ্প্রাপ্য ছাপানো বই, পুস্তিকা, প্রচারপত্র, পোস্টার, প্রকাশনা, সাময়িকী, পত্রিকা, সংবাদপত্রের কর্তনী, আরবি ও ফারসি নথি, এবং অন্যান্য সংরক্ষণ উপকরণে চট্টগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয় জাদুঘর সংরক্ষণাগার সমৃদ্ধ। এছাড়াও গবেষকদের ব্যবহারের সুবিধার জন্য এ সমস্ত পান্ডুলিপির বর্ণনামূলক পঞ্জি রয়েছে। সংরক্ষণাগারে আরো রয়েছে বাংলাদেশের হবিগঞ্জের একটি বেসরকারি জাদুঘর থেকে সংগৃহীত "আহোরণী" নামে একটি প্রাচীন মুদ্রিত বই। বইটি ১৯৭৫ সালে সংগ্রহ করা হয়েছির। 
মরিচ পাতায় এবং পুরোনো কাগজে লিখিত প্রাচীন পালি ও সংস্কৃত পান্ডুলিপির ৯৮টি টুকরা, যা এখনো উক্ত বিষয়ে দক্ষতার অভাবে অনূদিত হয় নি। সংরক্ষণাগারে দুর্লভ বই, পত্রিকা এবং দুষ্প্রাপ্য মানচিত্রাবলীর সংগ্রহ রয়েছে; যার মধ্যে জেমস রেনেলের "হিন্দুস্থান বা মুঘল সাম্রাজ্য এবং তার বেঙ্গল মানচিত্র" () উল্লেখযোগ্য।

চট্টগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয় জাদুঘরের অন্যান্য সংগ্রহের সঙ্গে এই সকল নথির বিভিন্ন প্রদর্শনীর আয়োজন পণ্ডিত, শিক্ষক, শিক্ষার্থী, এবং সাধারণ দর্শকদের মনোযোগ আকর্ষণ করার বিষয়। এছাড়াও ১৯৯৬ সালে, বাংলাদেশের স্বাধীনতার রজতজয়ন্তী উদযাপন অনুষ্ঠানে "মুক্তি যুদ্ধের দলিল পত্রের বিশেষ প্রদর্শনী" শিরোনামে এক বিশেষ প্রদর্শনীতে উক্ত নথি তালিকা ধারণকারী একটি ছোট পুস্তিকা প্রকাশ করা হয়।

চট্টগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয় জাদুঘর সংরক্ষণাগার কয়েকটি ভাগে বিভক্ত করা হয়েছে, যার মধ্যে অন্যতম:

ইসলামিক শিল্পকলা গ্যালারি
চট্টগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয় জাদুঘর সংরক্ষণাগার
প্রাগৈতিহাসিক ও প্রত্নতাত্ত্বিক গ্যালারি
লোকশিল্প গ্যালারি