বিজ্ঞান ও ধর্ম যখন একে অপরের থেকে অনেকটাই স্বাধীনতা লাভ করেছে, তখনই মূলত এই সমস্যার আবির্ভাব।১৮৭৪ সালে প্রভাবশালী বিজ্ঞান-ঐতিহাসিক জন উইলিয়াম ড্রেপার “হিস্ট্রি অব কনফ্লিক্ট বিটুইন রিলিজয়ন এন্ড সায়েন্স” গ্রন্থটি প্রকাশ করেন। গ্রন্থটিতে তিনি বিজ্ঞানের অগ্রগতির পুরো ইতিহাসকে ধর্মের বিরুদ্ধে যুদ্ধ হিসেবে চিত্রায়িত করেন। এই দৃষ্টিভঙ্গীকে পরে এন্ড্রু ডিকসন হোয়াইটের মত প্রভাবশালী পন্ডিতরা তার A History of the Warfare of Science with Theology in Christendom(online) প্রবন্ধে বিস্তার করেন।

ড্রেপার এবং হোয়াইটের মাধ্যমে বিজ্ঞানের ইতিহাস সম্পর্কিত অনেক অতিকথা জনপ্রিয় হয়েছে। এরকম কিছু অতিকথা হল কোপারনিকাস তার De revolutionibus orbium coelestium গ্রন্থের প্রকাশনা গীর্জার নির্যাতনের ভয়ে বাতিল করেছিলেন এবং মধ্যযুগের খ্রীষ্টানরা সমতল পৃথিবীতে বিশ্বাস করত। কোপারনিকাস কি দার্শনিক অথবা বৈজ্ঞানিক বিরোধিতা নিয়ে উদ্বিগ্ন ছিলেন নাকি তিনি আসলেই ধর্মীয় প্রতিক্রিয়ার আশঙ্কা করেছিলেন, এ নিয়ে বিশেষজ্ঞদের মধ্যে মতবিরোধ রয়েছে।

ইতিহাস বলে বিজ্ঞান এবং ধর্মের সম্পর্ক আরও জটিল। কিছু বিজ্ঞানী ধার্মিক ছিলেন এবং ধর্ম প্রায়ই বৈজ্ঞানিক অনুসন্ধানের মূল চালিকাশক্তি এবং বিনিয়োগকারী হিসেবে আবির্ভূত হত। তবে ঊন-বিংশ শতাব্দীর শেষের দিকে মানুষ ক্রমেই বিজ্ঞান ও ধর্মকে পরস্পরবিরোধি হিসেবে দেখা শুরু করল। বিবর্তন নিয়ে ডারউইনের কাজের উপর বিতর্ক মানুষের চিন্তাভাবনার এই পরিবর্তনে সহায়ক ছিল। ডারউইনের "প্রজাতির উৎপত্তি" গ্রন্থের প্রকাশনার আগে থেকেই ধর্ম ও বিজ্ঞান নিয়ে অস্থিরতা বিদ্যমান ছিল, কিন্তু এই গ্রন্থটির প্রকাশের পরই মূলত বিতর্কটি ব্রিটিশ পত্র-পত্রিকায় চলে আসে। অনেক ধার্মিক ধর্ম ও বিজ্ঞানের মধ্যে কোন সংঘাত দেখেন না(যেমন, অনেকেই "প্রজাতির উৎপত্তি" এবং হিব্রু বাইবেলকে সংগতিপূর্ণ মনে করেন), আস্তিকতামূলক বিবর্তন(ইংরেজি- theistic evolution) এর মত সংগতিবাদী দৃষ্টিভঙ্গীতে তা প্রতীয়মান হয়।

যৌক্তিক ইতিবাদ
ল্যারি লডানের প্রত্যাখ্যান
ফায়রাবেন্ড এবং বিজ্ঞানের স্বাতন্ত্র্য
ধর্ম ও বিজ্ঞানের অপসরণ