ক্যাডেট কলেজ সমূহ বাংলাদেশ সেনাবাহিনীর অ্যাডজুটেন্ট জেনারেল শাখা কর্তৃক সরাসরি নিয়ন্ত্রিত। একজন লে: কর্নেল (কখনও নৌ/বিমান বাহিনীর সমমর্যাদার অফিসার) অথবা সিনিয়র শিক্ষক অধ্যক্ষের দায়িত্ব পালন করেন। অধ্যক্ষ ক্যাডেট কলেজের সার্বিক বিষয়ে প্রধান দায়িত্ব পালন করেন। উপাধ্যক্ষ শিক্ষা সংক্রান্ত বিষয়ে দায়িত্ব পালন করেন। মেজর পদমর্যাদার একজন অফিসার (অ্যাডজুটেন্ট) প্রশাসনিক বিষয়ে অধ্যক্ষকে সহায়তা করেন। প্রত্যেক হাউসে একজন সিনিয়র শিক্ষক 'হাউস মাস্টার'-এর দায়িত্ব পালন করেন। তিনি হাউসের প্রশাসনিক বিষয় দেখা শোনা করেন।দক্ষ নেতৃত্ব গড়ে তোলা এবং কলেজ প্রশাসন সুষ্ঠ ভাবে পরিচালনার জন্য দ্বাদশ শ্রেণি হতে এক গুচ্ছ প্রিফেক্ট মনোনয়ন দেয়া হয়। ক্যাডেট প্রশাসন কলেজ প্রশাসনাধীন এবং ক্যাডেটদের সুশৃঙ্খলভাবে পরিচালনা করে। প্রিফেক্ট পদগুলো হচ্ছে-

বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধে অবদান
প্রশাসন
শিক্ষা ব্যবস্থা
ইতিহাস