পূজার্চনার ক্ষেত্রে তিরুমালা বেঙ্কটেশ্বর মন্দিরে "বৈখানস আগম" প্রথা অনুসরণ করা হয়। কথিত আছে, ঋষি বিখানস এই আগমের প্রবক্তা এবং তার শিষ্য অত্রি, ভৃগু, মারিচী ও কাশ্যপ এর প্রচারক। হিন্দুধর্মের বৈষ্ণব সম্প্রদায়ে (যাঁরা বিষ্ণু ও তার অবতারগণকে সর্বোচ্চ ঈশ্বর রূপে পূজা করেন) বৈখানস একটি অন্যতম প্রধান প্রথা। এই প্রথা অনুসারে দিনে বিষ্ণুর ছয় বার পূজার উল্লেখ পাওয়া যায়। এর মধ্যে অন্তত একটি পূজা অবশ্য কর্তব্য। এই পূজাগুলি হল:

বর্তমানে তিরুমালা মন্দিরে শুধু তিনটি পূজা হয়। এগুলি হল উষাকাল পূজা, মধ্যাহ্ন পূজা ও নিশি পূজা। সব পূজাই বংশ পরম্পরায় বৈখানস পুরোহিতরা করে থাকেন।

নিত্যপূজা
আনন্দ-নিলয়ম্‌ ও গর্ভগৃহ
কিংবদন্তি
মস্তক মুণ্ডন