১৯৯৬ সালে বিভিন্ন আঞ্চলিক দলের একটি জোট সরকার গঠন করেছিল। কিন্তু এই জোট ছিল ক্ষণস্থায়ী। তাই ১৯৯৮ সালে অন্তর্বর্তী নির্বাচন অনুষ্ঠিত হয়। বিজেপি একটি জোটের নেতৃত্ব দেয়। এই জোটটির নাম জাতীয় গণতান্ত্রিক জোট বা এনডিএ। এই জোটের অন্যান্য দলগুলি ছিল সমতা পার্টি, শিরোমণি অকালি দল ও শিবসেনা। এই দলগুলি এখনও এনডিএ-র সদস্য। এছাড়া এই জোটের অন্তর্ভুক্ত হয় অল ইন্ডিয়া দ্রাবিড় মুন্নেত্রা কড়গম (এআইএডিএমকে) ও বিজু জনতা দল। এই সব দলের মধ্যে একমাত্র শিবসেনার রাজনৈতিক আদর্শের সঙ্গে বিজেপির আদর্শের মিল আছে। অমর্ত্য সেন তাই এই জোটকে বলেছিলেন ‘তদর্থক’ জোট। তেলেগু দেশম পার্টি (টিডিপি) এই জোটকে বাইরে থেকে সমর্থন করে। এর ফলে এনডিএ জোট সংসদে সংখ্যাগরিষ্ঠতা অর্জন করে এবং অটলবিহারী বাজপেয়ী প্রধানমন্ত্রী হন। কিন্তু ১৯৯৯ সালে এআইএডিএমকে নেত্রী জয়ললিতা জোটের উপর থেকে সমর্থন প্রত্যাহার করে নিলে সরকারের পতন ঘটে এবং পুনরায় নির্বাচন অনুষ্ঠিত হয়।

১৯৯৯ সালের ১৩ ডিসেম্বর এআইএডিএমকে-র সমর্থন ছাড়াই এনডিএ জোট সংসদে ৩০৩টি আসন লাভ করে সংখ্যাগরিষ্ঠতা অর্জন করে। জোটে বিজেপির একক সাংসদ সংখ্যা ছিল ১৮৩। অটলবিহারী বাজপেয়ী তৃতীয় বারের জন্য প্রধানমন্ত্রী হন। লালকৃষ্ণ আডবাণী হন উপপ্রধানমন্ত্রী ও স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী। এই এনডিএ সরকারটি ছিল পাঁচ বছরের পূর্ণ দৈর্ঘ্যের সরকার। এনডিএ জোট সরকার প্রতিরক্ষা ক্ষেত্র ও সন্ত্রাসবাদের বিরুদ্ধে কড়া অবস্থান নেয় এবং অর্থনৈতিক ক্ষেত্রে নব্য-উদারপন্থা গ্রহণ করে।

২০০১ সালে তৎকালীন বিজেপি সভাপতি বঙ্গারু লক্ষ্মণের বিরুদ্ধে ১০০,০০০ টাকা ঘুষ নেওয়ার একটি ভিডিও প্রকাশিত হয়। ভারতীয় সেনাবাহিনীর জন্য হ্যান্ড-হেল্ড থার্মাল ইমেজার কেনার সুপারিশ-সংক্রান্ত একটি বিষয়ে তিনি ঘুষ নিচ্ছিলেন। "তেহেলকা" সাংবাদিকরা একটি স্টিং অপারেশন চালিয়ে তাকে ধরেন। বিজেপি বাধ্য হয়ে তাকে পদত্যাগ করতে বলেন এবং পরবর্তীকালে তার বিচার হয়। ২০১২ সালের এপ্রিল মাসে তার চার বছরের কারাদণ্ড হয়। কিন্তু ২০১৪ সালের ১ মার্চ তিনি মারা যান।

জনতা পার্টি (১৯৭৭–৮০)
এনডিএ সরকার (১৯৯৮–২০০৪)
প্রতিরক্ষা ও সন্ত্রাসবাদ
বিজেপি (১৯৮০–বর্তমান)