পায়ুসঙ্গমের ফলে পায়ুপথের শিরা-উপশিরা ছিড়ে যেতে পারে এবং ফলশ্রুতিতে রক্তপাত হতে পারে; এছাড়াও, পায়ুসঙ্গম অর্শ্বরোগের সম্ভাবনা বাড়িয়ে তোলে। পায়ু সঙ্গমের ফলে পায়ু-কলা বা রেক্টাল টিস্যু ছিঁড়ে (পায়ু বিদার/) যাওয়া অথবা বৃহদান্ত্রে ছিদ্রের জন্য যদি রক্তপাত হয়, তবে তাৎক্ষণিকভাবে চিকিৎসা নিলে সমস্যার প্রশমন হয়। মলদ্বারে নমনীয়তা বা সংকোচন-প্রসারণ ক্ষমতার অভাব, পায়ুর শ্লেষ্মা ঝিল্লী পাতলা হওয়া এবং মিউকাস পর্দার ঠিক নিচেই ছোট ছোট রক্তনালিকা অবস্থান করার কারণে, অন্তর্ভেদী পায়ুসঙ্গমে সাধারণত মলদ্বারের চামড়া ছিঁড়ে যায় এবং রক্তপাত হয়, যদিও এই রক্তপাত সাধারণত ছোট আকারে হওয়ার ফলে তা বাহির থেকে দেখা যায় না।

অন্যান্য পায়ু সঙ্গমের নেতিবাচক ফলাফলের তুলনায় পায়ু বিদারের দরুণ বেশি ক্ষতি হয়৷ পায়ু এবং রেক্টাল টিস্যুকে (মলাশয়স্থ কলা) ইচ্ছাকৃতভাবে প্রসারণের ফলে পায়ুর রন্ধ্রনিয়ন্ত্রক পেশি (স্ফিংটার পেশি) এবং সিগমান্ত্রতে () ছিদ্র হলে তার দরুণ এমনকি মৃত্যুও হতে পারে।

পায়ুতে অবস্থিত রন্ধ্রনিয়ন্ত্রক পেশি বা স্ফিংক্টার পেশির অন্যতম কাজ হলো, মলত্যাগকে নিয়ন্ত্রণ করা। যদি পায়ুতে পুনঃপুন সঙ্গম করা হয়, তবে রন্ধ্রনিয়ন্ত্রক পেশি দুর্বল হয়ে যেতে পারে। এতে করে ব্যক্তির মলত্যাগের উপর নিয়ন্ত্রণ থাকে না৷ এরফলে হারিশ (rectal prolapse) হতে পারে। হারিশ বিশেষ করে পুরুষে হতে সচরাচর দেখা যায় না এবং এর কারণ সম্বন্ধে সম্পুর্ণভাবে জানাও সম্ভবপর হয় নি। পায়ুর রন্ধ্রনিয়ন্ত্রক পেশী এবং পেলভিক ফ্লোরকে সুদৃঢ় করতে কেগেল ব্যায়াম করা যায়, যার ফলে মলত্যাগে নিয়ন্ত্রণ হারানোর মত বিষয়টিকে প্রতিরোধ করা যায় অথবা এ জটিলতার সৃষ্টি হলে এব্যায়াম প্রতিকার হিসেবে সাহায্য করতে পারে।

পায়ু কর্কটের (এনাল ক্যান্সার) বেশিরভাগ কারণগুলোই হয় মানব পিড়কার্বুদ ভাইরাসের (হিউম্যান প্যাপিলোমা ভাইরাস) কারণে। পায়ু সঙ্গম করলেই যে পায়ু কর্কট হবে তা নয়, যদি কোনো প্রকার সুরক্ষা না নিয়ে (সঙ্গম করার সময়, পর্যাপ্ত প্রতিরক্ষা না নিলে) পায়ু সঙ্গম করা হয়, তবে হিউম্যান প্যাপিলোমা ভাইরাসের সংক্রমণের ঝুঁকি বেড়ে যায়। বৃহদান্ত্র এবং মলাশয় ক্যান্সারের তুলনায় পায়ুতে ক্যান্সার আক্রান্ত হবার ঝুঁকি তুলনামূলকভাবে কম। আমেরিকান ক্যান্সার সোসাইটি বিবৃতিতে বলেছে, প্রায় ৭০৬০ জন ব্যক্তি (৪৪৩০ জন নারী এবং ২৬৩০ জন পুরুষ) এরোগে আক্রান্ত হয় যাদের মধ্যে ৮৩০ জন ব্যক্তি (৫৫০ জন নারী এবং ৩৩০ জন পুরুষ) মারা যায় এবং যদিও এনাল ক্যান্সারে আক্রান্তের সংখ্যা ক্রমাগত বাড়ছে, তবে এটি ষাট বছর বয়সী এবং প্রাপ্তবয়স্ক মানুষদের ক্ষেত্রেই বেশি শনাক্ত করা যায় এবং প্রায়সই দেখা যায়, নারীরা এক্যান্সারে বেশি আক্রান্ত হয়। যদিও পায়ু কর্কট খুবই গুরুতর একটি সমস্যা কিন্তু চিকিৎসা করলে এটি থেকে সম্পূর্ণ আরোগ্য হওয়া যায়; আমেরিকান ক্যান্সার সোসাইটি মনে করে, "পুনঃপুনঃ পায়ু সঙ্গম করলে নারী এবং পুরুষ উভয়তেই পায়ু কর্কট হওয়ার ঝুঁকি বেশি থাকে। বিশেষ করে যাদের বয়স ৩০ এর কম, তাদের ক্ষেত্রে এ ঝুঁকি বেশি। এইসব কারণেই বলা যায়, যেসব পুরুষ অন্য পুরুষের সাথে পায়ুসঙ্গম করে তাদের পায়ুকর্কট হবার সম্ভাবনা উচ্চহারে থাকে।"

আচরণ এবং প্রচলন
নারী থেকে পুরুষে
শারীরিক ক্ষতি এবং ক্যান্সার
সাংস্কৃতিক অভিমত