অধিকাংশ দেশীয় রাজ্যসমূহ ভারতের সাথে একত্রীত হলেও কিছু অনিষ্পন্ন সমস্যা রয়েই গেল। এরমধ্যে কাশ্মীরের সমস্যাটাই সবচেয়ে বেশি পীড়াদায়ক ছিল, যেখানে ১৯৮০-এর দশকের শেষ থেকেই [[কাশ্মীর সমস্যা|সহিংস বিচ্ছিন্নতাবাদী বিদ্রোহ]] সংঘটিত হচ্ছিল।

কোনো কোনো শিক্ষাবিদ বলেন, কাশ্মীরের বিদ্রোহ ছিল ভারতে এর একত্রীকরণের প্ন্থারই একটি অংশ। কাশ্মীর, দেশীয় রাজ্যগুলোর মধ্যে অন্যতম, তাদের উপর ভারতের নিয়ন্ত্রণের কোন প্রকার চুক্তিতে স্বাক্ষর করেনি, তার পরিবর্তে কাশ্মীর সম্পর্কিত আইন প্রণয়নের অধিকার ভারতের সংবিধানের ৩৭০ নং অনুচ্ছেদ ও [[জম্মু ও কাশ্মীরের সংবিধান]]-এর ৫ম অনুচ্ছেদ মোতাবেক ভারতীয় সরকারকে দেয়া হয়; যা অন্যান্য রাজ্যের চেয়ে অধিক কঠোর ছিল। উইডমাম বলেন, ১৯৮০ সালের দিকে কাশ্মীরের তরুণ সমাজ অনুভব করে যে ভারতীয় সরকার [[জম্মু ও কাশ্মীরের রাজনীতি]]র ব্যাপারে একটু বেশিই হস্তক্ষেপ করছে। ১৯৮৭ সালের নির্বাচন রাজনৈতিক প্রক্রিয়ার উপরে তাদের বিশ্বাসকে ভেঙে দেয় এবং তার সাথে সাথেই সহিংস আন্দোলন শুরু হয়, যা এখনও চলছে। একইভাবে, গাঙ্গুলি বলেন, ভারতীয় সরকার কাশ্মীরের প্রতি যে নীতিগ্রহণ করেছিল, তার ফলে ভারতের অন্যান্য অংশের সাথে তুলনা করে কাশ্মীরে কখনই আধুনিক বহু-জাতিগত গণতন্ত্রধারী পরিপূর্ণরূপে বিকশিত রাজনৈতিক সংস্থা তৈরি হত না। এর ফলশ্রুতিতে সংখ্যাগরিষ্ঠ মানুষের মধ্যে, বিশেষ করে তরুণ সমাজে ক্রমবর্ধমান অসন্তোষ অরাজনৈতিক নানা ক্ষেত্রের মধ্য দিয়ে প্রকাশিত হয়, যার সুযোগ নিয়ে পাকিস্তান কাশ্মীরের উপরে ভারতের নিয়ন্ত্রণ দুর্বল করার জন্য সেই অরাজনৈতিক ক্ষোভকেই সহিংস বিদ্রোহে পরিণত করে।

এছাড়াও উত্তর-পূর্ব ভারতের অন্য দুইটি দেশীয় রাজ্য—[[ত্রিপুরা]] ও [[মণিপুর|মণিপুরেও]] বিচ্ছিন্নতাবাদী আন্দোলন গড়ে উঠেছিল। পণ্ডিতদের মতে এই বিচ্ছিন্নতাবাদী আন্দোলনগুলোতে [[উত্তর-পূর্ব ভারতের বিদ্রোহী গ্রুপ|উত্তর-পূর্ব ভারতের বিদ্রোহের]] প্রভাবই বেশি ছিল, যার মূলে ছিল কাশ্মীরের সমস্যা সমাধানে, উত্তর-পূর্বের আদিগোষ্ঠীর আশা-আকাঙ্খা পূরণে এবং ভারতের অন্যান্য অংশ থেকে উত্তর-পূর্বাঞ্চলে অভিবাসনের কারণে সৃষ্ট সমস্যা নিয়ন্ত্রণে ভারত সরকারের ব্যর্থতা।

অন্যান্য প্রদেশের সাথে দেশীয় রাজ্যগুলোর একত্রীকরণের মাধ্যমে সৃষ্ট নতুন রাজ্যে আরও বেশকিছু সমস্যা দেখা দেয়। প্রাক্তন হায়দ্রাবাদ প্রদেশের [[তেলেগু ভাষা|তেলেগু ভাষাভাষী]] জেলাসমূহ নিয়ে গঠিত [[তেলেঙ্গানা প্রদেশ]] কিছু দিক দিয়ে ব্রিটিশ ভারতের সময়কার তেলেগু-ভাষাভাষী অঞ্চল থেকে ভিন্ন ছিল। যেমন, [[রাষ্ট্র পুনর্গঠন কমিশন]] তেলেঙ্গানাকে একটু পৃথক রাজ্য হিসেবে গঠন করার মত দিয়েছিল, তেলেগু ভাষাভাষীদের নিয়ে বৃহৎ রাজ্য তৈরির মত এই কমিশন দেয়নি। ভারত সরকার এই প্রস্তাবকে প্রত্যাখ্যান করে, এবং তেলেঙ্গানাকে [[অন্ধ্র প্রদেশ|অন্ধ্র প্রদেশের]] অন্তর্ভুক্ত করে। এর ফলাফল ছিল ১৯৬০ সালের পৃথক তেলেঙ্গানা রাজ্যের দাবিতে আন্দোলন। অবশেষে কেন্দ্রীয় সরকার এই দাবিকে মেনে নেয়। ২০১৪ সালে জুন মাসে ভারতের ২৯তম রাজ্য হিসেবে তেলেঙ্গানা রাজ্য গঠিত হয়। [[মহারাষ্ট্র|মহারাষ্ট্রের]] প্রাক্তন [[নাগপুর]] রাজ্য ও প্রাক্তন হায়দ্রাবাদ রাজ্যের [[বেরার জেলা]]কে নিয়ে [[বিধর্বা]]তেও এই ধরনের আন্দোলনের অস্তিত্ব রয়েছে, যদিও তা তেলেঙ্গানার দাবির মত ততটা জোরালো না।

বিচ্ছিন্নতাবাদ ও উপ-জাতীয়তাবাদ
ভারত জাতীয় কংগ্রেসের অবস্থান
সীমান্তবর্তী রাজ্যসমূহ
চাপ এবং কূটনৈতিক অবস্থা