গভীর সমুদ্রে আলোর একমাত্র উৎস হল সামুদ্রিক প্রাণীর নিঃসৃত দৃশ্যমান আলোকশক্তি যাকে জৈব প্রতিপ্রভা বলে এবং এটি রাসায়নিক প্রতিপ্রভার একটি অংশ। এটি এক ধরনের রাসায়নিক বিক্রিয়া যাতে রাসায়নিক শক্তি আলোক শক্তিতে রূপান্তরিত হয়। এটা অনুমান করা হয় যে, ৯০% গভীর সমুদ্রে বসবাসকারী প্রাণী কিছু পরিমাণ হলেও জৈব প্রতিপ্রভা উৎপন্ন করে। এটা ধারণা করা হয় যে, দৃশ্যমান আলোক বর্ণালীর বৃহৎ অংশ গভীর সমুদ্রে পৌঁছানোর পূর্বেই শোষিত হয় এবং সামুদ্রিক প্রাণীর নির্গত আলোর অধিকাংশ নীল অথবা সবুজ। কিন্তু কিছু প্রজাতির প্রাণী লাল এবং অবলোহিত আলো নির্গত করে এবং একটি গণ খুঁজে পাওয়া গেছে যারা হলুদ প্রতিপ্রভা নির্গত করে। যে অঙ্গ প্রতিপ্রভা নিঃসরনের জন্যে দায়ী যা ফটোফোর নামে পরিচিত। এটা শুধুমাত্র স্কুইড এবং মাছে বর্তমান আছে যা তাদের উদরীয় অংশকে আলোকিত করার জন্যে ব্যবহৃত হয় এবং এদেরকে শিকারীর কাছ থেকে আড়াল রাখে। বিভিন্ন সামুদ্রিক প্রাণীভেদে ফটোফোরের ব্যবহার বিভিন্ন রকম হয়, যেমন আলোর অতিশয্য নিয়ন্ত্রণকারী লেন্স হিসেবে অথবা বেশি পরিমাণ আলো উৎপন্ন করার জন্যে ব্যবহৃত হয়। এই উভয় অবস্থাকে নিয়ন্ত্রণ করার জন্যে স্কুইডে ফটোফোর এবং ক্রোমাটোফোর অবস্থিত। জৈব প্রতিপ্রভা নির্গত করার জন্যে আরও একটা জিনিস দায়ী যার ফলে জেলিফিশ থেকে প্রচুর পরিমাণ আলো নির্গত হয়, এটা শুরু হয় লুসিফেরিন (একটি ফটোজেন) থেকে এবং শেষ হয় আলোক বিকিরণকারীর (একটি ফোটাগোগিকন) মাধ্যমে। লুসিফেরিন, লুসিফেরাস, লবণ এবং অক্সিজেন সমন্বিতভাবে বিক্রিয়া করে এক ইউনিট ফটো-প্রোটিন তৈরি করে যা অন্য অণু যেমন ক্যালসিয়াম (Ca+) এর সাথে বিক্রিয়া করে আলোক উৎপন্ন করে। 
জেলিফিস এটা প্রতিরক্ষা কৌশলে ব্যবহার করে; যখন কোন ছোট শিকারী জেলিফিসকে আক্রমন করতে উদ্ধত হয়, তখন এটি আলোর ঝলকানি সৃষ্টি করে যা বড় শিকারীকে প্রলুব্ধ করে এবং ছোট শিকারীকে দূরে তাড়িয়ে দেয়।

প্রাচীর সৃষ্টিকারী প্রবাল এবং সামুদ্রিক পুষ্পসদৃশ প্রাণীরা প্রতিপ্রভা সৃষ্টি করতে পারে, তারা এক তরঙ্গদৈর্ঘ্যে আলোক শোষণ করে অন্য তরঙ্গদৈর্ঘ্যে নির্গত করে। এই পিগমেন্টগুলি প্রাকৃতিক সানস্ক্রিন হিসেবে কাজ করে, সালোকসংশ্লেষণে সাহায্য করে, সতর্কবার্তা হিসেবে ব্যবহৃত হয়, সঙ্গীকে আকর্ষিত করে, প্রতিদ্বন্ধীকে সতর্ক কিরে অথবা শিকারীকে হতভম্ব করে।

শারীরতাত্ত্বিক কার্যক্রম
জৈব প্রতিপ্রভা বা বায়োফ্লুরোসেন্ট
পিগমেন্টের প্রতিরক্ষামূলক ভূমিকা
উদ্ভিদে পিগমেন্ট