১৯৯৮ সালে আল-জাওয়াহিরি আনুষ্ঠানিকভাবে মিসরীয় ইসলামি জিহাদকে আল কায়েদার সাথে একীভূত করে নেন। একজন সাবেক আল কায়েদা সদস্যের বক্তব্য অনুযায়ী, "তিনি আল কায়েদার গোড়াপত্তনের সময় থেকেই সংগঠনটির জন্য কাজ করতেন। এবং তিনি আল কায়েদার "শুরা" কাউন্সিলের জ্যেষ্ঠ সদস্য ছিলেন। তাকে ওসামা বিন লাদেন প্রায়ই "লেফটেন্যান্ট" হিসেবে পরিচয় দিতেন। এমনকি, ওসামা বিন লাদেনের নির্বাচিত জীবনী লেখকও তাকে আল কায়েদার "মূল মাথা" হিসেবে উল্লেখ করেছেন।

১৯৯৮ সালের ২৩শে ফেব্রুয়ারিতে আল-জাওয়াহিরি ওসামা বিন লাদেনের সাথে মিলে ওয়ার্ল্ড ইসলামিক ফ্রন্ট এগেইনস্ট জিওজ এন্ড ক্রুসেডারসের অধীনে একটি ফতোয়া প্রকাশ করেন। ওসামা বিন লাদেন নন, বরং আল-জাওয়াহিরিই ছিলেন ফতোয়াটির মূল লেখক।

বিন লাদেন এবং আল-জাওয়াহিরি ১৯৯৮ সালের ২৪শে জুনে একটি সম্মেলনের আয়োজন করেন। সম্মেলন শুরু হবার এক সপ্তাহ পূর্বে আল-জাওয়াহিরির অস্ত্রসজ্জিত সহকর্মীদের একটি দল জীপগাড়িতে হেরাতের অভিমুখে বের হন। তাদের পৃষ্ঠপোষকের (আল-জাওয়াহিরি) নির্দেশ অনুসরণ করে কোহ-ই-দোশাখ শহরে তারা অপরিচিত স্ল্যাভিক চেহারার অপরিচিত তিনজন ব্যক্তির সাথে সাক্ষাত করেন। ঐ তিনজন রাশিয়া থেকে ইরান হয়ে এসেছিল। কান্দাহার পৌঁছার পর তারা পৃথক হয়ে যায়। তাদের একজন সরাসরি আল-জাওয়াহিরির সাহচর্য গ্রহণ করে। তবে, সে সম্মেলনে অংশগ্রহণ করেনি। পাশ্চাত্যের সামরিক বিভাগ তার ছবি তুলতে সক্ষম হয়। কিন্তু সে পরবর্তী ছয় বছর আত্মগোপন করে থাকে। এক্সিস গ্লোবের মত অনুসারে, ২০০৪ সালে আমেরিকা এবং কাতার যখন কাতারে জেলিমখান যন্দরবিয়েভ হত্যার অভিযোগে রুশ দূতাবাসের তদন্ত করছিলো। কম্পিউটার সফটওয়্যার তখন প্রমাণ করে, আল কায়েদার সম্মেলনের সময় আল-জাওয়াহিরির সাথে সাক্ষাতকারীর মত অবিকল ব্যক্তি দোহায় রুশ দূতাবাসে গিয়েছিলো।

দেশভিত্তিক
বিবাহ এবং সন্তানাদি
বিকল্প নাম এবং উপনাম
আল কায়েদা