মহত্মা গান্ধী দাঙ্গা পীড়িত এলাকায় শান্তি স্থাপন করতে বিশেষ ভুমিকা পালন করেন। তিনি নিজে এবং আরও কিছু ভলেণ্টিয়ার নিয়ে যে সব এলাকায় গণহত্যা চালানো হয় সেগুলো পরিদর্শন করেন। তিনি সাম্প্রদায়িক সম্প্রীতি পুনঃস্থাপনের চেষ্টা করেন।
ডাঃ বিধান চন্দ্র রায় ১৮ অক্টোবরে ব্যক্তিগত ভাবে মহত্মা গান্ধীর সাথে যোগাযোগ করেন। তিনি গান্ধীজীকে হিন্দু গনহত্যা বিশেষ করে হিন্দু মেয়েদেরকে লাগামহীন ধর্ষণ সম্পর্কে মূল্যায়ন করতে বলেন।বিকেলের প্রার্থনা সভাতে গান্ধীজী নোয়াখালীর বর্বরোচিত হিন্দু নিধন সম্পর্কে কিছু কথা বলেন।তিনি বলেন, ‘যদি ভারতের অর্ধেক মানুষ পক্ষাঘাতগ্রস্থ থাকে তাহলে ভারত কোনদিন মুক্তির স্বাদ পাবে না’।তিনি মনে করতেন ভারতের মেয়েদের মুক্তির জন্য তাদের অস্ত্র শিক্ষা নেয়া উচিত। ১৯ অক্টোবর গান্ধীজী নোয়াখালী যাত্রার সিদ্ধান্ত নেন। নোয়াখালী যাত্রার আগে ডঃ অমিয় চক্রবর্তী কলকাতার নিকটে সোদপুরের অভয় আশ্রমে গান্ধীজীর একটি সাক্ষাৎকার গ্রহণ করেন।সাক্ষাৎকার গ্রহণের পর ডঃ অমিয় চক্রবর্তী বিবৃতি দিয়ে বলেন,এই মুহূর্তের সব থেকে গুরুত্বপূর্ণ ধর্ষিত ও অপহরিত হিন্দু মেয়েদের উদ্ধার করা। কারণ জোরপূর্বক ধর্মান্তকরনের পরে তাদের কে মুসলিমরা বোরকা দিয়ে আবদ্ধ করে রাখবে এবং আইন রক্ষাকারী বাহিনী আর তাদেরকে চিহ্নিত করতে পারবে না। 

গান্ধীজী ৬ নভেম্বর তারিখে নোয়াখালীর উদ্দ্যেশ্যে যাত্রা শুরু করেন এবং পরেরদিন তিনি নোয়াখালীর চৌমুহানীতে পৌঁছান। সেখানে যোগেন্দ্র মজুমদারের বাড়িতে দুই রাত কাটান। নভেম্বরের ৯ তারিখে তিনি পুনরায় খালি পায়ে যাত্রা শুরু করেন। পরবর্তী সাত সপ্তাহ ধরে গান্ধীজী ১১৬ মাইল হেঁটে প্রায় ৪৭ টি বিপর্যস্ত গ্রাম পরিদর্শন করেন। তিনি শ্রীরামপুর গ্রামের একটি অর্ধ দগ্ধ বাড়িতে তার আবাস স্থাপন করেন এবং ১ জানুয়ারি পর্যন্ত সেখানে অবস্থান করেন। তিনি সেখানে প্রার্থনা সভার আয়োজন করেন এবং স্থানীয় মুসলিম নেতাদের সাথে বৈঠক করে হিন্দুদের আস্থা পুনরুদ্ধারের চেষ্টা করেন। কিন্তু হিন্দু মুসলিমের মধ্যকার সম্পর্কের অনাস্থা দূর করতে গান্ধীজী ব্যর্থ হন এবং তার নোয়াখালীতে অবস্থানকালেই দুর্বৃত্ত মুসলিমরা তাদের হিংস্রতা চালিয়ে যেতে থাকে।১০ নভেম্বর বিকালে গান্ধীজীর সান্ধ্যকালীন প্রার্থনা সভা থেকে দত্তপাড়া আশ্রয় কেন্দ্রে ফেরার পথে দুজনকে হত্যা করে মুসলিমরা। 

গান্ধীজীর নোয়াখালী যাত্রা এবং সেখানে অবস্থান মুসলিম নেতাদের অসন্তুষ্ট করেছিল।১৯৪৭ সালের ১২ ফেব্রুয়ারি তারিখে কুমিল্লাতে একটি শোভাযাত্রায় বক্তৃতা প্রদান কালে এ কে ফজলুল হক বলেছিলেন,নোয়াখালীতে গান্ধীর অবস্থানের কারণে ইসলামের ব্যাপক ক্ষতি সাধন হয়েছে। গান্ধীজীর মুসলিমদের বিরক্তির কারণ হিসেবে দেখা যায়।গান্ধীজীর প্রতি মুসলিমদের এই বিরক্তি দিন দিন বেড়েই চলেছিল।১৯৪৭ সালের ফেব্রুয়ারির শেষ দিকে মুসলিম সমাজের এই বিরক্তি প্রকাশ রীতিমত অমার্জিত ও কদর্য রূপ ধারণ করে।মুসলিমরা গান্ধীজীর চলার পথে কাদা, ময়লা,আবর্জনা ছড়িয়ে রাখত।তারা গান্ধীজীর সকল সভা-সমাবেশ বয়কট শুরু করে। গান্ধীজীর সাথে সব সময় একটি ছাগল থাকত যেটি তিনি ভারত থেকে নোয়াখালীতে নিয়ে এসেছিলেন। ।

গান্ধীজী তার নোয়াখালী মিশন অর্ধ সমাপ্ত রেখেই বাংলার মুসলিম লীগ নেতাদের অনুরোধে ১৯৪৭ সালের ২ মার্চ বিহারের উদ্দেশ্যে যাত্রা শুরু করেন। নোয়াখালী ছাড়ার একমাসেরও বেশি সময় পরে গান্ধীজী একজন কংগ্রেস কর্মীর কাছ থেকে একটি টেলিগ্রাম পান যেখানে বলা হয়েছিল,দাঙ্গা পীড়িত অঞ্চলে হিন্দুদেরকে জীবন্ত আগুনে পুড়িয়ে মারা হচ্ছে।গান্ধীজী অত্যন্ত দুঃখের সাথে মন্তব্য করেন, নোয়াখালীর অবস্থা এমনই দুর্বিষহ যে হিন্দুদের কে নোয়াখালী ছাড়তে হবে অথবা ধ্বংস হয়ে যেতে হবে। 

শরণার্থী
মহত্মা গান্ধীর শান্তি মিশন
তদন্ত কর্মকাণ্ড এবং তদন্তের ফলাফল প্রকাশ নিয়ে লুকোচুরি
ঘটনা প্রবাহ