মণিকৃষ্ণ সেন ১৯২৮ সালে যুগান্তর দলের সিদ্ধান্ত অনুযায়ী কংগ্রেসে যোগদান করেন। তিনি বিপ্লববাদে বিশ্বাসী হলেও জনগণ বিচ্ছিন্ন দর্শনে বিশ্বাসী ছিলেন না। তিনি বুঝতেন জনগণকে দিয়ে বিচ্ছিন্ন ও বিক্ষিপ্ত আন্দোলনের দ্বারা পরাধীনতার শৃঙ্খল থেকে স্বদেশকে মুক্ত করা যাবে না। তাই মনিকৃষ্ণসহ অসংখ্য বিপ্লবীরা কংগ্রেসে অন্তর্ভুক্ত হয়ে বিপ্লবী কর্মকাণ্ড পরিচালনা করেন।

১৯২৯ সালে মণিকৃষ্ণ সেন প্রথম বারের মতো গ্রেফতার হন। ঐ বছর বিপ্লবীরা রাজশাহীর পুঠিয়ায় মেইল ট্রেন ডাকাতির চেষ্টা চালিয়ে ব্যর্থ হয়। উল্টো এই কারণে ভীষণভাবে ক্ষিপ্ত হয় ইংরেজ সরকার। রংপুরের যুগান্তর দলের নেতা সুশীল দাশগুপ্ত এবং অনুশীলন দলের নেতা ধরনী বিশ্বাস ছিলেন মেইল ট্রেন ডাকাতি মামলার প্রধান আসামী। মেইল ট্রেন ডাকাতি মামলায় তাদের সাত বছর জেল হয়েছিল। এই মামলায় মণিকৃষ্ণ সেনও অভিযুক্ত হয়েছিলেন। গ্রামের বাড়ি কাবিলপুর থেকে তাকে গ্রেফতার করা হয়। জেল হাজতে তাকে থাকতে হয়েছিল চার মাস।

১৯৩০ সালে রংপুর জেলার আইন অমান্য আন্দোলন পরিচালনার জন্য কংগ্রেস নেতৃত্বের পক্ষ থেকে তাকে 'ডিরেক্টর' মনোনীত করা হয়। সে সময় কংগ্রেস ছিল নিষিদ্ধ। গণতান্ত্রিক পদ্ধতিতে কংগ্রেসের রাজনৈতিক কার্যকলাপ পরিচালনার সুযোগ ছিল না। এজন্য একজন 'ডিরেক্টর' গ্রেফতার হওয়ার সঙ্গে সঙ্গে আরেকজনকে মনোনীত করা হতো। ওই বছর আইন অমান্য আন্দোলনের এক পর্যায়ে তিনি গ্রেফতার হন। এ সময় তিনি রাজশাহী ও বহরমপুর জেলে ছয়মাস কারাভোগ করেন।

১৯৩২ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে বেঙ্গল অর্ডিন্যান্সে পুলিশ তাকে গ্রেফতার করে। মেদিনীপুরের হিজলি ডিটেনশন ক্যাম্পে তিন মাস রাখার পর তাকে বিনাবিচারে আটক রাখা হয় দেউলী বন্দীশিবিরে। দেউলী রাজপুতানার মরুভূমির নির্জন স্থানে অবস্থিত। সন্ত্রাসবাদী কার্যকলাপের জন্য পাঁচ বছরের বেশি সাজাপ্রাপ্তদের পাঠানো হতো আন্দামানে। অন্যান্যদের পাঠানো হতো দেউলীতে। দেউলীতে তাকে সুদীর্ঘ ছ'বছর আটক রাখা হয়। ১৯৩৮ সালের গ্রীষ্মকালে অন্যান্য রাজবন্দীদের সাথে তিনি মুক্তিলাভ করেন। দেউলী বন্দীশিবিরে আটকের মেয়াদ উত্তীর্ণ হওয়ার শেষ পর্যায়ে বাঁকুড়া থানার হেফাজতে তিন মাস এবং যশোরের অভয়নগরে ছয় মাস রাখা হয়। মুক্তিলাভের পর রংপুরের মূলাটোলের শিব কৃষ্ণ বাসভবনে অন্তরীণ রাখা হয়। অন্তরীণ থাকা অবস্থায় তাকে সকাল-সন্ধ্যা মিউনিসিপ্যাল এলাকায় যাতায়াত করতে দেয়া হত।

১৯৩৮ সালে মণিকৃষ্ণ সেন ভারতের কমিউনিস্ট পার্টিতে যোগ দেন ও ১৯৩৯ সালে পার্টির সদস্যপদ অর্জন করেন। একই সময় তাকে জেলা কংগ্রেস নেতা ও সম্পাদক হিসেবে কাজ করতে হয়। ১৯৩৯-৪৫ সাল পর্যন্ত তিনি রংপুর জেলা কংগ্রেসের সম্পাদকের দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৪১ সালের ১ ডিসেম্বর বৃহত্তর রংপুর জেলা কমিউনিস্ট পার্টির প্রথম জেলা সম্মেলন অনুষ্ঠিত হয়। শচীন ঘোষ, মণিকৃষ্ণ সেন, শিব দাস লাহিড়ী, রথীন গাঙ্গুলী, বিভূতি লাহিড়ী, রবি মজুমদার ও সুধীর মুখার্জীকে নিয়ে গঠিত হয় রংপুর জেলা কমিটি।

পঞ্চাশের মন্বন্তরের (১৯৪৩ সাল) অনুষঙ্গ হিসেবে দেখা দেয় মহামারী। জেলার বিভিন্ন অঞ্চলে ব্যাপকভাবে ছড়িয়ে পড়ে বসন্ত রোগ। পীড়িতদের সেবায় আত্মনিয়োগ করেন মণিকৃষ্ণ সেন। এই প্রসঙ্গে শংকর বসু বলেন, "দুর্ভিক্ষ ও মহামারী পীড়িত মানুষকে বাঁচানোর জন্য সে সময়ে পার্টি ও তাঁর (মণিকৃষ্ণ সেন) নেতৃত্বে পরিচালিত ত্রাণ ও পুনর্বাসনের কাজ সারা জেলায় দারুণ প্রভাব ফেলেছিল এবং রংপুরে কমিউনিস্ট পার্টির ব্যাপক গণ ভিত্তি সৃষ্টিতে সহায়ক হয়েছিল।"

১৯৪৩ সালের মে মাসে অনুষ্ঠিত হয় ভারতের কমিউনিস্ট পার্টির প্রথম কংগ্রেস। এই কংগ্রেসে রংপুর জেলা থেকে প্রতিনিধি হিসেবে তাকে এবং কৃষক নেতা যোগেশ শিকদারকে নির্বাচিত করা হয়। ১৯৪৬ সালের মার্চ মাসে অবিভক্ত বাংলাদেশে অনুষ্ঠিত হয় সাধারণ নির্বাচন। এ নির্বাচনের দায়িত্বে মুখ্য ভূমিকা পালন করেন মণিকৃষ্ণ সেন।

শেষ জীবন
রাজনৈতিক জীবন
প্রাক-স্বাধীন ভারতে
মৃত্যু