দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধের সূত্রপাতের পরে,২৬ শে মে ১৯৪০ সালে, মার্সেইয়ের সেন্ট-নিকোলাস দুর্গে, বোরগুইবা  একজন অপহন্তার পরিষদে স্থানান্তরিত হন।সেখানে তিনি তার কক্ষ  হাদি নুইরার সাথে ভাগ করে নিয়েছিলেন।মিত্রদের বিজয় দিয়ে যুদ্ধের অবসান ঘটবে এমন দৃঢ় বিশ্বাস নিয়ে, তিনি ১৯৪২ সালের ১০ আগস্ট হাবিব থামিউরকে তার অবস্থান নির্ধারণ করার জন্য একটি চিঠি লিখেছিলেন: 

"জার্মানি যুদ্ধ জিততে পারবে না এবং জিততে পারেও না।রাশিয়ান কলসী এবং অ্যাংলো-স্যাক্সনদের মধ্যে, যারা সমুদ্রকে দখল করে রাখেন এবং যার শিল্প সম্ভাবনাগুলি অফুরন্ত, জার্মানি এমন চূর্ণবিচূর্ণ হয়ে যাবে যেন একটি অপ্রতিরোধ্য দ্বারের জোয়াল […]আমাদের গোপনীয় ক্রিয়াকে একত্রিত করার জন্য, গৌলিবাদক ফরাসিদের সাথে যোগাযোগ করার জন্য, আপনাকে এবং নেতাকর্মীদের জন্য আদেশটি দেওয়া হয়েছে [...]আমাদের সমর্থন অবশ্যই নিঃশর্ত হতে হবে।এটি তিউনিসিয়ার জীবন ও মরণের  বিষয়।" 

১৯৪২ সালের ১৮ নভেম্বর তাকে লিয়েনে স্থানান্তরিত করা হয় এবং মন্টলুক কারাগারে বন্দী করা হয়। তারপরে ক্লোস বার্বির, তাকে ছেড়ে দেওয়ার এবং  চেলন-সার-সায়েনে নিয়ে যাওয়ার সিদ্ধান্ত না হওয়া পর্যন্ত ফোর্ট ডি ভ্যান্সিয়ায় বন্দী রাখা হয়।বেনিটো মুসোলিনি উত্তর আফ্রিকার ফরাসী প্রতিরোধকে দুর্বল করার জন্য বোরগুইবাকে ব্যবহারের প্রত্যাশা করেছিলেন। তাকে ১৯৪৩ সালের জানুয়ারিতে বিন ইউসুফ এবং বিন স্লিমানে-এর পাশাপাশি রোমে বিশেষভাবে স্বাগত জানানো হয়।ইতালিয়ান পররাষ্ট্র বিষয়ক মন্ত্রী তাঁর কাছ থেকে তাদের পক্ষে একটি ঘোষণা পাওয়ার চেষ্টা করেছিলেন।তার প্রত্যাবর্তনের প্রাক্কালে, তিনি রেডিও বারির মাধ্যমে তিউনিসিয়ান জনগণের কাছে সমস্ত প্রবণতার বিরুদ্ধে সতর্ক করে একটি বার্তা দিতে সম্মতি  দিয়েছিলেন।১৯৪৩ সালের ৮ এপ্রিল তিনি তিউনিসে ফিরে আসার সময় নিশ্চিত করেছিলেন  যে, তাঁর ১৯৪২ সালের  বার্তাটি সমস্ত জনগণ এবং এর কর্মীদের কাছে প্রেরণ করা হয়েছিল।তার অবস্থান নিয়ে তিনি জার্মান দখলদারদের সাথে কিছু নির্দিষ্ট কর্মীদের সহযোগিতা থেকে সরে দাঁড়ালেন। তিনি ১৯৪২ সালের নভেম্বর মাসে তিউনিসিয়ায় থাকা শুরু  করেছিলেন এবং  মনসিফ বেয়ের ভাগ্য থেকে রক্ষা পান। তাকে ১৯৪৩ সালের মে মাসে জেনারেল আলফোনস জুইন  সহযোগিতার অভিযোগ এনে মুক্তির সাথে সিংহাসনচ্যুত করেছিলেন।২৩ শে জুন ফরাসী  বাহিনী দ্বারা বোরগুইবা মুক্তি পেয়েছিল। 

এই সময়ে, তিনি তার ভবিষ্যতের দ্বিতীয় স্ত্রী ওয়াসিলা বিন আম্মারের সাথে দেখা করেছিলেন।ঘনিষ্ঠভাবে পর্যবেক্ষণ করা বোরগুইবা লড়াইটি আবার শুরু করার মতো মনে করেনি।অতএব, তিনি মক্কা তীর্থযাত্রা সম্পাদনের জন্য কর্তৃপক্ষকে অনুরোধ করলেন।এই আশ্চর্যজনক অনুরোধটি ফরাসী কর্তৃপক্ষ প্রত্যাখ্যান করেছিল।এরপরে তিনি মিশরে পালিয়ে যাওয়ার সিদ্ধান্ত নিয়েছিলেন।  তা করার জন্য তিনি ১৯৪৫ সালের ২৩ শে মার্চ লিবিয়ার সীমানা পেরিয়ে কাফেলা হিসাবে ছদ্মবেশ ধারণ করেছিলেন এবং এপ্রিল মাসে কায়রো পৌঁছেছিলেন। 

প্যারিসে উচ্চশিক্ষা
১৯৩৯-৪৫ : দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধ
১৯৬০ এর দশক: সমাজতান্ত্রিক পরীক্ষা এবং আরব কূটনীতির বিষয়সমূহ
১৯৭০: অবরুদ্ধ সংস্কার এবং স্বাস্থ্য সমস্যা