২০১১ সালের ২৮ জুলাই, ম্যানচেস্টার সিটি আগুয়েরোর পাঁচ বছরের চুক্তি নিশ্চিত করে। তার স্থানান্তরণ ফী ছিল প্রায় £৩৮ মিলিয়ন (€৪৫ মিলিয়ন)। সিটিতে তাকে ১৬ নম্বর শার্ট দেওয়া হয় এবং শার্টে তার নাম লেখা হয় “Kun Agüero”।

২০১১ সালের ১৫ আগস্ট, সোয়ানসি সিটির বিপক্ষে ম্যানচেস্টার সিটির হয়ে আগুয়েরোর অভিষেক হয়। খেলার ৬৯তম মিনিটে তিনি বদলি হিসেবে নামেন এবং নয় মিনিটের মধ্যেই একটি গোল করেন। এরপর ইনজুরি সময়ে প্রায় ৩০ গজ দূর থেকে নেওয়া শটে তিনি আরো একটি গোল করেন। খেলায় ম্যানচেস্টার সিটি ৪–০ ব্যবধানে জয় লাভ করে। অনেক ফুটবল সাংবাদিকের মতে তার ৩০ মিনিটের এই অভিষেক ছিল ইংরেজ ফুটবলে সেরা অভিষেকগুলোর একটি।

২৮ আগস্ট, টটেনহ্যাম হটস্পারের বিপক্ষে আগুয়েরো তার তৃতীয় লীগ গোল করেন। খেলায় সিটি ৫–১ ব্যবধানে জয় লাভ করে। ১০ সেপ্টেম্বর, উইগান অ্যাথলেটিকের বিপক্ষে সিটির হয়ে আগুয়েরো তার প্রথম হ্যাট্রিক করেন এবং দলকে ৩–০ ব্যবধানের জয় এনে দেন। ১৮ সেপ্টেম্বর, ফুলহ্যামের বিপক্ষে তিনি জোড়া গোল করেন, কিন্তু খেলাটি ২–২ সমতায় শেষ হয়। ১ অক্টোবর, ব্ল্যাকবার্ন রোভার্সের বিপক্ষে খেলার ২৯তম মিনিটে ইনজুরি আক্রান্ত হয়ে আগুয়েরোকে মাঠ ছাড়তে হয়।

ইনজুরি সারিয়ে ১৮ অক্টোবর চ্যাম্পিয়নস লিগে ভিয়ারিয়ালের বিপক্ষে খেলার ৬২তম মিনিটে দি জং এর বদলি হিসেবে নামেন এবং ৯৩ মিনিটে দলের হয়ে জয়সূচক গোল করেন আগুয়েরো। ২৩ অক্টোবর আগুয়েরো ম্যানচেস্টার ডার্বিতে অংশগ্রহণ করেন এবং খেলার ৬৯তম মিনিটে একটি গোল করেন। খেলায় সিটি ম্যানচেস্টার ইউনাইটেডকে ৬–১ ব্যবধানে বিধ্বস্ত করে। ১ নভেম্বর, ফিফা ব্যালোন দি’অরের সংক্ষিপ্ত তালিকায় আগুয়েরোর নামও ঘোষণা করা হয়।

এমিরেট্‌স স্টেডিয়ামে আর্সেনালের বিপক্ষে খেলায় লীগ কাপে আগুয়েরোর অভিষেক হয়। খেলার ৮৩তম মিনিটে তিনি একটি গোল করেন। ২১ ডিসেম্বর, স্টোক সিটির বিপক্ষে তিনি জোড়া গোল করেন এবং দলকে ৩–০ ব্যবধানের জয় এনে দেন। ২০১২ সালের ৩ জানুয়ারি, লিভারপুলের বিপক্ষে তিনি খেলার প্রথম গোলটি করেন এবং দলকে ৩–০ ব্যবধানের জয় এনে দেন। ১৬ ফেব্রুয়ারি, ইউরোপা লীগে পোর্তোর বিপক্ষে রাউন্ড অব ৩২ এর ১ম লেগের খেলায় ৭৮তম মিনিটে মারিও বালোতেল্লির বদলি হিসেবে মাঠে নামেন আগুয়েরো। ৮৫তম মিনিটে তিনি সিটির হয়ে জয়সূচক গোল করেন। এটি ছিল ইউরোপা লীগে তার প্রথম গোল। ২২ ফেব্রুয়ারি, দ্বিতীয় লেগে খেলা শুরুর মাত্র ১৯ সেকেন্ডের মধ্যে গোল করেন আগুয়েরো। খেলায় সিটি ৪–০ ব্যবধানে জয় লাভ করে। ২৫ ফেব্রুয়ারি, ব্ল্যাকবার্ন রোভার্সের বিপক্ষে সিটির ৩–০ ব্যবধানে জয়ের খেলায় আগুয়েরো লীগে তার ১৬তম গোল করেন। ১৫ মার্চ, ইউরোপা লীগে রাউন্ড অব ১৬ এর দ্বিতীয় লেগের খেলায় স্পোর্তিং ক্লাব দু পর্তুগালের বিপক্ষে জোড়া গোল করে দলকে ৩–২ ব্যবধানে জয় এনে দেন আগুয়েরো। কিন্তু দুই লেগ মিলিয়ে মোট গোলে ৩–৩ সমতা থাকলেও এওয়ে গোলে এগিয়ে থাকার কারনে কোয়ার্টার ফাইনালের টিকিট পায় স্পোর্তিং ক্লাব। ২১ মার্চ, চেলসির বিপক্ষে লীগে নিজের ১৭তম গোল করেন আগুয়েরো। খেলায় সিটি ২–১ ব্যবধানে জয় পায়। ২৯ মার্চ, পায়ের সমস্যার কারনে আগুয়েরোকে ১০ থেকে ১৫ দিনের জন্য মাঠের বাহিরে থাকতে হয়।

১১ এপ্রিল, ওয়েস্ট ব্রমউইচের বিপক্ষে আগুয়েরো জোড়া গোল করেন এবং দেভিদ সিলভা ও কার্লোস তেবেসের গোলে সহায়তা করেন। খেলায় সিটি ৪–০ ব্যবধানে জয় লাভ করে। ১৪ এপ্রিল, নরউইচ সিটির বিপক্ষে তিনি পুনরায় জোড়া গোল করেন। খেলায় ম্যানচেস্টার সিটি ৬–১ ব্যবধানে জয় লাভ করে এবং লীগে আগুয়েরোর মোট গোল সংখ্যা হয় ২১। পরের খেলায় উল্ভারহ্যাম্পটন ওয়ান্ডারার্সের বিপক্ষে তিনি একটি গোল করেন এবং দলকে ২–০ ব্যবধানে জয় এনে দেন। ৪ মে, আগুয়েরোকে ম্যানচেস্টার সিটির বর্ষসেরা খেলোয়াড় নির্বাচিত করা হয় এবং নরউইচের বিপক্ষে তার করা প্রথম গোলটি মৌসুমের সেরা গোল নির্বাচিত হয়।

২০১১–১২ মৌসুম
ইন্ডিপেন্ডিয়েন্তে
২০১০ ফিফা বিশ্বকাপ
২০০৯–১০ মৌসুম