দিল্লির সম্রাট আকবর অনেকবার সেনাবাহিনী পঠিয়েছেন এই সকল বিদ্রোহ দমনের জন্য কিন্তু সুন্দরবন প্রতাপাদিত্যকে একটি ভালো অবস্থান দিয়েছিলো যার ফলে সে সহজেই সম্রাটের বিরোধিতা করতে পারতেন। তার এই বিদ্রোহ দীর্ঘ সময় পর্যন্ত চলেছিলো। তবে এই বিদ্রোহ কোন সাধারণ যুদ্ধের মত ছিল না। এই বিষয়ে মুসলিম ঐতিহাসিকগণের নিরবতা এটা প্রমাণ করে যে স্থানীয় বিরোধ মিটানোর জন্য আসলে সম্রাট খুব ছোট একটা সৈন্য দল পাঠিয়েছিলেন। চাঁচড়ার রাজপরিবারের নথি থেকে জানা যায়, খান আজিম নামে আকবরের একজন সেনাপতি প্রতাপাদিত্যের কিছু পরগনা দখলে নিতে পেরেছিলেন। যদিও প্রতাপাদিত্য সেই রাজ শক্তিকে অনেকবার হারিয়েছিলেন কিন্তু এতে করে তার ক্ষমতা ও প্রভাবও অনেক কমে গিয়েছিলো। বিশাল রাজ্যের অধিকাংশই সুন্দরবনের অন্তর্গত ছিল। তাহার সময়ে যশোর রাজ্য বাঙ্গলার একটি প্রধান জনপদ হওয়ায় দুর্গম সুন্দরবন লোকের পক্ষে সুগম হয়ে উঠে। কিন্তু তখনও সুন্দরবনের নিবিড় অরণ্য সমভাবে বিদ্যমান থাকিয়া ব্যাঘ্র, গগুর, কুম্ভীরের আশ্রয়স্থানরূপে বিরাজ করিত। প্রতাপদিত্যের সময় যে সকল জেসুইট পাদরী এতদ্দেশে আগমন করিয়াছিলেন, র্তাহীদের বিবরণে সুন্দরবনের যে বর্ণনা দৃষ্ট হয়, তাহাতে তাহার নিবিড় অরণ্য ও বন্ত জস্তুর উল্লেখ দেখিতে পাওয়া যায়। প্রতাপাদিত্যের রাজধানী ও তার স্থাপিত গ্রাম, নগর, গড়, চত্তর প্রভৃতির চিহ্ন অদ্যপি সুন্দরবনের মধ্যে বিদ্যমান থাকিয়া ষোড়শ শতাব্দীতে ইহা কিরূপ গৌরবময় হইয়াছিল তাহার পরিচয় প্রদান করিতেছে ।

সপ্তদশ শতাব্দী হইতে আবার ইহার জনপদসমূহ নিবিড় অরণ্যে পরিণত হইতে আরম্ভ হয়। যে কারণে সুন্দরষনের নিবিড় অরণ্য নিবিড়তম হয়, সাধারণতঃ তাহার দুইটি কারণ অনুমিত হয়ে থাকে। তাহার প্রথম কারণ জলপ্লাবন ও ভূমিকম্প এবং দ্বিতীয় কারণ মগ ও ফিরিঙ্গী জলদ্বস্বাগণের অত্যাচার। এই দুই কারণে ইহার অধিবাসিগণ ইহার মধ্যস্থ গ্রাম নগর পরিত্যাগ করিয়া পলায়ন করিতে বাধ্য হওরায় সুন্দরবনের সপ্তদশ শতাব্দী, আবার ধ্বংসারম্ভ ।

প্রতাপাদিত্যের রাজত্বে সুন্দরবনের অবদান
যশোরেশ্বরী কালী মন্দির
স্মৃতিবিজড়িত স্থান
সামরিক অভিযান