দিল্লীর মোঘল সম্রাট বাবরের পরে তার পুত্র হুমায়ুন সম্রাট হওয়ার পর হুমায়ুন ও শের শাহের বিগ্রহ কালে (১৫৩৭ সালে ) বাংলার দেওয়ান ও কিছু কিছু জমিদারবর্গ স্বাধীনতা লাভে বিদ্রোহ গড়ে ছিল । এ সময় খোয়াজ ওসমান নামক এক বিদ্রোহী ইটা ও তরফ রাজ্য অধিকার করে। তখনকার সময়ে শ্রীহট্টের গৌড়রের শাসন কর্তা ইউসুফ খাঁ'র সাথে বিদ্রোহ খোয়াজ ওসমানের যুদ্ধ হয় । অপরদিকে মোঘল সম্রাট হুমায়ুনকে পরাজিত করে শের শাহ দিল্লীর সম্রাট হন । সিলেটের শাসনকর্তা ইউসুফ খা'র ভ্রাতা লোদি খাঁ সম্রাট শের শাহের দরবারে দিল্লীতে উপস্থিত হয়ে সিলেটের সার্বিক রাজনৈতিক অবস্থা বর্নণা করলে, শের শাহ লোদী খাঁকে বিদ্রোহ দমনে নিয়োজিত করে বাংলার নাজিম ইসলাম খাঁ'র সহযোগিতার জন্য সেখানে প্রেরণ করেন । পরবর্তিতে নাজিম ইসলাম খাঁ'র সেনাপতি সুজাত খাঁ'র সেনা বাহিনীর কাছে খোয়াজ ওসমান পরাজিত হলে তরফ ও ইটা রাজ্য মোগলদের শাসনে আসে। বিদ্রোহ দমনের পর লদি খাঁ পুর্ণ ক্ষমতার সাথে সিলেটে মোগল শাসন পুণ্য প্রতিষ্টা করেন। লোদি খাঁ'র মৃত্যুর পর তার পুত্র জাহান খাঁ সিলেটের শাসন প্রাপ্ত হন। জাহান খাঁ সময় দিল্লীর শাসকদের মধ্যে ও পরিবর্তন সংঘটিত হয়ে পর্যায়ক্রমে সম্রাট আকবর দিল্লীর সিংহাসনে উপবিষ্ট হন। সম্রাট আকবরের সময় কানুনগোদের (দেওয়ান) ক্ষমতা হ্রাস করা হয় সম্রাট আকবরের সময়ে সুবে বাংলা ১৯ টি সরকার ঘটন করা হলে সিলেট একটি সরকার রুপে গন্য হয়। সম্রাট আকবরের রাজস্ব বিভাগের মন্ত্রী রাজা তডরমাল সিলেটকে ৮টি মহালে বিভক্ত করে প্রতি মহালের রাজস্ব নির্ধারিত করেন। প্রাচীন তাম্রমুদ্রা অনুযায়ী সিলেটের এক একটি মহালের রাজস্ব নিম্নরুপঃ-
সিলেট বিভাগ হতে সম্রাট আকবরের মুদ্রানুসারে সর্ব মোট ১৬৭০৪০ টাকা রাজস্ব আদায় করা হত। এছাড়া সিলেট হতে বিভিন্ন ফলমূল, বৃক্ষ ও পশু-পক্ষী বিক্রয় করে আয়কর বৃদ্ধি করে দিল্লীর মোঘল দরবারে পাঠানো হত বলে আইন-এ আকবরী গ্রন্থে বরাতে শ্রীহট্টের ইতিবৃত্ত সহ বিভিন্ন ঐতিহাসিক গ্রন্থে উল্লেখ আছে। দিল্লী হতে নিযুক্ত আমিল বা ফৌজদারগণ রাজস্ব বিষয়ে ঢাকার নবাবের অধিনে এবং শাসন বিষয়ে মুর্শিবাদের অধিনে কাজ করতেন। ১৭২২ খ্রিষ্টাব্দে বাংলার নবাব মুর্শিদকুলি খাঁ রাজস্বের পাকা হিসাব প্রস্তত করেন। এতে সরকার সিলেট ও এর নিকটস্থ এলাকা নিয়ে চাকলা শিলহাট (তত্কালের রেকড পত্রে উচ্চারণ) ঘটিত হয় । তত্কালে সুবে বাংলার ১৩ চাকলার মধ্যে শিলহাট দ্বাদশ স্থানীয় গণ্য ছিল । ত্রিপুরা রাজ্যের সরাইল (বর্তমান ব্রাহ্মণ বাড়ীয়া জেলার উপজেলা) ও ময়মনসিংহ জেলার জোয়ানশাহী প্রভৃতি প্রসিদ্ধ পরগণা চাকলা শিলহাটের অন্তর্ভুক্ত হয় এবং রাজস্ব বর্ধিত করে ১৬৭০৪০ থেকে ৫৩১,৪৫৫ টাকা নির্ধারণে শ্রীহ্ট্টকে ৮ মহাল হতে ১৪৮ মহালে বিভক্ত করা হয়। মহাল গুলো পর্বতিতে ভিন্ন ভিন্ন পরগণায় খ্যাত হয়। পরবর্তিতে সুজা উদ্দীনের সময় বাংলা ২৫ টি জমিদারীতে বিভক্ত হলে সিলেটকে ২১ নং স্থানে রাখা হয়। এ সময় বিবিধ ভিন্ন ভিন্ন নামে জায়গীর ভুমি বাদে শ্রীহট্টের খালসা ভুমি ৩৬ টি পরগণাভুক্ত ছিল।

মোঘল শাসনামল
ঐতিহাসিক বিবরণ
ভাষা আন্দোলন
প্রাচীন জাতিগোষ্ঠীর বিবরণ