১৯৭১ সালে জামায়াত নেতারা বাংলাদেশের স্বাধীনতার বিরোধিতা করে কারণ তারা বিশ্বাস করত মুসলিম সংখ্যাগরিষ্ট দেশকে ভাগ করে আলাদা করলে এটি ইসলামের বিরুদ্ধে যাবে। সুতরাং ইসলামি ছাত্র সংঘের সদস্য হিসেবে কাদের মোল্লা স্বাধীনতা যুদ্ধের সময় আধাসামরিক বাহিনী আলবদরে যোগ দেন। কিন্তু বাংলাদেশ যুদ্ধে জয় লাভ করে স্বাধীনতা অর্জন করে ও নতুন সরকার রাজনীতি থেকে জামায়াতকে নিষিদ্ধ ঘোষণা করে।

১৯৭৫ সালে তৎকালীন রাষ্ট্রপতি শেখ মুজিবুর রহমান সেনাবাহিনীর একদল সদস্যের হাতে নিহত হওয়ার পর, নতুন সরকার জামায়াতকে পুনরায় রাজনীতি করার অনুমতি প্রদান করে। কাদের মোল্লা দলে সক্রিয় হতে থাকেন। তিনি দলের সহকারী সেক্রেটারি জেনারেল ছিলেন। তার জনপরিচিতির জন্য তিনি বাংলাদেশ জাতীয় প্রেস ক্লাবের সদস্য মনোনীত হয়েছিলেন।

যুদ্ধাপরাধের অভিযোগসমূহ
রাজনৈতিক জীবন
মৃত্যুদণ্ড
গ্রেফতার