পরবর্তী কালে, কেদার ও চাঁদের সাথে ঈসার বন্ধুত্ব শত্রুতায় পরিণত হয়| এর কারণরূপে ঈসা খায়ের চাঁদের বিধবা কন্যা স্বর্ণমনি বা স্কর্ণময়ীকে ছলপূর্বক বিবাহ করাকে ধরা হয়| স্বর্ণময়ীর রূপ দেখে মোহিত হয়ে পড়েন ঈসা খাঁ। বিয়ে করতে চাইলেন বিধবা স্বর্ণময়ীকে। পিতা চাঁদ রায় আর কেদার রায় দুজনেই ভয়াবহ ক্ষেপে উঠলেন অমন কথা শুনে। কেদার রায় আর ঈসা খাঁর বন্ধুত্ব সেখানেই শেষ। ঈসা খাঁ কিন্তু প্রস্তাব দিয়েই বসে থাকলেন না। একদিন যাত্রা পথে আক্রমন করে স্বর্ণময়ীকে তুলে নিয়ে যায়। তার নাম হল সোনাবিবি। অনেকে বলে সেই স্বর্ণময়ী বা সোনাবিবির নামেই ঈসা খাঁর রাজধানীর নাম সোনারগাঁ। ঈসা এনায়ৎ খানকে দূতরূপে পাঠিয়েছিলেন চাঁদ রায়ের কাছে পত্র প্রেরণ করতে, যাতে ঈসা তার কণ্যার পাণিগ্রহণের প্রস্তাব রেখেছিলেন| এর ফলে ক্রুদ্ধ ভ্রাতৃদ্বয় ঈসা খানের কলাগাছিয়া দুর্গ আক্রমণ করে বিধ্বস্ত করেন| সেখান থেকে ঈসা পলায়ণ করে ত্রিবেণী দুর্গে চলে যান| বলা হয় যে এসময়ই কেদার ও চাঁদের কুলগুরু শ্রীমন্ত খাঁ(ভট্টাচার্য) স্বর্ণমণিকে ছলপূর্বক ইসার হাতে সমর্পন করেন| শ্রীমন্তের প্রতিহিংসাপরায়ণতার কারণ ছিল তার পরিবর্তে এক দেবল ব্রাহ্মণকে কেদার-চাঁদ ভ্রাতৃদ্বয়ের গুরু রূপে গ্রহণ করা|

তীব্র সংঘাত হেতু কেদার রায় ঈসা খানের একের পর এক অঞ্চল বিধ্বস্ত ও করায়ত্ত করতে থাকেন| চাঁদ রায় শ্রীমন্তের বিশ্বাসঘাতকতা ও নিজ কন্যার ঈসা কর্তৃক তার রাজধানী তথা সোনারগাঁ এর খিজিরপুরে (বর্তমানে হাজিগঞ্জ) বন্দী হওয়ার ঘটনা শুনে শোকাহত হন এবং কিছুকালের মধ্যেই হৃদরোগে তার দেহাবসান ঘটে| কেদার অগ্রজের মৃত্যুর ফলে শোকে কিছুকাল রাজকার্য থেকে বিরত থাকেন| মন্ত্রী রঘুনন্দন চৌধুরী এই অল্প সময় দক্ষতার সাথে রাজ্য চালান| ঈসা খানকে তার জীবৎকাল পর্যন্ত বারবার কেদারের আক্রমণের সম্মুখীন হতে হয়েছিল। আরাকান রাজের সাথে যুদ্ধে কেউ কাউকে সাহায্য করলেন না|

ঈসা খাঁর সাথে শত্রুতা
দস্যু দমন ও মোগলদের সাথে যুদ্ধ
নৌবাহিনী
মৃত্যু