কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয় কর্তৃক প্রদত্ত শিক্ষা জাতীয় উদ্দেশ্য লাভে ব্যর্থ হয়। ১৯০৪ সালের বিশ্ববিদ্যালয় আইন-এ জাতীয় শিক্ষার পরিধি আরও একটু সীমিত হয়ে যায়। কারণ এ আইনের বলে কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয়ের সিনেট ও সিন্ডিকেটের নিয়ন্ত্রণ সরকার মনোনীত ইউরোপীয়দের হাতে চলে যায়। তাদের মূল লক্ষ্য ছিল প্রশাসন ও কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয়ের কারিকুলামে যে কোন ধরনের জাতীয়তাবাদী আদর্শের অণুপ্রবেশ বন্ধ করা। তাদের আরও চেষ্টা ছিল স্বদেশী বুদ্ধিজীবী কর্তৃক প্রতিষ্ঠিত বিভিন্ন কলেজ সমূহকে বিশ্ববিদ্যালয়ের অধীনে অন্তর্ভুক্ত হতে না দেওয়া। ১৯০৪ সালের বিশ্ববিদ্যালয় আইন ও ১৯০৫ সালের বঙ্গভঙ্গ জাতীয়তাবাদী চেতনাকে দারুণভানে উজ্জীবিত করে তোলে।

ঠিক এসময়ে সরকারের প্রয়োজন ছিল আশুতোষ মুখার্জীর মতো একজন ব্যক্তিত্ব। কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয়ের বিরুদ্ধে পাল্টা ব্যবস্থা হিসেবে জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয়ের কর্মপ্রচেষ্টাকে আশুতোষ সমর্থন করেন নি। তার মতে কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয় একটি অ্যাকাডেমিক ঐতিহ্য স্থাপন করেছে যা আমাদের রক্ষা করতে হবে এবং বিশ্ববিদ্যালয় কর্তৃক প্রদত্ত পাশ্চাত্য শিক্ষাকেও জাতীয় স্বার্থে ব্যবহার করা সম্ভব। তিনি বিশ্ববিদ্যালয়ের সংস্কার চেয়েছিলেন, বিপ্লব চান নি। সরকার অণুভব করেছিল যে, আশুতোষ মুখার্জীর তত্ত্বাবধানে বিশ্ববিদ্যালয় নিরাপদ থাকবে, রাজনৈতিক যুদ্ধক্ষেত্রে পরিণত হবে না।

তিনি বিশ্ববিদ্যালয়ের অবকাঠামোর মধ্যে থেকেই প্রায় সব জাতীয়তাবাদমূলক বিষয়কে কার্যকর করেছিলেন। তিনি কলেজ স্ট্রীট ও রাজাবাজার ক্যাম্পাসে কলা ও বিজ্ঞান শাখার জন্য নতুন বিভাগসমূহ স্থাপন করেন এবং ‘দেশী ভাষা’ ও ‘প্রাচীন ভারতের ইতিহাস’ বিভাগ দুটি চালু করেন। বিদেশী ও ভারতীয় বহু খ্যাতনামা শিক্ষাবিদ প্রফেসর হিসেবে বিভিন্ন বিভাগে নিযুক্ত হন। তিনি নিজে ব্যক্তিগতভাবে সমস্ত বিভাগের সিলেবাস প্রণয়নে তত্ত্বাবধান করেন। তিনি ছাত্রদের কল্যাণের জন্য যেমন উদ্বিগ্ন থাকতেন, তেমনি শিক্ষা ও পরীক্ষার ব্যাপারেও তিনি তাদের আগ্রহ সৃষ্টিতে অণুপ্রেরণা দিতেন। 
শিক্ষা
পারিবারিক ইতিহাস
শিক্ষাবিদ
পরবর্তী জীবন