১৯৬৫ সালে খলিল আল-ওয়াজির ও ফাতাহ নেতৃবৃন্দ দামেস্কে স্থায়ী হন। এখানে প্যালেস্টাইন লিবারেশন আর্মির (পিএলএ) ব্যাপক সংখ্যক সদস্যদের কাছে থেকে সুবিধা আদায় তাদের উদ্দেশ্য ছিল। সিরিয়াপন্থি ফিলিস্তিনি নেতা ইউসুফ উরাবিকে তিন তলা থেকে ফেলে হত্যার ঘটনার পর ১৯৬৬ সালের ৯ মে খলিল আল-ওয়াজির ও ইয়াসির আরাফাতকে সিরিয়ার আসাদের প্রতি অনুগত পুলিশ গ্রেপ্তার করে। তারা ফাতাহকে উরাবির দলের সাথে ঐক্যবদ্ধ করতে বা ফাতাহ নেতাদের মধ্যে আরাফাতের বিপক্ষের বিরুদ্ধে উরাবির সমর্থন আদায় করতে চাইছিলেন। বাকবিতন্ডা শুরু হওয়ার পর এই দুর্ঘটনা ঘটে। তবে এর পূর্বেই খলিল ও আরাফাত এই স্থান ত্যাগ করেছিলেন। ফিলিস্তিনি সাংবাদিক আবুরিশের মতে উরাবি ও আসাদ ঘনিষ্ঠ বন্ধু ছিলেন এবং ঘটনা তদন্তের জন্য আসাদ একটি প্যানেলকে নিয়োগ দিয়েছিলেন। এই প্যানেল আরাফাত ও খলিলকে দোষী সাব্যস্ত করলেও রাষ্ট্রপতির ডেপুটি মহাসচিব সালাহ জাদিদ তাদের ক্ষমা করে দেন।

১৯৬৭ সালে ছয়দিনের যুদ্ধে আরব জোটের পরাজয়ের পর যুদ্ধ অংশ নেয়া বা অংশগ্রহণকারী আরব রাষ্ট্রসমূহ থেকে সহায়তা পাওয়া ফিলিস্তিনি গেরিলা সংগঠনগুলি ফিলিস্তিনিদের সমর্থন হারায়। এর ফলে পিএলও এর মধ্যে ফাতাহ প্রধান অংশ হয়ে উঠে। তারা ফিলিস্তিনের জাতীয় কাউন্সিলের ১০৫টি আসনের মধ্যে ৩৩টি আসন লাভ করে। কোনো গেরিলা দলকে প্রদত্ত আসনের মধ্যে এই সংখ্যা সর্ববৃহৎ ছিল। এর ফলে খলিল আল-ওয়াজিরের অবস্থান দৃঢ় হয়। ১৯৬৮ সালের মার্চে কারামার যুদ্ধের সময় ফাতাহ যোদ্ধাদের মধ্যে তিনি ও সালাহ খালাফ ইসরায়েলের বিরুদ্ধে গুরুত্বপূর্ণ অবস্থানে ছিলেন। সামরিক কৌশলপ্রণেতা হিসেবে যোগ্যতা বৃদ্ধিতে এই ভূমিকা তাকে সহায়তা করেছে। পাশাপাশি তাকে অধিকৃত ফিলিস্তিনি ভূখন্ড ও ইসরায়েলে গেরিলা হামলা চালানোর দায়িত্ব দেয়া হয়।

কালো সেপ্টেম্বর ও লেবানন যুদ্ধ
হত্যাকান্ড
সিরিয়া ও ছয়দিনের যুদ্ধ পরবর্তী সময়
প্রারম্ভিক জীবন