মূলত দলীয় উপনেতা ও রাজনৈতিক প্রধান খাইরাত এল-শাতেরই ছিলেন মুসলিম ব্রাদারহুডের মূল রাষ্ট্রপতি পদপ্রার্থী। কিন্তু একটি আদালত প্রচারণা শুরুর আগে শাতের সহ একাধিক প্রার্থীকে নির্বাচনে অযোগ্য ঘোষণা করলে ব্রাদারহুড বা এফজেপি প্রার্থী হিসেবে মুহাম্মাদ মুরসির নাম উঠে আসে, যিনি মূলত সংগঠনটির দ্বিতীয় মনোনয়ন ছিলেন। পরে এফজেপি মুরসিকে তাদের প্রার্থী হিসেবে চূড়ান্ত করে।

ব্রাদারহুডের এক দলত্যাগী জনপ্রিয় নেতার অংশগ্রহণ সত্ত্বেও মুহাম্মাদ মুরসি ২৩ মে, ২০১২ এর নির্বাচনে ২৫.৫ শতাংশ ভোট পান, যা ছিল সর্বোচ্চ। প্রথম পর্বের পর মুহাম্মাদ মুরসি এবং আহমেদ শফিক দ্বিতীয় পর্বের চূড়ান্ত ভোটাভুটির জন্য মনোনীত হন। দ্বিতীয় পর্বের নির্বাচনের আগে মুহাম্মাদ মুরসি মিশরের সর্বস্তরের মানুষের প্রতি আহমেদ শফিকের বিরুদ্ধে অবস্থান নেওয়ার আহবান জানান। মুরসির রাজনৈতিক দল আহমেদ শফিককে, যিনি সাবেক বিমান বাহিনী প্রধান যিনি হোসনি মুবারাকের অধীনের প্রধানমন্ত্রী হিসেবে দায়িত্ম পালন করেন, ক্ষমতাচ্যুত মুবারাকের রক্ষাকর্তা হিসেবে আখ্যায়িত করে প্রচার করে, শফিক নির্বাচিত হলে মিশরের ক্ষমতাচ্যুত স্বৈরশাসন নতুন জীবন পাবে। 

৩০ মে, ২০১২ তারিখে মুহাম্মাদ মুরসি মিশরীয় টেলিভিশন উপস্থাপক তাওফিক ওকাশার বিরুদ্ধে একটি মানহানি মামলা করে বলেন, ওকাশা ইচ্ছাকৃত ভাবে ভুল তথ্য উপস্থাপন করে মুরসি ও তার রাজনৈতিক দলের সম্মানহানি করেছে। মিশরীয় গণমাধ্যমের সূত্রমতে, ওকাশা ২৭ মে তারিখে প্রায় তিন ঘণ্টা ব্যাপী একটি টেলিভিশন বক্তব্যে মিশরে ‘ইসলামপন্থীদের হাতে খ্রিষ্টানদের হত্যাকান্ডের’ প্রমাণাদি তুলে ধরে প্রশ্ন করেন, হত্যাকারীরা কীভাবে দেশ চালাবে। উল্লেখ্য, বিতর্কিত প্রমাণাদিগুলোতে ইসলামপন্থী হিসেবে মূলত মুসলিম ব্রাদারহুডকে ইঙ্গিত করা হয়েছিল।

২৪ জুন, ২০১২ তারিখে মুরসিকে দ্বিতীয় পর্বের নির্বাচনে জয়ী, অর্থাৎ রাষ্ট্রপতি হিসেবে নির্বাচিত ঘোষণা করা হয়। এর পরপরই মুরসি মুসলিম ব্রাদারহুড ও ফ্রিডম অ্যান্ড জাস্টিস পার্টি থেকে আনুষ্ঠানিক অব্যাহতি গ্রহণ করেন।
সেখানে আরও বলা হয়ে থাকে, তিনি মুসলিম ব্রাদারহুড এর মনোনীত প্রার্থী হিসেবে নির্বাচনে যোগদান করেন।

মৃত্যু
প্রাথমিক জীবন ও শিক্ষা
সরকার পরিবর্তন হচ্ছে
মিশরের রাষ্ট্রপতি নির্বাচন ২০১২