১৯৭৯ সালে ইরানে ইসলামী শাসনতন্ত্র প্রতিষ্ঠার পর, তিনি পর পর সংস্কার কমিশনের সদস্য, উপ-প্রতিরক্ষামন্ত্রী, সংস্কার রক্ষী বাহিনীর সেনাপ্রধান, তেহরানের ইসলামী ধর্মীয় নেতা, ইসলামী সংসদের স্পিকার ও সর্বোচ্চ প্রতিরক্ষা কমিশনে খোমেনীর প্রতিনিধির দায়িত্ব পালন করেন।

সৈয়দ আলী খামেনেয়ী ইরানী বিপ্লব চলাকালীন সময়ে আয়াতুল্লাহ রুহুল্লাহ খোমেনীর ঘনিষ্ঠ সহযোদ্ধা এবং বিপ্লবের অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ ব্যক্তিত্ব ছিলেন। তিনি খোমেনীর নেতৃত্বে রাজা মোহাম্মদ রেজা শাহ পাহলভীর বিরুদ্ধে রাজনৈতিক অভিযানে অংশ নেন। ১৯৬৪ থেকে ১৯৭৮ সাল পর্যন্ত তিনি বহুবার গ্রেফতার হন। ১৯৭৮ সালে তিনি বিদেশে আশ্রয় নেন।

১৯৮১ সালের জুন মাসে খুব কাছ থেকে হওয়া একটি হত্যাচেষ্টা থেকে পালাতে সক্ষম হন, যখন তিনি সংবাদ সম্মেলন করছিলেন কাছাকাছি থাকা একটি টেপরেকর্ডার বোমা তার পাশে বিস্ফোরিত হয়। এর জন্য তার মূল্য দিতে হয়। তিনি তার ডান হাতের কার্যক্ষমতা সারাজীবনের জন্য হারান।

১৯৮১ সালে মোহাম্মাদ আলি রাজাজি হত্যার পর, ওই বছরের অক্টোবরে অনুষ্ঠিত ইরানের ৩য় রাষ্ট্রপতি নির্বাচনে আলী খামেনেয়ী ব্যাপক ব্যবধানে ধর্মীয় নেতা হিসেবে জয়লাভ করেন। এই নির্বাচনে ইরানের ৯৫ শতাংশের উপরে অর্থাৎ ১ কোটি ৬০ লাখ মানুষ তাকে ভোট দেয়। রুহুল্লাহ খোমেনী চেয়েছিলেন ধর্মীয় নেতাদের রাষ্ট্রপতি পদ থেকে আলাদা রাখতে, পরে অবশ্য তাকে মত বদলাতে হয়।

খামেনেয়ী তার দেশ ইরানকে ১৯৮০র দশকে সংঘটিত ইরান-ইরাক যুদ্ধ চলাকালীন সময়ে সফলভাবে নেতৃত্ব দিতে সক্ষম হন। এই যুদ্ধে সাদ্দাম হোসেনের ইরাক বর্তমান ও পূর্বের পরাশক্তিগুলোর সমর্থন পেলেও কৌশলগত দিক থেকে তারা ইরানের কাছে পরাজয় বরণ করে।

আলি খামেনেয়ী রুহুল্লাহ খোমেনীর উত্তরসূরি হিসেবে খোমেনীর ইন্তেকালের পর ১৯৮৯ সালের ৪ জুন ইরানের সর্বোচ্চ ধর্মীয় নেতা হিসেবে দায়িত্ব গ্রহণ করেন।

রাজনৈতিক জীবন
মানবাধিকার
প্রাথমিক জীবন ও শিক্ষা
যুক্তরাষ্ট্রের সাথে বৈদেশিক নীতি