১২ ই মে ২০১৩, বাংলাদেশ পুলিশ যুদ্ধাপরাধের অভিযোগে ঢাকা থেকে ইউসুফকে গ্রেপ্তার করে, গণহত্যা, হত্যা, লুটপাট, অগ্নিসংযোগ ও সংখ্যালঘু ধর্মের সদস্যদের ধর্মান্তরিত করার জন্য পাকিস্তানের সাথে ১৯৭১ সালের স্বাধীনতা যুদ্ধের ১৫ টি অপরাধের অভিযোগে তাকে অভিযুক্ত করে। পুলিশ অভিযোগ করেছে যে তিনি রাজাকার বাহিনীর প্রতিষ্ঠাতা ছিলেন। এ বাহিনী বেসামরিক নাগরিককে বাঙালি জাতীয়তাবাদীদের প্রতি সহানুভূতিশীল বলে সন্দেহ করেছিল। 

গ্রেফতার
বই
জামায়াতে ইসলামী বাংলাদেশের নেতৃত্ব
বিভিন্ন সামাজিক প্রতিষ্ঠানের নেতৃত্ব