১৮৯৯ সালের ৪ ফেব্রুয়ারি আমেরিকান বাহিনী একটি বড় আক্রমণ শুরু করায় দুজন আমেরিকান প্রাইভেট তিন ফিলিপিনো সেনাকে হত্যা করার পরে শত্রুতা শুরু হয়। সান জুয়ান, একটি মণিলা শহরতলির। এটি ফিলিপাইন-আমেরিকান যুদ্ধ শুরু করেছিল, যার জন্য স্প্যানিশ-আমেরিকান যুদ্ধের চেয়ে অনেক বেশি অর্থ ব্যয় এবং অনেক বেশি জীবন নেওয়া হত।প্রায় ১২৬,০০০ আমেরিকান সৈন্য সংঘাতের প্রতিশ্রুতিবদ্ধ হবে; ৪,২৩৪ জন আমেরিকান মারা গেছেন, যেমন ফিলিপাইনের রিপাবলিকান সেনাবাহিনীর সৈন্য যারা কমপক্ষে ৮০,০০০ থেকে এক লক্ষ সৈন্যের দেশব্যাপী গেরিলা আন্দোলনের অংশ ছিল।

আমেরিকান এবং বিদ্রোহীদের মধ্যে ধরা সাধারণ জনগণের উল্লেখযোগ্য ক্ষতি হয়েছে। যুদ্ধের পরোক্ষ ফলস্বরূপ কমপক্ষে দুই লক্ষ ফিলিপিনো নাগরিক প্রাণ হারালেন বেশিরভাগ যুদ্ধের শেষে কলেরা মহামারীর ফলস্বরূপ যা দেড় লক্ষ থেকে দুই লক্ষের মধ্যে প্রাণ গ্রহণ করেছিল। দু'পক্ষই নৃশংসতা করেছিল।

দুর্বল সজ্জিত ফিলিপিনো সেনাবাহিনীকে সহজেই মার্কিন সেনারা খোলা লড়াইয়ে পরাস্ত করেছিল, তবে তারা গেরিলা যুদ্ধের প্রবল প্রতিপক্ষ ছিল। বিপ্লবী রাজধানী ম্যালোলোস ১৮৯৯ সালের ৩১ শে মার্চ বন্দী হয়েছিল। আগুয়ানোদো এবং তার সরকার পালিয়ে গিয়েছিলেন, তবে, সান ইসিড্রো, নুভা এসিজাতে একটি নতুন রাজধানী স্থাপন করেছিলেন। ১৮৯৯ সালের ৫ জুন আগুনিয়ালদোর সর্বাধিক সক্ষম সামরিক কমান্ডার অ্যান্টোনিও লুনা আগুইনালদোর রক্ষীদের হাতে আগুনালদোর সাথে সাক্ষাত করতে নুভা একিজার কাবানাটুয়ান সফরকালে একটি আপাত হত্যাকাণ্ডে হত্যা করেছিলেন। তার সেরা কমান্ডার মারা যাওয়ার সাথে সাথে এবং তার সৈন্যরা অব্যাহত পরাজয়ের শিকার হওয়ায় আমেরিকান বাহিনী উত্তর লুজনের দিকে ঠেলে দেওয়ার পরে, আগুনালাদো ১৩ নভেম্বর নিয়মিত সেনা ভেঙে দিয়েছিল এবং বেশ কয়েকটি সামরিক অঞ্চলে প্রতিটি বিকেন্দ্রীভূত গেরিলা কমান্ড প্রতিষ্ঠার নির্দেশ দিয়েছিল।আরেকজন গুরুত্বপূর্ণ জেনারেল গ্রেগরিও দেল পিলার, ১৮৯৯ সালের ২ ডিসেম্বর তিরাদ পাসের যুদ্ধে নিহত হন - আমেরিকানদের বিলম্বিত করার পিছনে রক্ষী ব্যবস্থা ছিল, যখন আগুনাল্ডো পাহাড়ের মধ্য দিয়ে পালাতে পেরেছিলেন।

আগুনিয়ালদো ২৩ শে মার্চ, ১৯০১ সালে ইসাবেলার পালানান শহরে বন্দী হয়েছিলেন এবং তাকে ম্যানিলায় আনা হয়েছিল। আরও প্রতিরোধের নিরর্থকতা সম্পর্কে বিশ্বাসী, তিনি আমেরিকাতে আনুগত্যের শপথ করেছিলেন এবং তার দেশবাসীকে তাদের অস্ত্র রাখার আহ্বান জানান এবং আনুষ্ঠানিকভাবে যুদ্ধের অবসান ঘটান। তবে, ফিলিপাইনের বিভিন্ন অঞ্চলে, বিশেষত মুসলিম দক্ষিণে, ১৯১৩সাল পর্যন্ত বিক্ষিপ্ত বিদ্রোহী প্রতিরোধ অব্যাহত ছিল।
১৯০০ সালে রাষ্ট্রপতি ম্যাককিনলি আইন প্রয়োগ ও রাজনৈতিক ব্যবস্থা পুনরায় ইঞ্জিনিয়ার করার হুকুম সহ ফিলিপিন্সে টাফ্ট কমিশন প্রেরণ করেছিলেন।১ জুলাই, ১৯০১ এ, কমিশনের প্রধান উইলিয়াম হাওয়ার্ড টাফট সিভিল গভর্নর হিসাবে সীমিত নির্বাহী ক্ষমতা সহ উদ্বোধন করেছিলেন। সেই অঞ্চলগুলিতে যেখানে বিদ্রোহ অব্যাহত রয়েছে সেখানে সামরিক গভর্নরের কর্তৃত্ব অব্যাহত ছিল। টাফ্ট কমিশন বিচারিক ব্যবস্থা, সিভিল সার্ভিস এবং স্থানীয় সরকার সহ নতুন সরকারের মৌলিক স্থাপনের জন্য আইন পাস করেছে। বিদ্রোহী আন্দোলনের অবশিষ্টাংশ মোকাবেলা এবং ধীরে ধীরে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের সেনাবাহিনীর দায়িত্ব গ্রহণের জন্য একটি ফিলিপাইন কনস্টাবুলারি সংগঠিত হয়েছিল।

মা-আই-এর দেশ
চতুর্থ প্রজাতন্ত্র
স্প্যানিশ বন্দোবস্ত এবং নিয়ম (১৫৬৫-১৮৯৮)
ফিলিপাইন – আমেরিকান যুদ্ধ