২০ বছর বয়সে জিন্নাহ বোম্বেতে তার আইনপেশা শুরু করেন। বোম্বেতে তখন তিনি ছিলেন শহরের একমাত্র মুসলিম ব্যারিস্টার। এরপর থেকে বাকি জীবন ইংরেজি তার প্রধান ভাষা হয়ে উঠে। বোম্বের ভারপ্রাপ্ত এডভোকেট জেনারেল জন মলসওয়ার্থ ম্যাকফারসন তাকে তার চেম্বারে কাজ করার প্রস্তাব দিলে জিন্নাহর সামনে সুযোগ বৃদ্ধি পায়। ১৯০০ সালে বোম্বে প্রেসিডেন্সির ম্যাজিস্ট্রেট পি এইচ ডাস্তুর অস্থায়ীভাবে পদ ছাড়েন এবং জিন্নাহ অন্তর্বর্তীকালীন ভাবে তা লাভ করেন। ছয় মাস পর জিন্নাহকে আইনসভায় সদস্য হওয়ার প্রস্তাব করা হয় এবং এর জন্য মাসিক ১,৫০০ রুপি বেতন দেয়া হবে বলা হয়। তিনি তা প্রত্যাখ্যান করেন। তার ভাষ্য ছিল যে তিনি দৈনিক ১,৫০০ রুপি উপার্জনের পরিকল্পনা করেছেন। তিনি এরপর তা উপার্জনে সক্ষম হন। এসময় এই পরিমাণ অর্থ অনেক মূল্যবান ছিল। তবে পাকিস্তানের গভর্নর জেনারেল হিসেবে তিনি বেশি পরিমাণ বেতন গ্রহণে অসম্মতি জানান এবং তার বেতন মাসে ১ রুপি ধার্য করেন।

১৯০৭ সালে কাওকাস মামলা দক্ষতার সাথে পরিচালনার জন্য জিন্নাহ আইনজীবি হিসেবে খ্যাতি লাভ করেন। বোম্বে পৌরসভা নির্বাচনের সময় ভারতীয়দের তরফ থেকে অভিযোগ উঠে যে স্যার ফিরোজশাহ মেহতাকে কাউন্সিলের বাইরে রাখার জন্য ইউরোপীয়দের একটি গোষ্ঠী ষড়যন্ত্র করছে। স্যার ফিরোজশাহের পক্ষে মামলা লড়ে জিন্নাহ খ্যাতি লাভ করেন। মামলায় জিততে না পারলেও আইনজীবী ও আইনি যুক্তিতে তার দক্ষতা এতে প্রকাশ পায়। ১৯০৮ সালে ভারতীয় জাতীয় কংগ্রেসে তার বিরোধীপক্ষ বাল গঙ্গাধর তিলক রাজদ্রোহীতার দায়ে গ্রেপ্তার হন। বিচারের সময় তিলক নিজেকে উপস্থাপনের আগে জিন্নাহর মাধ্যমে নিজের জামিন নিশ্চিত করার চেষ্টা করেন। জিন্নাহ এতে সফল হননি। তবে ১৯১৬ সালে তিলকের বিরুদ্ধে পুনরায় রাজদ্রোহীতার অভিযোগ আনা হলে তাকে বেকসুর খালাস করায় সফল হন।

বোম্বে হাইকোর্টে জিন্নাহর সহকর্মী এক ব্যারিস্টার বলেছেন যে "নিজের প্রতি জিন্নাহর বিশ্বাস ছিল অসাধারণ"। জিন্নাহ সম্পর্কে একটি ঘটনা মনে করতে গিয়ে তিনি বলেন যে একবার বিচারক জিন্নাহকে বলেন যে “মিস্টার জিন্নাহ, মনে রাখবেন যে আপনি কোনো তৃতীয় শ্রেণীর ম্যাজিস্ট্রেটকে সম্বোধন করছেন না”। জিন্নাহর উত্তর ছিল, "মাই লর্ড, আমাকে বলার অনুমতি দিন যে আপনি কোনো তৃতীয় শ্রেণীর উকিলকে সম্বোধন করছেন না।"

প্রথম জীবন
ব্যারিস্টার
গভর্নর জেনারেল
নেতা হিসেবে উত্থান