১৮৮০-র দশকের প্রথম দিকে গুটিবসন্ত প্রতিরোধের জন্য টিকাদান বাধ্যতামূলক করার বিতর্কে ওয়ালেসও জড়িয়ে পড়েন। প্রথমে তিনি ব্যাপারটিকে ব্যক্তি স্বাধীনতার বিষয় ভাবতেন, কিন্তু পরবর্তীতে টিকাদান কর্মসূচীর বিরোধিদের দ্বারা পরিচালিত কিছু পরিসংখ্যান দেখে তিনি টিকার কার্যকারিতা নিয়ে সন্দিহান হয়ে পড়েন। সে সময় রোগের জীবাণু তত্ত্ব ছিল নতুন আবিষ্কার এবং তখনও তা সর্বজনীন গ্রহণযোগ্যতা পায়নি। উপরন্তু টিকা কেন কাজ করে তা বোঝার জন্য মানুষের রোগ প্রতিরোধ ব্যবস্থা সম্পর্কে যতটুকু জানা দরকার ততোটা মানুষ জানতো না। কিছু গবেষণা করতে গিয়ে ওয়ালেস লক্ষ্য করেন, টিকাদানের সমর্থকরা অনেক সময় এই কর্মসূচীর ফলপ্রসূতা প্রমাণের জন্য সন্দেহজনক ও ক্ষেত্রবিশেষে মিথ্যা পরিসংখ্যান ব্যবহার করে। তিনি সব সময়ই কর্তৃপক্ষদের সন্দেহের চোখে দেখতেন। তাই এবারও ভেবে বসেন, সম্ভবত টিকাদান প্রচারের পেছনে ডাক্তারদের কোন স্বার্থ আছে, এবং বর্তমানে গুটিবসন্তের প্রকোপ কমে যাওয়ার কারণ টিকাদান নয় বরং মানুষের সাধারণ স্বাস্থ্য সচেতনতা ও পয়ঃনিষ্কাশন ব্যবস্থার উন্নতি।

তার বিরোধিতার আরেকটি কারণ প্রাকৃতিক নির্বাচন বিষয়ে তার ভাবনা। তিনি ভাবতেন, প্রকৃতিতে সকল জীব প্রাকৃতিক নির্বাচনের চাপে একটি ভারসাম্যপূর্ণ অবস্থায় বিরাজ করে এবং ক্ষতিকর বিষয়গুলো নির্বাচনের কারণেই অতোটা প্রভাব বিস্তার করতে পারে না। সে হিসেবে সকল প্রাকৃতিক জীব, এমনকি রোগ সৃষ্টিকারী জীবাণুদেরও প্রকৃতির বিশাল প্রেক্ষাপটে কোন উপকারী ভূমিকা আছে। তিনি ভেবেছিলেন, টিকাদান এই প্রাকৃতিক ভারসাম্যকে নষ্ট করে কিছু অনাকাঙ্ক্ষিত ফলাফলের জন্ম দিতে পারে। ওয়ালেস এবং অন্য টিকাদান-বিরোধীরা এটাও ধরিয়ে দিয়েছিলেন যে, টিকাদান, যা তখন বেশ অস্বাস্থকর পরিবেশে করা হতো, ক্ষেত্রবিশেষে মানুষের জন্য ভয়ংকর হতে পারে।

১৮৯০ সালে ওয়ালেস তার মতামতের পক্ষে রয়েল কমিশনে কিছু প্রমাণ উপস্থাপন করেন। কমিশন তার প্রমাণগুলো খতিয়ে দেখতে গিয়ে তাতে বেশ কিছু ভুল ও সন্দেহজনক পরিসংখ্যান পায়। "দ্য ল্যান্সেট" লিখে, ওয়ালেস ও অন্য টিকাদান-বিরোধীরা পরিসংখ্যান তৈরির সময় বেছে বেছে তাদের পক্ষে যায় এমন সব বিষয় নির্বাচন করছে, এবং তাদের মতামতের বিরোধী বিপুল পরিমাণ উপাত্ত পুরোপুরি এড়িয়ে যাচ্ছে। শেষ পর্যন্ত কমিশনটি গুটিবসন্তের টিকা বাধ্যতামূলক রাখার পক্ষে রায় দেয়, অবশ্য সেই টিকাদানের প্রক্রিয়া ও পরিবেশ আরও স্বাস্থ্যকর করার দিকে নজর দিতে বলা হয় এবং টিকা নিতে অস্বীকারকারীদের শাস্তি আরও লঘু করা হয়। এর অনেক পরে ১৮৯৮ সালে ওয়ালেস কমিশনের সিদ্ধান্তের কঠোর সমালোচনা করে "Vaccination a Delusion; Its Penal Enforcement a Crime" নামে একটি পুস্তিকা প্রকাশ করেন। "দ্য ল্যান্সেট" আবারও তার পুস্তিকাটির সমালোচনা করে এবং উল্লেখ করে যে, এতে পূর্বের মতোই অনেক ভুল ও সন্দেহজনক পরিসংখ্যান রয়ে গেছে।

ডারউইন ও নিজের ধারণার পক্ষ সমর্থন
প্রাকৃতিক নির্বাচন এবং ডারউইন
আর্থিক দুর্দশা
টিকাদান কর্মসূচীর বিরোধিতা