গ্রোজনির পতনের পর রুশ সরকার ধীরে ধীরে নিয়মতান্ত্রিকভাবে চেচনিয়ার নিম্নভূমিতে এবং এরপর পার্বত্য অঞ্চলসমূহে নিয়ন্ত্রণ স্থাপন করে। ৭ এপ্রিল ওমন ও অন্যান্য কেন্দ্রীয় বাহিনীর সদস্যরা সীমান্তবর্তী সামাশকি গ্রাম দখলের সময় কমপক্ষে ১০৩ জন বেসামরিক লোককে হত্যা করে এবং আরো কয়েক শত বেসামরিক মানুষকে বন্দি করে নির্যাতন করে। ১৫ এপ্রিল দক্ষিণের পার্বত্য অঞ্চলে রুশরা ২০০–৩০০ সাঁজোয়া যানের সুবৃহৎ বহর নিয়ে অগ্রসর হয়। চেচেন যোদ্ধারা সম্পূর্ণরূপে অবরুদ্ধ শালি শহরে তাদের সামরিক সদর দপ্তর স্থানান্তর করে আর্গুন শহরটি রক্ষা করে, এরপর সের্ঝেন-ইয়ুর্তে সদর দপ্তরটি স্থানান্তর করে এবং সবশেষে ভেদেনোয় শামিল বাসায়েভের জন্মস্থানে সরে যেতে বাধ্য হয়। চেচনিয়ার দ্বিতীয় বৃহত্তম শহর গুদের্মেস বিনা যুদ্ধে রুশদের নিকট আত্মসমর্পণ করে, কিন্তু রুসলান গেলায়েভের নেতৃত্বাধীন যোদ্ধারা শাতোয় গ্রামটি রক্ষা করে। পরবর্তীতে চেচেন কমান্ড ভেদেনো থেকে দার্গো গ্রামে, এবং সেখান থেকে বেনোয়ে সরে যায়। মার্কিন সেনাবাহিনীর একটি বিশ্লেষণমূলক প্রতিবেদন অনুযায়ী, ১৯৯৫ সালের জানুয়ারি থেকে জুনের মধ্যে রুশ সৈন্যবাহিনী নিয়মিত যুদ্ধের মাধ্যমে চেচনিয়ার অধিকাংশ দখল করে নেয় এবং এসময় প্রায় ২,৮০০ রুশ সৈন্য নিহত, ১০,০০০ সৈন্য আহত ও ৫০০-এরও বেশি সৈন্য নিখোঁজ অথবা বন্দি হয়। তবে কিছু চেচেন যোদ্ধা প্রত্যাবর্তনকারী শরণার্থীদের ভিড়ে লুকিয়ে রুশ-অধিকৃত অঞ্চলে অনুপ্রবেশ করতে সক্ষম হয়।

যুদ্ধ চলতে থাকলে চেচেন বিদ্রোহীরা ব্যাপক হারে বেসামরিক জনগণকে জিম্মি করতে আরম্ভ করে। তাদের উদ্দেশ্য ছিল রুশ জনসাধারণ ও নেতৃবৃন্দের মনে আতঙ্কের সৃষ্টি করা। ১৯৯৫ সালের জুনে শামিল বাসায়েভের নেতৃত্বে একদল চেচেন যোদ্ধা দক্ষিণ রাশিয়ার বুদিয়োন্নোভস্ক শহরের একটি হাসপাতালে ১,৫০০ জনেরও বেশি মানুষকে জিম্মি করে; বাসায়েভ ও রুশ প্রধানমন্ত্রী ভিক্তর চের্নোমির্দিনের মধ্যে আলোচনার মাধ্যমে একটি যুদ্ধবিরতি স্বাক্ষরিত হওয়ার পূর্বে প্রায় ১২০ জন বেসামরিক রুশ নিহত হয়। এই আক্রমণের ফলে রুশরা সাময়িকভাবে চেচনিয়ায় তাদের সামরিক কার্যকলাপ বন্ধ রাখে এবং এই সুযোগে চেচেনরা তাদের শক্তিবৃদ্ধি করতে সক্ষম হয়। চেচনিয়ায় পুরোমাত্রার রুশ আক্রমণের ফলে দুদায়েভের অনেক বিরোধীও তার সঙ্গে যোগদান করে এবং হাজার হাজার চেচেন স্বেচ্ছাসেবক বিদ্রোহীদের সঙ্গে যোগ দেয়। অনেক এলাকায় স্থানীয় জনসাধারণ তাদের এলাকাগুলোকে রুশ আক্রমণ থেকে রক্ষা করার জন্য স্থানীয় আত্মরক্ষামূলক মিলিশিয়া বাহিনী গঠন করে। ১৯৯৫ সালের শেষদিকে এসব মিলিশিয়া বাহিনীতে ৫,০০০–৬,০০০ সশস্ত্র যোদ্ধা ছিল। চেচেন কমান্ডের বক্তব্য অনুযায়ী, চেচেন বিদ্রোহীরা সর্বমোট ১০,০০০–১২,০০০ পূর্ণকালীন যোদ্ধা মাঠে নামিয়েছিল। জাতিসংঘের একটি প্রতিবেদন অনুসারে, চেচেন বিদ্রোহীদের মধ্যে পুরুষের পাশাপাশি নারীরাও ছিল এবং বিদ্রোহীদের একটি বড় অংশ ছিল শিশু, যাদের কারো কারো বয়স ছিল মাত্র ১১ বছর। বিদ্রোহীদের নিয়ন্ত্রিত ভূমির পরিমাণ হ্রাস পাওয়ার সাথে সাথে তারা শত্রুর অধিকৃত এলাকায় বুবি ট্র্যাপ ও ভূমি মাইন ব্যবহারসহ গেরিলাযুদ্ধের কৌশল অবলম্বন করে। এসবের মধ্যে বিস্ফোরকের ব্যবহার ছিল বিশেষভাবে উল্লেখযোগ্য; তাছাড়া চেচেনরা কার্যকারিতার সঙ্গে মাইন ও চোরাগোপ্তা হামলাকে সমন্বিতভাবে রুশদের বিরুদ্ধে ব্যবহার করে।

১৯৯৫ সালের শেষদিকে চেচনিয়ায় কেন্দ্রীয় বাহিনীর কমান্ডার জেনারেল আনাতোলি রোমানভ গ্রোজনিতে একটি বোমা হামলায় গুরুতরভাবে আহত হন। ঘটনাটিকে ঘিরে রুশ সেনাবাহিনীর একটি অংশের ওপর সন্দেহের সৃষ্টি হয়, কারণ এই হামলার ফলে জেনারেল রোমানভ ও চেচেন প্রধান সেনাপতি (এবং সোভিয়েত সেনাবাহিনীর প্রাক্তন কর্নেল) আসলান মাসখাদভের সমঝোতার ভিত্তিতে একটি স্থায়ী যুদ্ধবিরতি সম্ভাবনা শেষ হয়ে যায়; আগস্টে তারা দুইজন স্থানীয় নেতাদের বুঝিয়ে রুশ যুদ্ধবন্দিদের মুক্ত করার জন্য দক্ষিণ চেচনিয়ায় গিয়েছিলেন। ১৯৯৬ সালের ফেব্রুয়ারিতে গ্রোজনিতে হাজার হাজার স্বাধীনতাকামী চেচেন একটি শান্তি মিছিল বের করলে রুশ ও রুশপন্থী চেচেন সৈন্যরা মিছিলটির ওপর গুলিবর্ষণ করে বহুসংখ্যক চেচেনকে হত্যা করে। এর দুই দিন পর চেচেন স্বাধীনতার প্রতীক হিসেবে বিবেচিত গ্রোজনির বিধ্বস্ত রাষ্ট্রপতি ভবনটি ধ্বংস করে ফেলা হয়।

মানবাধিকার লঙ্ঘন ও যুদ্ধাপরাধ
চলমান রুশ আক্রমণ
যুদ্ধ চলমান
রুশ বাহিনীর গ্রোজনি আক্রমণ