আল-জাওয়াহিরির ইয়েমেনীয় ঠিকাদার তাকে বারবার সংযুক্ত আরব আমিরাতে ভ্রমণ করতে দেখেন। কিন্তু অনুপস্থিতির সাথে আলবেনিয়া থেকে ফেরত আইন তাকে দোষী প্রমাণ করে দেয়। তিনি ১৯৯৯ সালের মার্চ অথবা এপ্রিলে গ্রেফতার হন। এবং আরব আমিরাত তাকে কায়রোর কাছে সমর্পণ করেন। এসময় তিনি খালেদ আব্দুস সামীর সাথে মিলে ষড়যন্ত্র করার অভিযোগে অভিযুক্ত হন।

তার স্ত্রী ইয়েমেনের সানাস্থিত মিসর দূতাবাসের সাথে অক্টোবর পর্যন্ত যোগাযোগ করেননি। এবং তারা তার গ্রেফতারি সম্পর্কে নিশ্চিত হন। আল-জাওয়াহিরির স্ত্রীকে সন্তানসমেত কায়রো ফেরতের অনুমতি দেওয়া হয়। তবে তাদেরকে তিনদিন আটক রেখে জিজ্ঞাসাবাদ করা হয়।

১৯৯৯ সালের শেষদিকে আল-জাওয়াহিরির ছোটভাই হুসাইনকে সিআইএ, মিসরীয় এবং মালয়েশিয়ান গোয়েন্দাসংস্থার যৌথ অভিযানে তার কর্মক্ষেত্র থেকে গ্রেফতার করা হয়। তখন তিনি মালয়েশিয়ান নির্মাতা কোম্পানি "মাল্টিডিস্কোভারি"তে কাজ করতেন।

গ্রেফতার
প্রাথমিক জীবন
পরবর্তী কার্যক্রম
মুক্তি