সোভিয়েতদের প্রত্যাবর্তনের পর আফগান সরকারি বাহিনী ও মুজাহিদদের মধ্যে জালালাবাদের যুদ্ধ সংঘটিত হয়। এসময় নজিবউল্লাহ সোভিয়েত সহায়তার আহ্বান জানান। তবে তার এই আহ্বান ফিরিয়ে দেয়া হয়।

১৯৮৯ থেকে ১৯৯০ সালের মধ্যে নজিবউল্লাহ সরকার আংশিকভাবে আফগান প্রতিরক্ষা বাহিনী গড়ে তুলতে সক্ষম হয়। রাষ্ট্রীয় নিরাপত্তা মন্ত্রণালয় প্রায় ১,০০,০০০ সদস্যের একটি স্থানীয় মিলিশিয়া বাহিনী গঠন করে। সার্বিকভাবে সরকারের কাছে প্রায় ৩,০০,০০০ সৈনিক ছিল। ১৯৯০ সালের গ্রীষ্ম নাগাদ সরকারি বাহিনী রক্ষণাত্মক ভূমিকায় চলে যায়। ১৯৯১ সালের শুরুর দিকে সরকারের হাতে দেশের মাত্র ১০% এলাকার নিয়ন্ত্রণ ছিল। মুজাহিদদের জয়ের মাধ্যমে ১১ বছরব্যপী চলমান খোস্ত অবরোধ এসময় সমাপ্ত হয়। এসময় সোভিয়েত ইউনিয়ন থেকেও নজিবউল্লাহ সমর্থন পাননি। ১৯৯১ সালে শেভার্দ‌নাদজেকে লেখা চিঠিতে নজিবউল্লাহ লেখেন, "আমি রাষ্ট্রপতি হতে চাইনি, আপনি আমার সাথে এই বিষয়ে কথা বলেছেন, জোর দিয়েছেন এবং সমর্থনের ওয়াদা করেছেন। এখন আপনি আমাকে পরিত্যাগ করে আফগানিস্তানের প্রজাতন্ত্রকে তার ভাগ্যের উপর সপে দিচ্ছেন।"

রাষ্ট্রীয় নিরাপত্তা মন্ত্রী: ১৯৮০–১৯৮৫
গৃহযুদ্ধ
বহিঃসংযোগ
আফগান-সোভিয়েত সম্পর্ক