আস্ত্রোনোমিয়া নোভা শেষ করার পর কেপলারের মূল কাজ ছিল রুডলফীয় তালিকা শেষ করা এবং এর উপর ভিত্তি করে একটি পূর্ণাঙ্গ এফিমেরিস (যাতে জ্যোতিষ্কসমূহের অবস্থান লিপিবদ্ধ থাকে) প্রণয়ন। এর কোনটিই অবশ্য অদূর ভবিষ্যতে শেষ হয়নি। এ সময় কেপলার ইতালীয় জ্যোতির্বিদ জিওভান্নি আন্তোনিও মাজিনি-র সাথে সহযোগিতার চেষ্টা করেও ব্যর্থ হন। তার অন্য কিছু কাজের বিষয়বস্তু ছিল কালপঞ্জি, বিশেষ করে যিশুর জীবনের উল্লেখযোগ্য ঘটনাগুলোর তারিখ প্রণয়ন এবং জ্যোতিষ শাস্ত্র। তিনি জ্যোতিষ শাস্ত্রের মাধ্যমে কোন নাটকীয় বিপর্যয়ের ভবিষ্যদ্বাণী করার সমালোচনা করেছেন।

তার এক সময়কার সহপাঠী "হেলিসাইয়ুস রোজেলিন" জ্যোতিষ শাস্ত্রের উপর বেশি জোড় দিতেন এবং কেপলারের কোপের্নিকুসীয় চিন্তাধারা পছন্দ করতেন না। তারা বেশ কিছু লেখায় একে অপরকে ধারাবাহিকভাবে আক্রমণ করেন। ওদিকে চিকিৎসক ফিলিপ ফেজেলিয়ুস জ্যোতিষ শাস্ত্রকে পুরো বাতিল করে দিয়ে একটি বইই লিখেছিলেন যাতে সমালোচনার প্রধান লক্ষ্যবস্তু ছিল রোজেলিনের কাজ। একদিকে জ্যোতিষ শাস্ত্র নিয়ে বাড়াবাড়ি এবং অন্যদিকে অতিমাত্রায় ঈর্ষাপরায়ণ হয়ে তা পুরোপুরি বর্জন- এই দুয়ের প্রতিক্রিয়া হিসেবে কেপলার "তের্তিয়ুস ইন্তেরভেনিয়েন্স" (তৃতীয় পক্ষের হস্তক্ষেপ) নামে একটি বই লিখে রোজেলিন ও ফেজেলিয়ুসের সাধারণ পৃষ্ঠপোষকের কাছে পাঠান। দুই পক্ষের বুদ্ধিজীবীদের মধ্যে সমঝোতা তৈরির উদ্দেশ্যে রচিত হলেও এই বইয়ে জ্যোতিষ শাস্ত্র সম্পর্কে কেপলারের প্রকৃত দৃষ্টিভঙ্গির পরিচয় পাওয়া যায়। এতে তিনি গ্রহ এবং মানুষের আত্মা কি পদ্ধতিতে মিথস্ক্রিয়া করে সে নিয়ে একটি অণুকল্প হাজির করেন। জ্যোতিষীদের প্রথাগত নিয়মকানুন ও পদ্ধতিকে তিনি দুর্গণ্ধযুক্ত মল ঘেঁটে মুরগীর খাবার সন্ধানের সাথে তুলনা করলেও অন্যদিকে আবার বলেন, বিবেকবুদ্ধিসম্পন্ন বৈজ্ঞানিক জ্যোতিষীর পক্ষে সেখানে একটি হলেও দানা খুঁজে পাওয়া সম্ভব।

১৬১০ সালের প্রথম দিতে গালিলেও গালিলেই তার নতুন শক্তিশালী দূরবিনের সাহায্যে বৃহস্পতি গ্রহকে আবর্তনকারী চারটি উপগ্রহ আবিষ্কার করেন। "সিদেরেয়ুস নুনকিয়ুস" (তারকাশোভিত দূত) বইয়ের মাধ্যমে এই আবিষ্কারের খবর প্রকাশের পর গালিলেও কেপলারের মতামত জানতে চান, যাতে তার পর্যবেক্ষণের গ্রহণযোগ্যতা বৃদ্ধি পায়। কেপলার বেশ উৎসাহের সাথে একটি প্রকাশিত পত্রের মাধ্যমে তার অভিমত জানান, পত্রটির নাম "দিসেরতাশিও কুম নুনকিও সিদেরেও" (তারকাশোভিত দূতের সাথে কথোপকথন)। তিনি গালিলেওর পর্যবেক্ষণকে সত্যায়িত করেন এবং জ্যোতির্বিদ্যা, আলোকবিদ্যা, বিশ্বতত্ত্ব ও জ্যোতিষ শাস্ত্রের জন্য এই আবিষ্কারের অর্থ ও গালিলেওর দূরবিন প্রযুক্তির কার্যকারিতা নিয়ে আলোচনা করেন। সে বছরেরই শেষের দিকে "নারাশিও দে জোভিস সাতেলিতিবুস" প্রকাশের মাধ্যমে নিজের দূরবিন দিয়ে দেখা চাঁদ বর্ণনা করেন। এতে গালিলেওর পর্যবেক্ষণ আরো পাকাপোক্ত হয়। কিন্তু গালিলেও কখনও আস্ত্রোনোমিয়া নোভার প্রতিক্রিয়া (যদি আদৌ থেকে থাকে) প্রকাশ করেননি বলে কেপলার বেশ হতাশই হয়েছিলেন।

গালিলেওর নতুন দূরবিন উদ্ভাবনের খবর পাওয়ার পর কেপলার কলোনের ডিউক আর্নেস্টের কাছ থেকে একটি দূরবিন ধার নিয়ে দুরবিনের আলোকবিদ্যা বিষয়ে তাত্ত্বিক ও পরীক্ষণমূলক গবেষণা শুরু করেন। এর ফলে ১৬১০ সালে একটি নতুন পাণ্ডুলিপি রচনা শেষ করেন যা ১৬১১ সালে "দিয়োপোত্রিকে" (Diopotrice) নামে প্রকাশিত হয়। এতে বর্ণীত বিষয়গুলোর মধ্যে ছিল- দ্বি-উত্তল অভিসারী এবং দ্বি-অবতল অপসারী লেন্সের তাত্ত্বিক ভিত্তি এবং এদের সমন্বয়ে গালিলীয় দূরবিনের উদ্ভব, সদ ও অসদ বিম্ব, সোজা ও উল্টো বিম্ব এবং বিবর্ধন ও লঘূকরণের উপর ফোকাস দূরত্বের প্রভাব। এছাড়া তিনি নতুন এক ধরনের দূরবিনের ধারণা দেন যার বর্তমান নাম জ্যোতির্বৈজ্ঞানিক বা কেপলারীয় দূরবিন। এই দুরবিনে গালিলেওর মত উত্তল ও অবতল লেন্সের সমন্বয় ব্যবহারের পরিবর্তে দুটি উত্তল লেন্স ব্যবহার করা হয় যাতে বিবর্ধন আরও বেড়ে যায়।

১৬১১ সালের দিকে কেপলার একটি পাণ্ডুলিপি প্রচার করেন যা তার মৃত্যুর পর "সোমনিয়ুম" (Somnium, স্বপ্ন) নামে প্রকাশিত হয়। এই বই লেখার উদ্দেশ্যগুলোর একটি ছিল অন্য কোন গ্রহের সাপেক্ষে জ্যোতির্বিদ্যা কেমন হবে তা বর্ণনা করে। এর মাধ্যমে তিনি মূলত এমন তত্ত্বের গ্রহণযোগ্যতা তুলে ধরতে চেয়েছিলেন যাতে পৃথিবীকে মহাবিশ্বের কেন্দ্র ভাবা হয় না। কয়েক জনের হাতে ঘোরার পর পাণ্ডুলিপিটি অদৃশ্য হয়ে যায়। বইয়ে গল্পের ছলে একটি রোমহর্ষক চন্দ্র অভিযানের বর্ণনা দেন, পাণ্ডুলিপিটিকে বলা যায় কিছুটা রূপক, কিছুটা আত্মজীবনী এবং কিছুটা আন্তঃগ্রহ যাতায়াত ব্যবস্থা নিয়ে কেপলারের চিন্তাধারার বহিঃপ্রকাশ। কার্ল সেগান একে প্রথম বৈজ্ঞানিক কল্পকাহিনী হিসেবেও আখ্যায়িত করেছেন। পাণ্ডুলিপি প্রচারেরও বেশ কয়েক বছর পর সম্ভবত এর একটি বিকৃত সংস্করণের কারণে ডাকিনীবিদ্যা চর্চার অভিযাগো তার মাকে আটক করা হয়। গল্পে বর্ণনাকারীর মাকে মহাকাশ অভিযানের পদ্ধতি শেখার জন্য একটি প্রেতের সাথে আলোচনা করতে দেখা যায়। মা মুক্তি পাওয়ার পর কেপলার গল্পের সাথে ২২৩টি পাদটীকা যুক্ত করেন যা মূল গল্পের চেয়েও অনেক বড় হয়ে যায়। এর মাধ্যমে গল্পে ব্যবহৃত বিভিন্ন রূপকের অর্থ, লুক্কায়িত নানান বৈজ্ঞানিক ধ্যান-ধারণা এবং বিশেষ করে চাঁদের ভূতত্ত্ব নিয়ে অনেক আলোচনা উঠে আসে।

ধর্মীয় ভক্তি
জীবনের প্রথম ভাগ
"দিয়োপোত্রিকে", "সোমনিয়ুম" ও অন্যান্য পাণ্ডুলিপি
ট্যুকো ব্রাহের সাথে