৩রা মার্চ ১৫৭৫ খ্রিস্টাব্দের শেষ সুলতান দাউদ খান কররানীর সাথে মোঘলদের তুকারয়ের যুদ্ধ সংঘটিত হয় (যা মোগলমারির যুদ্ধ নামেও পরিচিত), ফলস্বরূপ বাংলার সাম্রাজ্য থেকে ওড়িশা হাতছাড়া হয়ে যায়৷ যুদ্ধ শেষে কটক চুক্তির মাধ্যমে সুলতান ওড়িশা বাদে সমগ্র বিহার ও বাংলা মোঘলদের হস্তান্তর করেন৷ ১৫৭৫ খ্রিস্টাব্দে ৮০ বছর বয়সে মোঘল সেনাধ্যক্ষ মুনিম খানের মৃৃত্যুতে এই চুক্তি পুণরায় ভঙ্গ হয়৷ সুযোগ বুঝে দাউদ খানবাংলাতে অনুপ্রবেশ করে ও বাংলাকে আকবরের সাম্রাজ্য থেকে মুক্ত করেন৷ ১২ই জুলাই ১৫৭৬ খ্রিস্টাব্দে মোঘলরা কররানী সাম্রাজ্যের বিরুদ্ধে যুদ্ধ ঘোষণা করেন৷ খান জাহান ১ এর নেতৃৃত্বে তারা রাজমহলের যুদ্ধে জয় লাভ করেন ও দাউদ খান বিতাড়িত হন৷ পাশতুন ও স্থানীয় জমিদাররা বারো ভুঁইয়ার এক ঈসা খানের নেতৃৃত্বে মোঘলদের প্রতিরোধ করেন৷ পরে ১৬১২ খ্রিস্টাব্দে জাহাঙ্গীরের শাসনকালে বাংলা মোঘল সাম্রাজ্যের অন্তর্গত হয় ও নাম রাখা হয় সুবাহ বাংলা৷

হামিদ কুরেশি খান (যিনি সামশের খান নামেই অধিক পরিচিত) ছিলেন মুয়াজ্জমাবাদের শেষ সুলতান এবং শাহ কামাল কোহাফার বংশধর৷ জালালাবাদের পতনের পর সামশের খান ফৌজদারী নবাব পদে যুক্ত হন এবং ১৭৪০ খ্রিস্টাব্দের ২৯শে এপ্রিল বাংলার নবাব সরফরাজ খানের সাথে গিরিয়ার যুদ্ধে নিহত হওয়ার আগে পর্যন্ত ঐ পদেই বহাল থাকেন৷ মোঘলরা ১৬২০র মধ্যে মুয়াজ্জমাবাদ তথা সিলেট দখল করেন৷ সিলেট সুবাহ বাংলার একটি সরকার হয়ে ওঠে৷ এটির আটটি মহল্লা ছিলো, যথা - প্রতাপগড়, বহুয়া, জয়ন্তীয়া, হাবিলি, সরাইল, লাউড়, হরিনগর৷ জেলাটি বার্ষিক ১৬৭,০০০ টাকা কর প্রদান করতো৷ মোঘলরাও এই অঞ্চলে অনেক মসজিদ ও ঈদগাহ নির্মান করেন৷ সপ্তদশ শতকে ঔরঙ্গজেবের সময়কালে স্থানীয় ফৌজদার ফারহাদ খানের নেতৃৃত্বে তৈরী সিলেট শাহী ঈদগাহটি আজ অবধি ঐ অঞ্চলের সর্ববৃৃহৎ৷

প্রশাসন
মোঘল আমল
শ্রীহট্ট
উপনিবেশ পরবর্তী যুগ