প্রথম মুঘল সম্রাট বাবরের রাজত্বকালে বাংলা মুঘল অধীন হতে শুরু করে। ১৫২৯ সালে, বাবর ঘঘরার যুদ্ধ সময় শাহী বাংলার সুলতান নাসিরউদ্দিন নুসরত শাহকে পরাজিত করেন। বাবর পরবর্তীকালে বাংলার কিছু অংশ তার সাম্রাজ্যে সংযুক্ত করে। তাঁর পুত্র এবং উত্তরসূরি হুমায়ুন বাংলার রাজধানী গৌড় দখল করেন, সেখানে তিনি ছয় মাস অবস্থান করেছিলেন। শের শাহ সুরির বিজয়ের কারণে পরে হুমায়ুন পারস্যে আশ্রয় নিতে বাধ্য হন। শের শাহ সুরি মুঘল এবং শাহী বাংলা উভয়ের রাজত্বে ক্ষণকালের জন্য বাধাগ্রস্থ করেছিলেন।

১৫৭৬ সালে রাজমহলে বাংলার সুলতান দাউদ খান কররানী পরাজয়ের পর, মুগল সম্রাট মহাবীর আকবর মূল বারো সুবাহর একটি হিসেবে বাংলার নাম ঘোষণা করেন। যার সীমানা ছিল বিহার, ওড়িশা এবং মায়ানমার পর্যন্ত। ২৪ নভেম্বর,১৯৮৬ এক রাজকীয় সমন দিয়ে আকবর পুরো সাম্রাজ্যে একসাথে সুবাহ প্রশাসন চালু করেন। তবে তপন রায় চৌধুরির দৃষ্টিতে বাংলায় মুঘল শক্তির একীকরণ এবং প্রদেশটি মূল নিয়ন্ত্রণ ১৫৯৪ সালে শুরু হয়েছিল।

১৭শ শতাব্দীতে, মোগলগণ বারো-ভুইয়া ভুস্বামীদের বিরোধিতার সম্মুখীন হোন, এর মধ্যে উল্লেখযোগ্য ছিলেন ঈসা খান। বাংলা একটি শক্তিশালী ও সমৃদ্ধ সাম্রাজ্যে পরিণত হয় এবং বহুত্ববাদী সরকারের নীতির কারণে তা শক্ত অবস্থান লাভ করে। মুঘলেরা ১৬১০ সাল থেকে ঢাকায় নতুন সাম্রাজ্যবাদী মহানগরী গড়ে তোলে, যেখানে ছিল সুবিন্যস্ত বাগান, দুর্গ, সমাধি, প্রাসাদ এবং মসজিদ। সম্রাট জাহাঙ্গীরের প্রতি সম্মান জানিয়ে শহরটি তার নামে নামকরণ করা হয়। ঢাকা মুঘল সাম্রাজ্যের বাণিজ্যিক রাজধানী হিসেবে আবির্ভূত হয়, জানা যায় সাম্রাজ্যের সর্ববৃহৎ রপ্তানি কেন্দ্র ছিল মসলিন বস্ত্রকে ঘিরে।

১৬৬৬ সালে চট্টগ্রামে মুগলেরা যুদ্ধে জয় লাভ করে আরাকান রাজ্য দখল করে এবং বন্দর নগরীর নিয়ন্ত্রণ পুনরায় নিয়ে নেয়, যার নাম পরিবর্তন করে রাখা হয়েছিল ইসলামাবাদ। পার্বত্য চট্টগ্রামের সীমান্ত অঞ্চলে মুগল বাংলার একটি উপরাষ্ট্র তৈরি করা হয় এবং ১৭১৩ সালে চাকমা সম্প্রদায়ের সঙ্গে একটি চুক্তি স্বাক্ষরিত হয়।

১৫৭৬ থেকে ১৭১৭ সাল এই সময়টাতে বাংলা মোগল সুবেদার দ্বারা শাসিত হয়। রাজপরিবারের সদস্যগণ প্রায়ই এই পদে নিযুক্ত হয়েছেন। যুবরাজ শাহ সুজা ছিলেন সম্রাট শাহজাহান এর পুত্র। তিনি তার ভাই আওরঙ্গজেব, দারা শিকোহ ও মুরাদ বক্স এর সাথে উত্তরাধিকার দন্ধের সময়কালে বাংলার মুগল সম্রাট হিসেবে নিজের নাম ঘোষণা করেন। তিনি শেষ পর্যন্ত আওরঙ্গজেবের সৈন্যবাহিনী দ্বারা পরাজিত হয়েছিলন। সুজা আরাকানে পালিয়ে যান, যেখানে তার পরিবারের সদস্যদের মারুক ইউ এর রাজা নির্দেশে হত্যা করা হয়। আওরঙ্গজেবের সময়কালে শায়েস্তা খান অতন্ত্য প্রভাবশালী একজন সুবাদার ছিলেন। একসময়য় বাংলার সুবেদার যুবরাজ মুহাম্মদ আজম শাহ, ১৭০৭ সালে চার মাসের জন্য মুঘল সিংহাসনে অধিষ্ঠিত হোন। সুবেদার ২য় ইব্রাহীম খান ইংলিশ এবং ফরাসীদের বণিকদের বাংলায় বাণিজ্য করার সুযোগ দেন। শেষ সুবেদার যুবরাজ আজিম-উস-শান ব্রিটিশ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানিকে কলকাতায় ফোর্ট উইলিয়াম, ফরাসি ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানিকে চন্দননগরে ফোর্ট অর্লেন্স এবং ওলন্দাজ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানিকে চুঁচুড়ায় দুর্গ নির্মানের অনুমতি দেন।

আজম-উস-শাহ এর আমলে তার প্রধানমন্ত্রী মুর্শিদকুলি খাঁ বাংলার খুব ক্ষমতাবান একজন হিসেবে উদিত হোন। তিনি সাম্রাজ্যের রাজকোষের নিয়ন্ত্রণ লাভ করেন। আজম-উস-শাহ বিহারে চলে গেলে, ১৭১৭ সালে মুঘল আদালাত প্রধানমন্ত্রীর পদ বংশানুক্রমিক নবাবে উন্নীত করেন। খান মুর্শিদাবাদে নতুন রাজধানী গড়েন। তার বংশধরেরা নাসিরি রাজবংশ গঠন করেন। আলীবর্দী খান ১৭৪০ সালে নতুন রাজবংশ প্রতিষ্ঠা করেন। নবাব মূল বাংলা, বিহার এবং উড়িষ্যার এক বিশাল অংশ শাসন করেন।

শিল্প অর্থনীতি
জনসংখ্যা
ইতিহাস
অর্থনিতি এবং ব্যবসা