অন্তর্নিহিত অবস্থার উপর ভিত্তি করে চিকিৎসাব্যবস্থা পরিবর্তিত হয়। বিচার্য বিষয় হল যথাযথ হলে অস্ত্রোপচারের সমস্যা এবং ইস্ট্রোজেন মাত্রা কম থাকলে ইস্ট্রোজেন চিকিৎসা। যাঁরা আপন সন্তান চাননা, তাদের চিকিৎসা না করলেও চলে যদি অ্যামেনোরিয়ার অন্তর্নিহিত কারণ তাদের স্বাস্থ্যহানির সম্ভাবনা না ঘটায়। যদিও, ক্রীড়াবিদদের অ্যামেনোরিয়ার ক্ষেত্রে, ইস্ট্রোজেন এবং লেপটিন এর ঘাটতি প্রায়শই হাড়ের ক্ষয় ঘটায়, এবং রোগটি অস্টিওপোরোসিস হয়ে দাঁড়ায়।

ফিমেল অ্যাথলিট ট্রায়াড এর একটি অংশ "ক্রীড়াবিদ" অ্যামেনোরিয়ার চিকিৎসা হল অধিক খাদ্যগ্রহণ এবং ব্যায়ামের পরিমাণ ও তীব্রতা কমানো। যদি রোগের অন্তর্নিহিত কারণ অ্যাথলিট ট্রায়াড হয় তাহলে চিকিৎসক, ডায়েটিশিয়ান, এবং মানসিক স্বাস্থ্য পরামর্শদাতার পর্যবেক্ষণে বহুবিধি চিকিৎসাব্যবস্থার সুপারিশ করা হয়; সঙ্গে দরকার হয় পরিবার, বন্ধু, এবং কোচ সকলের সমর্থন। যদিও গর্ভনিরোধক বড়ি খেলে ঋতু শুরু হয়ে যেতে পারে, তবুও গর্ভনিরোধক বড়ি প্রাথমিক চিকিৎসা হওয়া উচিত নয় কারণ তাতে অন্তর্নিহিত সমস্যাগুলি চাপা পড়ে যেতে পারে এবং খাদ্য ব্যাধির অন্যান্য প্রভাব, যেমন অস্টিওপোরোসিস, এর বৃদ্ধি হতে পারে। ওজন পুনরুদ্ধার, অথবা পর্যাপ্ত বিশ্রাম সবসময়ে অনুঘটকের কাজ করে ঋতু ফিরিয়ে আনেনা। ডিম্ব উদগীরণের পুনরারম্ভ বোঝায় নিউরোট্রান্সমিটার এবং হরমোনের পুরো কার্যপ্রণালীর ওপর নির্ভরতা, যেটি দ্বিতীয় পর্যায়ভুক্ত অ্যামেনোরিয়ার জন্য পরিবর্তিত হয়ে গেছিল। ঔষধ-জনিত অ্যামেনোরিয়ার চিকিৎসায়, ডাক্তারের পরামর্শে ওষুধ বন্ধ করা একটি স্বাভাবিক কর্মপরিকল্পনা।
হাইপোথ্যালামিক অ্যামেনোরিয়ার দিকে নজর দিলে, গবেষণায় দেখা গেছে সিলেক্টিভ সেরোটোনিন রিআপটেক ইনহিবিটর (এসএসআরআই) ব্যবহার করে চিকিৎসা করলে মানসিক চাপ যুক্ত অ্যামেনোরিয়ার ফলে উদ্ভুত ফাংশানাল হাইপোথ্যালামিক অ্যামেনোরিয়া (এফএইচএ)র অস্বাভাবিকতা ঠিক করা যায়। এটি গোনাডোট্রপিন রিলিজিং হরমোন (জিএনআরএইচ)/লুটিনাইজিং হরমোন (এলএইচ) কে নিয়ন্ত্রণ ক'রে বিপাকীয় এবং স্নায়ু সংকেতগুলি সংযুক্ত ক'রে পিআই৩কে সংকেত পথের মেরামতের সাথে যুক্ত করে। অন্য কথায়, এটি স্নায়বিক কার্যকলাপ এবং নিউরোপেপটাইড সিস্টেমের এক্সপ্রেশন কে নিয়ন্ত্রণ করে যা জিএনআরএইচ ক্ষরণে সাহায্য করে। অবশ্য, এসএসআরআই চিকিৎসা হল হাইপোথ্যালামিক অ্যামেনোরিয়ার একটিমাত্র হরমোনাল অবস্থার সম্ভাব্য হরমোন সমাধান। তদ্ব্যতীত, যেহেতু এই অবস্থাটি বিভিন্ন নিউরোট্রান্সমিটার সমূহের নিজেদের কাজের সঙ্গে যুক্ত, হরমোন চিকিৎসা দেবার জন্য এখনো অনেক গবেষণা করতে হবে যাতে হরমোনের প্রভাব নিবারণ করা যায়।

হাইপোথ্যালামিক অ্যামেনোরিয়ার শারীরিক চিকিৎসার জন্য, গোনাডোট্রপিন হরমোনের স্বল্পতা এবং নিউরোএন্ডোক্রাইন বিকৃতি, যেমন থাইরয়েড কম সংশ্লেষণ এবং আইজিএফ-১ এর জন্য যে ইস্ট্রোজেন ঘাটতি হয় তার চিকিৎসায়, মেট্রিলেপটিন (আর-মেটহুলেপটিন) এর ইঞ্জেকশন ব্যবহার করে ফল পাওয়া গেছে। দেখা গেছে আর-মেটহুলেপটিন হাইপোথ্যালামিক-পিটুইটারি-গোনাডাল অক্ষের ত্রুটি পুনরুদ্ধারে এবং জনন, থাইরয়েড, এবং আইজিএফ হরমোনের উৎকর্ষ সাধনে এবং সেইসাথে হাড়ের গঠনেও কার্যকর, এইভাবে অ্যামেনোরিয়া এবং বন্ধ্যাত্ব নিরাময় করে। যাইহোক, এটি কিন্তু কর্টিসোল এবং অ্যাড্রেনোকোর্টিকোটোপিন স্তরগুলির বা হাড়ের পুনরূদ্ধারে কার্যকর প্রমাণিত হয়নি।

চিকিৎসা সমূহ
প্রাথমিক অ্যামেনোরিয়া
ঔষধ জনিত
সেলিয়াক রোগ