মিশরের প্রেসিডেন্ট নির্বাচনের প্রথম ভাগ অনুষ্ঠিত হয় ২০১২ সনের ২৩ ও ২৪ মে।  মুহাম্মাদ মুরসি ২৫% ভোট লাভ করেন এবং আহমদ শফিক, পদচ্যুত নেতা হোসনি মোবারকের অধীনে সর্বশেষ প্রধানমন্ত্রী ছিলেন, ২৪% ভোট লাভ করেন। জুনের ১৬ ও ১৭ তারিখ দ্বিতীয় ধাপ অনুষ্ঠিত হয়। ২৪ জুন ২০১২ তারিখে নির্বাচন কমিশন ঘোষণা করে যে, মুহাম্মাদ মুরসি নির্বাচনে জয়ী হয়েছেন। মুহাম্মাদ মুরসিকে মিশরের প্রথম গণতান্ত্রিকভাবে নির্বাচিত প্রেসিডেন্ট বানানো হয়। নির্বাচনী ফল থেকে জানা যায়, মুহাম্মাদ মুরসি ৫১.৭% ভোট পেয়েছিলেন এবং আহমদ শফিক পেয়েছিলেন ৪৮.৩%।

৮ই জুলাই ২০১২ তারিখে মিশরের নতুন প্রেসিডেন্ট মুহাম্মাদ মুরসি ঘোষণা করেন যে, তিনি সামরিক শাসনকে অগ্রাহ্য করেন কারণ এটিই দেশের নির্বাচিত সংসদ ভেঙ্গে দিয়েছিল এবং তিনি আইনপ্রণেতাদেরকে পুনরায় সংসদ অধিবেশনে আসার আহ্বান জানান।

১০ই জুলাই ২০১২ তারিখে মিশরের সাংবিধানিক সর্বোচ্চ সাংবিধানিক আদালত(সুপ্রিম কনস্টিটিউশনাল কোর্ট) মুরসির জাতীয় সংসদকে আবার অধিবেশনের আওতায় আনার সিদ্ধান্তকে নাকচ করে দেয়। ২ আগস্ট ২০১২ তারিখে মিশরের প্রধানমন্ত্রী হিশাম কানদিল তার ৩৫ সদস্য বিশিষ্ট মন্ত্রিসভার ঘোষণা করেন যার মাঝে ২৮ জনই ছিল নবাগত এবং এদের মাঝে মুসলিম ব্রাদারহুডের দ্বারা প্রভাবিত চারজন সদস্যও বিদ্যমান ছিল।

২২ নভেম্বর ২০১২ তারিখে মুরসি তার আইনকে চ্যালেঞ্জ থেকে বাঁচাতে এবং নতুন সংবিধান প্রণয়নকারী অ্যাসেম্বলির কাজকে রক্ষা করার আহ্বান জানিয়ে একটি ঘোষণা জারি করেন। ঘোষণাপত্রে হোসনি মোবারকের সময়ে প্রতিবাদকারীদের খুনি হিসেবে অভিযুক্তদের বিচার পুনরায় কার্যকর করার দাবি করা হয় এবং দুই মাসের জন্য সংবিধান প্রণয়নকারী অ্যাসেম্বলির মেয়াদ প্রসারিত বাড়ানো হয়। পাশাপাশি এই পত্রটি মুরসিকে অভ্যুত্থান রুখতে যেকোন পদক্ষেপ গ্রহণের ক্ষমতা দেয়। মানবাধিকারবাদী এবং ধর্মনিরপেক্ষতাবাদীরা সংবিধান প্রণয়নকারী অ্যাসেম্বলি থেকে ওয়াক আউট করে কারণ তাদের বিশ্বাস, এই সংবিধানটি অবশ্যই ইসলামিক আইন দিয়ে ঠেসে দেয়া হবে অপরদিকে মুসলিম ব্রাদারহুডের কর্মী ও সমর্থকরা মুরসিকে পরিপূর্ণ সমর্থন শুরু করে।

এই পদক্ষেপটির সমালোচনা করেন মোহাম্মেদ এল বারাদেই, মিশরের সংবিধান প্রণেতা পার্টির নেতা, তিনি তার টুইটার বার্তায় লেখেন, "মুরসি আজ সকল রাষ্ট্র ক্ষমতা দখল করেছে এবং নিজেকে মিশরের নতুন ফারাও নিযুক্ত করেছে"। এই পদক্ষেপটি মিশরজুড়ে ব্যাপক বিক্ষোভ ও সহিংস কর্মকাণ্ড সৃষ্টি করে। ২০১২ সনের ৫ই ডিসেম্বরে দশ হাজার সমর্থক ও বিরোধীদের মধ্যে সংঘর্ষ ঘটে; পাথর ছোড়া হয় ককটেল বিস্ফোরণ করা হয়, পুরো কায়রোর সড়কে সড়কে মিছিল ও সংঘর্ষ তৈরি হয়। এই সংঘর্ষটিকেই দেশটির অভ্যুত্থানের পর থেকে ইসলামপন্থী ও বিরোধীদের মধ্যকার সবচেয়ে বড় সংঘর্ষ হিসেবে উল্লেখ করা হয়। ছয়জন সিনিয়র উপদেষ্ট এবং তিনজন কর্মকর্তা সরকার থেকে ইস্তফা দেয় এবং দেশের নেতৃস্থানীয় ইসলামী প্রতিষ্ঠান মুরসিকে ক্ষমতা দখলের আহ্বান জানায়। প্রতিবাদকারীরা উপকূলীয় শহর থেকে মরুভূমির শহরগুলো পর্যন্ত মিছিল করে।

মুরসি বিরোধী নেতাদের সঙ্গে একটি "জাতীয় সংলাপ" প্রস্তাব করেছিলেন, কিন্তু একটি ইসলামপন্থী-শাসিত অ্যাসেম্বলি কর্তৃক লিখিত একটি খসড়া সংবিধানরচনার ১৫ ডিসেম্বরের ভোট বাতিল করতে অস্বীকার করেছিলেন যা দুই সপ্তাহ পর্যন্ত রাজনৈতিক অস্থিরতা তৈরি করে।

২০১২ সনের ১৫ এবং ২২ ডিসেম্বরে দুই ধাপে একটি সাংবিধানিক গণভোট অনুষ্ঠিত হয়। এতে মুরসি ৬৪% সমর্থন লাভ করেন। ২৬ ডিসেম্বর ২০১২ তারিখে মুরসির জারি করা রাষ্ট্রপতির ডিক্রি অনুসারে এটি স্বাক্ষরিত হয়। ৩ জুলাই ২০১৩ তারিখে মিশরীয় সংবিধান সেনাবাহিনীর দ্বারা স্থগিত করা হয়।

২০১৩ সনের ৩০ জুন মুরসির নির্বাচনের প্রথমবার্ষীকীতে লাখো বিদ্রোহী জনতা মিশরের রাস্তাঘাট দখল করে প্রেসিডেন্টের তড়িৎ পদত্যাগের দাবি জানায়। রাজনৈতিক সংকট সমাধানের জন্য রাষ্ট্রপতি জাতীয় পুনর্মিলনের জন্য নিজ পরিকল্পনা অনুসরণ করবেন বলে প্রতিশ্রুতি দিয়ে রাষ্ট্রপতির ভবন থেকে মিশরীয় সেনাবাহিনীর ৪৮ ঘণ্টার আল্টিমেটাম প্রত্যাহার করা হয়। ৩ জুলাই, জেনারেল আবদেল ফাত্তাহ আল-সিসি, মিশরীয় সেনাপ্রধান, ঘোষণা দেন যে, তিনি মুরসিকে ক্ষমতাচ্যুত করেছেন, সংবিধান বাতিল করেছেন এবং নতুন প্রেসিডেন্ট নির্বাচনের আহ্বান করা হবে এবং সাংবিধানিক সর্বোচ্চ আদালতের প্রধান বিচারক হিসেবে নাম ঘোষণা করেন আদলি মনসুরের, ইনিই বর্তমান প্রেসিডেন্ট। মনসুর শপথ গ্রহণ করেন ৪ই জুলাই ২০১৩ সনে এবং তার প্রধানমন্ত্রী হন জেনারেল আবদেল ফাত্তাহ আল-সিসি।

বহিরাগতদের শাসন
অভ্যন্তরীণ অস্থিতিশীলতা(২০১১-২০১৪)
মিশরে জঙ্গিবাদ
মুরসির প্রধানমন্ত্রিত্ব