জাকির নায়েক ইসলাম ধর্ম সম্পর্কিত অনেক বিষয়ে বক্তব্য দিয়েছেন ও বিতর্ক করেছেন। তিনি বক্তৃতার মাধ্যমে ইসলাম ধর্ম সম্পর্কে বিভিন্ন বিষয় কোরআন ও হাদীসের আলোকে ব্যাখ্যা বিশ্লেষণ করেন। বিভিন্ন ধর্মের তুলনামূলক বিশ্লেষণের মাধ্যমে ইসলামের অধিকতর গ্রহণযোগ্যতা প্রতিষ্ঠা করা তার অন্যতম কৌশল। নৃতত্ত্ববিদ থমাস ব্লম হানসেন লিখেছেন যে, ডাঃ জাকিরের বিভিন্ন ভাষায় কুরআন ও হাদিস সাহিত্য মনে রাখার ভঙ্গী ও তার ধর্মপ্রচার কর্মকাণ্ড মুসলিমদের মাঝে তাকে ব্যাপকভাবে জনপ্রিয় করে তুলেছে। তার অনেক বিতর্ক রেকর্ড করা হয় এবং ভিডিও, ডিভিডি আকারে ও অনলাইনে বিস্তৃত পরিসরে বিতরণ করা হয়। তার আলোচনা ইংরেজিতে রেকর্ড করা হয়ে থাকে এবং সপ্তাহ শেষে মুম্বাইয়ের মুসলিম অধ্যুষিত এলাকাগুলোর বিভিন্ন ক্যাবল নেটওয়ার্কে এবং তার নিজস্ব প্রযোজনাধীন পিস টিভি চ্যানেলে সম্প্রচারিত হয়। তার আলোচনার বিষয়বস্তুগুলোর মধ্যে কয়েকটি হল: "ইসলাম ও আধুনিক বিজ্ঞান", "ইসলাম ও খ্রিস্টধর্ম", এবং "ইসলাম ও ধর্মনিরপেক্ষতাবাদ"।

তার প্রথম বিতর্ক হয় ১৯৯৪ সালে, বাংলাদেশী লেখিকা তসলিমা নাসরিনের "লজ্জা" নামক বইকে কেন্দ্র করে মুম্বাই মারাঠি পত্রাকর সংঘ কর্তৃক আয়োজিত একটি বিতর্ক, যার শিরোনাম ছিল "ধর্মীয় মৌলবাদ কি মত-প্রকাশের স্বাধীনতার জন্য বাধাস্বরূপ?"। চারজন সাংবাদিকের উপস্থিতিতে কয়েকঘণ্টা ব্যাপী এই বিতর্ক অনুষ্ঠিত হয়, যেখানে জাকির বইটি থেকে ইসলামকেন্দ্রিক বিভিন্ন উদ্ধৃতিকে ভুল ব্যাখ্যা ও বিভ্রান্তি হিসেবে দাবি করে বক্তব্য দেন এবং তা সবার নজর কেড়ে নেয়। তার অন্যতম বিখ্যাত বিতর্ক হয় ২০০০ সালের এপ্রিলে ‘বিজ্ঞানের আলোয় কুরআন ও বাইবেল’ বিষয়ে শিকাগোতে উইলিয়াম ক্যাম্পবেলের সাথে। তিনি বলেন, ‘ইসলাম একটি কার্যকারণ ও যুক্তির ধর্ম এবং কুরআনে বিজ্ঞান বিষয়ক প্রায় ১০০০ আয়াত আছে।’ সেখানে তিনি পশ্চিমা কনভার্টের সংখ্যা ব্যাখ্যা করেন। জাকিরের অন্যতম জনপ্রিয় থিম হল বিজ্ঞানের সূত্র দিয়ে কোরআনকে যাচাই করা। ২১ জানুয়ারি ২০০৬ জাকির শ্রী শ্রী রবিশঙ্করের সাথে ‘ইসলাম ও হিন্দু ধর্মে ঈশ্বর’ বিষয়ে ব্যাঙ্গালোরে বিতর্ক করেন।
২০১১ সালের ফেব্রুয়ারিতে, নায়েক ভারত থেকে সরাসরি ভিডিও লিংকের মাধ্যমে অক্সফোর্ড ইউনিয়নের সঙ্গে কথোপকথন করেন।

বক্তৃতা ও বইসমুহ
সঙ্গীত
সমকামিতা
বক্তৃতা ও বিতর্ক