১৯৭১ সালে মুজাহিদ ছিলেন পূর্ব পাকিস্তান ইসলামী ছাত্র সংঘের সভাপতি নির্বাচিত হওয়ার পর ১৭ই অক্টোবর রংপুরে ইসলামী ছাত্র সংঘের একটি সভার আয়োজন করেন এবং সেখানে উপস্থিতদের আল-বদরে যোগদানে উদ্বুদ্ধ করেন। তিনি ছিলেন আল বদর বাহিনীর সেকেন্ড ইন কমান্ড। রাজাকার এবং আল বদর বাহিনীর প্রধান কাজ ছিলো স্বাধীনতাকামী ব্যক্তিদের খুঁজে বের করে তাদের পাকিস্তানী সেনাবাহিনীর হাতে তুলে দেয়া অথবা নির্যাতনের পর হত্যা করা।

আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের বিচারক অভিযোগে উল্লেখ করেন, মুজাহিদ ১৯৭১ সালের অক্টোবরে মতিউর রহমান নিজামীর কাছে থেকে সুপ্রীম কমান্ডার হিসেবে আল-বদরের নেতৃত্ব গ্রহণ করেন। এছাড়াও তার নেতৃত্বে একটি দল ১৯৭১ সালের মে মাসে ৩০০-৩৫০টি হিন্দু বাড়িতে লুটতরাজ করে এবং ৫০-৬০ জন হিন্দুকে হত্যা করে। তিনি ঘোষণা করেন, হিন্দুস্থানকে তিনি স্বাধীন দেশ হিসেবে মানেন না এবং পৃথিবীর ম্যাপ থেকে হিন্দুস্থানকে মুছে ফেলা না পর্যন্ত আল-বদর ক্ষ্যান্ত হবে না। এছাড়াও তিনি, কোন হিন্দু লেখকের লেখা বা তাদের পক্ষে লেখা কোন বই বিক্রি, প্রকাশ ও সংগ্রহ করাও নিষিদ্ধ ঘোষণা করেন। ১৫ অক্টোবর, ১৯৭১-এ দৈনিক সংগ্রাম-এ প্রকাশিত মুজাহিদের বক্তব্য:

"রাজাকার, আল বদর এবং অন্যান্য স্বেচ্ছাসেবী সংগঠনগুলোর তরুণেরা জাতিকে ভারতের যৌথবাহিনী এবং গুপ্তচরদের হাত থেকে রক্ষা করতে কাজ করছে। কিন্তু, সম্প্রতি দেখা গেছে যে কিছুসংখ্যক রাজনৈতিক নেতৃবৃন্দ যেমন জুলফিকার আলী ভুট্টো, কাওসার নিয়াজী, মুফতি আহমেদ এবং আসগর খান এই দেশপ্রেমিকদের নামে অসম্মানসূচক মন্তব্য করছেন।"

রাজনৈতিক জীবন
১৯৭১-এর মুক্তিযুদ্ধকালীন সময়ে ভূমিকা
মৃত্যু
প্রারম্ভিক জীবন