১২২১ খ্রিষ্টাব্দে মোঙ্গল সম্রাট চেঙ্গিজ খান বামিয়ান আক্রমণ করলে এই উপত্যকায় ইতিহাসের সবচেয়ে ভয়াবহ দিনগুলি আমরা প্রত্যক্ষ করি। খরেজম সাম্রাজ্যের উত্তরাধিকারী ও সদ্য শাসক সুলতান জালাল উদ-দীন মিংবুরনুকে (রাজত্বকাল ১২২০-১২৩১ খ্রিঃ) ধাওয়া করে মোঙ্গল বাহিনী এই উপত্যকায় প্রবেশ করে। কিন্তু এই উপত্যকায় অবরোধ চলাকালীন অবরুদ্ধ দুর্গ থেকে ছোঁড়া একটি তীরে চেঙ্গিজ খানের দ্বিতীয় পুত্র চাঘতাই খানের ছেলে, অর্থাৎ চেঙ্গিজ খানের নাতি মুতুকান'এর মৃত্যু ঘটলে প্রতিশোধস্পৃহায় চেঙ্গিজ খানের নির্দেশে সমগ্র উপত্যকা জুড়ে অভূতপূর্ব ধ্বংসলীলা চালানো হয়। বিজিত শহর ও উপত্যকায় যাতে একটিও মানুষ বেঁচে থাকতে না পারে, তা নিশ্চিত করা হয়। ধ্বংসের তাণ্ডব থেকে এমনকী আশেপাশের অঞ্চলগুলোও রেহাই পায়নি। সমগ্র উপত্যকাতে এমনভাবে ধ্বংসকাণ্ড ও নির্বিচার হত্যালীলা চালানো হয় যে, মৃতদের স্মরণে লোকের মুখে মুখে বামিয়ান শহরের নামই হয়ে যায় দীর্ঘশ্বাসের শহর (শহর-ই-ঘলঘোলা)। বর্তমান বামিয়ান শহরের একেবারে পাশেই ত্রয়োদশ শতাব্দীর এই শহরের ধ্বংসাবশেষ আজও দেখতে পাওয়া যায়। শহর থেকে দশ মাইল দক্ষিণে একটি উঁচু স্থানে শহর-ই-জোহাক'এ উপত্যকা রক্ষার জন্য মূল দুর্গটি অবস্থিত ছিল। ১২২১ খ্রিষ্টাব্দের অবরোধের সময় এখানে প্রায় ৩০০০ লোক ছিল। এটিও সম্পূর্ণ ধ্বংস হয়। এই ভয়াবহ ধ্বংসলীলার পর বেশ কিছু দশক উপত্যকায় আর কোনও জনবসতি গড়ে ওঠেনি। এমনকী এই ঘটনার চল্লিশ বছর পর যখন ঐতিহাসিক জোভাইনি তার ইতিহাস লিখছেন, তখনও পর্যন্ত এই উপত্যকা ছিল জনশূন্য। তবে চেঙ্গিজ খান এখানকার বৌদ্ধ নিদর্শনগুলির কোনও ক্ষতিসাধন করেননি।

এই উপত্যকায় বর্তমানে বসবাসকারী হাজারা জাতির উদ্ভব সম্পর্কে একটি প্রচলিত ধারণা হল, চেঙ্গিজ খান এই উপত্যকার তৎকালীন জনসংখ্যাকে সম্পূর্ণ হত্যা করার পর এই জনশূন্য উপত্যকাকে রক্ষা করার উদ্দেশ্যে একটি মোঙ্গল বাহিনীকে এই উপত্যকায় রেখে যান। এই মোঙ্গল সৈন্যরা ও তাদের দাসীরাই হল বর্তমান হাজারাদের পূর্বসুরী। তাদের 'হাজারা' নামটিও ধারণা করা হয় এসেছে পার্শী শব্দ 'ইয়েক হেজার' (এক হাজার) থেকে। মোঙ্গল সৈন্যদের একেকটি দলে ১০০০ সৈন্য থাকত বলেই হয়তো এই নাম।

বৌদ্ধ ধর্মের প্রচার ও প্রসার
ইসলামী শাসন
চেঙ্গিজ খানের আক্রমণ
পুনর্বসতি স্থাপন ও আঞ্চলিক গুরুত্ব