হাঁটুর ইনজুরির কারণে ক্লাবের হয়ে প্রাক-মৌসুমের কোনো খেলাতেই মাঠে নামতে পারেননি আগুয়েরো। ইনজুরি থেকে ফিরে মৌসুমের প্রথম খেলায় নিউকাসলের বিপক্ষে তিনি একটি গোল করেন। খেলায় ম্যানচেস্টার সিটি ৪–০ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে। ম্যানচেস্টার ডার্বিতে ম্যানচেস্টার ইউনাইটেডের বিপক্ষে তিনি জোড়া গোল করেন এবং দলকে ৪–১ গোলের ব্যবধানে জয় এনে দেন। এভারটনের বিপক্ষে খেলায় তিনি একটি গোল করেন এবং দলকে ৩–১ গোলের ব্যবধানে জয় এনে দেন। ১৯ অক্টোবর, ওয়েস্ট হ্যামের বিপক্ষে তিনি ম্যান অফ দ্য ম্যাচ নির্বাচিত হন। খেলায় তিনি জোড়া গোল করেন এবং দাভিদ সিলভার গোলে সহায়তা করেন এবং সিটিকে ৩–১ গোলের ব্যবধানে জয় এনে দেন। ২৩ অক্টোবর, চ্যাম্পিয়নস লীগে সিএসকেএ মস্কোর বিপক্ষেও তিনি জোড়া গোল করেন। খেলায় ম্যানচেস্টার সিটি ২–১ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে। ২৭ অক্টোবর, তিনি চেলসির বিপক্ষে গোল করেন, অবশ্য খেলায় ম্যানচেস্টার সিটি ২–১ গোলের ব্যবধানে পরাজিত হয়। এই প্রথমবারের মত প্রিমিয়ার লীগের কোন খেলায় আগুয়েরো গোল করার পরও ম্যানচেস্টার সিটি পরাজিত হয়। ২ নভেম্বর, নরউইচের বিপক্ষে তিনি একটি গোল করেন। খেলায় ম্যানচেস্টার সিটি ৭–০ গোলের বড় ব্যবধানে জয় লাভ করে। ৫ নভেম্বর, চ্যাম্পিয়নস লীগে সিএসকেএ মস্কোর বিপক্ষে আগুয়েরো জোড়া গোল করেন এবং আলভারে নেগ্রেদোর একটি গোলে সহয়তা করেন। খেলায় সিটি ৫–২ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে। ১৪ ডিসেম্বর, আর্সেনালের বিপক্ষে সিটির ৬–৩ গোলে জয়ের খেলায় আগুয়েরো পায়ের ইনজুরিতে আক্রান্ত হন। এবং ধারণা করা হয় যে তাকে এক মাস মাঠের বাহিরে থাকতে হবে। ২০১৪ সালের ১৫ ডিসেম্বর, ইনজুরি থেকে ফিরে এফএ কাপের খেলায় ব্ল্যাকবার্ন রোভার্সের বিপক্ষে বদলি হিসেবে মাঠে নামেন আগুয়েরো। খেলার ৭২তম মিনিটে মাঠে নেমে ৭৩তম মিনিটেই একটি গোল করেন তিনি।

২০১৪ সালের ২৫ জানুয়ারী, ওয়াটফোর্ডের বিপক্ষে এফএ কাপের খেলায় আগুয়েরো হ্যাট্রিক করেন, এবং সিটিকে ৪–২ গোলের জয় এনে দেন। এটি তার ২০১৪ সালের প্রথম হ্যাট্রিক। ২৯ জানুয়ারী, টটেনহাম হটস্পারের বিপক্ষে খেলায় আগুয়েরো পুনরায় হ্যামস্ট্রিং ইনজুরিতে আক্রান্ত হন। এই ইনজুরি তাকে এক মাস মাঠের বাহিরে রাখবে বলে ধারণা করা হয়।

২০১১ কোপা আমেরিকা
২০১০ ফিফা বিশ্বকাপ
ব্যক্তিগত জীবন
২০১৩–১৪ মৌসুম