১৯৭৫ সালের নভেম্বরে মণিকৃষ্ণ সেন কলকাতায় যান এবং সেখানে দীর্ঘ দিন অসুস্থ অবস্থায় অবস্থান করার দেশে ফিরে আসেন চার বছর পরে। কমিউনিস্ট পার্টির তৃতীয় কংগ্রেস অনুষ্ঠিত হয় ১৯৮০ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে। পার্টির সভাপতি পদে মণি সিংহ ও সম্পাদক পদে মোহাম্মদ ফরহাদ নির্বাচিত হন। এ সময় মণিকৃষ্ণ সেন নির্বাচিত হন অন্যতম সদস্য। ১৯৮১ সালে আবারো কমিউনিস্ট পার্টি নিষিদ্ধ হয়। মণিকৃষ্ণ সেনকে সামরিক বাহিনী গ্রেপ্তার করে। দুমাস রংপুর কারাগারে থাকার পর তার স্ট্রোক হয়। চিকিৎসার জন্য তাকে কলকাতায় পাঠানো হয়। কলকাতা থেকে ফিরে এসে তিনি রংপুরে শহরের নিকটবর্তী রাজেন্দ্রপুর গ্রামে আত্মগোপন করেন।

১৯৮৫ সালের ২০ সেপ্টেম্বর তিনি তার প্রয়াত মার নামে প্রতিষ্ঠা করেন 'প্রমোদা সুন্দরী সেন কল্যাণ ট্রাস্ট'। ঐ বছরই তার প্রয়াত বাবার নামে তিনি 'বিষ্ণুপুর হাইস্কুলে'র নামকরণ করেন ।

১৯৮৭ সালের ৭-১১ এপ্রিলে অনুষ্ঠিত হয় কমিউনিস্ট পার্টির চতুর্থ কংগ্রেস। এই কংগ্রেসে মণিকৃষ্ণ সেন কমিউনিস্ট পার্টির কন্ট্রোল কমিশনের সদস্য নির্বাচিত হন। ১৯৯০ সালের ১৯ মে রংপুর জেলা কমিউনিষ্ট পার্টির পঞ্চম সম্মেলনে পার্টির অন্যতম প্রতিষ্ঠাতা মণিকৃষ্ণ সেনকে সংবর্ধনা প্রদান করা হয়। ১৯৯১ সালে রংপুর পাবলিক লাইব্রেরি মাঠে অনুষ্ঠিত কৃষক ও ক্ষেতমজুর সমাবেশে সভাপতিত্ব করেন তিনি। ১৯৯১ সালে এপ্রিলে তিনি চিকিৎসার জন্য শেষবারের মতো ভারতের কলকাতায় যান। সেই সময় থেকেই তার শারীরিক অবস্থা ক্রমান্বয়ে খারাপের দিকে যাচ্ছিল। তার আত্মীয় স্বজনরা সবাই ভারতে ছিলেন এবং তারা জীবনের শেষ কয়টি দিন তাদের সাথে থাকার জন্য বিনীত অনুরোধ করেন। কিন্তু মণি কৃষ্ণ সেন উদগ্রীব হয়ে ছিলেন স্বদেশে বিশেষ করে তার রাজনৈতিক জীবনের অন্যতম প্রধান ক্ষেত্র রংপুরে ফেরার জন্য। তবে তার সেই আকাঙ্ক্ষা অপূর্ণই থেকে গেছে। কোলকাতায় একটি সার্জারির পরে তিনি বিহারের রাজধানী পাটনা যান। ঠিক সেই সময় অনুষ্ঠিত হচ্ছিল পার্টির পঞ্চম কংগ্রেস (৩-৮ অক্টোবর, ১৯৯১)। তার মনে তীব্র বাসনা ছিল রংপুরে ফিরে আসার। কিন্তু তা আর হয়ে ওঠেনি।

মুক্তিযুদ্ধকাল
রাজনৈতিক জীবন
শেষ জীবন
প্রাক-স্বাধীন ভারতে