মসজিদের মূল কাঠামো দীর্ঘ এবং প্রশস্ত ছিল। উঠোনের পাশে তিনটি আর্কেড উঠোনকে ঘিরে রয়েছে। উঠোনের দক্ষিণপশ্চিমে নামাজের স্থান রয়েছে। কিবলার দেয়ালের আকার * যা সঠিক কোণ থেকে কিছুটা সরে আছে। নামাজের স্থানকে ঘিরে রাখা চারটি আর্কেডগুলো মার্বেলের স্তম্ভ দ্বারা ধরে রাখা হয়েছে। বিভিন্ন পুরুত্বের ভিত্তি ব্যবহার করে বিভিন্ন উচ্চতার স্তম্ভবগুলো স্থাপন করা হয়েছে। অভ্যন্তরের নকশায় আব্বাসীয়, কপ্টিক ও বাইজেন্টাইন স্থাপত্যের প্রভাব লক্ষ্য করা যায়।

সবমিলিয়ে তিনটি গম্বুজ নির্মিত হয়েছে। উত্তর আফ্রিকান মসজিদে এটি সাধারণ প্রথা ছিল। তবে আল-আজহারের বেশ কয়েকবার সংস্কারের ফলে এগুলো বর্তমানে টিকে নেই। ইতিহাসবিদ আল-মাকরিজি লিখেছেন যে মূল গম্বুজে আল-সিকিলি নিম্নোক্ত লেখা উৎকীর্ণ করেছিলেন: জওহর খলিফার উপাধিতে সম্মানসূচক হিসেবে "আমিরুল মুমিনিন" এবং নিজের "সচিব" উপাধি যুক্ত করেছিলেন। সেনাপতি হওয়ার পূর্বে তিনি সচিব হিসেবে কাজ করেছেন।

১৯৩৩ খ্রিষ্টাব্দে মূল মিহরাব উন্মোচিত হয়। এর উপরে একটি অর্ধবৃত্তাকার গম্বুজ ও দুইপাশে মার্বেলের স্তম্ভ রয়েছে। মিহরাবে কুরআনের দুই সেট আয়াত উৎকীর্ণ ছিল যা এখনো অক্ষত রয়েছে। প্রথম সেটে সূরা আল মু'মিনূনের প্রথম তিন আয়াত রয়েছে:মুমিনগণ সফলকাম হয়ে গেছে – যারা নিজেদের নামাজে বিনয়-নম্র - যারা অনর্থক কথাবার্তায় নির্লি‌প্তদ্বিতীয় আয়াতগুলো সূরা আল আনআমের ১৬২ ও ১৬৩ নং আয়াত:বল: আমার নামাজ, আমার কুরবানি এবং আমার জীবন ও মরণ বিশ্ব প্রতিপালক আল্লাহরই জন্যে - তার কোন অংশীদার নেই। আমি তাই আদিষ্ট হয়েছি এবং আমি প্রথম আনুগত্যশীল।এই উৎকীর্ণ অংশগুলো একমাত্র অলংকরণ যা নিশ্চিতভাবে ফাতেমীয় যুগের সাথে সম্পর্কিত করা যায়।
১০০৯ থেকে ১০১০ খ্রিষ্টাব্দের মধ্যে মার্বেলের মেঝে যুক্ত করা হয়। উঠোনকে ঘিরে থাকা আর্কেড কিল আকৃতির আর্চ যুক্ত ও অলঙ্করণ সমৃদ্ধ। এসকল আর্চ আল-হাফিজের শাসনামলে নির্মিত হয়েছিল। অলঙ্করণগুলোও তার সময়ের এবং ১৮৯১ খ্রিষ্টাব্দে সেগুলো পুনরায় অঙ্কন করা হয়। দুই ধরনের অলঙ্করণ এতে ব্যবহৃত হয়েছে। এছাড়াও কুফিক লিপিতে লেখা কুরআনের আয়াত উৎকীর্ণ রয়েছে। কুরআনের আয়াত ফাতেমীয় যুগে উৎকীর্ণ হয়েছিল। দক্ষিণের আর্কেডে মূল প্রবেশপথ অবস্থিত।

১০০৯ খ্রিষ্টাব্দে আল-হাকিমের শাসনামলে একটি কাঠের দরজা যুক্ত করা হয়েছিল। ১১২৫ খ্রিষ্টাব্দে আল-আমির একটি কাঠের মিহরাব যুক্ত করেন। আল-হাফিজ লিদিনাল্লাহর সময় অতিরিক্ত একটি গম্বুজ নির্মিত হয়। তিনি উঠোনের চারদিকে চতুর্থ একটি আর্কেড ও পশ্চিমের দেয়ালে একটি বহিরাঙ্গণ নির্মাণের নির্দেশ দিয়েছিলেন।

ফাতেমীয়দের অধীনে কাঠামোগত পরিবর্তন
২০১১ বিপ্লব পরবর্তী সময়
ফরাসি আধিপত্য
গাওরি মিনার