ঐতিহ্য অনুযায়ী, মসজিদটি ফিলিষ্টাইন মন্দিরের স্থলে দাঁড়িয়ে আছে যা উর্বরতার ঈশ্বর (God of fertility) দাগোনের নামে উৎসর্গকৃত ছিল বলে স্যামসন তার "বুক অব জজ" (Book of Judges) নামক বইতে উল্লেখ করেছেন। পরে, বৃষ্টি এবং শস্যের ঈশ্বরমার্নাস এর নামে একটি মন্দির উৎসর্গ করা হয় - যা ছিল একটি দুর্গ। স্থানীয় লোককাহিনীতে প্রচলিত আছে স্যামসনকে বর্তমান মসজিদের নিচে সমাহিত করা হয়েছিল।

সম্রাজ্ঞী আলিয়া ইউডোসিয়া ৪০৬ খ্রিস্টাব্দে বাইজেন্টাইন গির্জা হিসাবে বৃহৎ ভবনটি নির্মাণ করেন, এটিও হতে পারে যে গির্জাটি সম্রাট মার্সিয়ান দ্বারা নির্মিত হয়েছিল। ভবন এর একটি কলামের উপরের স্তরে খোদাই করাইহুদি শিলালিপির উপর ভিত্তি করে ১৯শ শতাব্দীর মধ্যে প্রস্তাব করা হয় যে, ভবনের উপরের স্তম্ভ ৩য় শতাব্দীর কৈসরিয়া মারিটিমার ইহুদি সমাজ-গৃহ থেকে আনা হয়েছিল। ১৯৬০ সালে গাজা উপকূলে একটি ৬ষ্ঠ শতকের সমাজ-গৃহের পত্তনের ফলে স্থানীয়রা এই স্থানটি অনেক সুন্দরভাবে ব্যবহার করতে শুরু করে। শিলালিপি ছাড়াও, কলামটি মেনরাহ, শফার, লুলাভ এবং এট্রগ দ্বারা চিত্রিত করা হয়েছে যা পুষ্পমাল্য দিয়ে বেষ্টিত; শিলালিপিটি "যাকোবের হনানীয় পুত্র" হিব্রু এবং গ্রিক ভাষায় পড়েন।  ৬০০ খ্রিস্টাব্দে মোজাইক নির্মিত মাদাবা মানচিত্রে গির্জাটি দেখা যায়।

অবস্থান
ইসলামিক যুগ
প্যালেষ্টাইন এবং বাইজেন্টাইন যুগ
অভ্যন্তরভাগ