১৯৭১ সালের মুক্তিযুদ্ধে তিনি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেন। তার মূল্যায়ন প্রসঙ্গে কুচবিহারের তুফানগঞ্জ থেকে প্রকাশিত 'ঝড়-তুফান' পত্রিকা-সম্পাদক জীবন দে বলেন "১৯৭১ সালে বাংলাদেশ মুক্তিসংগ্রামে মণিকৃষ্ণ সেন ছিলেন মুক্তিযোদ্ধাদের এক বড় সহায়। তুফানগঞ্জে, কুচবিহার দিনহাটা থেকে শীতলকুচি কলকাতায় তিনি ছিলেন সদা তৎপর"। কুচবিহারের তুফানগঞ্জেও মুক্তিযোদ্ধাদের একটি শিবির ছিল। এই শিবিরও পরিচালনা করতেন মণিকৃষ্ণ সেন।

১৯৭১ সালের অক্টোবর মাস। জনগণের সহায়তায় রংপুর জেলের গরাদ ভেঙে অসংখ্য কারাবন্দী মুক্তিযুদ্ধে অংশগ্রহণের জন্য পশ্চিমবঙ্গে চলে যান। তারা যোগাযোগ করেন মণিকৃষ্ণ সেনের সঙ্গে। ১৯৭২ সালে কমিউনিস্ট পার্টি মুক্তিযুদ্ধে ক্ষতিগ্রস্তদের পুনর্বাসন কর্মসূচি গ্রহণ করে । মণিকৃষ্ণ সেনের নেতৃত্বে পুনর্বাসন কর্মসূচি বাস্তবায়নে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করেন পার্টির নেতা ও কর্মীগণ।

১৯৭৩ সালের ৪-৮ ডিসেম্বর পর্যন্ত ঢাকায় অনুষ্ঠিত হয় পার্টির দ্বিতীয় কংগ্রেস। এ কংগ্রেসেও তিনি কেন্দ্রীয় কমিটির সদস্য নির্বাচিত হন। ওই বছর দুর্ভিক্ষ নেমে আসে বাংলার বুকে। চারদিকে শুরু হয় মৃত্যুর বিভীষিকা। দুর্ভিক্ষপীড়িত অসহায় মানুষের প্রাণ বাঁচাতে এগিয়ে আসে কমিউনিস্ট পার্টি। এতে নেতৃত্ব প্রদান করেন মণিকৃষ্ণ সেন।

মুক্তিযুদ্ধকাল
তেভাগা আন্দোলন
প্রাক-স্বাধীন ভারতে
রাজনৈতিক জীবন