১৯৭১ সালের এপ্রিলে তাকে পূর্ব পাকিস্তানে পাঠানো হয়। ২৫ মার্চ লেফটেন্যান্ট জেনারেল টিক্কা খান ও মেজর জেনারেল রাও ফরমান আলি কর্তৃক পরিকল্পিত ও বাস্তবায়িত অপারেশন সার্চলাইট পরিচালনার মাধ্যমে পূর্ব পাকিস্তানে গণহত্যা শুরু হয়। আন্তর্জাতিকভাবে এই সামরিক অভিযান নিন্দিত হয়। এপ্রিল মাসে টিক্কা খানের স্থলে তাকে পূর্ব পাকিস্তানে কমান্ডার-ইন-চীফ হিসেবে পাঠানো হয়।

১৯৭১ সালে বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধের শেষে তার অধীনে পাকিস্তানী সেনারা ভারতীয় সেনাবাহিনী ও বাংলাদেশী মুক্তিবাহিনীর কাছে আত্মসমর্পণ করে। ডিসেম্বরের প্রথম সপ্তাহেই নিয়াজী তার রাজাকার, আলবদর ও সেনাবাহিনীকে দেশের চারদিকে ছড়িয়ে দেয় পুরো সীমান্তকে রক্ষা করার জন্য। নিয়াজীর নিয়ন্ত্রণে তখন পাক সেনাবাহিনীর প্রায় ৪২টি ব্যাটালিয়ন। নিয়মিত সেনা প্রায় ৪০ হাজার এবং আধা-সামরিক বাহিনীতে প্রায় ২৪ হাজার ২০০ লোক। এছাড়া পাক কর্তৃপক্ষের হাতে বাংলাদেশে তখন আরও প্রায় ২৪ হাজার ইন্ডাস্ট্রিয়াল সিকিউরিটি ফোর্স ছিল। মোট সেনা ছিল ৪২ ব্যাটালিয়ান। কিন্তু নামে ডিভিশন ছিল ৪টি। ১৪, ৩৯, ৯ ও ১৬; এছাড়া ৩৬ নম্বর ডিভিশন নামে আরেকটি ডিভিশন ছিল মেজর জেনারেল জামসেদের অধীনে। প্রধানত আধা-সৈনিকরা এ ডিভিশনের আওতায় ছিল। তাদের হাতে তখন গুলি-গোলাও প্রচুর। নিয়াজী যত সৈন্য চেয়েছিল পাক কর্তৃপক্ষ কখনও তাকে তা দেয়নি। তার চাহিদামতো ট্যাংক, বিমান, কামানও পশ্চিম পাকিস্তান থেকে আসেনি। কিন্তু তাকে গোলাবারুদ দিতে কার্পণ্য করেনি, যা চেয়েছিল তার চেয়েও বেশি দেয়া হয়েছিল তাকে। মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র এবং চীন থেকে পাঠানো প্রচুর গোলাবারুদ তখন পাক কর্তৃপক্ষের হাতে। নিয়াজীর নবম ডিভিশন তখন যশোরের ঘাঁটিতে। তারা সাতক্ষীরা থেকে কুষ্টিয়া পর্যন্ত ছড়িয়ে পড়েছিল। ষোড়শ ডিভিশনের হেডকোয়ার্টার নাটোর থেকে বরগুনায় আনা হয়েছিল। তারা গঙ্গা ও ব্রহ্মপুত্রের মধ্যবর্তী অংশে বাংকার করেছিল। ১৪ ও ৩৯ ডিভিশন জামালপুর থেকে দক্ষিণে কক্সবাজার পর্যন্ত এলাকার দায়িত্বে ছিল। পাক বাহিনীর হাতে ছিল ৮৪টি মার্কিন স্যাফি ট্যাংক, আড়াইশ’র মতো মাঝারি ও ভারি কামান। নিয়াজীর নির্দেশে এগুলোর সবই সীমান্তের কাছাকাছি নিয়ে যাওয়া হয়।

বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ
ভারত-পাকিস্তান যুদ্ধ
প্রারম্ভিক জীবন
বার্মা অভিযান