প্রতিষ্ঠার পর বিএনপি অনেকবার ভাঙ্গনের সম্মুখীন হয়। এর প্রতিষ্ঠাতাদের মধ্যে কয়েকজন জিয়াউর রহমানের মৃত্যুর পর দল ছেড়ে দেন। এর মধ্যে মওদুদ আহমেদ অন্যতম। ২০০১ সালে নির্বাচনের পর বিএনপি মনোনয়নে দলের প্রথম মহাসচিব অধ্যাপক একিউএম বদরুদ্দোজা চৌধুরী দেশের রাষ্ট্রপতি হন। কিন্তু কিছু কারণে বদরুদ্দোজা চৌধুরীর সাথে বিএনপি দূরত্ব সৃষ্টি হয়। ফলে প্রায় ছয় মাস রাষ্ট্রপতি থাকার পর বি. চৌধুরী পদত্যাগ করেন। তিনি বিএনপির একটি অংশ নিয়ে নতুন রাজনৈতিক দল বিকল্পধারা বাংলাদেশ গঠন করেন। ২০০৬ সালে অষ্টম জাতীয় সংসদের মেয়াদ শেষ হবার ঠিক আগের দিন বিএনপির প্রতিষ্ঠাতাদের একজন কর্ণেল (অব:) ড: অলি আহমেদ বীর বিক্রম বিএনপি সরকারের কতিপয় নেতা-কর্মী, মন্ত্রী ও সংসদ সদস্যদের নিয়ে বিএনপি ত্যাগ করেন এবং অধ্যাপক বদরুদ্দোজা চৌধুরীর বিকল্পধারার সাথে একীভূত হয়ে নতুন রাজনৈতিক দল লিবারেল ডেমোক্র্যাটিক পার্টি সংক্ষেপে এল.ডি.পি. গঠন করেন।

এরশাদ বিরোধী আন্দোলন
খালেদা জিয়ার নেতৃত্বে প্রথম সরকার (পঞ্চম জাতীয় সংসদ)
দলে ভাঙ্গন
বিচারপতি আবদুস সাত্তারের নেতৃত্বে সরকার