২০০৯ সালের ডিসেম্বরে বিএনপির ৫ম জাতীয় সম্মেলনে মির্জা ফখরুল বিএনপির জ্যেষ্ঠ যুগ্ম মহাসচিব পদে নির্বাচিত হন। এই পদটিতে এর আগে তারেক রহমান বহাল ছিলেন। তারেক রহমান এই সম্মেলনে দলের ভাইস চেয়ারম্যানের পদ লাভ করেন। একই সময়ে আওয়ামী লীগ সরকার গঠন করে এবং মির্জা ফখরুল বিরোধী দলীয় মুখপাত্র হিসেবে গণমাধ্যমে পরিচিতি পান।

২০১১ সালের ২০শে মার্চ বিএনপির তৎকালীন মহাসচিব খন্দকার দেলওয়ার হোসেন মৃত্যুবরণ করার পর দলটির চেয়ারপার্সন বেগম খালেদা জিয়া মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীরকে দলের ভারপ্রাপ্ত মহাসচিব ঘোষণা করেন। ভারপ্রাপ্ত মহাসচিব হিসেবে দায়িত্ব নেওয়ার পর দলের জ্যেষ্ঠ কয়েকজন নেতা এই মনোনয়ন নিয়ে প্রশ্ন তুলেন। কেউ কেউ বলেন বিএনপির সংবিধানে ভারপ্রাপ্ত মহাসচিবের কোন বর্ণনা নেই। কিন্তু বেগম খালেদা জিয়া ২১ মার্চ ২০১১ তারিখে সৌদি রাজপরিবারের আমন্ত্রণে সৌদি আরব যাবার আগমুহুর্তে মির্জা ফখরুলকে বিএনপির ভারপ্রাপ্ত মহাসচিব ঘোষণা করে গেলে এই সংক্রান্ত বিভ্রান্তির অবসান ঘটে। ২০১৬ সালের ১৯শে মার্চ দলটির ষষ্ঠ জাতীয় সম্মেলনে মির্জা ফখরুল মহাসচিব হিসেবে নির্বাচিত হন।

বিরোধী দলের ভারপ্রাপ্ত মহাসচিবের দায়িত্ব পালনকালে মির্জা ফখরুল বিভিন্ন ইস্যুতে আওয়ামী লীগ সরকারের কঠোর সমালোচনা করেন। এছাড়া দেশব্যাপী বিএনপির একাধিক বিক্ষোভ ও আন্দোলন কর্মসূচীর নেতৃত্ব দেন, যেগুলো অধিকাংশেরই কেন্দ্রে ছিল তত্ত্বাবধায়ক সরকার ব্যবস্থা পুনর্বহালের দাবী।

রাজনৈতিক জীবন
কর্মজীবন
বিএনপির মহাসচিব
ব্যক্তিগত জীবন ও পরিবার