২০০৪ সালে অটলবিহারী বাজপেয়ী নির্ধারিত সময়ের ছয় মাস আগেই সাধারণ নির্বাচনের ডাক দেন। এই নির্বাচনে এনডিএ-র প্রচার অভিযানের ভিত্তি ছিল ‘ইন্ডিয়া শাইনিং’ শ্লোগানটি। এই শ্লোগানটির মাধ্যমে বিজেপি দাবি করে দেশের দ্রুত অর্থনৈতিক রূপান্তরের কৃতিত্ব বাজপেয়ী সরকারের। কিন্তু এই নির্বাচনে এনডিএ অপ্রত্যাশিতভাবে পরাজিত হয়। এনডিএ এই নির্বাচনে ১৮৬টি আসন লাভ করে। অন্যদিকে কংগ্রেস ও তার সহযোগী দলগুলি পায় ২২২টি আসন। মনমোহন সিং সংযুক্ত প্রগতিশীল জোটের নেতা হিসেবে অটলবিহারী বাজপেয়ীর পর ভারতের প্রধানমন্ত্রী হন। এনডিএ-র পরাজয়ের কারণ ছিল গ্রামাঞ্চলের মানুষের কাছে পৌঁছাতে না পারা। বিজেপির বিবাদ-সৃষ্টিকারী নীতিগুলিও এই পরাজয়ের অন্যতম কারণ ছিল।

২০০৮ সালের মে মাসে বিজেপি কর্ণাটকের বিধানসভা নির্বাচনে জয়লাভ করে। এটিই ছিল দক্ষিণ ভারতের কোনো রাজ্যে বিজেপির প্রথম বিধানসভা নির্বাচনে জয়লাভ। ২০০৯ সালের সাধারণ নির্বাচনে বিজেপির লোকসভার আসন সংখ্যা কমে হয় ১১৬। ২০১৩ সালে কর্ণাটকের বিধানসভা নির্বাচনেও বিজেপি পরাজিত হয়।

সাধারণ নির্বাচনে পরাজয়
বিদেশ নীতি
সাধারণ নির্বাচনে জয়লাভ, ২০১৪
২০০২ গুজরাত দাঙ্গা