২০১৩ সালের ৫ই মে, হেফাজতে ইসলাম ঢাকা অবরোধ কর্মসূচি এবং ঢাকার মতিঝিলে তাদের দ্বিতীয় সমাবেশের আয়োজন করে। ৫ ও ৬ই মে ঢাকাসহ দেশের বিভিন্ন স্থানে নিরাপত্তা বাহিনীর সাথে এই সংগঠনের কর্মীদের ব্যাপক সংঘর্ষে বহু হেফাজতে ইসলামের কর্মী, পুলিশ, বিজিবি সদস্যসহ মোট ৪৭ জন নিহত হয় এবং সাংবাদিকসহ আরও অনেকে আহত হয়। তাদের উপর ফুটপাতের দোকান ও অন্যান্য বইয়ের সাথে কোরান শরিফ পোড়ানোরও অভিযোগ আনা হয়। এদিন ধর্মীয় বইয়ের প্রায় ৮২টি দোকান পুড়িয়ে দেওয়া হয়। তবে প্রধান বিরোধী দল বিএনপির কয়েকজন নেতা অভিযোগ করেন স্বেচ্ছাসেবক লীগের নেতা দেবাশীষের নেতৃত্বে কুরআন শরিফ পোড়ানো হয়। পল্টন মোড় ও সিপিবির কার্যালয়ের সামনে পুরোনো ৩৫টি বইয়ের দোকানের মধ্যে ৩টি বাদে সবগুলোই পুড়িয়ে দেওয়া হয়।

হেফাজতে ইসলামের কর্মীরা মতিঝিল, পল্টন, জিরো পয়েন্ট, গুলিস্তান, দৈনিক বাংলার মোড় ও আশেপাশের এলাকায় বহু প্রতিষ্ঠানে ভাঙচুর ও অগ্নিসংযোগ করে। এক প্রাথমিক হিসাবে বায়তুল মোকাররম মার্কেট ও তার আশেপাশে প্রায় ৩০০টি দোকান ভাঙচুর ও অগ্নিসংযোগ করা হয় এবং তাতে প্রায় ১৮ কোটি টাকার ক্ষয়ক্ষতি হয়েছে বলে অভিযোগ করা হয়। এছাড়া রাষ্ট্রায়ত্ত প্রতিষ্ঠান বাংলাদেশ হাউস বিল্ডিং ফাইন্যান্স করপোরেশনের (বিএইচবিএফসি) ১৮ কোটি ১৭ লাখ টাকা ও একই ইমারতে অবস্থিত জনতা ব্যাংকের ৫ কোটি টাকার ক্ষতি হয়। ক্ষতিগ্রস্ত হয় সোনালী ব্যাংক, প্রিমিয়ার ব্যাংক, সিটি সেন্টার, কয়েকটি ব্যাংকের এটিএম বুথসহ বিভিন্ন স্থাপনা ও প্রতিষ্ঠানে ভাঙচুর ও অগ্নিসংযোগ করা হয়। পরবর্তীতে তথ্য অধিদপ্তরে এক সংবাদ সম্মেলনে বাংলাদেশ সরকারের তথ্যমন্ত্রী হাসানুল হক ইনু জানান, ওই দিন শিল্প ব্যাংকের পাশে সরকারের পরিবহন পুলে রাখা ৪০টি বাসসহ বিভিন্ন স্থানে দুই শতাধিক যানবাহনে অগ্নিসংযোগ করা হয়েছে। এছাড়া অসংখ্য ক্ষুদ্র ব্যবসায়ী ও হকাররা ক্ষতিগ্রস্ত হন সেদিনকার ধ্বংসযজ্ঞে। হেফাজতে ইসলামের কর্মীরা এদিন অবরোধ সৃষ্টির জন্য পল্টন মোড় থেকে বিজয়নগর মোড় পর্যন্ত প্রায় ৭০টি গাছ এবং পল্টন মোড় থেকে মতিঝিল পর্যন্ত প্রায় ৩০ থেকে ৩৫টি গাছ কেটে ফেলে। ঢাকা সিটি করপোরেশনের জনসংযোগ কর্মকর্তার মতে ৫ মে ঢাকা দক্ষিণ সিটি করপোরেশনের (ডিএসসিসি) ক্ষতি হয়েছে প্রায় ৫ কোটি টাকা।

৬ই মে, সংগঠনের মহাসচিব জুনায়েদ বাবুনগরীকে, ঢাকা অবরোধ কর্মসূচি চলাকালে বিশৃঙ্খলা সৃষ্টিসহ আরও বিভিন্ন অভিযোগ এনে গ্রেপ্তার করা হয়। এর আগে ৫ই মে শাপলা চত্ত্বরে গভীর রাতে মতিঝিল বাণিজ্যিক এলাকায় বিদ্যুৎ সরবরাহ বন্ধ করে হেফাজতের কর্মীদের বাণিজ্যিক এলাকা থেকে সরানোর উদ্দেশ্যে সরকারী আইন-শৃংখলা বাহিনী আক্রমণ পরিচালনা করে। পুলিশ, র‌্যাব ও বিজিবির সদস্যরা এতে অংশগ্রহণ করে। এছাড়া এই অভিযান পরিচালনার পূর্বেই সরকার বিরোধী স্যাটেলাইট টেলিভিশন - দিগন্ত টিভি ও ইসলামিক টিভি বন্ধ করে দেওয়া হয়। বিরোধী দল বিএনপি এবং হেফাজতে ইসলামের পক্ষ থেকে অভিযোগ করা হয় ৫ই মে শাপলা চত্তরে গভীর রাতে সরকারি আইন-শৃংখলা বাহিনী হেফাজতে ইসলামের হাজার হাজার কর্মীকে হত্যা করে এবং তাদের লাশ গুম করে। এশীয় মানবাধিকার কমিশন থেকে বলা করা হয়, বিভিন্ন ইন্টারনেট রিপোর্ট থেকে প্রাপ্ত তথ্যানুসারে তারা ২৫০০ বা তারও বেশি হেফাজত কর্মী ওই হামলায় নিহত হতে পারে বলে ধারনা করছে এবং এজন্য তার তাদের রিপোর্টে একে গণহত্যা বলে অভিহিত করে। অন্যান্য তথ্য থেকেও প্রতীয়মান হয় যে, এই অভিযানে কমপক্ষে ৫০ জন হেফাজত কর্মী নিহত হয়েছে।
এর প্রেক্ষিতে ঢাকা পুলিশ কমিশনারের পক্ষ থেকে একটি সংবাদ সম্মেলন করা হয় এবং হেফাজতে ইসলামের হাজার লোক গুমের এই দাবিকে সম্পূর্ণ মিথ্যা ও বিশেষ উদ্দেশ্য প্রণোদিত বলে উল্লেখ করা হয়।
কমিশনার হেফাজতের নেতৃবৃন্দের কাছে নিহতদের তালিকা আহবান করেন এবং বলেন যে সমাবেশস্থলে অসংখ্য সাংবাদিকের উপস্থিতিতে এই ধরনের লাশ গুমের ঘটনা অসম্ভব।

ফ্রান্সভিত্তিক বার্তা সংস্থা এএফপির প্রতিবেদনে বলা হয় ব্লাসফেমি আইন প্রণয়নের দাবিতে ঢাকায় জড়ো হওয়া মানুষদের হটিয়ে দিতে পুলিশ স্টান্ট গ্রেনেড, জলকামান, কাঁদানে গ্যাসের শেল ও রাবার বুলেট ব্যবহার করে। এই সহিংসতার কারণে মতিঝিল এলাকার ব্যাংক, বিমা ও ব্যবসাপ্রতিষ্ঠানের শত শত কর্মী রোববার নিজ নিজ অফিসে রাত কাটাতে বাধ্য হন। যুক্তরাজ্যের দ্য গার্ডিয়ান লিখেছে, ব্লাসফেমি আইনের দাবিতে আন্দোলনরত কট্টরপন্থী মুসলমানদের সঙ্গে নিরাপত্তা বাহিনীর সংঘর্ষে ঢাকায় কমপক্ষে ৩০ জন নিহত হয়েছেন। প্রত্যক্ষদর্শীদের বরাত দিয়ে বিবিসির খবরে বলা হয়, ঐদিন বিক্ষোভকারীদের কর্মকাণ্ড ছিল ব্যাপক ধ্বংসাত্মক। শক্তি প্রয়োগ ছাড়া নিরাপত্তা বাহিনীর আর কিছু করার ছিল না। সহিংসতায় হতাহতের সংখ্যা নিয়ে ভিন্ন ভিন্ন তথ্য পাওয়া যাচ্ছে। ব্রিটিশ দৈনিক টেলিগ্রাফ লিখেছে, ঢাকায় ইসলামি মৌলবাদীদের সঙ্গে নিরাপত্তা বাহিনীর সংঘর্ষে কমপক্ষে ২২ জন নিহত হয়েছেন।

কওমী মাদ্রাসার শোকরানা মাহফিল
ঢাকা অবরোধ
বাঙালি সত্ত্বা ও বাংলা নববর্ষের বিরোধিতা
লং মার্চ এবং সমাবেশ