এই প্রাসাদটির ইতিহাস শুরু হয় মধ্যযুগে, যখন চ্যাপেল আওয়ার লেডি অব পেনা’কে উৎসর্গ করে সিন্ট্রা শুহরের পাহাড়ের উপর এই প্রাসাদটি নির্মাণ করেন। ঐতিহ্য অনুযায়ী বলা হয়, কুমারী ম্যারি আবির্ভূত হওয়ার পর এই প্রাসাদের নির্মাণকাজ শুরু হয়।

১৪৯৩ সালে, রাজা জন II, তার স্ত্রী রাণি লিওনর এর সাথে তীর্থযাত্রা করার পর, তার প্রতিজ্ঞা পূরণ করেন। তার উত্তরাধিকার রাজা ম্যানুয়েল I, এই পবিত্র স্থাপনাটি তার অনেক প্রিয় ছিল। তিনি সন্নাসী জেরমোর কর্তৃক আদেশ পাওয়ার ফলে এই স্থানে একটি আশ্রম তৈরী করার জন্য অর্থ দান করেন। ঐ শতকে পেনা অনেক ছোট ছিল, ধ্যানের জন্য উপযুক্ত স্থান, ওখানে সর্বোচ্চ ১৮ জন সন্নাসী থাকতে পারত।

১৮ শতকে, আশ্রমটি বজ্রপাতে একেবারেই ব্যাপকভাবে ধ্বংস হয়ে যায়। যাহোক এটা ছিল লিসবনের সবচেয়ে মারাত্মক ভূমিকম্প। এর কিছুদিন পর আশ্রমটি সংস্কার করার জন্য উচ্চহারে ট্যাক্স আরোপ করা হয়। যদিও “চ্যাপেল” ( একটি মার্বেল পাথরের সুন্দর কারুকাজ এবং নিকোলাউ চানটেরিন এর সমাধী) যা ব্যাপক ক্ষতি সাধিত হয় নি।
অনেক দশক ধরে ঐ ধ্বংসাবশেষের কোন সংস্কার করা হয় নি, যদিও তখনও ওগুলো যুবরাজ ফেরদিনান্দকে আশ্চর্য করত। ১৮৩৮ সালে, যুবরাজ ফেরদিনান্দ রাজা হওয়ার পর, সিদ্ধান্ত নেন ঐ পুরাতন আশ্রমটি সংস্কার করবেন। 
এবং সংস্কার কাজ চলতে থাকে ১৮৪২-১৮৫৪ পর্যন্ত। যদিও এর সংস্কারকাজ ১৯৪৭ এর দিকে প্রায় শেষ পর্যায়ে ছিল। রাজা ফেরদিনান্দ এবং রাণি মারিয়া II, ঐ স্থাপনার সাজসজ্জা ও প্রতীকিকরণে প্রধান ভূমিকা পালন করেন।

১৮৮৯ সালে এই স্থাপনাটি পর্তুগীজ সরকার ক্রয় করে নেন। এবং ১৯১০ সালের স্বাধীনতা আন্দোলনের পর এই স্থাপনাকে জাতীয় স্থাপনার স্বীকৃতি ও যাদুঘরে পরিণত করা হয়। এই প্রাসাদে পর্তুগালের সর্বশেষ রাণী অ্যামেলিয়া তার অন্তিম দিনগলো কাটান, তার স্মৃতিগুলো যাদুঘরে সংরক্ষিত আছে।

প্রাসদটি খুবই দ্রুত পর্যটকদের দৃষ্টি আকর্ষণ করে এবং তা পর্তুগালের সবচেয়ে ভ্রমনবিলাস্থানে পরিণত হয়। সময়ের সাথে সাথে এর লাল ও হলুদ রঙ ঝাপসা হয়ে যায়। পরবর্তীতে অনেক বছর এটা দেখতে ধুসর রঙের ছিল। কিন্তু বিংশ শতাব্দীর শেষভাগে এই প্রাসাদ পুনরায় রঙ করা হয় এবং তার আগের রঙ পুনরুদ্ধার করা হয়।

১৯৯৫ সালে, প্রাসাদটি ও এর বাগান, আশপাশ এলাকাকে ইউনেস্কো বিশ্ব ঐতিহ্যে তালিকাভুক্ত করে।

ইতিহাস
অভ্যন্তর
গঠন
সম্মেলন কক্ষ ও ক্লক টাওয়ার