আয়াতুল্লাহ সৈয়দ আলী খামেনেয়ী ১৯৩৯ সালের ১৫ জুলাই মাশহাদ শহরে জন্মগ্রহণ করেন। খামেনেয়ী ‘সৈয়দ’ খেতাব ধারণ করেন যা সরাসরি বংশানুক্রমে সুন্নি ইসলামের ও ইসলামের প্রথম ইমাম আলী ইবনে আবু তালিব হতে পাওয়া। খামেনেয়ীর পূর্বপুরুষদের বেশিরভাগই বর্তমান ইরানের তাফরেজ থেকে আগত এবং তারা দেশান্তরিত হয়ে তাবরিজ শহরে বসবাস শুরু করেন। তার পিতার নাম সৈয়দ জওয়াদ খামেনেয়ী এবং মাতার নাম খাদিজা মিরদামাদী। মা-বাবার আট সন্তানের মধ্যে খামেনেয়ী দ্বিতীয়, এর মধ্যে তার দুই ভাই-ই ধর্মগুরু। তার ছোট ভাই হাদী খামেনেয়ী একটি ইরানি সংবাদপত্রের সম্পাদক ও ধর্মগুরু। 

প্রথম বয়সে খামেনেয়ী তার গুরুগণ, যেমন: শেখ হাশেম কজভিনি এবং আয়াতুল্লাহ মিলানির কাছে ধর্মশিক্ষায় দীক্ষিত হন। ১৯৫৭ সালে মাশহাদ ত্যাগ করে তিনি বর্তমান ইরাকের শহর নাজাফের উদ্দেশে রওনা হন। কিছু দিন নাজাফে থাকার পর তিনি কোম শহরে বসবাস শুরু করেন। সেখানে তিনি ১৯৫৮ থেকে ১৯৬৪ সাল পর্যন্ত ইসলামি সামরিক একাডেমিতে ধর্মতত্ত্ব শেখেন। এই সময় তার সতীর্থ ছিলেন রুহুল্লাহ খোমেনী। এরপরে তিনি ১৯৬৩ সালে ইসলামী কার্যকলাপের সাথে জড়িয়ে পড়েন এবং এর জন্য তাকে কারাবরণ করতে হয়। আলী খামেনেয়ী সোভিয়েত ইউনিয়নের পিপলস ফ্রেন্ডশিপ ইউনিভার্সিটি অফ রাশিয়া থেকে উচ্চতর শিক্ষা গ্রহণ করেন, যদিও এই বিষয়ে তার ওয়েবসাইটে কোনও কিছুর উল্লেখ নেই।

প্রাথমিক জীবন ও শিক্ষা
ভাষাগত দক্ষতা ও সাহিত্যানুরাগ
যুক্তরাষ্ট্রের সাথে বৈদেশিক নীতি
দেশীয় নীতি