গ্রন্থাগারের দূষ্প্রাপ্য ও পাণ্ডুলিপি এবং পুরাতন সংবাদপত্র শাখায় গবেষণা কর্মের উপাত্ত হিসেবে চিহ্নিত প্রাচীন পাণ্ডুলিপি, দূর্লভ দলিল, বই, সাময়িকী, দৈনিক এবং বিশ্ববিদ্যালয় থেকে প্রাকাশিত বিভিন্ন গুরত্বপূর্ণ সংগ্রহ সংরক্ষিত রয়েছে। পুঁথি সংগ্রাহক আবদুস সাত্তার চৌধুরী সংগৃহীত পুঁথি, পুস্তক এবং পাণ্ডুলিপি নিয়েই এই দূষ্প্রাপ্য এবং পাণ্ডুলিপি শাখা চালু করা হয়েছিল। এ-শাখায় প্রাচীন ভূজপত্র, তানপত্র, হাতে তৈরি তুলট কাগজ, তালপাতা ও বাঁশখণ্ডের উপর বাংলা, সংস্কৃত, পালি, আরবি, ফার্সি এবং উর্দু ভাষায় রচিত ৫৬৫টি পাণ্ডুলিপি সংগৃহীত রয়েছে, যে সকল পাণ্ডুলিপি প্রায় আড়াইশ থেকে একশ বছরের মধ্যে অনুলিখিত। এগুলোর মধ্যে রয়েছে, সফর আলি বিরচিত "গোলে হরমুজ খান", গয়াস বিরচিত "বিজয় হামজা", জিন্নত আলী রচিত "মনিউল বেদায়াত", সৈয়দ গাজী বিরচিত "হর গৌড়ির পুঁথি", হামিদুল্লাহ খাঁ রচিত "ধর্ম বিবাদ", পরাগল খাঁ রচিত "মহাভারত" ইত্যাদি।

এছাড়াও রয়েছে দুর্লভ কোরান, হাদিস এবং ফেকাহ শাস্ত্র। এশাখায় প্রায় দুই শতাধিক পুরানো ছাপা পুঁথির সংকলন রয়েছে। দর্শন, বিজ্ঞান, ইতিহাস, সাহিত্য, সমাজ বিজ্ঞান, ধর্ম ইত্যাদি বিষয়ক প্রায় তিন হাজারের অধিক গ্রন্থ রয়েছে। পরবর্তীতে মুন্সী আবদুল করিম সাহিত্যবিশারদ প্রদত্ত সংগ্রহ অধ্যাপক ডক্টর আবদুল করিম সংগ্রহ (চট্টগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয়ের সাবেক উপাচার্য) অধ্যাপক প্রক্টর আবদুল গফুর প্রদত্ত সংগ্রহ, ইবনে গোলাম নবী প্রদত্ত সংগ্রহ, বাবু কাসেম চন্দ্র রক্ষিত প্রদত্ত সংগ্রহ রশীদ আল ফারুকী প্রদত্ত সংগ্রহ, অধ্যাপক ডক্টর ভূঁইয়া ইকবাল প্রদত্ত সংগ্রহও এ শাখাকে সমৃদ্ধ করেছে।

বিভাগ
অবস্থান
পত্রিকা ও সাময়িকী
দূষ্প্রাপ্য ও পাণ্ডুলিপি এবং পুরাতন সংবাদপত্র শাখা