মাইক্রোস্কোপের সুক্ষ্মতা বিচ্ছুরণ দ্বারা সীমাবদ্ধ নয়, এর সীমাবদ্ধতা নির্ভর করে কেবল প্রোব-নমুনা মিথষ্ক্রিয়ার আয়তন তথা পয়েন্ট বিস্তার ফাংশনের ওপর, যা মাত্র কয়েক পিকোমিটার পর্যন্ত ক্ষুদ্রতাও পেতে পারে। এ কারণে নমুনার স্থানীয় উচ্চতার ক্ষীণ পার্থক্য (<১০০> সিলিকনের ১৩৫ পিকোমিটার ধাপের মত) পরিমাপের দক্ষতায় এ জাতীয় মাইক্রোস্কোপ অপ্রতিদ্বন্দী। প্রোব-নমুনা মিথষ্ক্রিয়ার পার্শ্বিক বিস্তার কেবল শীর্ষ পরমাণু বা মিথষ্ক্রিয়ায় অংশগ্রহণকারী পরমাণুগুলো পর্যন্ত সীমিত থাকে।

মিথষ্ক্রিয়া ব্যবহার করে নমুনায় ক্ষুদ্রকায় কাঠামো তৈরি করা সম্ভব (স্ক্যানিং প্রোব লিথোগ্রাফ)।

নমুনা পর্যবেক্ষণ করতে ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপের মত আংশিক শুন্যস্থানের প্রয়োজন পড়ে না, বরং বায়ুর স্বাভাবিক তাপমাত্রা ও চাপে অথবা তরল বিক্রিয়া ধারকে নিমজ্জিত অবস্থায় পর্যবেক্ষণ সম্ভব।

স্থির উচ্চতা পদ্ধতি
সুবিধা
চিত্রায়ণ ও বিশ্লেষণ সফটওয়্যার
স্বীকৃত প্রকারভেদ