১৯৯১ সালেও মোহামেডান কোন শিরোপা জিততে পারেনি।১৯৯১ সালের ফেডারেশন কাপের ফাইনালে ব্রাদার্স ইঊনিয়ন মোহামেডানকে টাইব্রেকারে ৪-২ ব্যাবধানে হারিয়ে প্রথম বারের মত ফেডারেশন কাপ শীরোপা জিতে এবং মোহামেডান ২য় বারের মত রানার্সআপ হয়।১৯৯১ সালেই মোহামেডান মাও মনি কাপ চ্যাম্পিয়ন হয়। ১৯৯৩ সালে মোহামেডান আবারো লীগ শিরোপা জিতে। ১৯৯৫ সালে ফেডারেশন কাপ ফাইনালে মোহামেডান আবাহনীকে টাইব্রেকারে ৬-৫ গোলে হারিয়ে চ্যাম্পিয়ন হয়। ১৯৯৬ তে মোহামেডান অপরাজিত লীগ চ্যাম্পিয়ন হয়। ১৯৯৯ সালে মোহামেডান ভারতের অল এয়ারলাইন্স গোল্ড কাপ চ্যাম্পিয়ন হয় এবং একই বছর মোহামেডান তাদের ১৮ তম লীগ শিরোপা জিতে। ২০০২ সালে মোহামেডান মুক্তিযোদ্ধা সংসদকে ২-০ গোলে হারিয়ে ফেডারেশন কাপ চ্যাম্পিয়ন হয় এবং একই বছর তারা আবারো অপরাজিত লীগ চ্যাম্পিয়ন হয়। ২০০৮ সালে মোহামেডান আবাহনীকে টাইব্রেকারে (১-১)৩-২ গোলে হারিয়ে ফেডারেশন কাপ জিতে। ২০০৯ সালেও মোহামেডান টাইব্রেকারে ৪-১ গোলে আবাহনীকে হারিয়ে ফেডারেশন কাপ চ্যাম্পিয়ন হয়।

সিটিসেল সুপার কাপ ২০০৯
ইতিহাস
১৯৮০-১৯৯০
১৯৯১-২০০৯