১৮৬২ সালের ২৫শে জুন রাজ্য সরকারের অণুমতিক্রমে কনফেডারেট সরকার কলেজ ভবনগুলো অধিগ্রহণ করে এবং হাসপাতাল হিসেবে ব্যবহার শুরু করে। কলেজের ছাত্রেরা সেনাবাহিনীতে যোগদান করলে কলেজটি ছাত্র-স্বল্পতার সম্মুখীন হয়। কলেজ কর্তৃপক্ষ ১৮৬৩ সালের ২ ডিসেম্বর আনুষ্ঠানিকভাবে কলেজটি বন্ধ ঘোষণা করেন। 

১৮৬৫ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে ইউনিয়ন সেনাবাহিনী কলাম্বিয়া এসে পৌঁছায় এবং ২৪শে মে কলেজটি অধিগ্রহণ করে। অনিশ্চিত ভবিষ্যত সত্ত্বেও ১৯শে জুন ইউনিয়ন বাহিনীর জেনারেল জন পোর্টার হ্যাচ কলেজটি যথাশীঘ্র পুনরায় চালু করার আহবান জানিয়ে এর প্রাক্তন অধ্যাপকদের চিঠি দেন। ৩০শে জুন সাউথ ক্যারোলাইনার ভারপ্রাপ্ত গভর্নর হয়ে আসেন বেঞ্জামিন ফ্র্যাঙ্কলিন পেরি, যিনি কলেজ কর্তৃপক্ষকে পুনর্বহাল করেন। সাউথ ক্যারোলাইনার দারিদ্র্যমোচনের জন্য তিনি বিশ্ববিদ্যালয় শিক্ষার প্রয়োজনীয়তা বোধ করেন এবং রাজ্যসভার প্রতিনিধিদের সাথে এ ব্যাপারে যোগাযোগ করেন। ১৮৬৫ সালের ১৯শে ডিসেম্বর রাজ্যের সাধারণ সভায় ইউনিভার্সিটি অফ সাউথ ক্যারোলাইনা প্রতিষ্ঠার জন্যে বিল পাশ হয়।
১৮৬৮ সালে র‍্যাডিকেল রিপাবলিকানেরা রাজ্য সরকার গঠন করার পর বিশ্ববিদ্যালয়টিকে নতুনভাবে ঢেলে সাজানো হয় এবং এক্ষেত্রে র‍্যাডিকেলদের রাজনৈতিক ও সামাজিক মতবাদের সুস্পষ্ট প্রতিফলন লক্ষ্য করা যায়। গভর্নরের বিরোধিতা সত্ত্বেও ১৮৬৯ সালে বিশ্ববিদ্যালয়ের দরজা গাত্রবর্ণ নির্বিশেষে সকলের জন্য উন্মুক্ত করে দেওয়া হয়। ১৮৭৩ সালের ৭ই অক্টোবর হেনরি ই হাইনে (পরবর্তীতে সাউথ ক্যারোলাইনার স্টেট সেক্রেটারি) প্রথম কালো শিক্ষার্থী হিসেবে বিশ্ববিদ্যালয়ে যোগ দেন। এর প্রতিবাদে তিনজন অধ্যাপক চাকুরিতে ইস্তফা দেন, প্রায় সকল ছাত্র ক্লাস বর্জন করে। এসময় ছাত্রসংখ্যা ৮-এ নেমে আসে, যাদের অধিকাংশই ছিলেন অধ্যাপকদের সন্তান। ছাত্রসংখ্যা বাড়ানোর জন্য হাওয়ার্ড বিশ্ববিদ্যালয় থেকে কিছু ছাত্রকে সাউথ ক্যারোলাইনাতে নিয়ে আসা হয়। এ ছাড়া ভর্তিচ্ছুদের বিনা বেতনে অধ্যয়নের সুযোগ দেওয়া হয় এবং একটি বিশেষ বৃত্তি (২০০ ইউএস ডলার) ঘোষণা করে বিল পাশ হয়।

র‍্যাডিকেল রিপাবলিকানদের সংস্কারবাদী কার্যকলাপের বিরুদ্ধে যুক্তরাষ্ট্রের দক্ষিণে চরমপন্থী সাদা-আধিপত্যবাদী কিছু গোষ্ঠী (ডেমোক্র্যাট পার্টির অতি-রক্ষণশীল অংশ) মাথাচাড়া দিয়ে ওঠে। এরা সমষ্টিগতভাবে রিডিমার বা পরিত্রাতা নামে পরিচিত ছিল। পুনর্গঠন-পরবর্তী ইউনিভার্সিটি অফ সাউথ ক্যারোলাইনা (যার ৯০% ছাত্রই ছিল কালো) তাদের রোষের শিকার হয়। ১৮৭৬ সালের নির্বাচনে ডেমোক্র্যাট পার্টি বিজয়ী হলে রিডিমারদের উদ্যোগে ১৮৭৭ সালের ৭ই জুন বিশ্ববিদ্যালয়টি বন্ধ করে দেওয়া হয়। পরের বছর মার্চ মাসে বিশ্ববিদ্যালয়টিকে পুন্রায় চালু করার উদ্যোগ গৃহীত হয়। তবে এবার সাদা এবং কালো শিক্ষার্থীদের জন্য দুইটি পৃথক কলেজ সৃষ্টির প্রস্তাব উত্থাপিত হয়। ফলশ্রুতিতে ইউনিভার্সিটি অফ সাউথ ক্যারোলাইনা সাদা ছাত্রদের জন্য সাউথ ক্যারোলাইনা কৃষি ও কারিগরি কলেজ (South Carolina College of Agriculture and Mechanical Arts) হিসেবে আত্মপ্রকাশ করে। অপরদিকে কালো শিক্ষার্থীদের জন্য কলাম্বিয়া থেকে দূরে অরেঞ্জবার্গে ক্ল্যাফলিন কলেজ নামক একটি পৃথক শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান তৈরি করা হয়।

পূর্ণাংগ সরকারি বিশ্ববিদ্যালয় (১৯৪৪ - বর্তমান)
গৃহযুদ্ধ এবং পুনর্গঠন (১৮৬১-১৮৯১)
ক্যাম্পাস
খেলাধুলা