১৯৪০ এর মার্চে লাহোর প্রস্তাব উত্থাপনের পর মুসলমান সমাজের ছাত্রদের মধ্যে পাকিস্তান আন্দোলন সাড়া জাগায়। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের মুসলমান ছাত্রগণ এই প্রথম দেশের বৃহত্তম রাজনৈতিক আন্দোলনের সাথে সক্রিয় ভাবে যুক্ত হয়। দেশ বিভাগের আগে ঢাকা শহর "হিন্দুস্তান", "পাকিস্তান" এলাকায় বিভক্ত হয়ে উঠে। ঢাকার হিন্দুরা কংগ্রেস, ফরওয়ার্ড ব্লক, আরএসপি, হিন্দু মহাসভার অনুগামী ছিল, কিছু কিছু হিন্দু ছিল বামপন্থী। মুসলমান অধিবাসীদের কিছু ছিল মুসলিম লীগের সমর্থক আর বাকিরা শেরে বাংলা এ. কে. ফজলুক হকের অনুসারী।

১৯৪৩ সালের ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্রীদের এক অনুষ্ঠানে সাজসজ্জার প্রতিবাদের মুসলমান ছাত্ররা বিক্ষোভ প্রদর্শন করে ফলে হিন্দু ও মুসলমান ছাত্রদের মধ্যে সাম্প্রদায়িক সংঘাত দেখা যায়। ১৯৪৩ সালের ২ ফেব্রুয়ারি এরকম এক দাঙ্গায় ছুরিকাঘাতে নিহত হন "পাক্ষিক পাকিস্তান" পত্রিকার প্রতিষ্ঠাতা মুসলিম লীগ ও সাহিত্য সংসদের কর্মী নজির আহমেদ। বিশ্ববিদ্যালয় প্রাঙ্গণের দক্ষিণ গেটের কাছাকাছি এক স্থানে মারামারি চলছিল। নজির আহমেদ সেটা থামাতে গিয়ে নজির আহমেহ নিজেই আঘাত পান। তাকে মিটফোর্ড হাসপাতালে নিয়ে যাওয়া হয়। সন্ধ্যার দিকে তিনি মারা যান। কবি জসীমউদ্দীন হাসপাতালে সর্বক্ষণ তার পাশে ছিলেন। এসময়ে আরও একজন মুসলমান ছাত্র মোতাহার হোসেন ক্যাম্পাসে ছুরিকাবিদ্ধ হয়ে প্রাণ হারান।

দ্বিতীয় মহাযুদ্ধের সময় ক্যাম্পাসের অধিকাংশ ভবন সেনাবাহিনীর হুকুম দখলে চলে যায়। ফলে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় সংকুচিত হয়ে পড়ে ঢাকা হল (বর্তমান শহীদুল্লাহ হল), ফজলুল হক হল এবং কার্জন হল এলাকার ভবনগুলোতে।

তেতাল্লিশের মন্বন্তরে বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্রসংখ্যা সর্বনিন্ম পর্যায়ে নেমে আসে। দুর্ভিক্ষ শেষ হয়, যুদ্ধ থামে কিন্তু সাম্প্রদায়িক শক্তির কালো থাবা ধীরে ধীরে ভয়ঙ্কর হতে থাকে।
১৯৪৬ থেকে ১৯৪৯ খ্রিষ্টাব্দ পর্যন্ত ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়কে কেন্দ্র করে প্রগতি লেখক সংঘের কর্মকান্ড বিকশিত হয়। এ সংঘের সক্রিয় কর্মীদের মধ্যে ছিলেন মুনীর চৌধুরী, শামসুর রহমান খান, সুলতানুজ্জামান খান, অরবিন্দ সেন, মদনমোহন বসাক, কল্যাণ দাশগুপ্ত, আবদুল্লাহ আল-মুতী শরফুদ্দিন প্রমুখ।

ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় আইন
চল্লিশের দশক
ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয় নিম্ন কর্মচারী আন্দোলন
আগরতলা ষড়যন্ত্র মামলা