যুদ্ধ ছড়িয়ে পড়লে অ্যান্ডারসন ১৯৩৯ সালে, স্বরাষ্ট্রসচিব এবং স্বরাষ্ট্র মন্ত্রি যৌথ দপ্তরের দায়িত্ব গ্রহণ করেন, উক্ত পদ সমুহে  তিনি উইনসটন চার্চিলের অধীনে 
ন্যস্ত হন, প্রায়শই সামরিক মন্ত্রিসভায় তার সহচর হতেন। তিনি বেসামরিক প্রতিরক্ষা কাজের দায়িত্ব নিতেন। চেম্বারলিন, ভগ্ন স্বাস্থের কারণে
পদত্যাগ করায় হার্বার্ট মরিসনে দ্রুত রদবদলের ক্ষেত্রে তিনি তার স্থলাভিশিক্ত হন। তিনি পরিষদের লর্ড প্রেসিডেন্ট এবং ওয়ার ক্যাবিনেটের পূর্ণ দায়িত্ব প্রাপ্ত সদস্য নির্বাচিত হন।
তিনি ১৯৪১ সালে আভা (বডলি) উইগ্রাম কে বিয়ে করেন যিনি একজন সিনিয়র সরকারি কর্মচারী রালফ উইগ্রাম এর বিধবা স্ত্রী ছিলেন, যে ১৯৩০ সালে 
গোপন সামরিক তথ্য উইনস্টন চার্চিলকে দিয়েছিল।

প্রধানমন্ত্রী, রাজা ষষ্ঠ জর্জকে জানুয়ারী ১৯৪৫ সালে পরামর্শ দিতে গিয়ে লিখেছিলেন যে, তিনি এবং তার সেকেন্ড-ইন-কমান্ড (এবং আপাত উত্তরাধিকারী) 
অ্যান্থনি ইডেন যদি যুদ্ধের সময় মারা যান তবে জন অ্যান্ডারসন প্রধানমন্ত্রী হবেনঃ 'it is the Prime Minister's duty to advise Your Majesty to send for Sir John Anderson in the event of the Prime Minister and the Foreign Secretary being killed.' অ্যান্ডারসন যদিও কোন রাজনৈতিক দলের সদস্য ছিলেন না তথাপি চার্চিল মনে করতেন যে জাতীয় সরকারের নেতৃত্ব দেওয়ার ক্ষমতা তার ছিল এবং 
জোট সরকারের রক্ষণাবেক্ষণ কল্পে এমন একজন স্বাধীন ব্যক্তিত্ব অপরিহার্য ছিল।

অর্থমন্ত্রী স্যার কিংসলে উডের অপ্রত্যাশিত মৃত্যুর পর অ্যান্ডারসন উক্ত পদে নিযুক্ত হন। চ্যান্সেলর হিসেবে কমন্স এর একটি লিখিত জবাবে 
১২ই জুন ১৯৪৫ সালে তিনি গ্রেট ব্রিটেন, সঙ্গীত ও শিল্পকলায়(CEMA)অনুপ্রেরণা জন্য কাউন্সিলে একটি আন্তঃ আর্টস কাউন্সিল সৃষ্টির ঘোষণা করেন।
তিনি জুলাই ১৯৪৫ সালের গুড়ার দিকে সাধারণ নির্বাচনে শ্রমিক দল বিজয় লাভ করা পর্যন্ত পদে বহাল ছিলেন(আগস্ট পর্যন্ত ঘোষণা স্থগিত রাখা হয়ে ছিল)।

যুদ্ধ-উত্তর
যুদ্ধ-পূর্ব
প্রথম জীবন
রাজনৈতিক কর্মজীবন