১৯৭১ এ যুদ্ধকালীন সময়ে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্যের পদ খালি রাখা হয়েছিলো। মার্চের গোড়ার দিকে তৎকালীন উপাচার্য বিচারপতি আবু সাঈদ চৌধুরী জেনেভায় অবস্থান করছিলেন "United Nation’s Humanitarian Conference" এ অংশগ্রহণের জন্য। মার্চের মাঝামাঝি সময়ে তিনি পত্রিকা মারফত ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের দুই ছাত্রের মৃত্যুর কথা জানতে পারেন। তিনি তৎক্ষণাৎ প্রাদেশিক শিক্ষাসচিবের কাছে তার পদত্যাগপত্র পাঠিয়ে দেন এবং জেনেভা থেকে পালিয়ে লন্ডনে আত্মগোপন করেন। সেখানে থেকে তিনি বাংলাদেশের মুক্তিসংগ্রামের জন্য কাজ করে যান। স্বাধীন বাংলাদেশের প্রথম রাষ্ট্রপতি হিসেবে তিনি পরবর্তীকালে দায়িত্ব পালন করেন।

পাকিস্তান সেনাবাহিনী রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়ের তৎকালীন উপাচার্য ড সাইয়িদ সাজ্জাদ হুসেইনকে তুলে আনে এবং তাকে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য হিসেবে নিয়োগ দেয়া হয়। বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষকদের মধ্যে যারা পাকিস্তান সরকারকে সহযোগিতা করেছিলেন, তাদের মধ্যে অন্যতম হচ্ছেন ড হাসান জামান, ড মোহর আলী, ড আ ক ম আব্দুর রহমান, ড আব্দুল বারী, ড মুকবুল হোসেন, ড সাইফুদ্দিন জোয়ার্দার প্রমূখ। রাজাকার এবং উপাধ্যক্ষ ড সাইয়িদ সাজ্জাদ হুসেইন, ড হাসান জামান এবং ড মোহর আলীকে বাংলাদেশ স্বাধীন হবার পর গ্রেফতার করা হয় এবং নির্বাসনে পাঠানো হয়।

শিক্ষক হত্যাকাণ্ড
ছাত্রহত্যা
যুদ্ধকালীন সময়ে বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষা-কার্যক্রম
১৯৭১ এ যুদ্ধকালীন সময়ে বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য