রেনে ক্যালির ভ্রমনের দশ বছর আগে ফুলানী গোত্রের নেতা সেকু আমাদু তার অভিযান শুরু করেন এবং শহরটি অধিকার করেন। তিনি মসজিদটি সংস্কার না করে ফেলে রাখেন। এই ভগ্ন মসজিদের বর্ণনাই সম্ভবত রেনে ক্যালিলি তার লেখায় দিয়েছেন। সেকু আমাদু আশেপাশের আরো কিছু ছোট ছোট মসজিদ বন্ধ করে দিয়ে একটি নতুন কেন্দ্রিয় মসজিদ নির্মাণ করেন।.পুরাতন মসজিদের অবস্থান থেকে একটু পূর্বে এই মসজিদটি নির্মাণ করা হয়। ১৮৩৪ থেকে ১৮৩৬ সালের মধ্যে নির্মিত নতুন মসজিদটি বড় হলেও এতে কোন মিনার বা অলংকরন ছিলোনা। 

লুইস আর্কিনার্ড (Louis Archinard) এর নেতৃত্বে ফরাসী বাহিনী ১৮৯৩ সালের এপ্রিলে জেনি শহর দখল করে। তার পরপরই ফরাসী সাংবাদিক ফেলিক্স দুবো (Félix Dubois') শহরটি ভ্রমন করেন এবং আদি মসজিদের ভগ্নাবশেষের বিবরন দেন। তার পরিদর্শনের সময় ভগ্ন মসজিদের অভ্যন্তরভাগ একটি সমাধি হিসেবে ব্যবহৃত হচ্ছিলো। ১৮৯৭ সালে তার বই "দ্য মিস্ট্রিয়াস টিম্বুকটু"তে ("Timbuktu the mysterious"), মসজিদটি ধ্বংসের আগে এর অবয়ব কেমন ছিলো তার অনুমান ভিত্তিক কিছু ধারনা নকশা সংযোজন করেন।

বর্তমান মসজিদ
ডিজাইন
সেকু আমাদুর মসজিদ
সাংস্কৃতিক প্রভাব