বহুকোষীয়তার ব্যুৎপত্তির একটি তত্ত্ব হল কিছু নির্দিষ্ট কাজ সম্পন্নকারী কোষগুচ্ছ একত্রিত হয়ে স্লাগের মত বস্তু সৃষ্টি করে যা গ্রেক্স নামে পরিচিত এবং এটা বহুকোষী একক হিসেবে চলাচল করে। এটা অত্যাবশ্যকীয়ভাবে স্লাইম মোল্ডে হয়ে থাকে। আরেকটি তত্ত্ব হল আদিম কোষগুলো নিউক্লিয়াসের বিভাজনের মধ্যে দিয়ে গিয়েছে এবং এরপর কোয়েনোসাইটে পরিণত হয়েছে। এরপর প্রতিটি নিউক্লিয়াসের (এবং কোষীয় ফাঁক সৃষ্টি হয় এবং কোষীয় অঙ্গাণুগুলি এই ফাঁক দখল করে নেয়) চতুর্দিকে একটা ঝিল্লির সৃষ্টি হয় এবং ফলস্বরূপ একটা জীবে (ড্রসোফিলাতে এই কৌশল লক্ষ্য করা হয়) সংযুক্ত কোষগুলোর দল সৃষ্টি হয়। তৃতীয় তত্ত্বটি হল একটি এককোষী জীব বিভাজিত হয়, অপত্য কোষগুলি পৃথক হতে ব্যর্থ হয় এবং ফলস্বরূপ জীবটিতে অভিন্ন কোষগুলির ঘনসন্নিবেশন ঘটে যা পরবর্তীতে বিশেষায়িত টিস্যু বা কলায় বিকশিত হতে পারে। উদ্ভিদ ও প্রাণীর ভ্রূণ এবং কিছু কলোনিয়াল কোয়ানোফ্লাজেল্যাটে এই ঘটনা ঘটে। 

কারণ প্রথমদিকের বহুকোষী জীবগুলি খুব সাধারণ এবং নরম হওয়ার কারণে তাদের হাড়, খোলস বা অন্যান্য শক্ত শারীরিক অংশের অভাব ছিল এবং এজন্যে তাদের জীবাশ্মের কোন প্রমাণ নেই। এর একটি ব্যতিক্রম হল ডেমোস্পঞ্জ যা প্রাচীন প্রস্তর শিলায় রাসায়নিক পদার্থের কিছু চিহ্ন রেখে গেছে। বহুকোষী জীবের প্রাথমিক জীবাশ্মগুলির মধ্যে অন্তর্ভুক্ত ছিল কনটেস্টেড গ্রিপানিয়া স্পাইরালিস এবং গ্যাবোনে (গ্যাবোনিয়োটা) প্রাপ্ত প্যালিওপ্রোটেরোজোয়িক যুগের জীবাশ্ম গ্রুপ বি এর ফ্র্যান্সেভিলেন জীবাশ্ম যা ব্ল্যাক শেলে গঠিত হয়েছিলো। বহুকোষী বৈশিষ্ট্যের প্রমাণ হিসেবে ৬০০ মিলিয়ন বছরের পুরনো মাইক্রোজীবাশ্ম ডোওশানটুও এর গঠন পাওয়া গেছে। 

বর্তমান সময় পর্যন্ত ফাইলোজেনেটিক পুনর্গঠন শারীরসংস্থানিক (নির্দিষ্টভাবে ভ্রূণতাত্ত্বিক) সাদৃশ্যের মধ্যে দিয়ে সম্পন্ন হয়। 
এটা পুরোপুরি সত্য নয় যে প্রাণী এবং উদ্ভিদের মত জীবন্ত বহুকোষী জীব ৫০০ মিলিয়ন বছরেরও বেশি সময় আগে তাদের এককোষী পূর্বপুরুষ হতে অপসারিত হয়ে ছিল। এভাবে সময়ের সাথে সাথে একমুখী এবং বহুমুখী বিবর্তনের সৃষ্টি হয় যা আধুনিক এবং বিলুপ্ত পূর্বপুরুষ প্রজাতির সাদৃশ্য এবং ভিন্নতাকে তুলে ধরে। আধুনিক ফাইলোজেনেটিক্স অ্যালোএনজাইম, স্যাটেলাইট ডিএনএ এবং অন্যান্য আণবিক মার্কারের মত কিছু সূক্ষ কৌশল ব্যবহার করে যা দূরবর্তী সম্পর্কের বংশের ভাগকভাগিকৃত বৈশিষ্ট্যসমূহ বর্ণনা করে।

বহুকোষীয়তার বিবর্তন বিভিন্ন উপায়ে ঘটতে পারে, এরমধ্যে কয়েকটা উপায় নিচে বর্ণনা করা হল:

মিথোজীবিতার তত্ত্ব
উপকারিতাসমূহ
সেলুলারাইজেশন (সিনসিশিয়াল) তত্ত্ব
ব্যুৎপত্তির ক্ষেত্রে প্রচলিত তত্ত্বসমূহ