১৯৭৯ সালে আফগানিস্তানে সোভিয়েত হস্তক্ষেপের পর তিনি কাবুল ফিরে আসেন। ১৯৮০ সালে তিনি খাদের প্রধান নিযুক্ত হন। এই প্রতিষ্ঠান সোভিয়েত কেজিবির সমতুল্য ছিল। এসময় তাকে মেজর জেনারেল পদ দেয়া হয়। ১৯৮১ সালের জুন মাসে নজিবউল্লাহ, সাবেক ট্যাংক কমান্ডার ও তৎকালীন যোগাযোগ মন্ত্রী মুহাম্মদ আসলাম ওয়াতানজার এবং প্রতিরক্ষামন্ত্রী মেজর জেনারেল মুহাম্মদ রফিকে পিডিপিএর পলিটব্যুরোতে নিয়োগ দেয়া হয়। নজিবউল্লাহর অধীনে খাদের সদস্য সংখ্যা ১২০ থেকে বৃদ্ধি পেয়ে ২৫,০০০ থেকে ৩০,০০০ হয়। সরকারি কর্মচারীদের মধ্যে খাদের কর্মীরা সবচেয়ে বেশি বেতন পেত এবং একারণে কর্মীদের রাজনৈতিক দীক্ষা খুবই গুরুত্বপূর্ণ ছিল। নজিবউল্লাহর সময় খাদের পরিচালিত সন্ত্রাসবাদী কর্মকাণ্ড চরমে পৌছায়। তিনি সরাসরি সোভিয়েত কেজিবিকে রিপোর্ট করতেন। সংস্থার বাজেটের একটি বড় অংশ সোভিয়েত ইউনিয়ন থেকে আসত।

নজিবউল্লাহ খাদের প্রধান থাকাকালীন সময়ে কয়েক হাজার ব্যক্তিকে গ্রেপ্তার, নির্যাতন ও হত্যা করা হয়। বেঁচে যাওয়া ব্যক্তিদের বর্ণনা অনুযায়ী উচ্চ পর্যায়ের কমিউনিস্ট বিরোধী নাগরিকদের নির্যাতনে নজিবউল্লাহ ব্যক্তিগতভাবে অংশ নিতেন। কমিউনিস্ট বিরোধী নাগরিক, রাজনৈতিক বিরোধীদেরকে খাদ লক্ষ্যবস্তু করেছিল। এর ফলে সোভিয়েতদের কাছে তিনি আকর্ষণীয় ছিলেন। এসবের ফলে খাদ নির্মম হিসেবে পরিচিতি পায়। একই কারণে বেশ কয়েকজন আফগান রাজনীতিবিদ নজিবউল্লাহকে বাবরাক কারমালের উত্তরসূরি হিসেবে দেখতে চাননি। এছাড়াও নজিবউল্লাহ ঘুষ ও দুর্নীতিকে এমন মাত্রায় প্রশ্রয় দিয়েছিলেন যা পূর্বে দেখা যায়নি।

সহায়তা
রাষ্ট্রীয় নিরাপত্তা মন্ত্রী: ১৯৮০–১৯৮৫
সোভিয়েত প্রত্যাবর্তন
কারমালের শাসনামল: ১৯৭৯–১৯৮৬