মাচু পিচু একটি ইউনোস্কো বিশ্ব ঐতিহ্যবাহী স্থান। পেরুর সবচাইতে জনপ্রিয় পর্যটন স্থান ও অন্যতম আয়ের উৎস হবার ফলে অর্থনৈতিক ও বাণিজ্যিক কারণে হুমকির মুখে পড়েছে। ১৯৯০ সালের শেষের দিকে পেরু সরকার এখানে যাতায়াত ব্যবস্থার সুবিধার জন্য একটি কেবল কার নির্মাণ এবং বুটিক, পর্যটকদের কমপ্লেক্স ও রেস্তোরাঁ সংবলিত একটি বিলাসবহুল হোটেল তৈরির অনুমতি দেয়। বিজ্ঞানী, শিক্ষাবীদ ও পেরুর জনগণ এই পরিকল্পনার তীব্র প্রতিবাদ করে, তাদের সংশয় ছিল এর ফলে মাচু পিচুতে পর্যটকের সমাগম ব্যাপকভাবে বৃদ্ধিপাবে এবং তা এই পুরাকীর্তির অস্তিত্বের জন্য মারাত্মক হুমকির সৃষ্টি করবে।
প্রতি বছরই মাচু পিচুতে পর্যটক সমাগম বাড়ছে, যা ২০০৩ সালে ৪ লক্ষ ছাড়িয়ে যায়। ফলে মাচু পিচুতে আর কোনও ধরনের সেতু নির্মানের বিরুদ্ধে প্রতিবাদ অব্যাহত আছে এবং বর্তমানে মাচু পিচুর উপর দিকে কোনওধরনের উড়োজাহাজ চালানো নিষিদ্ধ। ইউনেস্কো একে বিপন্ন বিশ্ব ঐতিহ্যবাহী স্থানের তালিকায় অন্তর্ভুক্ত করার চিন্তভাবনা করছে। তা সত্ত্বেও, অতিরিক্ত ব্যবহার ও লোকসমাগমের ফলে মাচু পিচুর বেশ ক্ষতিসাধন হয়েছে। ২০০০ সালের সেপ্টেম্বর মাসে মাচু পিচুর শতাব্দী প্রাচীন ইন্তিউয়াতানা পাথর বা "সূর্য ঘড়ি" এর উপর ১০০০ পাউন্ড ওজনের ক্রেন পড়লে এটি মারাত্মক ক্ষতিগ্রস্থ হয়। জে ওয়াল্টার টমসন (ইংরেজি: J. Walter Thompson) বিজ্ঞাপন এজেন্সির তত্ত্বাবধানে ক্রিস্টাল বিয়ারের বিজ্ঞাপনের চিত্রায়নের সময় দুর্ঘটনাটি ঘটে। ফেদেরিকো কাউফমান দোইগ (স্পেনীয়: Federico Kaufmann Doig "ফেদ়েরিকো কাউফ়্‌মান্‌ দোইগ্‌") নামক পেরুর একজন পুরাতত্ত্ববিদ বলেছেন - "মাচু পিচু আমাদের পুরাতাত্মিক ঐতিহ্যের কেন্দ্রবিন্দু এবং ইন্তিউয়াতানা মাচু পিচুর হৃদয়। তারা আমাদের সবচাইতে পবিত্র ঐতিহ্যকে আঘাত করেছে"। এছাড়াও ১৯৮০র দশকে হেলিকপ্টারের অবতরণস্থান তৈরির জন্য মাচু পিচুর কেন্দ্রস্থল থেকে একটি বড় পাথর অন্যস্থানে সরানো হয়। উল্লেখ্য, ১৯৯০ সাল থেকে কোনও ধরনের উড়োজাহাজে মাচু পিচুতে যাতায়াত বন্ধ করা হয়েছে।

ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয়ের সাথে দ্বন্দ্ব
অবস্থান
পর্যটক আধিক্যের ফলে সৃষ্ট উদ্বেগ
ইন্তিউয়াতানা পাথর