বাংলাদেশ শিক্ষা মন্ত্রণালয় এর অধীনে ১১৪ কোটি টাকা ব্যয়ে ঢাকা মহানগরী সহ দেশের ৬টি বিভাগীয় শহরে ১১টি মডেল স্কুল ও কলেজ প্রতিষ্ঠার প্রকল্প হাতে নেয়া হয়। ঐ ১১টি শিক্ষা প্রতিষ্ঠানের মধ্যে মাঝে ঢাকা মহানগরীতে ৫টি, বাকী ৫টি বিভাগীয় শহরে ৫টি এবং বগুড়াতে একটি বিদ্যালয় স্থাপনের পরিকল্পনা করা হয়। ২০০৬ সালের ৩১ জানুয়ারি জাতীয় অর্থনৈতিক পরিষদের নির্বাহী কমিটির এক সভায় প্রকল্পটি গৃহীত হয় ও বাস্তবায়নের উদ্যোগ নেয়া হয়। এ প্রকল্পের অংশ হিসেবে ঢাকা মহানগরীতে ৪ টি (মোহাম্মদপুরে ১টি, মিরপুরের রূপনগরে ১টি, শ্যমপুরে ১টি, লালবাগে ১টি) এবং রাজশাহী, চট্টগ্রাম, সিলেট, বরিশাল ও খুলনায় ১টি করে মোট ৯টি মডেল কলেজ প্রতিষ্ঠা করা হয়। বাকি দু’টি প্রতিষ্ঠান (ঢাকা ও বগুড়ায়) বর্তমানে বিয়াম ফাউন্ডেশন কর্তৃক পরিচালিত হচ্ছে।

২০০৭ সালে খুলনা শহরের বয়রা এলাকায় জলিল সরণির উত্তর পাশে সরকারি ২ একর জমির উপর খুলনা মডেল স্কুল অ্যান্ড কলেজ স্থাপিত হয়। ড. মোল্লা জালাল উদ্দিন ২০০৭ সালের ১২ এপ্রিল এ প্রতিষ্ঠানটির প্রথম অধ্যক্ষ হিসেবে যোগদান করেন।২০০৭ সালের ০২ জুলাই থেকে শিক্ষা মন্ত্রণালয় কর্তৃক পর্যায়ক্রমে শিক্ষক ও কর্মচারীদের নিয়োগ দেয়া হয়। ২০০৭-২০০৮ শিক্ষাবর্ষে উচ্চমাধ্যমিক শ্রেণির ছাত্রছাত্রীদের জন্য ভর্তির ঘোষণা করা হয়। পরবর্তীতে ২০০৮ সালে মাধ্যমিক ছাত্রছাত্রীদের জন্য ষষ্ঠ - দশম শ্রেণির শিক্ষা কার্যক্রম শুরু হয়।

অবকাঠামো
শিক্ষা কার্যক্রম
উচ্চ মাধ্যমিক
ইতিহাস