১৯৩০ সালে সালিম আলী ভারতে ফিরে আসেন। ভারতে এসে তিনি আবিষ্কার করলেন, তার গাইড লেকচারারের পদটি তহবিলের অভাবে বিলোপ করা হয়েছে। উপযুক্ত চাকরির অভাবে সালিম ও তাহমিনা মুম্বাইয়ের নিকটে কিহিম নামক একটি সমুদ্রতীরবর্তী গ্রামে চলে যান। সেখানে তিনি দেশি বাবুইয়ের জন্ম ও প্রজনন প্রক্রিয়া খুব কাছ থেকে দেখার সুযোগ পান। তিনি আবিষ্কার করেন, এদের প্রজনন প্রক্রিয়া আসলে অনুবর্তী বহুগামী। পরবর্তীকালে বিশেষজ্ঞরা উল্লেখ করেন যে এ তথ্য বহু আগে মুঘল প্রকৃতিবিদরা আবিষ্কার করেন। কে. এম. অনন্তন নামে এক অবসরপ্রাপ্ত সামরিক চিকিৎসকের নিমন্ত্রণে তিনি পরের কয়েকটি মাস কোটাগিরিতে কাটিয়ে দেন। এর কিছুদিন পরে তিনি হায়দ্রাবাদ, কোচিন, ত্রিবাঙ্কুর, গোয়ালিয়র, ইন্দোর ও ভূপালসহ আরও কয়েকটি করদ রাজ্যে নিয়মতান্ত্রিক পক্ষী-জরিপ চালানোর অভিনব এক সুযোগ পেয়ে যান। এসব পক্ষী-জরিপের খরচ পুরোপুরি বহন করে এসকল রাজ্য। এ জরিপে তিনি হিউ হুইসলারের অসীম সহায়তা পান। হুইসলার নিজে পুরো ভারতজুড়ে এ ধরনের জরিপ কাজ চালিয়েছিলেন ও গুরুত্বপূর্ণ তথ্য সংরক্ষণ করে রেখেছিলেন। প্রথম দিকে হুইসলার অবশ্য একজন অচেনা ভারতীয়ের এ ধরনের যোগাযোগে বিরক্ত হয়েছিলেন। হুইসলার তার "দ্য স্টাডি অব ইন্ডিয়ান বার্ডস"-এ উল্লেখ করেছিলেন- বড় ভিমরাজের লেজে লম্বা পালকগুলোতে রক্তনালী জালকের মত বিস্তৃত নয়। সালিম আলী তাকে চিঠি লিখে জানান যে তথ্যটি সঠিক নয়। হুইসলার এ অচেনা ভারতীয়ের মন্তব্যে বেশ ক্ষুব্ধ হন। পরে অবশ্য তিনি তার নমুনাগুলো আবার পরীক্ষা-নিরীক্ষা করে দেখেন এবং তার ভুল স্বীকার করে নেন। তারা দু'জনে পরবর্তীতে ভাল বন্ধু হয়েছিলেন।

হুইসলার রিচার্ড মেইনার্ৎসেনের সাথে সালিমের পরিচয় করিয়ে দেন। তারা দু'জনে মিলে আফগানিস্তানে অভিযানে যান। সালিমের ব্যাপারে মেইনার্ৎসেনের একটু ঋণাত্মক দৃষ্টিভঙ্গী থাকলেও তারা দু'জনে ছিলেন ভাল বন্ধু। সালিম প্রথম দিকে মেইনার্ৎসেনের পক্ষী-চর্চা নিয়ে তেমন কিছু না বললেও পরে প্রমাণ করেন তার পাখি বিষয়ক তথ্যাদিতে বেশ গলদ রয়েছে। মেইনার্ৎসেনের ডায়েরি আর সালিমের আত্মজীবনীতে তাদের পারস্পরিক দৃষ্টিভঙ্গী সম্পর্কে ধারণা পাওয়া যায়। সালিম আলী সম্পর্কে মেইনার্ৎসেন তার ডায়েরিতে লিখেছেন:

প্রথম দিকের জরিপগুলোতে সালিমের সার্বক্ষণিক সঙ্গী ও সহযোগী ছিলেন তার স্ত্রী তাহমিনা। ১৯৩৯ সালে এক ছোট অস্ত্রোপচারে তাহমিনা মৃত্যুবরণ করেন। তাহমিনার মৃত্যুর পর তিনি তার বোন কামু আর শ্যালকের সাথে বসবাস করতে শুরু করেন। এসময় বিভিন্ন ভ্রমণে তিনি কুমায়নের তেরাইয়ে নতুন করে ফিনের বাবুই আবিষ্কার করেন। তবে হিমালয়ী বটেরা ("Ophrysia superciliosa") খুঁজে বের করতে তিনি ব্যর্থ হন, যার অস্তিত্ব এখন পর্যন্ত অজানা।

বইপুস্তকে পড়াশোনার চেয়ে বনে-বাদাড়ে পাখি খুঁজে বেড়াতে উৎসাহ পেতেন সালিম আলী। আর্নস্ট মায়ার রিপলিকে লিখেছিলেন যে সালিম যথেষ্ট পরিমাণ নমুনা সংগ্রহ করতে ব্যার্থ হয়েছে: "এখন পর্যন্ত কেবল সংগ্রহই মুখ্য বিষয় হলেও আমার সন্দেহ আছে সে সংগ্রহের প্রয়োজনীয়তা বোঝে কিনা। মনে হয় আপনি ওকে বোঝাতে পারবেন।" তবে সালিমের এ স্বভাব পরিবর্তিত হয়নি। তিনি লিখেছিলেন, "প্রাকৃতিক পরিবেশে জীবিত পাখি" দেখতেই তার ভাল লাগে।

সিডনি ডিলন রিপ্লির সাথে সালিম আলীর ঘনিষ্ঠতা নানান প্রশাসনিক জটিলতার সৃষ্টি করেছিল। অতীতে রিপ্লি সিআইএ'র একটি সহযোগী সংস্থায় চাকরি করতেন। তাদের দু'জনের নামে অভিযোগ ওঠে যে, তারা যে পাখির পায়ে রিং পরান তা সিআইএ'র একটি পরিকল্পনা অংশ।

পাখির চিত্রগ্রহণের ব্যাপারে সালিম আলী তার ধনকুবের সিঙ্গাপুরী বন্ধু লোকি ওয়ান থো'র মাধ্যমে উৎসাহিত হন। লোকির সাথে আলীকে পরিচয় পরিয়ে দেন জেটিএম গিবসন। গিবসন ছিলেন রাজকীয় ভারতীয় নৌবাহিনীর একজন লেফটেন্যান্ট কমান্ডার এবং "বোম্বে ন্যাচারাল হিস্ট্রি সোসাইটি"র একজন সভ্য। তিনি লোকিকে সুইজারল্যান্ডে ইংরেজি শিক্ষায় শিক্ষিত হতে সহায়তা করেন। পাখির প্রতি অসীম আগ্রহের কারণে লোকি এ খাতে আলী ও গিবসনকে আর্থিক সহায়তা করতেন।

ভারতে পক্ষীবিদ্যার ঐতিহাসিক পটভূমি নিয়েও সালিম আলীর বিরাট আগ্রহ ছিল। তার প্রথম দিকের কয়েকটি নিবন্ধতে ভারতের প্রাকৃতিক ইতিহাসে মুঘল সম্রাটদের অবদান বর্ণনা করেছেন। পরবর্তীতে একাধিক বক্তৃতায় তিনি বেশ জোরের সাথে ভারতে পাখি বিষয়ক গবেষণার গুরুত্ব তুলে ধরেন।

পক্ষীবিজ্ঞানে অবদান
বার্মা ও ইউরোপের জীবন
অন্যান্য অবদান
প্রারম্ভিক জীবন