কেন উপনিষদের মুখ্যতঃ তিনটি অংশ :- প্রথমাংশে ১৩টি ছান্দোবদ্ধ ছত্র, দ্বিতীয় অংশে ১৫টি অনুচ্ছেদ এবং শেষাংশে সমাপ্তিসূচক ৬টি অনুচ্ছেদ। কেনোপনিষদকে চারটি খণ্ডে বিভক্ত করা আছে। প্রথম ও দ্বিতীয় খণ্ডে যথাক্রমে আছে ৮টি ও ৫টি পংক্তি। তৃতীয় খণ্ডে রয়েছে ১২টি ছত্র এবং চতুর্থ খণ্ডে রয়েছে বাকি ৯টি ছত্র (৩টি মূল ছত্র, ৬টি উপসংহারসূচক ছত্র)।

কেনোপনিষদের প্রথম দু'টি খণ্ড পদ্য আকারে রচিত, আর শেষ দু'টি গদ্য আকারে, যদিও একটি ব্যতিক্রম রয়েছে। ৯ম ছত্রটি গদ্য আকারে রচিত এবং গঠনগতভাবে বেমানান, যার ফলে অনেক পণ্ডিতদের ধারণা যে এটি পরে যুক্ত হয়েছে অথবা আজকের উপনিষদটি মূল পাণ্ডুলিপির একটি বিকৃত অপেক্ষাকৃত নূতন সংস্করণ। এছাড়া আরেকটি বিশেষত্ব হল কেনোপনিষদের ৩য় ছত্র, যেটিতে ৮টি পংক্তি (এখানে, লাইন) রয়েছে, যেখানে প্রথম দু'টি খণ্ডে বাকি সবগুলো ছত্রেই ছন্দ মেনে ৪টি পংক্তি রয়েছে। এই ৩য় ছত্রটিকে সাধারণতঃ ৩(ক) ও ৩(খ) হিসেবে ভাগ করা হয়।

ভারতবর্ষের বিভিন্ন অঞ্চলে খুঁজে পাওয়া কেনোপনিষদের পাণ্ডুলিপিগুলিতে কিছু কিছু পার্থক্য আছে। যেমন, দক্ষিণ ভারতীয় পাঠ্য অনুযায়ী এবং শংকরের "ভাষ্য" অনুযায়ী যেটি তলবকার ব্রাহ্মণের ৯ম ছত্রে আছে, সেটিই সামবেদের কয়েকটি অংশের বার্নেল পাণ্ডুলিপি অনুসারে ১০ম "অনুবাকে"র ৪র্থ অনুচ্ছেদে পড়ে (জৈমিনীয় ব্রাহ্মণে)।

কেনোপনিষদকে সামবেদের অংশ হিসেবেই মানা হয়ে থাকে, যদিও অথর্ববেদের পাণ্ডুলিপিতেও এটিকে পাওয়া যায়। দু'টি সংস্করণের মধ্যে পার্থক্য অতিসুক্ষ্ম এবং গঠনগত মাত্র - সামবেদে কেনোপনিষদ ৪টি খণ্ডে বিভক্ত, যেখানে অথর্ববেদে এরকম বিভাজন অনুপস্থিত।

তিন দেব ও এক দেবীর রূপককাহিনী - তৃতীয় ও চতুর্থ খণ্ড
গঠন
শব্দব্যুৎপত্তি
জ্ঞানের প্রকৃতি - প্রথম খণ্ড