২০ জুন, ১৯৭১ সালে আযম লাহোরে ঘোষণা করেন শেখ মুজিবুর রাহমানের নেতৃত্বে পূর্ব পাকিস্তানের হিন্দুরা স্বাধীনতার আন্দোলন করছে। ১২ আগস্ট, ১৯৭১ সালে দৈনিক সংগ্রামে প্রকাশিত একটি বার্তায় গোলাম আযম বলেন, তথাকথিত বাংলাদেশ আন্দোলনের কর্মীরা ইসলাম ও পাকিস্তানের শত্রু। আযম তার বিরুদ্ধে আনীত সকল অভিযোগ অস্বীকার করেন এবং অভিযোগগুলো প্রমাণ করার জন্য তথ্য-উপাত্ত বা প্রমাণ হাজির করতে বলেন। পরবর্তীতে তিনি পাকিস্তানী বাহিনীর সহযোগী থাকার কথা স্বীকার করেন কিন্তু তার বিরুদ্ধে আনীত যুদ্ধাপরাধের অভিযোগ অস্বীকার করেন।

সামরিক জান্তা ইয়াহিয়া খান তাদের শাসনকে বৈধ করার জন্য একটি নির্বাচনের ঘোষণা দেয়। ১২ই অক্টোবর, ১৯৭১ সালে ইয়াহিয়া খান ঘোষণা করেন ২৫ নভেম্বর থেকে ৯ ডিসেম্বর-এর মধ্যে একটি নির্বাচনের আয়োজন করা হবে। গোলাম আযম এই নির্বাচনে আংশগ্রহণের সিদ্ধান্ত নেন। ১৫ই আক্টোবর পাকিস্তনি সরকার হঠাৎ করেই ঘোষণা করে নির্বাচনের জন্য কোনপ্রকার প্রতিদ্বন্দিতা ছাড়াই ১৫ জন প্রার্থী নির্বাচিত হয়েছে। ২ নভেম্বর-এর ঘোষণা অনুযায়ী ৫৩ জন প্রার্থী নির্বাচনের জন্য কোন প্রকার প্রতিদ্বন্দিতা ছাড়াই যোগ্য বলে বিবেচিত হয়েছে। এই নির্বাচনে প্রতিদ্বন্দ্বিতাহীনভাবে জামায়াত ১৪টি আসনে নির্বাচিত হয়। মানবাধিকারকর্মী সুলতানা কামাল বলেন, “আযম ছিলেন জার্মানির সাবেক শাষক হিটলারের সমকক্ষ যিনি নিষ্ঠোরতা ও গনহত্যায় নিয়োজিত ছিলেন।” এর জবাবে প্রসিকিউটর যায়েদ-আল-মালুম বলেন, “তিনি এমন একজন ব্যক্তি ছিলেন যার সকল ধরনের সিদ্ধান্ত নেওয়ার ক্ষমতা ছিল, তাহলে কেন তার একটি কমিটির প্রয়োজন হবে? হিটলারের জন্য দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধে একমাত্র হিটলারই যথেষ্ট ছিল। যাইহোক নিউইয়র্ক টাইমস ১৯৯২ সালে এক প্রতিবেদনে দাবি করে, গোলাম আযম বাংলাদেশের স্বাধীনতায় তার বিরোধিতার জন্য ১৯৭০ সালে পূর্ব পাকিস্তান ত্যাগ করে।

অভিযোগ
১৯৭১-এর পর বাংলাদেশ বিরোধী তদবির
বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ
বাংলাদেশে প্রত্যাবর্তন