১৯৭২ সালে, চৌধুরী পাকিস্তানের কাছ থেকে দেশটির স্বাধীনতার পর, পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের অভ্যন্তরে বাংলাদেশের প্রথম প্রোটোকল প্রধান হিসাবে নিযুক্ত হন। 

১৯৭২ সাল থেকে ১৯৭৬ সাল পর্যন্ত চৌধুরী যুক্তরাজ্যে বাংলাদেশের ডেপুটি হাই কমিশনার হিসাবে দায়িত্ব পালন করেছিলেন, যেখানে তিনি ১৯৭২ সালে কমনওয়েলথে বাংলাদেশের প্রবেশের জন্য আলোচনায় অংশ নিয়েছিলেন। এরপরে চৌধুরী ১৯৭৬ থেকে ১৯৭৮ সাল পর্যন্ত বাহরাইন ও সংযুক্ত আরব আমিরাতে নিযুক্ত বাংলাদেশের রাষ্ট্রদূত হিসাবে নিযুক্ত হন। এরপরে তিনি ১৯৭৮ সাল থেকে ১৯৮২ অবধি ইউরোপীয় অর্থনৈতিক সম্প্রদায় (ইসি) এবং বেনেলাক্স দেশগুলি - বেলজিয়াম, লাক্সেমবার্গ এবং নেদারল্যান্ডস - উভয়ের পক্ষে স্বীকৃত রাষ্ট্রদূতের দায়িত্ব পালন করেছিলেন।

চৌধুরী ১৯৮২ সালে পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয় থেকে স্বরাষ্ট্র দফতরে ফিরে আসেন। তিনি ১৯৮২ সালে ঢাকায় অনুষ্ঠিত ১৩ তম ওআইসির পররাষ্ট্রমন্ত্রীর সভার প্রধান সমন্বয়ক ছিলেন। এরপরে তিনি ১৯৮৩ থেকে ১৯৮৪ পর্যন্ত অতিরিক্ত পররাষ্ট্রসচিবের পদে অধিষ্ঠিত ছিলেন।

ফারুক চৌধুরীকে ১৯৮৪ থেকে ১৯৮৬ সাল পর্যন্ত পররাষ্ট্র সচিব হিসাবে নিয়োগ দেওয়া হয়েছিল, পররাষ্ট্র মন্ত্রকের সর্বোচ্চ পদস্থ অ-রাজনৈতিক কর্মকর্তা ছিলেন। 

চৌধুরী ১৯৯২ সালে পররাষ্ট্র মন্ত্রক থেকে অবসর গ্রহণ করেন। তিনি অবসর গ্রহণের সময় বেশ কয়েকটি বই লিখেছিলেন এবং সামাজিক কারণগুলিতে মনোনিবেশ করেছিলেন। তিনি ১৯৯২ সাল থেকে ২০০৬ সাল পর্যন্ত বিশ্বের বৃহত্তম বেসরকারী উন্নয়ন সংস্থা বাংলাদেশ পল্লী অগ্রগতি কমিটিতে (ব্র্যাক) দায়িত্ব পালন করেছিলেন। 

২০১৪ সালে, চৌধুরী সামাজিক এবং রাজনৈতিক বিষয়ে লেখার জন্য আইএফআইসি ব্যাংক সাহিত্য পুরষ্কারে ভূষিত হন। তিনি ২০১৬ সালে বাংলা একাডেমি সাহিত্য পুরষ্কারও পেয়েছিলেন। 

বাংলাদেশ বিদেশী সেবা
মৃত্যু
গ্রন্থ-পঁঞ্জী
প্রাথমিক ও কর্মজীবন