শাহজাহানের শাসনকালে সম্পর্ক আবার তিক্ততায় পৌছয়। শাহজাহান অসহিষ্ণু ছিলেন। তিনি লাহোরের শিখ বাওলি ধ্বংস করেন।  প্রথমদিকে মুঘলদের সঙ্গে শিখেদের বাজ ও ঘোড়া নিয়ে ঝগড়া হত,পরে তা বড় আকার নেয় এবং উভয় পক্ষের  হাজার হাজার মানুষের মৃত্যু হয়। অমৃতসর, কার্তারপুর এবং অন্যান্য স্থানে যুদ্ধগুলি হয়। ১৬৩৪ সালে গুরু হরগোবিন্দ অমৃতসরের কাছে মুঘল দলকে পরাজিত করেন। গুরু আবার মোগলদের একটি আঞ্চলিক অনাসক্তি দ্বারা আক্রান্ত হয়েছিলেন, কিন্তু তারা হামলাকারীদের এবং তাদের নেতাদের নাস্তানাবুদ করে মেরে ফেলেছিলেন। গুরু হরগোবিন্দ তার সৈন্যদের ও একটি তলোয়ার নিয়ে মুঘল সম্রাটের  সৈন্যদের বিরুদ্ধে যুদ্ধ করেন  অথবা তার অনুগামীদের, আঞ্চলিক মুসলিম শাসনকর্তাদের বা ব্যক্তিগত শত্রুদের  নির্ভয়ে বিরোধিতা করতে এবং তাদের পরাস্ত করতে নেতৃত্বে দেন

গুরু হরগোবিন্দের শৈশবের এক বন্ধু পাইন্দে খান তার শত্রু হয়ে যান, যার মা গুরুর নার্স ছিলেন। গুরুর একটি দামী বাজ, খানেরা নিয়ে যান। ফেরতের কথায় ক্ষুব্ধ হন। আবার কেউ বলেন শত্রুতার কারণ খানের অহংকার। উভয়ের শত্রুতার এই সুযোগ নিয়ে মুঘলেরা, খানকে আঞ্চলিক শাসনকর্তা বানিয়ে দেয়, যাদের কাছে গুরু সর্বদা এক বিপদের ন্যায় ছিলেন। গুরু হরগোবিন্দ আক্রান্ত হন এবং যুদ্ধের মত অবস্থায় নিজের বন্ধুকে স্বহস্তে হত্যা করে বিজয় প্রাপ্ত করেন।
গুরু হরগোবিন্দ কার্তারপুরের যুদ্ধেও লড়াই করেন। তিনি  ১৯ মার্চ,১৬৪৪ সালে রূপনগরের কিরাটপুরে মারা যান।

ব্যক্তিত্ব
জাহাঙ্গীরের সঙ্গে সম্পর্ক এবং মোগলদের সঙ্গে লড়াইগুলি
সমর্থ রামদাস এবং গুরু হরগোবিন্দ
শাহজাহানের সঙ্গে যুদ্ধ