মুসলিম বিশ্বে জনপ্রিয় হলেও জাকির নায়েক তার বক্তব্য ও মতের জন্য বিভিন্ন স্থানে সমালোচিত হয়েছেন। তিনি বলেন, 'বিন লাদেন যদি যুক্তরাষ্ট্রের মত সন্ত্রাসী রাষ্ট্রকে সন্ত্রাসের মাধ্যমে হুমকির সম্মুখীন করে তাহলে তিনি বিন লাদেনের পক্ষে'; 'ইসলামের শত্রু বা যুক্তরাষ্ট্রকে কোন উপায়ে হুমকির সম্মুখীন করাকে সন্ত্রাস' বলা হলে তিনি 'প্রত্যেক মুসলিমেরই সন্ত্রাসী হওয়া উচিত' বলে মন্তব্য করেন। আফগান বংশোদ্ভূত সন্ত্রাসী নাজিবুল্লাহ জাজি জাকির নায়েকের বক্তৃতা শুনে উদ্বুদ্ধ হয়েছেন বলে মন্তব্য করেছেন। তিনি শিয়া ও সুন্নিদের বিরোধ বিষয়ে কথা বলেন এবং খলিফা ইয়াজিদের নামের পর রাদিয়াল্লাহ তা’আলা (আল্লাহ্‌ তাদের অনুগ্রহ করুন) বলেন, এতে বহু মুসলমান দ্বারা তিনি ঘৃণিত হন; বিশেষ করে শিয়াদের দ্বারা। তিনি আরও বলেন, কারাবালার যুদ্ধ রাজনৈতিক উদ্দেশ্য প্রণোদিত; উক্ত মন্তব্যটিও যথেষ্ট সমালোচিত হয়েছিল।

ভারতীয় সাংবাদিক খুশবন্ত সিং বলেন, জাকির ইসলামের ভুল ব্যাখ্যা করেন। সিং বলেন, নায়েকের বিবৃতি ‘‘শিশুতোষ’’ । তিনি আরও বলেন, তা আন্ডারগ্রাজুয়েট কলেজের বিতর্কের কদাচিৎ উপড়ে ওঠে; যেখানে প্রতিযোগীরা ক্ষুদ্র স্কোরের জন্য লড়ে। তিনি আরও বলেন, তার কথা মগ্ন হয়ে শুনুন, তিনি প্রায়ই বিপুল উৎসাহে বিস্ফোরিত হন, যখন তিনি অন্যান্য ধর্মের বাণীকে খাটো করেন।

টরেল ব্রেক নামক নরওয়ের একজন ধর্মীয় ইতিহাস অধ্যাপক নায়েককে অন্যান্য ধর্ম ও ইসলামের অন্যান্য সম্প্রদায়ের উপর তার মৌখিক আক্রমণের জন্য "অতি সমালোচিত ব্যক্তিত্ব" বলে উল্লেখ করেন। তিনি লেখেন যে, ভারতীয় ওলামাদের অনেক সদস্য নায়েককে কঠিনভাবে অপছন্দ করেন কারণ নায়েক তাদের দেয়া ব্যাখ্যাকে এড়িয়ে যায় এবং সে বলে যে, যে কেউ কুরআনের ব্যাখ্যা করতে পারে। রক্ষণশীল দেওবন্দি আলেমগণ নায়েককে "মুসলিমদের সঠিক ইসলামের ব্যাখ্যা থেকে দুরে সরিয়ে নেয়ার মাধ্যমে ইসলাম ধ্বংসের" দায়ে অভিযুক্ত করে থাকেন। 

ওসামা বিন লাদেনকে ‘‘ইসলামের সৈন্য’’ বলায় আলী সিনা এবং খালিদ আহমেদ নায়েকের সমালোচনা করেন। তারা বলেন যে, জাকির আল-কায়দাকে পরোক্ষ ভাবে সমর্থন করছেন। ২০০৮ সালে লখনউ-এর ইসলামি পণ্ডিত সাহার কাজী মুফতি আব্দুল ইরফান মিয়া ফিরিঙ্গি মাহালি জাকিরের বিরুদ্ধে ফতোয়া দেন যে তিনি ওসামা বিন লাদেনকে সমর্থন করেন এবং তার পদ্ধতি অ-ইসলামিক। ফেব্রুয়ারি ২০১১তে, তিনি ভিডিও লিংকের মাধ্যমে ‘অক্সফোর্ড ইউনিয়ন’কে পত্র লেখেন।

ভারতীয় সাংবাদিক শোয়াইব দানিয়াল জাকিরের "মার্কিনিরা স্বেচ্ছায় নিজেদের মধ্যে স্ত্রী বিনিময় করে কারণ তারা শুকর খায়, যা নিজেও স্বয়ং স্ত্রী বিনিময় করে" বক্তব্যটির সঙ্গে দ্বিমত পোষণ করেন। তিনি আরও তুলে ধরেন যে, "ইসলাম পুরুষকে একাধিক নারীকে বিয়ের অনুমতি দেয় কারণ "যুক্তরাষ্ট্রে পুরুষের চেয়ে নারীর সংখ্যা বেশি" " জাকিরের এই বক্তব্যটি যুক্তরাষ্ট্রের আদমশুমারির সঙ্গে অসঙ্গতিপূর্ণ।

২০১২ সালে ভারতীয় সরকার জাকিরের পিস টিভির সম্প্রচার নিষিদ্ধ করে; নিউ ইয়র্ক টাইমস পত্রিকা অজ্ঞাতনামা এক ভারতীয় সাংবাদিকের মন্তব্য উল্লেখ করে বলে, সাম্প্রতিক বছরগুলোতে মুম্বাই পুলিশ তার আলোচনা-সভার উপর নিষেধাজ্ঞা জারি করেছে কারণ "তিনি সমালোচনার জন্ম দেন" এবং ভারতীয় স্যাটেলাইট সরবরাহকগণ তার টেলিভিশন চ্যানেল "পিস টিভি"র সম্প্রচারে অস্বীকৃতি জানিয়েছে।

২০১৬ সালে ঢাকায় সন্ত্রাসী আক্রমণের ৫ হামলাকারীর মাঝে একজন ফেসবুকে জাকির নায়েকের অনুসারী ছিলেন বলে বাংলাদেশী পত্রিকা ডেইলি স্টারে খবর প্রকাশিত হওয়ার পর, ভারতীয় স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী কিরেন রিজিজু বলেন, "জাকির নায়েকের বক্তব্য আমাদের জন্য একটি নজরদারির বিষয়। আমাদের এজেন্সিগুলো এর উপর কাজ করছে।" এর ২ দিন পর মহারাষ্ট্র সরকারের সিআইডি বিভাগ তদন্তের ফলাফল হিসেবে জানায় যে, তারা জাকির নায়েকের বক্তৃতায় সন্ত্রাসী কর্মকাণ্ডে সম্পৃক্ততার কোন প্রমাণ খুজে পায় নি। ডেইলি স্টার উক্ত বিতর্ক নিয়ে জাকির নায়েকের নিকট ক্ষমা চেয়ে মন্তব্য করে যে তারা কখনোই নায়েককে উক্ত হামলার জন্য দোষারোপ করে নি। পত্রিকাটি বলে যে, এটি শুধুমাত্র এটাই তুলে ধরেছে যে, কিভাবে তরুণরা তার বক্তব্যকে ভুলভাবে বুঝছে। তবে, এঘটনার পরপরই বাংলাদেশ সরকার নায়েকের পিস টিভি চ্যানেলের সম্প্রচার বন্ধ করে দেয়। তথ্যমন্ত্রী হাসানুল হক ইনু এর কারণ হিসেবে বলেন যে "পিস টিভি মুসলিম সমাজ, কুরআন, সুন্নাহ, হাদিস, বাংলাদেশের সংবিধান, আমাদের সংস্কৃতি, আচার-প্রথা ও রীতিনীতির সঙ্গে সঙ্গতিপূর্ণ নয়।"

বাংলাদেশী লেখিকা তসলিমা নাসরিন নায়েককে "বিপজ্জনক" হিসেবে বর্ণনা করেন কারণ "সে একুশ শতাব্দীতে এসে ৭শ শতাব্দীর যৌন দাসী, বহুবিবাহ এবং স্ত্রী প্রহার সম্পর্কিত কুরআনিক বানীর সমর্থন ও প্রচার করে।" তিনি তার ধারাবাহিক টুইটে বলেন, "আমি জাকিরের বক্তব্য শুনেছি। সে কুরআনের উদ্ধৃতি তুলে ধরে এবং তা সঠিক প্রমাণের চেষ্টা করে। সে বিপজ্জনক, কারণ ২১ শতাব্দীতে এসে ৭ম শতাব্দীর বানী প্রচার করা বিপজ্জনক।" বাংলাদেশে ইসলামপন্থীদের দ্বারা ঘাতক হামলা সম্পর্কে তিনি বলেন, "বহু বাংলাদেশী উঠতি সন্ত্রাসী তার দ্বারা উদ্বুদ্ধ। তাকে হাতেনাতে ধরা যাচ্ছে না। কিন্তু তার অনুসারীরা হাতেনাতে ধরা পরছে।"। তিনি আরও বলেন, "আমি জাকির নায়েকের বাক স্বাধীনতার বিরোধী না কিন্তু সহিংসতাকে উস্কে দেয়ার জন্য আমি তার বিপক্ষে। ফতোয়াবাজকে ফতওয়া প্রদান করা থেকে নিষিদ্ধ করা উচিৎ।”

২০১৬ এর জুলাইয়ে ভারতীয় পত্রিকা ফার্স্টপোস্টের সাংবাদিক শ্রীময় তালুকদার তার এক প্রতিবেদনে জাকির নায়েকের সমালোচনা করে বলেন, সে ইসলামের এমন এক সংস্করণের প্রচার করে "যা প্রাণহীন এবং আধুনিক বিশ্বের সঙ্গে অসঙ্গতিপূর্ণ।"

২০০৭ সালের একটি প্রতিবেদনে দাবি করা হয় যে, দারুল উলুম জাকিরকে একজন নিজস্ব-শৈলীর ধর্মপ্রচারক বলে মনে করে যিনি ইসলামের প্রথাগত চারটি মাজহাব (ফিকহ) হতে বিচ্ছিন্ন এবং একারণে তারা তাকে "গায়রে মুকাল্লিদিন হিসেবে প্রত্যাখ্যান করে এবং মুসলিমদেরকে তার বক্তৃতা না শোনার আহ্বান জানায়। ২০১৬ সালে দারুল উলুমের এক প্রতিনিধি বলেন, নৈতিক ইস্যুতে যদিও দারুল উলম জাকির নায়েকের বিরুদ্ধে কিছু ফতওয়া জারি করেছে, কিন্তু গণমাধ্যম সেগুলো উদ্দেশ্যপ্রণোদিতভাবে প্রচার করছে। দারুল উলুমের সহ সভাপতি আব্দুল খালিক মাদ্রাসি জাকিরের সমর্থনে বলেন: "জাকির নায়েকের সাথে আমাদের অনেক মতপার্থক্য রয়েছে। কিন্তু বিশ্বব্যাপী সে একজন ইসলামী পণ্ডিত হিসেবে স্বীকৃত। আমরা কোনভাবেই বিশ্বাস করি না যে সে সন্ত্রাসবাদের সঙ্গে জড়িত থাকতে পারে।" 

ভারতের প্রধানমন্ত্রী নরেন্দ্র মোদি ২০১৯-এর মে মাসে এক নির্বাচনী প্রচারনায় জাকির নায়েকের নিন্দা জানিয়ে বলেন, এই নায়েকের কথায় উৎসাহিত হয়ে শ্রীলংকায় বোমা হামলার ঘটনা ঘটেছে, তা সত্ত্বেও কংগ্রেস পার্টি নায়েককে সমর্থন করে।

সমালোচনা
গণমাধ্যমের সমালোচনা
অভ্যর্থনা, পুরস্কার, উপাধি এবং সম্মাননা
শান্তি সম্মেলন