যদিও আক্রমণকারীরা নিয়ন্ত্রণ করতে না পারলেও রাজনৈতিক ব্যবস্থা ছিল অস্থির। প্রথম ব্রিটিশ গুপ্তচরের দল আসার সময়ে ভুটানের ক্রমবর্ধমান বিভক্তিতে আঞ্চলিক প্রতিদ্বন্দ্বিতা অবদান রাখেন।

১৮ শতকের শুরুর দিকে, ভুটান সফলভাবে কুচবিহার রাজত্বের উপর নিয়ন্ত্রণ অর্জন করে। কুচবিহারের রাজা ১৭৩০ সালে ভারতীয় মুঘলদের বিরুদ্ধে ভুটানের কাছ থেকে সহায়তা চেয়েছিলেন এবং ভুটানের রাজনৈতিক প্রভাব দীর্ঘ সময় ধরে ছিল না। ১৭৬০ এর মাঝামাঝি নাগাদ থিমফুকে কুচবিহারের উপনিবেশ বলে মনে করা হতো, সেখানে একদল সেনা অবস্থান করে এবং তারা বেসামরিক প্রশাসন পরিচালনার দায়িত্ব পালন করে। ১৭৭০ সালে যখন ড্রুক দেশি সিকিম আক্রমণ করে, তখন কুচবিহারী বাহিনী ভুটানের সাথে তাল মিলিয়ে আক্রমণ চালায়। দুই বছর পরে ধারাবাহিক সংঘাতের পর, সিংহাসনের জন্য ড্রুক দেশির মনোনীতকে এক প্রতিপক্ষ বিরোধিতা করেন যিনি কিনা ব্রিটিশ সৈন্যদের আমন্ত্রণ জানিয়েছিলেন এবং ফলশ্রুতিতে, কুচ বিহার ব্রিটিশ ইষ্ট ইন্ডিয়া কোম্পানীর উপনিবেশ হয়ে পড়ে।

উৎপত্তি এবং শুরুর দিকের উপনিবেশ, ৬০০-১৬০০
বেসামরিক যুদ্ধ, ১৭২৮-৭২
দিব্যতান্ত্রিক সরকার, ১৬১৬-১৯০৭
তিব্বতীয় আক্রমণকারীদের বিরুদ্ধে সংহতি এবং পরাজয়, ১৬১৬-৫১