হান্টার সংগ্রহের ক্যাটালগ নির্মাণের কাজে নিযুক্ত থাকার সময় ওয়েন ঐ কাজের পাশাপাশি নবলব্ধ প্রতিটি নমুনাকেও ব্যবচ্ছেদ করতেন। তিনি লন্ডন চিড়িয়াখানায় যে সমস্ত প্রাণীরা মারা যেত তাদের দেহ ব্যবচ্ছেদের অনুমতি পেয়েছিলেন, এবং ১৮৩১ খ্রিঃ চিড়িয়াখানা কর্তৃপক্ষ বৈজ্ঞানিক গবেষণাপত্র প্রকাশ করতে শুরু করলে ওয়েন তাতে শারীরস্থান সংক্রান্ত নিবন্ধের সবচেয়ে সক্রিয় অবদানকারীর ভূমিকা নেন। তার প্রথম উল্লেখযোগ্য নিবন্ধ "মেময়্যার অন দ্য পার্লি নটিলাস" (লন্ডন, ১৮৩২) শীঘ্রই বিদগ্ধ মহলে ক্লাসিকের মর্যাদা পায়। এর পরবর্তী পঞ্চাশ বছরেরও বেশি সময় ধরে তিনি তুলনামূলক শারীরস্থান এবং প্রাণিবিদ্যার সমস্ত ক্ষেত্রে গুরুত্বপূর্ণ অবদান রাখতে থাকেন। স্পঞ্জদের জগতে ওয়েনই প্রথম "ভেনাস্ ফ্লাওয়ার বাস্কেট" বা "ইউপ্লেক্টেলা" প্রজাতিটির বর্ণনা দেন (১৮৪১, ১৮৫৭)। এন্টোজোয়াদের মধ্যে তার সর্বাপেক্ষা গুরুত্বপূর্ণ আবিষ্কার হল "ট্রিকিনা স্পাইরালিস" (Trichina spiralis) (১৮৩৫)। এই পরজীবীটি মানুষের পেশীতে আক্রমণ করে বর্তমানে ট্রিকিনোসিস বলে কুখ্যাত রোগটির কারণ হয় (আরও দেখুন, জেমস প্যাজেট)। ব্র্যাকিওপড জাতীয় প্রাণীদের ক্ষেত্রে তার বিশেষ গুরুত্বপূর্ণ গবেষণা ঐ বিষয়ে জ্ঞানের সীমানা বিস্তার করে এবং ঐ প্রাণীদের এখনও অবধি স্বীকৃত শ্রেণীবিন্যাসের পদ্ধতিটি নির্ধারণ করে দেয়। কম্বোজদের মধ্যে তিনি মুক্তোসদৃশ নটিলাস ছাড়াও "স্পাইরুলা" এবং অন্যান্য জীবিত ও অবলুপ্ত সেফালোপড প্রজাতিরও বর্ণনা দেন। সেফালোপোডা শ্রেণীটিকে ডাইব্র্যাঙ্কিয়াটা ও টেট্রাব্র্যাঙ্কিয়াটা এই দুই ভাগে বিভাজনের অধুনা সর্বজনগ্রাহ্য প্রস্তাবনাটিও তারই দেওয়া (১৮৩২)। ১৮৫২ খ্রিঃ ওয়েন "প্রোটিকনাইটস" বা পৃথিবীর উপর প্রাপ্ত প্রাচীনতম পদচিহ্নের নামকরণ করেন। তার শারীরস্থান বিষয়ক জ্ঞান কাজে লাগিয়ে ওয়েন সঠিকভাবে অনুমান করেন যে ক্যাম্ব্রিয়ান যুগে সৃষ্ট এই পদচিহ্নগুলোর মালিক ছিল কোনো বিলুপ্ত সন্ধিপদী, আর তিনি এই সিদ্ধান্তে উপনীত হয়েছিলেন সংশ্লিষ্ট প্রাণীটির কোনো জীবাশ্ম আবিষ্কারের ১৫০ বছরেরও বেশি আগে। জীবিত সন্ধিপদী লিমুলাস কাঁকড়ার সাথে ওয়েন এই প্রাণীটির সাদৃশ্যের কথা উল্লেখ করেছিলেন ১৮৭৩ খ্রিঃ লিখিত একটি স্মৃতিকথায়।

স্তন্যপায়ী সংক্রান্ত কাজ
মাছ, সরীসৃপ, পাখি ও ডাইনোসরের নামকরণ
ওয়েন, ডারউইন এবং বিবর্তন মতবাদ
অমেরুদন্ডী সংক্রান্ত কাজ