উল্লেখিত স্বতন্ত্র বাহিনীগুলোর সাথে সাথে ন্যাপ ও কম্যুনিষ্ট পার্টির নেতৃত্বে মুক্তিযোদ্ধাদের কিছু বাহিনী গড়ে উঠে। তাদের মধ্যে সিরাজ শিকদার একটি শক্তিশালী গেরিলা বাহিনী গড়ে তুলেন যা বরিশালের পায়ারাবাগানে পাকিস্তানী বাহিনীর সাথে বেশ কয়েকটি সংঘর্ষে লিপ্ত হয়। যদিও এই বামপন্থী দলগুলোর মাঝে বাংলাদেশের স্বাধীনতার গতিপ্রকৃতি এবং করনীয় নিয়ে আদর্শগতভাবে বিপুল মতপার্থক্য ছিলো (তার মধ্যে সোভিয়েতপন্থী ও চীনপন্থী ফারাক এবং চীনপন্থীদের আন্তঃদল মতবিভেদ), মুক্তিবাহিনীর সাধারণ সদস্য ও নেতৃত্বস্থানীয়দের মধ্যে অনেকেই বামপন্থী ভাবধারায় গভীরভাবে উদ্‌বুদ্ধ ছিলেন। যে কারণে, ভারতীয় সরকার ও আওয়ামী লীগের সদস্যরা এই বামপন্থী দলগুলোর নিয়ন্ত্রণ নিয়ে কিছুটা উদ্‌বিগ্ন ছিলেন। যাই হোক না কেন, পরবর্তীতে বামপন্থী দলগুলো নিজেদের মতপার্থক্য ভুলে ঐক্যবদ্ধ হন এবং মুক্তিবাহিনীর মূল অংশটিকে কেন্দ্র করে তাদের যুদ্ধ চালিয়ে যান।

বামপন্থী দলসমূহ
সাংস্কৃতিক যোদ্ধারা
বাংলাদেশ বিমান বাহিনী
কাদেরিয়া বাহিনী