২০১১ সালের হিসেব অনুযায়ী মধুপুর শহরের গড় সাক্ষরতার হার শতকরা ৫৬.৭ ভাগ (পুরুষ ৫৮.৭%, মহিলা-৫৪.৫%)। ১৯৩৯ সালের ২ জানুয়ারি মধুপুরে নাটোরের রাণী ভবানীর পৃষ্ঠপোষকতায় রাণী ভবানী উচ্চ বিদ্যালয় প্রতিষ্ঠিত হয়। উপজেলায় একটি মহিলা কলেজসহ মোট ৭টি মহাবিদ্যালয়, ২টি উচ্চ মাধ্যমিক বিদ্যালয়, ২৪টি উচ্চ বিদ্যালয়, ২টি বালিকা উচ্চ বিদ্যালয়, ৩নি নিম্ন মাধ্যমিক বিদ্যালয়, ফাজিল পর্যায়ে ৬টি সিনিয়র মাদ্রাসা, আলিম পর্যায়ে ১টি সিনিয়র মাদ্রাসা, ১৩টি দাখিল মাদ্রাসা, ১০৩টি সরকারি প্রাথমিক বিদ্যালয়, ৭টি স্বল্পব্যয়ী প্রাথমিক বিদ্যালয় এবং ৭টি নিবন্ধিত এবতেদায়ী মাদ্রাসা রয়েছে। উল্লেখযোগ্য শিক্ষা প্রতিষ্ঠানের মধ্যে রয়েছে, মধুপুর শহীদ স্মৃতি উচ্চ মাধ্যমিক বিদ্যালয়, মধুপুর কলেজ, রাণী ভবানী মডেল উচ্চ বিদ্যালয়, আলোকদিয়া উচ্চ বিদ্যালয় প্রভৃতি। এ উপজেলার ইউনিয়নগুলোর মধ্যে, আলোকদিয়া ইউনিয়নের শিক্ষার হার প্রায় ৮৫% ও শোলাকুড়ি ইউনিয়নের ৪৮%।
মধুপুর উপজেলার শিক্ষা ব্যবস্থা বাংলাদেশের অন্য সব শহরের মতই। বাংলাদেশের শিক্ষাব্যবস্থায় প্রধানত পাঁচটি ধাপ রয়েছে: প্রাথমিক (১ থেকে ৫), নিম্ন মাধ্যমিক (৬ থেকে ৮), মাধ্যমিক (৯ থেকে ১০), উচ্চ মাধ্যমিক (১১ থেকে ১২) এবং উচ্চ শিক্ষা। প্রাথমিক শিক্ষা সাধারণত ৫ বছর মেয়াদী হয় এবং প্রাথমিক বিদ্যালয় সমাপনী পরীক্ষার মাধ্যমে শেষ হয়, ৩ বছর মেয়াদী নিম্ন মাধ্যমিক শিক্ষা সাধারণত নিম্ন মাধ্যমিক স্কুল সার্টিফিকেট (জেএসসি), ২ বছর মেয়াদী মাধ্যমিক শিক্ষা মাধ্যমিক স্কুল সার্টিফিকেট (এসএসসি), ২ বছর মেয়াদী উচ্চ মাধ্যমিক শিক্ষা সাধারণত উচ্চ মাধ্যমিক স্কুল সার্টিফিকেট (এইচএসসি) পরীক্ষার মাধ্যমে শেষ হয়।

মূলত বাংলা ভাষায় পাঠদান করা হয় তবে ইংরেজি ব্যাপকভাবে পাঠদান ও ব্যবহৃত হয়। অনেক মুসলমান পরিবার তাদের সন্তানদের বিশেষায়িত ইসলামী শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান যেমন মাদ্রাসাতে প্রেরণ করেন। মাদ্রাসাগুলোতেও প্রায় একই ধরনের ধাপ উত্তীর্ণ হতে হয়। উচ্চ মাধ্যমিকে উত্তীর্ণ হওয়ার পর কোন শিক্ষার্থী সাধারণত উচ্চ শিক্ষা প্রতিষ্ঠান যেমন, বিশ্ববিদ্যালয়ে ভর্তি হতে পারে। মধুপুরে উচ্চ মাধ্যমিকের পর উচ্চ শিক্ষার জন্য শুধুমাত্র মধুপুর কলেজ রয়েছে যা জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয়ের অধীন বিএ ও এমএ ডিগ্রি প্রদান করে।

ভূ-প্রকৃতি
যোগাযোগ ব্যবস্থা
শিক্ষা
প্রশাসন