১১ জানুয়ারি, ২০১২ সালে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইবুনাল কর্তৃক গোলাম আযম ১৯৭১ সালে মানবতা ও শান্তির বিরুদ্ধে অপরাধ, গণহত্যা ও যুদ্ধাপরাধের মামলায় গ্রেফতার হন। আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইবুনাল তার জামিনের আবেদন নাকচ করে দেন ও তাকে ঢাকা কেন্দ্রীয় কারাগারে পাঠানো হয়। যাইহোক তিন ঘণ্টা পর তাকে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিব মেডিকেল বিশ্ববিদ্যালয় হাসপাতালে বার্ধক্য জনিত কারণে মেডিকেল চেক-আপে পাঠানো হয়। ডেইলি স্টার অনুসারে, ১৫ জানুয়ারি একটি মেডিকেল টিম দ্বারা আযম বিচারের জন্য উপযোক্ত বিবেচিত হওয়া সত্ত্বেও, তিনি হাসপাতালের কারাগার কক্ষে থাকার অনুমতি পান। একই পত্রিকায় পরে বলা হয়, তার শারিরীক অসুস্থতার জন্য তাকে সেখানে স্থানান্তর করা হয়।

কারারুদ্ধ করার পর থেকে আযমের স্বাস্থ্য অতি দ্রুত অবনতি হতে শুরু করে। তার স্ত্রী সয়ৈদা আফিফা আযম কয়েকটি সংবাদপত্রে তার স্বামীর চিকিৎসার জন্য দুঃখ প্রকাশ করেন, তিনি বলেন, আযম ধীরে ধীরে দূর্বল হয়ে পরছে এবং অপুষ্টিজনিত কারণে এক মাসে ৩ কিলোগ্রাম ওজন হারিয়েছে। তিনি আযমের চিকিৎসাকে "মানবতার বিরুদ্ধে অপরাধ" বলে অভিযোগ করেন যদিও তাকে হাসপাতালের কারাগার কক্ষে রাখা হয়েছে। আযমের স্ত্রী আরো অভিযোগ করেন তার সাথে পরিবারের লোকদের সাক্ষাত ও বই সরবরাহ করার অনুমতি দেওয়া হয় না। এটাকে তিনি এক প্রকার মানসিক নির্যাতন বলে উল্লেখ করেন। ডেইলি স্টার প্রতিবেদনে বলে, আযমের স্ত্রী ও আইনজীবীদের তার সাথে ১৮ ফেব্রুয়ারি সাক্ষাত করার অনুমতি দেওয়া হয় কিন্তু তার ভাতিজাকে কারাগার কক্ষে প্রবেশের ঠিক পূর্ব-মহুর্তে বাধা দেওয়া হয়।

বিভিন্ন দেশের ইসলামিক কর্মীরা গোলাম আযমকে গ্রেফতারের ঘটনা অমানবিক বলে উল্লেখ করেন ও এ ব্যাপারে মন্তব্য করেন। আন্তর্জাতিক মুসলিম স্কলারস ইউনিয়নের চেয়ারম্যান ইউসুফ আল-কারাদাউই এই গ্রেফতারকে “মর্যাদাহানিকর” বলে উল্লেখ করেন ও বাংলাদেশ সরকারের প্রতি তাকে অতিশীঘ্রই মুক্তি দেওয়ার অহ্বান জানান। তিনি তার মন্তব্যে বলেন, “অধ্যাপক গোলাম আযম ও তার সহকারী পন্ডিতবৃন্দদের এবং ইসলামিক কর্মীদের বিরুদ্ধে আনীত ৪০ বছর পূর্বের যুদ্ধাপরাধের অভিযোগ অযৌক্তিক ও গ্রহনযোগ্য নয়।”

গোলাম আযমের এই বিচারিক প্রক্রিয়াকে অন্তজার্তিক কয়েকটি সংস্থা সমালোচনা করেছে। তাদের মধ্যে রয়েছে, জাতিসংঘ, হিউম্যান রাইটস্‌ ওয়াচ এবং অ্যামনেস্টি ইন্টারন্যাশনাল। যদিও গোলাম আযমের পূর্বে আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইবুনাল দুজনকে (দেলোয়ার হোসেন সাঈদী ও মুহাম্মদ কামারুজ্জামান) একই মামলায় মৃত্যুদন্ড ও অপরজনকে (আব্দুল কাদের মোল্লা) যাবজ্জীবন কারাদন্ড প্রদান করেছে।

১৯৭০-এর নির্বাচন
গ্রেফতার ও কারারুদ্ধ
অভিযোগ
কর্মজীবন