এদের মাথার খুলিটি ছিল লম্বাটে গড়নের ও দেহের বাকি অংশের তুলনায় লক্ষণীয়রকম ছোট। মাথার নিচু অবস্থান থেকে আন্দাজ করা যায়, এরা মাটির কাছাকাছি থাকা তৃণগুল্ম ভোজন করত। মুখগহ্বরের সামনের দিকের দাঁতের অনুপস্থিতি ও তার বদলে একধরনের ছুঁচালো চঞ্চুর ("রামফোথেকা") উপস্থিতিও এই ধারণাকেই সমর্থন করে। এদের নিচের দিকের চোয়ালটি দুই পাশে এমনভাবে একটু উঁচু হয়ে বিন্যস্ত যে পাশ থেকে দেখলে ভিতরের ছোট ছোট দাঁতগুলি তার আড়ালে অদৃশ্য হয়ে যায়। এর থেকে অনেকে ধারণা করেছেন যে এদের মুখের গড়নের সাথে কচ্ছপের মুখের গড়নের খানিকটা মিল ছিল। আবার অন্য গবেষকদের মতে স্টেগোসরাসের নিচের চোয়ালের এই উঁচু দুই পাশ অর্নিথিস্কিয়া বর্গের অন্য প্রাণীদেরও চোয়ালের গড়নেরই একটু অন্যরকম রূপমাত্র। এর থেকে বরং মুখের মাংসল গড়নেরই বেশি ইঙ্গিত মেলে। এদের দাঁতগুলো ছিল ছোট ছোট, তিনকোণা ও চ্যাপ্টা। এর থেকে বোঝা যায় তারা খাদ্য চিবিয়ে খেত। কিন্তু উঁচু নিচের চোয়ালের কারণে এরা খাদ্যকে চিবানোর সময় দীর্ঘক্ষণ মুখের মধ্যে ধরে রাখতে পারত।

বিপুলাকার দেহ সত্ত্বেও স্টেগোসরাসের মাথায় মস্তিষ্কের পরিমাণ ছিল খুবই কম - বড়জোর একটি কুকুরের মতো। প্রায় অটুট একটি স্টেগোসরাসের মাথার খুলির "এন্ডোকাস্ট" (মস্তিষ্কগহ্বর) পরীক্ষা করে ১৮৮০ সালে মার্শ জানান, এদের মস্তিষ্কের পরিমাণ ছিল বড়জোর ৮০ গ্রামের মতো। প্রায় ৪.৫ থেকে ৫ টন ওজনের বিশালদেহী একটি জানোয়ারের পক্ষে মস্তিষ্কের এই সামান্য ওজন সাধারণভাবে তাদের আপাত বুদ্ধিহীনতার প্রতিই ইঙ্গিত করে। তখনও পর্যন্ত পাওয়া অন্যান্য ডাইনোসরদের মধ্যেও দেহ ও মস্তিষ্কের ওজনের এতটা বিপুল ফারাক ছিল বিরলতম। তাদের মস্তিষ্কের এই স্বল্পতা স্বাভাবিকভাবেই সেইসময় বিশেষজ্ঞমহলে চালু ধারণা - ডাইনোসররা ছিল একেবারেই বুদ্ধিহীন - তাকেই আরও মদত জোগায়। অবশ্য বর্তমানে এই ধারণা ভুল হিসেবে পরিগণিত হয়ে থাকে। তবে স্টেগোসরাসের মস্তিষ্কের সঠিক অ্যানাটমি এখনও পর্যন্ত আমাদের অজানা। আর এটুকু বলা যেতে পারে, যত ছোটই হোক, তাদের মস্তিষ্ক তাদের ধীরগতির তৃণভোজী জীবনশৈলী ও সীমাবদ্ধ ব্যবহারিক জটিলতার পক্ষে অসামঞ্জস্যপূর্ণ ছিল না।

এছাড়া এদের খুলির এক বিশেষ বৈশিষ্ট্য হল চোখ ও নাকের ফুটোর মধ্যে আরেকটি ছোট ছিদ্রর অস্তিত্ব, যার নাম অ্যান্ট-অরবিটাল ফেনেস্ত্রা। এই "অ্যান্ট-অরবিটাল ফেনেস্ত্রা" ছিল সমস্ত আরকোসরাসের (আজকের পাখি ও কুমীরের সাধারণ পূর্বপুরুষ) সাধারণ বৈশিষ্ট্য। আজকের পাখিদের ক্ষেত্রে এই অ্যান্ট-অরবিটাল ফেনেস্ত্রা এখনও চোখে পড়ে, যদিও কূমীরের ক্ষেত্রে এটি বর্তমানে একটি হারিয়ে যাওয়া বৈশিষ্ট্য।

বিংশ শতাব্দী ও তৎপরবর্তী
প্রজাতিসমূহ
পূর্বপুরুষ
মাথার খুলির গঠন