১৯৪৭ সালে ভারত স্বাধীনতা লাভের পর ১৯৪৮ সালে হুইলারের স্থলাভিষিক্ত হন এন পি চক্রবর্তী। যুক্তরাজ্যে ভারতীয় প্রদর্শনীতে প্রদর্শিত নিদর্শনগুলো সংরক্ষণের জন্য ১৫ আগস্ট ১৯৪৯ সালে দিল্লিতে ভারতের জাতীয় জাদুঘর প্রতিষ্ঠিত হয় । 

পরবর্তীতে মধুস্বরুপ ভট্ট এবং আমালানন্দ ঘোষ এন পি চক্রবর্তীর পদে অভিষিক্ত হন। ১৯৬৮ সাল পর্যন্ত ঘোষ মহাপরিচালকের দায়িত্ব পালন করেন। এ সময়ে তিনি কালীবাগান, লোথাল ও ধোলাভিরায় খনন কার্যের জন্য খ্যাতি অর্জন করেন। 

"The Ancient Monuments and Archaeological Sites and Remains Act" নামে ১৯৫৮ সালে একটি আইন পাশ হয় যার মাধ্যমে প্রত্নতাত্ত্বিক জরিপের কাজ সংস্কৃতি মন্ত্রণালয়ের অধিনে চলে যায়। এরপর বি বি লাল মহাপরিচালকের দায়িত্ব গ্রহণ করেন যিনি রাম মন্দির ও বাবরি মসজিদ আবিষ্কারের জন্য খনন কাজ পরিচালনা করেন। তার সময়ে "Antiquities and Art Treasures Act-1972" পাশ হয় যার মূল উদ্দেশ্য ছিলো এই সকল প্রত্নতাত্ত্বিক স্থানগুলো সংরক্ষণ ও নিরাপত্তার ব্যবস্থা করা। 

এম এন দেশপাণ্ডে (১৯৭২-১৯৭৮), বি কে থাপার (১৯৭৮-১৯৮১), দেশের প্রথম মহিলা মহাপরিচালক দুবালা মিত্র, এম এস নাগারাজা রাও, জে পি জোশি, এম সি জোশি ধরাবাহিক ভাবে দায়িত্ব পালন করেন।

এম সি জোশির সময় ১৯৯২ সালে বাবরি মসজিদ ধ্বংসের ফলে ভারতে হিন্দু-মুসলিম সাম্প্রদায়িক দাঙ্গা শুরু হয়। ফলস্বরূপ জোশিকে ১৯৯৩ সালে বরখাস্ত করা হয়।  এই ঘটনার পর থেকে ASI তে পূর্বে মহাপরিচালক নিয়োগের যে সকল নিয়ম প্রচলিত ছিলো তা বন্ধ করে আমলা নিয়োগের প্রথা চালু হয়। আবার এই প্রথাটিও ২০১০ সালে বাতিল করা হয়, যখন গৌতম সেন গুপ্তকে সরিয়ে দিয়ে IAS এর একজন কর্মকর্তা কে এম শ্রিভাস্তাব মহাপরিচালকের দায়িত্ব গ্রহণ করেন।

১৯৪৭-২০১৯
১৯০১-১৯৪৭
শাখা সমূহ
মহাপরিচালক