মে, ২০০৯-এ আবদুল্লাহ আফগান রাষ্ট্রপতি নির্বাচনের স্বতন্ত্র প্রার্থী হিসাবে নিবন্ধিত হয়ে বর্তমান রাষ্ট্রপতি হামিদ কারজাইয়ের বিরুদ্ধে লড়াই করেছিলেন। আবদুল্লাহ তার চলমান সঙ্গী হিসাবে হুমায়ুন শাহ আসিফিকে তার প্রথম সহসভাপতি এবং ডঃ চেরাগ আলী চেরাগকে (কাবুলের একজন সার্জন যিনি শিয়া মুসলিম অনুশীলনকারী) দ্বিতীয় উপরাষ্ট্রপতি হিসাবে নির্বাচিত হয়েছেন। সরকারের উর্ধ্বতন নেতৃত্বের পদগুলোতে জাতিগত ও ধর্মীয় ভারসাম্য রক্ষার চেষ্টা করে একটি স্থিতিশীল সরকার নিশ্চিত করতে সহায়তা করার জন্য আফগানিস্তানের দু'জন সহ-রাষ্ট্রপতি, একজন প্রথম ভিপি এবং দ্বিতীয় ভিপি সমন্বিত একটি নির্বাহী কাঠামো গঠন করেছেন। ২০০৯ সালের ১ সেপ্টেম্বর দিনভিত্তিক আনুষ্ঠানিক ও অ-প্রত্যয়িত নির্বাচনী ফলাফল ঘোষণা করা হয়েছিল, তাতে দেখা গেছে যে মোট ভোটের ২৭.৮% ভোট পেয়ে আবদুল্লাহ দ্বিতীয় অবস্থানে রয়েছেন। রাষ্ট্রপতি কারজাই রানআউট নির্বাচন এড়াতে প্রয়োজনীয় ৫০.০১% ভোটের সংখ্যাগরিষ্ঠতা অর্জন করতে পারেন নি। বেশিরভাগ কারচুপির ব্যালট, বেশিরভাগই কারজাইয়ের শিবিরের অন্তর্ভুক্ত, স্বাধীন আফগান নির্বাচনী কমিশন দ্বারা বঞ্চিত করা হয়েছিল। বড় আকারের জালিয়াতির অভিযোগের কারণে কারজাই আন্তর্জাতিক নেতাদের তীব্র আন্তর্জাতিক রাজনৈতিক ও কূটনৈতিক চাপের মধ্যে পড়েছিলেন। হামিদ কারজাই অবশেষে ৭ই নভেম্বর, ২০০৯ এ দেশব্যাপী নির্ধারিত (প্রথম নির্বাচনে মোট দুই ভাগের বিপুল সংখ্যক প্রার্থীর মধ্যে অনুষ্ঠিত) অংশ নিতে সম্মত হয়েছেন।

২০০৯ সালের ১ নভেম্বর, আবদুল্লাহ ঘোষণা করেছিলেন, তিনি "সুষ্ঠু ও স্বচ্ছ" দ্বিতীয় নির্বাচনের প্রক্রিয়া পরিচালনায় রাষ্ট্রপতি কারজাই সরকারের সামর্থ্যের প্রতি তাঁর অবিশ্বাসের কথা উল্লেখ করে রানআউট নির্বাচন থেকে সরে আসার সিদ্ধান্ত নিয়েছেন। এরপরে, হামিদ কারজাইকে আফগান নির্বাচনী কমিশন বিজয়ী ঘোষণা করেছিল (মূলত ডিফল্টরূপে বিজয়ী)।

ইসলামিক স্টেট অফ আফগানিস্তান
২০১৪ রাষ্ট্রপতি প্রার্থিতা
২০০৯ সালের রাষ্ট্রপতি নির্বাচন
আফগানিস্তান সোভিয়েত যুদ্ধ