৫০৬ সালে দিভিনের প্রথম সভায় আর্মেনীয় চার্চ বাকি খ্রিষ্টান জগত থেকে পৃথক হয়ে যায়। ফলে বাইজেন্টাইন সাম্রাজ্যের সাথে আর্মেনীয়দের সরাসরি বিরোধ তৈরী হয়। সম্রাট প্রথম জাস্টিনিয়ান মনোফিসাইট আর্মেনীয়দের উপর নির্যাতন শুরু করেন এবং তাদেরকে জেরুজালেম থেকে বের করে দেন।

৭ম শতাব্দীর একজন আর্মেনীয় বিবরণীলেখক ফিলিস্তিনে ৭০টি আর্মেনীয় মঠের অস্তিত্ব ছিল বলে উল্লেখ করেছেন। এর মধ্যে কিছু স্থাপনা প্রত্নতাত্ত্বিক খননের সময় আবিষ্কৃত হয়েছে। ৬৩৭ সালে জেরুজালেম মুসলিমদের অধিকারে আসে। এই সময় পর্যন্ত জেরুজালেমে শুধু একজন খ্রিষ্টান বিশপ ছিলেন। ৬৩৮ সালে আর্মেনীয়রা তাদের নিজস্ব আর্চবিশপ পেট্রিয়ার্ক‌ আব্রাহামকে জেরুজালেমে প্রতিষ্ঠিত করে। খলিফা উমর ইবনুল খাত্তাব তাকে আনুষ্ঠানিকভাবে স্বীকৃতি দিয়েছিলেন। এর ফলে জেরুজালেমে আর্মেনীয়দের অভিবাসনের ভিত্তি মজবুত হয়। ১২শ শতাব্দীতে ক্রুসেডারদের সাথে সিলিসিয়ার প্রায় একহাজার আর্মেনীয় জেরুজালেমে অভিবাসী হয়।

মামলুক যুগে ১৩১১ সালে সুলতান আল-নাসির মুহাম্মদের ফরমান অনুসারে আর্চবিশপ সারকিস (১২৮১-১৩১৩) পেট্রিয়ার্ক‌ পদবী পান। ১৩৪০ এর দশকে মহল্লার চারদিকে দেয়াল নির্মাণের জন্য আর্মেনীয়দের অনুমতি দেয়া হয়। ক্রুসেডারদের ফিরে আসা ও শাসন পুনপ্রতিষ্ঠা রোধের জন্য মামলুকরা দেয়াল ধ্বংসসহ অনেক পদক্ষেপ নিলেও এই ঘটনার ফলে প্রতীয়মান হয় যে মামলুকরা আর্মে‌নীয়দেরকে হুমকি হিসেবে দেখেনি।

জেরুজালেমের ইতিহাসবিদ মুজিরউদ্দিন ১৪৯৫ সালে উসমানীয় যুগ পূর্ববর্তী জেরুজালেমের একটি বিস্তারিত বর্ণনা দিয়েছেন। এতে তিনি "দির আল-আরমান" (আর্মেনীয় মঠ) বা "কানিসাত মার ইয়াকুব" (সেইন্ট জেমস ক্যাথেড্রাল) স্থাপনার উল্লেখ করেছেন।

প্রথম বিশ্বযুদ্ধ, ব্রিটিশ ও জর্ডানি যুগ
ভাষা
বাইজেন্টাইন, আরব ও মামলুক যুগ
সমস্য