১৭ শতকে তিব্বতীয় রাজনৈতিক প্রভাব মুক্ত হয়ে একটি ধর্মভিত্তিক সরকার প্রতিষ্ঠিত হয় এবং প্রাক-আধুনিক ভুটানের আবির্ভাব ঘটে। এই ধর্ম ভিত্তিক সরকার নির্বাসিত ড্রুকপা ভিক্ষু গাওয়াং নামগিয়াল এর নেতৃত্বে প্রতিষ্ঠিত হয়, যিনি ১৬১৬ সালে ভূটানে এসে পৌছেন। Lhasa-তে দালাই লামার (মহাসাগর লামা) নেতৃত্বে গেলুগপা উপসম্প্রদায়ের নিকট হতে স্বাধীনতা চান। প্রতিদ্বন্দ্বী উপসম্প্রদায়ের নেতা এবং তিব্বতী আক্রমণকারীদের উপর ধারাবাহিক জয়লাভের পর গাওয়াং নামগিয়াল ভূটানের আঞ্চলিক ও আধ্যাত্মিক নেতা হিসাবে ঝাবদ্রুং পদবী (যার চরণযুগলে সমর্পন বা পশ্চিমা নানান উৎস মতে ধর্মের রাজা) গ্রহণ করেন। ভূটানে প্রথম মহান ঐতিহাসিক ব্যক্তিত্ব হিসাবে তাকে বিবেচনা করা হয়, তিনি ড্রুকুল নামে একটি জায়াগায় শক্তিশালী ভূটানি নেতাদের পরিবারগুলোকে একত্রিত করেন। তিনি দূর্ভেদ্য জং (Dzong) এর একটি জাল তৈরি করেন এবং বিধিবদ্ধ আইন এর এমন একটি পদ্ধতি প্রচার করতে থাকেন যা স্থানীয় ভূপতিদের কেন্দ্রীয় নিয়ন্ত্রণ এর অধীনে আনে এবং তিব্বতী আক্রমণকারীদের বিরুদ্ধে ভূটানকে জোরদার ভূমিকায় অবতীর্ণ করে। বিংশ শতাব্দীর শেষে দিকেও অনেক জং বিদ্যমান ছিল।

১৬২৭ সালে তিব্বতের সাথে প্রথম যুদ্ধের সময় পর্তুগিজ জেসুইটস এসটডভাও সাসেল্লা ও জোয়াও ক্যাব্রাল প্রথম নথিভূক্ত ইউরোপীয় হিসাবে তিব্বত যাওয়ার পথে ভূটানে পৌছান। তারা গুয়াং নামগিয়াল এর সাথে সাক্ষাত করেন, তাকে আগ্নেয়াস্ত্র, বারুদ ও একটি টেলিস্কোপ উপহার দেন এবং তাকে তিব্বতের বিরুদ্ধে চলমান যুদ্ধে তাদের নেয়ার আহ্বান জানান। কিন্তু ঝাবড্রুং তাদের সেই আহ্বানে সাড়া দেননি। আট মাসব্যাপী অবস্থানের পর সাসেল্লা তাদের ভ্রমণের বিশদ রিপোর্ট এর উপর ভিত্তি করে একটি সুদীর্ঘ চিঠি লেখেন চাগরি মঠে বসে। বিরল এই রিপোর্টটি ঝাবড্রুং-এর শেষ রিপোর্ট ছিল।

তিব্বতী সেনাবাহিনী ভুটানকে ১৬২৯ সালের দিকে আক্রমণ করে, ১৬৩১ এবং ১৬৩৯ সালে পুনরায় আক্রমণ করে গাওয়াং নামগিয়েল এর জনপ্রিয়তা ঠেকানোর আশায়। ১৬৩৪ খ্রিষ্টাব্দে গাওয়াং নামগিয়াল কারমা টেনকিয়ং-এর সেনাবাহিনীকে পঞ্চ লামার যুদ্ধে পরাজিত করেন। আক্রমণগুলি ব্যর্থ হয়ে যাওয়ায় পশ্চিম ও মধ্য ভূটানে ড্রুকপা উপসম্প্রদায়ের আরও শক্ত অবস্থান তৈরি হয় যা গাওয়াং নামগিয়ালকে করে তোলে অদ্বিতীয়। ক্ষমতায়নে স্বীকৃতি পেতে, কুচবিহার থেকে ডুয়ার্স(বর্তমানে উত্তরপূর্ব পশ্চিমবঙ্গে) পশ্চিম নেপাল ও পশ্চিমা তিব্বতের লাদাখে বিভিন্ন শুভেচ্ছা দূত পাঠান। লাদাখের শাসকও গাওয়াং নামগিয়ালের রাজ্যে কয়েকটি গ্রাম ছেড়ে দেন।

ভূটানের ঝামেলার শেষ ছিল না। যাইহোক, ১৬৪৩ খ্রিষ্টাব্দে একটি যৌথ মঙ্গোলীয়-তিব্বতী বাহিনী ভূটান, সিকিম ও নেপাল থেকে পালিয়ে যাওয়া নিংমাপা উদ্বাস্তুদের ধ্বংস করতে চায়। ১৬৩০ খ্রিষ্টাব্দে মঙ্গোলীয়ানরা তিব্বতে ধর্মীয় ও বেসামরিক শাসনভার গ্রহণ করে এবং গেলুগপা ধর্মকে প্রতিষ্ঠা করে। ভূটানি প্রতিদ্বন্দ্বী গাওয়াং নামগিয়াল মোঙ্গলে অনাধিকার প্রবেশকে অনুপ্রাণিত করেন, তবে মঙ্গল বাহিনী দক্ষিণী ভূটানের নিম্ন জলাভূমিতে তাদের সহজেই পরাজিত করে। ১৬৪৭ সালে আরেকটি তিব্বতী আক্রমণও ব্যর্থ হয়।

গাওয়াং নামগিয়ালের শাসনামলে নির্বাচিত জনপ্রতিনিধিকে প্রধান হিসাবে আর মঠের প্রতিনিধিকে সহযোগী হিসাবে প্রশা্সনে অন্তভূর্ক্ত করা হতো। সেই মতে, জে খেনপো (ভূপতি এ্যাবট) সহায়ক এবং দিব্যতান্ত্রিক বেসামরিক সরকারের প্রধান হিসাবে ড্রুক দেশি (ভূটান এর প্রতিনিধি, পশ্চিমা উৎসমতে দেব রাজা) দ্বারা পরিচালিত হতো। ড্রুক দেশী একজন ভিক্ষুর পাশাপাশি গণমানুষের নেতাও ছিলেন। ১৯ শতকে, সাধারণত শেষের দিকে তিনি তিন বছর মেয়াদে নির্বাচিত হন, প্রাথমিক ভাবে একটি মঠ পরিষদ দ্বারা এবং পরবর্তীতে রাজ্য পরিষদ (Lhengye Tshokdu) কর্তৃক নির্বাচিত হন। রাজ্য কাউন্সিল ছিল একটি কেন্দ্রীয় প্রশাসনিক অঙ্গ, যা ছিল আঞ্চলিক শাসক গৃহাধ্যক্ষ ঝাবড্রুং এবং ড্রুক দেশী এর আওতাধীন। সময়ের সাথে সাথে, ড্রুক দেশি আঞ্চলিক প্রশাসকদের রাষ্ট্রীয় কাউন্সিলের সবচেয়ে শক্তিশালী দলটির রাজনৈতিক নিয়ন্ত্রণে আসেন। ঝাবড্রুং রাষ্ট্রের প্রধান এবং ধর্মীয় ও নাগরিক বিষয়ে চূড়ান্ত কর্তৃপক্ষ ছিলেন। ১৩তম শতাব্দীর জং-এ, বসন্ত, গ্রীষ্ম এবং বর্ষাকালে সরকারী আসন ছিল থিম্ফুতে, শীতকালীন রাজধানী অবশ্য পুনাখা জং এ। ১৫২৭ খ্রিষ্টাব্দে থিম্ফুর উত্তর-পূর্বাঞ্চলীয় জায়গায় একটি জং স্থাপিত হয়। রাজ্যটি তিনটি অঞ্চলে (পূর্ব, মধ্য ও পশ্চিমে) বিভক্ত করা হয়, প্রতিটি অঞ্চলে একজন পেনলপ বা রাজ্যপাল নিযুক্ত ছির যারা প্রধান জং-এ একটি আসন পেতেন। জেলাগুলো জংপন বা জেলা কর্মকর্তা দ্বারা পরিচালিত হতো, যাদের প্রধান কার্যালয় ছিল ক্ষুদ্রতম জংগুলোতে। পনলপ কেন্দ্রীয় সরকারের জন্য সংযোজন কর, বিচারক, সেনা অধিনায়ক এবং গুপ্তচরদের মধ্যে সমন্বয় সাধন করতেন। তিব্বত ও ভারতের মধ্যকার বাণিজ্য এবং ভূমি খাজনা হতে বেশিরভাগ শুল্ক পাওয়া যেত।

গুয়াং নামগিয়াল এর আমলে Tsa Yig নামক আইনি বিধান মেনে চলা হতো, যা কিনা আধ্যাত্মিক ও নাগরিক শাসন এর বর্ণনা করত এবং সরকারের প্রশাসনকে তদানুযায়ী সামাজিক ও নৈতিক আচরণের জন্য বিধান প্রদান করে। বৌদ্ধ ধর্ম (ধর্মীয় আইন) অন্তর্নিহিত সহজাত কর্তব্য ও গুণাবলী নতুন আইনি বিধানের ক্ষেত্রে একটি সুবিশাল ভূমিকা পালন করে, যা ১৯৬০ সাল পর্যন্ত বলবৎ ছিল।

দিব্যতান্ত্রিক সরকার, ১৬১৬-১৯০৭
প্রশাসনিক একত্রীকরণ এবং তিব্বতের সাথে লড়াই, ১৬৫১-১৭২৮
উৎপত্তি এবং শুরুর দিকের উপনিবেশ, ৬০০-১৬০০
তিব্বতীয় আক্রমণকারীদের বিরুদ্ধে সংহতি এবং পরাজয়, ১৬১৬-৫১