জৈব যৌগকে অনেক উপায়ে শ্রেণীবিভাগ করা যায়। একটি বিশেষ পন্থা হল, প্রাকৃতিক এবং সংশ্লেষিত জৈব যৌগ। এছাড়া জৈব যৌগসমূহকে হেটেরো-পরমাণুর উপস্থিতির ভিত্তিতে শ্রেণীবিভাগ করা যেতে পারে, যেমন- অর্গ্যানোমেটালিক যৌগ, যেগুলোতে কার্বন ও ধাতুর মধ্যে বন্ধন থাকে এবং অর্গ্যানোফসফরাস যৌগ, যেগুলোতে কার্বনের সাথে ফসফরাসের বন্ধন থাকে।
আকারের ভিত্তিতে জৈব যৌগসমূহকে ক্ষুদ্রাকার অণু এবং পলিমার এই দুই শ্রেণীতে বিভক্ত করা হয়।

আধুনিক শ্রেণীবিন্যাস
জৈব বিক্রিয়াসমূহের শ্রেণীবিন্যাস
প্রাণশক্তি মতবাদ
শ্রেণীবিভাগ