 ইসলামের নবী ইব্রাহিম (আঃ) (আব্রাহাম) জেরুসালেমেও একটি উপাসনার স্থান প্রতিষ্ঠা করছিলেন। কাবা নির্মাণের চল্লিশ বছর পর (খ্রিষ্টপূর্ব ২১৭০) তিনি এটিকে আরও সম্প্রসারণ করেন যা পরবর্তীতে "বাইতুল মুকাদ্দাস" নামে পরিচিত হয়। মসজিদে হারামের তুলনায় দূরতম উপাসনার স্থান হওয়ায়, ইব্রাহিম (আঃ) এটিকে "মাসজিদুল আকসা’ বলেও উল্লেখ করতেন। তার পুত্র ইসহাক (আঃ) ও এখানে ইবাদত করতেন তবে তিনিও তার পিতার মত কাবাতে হজ করতে গিয়েছিলেন। পরবর্তীতে ইসহাক (আঃ) এর দ্বিতীয় পুত্র  ইয়াকুব (আঃ) এই অঞ্চলের এক আল্লাহতে বিশ্বাসীদের জন্য উপাসনার স্থান হিসাবে এটিকে বর্ধিত করেছিলেন। পরবর্তিতে সুলায়মান (আঃ) এই উপাসনার স্থানটির স্থাপত্য (সেকেন্ড টেম্পল) তৈরি ও সৌন্দর্য বৃদ্ধি করেন (খ্রিষ্টপূর্ব ১০০৪) । মুসলমানরা বিশ্বাস করে এই কাজে তিনি  জ্বীনদেরকে নিয়োগ করেছিলেন। এবং আল্লাহ তায়ালা "গলিত তামার ঝরণা" প্রবাহিত করেছিলেন। এরপর ব্যবিলনের সম্রাট দ্বিতীয় নেবুচ্যাডনেজার; সুলায়মান (আঃ) এর তৈরি স্থাপত্যগুলি ধ্বংস করেন (খ্রিষ্টপূর্ব ৫৮৬)।

এই স্থান রাজা হেরোড দ্য গ্রেটের সময় (২০৮ খ্রিষ্টপূর্বাব্দে) সম্প্রসারিত হয়। মসজিদটি একটি প্লাটফর্মের উপর অবস্থিত যা হেরোডের প্রকৌশলীরা বিভিন্ন স্থানগত অবস্থা কাটিয়ে উঠার জন্য নির্মাণ করেছিলেন। সেকেন্ড টেম্পলের সময় বর্তমান মসজিদের স্থানটিতে রয়েল স্টোয়া ( প্রশাসনিক ভবন) ছিল।  এরপর ৭০ খ্রিষ্টাব্দে রোমানরা এটিকে ধ্বংস করে (পুড়িয়েও ফেলেছিল), দেবতা জুপিটারের উপাসনার স্থানে পরিণত করেছিল। ৩১৫ খ্রিষ্টাব্দে  খ্রিষ্টানে রূপান্তরিত রোমান সম্রাজ্জ এটিকে ময়লা ফেলার স্থানে পরিণত করে এবং এসময় ইহুদীরাও এটিকে তাদের পবিত্র স্থান বলে মনে করত না।

একসময় ধারণা করা হত যে সম্রাট জাস্টিনিয়ানের সময় নির্মিত নিয়া চার্চ বর্তমান মসজিদুল আকসার স্থানে অবস্থিত ছিল। তবে ১৯৭৩ খ্রিষ্টাব্দে ইহুদি মহল্লার দক্ষিণ অংশে এর ধ্বংসাবশেষ আবিষ্কৃত হয়।

১৯৩০ এর দশকে সংস্কারের সময় সরিয়ে নেয়া কাঠের বীম ও প্যানেল বিশ্লেষণে দেখা যায় যে এগুলো লেবাননের সিডার এবং সাইপ্রেস দ্বারা নির্মিত ছিল। রেডিওকার্ব‌ন ডেটিং পরীক্ষায় এর কিছু ৯ম শতাব্দীর বলে জানা গেছে।

আধুনিক যুগ
নির্মাণপূর্ব যুগ
অজুর স্থান
ইতিহাস