মুহাম্মদ আলি জিন্নাহর বিভিন্ন জনসভায় ফাতেমা জিন্নাহ অংশ নিতেন। ১৯৪৭ সালে দেশবিভাগের সময় তিনি ওমেনস রিলিফ কমিটি গঠন করেন। পরে রানা লিয়াকত আলি খান কর্তৃক তা অল পাকিস্তান ওমেনস এসোসিয়েশনের নিউক্লিয়াস গঠন করে। এছাড়া ফাতেমা জিন্নাহ ভারত থেকে আসা মুহাজিরদের পুনর্বাসনের জন্য কাজ করেছেন।

১৯৬০ এর দশকে ফাতেমা জিন্নাহ রাজনীতিতে ফিরে আসেন। এসময় পাকিস্তানের রাষ্ট্রপতি পদের তৎকালীন রাষ্ট্রপতি আইয়ুব খানের বিপক্ষে দাঁড়ান। তার প্রথমদিকের মিছিলের সময় ঢাকায় প্রায় ২,৫০,০০০ মানুষ জড়ো হয়েছিল। সেখান থেকে চট্টগ্রামের পথে ২৯৩ মাইলের মত পথে প্রায় দশ লক্ষ লোক জড়ো হয়। ফ্রিডম স্পেশাল নামক তার ট্রেন ২২ ঘণ্টা দেরিতে ছাড়ে কারণ প্রতি স্টেশনে মানুষ তার বক্তৃতার জন্য আহ্বান জানাচ্ছিল। এসময় তাকে "মাদারে মিল্লাত" (জাতির মা) বলে সম্বোধন করা হয়।

তার কর্মসূচিতে ফাতেমা জিন্নাহ বলেন যে ভারতের সাথে সিন্ধু পানি চুক্তি করে আইয়ুব খান নদীর নিয়ন্ত্রণ ভারতের হাতে তুলে দিয়েছেন। নির্বাচনে তিনি পরাজিত হন। তবে কিছু প্রদেশে তার সংখ্যাগরিষ্ঠতা ছিল।

মুহাম্মদ আলি জিন্নাহর জীবনী
মুহাম্মদ আলি জিন্নাহর সহযোগী
রাজনৈতিক জীবন
মৃত্যু