আই.এস.আই. এর উৎস মহালানবিশের তৈরি প্রেসিডেন্সি কলেজের পরিসংখ্যানতত্ত্ব গবেষণাগার থেকে। ১৯২০র দশকে মহালানবিশ প্রেসিডেন্সিতে পদার্থবিদ্যা বিভাগে কাজ করতেন। ১৯১৩-১৫ কেমব্রিজে স্নাতকের সময় তিনি কার্ল পিয়ারসনের প্রবর্তিত বাওমেট্রিকা জার্নালটির সংস্পর্শে আসেন। ১৯১৫ সাল থেকে তিনি প্রেসিডেন্সিতে পদার্থবিদ্যার শিক্ষক হিসাবে নিযুক্ত হন। কিন্তু ব্রজেন্দ্রনাথ শীলের প্রভাবে ধীরে ধীরে তার পরিসংখ্যানতত্ত্বের প্রতি কৌতূহল বাড়তে লাগে। তিনি পরিসংখ্যানতত্ত্বে আগ্রহী তার কিছু সহকর্মীদের নিয়ে প্রেসিডেন্সি কলেজে পরিসংখ্যানতত্ত্ব গবেষণাগার স্থাপন করেন।

১৯৩১ সালের ১৭ই ডিসেম্বার, মহালনবিশ প্রমথনাথ ব্যানার্জী, নিখিল রঞ্জন সেন ও রাজেন্দ্রনাথ মুখার্জীর সাথে দেখা করেন। এই সাক্ষ্যৎকার এর পর তিনি ইন্ডিয়ান স্ট্যাটিস্টিক্যাল ইনস্টিটিউট গঠন করেন। ২৮শে এপ্রিল, ১৯৩২ তারিখে ১৮৬০ সালের সোসাইটিস রেজিস্ট্রেশন এক্ট XXI ওনুসারে, আনুষ্ঠানিক ভাবে একটি মুনাফা বিহিন সঃস্থা হিসেবে নথিভুক্ত করা হয়। পরবর্তী কালে এই প্রতিষ্ঠানটি ১৯৬১ সালে পশ্চিমবঙ্গের সোসাইটিস রেজিস্ট্রেশান এক্ট XXVI এর ওনুসারে নথিভুক্ত করা হয়। ১৯৫৩ সালে প্রতিষ্ঠানটি মহালনবিশের বরানগরের বাড়ি “আম্রপালি”তে স্থানান্তরিত করা হয়।
১৯৩১ সালে মহালনবিশ আই.এস.আই এর এক মাত্র কর্মী ছিলেন। বার্ষিক ২৫০ টাকা খরচে তিনি প্রতিস্থানটির চালনা করতেন। ধীরে ধীরে সমরেন্দ্র কুমার মিত্র (ভারতের প্রথম কম্পিউটার এর ডিজাইনার), রাজ চন্দ্র বসু, সমরেন্দ্র নাথ রায়, রঘু রাজ বাহাদুর ও অন্যান্য সহকর্মীদের অনবদ্য কাজের সুবাদে এর খ্যাতি বাড়তে লাগে। পিতম্বর পাতিল ভারতের প্রথম প্রধানমন্ত্রি, জওহরলাল নেহ্‌রুর সচিব হওয়ার আগে এই প্রতিষ্ঠানে পরিসংখ্যানতত্ত্বের চর্চা করেন। পরবর্তী সময়ে তিনি এই প্রতিষ্ঠান কে প্রচুর সাহায্য করেন। 
১৯৩৮ সালে প্রতিষ্ঠানে প্রথম প্রশিক্ষণ শাখা চালু হয়। ক্রমে প্রথম দিকের কর্মীরা আই এস আই ছেরে উত্তর আমেরিকা বা ভারতের কোন উচ্চপদের চাকরিতে নিযুক্ত হন। ১৯৪০ এর দশকে এই প্রতিষ্ঠানের খ্যাতি এতই বেড়ে যায় যে একে আনুসরণ করে গারট্রুড কওক্স আমেরিকার প্রথম পরিসংখ্যান বিদ্যার প্রতিষ্ঠান চালু করেন। 

১৯৫০ সালে ভারত সরকারের নির্দেশে আই এস আই এক বৃহত্তর আর্থ-সামাজিক নিরীক্ষার ব্যাবস্থা করে। এই নিরীক্ষাতে ভারতের গ্রামীণ অঞ্চলগুলিও অন্তর্ভুক্ত ছিল। এই কাজটি সম্পূর্ণ করার জন্য ন্যাশনাল স্যাম্পেল সার্ভে নামক সংস্থাটি গঠন করা হয়। 
১৯৫৯ সাল অবধি এই প্রতিষ্ঠানটি কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয়ের অন্তর্ভুক্ত ছিল। “দ্যা ইন্ডিয়ান স্ট্যাটিস্টিক্যাল ইনস্টিটিউট আক্ট ১৯৫৯” আইন সংসদে পাশ হয় এবং আই এস আই সরকারি বিশ্ববিদ্যালয়ের স্বীকৃতি পায়। এই আইনের দ্বারাই আই এস আই এর সমস্ত খরচ কেন্দ্রীয় সরকার বহন করে। 
১৯৬০ এর দশকের মধ্যে আই এস আই দিল্লি, চেন্নাই, মুম্বাই, বেঙ্গালুরু ও হায়দ্রাবাদে বিশেষ শাখা চালু করে। ১৯৭০ এর দশকের প্রথম দিকে দিল্লি ও বেঙ্গালুরু শাখাগুলি শিক্ষাকেন্দ্রে পরিণিত হয়। ২০০৮ সালে চেন্নাই এর শাখাটিও শিক্ষাকেন্দ্র হিসাবে পরিণিত করা হয়। ২০১১ সালে তেজপুরে আই এস আই এর একটি নতুন শাখা চালু করা হয়। 

ইতিহাস
প্রশাসন
ভর্তি প্রক্রিয়া
উদ্দেশ্য