পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদ কারও অস্তিত্ব আছে কি নেই এসম্পর্কে চিন্তা করে না, কিন্তু প্রকৃতিকে জানার পদ্ধতি সম্পর্কে এটা ভাবে। এটি প্রাকৃতিক কারণ ও ঘটনার দ্বারা বৈজ্ঞানিক প্রচেষ্টা, অনুকল্প ও ঘটনাকে ব্যাখ্যা করার একটি প্রয়াস নেয়। এই শব্দের দ্বিতীয় অর্থ অনুযায়ী, প্রকৃতিবাদ একটি কাঠামো দান করে যেখানে প্রকৃতির নিয়ম সংক্রান্ত বৈজ্ঞানিক গবেষণা পরিচালনা করা হয়। পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদ জ্ঞান অর্জনের একটি উপায়। এটি চিন্তার একটি বিশেষ ব্যবস্থা যা বাস্তবতা সম্পর্কে জানার জ্ঞানীয় দিকটিকে বিবেচনা করে, আর তাই এটি একটি জ্ঞানের দর্শন বা জ্ঞানতত্ত্ব। সমাজতাত্ত্বিক ইলেইন একলান্ড বলেন, ধার্মিক বিজ্ঞানীরাও পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদের চর্চা করেন। তাদের বিশ্বাস তাদের ধর্মীয় বিশ্বাস প্রয়োগের ব্যাপারে ও তাদের কার্যের নৈতিকতা নিয়ে তাদের চিন্তার পদ্ধতিতে প্রভাবিত করে, কিন্তু তাদের বিজ্ঞানচর্চায় ধর্ম কোন প্রভাব ফেলে না।

রবার্ট টি. পেনক ১৯৯৬ এর পর তার ধারাবাহিক প্রবন্ধগুলোতে বৈজ্ঞানিক পদ্ধতিকে পরিষ্কার করে বোঝাতে "পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদ" শব্দটিকে বারবার ব্যবহার করেছেন। এর কারণ ছিল তিনি বোঝাতে চেয়েছিলেন, বৈজ্ঞানিক পদ্ধতি নিজেকে কোন অতিপ্রাকৃতিক সত্তার উপস্থিতি, অনুপস্থিতিকে অনুমান না করেই প্রকৃতির ব্যাখ্যা দিয়ে থাকে, এক্ষেত্রে কোন ধরনের অধিবিদ্যীয় প্রকৃতিবাদেরও আশ্রয় নেয়া হয় না (যেমনটা সৃষ্টিবাদীগণ এবং ইন্টেলিজেন্ট ডিজাইন বা বুদ্ধিদীপ্ত অনুকল্পের প্রবক্তাগণ, বিশেষ করে ফিলিপ ই. জনসন দাবী করে থাকেন)। কিজমিলার বনাম ডোভার এরিয়া স্কুল ডিসট্রিক্ট বিচারে একজন বিশেষজ্ঞ সাক্ষ্য বা এক্সপার্ট উইটনেস হিসেবে পেনকের সাক্ষ্য শুনে বিচারক তার মেমোরেন্ডাম ওপিনিয়নে মন্তব্য করেছিলেন, "আজকের দিনে 'পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদ' হল বিজ্ঞানের মৌলিক নীতি"।
"বিশেষজ্ঞ সাক্ষ্য হতে প্রতীয়মান হয় যে, ষোড়শ ও সপ্তদশ শতকের বৈজ্ঞানিক বিপ্লব থেকে বিজ্ঞান প্রাকৃতিক ঘটনাবলিকে ব্যাখ্যা করার জন্য প্রাকৃতিক কারণগুলোকে খুঁজে আসছে... অতিপ্রাকৃতিক ব্যাখ্যাগুলো গুরুত্বপূর্ণ এবং বুদ্ধিদীপ্ত হলেও সেগুলো বিজ্ঞানের অংশ নয়।" পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদ "বিজ্ঞানের আওতাভুক্ত"। এটা একটি "মৌলিক নীতি" যেখানে "আমরা যা পর্যবেক্ষণ করি, পরীক্ষা করি, প্রতিলিপি তৈরি করি এবং যাচাই করি তার ভিত্তিতে বিজ্ঞানীদেরকে আমাদের চারপাশের জগৎ সম্পর্কে ব্যাখ্যা দিতে হয়।"
টম ক্লার্ক
ডব্লিউ ভি ও কোয়াইন
পদ্ধতিগত প্রকৃতিবাদ
অধিবিদ্যীয় প্রকৃতিবাদ