প্রোটিনের সেট সংক্রান্ত প্রমাণাদি সাধারণ পূর্বপুরুষের স্বপক্ষের বিষয়টিকে সমর্থন করেছে। রাইবোসোম, ডিএনএ পলিমারেজ, আরএনএ পলিমারেজ এর মত গুরুত্বপূর্ণ প্রোটিনসমূহ প্রাকেন্দ্রিক কোষ, ব্যাকটেরিয়া থেকে স্তন্যপায়ীর মত জটিল কোষে পাওয়া গিয়েছে। প্রোটিনের কেন্দ্রীয় অংশ জীবনের সমস্ত শাখায় পাওয়া গিয়েছে; যা একইরকম কাজ করে। উচ্চতর জীবগুলোতে অতিরিক্ত প্রোটিন সাবইউনিট যুক্ত হয়েছে যা রেগুলেশন এবং প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়ায় প্রভাব ফেলেছে। অন্যান্য উপাদান যেমনঃ ডিএনএ, আরএনএ, অ্যামিনো এসিড, লিপিড এর দ্বিস্তর ঝিল্লী সাধারণ পূর্বপুরুষ তত্ত্বকে সমর্থন করে। বিভিন্ন জীবের প্রোটিন ক্রমবিন্যাস থেকে নির্মিত সমস্ত জীবের জন্য জাতিজনি বৃক্ষ পূর্বের ন্যায় একইরূপ হিসেবে দেখা গিয়েছে। ডিএনএ, আরএনএ এবং অ্যামিনো এসিডের কাইরালিটি সমস্ত পরিচিত জীবে সংরক্ষিত আছে। যদিও আণবিক কাইরালিটিতে ডানহাত হবে না বাহাতি হবে, তা নিয়ে কোনো উপযোগিতা নেই, তবে সরল অনুমিত সিদ্ধান্ত হলো প্রাচীন কোনো জীবে এই বাছাইকরণ হয়েছিল এলোমেলো প্রাকৃতিক নির্বাচনের মাধ্যমে এবং সাধারণ পূর্বপুরুষের মাধ্যমে তা পরবর্তী জীবগুলোতে স্থানান্তরিত হয়েছিল। "মৃত জিন", সুডোজিনের মত সময়ের সাথে সাথে মিউটেশনকে ত্বরান্বিত করার মত জাঙ্ক ডিএনএ থেকে প্রাপ্ত প্রমাণসমূহকে একাট্টা করে পূর্ববর্তী বংশধরদের বৃক্ষ নির্মাণ করতে গিয়ে সাধারণ পূর্বপুরুষ থাকার স্বপক্ষে দৃঢ় প্রমাণ পাওয়া যায়।

প্রোটিন
রঞ্জন থেকে প্রমাণ
জীবাশ্ম থেকে প্রমাণ
নির্বাচন থেকে প্রমাণ