গণ দুর্নীতি ও হোয়াইট কলার অপরাধের অভিযোগে অভিযুক্ত রাজনীতিবিদদের বিরোধী হিসাবে তার "পরিষ্কার খ্যাতি" তাকে প্রধানমন্ত্রী ভুট্টো এবং পাকিস্তান পিপলস পার্টির (পিপিপি) সমর্থন পাইয়ে দিয়েছিল। তিনি মনোনয়ন গ্রহণ করেছিলেন এবং নওয়াজ শরীফের ভারপ্রাপ্ত রাষ্ট্রপতি ও পিএমএল (এন) মনোনীত প্রার্থী ওয়াসিম সাজ্জাদের বিরুদ্ধে রাষ্ট্রপতি নির্বাচনে অংশ নিয়েছিলেন ।

পরোক্ষ ভোটের ফলস্বরূপ, ওয়াসিম সাজ্জাদের পক্ষে ১৬৮ ভোটের বিপরীতে লেগারি তার পক্ষে ২৭৪ টি ভোট পেয়েছিলেন। ১৯৯৩ সালের ১৩ নভেম্বর সরদার ফারুক লাহারি পাঁচ বছরের জন্য পাকিস্তানের রাষ্ট্রপতি হিসাবে নিযুক্ত হন। তিনি পাকিস্তানের সংবিধানের অষ্টম সংশোধনী বাতিলের প্রতিশ্রুতি দিয়েছিলেন এবং প্রধানমন্ত্রী বেনজির ভুট্টোর পক্ষে সমর্থন প্রকাশ করেছিলেন। তবে সংবিধানের অষ্টম সংশোধনী বাতিলের জন্য কোনও বিল আর উপস্থাপন করা হয়নি। দেশের আইনশৃঙ্খলা পরিস্থিতি আরও খারাপ হয়ে যায়, বিশেষ করে করাচিতে যেখানে পুলিশি অভিযানের ফলে বিভিন্ন মৃত্যু ঘটতে 

১৯৯৪-৯৫ সালে, এফআইএর নেতৃত্বে স্টিং অপারেশন দ্বারা একটি জাতীয় কেলেঙ্কারী প্রকাশ পেয়েছিল যা জাতীয় মনোযোগ আকর্ষণ করেছিল। মেহরঙ্গাতে খ্যাত, লেগারি এবং ভুট্টোর নাম সংবাদমাধ্যমে দুর্নীতি কেলেঙ্কারী হয়েছিল। তবে, পিপিপি জোর করে এফআইএর তদন্ত এবং বিচার বিভাগীয় অনুসন্ধানের পাশাপাশি মিডিয়া কভারেজকে দমন করেছে। লেগারি ভুট্টো প্রশাসনের অভ্যন্তরীণ ও বৈদেশিক নীতি সমর্থন করেছিলেন এবং জাতীয় স্তরে প্রধানমন্ত্রী ভুট্টোর উদ্যোগকে কড়া সমর্থন করেছিলেন। রাষ্ট্রপতি থাকাকালীন পাকিস্তানের রাষ্ট্রীয় সফরকালে লাহারী ভারতের প্রধানমন্ত্রী নরসিংহ রাও এবং রাণী এলিজাবেথের সাথে সাক্ষাত করেছিলেন।

১৯৯৬ সালে বেনজির ভুট্টো সঙ্গে তাঁর রাজনৈতিক সম্পর্ক অভ্যন্তরীণ রাজনীতির এবং পাকিস্তান সুপ্রীম কোর্টের বিচারক মনোনয়ন বিষয়ক নীতি পৃথক হয়ে যায়। ১৯৯৩ সালে লেগারি পাকিস্তানের প্রধান বিচারপতি হিসেবে বিচারপতি সাজ্জাদ আলী শাহকে মনোনয়নের বিষয়টি নিশ্চিত করেন যিনি পিপিপির আদর্শের নিকটতম হিসাবে পরিচিত ছিলেন। ১৯৯৪ সালে প্রধানমন্ত্রী ভুট্টো সুপ্রিম কোর্টে নিয়োগের জন্য ২০ জন প্রবীণ বিচারককে মনোনীত করেছিলেন; যার মধ্যে ১৩ টির পিপিপির সাথে রাজনৈতিক সম্পর্ক ছিল। কিছু মনোনীত বিচারক বিতর্কিত খ্যাতি আইনি চক্রের বিচারক এবং বিচারকার্য অনুশীলন করেননি। পিপিপি সরকার প্রধান বিচারপতি শাহকে মনোনয়নের বিরুদ্ধে আপিল করা থেকে বিরত রাখতে চাপ দিতে শুরু করে। রাষ্ট্রপতি লেগারি প্রধান বিচারপতি শাহকে এই নিয়োগ ও নিশ্চিতকরণের বিষয়ে সমর্থন দিয়েছিলেন যা প্রধানমন্ত্রী ভুট্টোকে সমস্যা সৃষ্টি করেছিল, যিনি প্রধান বিচারপতি শাহের ষড়যন্ত্র হিসাবে দেখছিলেন। হাই কোর্টে অতিরিক্ত বিচারকদের নিশ্চয়তার বিষয়ে কুখ্যাতি লেগারির ভাবমূর্তিটিকে আরও খারাপভাবে নিয়োগ দেয় কারণ এই নিয়োগকে "অনুপযুক্ত" হিসাবে দেখা হয়েছিল। 

প্রধানমন্ত্রী ভুট্টো সঙ্গে পরিস্থিতির আরও ছড়ানোর যখন প্রেসিডেন্ট লেগারি জ্যেষ্ঠ মন্ত্রীদের 'দুর্নীতি ও জড়িত থাকার বিষয় ও আসিফ আলী জারদারির বিনিয়োগমন্ত্রী নিয়োগে দুর্নীতির অভিযোগ উত্থাপন করেন। প্রধানমন্ত্রী ভুট্টো লেগারীর জড়িত থাকার ইঙ্গিত দিলেও ১৯৯৬ সালে মুর্তজা ভুট্টোর বিতর্কিত হত্যাকাণ্ডে লেগারি বেনজির ভুট্টো ও আসিফ জারদারীর জড়িত থাকার সন্দেহ করেছিলেন। ১৯৯৬ সালের অক্টোবর-নভেম্বর এ সমস্যা সমাধানের জন্য রাষ্ট্রপতি লেগারি ও প্রধানমন্ত্রী ভুট্টোর মধ্যে বেশ কয়েকটি বৈঠক হয় তবে দু'পক্ষ গোয়েন্দা সম্প্রদায়ের একে অপরের বিরুদ্ধে ব্যবহার করে। অর্থনৈতিক মন্দা পরিস্থিতি আরও বাড়িয়ে তোলে এবং রাষ্ট্রপতি লেগারি অবাক হয়ে দুর্নীতি, অর্থনৈতিক মন্দা, অনাচার এবং অতিরিক্ত বিচারিক হত্যার অভিযোগে সংবিধানের অষ্টম সংশোধনী পাস করে বেনজির প্রশাসনকে অবাক করে দিয়েছিলেন। 

পদত্যাগ
পাকিস্তানের রাষ্ট্রপতি
সিভিল সার্ভিস এবং রাজনীতি
জীবনী