আওরঙ্গজেবের শাসনকালে শুরুতে বেশ কিছু বিচ্ছিন্নতাবাদী শিখ দলবদ্ধ হয়ে মুঘল সেনাবাহিনীর সাথে রক্তক্ষয়ী যুদ্ধে জড়িয়ে পড়েছিল। গুরু তেগ বাহাদুর তার পূর্বসূরিদের মতো অন্যান্য ধর্মালম্বীদের ইসলাম ধর্মে ধর্মান্তরিত করার বিরোধিতা করতেন। শিখ ধর্ম গুরুর ক্রমবর্ধমান জনপ্রিয়তা কে সাম্রাজ্যের প্রতি হুমকি মনে করে আওরঙ্গজেব ১৬৭০ সালে তাকে মৃত্যুদন্ডে দন্ডিত করেছিলেন। এই ঘটনা সিকদের অত্যান্ত প্রকুপিত করেছিল। গুরু তেগ বাহাদুর এর পুত্র এবং উত্তরসূরী গুরু গোবিন্দ সিং তার অনুসারীদের আরো বেশি জঙ্গি ভাবাপন্ন করে তোলেন। গুরু গোবিন্দ সিং আওরঙ্গজেবের মৃত্যুর আট বছর পূর্বে ১৬৯৯ সালে খালসা প্রতিষ্ঠা করেন। ১৭০৫ সালে গুরু গোবিন্দ সিং জাফরনামা নামে একটি চিঠি সম্রাট আওরঙ্গজেব কে প্রেরণ করেছিলেন। এই চিঠি ওরঙ্গজেবের নিষ্ঠুরতা ও কিভাবে তিনি ইসলামের সাথে বিশ্বাসঘাতকতা করেছিলেন তার প্রতি আলোকপাত করেছিল। এই চিঠি আওরঙ্গজেবের ভিতর কষ্ট এবং অনুশোচনার জন্ম দিয়েছিল। ১৬৯৯ সালে গুরু গোবিন্দ সিং এর খালসা প্রতিষ্ঠিত 
পরবর্তীতে একটি পৃথক শিখ কনফেডারেশন এবং আরো পরে একটি শিখ সাম্রাজ্য প্রতিষ্ঠা করেছিল।

সামরিক অভিযান এবং প্রশাসন
শিখ বিরোধিতা
স্থাপত্য
ইংরেজদের সাথে সম্পর্ক