আরঘুনরা শেষ পর্যন্ত আফগানিস্তানের তাদের অংশের নিয়ন্ত্রণ তিমুরিড রাজকুমার বাবরের কাছে হারিয়ে ফেলল, যিনি উজবেকদের দ্বারা ট্রান্সসিয়ানা থেকে বিতাড়িত হয়ে হুসেন বায়কারাহের রাজ্যে দক্ষিণে যাত্রা করেছিলেন। ১৫০১/১৫০২ সালে মুকিম শান্তভাবে কাবুলের অধীনে অধিগ্রহণ করেছিলেন, যা এর শাসক উলুগ বেগ দ্বিতীয়ের মৃত্যুর পরে বিশৃঙ্খলা সৃষ্টি করেছিল। এটি মূলত বাবর করেছিলেন, যিনি ১৫০৪ সালে অবরোধ করেছিলেন এবং শহর দখল করেছিলেন; মুকিম কান্দাহারে ফিরে যান।

ধুল-নুন বেগের মৃত্যুর পরে বাবর সিদ্ধান্ত নিয়েছিলেন যে যতক্ষণ শাহ বেগ এবং মুকিম কান্দাহারে রয়েছেন ততক্ষণ তারা তাদের জন্য হুমকি হিসাবে থাকবে। ১৫০৭ বা ১৫০৮ সালে তিনি তাদের আক্রমণ করেছিলেন, তবে ভাইরা উজবেক মুহাম্মদ শায়বানীর কাছে জমা দিতে সম্মত হয়ে তাদের অবস্থানটি রক্ষা করেছিল। পরবর্তী বছরগুলোতে বাবরউজবেকদের বিরুদ্ধে সমরকন্দ পুনরায় ফিরে পেতে যুদ্ধ করাায় অতিবাহিত শাহ বেগ এবং মুকিম অবকাশ পাান।

শাহ বেগ আরঘুন অবশ্য অনুধাবন করেছেন যে দীর্ঘমেয়াদে বাবরের বিরুদ্ধে কান্দাহারকে ধরে রাখা অসম্ভব। ১৫২০ সালে একটি নতুন শক্তি কেন্দ্র প্রতিষ্ঠার আশায় তিনি সিন্ধ আক্রমণ করেছিলেন, যেখানে জাম ফিরোজের অধীনে সাম্ম রাজবংশ লড়াই করছিল। শাহ বেগ জাম ফিরোজের সেনাবাহিনীকে পরাজিত করেন এবং থট্টাকে বরখাস্ত করতে এগিয়ে যান। উভয় পক্ষই একটি শান্তিতে সম্মত হয়, যেখানে শাহ বেগ সিন্ধুর উপরের অর্ধেক (থট্টা) অর্জন করেছিলেন এবং সাম্মারা নিম্নার্ধ (বক্কুর) ধরে রেখেছিল। জাম ফিরোজ প্রায় সঙ্গে সঙ্গে এই চুক্তিটি ভেঙে দেয়, তবে শাহ বেগের কাছে পরাজিত হন এবং গুজরাটে পালিয়ে যেতে বাধ্য হন। এটি সিন্ধুতে সামা শাসনের সমাপ্তি চিহ্নিত করেছিল, কারণ শাহ বেগ পুরো অঞ্চলটির নিয়ন্ত্রণ অর্জন করেছিলেন।

তারখান শাখা
সিন্ধুর আরঘুন রাজবংশ
বাবরের সাথে যুদ্ধ
কান্দাহারের গভর্নর আরঘুন