তৃতীয় খলিফা উসমানের হত্যাকান্ডের পর মদিনার সাহাবিরা আলিকে খলিফা মনোনীত করেন। আলি কয়েকজন প্রাদেশিক গভর্নরকে পদচ্যুত করেন। তাদের মধ্যে কেউ কেউ উসমানের আত্মীয় ছিল। তাদের স্থলে মালিক আল আশতার ও সালমান ফারসির মত আস্থাভাজনদের নিয়োগ দেন। এরপর আলি তার রাজধানী মদিনা থেকে সরিয়ে বর্তমান ইরাকে অবস্থিত মুসলিম গেরিসন শহর কুফায় নিয়ে যান।

জনগণের মধ্য থেকে উসমান হত্যার বিচারের জন্য দাবি উঠতে থাকে। যুবাইর ইবনুল আওয়াম, তালহা ইবন উবাইদিল্লাহ ও মুহাম্মদ এর বিধবা স্ত্রী আয়েশা বিনতে আবু বকরের অধীনে একটি বড় আকারের সেনাবাহিনী বিদ্রোহ করে লড়াইয়ের জন্য এগিয়ে যায়। সেনারা বসরা পৌছে এটি অধিকার করে এবং প্রায় ৪০০০ সন্দেহভাজন রাষ্ট্রদ্রোহীকে হত্যা করা হয়। এরপর আলি বসরার দিকে এগিয়ে যান এবং খলিফার সেনাবাহিনী প্রতিপক্ষের মুখোমুখি হয়। আলি বা তালহা ও যুবায়ের কেউ লড়াইয়ে আগ্রহী ছিলেন না তবুও রাতের বেলা দুই বাহিনীর মধ্যে যুদ্ধ বেধে যায়। সুন্নি উৎস মতে যেসব বিদ্রোহীরা উসমানকে হত্যা করেছিল তারাই লড়াই শুরু করে কারণ তারা আলি ও বিরোধী সেনাদের আলোচনার কারণে ধরা পড়ার ভয়ে ছিল। এটি ইতিহাসে মুসলিমদের মধ্যে সংঘটিত প্রথম যুদ্ধ এবং এটি উটের যুদ্ধ বলে পরিচিত। আলির অধীন বাহিনী বিজয়ী হয় এবং বিরোধ মিটিয়ে ফেলা হয়। মুহাম্মদ এর ঘনিষ্ঠ সাহাবি তালহা ও যুবায়ের যুদ্ধে নিহত হন। আয়েশাকে মদিনায় পাঠানোর জন্য আলি তার পুত্র হাসান ইবনে আলিকে প্রেরণ করেন।

এ ঘটনার পর উসমানের হত্যার প্রতিশোধ নেয়ার জন্য আবার গুঞ্জন উঠে। এবার উসমানের আত্মীয় মুয়াবিয়া এ দাবি তোলেন। তিনি সিরিয়ার গভর্নর ছিলেন। আলি ও মুয়াবিয়ার মধ্যে সিফফিনের যুদ্ধ হয়। কিন্তু বিরোধ মীমাংসার জন্য নিযুক্ত আমর ইবনুল আস মুয়াবিয়ার প্রতি নিজের সমর্থন ব্যক্ত করায় তাকে হার মানতে হয়। এরপর আলি ও বিদ্রোহী খারিজিদের মধ্যে নাহরাওয়ানের যুদ্ধ হয়। তারা প্রথমে আলির সমর্থক থাকলেও মীমাংসার ব্যাপারে নিজেদের অমত থাকায় আলি ও মুয়াবিয়া উভয়ের বিরুদ্ধে চলে যায়। আলির সেনারা খিলাফতের বড় অঞ্চলের মুয়াবিয়ার কাছে হারিয়ে ফেলে। এসময় সিসিলি, উত্তর আফ্রিকা, স্পেনের উপকূল অঞ্চল ও আনাতোলিয়ার কিছু দুর্গ অন্য সাম্রাজ্যের হস্তগত হয়।

৬৬১ খ্রিষ্টাব্দে ইবনে মুলজাম নামক ব্যক্তি আলিকে হত্যা করে। বিপক্ষের সকল নেতাকে হত্যা করার খারিজিদের পরিকল্পনামাফিক তাকে হত্যা করা হয়। তবে তারা মুয়াবিয়া ও আমর ইবনুল আসকে হত্যা করতে ব্যর্থ হয়।

আলির (রা:) পুত্র ও মুহাম্মদ এর দৌহিত্র হাসান ইবনে আলি খিলাফতের জন্য মনোনীত হলেও খলীফা হতে পারেন নি। মুসলিমদের বিবাদমান দুই দলের মধ্যে বিবাদ নিরসনের জন্য তিনি মুয়াবিয়ার সাথে চুক্তিতে আসেন। মুয়াবিয়া খিলাফতের দায়িত্ব পান এবং উমাইয়া খিলাফতের গোড়াপত্তন করেন। এর মাধ্যমে রাশিদুন খিলাফতের সমাপ্তি হয়।

আনাতোলিয়া অধিকার
সংকট ও ভাঙন
সামরিক বাহিনী
উসমানের নির্বাচন