ওসামা বিন লাদেন এই হামলার নেপথ্যে ছিলেন বলে ধারণা করা হয় এবং শুরুতে তিনি তার জড়িত থাকার ব্যাপারে অস্বীকৃতি জানালেও পরে তিনি তার মিথ্যা বক্তব্যকে অমূলক বলে উল্লেখ করেন। আল জাজিরা ২০০১ সালের ১৬ই সেপ্টেম্বর এক প্রতিবেদনে বিন লাদেনের এক বক্তব্য প্রচার করে, যেখানে তিনি বলেন, "আমি জোড় দিয়ে বলছি যে আমি এই কাজ করিনি, মনে হয় কেউ তার ব্যক্তিগত উদ্দেশ্য হাসিল করার লক্ষ্যে এই হামলা চালিয়েছেন।" ২০০১ সালের নভেম্বর মাসে মার্কিন সেনাবাহিনী আফগানিস্তানের জালালাবাদ থেকে একটি ভিডিওটেপ উদ্ধার করেন। ভিডিওতে দেখা যায় বিন লাদেন খালেদ আল-হারবির সাথে কথা বলছেন এবং এই হামলার সম্পর্কে তার জানার বিষয়টি স্বীকার করছেন। ২০০১ সালের ২৭শে ডিসেম্বর বিন লাদেনের আরেকটি ভিডিও প্রকাশিত হয়। এই ভিডিওতে তিনি বলেন:

আল-কায়েদা
ওসামা বিন লাদেন
খালিদ শেখ মোহাম্মদ
উদ্দেশ্য