১৯৮৮ সালে ইয়োহান ক্রুইফ ম্যানেজার হিসেবে দলে ফিরে আসেন। তিনি পেপ গার্দিওলা, হোসে মারি বাকেরো, জিকি বেগিরিস্তেইনের মত স্পেনীয় খেলোয়াড়দের এবং রোনাল্দ কোয়ম্যান), মাইকেল লওড্রাপ এবং রোমারিওর মত আন্তর্জাতিক তারকাদের একত্রিত করেন। তার অধীনে ১৯৯১ থেকে ১৯৯৪ সাল পর্যন্ত টানা চার মৌসুমে বার্সেলোনা লা লিগা শিরোপা জিতে। তারা ১৯৮৯ সালে কাপ উইনার্স কাপের ফাইনালে এবং ১৯৯২ সালে ইউরোপীয় কাপের ফাইনালে স্যাম্পদোরিয়াকে হারায়। এছাড়া তারা, ১৯৯০ সালে কোপা দেল রে, ১৯৯২ সালে ইউরোপীয়ান সুপার কাপ এবং তিনটি স্পেনীয় সুপার কোপা জিতে। ২০১১ সালে গার্দিওলার দায়িত্ব গ্রহণের আগ পর্যন্ত মোট ১১টি শিরোপা নিয়ে ইয়োহান ক্রুইফ বার্সেলোনার সবচেয়ে সফল ম্যানেজার ছিলেন। তিনি টানা আট বছর বার্সেলোনার ম্যানেজারের দায়িত্বে ছিলেন। ক্রুইফের শেষ দুই মৌসুমে বার্সেলোনা কোন শিরোপার দেখা পায়নি। ফলে ম্যানেজারের দায়িত্ব থেকে ক্রুইফ সরে দাড়ান।

ইয়োহান ক্রুইফের প্রস্থানের পর দলের ম্যানেজারের দায়িত্ব দেওয়া হয় ববি রবসনকে। তিনি শুধুমাত্র ১৯৯৬–৯৭ মৌসুমেই ম্যানেজারের দায়িত্ব পালন করেন। এ সময় বার্সেলোনা চুক্তি করে রোনালদোর সাথে। কোপা দেল রে, উয়েফা কাপ উইনার্স কাপ এবং স্পেনীয় সুপার কোপা জেতার মাধ্যমে মৌসুম শেষ করে বার্সেলোনা। পরের মৌসুমে বার্সেলোনার ম্যানেজারের দায়িত্ব নেন লুইস ফন গাল। ১৯৯৮ সালে বরুসিয়া ডর্টমুন্ডকে হারিয়ে উয়েফা সুপার কাপ শিরোপা জিতে বার্সেলোনা। এছাড়া তারা কোপা দেল রে এবং লা লিগা শিরোপাও জিতে। ১৯৯৯ সালে রিভালদোকে ইউরোপীয় বর্ষসেরা ফুটবলারের পুরস্কার দেওয়া হয়। এতে করে তিনি বার্সেলোনার চতুর্থ খেলোয়াড় হিসেবে এই পুরস্কার জেতার কৃতিত্ব অর্জন করেন। ঘরোয়া লীগে সাফল্য পেলেও চ্যাম্পিয়ন্স লীগে বারবার ব্যর্থ হওয়ার কারণে ২০০০ সালে ফন গাল এবং নুনেজ পদত্যাগ করেন।

ড্রিম টিম
ক্রেস্ট এবং শার্ট
এল ক্ল্যাসিকো
গার্দিওলা যুগ (২০০৮–২০১২)