১৯০৯ সালে রজনীকান্ত কণ্ঠনালীর প্রদাহজনিত কারণে সমস্যা ভোগ করতে থাকেন। আর্থিক সঙ্কট প্রকট আকার ধারণ করা সত্ত্বেও একই বছরের ১০ সেপ্টেম্বর তারিখে তাকে জোরপূর্বক কলকাতায় প্রেরণ করেন পরিবারের সদস্যরা। একজন ব্রিটিশ ডাক্তার তাকে পরীক্ষা-নিরীক্ষা করেন ও তার "ল্যারিঙ্কস্‌ ক্যানসার" হয়েছে বলে সনাক্ত করেন। অতঃপর তিনি কলকাতার বিভিন্ন প্রথিতযশা ডাক্তারের শরণাপন্ন হন। কিন্তু তার অবস্থার আর উত্তরণ হয়নি, বরঞ্চ উত্তরোত্তর অবনতি হতে থাকে।

শেষ আশ্রয় হিসেবে বারাণসীতে ঈশ্বরের কাছ থেকে প্রকৃতি প্রদত্ত আরোগ্য লাভের আশায় বেশ কয়েকমাস ব্যয় করেন। এ ব্যয়ভার বহনের লক্ষ্যে খুবই বিষাদ চিত্তে তার প্রকাশিত "বাণী" এবং "কল্যাণী" বই দু'টোর গ্রন্থস্বত্ত্ব বিক্রী করে দিতে বাধ্য হন তিনি। কলকাতায় পুণরায় ফিরে আসলেও শারীরিক অবস্থা ক্রমশঃ আরো ভেঙ্গে পড়ে। অতঃপর তিনি ১০ ফেব্রুয়ারি, ১৯১০ তারিখে ক্যাপ্টেন ডেনহ্যাম হুয়াইটের তত্ত্বাবধানে কলকাতা মেডিক্যাল কলেজ ও হাসপাতালে "ট্রাকিওটোমি অপারেশন" করান। এরফলে তিনি কিছুটা আরোগ্য লাভ করলেও চীরতরে তার বাকশক্তি হারান। অপারেশন পরবর্তী জীবনের বাকী দিনগুলোয় হাসপাতালের কটেজ ওয়ার্ডে ব্যয় করেন।

হাসপাতালে থাকাকালীন তিনি তার দৈনিক দিনলিপি বা ডায়রী সংরক্ষণ করতেন। এছাড়াও, আত্মজীবনী লিখতে শুরু করলেও একটিমাত্র অধ্যায়েই তা শেষ হয়ে যায় মৃত্যুজনিত কারণে। কিছু কবিতাপ্রেমী ব্যক্তিত্ব এবং কলকাতা মেডিক্যাল কলেজের ছাত্ররা তার দেখাশোনা ও খোঁজ-খবর নিতেন। মহারাজা মনীন্দ্র চন্দ্র নন্দী এবং শরৎ কুমার রায় তাকে আর্থিক দিক দিয়ে যথাসাধ্য সহযোগিতা করেন। স্মর্তব্য যে, ১১ জুন, ১৯১০ তারিখে বিশ্বকবি রবীন্দ্রনাথ ঠাকুর রজনীকান্ত সেনকে দেখার জন্যে হাসপাতাল পরিদর্শন করতে গিয়েছিলেন। তখন রজনী'র লিখিত একটি গান তার পুত্র "ক্ষিতীন্দ্রনাথ" এবং কন্যা "শান্তিবালা" হারমোনিয়াম সহযোগে গাচ্ছিলেন। রজনী বিশ্বাস করতেন যে, ঈশ্বর তাকে ব্যথা-বেদনা দিয়ে তার পবিত্র আত্মাকে শুদ্ধ করছেন। এ বিশ্বাসটুকু তার অন্তঃশক্তি প্রদান করে শারীরিকভাবে ব্যথা থেকে সাময়িক বিমুক্ত রাখতে সহায়ক ভূমিকা পালন করছে। তাকে আত্মনিমগ্ন রেখে এ গান রচনা করতে সাহায্য করেছে। রবীন্দ্রনাথ ঠাকুরের সাথে ঐদিন সাক্ষাতের প্রতিফলন হিসেবে নিম্নবর্ণিত গানটি রচনা করেছেন রজনীকান্ত সেন।

তারপর তিনি গানটিকে কবিতা আকারে বোলপুরে রবীন্দ্রনাথের কাছে পাঠিয়ে দেন। উষ্ণপ্রকৃতির এ কবিতা হাতে পেয়ে রবিঠাকুর ৩০ জুলাই একটি চিঠি লেখেন। তাতে তিনি রজনী'র ব্যাপক সাহিত্য প্রতিভা এবং গৌরবময় ভূমিকার কথা সবিশেষভাবে উল্লেখ করেন। এর মাধ্যমেই তার অন্তরাত্মা শক্তি ও সাহস জুগিয়ে সর্বপ্রকার ব্যথা-বেদনা থেকে মুক্ত থাকবে বলে ব্যক্ত করেন। এ সময়ে তিনি বেশ কিছু আগমণী এবং বিজয়া'র গান রচনা করেন।

ব্যঙ্গ কবিতা
স্বীকৃতি
শেষ দিনগুলোয়
কবিতা