৩১ ডিসেম্বর ১৯৮১ সালে পেরেজ, কার্ট ওয়াল্ডহেইমের উত্তরসূরী হিসেবে জাতিসংঘের ৫ম মহাসচিব নির্বাচিত হন এবং ১৯৮৬ সালে দ্বিতীয় মেয়াদে তিনি পুনঃনির্বাচিত হন। হাভিয়ার পেরেজ দ্য কুয়েলার ইরাক ও ইরানের মধ্যে আট বছর ধরে চলা যুদ্ধের সময় জাতিসংঘের মহাসচিব ছিলেন। ওই সময় এই দুই দেশের যুদ্ধবিরতির জন্য কাজ করেন। তিনি ১৯৮১ সালের ১ জানুয়ারি থেকে ১৯৯১ সালের ৩১ ডিসেম্বর পর্যন্ত জাতিসংঘের মহাসচিবের দায়িত্ব পালন করেন।

পরবর্তী জীবন ও মৃত্যু
জাতিসংঘের মহাসচিব
পেরুর প্রধানমন্ত্রী ও প্রেসিডেন্ট নির্বাচন
কুটনীতিক জীবন