এই বিল পাশের পর বিভিন্ন ধরনের সমালোচনা এবং বিক্ষোভ হয়। ভারতের পূর্বাঞ্চলের বিক্ষোভকারীরা উদ্বাস্তু এবং অভিবাসীদের যে কোন প্রকার নাগরিকত্ব দেওয়ার বিরুদ্ধে বিক্ষোভ শুরু করেন। তাদের মতে এই সংশোধনী বাংলাদেশ থেকে আরও বহু শরণার্থীকে এদেশে চলে আসতে প্রণোদনা দেবে। বিক্ষোভকারীদের বক্তব্য অনুযায়ী দশক ধরে চলা অভিবাসনের ফলে ইতিমধ্যে স্থানীয় মানুষরা তাদের ভূমি, রাজনৈতিক পরিচয় এবং সাংস্কৃতিক অধিকার ক্ষতিগ্রস্থ হওয়ার ঝুঁকিতে পড়েছে। তারা আরো জানিয়েছে এই সংশোধনী পূর্বোক্ত আসাম চুক্তির বিরোধী। ভারতের অন্যান্য অঞ্চলের শিক্ষার্থী এবং রাজনৈতিক বিক্ষোভকারীরা উদ্বিগ্ন যে নতুন আইনটি মুসলমানদের সাথে বৈষম্যমূলক আচরণ করে এবং ধর্মনিরপেক্ষ রাষ্ট্র হিসেবে ভারতীয় নাগরিকত্বও মুসলিম শরণার্থী এবং অভিবাসীদের পাওয়া উচিত। 

২০১৯ সালের ৪ ডিসেম্বর এ বিল অনুমোদনের পর আসামের গুয়াহাটিতে এবং অন্যান্য রাজ্যে সহিংস বিক্ষোভ ছড়িয়ে পড়ে। ত্রিপুরা রাজ্যের রাজধানী আগরতলায়ও বিক্ষোভ চলমান থাকে। সংশোধনীর বিরুদ্ধে বিক্ষোভ চলার সময় ছয় জন মানুষ মারা যায় এবং পঞ্চাশ জন আহত হয়। অসমে নারী বিক্ষোভকারীরা বলেছেন যে তারা বাংলাদেশ অভিবাসী নয় বরং শান্তি প্রত্যাশী। এবং অভিবাসনের ঢলের কারণে তাদের সংস্কৃতি ক্ষতিগ্রস্থ হচ্ছে।

আসামের বিভিন্ন রাজ্যে ইন্টারনেট পরিষেবা বন্ধ রাখা হয়। বিক্ষোভের কারণে আসাম এবং ত্রিপুরাতে কারফিউ জারি করা হয়। ত্রিপুরার অভিজাত পরিবার ভারতের সর্বোচ্চ আদালতে একটি পিটিশন দাখিল করে। বিক্ষোভকারীরা এ কারফিউ ভাঙ্গার চেষ্টা করার জন্য সেনাবাহিনীকে তলব করা হয়। রেলওয়ের সরকারী হিসেব মতে গুয়াহাটিতে পুলিশের সাথে সংঘর্ষের সময় দুইজন মানুষ নিহত হয়

ভারতের কলকাতা, দিল্লী, মুম্বাই, বেঙ্গালুরু, হায়েদ্রাবাদ, এবং জয়পুরের মত মহানগরীতে তীব্র বিক্ষোভ হয়। কেরালা এবং কর্ণাটকের মত উত্তরাঞ্চলের রাজ্যগুলোতে ছোটপরিসরে মিছিল হয়।

ভারতের রাজধানী দিল্লির মুসলিম অধ্যুষিত অঞ্চল গুলোতে সহিংস বিক্ষোভ শুরু হয়; যার মুখপাত্র চৌধুরী মতিন বলেন, "মানুষ বিক্ষোভ করছে কারণ এই সংশোধনীর দ্বারা মুসলিমদের সাথে বৈষম্য করা হয়েছে। বিক্ষোভকারীরা দাবি করেন মুসলিম অধিবাসী এবং উদ্বাস্তু দেরকেও ভারতীয় নাগরিকত্ব দিতে হবে। বিক্ষোভ চলাকালীন সময়ে ১৫ ডিসেম্বর জামিয়া মিলিয়া ইসলামিয়া বিশ্ববিদ্যালয়ে পুলিশ জোরপূর্বক প্রবেশ করে। পুলিশ ছাত্রদের উপর টিয়ার গ্যাস এবং লাঠিচার্জ করে। শতাধিক শিক্ষার্থী আহত হয় এবং সমপরিমাণ শিক্ষার্থী গ্রেপ্তারকৃত হয়। পুলিশের এই লাঠিচার্জ তীব্রভাবে সমালোচিত হয় এবং আন্দোলন ছড়িয়ে পড়ে পুরো দেশে।

বিক্ষোভ
বিল প্রণয়নের ইতিহাস
অমুসলিম দেশ বর্জন
প্রতিক্রিয়া