১৯৮১ সালে আয়মান আল-জাওয়াহিরি প্রেসিডেন্ট আনোয়ার সাদাতকে গুপ্তহত্যার অভিযোগে অন্যান্য অনেকের মতো গ্রেফতার হন। প্রথমদিকে পরিকল্পনাটি নড়বড়ে হয়ে গিয়েছিল, যখন একজন গুরুত্বপূর্ণ উচ্চপদস্থ বন্দীর তথ্যের ভিত্তিতে আল-জিহাদের পরিকল্পনার ব্যাপারে মিসর সরকারকে সতর্ক করা হয়েছিল এবং এর ভিত্তিতে ১৯৮১ সালের ফেব্রুয়ারিতে প্রেসিডেন্ট সাদাত আল-জিহাদের অগণিত সদস্যসহ ১৫০০ এর অধিক মানুষকে গ্রেফতারের নির্দেশ দিয়েছিলেন। কিন্তু তিনি সামরিক নেতৃত্বে থাকা লেফটেন্যান্ট খালিদ ইসলামবুলিকে লক্ষ্য করতে পারেননি। খালেদ ১৯৮১ সালের অক্টোবরে একটি সামরিক কুচকাওয়াজের সময় সাদাতকে হত্যা করতে সক্ষম হন। জাওহিরির আইনজীবী মুনতাসির আল-যায়াত বলেন, জাওয়াহিরি জেলখানায় নির্যাতিত হয়েছিলেন।

আল-যায়াত তার বই "Al-Zawahiri as I Knew Him" () বইয়ে আল-জাওয়াহিরি মিসরীয় পুলিশ দ্বারা নির্যাতিত হবার কথা উল্লেখ করেছেন। যখন তাকে ১৯৮১ সালে সাদাতহত্যার সাথে সংযুক্ত হবার অভিযোগে গ্রেফতার করা হয়। তখন আল-জাওয়াহিরি আল-জিহাদের মাদি শাখার নেতৃস্থানীয় ব্যক্তি ইসসাম আল-কামারির গোপন অবস্থান প্রকাশ করে দেন, যা ইসসামকে বন্দিত্ব, এমনকি ফাঁসি পর্যন্ত নিয়ে যায়।

১৯৯৩ সালে আল-জাওয়াহিরি এবং মিসরীয় ইসলামি জিহাদ (ইআইজে) মিসরীয় অন্তর্বর্তীকালীন সরকার হাসান আল-আলফি; যিনি মিসরে ইসলামপন্থীদের হত্যাকান্ড প্রচেষ্টায় নেতৃত্ব দিচ্ছিলেন, তার উপর আত্মঘাতী বোমা হামলা পরিচালনার জন্য ইরানের সাথে যোগাযোগ করেন। এটি ব্যর্থ হয়। তদ্রুপ এর তিনমাস পর হওয়া মিসরীয় প্রধানমন্ত্রী আতেফ সিদকিকে গুপ্তহত্যার চেষ্টাও ব্যর্থ হয়। এই বোমা হামলায় ২১ মিসরীয় আহত হয় এবং সায়মা আব্দুল হালিম নাম্নী এক স্কুলছাত্রী নিহত হয়। তারা এটা আল জামায়াতুল ইসলামিয়্যাহ নামক দুই বছরে দুইশতের উপর জনসাধারণকে হত্যা করা আরেকটি ইসলামি দলকে অনুসরণ করে করেছে। সায়মা আব্দুল হালিমের দাফনকার্য জনসম্মুখে প্রদর্শন করা হয়। তার কফিন নিয়ে কায়রোর রাস্তায় ভিড় হয়ে যায়। এবং জনগণ চিৎকার করে বলতে থাকে, "সন্ত্রাসবাদীরা প্রভুর শত্রু"। পুলিশ ২৮০ থেকেও অধিক আল-জিহাদের সদস্যদের গ্রেফতার করে এবং ছয়জনকে ফাঁসি দেয়।

নব্বইয়ের দশকে আল-জিহাদের মিসরীয় সরকারবিরোধী কর্মকান্ডের জন্য ১৯৯৯ সালে আলবেনিয়া ফেরত আইনের অধীনে আল-জাওয়াহিরি এবং তার ছোট ভাই মুহাম্মাদ আল-জাওয়াহিরিকে আদালত মৃত্যুদণ্ড দেয়।

প্রাথমিক জীবন
মিসর
বিবাহ এবং সন্তানাদি
সংগঠনভিত্তিক