তালেবান শাসন সমাপ্ত হওয়ার পর ২০০২ খ্রিষ্টাব্দের এপ্রিলে জহির শাহ লয়া জিরগা শুরু করার জন্য আফগানিস্তান আসেন। এরপর জুন মাসে লয়া জিরগার অধিবেশন বসেছিল। তালেবান শাসন সমাপ্ত হওয়ার পর রাজতন্ত্র ফিরিয়ে আনার জন্য অনেক আহ্বান এসেছিল। জহির শাহ লয়া জিরগা কর্তৃক তাকে দেয়া যেকোনো দায়িত্ব মেনে নেবেন বলে ঘোষণা দেন। তবে লয়া জিরগার অধিকাংশ প্রতিনিধি যুক্তরাষ্ট্র সমর্থিত হামিদ কারজাইয়ের বদলে তার পক্ষে ভোট দেয়ার পক্ষে ছিল, ফলে যুক্তরাষ্ট্রের চাপে তিনি সরে দাড়ান। তবে রাষ্ট্রপ্রধান হওয়ার প্রস্তুতিকালে তিনি বলেছিলেন যে: "লয়া জিগরা দাবি করলে আমি রাষ্ট্রপ্রধানের দায়িত্ব গ্রহণ করব, তবে আমার রাজতন্ত্র ফিরিয়ে আনার ইচ্ছা নেই। আমি বাদশাহ উপাধির জন্য ইচ্ছুক নই। জনগণ আমাকে বাবা বলে এবং আমি এই উপাধি আশা করি।" আফগানিস্তানের বর্তমান সংবিধানে তাকে "জাতির পিতা" উপাধিতে ভূষিত করা হয়েছে।

হামিদ কারজাই আফগানিস্তানের রাষ্ট্রপতি হন। জহির শাহর আত্মীয় ও সমর্থকদের অন্তর্বর্তীকালীন সরকারে বিভিন্ন পদ দেয়া হয়েছিল। জহির শাহ তার পুরনো প্রাসাদে ফিরে যান। ২০০২ খ্রিষ্টাব্দের অক্টোবরে ফ্রান্সে সফরের সময় তিনি বাথরুমে পা পিছলে পড়ে যান। এতে তার বুকের হাড় আঘাতপ্রাপ্ত হয়। পরের বছর ২০০৩ এর ২১ জুন ফ্রান্সে স্বাস্থ্যপরীক্ষার সময় সফরে গেলে সেখানে তার ফিমার ভেঙে যায়।

২০০৪ খ্রিষ্টাব্দের ৩ ফেব্রুয়ারি অন্ত্রের চিকিৎসার জন্য ভারতের নয়াদিল্লিতে আসেন। তিনি দুই সপ্তাহ পর্যন্ত হাসপাতালে ছিলেন এবং এরপর নয়াদিল্লিতে পর্যবেক্ষণে ছিলেন। গরমের জন্য নাক থেকে রক্তপাতের কারণে ১৮ মে তাকে সংযুক্ত আরব আমিরাতের হাসপাতালে নিয়ে আসা হয়।

২০০৪ খ্রিষ্টাব্দের ৭ ডিসেম্বর হামিদ কারজাইয়ের শপথ অনুষ্ঠানে জহির শাহ উপস্থিত ছিলেন। জীবনের শেষের দিকে তিনি খুব দুর্বল হয়ে পড়েছিলেন। তার দুর্বল স্বর শোনার জন্য এসময় তার কলারে মাইক্রোফোন লাগিয়ে রাখা হত। ২০০৭ খ্রিষ্টাব্দের জানুয়ারি জহির শাহ মারাত্মক অসুস্থ হয়ে পড়ে শয্যাশায়ী হন।

আফগান রাজনীতিতে প্রত্যাবর্তন
পরিবার
পরিবার ও প্রারম্ভিক জীবন
মৃত্যু