১৮৮০ খ্রিষ্টাব্দের ২২ জুলাই অনুষ্ঠিত দরবারে আবদুর রহমান খানকে আনুষ্ঠানিকভাবে আমির ঘোষণা করা হয়। তিনি তার বৈদেশিক নীতি ব্রিটিশদের অণুকূলে পরিচালনা করবেন শর্তে তাকে অস্ত্র ও অর্থ সহায়তার নিশ্চয়তা দেয়া হয় এবং ভবিষ্যতে কোনো বিদেশি আগ্রাসনের সময় অনুরূপ অতিরিক্ত প্রয়োজন হলে তাও প্রদানের প্রতিশ্রুতি দেয়া হয়। শর্ত সাপেক্ষে ব্রিটিশরা আফগানিস্তান ত্যাগ করে। ১৮৮১ খ্রিষ্টাব্দে ব্রিটিশরা তার হাতে কান্দাহার সমর্পণ করে।

শের আলি খানের পুত্র আইয়ুব খান ১৮৮০ খ্রিষ্টাব্দের জুলাই মাসে আবদুর রহমান খানের বাহিনীকে পরাজিত করে হেরাত দখল করেন। আবদুর রহমান খান কাবুল থেকে অগ্রসর হন। দুই বাহিনী কান্দাহারের নিকটে মুখোমুখি হয়। এতে আবদুর রহমান খান জয়ী হন এবং আইয়ুব খান পারস্যে পালিয়ে যান। এরপর আবদুর রহমান খান আফগানিস্তানে তার শাসন সংহত করে। তিনি তার বিরুদ্ধে সংঘটিত বিদ্রোহ দমন করেছিলেন। শক্তিশালী গিলজাই গোত্র তার বিরুদ্ধে বিদ্রোহ করেছিল। সে বছর আইয়ুব খান পারস্য থেকে আক্রমণের চেষ্টা চালিয়ে ব্যর্থ হন। ১৮৮৮ খ্রিষ্টাব্দে আমিরের চাচাত ভাই ইসহাক খান উত্তরাঞ্চলে বিদ্রোহ করেন তবে এতে তিনি সফল হননি।

১৮৮০ এর দশকের শেষের দিকে কৌশলগত কারণে বিভিন্ন জাতিগত গোষ্ঠীর সদস্যদের পদ থেকে সরিয়ে দেন। এর একটি দৃষ্টান্ত হল, দুররানি ও গিলজাই গোত্রীয়দের উত্তরাঞ্চলের উজবেক ও তাজিক অধ্যুষিত অঞ্চলে পাঠানোর ঘটনা যাতে স্থানীয় দারিভাষীদের উপর অধিক গোয়ান্দা তথ্য পাওয়া যায়। ১৮৮৮ এর শেষের দিক থেকে তিনি আঠারো মাস যাবত উত্তরাঞ্চলীয় প্রদেশগুলোতে অবস্থান করেছিলেন। এখানে তিনি বিদ্রোহের কারণে সৃষ্ট অশান্ত অবস্থা প্রশমিত করার কাজে নিয়োজিত ছিলেন। বিদ্রোহে অংশ নেয়া ব্যক্তিদের শাস্তি প্রদান করা হয়েছিল।

সেই দশকের শেষের দিকে হাজারা গোত্র আবদুর রহমান খানের বিরুদ্ধে এবং শের আলি খানের পক্ষে বিদ্রোহ করে। এই বিদ্রোহ দমন করা হয়। এসময় কিছু হাজারা বর্তমান পাকিস্তানের কোয়েটা এবং অল্পসংখ্যক হাজারা ইরানের মাশহাদ চলে যায়। ১৮৯৫-১৮৯৬ খ্রিষ্টাব্দে আবদুর রহমান খান কাফিরিস্তানে আক্রমণ চালান। পরে এর নাম নুরিস্তান রাখা হয়।

১৮৯৫ খ্রিষ্টাব্দে অসুস্থতার কারণে রাণি ভিক্টোরিয়ার আমন্ত্রণে ইংল্যান্ড যেতে পারেননি। এর বদলে তিনি তার পুত্র নাসরুল্লাহ খানকে ইংল্যান্ডে পাঠান।

শাসনকাল
প্রারম্ভিক জীবন
মৃত্যু
বহিষ্কার এবং সমঝোতা