২০১০–১১ মৌসুম আতলেতিকোতে আগুয়েরোর সবচেয়ে সফল মৌসুম ছিল। এই মৌসুমে লীগে তিনি ২০ গোল করেন। ২০১১ সালের মার্চ থেকে মে পর্যন্ত টানা ৭টি লীগের খেলায় তিনি গোল করেন। যা ঐ মৌসুমে ইউরোপের কোন লীগের খেলোয়াড়ই করতে পারেননি। ২১ মে মায়োর্কার বিপক্ষে হ্যাট্রিক করেন আগুয়েরো এবং দলকে ৪–৩ ব্যবধানের জয় এনে দেন। এটি ছিল তার ক্যারিয়ারের প্রথম হ্যাট্রিক এবং হ্যাট্রিকের দ্বিতীয় গোলটি ছিল আতলেতিকোর হয়ে তার ১০০তম গোল।

২০১১ সালের ২৩ মে, আগুয়েরো তার অফিসিয়াল ওয়েবসাইটে প্রকাশ করেন যে তিনি আতলেতিকো থেকে চলে যেতে চান। ইএসপিএনকে দেওয়া এক সাক্ষাত্‍কারে আগুয়েরো বলেন যে তিনি আর আতলেতিকোতে ফিরবেন না। ঐ দিনই আগুয়েরো অফিসিয়ালভাবে ম্যানচেস্টার সিটির খেলোয়াড়ে পরিণত হন। তার স্থানান্তর ফী প্রকাশ না করা হলেও তা প্রায় ৩৮ মিলিয়ন পাউন্ডের কাছাকাছি ছিল। আগুয়েরোর প্রস্থানের পর তার স্থান পূরণের জন্য ৪৫ মিলিয়ন ইউরোর বিনিময়ে রাদামেল ফ্যালকাওকে ক্রয় করে আতলেতিকো মাদ্রিদ।

ক্লাব
২০১০–১১ মৌসুম
২০০৭–০৮ মৌসুম
ক্লাব ক্যারিয়ার