২০০২ খ্রিষ্টাব্দের ২৭শে ফেব্রুয়ারি গোধরা শহরের নিকটে বহু হিন্দু তীর্থযাত্রী ও শতশত যাত্রীসহ একটি ট্রেন আগুনে পুড়ে গেলে প্রায় ৬০ জন্মের মৃত্যু ঘটে। উগ্র মুসলিমদের দ্বারা এই অগ্নিসংযোগ করা হয়েছে, এরকম খবর ছড়ালে, গুজরাট জুড়ে মুসলিম বিরোধী দাঙ্গা শুরু হয়ে যায়। এই দাঙ্গায় ৯০০ থেকে ২০০০ ব্যক্তির মৃত্যু হয় এবং কয়েক হাজার ব্যক্তি আহত হন। মোদী সরকার বড় সহরগুলিতে কারফু জারী করে দেখামাত্রই গুলি করার নির্দেশ দেয় এবং দাঙ্গা প্রতিরোধে সেনাবাহিনী ডাকা হয়। এতৎসত্ত্বেও মানবাধিকার সংগঠনগুলি, বিরোধী দল এবং সংবাদপত্রের কিছু অংশ গুজরাট সরকারের দাঙ্গাবিরোধী পদক্ষেপের সমালোচনা করে। গোধরা অগ্নিকান্ডে মৃত করসেবকদের দেহ আমেদাবাদ নিয়ে যাওয়ার মোদীর নির্দেশকে দাঙ্গায় উস্কানিমূলক পদক্ষেপ বলে সমালোচনা করা হয়।

২০০৮ খ্রিষ্টাব্দে ভারতের সর্বোচ্চ ন্যায়ালয় রাজ্য সরকারকে ২০০২ গুজরাট দাঙ্গার নয়টি কেস সম্বন্ধে পুনরায় অনুসন্ধানের নির্দেশ দিলে সরকার নতুন করে তদন্তের জন্য একটি বিশেষ তদন্তকারী দল গঠন করে। গুলবার্গ সোসাইটি হত্যাকান্ডে মৃত এহসান জাফরির বিধবা স্ত্রী জাকিয়া জাফরি ২০০৯ খ্রিষ্টাব্দের এপ্রিল মাসে ভারতের সর্বোচ্চ ন্যায়ালয়ে নরেন্দ্র মোদীর বিরুদ্ধে মামলা করলে সর্বোচ্চ ন্যায়ালয় বিশেষ তদন্তকারী দলকে এই বিষয়ে তদন্তের নির্দেশ দেয়। এই তদন্তকারী দল মোদীকে ২০১০ খ্রিষ্টাব্দের মার্চ মাসে জিজ্ঞাসাবাদ করে মে মাসে তাদের এই মর্মে প্রতিবেদন জমা দেন যে তারা এই অভিযোগের সত্যতার কোনক্রমেই প্রমাণ পাননি। ২০১১ খ্রিষ্টাব্দের জুলাই মাসে রাজু রামচন্দ্রন ভারতের সর্বোচ্চ ন্যায়ালয়ে তার অন্তিম প্রতিবেদনে বলেন যে মোদীকে সাক্ষ্য প্রমাণের সাহায্যে দোষী সাব্যস্ত করা সম্ভব। সর্বোচ্চ ন্যায়ালয় এই মামলা ম্যাজিস্ট্রেটের কোর্টে পাঠিয়ে দেন এবং বিশেষ তদন্তকারী দলকে রামচন্দ্রনের প্রতিবেদন পরীক্ষার জন্য দায়িত্ব দেন। বিশেষ তদন্তকারী দল এই প্রতিবেদনের তীব্র সমালোচনা করে কারণ এই প্রতিবেদনে মিথ্যে তথ্যপ্রমাণের ওপর সাজানো সঞ্জীব ভট্টের সাক্ষ্যের ওপর নির্ভর করা হয়েছিল। ২০১২ খ্রিষ্টাব্দের মার্চ মাসে তদন্তকারী দল এই অনুসন্ধান বন্ধ করার আর্জি জানালে জাকিয়া জাফরি এর প্রতিবাদে একটি মামলা দায়ের করেন যা ২০১৩ খ্রিষ্টাব্দের ডিসেম্বর মাসে ম্যাজিস্ট্রেটের কোর্টে এই মর্মে গৃহীত হয় না যে মোদীর বিরুদ্ধে কোন রকম সাক্ষ্য প্রমাণ পাওয়া যায়নি।

২০১২ খ্রিষ্টাব্দে মায়া কোদনানি নামক মোদী মন্ত্রিসভার একজন প্রাক্তন মন্ত্রীকে ২০০২ গুজরাট দাঙ্গার সময় নারোদা পাটিয়া হত্যাকান্ডে জড়িত থাকার অভিযোগে দোষী সাব্যস্ত করা হয়। যদিও কোদনানির মৃত্যুদন্ডের জন্য আবেদন করা হবে বলে স্থির করা হলেও পরে মোদী সরকার ২০১৩ খ্রিষ্টাব্দে তার কারাদন্ডের আর্জি জানান।

প্রথম মেয়াদ (২০০১-২০০২)
২০০২ সালের নির্বাচন
২০০২ সালের গুজরাট দাঙ্গা
চতুর্থ মেয়াদ (২০১২–২০১৪)