বাংলাদেশের সংখ্যালঘু সম্প্রদায় বিশেষতঃ হিন্দু ধর্মাবলম্বীরা পাকসেনাদের বিশেষ লক্ষ্যস্থলে পরিণত হয়েছিলেন। এ সময়ে ব্যাপকহারে হিন্দু পুরুষদেরকে হত্যাসহ মহিলাদেরকে ধর্ষণ করা হয়েছিল। চুকনগর গণহত্যা, জাতিভাঙ্গা গণহত্যা ও শাঁখারীপাড়া গণহত্যাসহ বিভিন্নস্থানে হিন্দুদেরকে হত্যার ঘটনা দলিলপত্রে উল্লেখ রয়েছে। প্রাণ রক্ষার্থে ভারতে গমনকারী অগণিত শরণার্থীদের ৬০% এর অধিক হিন্দু জনগোষ্ঠী ছিলেন। তবে পাকসেনাদের হাতে কত শতাংশ হিন্দু জনগোষ্ঠী প্রাণ হারিয়েছেন তার প্রকৃত চিত্র জানা না গেলেও সংখ্যাটি যে ব্যাপক ছিল তা সন্দেহাতীত। পূর্ব পাকিস্তানে হিন্দু জনগোষ্ঠীর বিরুদ্ধে ব্যাপকভাবে সহিংসতা পরিচালিত হয় মূলতঃ হিন্দুদেরকে বিতাড়ন ও ভারতীয় প্রভাব থেকে মুক্ত রাখতে। পশ্চিম পাকিস্তানী শাসকগোষ্ঠী বাঙালী সংস্কৃতিকে হিন্দু ও ভারতীয় সংস্কৃতি হিসেবে চিহ্নিত করেন। তারা ভেবেছিলেন যে, হিন্দুদেরকে বিতাড়িত করার মাধ্যমে পূর্ব পাকিস্তানে অবস্থানরত সংখ্যাগরিষ্ঠ মুসলিমদের মাঝে প্রভাব ফেলবে। ঐ বছরেই বৌদ্ধ মন্দির ও বৌদ্ধ সন্ন্যাসীরাও তাদের আক্রমণের লক্ষ্যবস্তুতে পরিণত হয়েছিলেন।

হাওয়াই বিশ্ববিদ্যালয়ের রাষ্ট্রবিজ্ঞানের অধ্যাপক আর.জে. রুমেলের মতে,
বুদ্ধিজীবী হত্যাকাণ্ড
শহীদের সংখ্যা
সংখ্যালঘুদের বিরুদ্ধে সহিংসতা
বিহারীদের বিরুদ্ধে সহিংসতা