প্রশাসনের প্রধান হলেন ভাইস-চ্যান্সেলর (ভিসি), যিনি পাঁচ বছরের মেয়াদে বিশ্ববিদ্যালয়ের পরিদর্শক, ভারতের রাষ্ট্রপতি, দ্বারা নিযুক্ত হন। মেঘালয়ের গভর্নর হলেন প্রধান রেক্টর। ভিসি'র অধীনে আছেন দুজন প্রো-ভাইস-চ্যান্সেলর, তুরা ও শিলংয়ের দুটি ক্যাম্পাসের জন্য, এবং একজন রেজিস্ট্রার। এপ্রিল ২০১৮ সালের হিসাব মত ভিসি আছেন এস কে শ্রীবাস্তব। 

শুরুতে, শিলং এ এনইএইচইউ বা উত্তর-পূর্ব পার্বত্য বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষাবিভাগ ও প্রশাসন শিলং শহরে তিনটি প্রধান স্থান থেকে কাজ করছিল; একটি ময়ূরবঙ্গের প্রাক্তন মহারাজার থেকে, আর একটি বিজনির রানীর থেকে এবং তৃতীয়টি মেঘালয় সরকারের থেকে যা হর্স-শু বিল্ডিং নামে পরিচিত। বিশ্ববিদ্যালয়টি এখন তার কেন্দ্রীয় প্রশাসন চালায় তার প্রধান ক্যাম্পাস মকাইনরো-উমসিং থেকে। 

বিদ্যায়তন
বিচারব্যবস্থা এবং অনুমোদিত কলেজ
প্রশাসন
গ্রন্থাগার