বিরুদ্ধবাদীদের সমালোচনার বিষয়বস্তুর মধ্যে অন্যতম হচ্ছে, কুরআনের প্রামাণিকতা এবং মৌলিকত্ব। নবী মুহাম্মাদের সময়ে যে কুরআন তিনি প্রচার করে গেছেন, তা থেকে অনেক আয়াত পরবর্তীতে হারিয়ে গেছে অথবা নতুন করে যোগ করা হয়েছে বলে দাবি করা হয়। এ দাবির প্রেক্ষিতে ইসলামি আইনের দ্বিতীয় উৎস হাদিস শাস্ত্র, তাফসীর ও ইতিহাসের দলিল থেকে প্রমাণ উপস্থাপন করা হয়।

এসব অভিযোগের একটি হচ্ছে, কুরআনের কিছু আয়াত চিরতরে হৃত হয়ে যাওয়া। সুনানে ইবনে মাজাহ এ বিবৃত তথ্যানুসারে, কুরআনের কিছু আয়াত সম্বলিত পাতা বকরী এসে খেয়ে ফেলায় ঐ আয়তগুলো চিরতরে হারিয়ে যায় এবং পরে উসমান কর্তৃক সংকলিত কুরআনের অনুলিপিতেও এই আয়াতগুলো উহ্য করা হয়। এ দাবি কুরআনের সংরক্ষণকে ব্যাপকভাবে প্রশ্নবিদ্ধ করে। 
সুনানে ইবন মাজাহ এ বর্ণিত আছেঃ

"আয়িশা থেকে বর্ণিত; তিনি বলেন, “রজমের ও বয়স্কদের দশ ঢোক দুধপানের আয়াত নাযিল হয়েছিল এবং সেগুলো একটি সহীফায় (লিখিত) আমার খাটের নিচে সংরক্ষিত ছিল। যখন রাসুলুল্লাহ ইন্তিকাল করেন এবং আমরা তাঁর ইন্তিকালে ব্যতিব্যস্ত হয়ে পড়লাম, তখন একটি বকরী এসে তা খেয়ে ফেলে।"” (সুনান ইবন মাজাহ, হাদিস নং ১৯৪৪)

ইসলামি উসূলুল ফিকহ বা মূলনীতি অনুসারে, কোন দাবি পেশ করতে হলে সবার আগে যাচাই করা জরুরি যে এর দলিল হিসাবে পেশকৃত রেওয়ায়েতের বিশুদ্ধতা কতটুকু।

মুহাদ্দিস বা হাদিস বিশারদদের মতে উপর্যুক্ত হাদিসের বিশুদ্ধতা প্রশ্নাতীত নয়। এই রেওয়ায়েতের একজন বর্ণণাকারী মুহাম্মাদ বিন ইসহাক এটি বর্ণণা করছেন عن(থেকে) শব্দ ব্যবহার করে যে কারণে বর্ণণাটি যঈফ(দুর্বল) হয়ে গেছে। কেননা তিনি একজন তাদলিসকারী। যেসব বর্ণণাকারী তাদের ঊর্ধ্বতর বর্ণণাকারীর পরিচয়ের ব্যাপারে ভুল তথ্য দেন তাদেরকে তাদলিসকারী বলা হয়। [মুফতি তাকি উসমানী, ‘তাকমালা ফাতহুল মুলহিম’ ১/৬৯, দারুল আহইয়া আত তুরাছুল ‘আরাবী, বৈরুত]

মুসনাদ আহমাদেও একই রেওয়ায়েত পাওয়া যায়। শায়খ শু’আইব আরনাউত(র) তাঁর মুসনাদ আহমাদের তাহকিকে একে যঈফ(দুর্বল) বলে মন্তব্য করেছেন।
মুসলিম ব্যাখ্যাকারগণ আরো দাবি করেন যে, এই সনদ কোন উপায়েই কুরআনের বিশুদ্ধতাকে প্রশ্নবিদ্ধ করে না। এই রেওয়ায়েতটি যদি সহীহও হত, তাহলেও এ দ্বারা প্রমাণ হত না যে কুরআন সংরক্ষিত নেই।

কুরআন সংরক্ষনে সংশয়
পঙ্কিল জলাশয়ে সূর্যের অস্তগমন
আকাশ মাথার উপর ভেঙে পড়া
শুক্র নির্গত হয় মেরুদণ্ড ও বক্ষ-পিঞ্জরের মধ্য থেকে