উমর (রা.) আততায়ীর হাতে আহত হওয়ার পর মৃত্যুপূর্বে উসমান (রা.)কে খলিফা নিযুক্ত করে যান। তিনি খলিফা হওয়ার পর উমাইয়াদের সুবিধা প্রদান করেন। খলিফা হওয়ার পর প্রথম দুই বছর উসমান (রা.)র সাথে আয়িশার তেমন রাজনৈতিক সংশ্লিষ্টতা ছিল না। এরপর থেকে বিভিন্ন কারণে উসমান (রা.) কে আয়িশা (রা.) ঘৃণা করতে শুরু করেন, যার মধ্যে অন্যতম ছিল সাহাবী আম্মার ইবনে ইয়াসিরকে ভুল বিচারে মারধর করা। এতে আয়িশা (রা.) রাগে ফেটে পড়েন এবং জনসম্মুখে বলে ওঠেন "এত তাড়াতাড়ি কীভাবে আপনি রাসুল (সা.)এর সুন্নাতকে ভুলে গেলেন যেখানে তাঁর চুলের গোছা, একটি জামা আর জুতো এখনো মলিন হয় নি ?.." এভাবে খলিফা উসমান (রা.) এর সাথে আয়িশার (রা.) রাজনৈতিক সম্পর্কের অবনতি ঘটতে থাকে। অবনতি একধাপ এগিয়ে যায় যখন ওসমান তার নিজ ভাই ওয়ালিদ ইবনে উকবা'র অপরাধের শাস্তির বিচার এড়িয়ে যান। আয়শা ও উসমানের মধ্যে এ নিয়ে তর্ক হয়, এক পর্যায়ে উসমান বলেন, কেন তিনি ঘর থেকে বের হলেন এবং কীভাবে তাকে ঘরে থাকতে বলা হয়েছিল ? এর অর্থ ছিল এরকম ক্ষেত্রে আয়িশা ও তার মতো নারীদের কি এখনো রাষ্ট্রীয় বিষয়ে জড়িত হওয়ার অধিকার ও সামর্থ্য আছে ? জণগণ আয়িশা ও উসমানের সমর্থনে দ্বিধাবিভক্ত হয়ে পড়ল, একদল উসমানের পক্ষ নিলো, আরেকদল আয়িশাকেই উসমানের উপরে যোগ্য বলে দাবি করল।

আবদুল্লাহ ইবনে সাদকে মিশরের গভর্নর নিযুক্ত করার পর পরিস্থিতি আরও খারাপ হয়। মিশরের মুহাম্মাদ ইবনে হুজায়ফা উসমানের বিরুদ্ধে ষড়যন্ত্রকারীদের কাছে নবীর স্ত্রীদের নামে বানিয়ে মিথ্যা চিঠি লেখেন। জনগণ উসমানের খাবার ও পানি সরবরাহ বন্ধ করে দেয়। একটি বিদ্রোহী দল উসমানের বাড়ি অবরোধ করলে নবীর এক স্ত্রী সাফিয়া বিনতে হুয়াই তাকে আক্রমণ হতে বাঁচাতে এগিয়ে আসেন, কিন্তু জনগণ তাকেও অসম্মানের সহিত সরিয়ে দেন, নবীর স্ত্রীর সাথে জনগণের এই ব্যবহারে আয়িশা খুবই অবাক ও মর্মাহত হন। মালিক আল আশতার আয়িশার কাছে উসমানকে হত্যা ও উক্ত চিঠি সম্পর্কে জানতে চাইলে আয়িশা উত্তর দেন, তিনি কখনোই মুসলিমগণ ও তাদের "ইমাম"কে হত্যার নির্দেশ দিতে চান নি। তিনি আরও দাবি করেন যে ওই চিঠিটি তার লেখা ছিল না। জনগণ উসমানের বিরোধিতা চালিয়ে যায়, ওদিকে আয়িশার মক্কা সফরের সময়ও চলে আসে। অবশেষে পরিস্থিতি থেকে মুক্তি পেতে আয়িশা (রা.) মক্কায় চলে যেতে প্রস্তুত হন। উসমান (রা.) তাকে অন্য কিছু না বললেও জনগণের উপর তার প্রভাবের কথা চিন্তা করে তাকে থেকে যেতে বললেও তিনি নিজ সিদ্ধান্তে অটল থেকে মক্কার পথে যাত্রা অব্যহত রাখেন এবং মক্কায় চলে যান।

মধুর ঘটনা
মুহাম্মদ (সা) এর সাথে সম্পর্ক
পরবর্তী ভূমিকা
তৃতীয় খিলাফতের সময়ের ভূমিকা