দার্শনিক সিদ্ধান্তের দিক দিয়ে মধ্বাচার্য শঙ্করাচার্যের প্রবল বিরোধী ৷ শঙ্করাচার্য অদ্বৈতবাদী, মধ্বাচার্য দ্বৈতবাদী ৷ শঙ্করাচার্য বলেন জীব ও ব্রহ্ম এক বস্তু, অপরদিকে মধ্বাচার্য বলেন জীব ও ব্রহ্ম আলাদা ৷ শঙ্করাচার্য বলেন ব্রহ্ম সত্য জগৎ মিথ্যা ; মধ্বাচার্য বলেন জগৎ মিথ্যা নয়, বরং তোমাদের মিথ্যাবাদটাই মিথ্যা ৷
শঙ্কর মতালম্বীগণ বলেন, জগতকে ‘প্রপঞ্চ’ বলা হয়, যার অর্থ সত্যের ন্যায় প্রতীয়মান হয় মাত্র, বাস্তবিক সত্য নয় ৷ মধ্বাচার্য বলে প্রপঞ্চ অর্থ উহা নয়, প্রপঞ্চ = প্রকৃষ্ট পঞ্চভেদ ৷ যথা—

১৷ " ঈশ্বর ও জীবে ভেদ"
২৷ " ঈশ্বর ও জড়তে ভেদ"
৩৷ " জীব ও জীবে ভেদ"
৪৷ " জীব ও জড়তে ভেদ"
৫৷ " জড় ও জড়তে ভেদ"

শঙ্করাচার্য ‘তত্ত্বমসি’ প্রভৃতি যেসকল শ্রুতিবাক্য দ্বারা জীব ও ব্রহ্মের অভেদ একত্ব নির্ণয় করেন, মধ্বাচার্য সেই সকল শ্রুতিই ব্যাখ্যা করে জীব-ব্রহ্মের ভেদ প্রতিপাদন করেছেন ৷
সর্বদর্শন সংগ্রহকার শ্রীমৎ সায়ণ-মাধব লিখেছেন— “আনন্দ তীর্থ শারীরক মীমাংসার যে ভাষ্য করিয়াছেন তাহাতে দৃষ্টিপাত করিলে জীব ও ঈশ্বরের পরস্পর যে ভেদ আছে তদ্বিষয়ে আর কোন সংশয়ই থাকে না। ঐ ভাষ্যে লিখিত হইয়াছে “স আত্মা তত্ত্বমসি শ্বেতকেতো,” এই শ্রুতির, জীব ও ঈশ্বরের পরস্পর ভেদ নাই এরূপ তাৎপর্য্য নহে । কিন্তু “তস্য ত্বং” অর্থাৎ “তাঁহার তুমি” এই ষষ্ঠী সমাস দ্বারা উহাতে “জীব, ঈশ্বরের সেবক” এই অর্থই বুঝাইবে। আর এরূপ যোজনা দ্বারা এমন অর্থও বুঝাইতে পারে যে জীব, ব্রহ্ম হইতে ভিন্ন। এই মতে দুই তত্ত্ব স্বতন্ত্র ও অস্বতন্ত্র। তন্মধ্যে ভগবান সর্ব্বদোষবিবর্জিত অশেষ সদগুণের আশ্রয় স্বরূপ বিষ্ণুই স্বতন্ত্রতত্ত্ব। এবং জীবগণ অস্বতন্ত্রতত্ত্ব অর্থাৎ ঈশ্বরায়ত্ত। এই রূপে সেব্যসেবক ভাবাবলম্বী ঈশ্বর জীবের পরস্পর ভেদও যুক্তিসিদ্ধ হইতেছে, যেমন রাজা ও ভৃত্যের পরস্পর ভেদ দৃষ্ট হইয়া থাকে।” (সর্বদর্শন-সংগ্রহ, ‘পূর্ণপ্রজ্ঞদর্শন’ নামক পরিচ্ছেদ)
শ্রী আনন্দতীর্থ (মধ্বাচার্য) অদ্বৈত-মায়াবাদ খন্ডনার্থে বিশেষত এই গ্রন্থগুলো লিখেন—

রেফারেন্স
প্রারম্ভিক জীবন
দার্শনিক সিদ্ধান্ত
দীক্ষা ও পরবর্তী জীবন