অপারেটিং সিস্টেম ব্যবহারকারী ও নিজেকে রক্ষার জন্যও কাজ করে। দুইটি ধারণা এক্ষেত্রে উল্লেখ্য: সুরক্ষা/প্রোটেকশন ও নিরাপত্তা/সিকিউরিটি। কম্পিউটারের সম্পদ কীভাবে বিভিন্ন প্রসেস বা ব্যবহারকারী অ্যাক্সেস করবেন, অপারেটিং সিস্টেমের প্রোটেকশন মেকানিজমগুলো তা নিয়ন্ত্রণ করে। আর সিকিউরিটি পদক্ষেপগুলো কম্পিউটারকে বাইরের বা ভেতরের আক্রমণ থেকে রক্ষা করে।

সুরক্ষা ও নিরাপত্তা
মোড
বিতরণকৃত ব্যবস্থা
প্রসেস