২০০৩ সালের ২৯ নভেম্বর চৌধুরীকে ঢাকা বিমানবন্দরে গ্রেপ্তার করা হয় যখন তাকে "সংখ্যালঘু দমন ও আল-কায়েদার নেটওয়ার্ক সহ সংবেদনশীল ইস্যুতে বাংলাদেশের" সম্পর্কিত তথ্য সম্বলিত ডিস্ক এবং কাগজপত্র বহন করতে দেখা যায়। ইস্রায়েলি গোপনীয়তা মোসাদের সাথে তার যোগাযোগের সন্দেহের ভিত্তিতে কিছু সময় তার গতিবিধি পর্যবেক্ষণ করা হয়েছিল।

১৭ মাসের কারাদণ্ড থেকে মুক্তি পাওয়ার পরে, একটি ইস্রায়েলি পত্রিকায় চৌধুরী লিখেছিলেন, "আমি সম্ভবত একটি জীবন্ত বৈপরীত্য হিসাবে আপনার সামনে দাঁড়িয়েছি: একটি জায়নবাদী, ইস্রায়েলের রক্ষাকারী, এবং একজন ধর্মপ্রাণ, একজন মোসলেম দেশে বসবাসরত মুসলিম অনুশীলনকারী ... আমি সিয়োনবাদী স্বপ্নের ন্যায়বিচারে বিশ্বাস করি।আমি এই ঐতিহাসিক বাস্তবতাকেও স্বীকার করি: যে বিশ্ব সেই স্বপ্নকে পরাস্ত করার চেষ্টা করেছে এবং হ্যাঁ, এমনকি ইহুদি জনগণের বাস্তবিকতাও নষ্ট করে দিয়েছে। একই সাথে আমি এমন পরিবেশে বাস করি যেখানে লোকেরা ঠিক বিরোধী দৃষ্টিভঙ্গিতে আবেগপূর্ণভাবে বিশ্বাস করে — যিনি ইস্রায়েলকে অবৈধ হিসাবে দেখেন এবং ইহুদি জনগণকে মন্দ অবতার হিসাবে দেখায়। " 

২০০৩ সালের ২৯ শে মার্চ চৌদ্দুরীর বাবা গোলাম অথের চৌধুরী মারা গিয়েছিলেন, তার মা শরীফা চৌধুরী ৯ ই আগস্ট ২০০৫ এ মারা গিয়েছিলেন। তার মা মারা যাওয়ার পরে তিনি কারাগারে ছিলেন। বাংলাদেশের তৎকালীন সরকার তার মায়ের জানাজায় অংশ নেওয়ার জন্য তার পরিবারের দ্বারা করা একটি আবেদন প্রত্যাখ্যান করেছিল।

বিতর্ক
ইনকিলাব টেলিভিশন
গ্রেফতার
নিপীড়ন