দশম শতাব্দীতে শহরের জনসংখ্যা ছিল ১.২ মিলিয়ন থেকে ২ মিলিয়ন। সামারায় রাজধানী স্থানান্তরসহ খিলাফতের অভ্যন্তরিণ সমস্যা (৮০৮-৮১৯) ও (৮৩৬–৮৯২) সালে),  পশ্চিম ও পূর্বাঞ্চলের প্রদেশগুলো হাতছাড়া হওয়া এবং ইরানের বুয়িদ রাজবংশ (৯৪৫-১০৫৫) ‍ও সেলযুক তুর্কিদের (১০৫৫-১১৩৫) রাজনৈতিক আধিপত্য ইত্যাদি কারণে বাগদাদের প্রথমদিকে উল্কার ন্যায় যে সমৃদ্ধি ঘটেছিল তা অবশেষে ধীর হয়ে যায়।

সেলজুকরা মধ্য এশিয়া থেকে আসা অঘুজ তুর্কি গোষ্ঠীর লোক ছিল, এরা ইসলামের সুন্নি শাখায় ধর্মান্তরিত হয়েছিল। ১০৪০ সালে তারা গজনভি রাজবংশ ধ্বংস করে তাদের এলাকা দখল করে এবং ১০৫৫ সালে সেলজুক নেতা তুঘরিল বেগ বাগদাদ দখল করেন। সেলজুকরা শিয়াদের বুয়িদ রাজবংশকে তাড়িয়ে দেয়, বুয়িদরা বাগদাদের ক্ষমতা ও নিয়ন্ত্রণ দখল করে কিছুকাল যাবৎ শাসন করতেছিল। তারা আব্বাসীয় খলিফাদের নামে সুলতান হিসাবে শাসন করতো (তারা নিজেদেরকে আব্বাসীয় শাসনের অংশ হিসাবে দেখাতো)। তুঘরিল বেগ নিজেকে আব্বাসীয় খলিফার রক্ষক হিসাবে উপস্থাপন করে।

যে সকল অবরোধ এবং যুদ্ধে বাগদাদ জড়িত ছিলেন নিচে তার তালিকা দেওয়া হলো:


১০৫৮ সালে 'উকায়লিদ কুরাইশ'দের নিয়ে ইসমাইলিদের অনুগামী তুর্কি জেনারেল আবু'ল-হারিথ আরসালান আল-বাসাসিরির নেতৃত্বে ফাতেমীয়রা বাগদাদের নিয়ন্ত্রণ গ্রহণ করে। বাগদাদে সেলজুকদের আগমনের কিছুকাল আগে, আল-বাসাসিরি ইসমাইলি ইমামের পক্ষে বাগদাদ জয় করার ব্যাপারে তাকে সমর্থন করার জন্য ফাতেমীয় ইমাম-খলিফা আল-মুস্তানসিরের কাছে আবেদন করেন। সম্প্রতি জনা যায় খ্যাতিমান ফাতিমীয় দা'ঈ আল-মু'আয়াদ আল-শিরাজী, আল-বাসাসিরিকে সরাসরি সমর্থন করেন এবং জেনারেলকে মসুল, ওয়াসিত ও কুফা জয় করতে সহায়তা করেন। এর পরপরই ১০৫৮ সালের ডিসেম্বরের মধ্যে বাগদাদে শিয়া আযান (নামাযের আহ্বান) চালু করা হয় এবং ফাতেমীয় ইমাম-খলিফার নামে খুতবা (ধর্মোপদেশ বক্তৃতা) প্রদান করা হয়। শিয়াদের প্রতি ঝোঁক থাকা সত্ত্বেও আল-বাসাসিরি সুন্নি ও শিয়াদের সমান সমর্থন পেয়েছেন, যার ফলে সেলযুক শক্তির বিরুদ্ধে সার্বজনীন সমর্থন পেয়েছেন।

বাগদাদ অবরোধের সময় ১২৫৮ সালের ১০ ফেব্রুয়ারি চেঙ্গিজ খানের (গেঙ্ঘিস খান) নাতি হালাকু খানের (হুলেগু) নেতৃত্বে মঙ্গোলরা বাগদাদ দখল করে। অনেক বাসস্থান আগুনে পুড়ে, অবরোধ বা লুটপাটের ফলে ধ্বংস হয়ে যায়। মঙ্গোলরা খলিফা আল-মুস্তা’সিম সহ শহরের বেশিরভাগ বাসিন্দাদের হত্যা করে এবং শহরের বিশাল অংশ ধ্বংস করে দেয়। শহরের সেচ ব্যবস্থার খাল এবং বাঁধসমূহও ধ্বংস করে ফেলে। এ সময় বাগদাদে খ্রিস্টান এবং শিয়াদের কিছু করা হয়নি, অন্যদিকে সুন্নিদের সাথে পশুর ন্যায় আচরণ করা হয়। বাগদাদের ধ্বংসসাধন আব্বাসীয় খিলাফতের অবসান ঘটায়। এটিকে ইসলামী স্বর্ণযুগের সমাপ্তি হিসেবে চিহ্নিত করা হয় এবং এমন এক আঘাত পায় যা থেকে ইসলামী সভ্যতা আর কখনই পুরোপুরি উঠে দাড়াতে পারেনি।

এ সময়ে বাগদাদকে মঙ্গোল সাম্রাজ্যের একটি বিচ্ছিন্ন রাজ্য ইরান থেকে ইলখানাতরা শাসন করে। ১৪০১ সালে মধ্য এশীয় তুর্কি বিজেতা তৈমুর লং ("টেমরলেন") কর্তৃক বাগদাদ আবারও ধ্বংসসাধিত হয়। তার বাহিনী যখন বাগদাদ দখল করে তখন তিনি প্রায় কাউকেই রেহাই দেন নাই এবং তার প্রতিটি সৈন্যকে দু'জন মানুষের কাঁটা মাথা নিয়ে ফিরে আসার আদেশ দেন। বাগদাদ মঙ্গোল জালাইরিদ (১৪০০-১৪১১), তুর্কি কারা কয়ুনলু (১৪১১-১৪৬৯), তুর্কি আক কয়ুনলু (১৪৬৯–১৫০৮) এবং ইরানী সাফাভি (১৫০৮-১৫৩৪) রাজবংশ দ্বারা নিয়ন্ত্রিত একটি প্রদেশের রাজধানী ছিল।

প্রশাসনিক বিভাগ
আবু হানিফার মসজিদ
স্থবিরতা এবং বহিঃআক্রমণ (দশম থেকে ষোড়শ শতাব্দী)
সংস্কৃতি