অধিকাংশ তামিল বিদ্রোহী দল অস্ত্রসমর্পণ ও সংঘাতটির শান্তিপূর্ণ সমাধানে সম্মত হলেও এলটিটিই তার যোদ্ধাদের নিরস্ত্র করতে অস্বীকৃতি জানায়। তখন চুক্তির সফলতা নিশ্চিত করার জন্য ভারতীয় শান্তিরক্ষী বাহিনী জোরপূর্বক এলটিটিইকে নিরস্ত্র করার চেষ্টা চালায় এবং পরিণতিতে এলটিটিই-এর সঙ্গে তাদের পুরোদমে যুদ্ধ শুরু হয়। এই তিন বছরব্যাপী যুদ্ধের সময় ভারতীয় সৈন্যরা গণহত্যা, ধর্ষণ, নির্যাতন ও বিনা বিচারে গ্রেপ্তারসহ বিভিন্ন মানবতাবিরোধী অপরাধের দায়ে বিভিন্ন মানবাধিকার সংগঠন এবং ভারতীয় প্রচারমাধ্যমের কিছু অংশের দ্বারা অভিযুক্ত হয়। ফলে ভারতীয় শান্তিরক্ষীরা শীঘ্রই শ্রীলঙ্কান তামিলদের তীব্র বিরোধিতার সম্মুখীন হয়।

যুদ্ধাপরাধ
জাফনা বিশ্ববিদ্যালয় হেলিড্রপ
অপারেশন পবন
এলটিটিই-এর সঙ্গে সংঘর্ষ