বাংলাদেশে ১৯৭৩ সালের অক্টোবরে মাহবুব আলী খান চট্টগ্রামে মার্কেন্টাইল একাডেমির প্রথম বাঙালি কমান্ড্যাট নিযুক্ত হন। ১৯৭৪ সালে নৌ-সদর দফতরে পার্সোনাল বিভাগের পরিচালক হিসেবে নিয়োগ পান। ১৯৭৬ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে তিনি নৌবাহিনীর সহকারী স্টাফ প্রধান (অপারেশন ও পারসোনাল) নিযুক্ত হন। ১৯৭৬ সালের ডিসেম্বরে যুক্তরাজ্যের রয়্যাল নেভি কর্তৃক হস্তান্তরিত বাংলাদেশ নৌবাহিনীর প্রথম রণতরী বি. এন. এস (বাংলাদেশী নেভাল শীপ্) ওমর ফারুকের (প্রাক্তন এইচ. এম. এস ন্যাভডকে) অধিনায়ক হন মাহবুব আলী খান। এ রণতরী গ্রহণের পর তিনি তা নিয়ে আলজেরিয়া, যুগোস্লাভিয়া, মিসর, সৌদি আরব এবং শ্রীলঙ্কার বন্দরগুলোয় শুভেচ্ছা সফরের পর দেশে ফিরে আসেন। ১৯৭৯ সালের ৪ নভেম্বর তিনি বাংলাদেশের নৌবাহিনী স্টাফ প্রধান নিযুক্ত হন এবং ১৯৮০ সালের ১ জানুয়ারি বিয়ার অ্যাডমিরাল পদে উন্নীত হন।

বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধের পর বাংলাদেশের নৌবাহিনীকে বিশ্বমানের আধুনিক ও যুগোপযোগী করতে মাহবুব আলী খান বাংলাদেশ নৌবাহিনীর আইন তৈরি করেছেন। ১৯৭০ সালের ভোলা ঘূর্ণিঝড়ের পর বঙ্গোপসাগরে সমুদ্রসীমায় দক্ষিণ তালপট্টি দ্বীপ জেগে ওঠে। তারপর থেকেই বাংলাদেশ এবং ভারত, উভয় দেশের সরকারই দ্বীপটিকে তাদের মালিকানা বলে দাবি করে থাকে। রিয়ার অ্যাডমিরাল মাহবুব আলী খানের নেতৃত্বে এই দ্বীপটি নৌবাহিনী বাংলাদেশের দখলে রাখতে সক্ষম হয়। এছাড়া বঙ্গোপসাগরে অনেক জলদস্যুর পতন এনেছেন মাহবুব আলী খান। মাহবুব আলী খান এছাড়া সরকারের সশস্ত্র বাহিনীর বেতন ও পেনশন কমিটির চেয়ারম্যান, দেশের প্রশাসনিক পুনর্গঠনের জাতীয় বাস্তবায়ন পরিষদের চেয়ারম্যান এবং বাংলাদেশে উপজেলা পদ্ধতির প্রবক্তা ছিলেন।

রাজনীতিতে অংশগ্রহণ এবং রাজনীতিকদের সঙ্গে সম্পর্ক
পাকিস্তানে নৌবাহিনীর জীবন
বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধকালীন সময় (১৯৭১)
বাংলাদেশে নৌবাহিনী জীবন