১৩ নভেম্বর ২০০৬ সালে রাষ্ট্রপতি ইয়াজ উদ্দিন আহমেদের যখন তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধান উপদেষ্টা তখন মোখলেসুর যেমন চৌধুরী প্রতিমন্ত্রী পদমর্যাদায় রাষ্ট্রপতির সিনিয়র উপদেষ্টা পদে নিযুক্ত হন । ২০০৬ সালের নভেম্বর থেকে ২০০৭ সালের জানুয়ারী পর্যন্ত, যখন সংসদ নির্বাচন সম্পর্কে অনিশ্চয়তার কারণে বাংলাদেশে একটি তীব্র জাতীয় রাজনৈতিক গণ্ডগোল শুরু হয় , তিনি আলোচনার প্রক্রিয়ায় রাষ্ট্রপতির বিশেষ দূতের ভূমিকা পালন করেছিলেন। তিনি দুই জাতীয় বিরোধী নেতা, বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী দলের বেগম খালেদা জিয়া এবং আওয়ামী লীগের শেখ হাসিনার মধ্যে ইস্যু মীমাংসার চেষ্টা করেছিলেন। 

২৩ শে ডিসেম্বর ২০০৬-এ, রাজনৈতিক দলগুলি জানুয়ারিতে সংসদীয় নির্বাচনে অংশ নিতে সম্মত হয়েছিল। যে দিন সমস্ত রাজনৈতিক দল ২২ শে জানুয়ারী ২০০৭ সংসদ নির্বাচনে অংশ নিয়েছিল। এই আলোচনার পরে, তারা মনোনয়নের শেষ দিনটি আরও দু'দিন বাড়ানোর জন্য অনুরোধ করেছিলেন, কারণ জাতীয় নির্বাচন সুষ্ঠুভাবে আয়োজনের জন্য রাষ্ট্রপতি উপদেষ্টা এটিকে মেনে নিয়েছিলেন, এবং আ.লীগ ও এর মহাজোট ২৬ শে ডিসেম্বর ২০০৬ সালে তাদের প্রার্থীদের আরও নতুন মনোনয়নপত্র জমা দিতে শুরু করেছেন। পরিবর্তিত দৃশ্যে কিছু ক্ষেত্রে কিছু প্রার্থিতা পরিবর্তন করেছে। তবে ২০০৭ সালের ৩ জানুয়ারীর সর্বশেষ সম্ভাব্য তারিখে জাতীয় পার্টির হুসেইন মুহম্মদ এরশাদের মনোনয়ন বাতিল হলে আওয়ামী লীগ ও এর মহাজোট নির্বাচন থেকে সরে দাঁড়ায়। 

মুখলেসুর রহমান চৌধুরী ২০০৭ সালে বাংলাদেশে যে সামরিক অভ্যুত্থান হয়েছে তা সাংবাদিকদের কাছে স্পর্শকাতর তথ্য প্রকাশ করেছিলেন। টেলিভিশন টক শোতে বিভিন্ন অনুষ্ঠানে তিনি বাংলাদেশের আগ্রহের মুখপাত্র ছিলেন। মুখলেস চৌধুরী জানিয়েছিলেন যে মইন ও তার সহযোগীরা '১/১১' তে ক্ষমতা গ্রহণের পরিকল্পনা করেছিলেন এবং টেলিভিশনে ব্রিগেডিয়ার জেনারেল সাখাওয়াত হোসেন (অব।) সমর্থন করেছিলেন। তিনি গণতান্ত্রিক রাজনীতিতে একটি স্বনির্ভর বাংলাদেশ গঠনের জন্য জাতীয় ঐক্যের প্রয়োজনীয়তার উপর গুরুত্বারোপ করেছেন, যেখানে নাগরিক ও সামরিক উভয় লোকই অন্য টেলিভিশন সাক্ষাত্কারে একসাথে কাজ করবেন। 

উইকিলিক্সের কূটনীতিক বার্তা ফাঁস
২০০৬-২০০৭ রাজনৈতিক সঙ্কটে ভূমিকা
সামরিক আইন বন্ধে উদ্যোগ
সাংবাদিকতা