মতবিরোধ তত্ত্বের (Conflict thesis) প্রবক্তা জন উইলিয়াম ড্রেপার ও অ্যান্ড্রু ডিকসন, যুক্তি দেখিয়েছেন যে, যখন কোন বিশেষ ধর্ম জীবনের উদ্দেশ্য, নৈতিকতা, জীবনের উৎপত্তি ও বিজ্ঞানের মত জাগতিক মৌলিক বিষয়গুলোর সাথে সংশ্লিষ্ট সকল প্রশ্নের সোজাসাপ্টা উত্তর দিতে শুরু করে, তখন সেটি একদিকে যেমন উক্ত ধারণাগুলোর অধিকতর ব্যাখ্যা-বিশ্লেষণকে নিরুৎসাহিত করে তেমনি আবার অন্যদিকে কৌতুহলকে অবদমন করে ও স্বীয় বিশ্বাসীদের বিস্তৃত দৃষ্টিভঙ্গি অর্জনের সুযোগ থেকেও বঞ্চিত করে। যার ফলশ্রূতিতে, সামাজিক, নৈতিক ও বৈজ্ঞানিক অগ্রগতি ব্যাহত হয়। উদাহরণ হিসেবে তারা, গ্যালিলিওর প্রতি হওয়া অবিচার ও জিওর্দানো ব্রুনোর মৃত্যুদন্ডের ঘটনা উল্লেখ করেন।

সমগ্র উনবিংশ শতক জুড়েই মতবিরোধ তত্ত্ব বিকাশ লাভ করে। এই মডেল অনুসারে, বিজ্ঞান ও ধর্মের মাঝে যেকোন ধরনের মিথষ্ক্রিয়া একসময় অনিবার্যভাবেই প্রকাশ্য শত্রুতার দিকে ধাবিত হবে, যেখানে ধর্মকেই সাধারণত নতুন বৈজ্ঞানিক ধ্যান-ধারণার বিরুদ্ধে আগ্রাসী ভূমিকায় অবতীর্ণ হতে দেখা যাবে। উনবিংশ এবং বিংশ শতাব্দীব্যাপী ঐতিহাসিক মতবিরোধ মডেলটিই ছিল বিজ্ঞানের ইতিহাসের অধ্যাপনায় একটি গুরুত্বপূর্ণ অভিগমন। কিন্তু বর্তমানকালের পন্ডিতরা প্রায় সম্পূর্ণরূপেই এই মডেলের আদি রূপকে পরিত্যাগ করেছেন।

এতদসত্ত্বেও, জনসাধারণের মাঝে মতবিরোধ তত্ত্ব এখনও অত্যন্ত জনপ্রিয়, এবং সাম্প্রতিককালে "The God Delusion" এর মত বইয়ের সফলতার কারণে আরও বেশি প্রচারণা পেয়েছে।

John Hedley Brooke এবং Ronald Numbers এর মতো বিজ্ঞানের ইতিহাসবেত্তারা ‘ধর্ম বনাম বিজ্ঞানের’ ধারণাকে একধরনের অতিসরলীকরণ মনে করেন, এবং বিষয়টিকে বরং একটু সূক্ষ দৃষ্টিতে দেখতেই বেশি পছন্দ করেন। এই ইতিহাসবেত্তারা, উদাহরণ হিসেবে গ্যালিলিওর ঘটনা, স্কোপস বিচার (Scopes Trial) প্রভৃতি ঘটনার উদ্ধৃতি দেন এবং দাবি করেন যে, এগুলো শুধুই বিজ্ঞান আর ধর্মের মধ্যে নিছক বিরোধিতা ছিল না; ব্যক্তিগত ও রাজনৈতিক বিষয়ও এসব ঘটনার ক্রমবিকাশের সাথে গভীরভাবে জড়িত ছিল।

সাম্প্রতিক সময়ে মতবিরোধের বিষয়গুলোর মধ্যে উদাহরণ হিসেবে সৃষ্টি-বিবর্তন বিতর্ক (Creation-Evolution Controversy), জন্ম নিয়ন্ত্রণ (Birth control) পদ্ধতি ব্যবহার নিয়ে বিতর্ক, ভ্রূণীয় স্টেম কোষ (Embryonic Stem Cell) গবেষণার বিরোধিতা, অথবা টিকাদান (Vaccination), অসাড়করণ (Anesthesia) ও রক্তদান প্রভৃতি বিষয়ে ধর্মের বিরোধিতার কথা উল্লেখ করা হয়ে থাকে।

ধর্মীয় ধারণার শব্দতাত্ত্বিক ইতিহাস
ধর্মীয় ধারণাসমূহের সমালোচনা
বৈজ্ঞানিক অগ্রগতিকে অবদমন
যৌনতা সম্পর্কিত বিষয়াদি