২০১১ সালের মার্চে তিনি মিসরে জেল হতে মুক্তিলাভ করেন। কিন্তু তাৎক্ষণিক আবার গ্রেফতার হয়ে যান। এরপর তিনি পুনরায় একটি সামরিক আদালতে সন্ত্রাসবাদের অভিযোগ থেকে খালাসী চান। এবং ২০১২ সালের মার্চে মুক্তিলাভ করেন।

২০১২ সালের সেপ্টেম্বরে মুহাম্মাদ আল-জাওয়াহিরি ইসলামপন্থী এবং পাশ্চাত্যের মাঝে ১০ বছরকালের জন্য শান্তিচুক্তির আহ্বান জানান। যার শর্তাবলী ছিল- মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র স্বীয় ভূমিতে ফিরে যাবে, পশ্চিমা দেশগুলো মুসলিম ভূমির সমস্যাগুলোর মধ্যে হস্তক্ষেপ করবে না, ইসলামি শিক্ষা এবং মুসলিম শিক্ষার মধ্যে বাঁধা সৃষ্টি করবে না, 'ইসলামের বিরুদ্ধে কথিত যুদ্ধ' বন্ধ করবে এবং সকল ইসলামপন্থী বন্দীদের মুক্তি দিবে।
২০১২ সালের ৪ অক্টোবর মিসরে সিবিসি টিভিতে প্রচারিত হওয়া আল-জাওয়াহিরির একটি সাক্ষাতকারে আল-জাওয়াহিরি আল কায়েদা অথবা এরূপ অন্যান্য সংগঠনের সাথে সম্পৃক্ত থাকার কথা অস্বীকার করেন (এমইএমআরআইয়ের অনুবাদ অনুসারে)। কিন্তু তিনি এটাও বলেন, "মতাদর্শগতভাবে আমি এসব সংগঠনের সাথে একমত প্রকাশ করছি। আমাদের সবার চাওয়া একটাই, ইসলামি শরিয়াহ।" ইসরায়েল এবং ইহুদিদের ব্যাপারে আল-জাওয়াহিরী ঘোষণা করেন, "ইসরাইলের সাথে যুদ্ধ করা, ইহুদিদের সাথে যুদ্ধ করা আমাদের সকলের উপর ফরজ হয়ে গিয়েছে। মিসরীয় সরকারের উচিৎ, ইহুদি শত্রুদের বিরুদ্ধে লড়াই করা... এটি সকল মুসলমানের উপর আবশ্যক ধর্মীয় কার্য হিসেবে পালনীয় হয়ে গিয়েছে।"

গ্রেফতার
প্রাথমিক জীবন
পরবর্তী কার্যক্রম
মুক্তি