১৯৮৬ সালে মালদিনি ইতালির অনূর্ধ্ব-২১ দলে সুযোগ পান। ঐ সময় ইতালির অনূর্ধ্ব-২১ দলের কোচ ছিলেন তার বাবা সিজার মালদিনি।
মালদিনি অনূর্ধ্ব-২১ দলে ২ বছর খেলে ১২ ম্যাচে ৫ গোল করেন।

১৯৮৮ সালের ৩১ মার্চ যুগোস্লাভয়ার বিপক্ষে প্রীতি ম্যাচে ইতালি জাতীয় দলের হয়ে তার অভিষেক ঘটে।
ঐ বছর অনুষ্ঠিত ইউরোপিয়ান চ্যাম্পিয়নশিপে তিনি ইতালির সবকটি ম্যাচে ছিলেন।

১৯৯০ সালে ইতালিতে অনুষ্ঠিত বিশ্বকাপটি ছিল মালদিনির প্রথম বিশ্বকাপ। ঐবার ইতালি সেমিফাইনালে আর্জেন্টিনার কাছে ট্রাইব্রেকারে হেরে যায়। ডিফেন্সে ভালো পারফরম্যান্সের ফলে মালদিনি টুর্নামেন্টের অল-স্টার টিম এ এ নির্বাচিত হন। ঠিক ২৮ বছর আগে ১৯৬২ বিশ্বকাপে তার বাবাও ঐ একই কৃ্তিত্ব দেখিয়েছিলেন।
১৯৯৩ সালে মেক্সিকোর বিপক্ষে প্রীতি ম্যাচে মালদিনি ইতালির জাতীয় দলের হয়ে প্রথমবারের মতো গোল করেন। এটি ছিল তার ৪৪তম আন্তর্জাতিক ম্যাচ।

১৯৯৪ সালের বিশ্বকাপে দলের নিয়মিত অধিনায়ক ফ্রাংকো বারেসি ইনজুরিতে পড়ায় বেশ কয়েকটি ম্যাচে ইতালিকে নেতৃত্ব দেন মালদিনি। ঐবার ইতালি রানারআপ হয়। ফাইনালে ব্রাজিলের বিপক্ষে অতিরিক্ত সময় পর্যন্ত খেলার ফলাফল গোলশূন্য থাকায় খেলা গড়ায় টাইব্রেকারে। শেষ পর্যন্ত টাইব্রেকারে ইতালি হেরে যায়। পুরো টুর্নামেন্টে উজ্জ্বল পারফরম্যান্সের ফলে মালদিনি টানা দ্বিতীয়বারের মতো বিশ্বকাপের অল-স্টার টিম এ নির্বাচিত হন।
ঐ বিশ্বকাপের পর ফ্রাংকো বারেসি জাতীয় দল থেকে অবসর নিলে মালদিনি ইতালির অধিনায়কত্ব পেয়ে যান।

১৯৯৬ সালের ইউরোতে ইতালি প্রথম রাউন্ড থেকেই বিদায় নেই। ১৯৯৮ সালের বিশ্বকাপে ইতালি কোয়ার্টার ফাইনালে ফ্রান্সের কাছে ট্রাইবেকার হেরে বিদায় নেয়। ২০০০ সালের ইউরোতে ইতালি ফাইনালে গিয়ে ফ্রান্সের কাছে হেরে যায়।

২০০২ সালের বিশ্বকাপে ইতালি দ্বিতীয় রাউন্ড থেকে বিদায় নেয়। ঐ বিশ্বকাপের পর ইতালির জাতীয় দল থেকে মালদিনি অবসর নিয়ে নেন। মালদিনি ইতালির জাতীয় দলের হয়ে ১২৬ ম্যাচ থেলেছেন। তিনি তার ১৪ বছরের আন্তর্জাতিক ক্যারিয়ারের অর্ধেকেরও বেশি সময় কাটিয়েছেন ইতালির অধিনায়ক হিসেবে। তিনি ইতালিকে রেকর্ড ৭৪ ম্যাচে নেতৃত্ব দিয়ছেন।

ব্যক্তিগত জীবন
সবচেয়ে বেশি ম্যাচ খেলার রেকর্ড
দলীয়
আন্তর্জাতিক ক্যারিয়ার