১৯৯১ সালের মার্চে গাগাউজিয়ায় সোভিয়েত ইউনিয়নে থাকা না থাকা নিয়ে একটি গণভোট অনুষ্ঠিত হয়। গণভোটে প্রায় সভাই সোভিয়েত ইউনিয়নে থাকার পক্ষে ভোট দেন। অনেক গাগাউজীয় ১৯৯১ সালে সোভিয়েত অভ্যুত্থান চেষ্টার পক্ষে ছিলেন এবং ১৯৯১ সালের ১৯ আগস্ট গাগাউজিয়াকে স্বাধীন প্রজাতন্ত্র হিসেবে ঘোষণা করা হয়। সেপ্টেম্বর মাসে ট্রান্সনিস্ট্রিয়া স্বাধীনতা ঘোষণার পর মলদোভীয় সরকারের সাথে সম্পর্ক আরো শীতল হয়। কিন্তু, ১৯৯১ সালের ২৭ আগস্ট মলদোভার আইনসভায় মলদোভার স্বাধীনতার পক্ষে ভোটাভুটি অনুষ্ঠিত হলে মলদোভীয় আইনসভার ১২ জন গাগাউজীয় প্রতিনিধির মাঝে ৬ জন স্বাধীনতার পক্ষে ভোট দেন ও ৬ জন ভোট প্রদান থেকে বিরত থাকেন। এরপর‍, মলদোভার সরকার সংখ্যালঘু অধিকারের দিকে অধিক নজর প্রদান করে।

১৯৯৪ সালের ফেব্রুয়ারি মাসে মলদোভার তৎকালীন রাষ্ট্রপতি মিরসেয়া স্নেগুর গাগাউজদের স্বায়ত্তশাসন প্রদানের অঙ্গীকার করলেও তাদের স্বাধীনতা প্রদানের বিরোধিতা করেন। তিনি মলদোভাকে যুক্তরাষ্ট্রীয় শাসনব্যবস্থার অধীনে নিয়ে তাকে মলদোভা, গাগাউজিয়া ও ট্রান্সনিস্ট্রিয়া নামের তিনটি প্রজাতন্ত্রে বিভক্ত করাত বিরোধী ছিলেন।

১৯৯৪ সালে মলদোভার আইনসভা "গাগাউজিয়ার জনগণ"কে (মলদোভার নতুন সংবিধান গৃহীত হবার মাধ্যমে) "জাতিগত আত্মনিয়ন্ত্রণের অধিকার" প্রদান করে। ১৯৯৪ ২৩ ডিসেম্বর মলদোভীয় আইনসভা "গাগাউজিয়ার বিশেষ আইনি মর্যাদা আইন" (গাগাউজ: "Gagauz Yeri") পাস করে। এর দরুন, গাগাউজ সমস্যার শান্তিপূর্ণ সমাধান ঘটে। এটি বর্তমানে সেদেশের ছুটির তালিকায় গাগাউজীয় ছুটির দিন হিসেবে গণ্য হয়ে থাকে। গাগাউজিয়াকে বর্তমানে সেদেশের একটি স্বায়ত্তশাসিত প্রাদেশিক অঞ্চল বলে গণ্য করা হয়ে থাকে। গাগাউজিয়ার সরকারি ভাষা তিনটি: রোমানীয়, গাগাউজ এবং রুশ।

৩ টি নগরি এবং ২৩ টি প্রজাসভা গাগাউজ স্বায়ত্তশাসিত প্রাদেশিক অঞ্চলের অন্তর্ভুক্ত করা হয়: প্রতিটি এলাকার জনসংখ্যার ৫০% এরও অধিক ব্যক্তি গাগাউজ জাতিগোষ্ঠীর এবং যেসব এলাকায় গাগাউজীয়দের সংখ্যা ৪০% থেকে ৫০% এর মাঝে, সেখানে গণভোটের মাধ্যমে তাদেরকে গাগাউজিয়ার আওতাভুক্ত করা হয়। ১৯৯৫ সালে ঘেওরঘে তাবুন্সচিচ গাগাউজিয়ার গভর্নর (রোমানীয়: "Guvernator", গাগাউজ: "Başkan") হিসেবে চার বছরের জন্য নির্বাচিত হন। তিনি গাগাউজীয় গণপরিষদ সভাপতি পিটার পাসালির সাথে গাগাউজিয়ার গণপরিষদ (Gagauz: "Halk Topluşu") প্রতিনিধি হিসেবেও নিযুক্ত হন।

দিমিত্রি ক্রোইটর ১৯৯৯ সালের গভর্নর নির্বাচনে জয়লাভ করেন এবং এবং ১৯৯৪ সালের চুক্তি অনুসারে গভর্নরের কাজের এখতিয়ার সম্পর্কে সোজাসুজিভাবে কথা বলতে শুরু করেন। মলদোভার কেন্দ্রীয় কর্তৃপক্ষের মাঝে নির্বাচনের ফলাফল সন্তুষ্টচিত্তে গ্রহণ করার লক্ষণ দেখা যায় নি। ফলশ্রুতিতে, কেন্দ্রীয় সরকারের সাথে গাগাউজিয়ার বিরোধ সৃষ্টি হয়। অবশেষে, মলদোভীয় সরকারের চাপের মুখে ক্রোইটুর ২০০২ সালে পদত্যাগ করেন। মলদোভীয় সরকার তাত বিরুদ্ধে ক্ষমতার অপব্যবহার, ট্রান্সনিস্ট্রিয়ার বিচ্ছিন্নতাবাদী গোষ্ঠীর সাথে সম্পর্ক রাখা সহ অন্যান্য অভিযোগে অভিযুক্ত করেছিল।

গাগাউজিয়ার কেন্দ্রীয় নির্বাচনী কমিশন পরবর্তী নির্বাচনগুলো ক্রোইটরকে গভর্নর পদে প্রার্থিতার অযোগ্য বলে ঘোষণা করেছিল। পরবর্তী নির্বাচনে ঘেরোঘি তাবুশিক গভর্নর হিসেবে নির্বাচন হন, যে নির্বাচনকে বিতর্কিত নির্বাচন বলে অভিহিত করা হয়। এরপর মিহাইল ফরমুজাল ২০০৬ সাল থেকে ২০১৫ সাল পর্যন্ত গাগাউজিয়ার গভর্নর হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ২০১৫ সালে অনুষ্ঠিত গভর্নর নির্বাচনে ইরিনা ভ্লাহ ৫১% ভোট পেয়ে নির্বাচিত হন।

২০১৪ সালের ২ ফেব্রুয়ারিতে অনুষ্ঠিত এক গণভোটে ইইউতে যোগদানের বিরুদ্ধে এবং রাশিয়ার সাথে আরো দৃঢ় সম্পর্ক গড়ে তোলার পক্ষে রায় প্রদান করেন গাগাউজিয়ার জনগণ। তারা আরো জানায় যে, মলদোভা ইইউতে যোগদান করলে তারা গাগাউজিয়ার স্বাধীনতা ঘোষণা করবেন।

২০১৫ সালের ২৩ মার্চে ইরিনা ভ্লাহ নতুন গভর্নর হিসেবে নির্বাচিত হন। তিনি নির্বাচনী প্রচারণায় প্রবলভাবে রাশিয়াপন্থী প্রচারণা চালান এবং তিনি তার নির্বাচনী প্রচারণায় রুশ ফেডারেশনের সাথে আরো গভীর সম্পর্ক রাখার অঙ্গীকার করেন।

সংস্কৃতি ও শিক্ষা
রুশ সাম্রাজ্য
স্বাধীন মলদোভা
জাতিগোষ্ঠী