তার কাজের স্বীকৃতিস্বরূপ তিনি সাতবার চিকিৎসাবিদ্যায় নোবেল পুরস্কারের জন্য মনোনীত হলেও একবারও এই পুরস্কার পাননি। ১৯০৮ সালে তাকে ন্যাশনাল অর্ডার অফ দ্য লিজিয়ন অফ অনার অফ ফ্রান্স উপাধিতে ভূষিত করা হয়।

ফিনলেকে সম্মান জানিয়ে হাভানা শহরের মারিয়ানো পুরসভায় ইঞ্জেকশনের সিরিঞ্জের আদলে "এল ওবেলিস্কো" নামক এক সৌধ বর্তমান। ১৯৮১ খ্রিষ্টাব্দে তার সম্মানে একটি কিউবার ডাকটিকিট প্রকাশ করা হয়। পানামা সিটিতে ফিনলের একটি মূর্তিও রয়েছে। এছাড়া ১৯৮০ খ্রিষ্টাব্দ থেকে ইউনেস্কো তার নামে কার্লোস জে. ফিনলে অণুজীববিজ্ঞান পুরস্কার চালু করেন।

পেশাগত কর্মজীবন
প্রাথমিক জীবন ও শিক্ষা
সম্মাননা
মৃত্যু