গুপ্ত ও পাল রাজবংশ সহ ভারতীয় উপমহাদেশের একাধিক রাজবংশ পাটলীপুত্র থেকে রাজ্য শাসন করেছিলেন। গুপ্ত সাম্রাজ্যের পতনের পর পাটলীপুত্রের ভবিষ্যত অনিশ্চিত হয়ে পড়েছিল। ১২শ শতাব্দীতে বখতিয়ার খিলজি পাটনা দখল করে বহু প্রাচীন শিক্ষাকেন্দ্র ধ্বংস করে দেন। এরপরই পাটলীপুত্র রাজনৈতিক ও সাংস্কৃতিক কেন্দ্রের মর্যাদা হারায়।

১০শ শিখ গুরু গোবিন্দ সিং (২২ ডিসেম্বর, ১৬৬৬ – ৭ অক্টোবর, ১৭০৮) পাটনায় জন্মগ্রহণ করেছিলেন। তার প্রকৃত নাম ছিল গোবিন্দ রাই। তার পিতা ছিলেন ৯ম শিখ গুরু তেগ বাহাদুর ও মা ছিলেন গুজরি। তার জন্মস্থান পাটনা সাহিব শিখদের পবিত্রতম তীর্থস্থানগুলির অন্যতম।

মুঘল শাসনকালে দিল্লি থেকেই শাসনকার্য চালানো হত। মধ্যযুগে পাঠান সম্রাট শের শাহ সুরির রাজত্বকালে পাটনার উন্নতি ঘটে। ১৬শ শতাব্দীর মধ্যভাগে তিনি পাটনার হৃতগৌরব পুনরুদ্ধার করেছিলেন। তিনি একটি দুর্গ নির্মাণ করেন এবং গঙ্গাতীরে একটি শহর প্রতিষ্ঠা করেন। পাটনায় শের শাহের দুর্গটি আর নেই। তবে শের শাহ সুরি মসজিদটি আছে। এই মসজিদটি আফগান স্থাপত্যশৈলীতে নির্মিত। ১৫৭৪ সালে মুঘল সম্রাট আকবর পাটনায় আসেন বিদ্রোহী আফগান নেতা দাউদ খানকে দমন করতে। আকবরের রাজসভার সভা-ইতিহাসকার তথা "আইন-ই-আকবরি" গ্রন্থের রচয়িতা আবুল ফজল পাটনা শহরটিকে কাগজ, পাথর ও কাচ শিল্পের একটি বর্ধিষ্ণু কেন্দ্র হিসেবে উল্লেখ করেন। তিনি পাটনায় উৎপন্ন এক বিশেষ ধরনের চালের উচ্চ মানের কথাও উল্লেখ করেছেন। এই চালটি ইউরোপে পাটনা চাল নামে পরিচিত।

১৬২০ সাল নাগাদ পাটনা ‘বাংলার বৃহত্তম বাণিজ্যশহর’ হিসেবে পরিচিত হয়। সমগ্র উত্তর ভারতে পাটনার পরিচয় হয় ‘বাংলার বৃহত্তম শহর ও সবচেয়ে বিখ্যাত বাণিজ্যকেন্দ্র।’ কলকাতা প্রতিষ্ঠার আগে পর্যন্ত পাটনা এই মর্যাদা ধরে রেখেছিল। মুঘল সম্রাট আওরঙ্গজেব তার প্রিয় নাতি মুহাম্মদ আজিমের অনুরোধে এই শহরের নাম পরিবর্তন করে রাখেন আজিমাবাদ। ১৭০৪ সালে আজিম পাটনায় সুবেদার হিসেবে প্রেরিত হন। পাটনা বা আজিমাবাদে কিছু হিংসাত্মক ঘটনা ঘটেছিল। ফিলিপ ম্যাসন তার "দ্য ম্যান হু রুলড ইন্ডিয়া" গ্রন্থে এই ধরনের কিছু ঘটনার বিবরণ দিয়েছেন। “আওরঙ্গজেব অ-মুসলমানেদের উপর জিজিয়া কর পুনঃস্থাপিত করেছিলেন। এই কর দেওয়া ছিল বাধ্যতামূলক। পাটনায় কুটির প্রধান পিকক এই কর দিতে অস্বীকার করায় তাঁকে বন্দী করা হয় এবং খালি মাথায় ও খালি পায়ে রাস্তা দিয়ে হাঁটতে বাধ্য করা হয়। নানা ভাবে অসম্মান করার পর তাঁর থেকে কর আদায় করে তাঁকে ছেড়ে দেওয়া হয়।” যদিও এই সময় নাম ছাড়া পাটনার পরিবর্তন সামান্যই হয়েছিল। মুঘল সাম্রাজ্যের পতনের পর পাটনার কর্তৃত্ব বাংলার নবাবদের হাতে চলে যায়। তারা এই শহরের উপর করভার বৃদ্ধি করেছিলেন। কিন্তু তা সত্ত্বেও পাটনার বাণিজ্যিক গুরুত্ব কিছুমাত্র হ্রাস পায়নি। ১৮১১-১২ নাগাদ পাটনার নদী তীরে তেকারি রাজের প্রাসাদ থেকে পাটনা নিয়ন্ত্রিত হত।

বায়ু দূষণ
ব্রিটিশ যুগ
মধ্যযুগ
মৌর্য সাম্রাজ্য ও আদি মধ্যযুগ