১৯৭১ সালের মার্চ মাসে জামিল পাকিস্তান সেনাবাহিনীতে মেজর পদে উন্নীত হন এবং ২৭ মার্চ সদ্য স্বাধীনতা ঘোষণা করা বাংলাদেশে পাকিস্তান সেনাবাহিনীর গণহত্যার খবর জানতে পেরে তিনি পাকিস্তান সেনাবাহিনী অন্যান্য বাঙালী অফিসার এবং ৪র্থ ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্টের (ডাকনাম বেবি টাইগার্স) সেনাদের সাথে সেনাবাহিনী ত্যাগ করেন। ১০ অক্টোবর সিলেট সেক্টরে বদলি হয়ে যাওয়ার আগ পর্যন্ত তিনি সেক্টর-১১ এর অধিনে বাংলাদেশ ফোর্সের (BDF) অফিসার হিসেবে পাকিস্তানি বাহিনীর বিরুদ্ধে যুদ্ধে অংশগ্রহণ করেছিলেন। জুন মাসে তিনি সেক্টর ১১ এর অধিনে ৩য় ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্টের কমান্ডিং অফিসার হিসাবে নিয়োগ পান, এই সেক্টরের সেক্টর কামান্ডার ছিলেন মেজর জিয়াউর রহমান, যিনি পরবর্তীতে তিনি জেড ফোর্স ব্রিগেড গঠন করেছিলেন। ৩য় ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্ট ছোট এবং বড় আকারের গেরিলা অভিযানের অংশ নিয়েছিলো। এছাড়াও জিয়া জামিলকে তেল ঢাকা এলাকা মুক্ত এবং নিরাপদ রাখার দায়িত্ব দিয়েছিলেন। লেফট্যানেন্ট নুরুন্নবী এবং আনোয়ার মেজর জামিলকে এই এলাকার প্রথমিক প্রশাসনিক কার্যকলাপে সহায়তা করেছিলেন। ২৭ আগস্ট প্রথম ডাকঘর এবং দুটি সাব পোস্টঅফিসের উদ্বোধনী অনুষ্ঠানে জিয়ার সঙ্গে উপস্থিত ছিলেন তিনি। ১১ অক্টোবর ১৯৭১ মেজর শাফায়াত জামিলের নেতৃত্বে ৩য় ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্ট সিলেটের ছাতকের যুদ্ধেঅংশ নেয়। ছাতক অপারেশন সফল না হলেও ৩য় ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্ট ৩৬৪জন পাকিস্তানি সৈন্যকে হত্যা করে। 

১৯৭১ সালের ২৬ নভেম্বর ভারতীয় সেনাবাহিনীর গোর্খা রেজিমেন্টের তিনটি কোম্পানি সিলেটের রাধানগরে পাকিস্তানি সেনাবাহিনীর অবস্থানে আক্রমণ করে। কিন্তু তাদের সেই আক্রমণ ব্যর্থ হয়। পাকিস্তানিদের পাল্টা আক্রমণে ব্যাপক ক্ষয়ক্ষতির শিকার হয় তখন। এরপর মিত্রবাহিনীর জেনারেল গিল নিয়মিত মুক্তিবাহিনীর ৩ ইস্ট বেঙ্গল রেজিমেন্টের অধিনায়ক শাফায়াত জামিলের ওপর দায়িত্ব দিয়ে সিলেটের রাধানগর এলাকার ছোটখেল মুক্ত করান। প্রথাগত সামরিক যুদ্ধে এক কোম্পানি বা তার কম সেনা থাকলে ব্যাটালিয়ন অধিনায়ক সাধারণত যুদ্ধের ময়দানে না গেলেও শাফায়াত জামিল নিজেই ওই যুদ্ধে নেতৃত্ব দেন। যোদ্ধা হিসেবে গোর্খাদের সুনাম পৃথিবীব্যাপী। ভারতীয় সেনাবাহিনীর গোর্খা রেজিমেন্টের জন্য দুরূহ কাজটি শাফায়াত জামিলের নেতৃত্বে মুক্তিযোদ্ধারা সম্ভব করেন। ২৭ নভেম্বর গভীর রাতে অভিযানটি শুরু হয়। ধানখেতের মধ্য দিয়ে প্রায় ১৫০ জন মুক্তিযোদ্ধা এগিয়ে চললেন পাকিস্তানি সেনাদের অবস্থানের দিকে। সবার সামনে ছিলেন শাফায়াত জামিল ও কোম্পানি অধিনায়ক এস আই নূরুন্নবী খান। পাকিস্তানি সেনাদের অবস্থানের কাছাকাছি গিয়ে তিনি অগ্রসর হলেন বাঁ দিক থেকে এবং এস আই নূরুন্নবী ডান দিক দিয়ে। ক্ষিপ্রতার সঙ্গে গুলি করতে করতে তারা পাকিস্তানি সেনাদের বিভিন্ন বাংকারের দিকে এগিয়ে চললেন। কয়েকটি বাংকারে হাতাহাতি যুদ্ধ হলো। প্রচণ্ড আক্রমণের তীব্রতায় কিছুক্ষণের মধ্যেই পাকিস্তানি সেনারা সেখান থেকে পালিয়ে গেল। মাত্র ২০ মিনিটের মধ্যেই ছোটখেল মুক্তিযোদ্ধাদের দখলে চলে এল। নিহত হলো অসংখ্য পাকিস্তানি সেনা। আশপাশে চলছিল বিক্ষিপ্ত গোলাগুলি। চারদিকে মৃত পাকিস্তানি সেনাদের লাশ, অস্ত্রশস্ত্র ও গোলাবারুদ ছড়িয়ে-ছিটিয়ে পড়ে আছে। ভোরের আলোয় শাফায়াত জামিল তদারক করছেন অবস্থান সুদৃঢ় করার কাজ। এমন সময় তার ডান কোমরে গুলি লাগে। ছিটকে পড়েন তিনি, গুরুতর আহত হন। সহযোদ্ধারা তাকে ফিল্ড হাসপাতালে পাঠান।

প্রারম্ভিক জীবন
মুক্তিযুদ্ধে ভূমিকা
কর্মজীবন
যুদ্ধের পরে