ফরাসিদের মিশর ত্যাগের পর মিশরের ওয়ালি (গভর্নর) মুহাম্মদ আলি পাশা দেশে তার নিয়ন্ত্রণ সুসংহত করায় মনোনিবেশ করেন। এ উদ্দেশ্যে তিনি আল-আজহারের আলেমদের প্রভাব হ্রাসের জন্য কিছু পদক্ষেপ নেন। আল-আজহারের আয়ের একটি প্রধান উৎস ছিল করমুক্ত জমি। তিনি এগুলোর উপর করারোপ করেছিলেন। ১৮০৯ খ্রিষ্টাব্দের জুন মাসে তিনি এসকল জমি সরকারের অণুকূলে বাজেয়াপ্ত করার নির্দেশ দেন। এই সিদ্ধান্ত উলামাদের ক্ষিপ্ত করে তোলে। এর ফলে নকিব আ-আশরাফ নামক পদের দায়িত্বে থাকা উমর মাকরাম সেই বছরের জুলাই মাসে একটি বিদ্রোহে নেতৃত্ব দেন। এই বিদ্রোহ ব্যর্থ হয় এবং মাকরামসহ প্রভাবশালী উলামারা দায়িয়েতে নির্বাসিত হন।

আল-আজহারের বাইরে লেখাপড়া করা ব্যক্তিদেরকে সরকারে নিযুক্ত করে আলি আল-আজহারের আলেমদের প্রভাব কমাতে চেয়েছিলেন। তিনি নির্বাচিত কিছু ছাত্রকে পাশ্চাত্য ব্যবস্থায় পড়াশোনার জন্য ফ্রান্সে পাঠান। তিনি পাশ্চাত্য ধাচের শিক্ষাব্যবস্থা গড়ে তুলেছিলেন এবং আল-আজহারের ব্যবস্থাকে পাশ কাটিয়ে যান।

মুহাম্মদ আলির নাতি ইসমাইল পাশার শাসনামলে কায়রোকে ইউরোপীয় শৈলীর শহর হিসেবে গড়ে তোলার জন্য ব্যাপক কার্যক্রম শুরু হয়। এসকল কার্যক্রমের জন্য ব্রিটেনের কাছে মিশর বড় অঙ্কের ঋণ গ্রহণ করে ফলে ১৮৮২ খ্রিষ্টাব্দে ব্রিটিশরা মিশর অধিকার করে নিতে সক্ষম হয়।

ইসমাইল পাশার শাসনামলে আল-আজহার রাষ্ট্রীয় পৃষ্ঠপোষকতা ফিরে পায়। খেদিভ হিসেবে ইসমাইল পাশা বাব আল-সায়িদা ফটক ও মাদ্রাসা আল-আকবাগাউয়িয়া সংস্কার করেন। ব্রিটিশদের চাপের ফলে ইসমাইল পাশার পদত্যাগের পর তার পুত্র তৌফিক পাশা খেদিভ হন। তিনি মসজিদের সংস্কার বহাল রাখেন। তিনি মসজিদের বেশ কিছু অংশের নকশা নতুন করে প্রণয়ন করেছিলেন। তৌফিক পাশার পর তার পুত্র দ্বিতীয় আব্বাস ১৮৯২ খ্রিষ্টাব্দে মিশর ও সুদানের খেদিভ হন। তিনি তার দাদা ইসমাইলের শুরু করা সংস্কারকাজ চালু রাখেন। মসজিদের মূল বহিরাঙ্গণ তিনি পুনরায় তৈরি করেছিলেন। সেসাথে একটি নতুন "রিওয়াক" নির্মিত হত। তার শাসনামলে ফাতেমীয় যুগে নির্মিত উঠোনও সংস্কার করা হয়। এসকল সংস্কার আল-আজহারের আধুনিকায়নে সহায়তা করেছে।

ইসমাইল পাশার শুরু করা সংস্কার কার্যক্রম ব্রিটিশ শাসনামলেও চালু ছিল। ১৮৭২ খ্রিষ্টাব্দে শাইখ আল-আজহার মুহাম্মদ মাহদি আল-আব্বাসি বিশ্ববিদ্যালয়ের ধারা চালু ও ছাত্রদের পরীক্ষা পদ্ধতির উন্নয়নের জন্য বেশ কিছু সংস্কার চালু করেন। ব্রিটিশ যুগে হিলমির শাসনামলে শিক্ষাব্যবস্থার আধুনিকায়নের জন্য আরো কিছু প্রচেষ্টা চালানো হয়েছিল। মসজিদের পাণ্ডুলিপির সংগ্রহ কেন্দ্রীয় গ্রন্থাগারে রক্ষিত হয়, ছাত্রদের স্বাস্থ্যব্যবস্থার উন্নয়ন করা হয় এবং পড়ালেখার ক্ষেত্রে নিয়মিত পরীক্ষার পদ্ধতি প্রণয়ন করা হয়। ১৮৮৫ খ্রিষ্টাব্দ থেকে মিশরের অন্যান্য কলেজগুলো সরাসরি আল-আজহার মসজিদের তত্ত্বাবধানে নিয়ে আসা হয়।

সাদ জাগলুল মিশরের শিক্ষামন্ত্রী থাকাকালীন সময়ে আল-আজহারের শিক্ষানীতিতে পরিবর্তন আনার চেষ্টা করা হয়েছি। রক্ষণশীল ধারার সমর্থক হলেও আল-আজহার মুসলিম ব্রাদারহুডপন্থি ছিল না। এখানে দক্ষিণপূর্ব এশিয়া, বিশেষত ইন্দোনেশিয়া থেকে অনেক ছাত্র পড়তে আসে। এর ফলে ওয়াহাবিবাদের সাথে ভারসামত্য বজায় থাকে।

মিশরের বাদশাহ প্রথম ফুয়াদের শাসনামলে প্রণীত দুইটি আইনে আল-আজহারের শিক্ষাকাঠামোকে পুনর্গঠিত করা হয়। এর মধ্যে প্রথমটি ১৯৩০ খ্রিষ্টাব্দে প্রণীত হয়েছিল। এর মাধ্যমে পুরো শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানকে আরবি ভাষা, শরিয়া ও ধর্মতত্ত্ব এই তিনটি বিভাগে ভাগ করা হয়। এসকল বিভাগ মসজিদের বাইরে কায়রোতে পৃথক ভবনে স্থাপন করা হয়েছিল এসব বিভাগ থেকে ডিগ্রি নেয়ার জন্য আনুষ্ঠানিক পরীক্ষায় অংশ নিতে হত। ছয় বছর পর দ্বিতীয় আইনটি প্রণীত হয়। এই আইনের মাধ্যমে মূল দপ্তরকে মসজিদের বাইরে একটি ভবনে স্থানান্তর করা হয়। বিভাগসমূহের ভবনের জন্য পরবর্তীকালে বাড়তি অবকাঠামো নির্মিত হয়েছিল।

১৯২৮ খ্রিষ্টাব্দে মুস্তাফা আল-মারাগি আল-আজহারের রেক্টর নিযুক্ত হন। তিনি ছিলেন মুহাম্মদ আবদুহর অণুসারী। তার নিয়োগের পর মুহাম্মদ আবদুহ ও মুহাম্মদ আল-আহমাদি আল-জাওয়াহিরির মত সংস্কারকদের ধারণা আল-আজহারে প্রবর্তিত হওয়া শুরু হয়। অনেক উলামা তার নিয়োগের বিরোধী ছিলেন। আল-মারাগি ও তার উত্তরসুরিরা মসজিদ ও মাদ্রাসার আধুনিকীকরণ সংস্কার শুরু করেছিলেন। এসময় পাঠদানের বিষয় বৃদ্ধি করা হয়। বাদশাহ ফুয়াদ আল-মারাগিকে অপছন্দ করতেন। এক বছর পর আল-জাওয়াহিরিকে রেক্টর হিসেবে নিয়োগ দেয়া হয়। পরে ১৯৩৫ খ্রিষ্টাব্দে আল-মারাগি পুনরায় রেক্টর হন। ১৯৪৫ খ্রিষ্টাব্দে মৃত্যূর আগ পর্যন্ত তিনি এই পদে আসীন ছিলেন। তার অধীনে আল-আজহারে আরবি ছাড়াও অন্য ভাষা এবং আধুনিক বিজ্ঞান পাঠ্যক্রমের অন্তর্ভুক্ত হয়। আল-জাওয়াহিরিও আধুনিকীকরণ ও সংস্কার চালু রেখেছিলেন। আল-মারাগির দ্বিতীয় দফা রেক্টর হিসেবে দায়িত্বপালন করার পর আবদুহর আরেক ছাত্র রেক্টর হয়েছিলেন।

স্থাপত্য
বাব আল-মুজাইয়িনিন
মুহাম্মদ আলি রাজবংশ ও ব্রিটিশ আধিপত্য
উসমানীয় সাম্রাজ্যের প্রদেশ