১৯৬২ সালে, কফি আনান জাতিসংঘের সহযোগী সংগঠন বিশ্ব স্বাস্থ্য সংস্থার বাজেট অফিসার হিসেবে কাজ শুরু করেন। ১৯৭৪ থেকে ১৯৭৬ সাল পর্যন্ত তিনি ঘানার পর্যটনের পরিচালক হিসেবে দায়িত্বপালন করেন। ১৯৮০ সালে তাকে জেনেভায় জাতিসংঘ শরণার্থীবিষয়ক হাইকমিশনারের সদর দপ্তরের কর্মকর্তাদের প্রধান নিযুক্ত করা হয়। ১৯৮৩ সালে তিনি নিউইয়র্কে জাতিসংঘ সচিবালয়ের প্রশাসনিক ব্যবস্থাপনা সেবার পরিচালক পদে আসীন হন। ১৯৮০'র দশকের শেষদিকে তিনি জাতিসংঘের সহকারী মহাসচিব হিসেবে পরপর তিনটি পদের দায়িত্ব পান: মানবসম্পদ, ব্যবস্থাপনা এবং নিরাপত্তা সমন্বয়ক (১৯৮৭–১৯৯০); কর্মসূচী পরিকল্পক, বাজেট ও ফিন্যান্স, এবং নিয়ন্ত্রক (১৯৯০–১৯৯২); শান্তিরক্ষা কার্যক্রম (মার্চ ১৯৯৩ – ডিসেম্বর ১৯৯৬)।

১৯৯২ সালে তৎকালীন মহাসচিব বুত্রোস বুত্রোস ঘালি ডিপার্টমেন্ট অফ পিসকিপিং অপারেশনস (ডিপিকেও) চালু করার পর প্রধান হিসেবে আন্ডার সেক্রেটারি জেনারেল ম্যারাক গোল্ডিং এবং তার ডেপুটি বা সহকারী হিসেবে আনানকে নিয়োগ দেয়া হয়। পরবর্তীতে ১৯৯৩ সালের মার্চে আনান গোল্ডিংয়ের পদে উন্নীত হন। তার এই শান্তিরক্ষা-প্রধানের পদে থাকার সময়কালেই সোমালিয়ার যুদ্ধ হয় যেখানে জাতিসংঘ শান্তিরক্ষা মিশন চরমভাবে ব্যর্থ হয় এবং সংঘটিত হয় রুয়ান্ডার গণহত্যা (১৯৯৪)। ১৯৯৫ সালের ২৯শে আগস্ট মহাসচিব বুত্রোস ঘালি যখন উড়োজাহাজে ছিলেন বলে তার সাথে যোগাযোগ করা সম্ভব হচ্ছিল না, কফি আনান জাতিসংঘ কর্মচারীদেরকে "বসনিয়ায় বিমানহামলার বিরুদ্ধে তাদের ভেটো দেয়ার ক্ষমতা সীমিত সময়ের জন্য বন্ধ রাখতে" নির্দেশনা দিয়েছিলেন। এর ফলে ন্যাটো তাদের অপারেশন ডেলিবারেট ফোর্স পরিচালনের সুযোগ পায় এবং আনান যুক্তরাষ্ট্রের সুনজরে আসেন। রিচার্ড হলব্রুকের মতে, আনানের "সাহসী উদ্যোগে" যুক্তরাজ্যে আশ্বস্ত হয় যে বুত্রোস ঘালির পরিবর্তে তিনিই উপযুক্ত লোক হবেন।

২০০৩ সালে অবসরপ্রাপ্ত কানাডীয় জেনারেল রোমিও ড্যালেয়ার, যিনি রুয়ান্ডায় জাতিসংঘ সহযোগিতা মিশনের ফোর্স কমান্ডার ছিলেন, দাবি করেন, কফি আনান সেখানকার আসন্ন গণহত্যা সম্পর্কে প্রতিক্রিয়া দেখাতে মাত্রাতিরিক্ত নিষ্ক্রিয় ছিলেন। ড্যালেয়ার তার বই "শেইক হ্যান্ডস উইথ দ্য ডেভিল:দ্য ফেইলিওর অফ হিউম্যানিটি ইন রুয়ান্ডা" (২০০৩) বইয়ে জানান যে আনান জাতিসংঘের সৈন্যদেরকে দ্বন্দ্ব সমাধানে মধ্যস্থতা করা এবং লজিস্টিক ও বস্তুগত সাহায্য দেয়া থেকে বিরত রাখেন। তিনি দাবি করেন অস্ত্রভাণ্ডারে প্রবেশাধিকার চেয়ে তার করা পুনঃপুন ফ্যাক্সগুলোর উত্তরও আনান দেননি; যে অস্ত্রগুলো দ্বারা তিনি বিপন্ন টুটসিদের সাহায্য করতে পারতেন। ২০০৪ সালে, উক্ত গণহত্যার তার দশ বছর পরে, আনান বলেন,"আমি (বিশ্ববাসীকে) আরো বেশি সচেতন করতে পারতাম এবং সাহায্য ও সমর্থন জড়ো করতে পারতাম এবং আমার সেটা করা উচিত ছিল।"

আনান তার বই "ইন্টারভেনশনস: এ লাইফ ইন ওয়ার অ্যান্ড পিস"-এ লেখেন যে রুয়ান্ডার গণহত্যা সম্পর্কে সচেতনতা বাড়ানোর জন্য ডিপিকেও গণমাধ্যমকে আরো ভালোভাবে ব্যবহার করতে পারতো এবং সংকটে হস্তক্ষেপ করতে প্রয়োজনীয় সংখ্যক সৈন্য সরবরাহ করতে সরকারগুলোর ওপর চাপ প্রয়োগ করতে পারতো। আনান ব্যাখ্যা করেন, সোমালিয়ার ঘটনা এবং সেখানে জাতিসংঘ মিশনের ব্যর্থতার ফলে শক্তিশালী শান্তিরক্ষা মিশন অনুমোদন করতে জাতিসংঘের সদস্য রাস্ট্রগুলোর মধ্যে দ্বিধা সৃষ্টি করছিল। ফলতঃ যখন যুদ্ধ শুরুর দিনকতকের মধ্যেই রুয়ান্ডার ইউএন মিশন অনুমোদিত হলো তখন সৈন্যসংখ্যা ও সরবরাহের অপর্যাপ্ততা এবং কার্যকরভাবে অপারেশন করার আদেশের অপ্রাপ্যতা দেখা গেলো।

আনান মার্চ ১৯৯৪ থেকে অক্টোবর ১৯৯৫ পর্যন্ত আন্ডার-সেক্রেটারি-জেনারেল হিসেবে কাজ করেন। এরপর পাঁচ মাস সাবেক যুগোস্লোভিয়ায় জাতিসংঘ মহাসচিবের বিশেষ দূত হিসেবে দায়িত্ব পালন করে এপ্রিল ১৯৯৬-তে পুনরায় আগের পদে ফিরে আসেন।

কর্মজীবন
প্রাথমিক জীবন ও শিক্ষা
নিয়োগ
জাতিসংঘ-পরবর্তী ক্যারিয়ার