১৬৫৭ সালে দাক্ষিণাত্যে আওরঙ্গজেব গোলকুন্ডা এবং বিজাপুর আক্রমণ করেন। হিন্দু রাজা শিবাজি মুঘলদের বিরুদ্ধে গেরিলা যুদ্ধের মাধ্যমে তার পিতার আমলের তিনটি দুর্গ পুনরুদ্ধার করেন। এই বিজয়ের ফলে অন্যান্য স্বাধীন মারাঠা গোত্রের নেতৃত্ব শিবাজীর হাতে চলে আসে। মারাঠারা আদিল শাহ এর নেতৃত্বে মুঘল বাহিনীকে চোরাগুপ্তা হামলার মাধ্যমে পর্যুদস্ত করে। তারা মুঘলদের দুর্গ এবং অস্ত্র শস্ত্র নিজেদের হস্তগত করে। শিবাজীর দুর্বল অস্ত্রশস্ত্রের অধিকারী ক্ষুদ্র সেনাবাহিনী মুঘলদের ব্যাপক আক্রমণের বিরুদ্ধেও টিকে থাকে। শিবাজী নিজে আদিল শাহের সেনাপতি আফজাল খানকে হত্যা করে। এ ঘটনার পর মারাঠারা ক্রমে একটি শক্তিশালী সামরিক শক্তি হিসেবে আবির্ভূত হয় এবং ধীরে ধীরে মুঘল অধিকৃত এলাকাগুলো নিজেদের দখলে নিতে থাকে। শিবাজীর সামরিক অভিযান ধীরে ধীরে মুঘল শক্তিকে নিষ্ক্রিয় করতে থাকে। ১৬৫৯ সালে আওরঙ্গজেব তার অত্যন্ত বিশ্বাসী সেনাপতি এবং সম্পর্কে চাচা শায়েস্তা খানকে গোলকুন্ডা দুর্গ বিদ্রোহীদের দখল থেকে পুনরুদ্ধারের জন্য প্রেরণ করেন। শায়েস্তা খান মারাঠাদের দখলকৃত অঞ্চলের গমন করেন এবং পুনাতে তার সামরিক ঘাঁটি গাড়েন। কিন্তু এক রাতে সুবাদারের প্রাসাদে এক বিবাহ অনুষ্ঠানের সময় শিবাজী নিজে এক দুর্ধর্ষ আক্রমণ পরিচালনা করে। এই আক্রমণে শায়েস্তা খাঁর পুত্র নিহত হয় এবং শায়েস্তা খান আহত হন। আক্রমণে তার তিনটি আঙুল হারাতে হয়েছিল। এই ঘটনার পর শায়েস্তা খাঁ কে বাংলার সুবাদার হিসেবে নিয়োগ দেয়া হয়।

শিবাজী মুঘলদের অধিকৃত দুর্গ এবং বিজাপুরের জন্য উভয় দুর্গ দখল করে নেয়। এরপর আওরঙ্গজেব দৌলতাবাদ দুর্গের ২ টি বিখ্যাত কামান মারাঠাদের আক্রমণে ব্যবহার করার আদেশ দেন। আওরঙ্গজেব আম্বার এর সেনাপতি রাজপুত রাজা জয় সিং কে মারাঠাদের বিরুদ্ধে যুদ্ধ পরিচালনা করার নির্দেশ দেন। জয় সিং পুরানদার দুর্গ দখল করে নেন। এক ভয়ংকর যুদ্ধে মারাঠা সেনাপতি মুরারবাজির পতন হয়। আসন্ন পরাজয় উপলদ্ধি করে শিবাজী মুঘলদের সাথে সন্ধি করেন এবং দিল্লিতে আওরঙ্গজেবের সাথে আলোচনা করতে রাজি হন। জয় সিং শিবাজী কে তার নিরাপত্তা বিধানের প্রতিশ্রুতি দেন এবং তার নিজের পুত্র প্রথম রাম সিংয়ের জিম্মায় শিবাজী কে অর্পণ করেন। যদিও শিবাজী এবং তার পুত্র সাম্বাজী আওরঙ্গজেবের সাক্ষাৎ লাভের উদ্দেশ্যে মুঘল দরবারে পৌঁছানোর পর পরিস্থিতি সম্পূর্ণ ভিন্ন ছিল। সেখানের পরিস্থিতি রাজা রাম সিংয়ের নিয়ন্ত্রণের বাইরে চলে যায়। আগ্রায় মারাঠা নেতাদের গৃহবন্দী করে রাখা হয়। কিন্তু শিবাজী এবং সম্ভাজি সেখান থেকে পলায়ন করেন। ১৬৭৪ সালে দাক্ষিণাত্যে পৌঁছানোর পর শিবাজী নিজেকে মারাঠাদের রাজা "ছত্রপতি" হিসেবে ঘোষণা করে। আওরঙ্গজেব তার বিরুদ্ধে সেনাবাহিনীর প্রেরণ অব্যাহত রাখে, তথাপি ১৬৮০ সালে শিবাজীর মৃত্যুর আগ পর্যন্ত তিনি দাক্ষিণাত্যে মারাঠাদের নিয়ন্ত্রণ প্রতিষ্ঠিত করেছেন। তার মৃত্যুর পর তার পুত্র সম্ভাজি মারাঠাদের নেতা হন। সামরিক অথবা রাজনৈতিকভাবে দাক্ষিণাত্যে মুঘলদের নিয়ন্ত্রণ প্রতিষ্ঠা করার সকল প্রচেষ্টা ব্যর্থ হয়েছিল। 

১৬৮৯ সালে মুঘল সেনারা সম্ভাজিকে গ্রেফতার করে হত্যা করে। তার উত্তরাধিকারী ছত্রপতি রাজারাম এবং তার বিধবা পত্নী তারাবাঈ ভিন্ন ভিন্ন যুদ্ধে মুঘলদের মোকাবেলা করেছিল। ১৬৮৯-১৭০৭ সালের মধ্যে বিবদমান অঞ্চল গুলোর নিয়ন্ত্রণ বিচ্ছিন্ন যুদ্ধের মধ্য দিয়ে বেশ কয়েকবার হাত বদল হয়। মারাঠাদের কোন কেন্দ্রীয় শাসন ব্যবস্থা না থাকায় আওরঙ্গজেবকে প্রতি ইঞ্চি জমির জন্য যুদ্ধ করতে হয়েছিল। এর ফলে মুঘলদের প্রচুর জনবল এবং অর্থ খরচ হয়। অপরদিকে আওরঙ্গজেবের তৃতীয় পুত্র সুলতান মোহাম্মদ আকবর মুঘল দরবার পরিত্যাগ করে আরো কিছু মসনবদারদের সাথে নিয়ে দাক্ষিণাত্যের মুসলিম বিদ্রোহীদের সাথে যোগদান করেন। প্রতিউত্তরে আওরঙ্গজেব তার রাজধানী আওরঙ্গাবাদ এ নিয়ে যান এবং দাক্ষিণাত্যের অভিযানের নেতৃত্ব গ্রহণ করেন। যুদ্ধে পরাজিত হয়ে আকবর আরো দক্ষিণে গিয়ে সম্ভাজির আশ্রয় প্রার্থী হন। এরপর তিনি পারস্য পলায়ন করেন তার আর কোনো খোঁজ পাওয়া যায়নি। আওরঙ্গজেব আরও পশ্চিমে অগ্রসর হয়ে মারাঠা অধিকৃত অঞ্চলের সাতারা দখল করে নেন। কিন্তু মারাঠারাও মুঘলদের এলাকা দখল করতে থাকে। এসব এলাকার মধ্যে উল্লেখযোগ্য হলো তামিলনাড়ুর মালওয়া, হায়দ্রাবাদ এবং জিনজি। দুই দশকেরও বেশি সময় ধরে আওরঙ্গজেব দাক্ষিণাত্যে সামরিক অভিযান পরিচালনা করেও আওরঙ্গজেব স্থায়ী কোনো সুবিধা করতে পারেনি। এভাবে আওরঙ্গজেব দাক্ষিণাত্যের বিদ্রোহ দমন করার জন্য পরিচালিত যুদ্ধে এক পঞ্চমাংশ সামরিক শক্তিকে হারিয়েছিলেন। রাজধানী উত্তর ভারত থেকে বহুদূর অগ্রসর হয়ে দাক্ষিণাত্যে মারাঠাদের বিরুদ্ধে যুদ্ধরত অবস্থায় ৮৮ বছর বয়সে তিনি মারা যান। তার মৃত্যু ছিল স্বাভাবিক। 

আওরঙ্গজেব প্রথাগত সামরিক কৌশল থেকে সরে এসে শুধুমাত্র বিচ্ছিন্নতাবাদীদের দমনের জন্য মুঘল সামরিক শক্তির আমূল পরিবর্তন নিয়ে এসেছিলেন। আওরঙ্গজেবের শাসনামলে মারাঠারা দুইবার গুরুত্বপূর্ণ সমুদ্র বন্দর সুরাট ধ্বংস করেছিল।

ঐতিহাসিক ম্যাথিউ হোয়াইট করেন যে ২.৫ মিলিয়ন সৈন্য মুঘল মারাঠা যুদ্ধে মারা গিয়েছিল (প্রতি বছর ১০০০০০ জন)। এছাড়াও দুর্ভিক্ষ, প্লেগ এবং খরায় আক্রান্ত হয়ে আরও ২ মিলিয়ন বেসামরিক মানুষ মারা গিয়েছিল।

ফরাসিদের সাথে সম্পর্ক
মুঘল মারাঠা যুদ্ধ
দাক্ষিণাত্যের রাজপ্রতিনিধি
মুঘল সাম্রাজ্যের আয়তন বৃদ্ধি