১৯৯০ সালে, সরকারের গঠনতন্ত্র শান্তিপূর্ণভাবে সমাজতান্ত্রিক রাষ্ট্র ব্যবস্থা থেকে সংসদীয় গণতন্ত্র ব্যবস্থায় পরিবর্তীত হয়। নভেম্বর ১১, ২৫ এবং ডিসেম্বর ০৯, ১৯৯০ তারিখে প্রথম বহুদলীয় নির্বাচন অনুষ্ঠিত হয়। ভ্লাদিমির মিটকভ নেতৃত্বাধীন যৌথভাবে নির্বাচিত রাষ্ট্রপতির পদত্যাগের পর, ১৯৯১ সালের ৩১ শে জানুয়ারি কিরো গ্লিগোরভ ম্যাসেডোনিয়া প্রজাতন্ত্রের প্রথম গণতান্ত্রিকভাবে নির্বাচিত রাষ্ট্রপতি হিসেবে ক্ষমতায় অধিষ্ঠিত হন। ১৯৯১ সালের ১৬ই এপ্রিল, সংবিধান সংশোধনের মাধ্যমে নতুন পার্লামেন্ট দেশটির সরকারী নাম থেকে " সমাজতান্ত্রিক" শব্দটি অপসারণ করে। একই বছরের ৭ই জুন , ম্যাসেডোনিয়া প্রজাতন্ত্রের নতুন নাম আনুষ্ঠানিকভাবে প্রতিষ্ঠিত হয়।

সেপ্টেম্বর ০৮, ১৯৯১ তারিখে ম্যাসেডোনিয়া প্রজাতন্ত্রে একটি গনভোট অনুষ্ঠিত হয় যেখানে ৯৫.২৬% জনগণ "ম্যাসেডোনিয়া প্রজাতন্ত্রের" নামে একটি পৃথক রাষ্ট্রের দাবীতে ইউগোস্লাভিয়া থেকে স্বাধীনতার জন্য ভোট দিয়েছিল। গণভোটের প্রশ্নটি গঠন করা হয়েছিল "আপনি কি ভবিষ্যতে ইউগোস্লাভিয়ার সার্বভৌম রাষ্ট্রগুলির সাথে জোটে অংশগ্রহণের অধিকার থাকবে এমন একটি স্বাধীন ম্যাসেডোনিয়া সমর্থন করেন?" (ম্যাসেডোনিয়ান: Дали сте за самостојна Македонија со право да стапи во иден сојуз на суверени држави на Југославија?)। ২৫শে সেপ্টেম্বর, ১৯৯১ তারিখে ম্যাসেডোনিয়া প্রজাতন্ত্রকে একটি স্বাধীন দেশ হিসাবে আনুষ্ঠানিকভাবে গ্রহণ করে স্বাধীনতার ঘোষণাপত্রটি ম্যাসেডোনিয়ার সংসদে গৃহীত হয়, যদিও ম্যাসেডোনিয়াতে স্বাধীনতা দিবসটি এখনও গণভোটের অনুষ্ঠানের দিন হিসেবে ৮ই সেপ্টেম্বর তারিখে উদযাপন করা হয়। ১৭ই নভেম্বর ১৯৯১ তারিখে ম্যাসেডোনিয়া প্রজাতন্ত্রের একটি নতুন সংবিধান গৃহীত হয়।

বুলগেরিয়া সর্বপ্রথম সাংবিধানিক নামের অধীনে নতুন রাষ্ট্রটিকে স্বীকৃতি প্রদান করে। তবে, দেশটির হেলেনিক নাম, জাতীয় প্রতীক এবং প্রজাতন্ত্রের সংবিধানে কিছু বিতর্কিত ধারার জন্য গ্রিস আপত্তি করলে নতুন দেশটির আন্তর্জাতিক স্বীকৃতি পাওয়ায় বিলম্ব হয়েছিল। আপোস করার জন্য, ৮ এপ্রিল ১৯৯৩ তারিখে ম্যাসেডোনিয়া "ম্যাসেডোনিয়ার সাবেক ইউগোস্লাভ প্রজাতন্ত্র" এই অস্থায়ী নামে জাতিসংঘের সদস্যপদ গ্রহণ করে এবং অংশগ্রহণ করে। 

গ্রিস তখনও অসন্তুষ্ট ছিল এবং ফেব্রুয়ারি ১৯৯৪ সালে এটি ম্যাসেডোনিয়ার উপর বাণিজ্য অবরোধ আরোপ করে। ১৯৯৫ সালের সেপ্টেম্বরে ম্যাসেডোনিয়া দেশটির পতাকা এবং তার সংবিধানের কিছু ধারা পরিবর্তন করলে (যা অন্যান্য দেশগুলিতে হস্তক্ষেপ করার অধিকার হিসাবে বিবেচিত হয়েছিল) গ্রিস বাণিজ্য অবরোধ বাতিল করে। এতে দুই প্রতিবেশী দেশ অবিলম্বে তাদের সম্পর্ক স্বাভাবিক করতে পদক্ষেপ নিতে পেরেছিল, কিন্তু রাষ্ট্রের নামটি এখনো স্থানীয় ও আন্তর্জাতিক বিতর্কের উৎস হিসাবে রয়ে গেছে।

"ম্যাসেডোনিয়ার সাবেক ইউগোস্লাভ প্রজাতন্ত্র" এই সাময়িক নামে জাতিসংঘের যোগ দেয়ার পর অন্যান্য আন্তর্জাতিক সংস্থাগুলি একই নামে তাদেরকে গ্রহণ করেছিল। যুক্তরাষ্ট্র সহ জাতিসংঘের সদস্য দেশগুলির অর্ধেকেরও বেশি দেশ ম্যাসেডোনিয়া প্রজাতন্ত্র হিসেবে দেশটিকে স্বীকৃতি দিয়েছিল, বাকিরা "ম্যাসেডোনিয়ার সাবেক যুগোস্লাভ প্রজাতন্ত্র" এই সাময়িক নামটিকেই ব্যবহার করে অথবা ম্যাসেডোনিয়ার সাথে কূটনৈতিক সম্পর্ক স্থাপন করা থেকে বিরত থাকে।

১৯৯৯ সালে, কসোভো যুদ্ধের ফলে কসোভো থেকে ৩৪০,০০০ আলবেনিয়ান শরণার্থী ম্যাসেডোনিয়াতে পালিয়ে এসে আশ্রয় গ্রহণ করার কারণে এ অঞ্চলে স্বাভাবিক জীবনযাত্রা ব্যাহত হয় এবং ম্যাসেডোনিয়ান ও আলবেনিয়ানদের মধ্যে ভারসাম্য নষ্ট করার ব্যপারে হুমকি হয়ে উঠে। শরণার্থী ক্যাম্প সমূহ ম্যাসেডোনিয়াতে স্থাপন করা হয়েছিল। ইউগোস্লাভিয়ার সম্ভাব্য আক্রমণের আগে ন্যাটো বাহিনীর এই অঞ্চলে আগমন এবং পরবর্তীতে চলে যাওয়ার সময় এথেন্স কোন ধরনের হস্তক্ষেপ করেনি। থেসালোনিকি অঞ্চলে শরনার্থীদের মানবিক সাহায্যের প্রধান দপ্তর স্থাপিত হয়েছিল। ম্যাসেডোনিয়া প্রজাতন্ত্র এই যুদ্ধে জড়ানো থেকে বিরত থাকে।

যুদ্ধ শেষ হওয়ার পরে ইউগোস্লাভ প্রেসিডেন্ট স্লবোদান মিলোশেভিচ এর সাথে ন্যাটোর চুক্তিতে পৌঁছানোর ফলে জাতিসংঘের তত্বাবধানে শরণার্থীরা নিজ দেশে ফিরে আসতে পেরেছিল। যাইহোক, কসোভো যুদ্ধ জাতিগত ম্যাসেডোনিয়ান এবং আলবেনিয় ম্যাসেডোনিয়ান মধ্যে উত্তেজনা বৃদ্ধি করে এবং সম্পর্কের অবনতি ঘটায়। ইতিবাচক দিক হলো, এথেন্স ও আঙ্কারা এই বিরোধে জড়িত না থাকার ব্যপারে একমত ছিল। তবে গ্রীসে, ন্যাটো ও মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের বিরুদ্ধে একটি শক্তিশালী প্রতিক্রিয়া সৃষ্টি হয়েছিল।

১৯৪৪-১৯৪৯
প্রাচীন কাল
প্রজাতন্ত্রের পথে
অটোমান যুগ