এ.কে. খন্দকার উইং কমান্ডার হিসেবে দায়িত্ব পালনকালীন সময়ে বাংলাদেশের মুক্তিযুদ্ধ ছড়িয়ে পড়ে। ২১শে নভেম্বর ১৯৭১ সালে তিনি পদোন্নতি পান গ্রুপ ক্যাপ্টেন হিসেবে বাংলাদেশের তৎকালীন অন্তর্বতী সরকার থেকে এবং জেনারেল এম. এ. জি. ওসমানী'র ব্যক্তিগত ডেপুটি ইন চার্জ বা উপ-প্রধান সেনাপতি হিসেবেও নিয়োগ পান। ১৯৭১ সালের ১৬ই ডিসেম্বর ভারতীয় সরকার বাংলাদেশে অন্তর্বতী সরকারের প্রায় সব উচ্চপদস্থ কর্মকর্তাকে, যেমন -প্রধানমন্ত্রী তাজউদ্দিন আহমেদ, ১১ জন সেক্টর কমান্ডার, লেফট্যানেন্ট কর্নেল কে. এম. সফিউল্ল্যাহ-সহ এ.কে. খন্দকারকেও ঢাকায় নিয়ে আসেন পাকিস্তানী বাহিনীর আত্মসমর্পণের অনুষ্ঠান দেখতে। স্বাধীনতার পর তিনি এয়ার কমোডর হিসেবে দায়িত্ব পান ও আওয়ামী লীগের তত্ত্বাবধানে স্বাধীনতায় বীরত্বের পুরস্কার কমিটিতে জেনারেল এম. এ. জি. ওসমানী'র প্রধান সহকারী হিসেবে কাজ করেন। এই কমিটির কাজের ফলাফল ছিল ছিদ্রযুক্ত ও ব্যাখাহীন। যিনি কলকাতায় স্বাধীনতা যুদ্ধের সময় একটা দালানে সময় কাটিয়েছেন তিনি রহস্যজনকভাবে বীরউত্তম খেতাব পান। তার সহকারী স্কোয়াড্রন লিডার বদরুল আলমও বীরউত্তম খেতাব পান। ১৯৭৩ সালে তিনি এয়ার ভাইস মার্শাল হিসেবে পদন্নোতি পান ও সিওএএস হিসেবে ১৯৭৫ সালের আগস্ট পর্যন্ত দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৭২ সাল থেকে ১৯৭৩ সাল পর্যন্ত তিনি বাংলাদেশ বিমান-এর চেয়ারম্যান হিসেবে কাজ করেন। ১৯৭৫ সালে তিনি অবসরে যান মুশতাকের সরকারের সময়।

কর্মজীবন
মুক্তিযুদ্ধে অংশগ্রহণ
রাজনৈতিক জীবন
বিদেশ ভ্রমণ