২০০৩ সালে জিনতা ভারতের তিনটি সর্বোচ্চ আয়কারী চলচ্চিত্রে কেন্দ্রীয় নারী ভূমিকায় অভিনয় করেন। চলচ্চিত্র তিনটি হল "দ্য হিরো: লাভ স্টোরি অব আ স্পাই", "কোই... মিল গয়া" ও "কাল হো না হো"। সন্ত্রাসী ও ভারতীয় সেনা কর্মকর্তাদের সমন্বয়ে গঠিত গোয়েন্দা নেটওয়ার্কে সম্পর্কিত দেশপ্রেমধর্মী নাট্য চলচ্চিত্র "দ্য হিরো"-তে তিনি সানি দেওল ও প্রিয়াঙ্কা চোপড়ার সাথে কাজ করেন। এই ছবিতে তিনি রেশমা নামে এক গ্রাম্য তরুণী চরিত্রে অভিনয় করেন, যে সানি দেওলের করা সেনা কর্মকর্তা চরিত্রের প্রেমে পরে এবং এই নেটওয়ার্কের অংশ হয়ে যায়। এই ছবিতে এমন কিছু স্টান্ট ব্যবহার করা হয় যা বলিউড চলচ্চিত্রের ইতিহাসে এর পূর্বে কেউ করে নি এবং সেই সময়ে এটি ছিল সবচেয়ে ব্যয়বহুল হিন্দি চলচ্চিত্র। সেই বছরের তৃতীয় সর্বোচ্চ আয়কারী হওয়া সত্ত্বেও ছবিটি এর নির্মাণব্যয় তুলে আনতে পারে নি। জিনতা পরবর্তীতে হানি ইরানীর প্রথম চলচ্চিত্র "আরমান"-এ অমিতাভ বচ্চন ও অনিল কাপুরের সাথে অভিনয় করেন। ছবিতে তিনি সোনিয়া কাপুর নামে এক স্কিটসোফ্রিনিয়া রোগী চরিত্রে অভিনয় করেন, যা বিশেষভাবে তার কথা মাথায় রেখে লেখা হয়েছিল। চলচ্চিত্রটি ইতিবাচক পর্যালোচনা লাভ করে এবং বিশেষ করে জিনতা তার কাজের জন্য প্রশংসিত হন। খালিদ মোহামেদ চতুরতার সাথে তার মানসিক মেজাজের পরিবর্তনের প্রশংসা করেন। তার এই কাজের জন্য তিনি ফিল্মফেয়ার পুরস্কারসহ একাধিক পুরস্কার আয়োজনে শ্রেষ্ঠ খল অভিনয়শিল্পী বিভাগে মনোনীত হন।

রাকেশ রোশনের বিজ্ঞান কল্পকাহিনীধর্মী চলচ্চিত্র "কোই... মিল গয়া" ছবিতে হৃতিক রোশনের বিপরীতে অভিনয় করেন। ছবিতে তাকে রোশনের চরিত্রের প্রেমিকা নিশা চরিত্রে দেখা যায়। এই কাজের জন্য তিনি শ্রেষ্ঠ অভিনেত্রী বিভাগে অপর একটি ফিল্মফেয়ার পুরস্কারের মনোনয়ন পান। ছবিটি আর্থিক ও সমালোচনামূলক উভয় দিক থেকে সফলতা অর্জন করে এবং সেই বছরের সবচেয়ে জনপ্রিয় চলচ্চিত্র হয়ে ওঠে। এছাড়া ৬৮ কোটি রুপি আয়কারী চলচ্চিত্রটি জিনতা অভিনীত সর্বোচ্চ আয়কারী চলচ্চিত্র। ছবিটি ফিল্মফেয়ার শ্রেষ্ঠ চলচ্চিত্র পুরস্কার অর্জন করে এবং এই ছবির সফলতায় আরও দুটি অনুবর্তী পর্ব - "কৃষ" (২০০৬) ও "কৃষ ৩" (২০১৩) নির্মিত হয়, যে দুটি চলচ্চিত্রে জিনতা অভিনয় করেন নি।

২০০৩ সালে তার অভিনীত শেষ চলচ্চিত্র ছিল "কাল হো না হো"। নিখিল আদভানী পরিচালিত ও করণ জোহর রচিত চলচ্চিত্রটিতে তিনি জয়া বচ্চন, শাহরুখ খান ও সাইফ আলি খানের সাথে অভিনয় করেন। নিউ ইয়র্ক সিটির পটভূমিতে নির্মিত ছবিটিতে তিনি নয়না ক্যাথরিন কাপুর নামে রাগী ভারতীয়-মার্কিন তরুণী চরিত্রে অভিনয় করেন, যে মারাত্মক হৃদরোগে আক্রান্ত একজনের প্রেমে পড়েন। সমালোচকগণ ছবিটির প্রশংসা করেন এবং "কোই... মিল গয়া"র পর এটি সেই বছরের সর্বোচ্চ আয়কারী চলচ্চিত্রের তালিকায় দ্বিতীয় স্থান অধিকার করে। এছাড়া ছবিটি ভারতের বাইরেও সফল হয় এবং বিশ্বব্যাপী ৭৫ কোটি রুপি আয়কারী ছবিটি সেই বছরে ভারতের বাইরে সর্বোচ্চ আয়কারী চলচ্চিত্র ছিল। এই ছবিতে তার কাজের জন্য তিনি ফিল্মফেয়ার শ্রেষ্ঠ অভিনেত্রী পুরস্কারসহ একাধিক পুরস্কার অর্জন করেন। স্টারডাস্টে সমালোচক রাম কমল মুখার্জী লিখেন ছবিটি সম্পূর্ণই জিন্টার অসাধারণ অভিনয়ের জন্য প্রশান্তিদায়ক ছিল এবং তিনি দক্ষতার সাথে এই জটিল চরিত্রকে রূপদান করেছেন। "ভ্যারাইটি"র ডেরেক এলি লিখেন, "গত তিন বছর বা তার বেশি সময় ধরে বিকশিত হতে থাকা জিনতা এর চেয়ে ভালো কাজ আগে করেন নি, তার এই নয়না চরিত্র দিয়ে তিনি কিশোরী চরিত্র থেকে বেরিয়ে দক্ষ যুবতী হিসেবে পদার্পণ করেছেন।"

২০০৪ সালে জিনতা ফারহান আখতারের নাট্যধর্মী "লক্ষ্য" চলচ্চিত্রে হৃতিক রোশনের বিপরীতে টিভি সাংবাদিক রোমিলা দত্ত চরিত্রে অভিনয় করেন। ছবিটি ১৯৯৯ সালের কারগিল যুদ্ধের ঘটনা অবলম্বনে নির্মিত, এতে জিনতার চরিত্রটি এই যুদ্ধের সংবাদ সংগ্রহকারী একমাত্র নারী প্রতিবেদক টিভি সাংবাদিক বারখা দত্তের অনুকরণে রচিত হয়। চলচ্চিত্রটি সমাদৃত হলেও তার অভিনয় মিশ্র প্রতিক্রিয়া লাভ করে। "আউটলুক" সাময়িকীর নম্রতা জোশি তার টিভি সংবাদ পাঠের প্রচেষ্টার বিষয়টি পছন্দ করেন; অন্যদিকে "রেডিফ ডটকম"-এ বলা হয়, "জিনতা খুব ভালো একটি চরিত্র পেয়েছে এবং চলচ্চিত্রেও বেশ সময় পেয়েছে, এবং খুব বেশি দর্শনীয় না হলেও তিনি ভাল কাজ করেছেন।" একই বছর তিনি যশ চোপড়ার প্রণয়ধর্মী "বীর-জারা" চলচ্চিত্রে শাহরুখ খানের বিপরীতে নারী মুখ্য চরিত্রে অভিনয় করেন। এটি যশ রাজ ফিল্মসের প্রযোজনায় তার অভিনীত প্রথম চলচ্চিত্র। এতে ভারতীয় সেনা কর্মকর্তা বীর প্রতাপ সিং এবং পাকিস্তানি তরুণী জারা হায়াত খানের প্রেমের গল্প বর্ণিত হয়েছে। ছবিটি বার্লিন চলচ্চিত্র উৎসবে উদ্বোধনী প্রদর্শনীসহ আন্তর্জাতিক অঙ্গনে মুক্তি পায় এবং বিশ্বব্যাপী ৯৪ কোটি রুপি আয়কারী ছবিটি সে বছরে ভারতে ও ভারতের বাইরে সর্বাধিক আয়কারী হিন্দি চলচ্চিত্র ছিল। ছবিটি কয়েকটি প্রধানতম ভারতীয় পুরস্কার আয়োজনে শ্রেষ্ঠ চলচ্চিত্রসহ একাধিক পুরস্কার লাভ করে এবং প্রীতি তার কাজের জন্য চতুর্থবারের মত শ্রেষ্ঠ অভিনেত্রী বিভাগে ফিল্মফেয়ার পুরস্কারে মনোনীত হন। "ভ্যারাইটি" তাকে তার প্রজন্মের সবচেয়ে চিত্তাকর্ষক তরুণ অভিনেত্রী বলে অভিহিত করে এবং লিখে, "তিনি একগুঁয়ে জারা চরিত্রে তার স্বাভাবিকতায় ছিলেন।" "বীর-জারা" জিনতার দ্বিতীয় সর্বোচ্চ আয়কারী চলচ্চিত্র এবং দুই বছরের মধ্যে টানা তৃতীয় সফল চলচ্চিত্র।

২০০৫ সালে জিনতাকে দুটি চলচ্চিত্রে দেখা যায়। এই বছরে তার প্রথম চলচ্চিত্র ছিল লোকজ-হাস্যরসাত্মক "খুল্লম খুল্লা প্যার করেঁ"। এতে তার বিপরীতে ছিলেন গোবিন্দ। ছবিটির মুক্তি ২০০২ সাল থেকে পিছিয়ে আসছিল। ছবিটি নেতিবাচক প্রতিক্রিয়া লাভ করে এবং বক্স অফিসেও ব্যর্থ হয়। জিনতার চরিত্র ভূমিকা অল্প ছিল এবং তা প্রশংসিত হয় নি। তিনি পরবর্তীতে সাইফ আলি খানের বিপরীতে সিদ্ধার্থ আনন্দের হাস্যরসাত্মক নাট্যধর্মী "সালাম নমস্তে"। যশ রাজ ফিল্মস প্রযোজিত ছবিটি সম্পূর্ণ অস্ট্রেলিয়ায় চিত্রায়িত প্রথম চলচ্চিত্র। ছবিটি ভারতের বাইরে ৫৭ কোটি রুপি আয় করে সে বছরে ভারতের বাইরে সর্বোচ্চ আয়কারী চলচ্চিত্রের তালিকায় শীর্ষে অবস্থান করে। ছবিটিতে সমকালীন ভারতীয় দম্পতি গল্প ও অপ্রত্যাশিত গর্ভধারণের ফলে তাদের সংগ্রামের চিত্র দেখানো হয়েছে। জিনতা এতে নারী মুখ্য চরিত্র অম্বর মালহোত্রা চরিত্রে অভিনয় করেন, যিনি নিজের জীবন গড়ার জন্য ভারত ছেড়ে মেলবোর্নে পাড়ি জমান। "সালাম নমস্তে" ছবিটি বেশির ভাগ ক্ষেত্রে ইতিবাচক সমালোচনা অর্জন করে এবং জিনতা তার কাজের জন্য কয়েকটি পুরস্কার আয়োজন থেকে শ্রেষ্ঠ অভিনেত্রী বিভাগে মনোনয়ন লাভ করেন। তরণ আদর্শ যুক্তি দেখান এটি তার "সে সময় পর্যন্ত সবচেয়ে পরিপূর্ণ কাজ" ছিল।

সাফল্য ও পুরস্কারপ্রাপ্তি (২০০৩-০৬)
অভিষেক ও প্রারম্ভিক চলচ্চিত্রসমূহ (১৯৯৮-৯৯)
কর্মজীবন
ব্যক্তিগত জীবন