খননকার্যের ফলে জানা গিয়েছে, দ্বিতীয় পর্যায়ে মানুষ গর্তের বদলে ভূতলস্থ ছাউনি-জাতীয় আবাসস্থলে বাস করতে শুরু করেছিল। যদিও এই সময় গর্তগুলি ও সেগুলির লাগোয়া ঘরগুলি উপরের ছাউনির ভিত্তিতল হিসেবে ব্যবহার করা হত। গর্তগুলিকে ভরিয়ে ও কাদা দিয়ে মেঝে বানিয়ে এগুলি তৈরি করা হত। কোনো কোনো ক্ষেত্রে এই সব আবাসস্থলের মেটে লাল গিরিমাটি দিয়ে রঞ্জিতও করা হত। এই গর্তগুলির চারদিকে খুঁটি পোঁতার গর্ত আবিষ্কৃত হয়েছে। এর থেকে বোঝা যায়, ছাউনিগুলি শক্তপোক্ত করার জন্য কারেওয়া মাটির মেঝের উপর কাঠ দিয়ে আচ্ছাদন তৈরি করা হত।

এই পর্যায়েই নব্যপ্রস্তরযুগীয় মানুষের মধ্যে প্রথম মৃতদেহ সমাধিস্থ করার প্রথা চালু হয়। বসত-ছাউনিগুলির মেঝের নিচে বা তার কাছাকাছি জায়গাগুলিতে গভীর ডিম্বাকৃতি গর্তের মধ্যে মানুষ ও জীবজন্তুর কঙ্কাল আবিষ্কৃত হয়েছে। এই গর্তগুলি ছাই, পাথর ও মৃৎপাত্রের ভাঙা টুকরো দিয়ে ভরাট করা হত। এখানে প্রাপ্ত কিছু কিছু নরকরোটিতে গভীর গর্তের চিহ্ন আবিষ্কৃত হয়েছে। কোনো কোনো গর্তে আবার নরকঙ্কালের সঙ্গে কুকুর ও বারশিঙা হরিণের হাড়গোড়ও পাওয়া গিয়েছে। সমাধিগর্তে প্রাপ্ত নরকঙ্কালগুলি জীবজন্তুর কঙ্কালের সঙ্গে উপবিষ্ট অবস্থায় পাওয়া গিয়েছে।

এই পর্যায়ের মৃৎপাত্রগুলির মান আগের পর্যায়ের মৃৎপাত্রগুলির তুলনায় উন্নততর। এগুলি কালো মাটির তৈরি ও পালিশ করা। এগুলিও হাতেই তৈরি করা হত। এগুলির আকার ছিল আধার সহ থালা, বড়ো মুখওয়ালা বোতল ইত্যাদির মতো। এছাড়া চাকায় তৈরি একটি লালমাটির পাত্রে ৯৫০টি কার্নেলিয়ান ও অকীক রত্ন পাওয়া গিয়েছে। মনে করা হয়, এগুলি বিক্রির জন্য সংগৃহীত হয়েছিল। সম্ভবত এই পাত্রটি এই পর্যায়ের পরবর্তী অংশের। এই পর্যায়ের সুন্দরভাবে চিত্রিত একটি মৃৎপাত্রও পাওয়া গিয়েছে। এটি একটি ঘূর্ণায়মান বেদীর উপর নির্মিত লালমাটির তৈরি বটিকাকৃতি পাত্র। এই পাত্রের গায়ে দীর্ঘ শিং ও ঝুলন্ত কানওয়ালা একটি কালো বুনো ছাগলের ছবি আঁকা রয়েছে। আরও একটি উল্লেখযোগ্য মৃৎপাত্র পাওয়া গিয়েছে। এটিও কালোমাটির তৈরি পালিশ করা বটিকাকার মৃৎপাত্র। এই পাত্রটির গলাটি দীর্ঘ এবং মুখটি ছড়ানো।

দ্বিতীয় পর্যায়ের দুটি গুরুত্বপূর্ণ আবিষ্কৃত প্রত্নসামগ্রী হল দুটি পৃথক চ্যাপ্টা পাথরের ফলক। একটি ফলকের খোদাই চিত্রটি স্পষ্ট নয়। অন্য ফলকটির আয়তন । এটির পালিশ করা দিকটিতে একটি শিকারের ছবি আঁকা রয়েছে। এই ছবিতে দেখা যায়, একজন শিকারী ‘কার’ নামক বর্শা দিয়ে একটি বারশিঙা হরিণ শিকার করছে এবং আরেকজন শিকারী তির ছুঁড়তে উদ্যত হয়েছে। এছাড়া দুটি স্তরে সূর্যের গতিও অঙ্কিত হয়েছে এতে। এই দ্বিতীয় খোদাইচিত্রটি বেশ স্পষ্ট।

প্রথম ও দ্বিতীয় পর্যায়ে কৃষিকার্যের প্রমাণ পাওয়া গিয়েছে। এই সময় গম, যব ও মসূর উৎপাদিত হত। মসূরের উৎপাদন আবিষ্কৃত হওয়ায় এই অঞ্চলের নব্যপ্রস্তরযুগীয় মানুষের সঙ্গে হিমালয়ের ওপারে মধ্য এশিয়ার যোগাযোগ প্রমাণিত হয়। 
বুরজাহোম প্রত্নক্ষেত্রের প্রাগৈতিহাসিক যুগের মানুষদের ‘দীর্ঘ মাথাওয়ালা ডোলিকোক্র্যানিক’ মানুষ হিসেবে চিহ্নিত করা হয়। এখানে পুরুষের করোটির থেকে পৃথক আকারের দুটি নারীর করোটিও চিহ্নিত করা হয়েছে। অনুসন্ধানের ফলে সমগ্র নব্যপ্রস্তরযুগে এই অঞ্চলের মানুষের সঙ্গে কোনো বহিরাগত জাতির মিশ্রণের প্রমাণ পাওয়া যায়নি। তবে হরপ্পার মানুষের সঙ্গে এই অঞ্চলের মানুষের সাদৃশ্য আবিষ্কৃত হয়েছে।

প্রথম পর্যায়
ইতিহাস
দ্বিতীয় পর্যায়
আবিষ্কার