মুক্তিবাহিনীর সাথে সাথে কিছু স্বতন্ত্র বাহিনীও বাংলাদেশের কিছু অঞ্চলে পাক বাহিনীর সাথে যুদ্ধে লিপ্ত হয় এবং কিছু এলাকা দখলমুক্ত করে। এদের মধ্যে একটি ছিলো ভারতে গড়ে ওঠা মুজিব বাহিনী। ভারতীয় সেনা বাহিনীর মেজর জেনারেল ওবান এবং ছাত্রলীগ নেতা সেরাজুল আলম খান, শেখ ফজলুল হক মণি, কাজী আরিফ আহমেদ, আবদুর রাজ্জাক, তোফায়েল আহমেদ, আ. স. ম. আব্দুর রব, শাহজাহান সিরাজ, নুর-এ-আলম সিদ্দিকী ও আব্দুল কুদ্দুস মাখন প্রমূখ এই বাহিনী গড়ে তোলেন। এছাড়া টাঙ্গাইলের কাদের সিদ্দিকীর নেতৃত্বে "কাদেরিয়া বাহিনী", ময়মনসিংহের আফসার বাহিনী ও আফতাব বাহিনী, সিরাজগঞ্জের লতিফ মির্জা বাহিনী, মাগুরার আকবর হোসেইন বাহিনী, বরিশালের কুদ্দুস মোল্লা ও গফুর বাহিনী, ফরিদপুরের হেমায়েত উদ্দিনের নেতৃত্বে হেমায়েত বাহিনী ইত্যাদি উল্লেখযোগ্য। এছাড়াও কিছু সমাজতান্ত্রিক/বামপন্থী দলও পাকিস্তান বাহিনীর সাথে যুদ্ধ করে এবং কিছু এলাকায় নিয়ন্ত্রণ স্থাপন করে।

যুদ্ধকালীন সংগঠন
স্বতন্ত্র বাহিনীসমূহ
বাংলাদেশ বিমান বাহিনী
মুক্তিবাহিনীর শুরু