সম্ভবত শেল স্ক্রিপ্টের শ্রেষ্ঠ সুবিধাটি হচ্ছে এই যে, কমান্ড-লাইনে যেসব কমান্ড ও সিনট্যাক্স ব্যবহার হয় শেল স্ক্রিপ্টেও হুবহু তাই ব্যবহার করা হয়। ফলস্বরূপ প্রোগ্রামারকে সম্পূর্ণ ভিন্ন একটি সিনট্যাক্স শেখার ঝামেলা পোহাতে হয় না। কিন্তু কম্পাইলিত ভাষাগুলির ক্ষেত্রে এই সুবিধা নেই।

প্রায়ই শেল স্ক্রিপ্টে প্রোগ্রাম লেখা অন্য প্রোগ্রামিং ভাষায় প্রোগ্রাম লেখার থেকে অনেক সহজ। সহজ প্রোগ্রাম তথা ফাইল চয়ন, দ্রুত শুরু হওয়া, বন্ধুত্বপূর্ণ ত্রুটি সংশোধন ইত্যাদি হচ্ছে শেল স্ক্রিপ্টের বহু সুবিধাগুলির অন্যতম। বিশেষ করে ত্রুটি কোথায় হয়েছে তা নির্ধারণ করা ও সংশোধনের জন্য কোড লেখা সহজ। যারা প্রোগ্রাম লেখায় অপারদর্শী তারাও শেল স্ক্রিপ্ট ব্যবহার করে প্রোগ্রামের গতিবিধির মুল্যায়ন করতে পারেন। তদুপরি শেল স্ক্রিপ্ট বহু-প্রসেসিং এর সীমিত সুযোগ প্রদান করে থাকে।

অপরদিকে, শেল স্ক্রিপ্টে ত্রুটি হওয়া অস্বাভাবিক কিছু নয়। অনিচ্ছাকৃত টাইপিং এর ভুল হওয়া যেমন rm -rf * / লেখা(rm -rf */ লেখার পরিবর্তে) ইউনিক্স কমিউনিটিতে খুব স্বাভাবিক। শুধুমাত্র একটি বেশি স্পেস দেওয়ার ফলে একটি নির্দিষ্ট ডিরেক্টরির ভেতর সব ফাইল মুছে দেওয়ার পরিবর্তে সিস্টেমের সমস্ত ফাইল মুছে দেওয়ার ঘটনা ঘটতে পারে। অনুরূপভাবে cp এবং mv কমান্ডও ভয়ঙ্কর অস্ত্রে পরিণত হতে পারে। আবার > চিহ্নটির ভুল ব্যবহারে একটি ফাইলের সমস্ত লেখা মুছে যেতে পারে। গোদের উপর বিষফোঁড়ার মত ব্যাপার হল অনেক ইউনিক্স কমান্ডের মধ্যে কেবল একটি অক্ষরের ব্যবধান থাকে যেমন cp, cd, dd, df ইত্যাদি।

আরেকটি গুরুত্বপূর্ণ সমস্যা হল মন্থর এক্সিকিউশনের গতি এবং প্রায় প্রত্যেকটি নতুন কমান্ডের জন্য একটি নতুন প্রসেস তৈরি করার বাধ্যবাধকতা। শুধু যদি পাইপলাইন সেট করে, যাতে করে, কার্যকর ফিলটার কমান্ডের মাধ্যমে অধিকাংশ কাজ করা সম্ভব হয় তাহলে এই মন্থরতা কিছুটা লাঘব করা যায়। কিন্তু জটিল স্ক্রিপ্টের ক্ষেত্রে সাধারণত এরকম করা সম্ভব না।

আবার বিভিন্ন প্ল্যাটফর্মের মধ্যে সঙ্গতির সমস্যাও আছে। পার্ল এর জনক ল্যারি ওয়ালের বিখ্যাত উক্তি "It is easier to port a shell than a shell script." অর্থাৎ একটি শেল পোর্ট করা একটি শেল স্ক্রিপ্ট পোর্ট করার চেয়ে সহজ।

আবার শেল স্ক্রিপ্টের সীমাবদ্ধতার জন্য খুব জটিল স্ক্রিপ্ট লেখাও মুশকিল। এই সমস্যার সমাধানের জন্য নানারকম শেল এক্সটেন্সন তৈরি করা হয়েছে যাতে হিতে বিপরিত ছাড়া কিছু হয় নি।
তেমনই কিছু স্ক্রিপ্টের অসুবিধাগুলির মূলে আছে ভাষার সিনট্যাক্সের বা বাস্তবায়নের ডিজাইনগত ত্রুটি। এমন অনেক শেল আছে যেগুলি অন্য শেল প্রোগ্রামিং ভাষা বা পূর্ণ ভাষা যেমন Scsh (যা স্কীম ব্যবহার করে) ব্যবহার করে থাকে।

প্রোগ্রামিং
অন্যান্য অপারেটিং সিস্টেমে শেল স্ক্রিপ্টিং
সুবিধা এবং অসুবিধা
ব্যাচ কাজসমূহ