১৫৯৫ সালে কেপলার কোন এক সূত্রে বারবারা ম্যুলারের সাথে পরিচিত হন। ম্যুলার তখন ২৩ বছরের বিধবা যুবতী, তার এক মেয়েও ছিল (নাম Gemma van Dvijneveldt)। পরিচয়ের পরপরই কেপলার ও ম্যুলারের প্রেম শুরু হয়। স্বামীর বিশাল সম্পত্তির উত্তরাধিকার হওয়ার পাশাপাশি ম্যুলার ছিলেন এক ধনকুবের মিল মালিকের কন্যা, নাম ইয়োব্‌স্ট। বাবা মেয়েকে কেপলারের কাছে বিয়ে দিতে চান নি। কারণ সম্মান ও বংশমর্যাদার দিক দিয়ে বেশ উঁচুমানের হলেও কেপলারের যথেষ্ট অর্থকড়ি ছিল না। তিনি যখন মুস্টেরিয়ুমের উপর কাজ করছেন তখন ইয়োব্‌স্ট একটু সদয় হলেও, প্রকাশনার খুঁটিনাটি দেখাশোনা করতে যখন দূরে যান তখন বিয়েটা একরকম ভেঙেই যেতে বসেছিল। কিন্তু গির্জার কর্মকর্তারা এক্ষেত্রে সহযোগিতা করে। গির্জার কর্মকর্তারাই ম্যুলার পরিবারকে তাদের প্রতিজ্ঞা পালন করার অণুরোধ জানায়। অবশেষে ১৫৯৭ সালের ২৭শে এপ্রিল জোহানেস কেপলার ও বারবারার বিয়ে হয়। বিয়ের প্রথমদিকেই কেপলার দম্পতির দুই সন্তান হাইনরিশ ও সুজানা-র জন্ম হয়, যদিও শিশু অবস্থায়ই তাদের মৃত্যু ঘটে। ১৬০২ সালে তাদের মেয়ে সুজানা, ১৬০৪ সালে ছেলে ফ্রিডরিশ এবং ১৬০৭ সালে আরেকটি ছেলে লুডভিগের জন্ম হয়।

১৬০৪ সালের অতিনবতারা
"রুডলফীয় তালিকা" এবং শেষ বছরগুলো
বারবারা ম্যুলারের সাথে বিয়ে
গ্রাৎস (১৫৯৪–১৬০০)