১৯৭৯ সালে বিশ্ববিদ্যালয়ের কার্জন হল এলাকায় অবস্থিত প্রাণিবিদ্যা ভবনের প্রথম তলার একটি অংশে অণুজীব বিজ্ঞান প্রতিষ্ঠিত হয়। এ বিভাগের প্রতিষ্ঠাতা চেয়ারম্যান মরহুম অধ্যাপক ডঃ আনোয়ারুল আজিম চৌধুরীর নিরলস প্রচেষ্টায় এবং দেশের খ্যাতনামা অণুজীব বিজ্ঞানীদের সর্বাত্মক সহযোগিতায় মাত্র ১০-১২ জন এম.এস.সি গবেষণা গ্রুপের ছাত্র নিয়ে বিভাগের যাত্রা শুরু হয়। পর্যায়ক্রমে এই বিভাগের শিক্ষা ও গবেষণার মানোন্নয়ন হয় এবং এর খ্যাতি দেশে ও বিদেশে বিস্তৃত হয়। এ দেশের কৃষি খাদ্য-পানীয় ও ঔষধ শিল্প, স্বাস্থ্য, পরিবেশ ইত্যাদি ক্ষেত্রের উন্নয়নে অণুজীব বিজ্ঞানীদের বিশেষ অবদানের গুরুত্ব ও প্রয়োজনীয়তা ব্যাপকভাবে অনুভূত হওয়ায় ১৯৮৮-১৯৮৯ শিক্ষাবর্ষ থেকে এ বিভাগে বি.এস.সি অনার্স কোর্স শুরু করা হয়। 

বর্তমানে বিভাগটি বিশ্ববিদ্যালয়ের সাইন্স কমপ্লেক্স ভবনের ১ম ও ২য় তলায় বি.এস.সি অনার্স, এম. এস, এম.ফিল ও পি.এইচ.ডি কোর্সে প্রায় ২৫০ জন ছাত্রছাত্রী নিয়ে শিক্ষা ও গবেষণা কার্যক্রম পরিচালনা করছে। এ বিভাগের ২৪ জন শিক্ষকের তত্ত্বাবধানে প্রতিবছর প্রায় ৪০ জন ছাত্রছাত্রী সফলতার সাথে তাদের অধ্যয়ন শেষে দেশের ও বিদেশের খ্যাতিমান প্রতিষ্ঠানে যোগদান করছে। এপ্রিল ২০০৪ পর্যন্ত পরিসংখ্যানে দেখা যায়, এই বিভাগের ২৮৫ জন এম.এস.সি ডিগ্রীধারী প্রায় ৪৫% ছাত্রছাত্রী বিদেশে পি.এইচ.ডি করবার জন্য বৃত্তি পেয়েছে। জাতীয় ও আন্তর্জাতিক গবেষণা অনুদানে বিভাগটিতে বিভিন্নক্ষেত্রে যেমন ভাইরাসোলজি, মাইক্রোবিয়াল জৈবপ্রযুক্তি, পরিবেশগত মাইক্রোবায়োলজি এবং আণবিক বাস্তুশাস্ত্র, পরিবেশ বায়োটেকনোলজি, ফার্মেন্টেশন এবং এনজাইম প্রযুক্তি, খাদ্য ও শিল্প মাইক্রোবায়োলজি, দূষণ নিয়ন্ত্রণ, জৈব উত্স প্রযুক্তি, ইমিউনোলজি এবং ক্লিনিকাল মাইক্রোবায়োলজি, খাদ্য ও শিল্প মাইক্রোবায়োলজি ইত্যাদি ক্ষেত্রে গবেষণা হচ্ছে। বিভাগের সদস্যবৃন্দ বিভিন্ন জাতীয় ও আন্তর্জাতিক গবেষণা প্রতিষ্ঠানের সাথে যৌথভাবে গবেষণা চালিয়ে যাচ্ছে। এগুলোর মধ্যে অন্যতম হল আইসিডিডিআরবি, বাংলাদেশ পরমাণু গবেষণা কমিশন, বিসিএসআইআর (BCSIR), বাংলাদেশ পাট গবেষণা ইনস্টিটিউট (BJRI), গণস্বাস্থ্য ইনস্টিটিউট (IPH), আন্তর্জাতিক পরমাণু শক্তি সংস্থা (IAEA) ইত্যাদি। বর্তমানে অধ্যাপক ডঃ মাহমুদা ইয়াসমিন এই বিভাগের চেয়ারম্যান হিসেবে নিয়োজিত আছেন।

চিকিৎসা মনোবিজ্ঞান
অণুজীব বিজ্ঞান
ফলিত গণিত
পদার্থ বিজ্ঞান