১৯৯৯ খ্রিস্টাব্দে আদালতের আদেশ মোতাবেক, ভারত সরকার সুপ্রিম কোর্টের অবসরপ্রাপ্ত বিচারপতি [মনোজ কুমার মুখার্জি] মহাশয়কে সুভাষ চন্দ্রের মৃত্যুর সত্যতা প্রমাণ করার জন্যে নিয়োগ করে। এই কমিশন বিভিন্ন দেশ থেকে সুভাষ চন্দ্রের মৃত্যু নিয়ে ব্যাখ্যা করা বিষয়ের ওপর শতাধিক ফাইল পর্যালোচনা করেছিল এবং জাপান, রাশিয়া ও তাইওয়ান সফর করেছিল। যদিও মুখে বলা হয়েছিল যে, সুভাষ চন্দ্রের মৃত্যু হয়েছে বিমান দুর্ঘটনায়, কমিশন সিদ্ধান্তে পৌঁছায়, তার মধ্যেই সুভাষ চন্দ্রকে নিরাপদে রাশিয়ায় পাঠানোর একটা গোপন পরিকল্পনা ছিল, যে ব্যাপারটা জাপানি কর্তৃপক্ষ এবং হাবিবুর রহমানের জানা ছিল। মুখার্জি কমিশনের উপলব্ধি ছিল: রেনকোজি মন্দিরে চিতাভস্ম রাখা হয়েছিল, যা সুভাষ চন্দ্রের বলে প্রচার করা হয়েছিল, সেটা আদতে ছিল ইকিরো ওকুরা নামে এক জাপানি সৈনিকের, যিনি হৃদরোগে আক্রান্ত হয়ে মারা গিয়েছিলেন। মুখার্জি কমিশন তার রিপোর্ট পেশ করে ২০০৫ খ্রিস্টাব্দের ৮ নভেম্বর। ওই রিপোর্ট ভারতীয় সংসদে আলোচিত হয় ২০০৬ খ্রিস্টাব্দের ১৭ মে। তৎকালীন ভারত সরকার মুখার্জি কমিশনের রায়কে বাতিল করে দেয়।

মুখার্জি কমিশন ২০০৫
জাপান সরকারের রিপোর্ট ১৯৫৬, উন্মুক্ত: সেপ্টেম্বর ২০১৬
সুভাষ চন্দ্রের জীবিত থাকার উপকথাগুলো
শাহ নওয়াজ কমিটি ১৯৫৬