একটি বৃহৎ জনগোষ্ঠী বিভক্তির পর অবিলম্বে স্থানান্তরন শুরু করেন। কয়েক মিলিয়ন হিন্দু ধর্মাবলম্বী পূর্ব বাঙলা থেকে ভারতে অভিবাসন প্রক্রিয়া শুরু করে। তাদের মাঝে অধিকাংশই পশ্চিম বাংলায় স্থায়ীভাবে বসবাস করতে শুরু করে। অল্প কিছু জনগোষ্ঠী আসাম, ত্রিপুরা এবং অন্যান্য প্রদেশে থাকতে শুরু করে। এই শরণার্থী সমস্যা সবেচেয়ে বেশি মারাত্মক আকার ধারণ করে পাঞ্জাবে, সেখানে বিভক্তিকরণের পূর্বেই সাম্প্রদায়িক দাঙ্গা শুরু হয়। এর ফলাফল স্বরূপ পুর্ব এবং পশ্চিম পাঞ্জাবে খুব দ্রুতই ১ বছরের মাঝে উভয় পক্ষের লোকজনই অভিবাসন প্রক্রিয়া শেষ করেন।কিন্তু বাংলার ক্ষেত্রে কোলকাতা এবং নোয়াখালিতে দাঙ্গা এবং সন্ত্রাস সীমাবদ্ধ ছিলো। ফলে অভিবাসন প্রক্রিয়া ছিলো ধীর গতির এবং বিভক্তির পরে তিন দশক ধরে এই প্রক্রিয়া চলমান। যদিও দাঙ্গা কোলকাতা এবং নোয়াখালিতে সীমাবদ্ধ ছিলো তারপরেও পশ্চিম বাংলার মুসলিম ধর্মালম্বীরা এবং পূর্ব বাংলার হিন্দু ধর্মালম্বীরা অনিরাপদ বোধ করতে শুরু করেন এবং তাদেরকে একটি গুরুত্বপূর্ণ সিদ্ধান্ত নিতে হয়েছিল যে তারা অন্য দেশে একটি অনিশ্চিত ভবিষ্যতের জন্য ছেড়ে যাবেন কিনা বা অন্যান্য সম্প্রদায়ের অধীনে থাকবেন কিনা। পূর্ব বাংলার হিন্দু ধর্মাবলম্বীদের মাঝে যারা অর্থনৈতিকভাবে স্বাবলম্বী এবং অপেক্ষাকৃত উচু বর্নের তারাই প্রথমে পূর্ব বাঙলা ত্যাগ করে।যারা সরকারী চাকুরে ছিলেন, তাদেরকে কোথায় থাকবেন (পূর্ব বাংলা বা পশ্চিম বাংলা) সে বিষয়ে সিদ্ধান্ত নেওয়ার সুযোগ দেয়া হয়। শহুরে শিক্ষিত উচ্চ এবং মধ্যবিত্তরা, গ্রামের উচ্চবংশীয়রা, ব্যবসায়ী এবং শিল্পীরা বিভক্তির পরপরই ভারতের উদ্দেশ্যে যাত্রা শুরু করেন। যাদের পশ্চিম বাংলায় আত্মীয় স্বজন অথবা অন্যান্য সূত্র ছিল তারা কম সময়ের মাঝেই এবং তুলনামূলক কম ভোগান্তিতে পশ্চিম বাংলায় স্থায়ী হতে পেরেছে। পশ্চিম বাংলার মুসলিমরাও একই পদ্ধতি অনুসরণ করেছিল। 

তবে পুর্ব বাংলার অর্থনৈতিকভাবে দূর্বল হিন্দু ধর্মাবম্বীরা যারা কিনা নিম্ন বর্ণ তথা ‘নমশূদ্র’ তাদের জন্য অভিবাসন মোটেও সুবিধাজনক ছিল না। তাদের আয়ের পথ ছিল মূলত কৃষিকাজ এবং অন্য কোন পেশার প্রতি দক্ষতাও ছিল না বিধায় তারা পূর্ব বাংলায় থেকে যায়। যাই হোক, বিভক্তির পরে পাকিস্তানের রাজনৈতিক আবহাওয়া খারাপ হতে থাকে এবং নতুন করে সাম্প্রদায়িক সন্ত্রাস সৃষ্টি হতে থাকে। ১৯৫০ সালে নতুন করে বরিশালে সাম্প্রদায়িক দাঙ্গা দেখা দেয় এবং পূর্ব পাকিস্তানের হিন্দুদের মাঝে আতঙ্ক ছড়িয়ে যায়। পরিস্থিতি আরো খারাপ আকার ধারণ করে যখন যোগেন্দ্রনাথ মণ্ডল (যিনি একজন নম শূদ্র ছিলেন ও মুসলিম লীগ কে সমর্থন করেছিলেন) আইনমন্ত্রীর পদ থেকে পদত্যাগ করেন এবং ভারতে চলে যান। এর পরের দুই দশকে যখনই সাম্প্রদায়িক দাঙ্গা জমাট বেধেছে, পূর্ব বাংলার হিন্দুরা ততবারই ভারতে অভিবাসনের জন্য আগ্রহী হয়েছেন।

বাংলাদেশ সৃষ্টির সময়েও মুক্তিযুদ্ধকালে পাকিস্তানি সেনারা হিন্দুদের উপর বিভিন্নভাবে নির্যাতন চালিয়েছে। তবে, বাংলাদেশ স্বাধীন হওয়ার পর হিন্দুদের সাথে বৈষম্য কমাতে পদক্ষেপ গ্রহণ করে। তারপরেও মাঝে মাঝেই সাম্প্রদায়িক চেতনা সহিংসতাকে উস্কে দেয়, যেমন ভারতে বাবরী মসজিদের ঘটনায় বাংলাদেশে হিন্দুদের উপর আঘাত হানা হয়েছিল। আবার ত্রিপুরা থেকে স্বল্প পর্যায়ে এবং আসাম থেকে বিভিন্ন সময় অসমিয়া জাতীয়তাবাদীদের "বঙাল খেদা" আন্দোলনের জের ধরে অনেক বাঙালি মুসলমান বাংলাদেশে চলে আসে। 

পশ্চিম বঙ্গে মুসলমানেরাও ভারতের স্বাধীনতার পরবর্তী সময়ে একই রকম প্রক্রিয়ার মধ্য দিয়ে গেছেন। যদিও বলা হয়, পশ্চিম বাংলার মুসলিমদের পূর্ব বাংলার হিন্দুদের মত কষ্ট স্বীকার করতে হয়় নি, তারপরেও দেখা গেছে যে, দিনের পর দিন তারা সামাজিক এবং অর্থনৈতিক ভাবে কোণঠাসা হয়ে পড়েছেন। যেমন-পশ্চিমবঙ্গের শতকরা ২৫ জনের বেশি লোক মুসলমান হওয়া সত্বেও সরকারি চাকরিতে তাদের অবদান মাত্র ২%। 

বাংলার বিভক্তি এবং উদ্বাস্তু সংকট
পটভূমি
বিভক্তিকরণঃ
বাঙলা সমন্বিতকরণ পরিকল্পনা