গুরুর হরগোবিন্দের সশস্ত্র অনুসারীদের সংখ্যা অনেক ছিল। বাহ্যিকভাবে এবং অভ্যন্তরীনভাবে, অবস্থার পরিবর্তন হচ্ছিল। নতুন পরিবেশ অনুযায়ী, গুরু তার নীতি সমন্বয় করছিলেন। আকবরের সহনশীল দিনগুলোতে শিখধর্মের প্রতিষ্ঠা বেড়ে ছিল। আকবর কখনো,  শিখধর্মেের বিস্তারে হস্তক্ষেপ করেন নি। তিনি গুরুদের বিভিন্নভাবে সাহায্য করেছিলেন। জাহাঙ্গীরের আদেশে, গুরু অর্জনের নিধন এবং  হরগোবিন্দের কারাদণ্ড বুঝিয়ে দিয়েছিল, আগামী দিন আরও কঠিন হবে। নিছক শান্তিপূর্ণ সংগঠনের নীতি আর যথেষ্ট ছিল না। গুরু অর্জন এবং গুরু হরগোবিন্দ উভয়েই তাদের দূরদর্শিতায়, বুঝতে পেরেছিলেন,অস্ত্রের সাহায্য ছাড়া শিখ সম্প্রদায়কে টিকিয়ে রাখা যাবে না।   জাহাঙ্গীরের হাতে তার পিতার মৃত্যু হরগোবিন্দকে, শিখ সম্প্রদায়ের সামরিক মাত্রা, যোগ করায় বাধ্য করেছিল। তিনি প্রতীকী দুটি তলোয়ার রাখতেন, মিরি এবং পিরি যেদুটি পার্থিব শক্তি এবং আধ্যাত্মিক কর্তৃত্বের প্রতিনিধিত্ব করত। তিনি রামদাসপুরে সুরক্ষার জন্য একটি দুর্গ এবং একটি আনুষ্ঠানিক আদালত, অকাল তখত তৈরী করেন।

এই আক্রমণাত্মক কার্যকলাপেে, জাহাঙ্গীর হরগোোবিন্দকে গোয়ালিয়র কেল্লায় কারাদন্ডে দণ্ডিত করেন। এটা স্পষ্ট নয় তিনি বন্দী হিসাবে কত দিন জেলে ছিলেন। তবে ১৬১১ অথবা ১৬১২ নাগাদ ওনাকে ছেড়ে দেওয়া হয়। ততদিনে, জাহাঙ্গীরেের, আকবরের সহনশীল নীতির পক্ষে প্রত্যাবর্তন ঘটেছে ও মুঘল দরবারে রক্ষনশীল নীতির প্রতি পক্ষপাত কমে গেছে। হরগোবিন্দকে নিরীহ ও নির্দোষ বোঝার পর তাকে মুক্ত করার আদেশ দেন। শিখ পরম্পরা অনুসারে, যে ৫২ জন রাজা মুঘল সাম্রাজ্যের বিরোধিতা করার জন্য বন্দী ছিলেন, তারা তাদের আধ্যাত্মিক গুরুর সাহচর্য্য হারাবার ভয় পেলেন। গুরু হরগোবিন্দ তখন নিজের সঙ্গে, রাজাদের মুক্তির আবেদন জানান ও মোগল সাম্রাজ্যের প্রতি তাদের আনুগত্য রাখবার জামিন হন। জাহাঙ্গীর তখন ৫২ জন রাজাকেও মুক্ত করার আদেশ দেন। হরগোবিন্দের নিকট একটি বিশেষ পোশাক ছিল, যাতে ৫২টি সেলাই ছিল। যখন হরগোবিন্দ দুর্গ ছেড়ে বেরোন, বন্দী রাজারা সেই সেলাইগুলি ধরে তার সঙ্গে দুর্গ ছেড়ে বেরোন। জাহাঙ্গীরের রাজত্বকালে তিনি রোহিলাতে মুগলদের বিরুদ্ধে যুদ্ধ করেন, এই যুদ্ধ শিখ সামরিকীকরণের প্রতিক্রিয়া স্বরূপ হয়েছিল। যুদ্ধে, গভর্নর আবদুল খানের নেতৃত্বে মোগলরা শিখদের কাছে পরাজিত হয়.

মুক্তি পাওয়ার পর জাহাঙ্গীর সঙ্গে তার সম্পর্ক বেশিরভাগ বন্ধুত্বপূর্ণ ছিল এবং তিনি তার শাসনকালে প্রশাসনের একটি পদে অধিষ্ঠিত ছিলেন। তিনি কাশ্মীর ও রাজপুতানায় জাহাঙ্গীরের অনুষঙ্গী ছিলেন এবং নলগ্রহেের  তারা চাঁদ, যিনি বহু বছর ধরে বিদ্রোহী ছিলেন,যাকে কোনভাবেই শায়েস্তা করা যায় নি, তাকে দমন করেন।   .
শাহজাহানের সঙ্গে যুদ্ধ
প্রভাব
ব্যক্তিত্ব
জাহাঙ্গীরের সঙ্গে সম্পর্ক এবং মোগলদের সঙ্গে লড়াইগুলি