২০০৬ সালের মে মাসে, প্রায় ২৩ মিলিয়ন ইউরোর বিনিময়ে স্পেনীয় ক্লাব আতলেতিকো মাদ্রিদে যোগ দেন আগুয়েরো। ২০০৬ সালের ১৭ সেপ্টেম্বর, অ্যাথলেতিক বিলবাও এর বিপক্ষে লা লিগায় আগুয়েরো তার প্রথম গোল করেন। খেলায় আতলেতিকো মাদ্রিদ ৪–১ ব্যবধানে জয় লাভ করে। ১৪ অক্টোবর, হুয়েলভার বিপক্ষে তিনি হাত দিয়ে গোল করে বিতর্কের সৃষ্টি করেন। আতলেতিকো মাদ্রিদের হয়ে সব ধরনের প্রতিযোগিতায় ৭ গোল নিয়ে মৌসুম শেষ করেন আগুয়েরো।

২০০৮ গ্রীষ্মকালীন অলিম্পিক
২০০৬–০৭ মৌসুম
খেলার ধরন
২০১৩–১৪ মৌসুম