১৯৮৮ সালের ১৪ এপ্রিল আফগানিস্তান ও পাকিস্তান সরকারের মধ্যে চুক্তি স্বাক্ষরিত হয় এবং এতে সোভিয়েত ইউনিয়ন ও যুক্তরাষ্ট্র জামিন হিসেবে স্বাক্ষর করে। এই চুক্তি অনুযায়ী সোভিয়েত সেনাদেরকে ১৯৮৯৯ সালের ১৫ ফেব্রুয়ারি থেকে আফগানিস্তান ত্যাগ করতে হবে। গর্বা‌চেভ পরে তার এক ব্যক্তিগত সহকারী আনাতোলি চেরনিয়ায়েভকে বলেছিলেন যে সোভিয়েতরা ফিরে আসার পর সম্ভাব্য রক্তপাতের কারণে সোভিয়েতদেরকে সমালোচিত হতে হবে। দ্বিতীয় দফায় সোভিয়েত সেনা প্রত্যাহারের সময় নজিবউল্লাহ সোভিয়েতদের প্রত্যাহারকে ধীর গতির করার জন্য সম্ভাব্য সবকিছু তিনি করবেন। কিন্তু সোভিয়েতরা এতে রাজি হয়নি। সেই বছর একটি সোভিয়েত প্রতিনিধিদলের সাথে আলাপকালে তিনি পুনরায় তার একই মনোভাব ব্যক্ত করেন। তিনি জানান যে আহমেদ শাহ মাসুদ মূল সমস্যা এবং তাকে হত্যা করতে হবে। সোভিয়েতরা এতে রাজি হয়। কিন্তু তারা জানায় এর ফলে চুক্তি লঙ্ঘন হবে এবং মাসুদকে হত্যা করতে চাইলে সময়সীমার পূর্বে সোভিয়েতরা আফগানিস্তান ত্যাগ করতে পারবে না।

১৯৮৯ সালে এডুয়ার্ড‌ শেভার্দ‌নাদজের সাথে সাক্ষাতের সময় নজিবউল্লাহ আফগানিস্তানে ছোট আকারে সোভিয়েত সেনাদল রাখার কথা বলেন। একই সাথে সীমান্তের কাছাকাছি স্থায়ী সতর্ক অবস্থায় বোমাবর্ষণকারী মোতায়েনের কথাও বলেন। তিনি পুনরায় মাসুদের ব্যাপারে উদ্বেগ জানান। শেভার্দ‌নাদজে জানান যে সোভিয়েত সেনা আফগানিস্তানে মোতায়েন রাখা সম্ভব নয়। তবে তিনি দাবি করেন যে সোভিয়েত দূতাবাস প্রায় ১২,০০০ সোভিয়েত সেনা যাতে জাতিসংঘের অধীনে বা স্বেচ্ছাসেবী হিসেবে আফগানিস্তানে থাকতে পারে সে বিষয়ে পরিকল্পনা করেছে। একথা জানতে পেরে সোভিয়েত সামরিক নেতারা ক্ষুব্ধ হন। সোভিয়েত নেতারা এই পরিকল্পনার বিরোধী ছিলেন। শেষপর্যন্ত পরিকল্পনাটি সফল হয়নি এবং সোভিয়েত সেনারা আফগানিস্তান ত্যাগ করে। তবে এসত্ত্বেও ক্ষুদ্র আকারে সোভিয়েত সেনাদল আফগানিস্তানে থেকে যায়। এদের মধ্যে ছিল প্যারাশুটিস্ট, সামরিক উপদেষ্টা, বিশেষ বাহিনী এবং আফগান-সোভিয়েত সীমানায় মোতায়েন সেনাদল।

সোভিয়েত প্রত্যাবর্তন
গৃহযুদ্ধ
আফগান-সোভিয়েত সম্পর্ক
কারমালের শাসনামল: ১৯৭৯–১৯৮৬