নটর ডেম কলেজকে সুদীর্ঘ সময় নিয়ে বিরল প্রজাতির গাছের এক সংগ্রহশালা হিসেবেও তৈরি করা হয়েছে। বিস্তৃত ক্যাম্পাসের বিভিন্ন অংশে পরিকল্পনা করে লাগানো হয়েছে গাছগুলো। <br> 
কলেজ ক্যাম্পাসে গাছ লাগানো শুরু হয় প্রখ্যাত পরিবেশবিদ অধ্যাপক দ্বিজেন শর্মার হাত ধরে ১৯৬৫ সালের দিকে। ১৯৬২ সালে তিনি নটর ডেম কলেজে উদ্ভিদবিজ্ঞানের শিক্ষক হিসেবে যোগ দেন। প্রথমে শুধুমাত্র ছাত্রদের ব্যবহারিক পাঠের জন্য সীমিত আকারে বৃক্ষরোপণ করা হলেও পরবর্তীতে কলেজের তৎকালীন অধ্যক্ষ ফাদার টিম ও ফাদার বেনাসের উৎসাহে কলেজে বিস্তৃত পরিসরে সবুজায়ন করা হয়। এমনকি এর রক্ষণাবেক্ষণ করার জন্য ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের তৎকালীন মালিকে নিয়ে আসা হয়।

<br>
নটর ডেম কলেজের বিরল গাছগুলোর মধ্যে উল্লেখযোগ্য হলো নাগলিঙ্গম গাছ। কলেজ ক্যাম্পাসের মিলনায়তনের পাশে সীমানাপ্রাচীর সংলগ্ন এলাকায় গাছদ্বয়ের দেখা মেলে। সমগ্র বাংলাদেশে থাকা মাত্র ৫২ টি নাগলিঙ্গম গাছের মধ্যে দুইটিই এখানে রয়েছে।

২০১০ সালে নটর ডেম নেচার স্টাডি ক্লাবের উদ্যোগে কলেজ প্রাঙ্গনে তিনটি তালিপাম গাছের চারা রোপণ করা হয়। এগুলো ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের পৃথিবীর সর্বশেষ প্রাকৃতিক তালিপাম গাছটির বংশধর। 
নটর ডেম কলেজ ক্যাম্পাসের প্রত্যেকটি প্রজাতির গাছের পেছনেই আলাদা গল্প রয়েছে। তবে কাঠগোলাপ গাছটি ছাত্রদের কাছে বিশেষভাবে বিখ্যাত। এখানকার মোটামুটিভাবে পরিচিত ফুলগাছের মধ্যে রয়েছে কদম, রাজ অশোক, শিমুল, পলাশ, সোনালু বা বাঁদর লাঠি, কনকচাঁপা, বকুল প্রভৃতি। বকুলতলা শিক্ষার্থীদের কাছে বেশ জনপ্রিয় স্থান।‌
আর বিরল প্রজাতির ফুল জাতীয় গাছের মধ্যে উল্লেখযোগ্য হলো কান্তিবাবলা, রক্তকাঞ্চন, বোতল ব্রাশ, পারিজাত বা মান্দার, পরশপিপুল, নাগেশ্বর, উদয়পদ্ম, শিবজটা, রক্তচিতা, লাল গুলাচি, কুরচি ফুল বা ইন্দ্রযব প্রভৃতি।<br>
বৃহদাকৃতির বৃক্ষের মধ্যে রয়েছে লক্ষ পাকুর, মহাকর্পূর, কর্পূর, হিজল,ছাতিম, গগনশিরীষ, ইপিল ইপিল প্রভৃতি।
সৌন্দর্যবর্ধক প্রজাতির ভেতর আছে বিলাতি ঝাউ, সাইকাস, কয়েক প্রজাতির পাতাবাহার, লালপাতা, পান্থপাদপ, দেবদারু প্রভৃতি। 

শুধু নিজস্ব ক্যাম্পাসে বিরল প্রজাতির উদ্ভিদ সংরক্ষণই নয়, প্রতিষ্ঠানটি জাতীয় ও আন্তর্জাতিক পরিবেশ আন্দোলনেও সক্রিয় ভূমিকা রাখছে। ২০১৫ সালের ২৩ ও ২৪ জানুয়ারি নটর ডেম কলেজে বিশ্বের ১৭ টি দেশের অংশগ্রহণে আন্তর্জাতিক প্রকৃতি সম্মেলন অনুষ্ঠিত হয়। যাতে বাংলাদেশ ও বাংলাদেশের বাইরের উল্লেখযোগ্য সংখ্যক শিক্ষার্থী অংশগ্রহণ করে।

নটর ডেম বিজ্ঞান ক্লাব (প্রতিষ্ঠা: ১৮ সেপ্টেম্বর, ১৯৫৫; প্রতিষ্ঠাতা: আর ডব্লিউ টিম সিএসসি)
রোটার‌্যাক্ট ক্লাব অব নটর ডেম কলেজ (প্রতিষ্ঠা: ১৪ মার্চ, ১৯৯০)
নামকরণ, মূলনীতি ও প্রতীক
প্রকৃতি ও পরিবেশ