পূর্বে, প্রোটোজোয়াকে "এককোষী প্রাণী" হিসেবে উল্লেখ করা হতো, যেহেতু এটি এক-কোষী, সালোকসংশ্লেষণকারী উদ্ভিদ (শৈবাল), প্রোটোফাইটা থেকে ভিন্ন ছিল। এই উভয় দলকেই প্রোটিস্টা রাজ্যে পর্বের স্থান দেয়া হয়েছিল। পুরোনো শ্রেণিবিন্যাসে, প্রোটোজোয়া পর্বকে বিভিন্ন উপদলে ভাগ করা হতো। শ্রেণিবিন্যাসের ধরন পাল্টেছে, কিন্তু ২০শতাব্দীতে প্রোটোজোয়ার উল্লেখযোগ্য কিছু দল হলো:


জীবন চক্র
খাদ্য
পরিবেশ
শ্রেণিবিন্যাস