প্রথমদিকে হাইরাম বিঙাম পেরুর সরকারি কর্মকর্তাদের সাথে ভালো সম্পর্ক গড়ে তুলেছিলেন। তাই পেরুতে ঘুরে বেড়ানো ও পুরাতাত্ত্বিক সামগ্রী ধার করার অনুমতি পেতে তার কোনও সমস্যাই হয় নি। ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয়ে ফেরার সময় তিনি সাথে করে প্রায় ৫০০০ পুরাকীর্তি নিয়ে আসেন এই উদ্দেশ্যে যে পেরুর সরকার সেগুলো ফেরত না চাওয়া পর্যন্ত তা ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয়ের তত্ত্বাবধানে থাকবে।

বিতর্ক নতুন করে দানা বাধে যখন "the Hartford Courant" পত্রিকার ১৪ই মার্চ, ২০০৬ তারিখের একটি রিপোর্টে বলা হয় পেরুর সাবেক প্রেসিডেন্ট আলেহান্দ্রো তোলেদোর (স্পেনীয়: Alejandro Toledo) স্ত্রী অভিযোগ করেছেন যে, মাচু পিচু থেকে ১৯১২ সালে হাইরাম বিঙাম কর্তৃক অপসারিত ২৫০টি জাদুঘরমানের প্রত্নতাত্ত্বিক নির্দশণের সত্ত্ব দাবী করে নিজেদের কাছে রেখে এবং সেগুলো বিশ্ববিদ্যালয়ের Peabody Museum এ প্রদর্শণীর মাধ্যমে ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয় মুনাফা করছে। হাইরাম বিঙাম কর্তৃক সংগৃহীত মাচু পিচুর কিছু কিছু নিদর্শণ পেরুর কাছে হস্তান্তার করা হয়েছে, কিন্তু বাদবাকি নিদর্শণ সমূহ ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয় নিজেদের কাছে রেখে দিয়েছে এই বলে যে, পেরুর প্রত্নসম্পদ সম্পর্কিত কেন্দ্রীয় আইনে এর সমর্থন আছে ।

১৪ই আগস্ট, ২০০৭ তারিখে "the Hartford Courant" পত্রিকার প্রতিবেদনে বলা হয় ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয় নিজেদের কাছে সংরক্ষিত ৩০০টির মত জাদুঘরমানের প্রত্নতাত্ত্বিক নিদর্শণ পেরুর কাছে হস্তান্তরে সম্মত হয়েছে। এ ঘটনার পরপরই পেরুর নতুর প্রেসিডেন্ট আলান গার্সিয়া (স্পেনীয়: Alan García) একটি প্রতিনিধিদল নিয়োগ দেন যাতে করে ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয়ের সাথে আলোচনা চালিয়ে নেয়া যায় এবং কোন রকম আইনি জটিলতা ছাড়াই এই সমস্যার সমাধান এবং বিতর্কের অবসান ঘটানো যায়

পরবর্তীতে ১৯ সেপ্টেম্বর, ২০০৭ সালে "the Hartford Courant" পত্রিকা তাদের প্রতিবেদনে বলে যে, বিংশ শতাব্দীর প্রথমভাগে হাইরাম বিঙাম কর্তৃক অপসারিত মাচু পিচুর প্রত্নতাত্ত্বিক নিদর্শণ সমূহের হস্তান্তরের ব্যাপারে পেরু এবং ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয় একটি ঐকমত্য্যে পৌঁছেছে। এর আওতায় পেরু সরকার এবং ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয় যৌথভাবে ভ্রাম্যমাণ প্রত্নতাত্ত্বিক প্রদর্শণীর আয়োজন করবে এবং কোস্কো শহরে ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয় পরামর্শে একটি জাদুঘর ও গবেষণাগার নির্মিত হবে। ইয়েল মাচু পিচু থেকে অপসারিত সকল নিদর্শণের ওপর পেরুর স্বত্ত্ব স্বীকার করেছে, তবে গবেষণার জন্য ব্যবহৃত নিদর্শণ সমূহের ওপর পেরুর সাথে ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয়েরও অধিকার থাকবে, যার একটি অংশ চলমান গবেষণার উপাদান হিসাবে বিশ্ববিদ্যালয়ের কাছে থাকবে। 

বাস্তুকলা
ইয়েল বিশ্ববিদ্যালয়ের সাথে দ্বন্দ্ব
অবস্থান
কৃষিকাজ