২০০৯ উয়েফা সুপার কাপ জেতার পর বার্সেলোনা ম্যানেজার পেপ গার্দিওলা জাহির করেন, ‘‘মেসিই খুব সম্ভবত তার দেখা সেরা খেলোয়াড়’’। এই মৌসুমে গার্দিওলা মেসিকে ডান উইঙ্গ থেকে সরিয়ে ‘‘ফলস নাইন’’ পজিশনে নিয়ে আসেন। ১৮ সেপ্টেম্বর, মেসি বার্সেলোনার সাথে ২০১৬ সাল পর্যন্ত নতুন করে চুক্তিবদ্ধ হন। এই চুক্তির সময় মেসির মূল্য রাখা হয় ২৫০ মিলিয়ন ইউরো এবং এই চুক্তির মাধ্যমে মেসির বার্ষিক আয় বেড়ে হয় ৯.৫ মিলিয়ন ইউরো।

২০০৯ সালের ১ ডিসেম্বর, ব্যালন ডি অর বিজয়ী হিসেবে মেসির নাম ঘোষণা করা হয়। এবারের ব্যালন ডি অর পুরষ্কারে মেসি ৪৭৩ পয়েন্ট নিয়ে প্রথম এবং ক্রিস্টিয়ানো রোনালদো ২৩৩ পয়েন্ট নিয়ে দ্বিতীয় হন। এটি ছিল ব্যালন ডি অর এর ইতিহাসে সর্বোচ্চ ব্যবধানে জয়ের রেকর্ড। মেসি আইএফএফএইচএস বর্ষসেরা প্লেমেকার পুরস্কারে জাভির পেছনে থেকে দ্বিতীয় হন।

১৯ ডিসেম্বর আবু ধাবিতে, মেসি ২০০৯ ফিফা ক্লাব বিশ্বকাপের ফাইনালে এস্তুদিয়ান্তেসের বিপক্ষে গোল করেন এবং দলকে ঐ বছর ৬টি শিরোপা এনে দেন। এর দুই দিন পরই তাকে ফিফা বর্ষসেরা ফুটবলারের পুরস্কার দেয়া হয়। ক্রিস্টিয়ানো রোনালদো, জাভি হার্নান্দেজ, আন্দ্রেস ইনিয়েস্তা এবং কাকা-কে হারিয়ে মেসি এই পুরস্কার জিতেন। তিনিই প্রথম আজেন্টাইন হিসেব এই পুরস্কার জেতার কৃতিত্ব অর্জন করেন। ১০ জানুয়ারি, মেসি মৌসুমে তার প্রথম হ্যাট্রিক করেন এবং বার্সেলোনা ০–৫ ব্যবধানে টেনেরিফের বিপক্ষে জয় লাভ করে। ১৭ জানুয়ারি, মেসি বার্সেলোনার হয়ে তার ১০০ তম গোলটি করেন এবং বার্সেলোনা সেভিয়ার বিপক্ষে ৪–০ ব্যবধানে জয় লাভ করে।

মেসি ঘরের মাঠ ন্যু ক্যাম্পে ভ্যালেন্সিয়ার বিপক্ষে হ্যাট্রিক করেন এবং দলকে ৩–০ ব্যবধানের জয় এনে দেন। পরের খেলায় জারাগোজার বিপক্ষেও তিনি হ্যাট্রিক করেন এবং দলকে ২–৪ ব্যবধানের জয় এনে দেন। মেসি বার্সেলোনার হয়ে লা লিগায় টানা দুই খেলায় হ্যাট্রিক করা প্রথম খেলোয়াড়। ২০১০ সালের ২৪ মার্চ, মেসি ওসাসুনার বিপক্ষে বার্সেলোনার হয়ে তার ২০০তম অফিসিয়াল খেলায় মাঠে নামেন। ২০১০ সালের ৬ এপ্রিল, মেসি তার ক্যারিয়ারে প্রথমবারের মত এক খেলায় ৪ গোল করেন। চ্যাম্পিয়নস লিগের কোয়ার্টার ফাইনালের দ্বিতীয় লেগে আর্সেনালের বিপক্ষে ঐ খেলায় বার্সেলোনা ৪–১ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে। এর মাধ্যমে মেসি চ্যাম্পিয়নস লিগে বার্সেলোনার হয়ে সর্বোচ্চ গোলদাতা রিভালদোকে টপকে যান। মৌসুমে লা লিগার শেষ খেলায় ভায়াদোলিদের বিপক্ষে মেসি জোড়া গোল করেন এবং বার্সেলোনার হয়ে লা লিগায় এক মৌসুমে রোনালদোর করা ৩৪ গোলের রেকর্ড স্পর্শ করেন, যেটি রোনালদো ১৯৯৬–১৯৯৭ মৌসুমে করেছিলেন। ২০১০ সালের ৩ জুন, মেসি টানা দ্বিতীয়বারের মত লা লিগার সেরা খেলোয়াড় নির্বাচিত হন। তিনি সব ধরনের প্রতিযোগীতায় ৪৭ গোল করে মৌসুম শেষ করেন। ১৯৯৬–৯৭ মৌসুমে রোনালদোও সমান সংখ্যক গোল করেছিলেন। মেসি মৌসুমে ১১টি গোলে সহায়তাও করেন।

২০০৯–১০ মৌসুম
রেকর্ডসমূহ
ক্লাব
২০০৮–10মৌসুম