১২শ শতাব্দীর মধ্যভাগে আল-আদিদ মিশরের খলিফা ছিলেন। তিনি কিশোর হওয়ার প্রশাসনে তার অবস্থান ছিল আনুষ্ঠানিক এবং প্রকৃত ক্ষমতা ছিল উজির শাওয়ারের হাতে। তিনি দীর্ঘদিন যাবত ক্রুসেডার এবং সিরিয়ার নুরউদ্দিন জেনগির বিরুদ্ধে প্রতিদ্বন্দ্বিতায় লিপ্ত ছিলেন। তিনি এই দুই পক্ষের মধ্যে মিত্রতা বদল করতেন এবং তাদেরকে একে অন্যের বিরুদ্ধে লিপ্ত করান। এর মাধ্যমে তাদের এক পক্ষ অন্য পক্ষ কর্তৃক বাধাপ্রাপ্ত না হয়ে মিশর আক্রমণ করতে পারবে না এমনটা তিনি নিশ্চিত করেন।

জেরুজালেমের রাজা প্রথম আমালরিক ক্রুসেডারদের সীমানা বৃদ্ধির জন্য অনেক বছর ধরে মিশর আক্রমণের চেষ্টা করছিলেন। ১১৬৮ খ্রিষ্টাব্দে তিনি এই কাজে কিছু মাত্রায় সাফল্য লাভে সমর্থ হন। তিনি তার সেনাবাহিনী নিয়ে মিশর প্রবেশ করেন এবং বিলবাইস শহরে হানা দেন। শহরের প্রায় সকল অধিবাসীকে হত্যা করা হয়। এরপর তিনি ফুসতাতের দিকে রওনা দেন। তিনি শহরের দক্ষিণে শিবির স্থাপন করে। এসময় আল-আদিদের বয়স ছিল ১৮ বছর। আমালরিক খলিফার কাছে আত্মসমর্পণের জন্য বার্তা পাঠান এবং বলেন যে নাহয় বিলবাইসের মত ভাগ্য বরণ করতে হবে।

আমালরিকের হামলা অবশ্যম্ভাবী দেখতে পেয়ে তার হস্তগত না হওয়ার জন্য শাওয়ার ফুসতাত শহর জ্বালিয়ে দেয়ার নির্দেশ দেন। মিশরীয় ইতিহাসবিদ আল-মাকরিজি (১৩৪৬-১৪৪২) এ প্রসঙ্গে বলেছেন:

ফুসতাতের ধ্বংসের পর সিরিয়ান বাহিনীর আগমন হয় এবং তারা সফলভাবে আমালরিককে প্রতিহত করে। খ্রিষ্টানদের প্রতিহত করার পর সিরিয়ানরা মিশর নিজেদের নিয়ন্ত্রণে নিয়ে আসে। শাওয়ারের অবিশ্বস্ততার জন্য তাকে মৃত্যুদণ্ড দেয়া হয় এবং ফাতেমীয়দের শাসন কার্যত শেষ হয়ে যায়। সিরিয়ান সেনাপতি শিরকুহ ক্ষমতা লাভ করেন। এর কয়েকমাস পরে স্বাস্থ্যগত কারণে তিনি মারা যাওয়ার পর তার ভাইপো সালাহউদ্দিন মিশরের ক্ষমতা পান। শিরকুহ আইয়ুবী শাসনের সূচনা করেছিলেন।

এসময় ফুসতাত একটি মৃতপ্রায় শহরতলী হয়ে পড়ে। সরকারি কাজের জন্য এরপর নিকটস্থ কায়রো স্থায়ীভাবে রাজধানী করা হয়। সালাহউদ্দিন কায়রো ও ফুসতাতকে দেয়াল দ্বারা ঘিরে একই শহর হিসেবে গড়ার প্রচেষ্টা চালান। তবে এই প্রচেষ্টা সফল হয়নি।

১১৬৬ খ্রিষ্টাব্দে মাইমুনিদস মিশরে এসে ফুসতাতে বসতি স্থাপন করেন। এখানে তিনি একজন চিকিৎসক হিসেবে সুনাম অর্জন করেন। তিনি সালাহউদ্দিনের পরিবার, উজির আল-কাদি-আল-ফাদিল ও সালাহউদ্দিনের উত্তরসূরিদের চিকিৎসক হিসেবে কাজ করেছেন। তাকে "রাইস আল-উম্মা" বা "আল-মিল্লাহ" (জাতির বা বিশ্বাসের প্রধান) বলে সম্মান করা হত। ফুসতাতে থাকাকালীন তিনি "মিশনাহ তোরাহ" (১১৮০ খ্রিষ্টাব্দ) ও "দালালাতুল হাইরিন" রচনা করেন।

মামলুকদের শাসনামলে ফুসতাতের এলাকা ভাগাড় হিসেবে ব্যবহৃত হত। তবে এসময়ও এখানে কয়েক হাজার বাসিন্দা ছিল। তারা ছিল মূলত কুমার ও আবর্জনা সংগ্রাহক। আবর্জনার স্তর কয়েকশত বছর ধরে এভাবে জমা হতে থাকে এবং ধীরে ধীরে জনসংখ্যা কমে যায়। ফলে একসময়ের ব্যস্ততম শহর কার্যত পরিত্যক্ত হিসেবে দেখা দেয়।

মিশরের রাজধানী
আধুনিক ফুসতাত
নাম ব্যুৎপত্তি
ধ্বংস ও পতন