স্টেশনটির পরিকাঠাম ভূমিগত। এই স্টেশনে ৫ টি প্ল্যাটফর্ম রয়েছে। মগরা রেলওয়ে স্টেশনে ৮ টি রেললাইন বা রেলট্র্যাক রয়েছে। স্টেশনে স্টেশন পরিচালনার জন্য ভবন ও স্টেশন মাষ্টারে ভবন ১ নং প্ল্যাটফর্মের সঙ্গেই অবস্থিত। যাত্রীদের রেল ভ্রমণের জন্য টিকিট স্টেশনের টিকিট ঘর থেকে প্রদান করা হয়। স্টেশনে যাত্রী সুবিধার জন্য বসার আসন, প্ল্যাটফর্ম ছাউনি, পানীয় জল এর ব্যবস্থা রয়েছে। স্টেশনে গাড়ি রাখার ব্যবস্থা নেই।

মগরা রেলওয়ে স্টেশন ব্যাগ বা যাত্রীদের দ্বারা বহন করা জিনিসপত্রের পরীক্ষায় ব্যবস্থা নেই।

পরিকাঠাম
বৈদ্যুতীকরণ
প্রশাসন ও নিরাপত্তার ব্যবস্থা
রেল পরিষেবা