আল-আকসা মসজিদে সাতটি হাইপোস্টাইল অংশ রয়েছে এবং এর সাথে মসজিদের দক্ষিণ অংশের পূর্ব ও পশ্চিমে ছোট অংশ রয়েছে। আব্বাসীয় ও ফাতেমীয় আমলের ১২১টি স্টেইনড গ্লাসের জানালা রয়েছে। এগুলোর এক চতুর্থাংশ ১৯২৪ খ্রিষ্টাব্দে সংস্কার করা হয়।

মসজিদের অভ্যন্তরভাগে ৪৫টি স্তম্ভ রয়েছে। এগুলোর মধ্যে ৩৩টি সাদা মার্বেল এবং ১২টি পাথরের তৈরি। স্তম্ভের শীর্ষ চার প্রকারের: কেন্দ্রীয়গুলো ভারি এবং পুরনো শৈলীর। গম্বুজের নিচেরগুলো করিন্থিয়ান ধাচের এবং ইতালীয় সাদা মার্বেলে তৈরি। পূর্বের শীর্ষ ভারি ঝুড়ি আকৃতির এবং পূর্ব ও পশ্চিমেরগুলোও ঝুড়ি আকৃতির। স্তম্ভ এবং জোড়গুলো কাঠের বীম দ্বারা যুক্ত।

মসজিদের একটি বড় অংশ চুনকাম করা। কিন্তু গম্বুজের ড্রাম এবং এর নিচের দেয়াল মোজাইক ও মার্বেল সজ্জিত। ভূমিকম্পে ক্ষতিগ্রস্ত হওয়ার পর ইতালীয় শিল্পী কর্তৃক কিছু রঙ্গিন কাজ পুনরুদ্ধার করা হয়। মিশরের বাদশাহ ফারুক সিলিঙের রঙের জন্য অর্থ প্রদান করেছিলেন। 

জেনগি সুলতান নুরউদ্দিন জেনগি আলেপ্পোর কারিগর আখতারিনিকে মিম্বর নির্মাণের আদেশ দিয়েছিলেন। ক্রুসেডারদের হাত থেকে জেরুজালেম উদ্ধার করার পর এই মিম্বর মসজিদে উপহার হিসেবে দেয়ার কথা ছিল। এটি নির্মাণে ছয় বছর লাগে (১১৬৮-৭৪)। নুরউদ্দিন জেরুজালেম জয় করার আগে মারা যান। ১১৮৭ খ্রিষ্টাব্দে সালাহউদ্দিন জেরুজালেম জয় করেন এবং মিম্বরটি মসজিদে স্থাপন করেন। এর কাঠামো হাতির দাঁত এবং সুন্দরভাবে কাটা কাঠ দিয়ে গঠন করা হয়েছিল। আরবি ক্যালিগ্রাফি, জ্যামিতিক ও ফুলের নকশা এর কাঠের উপর খোদিত হয়। ডেনিস মাইকেল রোহান এটি ধ্বংস করার পর এর স্থলে অন্য মিম্বর বসানো হয়। ২০০৭ খ্রিষ্টাব্দের জানুয়ারিতে ইসলামি ওয়াকফের প্রধান আদনান আল-হুসাইনি বলেন যে একটি নতুন মিম্বর স্থাপন করা হবে; ফেব্রুয়ারিতে এই মিম্বর স্থাপন করা হয়। সালাহউদ্দিনের মিম্বরের নকশার ভিত্তিতে জামিল বাদরান এটি নির্মাণ করেন। এটি জর্ডানে নির্মিত হয় এবং কারিগররা প্রাচীন কাঠখোদাই প্রক্রিয়ায় কাজ করেছেন। এটি যুক্ত করার পেরেকের বদলে কীলক ব্যবহার করা হয়। তবে নকশা করার কাজে কম্পিউটার ব্যবহার করা হয়েছিল।

অভ্যন্তরভাগ
বর্তমান অবস্থা
ইসলামে ধর্মীয় গুরুত্ব
স্থাপত্য