ঐতিহাসিক আগরতলা মামলার ২৯নং অভিযুক্ত হিসেবে গ্রেফতার হন ও চরম কারানির্যাতন ভোগ করেন। দ্বিতীয় পর্যায়ে গ্রেফতার হন তিনি ও করাচীর বিমানবাহিনীর পুলিশ সেলে সপ্তাহখানেক আটক থাকেন। ১৯ জুন, ১৯৬৮ তারিখ থেকে ২২ ফেব্রুয়ারি, ১৯৬৯ তারিখ পর্যন্ত বঙ্গবন্ধুর সাথে বন্দী ছিলেন। রাষ্ট্রপক্ষ কর্তৃক আনীত অভিযোগগুলো সম্পূর্ণ সত্য ছিল। তবে, মামলার আত্মপক্ষ রক্ষার্থে অভিযোগগুলো তখন অস্বীকার করা হয়েছিল।

বঙ্গবন্ধুর নির্দেশে এবং পাকিস্তান সশস্ত্রবাহিনীতে লে. ক. মোয়াজ্জেম হোসেনের নেতৃত্বে পাকিস্তান সশস্ত্রবাহিনীর বাঙ্গালীরা প্রাক্তন বাঙ্গালী সৈনিক এবং স্বাধীনতাকামী ছাত্র-জনতার সহযোগিতায় সশস্ত্র পন্থায় বাংলাদেশকে স্বাধীন করার পরিকল্পনা গ্রহণ করেন এবং প্রস্তুতিও প্রায় সম্পন্ন হয়েছিল।

ঐ পরিকল্পনায় ‘একটি নির্দিষ্ট রাত্রে নির্দিষ্ট সময়ে তৎকালীন পূর্ব পাকিস্তানের সবগুলো ক্যান্টনম্যান্টে আচমকা আক্রমণ চালিয়ে আগ্নেয়াস্ত্র দখল করে পাকিস্তানীদের অস্ত্র কেড়ে নিয়ে তাদের বন্দী করে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের নেতৃত্বে বাংলাদেশের স্বাধীনতা ঘোষণা’ ছিল। তবে, বিশ্বাসঘাতকের মাধ্যমে পরিকল্পনা ফাঁস হয়ে যাবার কারণে ঐতিহাসিক আগরতলা মামলার সূত্রপাত ঘটে।

মামলা চলাকালীন মুজিব তনয়া শেখ হাসিনার বিয়ের দিন শুনানী কার্যক্রম ছিল। বিয়ের পর ফজিলাতুননেসা মুজিব দুই হাড়িভর্তি মিষ্টি নিয়ে কোর্টে উপস্থিত হন ও বঙ্গবন্ধু তাকে দরাজ গলায় বলেছিলেন, ‘জলিল, ইউ ডিস্ট্রিবিউট দ্য সুইটস’। এরপর তিনি অভিযুক্তদেরসহ নিরাপত্তারক্ষীদের মাঝে ঐ মিষ্টিগুলো বিতরণের দায়িত্ব পালন করেছিলেন।

২২ ফেব্রুয়ারি, ১৯৬৯ তারিখে গণঅভ্যুত্থানের ফলে আইয়ুব সরকার সকলের সাথে তাকেও মুক্তি দিতে বাধ্য হন। ২৩ ফেব্রুয়ারি, ১৯৬৯ তারিখে নারায়ণপুর সরাফত উল্লাহ উচ্চ বিদ্যালয় মাঠে অনুষ্ঠিত বিশাল জনসভায় আবদুল জলিলকে গণসংবর্ধনা দেয়া হয়। পরবর্তীতে সার্জেন্ট পদ থেকে ফ্লাইট সার্জেন্ট হিসেবে পদোন্নতি লাভ করেন।
কর্মজীবন
মুক্তিযুদ্ধে অংশগ্রহণ
ব্যক্তিগত জীবন
আগরতলা মামলা