আলিয়ানোভস্কের গবেষণাগারে কর্মরত থাকা অবস্থায় ১৯৪৩ সালে "ক্ল্যাভডিয়া অল্যাকসেভনা ভিখিরেভাকে" বিয়ে করেন শাখারভ। তাদের এ সংসারে দুই কন্যা (লাইউবা, তানিয়া) ও এক পুত্র (দিমা) সন্তান রয়েছে। পরবর্তীতে ৮ মার্চ, ১৯৬৯ সালে দীর্ঘদিন অসুস্থ থাকার পর অল্যাকসেভনা ভিখিরেভা মৃত্যুবরণ করেন। এরপর ১৯৭২ সালে ইয়েলেনা বোনার নামীয় এক মানবাধিকার কর্মীকে বিয়ে করেন।

১৯৮০ থেকে ১৯৮৬ সালের মধ্যবর্তী সময়ে শাখারভ সোভিয়েত পুলিশের নজরদারীতে ছিলেন। ১৯৮৪ সালে তার স্ত্রী ইয়েলেনা বোনারকে আটক করা হয়। এর ফলে স্ত্রীর হৃদযন্ত্রের অস্ত্রোপচারের জন্য মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে ভ্রমণের অনুমোদন ও তার মুক্তির দাবীতে তিনি অনশন করেছিলেন। তাকে জোরপূর্বক হাসপাতালে প্রেরণ করা হয়। সেখানে তাকে তার অনিচ্ছাস্বত্ত্বেও জোরপূর্বক খাওয়ানো হয়। চারমাস তাকে নিবিড় পর্যবেক্ষণে রাখা হয়। আগস্ট, ১৯৮৪ সালে ইয়েলেনা বোনারকে ৫ বছরের জন্য গোর্কিতে নির্বাসনে পাঠানো হয়।

এপ্রিল, ১৯৮৫ সালে শাখারভ পুণরায় চিকিৎসাজনিত কারণে স্ত্রীর বিদেশ ভ্রমণের ব্যাপারে অনশন ধর্মঘট শুরু করেন। ফলে তাকে আবারো হাসপাতালে প্রেরণ ও জোরপূর্বক খাদ্যগ্রহণে বাধ্য করা হয়। স্ত্রীর যুক্তরাষ্ট্র ভ্রমণ চূড়ান্তভাবে অনুমোদন হবার পূর্বে অক্টোবর, ১৯৮৫ সাল পর্যন্ত তিনি হাসপাতালে ছিলেন। বোনার তার হৃদযন্ত্রের অস্ত্রোপচার সম্পন্ন হবার পর জুন, ১৯৮৬ সালে গোর্কীতে ফিরে আসেন।

শাখারভের বন্ধুমহলের অনেকেই মানব অধিকার আন্দোলনকে ব্যর্থ হিসেবে বিবেচনায় এনে তাকে অনশন ধর্মঘট করা থেকে বিরত রাখার আপ্রাণ প্রয়াস চালান। পাশাপাশি তার এ দুঃখ-দূর্দশার জন্য বোনারকে তিরস্কার ও দোষী সাব্যস্ত করেন। কিন্তু শাখারভ দাবী করেন যে, তার মানব অধিকার সংক্রান্ত ব্যক্তিগত চিন্তা-ভাবনাগুলো নিজের নৈতিক মূল্যবোধ থেকে সৃষ্ট।

১৯ ডিসেম্বর, ১৯৮৬ সালে তৎকালীন সোভিয়েত রাষ্ট্রপ্রধান মিখাইল গর্বাচেভ পেরেস্ত্রোইকা এবং গ্লাসনস্ত নীতি প্রবর্তন করেন। তিনি শাখারভ এবং তার স্ত্রীকে মস্কোয় ফিরে আসার অনুমতিপত্র প্রদান করেন।

শিক্ষাজীবন
বৈবাহিক জীবন
সম্মাননা
শাখারভ পুরস্কার