 সেখানে কাজ করার সময়, তিনি ১৯৫৪ সালে একটি সড়ক দুর্ঘটনায় আহত হন, যার ফলে তার পুরো মেরুদন্ডে আঘাতে লাগে। তিনি কোমরের নিচ থেকে পক্ষাঘাতগ্রস্ত হয়ে যান। তার আঘাতের চিকিৎসা করেন ড. পল ব্র্যান্ড, যিনি পরবর্তীকালে তার পরামর্শদাতা হয়ে উঠেছিলেন এবং যাঁর অধীনে তিনি কুষ্ঠরোগীর পুনর্বাসন সম্পর্কিত অস্ত্রোপচারে দক্ষতা দেখিয়েছিলেন। ডাঃ পল ব্র্যান্ড দেখিয়েছিলেন যে তিনি তার হুইলচেয়ারে বসে হ্যানসেন'স রোগীর হাতে অস্ত্রোপচার করতে পারেন।

অস্ট্রেলিয়ায় পার্থের একটি পুনর্বাসন কেন্দ্রে পুনর্বাসনের ওপর একটি কোর্স করার পর, ভার্গিস, এই কাজের একজন অগ্রণী ডা. হাওয়ার্ড এ রাস্কের অধীনে, নিউ ইয়র্কের ইনস্টিটিউট অফ ফিজিক্যাল মেডিসিন অ্যান্ড রিহ্যাবিলিটিশনে একটি ফেলোশিপ পান। ১৯৬২ সালে তার ফেলোশিপ সম্পন্ন করার পর, তিনি ভারতে ফিরে আসেন এবং ভেলোরের খ্রিস্টান মেডিকেল কলেজ, শারীরিক ওষুধ ও পুনর্বাসন বিভাগ এর প্রধান হন। তিনি ১৯৬৬ সালে পুনর্বাসন ইনস্টিটিউটটি শুরু করেন, এবং দেশে প্রথম সম্পূর্ণ কার্যকরী শারীরিক পুনর্বাসন বিভাগের নেতৃত্ব দান করেন। তিনি মূলত মেরুদণ্ডের আঘাত, কুষ্ঠ, এবং মস্তিষ্কের আঘাতযুক্ত ব্যক্তিদের জন্য পুনর্বাসন সেবা প্রদানে জড়িত ছিলেন। ১৯৭৬ সাল পর্যন্ত তিনি খ্রিস্টান মেডিকেল কলেজে কাজ করেন। "টেক মাই হ্যান্ড: দ্য রিমার্কেবল স্টোরি অফ ড. মেরি ভার্গিস" শিরোনামে তার জীবনী, ডরোথি ক্লার্ক উইলসন দ্বারা লিখিত, ১৯৬৩ সালে প্রকাশিত হয়।
পুরস্কার
পুনর্বাসন প্রতিষ্ঠান, সিএমসি ভেলোর
মেরুদণ্ডে আঘাত এবং পরের বছর গুলি
মৃত্যু এবং উত্তরাধিকার