১৬৬৬ সালে মোগল সম্রাট আওরঙ্গজেবের নির্দেশে বাংলার সুবেদার শায়েস্তা খাঁ চট্টগ্রাম দখলের জন্য সৈন্যবাহিনী প্রেরণ করে। যুদ্ধে পর্তুগিজরা বিশ্বাসঘাতকতা করলে আরাকানীরা পরাজিত হয়। মোগল সেনাপতি উম্মদ খান চট্টগ্রামের ফৌজদার নিযুক্ত হয়ে এক নতুন অধ্যায়ের সূচনা করেন। আরাকানীরা চট্টগ্রাম থেকে বিতাড়িত হলেও প্রায়শ চট্টগ্রামে হামলা করতো। টমাস প্রোট নামে একজন ইংরেজ সেই সময় আরাকানীদের সঙ্গে যোগ দিলেও শেষ পর্যন্ত তাদের হাতেই মারা পড়ে। ১৬৮৬ সালে কলকাতার প্রতিষ্ঠাতা জব চার্নক ও ১৮৬৮ সালে কাপ্তেন হিথ চট্টগ্রাম দখলের চেষ্টা করে ব্যর্থ হোন। ১৭১০ সাল পর্যন্ত হাজারী মনসবদাররাই ফৌজদার নিযুক্ত হলেও এরপর থেকে নায়েবরাই শাসনকার্য চালাতে থাকেন। ১৭২৫ সালে আরাকানীরা একেবারে চট্টগ্রাম শহরে ঢুকে পড়ে। তবে ৩০ হাজার মগ সৈন্য সেবারও সফল হতে পারে নি। চট্টগ্রাম দখলের পর মোগলরা পূর্বের পার্বত্য অঞ্চলে ঢোকার চেষ্টা অব্যাহত রাখে। ১৭১৩ সালে সমতলের বাসিন্দাদের সঙ্গে বাণিজ্য করার জন্য চাকমা সর্দার জালাল খান চুক্তি করেন। মোগলদের শাসনামলে চট্টগ্রামে বাণিজ্যকুঠি স্থাপন ও বন্দর দখলের জন্য ইউরোপীয় সম্প্রদায় ছলে-বলে-কৌশলে চেষ্টা চালাতে থাকে।

মোগল আমলে চট্টগ্রামের ফৌজদারদের সহায়তা করার জন্য শাসন কাজে একজন বকশি এবং রাজস্ব কাজে একজন দেওয়ান নিয়োগ করা হত। মোগল আমলে চট্টগ্রামের ফৌজদারদের বকশি: 
বকশি-রা হলেনঃ মির্জা খলিল (১৬৬৬-১৬৬৮), মির্জা মুজাফফর খান (১৬৬৯-১৬৭০), মির মোহাম্মদ হোসেন (১৬৭২-১৬৭৯), মির জাফর (১৬৮০-১৬৮৬ ?) মোহাম্মদ হোসেন (১৬৮৭ ? - ১৬৮৮), মোহাম্মদ নইম (১৬৮৯-১৬৯৯), নূরুদ্দিন মোহাম্মদ (১৭০৪-১৭১৩)। ঐ সময়ে চট্টগ্রামের ফৌজদারদের অধীনে কার্যরত দেওয়ানরা হচ্ছেনঃ নরসিংহ রায় (১৬৬৬-১৬৬৮), ভগুনি দাস (১৬৬৯-১৬৭৭), হোসেন কলি খান ১৬৭৮-১৬৭৮) জয়নুল আবেদিন (১৬৮০-১৬৮৭), মোহাম্মদ খান (১৬৮৮-১৬৯৯), সোলতান মোহাম্মদ (১৭০৪-১৭০৬), মির আমজাদ (১৭০৭-১৭০৮), মনিরাম (১৭১১-১৭২৮), সুয়াজান পেশকার (প্রতিনিধি-মনিরাম) (১৭৩৬), মোকেম সিংহ (১৭৩৬), বাঙ্গালি লাল (১৭৩৭-৩৮), বরুণ দত্ত (১৭৩৯), লক্ষ্মীনারায়ন (১৭৪০-৪১), হমাসিংহ (১৭৪২-১৭৫১), চৈতন কিষণ (১৭৫২-১৭৫৩), বাঙ্গালি লাল (১৭৫৭-৫৮), রাম সিংহ (১৭৫৮-১৭৬০)।

১৬৭০ ও ১৭১০ সালে আরাকানীরা চট্টগ্রামের সীমান্তে ব্যর্থ হয়। কিন্তু ১৭২৫ সালে প্রায় ৩০ হাজার মগ সৈন্য চট্টগ্রামে ঢুকে পড়ে চট্টগ্রামবাসীকে বিপদাপন্ন করে ফেলে। তবে শেষপর্যন্ত মোগলরা তাদের তাড়িয়ে দিতে সক্ষম হয়।
এই সময় মোগলদের কারণে ইংরেজরা চট্টগ্রাম বন্দর কোনভাবেই দখল করতে পারে নি। মোগলরা পার্বত্য এলাকার অদিবাসীদের সঙ্গে, বিশেষ করে চাকমা সম্প্রদায়ের সঙ্গে চুক্তির মাধ্যমে সদ্ভাব বজায় রাখে।

মোগল আমল
ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানির শাসন
মুসলিম শাসনামল
চীনা পর্যটকের বিবরণীতে চট্টগ্রাম