শিক্ষাজীবন শেষে বাংলাদেশে ফিরে তিনি শামসুল হক ফরিদপুরী ও আবদুল ওয়াহাবের সাথে একত্রিত হয়ে বিভিন্ন অঞ্চলে ইসলামি শিক্ষার জন্য মাদ্রাসা স্থাপন করেন। এসব মাদ্রাসার উল্লেখযোগ্য কয়েকটি হলো- বড়কাটারা, ফরিদাবাদ ও লালবাগ মাদ্রাসা। ১৯৬৫ সালে ঢাকার কামরাঙ্গীরচরে তিনি নূরিয়া মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠিত করেন। ১৯৮১ সালে মুহাম্মাদুল্লাহ্‌ বাংলাদেশ খেলাফত আন্দোলন নামে একটি রাজনৈতিক দল গঠন করেন। তিনি ১৯৮১ ও ১৯৮৬ সালে অনুষ্ঠিত বাংলাদেশের রাষ্ট্রপতি নির্বাচনে অংশগ্রহণ করে পরাজিত হন। এরমধ্যে ১৯৮১ সালের নির্বাচনে ১.৭৯% ভোট পেয়ে তৃতীয় এবং ১৯৮৬ সালে ৫.৬৯% ভোট পেয়ে দ্বিতীয় স্থান লাভ করেন।

পরবর্তী জীবন ও রাজনীতি
ব্যক্তিগত জীবন
প্রারম্ভিক জীবন
মৃত্যু