পরপর চার মেয়াদে ফিফা সভাপতি হলেও ব্ল্যাটার প্রায়শঃই বিতর্কজালে নিজেকে জড়িয়েছেন। তন্মধ্যে - ২০০২ সালের নির্বাচনের প্রাক্কালে আর্থিক তছরূপ, ভোট বাণিজ্যে অর্থ প্রদান, আফ্রিকান ফুটবল কনফেডারেশন ও "সোমালী ফুটবল ফেডারেশনের" কাছ থেকে অর্থগ্রহণ অন্যতম।

২০০৪ সালে ব্ল্যাটার মহিলা ফুটবল নিয়ে বক্তব্য প্রদান করে ব্যাপক সমালোচনার মুখোমুখি হন। তিনি বলেছিলেন যে,
সম্মাননা
ফিফা সভাপতি
সম্পৃক্ততা
বিতর্ক