২০০৭ সালের ১৭ ডিসেম্বর কাদের মোল্লাসহ কয়েকজন জামায়াত নেতার বিরোদ্ধে কেরানীগঞ্জ থানায় একটি মামলা হয়। ২০০৮ সালে তার বিরুদ্ধে পল্লবী থানায় আরো একটি মামলা হয়। ১৩ জুলাই, ২০১০ তারিখে কাদের মোল্লাকে পল্লবী থানা এলাকায় মুক্তিযুদ্ধের সময় সংঘটিত গণহত্যার মামলায় গ্রেপ্তার করা হয়।

ট্রাইব্যুনালের তদন্ত দল তার বিরোদ্ধে যুদ্ধাপরাধ অভিযোগের তদন্ত শুরু করে এবং ২০১১ সালের ১ নভেম্বর তদন্ত প্রতিবেদনে হত্যা, ধর্ষণ ও অগ্নিসংযোগের এবং সর্বোপরি মানবতাবীরোধী অপরাধের অভিযোগ আনে রাষ্ট্রপক্ষ। ২৮শে ডিসেম্বর ট্রাইব্যুনাল অভিযোগ আমলে নেন এবং ২০১২ সালের ২৮শে মে ট্রাইব্যুনাল-২ খুন, ধর্ষণ, অগ্নিসংযোগসহ মানবতাবিরোধী ছয়টি অভিযোগের বিচারকাজ শুরুর নির্দেশ দেন।

যুদ্ধাপরাধের অভিযোগসমূহ
যুদ্ধাপরাধের বিচার
গ্রেফতার
রায়ের প্রতিক্রিয়া