জিনিতাত্ত্বিকভাবে হাজারারা পশ্চিম ইউরেশীয় ও পূর্ব ইউরেশীয় জাতির মিশ্রণ। গবেষণায় পাওয়া গেছে যে তাদের এক তৃতীয়াংশ থেকে অর্ধেক ক্রোমোজোম পূর্ব এশীয় পূর্বপুরুষ থেকে এসেছে আবার পিসিএ তাদের পূর্ব এশীয় ও ককেশাস/মধ্যপ্রাচ্য/ইউরোপের মাঝখানে নির্দেশ করে। জিনতাত্ত্বিক গবেষণায় দেখা যায় আফগানিস্তানের হাজারারা উজবেকদের সাথে সবচেয়ে বেশি সম্পর্কিত যেখানে উভয় জাতিই আফগানিস্তানের তাজিক ও পশতুনদের সাথে বেশ কম সম্পর্কযুক্ত। তুর্ক ও মঙ্গোলদের মাঝে পিতৃতাত্ত্বিক ও মাতৃতাত্ত্বিক সম্পর্কের প্রমাণ পাওয়া যায়।

পূর্ব এশিয়ার পুরুষ ও নারী পূর্বপুরুষের বিষয়টি জিনতাত্ত্বিক গবেষণা দ্বারা প্রমাণিত। হাজারাদের পিতার ক্রোমোজোম মঙ্গোলদের সাথে ও কাজাখদের মতো তুর্ক জাতির সাথে সাদৃশ্যপূর্ণ। পূর্ব এশীয় মাতৃ হ্যাপ্লোগ্রুপ (এমটিডিএনএ) প্রায় ৩৫% ধারণ করে। যা আবার সীমান্তবর্তী জনগোষ্ঠী থেকে আলাদা। এ থেকে ধারণা করা হয় তুর্কি ও মঙ্গোলীয় জনগোষ্ঠীরা পূর্ব এশীয় মহিলাদের সাথে মিলিত হয়। হাজারাদের অ-পূর্ব এশীয় মাতৃডিএনএ এমটিডিএনএ এর পরিমাণ প্রায় ৬৫%, যার অধিকাংশ পশ্চিম ইউরেশীয় ও কিছু পরিমাণ দক্ষিণ এশীয়।

পাকিস্তানি হাজারাদের মধ্যে প্রাপ্ত সবচেয়ে সাধারণ পৈতৃক হ্যাপ্লোগ্রুপ হলো হ্যাপ্লোগ্রুপ সি-এম২১৭ প্রায় ৪০% (১০/২৫) এবং হ্যাপ্লোগ্রুপ ও৩ ৮% (২/২৫), উভয়টিই পূর্ব এশীয় ও সাইবেরিয়ান বংশোদ্ভুত।

আফগানিস্তানের পিতৃতান্ত্রিক ওয়াই-ডিএনএ হ্যাপ্লোগ্রুপের উপর পরীক্ষা চালিয়ে জানা যায় সবচেয়ে সাধারণ হ্যাপ্লোগ্রুপ হলো যথাক্রমে আর১এ, সি-এম২১৭, জে২-এম১৭২ ও এল-এম২০। হাজারারা প্রধানত হ্যাপ্লোগ্রুপ সি-এম২১৭ এর অন্তর্ভুক্ত, যা পূর্ব এশিয়া ও সাইবেরিয়ান জনগোষ্ঠীর মধ্যে দেখা যায়। আবার কিছু হাজারাদের হ্যাপ্লোগ্রুপ আর১এ১এ-এম১৭, ই১বি১বি১-এম৩৫, এল-এম২০ ও এইচ-এম৬৯, যা তাজিক, পশতুন ও ভারতীয়দের মধ্যে সাধারণ। আরেক গবেষণা থেকে দেখা যায় এই জনগোষ্ঠীর একটি ক্ষুদ্র অংশের হ্যাপ্লোগ্রুপ বি-এম৬০, যা সাধারণত পূর্ব আফ্রিকায় পাওয়া যায়। হাজারাদের উপর পরিচালিত অন্য আরেকটি এমটিডিএনএ গবেষণায় ৭.৫% মাত্রায় এমটিডিএনএ হ্যাপ্লোগ্রুপ এল পাওয়া যায়, যা আফ্রিকান বংশোদ্ভূত।

অতি সাম্প্রতিক একটি গবেষণায় দেখা যায়, উইঘুররা হাজারাদের সাথে বেশ সাদৃশ্যপূর্ণ। আবার উভয় জাতি পূর্ব এশিয়ার বেশ কিছু জাতির সাথে সম্পর্কিত। গবেষণায় পাকিস্তান ও ভারতের অন্যান্য জাতি হাজারাদের পূর্বপুরুষ হওয়ার সামান্য সম্ভাবনা প্রকাশ করে।

ধর্ম
গোত্র
জিনতত্ত্ব
ভাষা