৬২২ খ্রিষ্টাব্দে মুসলিমরা মদিনায় হিজরত করতে শুরু করে। কয়েকটি দলে এই হিজরত হয়। মুহাম্মদ (সা.) ও আবু বকর একই সাথে হিজরত করেন। মুহাম্মদ (সা.) তার কাছে গচ্ছিত মক্কাবাসীর সম্পদ ফিরিয়ে দেওয়ার জন্য আলি ইবনে আবি তালিবকে দায়িত্ব দিয়ে যান। হামলার আশঙ্কায় তারা মদিনামুখী উত্তরের পথ না ধরে দক্ষিণমুখী ইয়েমেনগামী পথ ধরে অগ্রসর হন এবং পাঁচ মাইল দূরে সাওর পর্বতের গুহায় আশ্রয় নেন। আবু বকরের ছেলে আবদুল্লাহ ইবনে আবি বকর এসময় তাদের সাথে রাতে থাকতেন এবং ভোরের পূর্বে মক্কায় ফিরে আসতেন যাতে অন্যদের মনে সন্দেহ সৃষ্টি না হয়। এছাড়াও আবু বকরের এক দাস আমির বিন ফুহাইরাহ পর্বত পর্যন্ত ছাগল চরাতেন যাতে আবদুল্লাহ ইবনে আবু বকরের চলাচলের চিহ্ন মুছে যায়। এছাড়াও তিনি তাদের ছাগলের দুধ পান করাতেন। আবু বকরের মেয়ে আসমা বিনতে আবি বকর তাদের খাবার নেয়ার কাজ করতেন।

হিজরতের সংবাদ জানতে পেরে তাদের ধরার জন্য মক্কা থেকে বিভিন্ন লোক বিভিন্ন দিকে পাঠানো হয়। অণুসন্ধানকারীরা গুহা পর্যন্ত পৌছে গেলে আবু বকর চিন্তিত হয়ে উঠেন। মুহাম্মদ (সা.) তাকে অভয় দিয়ে বলেন,

এরূপ দুজন সম্পর্কে তোমার কী ধারণা যাদের তৃতীয়জন হলেন আল্লাহ।
এ বিষয়ে কুরআনে উল্লেখ রয়েছে,

যদি তোমরা তাকে সাহায্য না কর, (তবে স্মরণ কর) আল্লাহ তাকে সাহায্য করেছিলেন যখন অবিশ্বাসীরা তাকে তাড়িয়ে দিয়েছিল। সে ছিল দুজনের একজন। যখন তারা গুহার মধ্যে ছিল, সে তখন তার সঙ্গীকে বলেছিল, "মন খারাপ করো না, আল্লাহ তো আমাদের সাথেই আছেন"। তারপর আল্লাহ তার উপর প্রশান্তি বর্ষণ করলেন। (সূরা তওবা, আয়াত ৪০)
এই আয়াতে দুজনের একজন দ্বারা আবু বকরকে বোঝানো হয়েছে।

গুহায় তিনদিন ও তিনরাত অতীবাহিত করার পর তারা দুজন মদিনার দিকে অগ্রসর হন। তারা মদিনার শহরতলী কুবায় পৌঁছে সেখানে কিছু সময় অতীবাহিত করেন। এরপর তারা মদিনায় পৌঁছান।

মক্কায় শেষ বছরসমূহ
সুন্নি দৃষ্টিভঙ্গি
মুহাম্মদ (সা) এর মৃত্যু
মদিনায় হিজরত