ক্ষমতালাভের কয়েক বছর পরেই ত্রয়োদশ দলাই লামার ক্ষুধামান্দ্য ও শারীরিক দুর্বলতা দেখা দেয়। এই অসুস্থতার কারণ হিসেবে অলৌকিক মন্ত্রপূত জুতোর একটি কাহিনী প্রচলিত রয়েছে, যার পরিণতিতে একজন উচ্চপদস্থ লামা সহ বেশ কিছু ব্যক্তি গ্রেপ্তার হন। ১৯০০ খ্রিষ্টাব্দে ত্রয়োদশ দলাই লামা লক্ষ্য করেন যে, তার শিক্ষক লাস-রাব-গ্লিং-পা দ্বারা উপহার হিসেবে প্রদত্ত একজোড়া জুতো পরে থাকার কারণে তিনি অসুস্থ হয়ে পড়ছিলেন। এই জুতোজোড়া পরীক্ষা করে দেখা যায়, যে তার শুকতলার ভেতরে একটি ঘাতক মন্ত্র লুকোনো রয়েছে। লাস-রাব-গ্লিং-পাকে এই ব্যাপারে জিজ্ঞাসাবাদ করা হলে তিনি নিজেকে নিরপরাধ ঘোষণা করে বলেন যে এই জুতো পড়লে তার নিজের নাক থেকেও রক্তপাত। তিনি বলেন যে, ন্যাগ-রোং অঞ্চলের একজন জাদুকরী ক্ষমতা সম্পন্ন লামা তাকে এই জুতোজোড়া উপহার দিয়েছিলেন। সেই লামা তদন্তে স্বীকার করে যাবতীয় দোষ প্রাক্তন রাজপ্রতিনিধি নবম দে-মো ঙ্গাগ-দ্বাং-ব্লো-ব্জাং-'ফ্রিন-লাস-রাব-র্গ্যাসের ওপর চাপিয়ে দেন। ঙ্গাগ-দ্বাং-ব্লো-ব্জাং-'ফ্রিন-লাস-রাব-র্গ্যাস ও তার পরিবারকে তিব্বত সরকার গ্রেপ্তার করেন ও কারাগারেই তাদের মৃত্যু ঘটে। তার সমস্ত সম্পত্তি বাজেয়াপ্ত করা হয় এবং বেশ কয়েক বছর পরবর্তী পুনর্জন্ম চিহ্নিতকরণ নিষিদ্ধ হয়ে যায়। যদিও গোল্ডস্টেইনের মতে ত্রয়োদশ দলাই লামাকে সরিয়ে ক্ষমতা দখলের উদ্দেশ্যে ঙ্গাগ-দ্বাং-ব্লো-ব্জাং-'ফ্রিন-লাস-রাব-র্গ্যাস এই হত্যার ষড়যন্ত্র করেছিলেন, কিন্তু বেশ কয়েকজন ঐতিহাসিক মনে করেন যে, ঙ্গাগ-দ্বাং-ব্লো-ব্জাং-'ফ্রিন-লাস-রাব-র্গ্যাসের শক্রুরা তার ক্ষতিসাধনের উদ্দেশ্যে তাকে ফাঁসিয়েছিলেন। ত্রয়োদশ দলাই লামা পরবর্তীকালে চার্লস বেলকে দেওয়া এক সাক্ষাতকারে বলেন যে ঙ্গাগ-দ্বাং-ব্লো-ব্জাং-'ফ্রিন-লাস-রাব-র্গ্যাস দোষী ছিলেন বলেই তার বিশ্বাস।

রাজনৈতিক ক্ষমতালাভ
অলৌকিক জুতোর কাহিনী
চীন যাত্রা
মৃত্যু