মণিকৃষ্ণ সেন ১৯০৩ সালের ১ নভেম্বরে ব্রিটিশ ভারতের ফরিদপুরের (অধুনা রাজবাড়ী জেলা) বেরাদী গ্রামে মামা বাড়িতে জন্মগ্রহণ করেন। বাবা বেনীমাধব সেন কাবিলপুরের জমিদারের সেরেস্তাদার ছিলেন। তার মায়ের নাম ছিল প্রমদা সুন্দরী সেন। বেনীমাধব সেনের বাড়ি ছিল রংপুর জেলার পীরগঞ্জ থানার কাবিলপুর গ্রামে। জয়পুরহাটে তার বাবার কিছু সম্পত্তি ছিল। সেখানে তাদের চালের ব্যবসা ছিল। তার বয়স যখন ছয় মাস তখন তার মা মণিকৃষ্ণ সেনের মামা বাড়ি থেকে কাবিলপুরে আসেন। কাবিলপুরে অতিবাহিত হয় তার শৈশব জীবন। ১৯১১ সালে তার বয়স যখন আট বছর তখন তার বাবা মারা যান। তারা ছিলেন পাঁচ ভাই ও চার বোন। ভাইদের মধ্যে তিনি ছিলেন তৃতীয়। তার মেজ ভাই শিব কৃষ্ণ সেন। তিনি কাবিলপুরের বিষয়সম্পত্তি দেখাশুনা করতেন। মণিকৃষ্ণ সেন বেড়ে উঠেছেন ভাই শিব কৃষ্ণ সেনের কাছে।

তার পড়াশুনার হাতেখড়ি হয় মা-বাবার কাছে। এরপর তাকে ভর্তি করানো হয় কাবিলপুর মাইনর স্কুলে। এই স্কুলে তিনি ষষ্ঠ শ্রেণী পর্যন্ত পড়াশোনা করেন। সপ্তম শ্রেণীতে ভর্তি হন ফরিদপুরের রাজবাড়ি হাইস্কুলে। সেখানে বোনের বাড়িতে থেকে পড়াশুনা করেন। অষ্টম শ্রেণীর দ্বিতীয় সাময়িক পরীক্ষার সময় তিনি দুরারোগ্য ম্যালেরিয়ায় আক্রান্ত হন। শারীরিক অসুস্থতার কারণে ১৯১৮ সালে তিনি রংপুরে পরিবারের কাছে চলে আসেন। সুস্থ হয়ে তিনি শহরের অন্যতম বিদ্যাপীঠ কৈলাশরঞ্জন উচ্চবিদ্যালয়ে নবম শ্রেণীতে ভর্তি হন।

স্কুল জীবনেই রাজনীতিতে হাতেখড়ি হয় তার। ১৯২০ সালে ১৭ বছর বয়সে ভারত ছাড়ো আন্দোলনের সাথে যুক্ত হন। কৈলাশরঞ্জন উচ্চবিদ্যালয় থেকে ১৯২১ সালে তিনি প্রবেশিকা পরীক্ষায় উত্তীর্ণ হন। এরপর ভর্তি হন কারমাইকেল কলেজে। ওই সময় যুগান্তর দলের বিপ্লবীরা প্রকাশ্যে কংগ্রেসের সাথে যুক্ত ছিলেন। ১৯২১ সালে মণিকৃষ্ণ সেন জাতীয় কংগ্রেসের কর্মী ছিলেন। তিনি ছিলেন গণঅভ্যুত্থানের অন্যতম সংগঠক ও যুব ভলান্টিয়ারদের প্রধান। কারমাইকেল কলেজ থেকে ১৯২৫ সালে বি.এ. এবং কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয় থেকে ১৯২৯ সালে এম.এ. ও বি.এল. পাশ করেন।

শরীর চর্চার প্রতি প্রবল আগ্রহের কারণে ভর্তি হয়েছিলেন ব্যায়ামাগারে। কলকাতা বিশ্ববিদ্যালয়ের ছাত্র অবস্থায় তিনি নিয়মিত শরীরচর্চা করতেন। শরীরচর্চার মধ্যে ব্যায়ামে তিনি দক্ষতা অর্জন করেছিলেন। কলকাতার শ্রেষ্ঠ চারজন ব্যায়ামবীরের মধ্যে তিনি ছিলেন অন্যতম। শরীরচর্চা প্রতিযোগিতায় তিনি নিয়মিত অংশগ্রহণ করতেন। পড়াশুনা শেষে কলকাতা থেকে ফিরে আসেন রংপুরে। যুক্ত হন আইনজীবী পেশায়। তবে এই পেশার প্রতি তার তেমন আগ্রহ ছিলনা।

জন্ম ও শিক্ষা
স্বাধীনোত্তর ভারতে
প্রাক-স্বাধীন ভারতে
রাজনৈতিক জীবন