২০০৫ সালের মে মাসে অ্যাটর্নি জেনারেল স্টাম্বো দাবি করেন, ফ্লেচার প্রশাসন রাষ্ট্রীয় কর্মীদের নিয়োগ, প্রচার, জনশক্তি ও চাকরিচ্যুতির ক্ষেত্রে কে কোন রাজনৈতিক দলের প্রতি অনুগত এই ভিত্তিতে সিদ্ধান্ত নেওয়া হয়। এই পদ্ধতি রাষ্ট্রীয় মেধা ব্যবস্থা নষ্ট করে দিয়েছে। এই মামলার তদন্ত শুরু হয় এইটি ২৭৬ পৃষ্ঠার একটি মামলার প্রেক্ষিতে। এই মামলা টি করেন ডগলাস ডব্লিউ ডুয়ের্টিং যিনি ছিলেন কেনটাকি পরিবহন মন্ত্রিসভার সহকারী কর্মচারী পরিচালক। ফ্লেচার, এই তদন্ত শুরুর সময় জাপানের ট্রেড মিশনে ছিলেন এবং তিনি টেলিফোন সংবাদ সম্মেলনে স্বীকার করেন যে চাকরির সুপারিশগুলি পরিচালনা করার জন্য কোনও আনুষ্ঠানিক প্রক্রিয়া না করায় নিয়োগে তার প্রশাসনের "ভুল" থাকতে পারে। জাপান থেকে প্রত্যাবর্তনের পরে, ফ্লেচার এই ভুল কে অস্বীকার করেন এবং বলেন স্টাম্বোর এই তদন্ত আগামী নির্বাচনে গভর্নর হিসেবে তাকে মনোনীত করার একটি চাল মাত্র। স্টাম্বো ২০০৭ সালে তার গভর্নর পদে প্রার্থী হওয়ার পরিকল্পরকে অস্বীকার করেননি, যদিও শেষ পর্যন্ত তিনি ডেমোক্র্যাটিকের সাধারণ নির্বাচনেই কাছে হেরে যান এবং নির্বাচনে গভর্নর পদ প্রার্থী ব্রুস লুনসফোর্ডের সহযোগী হন। 

ফ্লেচার প্রশাসনের বিরুদ্ধে অভিযোগ তদন্তের জন্য ২০০৫ সালের জুনে একটি গ্র্যান্ড জুরি গঠন করা হয়েছিল। অবশেষে, আগস্টের মধ্যেই জুরিটি স্টেট রিপাবলিকান পার্টির চেয়ারম্যান ড্যারেল ব্রোক জুনিয়র এবং ভারপ্রাপ্ত পরিবহন সচিব বিল নাইবার্ট সহ নয়টি প্রশাসনিক কর্মকর্তার বিরুদ্ধে অভিযোগ তোলে। প্রশাসনিক কমিশনার ড্যান ডুর‍্যেন এর বিরুদ্ধে আনা অভিযোগ ব্যতীত বাকিগুলো সবই ছিল বেআইনি কাজের অভিযোগ। তিনি ২২ টি ষড়যন্ত্র এর দায়ে অভিযুক্ত ছিলেন। তার গুরুতর অপরাধের এর মধ্যে ছিল ২০ চাক্ষুস প্রমাণ এবং ২ জন সাক্ষী নিয়ে ষড়যন্ত্র করা। এছাড়াও তার বিরুদ্ধে আরো ১৩ টি অভিযোগ ছিল। ২৯ আগস্ট, ফ্লেচার অভিযুক্ত প্রত্যেককেই ক্ষমা করে দেন। কিন্তু ফ্লেচার নিজেকে ক্ষমা করেন নি। পরদিন, ফ্লেচারকে গ্র্যান্ড জুরি সাক্ষ্য দেওয়ার জন্য ডাকলেও তিনি কোনও প্রশ্নের উত্তর দিতে অস্বীকার করেন, তার প্রশাসনের এই ত্রুটি সংশোধনের জন্য তিনি পঞ্চম সংশোধনী এর ডাক দেন। 

সেপ্টেম্বরের মাঝামাঝি, ফ্লেচার আনুষ্ঠানিক ভাবে ক্ষমা চাওয়ার পর , "কুরিয়ার-জার্নাল" জরিপে দেখা যায়, যৌন কেলেঙ্কারী চলাকালীন তার প্রশাসনের রেটিং ছিল মাত্র ৩৮%। এটি ছিল ফ্লেচারের পূর্বসূরি পল ই প্যাটনের অনুমোদিত সর্বনিম্ন রেটিং। ১৪ ই সেপ্টেম্বর, ২০০৫ এ, ফ্লেচার যে নয়জন কর্মচারীকে দুই সপ্তাহ আগে ক্ষমা করেছিলেন তাদের মধ্য থেকে ৪ জন কে বরখাস্ত করেন। "কেন্টাকি অ্যাসোসিয়েশন অফ স্টেট এমপ্লয়িজ" ফ্লেচারের এই পদক্ষেপের প্রশংসা করেন এবং গভর্নর সঠিক কাজ করেছেন বলে মন্তব্য করে। তবে ডেমোক্র্যাটিক স্টেট সিনেটর ও প্রাক্তন গভর্নর জুলিয়ান ক্যারল আনুষ্ঠানিক ভাবে ক্ষমা চাওয়ার সময় ফ্লেচার এর অভিযুক্ত কর্মকর্তাদের বরখাস্ত না করার ব্যাপারটি নিয়ে সমালোচনা করেছিলেন। প্রশাসনে নিয়োগের ক্ষেত্রে মেধা আইন ভংগে ব্রুকের ভূমিকা থাকার কারণে ফ্লেচার রিপাবলিকান পার্টির চেয়ারম্যান ড্যারেল ব্রোক জুনিয়র কে বরখাস্ত করার আহ্বান জানান। স্টেট রিপাবলিকান এক্সিকিউটিভ কমিটি ১৭ই সেপ্টেম্বর বৈঠক করে, তবে ড্যারেল ব্রোক জুনিয়র কে বরখাস্ত করার ব্যাপারে ফ্লেচারের আহ্বানে কোনও পদক্ষেপ গ্রহণ করে নি। 

ফ্লেচার সাধারণ ক্ষমা ইস্যু করার পরে আরও পাঁচটি অভিযোগ জারি করে গ্র্যান্ড জুরি এই তদন্ত অব্যাহত রাখে। দুটি ফ্লেচারের সদস্যকর্মীদের বিরুদ্ধে এবং অন্য দুটি ফ্লেচারের অবৈতনিক উপদেষ্টাদের বিরুদ্ধে প্রত্যাবর্তন করা হয়েছিল। পঞ্চমটি এক হুইসেল ব্লোয়ার (যে ব্যক্তি প্রশাসনিক গোপন তথ্যফাঁস বা এই সংক্রান্ত দুর্নীতিরসাথে জড়িত) এর বিরুদ্ধে জারি করা হয়েছিল। ফ্লেচার ক্ষমা ইস্যু করার পর কেবল নিগবার্টের বিরুদ্ধে অতিরিক্ত চার্জ হয়েছে বলে অভিযোগ ওঠে। ২৪ শে অক্টোবর, ২০০৫-এ, সাধারণ ক্ষমার আগে ফ্র্যাঙ্কলিন সার্কিট কোর্টের বিচারক উইলিয়াম গ্রাহামকে বলেন গ্র্যান্ড জুরিকে এই আদেশ দেওয়ার জন্য যে; জুরির চূড়ান্ত প্রতিবেদনে যেন কেবল অভিযুক্ত কর্মকর্তাদের নাম অন্তর্ভুক্ত করা হয়। ১৬ নভেম্বর গ্রাহাম রায় দেন যে গ্র্যান্ড জুরি অভিযোগ চালিয়ে যেতে পারে, তবে একটি পৃথক রায়ে ফ্লেচারের কর্মচারী ও অবৈতনিক উপদেষ্টাদের বিরুদ্ধে আনা এই অভিযোগগুলি ক্ষমা করে তা বাতিল করে দেয়। গ্রাহাম, নাইবার্টের বিরুদ্ধে সর্বশেষ অভিযোগের বিরুদ্ধে কোন রায় দেননি। কেন্টাকি আপিল আদালত ১৬ই ডিসেম্বর, গ্রাহামের রায়কে নিশ্চিত করে। এই রায় দেয়ার পরপরই ফ্লেচার এই রায়ে কেনটাকি সুপ্রিম কোর্টে আপিল করার ইচ্ছে প্রকাশ করেন। 

মেধা ব্যবস্থা নিয়ে আইনি তদন্ত
তদন্তের সমাপ্তি
কেনটাকির গভর্নর
প্রথম জীবন