অধিকাংশ ব্রিটিশ সৈনিক ভারতে ফিরে আসে এবং শুধু ৮,০০০ সৈনিক আফগানিস্তানে থেকে যায়। তবে দ্রুত প্রতীয়মান হয় যে ব্রিটিশদের সবল উপস্থিতির মাধ্যমেই শুজার শাসন টিকে থাকতে পারে। ব্রিটিশ উপস্থিতি ও শাহ শুজার শাসনের ফলে আফগানরা ক্ষুব্ধ ছিল। সৈনিকদের মনোবল বৃদ্ধির জন্য উইলিয়াম হে ম্যাকনাগটেন তাদের পরিবারের সদস্যদেরকে আফগানিস্তানে নিয়ে আসার অনুমতি দেন যার ফলে আফগানরা আরো ক্ষুব্ধ হয়ে উঠে। এর ফলে ধারণা জন্মায় যায় ব্রিটিশরা স্থায়ীভাবে আধিপত্য স্থাপন করতে চাইছে। দোস্ত মুহাম্মদ ব্রিটিশ ও তাদের আফগান মিত্রদের উপর ব্যর্থ আক্রমণ চালান। এরপর তিনি আত্মসমর্পণ করেন এবং ১৮৪০ সালে ভারতে নির্বাসিত হন।

এই সময় নাগাদ ব্রিটিশরা বালা হিসার দুর্গ ত্যাগ করে এবং কাবুলের উত্তরপূর্বে স্থাপিত সেনানিবাসে সরে আসে। এই স্থান প্রতিরক্ষার দিক থেকে উত্তম ছিল না। এলাকাটি নিচু ও জলাকীর্ণ‌ এবং পাহাড়বেষ্টিত ছিল। এছাড়াও সেনানিবাসটি ছিল সেনাসংখ্যার তুলনায় অনেক বেশি বড় এবং গুদাম ও রসদ ছিল মূল সেনানিবাস থেকে ৩০০ গজ দূরের পৃথক দুর্গে। 

১৮৪১ সালের এপ্রিল ও অক্টোবরের মধ্যে অসন্তুষ্ট আফগান গোত্রগুলি দোস্ত মুহাম্মদ খানের পুত্র ওয়াজির আকবর খানকে সমর্থনের জন্য বামিয়ান ও হিন্দুকুশ পর্বতমালার উত্তরে অন্যান্য স্থানে জোট বাধতে শুরু করে। তারা মীর মাসজিদি খান ও অন্যান্য নেতাদের নেতৃত্বে সংগঠিত হতে থাকে। ১৮৪১ সালের নভেম্বরে উচ্চপদস্থ ব্রিটিশ অফিসার স্যার আলেক্সান্ডার বার্না‌স ও তার সহযোগীরা কাবুলে জনতার হাতে নিহত হন। ব্রিটিশরা এর বিরুদ্ধে কোনো ব্যবস্থা নেয়নি। ফলে জনতা প্রতিরোধে আরো উৎসাহী হয়ে উঠে। ৯ নভেম্বর আফগানরা কাবুলের স্বল্প প্রতিরক্ষাসম্পন্ন সরবরাহ দুর্গে আক্রমণ করার পর ব্রিটিশদের অবস্থা আরো অবনতি হয়।

পরের সপ্তাহগুলিতে ব্রিটিশ কমান্ডাররা আকবর খানের সাথে আলোচনার চেষ্টা চালায়। আফগানিস্তানে ব্রিটিশদের উপস্থিতির বিনিময়ে ম্যাকনাগটেন গোপনে আকবর খানকে উজির হওয়ার প্রস্তাব দেন। একই সময় আকবর খানকে হত্যার জন্য বিরাট অঙ্কের অর্থ ব্যয় করা হয় এবং আকবর খান তা জানতে পারেন। ২৩ ডিসেম্বর সেনানিবাসের নিকটে আকবর খান ও ম্যাকনাগটনের মধ্যে বৈঠক অনুষ্ঠিত হয়। এতে ম্যাকনাগটন ও তার সাথের অন্য তিনজন অফিসারকে আকবর খান হত্যা করেন। ম্যাকনাগটনের লাশ কাবুলের রাস্তায় টেনে নিয়ে বাজারে প্রদর্শন করা হয়। এলফিনস্টোন ইতিমধ্যে তার সেনাদের নেতৃত্ব কিছু অংশে হারিয়েছেন এবং তার কর্তৃত্ব অনেক হ্রাস পায়।

আফগানদের উপর দখলদারিত্ব এবং উত্থান
প্রতিশোধমূলক কর্মকাণ্ড
আফগানিস্তানে ব্রিটিশ আক্রমণ
এলফিনস্টোনের বাহিনীর ধ্বংস