১৯৪২ সালে স্যালিঞ্জার নাট্যকার ইউজিন ও’নীল-এর মেয়ে ওনা ও’নীল-এর সাথে প্রেমের সম্পর্কে জড়িয়ে পড়েন । ওনাকে অসম্ভব-রকম আত্নমগ্ন মনে হলেও তিনি ওনাকে প্রায়ই ডাকেন এবং লম্বা চিঠি লিখেন । তাদের সম্পর্ক শেষ হয় যখন ওনা চার্লি চ্যাপলিন-এর সাথে ঘনিষ্ট হয়ে পড়েন এবং শেষপর্যন্ত তাকেই বিয়ে করে । ১৯৪১ সালের শেষের দিকে স্যালিঞ্জার সাময়িক সময়ের জন্য একটি ক্যারিবিয়ান ক্রুজ শিপ-এ কাজ করেন । সেখানে উনি একজন এ্যক্টিভিটি ডাইরেক্টর এবং সম্ভবত একজন পারফর্মার হিসেবেও ছিলেন । 

একই বছরে স্যালিঞ্জার "দ্য নিউ ইয়র্কার" ম্যাগাজিনে নিজের ছোটগল্পগুলো জমা দেওয়া শুরু করেন । ম্যাগাজিনটি ঔবছর “লাঞ্চ ফর থ্রি”, “মোনোলগ ফর এ ওয়াটারি হাইবল” এবং “ আই ওয়েন্ট টু স্কুল উইথ এ্যাডল্ফ হিটলার” এর মত স্যালিঞ্জারের ৭টি ছোটগল্প রিজেক্ট করে । অবশেষে ডিসেম্বর ১৯৪১ সালে তার “স্লাইট রিবিলিওন অফ ম্যাডিসন” নামের গল্পটি প্রকাশের জন্য গ্রহণ করা হয় । এটি হোল্ডেন ক্লফিল্ড নামের একজন ম্যানহাটন তরুণের যুদ্ধপূর্ববর্তী ভীতসন্ত্রস্ত অবস্থার গল্প । একই মাসে জাপান পার্ল হার্বার আক্রমন করলে স্যালিঞ্জারের গল্পটিকে প্রকাশের অযোগ্য বলে ঘোষণা করা হয় । এতে তিনি মানষিকভাবে ভেঙ্গে পড়েন । পরে “রাইজ হাই দি রুফ বিম, কারপেন্টার্স” উপন্যাসে তিনি লিখেন “আমার মনে হয় মৃত্যুর আগেপর্যন্ত আমি ১৯৪২ সালকে ঘৃণা করব, শুধু সাধারণ কারণগুলোর জন্য” । শেষপর্যন্ত গল্পটি ১৯৪৬ সালে দি নিউ ইয়র্কার ম্যাগাজিনে প্রকাশ হয় । যুক্তরাষ্ট্রের দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধে অংশগ্রহণের কয়েকমাস পরে স্যালিঞ্জার ১৯৪২ সালের বসন্তে আর্মিতে যোগ দেন । আর্মিতে তিনি ১২তম ইনফ্যান্ট্রি রিজিমেন্ট, ৪তম ইনফ্যান্ট্রি ডিভিশন-এর অংশ ছিলেন । তিনি ডি-ডে তে উটাহ সমুদ্র সৈকতে, ব্যটাল অফ দ্য ব্লগ-এ, এবং ব্যটাল অফ হুর্টজেন ফরেস্ট-এ উপস্থিতি ছিল । 

নরম্যান্ডি থেকে জার্মানির ভেতরে ক্যাম্পেইনের সময় স্যালিঞ্জার আর্নেস্ট হেমেংওয়ে-র সাথে দেখা করার একটা সুযোগ পান । হেমিংওয়ে তখন প্যারিসে একজন সাংবাদিক হিসেবে কর্মরত ছিলেন । স্যালিঞ্জার হেমিংওয়ের লেখা অনেক পছন্দ করতেন । হেমিংওয়ের বন্ধুত্বপূর্ণ এবং বিনয়ী আচরণে স্যালিঞ্জার মুগ্ধ হন, তার মনে হয় হেমিংওয়েকে মানুষ যেভাবে দেখে তার থেকে তিনি অনেক নরম স্বভাবের মানুষ । হেমিংওয়েও স্যালিঞ্জারের লেখায় অনেক পছন্দ করেন এবং বলেন স্যালিঞ্জারের মধ্যে অনেক প্রতিভা আছে । এরপর থেকে দুই লেখক নিজেদের মধ্যে যোগাযোগ রাখতে শুরু করেন । জুলাই ১৯৪৬ সালে স্যালিঞ্জার হেমিংওয়েকে লেখেন তাদের কথোপকথনের স্মৃতিগুলো তার কাছে যুদ্ধের কিছুসংখ্যক ভালস্মৃতির একাংশ । স্যালিঞ্জার আরো লিখেন যে হোল্ডেন ক্লফিল্ডের সম্পর্কে তিনি একটা নাটক লিখছেন যেটাতে তিনি নিজে ক্লফিল্ডের চরিত্রে অভিনয় করতে চান । হোল্ডেন ক্লফিল্ড স্যালিঞ্জারের “স্লাইট রিবিলিওন অফ ম্যাডিসন” গল্পের প্রধান চরিত্র । 

স্যালিঞ্জারকে কাউন্টার-ইন্টেলিজেন্স ইউনিটে অন্তর্ভুক্ত করা হয় । সেখানে তিনি ফরাসি ও জার্মান ভাষার ওপর নিজের দক্ষতা ব্যবহার করে যুদ্ধে বন্দীদের জিজ্ঞাসাবাদ করেন । এপ্রিল ১৯৪৫-এ তিনি কাউফারিং IV কনসেনট্রশন ক্যাম্পে যোগ দেন, এটা ডাচাউ এর একটি উপক্যাম্প ছিল । যেখানে স্যালিজ্ঞার স্টাফ সার্জেন্ট হয়ে যান এবং ৫টি ক্যাম্পেইনে কাজ করেন । যুদ্ধের অভিজ্ঞতা তার ওপর মানুষিক প্রভাব ফেলে । জার্মানির পরাজয় বরণের পর তাকে স্ট্রেস কমব্যাট রিএ্যাকশন বা যদ্ধকালীন সময়ে পাওয়া মানুষিক চাপের জন্য কয়েক সপ্তাহ হাসপাতালে রাখা হয়। পরে তিনি নিজের মেয়েকে বলেন, একজন মানুষ যতদিনই জীবিত থাকুন না কেনো, মানুষের পোড়া মাংসের গন্ধ কখনও তার নাক থেকে পুরোপুরি যায় না । স্যালিঞ্জারের ২ জন বায়োগ্রাফার বা জীবনীকারীই এটা মনে করেন যে তিনি নিজের যদ্ধকালীন অভিজ্ঞতা তার বেশকিছু গল্পে বর্ণনা করে গেছেন । “ফর এসমি—উইথ লাভ এ্যন্ড স্কুওলর” এমনই একটি লেখা, এখানে একজন সৈন্য গল্পটি বর্ণনা করেন । আর্মিতে থাকাকালীন সময়েও স্যালিঞ্জার নিজের লেখা চালিয়ে যান । "কোলিয়ারস" এবং "দি স্যাটারডে ইভিনিং পোস্ট" এর মত স্লিক ম্যাগাজিনগুলোতে তার বেশ কয়েকটি গল্প প্রকাশ পায় । তিনি দ্য নিউ ইয়র্কারেরে গল্প পাঠাতে থাকেন তবে সেখানে তেমন সফলত পান না । ম্যাগাজিনটি ১৯৯৪৪ থেকে ১৯৪৬ পর্যন্ত সময়ে তার সব লেখা রিজেক্ট করে দেয় । 

লেখার ধরণ এবং বিষয়বস্তু
দ্বিতীয় বিশ্বযুদ্ধ
১৯৫০-এর দশকের লেখা এবং কর্ণিশে যাওয়া
আইনি দ্বন্দ্ব