মিসরে থাকা অবস্থায় ইখওয়ানুল মুসলিমীনের সাথে তার সম্পর্ক থাকায় মিসর সরকার তাকে জেলে পাঠায়। ১৯৮৩ তে ইজরাইলীদের হাতে প্রথম বারের মত গ্রেপ্তার হন শাইখ আহমেদ ইয়াসিন। ইজরাইলের বিরুদ্ধে অস্ত্র ধরার এবং জনগনকে উস্কানীর অভিযোগে তাকে ১৩ বছরের জেল দেয়া হয় তাকে। ১৯৮৫, মানে গ্রেপ্তারের ১ বছরের মাথায় বন্দি বিনিময় চুক্তির অংশ হিসেবে তিনি মুক্তি পান। একটি এই বিনিময় চুক্তি সম্পন্ন হয়েছিল Popular Front for the Liberation of Palestine General Command নামক একটি প্রতিরোধ সংগঠন এবং ইজরাইল সরকারের মধ্যে, ফিলিস্তিনের পক্ষে নেতৃত্ব দিয়েছিলেন আহমেদ জিবরিল।

১৯৮৯ সাল, প্রথম ইন্তিফাদার দুবছর পর আবার গ্রেপ্তার হন হামাসের এই প্রতিষ্ঠাতা। এইসময় তাকে বিভিন্নরকম নির্যাতন করা হয় বলেও অভিযোগ আছে। এবার ৪০ বছরের কারাদন্ড দেয়া হয় তাকে । প্রধান অভিযোগ ছিল তার বিরুদ্ধে ইজরাইলী সৈন্যদেরকে হত্যা, কিডন্যাপ এবং স্বশস্ত্র প্রতিরোধ আন্দোলন হামাসের প্রতিষ্ঠায় নেতৃত্ব দেওয়া।জেলখানায় তার শরীরের ক্রমাবনতি ঘটতে থাকে। আস্তে আস্তে ডান চোখের দৃষ্টি শক্তি হ্রাস পায়। আক্রান্ত হন শ্বাসকষ্টজনিত রোগে। পক্ষাঘাতগ্রস্থ পিতাকে চলাফেরায় সাহায্য করার জন্য জেলখানায় তাকে সহযোগীতা করতেন তার দুই ছেলে। আট বছর জেল খাটার পরে ১৯৯৭ সালে জর্দানের বাদশাহ হুসাইনের সহযোগীতায় মুক্তি পান আহমদ ইয়াসিন। এরপরে দফায় দফায় তাকে গৃহবন্দীও করে রাখা হয়।

হামাস প্রতিষ্ঠা
চিন্তাধারা
প্রতিরোধ আন্দোলন
কারাজীবন