আগুয়েরো ২০১২–১৩ মৌসুম শুরু করেন ২০১২ এফএ কমিউনিটি শিল্ডে চেলসির বিপক্ষে খেলার মাধ্যমে, যেখানে সিটি ৩–২ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে। সাউদ্যাম্পটনের বিপক্ষে ম্যানচেস্টার সিটির প্রথম লীগ খেলার ১৩তম মিনিটে হাঁটুর ইনজুরিতে আক্রান্ত হওয়ার কারণে আগুয়েরোকে স্ট্রেচারে করে নিয়ে যাওয়া হয়। ইনজুরি থেকে ফিরে আর্সেনালের বিপক্ষে প্রথম মাঠে নামেন আগুয়েরো। ২৯ সেপ্টেম্বর, ফুলহ্যামের বিপক্ষে আগুয়েরো মৌসুমে তার প্রথম গোল করেন। খেলায় ম্যানচেস্টার সিটি ১–২ ব্যবধানে জয় লাভ করে। ৬ অক্টোবর, সান্ডারল্যান্ডের বিপক্ষে সিটির ৩–০ ব্যবধানে জয়ের খেলায়ও তিনি একটি গোল করেন। এরপর তিনি গোল করেন ১১ নভেম্বর টটেনহামের বিপক্ষে সিটির ২–১ গোলে জয়ের খেলায়। পরের সপ্তাহে অ্যাস্টন ভিলার বিপক্ষে তিনি জোড়া গোল করেন, খেলায় সিটি ৫–০ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে। এছাড়া আগুয়েরো ঘরের মাঠে চ্যাম্পিয়নস লিগের খেলায় আয়াক্স এবং রিয়াল মাদ্রিদের বিপক্ষেও গোল করেন। এরপর তিনি গোল করেন ১৫ ডিসেম্বর নিউকাসল ইউনাইটেডের বিপক্ষে, খেলায় সিটি ৩–১ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে। ২৯ ডিসেম্বর, নরউইচের বিপক্ষে সিটির ৪–৩ গোলে জয়ের খেলায়ও তিনি গোল করেন। ২০১৩ সালের ২ জানুয়ারি, স্টোক সিটির বিপক্ষে পেনাল্টি থেকে একটি গোল দেওয়ার পর খেলার ৭৩তম মিনিটে হ্যামস্ট্রিং ইনজুরিতে আক্রান্ত হন আগুয়েরো।

১৯ জানুয়ারি ইনজুরি থেকে ফিরে ফুলহামের বিপক্ষে খেলার ৮১তম মিনিটে বদলি হিসেবে মাঠে নামেন আগুয়েরো। ৩ ফেব্রুয়ারি, লিভারপুলের বিপক্ষে তিনি সমতাসূচক গোল করেন। ১৭ ফেব্রুয়ারি, এফএ কাপে লিডস ইউনাইটেডের বিপক্ষে খেলায় তিনি জোড়া গোল করেন। খেলায় সিটি ৪–০ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে। ২৪ ফেব্রুয়ারি, চেলসির বিপক্ষে ২–০ গোলে জয়ের খেলায় হাঁটুর ইনজুরিতে আক্রান্ত হন আগুয়েরো। এই ইনজুরি কারণে ২০১৪ ফিফা বিশ্বকাপ বাছাইপর্বের বলিভিয়া এবং ইকুয়েডরের বিপক্ষে খেলায় আর্জেন্টিনা দল থেকে বাদ পড়েন তিনি। ৩০ মার্চ, ইনজুরি থেকে ফিরে নিউকাসলের বিপক্ষে উষ্ণ অভ্যর্থনার সাথে বদলি হিসেবে মাঠে নামেন তিনি। খেলায় সিটি ৪–০ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে।

৮ এপ্রিল, ম্যানচেস্টার ডার্বিতে খেলার ৭১তম মিনিটে সামির নাসরির বদলি হিসেবে নামেন আগুয়েরো। ৭৮তম মিনিটে তার একমাত্র গোলেই জয়ের দেখা পায় ম্যানচেস্টার সিটি। ১৪ এপ্রিল, চেলসির বিপক্ষে এফএ কাপের সেমিফাইনালে হেডে গোল করে দলকে ফাইনালে পৌছাতে সাহায্য করেন আগুয়েরো। খেলার ৮২তম মিনিটে তিনি ডেভিড লুইজকে দুই পায়ে অত্যন্ত বাজেভাবে ট্যাকল করেন, এর আগে অবশ্য লুইজও তাকে ট্যাকল করেছিলেন। এই ঘটনা সত্ত্বেও তাকে লাল কার্ড দেখানো হয়নি। বরং এফএ ঘোষণা করে যে আগুয়েরোকে কোনো প্রকার শাস্তি প্রদান করা হবেনা, যেহেতু রেফারি ক্রিস ফয় ঘটনাটির অন্তত কোনো অংশ প্রত্যক্ষ করেছেন এবং সে অনুযায়ী খেলা চলাকালে তার দায়িত্বও পালন করেছেন। তবে অনেকেই এই সিদ্ধান্ত মেনে নিতে পারেননি এবং তারা মনে করেন যে এফএ এক্ষেত্রে ব্যর্থ হয়েছে। ১৭ এপ্রিল আগুয়েরো প্রকাশ করেন যে তিনি লুইজের কাছে তার ঐ কাজের জন্য ক্ষমা চেয়েছেন।

১৭ এপ্রিল, উইগানের বিপক্ষে খেলার সময় হ্যামস্ট্রিং-এ টান অনুভব করেন আগুয়েরো, ফলে প্রথমার্ধ্ব শেষে তাকে উঠিয়ে নেওয়া হয়। ২১ এপ্রিল, টটেনহামের বিপক্ষে সিটি ১–৩ গোলের ব্যবধানে পরাজিত হয়, সে খেলায় তিনি অব্যবহৃত বদলি খেলোয়াড় হিসেবে ছিলেন। আগুয়েরো মৌসুমে তার শেষ গোল করেন রিডিং-এর বিপক্ষে, সে খেলায় ম্যানচেস্টার সিটি ০–২ গোলের ব্যবধানে জয় লাভ করে।

ইংরেজ সংবাদ মাধ্যম দাবী করে যে গ্রীষ্মকালীন স্থানান্তর মৌসুমে স্পেনীয় ফুটবল ক্লাব রিয়াল মাদ্রিদের মূল লক্ষ্য ছিলেন আগুয়েরো। কিন্তু আগুয়েরো বলেন যে, “আমি সিটিতে খুবই সুখী এবং আমি এখানে অনেক প্রশংসা ও ভালোবাসা পেয়ে থাকি যা আমার কাছে অনেক কিছু।” ম্যানচেস্টার সিটির প্রধান নির্বাহী ফেরান সরিয়ানো স্থানান্তরের পরিকল্পনা অস্বীকার করেন এবং বলেন যে আগুয়েরো সিটিতেই থাকবেন। কিন্তু আর্জেন্টিনীয় কিংবদন্তী দিয়েগো মারাদোনা তাকে রিয়াল মাদ্রিদে যোগ দেওয়ার জন্য উত্‍সাহিত করেন। কারণ, তিনি মনে করেন আগুয়েরোর উপস্থিতিতে ক্রিস্তিয়ানো রোনালদো আরও বেশি কিছু করতে পারবেন। ২০১৩ সালের ২৫ মে, আগুয়েরো ম্যানচেস্টার সিটির সাথে তার চুক্তির মেয়াদ আরও এক বছর বাড়িয়ে নেন (২০১৭ সাল পর্যন্ত)। ২০১৩ সালের ২৮ মে, আগুয়েরো ম্যানচেস্টার সিটির কাছে তার প্রতিশ্রুতির কথা বিবৃত করে বলেন, “আমি ম্যানচেস্টার সিটির কাছে প্রতিজ্ঞাবদ্ধ, এটি একটি মহান ক্লাব।”

ইন্ডিপেন্ডিয়েন্তে
২০১১–১২ মৌসুম
২০০৬–০৭ মৌসুম
২০১২–১৩ মৌসুম