মার্চ, ২০০৮ সালে আয়ারল্যান্ডের অধিনায়কত্ব থেকে স্বেচ্ছায় পদত্যাগ করেন। এরফলে আন্তর্জাতিক ক্রিকেট থেকে নিজেকে দূরে রাখেন। ফলে ২০০৮ সালের ফ্রেন্ডস প্রভিডেন্ট কাপে অনুপস্থিত ছিলেন তিনি। কিন্তু রেলওয়ে ইউনিয়ন দলে খেলা চালিয়ে যেতে থাকেন তিনি। ফলে ঐ বছর শেষে পুণরায় আয়ারল্যান্ড দলে ফিরে আসার সম্ভাবনা দেখা দেয়। এ প্রসঙ্গে জনস্টন তার বিশ্রামের জন্য পারিবারিক জীবনে মনোনিবেশ, পেশাদার জীবন ও শারীরিক সমস্যার উত্তরণের কথা জানান। তা স্বত্ত্বেও তিনি জানান যে, আমি মনে করি না যে একদিনের ক্রিকেট আর খেলতে পারবো। পরবর্তীতে অবশ্য তিনি আরও ত্রিশের অধিক ওডিআইয়ে অংশ নিয়েছিলেন। জুলাইয়ে আন্তর্মহাদেশীয় কাপে কানাডার বিপক্ষে খেলার জন্য মনোনীত হলেও ঐ খেলায় অংশগ্রহণ থেকে নিজেকে বিরত রাখেন। ২০০৯ সালের আগস্টের শুরুতে আয়ারল্যান্ড আইসিসি বিশ্ব টুয়েন্টি২০ বাছাইপর্ব প্রতিযোগিতা আয়োজনের দায়িত্ব পায়। ঐ প্রতিযোগিতায় অংশগ্রহণের মাধ্যমে জনস্টন তার টুয়েন্টি২০ আন্তর্জাতিকে অভিষিক্ত হন যা আয়ারল্যান্ডের প্রথম টুয়েন্টি২০ আন্তর্জাতিক খেলা ছিল।

বিশ্রাম
ক্রিকেট আয়ারল্যান্ডের সাথে চুক্তি
অবসর
অধিনায়কত্ব