গতির সূত্র এবং সর্বজনীন মহাকর্ষ সূত্র নিউটনের সেরা দুইটি আবিষ্কার হলেও এদের ব্যবহার সম্পর্কে তিনি সবসময়ই বিশেষ সতর্ক ছিলেন। এই তত্ত্বদয়ের আশ্রয় নিয়ে মহাবিশ্বকে কেবলমাত্র একটি যন্ত্র আখ্যা দেয়া এবং একটি মহামহিম ঘড়ির নিয়ন্ত্রণের এর বিকাশকে ব্যাখ্যা করা- এমনতর ব্যবহারের ঘোড় বিরোধী ছিলেন তিনি। এ সম্বন্ধে তিনি বলেন:

বিজ্ঞান চর্চা নিউটনের ধর্মীয় সাধনায় কোন ব্যাঘাত ঘটাতে পারেনি। তিনি প্রতিদিন নিয়মিত বাইবেল অধ্যয়ন করতেন এবং চার্চের আদি পিতারা ছিলেন নিউটনের অন্যতম অণুপ্রেরণা। এমনকি বিজ্ঞানের চেয়ে তিনি ধর্ম গ্রন্থ, ধর্মীয় পিতা এবং আলকেমি অধ্যয়ন করে অধিক সময় ব্যয় করতেন। তিনি নিজেই বলেছেন, বাইবেলকে তিনি ঈশ্বরের শব্দ হিসেবে মৌলিকভাবে বিশ্বাস করেন এবং ঈশ্বর কর্তৃক অণুপ্রাণিত ব্যক্তিরাই এটি রচনা করেছেন বলেও তার বিশ্বাস ছিল। তিনি নিজেও এসব গ্রন্থ-রচনার সমালোচনামূলক একটি বই লিখেছেন যার নাম "অ্যান হিস্টরিক্যাল অ্যাকাউন্ট অফ টু নোটেব্‌ল করাপশন্‌স অফ স্ক্রিপচার"। নিউটন নির্ধারণ করেছিলেন যে, ৩৩ খ্রিস্টাব্দের ৩ এপ্রিল যিশু খ্রিস্টকে ক্রুশবিদ্ধ করা হয়েছে। প্রথাগতভাবে গ্রহণযোগ্য তারিখের সাথে তার গণনাকৃত এই তারিখের মিল ছিল। নিউটন বাইবেলের মধ্যকার গুপ্ত তথ্যসমূহ অণুসন্ধানের চেষ্টা করেছিলেন, যদিও একাজে তার সফলতা আসেনি। ধর্মতত্ত্ব এবং আলকেমি বিষয়ে তার বিশেষ উৎসাহ থাকলেও অন্য অনেকের মত তিনি অন্ধভাবে তিনি এগুলোর চর্চা করেননি, বরং বৈজ্ঞানিক পদ্ধতির মাধ্যমে এগুলোর পরীক্ষণ পরিচালনা করেছেন। তার কাছে ধর্ম এবং বিজ্ঞান নিয়ে তার করা তার পরীক্ষণগুলো একই। কারণ উভয়েরই লক্ষ্য বিশ্ব কিভাবে ক্রিয়া করছে তা পর্যবেক্ষণ এবং বোঝার চেষ্টা করা।

নিউটনকে ট্রিনিটিতে চার্চের আইনসমূহ অমান্য করতে হতে পারতো। সংখ্যালঘুদের দৃষ্টি দিয়ে চিন্তা করলে দেখা যায়, টি. সি. ফাইজেনমাইয়ার ট্রিনিটি চার্চের সাথে দ্বিমত পোষণ করে বলেছিলেন, নিউটন অধিকাংশ প্রোটেস্ট্যান্ট, অ্যাংগ্লিকান এবং রোমান ক্যাথলিক কর্তৃক পরিচালিত চার্চ তথা পশ্চিমাঞ্চলীয় মৌল বিশ্বাসের প্রতি অতটা আস্থাশীল ছিলেননা; বরং তিনি পূর্বাঞ্চলীয় অর্থোডক্স বিশ্বাসের অণুসারী ছিলেন। সমকালীন সময়ে নিউটনকে একজন রসিক্রুশিয়ান হিসেবেও সন্দেহ করা হতো। অবশ্য রয়েল সোসাইটি এবং রাজা চার্লস ২-এর বিচারালয়ের অনেকেই এই মতবাদের অণুসারী ছিলেন। জীবদ্দশায় বিজ্ঞানের চেয়ে নিউটন ধর্ম বিষয়েই বেশি লিখেছেন। তিনি যুক্তিসম্মতভাবে একটি চিরন্তন বিশ্বের ধারণা পোষণ করতেন; কিন্তু হাইলোজোইজম-এ বিশ্বাস করেননি কখনও, যা গটফ্রিড লাইবনিৎস এবং বারুচ স্পিনোজার মধ্যে প্রচ্ছন্ন ছিল। তার মতে নিয়মতান্ত্রিক এবং গতিশীল মহাবিশ্ব একটি সক্রিয়া কারণ দ্বারা নিয়ন্ত্রিত, কিন্তু সেজন্যে এটিকে অবশ্যই হতে হবে নিয়মিত।

ধর্মীয় চিন্তাধারা
ব্যক্তিগত সম্পর্ক
বলবিজ্ঞান এবং মহাকর্ষ
প্রাথমিক জীবন