তাঁর ছেলেরা, মুহাম্মদ সুলতান এবং মুহাম্মদ মুয়াজ্জামের দুর্ব্যবহার তাঁর পরবর্তী জীবনকে তিক্ত করেছিল। ১৬৯৯ সালে পর পরের যুদ্ধে তাঁর বড় ছেলে মুহাম্মদ সুলতান, তাঁর চাচা শাহ সুজার সাথে যোগ দেন এবং চাচার মেয়ে গুলরুখ বানু বেগমের সাথে বিবাহ বন্ধনে আবদ্ধ হন। তবে, শীঘ্রই তিনি রাজপুত্রকে ছেড়ে চলে যান এবং ১৬৬০ সালের ফেব্রুয়ারিতে তাঁর পিতার কাছে ফিরে আসেন। আওরঙ্গজেবের নির্দেশে তাঁকে গ্রেপ্তার করা হয় এবং সলিমগড় দুর্গে প্রেরণ করা হয়, এবং পরে ১৬৬১ সালে গোয়ালিয়র দুর্গে স্থানান্তর করা হয়। 

১৬৬২ সালে, আওরঙ্গজেবের অসুস্থতার সময়, তাঁর বোন রোশনারা বেগম তাঁর দায়িত্ব গ্রহণ করেছিলেন। তিনি নিজের বিশ্বাসী ব্যতীত অন্য কাউকে তাঁকে দেখার অনুমতি দিতেন না। ভাইয়ের বেঁচে থাকার কোনও আশা নেই বলে বিশ্বাস করে রোশনারা রাজ্যের দায়িত্ব নিয়েছিলেন। নবাব বাঈ এই বিষয়টি জানতে পেরে অভিযোগ করলে, রোশনারা রেগে যান, এবং তাঁর চুল ধরে আওরঙ্গজেবের কক্ষ থেকে বার করে দেন।

১৬৬৯ সালে আবদুল্লাহ নামে এক ব্যক্তি নবাব বাঈয়ের কাছে একটি আবেদন জমা দিয়েছিলেন যে, তার পুত্রকে বরখাস্ত করার পরে আরানডোলের ফৌজদারের পদ তাকে মঞ্জুর করা হোক। তবে বিষয়টি আওরঙ্গজেবের কাছে জমা দেওয়া হলে তা প্রত্যাখ্যান করা হয়। 

১৬৭০ সালে, চাটুকাররা, মুহাম্মদ মুয়াজ্জমকে স্ব-ইচ্ছায় এবং স্বতন্ত্রভাবে আচরণের জন্য প্ররোচিত করেছিল। এই বিষয়ে আওরঙ্গজেবের পরামর্শমূলক চিঠিটির কোনও ফল না হওয়ায়, তিনি ছেলের আচরণ সংশোধন করতে, ছেলের কাছে প্রেরণের জন্য নবাববাঈকে দিল্লি থেকে ডেকে পাঠালেন। তিনি ১৬৭০ সালের এপ্রিলে সিকান্দ্রায় পৌঁছেছিলেন, সেখানে মুহাম্মদ আকবর, বখশিমুলক আসাদ খান এবং বাহরামন্দ খান তাঁকে রাজকীয় হারেমের কাছে নিয়ে গিয়েছিলেন। ১৬৭০ সালের মে মাসে তিনি আওরঙ্গাবাদে যাত্রা শুরু করেন এবং পুত্র মুহাম্মদ সুলতানের সাথে দু'দিন গওয়ালিয়ায় কাটানোর আদেশ পান। কিছুদিন সেখানে থাকার পরে, সারবুলান্দ খান তাকে মুহাম্মদ মুয়াজ্জামের কাছে নিয়ে যান। 

১৬৮৬ সালে তিনি গোয়ায় বিখ্যাত ইতালীয় লেখক ও ভ্রমণকারী নিকোলাও মানুচির সাথে দেখা করেছিলেন যিনি দাবি করেছিলেন যে বছরে দু'বার নবাব বাঈকে রক্তপাত করেছেন। 

১৬৮৭ সালে মুহাম্মদ মুয়াজ্জাম গোলকোন্ডার শাসক সুলতান আবুল হাসানের সাথে অবাধ্যতা করেছিলেন।। তাঁর পরামর্শ এবং এমনকি ব্যক্তিগত অনুরোধের কোনও প্রভাব পড়েনি এবং শেষ পর্যন্ত আওরঙ্গজেবের আদেশে তাকে গ্রেপ্তার করা হয়েছিল। মুয়াজ্জামের ছেলেরা, এবং তার প্রথম ও প্রধান স্ত্রী নূর-উন-নিসা বেগমকেও পৃথক কারাগারে বন্দী করা হয়েছিল। 

নবাব বাই গিরিখাতের পাদদেশে, ফারদাপুরে একটি সেরাই তৈরি করেছিলেন বলে জানা যায়, এবং আওরঙ্গবাদ শহরতলিতে বাইজিপুরা প্রতিষ্ঠা করেছিলেন। 

বিবাহ
পরিবার এবং বংশ
আওরঙ্গজেবের রাজত্ব
মৃত্যু