২০০১ সালে গোলাম আযমের উত্তরসূরী হিসেবে নিজামী বাংলাদেশ জামায়াতে ইসলামীর আমীর হিসেবে দায়িত্ব পান। একই বছর নিজামী বিএনপির সাথে চারদলীয় ঐক্যজোট গঠন করেন এবং তার নির্বাচনি এলাকা পাবনা-১ থেকে ৫৭.৬৮% ভোট পেয়ে জাতীয় সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন। ২০০১-২০০৩ সাল পর্যন্ত তিনি কৃষিমন্ত্রী ও ২০০৩-২০০৬ সাল পর্যন্ত শিল্পমন্ত্রীর দায়িত্ব পালন করেন।

২০০৮ সালের সাধারণ নির্বাচনে পাবনা-১ আসন থেকে চার দলীয় ঐক্যজোটের পক্ষে পুনরায় নির্বাচন করে আওয়ামী লীগের মো: শামসুল হকের কাছে পরাজিত হন। নিজামী নির্বাচনে ৪৫.০৬% ভোট অর্জন করেন। আওয়ামী লীগ সংসদের দুই-তৃতীয়াংশ আসন লাভ করে।

ব্যক্তিগত জীবন
জামায়াতে ইসলামীর আমীর
রাজনৈতিক জীবন
দশ ট্রাক অস্ত্র মামলা