স্বাধীনতা পাওয়ার কিছু দিনের মধ্যেই তাজিকিস্তানের গোত্রগত দলাদলির কারণে দেশটি গৃহযুদ্ধে জড়িয়ে পড়ে। এ সময় অমুসলিম নাগরিক বিশেষ করে ইহুদি এবং রুশরা দেশ ছেড়ে পালিয়ে যায়। নির্যাতন ও দারিদ্র্যের আশঙ্কা এবং অর্থনৈতিক সমৃদ্ধির আশায় তারা পাশের অন্যান্য প্রাক্তন সোভিয়েত দেশে পালিয়ে যায়। ১৯৯৪ সালের নভেম্বরে প্রেসিডেন্ট নির্বাচনে এমোমালি রেহমান তার পূর্বসূরি আব্দুল মালিক আব্দুল্লাহ জানবকে পরাজিত করে ক্ষমতায় আসেন। ১৯৯৯ সালের নির্বাচনে রেহমান ৯৮ শতাংশ ভোটে এবং ২০০৬ সালের নির্বাচনে তৃতীয়বারের মতো ৭৯ শতাংশ ভোট নিয়ে প্রেসিডেন্ট নির্বাচনে জয়ী হন।

রাজনীতি
ভাষা
ইতিহাস
স্বাধীনতা-পরবর্তী অবস্থা