জে. এডগার হুবারের পরিচালনায় এফবিআই বিশ্বযুদ্ধের পূর্ব থেকেই ওপেনহেইমারকে অনুসরণ করে আসছিল। বার্কলেতে সমাজতান্ত্রিক ধ্যান-ধারণার সাথে সহানুভূতিপূর্ণ আচরণ এবং কমিউনিস্ট পার্টির সদস্য হিসেবে তার ভাই ও "ক্যাথেরিন পিউনিং হ্যারিসন" নামীয় স্ত্রীর সাথে তার নৈকট্যপূর্ণ সম্পর্ক সৃষ্টিই এর প্রধান কারণ। ১৯৪০-এর দশকের শুরুতে তাকে তার বাড়ি এবং অফিসে পর্যবেক্ষণ করা হতো, ফোনে নজরদারী এবং ডাক যোগাযোগে ব্যবহৃত চিঠিও খোলা হতো। এছাড়াও, রাজনৈতিক শত্রুরূপে বিবেচিত আণবিক শক্তি সংস্থার সদস্য লুইজ স্ট্রজ কর্তৃক তাকে হাইড্রোজেন বোমা উদ্ভাবনে নিষ্ক্রিয়তা; স্ট্রজের তেজস্ক্রিয় আইসোটোপ রফতানীতে বিরুদ্ধাচরণকে 'ইলেকট্রনিক যন্ত্রপাতির চেয়ে কম গুরুত্বপূর্ণ কিন্তু ভিটামিনের চেয়ে বেশি গুরুত্বপূর্ণ' - এ বাক্য প্রয়োগকেও এর জন্যে দায়ী করা হয়।

ব্যাপারটি অস্পষ্টই রয়ে গেছে যে, ওপেনহেইমার ১৯৪২ সালে কিছুসংখ্যক বন্ধুদের সাথে আণবিক অস্ত্রের বিষয়ে আলোচনা করেছিলেন। তার উক্ত বন্ধুবর্গ সোভিয়েত সরকারের গুপ্তচরবৃত্তির সাথে জড়িত ছিল। এ ঘটনাই পরবর্তীকালে ক্যালিফোর্নিয়া বিশ্ববিদ্যালয়ের এক বন্ধুর মাধ্যমে প্রকাশিত হয়। ১৯৫৪ সালে নিরাপত্তাবিষয়ক শুনানীতে এ আলোচনায় অংশগ্রহণকে তিনি "মিথ্যায় ভরপুর" নামে আখ্যায়িত করেন।

২১ ডিসেম্বর, ১৯৫৩ সালে প্রকাশিত মার্কিন সামরিক নিরাপত্তাবিষয়ক প্রতিবেদনে তার বিরুদ্ধে অগ্রহণযোগ্যতা এবং অতীতে কমিউনিস্টদের সাথে সম্পৃক্ততার অভিযোগ উঠে। এছাড়াও, সোভিয়েত গুপ্তরচদের সাথে সম্পর্ক বজায় ও হাইড্রোজেন বোমা নির্মাণে বাঁধার কথা তুলে ধরা হয়। নিরাপত্তা শুনানীতে স্পষ্টভাবে অভিযুক্ত করা যায়নি। কিন্তু, সামরিক নিরাপত্তা বিষয়ে তার অংশগ্রহণে নিষেধাজ্ঞা প্রদান করা হয়। এরফলে তার সাথে পারমাণবিক শক্তি কমিশনের পরামর্শক পদের চুক্তিনামা বাতিল করা হয়। এ ঘটনাটি ব্যাপক বিতর্কের সৃষ্টি করে। ম্যানহাটন প্রকল্পে কর্মরত ৪৯৩ জন বিজ্ঞানী একযোগে স্বাক্ষর সহকারে তাদের প্রতিবাদ লিপি প্রেরণ করে।

ওয়ার্নার ভন ব্রাউন কংগ্রেসনাল কমিটিকে ওপেনহেইমারের মতামতকে সংজ্ঞায়িত করেছেন - 'যদি ইংল্যান্ডে তার এ মতামত প্রকাশ করা হতো, তাহলে তিনি নাইট পদবীধারী হতেন।'

আমেরিকার বিজ্ঞানীদের সংগঠন দ্রুততার সাথে তার সাহায্যে এগিয়ে আসে এবং এ বিচারের বিরুদ্ধে বিক্ষোভ সমাবেশ ঘটায়। ফলে রবার্ট ওপেনহেইমার বিশ্বব্যাপী বিজ্ঞানীদের প্রতীকিতে পরিণত হন যিনি বৈজ্ঞানিকদের আবিষ্কারের সাথে নৈতিকতাজনিত সমস্যা সমাধানের চেষ্টা চালিয়েছেন ও প্রেতাত্মাদের শিকারে পরিণত হয়েছেন। জীবনের বাকী দিনগুলোয় তিনি বিজ্ঞান এবং সমাজের মধ্যকার সম্পর্ক নির্ণয়ের লক্ষ্যে কাজ করে যান।

২০ মে, ২০০৯ তারিখে উড্রো উইলসন ইনস্টিটিউটে একটি সেমিনারে কেজিবি'র সংগ্রহশালা থেকে ভাসিলিয়েভের নোটবইয়ের উপর ব্যাপক বিশ্লেষণ করা হয়। জন আর্ল হেনেজ, হার্ভে ক্লের এবং আলেকজান্ডার ভাসিলিয়েভের মতে ওপেনহেইমার কখনো সোভিয়েত ইউনিয়নে তথ্য পাচারের সাথে জড়িত ছিলেন না। তবে কেজিবি প্রাণপনে চেষ্টা করেছিল তাকে দলে টেনে নেয়ার জন্যে। কিন্তু তারা কখনো সফলকাম হয়নি। ওপেনহেইমার যুক্তরাষ্ট্রের সাথে বিশ্বাসঘাতকতা করেননি। বরঞ্চ ম্যানহাটন প্রকল্প থেকে অনেক লোককে সোভিয়েত ইউনিয়নের প্রতি সহানুভূতিপূর্ণ আচরণের জন্যে বের করে দিয়েছেন তিনি।

ম্যানহাটন প্রকল্প
প্রারম্ভিক জীবন
নিরাপত্তা শুনানী
সম্মাননা