যদিও লেক নিকারাগুয়া মিষ্ট জলের হ্রদ, বেশ কিছু বৃহৎ নোনা জলের মাছ এই হ্রদে দেখতে পাওয়া যায়। এদের মধ্যে করাতমাছ ("common sawfish"), তারপন মাছ ও নিকারাগুয়া হাঙর উল্লেখযোগ্য। এদের মধ্যে করাতমাছের সংখ্যা ১৯৭০'এর দশকের পর থেকে ভীষণভাবে কমে গেছে। অন্যদিকে ১৯৬১ সালে নমুনা পরীক্ষা করে গবেষণায় প্রমাণিত হয়েছে, নিকারাগুয়া হাঙর বলে আলাদা কোনও প্রজাতির হাঙর নেই। লেক নিকারাগুয়ায় দেখতে পাওয়া হাঙ্গরগুলি বাস্তবে ষাঁড় হাঙ্গর ("Bull Shark", বিজ্ঞানসম্মত নাম "Carcharhinus leucas") প্রজাতির। ১৯৬৮-৬৯ সালে নেব্রাস্কা বিশ্ববিদ্যালয়'এর গবেষকরা লেক নিকারাগুয়ার জলে প্রায় ২২০০ হাঙরের দেখা পান। এখন খুব স্বাভাবিকভবেই প্রশ্ন ওঠে, নোনা জলের স্বাভাবিক বাসিন্দা এই হাঙর এই অন্তর্দেশীয় হ্রদে প্রবেশ করলো কীভাবে? গবেষকদের মতে এর সম্ভাব্য উত্তর হলো, এই হ্রদ থেকে উৎপন্ন রিও সান হুয়ান নদী সম্পূর্ণ নাব্য। ক্যারিবীয় সাগর থেকে এই নদী পথেই এই হাঙরেরা এই হ্রদে প্রবেশ করে। বর্তমানে তাদের এই যাত্রাপথের প্রমাণও পাওয়া গেছে। বেশ কিছু হাঙর, যেগুলি আগে হ্রদের জলে ধরা পড়েছিল, ছেড়ে দেবার ৭-১১ দিন পর তারা আবার খোলা সমুদ্রে ধরা পড়ে। আবার খোলা সমুদ্রে প্রথমে ধরা পড়া হাঙর পড়ে আবার রিও সান হুয়ান নদীতে বা নিকারাগুয়া হ্রদে ধরা পড়েছে, এমন ঘটনাও ঘটেছে। ষাঁড় হাঙরদের এইভাবে সমুদ্র থেকে মিষ্ট জলের নদীতে প্রবেশ করে দূর-দূরান্তে ছড়িয়ে পড়ার নজির আগেও পাওয়া যায়। তবে প্রায় ৩ মিটার লম্বা এই ধরনের হাঙরের দেখাও এখন লেকের জলে লক্ষণীয়ভাবেই কমে এসেছে। এর কারণ হিসেবে প্রথমে ভাবা হয়েছিল, মিষ্ট জল এই ধরনের হাঙরের বসবাসের পক্ষে অনুপযুক্ত হওয়ার কারণেই তাদের সংখ্যা কমে আসছে। কিন্তু এখন ব্যাপকহারে চোরাশিকার ও দূষণকেই এর আসল কারণ হিসেবে ধরা হচ্ছে। এই কারণেই বর্তমানে নিকারাগুয়ায় হ্রদ বা নদীর জলে নিকারাগুয়া হাঙর ও করাতমাছ শিকার কঠোরভাবে নিষিদ্ধ ঘোষণা করা হয়েছে। এছাড়াও আরও বহু প্রজাতির মাছ এই হ্রদের জলে দেখতে পাওয়া যায়।
এই হ্রদের তীর ও মধ্যবর্তী বিভিন্ন দ্বীপগুলিতে ক্রান্তীয় অঞ্চলের স্বাভাবিক উদ্ভিদের চিরসবুজ বনানী দেখতে পাওয়া যায়। এই অঞ্চলের বনে নানারকম পাখি (যেমন ঈগল, ম্যাকাও, টার্কি), নানা প্রজাতির বাঁদর, হরিণ, ইগুয়ানা ও তাপিরেরও দেখা মেলে।
তবে শেষ তিন-চার দশকে প্রবল দূষণের কারণে হ্রদের বাস্তুতন্ত্রের অবস্থা নিয়ে নানা মহল থেকে বারে বারে উদ্বেগ প্রকাশ করা হয়েছে। ১৯৮১ সালে আই আর ই এন এ(নিকারাগুয়ান ইনস্টিটিউট অফ ন্যাচারাল রিসোর্সেস অ্যান্ড দ্য এনভাইরনমেন্ট)'র পক্ষ থেকে হ্রদের জল ও তার বাস্তুতন্ত্র নিয়ে যে ব্যাপক নমুনা সমীক্ষা চালানো হয়, তাতে খুবই উদ্বেগজনক তথ্য উঠে আসে। দেখা যায়, হ্রদের জলে পার্শ্ববর্তী বিভিন্ন বসতি ও কারখানা থেকে প্রতিদিন প্রায় ৩২ টন বর্জ্য পদার্থ নিক্ষিপ্ত হচ্ছে। এর মধ্যে হ্রদের তীরবর্তী পেনভাল্ট কেমিকাল করপোরেশন'এর বর্জ্যই ছিল সবচেয়ে বেশি দূষণ সৃষ্টিকারী। কিন্তু নিকারাগুয়ার দুর্বল অর্থনীতির কারণে এই দূষণ প্রতিরোধে উপযুক্ত ব্যবস্থা ঠিকমতো নিয়ে ওঠা যায়নি।

ঔপনিবেশিক ও পরবর্তী ইতিহাস
হ্রদ বাস্তুতন্ত্র
প্রচলিত কাহিনী
জলবায়ু