পুণরায় নির্বাচনের যোগ্য মহাপরিচালকের পদে ৭ - ২৩ সেপ্টেম্বর, ২০০৯ সালে প্যারিসে নির্বাচন অনুষ্ঠিত হয়। ৯ জন প্রার্থী এ নির্বাচনে অংশগ্রহণ করেন। ৫৮টি দেশের প্রতিনিধিগণ তাদের ভোটাধিকার প্রয়োগ করেন। নির্বাহী পরিষদের সদস্যগণ ১৭ তারিখে ভোট দেন। ২২ সেপ্টেম্বর, ২০০৯ সালে ইরিনা বোকোভা নতুন মহাপরিচালক হিসেবে নির্বাচিত হন। ৫ম পর্যায়ের ভোট পর্বে মিশরীয় বিমূর্ত চিত্রকর ও সংস্কৃতি মন্ত্রী ফারুক হোসনিকে ৩১-২৭ ভোটের ব্যবধানে জয়ী হন বোকোভা। হোসনি জয়ী হবার দৃঢ় প্রত্যয় ব্যক্ত করলেও নোবেল শান্তি পুরস্কার বিজয়ী এলি উইসেল কর্তৃক ইসরায়েল বিরোধী বক্তব্যের কারণে সমালোচিত হন। ৪র্থ পর্বের ভোটে উভয়েই ২৯ ভোট নিয়ে সমান অবস্থানে ছিলেন। এ বিজয়ের ফলে বোকোভা জাপানের কোচিরো মাতসুরা'র কাছ থেকে মহাপরিচালকের দায়িত্বভার গ্রহণ করেন। এখানে তিনি চার বছরের মেয়াদকালের জন্য মনোনীত হন। ১৫ অক্টোবর, ২০০৯ সালে ৩৫তম অধিবেশনের সাধারণ সভায় ১০ম মহাপরিচালক হিসেবে নির্বাচিত করা হয়। ইরিনা বোকোভা বিশ্বের তথা পূর্ব ইউরোপের প্রথম নারী হিসেবে ইউনেস্কো প্রধানের মর্যাদায় অধিষ্ঠিত হন। ২৩ অক্টোবর, ২০০৯ সালের শুক্রবার বিকেলে ১নং কক্ষে অভিষেক অনুষ্ঠান অনুষ্ঠিত হয়।

প্রতিষ্ঠাকাল থেকে অদ্যাবধি ইউনেস্কো মহাপরিচালকদের তালিকা নিম্নরূপ।
ইউনেস্কো পুরস্কার
গনমাধ্যম
সদর দপ্তর
পরিচালনা পরিষদ