মুস্টেরিয়ুম প্রকাশিত হওয়ার পর গ্রাৎস স্কুলের পরিদর্শকদের পৃষ্ঠপোষকতায় কেপলার তার পূর্বতন কাজগুলোকে আরও সম্প্রসারিত করার একটি উচ্চাভিলাসী প্রকল্প হাতে নেন। চারটি নতুন বই প্রকাশের পরিকল্পনা করেন : একটি মহাবিশ্বের স্থির অবস্থা বিশেষত সূর্য এবং স্থির তারাগুলো নিয়ে, একটি গ্রহ ও তাদের গতিবিধি বিষয়ে, একটি গ্রহসমূহের ভৌত প্রকৃতি এবং ভৌগোলিক কাঠামোর (বিশেষ করে পৃথিবী) উদ্ভব বিষয়ে, এবং আরেকটি পৃথিবীর উপর জ্যোতিষ্কসমূহের প্রভাব বিষয়ে যাতে বায়ুমণ্ডলীয় আলোকবিদ্যা, আবহবিদ্যা এবং জ্যোতিষ শাস্ত্র অন্তর্ভুক্ত হতো।

এছাড়া যেসব জ্যোতির্বিদদের কাছে মুস্টেরিয়ুমের কপি পাঠিয়েছিলেন তাদের মন্তব্য সংগ্রহের ব্যাপারেও তার বিশেষ আগ্রহ ছিল, এর মধ্যে ছিলেন হলি রোমান সম্রাজ্যের রাজা রুডলফ ২-এর রাজগণিতবিদ এবং ট্যুকো ব্রাহের তিক্ত প্রতিদ্বন্দ্ব্বী রাইমারুস উরসুস। উরসুস সরাসরি তার চিঠির উত্তর দেন নি কিন্তু ট্যুকোর সৌরজাগতিক মডেলের বিপরীতে তার ধারণার গ্রহণযোগ্যতার একটি শক্ত প্রমাণ হিসেবে চিঠিটি পুনঃপ্রকাশ করেন। চিঠিটির এই নেতিবাচক ব্যবহার সত্ত্বেও ট্যুকো এক সময় সরাসরি কেপলারের সাথে আলাপ-আলোচনা শুরু করেন, প্রথমেই কেপলারের জগতের একটি কঠোর কিন্তু যুক্তিযুক্ত সমালোচনা প্রকাশ করেন যাতে বলা হয় কেপলার কোপের্নিকুসের কাছ থেকে পাওয়া বেশ কিছু ভুল উপাত্ত ব্যবহার করেছেন। চিঠি আদান-প্রদাণের মাধ্যমে তাদের মধ্যে সে সময়কার জ্যোতির্বিদ্যার বড় বড় সমস্যা নিয়ে আলোচনা হতো, যার মাঝে ছিল চান্দ্র ঘটনাসমূহ এবং কোপের্নিকুসের তত্ত্বের ধর্মীয় গ্রহণযোগ্যতা। অবশ্য ট্যুকোর মানমন্দিরের অপেক্ষাকৃত উন্নতমানের উপাত্ত ছাড়া এর কোনটি নিয়েই কেপলারের পক্ষে কাজ করা সম্ভব ছিল না।

অগত্যা কেপলার কালনিরূপণবিদ্যা ও বিশ্বজগতের শৃঙ্খলা, সঙ্গীত, গণিত ও ভৌত বিশ্বের মাঝে সংখ্যাতাত্ত্বিক সম্পর্ক এবং তাদের জ্যোতিষ শাস্ত্রগত পরিণতির দিকে দৃষ্টি নিবদ্ধ করেন। তিনি ধরে নিয়েছিলেন যে পৃথিবীর একটি আত্মা আছে, একই অণুমিতির সাহায্যে পরে তিনি সূর্য কিভাবে তার চারদিকে গ্রহগুলোকে আবর্তন করায় তাও ব্যাখ্যা করেছিলেন। যাহোক, এভাবে তিনি জ্যোতিষ শাস্ত্র থেকে পাওয়া বিভিন্ন ঘটনার কার্যকারণের ব্যাখ্যা, জ্যোতির্বিদ্যা থেকে পাওয়া দূরত্বের পরিমাপ এবং পৃথিবীর আবহাওয়া ও বিভিন্ন পার্থিব ঘটনাকে এক সূত্রে গেঁথে একটি নতুন ব্যবস্থা তৈরির চেষ্টা করেন। ১৫৯৯ এর মধ্যে অবশ্য আবারও বুঝতে পারেন তার মডেলে পুঙ্খানুপুঙ্খ উপাত্তের অভাব রয়েছে। ওদিকে ধর্মীয় অসহিষ্ণুতা গ্রাৎসে তার পদটিকেও একটু অনিশ্চিত করে তুলেছিল। সে বছরের ডিসেম্বর মাসে ট্যুকো কেপলারকে প্রাগে আসার আমন্ত্রণ জানান। অবশ্য ট্যুকোর আমন্ত্রণ পত্র হাতে পাওয়া আগেই ১৬০০ সালের ১লা জানুয়ারি তিনি প্রাগের উদ্দেশ্যে যাত্রা করেন এই ভেবে যে ট্যুকোর পৃষ্ঠপোষকতা তার দার্শনিক ও সামাজিক সমস্যাগুলোর সমাধান করতে পারবে।

"এপিতোমে আস্ত্রোনোমিয়াই কোপেরনিকানাই", বর্ষপঞ্জি ও মা-র বিচার
অন্যান্য গবেষণা
রুডলফ ২-এর উপদেষ্টা হিসেবে
"হারমোনিকেস মুন্দি"