সাম্প্রতিক গবেষণায় জানা যায়, আইনু সংস্কৃতিক উদ্ভব হয়েছিল ওখোৎস্ক ও সাৎসুমন সংস্কৃতির সংকরায়নের ফলে। ১২৬৪ সালে আইনুরা চীনের ইয়ুয়ান সাম্রাজ্যের অধিনস্ত নিভখ জনগোষ্ঠীর ভূখন্ড আক্রমণ করে বলে জানা যায়। জাপানি ওয়াজিন নৃগোষ্ঠী ও হোক্কাইদোর বা প্রাচীন ইজোচির আইনুদের মধ্যে সংযোগ হয় ১৩ শতকে। এসময়েই শিকারী আইনু গোষ্ঠীর উদ্ভব হয়। সে সময় থেকে আইনুদের প্রধান পেশা মৎস্যশিকার আর প্রকৃত নির্ভর ধর্ম গ্রহণের প্রবনতা দেখা যায়।

মুরোমাচি সময়ে (১৩৩৬–১৫৭৩), জাপানের মূল ভূখন্ডের অধিবাসী ও আইনুদের মধ্যে সংঘাত পরিস্থিতির ইতিহাস জানা যায়। Takeda Nobuhiro আইনু নেতা কোসামাইনকে হত্যা করেন। ১৪৫৬ সালের জাপানিদের অগ্রাসনে আইনুরা জাপানের শাসনে আসে।

তোকুগা সময়ে (১৬০০–১৮৬৮) আইনুরা হোক্কাইদো শহরে বাণিজ্যে আগ্রগামী ভূমিকা পালন করে।

মাৎসুমে ও শোগুনেট শাসনামলে আইনুদের সংখ্যা হ্রাস পেতে থাকে। অনেক যুদ্ধে আইনুরা পরাজিত হয়ে দাস হিসেবে অধিগ্রহণের শিকার হয়।

ইতিহাস
প্রাক-আধুনিক
ভাষা
ধর্ম