যে ব্যক্তির পায়ুতে সঙ্গম করা হয় তার দুটি প্রধান ঝুঁকি থাকে; একটি হলো শরীরের কোথাও পাওয়া যায় না, এরূপ উচ্চমাত্রার সংক্রামক অণুজীব দ্বারা সে ব্যক্তির সংক্রমণ হওয়া এবং অপরটি হলো পায়ু ও মলাশয় নাজুক হওয়ার দরুণ, সে প্রত্যঙ্গের ক্ষতি হওয়া।"বেয়ারব্যাক" নামক অসুরক্ষিত শিশ্ন-পায়ুর মধ্যকার সঙ্গম হলে পায়ুর রন্ধ্রকপেশী (স্ফিংক্টার পেশী) অপেক্ষাকৃত দুর্বল হওয়ায়, সহজে তার টিস্যুকোষ ছিড়ে যেতে পারে, ফলে সেজায়গা দিয়ে রোগজীবাণু সহজে প্রবেশে করতে পারে। এর ফলে উক্ত ব্যক্তি উচ্চমাত্রার যৌন সংক্রামক রোগে (এসটিডি) আক্রান্ত হওয়ার ঝুঁকিতে থাকে। 

মলপথের চারপাশে শ্বেতকণিকার আধিক্যের সাথে এর আবরণী পর্দা ছিঁড়ে যাবার ঝুঁকি, এবং কোলনের তরল শোষণ করার ভূমিকা সব মিলিতভাবে পায়ুসঙ্গমকারীদের যৌনরোগের ঝুঁকি বাড়ায়। কারণ যৌনরোগের জীবাণু শ্বেতকণিকাকে আক্রমণ করতে পারে, এবং এর মাধ্যমে রক্তে বাহিত হতে পারে। কন্ডম, এম্পল লুব্রিকেশন তৈল পেশীকোষ ছিড়ে যাওয়ার ঝুঁকি হ্রাস করে এবং সাধারণভাবে নিরাপদ যৌনতার চর্চা এসটিআই সংক্রমিত হওয়ার ঝুঁকি হ্রাস করে। যাইহোক, পায়ুসঙ্গম করার সময়, পায়ুর রন্ধ্রনিয়ন্ত্রক পেশীর (স্ফিংক্টার পেশী) দৃঢ়তার জন্য সঙ্গমজনিত ঘর্ষণের সময় কন্ডম ভেঙে যেতে পারে। ফলে কণ্ডম পরিধানের মুল উদ্দেশ্য ব্যহত হয়।

(কোন এইচআইভি পজিটিভ সঙ্গীর সঙ্গে) অরক্ষিত পায়ুসঙ্গম করা হলে এইচআইভি সংক্রমণের সম্ভাবনা সবচেয়ে বেশি থাকে। অরক্ষিত পায়ুসঙ্গমের মধ্যমে সংক্রমণযোগ্য অন্যান্য সংক্রমণগুলো হল মানব প্যাপিলোমা ভাইরাস বা এইচপিভি (যা পায়ুপথের ক্যান্সার হওয়ার ঝুঁকি বাড়িয়ে দিতে পারে); টাইফয়েড জ্বর; আমাশয়; ক্ল্যামিডিয়া সংক্রমণ; ক্রিপ্টোস্পোরিডিয়োসিস; ই কোলি সংক্রমণ; গায়ারডিয়াসিস; গনেরিয়া; হেপাটাইটিস এ; হেপাটাইটিস; হেপাটাইটিস সি; হারপেস সিম্প্লেক্স; কাপেসি'র হারকোমা সম্পর্কিত হারপিসভাইরাস (HHV-8); লিম্ফোগ্র্যানুলোমা ভেনেরিয়াম; মাইকোপ্লাজমা হোমিনিজ; মাইকোপ্লাজমা জেনিটালিয়াম; পিউবিক উকুন; স্যালমনেলোসিস; শেইগেলা; সিফিলিস; যক্ষ্মা; এবং ইউরিপ্লাজমা ইউরিলিটিকাম।

অন্যান্য যৌনক্রিয়ার মত পায়ু সংগমের ফলে কী ধরনের যৌনবাহিত রোগ (যেমনঃ এসটিআই) সংক্রমিত হতে পারে নিয়ে সাধারণ মানুষের খুবই কম ধারনা থাকে। এই ধারণার পেছনে অন্যতম একটি কারণ হলো মানুষ পায়ুসঙ্গম কে প্রকৃতপক্ষে কোনো যৌনাচার ভাবেই না। তারা মনে করে এই যৌনাচরণের ফলে ব্যক্তির কুমারীত্ব নষ্ট হয় না, গর্ভবতী হয় না। অল্প বয়সী মানুষ মনে করে যোনিতে সঙ্গম; পায়ু সংগমের তুলনায় অনেক বেশি ঝুঁকিপূর্ণ এবং বিশ্বাস করে এসটিআই যোনিতে সঙ্গমের ফলেই সংক্রমিত হতে পারে। যেহেতু কণ্ডম পরিধান করে সঙ্গম করলে বা না করলে কী হবে, তা নিয়ে বিশ্বজুড়ে সংগঠিত গবেষণার সংখ্যা নগণ্য, তাই এই বিশ্বাস তরুণমনে সৃষ্টি হয়েছে।

শুধুমাত্র পায়ু সঙ্গমের ফলে গর্ভাধান সম্ভব না হলেও পায়ুসঙ্গমের সময়ে গর্ভাধান হওয়া সম্ভব, যদি পায়ুসঙ্গমের সময় শিশ্ন যোনির কাছে থাকে (যেমনঃ ঊরুমৈথুন অথবা যৌনাঙ্গ-যৌনাঙ্গ ঘর্ষণের সময়ে) এবং বীর্য যোনির চারপাশে পরে তখন তা যোনির লুব্রিকেটিং ফ্লুইডের মাধ্যমে যোনিতে প্রবেশ করতে পারে। যদি আঙ্গুল বা অন্য কোনো অঙ্গের মাধ্যমে বীর্য যোনির প্রবেশদ্বারের স্পর্শে আসে, তবে শিশ্নের স্পর্শ ছাড়াও গর্ভাধান সম্ভব।

একটি গবেষণায় দেখা গেছে যে, ৬১% সমকামী এবং উভকামীর অতীব বেদনাদায়ক অভিজ্ঞতা হল পায়ুসঙ্গম এবং এটা সবচেয়ে বেশি ঘটে থাকে তাদের সাথে। ২৪ শতাংশ সমকামী এবং উভকামীর মতে পায়ুসঙ্গমেত সময় কখনো বেশি কখনো কম ব্যথা অনুভব করেন এবং ১২ শতাংশ মনে করে তাদের পায়ুতে সঙ্গমের সময় বিষয়টি তীব্র পীড়াদায়ক। পায়ুসঙ্গমের সময় মলদ্বারে লিঙ্গের ব্যথার মাত্রা নিয়ে কিছু কারণকে বিবেচনায় রেখে পূর্বাভাস দেওয়া যায়। এর মধ্যে কিছু কারণ হলো পায়ুতে পিচ্ছিল পদার্থের কম উপস্থিতি, উদ্বেগ অনুভব করা, উদ্দীপনার অভাব হওয়া এবং সঙ্গীর সাথে পর্যাপ্ত সামাজিক যোগাযোগের অভাব থাকার মত বিষয়গুল অন্তর্ভুক্তহলে পায়ুসঙ্গমের সময় ব্যথার মাত্রা বেড়ে যায়। গবেষকদের মতে পায়ু সঙ্গমের সময়, নিশ্চিত ভাবে ব্যথা অনুভূত হওয়ার কথা বলেও, পায়ুসঙ্গমকালীন সময়ে যদি সঙ্গী একে অপরের সাথে বিভিন্ন বিষয়ে আলাপ বা পর্যাপ্ত প্রতিক্রিয়া জানায়, সেক্ষেত্রে নিশ্চিত ব্যথাটিকে এড়ানো যায় অর্থাৎ যে ধারণা গড়ে উঠেছে, পায়ুসঙ্গম মাত্রই পীড়াদায়ক, সেধারণাটি সম্পুর্ণ সত্য নয়।

জরায়ুসঙ্গমের চেয়ে পায়ুসঙ্গমে এইচআইভি সংক্রমণের ঝুঁকি অনেক বেশি, জরায়ুসঙ্গমের তুলনায় পায়ুসঙ্গমের আঘাতপ্রাপ্তির সম্ভাবনা লক্ষণীয়ভাবে বেশি কারণ জরায়ুর টিস্যুর তুলনায় পায়ুপথের টিস্যুর দৃঢ়তা খুবই কম। পাশাপাশি, কোন পুরুষ যদি পায়ুসঙ্গমের পরপরই কনডম ছাড়া অথবা পূর্বের কনডম পরিবর্তন ছাড়াই জরায়ুঙ্গম করে তবে, তবে মলদ্বারে উপস্থিত ব্যাকটেরিয়ার কারণে জরায়ুতে সংক্রমণ হতে পারে; পায়ুপথে অঙ্গুলিচালনা বা যৌনখেলনা চালনা করার পরপর তা জরায়ুপথে চালনা করার মাধ্যমেও একইভাবে জরায়ুতে সংক্রমণ হতে পারে।

লুব্রিক্যান্ট বা জেলী ব্যবহার করা না হলে পায়ু এবং মলপথের টিস্যু স্বাভাবিকভাবে ভগাঙ্কুরীয় তৈলাক্ততা প্রদান করে না। ফলে যোনিতে যত সহজে শিশ্ন প্রবেশ করা যায়, বা যোনির ক্ষতি হওয়ার ঝুঁকি কম থাকে, তার চেয়ে অধিক পরিমাণ ক্ষতি হওয়ার ঝুঁকি থাকে পায়ুসঙ্গম করা হলে। কনডম ব্যবহার ব্যতীত পায়ুসঙ্গম সর্বাপেক্ষা ঝুঁকিপূর্ণ যৌন কার্যকলাপ হিসেবে বিবেচিত, এবং এ কারণে বিশ্ব স্বাস্থ্য সংস্থা পায়ুসঙ্গম চর্চার জন্য নিরাপদ যৌনসঙ্গমের প্রস্তাব করে।

কিন্তু পায়ু সঙ্গমের সময় জেলীর ব্যবহারও যৌনবাহিত রোগ সংক্রমণের ঝুঁকি বাড়িয়ে দিতে পারে।২০১০ সালে সহস্রাধিক অনুজীববিজ্ঞানী একটি সম্মেলনে যে প্রতিবেদন পেশ করেন, তার সারমর্ম হল, পায়ুসঙ্গমে জেলী (lubricants) ব্যবহারে এইডসের রিস্ক বাড়ে। বাল্টিমোর ও লস এঞ্জেলসের ৯০০ পুরুষ ও মহিলার ডেটা নেয়া হয়। গবেষকগণ দেখেন, যারা জেলী ব্যবহার করে তারা ৩ গুণ বেশি যৌনবাহিত রোগের (ইংরেজিঃ rectal sexually transmitted infections) ঝুঁকিতে আছে। আরেকটি প্রতিবেদন অনুসারে জনপ্রিয় জেলীগুলোকে ল্যাবে নিয়ে দেখা যায়, সেগুলোর অনেকগুলো মলপথে কোষের জন্য মরণঘাতী (toxic)। যার ফলে এগুলো ব্যবহারে এইডস ভাইরাসের প্রবেশ হয় আরও সহজ। এমনকি পুরুষ না কি নারী, এইডস আছে না কি নেই, কোন শহরে থাকে, কনডম ইউজ করে কি না, গত মাসে কতজন যৌনসঙ্গীর সাথে মিলিত হয়েছে— এই সবগুলো ফ্যাক্টরকে সমান সমান নিয়েও দেখা গেছে, পায়ুমৈথুনের (receptive rectal intercourse) আগে জেলী (lubricant) ব্যবহার করার সাথে পায়ুর যৌনবাহিত রোগের সম্পর্ক জোরালোই রয়ে গেছে। আরেকটা গবেষণার প্রতিবেদন অনুসারে বহুল প্রচলিত ৬ টা জেলী নিয়ে গবেষণায় দেখা গেছে, 
- এতে অনেক বেশি পরিমাণে লবণ ও সুগার থাকে যা কোষের পানি টেনে নেয়। ডিহাইড্রেশান হয়ে মারা যায় আবরণী কোষ। ইনফেকশনের জায়গা করে দেয়।
- আবার কোনো কোনো জেলী পায়ুর ভালো ব্যাকটেরিয়ার পুরো বসতিই জ্বালিয়ে দেয়। ফলে খারাপ ব্যাকটেরিয়া আসার সুযোগ পায়। 

ব্যক্তির পায়ুতে অসুরক্ষিত পায়ু সঙ্গমের ফলে তার উক্ত স্থানে বীর্যপ্রতিরোধী এন্টিবডি (বীএডি) গড়ে উঠতে পারে। কিছু কিছু ব্যক্তিতে এর ফলে অটোইমিউন অনুর্বরতা গড়ে উঠতে পারে। বীএডি নিষেকে প্রতিবন্ধকতা সৃষ্টি করে, ইমপ্ল্যান্টেশনে নেতিবাচক প্রভাব ফেলে এবং ভ্রুণের ক্রমবিকাশে নানা বিপত্তির সৃষ্টি করে।

পুরুষ থেকে পুরুষে
নারী থেকে নারীতে
পুরুষ থেকে নারীতে
সাধারণ ঝুঁকি