১৯৯৬ সালে, জিবুতি প্রজাতন্ত্র, আজারবাইজান প্রজাতন্ত্রের সার্বভৌমত্বকে স্বীকৃতি জানায় এবং এর ফল হিসেবেই দুই দেশের কূটনৈতিক সম্পর্ক প্রতিষ্ঠিত হয়।১৯৯৬ সালের ২২ অক্টোবর আজারবাইজান ও জিবুতি এর মধ্যে কূটনৈতিক সম্পর্ক প্রতিষ্ঠিত হয়।
২০১৬ সালের পর, এই দুই দেশের মধ্যকার সম্পর্কের আরও উন্নতি হয়েছে এবং তাদের সম্পর্ক আরও জোরদার হয়েছে। ২০১৭ সালে, জিবুতির পার্লামেন্টের স্পিকারের নেতৃত্বে একটি প্রতিনিধি দল আজারবাইজান সফরে যান। সেই সফরের উদ্দেশ্য ছিল, একটি আন্তর্জাতিক সম্মেলনে অংশগ্রহণ করা এবং আন্তঃসাংস্কৃতিক বিষয়ে আলোচনা করা।

খোজালি গণহত্যার স্বীকৃতি
ইতিহাস
বেসামরিক বিমান চলাচলে অংশীদারিত্ব
আন্তঃসংসদীয় সম্পর্ক