জ্যোতিরিন্দ্রনাথের ব্যক্তিগত জীবন সুখের হয় নি। ১৮৬৮ সালের ৫ জুলাই কাদম্বিনী নামে একটি কিশোরীর সঙ্গে তার বিবাহ হয়; ঠাকুরবাড়িতে নববধূর নাম পরিবর্তন করে রাখা হয় কাদম্বরী দেবী (১৮৫৯-১৮৮৪)। ইনি দেবর রবীন্দ্রনাথের সমবয়সী ছিলেন এবং স্বামীর এই কনিষ্ঠ ভ্রাতাটিকে এত স্নেহ করতেন যে কবি সারা জীবন তার অজস্র প্রসঙ্গে তার উল্লেখ করেছেন। যোগ্য স্বামীর পতিব্রতা সহধর্মিনী হয়ে উঠেছিলেন কাদম্বরী; তাদের গৃহে গুনীসমাগম নিত্যদিনের ঘটনা ছিল। এই মহিলাকে সরণ করে স্বামীর বন্ধু কবি বিহারীলাল চক্রবর্তী তার সাধের আসন কাব্যের নামকরণ করেছিলেন। রবীন্দ্রনাথ তার এই বৌঠানকে উৎসর্গ করেছিলেন একাধিক গ্রন্থ এবং তাকে স্মরণে রেখে রচনা করেছেন বহু গান।

পরিতাপের বিষয়, কাদম্বরী দেবী পঁচিশ বছর বয়সে ১৮৮৪ সালের ১৯ এপ্রিলে আত্মহত্যা করেন, যা নিয়ে ঠাকুর পরিবার রহস্যজনকভাবে গোপনীয়তার প্রশ্রয় নেয়। রবীন্দ্রনাথ এই মর্মান্তিক শোক সারা জীবন ভুলতে পারেন নি।

থেকে তিনি পরে তিনি রাঞ্চির এবং । এ বাড়িতেই তার মৃত্যু ঘটে। জ্যোতিরিন্দ্রনাথ স্ত্রীর মৃত্যুর পর ক্রমে নিজেকে গুটিয়ে নেন এবং মেজদা সত্যেন্দ্রনাথের পরিবারের সাথে ঘনিষ্ঠ হয়ে ওঠেন। নিজের কোন সন্তান না থাকায় সত্যেন্দ্রনাথের সন্তানদের সান্নিধ্য তিনি উপভোগ করতেন। শেষ পর্যন্ত তিনি কলকাতা ছেরে চলে যান, বিহার প্রদেশের রাঁচির মোরাবাড়ি পাহাড়ে একটি বাড়ি তৈরি করে বসবাস করতে থাকেন এবং নির্জনবাসে জীবন কাটিয়ে দেন।

সংগীত
বিবাহ ও পরবর্তী জীবন
মঞ্চ
পরিবার