১৮৫৭ সালে ব্রিটিশ শাসনের বিরুদ্ধে বিদ্রোহ সংঘটিত হয়। সংঘর্ষের পরে ভারতীয়সহ কিছু এংলোইন্ডিয়ান উপমহাদেশের স্বায়ত্ত্বশাসনের ডাক দেয়। ১৮৮৫ সালে ভারতীয় জাতীয় কংগ্রেস গঠিত হয়। এর অধিকাংশ প্রতিষ্ঠাতা সদস্যরাই ইংল্যান্ডে পড়াশোনা করেছেন। ব্রিটিশ ভারতের মুসলিমরা গণতান্ত্রিক প্রতিষ্ঠানের ব্যাপারে আগ্রহী ছিল না। কংগ্রেসের প্রথমদিককার বৈঠকে মুসলিমদের সংখ্যা কম হত এবং অংশগ্রহণকারীদের মধ্যে অধিকাংশই ছিলেন অভিজাত শ্রেণীর।
১৯০৪ সালের ডিসেম্বরে কংগ্রেসের বিশতম বার্ষিক অধিবেশনে অংশ নেয়ার মাধ্যমে জিন্নাহর রাজনৈতিক জীবন শুরু হয়। তিনি কংগ্রেসের মধ্যপন্থি দলের সদস্য ছিলেন। স্বায়ত্ত্বশাসন অর্জনের জন্য তিনি হিন্দু-মুসলিম ঐক্যের উপর জোর দেন। জিন্নাহ মেহতা, নওরোজি ও গোপালকৃষ্ণ গোখলের মত নেতাদের অনুগামী ছিলেন। তিলক ও লালা লাজপত রায় তাদের বিরোধিতা করতেন এবং স্বাধীনতার জন্য তড়িৎ কর্মপন্থায় বিশ্বাসী ছিলেন। ১৯০৬ সালে তৃতীয় আগা খানের নেতৃত্বে মুসলিম নেতৃবৃন্দের একটি প্রতিনিধিদল নতুন ভাইসরয় লর্ড মিন্টোর সাথে সাক্ষাত করেন। প্রতিনিধিদল ভাইসরয়কে আনুগত্য প্রকাশ করেন এবং যেকোনো রাজনৈতিক সংস্কারের সময় হিন্দুদের কাছ থেকে মুসলিমদের সুরক্ষিত রাখার দাবি জানান। এই সাক্ষাতের কারণে জিন্নাহ অসন্তুষ্ট ছিলেন। তিনি "গুজরাটি" নামক পত্রিকার সম্পাদকের কাছে চিঠি লিখে জানান যে যেহেতু তারা অনির্বাচিত ও নিজ উদ্যোগে কাজ করেছেন তাই ভারতীয় মুসলিমদের পক্ষে কথা বলার অধিকার প্রতিনিধিদল কিভাবে পেল। এই নেতাদের অনেকে একই বছরের ডিসেম্বরে ঢাকায় মিলিত হয়ে মুসলিম দল হিসেবে নিখিল ভারত মুসলিম লীগ গঠন করলে জিন্নাহ এর বিরোধিতা করেন। জিন্নাহ মনে করতেন যে পৃথক নির্বাচন জাতিকে বিভক্ত করে ফেলবে। মুসলিম লীগের প্রতিষ্ঠার পর প্রথমদিকে তা প্রভাবশালী ছিল না তাই লর্ড মিন্টো একে মুসলিমদের প্রতিনিধি হিসেবে গ্রহণ করতে সম্মত হননি। এছাড়া ১৯১১ সালে বঙ্গভঙ্গ বাতিলের সিদ্ধান্ত প্রতিহত করতে মুসলিম লীগ ব্যর্থ হয়।

মুসলিমদের জন্য পৃথক নির্বাচনের বিরোধিতা করলেও জিন্নাহ ১৯০৯ সালে বোম্বে থেকে মুসলিম প্রতিনিধি হিসেবে ইম্পেরিয়াল লেজিসলেটিভ কাউন্সিলের জন্য প্রার্থী হন। লর্ড মিন্টোর সংস্কার অনুযায়ী এর আসন সংখ্যা ৬০ এ উন্নীত করা হয়। এই কাউন্সিলে শুধু কর্মকর্তারা ভোট দিতে পারতেন ফলে জিন্নাহর মত কর্মকর্তা বহির্ভূত সদস্যরা ভোট দিতে পারেননি। ওকালতি জীবনে জিন্নাহ উইল সংক্রান্ত আইনের উপর কাজ করেছেন। ১৯১১ সালে ব্রিটিশ ভারতীয় আইনের অধীনে মুসলিম ধর্মীয় আইন হিসেবে ওয়াকফ আইনের প্রণয়নেও তার ভূমিকা রয়েছে। দুই বছর পর কাউন্সিলে কর্মকর্তা বহির্ভূতরা ভোটদানের অধিকার পায়। দেরাদুনে অবস্থিত ভারতীয় সামরিক একাডেমি প্রতিষ্ঠার জন্য গঠিত কমিটিতে তাকে নিয়োগ করা হয়েছিল।

১৯১২ সালের ডিসেম্বরে জিন্নাহ মুসলিম লীগের বার্ষিক অধিবেশনে ভাষণ দেন। তবে এসময় তিনি লীগের সদস্য ছিলেন না। পরের বছর তিনি মুসলিম লীগে যোগ দেন এবং একই সাথে কংগ্রেসের সদস্য থাকেন। ১৯১৩ সালের এপ্রিলে কংগ্রেসের প্রতিনিধি হয়ে গোপালকৃষ্ণ গোখলের সাথে জিন্নাহ ব্রিটেন যান। ১৯১৪ সালে লন্ডনে আরেকটি কংগ্রেস প্রতিনিধি দলে জিন্নাহ নেতৃত্ব দেন কিন্তু প্রথম বিশ্বযুদ্ধ শুরু হওয়ার পর ভারতের সংস্কারের বিষয়টি ব্রিটিশ কর্মকর্তাদের কাছে কম গুরুত্বপূর্ণ হয়ে উঠে।

নেতা হিসেবে উত্থান
ইংল্যান্ড
যুদ্ধপরবর্তী সময়
কংগ্রেস ত্যাগ