হরিপ্রভার জন্ম হয় ১৮৯০ সালে, তদানীন্তন ঢাকা জেলার খিলগাওঁ গ্রামে। হরিপ্রভার বাবা শশীভূষণ মল্লিক ছিলেন ঢাকার নববিধান ব্রাহ্মসমাজের সক্রিয় কর্মী। ১৮৯২ সালে তিনি ঢাকায় নিরাশ্রয় মহিলা ও শিশুদের পুনর্বাসনের উদ্দেশ্যে মাতৃনিকেতন নামে একটি আশ্রম প্রতিষ্ঠা করেন। হরিপ্রভার মা নগেন্দ্রবালা মাতৃনিকেতনের দেখাশুনো করতেন। তার শৈশবের কথা জানা যায় না। তবে শোনা যায় তিনি ইডেন স্কুলে মেট্রিক পর্যন্ত পড়াশোনা করেছিলেন।

ছোট থেকেই তিনি মাতৃনিকেতনের সাথে যুক্ত ছিলেন। আশ্রমে কাজ করার সুবাদে তার পরিচয় হয় জাপানি যুবক ওয়েমন তাকেদার সঙ্গে। ওয়েমন তখন ঢাকার বুলবুল সোপ ফ্যাক্টরিতে প্রধান কারিগর ছিলেন। তাদের পরিচয় ক্রমে প্রণয়ে পরিণত হয়। ১৯০৭ সালে উভয় পরিবারের সম্মতিতে নববিধান ব্রাহ্মসমাজের নবসংহিতা অনুসারে তাদের বিবাহ হয়। বিবাহের পর ওয়েমন তার শ্বশুর শশীভূষণ মল্লিকের সহযোগিতায় ঢাকা সোপ ফ্যাক্টরি প্রতিষ্ঠা করেন। উক্ত পরিষ্ঠানের আয়ের কিয়দংশ মাতৃনিকেতনে দান করা হত। বছর খানেক পরে ঢাকা সোপ ফ্যাক্টরি আর্থিক ক্ষতির মুখে পড়ে। ওয়েমন তখন ব্যবসার পাট চুকিয়ে সস্ত্রীক জাপানে প্রত্যাবর্তনের সিদ্ধান্ত নেন।

প্রথম জীবন
শেষ জীবন
প্রথম জাপান যাত্রা
দ্বিতীয় জাপান যাত্রা