মে ২০০৮ সালে বাংলাদেশ দুর্নীতি দমন কমিশন নিজামীসহ আরো কয়েকজন রাজনীতিবিদের নামে গেটকো দুর্নীতি মামলা করেন, এতে বলা হয় তিনিসহ অন্যরা অবৈধভাবে স্থানীয় গেটকো ফার্মের সাথে কন্টেইনার ডিপো সংক্রান্ত একটি চুক্তি করেছিলেন। নিজামীসহ আরো ১২ জনের নামে এই মামলায় ২০০৮ সালে ১৫ই মে গ্রেফতারি পরোয়ানা জাড়ি করেন আদালত।

নিজামীসহ অন্যদের বিরোদ্ধে অভিযোগ ছিল কোম্পানিটি শর্ত না পূরণ করা সত্ত্বেও আসামীরা তাদের টেন্ডার গ্রহণ করেছিলেন। আর এই চুক্তির ফলে বাংলাদেশ সরকারের ১০০ মিলিয়ন টাকার উপরে ক্ষতি হয়েছিল। নিজামী অভিযোগ অস্বীকার করেন এবং বলেন মামলাটি রাজনৈতিকভাবে করা হয়েছে। তিনি দুই মাস পর জামিনে মুক্তি পেয়েছিলেন।

দুর্নীতির অভিযোগ
বিতর্ক
জামায়াতে ইসলামীর আমীর
যুদ্ধাপরাধের বিচার