ইন্দোনেশিয়া একটি বিস্তৃত দ্বীপপুঞ্জ এর সমষ্টি হওয়ার কারণে, সামুদ্রিক জাহাজ চলাচল দেশের বিভিন্ন অঞ্চলের মধ্যে প্রয়োজনীয় যোগাযোগ সরবরাহ করে। প্রচলিত ব্যবহারের নৌযানগুলির মধ্যে রয়েছে বড় বড় মালবাহী জাহাজ, বিভিন্ন ফেরি, যাত্রী জাহাজ, মৎস্যবাহী জাহাজ ও ছোট মোটর চালিত নৌযান। চিরাচরিত কাঠের জাহাজ পিনিসি এখনও ইন্দোনেশিয়ান দ্বীপপুঞ্জের মধ্যে আন্তঃদ্বীপজাত মালবাহী পরিষেবা হিসাবে ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়। পিনিসির প্রধান ঐতিহ্যবাহী বন্দরগুলি হল জাকার্তায় সুন্দা কেলাপা এবং মাকাসার এর পাওতেরে বন্দর।

স্বল্প ব্যবধানের ফেরি পরিষেবাগুলি নিকটবর্তী দ্বীপপুঞ্জগুলির মধ্যে সমুদ্র অতিক্রম করে, বিশেষত সুমাত্রা থেকে জাভা হয়ে লেজার সুন্দা দ্বীপপুঞ্জ পর্যন্ত। সুমাত্রা, জাভা, এবং বালির মধ্যে ব্যস্ত ক্রসিংগুলিতে, একাধিক ফেরি প্রতিদিন চব্বিশ ঘণ্টা চলমান থাকে। সুমাত্রা ও মালয়েশিয়ার মধ্যবর্তী মালাক্কা সমুদ্র এর উপরে এবং সিঙ্গাপুর ও কাছাকাছি ইন্দোনেশীয় দ্বীপগুলির যেমন বাটাম এর মধ্যে আন্তর্জাতিক ফেরি পরিষেবা রয়েছে।

যাত্রীবাহী জাহাজের একটি নেটওয়ার্ক বিশেষত দ্বীপপুঞ্জের পূর্ব অংশে আরও দূরবর্তী দ্বীপগুলির সাথে দীর্ঘ সংযোগ রক্ষা করে। জাতীয় শিপিং লাইন পেলনি, দুই থেকে চার সপ্তাহের ব্যপ্তি সারা দেশে বন্দর গুলিতে যাত্রী পরিষেবা সরবরাহ করে। এই জাহাজগুলি সাধারণত দ্বীপপুঞ্জের মধ্যে দীর্ঘ দূরত্ব সবচেয়ে কম ব্যয়বহুল উপায়ে সরবরাহ করে। এখনও ছোট ছোট ব্যক্তিগতভাবে চালিত নৌকা দ্বীপপুঞ্জের মধ্যে পরিষেবা সরবরাহ করে।

কিছু দ্বীপে, বড় বড় নদীগুলি একটি মূল পরিবহন ব্যবস্থা সরবরাহ করে। কালিমানতান এ নদীগুলির উপর দিয়ে চলমান বড়নৌকাগুলি বহু অভ্যন্তরীণ অঞ্চলে পৌঁছানোর একমাত্র উপায়।

ব্যবসায়িক সমুদ্রজাহাজ
এয়ারলাইনসমূহ
নৌ পরিবহন
মুদিক