পৃষ্ঠগড়ানো পানির সাথে সম্পৃক্ত প্রাকৃতিক প্রভাব হলো ভূপৃষ্ঠের পানিতে প্রভাব, ভূগর্ভস্থ পানিতে প্রভাব এবং মাটিতে প্রভাব। কারণ পৃষ্ঠগড়ানো পানি নানা ধরনের দূষক পদার্থ এগুলোতে বয়ে নিয়ে যায়। আর এই প্রভাব পড়ে মানুষের স্বাস্থ্যে, প্রকৃতির ভারসাম্যে এবং পানির উৎসতে। যেসকল দূষক পানির উপর বড় প্রভাব ফেলে সেগুলো হলো পেট্রোলিয়ামজাতীয় পদার্থ এবং কীটনাশক। ভূপৃষ্ঠের উপরের পানিতে এই প্রভাবকে পানি দূষণ হিসেবে উল্লেখ করা হয়, কেননা পৃষ্ঠগড়ানো পানিগুলো নানা নদীতে যায় যেগুলোতে নানা ধরনের রাসায়নিক পদার্থ থাকে। ভূপৃষ্ঠের উপরের পানিগুলো যখন খাবার পানির জন্য ব্যবহার করা হয় তখন স্বাস্থ্য ঝুঁকি দেখা যায়। ভূপৃষ্ঠের পানিতে এই ধরনের মিশ্রণ নানা জলজ প্রাণী যেমন মাছকে মেরে ফেলতে পারে। কিছু গবেষণাতে দেখা যায়, ডিডিটির মতো কীটনাশকগুলো মাছের লিঙ্গ পরিবর্তন করতে পারে, যা পুরুষকে নারী মাছে পরিণত করে।

বনজঙ্গলে তৈরি হওয়া পৃষ্ঠগড়ানো পানি হ্রদের ভেতর তরল নাইট্রোজেন এবং ফসফরাস বয়ে নিয়ে যেতে পারে। কিছু বনের পৃষ্ঠগড়ানো পানিতে হিউমিক এসিডও থাকতে পারে। 

ভূগর্ভস্থ পানির ক্ষেত্রে, প্রধান সমস্যা হলো দূষক পদার্থ খাবার পানির সাথে মিশে যাওয়া, যদি পানির জায়গাটি মানুষের কাজে ব্যবহার করা হয়। মাটিনদূষণের ক্ষেত্রে পৃষ্ঠগড়ানো পানি দুইভাবে ঝুঁকিপূর্ণ। প্রথমত, পৃষ্ঠগড়ানো পানি দূষিত মাটিকে বয়ে নিয়ে যেতে পারে এবং পানি দূষণ হিসেবে নানা পানির স্তরকে আক্রান্ত করতে পারে। দ্বিতীয়ত, পৃষ্ঠগড়ানো পানি নানা ফসলভূমিকে দূষিত করতে পারে যা স্বাস্থ্য ও অর্থনৈতিক প্রভাব ফেলতে পারে। 

পরিমাণ এবং গাণিতিক মডেল
প্রাকৃতিক প্রভাব
ধারণ ক্ষমতার বেশি হলে ভূপৃষ্ঠ প্রবাহ
বাষ্পীভবন