সেপ্টেম্বর ১১, ২০০১ এর হামলার পর খামেনেয়ী এই কাজের সঙ্গে জড়িতদের নিন্দা করেন এবং সারা পৃথিবীর সন্ত্রাসবাদের বিরুদ্ধে নিন্দা জানান। কিন্তু এই ঘটনার জন্য আফগানিস্তানে সামরিক হস্তক্ষেপের ব্যাপারে জোরালোভাবে সতর্ক করেন। তিনি এই বিষয়ে উদ্ধৃত করে বলেন, “গণহত্যার মতো ধ্বংসাত্মক কাজ যেখানেই করা হোক না কেন বা যার দ্বারাই অপরাধ সংঘটিত হোক না কেন এবং যারাই এর শিকার হোক না কেন, সারা পৃথিবী জুড়েই এটি নিন্দনীয়।” 

প্রাথমিক জীবন ও শিক্ষা
৯/১১ হামলার নিন্দা
ব্যক্তিগত জীবন
রাজনৈতিক জীবন