1996માં રિપબ્લિકન નોમિનેશન જીતવા માટે બ્યુકેનનનો સૌથી અસરકારક પ્રયાસ જોવા મળ્યો. ડેમોક્રેટિક પ્રમુખ બિલ ક્લિન્ટન પુનઃ ચૂંટણી ઇચ્છતા હતા તેવા સમયે, આ ટિકિટ ઉપર કોઈ નવા રિપબ્લિકન નક્કી થયો નહોતો. હકીકતમાં, હારેલા પ્રમુખ જ્યોર્જ એચ. ડબલ્યુ. બુશે સ્પષ્ટ કરી દીધું હતું કે તેમને પ્રમુખપદ પુનઃ ધારણ કરવામાં કોઈ રસ નથી, આ સમયે પક્ષમાં આ પદ માટેની રેસમાં સૌથી મોખરે હતા કેન્સાસનાં બહુમતી સેનેટ નેતા સેન. રોબર્ટ ડોલ, જેમનામાં ઘણી નબળાઈઓ હોવાનું મનાતું હતું. ડોલ પછી બ્યુકેનને નોર્થ અમેરિકન ફ્રી ટ્રેડ એગ્રીમેન્ટ (નાફ્ટા) સામે વિરોધનો સૂર ઉઠાવવા સાથે રિપબ્લિકન નોમિનેશનની માગણી કરી. નોમિનેશન માટેના અન્ય ઉમેદવારોમાં ટેક્સાસના સેનેટર ફિલ ગ્રેમ, ટેનેસીનાં ભૂતપૂર્વ ગવર્નર લેમર એલેક્ઝેન્ડર અને અબજોપતિ પ્રકાશક સ્ટીવ ફોર્બ્સનો સમાવેશ થતો હતો. 

ફેબ્રુઆરીમાં, ઉદારવાદી સેન્ટર ફોર પબ્લિક ઈન્ટિગ્રિટીએ એક અહેવાલ પ્રસિદ્ધ કર્યો જેમાં બ્યુકેનનનાં પ્રમુખપદ માટેના પ્રચાર અભિયાનનાં કો-ચેરમેન લેરી પ્રેટ વ્હાઈટ સુપ્રિમાસિસ્ટ અને મિલિશિયા નેતાઓ દ્વારા આયોજિત બે બેઠકમાં દેખાયા હોવાનો દાવો કરવામાં આવ્યો હતો. પ્રેટે જાતિવાદની સાથે કોઈ પણ જોડાણને રદિયો આપ્યો હતો, અને આ અહેવાલને હેમ્પશાયરની પ્રાથમિક ચૂંટણી પૂર્વે પોતાને બદનામ કરવાનો પુર્વરચિત પ્રયાસ ગણાવ્યો હતો. બ્યુકેનને "માન્ચેસ્ટર યુનિયન લીડર" ને જણાવ્યું હતું કે તેમને પ્રેટમાં વિશ્વાસ છે. "આ આરોપોનો જવાબ આપવા" પ્રેટે રજા લીધી, "જેથી પ્રચાર અભિયાનમાં કોઈ વિક્ષેપ ન પડે." 

બ્યુકેનને સેનેટર બોબ ડોલને આશરે 3,000 મતથી હાર આપી અને ફેબ્રુઆરી ન્યુ હેમ્પશાયર પ્રાથમિક ચૂંટણી જીત્યાં અને જુસ્સાસભર પ્રારંભથી શરૂ થયેલું પોતાનું પ્રચાર અભિયાન પૂરું કર્યું. તેઓ વધુ ત્રણ બેઠકો (અલાસ્કા, મિસોરી અને લ્યુઈસિયાના) જીત્યાં, અને આયોવા કૌકસમાં તેમની સફર ડોલથી સ્હેજ પાછળ જ પૂરી થઇ. તેમના બંડભર્યાં અભિયાને બ્યુકેનની વિરુદ્ધમાં પાયાના સ્થાને રહેલી જમણેરી વિચારધારાને એકત્ર કરી, જેને તેઓ વૉશિંગ્ટનની સરકારની ખુશામત (જેનું મૂર્તિમંત સ્વરૂપ ડોલ હતા) તરીકે જોતા. બ્યુકેનન એવું માનતા કે વોશિંગ્ટન સરકારે વર્ષો સુધી પક્ષ પર નિયંત્રણ રાખ્યું હતું. 

સુપર ટ્યુઝડે પ્રાથમિક ચૂંટણીમાં, જો કે, ડોલે ભારે બહુમતીથી બ્યુકેનનને હાર આપી હતી. રિપબ્લિકન પ્રાથમિક ચૂંટણીમાં, કુલ વોટનાં માત્ર 21 ટકા મત જ એકત્ર થતાં, બ્યુકેનને માર્ચમાં પોતાનું અભિયાન સ્થગિત કર્યું. તેમણે જો કે એવી જાહેરાત કરી હતી કે જો ડોલને પ્રો-ચોઈસ રનીંગ મેટ તરીકે પસંદ કરવામાં આવે તો, તેઓ યુ.એસ. ટેક્સપેયર્સ પાર્ટી (હવે કોન્સ્ટીટ્યુશન પાર્ટી)ના ઉમેદવાર તરીકે આવશે. જો કે, ડોલે જેક કેમ્પની પસંદગી કરી અને તેમને બ્યુકેનને સ્વીકૃતિ આપી. 1996ના પ્રચાર અભિયાન બાદ, બ્યુકેનન પોતાની કોલમ અને "ક્રોસફાયર" માં પરત ફર્યાં. તેમણે 1998ની "ધ ગ્રેટ બિટ્રાયલ" સાથે પુસ્તકોની શ્રેણી પણ શરૂ કરી. 

1996ની પ્રમુખપદની પ્રાથમિક ચૂંટણી
પુસ્તકો અને લેખો
"ધ અમેરિકન કન્ઝર્વેટિવ" નિયતકાલિક
રાજકીય કારકિર્દી