ફર્ગ્યુસન એબરડિનમાં જૂન 1978માં બિલી મેકનિલની જગ્યાએ મેનેજર તરીકે જોડાયા, જે સેલ્ટિકનું સંચાલન કરવા માટેની તક આપવામાં આવી તે પહેલાં માત્ર એક સિઝન પૂરતું જ મેનેજર તરીકે રહેલા. એબરડિન, સ્કોટલેન્ડની મોટી કલબો પૈકીની એક હોવા છતાં, 1955 થી એકપણ લિગ જીત્યા ન હતાં. ટીમ ઘણો સારો દેખાવ કરતી હતી, અગાઉના ડિસેમ્બરથી એક પણ લિગ મેચ ગુમાવેલી ન હોવા છતા, આગલી સિઝનમાં લિગમાં બીજા નંબરે આવ્યા હતાં. હવે ફર્ગ્યુસન ચાર વર્ષ સુધી મેનેજરપદે રહેવાના હતા, પરંતુ તે ટીમના કેટલાક ખેલાડીઓથી વધુ ઉંમરના ન હોવાના કારણે, જો હાર્પર જેવા પોતાનાથી વધુ ઉંમર ધરાવતા અમુક ખેલાડીઓ તરફથી આદર મેળવવામાં ઘણી મૂશ્કેલીઓ ઊભી થઈ. સ્કોટિશ એફ. એ. કપ અને ફાઈનલ ઓફ લિગ કપની સેમી ફાઈનલમાં એબરડિન પહોંચ્યા પછી પણ સિઝન ખાસ કરીને સારી ન રહી, બંને મેચ ગુમાવીને લિગમાં ચોથા ક્રમાંકે રહ્યા. 

ડિસેમ્બર 1979માં, તેઓએ ફરી વખત લિગ કપ ફાઈનલ ગુમાવ્યો, આ વખતે ફરી રમ્યા પછી ડન્ડી યુનાઇટેડ સામે. ફર્ગ્યુસને હાર માટે, ફરી વખત રમવા માટે પોતે ટીમમાં ફેરફાર કરવા જોઈતા હતા એમ કહીને પોતાને દોષી ઠરાવ્યો.

સેન્ટ મિરેન
શરૂઆતમાં નિરાશ
યુરોપિયન સફળતા
આખરે સફળતાનો ઝગમગાટ મળ્યો