રોબર્ટ ક્રેન્ડલની 1998માં વિદાય પછી તેમની જગ્યાએ ડોનાલ્ડ જે કાર્ટીની નિમણૂક કરવામાં આવી હતી. કાર્ટીએ એપ્રિલ 2001માં નાદારીના આરે આવી ગયેલી ટ્રાન્સ વર્લ્ડ એરલાઇન્સ (તે ખરીદી સમજૂતીના ભાગરૂપે તેની ત્રીજી નાદારી માટેની અરજી કરનારી હતી) અને સેન્ટ લુઇસમાં તેના હબને ખરીદવાની મંત્રણા કરી હતી.

સિનિયોરિટી ધરાવતા કર્મચારીઓનું વિલિનીકરણ પાઇલટમાં વિવાદનો મુદ્દો બની રહ્યા હતો, બંને ગ્રૂપનું અલગ અલગ કામદાર સંઘો પ્રતિનિધિત્વ કરતા હતા. આ વિલિનિકરણમાં ટીડબલ્યુએ (TWA)ના 60 ટકા ભૂતપૂર્વ પાઇટલને એએ (AA)ની સિનિયોરિટી યાદીમાં તળિયે રાખવામાં આવ્યા હતા. ઘણા લાંબી રજા (ફર્લો) પર ઉતરી ગયા હતા અને મોટાભાગના લાંબી રજા પર રહ્યા હતા. ટીડબલ્યુએ (TWA)ના સિનિયર કેપ્ટનને પછીથી ભરતી કરવામાં આવેલા એએ (AA) કેપ્ટનની સિનિયોરિટી સ્તરે રાખવામાં આવ્યા હતા. માર્ચ 1989માં અને તે પછી ભરતી કરવામાં આવેલા ટીડબલ્યુએ (TWA)ના તમામ કેપ્ટન અને ફર્સ્ટ ઓફિસરને જૂન 2011માં ભરી કરવામાં આવેલા અમેરિકન એરલાઇન્સના ફર્સ્ટ ઓફિસર્સના સિનિયોરિટી લિસ્ટ જુનિયરમાં સમાવવામાં આવ્યા હતા. ટીડબલ્યુએના સિનિયર પાઇલટ અમેરિકન એરલાઇન્સમાં ઊંચા વેતન સાથે કેપ્ટનના હોદ્દા પર ટકી શક્યા હતા અને આર્થિક રીતે મજબૂત કંપની માટે કામ કરતા રહ્યા હતા. ટીડબલ્યુએ (TWA)ના જુનિયર પાઇલટને લાંબા રજા પર ઉતારી દેવામાં આવ્યા હતા. એએ (AA)ના પક્ષે કેપ્ટનને મોટાભાગે અસર થઈ ન હતી તેમાં અપવાદ એ હતો કે એએમઆર (AMR)ને ટીડબલ્યુ (TWA) દેવું વારસામાં મળ્યું હતું અને તેનાથી મુખ્ય કંપનીની આર્થિક સદ્ધરતામાં ઘટાડો થયો હતો. 9/11નો હુમલો અને તે પછીની નાણાકીય કટોકટીને પગલે કંપનીના કદમાં ઘટાડો કરવામાં આવ્યા પછી પણ એએ (AA)ના ફર્સ્ટ ઓફિસરને ટીડબલ્યુએ (TWA) સેંકડો કેપ્ટનને કેપ્ટનની સીટ પર જોવા મળ્યા હતા. 9/11 હુમલાને પગલે ટીડબલ્યુએ (TWA)ના ભૂતપૂર્વ પાઇલટની લંબાવેલી લાંબી રજા (ફર્લો)ને કારણે સેન્ટ. લૂઇસને પ્રમાણમાં વધારે અસર થઈ હતી અને આ બેઝ પર અમેરિકન એરલાઇન્સના પાઇલટનો નોંધપાત્ર પ્રવાહ આવ્યો હતો. કેબિન ક્રૂ (વિમાન ચાલકદળના કર્મચારીઓ)ના સંદર્ભમાં એએ (AA)ના ફ્લાઇટ એટેન્ડન્ટ્સ યુનિયને ટીડબલ્યુએ (TWA)ના ફ્લાઇટ એટેન્ડન્ટ્સને સિનિયોરિટી યાદીમાં તળિયે મૂક્યા હોવાથી ટીડબલ્યુએ (TWA)ના ફ્લાઇટ એટેન્ડન્ટ્સ (આશરે 4,200) 2003ના મધ્યમાં લાંબી રજા પર ઉતરી ગયા હતા.

ટીડબલ્યુએ (TWA)ના વિલીનિકરણ અને 11 સપ્ટેમ્બર, 2001ના હુમલા (જેમાં તેના બે વિમાન સંકળાયેલા હતા)ને પગલે અમેરિકન એરલાઇન્સે નાણાં ગુમાવવાનું શરૂ કર્યું હતું. કાર્ટીએ યુનિયન્સ સાથે વેતન અને લાભ સમજૂતીઓની વાટાઘાટ કરી હતી, પરંતુ તેઓ એક્ઝિક્યુટિવ કમ્પેનસેશન પેકેજની યોજના બનાવી રહ્યા છે તેવું યુનિયન નેતાઓને જાણમાં આવ્યા બાદ તેમણે રાજીનામું આપ્યું હતું. તેનાથી કર્મચારીઓ સાથે વિશ્વાસમાં વધારો કરવાના અને તેમની ઉત્પાદકતામાં વધારો કરવાના એએ (AA)ના પ્રયાસોને ફટકો પડ્યો હતો. સેન્ટ લૂઇસ હબના કદમાં પણ ઘટાડો કરવામાં આવ્યો હતો.

2002માં એરલાઇનને માનવ અધિકાર ઝુંબેશ દ્વારા જારી કરવામાં આવેલા પ્રથમ કોર્પોરેટ ઇક્વાલિટી ઇન્ડેક્સમાં 100 ટકા રેટિંગ મળ્યું હતું અને કર્મચારીઓ અંગેની નીતિના સંદર્ભમાં આ રેટિંગ જાળવી રાખ્યું હતું.

એએ (AA)એ ‘મોર રૂમ થ્રુઆઉટ કોચ’ પ્રોગ્રામ પાછો ખેંચી લેવા (જેનાથી ચોક્કસ વિમાનમાં બેઠકોની કેટલીક હરોળ દૂર થઈ હતી) સહિતના ખર્ચ કપાતના વધુ પગલાં લીધા હતા, તેમાં ઘણી ઇન્ટરનેશનલ ફ્લાઇટ્સ પરની થ્રી-ક્લાસ સર્વિસની નાબૂદી, દરેક હબ ખાતે વિમાન કાફલાનું સુયોજનનો સમાવેશ થતો હતો (નીચે વધુ માહિતી જુઓ). જોકે એરલાઇને આયર્લેન્ડ, ભારત અને મેનલેન્ડ ચાઇના સહિતના નવા બજારમાં વિસ્તરણ કર્યું હતું. 20 જુલાઈ, 2005ના રોજ અમેરિકને 17 ત્રિમાસિક ગાળામાં પ્રથમ વખત ત્રિમાસિક નફો જાહેર કર્યો હતો. એરલાઇને 2005ના બીજા ત્રિમાસિક ગાળામાં 58 મિલિયન ડોલરનો નફો કર્યો હતો.

એએ (AA) ડલ્લાસમાં લવ ફીલ્ડ ખાતે કર્મિશયલ એરલાઇન સેવાનું નિયમન કરતા રાઇટ સુધારાનું જોરદાર સમર્થન કર્યું હતું. 15 જૂન, 2006ના રોજ અમેરિકન એરલાઇન્સ લવ ફિલ્ડ માત્ર ડોમેસ્ટિક એરપોર્ટ રહેશે અને તેની ગેટ ક્ષમતા મર્યાદિત રહેશે તેવી શરતને આધારે રાઇટ સુધારો પાછો ખેંચી લેવા માટે સાઉથવેસ્ટ એરલાઇન્સ તેમજ ડલ્લાસ અને ફોર્ટ વર્થના શહેરો સાથે સંમત થઈ હતી.

મોટાપાયે વિમાનો નિષ્ક્રીય બન્યાના એક મહિના પછી એટલે કે મે, 2008માં અમેરિકન એરલાઇન્સે આવકમાં વધારો કરવા અને ઇંધણના ઊંચા ભાવ સામે રક્ષણ મેળવવા ક્ષમતામાં કાપ મૂકવાની અને ફી લાદવાની જાહેરાત કરી હતી. એરલાઇન્સે વિવિધ ફીમાં વધારો કર્યો હતો, જેમાં ફર્સ્ટ ચેક બેગમાં 15 ડોલર ચાર્જ, સેકન્ડ બેગ માટે 25 ડોલર તેમજ ડોમેસ્ટિક રિઝર્વેશન માટે 150 ડોલર ચેન્જ ફીનો સમાવેશ થાય છે. અમેરિકન એરલાઇનની પ્રાદેશિક એરલાઇન અમેરિકન ઇગલ એરલાઇન્સ તેના 35થી 40 રિજનલ જેટમાં ઘટાડો કરશે તેમજ તેના સાબ ટર્બોપ્રોપ કાફલામાં ઘટાડો કરશે.

2 જુલાઈ, 2008ના રોજ અમેરિકને ટેક્સાસ વર્કર એડજસ્ટમેન્ટ એન્ડ રિટ્રેનિંગ નોટિફિકેશન એક્ટ સિસ્ટમ મારફત 950 ફ્લાઇટ એટેન્ડન્ટ્સન માટે ફર્લોની જાહેરાત કરી હતી. આ ફર્લો 20 એમડી-8 વિમાન માટેની ફર્લો ઉપરાંતની હતી. સાન જુઆન, પુર્ટો રિકોના લૂઈઝ મુનોઝ મેરિન ઇન્ટરનેશનલ એરપોર્ટ ખાતેના અમેરિકનના હબ તરફ આવતી દરરોજની ફ્લાઇટની સંખ્યાને 38થી ઘટાડીને 18 કરાશે, જોકે એરલાઇન ઓછી ક્ષમતાએ આ સર્વિસ જાળવી રાખશે.
13 ઓગસ્ટ, 2008ના રોજ "કેન્સાસ સિટી સ્ટારે" અહેવાલ આપ્યો હતો કે અમેરિકન તેના કેન્સાસ સિટી, મિસોરી બેઝથી કેટલીક ઓવરહોલ કામગીરી ખસેડશે. બોઇંગ 757 વિમાનોનું રિપેરિંગ કામ ટુલ્સા, ઓક્લાહોમાં કરવામાં આવશે અને આશરે 767 મેન્ટેનન્સ પણ ત્યાં ખસેડવામાં આવશે તેમજ કેન્સાસ સિટી ઇન્ટરનેશનલ એરપોર્ટ ખાતે એક અથવા સંભવત બે બોઇંગ 767 રિપેર લાઇન્સ જાળવી રાખવામાં આવશે. નેરો-બોડી હેન્ગરને બંધ કરાશે. એરલાઇન ઓછામાં ઓછી 700 નોકરીને જાળવી રાખે તેવી શરત સાથે શહેરના નાગરિક ઉડ્ડયન વિભાગે રિપેર ફેસિલિટીને અપગ્રેડ કરવાની ઓફર કરી હતી.

26, જૂન, 2009એ યુએસ એરવેઝ સાથે મર્જરની અફવા આવી હતી અને ઓનલાઇન એવિયેશન કમ્યુનિટીમાં અનેક પ્રકારની અટકળો વ્યક્ત કરાઈ હતી.

ઓગસ્ટ 2009માં યુનાઇટેડ એરલાઇન્સ અને યુએસ એરવેઝની સાથે અમેરિકનને પણ ક્રેડિટ વોચ હેઠળ મૂકવામાં આવી હતી. ઓગસ્ટ સુધીમાં તમામ એરબસ એ300 જેટ વિમાનોને સેવામાંથી દૂર કરાયા હતા અને આ વિમાનો હાલમાં રોસવેલ, ન્યૂ મેક્સિકોમાં રાખવામાં આવેલા છે.

28 ઓક્ટોબર, 2009ના રોજ અમેરિકને તેના કર્મચારીને નોટિસ આપી હતી કે તે સપ્ટેમ્બર 2010માં તેના કેન્સાસ સિટી મેન્ટેનન્સ બેઝને બંધ કરશે અને પાંચ નાના મેન્ટેનન્સ સ્ટેશનને બંધ કરશે અથવા તેના કદમાં ઘટાડો કરશે. તેનાથી 700 નોકરીઓ દૂર થઈ હતી.

જુલાઈ, 2010ની શરૂઆતમાં એવા અહેવાલ હતા કે અમેરિકન એરલાઇન્સ તેની પ્રાદેશિક એરલાઇન અમેરિકન ઇગલ માટે ખરીદદારો શોધવાનો પ્રયાસ કરી રહી છે. આ પછી ડેલ્ટા એર લાઇન્સ અને તેની સંપૂર્ણ માલિકીની પ્રાદેશિક એરલાઇન્સ કમ્પાસ એરલાઇન્સ અને મેસાબા એરલાઇન્સનું વિભાજન થયું હતું.

યુદ્ધ પછીની ગતિવિધિઓ
ટીડબલ્યુએ (TWA) વિલિનીકરણ અને 9/11
સર્વસામાન્ય નિરીક્ષણ
ઇતિહાસ