પૂરાતન ગુપ્ત લખાણો મોટાભાગનાં લોકો વાંચી ન શકે તે માટે તેને લખવા માટે સ્થાનિક કલમ અને કાગળો સિવાય અન્ય ટાંચા-સાધનોનો ઉપયોગ આવશ્યક બની જતો હતો. વધુ સાક્ષરતા અથવા તો શિક્ષિત શત્રુના કારણે ખરી સંકેતલિપીની જરૂરીયાત ઊભી થઇ. પૌરાણિક મુખ્ય ગાણિતીક આંકડાઓ ક્રમ બદલીને લખવામાં આવતા જેને ટ્રાન્સપોઝિશન આંકડાઓ કે અક્ષરો તરીકે ઓળખવામાં આવતાં જેમાં સંદેશમાં અક્ષરોને ઉલટ-સૂલટ ગોઠવવામાં આવતાં (દા. ત. અંગ્રેજીમાં ઉદાહરણ આપીએ તો 'hello world'ને 'ehlol owrdl' લખવામાં આવતું આ એક સામાન્ય અને સરળ પદ્ધતિ હતી.) અને અવેજી આંકડાઓ કે અક્ષરોનો પણ ઉપયોગ કરવામાં આવતો હતો જેમાં પદ્ધતિસરના શબ્દો કે શબ્દોના સમૂહને બદલે અન્ય આંકડાઓ કે શબ્દો લખવામાં આવતા હતા. આ સંદેશાઓમાં જે લેટિન મૂળાક્ષરથી શબ્દ શરૂ થતો હોય તેના પાછળના અક્ષરને લખવામાં આવતો હતો (દા. ત. 'fly at once'ને 'gmz bu podf' લખવામાં આવતું હતું.) બંને સામાન્ય સ્વરૂપો પૈકી કોઇપણ એક જોખમી દુશ્મનો સામે સાધારણ ગુપ્તતા અર્પણ કરતા હતા અને હજી પણ કરે છે. અગાઉના અવેજીના આંકડા કે શબ્દો તરીકે સિઝર સાયફરનો ઉપયોગ કરવામાં આવતો હતો જેમાં મૂળાક્ષરો જે સ્થાનમાં હોય તે સંખ્યાને અમુક ગાણિતીક ક્રમ આપીને તે આંકડાઓ લખવામાં આવતાં હતાં જુલિયસ સિઝર નામના રાજાએ આ પ્રકારનાં ગુપ્ત લખાણનો ઉપયોગ કર્યો હોવાનું માનવામાં આવે છે જેના કારણે આ પદ્ધતિને તેમનાં નામની સાથે જોડવામાં આવ્યું છે. પ્રચાર દરમિયાન પોતાના લશ્કરી વડાઓ સાથે વાતચીત કરવા તેઓ 3નું સ્થળાંતર કરતાં જેમ કે બુલિઅન બીજગણિતમાં રહેલો સંકેત શબ્દ એક્સેસ 3 કેટલાક હિબ્રુ સંકેત શબ્દો પણ જોવા મળ્યા છે. પૂરાતન કાળમાં સંકેતલિપીનો ઉપયોગ ઇજિપ્ત ખાતે આવેલા એક પત્થર ઉપર કોતરવામાં આવેલી ગૂઢ લિપી ઉપરથી જાણઁવા મળ્યો છે (સીએ ઇ. પૂ. 1900) પરંતુ તે જમાનામાં આ લખાણ શિક્ષિત લોકોને રમૂજ કરાવવા માટે લખવામાં આવ્યું હશે તેમ મનાય છે. ત્યારબાદ સૌથી જૂનું લખાણ મેસોપોટેમિયાની ભઠ્ઠી (બેકરી)ની વાનગીઓ બનાવવાની રીતોનું છે. 

પ્રેમીઓ એકબીજાને અડચણમુક્ત રીતે જોઇ શકે તે માટે સંકેતલિપીની ભલામણ કામસૂત્રમાં પણ કરવામાં આવી છે. સ્ટેગેનોગ્રાફી (સંદેશાનું અસ્તિત્વ પણ છૂપાવી રાખવું કે જેથી કરીને તે ગુપ્ત રહે)નો પ્રાથમિક વિકાસ પણ પૌરાણિક કાળમાં થયો હતો. હિરોડોટસના જમાનાનું ગુપ્ત સંદેશાનું ઉદાહરણ જોઇએ તો તે ગુલામોના ટાલિયાં માથાં ઉપર સંદેશાઓ ત્રાજવાંની જેમ ત્રોફાવતો હતો અને તે ગુલામના માથે ફરીથી ઉગનારા વાળ નીચે ઢંકાઇ જતું હતું. માહિતી છૂપાવવા માટે સ્ટેગેનોગ્રાફીનાં આધુનિક ઉદાહરણો જોઇએ તો અદ્રશ્ય શાહીનો ઉપયોગ, સૂક્ષ્મ ટપકાંઓ અને ડિજિટલ વોટરમાર્ક એટલે કાગળ ઉપર પાડવામાં આવતાં એવાં નિશાન કે જે કાગળ પ્રકાશ સામે ધરતાં જ દેખાય. 

પૌરાણિક સંકેતલિપીકારો (અને કેટલાક નવા પણ) દ્વારા બનાવવામાં આવેલી સંકેતલિપી હંમેશા સાદાં લખાણની આંકડાકીય માહિતીઓ છતી કરે છે.જેનો ઉપયોગ પણ ઘણી વખત તેને તોડવા માટે કરવામાં આવે છે. લગભગ 9મી સદીમાં કદાચ આરબ ગણિતશાસ્ત્રી અને વિદ્યાપ્રવીણ અલ-કિંદી ("અલકિંદસ" ના નામે પણ જાણીતો) એ કંપન સંખ્યાનું વિશ્લેષણ શોધ્યું ત્યારબાદ માહિતી આપનારા આક્રમણકારો દ્વારા આપવામાં આવતા તમામ પ્રકારનાં સંકેત લખાણો ઉકેલવા માટે તૈયાર મળી રહેવા લાગ્યા. આ પ્રકારના પૌરાણિક સંકેતલિપીના શબ્દો આજે પણ કોયડાઓ તરીકે પ્રખ્યાત છે. (જુઓ ક્રિપ્ટોગ્રામ). 
પોલિઆલ્ફાબેટિક સંકેતશબ્દોની શોધ થઇ તે પૂર્વે આ તકનીક દ્વારા ઉપયોગમાં લેવામાં આવતા સંકેતલિપી વિશ્લેષણ માટે તમામ સંકેત શબ્દો ભેદ્ય રહેતાં હતાં. વર્ષ 1467ની આસપાસ લિઓન બેટિસ્ટી આલ્બર્ટીએ પોલિઆલ્ફાબેટિક સાઇફરની શોધ કરી હતી. જોકે તેમાં એવા સંકેતો પણ હતાં કે આ તકનીક અલ-કિન્દી દ્વારા શોધિત પદ્ધતિને આધારિત છે.[14] આલ્બર્ટીનાં સંશોધનમાં વિવિધ સંકેત શબ્દો (જેમ કે અવેજી મૂળાક્ષરો)નો ઉપયોગ સંદેશાઓના વિવિધ ભાગોમાં કરવામાં આવતો હતો. (કદાચ મર્યાદામાં રહીને દરેક સાદા મૂળાક્ષરની પાછળનો અક્ષર) સ્વયં સંચાલિત સંકેત શબ્દો લખવાનાં સાધનની શોધ કરનાર પણ સંભવતઃ તે પ્રથમ હતો. એક એવું પૈડું કે જેણે તેના સંશોધનનાં અમલીકરણને મૂર્ત સ્વરૂપે રજૂ કર્યું. પોલિઆલ્ફાબેટિક વિજેનિયર સાઇફરમાં ઉપયોગમાં લેવાતા એન્ક્રિપ્શનમાં વપરાતો "ગૂઢ શબ્દ" અક્ષરની અવેજીમાં લેવામાં આવે છે. તે ગૂઢ શબ્દ તરીકે કયા મૂળાક્ષરનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે તેના ઉપર આધાર રાખે છે. 1800ની સદીના મધ્ય ભાગમાં બેબેજે બતાવ્યું કે કંપન સંખ્યાના વિશ્લેષણ તકનીકને સંપૂર્ણપણે વિકસાવવા માટે આ પ્રકારના પોલિઆલ્ફાબેટિક શબ્દો આંશિક રીતે ભેદ્ય છે.

ઘણા સંકેત શબ્દો સામે કંપનોની સંખ્યાનું વિશ્લેષણ એ શક્તિશાળી અને સામાન્ય તકનીક હોવા છતાં પણ હજીયે કેટલીક વખત એન્ક્રિપ્શનનો ઉપયોગ ચલણમાં છે. ઘણા સંકેતલિપી વિશ્લેષકો આ તકનીકથી અજાણ છે. કંપન સંખ્યાના વિશ્લેષણનો ઉપયોગ કર્યા વિના સંદેશો ઉકેલવા માટે કયા પ્રકારના સંકેત શબ્દનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે તેનું જ્ઞાન અને તેમાં કયો ગૂઢ શબ્દ ચાવીરૂપે મૂકવામાં આવ્યો છે તેનું જ્ઞાન હોવું જરૂરી છે. આમ, જાસૂસી, લાંચ, ચોરી, પક્ષાંતર વગેરે ક્ષેત્રોમાં સંકેતલિપીનું વિશ્લેષણ વધારે આકર્ષક અભિગમ સાથે સમાન થવા લાગ્યું. અંતે 19મી સદીમાં સ્પષ્ટ લિપી ઓળખી શકાઇ સાંકેતિક શબ્દોની ગાણિતીક ગુપ્તતા તે વિવેકી કે સંદેશાની વ્યવહારુક ગુપ્તતા જાળવનારી ન રહી. વધુમાં આગળ જતા ખ્યાલ આવ્યો કે કોઇપણ પર્યાપ્ત સંકેતલિપીની યોજના (ગૂઢ શબ્દો સહિત) સામાવાળો કે પ્રતિસ્પર્ધી સંકેતલિપીનો તજજ્ઞ હોવા છતાં પણ તે લિપી ગુપ્ત રહે છે. સંકેતલિપીમાં ઉપયોગમાં લેવાયેલા સાવીરૂપ શબ્દની સુરક્ષા હુમલા સામે રક્ષણ મેળવવા માટે અને ગુપ્તતા જાળવવા માટે પર્યાપ્ત છે. પ્રથમ સ્પષ્ટતાનો આ પાયાનો સિદ્ધાંત 1883માં ઓગસ્ટે કર્સખોફ દ્વારા રજૂ કરવામાં આવ્યો હતો. સામાન્યતઃ તેને કર્સખોફના સિદ્ધાંત તરીકે ઓળખવામાં આવતો. આ સિદ્ધાંતને વૈકલ્પિક અને વધુ સ્પષ્ટ રીતે તેને ક્લાઉડે શેનોન દ્વારા ફરી એક વખત રજૂ કરવામાં આવ્યો જે ઇન્ફર્મેશન થિયરી કે માહિતીના સિદ્ધાંતનો શોધક હતો. જે બાદ સૈદ્ધાંતિક સંકેતલિપીના પાયાઓને "શેનોનના સિદ્ધાંત" તરીકે ઓળખવામાં આવતો થયો- 'દુશ્મનને વ્યવસ્થાનો ખ્યાલ છે'.

સાઇફર કે ગૂઢ શબ્દોના ઉપયોગ માટે વિવિધ પ્રકારનાં ટાંચા સાધનો અને મદદનો ઉપયોગ કરવામાં આવતો હતો. આ પ્રકારનાં સાધનોમાં સૌથી પૌરાણિક સાધન પ્રાચીન ગ્રીસનું સ્કાયટેલ ગણાવી શકાય. આ સાધનમાં સંદેશો શબ્દોને ઉલટ-સૂલટ કરીને લખવામાં આવતો હતો જેનો ઉપયોગ સ્પાર્ટનો દ્વારા કરવામાં આવતો (જુઓ ઉપર દર્શાવેલું ચિત્ર) મધ્યકાલિન યુગમાં અન્ય પ્રકારનાં સાધનોની પણ શોધ થઇ જેવાં કે સાઇફર ગ્રિલ જેનો ઉપયોગ સ્ટેગનોગ્રાફી પ્રકાર માટે કરવામાં આવતો હતો. પોલિઆલ્ફાબેટિક સાઇફરની શોધ બાદ વધુ વિકસીત સાધનોની શોધ થઇ જેમ કે આલ્બર્ટીની પોતાની સાઇફર ડિસ્ક, જ્હોનેસ ટ્રિથેમિયસના ટબુલા રેક્ટા સ્કિમ અને થોમસ જેફરસનનાં મલ્ટિ સિટિલન્ડર (જે લોકોમાં ખૂબ જાણીતું નથી અને તેની પુનઃ શોધ 1900માં બાઝેરિસ દ્વારા કરવામાં આવી હતી.) 20મી સદીની શરૂઆતમાં યાંત્રિક એન્ક્રિપ્શન/ડિક્રિપ્શનનાં સાધનોની શોધ કરવામાં આવી.જે પૈકી કેટલાકની પેટન્ટ પણ કરાવવામાં આવી જેમાં રોટર મશીનો- જેમાં સૌથી વધુ પ્રચલિત 20મી સદીના અંતમાં બીજાં વિશ્વ યુદ્ધ દરમિયાન જર્મન સરકાર અને લશ્કર દ્વારા ઉપયોગમાં લેવામાં આવતું એનિગ્મા મશીન. આ મશીન થકી સાઇફરનું અમલીકરણ શ્રેષ્ઠ ગુણવત્તાવાળું થવા માંડ્યું. ડબલ્યુડબલ્યુવન (પ્રથમ વિશ્વ યુદ્ધ) બાદ આ મશીનોને કારણે સંકેતલિપીનાં વિશ્લેષણની તકલીફોમાં નોંધપાત્ર વધારો થયો હતો.

કાયદાકીય મુદ્દાઓ
ડિજિટલ હક્કોનું સંચાલન
પ્રાચીન સંકેતલિપી
કમ્પ્યૂટર યુગ