રોગનું મૂળ કારણ ન હોવા છતાં, કોલિફોર્મ બેકટેરિયા () સામાન્ય રીતે જળ પ્રદૂષણ માટે સૂચક બેકટેરિયા () તરીકે જાણીતા છે.મનુષ્યમાં સ્વાસ્થ્યને લગતી સમસ્યાઓ સર્જતા, સપાટી પરનાં પાણીમાં મળી આવતા અન્ય કેટલાક સૂક્ષ્મજંતુ ()ઓઃ 
જો મળમૂત્ર, ઈત્યાદિ કચરા ()ને પૂરતો ઉપચાર કર્યા વિના વિસર્જિત કરવામાં આવે તો તે મોટા પ્રમાણમાં પૅથોજન ઉપજાવે છે.ગૌણ પ્રક્રિયા () કરતાં ઊતરતી કક્ષાનો સ્યૂઈજ પ્લાન્ટ બનાવવામાં આવે ત્યારે આમ બનવું સંભવ છે (અવિકસિત અથવા ઓછા વિકસિત દેશોમાં આવું વધુ જોવા મળે છે).વિકસિત દેશોના જૂનાં શહેરોમાં જીર્ણ થયેલી માળખાકીય સુવિધાઓ () નબળી પડી હોય અને ગટર વ્યવસ્થામાં (મળમૂત્ર ઇત્યાદિ લઈ જતા પાઈપ, પમ્પ અથવા વાલ્વમાં) ભંગાણ અથવા કાણાં પડ્યાં હોય ત્યારે ગટર ઉભરાવા ()ના બનાવો બને છે. ઘણાં શહેરોમાં વરસાદી પાણી અને મળમૂત્ર ઈત્યાદિની ગટરો જોડાયેલી () હોય છે, જેના પરિણામે વરસાદી તોફાનોમાં સારવાર થયા વિનાનો કચરો સીધો જ વિસર્જિત થઈ જાય તેવું બની શકે છે. 

પાળેલાં પશુધન ()ની યોગ્ય રીતે સારસંભાળ લેવામાં ન આવે તો પણ પૅથોજન વિસર્જિત થઈ શકે છે. 

પૅથોજન્સ
નમૂના લેવા
જળ પ્રદૂષણના પ્રકારો
જળ પ્રદૂષણનું પ્રમાણ માપવું