મંત્રના માર્ગ તરીકે પ્રસ્તુત થયેલો મંત્રાયન (સંસ્કૃત) ન્યીગંમપા તરીકે કૃતનિશ્ચયી થયેલા માટે આવતા તેનું મૌલિક સ્વ-અભિજ્ઞાત નામ હતું. ન્યીગંમપા જેને "તે પ્રાચિન માર્ગ" તરીકે પ્રસ્તુત કરી શકાય – જે સર્મા "નવતર" "નૂતન" પરંપરાઓના ઉદ્ગમને લીધે પડેલું એક નામ હતું. મંત્રાયન વજ્રાયનના સમાનાર્થી તરીકે વિકાસ પામ્યું છે. બૌધ્ધ ગ્રંથોના ગણનાપાત્ર અનુવાદક એડવર્ડ કોન્ઝ (1904-1979) બૌધ્ધોમાં મંત્રોના ઉપયોગની ત્રણ અવસ્થાઓનો અલગ તારવે છે. 

પ્રારંભમાં પોતાના ભારતીય સાથીઓની જેમ જ કોન્ઝના મતાનુસાર, બૌધ્ધો મંત્રનો ઉપયોગ દુષ્ટ શકિતઓનો દૂર કરવા માટે રક્ષણાત્મક નિર્મિત તરીકે કરતા. વિનય નિયમો ભૌતિક લાભ માટે મંત્રપઠનની બ્રાહ્મણ પ્રથામાં જોડાવાનો બૌધ્ધ સાધુઓને નિષેધ કરેલો હોવા છતાં તપસ્વી યતિઓના વર્ગ માટે ઘણાબધા રક્ષાત્મક ઉપાયો છે. તેમ છતાં આ પ્રારંભિક અવસ્થામાં નિર્વાણવાદી વિચારસરણીની કંઈક વિશેષ ચમત્કારિક રીતે કામ કરતી હોય છે. ખાસ કરીને રત્ન સુત્રના કિસ્સામાં પદ્યોની ક્ષમતા "સત્ય"ની વિભાવવાના સંબંધમાં હોવાનું જણાઈ આવે છે. સુત્રના દરેક પદ્યનો અંત "આ સત્ય થકી ખુશી આવે છે".

કોન્ઝ એવું નોંધે છે કે સમયાંતરે મંત્રોનો ઉપયોગ મંત્રોપચાર કર્તાના આધ્યાત્મિક જીવનને રક્ષવાના હેતુથી વધુ ને વધુ થયો અને શ્વેત કમલ સૂત્ર અને લંકાવતાર સૂત્ર જેવા અમુક મહાયાનસૂત્રોમાં મંત્રોના વિભાગો ઉમેરાવા લાગ્યા. આ સમયમાં મંત્રો પરના રક્ષણના વ્યાપમાં પણ પરિવર્તન આવ્યું. સ્વર્ણિમ પ્રકાશ ના સૂત્રમાં ચાર મહાન રાજાઓ સમસ્ત જંબુદ્વિપ (ભારતીય ઉપ-ખંડ)નું રક્ષણ કરવા માટે, સૂત્રની ઉદ્ઘોષણા કરતા સાધુઓને આશ્રય આપવા માટે અને જે સાધુઓ સૂત્રની ઉદ્ઘોષણા કરતા હોય તેઓને માન આપતા રાજાઓનું રક્ષણ કરવા માટે અંશાવતારોના વિવિધ વર્ગ પર સાર્વભૌમત્વ કરવાનું વચન આપે છે. આ પ્રકારના અભિગમનું દેવત્વારોપણ કરનાર બૌદ્ધવાદની નીશીરેન સંપ્રદાય છે જેની સ્થાપના જાપાનમાં 13મી સદીમાં થઈ હતી અને જેણે અગાઉની ઘણી જટિલ બૌધ્ધ પ્રથાઓને દેઈમોકૂની પ્રાર્થના : "નમ મ્યોહો રેન્ગો કયો"-એટલે કે "પદમ સૂત્રને પરમ આદરની પ્રાર્થના" થકી પદમસૂત્રની શ્રધ્ધામાં પરિવર્તિત કરી.

કોન્ઝના મતાનુસાર કેન્દ્રસ્થાને લેવા માટે અને સ્વને મુકિતનું માધ્યમ બનાવવા માટે આશરે 7મી સદીમાં ત્રીજો તબક્કો શરૂ થયો. છઠ્ઠી અને સાતમી સદીમાં, તંત્રજે બૌધ્ધોએ ઈસ્વીસન 300 સીઈમાં રચના કરેલી હોવાનું જણાય છે તેનો વેગ વધવાનું શરૂ થયું: "મંત્રાયન" જે હવે સામાન્ય રીતે "વજ્રાયન" તરીકે વિખ્યાત થયું છે, જે આપણને ઇન્ડો-તિબેટન બૌધ્ધવાદમાં મંત્રોના સ્થાન વિશે સંકેત આપે છે. વજ્રાયન પ્રથાનો ઉદ્દેશ અભ્યાસુને વસ્તુઓ ખરેખર જે રીતે હોય તેની વાસ્તવિકતાનો પ્રત્યક્ષ અનુભવ આપવાનો છે. મંત્રો તે વાસ્તવિકતાના પ્રતિક તરીકે કામ કરે છે અને વિવિધ મંત્રો તે વાસ્તવિક્તાના વિવિધ પાસાઓ છે - ઉદાહરણ તરીકે પ્રજ્ઞા અથવા અનુકંપા. મંત્રો ઘણીવાર, પ્રજનાપરામિતા મંત્ર હૃદય સૂત્ર સાથે સંકળાયેલા આ મંત્રોના એકાદ અપવાદ સિવાય કોઈ નિશ્ચિત દેવ સાથે સંકળાયેલ હોય છે. વાસ્તવિકતાના પ્રત્યક્ષ અનુભવ વિશેના બોધન માટે મહત્વનો એક વજ્રાયન વ્યુહ સમગ્ર મનો-દૈહિક તંત્રને આચરણમાં મૂકવાને લગતો છે. એક બૌધ્ધ વિશ્લેષણમાં મનુષ્ય ‘દેહ, વાણી અને મન’ (સંદર્ભ : ત્રણ વ્રજ) થી બને છે. તેથી વિશિષ્ટ સાધના અથવા ધ્યાનમાં, મુદ્રાઓ અથવા સાંકેતિક હાથના હાવભાવ, મંત્રોના પઠન તેમ જ દૈવી જીવોનું પ્રત્યક્ષીકરણ અને પઠન થતું હોય તે મંત્રોનો અક્ષરોનો પ્રત્યક્ષીકરણનો સમાવેશ થાય. સ્પષ્ટ રીતે અહીં મંત્ર વાણી સાથે સંકળાયેલો છે. ધ્યાન ધરનાર પોતાની જાતની સમક્ષ અથવા પોતાના દેહમાં અક્ષરોને આત્મસાત્ કરી શકે. મંત્રના અક્ષરોને મોટેથી ઉચ્ચારી શકાય અથવા તો માત્ર માનસિક પઠન કરી શકાય.

કેટલાંક જૈન/હિંદુ મંત્રો
ગાયત્રી
ઈન્ડો-તિબેટન બૌદ્ધવાદમાં મંત્ર
વ્યુત્પત્તિશાસ્ત્ર