યુદ્ધના અંતિમ ચરણમાં, શ્રીલંકાની સરકારના દળો તમિલ ટાઈગર અંકુશિત વિસ્તારોમાં ઊંડે સુધી આગળ વધતાં, ત્યાં ફસાયેલા 3,50,000 નાગરિકોના ભવિષ્યને લઇને આંતરરાષ્ટ્રીય સ્તરે ચિંતામાં વધારો થયો. 21 જાન્યુઆરી 2009ના રોજ, શ્રીલંકાના સૈન્યએ એ35 હાઇ-વે અને ચેલાઇ લગૂન વચ્ચે પુથુક્કુદિવિરુપ્પુની ઉત્તરપશ્ચિમે આવેલા 32 ચોરસ કિલોમીટર (12.4 માઇલ)ના વિસ્તારને "સુરક્ષિત વિસ્તાર" જાહેર કર્યો. શ્રીલંકાની વાયુસેનાનાં વિમાને ચોપાનિયા ફેંકીને નાગરિકોને આ સુરક્ષિત વિસ્તારમાં ખસી જવા અને જ્યાં સુધી સૈન્ય તેમને સુરક્ષિત સ્થળોએ ખસેડે નહી ત્યાં સુધી પ્રતિક્ષા કરવાની વિનંતી કરી. શ્રીલંકાના સૈન્યએ આ વિસ્તારમાં ગોળીબાર નહી કરવાનું વચન આપ્યું. જો કે, બહુ થોડા લોકો જ વાસ્તવમાં આ સુરક્ષિત વિસ્તારમાં ગયા, અને શ્રીલંકાની સરકાર, યુનાઇટેડ નેશન્સ, અને માનવ અધિકાર સંગઠનોએ એલટીટીઇ પર નાગરિકોને સુરક્ષિત ઝોનમાં જતા અટકાવવાનો આરોપ મૂક્યો. આખરે લડાઇને કારણે નાગરિકો સુરક્ષિત વિસ્તારમાંથી નાન્થી કદાલ અને ભારતીય સમુદ્ર વચ્ચેની જમીનની સાંકડી પટ્ટી પર જતા રહ્યાં. 12 ફેબ્રુઆરીના રોજ શ્રીલંકાના સૈન્યએ મલ્લાતિવુની ઉત્તરપશ્ચિમે 10 ચોરસ કિલોમીટર (3.9 ચોરસ માઇલ)ના નવા સુરક્ષિત વિસ્તારની ઘોષણા કરી. આગામી ત્રણ મહિનાઓ દરમિયાન, શ્રીલંકાના સૈન્યએ સુરક્ષિત વિસ્તારોમાં ફસાયેલા બાકી બચેલા તમિલ ટાઈગર્સનો નાશ કરવા માટે વિમાનો અને તોપો દ્વારા વારંવાર તેના પર હુમલા કર્યા. શ્રીલંકાની સરકારે એવો દાવો કર્યો કે તે તમિલ ટાઈગરના સ્થાનો પર હુમલો કરવાનો પ્રયત્ન કરી રહી હતી, અને એવો દાવો કર્યો કે આ હુમલાઓ 15 ફેબ્રુઆરીએ શરૂ થયા હતા અને સૈન્ય દ્વારા તમિલ ટાઈગર્સની સુરક્ષા તોડી પડાઇ તથા નાગરિકો બહાર આવવા શરૂ થયા તેના એક દિવસ પૂર્વે 19 એપ્રિલે સમાપ્ત થયા હતા. જો કે, આ હુમલાઓને લીધે જંગી નુકશાન થયું.. સેંકડો નાગરિકો માર્યા ગયા અથવા તો ઇજાગ્રસ્ત થયા, અને તમિલ ટાઈગર્સે ઘણાંને માનવ કવચ તરીકે રાખ્યા હોવાના અહેવાલ હતા. યુદ્ધના આખરી ચરણમાં 3,00,000 ઇન્ટરનલી ડિસપ્લેસ્ડ પર્સન્સ (આઇડીપી)નું સર્જન થયું જેમને વાવુનિયા જિલ્લાની શિબિરોમાં ખસેડવામાં આવ્યા અને તેમને તેમની મરજીની વિરુદ્ધ અટકાયતમાં રખાયા. આ સિવાય, શિબિરોની અંદરની પરિસ્થિતિની શ્રીલંકાની અંદર અને બહારથી ભારે આલોચના કરાઇ. આ શિબિરો ચોતરફ કાંટાળાં તારની વાડ ધરાવતી હતી, અને આ વાડને ઓળંગવાનો પ્રયાસ કરનારને ઠાર કરી દેવાતો હતો. સરકારે એવું જણાવ્યું હતું કે એકવાર આ શિબિરોમાં નાગરિકો વચ્ચે છૂપાયેલા તમિલ ટાઈગર્સને વીણી વીણીને બહાર કાઢવા માટેની ચકાસણી પ્રક્રિયા પૂરી થઇ જાય તેમજ અધુરી સૈન્ય કાર્યવાહી પૂરી થઇ જાય એટલે તે આ શિબિરોમાંથી નાગરિકોને મુક્ત કરી દેશે. 7 મે 2009ના રોજ શ્રીલંકાની સરકારે 2009ના અંત સુધીમાં 80 ટકા આઇડીપીને પુનઃ સ્થાપિત કરવાની યોજનાની જાહેરાત કરી. આ નાગરિક યુદ્ધના અંત બાદ, પ્રમુખ રાજાપક્ષાએ વિદેશી રાજદ્વારીઓને ખાતરી આપી કે 180 દિવસની યોજના અનુસાર આઇડીપીનું પુનઃસ્થાપન કરાશે. 9 ઓક્ટોબર, 2009 સુધીમાં, 150 દિવસથી પણ વધુ દિવસો બાદ, 10 ટકા (27,000) કરતા પણ ઓછાં આઇડીપી મુક્ત કરવામાં આવ્યા અથવા તો તેમના મૂળ સ્થાને પાછા ગયા, અને 2,50,000 આઇડીપી હજુ પણ આ શિબિરોમાં છે. 

માનવતાવાદી અસર
ભારતની સંડોવણી
રાજીવ ગાંધીની હત્યા
2002ની શાંતિ પ્રક્રિયા