નવેમ્બર 2004માં, 10મી લોક સભામાં પોતાની અવધિ પૂર્ણ કર્યાના આઠ વર્ષ બાદ, પ્રતિભા પાટિલ રાજકીય નિષ્ક્રીયતા તરફથી પ્રથમ મહિલા રાજસ્થાનના ગવર્નર બનવાનું આમંત્રણ આપવામાં આવ્યું. તેઓ વસન્તદાદા પાટિલ બાદ આ પદ મેળવનારા મહારાષ્ટ્રના બીજા રાજકારણી હતી. પ્રતિભા પાટિલ ગવર્નરના પદ પર હોવા સાથે, રાજસ્થાન રાજ્યમાં સત્તા ધરાવતા ત્રણ નોંધપાત્ર પદો પર મહિલાઓ હતી, જેમાં મુખ્ય પ્રધાન વસુંધરા રાજે અને વિધાન સભાના અધ્યક્ષ સુમિત્રા સિંઘનો સમાવેશ થાય છે. 

એપ્રિલ 2006માં, રાજસ્થાન વિધાન સભાએ રાજસ્થાન ફ્રિડમ ઓફ રિલીજીયન બિલ 2006 (વાસ્તવિક શીર્ષક "રાજસ્થાન ધર્મ સ્વાતંત્ર્ય બિલ, 2006") પસાર કર્યું. આ વિધેયકનો હેતુ "લાલચ અથવા દબાણથી એક ધર્મમાંથી બીજા ધર્મમાં ગેરકાયદેસર પરિવર્તન પર અંકુશ" મુકવાનો હતો. આમ છતાં, કેટલાક ક્રિશ્ચિયન સંસ્થાઓએ એવું કહેતા આ વિધેયકનો વિરોધ કર્યો હતો કે આ નિર્ણય સંઘ પરિવારની નીતિઓને કારણે લેવામાં આવ્યો હતો. પ્રતિભા પાટિલે આ વિધેયક હસ્તાક્ષર કર્યા વિના પાછું મોકલાવ્યું અને જણાવ્યું કે આ વિધેયક કેટલાક પાયાના હકોનું ઉલ્લંઘન કરે છે, "જેમાં વક્તવ્ય અને [[અભિવ્યક્તિ]]નો અધિકાર, સિદ્ધાંત પ્રમાણે ચાલવાની સ્વતંત્રતા અને ધાર્મિક પરિગ્રહણની દીક્ષાનો અધિકાર તથા તેના આચરણ અને ફેલાવાનો સમાવેશ થાય છે." 

રાજસ્થાનની સરકારે એવું નોંધતા મે 2006માં વિધેયક પરત મોકલ્યું કે મધ્ય પ્રદેશ અને ઓરિસ્સામાં કોંગ્રેસની સરકાર દ્વારા સમાન પ્રકારનો કાયદો 40થી વધુ વર્ષ પહેલા બનાવવામાં આવ્યો હતો અને ભારતની સુપ્રિમ કોર્ટે તેને સમર્થન આપ્યું હતું અને બંધારણ-સંવિધાન સભાના વડા ડો બી. આર. આંબેડકરે બંધારણની કલમ 25નો મુસદ્દો તૈયાર કરતા સમયે જણાવ્યું હતું કે ધર્માંતરણને નિયંત્રિત કરવાના મુદ્દાને રાજ્યની ધારાસભા પર છોડી દેવો યોગ્ય બાબત ગણાશે. એક વર્ષ સુધી આ વિધેયક અંગે વિચાર કર્યા બાદ, તેમણે રાજસ્થાનના ગવર્નર તરીકે રાજીનામું આપ્યાના એક દિવસ પહેલા જ ભારતના રાષ્ટ્રપતિને મોકલી આપ્યું. હિમાચલ પ્રદેશ ફ્રિડમ ઓફ રિલિજીયન એક્ટ 2006 નામનું સમાન વિધેયક પાછળથી રાજ્ય સરકાર દ્વારા ઝડપથી પસાર કરવામાં આવ્યું હતું. પ્રતિભા પાટિલે રાષ્ટ્રપતિ પદની ઉમેદવારીને કારણે 21 જૂન, 2007ના રોજ રાજસ્થાનના ગવર્નર તરીકે રાજીનામું આપ્યું.

પૂર્વજીવન
પ્રતિભા વિમેન કોઓપરેટીવ બેન્ક
દૈવી સંકેત
રાજસ્થાનના ગવર્નર