બહારથી લાવવામાં આવેલા પ્રાણીઓ અને રોગોએ 19મી સદીના પાછલા વર્ષોથી ઉદ્યાનના વિસ્તાર પર અસર શરૂ કરી. ગેલેન ક્લાર્કે 1890ના દાયકાના મધ્યભાગમાં નોંધ્યું હતું કે યોસેમિટી ખીણપ્રદેશમાં મૂળ ઘાસ અને ફૂલછોડમાં પોણાભાગનો ઘટાડો થયો હતો.

શંકુદ્રૂમ ઝાડને ચેપ લગાડતા વ્હાઇટ પાઇન બ્લિસ્ટર રસ્ટ બ્રિટિશ કોલંબિયામાં 1910માં આકસ્મિક રીતે આવ્યા અને 1920ના દાયકામાં કેલિફોર્નિયા પહોંચ્યા. ત્યારથી તેણે યોસેમિટી ખીણપ્રદેશમાં ઘણાં સુગર પાઇન ઝાડને અસર કરી છે. રીબ્સ જીનસ ધરાવતાં છોડને દૂર કરીને ફૂગનું વહન કરતાં કાટને રોકી શકાય છે.

યોસેમિટી ઝરણાંઓ અને સરોવરોમાં માછીમારીને ઉત્તેજન આપવા માટે ટ્રાઉટ લઈ આવવામાં આવ્યા હતા. બહારથી લાવવામાં આવેલી માછલીઓએ દેડકાના બચ્ચાંનો શિકાર કરતાં દેડકાંઓની સંખ્યામાં ઘટાડો થયો. સરોવરો અને ઝરણાંઓ ઉદ્યાનમાં હવે દેડકાંઓથી ભરપૂર નથી.

તત્કાલિન પાર્ક મેનેજરો નુકસાનકારક નિંદામણની નવ આક્રમણકારી છોડની જાતના નિયંત્રણ પર ધ્યાન આપી રહ્યા છેઃ જેમાં યલો સ્ટાર-થીસ્ટલ ("સેન્ટાઉરીયા સોલસ્ટીટીઆલીસ" ) ; સ્પોટેડ નેપવીડ ("સેન્ટાઉરીયા મેક્યુલોસા" ) ; હિમાલયન બ્લેકબેરી ("રુબુસ આર્મેનિઆકસ" ) ; બુલ થીસ્ટલ ("સિર્સિયમ વલ્ગર" ) ; વેલ્વેટ ગ્રાસ ("હોલ્કસ લેનાટસ" ) ; ચીટ ગ્રાસ ("બ્રોમસ ટેક્ટોરમ" ) ; ફ્રેંચ બ્રૂમ ("જીનિસ્ટા નોનસ્પેસ્યુલેના" ) ; ઇટાલિયન થીસ્ટલ ("કાર્ડસ પાઇસ્નોફેલસ" ) ; અને પેરેનિયર પીપરવિડ ("લેપિડિયમ લેટીફોલિયમ" )નો સમાવેશ થાય છે. 2008માં, ઉદ્યાને હર્બિસીડ્સ ગ્લાયફોસેટ અને એમિનોપાયરાલિડનો ઉપયોગ ઘણાંખરાં નુકસાનકારક છોડના નિયંત્રણની મેન્યુએલ પદ્ધતિને વધારવા માટે કર્યો.

જ્હોન મૂરનો પ્રભાવ
દાખલ કરાયેલી અને આક્રમણકારી જાતો
કલાકારો, ફોટોગ્રાફર્સ અને પ્રથમ પ્રવાસીઓ
સવલતો (કન્સેસરીઝ)