૨૭ ફેબ્રુઆરી ૨૦૦૨ નાં રોજ હિંદુ યાત્રાળુઓ અને ધાર્મિક કારીગરો પવિત્ર શહેર અયોધ્યાથી પરત ફરી રહ્યા હતા ત્યારે ગોધરામાં થયેલા કોમી રમખાણમાં લગભગ ૫૯ લોકોના સ્થળ પર જ મૃત્યુ થયા. સ્થાનિક મુસ્લિમ નેતાઓએ ટ્રેનને બાળી હોવાનો આક્ષેપ છે. માનવ અધિકાર જૂથો અને એનજીઓ દ્વારા કરાયેલા અભ્યાસમાં આ આંકડો લગભગ ૨૦૦૦ ને પાર છે. સત્તાવાર આંકડા પ્રમાણે ૭૯૦ મુસ્લિમો અને ૨૫૪ હિંદુઓ ની હત્યા કરવામાં આવી હતી, ૨૨૩ લોકોના ગુમ થયાનો અહેવાલ હતો અને ૨,૫૦૦ ઘાયલ થયા હતા. હુલ્લડનું કારણ ગોધરા ટ્રેન રમખાણ માનવામાં આવે છે જેમાં લગભગ ૫૩ હિંદુ કાર સેવકોને કથિત મુસ્લિમ જૂથ દ્વારા જીવંત બાળવામાં આવેલા. મોદી વહીવટ પર રમખાણોનો આરોપ મૂકવામાં આવ્યો હતો અને તેમને શંકાસ્પદ ઠેરવવામાં આવ્યા હતા. ગોધરા હત્યાકાંડ માટે વ્યાપક પ્રતિક્રિયા આપવામાં, ભારતીય લશ્કર અને રાજ્ય પોલીસની સંયુક્ત તાકાત પણ અપૂરતી સાબિત થઇ છે આ વાતની પુષ્ટિ ૧ માર્ચ ના રોજ મીડિયા અહેવાલો દ્વારા કરવામાં આવી હતી. 

૨૦૦૪ માં રેલ્વે પ્રધાન લાલુ પ્રસાદ યાદવ દ્વારા સ્થપાયેલી બેનર્જી સમિતિએ ૨૦૦૬ નાં અહેવાલમાં જણાવ્યું કે ૨૭ ફેબ્રુઆરી ૨૦૦૨ નાં રોજ સાબરમતી એક્સપ્રેસના એસ-૬ કોચ માં જે આગ લાગી તેનું કારણ તેમાં ખોરાક રાંધતા લોકો હતા અને તે બનાવમાં કોઈ પ્રકારની મુસ્લિમ સંડોવણી ન હતી. ત્યાર બાદ ગુજરાત હાઈ કોર્ટ દ્વારા બેનરજી સમિતિ ગેરકાયદેસર જાહેર કરવામાં આવી હતી. પછી નાણાવટી સમિતિએ આ ઘટના ને 'પૂર્વ આયોજિત કાવતરું' કહ્યું અને નરેન્દ્ર મોદી ને ક્લીન ચીટ આપી સુપ્રિમ કોર્ટે રચેલી સ્પેશિયલ ઈન્વેસ્ટીગેશન ટીમ (સીટ)એ ૨૦૦૨માં થયેલા કોમી રમખાણોમાં પોતાની બંધારણીય ફરજોને આધિન રહીને આ તોફાનો ડામવામાં નિષ્કાળજી દાખવી હોવાના આરોપોમાંથી તેમને ડિસેમ્બર ૨૦૧૦માં મુક્ત કર્યા.

મુખ્યમંત્રી તરીકેનો કાર્યકાળ
વડાપ્રધાન
નિતીઓ
ગોધરા કાંડ