દરિયાના પાણીના ડિસેલિનેશન પ્લાન્ટની મુખ્ય પર્યાવરણીય ચિંતામાં ખુલ્લા દરિયાના પાણીના અંતઃગ્રહણનો સમાવેશ થાય છે, તેમાં પણ ખાસ કરીને તે વીજ મથકની સાથે આવેલું હોય ત્યારે. દરિયાઇ જીવસૃષ્ટિ પર અસર પડતી હોવા છતાં ઘણા સૂચિત મહાસાગર ડિસેલિનેશન પ્લાન્ટના પ્રાથમિક આયોજનો આ અંતઃગ્રહણ આધારિત છે. અમેરિકામાં, ક્લિન વોટર એક્ટ હેઠળ કોર્ટના તાજેતરના આદેશને કારણે દરિયાની જીવસૃષ્ટી, દરિયાઇ સૂક્ષ્મજીવો, માછલીના ઈંડા અને માછલીના લારવાનો મૃત્યુ દર 90 ટકા સુધી ના ઘટે ત્યાં સુધી આ અંતઃગ્રહણ વ્યવહારુ નથી. તેના વિકલ્પ છે જેમાં દરિયાકિનારા પર કુવાનો સમાવેશ થાય છે તેનાથી આ ચિંતા દૂર થાય છે પરંતુ તેમાં વધુ ઊર્જા અને ઊંચા ખર્ચની જરૂર પડે છે અને સામે ઉત્પાદન મર્યાદિત મળે છે. અન્ય પર્યાવરણીય ચિંતામાં હવાનું પ્રદૂષણ અને વીજ મથકમાંથી ગ્રીનહાઉસ ગેસના ઉત્સર્જનનો સમાવેશ થાય છે. 

દરિયામાં પાછા આવતા લવણ જલને કારણે સર્જાતી પર્યાવરણીય અસરને મર્યાદિત કરવા વેસ્ટ વોટર ટ્રીટમેન્ટ પ્લાન્ટ અથવા વીજ મથકમાંથી આવતા પાણી જેવા દરિયામાં પ્રવેશતા પાણીના અન્ય પ્રવાહમાં તેને ઓગાળી શકાય છે. દરિયાઇ પાણીના વીજ મથકને ઠંડા પાડતા પાણીના પ્રવાહની મોરી ગંદા પાણીની શુદ્ધિકરણ માટેના પ્લાન્ટમાંથી આવતા પાણીની મોરીની જેમ તાજુ પાણી નથી અને લવણ જળ ખારાશ હજુ પણ ઘટાડી શકાય છે. જો વીજ મથક મધ્યમથી મોટા કદનો હોય અને ડિસેલિનેશન પ્લાન્ટ બહુ મોટો ના હોય તો વીજ મથકનો ઠંડું કરવા માટેના પાણીનો પ્રવાહ ડિસેલિનેશન પ્લાન્ટના પાણીના પ્રવાહ કરતા કેટલાક ઘણો મોટો હોઇ શકે છે. ખારાશમાં વધારો ઘટાડવા માટેની અન્ય એક પદ્ધતિમાં વલણ જળને ઘણા વિશાળ વિસ્તારમાં વહેંચી દેવાનો સમાવેશ થાય છે જેથી દરિયમાં ખારાશમાં સહેજ જ વધારો થાય છે. દાખલા તરીકે, લવણ જળ ધરાવતી પાઇપલાઇન દરિયાના તળીયે પહોંચ્યા બાદ તેને અનેક શાખાઓમાં વહેંચી શકાય છે. પ્રત્યેક શાખા તેના નાના છિદ્રમાંથી ખારાશને ધીમે ધીમે મુક્ત કરે છે. આ પદ્ધતિને વીજ મથક અથવ ગંદા પાણીના પ્લાન્ટની મોરી સાથે જોડીને ઉપયોગ કરી શકાય છે.

સાંદ્ર દરિયાઇ પાણી નિવસનતંત્રને હાનિ પહોંચાડવાની ક્ષમતા ધરાવે છે તેમાં પણ ખાસ કરીને નીચી અસ્વચ્છતા અને ઊંચું બાષ્પીભવન ધરાવતા વિસ્તારોની દરિયાઇ જીવસૃષ્ટીને વધુ નુકસાન પહોંચે છે. આવા સ્થળના ઉદાહરણોમાં પર્શિયન ખાડી, રાતો સમુદ્ર અને અટોલ્સ અને વિશ્વના કટિબંધીય ટાપુઓના કોરલ લગૂનનો સમાવેશ થાય છે. લવણ જળ દ્રાવકોની ઊંચી સાંદ્રતાને કારણે આસપાસના દરિયાઇ પાણી કરતા વધુ ઘટ્ટ હોય છે માટે જળાશયોમાં તેને છોડવાનો અર્થ છે તે જળાશયના કાંઠા પરનું નિવસનતંત્ર પર સૌથી વધુ જોખમ છે કારણકે લવણ જળ ડુબી જાય છે અને નિવસનતંત્રને નુકસાન થાય ત્યાં સુધી લાંબો સમય સુધી ત્યાં રહે છે. સંભાળપૂર્વક ફેર-રજૂઆત આ સમસ્યા ઘટાડી શકે છે. દાખલા તરીકે, સિડનીમાં 2007ના અંતથી બંધાનારા ડિસેલિનેશન પ્લાન્ટ અને મહાસાગર બહિર્દ્વાર માળખા માટે જળ સત્તાવાળાઓ જણાવે છે કે મહાસાગર બહિર્દ્વાર દરિયા કિનારા પર એવા સ્થળો પર રાખવામાં આવશે જે સાંદ્ર દરિયાઇ પાણીના વિખેરણને મહત્તમ બનાવશે જેથી સામાન્ય દરિયાઇ પાણીના 50 મીટર અને બહિર્દ્વાર પોઇન્ટ 75 મીટરની વચ્ચે તે પારખી નહીં શકાય તેવું હશે. સિડની સદનસીબે આવી લાક્ષણિક સમુદ્ર સ્થિતિ ધરાવે છે જે સાંદ્ર આડપેદાશોના આવા ઝડપી મંદનની છૂટ આપે છે અને આમ પર્યાવરણને નુકસાન ઘટાડે છે.

પર્થ, ઓસ્ટ્રેલિયામાં, 2007માં ક્વિનાના ડિસેલિનેશન પ્લાન્ટ ખોલવામાં આવ્યો હતો. દરિયામાંથી પાણી સેકન્ડ દીઠ 0.1 મીટરના દરે ખેંચવામાં આવે છે જે માછલીને છટકી શકે તેટલું ધીમું હોય છે. આ પ્લાન્ટ દૈનિક 140,000 m³ ચોખ્ખું પાણી પુરું પાડે છે. 

ટ્રિનીદાદ એન્ડ ટોબેગો
પર્યાવરણીય
બેકટોન ડિસેલિનેશન પ્લાન્ટ
ઇએલ (El) પાસો (ટેક્સાસ) ડિસેલિનેશન પ્લાન્ટ