યુદ્ધ પછી ફ્લેમિંગે સક્રિય રીતે એન્ટી-બેક્ટેરિયલ એજન્ટ્સ માટે સંશોધન કર્યું હતું. તેમણે ઘણા સૈનિકોને ચેપગ્રસ્ત ઘાવના કારણે સેપ્ટિસમિયાથી મરતા જોયા હતા. એન્ટીસેપ્ટિક્સથી આક્રમણકારી બેક્ટેરિયાને ખતમ કરી શકાતા હતા, તેના કરતા દર્દીની રોગપ્રતિકારક શક્તિને વધુ નુકસાન થતું હતું. પ્રથમ વિશ્વયુદ્ધ દરમિયાન મેડિકલ જર્નલ "ધ લાન્સેટ" માં પ્રસિદ્ધ થયેલા અહેવાલમાં ફ્લેમિંગે પોતાના પ્રયોગ વિશે જણાવ્યું હતું જે તેઓ પોતાની ગ્લાસ બ્લોઇંગની ક્ષમતાના આધારે કરી શક્યા હતા. જેમાં તેમણે જણાવ્યું હતું કે પ્રથમ વિશ્વયુદ્ધમાં એન્ટીસેપ્ટિક્સથી જેટલા જંતુઓનો નાશ થતો હતો તેના કરતા વધુ સૈનિકોના મોત નિપજતા હતા. એન્ટીસેપ્ટિક્સ સપાટી પર સારું કામ કરતા હતા, પરંતુ ઉંડા ઘાવ હોય ત્યારે એન્ટીસેપ્ટિક એજન્ટ સામે એનેરોબિક બેક્ટેરિયાને આશ્રય મળતો હતો. એન્ટીસેપ્ટિકથી ફાયદાકારક એજન્ટ્સ પણ નાશ પામતા હતા જે બેક્ટેરિયાને દૂર કરી શકે તેમ હતા. જે બેક્ટેરિયા સુધી તેની અસર પહોંચતી ન હતી તેને દૂર કરવા એન્ટીસેપ્ટિક્સ કશું કરતા ન હતા. સર એલ્મરોથ રાઇટએ ફ્લેમિંગની શોધની ભારપૂર્વક હિમાયત કરી હતી. પરંતુ આમ છતાં ઘણા આર્મી ફિઝિશિયનોએ પ્રથમ વિશ્વયુદ્ધ દરમિયાન ઘાયલ સૈનિકો માટે એન્ટીસેપ્ટિક્સનો ઉપયોગ કર્યો હતો, દર્દીઓની સ્થિતિ કથળી હોય તેવા કિસ્સામાં પણ તેમણે આમ કર્યું હતું. 

અંગત જીવન
પેનિસિલિન પૂર્વેનું કામ
મૃત્યુ
આકસ્મિક શોધ