બોલિવિયામાં ગૂવેરાની શોધખોળ દરમિયાન ક્યુબામાંથી દેશ નિકાલ કરેલા અને બાદમાં સીઆઇએના સ્પેશિયલ એક્ટિવિટીઝ ડિવિઝનના સભ્ય બનેલા ફેલિક્સ રોડ્રીજે બોલિવિયાના લશ્કરને માર્ગદર્શન પુરું પાડ્યું હતું. 7 ઑક્ટોબરના રોજ એક બાતમીદારે બોલિવિયાની સ્પેશિયલ ફોર્સને ગૂવેરાના ગેરિલા કેમ્પ યુરોના કોતરોમાં ક્યાં આવેલા છે તેની માહિતી આપી હતી. તેમણે તે સમગ્ર વિસ્તારને 1,800 સૈનિકો દ્વારા ઘેરી લીધો હતો અને અથડામણમાં ગૂવેરા ઘાયલ થયા હતા અને તેમને કેદી બનાવવામાં આવ્યા હતા આમ તેઓ સાઇમન ક્યુબા સરબિયાથી છૂટા પડ્યાં હતા. ચેના જીવનચરિત્રકાર જોન લી એન્ડરસનએ બોલિવિયન બર્નાર્ડિનો હંકાસ એકાઉન્ટમાં નોંધ્યું છે કે ઘુવેરા તેની બંદૂક બગડી જતા નકામી થઇ ગઇ હતી અને તે બેવાર ઘાયલ થયો હતો. ઘાયલ ગૂવેરાએ બૂમ પાડીને કહ્યું હતું કે ગોળી ના ચલાવો હું ગૂવેરા છું અને હું મૃત કરતા જીવિત તમારા માટે ઘણો કિંમતી છું.

7 ઑક્ટોબરની રાત્રે ગૂવેરાને બાંધીને નજીકના ગામ લા હિગુરામાં આવેલી એક ખંડેર શાળાના મકાનમાં લઇ જવાયો હતો. અહીં દોઢ દિવસ સુધી ગૂવેરાએ બોલિવિયાના અધિકારીઓને તપાસનો ઇનકાર કર્યો હતો અને બોલિવિયાના સૈનિકો સાથે શાંતિથી વાત કરી હતી. બોલિવિયાના એક સૈનિક અને હેલિકોપ્ટર પાયલટ જૈમી નિનો ડી ગુઝમેને ગૂવેરાને એક ભયાનક દેખાતા માણસ તરીકે ગણાવ્યો હતો. ડી ગુઝમેનના જણાવ્યા મુજબ ગૂવેરાને જમણા પગની પીંડીમાં ગોળી વાઘી હતી, તેના વાળ ધૂળથી ભરાયેલા હતા તેના કપડા ફાટીને ચિથરા જેવા થઇ ગયા હતા અને તેના પગ મજબૂત ચામડાના આવરણથી ઢાંકેલા હતા ડી ગુઝમેન જણાવે છે કે ગૂવેરા થાકીને ભાંગી પડ્યો હતો તેમ છતાં તેણે તેનું માથું ગર્વથી ઊંચું રાખ્યું હતું અને દરેકની સાથે આંખોમાં આંખ મિલાવીને વાત કરતો હતો. તે સમયે તેણે એકમાત્ર ધૂમ્રપાન કરવા માટે કઇંક વસ્તુની માંગ કરી હતી. ડી ગુઝમેન જણાવે છે કે તેને તેના પર દયા આવી હતી અને ગૂવેરાને તેની પાઇપ માટે તમાકુની એક નાની કોથળી આપી હતી. ગુવેરાના મોઢા પર ત્યારે સ્મિત જોવા મળ્યું હતું અને તેણે તેનો આભાર માન્યો હતો. 8 ઑક્ટોબરના રોજ બોલિવિયાના અધિકારી એસ્પિનોસાએ ગૂવેરાના મોઢામાંથી પાઇપ ખેંચવાનો પ્રયાસ કર્યો હતો, ગુવેરાના હાથ બંધાયેલા હતા તેમ છતાં તેણે તે અધિકારીને લાત મારીને દિવાલ પર ફેંકી દીધો હતો. અન્ય એક બળવાખોર ઘટનામાં, ગૂવેરાએ તેના દેહાંતની થોડી જ વાર પહેલા બોલિવિયાના રીયર એડમિરલ યુગાર્ટેકના મોંઢા પર થુંક્યું હતું.

ત્યાર બાદ 9 ઑક્ટોબરની સવારે ગૂવેરાએ ગામની શિક્ષિકા 22 વર્ષીય જુલિયા કોર્ટેઝને મળવાની ઇચ્છા વ્યકત કરી હતી. કોર્ટેઝે બાદમાં જણાવ્યું હતું કે તેને ગૂવેરા સૌમ્ય અને સખત દેખાવ ધરાવતો અને તેની વાત માની શકાય તેવો માણસ જણાયો હતો. ગૂવેરા સાથેની ટૂંકી વાતચીત દરમિયાન તે તેની સાથે આંખ મિલાવીને વાત કરી શકી ન હતી કારણકે તેની દ્રષ્ટિ અત્યંત અસહ્ય, ભેદક અને શાંત હતી. કોર્ટેઝ સાથેની ટૂંકી વાતચીત દરમિયાન ગૂવેરાએ શાળાની ખંડેર સ્થિતિ સામે ફરિયાદ કરી હતી અને જણાવ્યું હતું કે સરકારી અધિકારીઓ મર્સિડિસ કારમાં ફરે છે ત્યારે વિદ્યાર્થીઓને આવી ખંડેર શાળામાં શિક્ષણ આપવું શિક્ષણશાસ્ત્રના વિષય વિરુદ્ધનું છે. ગૂવેરાએ જણાવ્યું હતું કે અમે આની જ સામે લડત આપી રહ્યાં છીએ.

9 ઑક્ટોબરની સવાર બાદ, બોલિવિયાના રાષ્ટ્રપ્રમુખ રેન બેરિએન્ટોસએ ગૂવેરાની હત્યા કરવાનો આદેશ આપ્યો. બોલિવિયન લશ્કરના દારૂ પિધેલા સાર્જન્ટ મેરિયો ટેરાનએ ગૂવેરાની હત્યા કરી હતી. તેણે વિનંતી કરી હતી કે મેરિયો નામ ધરાવતા બી કંપનીના તેના ત્રણ મિત્રો ગુવેરાના ગેરિલાઓ સામે લડતાં મૃત્યુ પામ્યા હતા માટે તે ગૂવેરાને ગોળી મારશે. ગોળીના ઘા સરકાર દ્વારા લોકો સમક્ષ રજૂ કરાનાર કહાણીને સુસંગત લાગે તે માટે ફેલિક્સ રોડ્રિઝે ટેરાનને એવી રીતે નિશાન તાકવા જણાવ્યું કે ગૂવેરા બોલિવિયા લશ્કર સાથેની અથડામણમાં માર્યો ગયો હોય તેમ દેખાય. 

ગૂવેરાના દેહાંત દંડ પહેલા તેને પુછવામાં આવ્યું હતું કે શું તેને લાગે છે કે તે અમર થઇ જશે. તેણે જવાબ આપ્યો હતો ના, હું ક્રાંતિના અમરત્વ વિશે વિચારી રહ્યો છું. ચે ગૂવેરાએ બાદમાં તેની હત્યા કરનારને કહ્યુ હતું કે મને ખબર છે કે તું મારી હત્યા કરવા આવ્યો છે. કાયર, ગોળી ચલાવ. તું એક માત્ર માણસની જ હત્યા કરી રહ્યો છે. તે સમયે હચમચી ગયેલા ટેરાને તેની સેમિઓટોમેટિક રાઇફલમાંથી ગોળીઓ ચલાવી હતી જે ગૂવેરાના કાંડા અને પગમાં વાગી હતી. ગૂવેરા જમીન પર ફસડાઇ પડ્યો હતો. તે તેનું દર્દ ચિચીયારી સ્વરૂપે બહાર ના આવે તે માટે પોતાના જ કાંડા પર બચકું ભરી રહ્યો હતો. બાદમાં ટેરાને તેના પર ફરી ગોળીઓ ચલાવી હતી, બપોરે 1.10 કલાકે તેની છાતીમાં ગોળી ચલાવી તેને ઘાતક રીતે ઘાયલ કર્યો હતો, એમ રોડ્રિગેઝએ જણાવ્યું હતું. ગૂવેરા પર નવ વખત ગોળી ચલાવવામાં આવી હતી. જેમાં પાંચ વખત તેના પગમાં, એક-એક વખત જમણા ખભા અને કાંડામાં, એક વખત છાતીમાં અને છેલ્લે તેના ગળા પર ગોળી ચલાવવામાં આવી હતી. 

પૂર્વજીવન
ગ્વાટેમાલા, આર્બેન્ઝ અને યુનાઇટેડ ફ્રૂટ
બોલિવિયા
ગિરફ્તારી અને દેહાંત