ગંદાપાણીની પદ્ધતિમાં જંતુરહિત કરવાનો ઉદ્દેશ પર્યાવરણમાં ફરીથી મુક્ત કરવામાં આવતા પાણીમાં સૂક્ષ્મજીવોની સંખ્યાને મોટા પાયે ઓછી કરવાનો છે. અસરકારક રીતે જંતુરહિત કરવાની પદ્ધતિમાં પાણીની ગુણવત્તા (જેમ કે – ડહોળું, પીએચ (pH), વગેરે), ઉપયોગ કરતા જંતુરહિતનો પ્રકાર, જંતુરહિતની માત્રા (એકાગ્રતા અને સમય), અને અન્ય વાતાવરણની વિવિધતા પર નિર્ભર કરે છે. ડહોળા પાણીને સાફ કરવાની પદ્ધતિને ઓછી સફળતા મળી છે, કારણકે નક્કર પદાર્થ જીવોને ઢાંકી દે છે, ને ખાસ કરીને અલ્ટ્રાવાયોલેટ પ્રકાશ, કે પછી ઓછી સંપર્ક અવધિના લીધે આમ થાય છે. સામાન્ય રીતે, ઓછી સંપર્ક અવધિ, ઓછી માત્રા અને ઉચ્ચ પ્રવાહની પ્રતિકૂળતા પ્રભાવી જંતુરહિત પ્રક્રિયાને રોકે છે. જંતુરહિતની સામાન્ય પદ્ધતિઓમાં ઓઝોન ક્લોરીન, અલ્ટ્રાવાયોલેટ પ્રકાશ, કે સોડિયમ હાઇપોક્લોરાઇટનો સમાવેશ થાય છે. પીવાના પાણીમાં ઉપયોગમાં લેવાતા ક્લોરમીનનો ઉપયોગ ગંદાપાણીની પદ્ધતિમાં નથી કરાતો.
ક્લોરીનીકરણની આ પ્રક્રિયાનો ઉપયોગ ઉત્તર અમેરિકામાં સામાન્ય પણે કરવામાં આવે છે, જેની પાછળ તેની ઓછી કિંમત કે પ્રભાવી દીર્ધકાલીન ઇતિહાસ કારણભૂત છે. જોકે તેનું એક નુક્શાન તે પણ છે કે બાકી રહેલા કાર્બનિક પદાર્થ કે ક્લોરીનીકરણથી ક્લોરીન યુક્ત કાર્બનને સંયુક્ત રીતે ઉત્પન્ન થઇ શકે છે, જે કાર્સિનજેનિક કે પર્યાવરણને હાનિકારક થઇ શકે. બાકી રહેલા ક્લોરીન કે ક્લોરમીન પ્રાકૃતિક જલીય વાતાવરણમાં કાર્બનિક પદાર્થોનું કલોરીનકરણ કરવા માટે સક્ષમ હોઇ શકે છે. વધુમાં, બાકી રહેલો ક્લોરીન, પાણીમાં રહેતી પ્રજાતિઓ માટે ઝેરી બની શકે છે, એટલા માટે પ્રક્રિયા કરેલા પાણીના પ્રવાહને રાસાયણિક દ્રષ્ટ્રિથી ક્લોરીનવિહીન કરવું જરૂરી બને છે, જે પ્રક્રિયાની જટિલ અને વધુ કિંમતવાળી છે. 
ક્લોરીન, આયોડીન, કે અન્ય રસાયણોની જગ્યાએ અલ્ટ્રાવાયોલેટ (યૂવી (UV)) પ્રકાશનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. રસાયણોનો ઉપયોગ ન થવાને કારણે પ્રક્રિયા કરેલ પાણીને પાછળથી ઉપયોગ કરવાથી જીવો પર તેની કોઇ વિપરીત અસર નથી થતી, જો કે અન્ય રીતોમાં અન્ય પ્રશ્નો સામે આવી શકે છે. યૂવી (UV) વિકિરણના કારણે જનનિક, વિષાણુ અને અન્ય રોગજન્ય જીવાણુઓની આનુવંશિક સંરચના ક્ષતિગ્રસ્ત થાય છે, જેમાં તેમની પ્રજનન શક્તિ સમાપ્ત થઇ જાય છે. યુવી (UV) દ્વારા જંતુરહીત કરવાનું મુખ્ય નુક્શાન તે છે કે વારંવાર લેમ્પની સારસંભાળ અને બદલી કરવી પડે છે અને તે સુનિશ્ચિત કરવા માટે ઉચ્ચ રીતે પ્રક્રિયા કરેલ પ્રવાહીની જરૂર પડે છે જેથી તે વાતની ખાતરી થઇ શકે કે યુવી (UV) વિકરણથી સૂક્ષ્મજીવો ઢંકાઇ તો નથી જતાને(ઉદાહરણ માટે, પ્રક્રિયા કરેલા પ્રવાહમાં કોઇ પણ ઘનોની હાજરીથી અનેક સૂક્ષ્મજીવે યુવી (UV)પ્રકાશથી બચી જાય છે). બ્રિટનમાં ગંદાપાણીમાં ક્લોરીનીકરણ કરવાથી બાકી રહેલા કાર્બનિક પર ક્લોરીનની અસરથી ચિંતા અને ક્લોરીનીકરણ કાર્બનિકોની પ્રાપ્ત પાણીમાં થતી અસરને ગંભીરતાથી લઇને જંતુરહિત કરવા માટે યુવી (UV) લાઇટોનો વધુ ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. કેનેડા અને યુએસ (US)ની કેટલીક ગટર વ્યવસ્થા પણ વહી જતા પાણીને જંતુરહિત કરવા માટે યુવી (UV) પ્રકાશનો ઉપયોગ કરે છે. 
એક ઊંચા વોલ્ટેઝ શક્યતા દ્વારા ઓક્સિજન ()ના પસાર થવાથી ઓઝોન ()નું નિર્માણ થાય છે જેનો પરિણામે ત્રીજા ઓક્સિજનનો પરમાણુ જોડાઇને સ્વરૂપ લે છે. ઓઝોન બહુજ અસ્થિર અને પ્રતિક્રિયાશીલ હોય છે અને તેના સંપર્કમાં આવનાર અધિકાંશ કાર્બનિક પદાર્થોનું તે ઓક્સીકરણ કરે છે, જેમાં અનેક રોગજનક સૂ્ક્ષ્મજીવ નષ્ટ થાય છે. ઓઝોનની અવશ્યકતા મુજબ સાઇટ પર જ ઉત્પન્ન કરવામાં આવે છે. ક્લોરીનીકરણની તુલનામાં ઓજોનીકરણ વધુ સલામત છે(જોકે અકસ્માતમાં બહાર પડી જતા અતિશય ઝેરી ઘટના બની શકે છે). ઓઝોન પણ ક્લોરીનેશન કરતા ઓછા જંતુનાશક ઉપપેદાશોનું ઉત્પાદન કરે છે. ઓઝોન જંતુરહિત પ્રક્રિયાનું એક નુકશાન તે છે કે ઓઝોન ઉત્પન્ન કરવાવાળા ઉપકરણની કિંમત વધારે હોય છે અને તેને વિશેષ પરિચાલકોની જરૂર પડે છે.

સક્રિય કાદવ
કાદવ પર પ્રક્રિયા અને તેનો નિકાલ
ભસ્મીકરણ
જંતુરહિત