મોરોક્કોના સાદી શાસક અહમદ પહેલા અલ-મન્સુરે મોકલેલા લશ્કરે 17 ઓગસ્ટ, 1591ના રોજ આ શહેર પર કબજો જમાવ્યો. સોનાની ખાણો શોધવા માટે પાશા મહમુદ બી. ઝારકુનની આગેવાનીમાં કરવામાં આવેલા આ કબજાએ શહેરની સાપેક્ષ સ્વાયત્તતાના યુગનો અંત આણ્યો. આ ઘટનાથી ટિમ્બક્ટુ બૌદ્ધિક અને વિશાળ પ્રમાણમાં આર્થિક પતનમાં પ્રવેશી ચૂક્યું હતું. 1593માં સાદીએ 'બિનવફાદારી'નું કારણ આપી અહમદ બાબા સહિત કેટલાય ટિમ્બક્ટુના વિદ્વાનોની ધરપકડ કરી, અને બાદમાં આ વિદ્વાનોને મારી નખાયાં અથવા તો તેમને દેશનિકાલ કરી દેવામાં આવ્યાં. 
મોરોક્કન ગવર્નરના બૌદ્ધિક વિરોધના કારણે શહેરના કદાચ સૌથી મહાન વિદ્વાન એવા બાબાને મારાકેશ ભાગી જવા માટે મજબૂર કરવામાં આવ્યા, જોકે ત્યાં પણ તેમણે વિદ્વાન વિશ્વનું સતત ધ્યાન ખેંચવાનું કાર્ય કર્યું. અહમદ બાબા બાદમાં ટિમ્બક્ટુ પરત ફર્યા, જ્યાં 1608માં તેઓ મૃત્યુ પામ્યાં. આ દરમિયાન ટિમ્બક્ટુનું અસામાન્ય પતન તો ચાલુ રહ્યું હતું. તેમાં પણ એટલાન્ટિક પરના વેપારીમાર્ગો વધવાને લીધે (ટિમ્બક્ટુના નેતાઓ અને વિદ્વાનોની સાથેસાથે આફ્રિકાના ગુલામોની હેરફેર) ટિમ્બક્ટુની ભૂમિકા સાવ હાંસિયામાં ધકેલાઇ ગઇ. મોરોક્ટો-ટિમ્બક્ટુ વેપારીમાર્ગો પર કબજો મેળવીને શરૂઆત કરનાર મોરોક્કનો 1780 સુધીમાં તો આ શહેર પરનો તેમનો કાબૂ ગુમાવવા લાગ્યા. 19મી સદીની શરૂઆતમાં આ સામ્રાજ્ય વિવિધ આક્રમણોથી શહેરને બચાવવામાં અને તેના પગલે તુઆરેગ (1800), ફુલા (1813) અને તુકુલાર (1840)ના ટૂંકાગાળાનાં શાસનોને પણ ખાળવામાં નિષ્ફળ નીવડ્યું. ફ્રેન્ચો આવ્યા ત્યાં સુધી તુકુલાર શાસનમાં રહેશે કે નહીં 
અથવા તો તુઆરેગ ફરીથી સત્તાના સૂત્રો સંભાળશે તે બાબતે શંકા-કુશંકાઓ પ્રવર્તી રહી હતી. 

વ્યુત્પત્તિશાસ્ત્ર
લોકપ્રિય સંસ્કૃતિમાં
મોરોક્કન કબજો
દ્વિતીય વિશ્વ યુદ્ધ