કેટલાક પ્રસંગો અંગે સીઆઇએ (CIA) વિવાદનો વિષય બની ગઇ હોય કારણ કે તેના કર્મચારીઓ તેમના લક્ષ્યોને બહાર પાડવા માટે કેટલીક યુક્તિઓ અજમાઇ હોય ત્યારે આવું બનતું હોય છે. કેટલીક વખતે યાતના આપવી, નિધિયન અને તેવા [[સમૂહો કે સંસ્થાઓને તાલીમ આપવી]] કે જે પાછળથી નાગરિકો અને અન્ય લડી ન શકનાર લોકોને મારવાના કામમાં ભાગ લેતા હોય તથા લોકશાહી રીતે-ચૂંટેલી સરકારોને ઉથલાવા પ્રયત્ન કરવો કે તેના સફળતા મેળવવી, માનવ સંશોધન માટે પ્રયોગિક અખતરા કરવા, અને નિશાનો બનાવીને મારી નાખવું અને દગો દઇને ખૂન કરવાનું એવું બધું આવી યુક્તિઓમાં સમાવિષ્ટ હોય છે.

માનવ અધિકારમાં સીઆઇએ (CIA)ની ભૂમિકાને સમજીએ તો, તેમાં નૈતિક સિદ્ધાન્તોમાં પડકારરૂપ મુશ્કેલીઓ જોવા મળે છે. જોન સ્કોટવેલ, એક સીઆઇએ (CIA) અધિકારી જે એજન્સી છોડી દઇને સાર્વજનિક ટીકાકાર બની ગયો, જેનું સીઆઇએ (CIA) ક્ષેત્ર કર્મચારીઓ અંગે એવું કહેવું હતું કે: "આ લોકોને મૃત્યુની ટૂકડીઓ શેરીઓ પર નથી મળતી જ્યાં તેઓને લોકોના ખરેખરમાં ટૂકડા કરી કે તેમને શેરી પર સુવડાવીને અને તેમના માથા પર ખટારો દોડવામાં આવે હોય. સાન સ્લવાડોરમાં સીઆઇએ (CIA)ના લોકો મુખ્ય પોલીસને મળ્યા, અને મૃત્યુની ટૂકડીને જે ચલાવે છે તે લોકોને પણ, અને તેઓએ તેમની વચ્ચે સહકાર પણ સ્થાપ્યો, તેઓ તેમને વિહારધામોના પાણીના તળાવની પાસે મળ્યા હતા. અને તે એક વ્યવહારદક્ષ, સુસંસ્કૃત પ્રકારનો સંબંધ હતો. અને તેઓ તેમના બાળકો વિષે વાત કરતા હતા, જે યુસીએલએ કે હાર્વર્ડ અને અન્ય શાળાઓમાં ભણતા હતા, અને તેઓ કમકમાટી ઉપજાવે તેવા ભય ઉત્પન્ન થયો છે તે વિષે કોઇ પણ ચર્ચા નહતા કરતા તેઓ તેવી રીતે વર્તતા હતા કે જાણે તેવું વાતમાં કંઇ સત્ય નથી".

ગુપ્ત માહિતીને એકત્રિત કરવાના મૂળભૂળ લક્ષ્યમાં સીઆઇએ (CIA)ની બિનઅસરકારકતા માટે તેની ટીકા કરવામાં આવી છે. આ ટીકાઓની ભિન્નતામાં દુરાચારના ઓરોપોને પણ છે મૂળ લક્ષ્ય અંગે ઓછું ધ્યાન આપવાના લક્ષણ તરીકે જોઇએ તો વિવાદાસ્પદ પ્રવૃતિઓ, જેવી કે દગો દઇને ખૂન કરવું અને માનવ અધિકારોનું ભંગ કરવો, આવા લશ્કરી હિલચાલોને ચલાવવાથી ગુપ્ત માહિતીને એકત્રિકરણમાં ભાગ્યેજ કોઇ નિસબત હોય. સીઆઇએ (CIA) પાસે જવાબદારીઓવાળા 90%થી વધુના તેના કર્મચારીઓનું રહેવાનું અને કામ કરવાના સ્થળ સંયુક્ત રાજ્યોની અંદરના જ હોય છે, કારણ કે વિદેશી દેશોમાં તેમના આમ કરતા, તેઓના ખાસ કરારના ભંગ થાય છે. સીઆઇએ (CIA) પર તેવો પણ આરોપ છે કે તેની પાસે ઓછું નાણાં ભંડોળ અને વીસલબ્લોવર નિયંત્રણો છે જે તેને બિનજરૂરી અને છેતરપીંડી તરફ દોરી જાય છે.

ઇન્ટેલિજન્સના વિશ્લેષણમાં નિષ્ફળતાઓ
વાંધાજનક/વિવિદાસ્પદ યુક્તિઓ
ડ્રગનો વેપાર
ટેકો આપવો અને સામાન્ય એકમો