1690ના દાયકામાં ન્યૂટને અનેક ધાર્મિક સંશોધન લખ્યા, જે બાઇબલની શાબ્દિક વ્યાખ્યાથી સંબંધિત હતા. હેનરી મોરના બ્રહ્માંડમાં વિશ્વાસ અને કાર્ટેસિયન દ્વૈતવાદ માટેના અસ્વીકારે કદાચ ન્યૂટનના ધાર્મિક વિચારોને પ્રભાવિત કર્યા. તેમણે એક પાંડુલિપી જૉન લોકેને પણ મોકલી જેમાં તેમણે ટ્રિનિટીના અસ્તિત્વને વિવાદિત માની હતી, જેને ક્યારેય પ્રકાશિત ન કરવામાં આવી. પાછળના કાર્યો[57]- "ધ ક્રોનોલોજી ઓફ એન્સિયન્ટ કિંગડમ્સ એમેન્ડેડ " (1728) અને "ઓબ્સર્વેશન્સ અપોન ધ પ્રોફિસીઝ ઓફ ડેનિયલ એન્ડ ધ એપોકેલિપ્સ ઓફ સેન્ટ જોન" (1733)[58]નું પ્રકાશન તેમના અવસાન પછી થયું. તેમણે રસાયણ વિજ્ઞાન માટે પણ પોતાનો ઘણો બધો સમય આપ્યો (ઉપર જુઓ). 

ન્યૂટને 1689થી 1690 સુધી અને 1701માં ઇંગ્લેન્ડની સંસદના સભ્ય પણ બન્યા, પણ અમુક વિવરણો અનુસાર તેમની ટીપ્પણીઓ હંમેશા ચેમ્બરમાં એક ઠંડા દુકાળને લઈને જ હોતી અને તે બારીને બંધ રાખવાની વિનંતી કરતાં હતા. 

1696માં ન્યૂટન રોયલ મિન્ટનું પ્રમુખ પદ સંભાળવા લંડન ચાલ્યા ગયા. આ પદ તેમને તત્કાલિન રાજકોષના કુલાધિપતિ હેલિફેક્ટ પ્રથમ અર્લ, ચાર્લ્સ મોંતાગુના સંરક્ષણના માધ્યમથી પ્રાપ્ત થઈ. તેમણે ઇંગ્લેન્ડના મુખ્ય મુદ્રા ઢાળનારનું કાર્ય સંભાળી લીધું અને કોઈ રીતે માસ્ટર લુકાસના ઇશારે નાચવા લાગ્યા (અને એડમન્ડ હેલી માટે અસ્થાયી ટંકશાળ શાખાના નાયબ નિયંત્રકનું પદ પ્રાપ્ત કર્યું). 1699માં લુકાસનું મૃત્યુ થયું અને તે પછી ન્યૂટન કદાચ ટંકશાળાના સૌથી પ્રસિદ્ધ માસ્ટર બન્યા. આ પદ પર ન્યૂટન તેમના મૃત્યુ સુધી રહ્યાં. આ નિમણૂંકો જવાબદારી વિનાના પદ સ્વરૂપે લેવામાં આવી હતી, પણ ન્યૂટને તેને ગંભીરતાથી લીધી. 1701માં પોતાના કેમ્બ્રિજના કર્તવ્યોમાંથી નિવૃત્ત થઈ ગયા અને મુદ્રામાં સુધાર લાવવાનો પ્રયાસ કર્યો અને ક્લીપર્સ અને નકલી મુદ્રાઓ બનાવનારાને પોતાની શક્તિનો ઉપયોગ કરવા સજા આપી. 1711માં ટંકશાળના માસ્ટર સ્વરૂપે "લો ઓફ ક્વીન એની"માં ન્યૂટને અજાણતા સોનાના પક્ષમાં ચાંદીના પૈસા અને સોનાના સિક્કા વચ્ચે દ્વિધાત્વિક સંબંધ સ્થાપિત કરી પૌંડ સ્ટર્લિંગને ચાંદીના માનકમાંથી સોનાના માનકમાં બદલી દીધો. આ કારણે ચાંદી સ્ટર્લિંગ સિક્કાને પીગાળી બ્રિટનની બહાર મોકલી દેવાયા. ન્યૂટનને 1703માં રોયલ સોસાયટીના અધ્યક્ષ અને ફ્રેંચ એકેડેમિ ડેસ સાયન્સિસના એક સહયોગી બનાવવામાં આવ્યા. રોયલ સોસાયટીમાં પોતાના પદ પર રહેતા ન્યૂટનને એસ્ટ્રોનોમર રોયલ જૉન ફ્લેમસ્ટીડને દુશ્મને બનાવી લીધો. તેમણે ફ્લેમસ્ટીડની હિસ્ટોરિકા કોલેસ્ટિસ બ્રિટાનિકાને સમય પહેલાં જ પ્રકાશિત કરાવી દીધી, જેને ન્યૂટનને પોતાના અભ્યાસના કામમાં લઈ લીધી. 

એપ્રિલ 1705માં ક્વીન એનીએ ન્યૂટનને ટ્રિનિટી કોલેજ, કેમ્બ્રિજમાં એક શાહી યાત્રા દરમિયાન નાઇટની ઉપાધિ આપી. આ ઉપાધિ તેમને ટંકશાળના માસ્ટર સ્વરૂપે સેવાઓના બદલામાં આપવામાં આવી નહોતી અને ન તેમના વૈજ્ઞાનિક કાર્ય માટે, પણ તેમને આ ઉપાધિ મે, 1705માં સંસદીય ચૂંટણી દરમિયાન તેમના રાજકીય યોગદાન માટે એનાયત કરવામાં આવી હતી. નાઇટની ઉપાધી મેળવનાર ન્યૂટન પ્રથમ વૈજ્ઞાનિક હતા. 

જીવનની સંધ્યા સમયે તેમણે તેમની ભત્રીજી અને તેના પતિ સાથે વિન્ચેસ્ટર નજીક ક્રેનબરી પાર્કને નિવાસસ્થાન બનાવ્યું. તેમનું મૃત્યુ 31 માર્ચ, 1727માં થયું અને તેમને વેસ્ટમિંસ્ટર એબ્બેમાં દફનાવવામાં આવ્યા. તેમની સાવકી ભત્રીજી કેથરીન બાર્ટન કોનડુઇટએ લંડનમાં જર્મીન સ્ટ્રીટમાં તેમના ઘરે સામાજિક બાબતોમાં તેમની પરિચારિકાનું કામ કર્યું. તે તેમને "બહુ પ્રેમાળ અંકલ" કહેતી હતી આવો ઉલ્લેખ તેમના તે પત્રમાં કરવામાં આવ્યો જે ન્યૂટન દ્વારા તેને ત્યારે લખવામાં આવ્યો જ્યારે તે શીતળાની બીમારીમાંથી બહાર આવી રહી હતી. ન્યૂટન અપરણિત હતા. તેમના અંતિમ વર્ષોમાં તેમની મોટા ભાગની સંપત્તિ સગાસંબંધીઓને આપી દીધી હતી અને અને વસિયત કર્યા વિના જ તેમનું મૃત્યુ થઈ ગયું. 

તેમના મૃત્યુ પછી ન્યૂટનના શરીરમાં મોટા પ્રમાણમાં પારો મળ્યો હતો, જે કદાચ તેમના રાસાયણિક કાર્યનું પરિણામ હતું. પારાનું ઝેર ન્યૂટનના અંતિમ જીવનમાં વિક્ષિપ્ત માનસિકતાને સ્પષ્ટ કરી શકે છે.

ધાર્મિક વિચાર પર પ્રભાવ
પાછળનું જીવન
વચ્ચેના વર્ષો
સ્મારકો