આઇપોડ ટચ સિવાયના તમામ આઇપોડ ડિસ્ક મોડ પર માસ સ્ટોરેજ ડિવાઇસ તરીકે ડેટા ફાઇલ સ્ટોર કરવા માટે કામ કરે છે. જો કોઇ આઇપોડને મેક ઓએસ એક્સ કોમ્પ્યુટર પર ફોર્મેટ કરવામાં આવ્યું હોય તો તે HFS+ ફાઇલ સિસ્ટમ ફોર્મેટનો ઉપયોગ કરે છે. જે મેક કોમ્પ્યુટર માટે બુટ ડિસ્ક તરીકે કામ કરવા દે છે. જો તે વિન્ડોઝ પર ફોર્મેટ કરવામાં આવ્યું હોય તો FAT32 ફોર્મેટનો ઉપયોગ થાય છે. વિન્ડોઝ સુસંગત આઇપોડના આગમન સાથે આઇપોડ લાઇન પર વપરાતી ડિફોલ્ટ ફાઇલ સિસ્ટમ HFS+થી FAT32 થઇ ગઇ. જોકે તેને કોઇ પણ સિસ્ટમમાં રિફોર્મેટ કરી શકાય છે. (આઇફોડ શફલ સિવાય જે સંપૂર્ણપણે FAT32 છે.) સામાન્ય રીતે જો નવું આઇપોડ (આઇપોડ શફલ સિવાય) વિન્ડોઝ પર ચાલતા કોમ્પ્યુટર સાથે જોડવામાં આવે તો તે FAT32 સાથે ફોર્મેટ થશે અને શરૂઆતમાં જો મેક ઓએસ એક્સ પર ચાલતા મેક સાથે જોડવામાં આવે તો તે HFS+ સાથે ફોર્મેટ થશે.

અન્ય ઘણા MP3 પ્લેયર્સથી વિપરીત સામાન્ય ફાઇલ મેનેજમેન્ટ એપ્લિકેશનથી ડ્રાઇવ પર ઓડિયો કે વિડીયો ફાઇલ કોપી કરવાથી આઇપોડ તેને યોગ્ય રીતે એક્સેસ નહીં કરી શકે. યુઝરે ખાસ સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ કરવો પડશે જે મિડીયા ફાઇલને આઇપોડ પર ટ્રાન્સફર કરવા માટે બનાવાયેલા છે જેથી તે ફાઇલ પ્લે કરી શકાય અને જોઇ શકાય. સામાન્ય રીતે આઇપોડ પર મિડીયા ટ્રાન્સફર કરવા માટે આઇટ્યુન્સનો ઉપયોગ થાય છે. જોકે કેટલાક વૈકલ્પિક થર્ડ પાર્ટી એપ્લિકેશન્સ પણ વિવિધ પ્લેટફોર્મ પર હાજર છે.

આઇટ્યુન્સ 7 અને તેનાથી ઉપરની આવૃતિ આઇટ્યુન્સ સ્ટોર પરથી ખરીદાયેલા મિડીયાને આઇપોડ પરથી કોમ્પ્યુટર પર ટ્રાન્સફર કરી શકે છે. જોકે, તેમાં ડીઆરએમ સંરક્ષિત કમ્પ્યુટર તેને પ્લે કરવા માટે અધિકૃત હોવું જોઇએ. આઇપોડ પર મિડીયા ફાઇલ્સને છુપા ફોલ્ડરમાં રાખવામાં આવે છે જેની સાથે પ્રોપરાઇટરી ડેટાબેઝ ફાઇલ હોય છે. છુપી ફાઇલને ખુલ્લી કરીને હોસ્ટ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ દ્વારા છુપી સામગ્રીને એક્સેસ કરી શકાય છે. ત્યાર બાદ ફાઇલ અથવા ફોલ્ડરને આઇપોડ પરથી કોપી કરીને મિડીયા ફાઇલ્સને મેન્યુઅલી રિકવર કરી શકાય છે. ઘણા થર્ડ પાર્ટી એપ્લિકેશન્સ પણ આઇપોડ પરથી મિડીયા ફાઇલને સરળતાથી કોપી કરવાની છૂટ આપે છે. 

ફાઇલ સ્ટોરેજ અને ટ્રાન્સફર
પેટન્ટના વિવાદ
વેચાણ
સોફ્ટવેર