આ બાદ ૧૫૬૮ માં ઑડિશા મુસ્લિમ નિયંત્રણમાં આવી ગયું. ત્યારે પણ હિંદુ મંદિરોને તોડવાના નિરંતર પ્રયાસ થતાં રહ્યાં. આ સમયે પુરી ના જગન્નાથ મંદિર ના પંડોં એ ભગવાન જગન્નાથજીની મૂર્તિને શ્રીમંદિરથી હટાવી કોઈ ગુપ્ત સ્થાન પર છુપાડી દીધા. આ પ્રકારે, કોણાર્કના સૂર્ય મંદિર ના પંડોં એ પ્રધાન દેવતાની મૂર્તિ ને હટાવી, વર્ષોં સુધી રેતીમાં દબાવી છુપાવી રાખી. પાછળથી, આ મૂર્તિ પુરી મોકલાવી દેવાઈ, અને ત્યાં જગન્નાથ મંદિરના પ્રાંગણમાં સ્થિત, ઇંદ્ર ના મંદિરમાં રખાવી દેવાઈ. અન્ય લોકો અનુસાર, અહીંની પૂજા મૂર્તિઓ હજી પણ શોધવાની બાકી છે. પણ ઘણાં લોકોનું કહેવું છે, કે સૂર્ય દેવની મૂર્તિ, જે નવી દિલ્હીના રાષ્ટ્રીય સંગ્રહાલય માં રાખી છે, તે જ કોણાર્કની પ્રધાન પૂજ્ય મૂર્તિ છે.

તો પણ કોણાર્કમાં, સૂર્ય વંદના મંદિરથી મૂર્તિના હટવા બાદ બંધ થઈ ગઈ. આ કારણે કોણાર્કમાં તીર્થયાત્રિઓની આવન જાવન બંધ થઈ ગઈ. કોણાર્ક બંદર પણ ડાકુઓ ના હુમલા ને કારણે, બંદ થઈ ગયું. કોણાર્ક સૂર્ય વંદના ની સમાન જ વાણિજ્યિક ગતિવિધિઓ હેતુ પણ એક કીર્તિવાન નગર હતું, પરંતુ આ ગતિવિધિઓ નું બંધ થઈ જવાને ના કારણે, આ એકદમ નિર્વાસિત થઈ ગયું, અને વર્ષોં સુધી એક ગહન જંગલથી ઢંકાઈ ગયું.

સન ૧૬૨૬ માં, ખુર્દા ના રાજા, નૃસિંહ દેવ, સુપુત્ર શ્રી પુરુષોત્તમ દેવ, સૂર્યદેવની મૂર્તિને બે અન્ય સૂર્ય અને ચન્દ્રની મૂર્તિઓ સહિત પુરી લઈ ગયાં. હવે તે પુરીના મંદિરના પ્રાંગણમાં છે. પુરીના મદલ પંજીના ઇતિહાસથી જ્ઞાત થાય છે, કે સન ૧૦૨૮ માં, રાજા નૄસિંહદેવ એ કોણાર્કના બધાં મંદિરોના માપ-જોખ નો આદેશ આપ્યો હતો. માપન ના સમય સુધી, સૂર્ય મંદિર પોતાની અમલક શિલા સુધી અસ્તિત્વ માં હતું, એટલેકે લગભગ ૨૦૦ ફીટ ઊંચા. કાલાપહાડે કેવળ તેનો કલશ, પણ પદ્મ-ધ્વજા, કમલ-કિરીટ અને ઊપરી ભાગ પણ ધ્વંસ કર્યાં હતાં. પહેલાં બતાવ્યા અનુસાર, મુખશાળા સામે, એક મોટો પ્રસ્તર ખંડ – નવગ્રહ પાટ, હોતી હતી. ખુર્દાના તત્કાલીન રાજા એ તે ખંડ હટાવી દીધો, સાથે જ કોણાર્કથી ઘણાં શિલ્પ કૃત પાષાણ પણ લઈ ગયા. અને પુરીના મંદિરના નિર્માણમાં તેમનો પ્રયોગ કર્યો હતો. મરાઠા કાળમાં, પુરીના મંદિરની ચહારદીવારીના નિર્માણમાં કોણાર્કના પત્થરનો પ્રયોગ કર્યો હતો. એમ પણ બતાવાય છે, કે નટ મંદિરના બધાં ભાગ, સૌથી લાંબા કાળ સુધી, પોતાની મૂળ અવસ્થામાં રહે છે. અને આને મરાઠા કાળ માં જાણે કરી અનુપયોગી ભાગ સમજી તોડી ગયા. સન ૧૭૭૯માં એક મરાઠા સાધુ એ કોણાર્કના અરુણ સ્તંભ ને હટાવી પુરી ના સિંહદ્વાર સામે સ્થાપિત કરાવી દીધો. અઢારમી શતાબ્દી ના અન્ત સુધી, કોણાર્ક એ પોતાનો, બધો વૈભવ ખોઈ દીધો, અને એક જંગલમાં ફેરવાઈ ગયો. આ સાથે જ મંદિરનું ક્ષેત્ર પણ જંગલ બની ગયું, જ્યાં જંગલી જાનવર અને ડાકુઓના અડ્ડા હતાં. અહીં સ્થાનીય લોકો પણ દિવસના પ્રકાશમાં જવાથી પણ ડરતાં હતાં.

કાલાપહાડ
વાસ્તુ દોષ
અર્ચના બંધ થવી
ધ્વસ્ત થવાના કારણો