વિશાળ ફાર્મથી લઇને સુપર સઘન ફાર્મ સહિતના તમામ પ્રકારના ફાર્મ જે વિસ્તારમાં હોય તે વિસ્તારમાં ગંભીર પર્યાવરણીય સમસ્યા ઊભી કરી શકે છે. વિશાળ ફાર્મમાં મેન્ગ્રોવના જંગી વિસ્તારનો નાશ કરવામાં આવે છે, જેથી જૈવવૈવિધ્યમાં ઘટાડો થાય છે. 1980 દાયકા અને 1990ના દાયકા દરમિયાન વિશ્વના આશરે 35 ટકા મેન્ગ્રોવ જંગલોનો નાશ થયો હતો. ઝીંગાનો ઉછેર આ માટેનું એક મુખ્ય કારણ છે. એક અભ્યાસ મુજબ ઝીંગા ઉછેરને કારણે આમાંથી ત્રીજા ભાગના જંગલનો અને બીજા અભ્યાસો મુજબ વૈશ્વિક સ્તરે 5થી 10 ટકા સુધીના મેન્ગ્રોવ જંગલોનો નાશ થયો છે. આ અભ્યાસોમાં પ્રાદેશિક ભિન્નતા ઘણી મોટી છે. મેન્ગ્રોવના વિનાશના બીજા કારણો વસતીનું દબાણ, લાકડાનો બિઝનેસ, બીજા ઉદ્યોગના પ્રદૂષણ અથવા મીઠાના અગર જેવી બીજા હેતુ માટે જમીનના ઉપયોગનો સમાવેશ થાય છે. મન્ગ્રોવ તેમના મૂળિયા દ્વારા દરિયાકાંઠાની જમીનમાં સ્થિરતા લાવવામાં મદદ કરે છે અને કાપને ઘસડાઈ જતો રોકે છે. મેન્ગ્રોવના નાશથી જમીનનું મોટું ધોવાણ થાય છે અને પૂર સામે ઓછું રક્ષણ મળે છે. ખાડી વિસ્તારના મેન્ગ્રોવ ખાસ કરીને નિવસનતંત્રની દ્રષ્ટીએ સમૃદ્ધ અને ઉત્પાદક હોય છે તેમજ વેપારી રીતે મહત્ત્વની છે તેવી માછલીને ઘણી જાતિના ઇંડા કે બચ્ચાના ઉછેર માટેની ભૂમિકા પૂરી પાડે છે. ઘણા દેશોએ મેન્ગ્રોવને સંરક્ષણ આપ્યું છે તેમજ મેન્ગ્રોવના વિસ્તારમાં ઝીંગા ઉછેરના નવા કેન્દ્રોના નિર્માણ પર પ્રતિબંધ મૂક્યો છે. જોકે સંબંધિત કાયદાના અમલથી પણ ઘણીવાર સમસ્યા ઊભી થાય છે. ખાસ કરીને બાંગ્લાદેશ, મ્યાનમાર કે વિયેટનામ જેવી અલ્પવિકસિત દેશોમાં મેન્ગ્રોવની જમીનનો ઝીંગા ઉછેર માટેનો ઉપયોગ એક મુદ્દો બની રહ્યો છે. મ્યાનમાર કોસ્ટ મેન્ગ્રોવ તેનું ઉદાહરણ છે. 

સઘન ઉછેર પદ્ધતિ ધરાવતા કેન્દ્રો મેન્ગ્રોવ પરની સીધી અસરમાં ઘટાડો કરે છે, પરંતુ બીજી સમસ્યા ઊભી થાય છે. તેમનું પોષક તત્વોથી સમૃદ્ધ પાણી (ઝીંગા માટેનો ઔદ્યોગિક ખોરાક ઝડપથી પાણીમાં મિશ્ર થતો નથી, માત્ર 30 ટકા આહારને ઝીંગા ખાય છે અને બાકીનો ખોરાક નકામો જાય છે અને તે મુજબ ઉછેરકોને નુકસાન થાય છે.) ખુલ્લી જગ્યામાં છોડવામાં આવે છે અને તેનાથી પર્યાવરણીય સંતુલનને ગંભીર અસર થાય છે. નિકાલ કરાયેલા પાણીમાં નોંધપાત્ર પ્રમાણમાં ખાતર, જંતુનાશકો અને એન્ટીબાયોટિક્સ હોય છે, જે પર્યાવરણમાં પ્રદૂષણ ફેલાવે છે. વધુમાં એન્ટિબાયોટિક્સને સીધા આહાર શૃંખલામાં આપવામાં આવે છે, તેથી બેક્ટેરિયા તેમના સામે પ્રતિકાર ક્ષમતા કેળવી તેવા જોખમમાં વધારો થાય છે. જોકે, ભૂચર પ્રાણીઓ સંબંધિત બેક્ટેરિયાની જેમ મોટાભાગના પાણીના બેક્ટેરિયા પ્રાણીમાંથી માનવીમાં ફેલાતા ઝૂનોટિક નથી. પ્રાણીમાં માનવમાં ટ્રાન્સફર થયા હોય તેવા ભાગ્યે જ કોઇ રોગ જોવા મળ્યા છે.

તળાવનો લાંબા ગાળા સુધી ઉપયોગ કરવાથી તળાવના તળિયે નકામી નિપજો અને મળમૂત્રને કારણે કાદવના થરમાં વધારો થાય છે. કાદવના સ્તરને યાંત્રિક રીતે દૂર કરી શકાય શકાય છે અથવા સુકાઈ જાય અને એસિડ સમસ્યા વગરના વિસ્તારમાં જૈવિક વિઘટન માટે માટે તેનું ખેડાણ કરવામાં આવે છે. તળાવને પાણીથી સાફ કરવાથી આ કાદવને સંપૂર્ણપણે દૂર કરી શકાતો નથી અને આખરે તળાવને છોડી દેવામાં આવે છે. તેના પગલે જમીન નકામી બને છે, કારણ કે ખારાશ, એસિડિટી અને ઝેરી રસાયણોના ઉંચા સ્તરને કારણે બીજા હેતુ માટે આ જમીનનો ઉપયોગ થઈ શકતો નથી. વિશાળ ઉછેર પદ્ધતિ હેઠળના તળાવનો માત્ર થોડા વર્ષો સુધી જ ઉપયોગ થઈ શકે છે. ભારતીય અભ્યાસમાં આવી જમીનને 30 વર્ષ સુધી જ ફરી ઉપયોગમાં લઈ શકાતી હોવાનો અંદાજ છે. થાઇલેન્ડે દરિયાથી દૂરના ભાગમાં ઝીંગાના ફાર્મ પર 1999માં પ્રતિબંધ મૂક્યો હતો, કારણ કે તેનાથી ખારાશ આગળ વધે છે અને કૃષિ જમીનનું મોટાપાયે ધોવાણ થતું હતું. થાઇલેન્ડના અભ્યાસ મુજબ 1989-1996ના વર્ષોમાં થાઇલેન્ડની ઝીંગા ઉછેર હેઠળની આશરે 60 ટકા જમીનને છોડી દેવામાં આવી છે. આમાંથી ઘણી સમસ્યાઓ મેન્ગ્વોરની જમીનના ઉપયોગમાંથી પણ ઊભી થાય છે, કારણ કે આવી જમીનમાં કુદરતી ખનીજ તત્વ પાઇરાઇટ (એસિડ સલ્ફેટ સોઇલ)નું પ્રમાણ ઊંચું હોય છે અને પાણી નિકાલની વ્યવસ્થા નબળી હોય છે. અર્ધ-સઘન ઉછેર પદ્ધતિમાં સ્થળાંતર દરમિયાન જમીનને એનએરોબિકમાંથી એરોબિક સ્થિતિમાં ફેરવામાં આવે ત્યારે તેમાં એસિડની રચનાને અટકાવવા ઊંચી સપાટી પર ઉછેર અને નીચા સલ્ફાઇડ (પાઇરાઇટ્સ)ની જરૂર છે. 

ઝીંગા ઉછેરના વૈશ્વિક બિઝનેસ અને ખાસ કરીને બ્રૂડસ્ટોક અને હેચરી પ્રોડક્ટ્સની સમગ્ર વિશ્વમાં નિકાસથી વિદેશી જાતોના વિવિધ ઝીંગાનો જ ફેલાવો થયો નથી, પરંતુ તેનાથી વિવિધ રોગોને પણ વિશ્વમાં ફેલાવો થયો છે. તેના પરિણામે મોટાભાગના બ્રૂડસ્ટોક શિપમેન્ટ માટે હેલ્થ સર્ટિફિકેટ અને અથવા સ્પેસિફિક પેથોજે ફ્રી (એસપીએફ (SPF)) દરજ્જાના સર્ટિફિકેટની જરૂર પડે છે. ઘણા સંગઠનો ઉછેર કરવામાં આવેલા ઝીંગાની ખરીદી ન કરવા ગ્રાહકોમાં પ્રચાર છે, જ્યારે બીજા કેટલાંક સંગઠનો ઉછેરની વધુ સાતત્યપૂર્ણ પદ્ધતિનો વિકાસ કરવાની હિમાયત કરે છે. વિશ્વ બેન્ક, નેટવર્ક ઓફ એક્વાકલ્ચર સેન્ટર્સ ઇન એશિયા પેસિફિક (એનએસીએ (NACA)), ડબલ્યુડબલ્યુએફ (WWF) અને એફએઓ (FAO)એ ઝીંગા ઉછેરની પદ્ધતિમાં સુધારો કરવાનો અભ્યાસ કરવા અને સૂચનો કરવા માટે સંયુક્ત પ્રોગ્રામ ઓગસ્ટ 1999માં શરુ કર્યો હતો. સાતત્યપૂર્ણ નિકાસલક્ષી ઝીંગા ઉછેર ફાર્મ દ્વારા ‘ઇકોલોજિકલ પ્રોડક્ટ્સ’ તરીકે ઝીંગાનું વેચાણ કરવાનો પ્રયાસ કરે છે, પરંતુ એનજીઓ (NGO) આવા પ્રયાસને અપ્રમાણિક અને માત્ર ક્ષુલ્લક દેખાડો ગણાવે છે.

આમ છતાં ઉદ્યોગમાં આશરે 1999થી ધીમે ધીમે પરિવર્તન આવ્યા છે. તેને વિશ્વ બેન્ક અને બીજી સંસ્થાઓએ વિકસિત કરેલી ‘શ્રેષ્ઠ મેનેજમેન્ટ પદ્ધતિઓ’ અપનાવી છે અને તેને પ્રોત્સાહન આપવા શૈક્ષણિક પ્રોગ્રામો શરુ કર્યા છે. ઘણા દેશોમાં મેન્ગ્રોવના સંરક્ષણના કાયદાને કારણે નવા ઉછેર કેન્દ્રો ખાસ કરીને અર્ધસઘન પદ્ધતિ પ્રકારના છે, જેનો મેન્ગ્રોવ વિસ્તારની બહાર શ્રેષ્ઠ ઉપયોગ થઈ શકે છે. રોગ અટકાવવાની વધુ સારી પદ્ધતિ હાંસલ કરીને આશાએ આવા ઉછેર કેન્દ્રોમાં વધુ ચુસ્ત નિયંત્રિત વાતાવરણનું પણ સર્જન કરવાનો ટ્રેન્ડ છે. વેસ્ટ વોટર ટ્રીટમેન્ટ પર નોંધપાત્ર પ્રમાણમાં ધ્યાન ખેંચાયું છે અને આધુનિકા ઝીંગા ઉછેર કેન્દ્રામાં ઔદ્યોગિક કચરાના નિકાસ માટેની પદ્ધતિઓ છે, જેમાં મૂળ કચરાને તળિયે જમા થવા દેવામાં આવે છે અને બીજા પદાર્થોને ફિલ્ટર કરવામાં આવે છે. આવા સુધારા ખર્ચાળ છે, તેથી વર્લ્ડ બેન્ક પ્રોગ્રામ કેટલાંક વિસ્તારમાં નીચી ગીચતાના પોલિકલ્ચર ફાર્મિંગની ભલામણ કરે છે. મેન્ગ્રોવની જમીન દૂષિત પાણીના ફિલ્ટરિંગ માટે અસરકારક છે અને તે નાઇટ્રેટના ઊંચા પ્રમાણને સહન કરી છે તેવી શોધ થયા પછી આ ઉદ્યોગમાં મેન્ગ્રોવના ફેરવનીકરણ માટે પણ રસ જાગ્યો છે, જોકે આ દિશામાં તેનું પ્રદાન ઘણું ઓછું છે. આ ભલામણોની લાંબા ગાળાની અસર અને ઉદ્યોગના ટ્રેન્ડનું અત્યાર સુધી તારણપૂર્વક મૂલ્યાંકન કરી શકાય નહીં.

પરિસ્થિતિકીય અસરો
ઝીંગાનું પોષણ
ઇંડા સેવન કેન્દ્રો (હેચરીઝ)
ઉછેરવામાં આવતી જાતો