પેટનો દુખાવોએ ક્રોહનના રોગનું શરૂઆતનું લક્ષણ છે. ખાસ તો જે લોકોએ શસ્ત્રક્રિયા કરાવેલી હોય છે, તેને વારંવાર તેની સાથે અતિસાર પણ થાય છે. અતિસાર લોહી યુક્ત અને લોહી વગર ના પણ હોઈ શકે છે. જે લોકોની શસ્ત્રક્રિયા કે વધુ શસ્ત્રક્રિયા થઈ હોય તેમને જઠરાંત્રિય માર્ગ પર શોર્ટ બાવલ સિંડ્રોમ થતો હોય છે. ક્રોહન રોગમાં અતિસારની પ્રકૃતિ નાના આંતરડા કે મોટા આંતરડાનો જે ભાગ સામેલ હોય તેના પર આધારિત હોય છે. ઇલીઆઇટીસનું લાક્ષણિક પરિણામ મોટા જથ્થામાં થતું પાણીદાર મળ છે. કોલેટીસ વારંવાર નાના ઝાડામાં પરિણામી શકે છે. ફેકલ સુસંગતતાનો દર કઠણ થી પ્રવાહી સુધી હોઈ શકે. ગંભીર કિસ્સાઓમાં કોઈ વ્યક્તિને એક દિવસમા 20 થી વધુ ઝાડા થઈ શકે અને મળત્યાગ માટે રાત્રે ઉઠવું પડે. ક્રોહન રોગમાં અલ્સેરેટિવ કોલેટીસા કરતા ઝાડામાં બ્લિડીંગ વધુ સામાન્ય નથી પરંતુ ક્રોહનની કોલેટીસની સેટ્ટિંગમાં તે જોઈ શકાય. લોહીવાળા ઝાડા લાક્ષણિક રીતે અટકી અટકીને અને કદાચ તેજસ્વી કે ઘેરા લાલ રંગના હોય છે. ગંભીર ક્રોહનની કોલેટીસની સેટ્ટિંગમાં રક્ત વધુ થઇ શકે છે. ફ્લેટુલેંસા અને બ્લોટિંગ્સને આંતરડાની અગવડમાં વધારો કરી શકે છે.

ક્રોહનનાં રોગમાં આંતરડાના સ્ટેનોસિસ દ્વારા થયેલા લક્ષણો પણ સામાન્ય હોય છે. આંતરડા સાથે સ્ટેનોસિસના વિસ્તારમાં પેટનો દુખાવો ખૂબ જ ગંભીર હોય છે. ગંભીર સ્ટેનોસિસના સેટ્ટિંગમાં આંતરડાના અવરોધની શરૂઆતમાં ઉલ્ટી અને ઉબકા જેવા શરૂઆતી લક્ષણો દેખવામાં આવે છે. જો કે અલ્સેરેટિવ કોલેટિસમાં સહચર્ય વધુ હોય છે, ક્રોહનનાં રોગમાં પણ પ્રાથમિક સ્ક્લેરોઝીંગ કોલેંગટિસ જે પિત્ત નળીનો સોજો છે પણ સહચારી હોઈ શકે. 

ક્રોહનનાં રોગમાં ગુદા અસ્વસ્થતા પણ લાક્ષણિક રીતે નજરે પડી શકે છે. આ સોજા, ફિસ્ટુલાઈઝેશન કે એબસેસ્સ મા ગુદા કે એનલ ફિશર પાસે ખંજવાળ કે દુખાવાનું સૂચન કરતા હોય છે. ગુદાની આસપાસની ત્વચામાં ટેગ્સપણ ક્રોહન રોગમાં સામાન્ય છે. ગુદાની આસપાસમાં ક્રોહન રોગમાં સાથે ઝાડા રોકવાની અસમર્થતતા હોઈ શકે. જઠરાંત્રિય માર્ગની વિરુદ્ધ દિશામા મોઢા પર ભરાય નહી તેવા ચાંદા (એફ્થસ અલ્સર) થાય છે. ક્રોહન રોગમાં અન્ન નળી અને અન્નાશય ભાગ્યેજ સામેલ હોય. આના કારણે ગળવામાં મુશ્કેલી (ડિસ્ફેગિયા), પેટની ઉપરના ભાગમાં દુખાવો અને ઊલ્ટી જેવા લક્ષણો જોવા મળે છે.

શસ્ત્રક્રિયા
કારણ
જઠરાંત્રિય લક્ષણો
એન્ડોસ્કોપી