જ્યારે અંગ્રેજ મિશને સત્તા સોંપણી માટે બે અલગ યોજનાઓ સુચવી ત્યારે તે બન્ને યોજનાઓનો કૉંગ્રેસમાં વિરોધ થયો. ૧૬ મે ૧૯૪૬ની યોજનાના પ્રસ્તાવ પ્રમાણે છુટ્ટા રાજ્યોનો સંઘ, કે જેમાં દરેક પ્રાંતને વિસ્તૃત સ્વાયત્તતા આપવામાં આવે તથા પ્રાંતોનું સામૂહીકરણ ધાર્મિક બહુમતીના આધારે કરવામાં આવે, તેવું સૂચવવામાં આવ્યું હતું. ૧૬ જૂન ૧૯૪૬ની યોજનાનાં પ્રસ્તાવ પ્રમાણે ભારતનું વિભાજન ધાર્મિકતાનાં આધારે કરવામાં આવે તથા ૬૦૦ રજવાડાઓને પૂર્ણ સ્વતંત્રતા કે પછી બેમાંથી કોઈ પણ એક રાજ્ય સાથે જોડાઈ જવાનો વિકલ્પ આપવાનું સૂચન કરવામાં આવ્યું હતું. મુસ્લિમ લીગે બન્ને યોજનાઓને માન્યતા આપી હતી, જ્યારે કૉંગ્રેસે ૧૬ જૂનની યોજનાનો સજ્જડપણે અસ્વીકાર કર્યો. ૧૬ મેની યોજનાની ટીકા કરતા ગાંધીજીએ તેને અંતગર્તરુપે વિભાજનાત્મક વર્ણવી હતી, આમ છતાં સરદારને જાણ હતી કે જો કૉંગ્રેસ તે યોજનાનો પણ અસ્વીકાર કરશે તો માત્ર મુસ્લિમ લીગને સરકાર બનાવવાનું આમંત્રણ આપવામાં આવશે અને તેથી સરદારે કૉંગ્રેસ કાર્યકારી સમિતિને ૧૬ મેની યોજનાને મંજૂરી આપવા રાજી કરવા માટે મહેનત કરવા માંડી હતી. તેમણે અંગ્રેજ રાજદુતો, સર સ્ટ્રેફ્રોડ ક્રિપ્સ તથા લોર્ડ પૅથીક લોરેન્સ સાથે મંત્રણા કરીને તેમની બાંહેધરી મેળવી હતી કે સામૂહીકરણની જોગવાઈને લગતા કોઈપણ નક્કર પગલાં ભરવામાં નહીં આવે અને તેજ સમયે તેમણે નેહરુ, રાજેન્દ્રપ્રસાદ તેમજ રાજગોપાલાચાર્યને ૧૬ મેની યોજનાને મંજૂરી આપવા તૈયાર કરી લીધા. જ્યારે મુસ્લિમ લીગે ૧૬ મેની યોજના માટે પોતાની મંજુરી પાછી ખેંચી લીધી ત્યારે વાઇસરોય લોર્ડ વૅવલે કૉંગ્રેસને સરકાર બનાવવા માટેનું આમંત્રણ મોકલ્યું. નેહરુની પ્રમુખતા હેઠળ, કે જેમને વાઇસરોયની કારોબારી સમિતિના ઉપ-પ્રમુખ તરીકે નિમવામાં આવ્યા હતા, સરદારે ગૃહ બાબતો તથા માહિતી ને પ્રસારણ વિભાગોની દોરવણી સંભાળી હતી. તેઓ ૧, ઔરંગઝેબ રોડ, દિલ્હી ખાતે આવેલા સરકારી મકાનમાં રહેવા ગયા કે જ્યાં તેઓ ૧૯૫૦માં તેમાના દેહાંત પર્યંત રહ્યાં. 

સરદાર પટેલ એવા જુજ કૉંગ્રેસી નેતાઓમાંના એક હતા કે જેમણે ભારતના ભાગલાને મહમ્મદ અલી જીન્નાના નેતૃત્વ હેઠળ ચાલેલી મુસ્લિમ અલગાવવાદની ચળવળના ઉપાય તરીકે અપનાવી લીધો હતો. જીન્ના દ્વારા આયોજાયેલા ‘ડાયરેક્ટ ઍકશન ડૅ’ તેમને ખુબજ ધૃણાસ્પદ લાગ્યો હતો કે જેનાથી દેશભરમાં સાંપ્રદાયીક હિંસા વિફરી હતી, તેમજ બંધારણીયતાના આધારે હિંસા બંધ કરાવવાની તેમની ગૃહ ખાતાંની યોજનાને જ્યારે વાઇસરોયે તેમનો મતાધિકાર વાપરીને અમલમાં મુકાતા રોકી ત્યારે સરદાર ખુબ રોષે ભરાણા હતા. તેમણે મુસ્લિમ લીગના મંત્રીઓને સરકારમાં ભાગ આપવા, તેમજ કૉંગ્રેસની મંજૂરી વિના સામૂહીકરણની જોગવાઈની પરત માન્યતા આપવાના વાઇસરોયના નિર્ણયની આકરી ટીકા કરી હતી. મુસ્લિમ લીગે સરકારમાં આવ્યા પછી જ્યારે વિધાનસભાનો બહિષ્કર કર્યો તથા ૧૬ મેની યોજનાનો અસ્વીકાર કર્યો ત્યારે સરદાર ખુબ રોષે ભરાયા હોવા છતાં તેમને એ વાતની જાણ હતી કે જીન્નાને મુસ્લિમોનો લોકપ્રિય ટેકો હતો અને જીન્ના સાથે કે પછી રાષ્ટ્રવાદીઓની સાથે ખુલ્લા સંઘર્ષમાં ઉતરવાથી હિંદુ-મુસ્લિમ વચ્ચે આન્તરવિગ્રહની વિનાશક પરિસ્થિતિ ઉભી થવાની શક્યતા હતી. સરદારના મત પ્રમાણે જો વિભાજીત તેમજ નબળી સરકાર અસ્તિત્વમાં હોત તો તેનાથી ભારતના વધુ ભાગલા પડવા તેમજ ૬૦૦ રજવાડાઓને પોતપોતની સ્વાત્રંતતા મેળવવા માટે વધુ પ્રોત્સાહનરુપ નીવડી હોત. ડિસેંબર ૧૯૪૬ થી જાન્યુઆરી ૧૯૪૭ની વચ્ચેના મહીનાઓ દરમ્યાન તેઓએ સરકારી સનદી વી. પી. મેનનના સુચન પ્રમાણે તેમની સાથે મળીને મુસ્લિમ બહુમતીવાળા પ્રાંતોમાંથી પાકિસ્તાનું નિર્માણ કર્યું. જાન્યુઆરી તેમજ માર્ચ ૧૯૪૭માં પંજાબ તેમજ બંગાળમાં થયેલા કોમી રમખાણે તેમને વિભાજનના નિર્ણયની આધારભુતતાની વધુ ખાતરી કરાવી. પંજાબ તેમજ બંગાળના હિંદુ બહુમતીવાળા ક્ષેત્રોનો પણ પાકિસ્તાનમાં સમાવેશ કરવામાં આવે તેવી જીન્નાની માંગણીનો સખત વિરોધ સરદારે કર્યો હતો તથા તે પ્રાંતોના ભાગલા કરાવી તેમને પાકિસ્તાનમાં જોડાતા અટકાવ્યા હતા. પંજાબ અને બંગાળના ભાગલા માટે સરદારે દેખાડેલી નિર્ણાયક્તાએ તેમના માટે ભારતીય જનસમુદાયમાંથી ઘણા ચાહકો જીતી આપ્યા કે જેઓ મુસ્લિમ લીગના કરતૂતોથી કંટાળી ચુક્યા હતા, છતાં ગાંધી, નેહરુ, બિનસાંપ્રદાયિક મુસ્લિમો તેમજ સમાજવાદીઓના મતે તે બાબતમાં તેમણે ઉતાવળ કરવા માટેની ટીકા મેળવી હતી. જ્યારે લોર્ડ લુઈ માઉન્ટબેટને આ પ્રસ્તાવની ૩જી જુન ૧૯૪૭ના દિવસે ઘોષણા કરી ત્યારે સરદારે તેને મંજુરી આપી તેમજ નેહરુ અને બીજા કૉંગ્રેસી નેતાઓને પણ તેમ કરવા મનાવ્યા હતા. ભાગલાની યોજના બાબત ગાંધીજીની ગહન વેદનાની લાગણીની તેમને જાણ હોવાથી તેમણે ગાંધીજી સાથે ખાનગી મુલાકાતો દરમ્યાન સંભવિત કૉંગ્રેસ-મુસ્લિમ લીગ વચ્ચેની વાસ્તવિક બિનકાર્યક્ષમ સંધી, વધતી હિંસા તેમજ આન્તરવિગ્રહના ડર વિષે નિખાલસ ચર્ચાઓ કરી હતી. જ્યારે યોજના ઉપર મત લેવા અખિલ ભારતીય કૉંગ્રેસ સમિતિની બેઠક બોલાવવામાં આવી ત્યારે સરદારે કહ્યું હતું કે:
"હું આપણા ભાઈઓનો (મુસ્લિમ બહુમતીવાળા વિસ્તારમાં વસતા) ડર સમજી શકું છું. કોઈને ભારતના ભાગલા થાય તે ગમતું નથી. મારું હ્રદય પણ ભારે છે. પણ અત્યારે પસંદગી એક ભાગલા કે પછી ઘણા ભાગલાઓ વચ્ચે છે. આપણે તથ્યનો સામનો કરવો જોઈએ. આપણે ભાવનાત્મક્તા તથા લાગણીપ્રધાનતાને આધીન ન થવું જોઈએ. કાર્યકારી સમિતિએ ડરીને આ પગલું નથી ભર્યું. પણ મને એકજ વાતનો ડર છે કે આપણા આટલા વર્ષોનો પરીશ્રમ તથા સખત મહેનત એળે જશે અને ફળદ્રુપ પુરવાર નહીં થાય. મારી ૯ મહીનાની કાર્યકારી અવધી દરમ્યાન કૅબિનેટ મિશનની યોજનાના કહેવાતા ફાયદાઓ તરફનો ભ્રમ ભાંગી ચુક્યો છે. અમુક આદરણીય અપવાદોને બાદ કરતા, ઉપરના અમલદારોથી લઈને નીચેના ચપરાસી સુધીના બધાજ મુસ્લિમો મુસ્લિમ લીગ માટે કામ કરી રહ્યા છે. મિશન દ્વારા મુસ્લિમ લીગને અપાયેલા સાંપ્રદાયિક વિટોએ (ઠરાવ નામંજુર કરવાનો મતાધિકાર) દરેક સ્તરે ભારતની પ્રગતી અટકાવી હોત. આપણને ગમે કે નહીં, પણ પંજાબ અને બંગાળમાં અનૌપચારિક પાકિસ્તાન અત્યારે પણ મોજુદ છે જ. અને આ પરિસ્થિતિમાં હું એક ઔપયારિક પાકિસ્તાનની પસંદગી કરીશ કે જેનાથી મુસ્લિમ લીગ કદાચ વધુ જવાબદાર બનશે.. સ્વતંત્રતા આવી રહી છે. આપણી પાસે ૭૫ થી ૮૦ ટકા ભારત છે જેને આપણે પોતાની પ્રતિભાથી વધુ મજબુત બનાવશું. બાકીના દેશનો વિકાસ મુસ્લિમ લીગ કરી શકે છે.

યોજનાને ગાંધીજી તેમજ કૉંગ્રેસની મંજુરી મળ્યા બાદ સરદારે ભાગલા સમિતિમાં ભારતનું પ્રતિનિધીત્વ કર્યું જ્યાં તેમના નિરીક્ષણ હેઠળ લોક સંપત્તિની વહેંચણી કરવામાં આવી તથા તેમણે નેહરુ સાથે મળીને ભારતીય મંત્રી મંડળના સભ્યોની પસંદગી કરી. આમ છતાં સરદારે કે બીજા કોઈ ભારતીય નેતાએ ભાગલા વખતે થયેલી અતિ હિંસા તથા જનસમુદાયના થયેલા સ્થળાંતરની અપેક્ષા નહોતી કરી. તે વખતે સરદારે અત્યાવશ્યક જરૂરીયાતો પુરી પાડવા તેમજ સહાયકાર્યોનું આયોજન કરવામાં આગેવાની લીધી હતી. શાંતી જાળવવાના પ્રયાસ રુપે પાકિસ્તાની નેતાઓ સાથે મળીને તેઓએ સરહદ પાસના વિસ્તારોની મુલાકાત લીધી. આ પ્રયત્નો છતાં આશરે ૨ લાખથી લઈને ૧૦ લાખ લોકોના મૃત્યુ થયા હોવાનો અંદાજ છે અને બન્ને દેશોમાં મળીને શરણાર્થીઓની સંખ્યા ૧.૫ કરોડ઼થી વધુ હોવાનો અંદાજ છે. સરદાર જાણતા હતા કે દિલ્હી તેમજ પંજાબની પોલીસ, કે જેમની ઉપર મુસ્લિમો વિરુદ્ધ હુમલા આયોજીત કરવાના આરોપો હતા, તે લોકો પણ ભાગલા વખતની કરુણ પરિસ્થિતિથી પ્રભાવિત થયા હતા અને તેથી પરિસ્થિતિને સામાન્ય કરવા તેમણે દક્ષિણ ભારતથી સેનાની ટુકડીઓ મંગાવી તેમને કડક સંચારબંદી લાગુ કરવા તેમજ દેખો ત્યાં ઠાર કરવાના આદેશો આપ્યા હતા. દિલ્હીના નિઝામુદ્દીન ઔલિયા વિસ્તારમાં, કે જ્યાં હજારો મુસ્લિમો ઉપર હુમલા થવાનો ભય હતો, ત્યાંની દરગાહે જઈ તેમણે પ્રાર્થના કરી હતી તેમજ લોકોને મળીને પોલીસની મોજુદગીને વધારે મજબુત કરી હતી. વળતી હિંસાને રોકવા માટે પાકિસ્તાનમાં હિંદુઓ તેમજ શિખો ઉપર થતા અત્યાચારોની ખબરો તેમણે પ્રેસમાં છપાતા અટકાવી હતી. પાટનગરમાં સામાન્ય પરિસ્થિતિ બહાલ કરવા સરદારે દિલ્હી ઈમરજન્સી કમીટીની સ્થાપના કરી અને અમલીઓને પક્ષપાત તેમજ અવગણથી દુર રહેવાની જાહેરમાં તાકીદ આપી હતી. જ્યારે સરદારને ખબર પડી કે શિખોના મોટા જુથ પાકિસ્તાન તરફ જઈ રહેલા મુસ્લમાનો ઉપર હુમલા કરવાનું આયોજન કરી રહ્યા છે ત્યારે તેઓ ઉતાવળે અમૃતસર પહોંચી હિંદુ અને શિખ નેતાઓને મળ્યા. તેમણે એવી દલીલ મુકી કે નિ:સહાય ઉપર હુમલો કરવો તે કાયરતાભર્યું તેમજ અનૈતિક વર્તન છે અને તેનાથી પાકિસ્તાનથી ભારત આવી રહેલા હિંદુ તેમજ શિખો ઉપરના હુમલાઓ વધશે. તેમણે કોમના નેતાઓને બાંહેધરી આપતા કહ્યું હતુ કે જો તેઓ શાંતી અને સંયમ જાળવવાનો પ્રયત્ન કરી, મુસલમાનોની સલામતીનું ધ્યાન રાખશે તો પાકિસ્તાન દ્વારા તેની અવગણા સામે ભારત સરકાર આકરા પગલાં લેશે. આ ઉપરાંત તેમની સભાના અંતે જ્યારે બે લાખ લોકો તેમના ગાડીના કાફલાને ઘેરી વાળ્યા ત્યારે તેમને સંબોધતા સરદારે કહ્યું હતું કે:

કોમી નેતાઓ સાથેના તેમના સંવાદ તેમજ તેમણે આપેલા ભાષણ બાદ મુસ્લિમો વિરુદ્ધ કોઈ નવા હુમલાઓ થયા નહી તેમજ આખા વિસ્તારમાં શાંતી તેમજ વ્યવસ્થાની પુન:સ્થાપના થઈ હતી. આમ છતાં ભારતના બાકીના પ્રાંતોના મુસ્લિમો ભારત છોડીને જાય તેવી તેમની કેહવાતી ઈચ્છાની ટીકા નેહરુ અને બિનસાંપ્રદાયિક મુસ્લિમો દ્વારા કરવામાં આવી હતી તેમજ ગાંધીજીએ તે બાબત ઉપર નારાજગી વ્યક્ત કરી હતી. જોકે સરદારે જોર પુર્વક આવા આરોપોને ફગાવ્યા હતા, પણ જ્યારે દિલ્હીના શિખ પોલિસ કમિશનર, કે જેમની ઉપર પક્ષપાતના આરોપો મુકવામાં આવ્યા હતા, તેમને બરતરફ કરવાની માંગણીને સરદારે માન્ય ન રાખી ત્યારે મૌલાના આઝાદ તેમજ બીજા બિનસાંપ્રદાયિક મુસ્લિમ નેતાઓ દ્વાર સરદાર પ્રત્યેના આરોપોની તીવ્રતા વધી હતી. એક બાજુ હિંદુ તેમજ શિખ નેતાઓ પાકિસ્તાન સામે કડક વલણ ન અપનાવાનો સરદાર ઉપર આરોપ મુકી રહ્યા હતા ત્યારે બીજી બાજુ મુસ્લિમ નેતાઓએ સરદારની કહેવાતી નીતિની ટીકા કરી હતી કે જેના હેઠળ પાકિસ્તાન જઈ રહેલા મુસ્લિમોની જરૂરીયાતોની અવગણના કરીને ભારત આવી રહેલા હિંદુ તેમજ શિખ નિરાશ્રીતો માટે વધુ સાધનો ઉપલબ્ધ કરવામાં આવ્યા હતા. પાકિસ્તાન જઈ રહેલા મુસ્લિમોના ખાલી થયેલા મકાનોની વહેંચણીના મુદ્દા ઉપર સરદારના નેહરુ તેમજ આઝાદ કરતા અલગ વિચારો હતા. જ્યારે નેહરુ અને આઝાદનું એમ માનવું હતું કે તે ઘરો બેઘર થયેલા મુસ્લિમોમાં વહેંચાવા જોઈએ ત્યાર સરદારનો તર્ક એ હતો કે કોઈ પણ સરકાર કે જે પોતાને બિનસાંપ્રદાયિક ઘોષિત કરતી હોય તેણે આવો ભેદ ન કરવો જોઈએ. જોકે ગાંધીજીએ જાહેરમાં સરદારનો પક્ષ લીધો હતો તેમજ બહોળા સ્તરે તેમના વખાણ થયા હતા અને સાંપ્રદાયિક મુદ્દાઓ ઉપર નિખાલસતાથી બોલવા તેમજ અવ્યવસ્થા તેમજ હિંસાને કાબુમાં લાવવા માટે તેમણે વાપરેલી મક્કમતા તેમજ ઉપાયચતુરાઈતા માટે તેમને ટેકો મળ્યો હતો.

જન્મ અને કૌટુંબિક જીવન
કોંગ્રેસનું નેતૃત્ત્વ
કૅબિનેટ મિશન તથા વિભાજન
ભારતનું રાજકીય એકીકરણ