જોકે, આ કામચલાઉ ઉકેલ વધતા મતભેદોને દૂર કરવા અસક્ષમ સાબિત થયા હતા. 1879 થી 1881 વચ્ચે, થિયોસોફિકલ સોસાયટીના સ્થાપકો હેનરી અલકોટ અને હેલેના બ્લાવાસ્કી પોતાની ભારત યાત્રા દરમિયાન કેટલીક વાર સ્વામી દયાનંદને મળ્યા હતા. તેમની ચર્ચાઓ અને પત્રવ્યવહાર દ્વારા તે સ્પષ્ટ થઇ ગયું કે બન્ને સમાજ વચ્ચેના મતભેદો પહેલા માનવામાં આવતા હતા તેટલા નથી, અમુક નાની બાબતો સાથે તે મર્યાદિત છે, પણ વેદિક ધર્મની મુખ્ય માન્યતાઓ રૂપ સ્વામીના મંતવ્યોને વિસ્તૃત કરવામાં આવ્યા હતા. વિવાદનો મુખ્ય મુદ્દો ભગવાનના સ્વરૂપને લઇને હતો. થિયોસોફિસ્ટોએ ભારપૂર્વક જણાવ્યું હતું કે પરમ દિવ્યતા અવૈયક્તિક સિદ્ધાંત છે, સ્વામી દયાનંદે જણાવ્યું હતું કે વેદો અને તેની સાથે સંકળાયેલુ સાહિત્ય સ્પષ્ટ પણ જણાવે છે કે ભગવાન વૈયક્તિક છે, તેમના શબ્દોમાં કહીએ તો, "તે અસ્તિત્વ, જ્ઞાન અને સુખનું વ્યક્તિકરણ છે". આમ, બન્ને સંગઠનને જુદા પાડતી રેખા સ્પષ્ટ જણાઇ આવી હતી અને કોઇપણ પક્ષને પોતાના મંતવ્યો અંગે ફેરવિચારણાની જરૂર જણાતી નહોતી. માટે, 28 માર્ચ 1882ના રોજ સ્વામી દયાનંદે જાહેરાત કરી હતી કે આર્ય સમાજે સત્તાવાર રીતે થિયોસોફિકલ સોસાયટી સાથેના જોડાણો કાપી નાખ્યા છે. 
એવુ માનવામાં આવે છે કે થિયોસોફિકલ સોસાયટી અને આર્ય સમાજ વચ્ચે ઉભી થયેલી ઘણી સમસ્યાઓ અને ત્યારબાદ ઉભા થયેલા મતભેદો વ્યક્તિગત ગુંચવાડા અને ખોટી રીતે થયેલી અભિવ્યક્તિને કારણે હતા. ઘણીવાર બન્ને પક્ષોએ પોતાને ખોટી રીતે લેવાયા હોવ તેવો દાવો કર્યો હતો અને બન્ને પક્ષનો આરોપ હતો કે સામેનો પક્ષ નિષ્ફળતા માટે જવાબદાર છે. થિયોસોફિકલ સોસાયટી અને આર્ય સમાજ વચ્ચેના બ્રહ્મ વિદ્યા અને સૈદ્ધાંતિક મતભેદો આજ સુધી ચાલી રહ્યા છે.

મુંબઇમાં મોટી સફળતા
આર્ય સમાજ અને થિયોસોફિકલ સોસાયટી
સમાધાન ન થઇ શકે તેવા મતભેદો
નવો સમાજ'નો પ્રથમ પ્રયાસ