માઈકલ કેરિકને રોય કિનીની જગ્યાએ 14 મિલિયન પાઉન્ડથી કરાર કરવામાં આવ્યો; જો કે કામગીરીનો દેખાવ અને પરિણામને આધારે ભવિષ્યમાં 18.6 મિલિયન પાઉન્ડ સુધી તેની ફીમાં ભવિષ્યમાં વધારો થવાની શકયતા હતી. યુનાઈટેડે સિઝનની શરૂઆત ખૂબ સારી કરી, અને પ્રથમ વખત પોતાની પહેલી ચાર પ્રીમિયર લિગ ગેઈમ જીતી. તેઓએ પ્રીમિયર લિગમાં પહેલેથી જ ઝડપ રાખી અને 38મી ગેઈમ સિઝનની દસમી મેચમાંથી સર્વોપરિતા કયારેય ન છોડી. જાન્યુઆરી 2006માં થયેલા કરારોથી યુનાઈટેડના દેખાવ પર ખાસ્સી અસર પડી; વર્તમાન ખેલાડીઓ રિઓ ફાર્ડિનન્ડ અને સ્કિપર ગેરી નેવિલની સાથોસાથ પેટ્રિક એવરા અને નેમાના વિડિચનું ફોર્મ પણ ઉમેરાયું. માઇકલ કેરિકના કરારને મીડિયાના મોટા ભાગના માધ્યમો દ્વારા પ્રશ્નો ઉઠાવવામાં આવ્યા અને ટીકા કરવામાં આવી, પરંતુ આ કરારથી યુનાઈટેડ મીડ ફિલ્ડમાં સ્થિરતા અને સર્જનાત્મકતા આવી, જેમાં પોલ સ્કોલસની ભાગીદારી અસરકારક રહી. નોંધપાત્ર ઝડપ દાખવીને પાર્ક જી-સંગ અને રયાન જીગ્સ બંનેએ વેઇન રુની અને ક્રિશ્ચિઆનો રોનાલ્ડોની સાથોસાથ, આક્રમકતા દર્શાવીને પોતાનું મૂલ્ય સ્થાપિત કર્યું.

ફર્ગ્યુસને 6ઠ્ઠી નવેમ્બર 2006ના રોજ મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડના મેનેજર તરીકેની પોતાની નિમણૂકની 20મી વાર્ષિક તિથી ઉજવી. ફર્ગ્યુસનના વર્તમાન અને ભૂતકાળના ખેલાડીઓ તરફથી તેમજ તેના પુરાણા દુશ્મન આર્સેન વેન્ગર, તેના પૂર્વ કેપ્ટન રોય કિન અને હાલના ખેલાડીઓ તરફથી શુભેચ્છાઓ મળી. કાર્લિંગ કપના ચોથા રાઉન્ડમાં સાઉથએન્ડના હાથે સિંગલ ગોલના પરાજયથી બીજા દિવસે પાર્ટીમાં વિક્ષેપ પડ્યો. આમ છતાં, 1લી ડિસેમ્બરના રોજ એવી જાહેરાત કરવામાં આવી કે મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડે એલેકસ ફર્ગ્યુસને ઘણા વર્ષોમાં જેની પ્રશંસા કરેલી અને અગાઉ પણ લાવવાનો પ્રયત્ન કરેલો તે 35 વર્ષીય ખેલાડી હેનરિક લાર્સન સાથે કરાર કર્યો છે. 23મી ડિસેમ્બર 2006ના રોજ, ક્રિશ્ચિઆનો રોનાલ્ડોએ એસ્ટન વીલા સામેની મેચમાં ફર્ગ્યુસનના સુકાન હેઠળ કલબનો 2000મો ગોલ કર્યો.

ત્યારબાદ મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડ પોતાની નવમી પ્રીમિયર લિગ જીતી પણ વેમ્બલી ખાતે એફએ (FA) કપ ફાઈનલમાં ચેલ્સિના ડિડિયર ડ્રોગ્બાએ અંતિમ સમયમાં ગોલ કરીને બીજો કપ જીતવા ના દીધો. જો યુનાઈટેડ આ ગેમ જીતી ગયા હોત તો ચાર વખત ડબલ જીતનાર પ્રથમ ઈંગ્લીશ ક્લબ બની હોત. ચેમ્પિયનશિપ લિગમાં, કવાર્ટર-ફાઈનલ સેકન્ડ લેગમાં રોમા પર 7-1ની સરસાઈ મેળવીને સેમી ફાઈનલમાં પહોંચી, પરંતુ ફર્સ્ટ લેગમાંથી 3-2 અપ થયા પછી સેમી ફાઈનલના સેકન્ડ લેગમાં સાન સીરો ખાતે 3-0 થી મિલાનની સામે હારી થઈ.

2007-08ની સિઝન માટે, ફર્ગ્યુસને યુનાઈટેડની ફર્સ્ટ ટીમને વધુ સંગીન બનાવવા માટે નોંધપાત્ર કરાર કર્યાં. આખા વર્ષની વાટાઘાટને અંતે, બેયર્ન મ્યુનિક તરફથી લાંબા સમયના લક્ષ્ય ઓવેન હેરગ્રિવસ જોડાયા. ફર્ગ્યુસને પોર્ટુગીઝ યુવા ખેલાડીઓ વિન્ગર નેની અને બ્રાઝિલિયન પ્લેમેકર એન્ડરસનને ઉમેરીને મીડ ફિલ્ડને વધુ આધાર આપ્યો. જટીલ અને લાંબો વખત ચાલતા તબદીલના સાગા પછી છેલ્લા ઉનાળાના કરાર કરેલા ખેલાડીઓ વેસ્ટ હામ યુનાઇટેડ અને આર્જેન્ટિનાના સ્ટ્રાઇકર કાર્લોસ ટેવેઝ હતાં. 

ફર્ગ્યુસન હેઠળ યુનાઇટેડે સિઝનની તેમની ખૂબ ખરાબ શરૂઆત કરી, ક્રોસટાઉન પ્રતિસ્પર્ધી મેન્ચેસ્ટર સિટી સામે 1-0 થી હાર મેળવ્યાં પહેલાં તેમની લિગની પ્રથમ બે ગેમ્સને ડ્રો થઇ હતી. આમ છતાં, યુનાઇટેડ પરત આવ્યા અને ટાઇટલ મેળવવા માટે આર્સેનલ સાથે સજ્જડ સ્પર્ધા શરૂ કરી. ટીમને વ્યવસ્થિત સ્વરૂપ આપ્યા બાદ, ફર્ગ્યુસનનો એવો દાવો હતો કે મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડમાં પોતાના સમગ્ર કાર્યકાળ દરમિયાન આવી રીતે એકસૂત્રિત કરેલી આ સર્વશ્રેષ્ઠ ટીમ હતી.

16મી ફેબ્રુઆરી 2008ના રોજ, યુનાઈટેડે ઓલ્ડ ટ્રેફોર્ડ ખાતે એફએ (FA) કપના પાંચમા રાઉન્ડમાં આર્સેનલને 4-0થી હરાવ્યું, પરંતુ 8મી માર્ચના રોજ છઠ્ઠા રાઉન્ડમાં 1-0 થી મેચ ગુમાવીને પોર્ટ્સમાઉથ દ્વારા નોક-આઉટ થઈ. યુનાઇટેડે પેનલ્ટીનો દાવો કર્યો પણ તેને નકારવામાં આવ્યો, ફર્ગ્યુસને ગેઈમ પછી એવો આક્ષેપ કર્યો કે પ્રોફેશનલ ગેઈમ મેચ ઓફિસિયલ્સ બોર્ડના જનરલ મેનેજર કિથ હેકેટ, “ તેની ફરજ યોગ્ય રીતે બજાવતા ન હતા ”. ત્યારબાદ એફએ (FA) દ્વારા ફર્ગ્યુસન પર અયોગ્ય વર્તનનો આરોપ મૂકવામાં આવ્યો જેની સામે, ફર્ગ્યુસને વળતો જવાબ આપવાનો નિર્ણય કર્યો. યુનાઇટેડે બોલ્ટન વાન્ડરર્સ ખાતે 1-0 થી મેચ ગુમાવ્યા બાદ રેફરીની સામે ફર્ગ્યુસને ફરિયાદ નોંધાવ્યા બાદ આ જ સિઝનમાં તેમની પર આવો આરોપ બીજી વાર મૂકવામાં આવ્યો - આવા આરોપનો તેમણે વળતો જવાબ ન આપવાનો નિર્ણય કર્યો. 

11મી મે 2008ના રોજ, ફર્ગ્યુસન એબરડિનને યુરોપિયન કપ વિનર્સ કપમાં રિઅલ મેડ્રિડની સામે યુરોપિયન ગ્લોરિમાં નેતૃત્વ કર્યાના દિવસથી બરાબર 25 વર્ષે તેમણે મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડનું દસમા પ્રીમિયર લિગ ટાઈટલમાં નેતૃત્વ કર્યું. નજીકના પ્રતિસ્પર્ધી ચેલ્સિ - મેચના ફાઈનલ રાઉન્ડમાં જવાના પોઈન્ટના સમાણ સ્તરે હતી, પરંતુ ગોલમાં નજીવા તફાવતથી - ઘર આંગણે બોલ્ટન સામે 1-1 ડ્રો કરી શકી, ચેમ્પિયન્સથી બે પોઈન્ટ દૂર સમાપ્ત કર્યું. 
21મી મે 2008ના રોજ, ફર્ગ્યુસને પોતાનો બીજો યુરોપિયન કપ જીત્યા, મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડે મોસ્કોમાં લુઝિનિકી સ્ટેડિયમમાં, પ્રથમ વાર ઓલ ઈંગ્લીશ યુઈએફએ ચેમ્પિયન્સ લિગ ફાઈનલમાં વધારાના સમય પછી 1-1 ના ડ્રો પછી, પેનલ્ટી પર ચેલ્સિને 6-5 થી હરાવ્યું. ક્રિશ્ચિઆનો રોનાલ્ડોની પેનલ્ટી ચૂકી ગઇ એટલે કે જોન ટેરીની સ્પોટકિક જો સફળતાપૂર્વક લાગી હોત તો ટ્રોફી ચેલ્સિને મળી હોત, પરંતુ ટેરીએ સફળતાની તક ગુમાવી દીધી અને અંતે નિકોલસ એનેલ્કાની પેનલ્ટી એડવિન વાન ડેર સાર દ્વારા અટકાવવાને કારણે મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડને ફર્ગ્યુસનના સુકાન હેઠળ બીજી વખત અને એકંદરે ત્રીજી વખત ટ્રોફી મળી.

2007-2008ની યુઈએફએ ચેમ્પિયન્સ લિગ જીત્યા પછી ફર્ગ્યુસને પછીના ત્રણ વર્ષની અંદર મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડ છોડવા માટે પોતાનો ઈરાદો જાહેર કર્યો. મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડના ચીફ એકિઝકયુટિવ ડેવિડ ગીલ એલેકસ ફર્ગ્યુસનની અનિર્ણિત નિવૃત્તિના વિવાદને શાંત પાડવાનો તાત્કાલિક પ્રયત્ન કર્યો. 

2008-2009ની સિઝનમાં ટીમની ધીમી શરૂઆત હોવા છતાં, યુનાઇટેડ એક ગેમ બાકી રહેવા સાથે પ્રીમિયર લિગ જીતી ગયું, જુદા જુદા બે પ્રસંગે, પ્રીમિયર લિગ સતત ત્રણ વખત જીતવા સાથે ઈંગ્લીશ ફૂટબોલના ઇતિહાસમાં ફર્ગ્યુસન પ્રથમ મેનેજર બન્યા. ફર્ગ્યુસને હવે મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડમાં 11 લિગ ટાઈટલ જીતી લીધા છે અને 2008-2009ની સિઝન ટાઈટલ જીતવાની સફળતા, કુલ 18 પ્રસંગના રેકોર્ડ પર લિગ ચેમ્પિયન તરીકે લિવરપુલ સાથે બરાબરી કરી. તેઓએ 27મી મે 2009ના રોજ એફસી બાર્સેલોના સામે 2009 ચેમ્પિયન લિગ ફાઈનલ રમ્યા અને 2-0થી ગુમાવી.

પુરસ્કાર અર્પણ સમારોહ પછી, ફર્ગ્યુસને પોતાની શારીરિક સ્વસ્થતા હોય ત્યાં સુધી યુનાઈટેડ મેન્ચેસ્ટરમાં રહેશે અને વધુ એક વખત જીતવા મળે તો ખુશીની વાત ગણાશે એવું સ્વીકાર્યું. આનાથી યુનાઈટેડ કુલ લિગ જીત્યા કરતા એક વધુ જીતીને, તેના પ્રતિસ્પર્ધી લિવરપૂલ કરતા એકંદર જીતમાં લિડર બની જશે. 

ટીમ પ્રત્યે એલેકસ ફર્ગ્યુસનના યોગદાનના માનમાં એક ખાસ ટેસ્ટીમોનિઅલ મેચ 11મી ઓકટોબર 1999ના રોજ રમવામાં આવી હતી. વિશ્વભરના પ્રતિભાવંત ખેલાડીઓથી બનેલી વર્લ્ડ XI સામે મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડે મેચ રમી.

ખેલાડી તરીકે
બીજી યુરોપિયન ટ્રોફી
ઈસ્ટ સ્ટર્લિંગશાયર
સેન્ટ મિરેન