૮ સપ્ટેમ્બર ૨૦૦૬ના રોજ માલેગાંવ, મહારાષ્ટ્ર ખાતે શ્રેણીબદ્ધ બોમ્બ વિસ્ફોટ થયા. ૨૯ સપ્ટેમ્બર ૨૦૦૮ના રોજ મોડાસા, ગુજરાત અને માલેગાંવ, મહારાષ્ટ્ર ખાતે બોમ્બ વિસ્ફોટ થયા જેમાં આઠ લોકોના મોત થયાં અને ૮૦ લોકો ઘાયલ થયા. અમદાવાદ ખાતેથી સંખ્યાબંધ બોમ્બ મળી આવ્યા. હેમંત કરકરેને આ વિસ્ફોટની તપાસ સોંપવામાં આવી જેમણે ઓક્ટોબર ૨૦૦૮માં સાધ્વી પ્રજ્ઞા ઠાકુર, સ્વામી અમૃતાનંદ, લેફ્ટ્ કર્નલ પ્રસાદ શ્રીકાંત પુરોહિતની ધરપકડ કરી. મોટાભાગના કથિત ષડયંત્રકારો અભિનવભારત નામના સંગઠનના સભ્યો હતા.

વિરોધ પક્ષો જેવા કે શિવસેના અને ભારતીય જનતા પાર્ટીએ આરોપ લગાવ્યો કે ધરપકડ તત્કાલીન કોંગ્રેસ સરકારના દબાણ હેઠળ કરવામાં આવી હતી. આ બાબતોને કારણે કરકરે વિવાદોમાં ઘેરાઇ ગયા હતા. તેમાં ગેરકાયદેસર ધરપકડ અને માર મારવાના આરોપ પણ પોલીસ પર લગાવાયા હતા.

વિવાદ
મૃત્યુ
ભણતર અને કારકિર્દી
માલેગાંવ તપાસ