વર્ષ 2002માં, પાકિસ્તાનના રાષ્ટ્રપતિ પરવેઝ મુશર્રફે વડા પ્રધાનને બે સત્રથી વધુ પદ પર રહેવા પર પ્રતિબંધ મુકવા માટે પાકિસ્તાનના બંધારણમાં સુધારો કર્યો હતો. તેને પગલે ભુટ્ટોને ફરી ક્યારેય પદ મેળવવા માટે ગેરલાયક બનાવી દીધા હતા. આ નિર્ણય ભૂતપૂર્વ વડા પ્રધાન બેનઝિર ભુટ્ટો અને નવાઝ શરિફ પર પ્રત્યક્ષ પ્રહાર હોવાનું વિસ્તૃતપણે મનાય છે. 3 ઓગસ્ટ, 2003ના રોજ, ભુટ્ટો મિનહજ અલ કુરાન ઇન્ટરનેશનલના (એક આંતરરાષ્ટ્રીય મુસ્લિમ શૈક્ષણિક અને કલ્યાણ સંસ્થા) સભ્યા બન્યા હતા. 

યુનાઇટેડ આરબ એમિરેટ્સના દૂબાઇમાં વસવાટ દરમિયાન, તેઓ તેમના ત્રણ બાળકો અને તેમની માતાની સંભાળ રાખતા હતા, જેઓ અલ્ઝાઇમર રોગની પિડાતા હતા. આ દરમિયાન તેઓ ભાષણ આપવા અને પીપીપીના ટેકેદારો સાથે સંપર્ક જાળવી રાખવા માટે પ્રવાસ કરતા હતા. 
પાંચ વર્ષના સમયગાળા બાદ, ડિસેમ્બર 2004માં તેઓ ફરી તેમના પતિ સાથે એક થયા હતા. વર્ષ 2006માં ઇન્ટરપોલે પાકિસ્તાનની વિનંતીને પગલે ભ્રષ્ટાચારના આરોપોસર ભુટ્ટો અને તેમના પતિની ધરપકડની વિનંતી ઇસ્યુ કરી હતી. ભુટ્ટોએ ઇન્ટરપોલને લખેલા પત્રમાં વિનંતીના કાનૂની મહત્ત્વ અંગે પ્રશ્નાર્થ ઉભો કર્યો હતો. 27 જાન્યુઆરી, 2007ના રોજ, તેમને યુનાઇટેડ સ્ટેટ્સ દ્વારા જ્યોર્જ ડબ્લ્યૂ. બુશ અને રાષ્ટ્રીય ધારાસભા તથા રાજ્યના વિભાગીય અધિકારીઓ સાથે વાતચીત કરવા માટે આમંત્રણ આપ્યું હતું. ભુટ્ટોએ માર્ચ 2007માં યુકેમાં બીબીસી ટીવીના એક કાર્યક્રમ "ક્વેશ્ચન ટાઇમ" માં પેનલિસ્ટ તરીકે દેખા દીધી હતી. તેમણે બીબીસીની જીવંત ઘટનાઓના કાર્યક્રમ "ન્યૂઝનાઇટ" માં ઘણી વાર ભાગ લીધો હતો. તેમણે મોહમ્મદ ઇજાઝ-ઉલ-હક દ્વારા નાઇટહૂડ ઓફ સલમાન રશ્દી અંગે મે 2007માં કરવામાં આવેલી ટિપ્પણીને એવું કહેતા ધુત્કારી દીધી હતી કે તેને વિદેશી નાગરિકોના ખૂન કરવા માટે બોલાવવામાં આવ્યો હતો. 

ભુટ્ટોએ વર્ષ 2007 દરમિયાન પાકિસ્તાનમાં પરત ફરવાના ઇરાદાની જાહેરાત કરી હતી અને વર્ષ 2007ના અંતમાં કે 2008ના પ્રારંભમાં દેશમાં યોજાનારી સામાન્ય ચૂંટણીઓ અગાઉ તેમને પાકિસ્તાનમાં પ્રવેશવાની મંજૂરી ન આપવા અંગે મુશર્રફે મે 2007માં કરેલા નિવેદન છતાં તેઓ પરત ફર્યા હતા.ત્યારે એવી અટકળો હતી કે તેમને ફરી વડા પ્રધાન પદ માટેની ઓફર કરવામાં આવી હતી. 

યુએસના ઇતિહાસકાર, આર્થર હર્મને ૧૪ જૂન, 2007ના રોજ "ધી વોલ સ્ટ્રિટ જર્નલ" માં છપાયેલા એક વિવાદિત પત્રમાં રાષ્ટ્રપતિ અને તેમની નીતિઓના ટીકાકાર ભુટ્ટોના અહેવાલના જવાબમાં ભુટ્ટોને ઇતિહાસમાં દક્ષિણ એશિયાના સૌથી અપૂર્ણ નેતાઓમાંના એક ગણાવ્યા હતા અને જણાવ્યું હતું કે તેઓ અને પાકિસ્તાનના અન્ય ઉચ્ચ વર્ગના લોકો મુશર્રફને ધીક્કારે છે, કેમકે તેઓ વર્ષ 1947માં સ્વતંત્રતા દરમિયાન પાકિસ્તાનમાં આવી ગયેલા ઘણા ભારતીય મુસ્લિમોના પુત્ર, "મુહાજિર" હતા. હર્મને એવો દાવો કર્યો હતો કે "તેઓ પાકિસ્તાનની રચના સામે વિરોધ કરવાવાળા મુહાજિર્સ હોવા છતાં, પાકિસ્તાનના ઘણા વતની તેમને તિરસ્કરા ભરી નજરથી જોવે છે અને તેમની સાથે ત્રીજી કક્ષાના નાગરિકો જેવો વ્યવહાર કરે છે." 

વર્ષ 2007ના મધ્યમાં યુએસએ એ વ્યવહાર માટે દબાણ કર્યું, જેમાં મુશર્રફ રાષ્ટ્રપતિ પદે રહેશે, પરંતુ લશ્કરી વડા તરીકેનું પદ છોડી દેશે અને ભુટ્ટો અથવા તેમના દ્વારા નિમવામાં આવેલી વ્યક્તિ વડા પ્રધાન બનશે. 

11 જૂલાઇ,2007ના રોજ એસોસિએટેડ પ્રેસે લાલ મસ્જિદના અકસ્માત બાદના પ્રત્યાઘાતો અંગેના એક લેખમાં, લખ્યું : 

પૂર્વ વડા પ્રધાન અને વિરોધ પક્ષના નેતા બેનઝિર ભુટ્ટો સ્વદેશત્યાગમાંથી પરત ફરે અને એક વર્ષ સુધી ચાલેલી સામાન્ય ચૂંટણી બાદ સત્તાની વહેંચણીના સોદા સાથે મુશર્રફ સાથે જોડાઇ જાય તેવી શક્યતા છે અને તેમણે લાલ મસ્જિદના મુદ્દે તેમણે લીધેલા પગલાના વખાણ પણ કર્યા હતા.
ભુટ્ટોએ બ્રિટનના સ્કાય ટીવીને મંગળવારના રોજ જણાવ્યું હતું, "હું એ વાતથી ખૂબ ખુશ છું કે મસ્જિદમાં ત્રાસવાદીઓ સાથે શસ્રવિરામનો વિકલ્પ અપનાવવામાં આવ્યો ન હતો, કેમકે શસ્રવિરામથી આતંકીઓને પ્રોત્સાહન પૂરુ પાડે છે." "આ કાર્યની કદાચ તીવ્ર નકારાત્મક પ્રક્રિયા હોઇ શકે, પરંતુ કેટલાક સમયે આપણે આતંકનીઓનો રોકવા પડે છે." 

લાલ મસ્જિદ અંગેના તેમના આ પ્રકારના નિવેદનોને કારણે પાકિસ્તાનમાં અફરાતફરી ફેલાઇ ગઇ હતી, કેમકે હજારો યુવાન વિદ્યાર્થીઓના મૃત્યુ બળવાથી થયું હતું અને બાકીના લોકો હજુ પણ મળતા નથી અને અન્ય કેસોની સુનાવણી પાકિસ્તાનના સુપ્રિમ કોર્ટમાં ખોવાઇ ગયેલા વ્યક્તિઓના મુદ્દા અંગે કરવામાં આવી રહી છે. આ અને ત્યારબાદ મુશર્રફને સતત ટેકો પૂરો પાડતા ભુટ્ટોના ખાર જેવા સાથીઓએ જાહેરમાં તેમની ટીકા કરી હતી. 

આમ છતાં, ભુટ્ટોએ મુશર્રફને મુખ્ય ન્યાયમૂર્તિ સાથેના ઝઘડાના પ્રાથમિક તબક્કામાં તેમને ફરી સ્થાપિત કરવાની સલાહ આપી હતી. તેમની પીપીપી (PPP)તેના સીઇસી સભ્ય અને મુખ્ય ન્યાયમૂર્તિના વડા બેરિસ્ટર ઐતઝાઝ એહસાન પર તેમને સફળતાપૂર્વક સ્થાપિત કરવાનો લાભ લઇ શકી ન હતી. તેને બદલે તેમને એક દુશ્મન તરીકે જોવામાં આવ્યા હતા અને તેમને દૂર રાખવામાં આવ્યા હતા. 

વર્ષ 2000ના દાયકાના પ્રારંભમાં
પાકિસ્તાનમાં પ્રત્યાઘાતો
અંજલિ
2008ની ચૂંટણીઓ માટે તૈયારી