દરમિયાન, માર્ચ 2004માં એલટીટીઈની ઉત્તરીય અને પૂર્વીય શાખાઓમાં ગંભીર તડાં પડ્યાં. એલટીટીઈના પૂર્વના કમાન્ડર અને પ્રભાકરનનાં વિશ્વાસું અધિકારી કર્નલ કરુણાએ એવો દાવો કર્યો કે શ્રીલંકાના પૂર્વ ભાગના તમિલોને અપૂરતા સાધનો અને સત્તા આપવામાં આવી રહ્યાં છે તથા એલટીટીઈના પૂર્વ વિભાગમાંથી 5,000 સૈનિકો પોતાની સાથે લઈ લીધા. એલટીટીઈના ઇતિહાસમાં કોઈના દ્વારા વ્યક્ત કરાયેલો આ સૌથી મોટો મતભેદ હતો અને એલટીટીઈની અંદર જ આંતરવિગ્રહ તોળાઈ રહેલો જણાતો હતો. સંસદીય ચૂંટણી બાદ, ત્રિન્કોમાલીની (જે પહેલા ગોકન્ના તરીકે ઓળખાતું હતું) દક્ષિણે થયેલી ટૂંકી લડાઈને કારણે કરુણાના જૂથમાં ઝડપથી પીછેહટ અને આત્મસમર્પણ થયું, આખરે ખુદ કરુણા સહિત આ જૂથના નેતાઓ અજ્ઞાતવાસમાં જતા રહ્યાં, તેણે શાસક પક્ષના શક્તિશાળી રાજકારણી સૈયદ અલી ઝહીર મૌલાનાને છટકી જવામાં મદદ કરી. જો કે, "કરુણા જૂથે" પૂર્વમાં નોઁધપાત્ર ઉપસ્થિતિ જાળવી રાખી હતી અને એલટીટીઈની સામે હુમલાઓ કરવાનું ચાલુ રાખ્યું. એલટીટીઈએ સૈન્ય ઉપર અલગ થયેલા જૂથને છૂપો ટેકો આપવાનો આક્ષેપ કર્યો. ત્યારબાદ આ જૂથે તમિલઈલા મક્કલ વિદુથલાઈ પુલિકલ (ટીએમવીપી) નામનો એક રાજકીય પક્ષ સ્થાપ્યો અને ભવિષ્યમાં ચૂંટણી લડવાનો આશાવાદ વ્યક્ત કર્યો. 

આ ધમાચકડીના મોટાભાગના સમયગાળા દરમિયાન યુદ્ધવિરામ રહ્યો, શ્રીલંકા મોનિટરિંગ મિશન (એસએલએમએમ) દ્વારા કરાયેલી નોંધણી અનુસાર આ દરમિયાન એલટીટીઈ દ્વારા આશરે 3,000 વખત અને શ્રીલંકાના સૈન્ય દ્વારા લગભગ 300 વખત યુદ્ધવિરામનો ભંગ કરાયો હતો. બન્ને પક્ષો એકબીજાની વિરુદ્ધમાં છૂપી ગતિવિધિ હાથ ધરી રહ્યાં છે તેવા બન્ને પક્ષના સામસામાં આક્ષેપોને લીધે પરિસ્થિતિ વધુ વણસી. સરકારે એવો દાવો કર્યો કે એલટીટીઈ રાજકીય વિરોધીઓને ખતમ કરી રહી છે, બાળકોને કામે રાખી રહી છે, હથિયારો આયાત કરી રહી છે, અને સરકારના સુરક્ષા અને ગુપ્તચર અધિકારીઓની હત્યા કરી રહી હતી. બળવાખોરોએ સરકાર ઉપર એવો આક્ષેપ મૂક્યો કે તે તેમની વિરુદ્ધમાં અર્ધસૈનિક જૂથો, ખાસ કરીને કરુણા જૂથને મદદ કરી રહી છે. 

વાટાઘાટો અને વધુ હિંસા
મુત્તુર અને જાફનામાં એલટીટીઇના આક્રમણો
તમિલોનો ટેકો
એલટીટીઈનું વિભાજન