હોન્ડુરાસ બહુ-પ્રજાતીય એવો પૂર્વઇતિહાસ ધરાવે છે એમ પુરાતત્ત્વવિદોએ નિદર્શિત કરી આપ્યું છે. એ પૂર્વઇતિહાસનો એક અગત્યનો હિસ્સો તે, ગ્વાતેમાલાની સીમા નજીક, પશ્ચિમી હોન્ડુરાસમાં આવેલા કોપૅન શહેરની આસપાસ મય લોકોની હાજરી હતી. શિષ્ટ યુગ પૂર્વેના સમયગાળા દરમ્યાન (150-900) એ વિસ્તારમાં એક પ્રમુખ મયન શહેર (મય લોકોએ વસાવેલું શહેર) વિકસ્યું હતું. તેમાં અનેક કોતરેલા શિલાલેખો અને ઉપસાવેલા કોતરકામવાળા સ્તંભો હતા. પાંચમી સદીથી નવમી સદીની શરૂઆત સુધી, "ક્ષુક્પી(Xukpi)" નામનું પ્રાચીન સામ્રાજ્ય ત્યાં અસ્તિત્વ ધરાવતું હતું, તે હકીકત તેના પૂર્વેતિહાસને કમસે કમ બીજી સદી સુધી પાછળ લઈ જાય છે.

નવમી સદી દરમ્યાન મય સંસ્કૃતિની નોંધપાત્ર પડતી શરૂ થઈ ગઈ હતી, પણ ઓછામાં ઓછું 1200ના વખત સુધી એ લોકો શહેરમાં અને તેની આસપાસ વસતા હતા તેવો પુરાવો છે. સ્પેનિશ લોકો હોન્ડુરાસ આવ્યા ત્યાં સુધીમાં, એક વખતનું મહાન કોપૅન શહેર-રાજ્ય જંગલમાં રોળાઈ ગયું હતું, અને બચેલા ચ'ઓર્ટી' તેમના ચોલ્ટિયન ભાષી સમુદાયથી પશ્ચિમમાં અલગ પડી ગયા હતા. પશ્ચિમી હોન્ડુરાસમાં ત્યારથી મય ન હોય તેવા લેન્કા લોકોનું વર્ચસ્ રહ્યું હતું.

1502માં ન્યૂ વર્લ્ડ(અમેરિકા ખંડ)ની શોધ માટેના પોતાના ચોથા અને અંતિમ પ્રવાસમાં, ક્રિસ્ટોફર કોલંબસ હોન્ડુરાસના દરિયાકિનારે ઉપસાગરના દ્વીપો પર પહોંચી ગયો હતો. કોલંબસે ગ્વાઈમોરેતો લગૂનની આસપાસના પ્રદેશમાં, આધુનિક શહેર ત્રુજિલો પાસે ઊતરાણ કર્યું હતું. સ્પેનિશોએ આ પ્રદેશ શોધી કાઢ્યા પછી, હોન્ડુરાસ સ્પેનના ન્યૂ વર્લ્ડમાંના વિશાળ સામ્રાજ્યમાં ગ્વાતેમાલા રાજ્યનો હિસ્સો બની ગયું. ત્રુજિલો અને ગ્રાસિઅસ એ પ્રથમ શહેર-પાટનગરો હતાં. સ્પેનિશ લોકોએ લગભગ ત્રણ સદી સુધી આ વિસ્તાર પર શાસન કર્યું.

બાકીના મધ્ય અમેરિકી પ્રાંતોની સાથે, 15 સપ્ટેમ્બર 1821ના સ્પેને હોન્ડુરાસને સ્વતંત્રતા આપવી મંજૂર કરી. 1822માં સંગઠિત મધ્ય અમેરિકી પ્રાંતોએ (યુનાઈટેડ સેન્ટ્રલ અમેરિકન પ્રોવિન્સિસે) મધ્ય અમેરિકા સમવાય પ્રજાસત્તાક (ફેડરલ રિપબ્લિક ઓફ સેન્ટ્રલ અમેરિકા) સાથે જોડાવાનો નિર્ણય લીધો, જે 1838માં વિસર્જિત થઈ ગયું.
પરિણામે પ્રજાસત્તાકનાં તમામ રાજ્યો સ્વતંત્ર રાષ્ટ્રો બની ગયાં.

હોન્ડુરાસ પર શાસન સ્થાપવા અને ત્યાં વસાહત ઊભી કરવા પાછળ સ્પેનિશોનું મુખ્ય આકર્ષણ રૂપા(ચાંદી)નું ખાણકામ હતું. અમેરિકન માલિકીની ન્યૂ યોર્ક અને હોન્ડુરાસ રોસારિઓ માઈનિંગ કંપની સોના અને રૂપાની મુખ્ય નિર્માતા હતી, પણ 1954માં તેણે સન જુઆનસિતો ખાતેની પોતાની ખાણ બંધ કરી હતી.

અર્થતંત્ર
ભૂગોળ
રાજકારણ
ઇતિહાસ