એવા અમુક પુરાવા છે જે સૂચવે છે કે રોમન પાદરીઓ અગરબત્તી તરીકે જાયફળને બાળતા હતા, જો કે હજુ આ વિવાદાસ્પદ છે. એવું જણાય છે આનો ઉપયોગ કિંમતી અને મોંઘા મસાલા તરીકે મધ્યકાલિન ખોરાકમાં થતો હતો, જેનો ઉપયોગ સ્વાદ માટે દવાઓમાં અને પ્રિઝર્વેટીવ એજન્ટ્સ તરીકે થતો હતો, જે તે સમયે યુરોપિયન માર્કેટમાં ખૂબ કિંમતી ગણાતા હતા. સેન્ટ થીયોદર ધ સ્ટુડાઇટ ca. 758 – ca. 826) તેમના સંતોને, જયારે પણ તે ખાવાની જરૂર હોય ત્યારે તેમના પીઝ પુડિંઝ્ગ પર જાયફળ છાંટવાની છૂટ આપવા માટે ખૂબ પ્રખ્યાત હતા. એલિઝાબેથના સમયમાં એવું માનવામાં આવતું હતું કે જાયફળથી પ્લેગ જેવી બિમારીઓ ભાગી શકે છે, અને માટે ત્યારે તે ખૂબ પ્રખ્યાત હતું. 

નાના બાન્ડા ટાપુઓ જાયફળ અને જાવિત્રીના દુનિયાના એકમાત્ર સ્ત્રોતા હતા. જાયફળનો વ્યાપાર મધ્યકાલીન સમયમાં અરબો દ્વારા થતો હતો અને જે તેઓ વેનિસના વ્યાપારીઓને ઊંચી કિંમતમાં વેચતા હતા, પરંતુ વ્યાપારીઓ ભારતીય મહાસાગરના વ્યાપારમાં જાયફળનો તેઓનો મૂળ સ્ત્રોત કહેતા ન હતા અને કોઈ પણ યુરોપિયન તેનું સ્થાન જાણી ન શક્યા. 
ઓગસ્ટ 1511માં પોતુર્ગલના રાજાઓના તરફથી અફોંસા ડે અલ્બુકર્કે મલક્કા પર વિજય મેળવ્યો, જે તે સમયનું એશિયાઈ વ્યાપાર કેન્દ્ર હતું. મલક્કાને સુરક્ષિત કર્યા પછી અને બાંડા સ્થાનની માહિતી મેળવ્યા બાદ તે વર્ષના નવેમ્બરમાં અલ્બુકર્કે પોતાના એક સાથી મિત્ર એન્ટોનિયો ડે એમ્બ્ર્યુના નેતૃત્વ હેઠળ ત્રણ જહાજો સાથે એક અભિયાનમાં તેમણે શોધવા નીકળ્યા. મલય જહાજચાલકોને કામ પર રાખવામાં આવ્યા અથવા બળજબરી લેવામાં આવ્યા અને તેમને જાવા દ્વારા લેસર સુંડાસ અને અમ્બોનથી બાંડા સુધીનું નિર્દેશન કર્યું અને 1512ના પ્રારંભમાં ત્યાં પહોંચ્યા. પહેલી વખત યુરોપિયનો બાંડા સુધી પહોંચ્યા અને આ અભિયાન લગભગ એક મહિના સુધી બાંડામાં રહ્યું અને તેઓ બાંડાના જાયફળ અને જાવિત્રીની ખરીદી કરતા રહ્યાં અને જહાજમાં ભરતા રહયા સાથે સાથે લવિંગની ખરીદી પણ કરી જેમાં પૂર્ણ વ્યાપક બાંડાનો એન્ટ્રેપોટ વ્યાપાર થતો હતો. "સુમા ઓરિએન્ટલ " પુસ્તકમાં પહેલી વખત બાંડાના વ્યાપારનું વર્ણન કરવામાં આવ્યું છે, જે એ પોર્ટુગલી ઔષધકાર ટોમે પિરેસ દ્વારા લખવામાં આવેલું જે 1512 થી 1515 સુધી મલક્કામાં રહેતા હતા. પરંતુ આ વ્યાપારનું પૂર્ણ નિયંત્રણ શકય ન હતું અને તેઓ મોટાભાગે સહભાગી જ રહ્યાં અને માલિક નહીં કારણકે ટર્નેટ અધિકારીઓની બાન્ડા ટાપુના જાયફળ ઉત્પાદન કેન્દ્રો પરનો કાબુ ખૂબ મર્યાદિત હતો. એટલે ટાપુમાં પોર્ટુગલો પોતાની પક્કડ મજબૂત કરવામાં નિષ્ફળ ગયાં.

પછી 17મી સદીમાં ડચે જાયફળના વ્યાપારમાં પોતાનું વર્ચસ્વ બનવ્યું. બ્રિટિશ અને ડચે લાંબા સમય સુધી રન ટાપુ પર કાબૂ રાખવા માટે સઘર્ષ કરતા રહયા, જે તે સમયે જાયફળનો એકમાત્ર સ્ત્રોત હતો. બીજા એંગ્લો-ડચ યુધ્ધનાં અંતમાં બ્રિટિશના ઉત્તરી અમેરિકામાં ન્યુ એમ્સ્ટરડેમ (ન્યુયોર્ક) પર કબજો આપવાની જગ્યાએ ડચને રનનો કબજો મળી ગયો. 

1621માં ટાપુના મોટાભાગના રહેવાસીઓની હત્યા અથવા તો બહાર કાઢી દેવા સાથે ડચે મોટું મિલિટરી અભિયાન કરી બાંડા ટાપુઓ પર નિયંત્રણ સ્થાપિત કર્યું. આના પછી સ્થાનીય યુધ્ધ વાહનોમાં વાર્ષિક અભિયાનોને વધારીને બીજા સ્થાનો પર વાવેલાં જાયફળના ઝાડોને ઉખાડીને બાન્ડા ટાપુઓને એક વૃક્ષારોપણ એસ્ટેટની શ્રૃંખલાના રૂપમાં ચલાવવામાં આવ્યા.

નેપોલિયનના યુધ્ધ દરમિયાન ડચ રાજાઓના આંતરીક નિર્ણયના રૂપમાં અંગ્રેજોએ બાંડા ડચ પાસેથી આંશિક સમય માટે કાબૂ મેળવ્યો અને જાયફળનું પોતાના સામાજિક ક્ષેત્રોમાં ફરી પ્રતિરોપણ કર્યું, વિશેષ રૂપમાં જાંજીબાર અને ગ્રેનાડામાં. આજે જાયફળનું અડધો તૂટેલું શૈલીવાળું ચિત્ર ગ્રેનાડાના રાષ્ટ્રીય ધ્વજ પર જોવા મળે છે.

કનેકિટકટ પોતાનું ઉપનામ (“ધ નટમેગ સ્ટેટ”, “નટમેગર”) એક એવી વાર્તા પરથી મેળવ્યું કે થોડા વિવેકહીન વ્યાપારીઓ લાકડામાંથી “જાયફળ” ખોતરીને “લાકડાનું જાયફળ” બનાવતા હતા (એક શબ્દ જે પછીથી કોઇ દગા માટે વાપરવામાં આવ્યો).

રસોઈમાં ઉપયોગ
જાયફળનું માખણ
ઇશેન્શિયલ તેલ
ઇતિહાસ