પોલીમોર્ફિક કોડ () એ વાઈરસ સ્કેનરને મળેલો સૌથી મોટો પડકાર છે. આ દ્વારા સ્કેનરની સિસ્ટમને નુકશાન પણ થાય છે.સામાન્ય એનક્રિપ્ટેડ વાઈરસની જેમ જ, પોલીમોર્ફિક વાઈરસથી ક્ષતિગ્રસ્ત થયેલી ફાઈલ, જે પોતાની મેળે એનક્રિપ્ટેડ કોપી બનાવે છે, અને ડીક્રિપ્શન મોડ્યુલ દ્વારા ડીકોડેડ કરે છે. જો કે, પોલોમોર્ફિક વાઈરસના કેસમાં, દરેક ચેપ વખતે ડીક્રિપ્શન મોડ્યુલ પણ બદલાય છે. જેથી વ્યવસ્થિ રીતે લખવામાં આવેલા પોલીમોર્ફિક વાઈરસ ઈન્ફેક્શન વખતે તેનો એક પણ ભાગ ઓળખાય તેવી રીતે રહેતો નથી જેથી સીધી જ રીતે સિગ્નેચરના ઉપયોગ દ્વારા આ વાઈરસને ઓળખી શકવા તકલીફ ઉભી થાય છે. એન્ટી વાઈરસ સોફ્ટવેર આ વાઈરસને ઈમ્યુલેટરના ઉપયોગ દ્વારા ઓળખી કાઢે છે. આ ઉપરાંત વાઈરસની રચના અને તેની પેટર્નના આંકડાકીય અભ્યાસ દ્વારા તેને ડીટેક્ટ કરાય છે. પોલીમોર્ફિક કોડને સક્રિય બનાવવા માટે વાઈરસ પાસે તેની એનક્રિપ્ટેડ બોડીમાં પોલીમોર્ફિક એન્જિન હોવું જરૂરી છે.(આને મુટેટીંગ એન્જિન અથવા મુટેશન એન્જિન પણ કરે છે.)આ પ્રકારના એન્જિન કેવી રીતે ચાલે છે તે જોવા માટે જૂઓ પોલીમોર્ફિક કોડ ().

કેટલાક વાઈરસ પોલીમોર્ફિક કોડનો એવી રીતે ઉપયોગ કરે છે જેથી વાઈરસનો પરિવર્તન દર નોંધપાત્ર રીતે વધી જાય છે. દાખલા તરીકે, વાઈરસને કેટલાક સમય માટે પરિવર્તનશીલ પણ બનાવાય છે, અથવા તેને એવો પણ બનાવાય છે કે વાઈરસ ધરાવતા કમ્પ્યુટરની ફાઈલને જ્યારે તે ક્ષતિગ્રસ્ત બનાવે છે ત્યારે પરિવર્તનથી દુર રહે છે. ધીમા પોલીમોર્ફિક કોડના ઉપયોગનો ફાયદો એ છે કે એન્ટી વાઈરસ પ્રોફેશનલ્સ તેના પ્રતિનિધિ જેવા વાઈરસના સેમ્પલ લઈ શકવા અસમર્થ બને છે.કારણ કે બાઈટ ફાઈલ જે પહેલી વખત ઈન્ફેક્ટેડ થઈ હોય છે તે પરંપરાગત રીતે વાઈરસ સરખા જ સેમ્પલ ધરાવતી હોય છે.આનાથી વાઈરસ સ્કેનર દ્વારા પકડવામાં આવેલા વાઈરસનું પરિણામ વિશ્વાસપાત્ર રહતું નથી અને કેટલાક વાઈરસ, સ્કેનરની જાળમાંથી છટકી પણ જાય છે. 

સ્ટેલ્થ
પોલીમોર્ફિક કોડ (Polymorphic code)
ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ રીઈન્સ્ટોલેશન
વાઈરસ નાબુદ કરવો