અમેરિકામાં સંકેતલિપી સાથે સંકળાયેલો અન્ય એક ઝઘડાળુ મુદ્દો સાઇફરનો વિકાસ અને તેની નીતિના મુદ્દે નેશનલ સિક્યુરિટી એજન્સીનું પ્રભુત્વ છે. આઇબીએમ ખાતે જ્યારે ડીઇએસનો વિકાસ થઇ રહ્યો હતો ત્યારે એનએસએ તેની સાથે સંકળાયેલી હતી. ત્યારબાદ તેને નેશનલ બ્યુરો ઓફ સ્ટાન્ડર્ડ દ્વારા ફેડરલ સ્ટાન્ડર્ડ ફોર ક્રિપ્ટોગ્રાફીનો દરજ્જો આપવામાં આવ્યો. ડીઇએસનું સર્જન પરિવર્તન પામતા સંકેતલિપી વિશ્લેષણ સામે ટકી શકાય તે માટે કરવામાં આવ્યું હતું. એનએસએ અને આઇબીએમ દ્વારા બનાવવામાં આવેલી આ એક શક્તિશાળી અને સામાન્ય સંકેતલિપી વિશ્લેષણ પદ્ધતિ હતી. જ્યારે 1980માં તેની પુનઃ શોધ કરવામાં આવી ત્યારે તે અંગે સામાન્ય જનતાને જાણ થઇ હતી. સ્ટિવન લેવીના જણાવ્યા અનુસાર આઇબીએમે પરિવર્તન પામતા સંકેતલિપી વિશ્લેષણની પુનઃ શોધ કરી હતી પરંતુ એનએસએની વિનંતીને ધ્યાનમાં રાખીને તેણે તેની તકનીક કોઇને જણાવી નહોતી. આ તકનિક જાહેરમાં ત્યારે આવી કે જ્યારે બિહામ અને શમિરે તેની પુનઃ પુનઃ શોધ કરીને થોડા વર્ષો બાદ જાહેર કરી હતી. આ સમગ્ર ઘટનામાં એક મુશ્કેલી એ હતી કે હુમલાખોરો પાસે કયા પ્રકારના સ્રોતો અને જ્ઞાન રહેલું હોવું જોઇએ. તેનો ક્યાસ કાઢવો મુશ્કેલી ભરેલું કામ હતું. 

એનએસએની દરમિયાનગીરીનું અન્ય એક ઉદાહરણ 1993માં જોવા મળ્યું હતું. તે હતું ક્લિપર ચિપ પ્રકરણ જેમાં સંકેતલિપી લખેલી માઇક્રોચિપને કેપસ્ટોનના ઉપયોગ માટે બનાવવામાં આવી હતી. જે સંકેતલિપીને કાબૂમાં રાખવા માટેનું સાહસ હતું. સંકેતલિપીના સર્જકો દ્વારા બે કારણોસર ક્લિપરની જોરદાર ટિકા કરવામાં આવી હતી. એ વખતે સાઇફરના ગાણિતીક નિયમોને વર્ગીકૃત કરવામાં આવ્યા (1998માં અવર્ગીકૃત કરી દેવામાં આવ્યો હોવા છતાં પણ તેને ક્પિલપર વિશેષણ નીકળી ગયાના ઘણા સમય બાદ સ્કિપજેક તરીકે ઓળખવામાં આવતો હતો. આ ગુપ્ત સાઇફરે એવી ચિંતા ઉપજાવી કે એનએસએએ જાણી જોઇને આ સાઇફર નબળો બનાવ્યો છે જેથી કરીને તે પોતાની જાસૂસીના પ્રયાસો કરી શકે. વળી, આમાં કર્ખોફના સિદ્ધાંતનો ભંગ થતો હોવાને કારણે સમગ્ર સાહસની ઉગ્ર ટિકા કરવામાં આવી હતી. કારણ કે આ યોજનામાં ખાસ એસ્ક્રો ચાવીનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો. જે સરકાર પાસે રહેતી અને સામાન્યતઃ તે કાયદાકીય દળો દ્વારા ઉપયોગમાં લેવાતી દા. ત. વાયરટેપ.

પ્રતિબંધો
સંકેતલિપીનો ઇતિહાસ અને સંકેતલિપી વિશ્લેષણ
આધુનિક સંકેતલિપી
એનએસએ(NSA)ની દરમિયાનગીરી