સંકેતલિપી એ જાસૂસો તેમજ કાયદાકીયદળો માટે હંમેશા રસનો વિષય રહ્યો છે. જે લોકો મુક્તપણે સંચાર માધ્યમો દ્વારા વાતચીત કરે છે તેમના ઉપર શંકા નથી જતી પરંતુ ગુપ્ત ભાષા મારફતે કરવામાં આવતી વાતચીત ગુનાઇત કે રાજદ્રોહી હોઇ શકે છે. સંકેતલિપીમાં ખાનગીપણાંની સગવડ હોવાને કારણે તેમજ તેની ગુપ્તતા ઘટાડવા માટેના પ્રયાસો થયા છે. સંકેતલિપી નાગરિક અધિકારના ટેકેદારો માટે પણ રસનો વિષય રહ્યો છે. તે મુજબ સંકેતલિપીની આજુબાજુ વિવાદાસ્પદ કાયદાકીય મુદ્દાઓ સતત વીંટળાયેલા રહ્યા છે. ખાસકરીને બિનખર્ચાળ કમ્પ્યૂટરનાં આગમન બાદ ઉચ્ચ ગુણવત્તાવાળી સંકેતલિપીનું નિર્માણ શક્ય બન્યું તે બાદ કમ્પ્યૂટરના બહોળા ફેલાવાને કારણે વિવાદોનું પ્રમાણ પણ વધવા પામ્યું છે. 

કેટલાક દેશોમાં સંકેતલિપીનો સ્થાનિક સ્તરે ઉપયોગ કરવો પણ પ્રતિબંધિત છે. અથવા તો કરી દેવામાં આવી છે. વર્ષ 1999 સુધી ફ્રાન્સમાં પણ સ્થાનિક સ્તરે સંકેતલિપીના ઉપયોગ ઉપર પ્રતિબંધ લાદવામાં આવ્યો હતો જોકે પાછળથી તેણે અમુક પ્રતિબંધો ઉઠાવી લીધાં હતા. ચીનમાં સંકેતલિપીનો ઉપયોગ કરવા માટે હજી પણ પરવાનો લેવાની જરૂર પડે છે. ઘણા દેશોએ સંકેતલિપીનો ઉપયોગ કરવા માટેનાં ધારાધોરણો ખૂબ જ ચુસ્ત બનાવી દીધા છે. જે દેશોમાં સંકેતલિપીનો ઉપયોગ કરવાના કાયદા ખૂબ જ કડક છે તેમાં બેલારુસ, કઝાકિસ્તાન, મોંગોલિયા, પાકિસ્તાન, રશિયા, સિંગાપોર, ટ્યુનિશિયા અને વિયેતનામનો સમાવેશ થાય છે. 

યુએસમાં સંકેતલિપીના સ્થાનિક ઉપયોગ માટે મુક્તિ આપવામાં આવી છે. પરંતુ ત્યાં સંકેતલિપીના મુદ્દે ઘણી કાયદાકીય ઘાંઘલ ચાલી રહી છે. સંકેતલિપીની નિકાસ, સંકેતલિપીને લગતા સોફ્ટવેર અને હાર્ડવેરની નિકાસ એક અગત્યનો અને વિવાદાસ્પદ મદ્દો છે. સંભવતઃ બીજાં વિશ્વ યુદ્ધ દરમિયાન સંકેતલિપીના વિશ્લેષણનું મહત્વ વધ્યું તેથી એમ લાગવા માંડ્યું કે સંકેતલિપી રાષ્ટ્રીય સુરક્ષા માટે અગત્યનો મુદ્દો છે. જેથી ઘણાં પશ્ચિમના દેશોની સરકારે સંકેતલિપીની નિકાસ ઉપર ચુસ્ત નિયમન લાદી દીધું. બીજાં વિશ્વ યુદ્ધ બાદ યુએસમાં સંકેતલિપીને લગતી તકનીકો કે સાધનો વેચવા અથવા તો તેનું વિતરણ કરવું ગેરકાયદે ગણાતું. ખરેખર તો સંકેતલિપીમાં સંદેશા બનાવનાર એટલે કે એન્ક્રિપ્શનને યુએસ મિલિટરીનું ગૌણ સાધન જાહેર કરવામાં આવ્યું અને તેને યુનાઇટેડ સ્ટેટ્સ મ્યુનિશન લિસ્ટમાં સમાવવામાં આવ્યું. પર્સનલ કમ્પ્યૂટર (પીસી)નો વિકાસ થયો તે પહેલા અસમપ્રમાણ ચાવીના નિયમો (સાર્વજનિક ચાવીની તકનીકો) અને ઇન્ટરનેટનાં આગમન બાદ તે જટિલતાથી ભરપૂર ન રહેવા પામી. જોકે જેમજેમ ઇન્ટરનેટ વિકાસ પામ્યું અને કમ્પ્યૂટર આસાનીથી મળવા માંડ્યું ત્યારે વિશ્વભરમાં સંકેતલિપીની ઉચ્ચગુણવત્તાવાળી તકનીક ખૂબ જ પ્રચલિત બની. જેનાં પરિણામે નિકાસ ઉપરનાં અંકુશો વેપાર અને સંશોધન વચ્ચેનો અંતરાય બની ગયો.

કાયદાકીય મુદ્દાઓ
આધુનિક સંકેતલિપી
કમ્પ્યૂટર યુગ
પ્રતિબંધો