પક્ષના સામાજિક વર્તુળોમાં મુખર્જી ખૂબ જ માનનીય છે. અન્ય માધ્યમો 
તેમને “વિલક્ષણ સ્મરણશક્તિ ધરાવનારા અને ટકી રહેવાની અખૂટ સહજતા ધરાવતા, અસંખ્ય ગણતરીઓ કરી શકનારા રાજનીતિજ્ઞ તરીકે” વર્ણવે છે.

સોનિયા ગાંધી અનિચ્છાએ રાજકારણમાં જોડાવા સંમત થયા ત્યાર બાદ, પ્રણવ મુખર્જી તેમના મુખ્ય માર્ગદર્શકોમાંના એક હતા, પ્રણવ સોનિયા ગાંધીને મુશ્કેલ પરિસ્થિતિઓમાં તેમના સાસુ, ઈન્દિરા ગાંધી હોય તો શું કરે તેના ઉદાહરણો સાથે માર્ગદર્શન આપતા. મુખર્જીની અમોઘ નિષ્ઠા અને ક્ષમતાએ તેમને સોનિયા ગાંધી અને મનમોહનસિંહ સાથે ઘનિષ્ઠ કર્યા, અને 2004માં જ્યારે પક્ષ સત્તામાં આવ્યો ત્યારે તેમને સંરક્ષણ પ્રધાનનું પદ મેળવવામાં મદદ મળી.1991થી 1996 સુધી તેમની પાસે, આયોજન પંચના ઉપાધ્યક્ષનું પદ પણ હતું. 2005ની શરૂઆતમાં પેટંટ સુધારા વિધેયક માટેની વાટાઘાટો દરમિયાન તેમની પ્રતિભા દેખીતી હતી. કોંગ્રેસ આઈપી (IP) વિધેયક પસાર કરવા માટે પ્રતિબદ્ધ હતી, પરંતુ ડાબેરી મોરચામાંના તેમના યુનાઈટેડ પ્રોગ્રેસિવ અલાયન્સના સાથીઓની, બૌદ્ધિક સંપત્તિની કેટલીક એકાધિકાર બાજુઓનો વિરોધ કરવાની લાંબી પરંપરા હતી. સંરક્ષણ પ્રધાન તરીકે, પ્રણવ મુખર્જી, ઔપચારિક રીતે સંબંધિત નહોતા પરંતુ તેમની વાટાઘાટો કરવાની આવડતને કારણે તેમની મદદ લેવાઈ હતી. તેમણે સીપીઆઈ-એમ (CPI-M) નેતા જ્યોતિ બાસુ સહિત ઘણા જૂના સાથીઓને આકર્ષિત કર્યા, અને નવા મધ્યસ્થ પદોની રચના કરી, જેમાં ચીજવસ્તુઓની પેટંટનો સમાવેશ અને અન્ય થોડી ચીજોનો સમાવેશ થતો હતો. ત્યાર બાદ તેમણે વાણિજ્ય પ્રધાન કમલ નાથ સહિત પોતાના જ સહકર્મચારીઓને રાજી કરવાવાના હતા, એક સમયે એમ કહીનેઃ 
“કાયદો ન હોવા કરતાં અપૂર્ણ કાયદો હોવો વધુ યોગ્ય છે” આખરે માર્ચ 23, 2005ના રોજ વિધેયક મંજૂર કરાયું હતુ. 

શિક્ષણ
રાજકીય પક્ષમાં ભૂમિકા
વિદેશ પ્રધાન: ઓક્ટોબર 2006
નાણાં પ્રધાન