ખાનગી રીતે નિમાયેલા 35 સભ્યોના બોર્ડ ઓફ ટ્રસ્ટીની માલિકી અને સંભાળ હેઠળની સ્ટેનફોર્ડ યુનિવર્સિટી કર મુક્ત કંપની ટ્રસ્ટ છે. ટ્રસ્ટીઓ પાંચ વર્ષનો કાર્યકાળ ધરાવે છે (બે સતત કાળથી વધુ નહી) અને વર્ષમાં પાંચ વખત મળે છે. સ્ટેનફોર્ડના ટ્રસ્ટીઓ આ ઉપરાંત સ્ટેનફોર્ડ રિસર્ચ પાર્ક, સ્ટેનફોર્ડ શોપીંગ સેન્ટર, કેન્ટોર સેન્ટર ફોર વિઝ્યુઅલ આર્ટસ, સ્ટેનફોર્ડ યુનિવર્સિટી મેડિકલ સેન્ટર, અને ઘણા સંલગ્ન તબીબી સવલતો (લ્યુસાઇલ પેકાર્ડ ચિલ્ડ્રન્સ હોસ્પિટલ સહિત) પર દેખરેખ રાખે છે. 

બોર્ડ યુનિવર્સિટીના ચિફ એક્ઝિક્યુટિવ ઓફિસર તરીકે ફરજ બજાવવા માટે પ્રમુખની નિમણૂંક કરે છે અને અધ્યાપકોની ફરજો અને અભ્યાસનો અભ્યાસક્રમ નકી કરે છે, તેમ જ નાણાંકીય અને કારોબારની બાબતોનું સંચાલન કરે છે અને નવ ઉપ પ્રમુખોની નિમણૂંક કરે છે. જોહ્ન એલ. હેનેસ્સીની નિમણૂંક ઓક્ટોબર 2000માં યુનિવર્સિટીના 10મા પ્રમુખ તરીકે કરવામાં આવી હતી. કોલેજનો વડો શૈક્ષણિક અને અંદાજપત્રીય અધિકારી હોય છે, જેને દરેક સાતેય શાળાઓના ડીને અહેવાલ આપવાનો હોય છે. જોહ્નન એચેમેન્ડીનું નામ સપ્ટેમ્બર 2000માં 12મા કોલેજ વડા તરીકે આપવામાં આવ્યું હતું. 

યુનિવર્સિટી સાત શાળાઓમાં સંગઠિત થયેલી છે: સ્કુલ ઓફ હ્યુમેનિટીઝ એન્ડ સાયંસીઝ, સ્કુલ ઓફ એન્જિનીયરીંગ, સ્કુલ ઓફ અર્થ સાયંસીઝ, સ્કુલ ઓફ એજ્યુકેશન, ગ્રેજ્યુએટ સ્કુલ ઓફ બિઝનેસ, સ્ટેનફોડર્ડ લો સ્કુલ અને સ્ટેનફોડર્ડ યુનિવર્સિટી સ્કુલ ઓફ મેડીસિન. શિક્ષકોની શક્તિ અને સત્તા એકેડેમિક કાઉન્સીલમાં સમાયેલી છે, જે કાર્યકાળ અને કાર્યકાળ વિનાના શિક્ષકો, સંશોધન શિક્ષકો, કેટલાક નીતિ કેન્દ્રો અને સંસ્થાઓમાં વરિષ્ઠ વિદ્યાર્થીઓ, યુનિવર્સિટીના પ્રમુખ અને અન્ય કેટલાક શૈક્ષણિક વહીવટકર્તાઓથી બનેલી છે, પરંતુ મોટા ભાગની બાબતો ફેકલ્ટી સેનેટ દ્વારા હાથ ધરવામાં આવે છે, જે શિક્ષકોના 55 ચૂંટાયેલા પ્રતિનિધિઓની બનેલી છે. 

2006માં, પ્રમુખ હેનેસ્સીએ સ્ટેનફોર્ડ ચેલેન્જ, 4.3 અબજ ડોલરનું ભંડોળ ઊભુ કરવાની ઝુંબેશનો પ્રારંભ કર્યો હતો, જે મુખ્ય ત્રણ બાબતો પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરતી હતી: અનેકશિસ્ત સંશોધન પ્રયત્નો, શિક્ષણ સુધારવાના પ્રયત્નો અને મહત્વનો ટેકો. સ્ટેનફોર્ડે ખાનગી દાન પેટે 69,350 દાતાઓ પાસેથી 2006-07માં 832.2 મિલીયન ડોલર ઊભા કતર્યા હતા, જે યુ.એસની દરેક યુનિવર્સિટીઓની તુલનામાં સૌથી વધુ રકમ હતી. એસોસિયેટેડ સ્ટુડન્ટસ ઓફ સ્ટેનફોર્ડ યુનિવર્સિટી (એએસએસયુ) સ્ટેનફોર્ડ યુનિવર્સિટી માટેની વિદ્યાર્થી સરકાર છે અને નોંધાયેલા તમામ વિદ્યાર્થીઓ તેના સભ્યો છે. તે ચુંટાયેલ સભ્યપદ છે, જેમાં પૂર્વસ્નાતક વિદ્યાર્થીઓ દ્વારા ચુંટાયેલ પૂર્વસ્નાતક સેનેટ અને પ્રમુખ અને ઉપપ્રમુખ કે જે સમગ્ર વિદ્યાર્થી સંસ્થા દ્વારા ટિકીટ તરીકે ચુંટાયેલા છે તેમનો સમાવેશ થાય છે. 

વહીવટ અને સંગઠન
20મી સદી
પરંપરાઓ
સ્ટેનફોર્ડ ખાતેની ટકાઉ મિલકત