નડાલે પગમાં ઇજાને કારણે ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપન ગુમાવ્યો હતો. ફેબ્રુઆરીમાં તેણે રમેલી પ્રથમ ટુર્નામેન્ટ, જે માર્સીલે, ફ્રાન્સમાં યોજાઇ હતી તે, ઓપન 13ની સેમિફાઇનલમાં હાર્યો હતો. બે સપ્તાહ બાદ દુબઇ ડ્યુટી ફ્રી મેન્સ ઓપનની ફાઇનલમાં તેણે રોજર ફેડરરને તેની વર્ષની પ્રથમ હાર આપી હતી. (2006માં માત્ર રફેલ નડાલ અને એન્ડી મુરે જ ફેડરરને હરાવી શક્યા હતા). સ્પ્રિંગ હાર્ડ-કોર્ટ સીઝનમાં નડાલ ઇન્ડિયન વેલ્સ, કેલિફોર્નિયામાં રમાયેલી પેસિફિક લાઇફ ઓપનની સેમિફાઇનલમાં જેમ્સ બ્લેકી દ્વારા અપસેટ થયો હતો અને 2006 મિયામી માસ્ટર્સના બીજા રાઉન્ડમાં પણ અપસેટ થયો હતો.

યુરોપીયન ક્લે પર નડાલ જે પણ ચાર ટુર્નામેન્ટમાં પ્રવેશ્યો તે તમામ ટુર્નામેન્ટ અને સળંગ 24 મેચ જીત્યો હતો. તેણે માસ્ટર્સ સિરીઝ મોન્ટે કાર્લોની ફાઇનલમાં ફેડરરને ચાર સેટમાં હરાવ્યો હતો. ત્યાર બાદના સપ્તાહમાં તેણે બાર્સિલોનામાં રમાયેલી ઓપન સબાડેલ એટલાન્ટિકોની ફાઇનલમાં ટોમી રોબ્રેડોને હરાવ્યો હતો. એક સપ્તાહના વિરામ બાદ, નડાલે રોમમાં રમાયેલી માસ્ટર્સ સિરીઝ ઇન્ટરનેઝનાલી બીએનએલ (BNL) ડીટાલિયા જીતી હતી. તેણે બે મેચ પોઇન્ટ બચાવ્યા બાદ અને બીજોર્ન બોર્ગની ટીનએજર તરીકે 16 એટીપી ટાઇટલ (ATP) વિજેતાની ટેલીને સમકક્ષ બન્યા બાદ ફાઇનલમાં પાંચમાં સેટ ટાઇબ્રેકરમાં ફેડરરને હરાવ્યો હતો. નડાલે ફ્રેન્ચ ઓપનમાં પ્રથમ રાઉન્ડ મેચ જીતીને અર્જેન્ટિનાના ગુલેર્મો વિલાસનો સળંગ 53 ક્લે-કોર્ટ મેચ જીતવાનો 29 વર્ષીય પુરૂષનો વિક્રમ તોડ્યો હતો. વિલાસે નડાલને ટ્રોફી એનાયત કરી હતી પરંતુ બાદમાં ટિપ્પણી કરી હતી કે નડાલની સિદ્ધિ તેના કરતા ઓછી પ્રભાવક છે કારણકે નડાલને વિજયની સળંગ શ્રેણી રચતા બે વર્ષ લાગ્યા હતા અને તેના શિડ્યુલમાં સરળ ટુર્નામેન્ટો ઉમેરીને આ સિદ્ધિ મેળવી હતી. નડાલ ફ્રેન્ચ ઓપનની ફાઇનલમાં ફેડરર સામે રમ્યો હતો. મેચના પ્રથમ બે સેટ બહુ ઓછા સ્પર્ધાત્મક હતા કારણકે પ્રતિસ્પર્ધીએ 6-1 સેટનો સ્કોર કર્યો હતો. નડાલ ત્રીજો સેટ સરળતાથી જીતી ગયો હતો અને ફેડરરે તેને તોડીને ટાઇબ્રેકર માટે ફરજ પાડી તે પહેલા તેણે ચોથા સેટમાં મેચ માટે સર્વિસ કરી હતી. નડાલ ટાઇબ્રેકર જીતી ગયો તો અને ગ્રાન્ડ સ્લેમ ફાઇનલમાં ફેડરરને હરાવનાર સૌ પ્રથમ ખેલાડી બન્યો હતો.
આર્ટોઇસ ચેમ્પિયનશિપ્સમાં ક્વાર્ટરફાઇનલમાં લેટન હેવિટ સામે રમતા નડાલના ખભામાં ઇજા થઇ હતી. તે લંડનમાં ક્વિન્સ ક્લબ ખાતે ઘાસ પર રમાઇ હતી. નડાલ મેચ પૂર્ણ કરી શક્યો ન હતો. જેને કારણે તની સળંગ 26 મેચ જીતવાની શ્રેણીનો અંત આવ્યો હતો. નડાલ વિમ્બલ્ડનમાં બીજા તરીકે ક્રમે સીડ કરાયો હતો પરંતુ પાંચ સેટમાં જીતમાં પાછા ફરતા પહેલા બીજા રાઉન્ડમાં અમેરિકન ક્વોલિફાયર રોબર્ટ કેન્ડ્રિક સામે હારમાંથી બે પોઇન્ટ હતો. ત્રીજા રાઉન્ડમાં નડાલે વિશ્વના બીજા ક્રમના ટોચના ખેલાડી આંદ્રે અગાસીને વિમ્બલ્ડન ખાતે તેની કારકિર્દીની અંતિમ મેચમાં સ્ટ્રેઇટ સેટ્સમાં હરાવ્યો હતો. નડાલ તેની આગામી ત્રણ મેચો પણ સ્ટ્રેઇટ સેટ્સમાં જીત્યો હતો. જેણે તેની પ્રથમ વિમ્બલ્ડન ફાઇનલ સ્થાપી હતી. તેની પ્રથમ વિમ્બલ્ડન ફાઇનલ અગાઉના ત્રણ વર્ષ સુધી આ ટુર્નામેન્ટ જીતનાર ફેડરર સામે હતી. વિમ્બલ્ડન ફાઇનલમાં પહોંચનાર નડાલ મેન્યુઅલ સાંતના બાદનો સૌ પ્રથમ સ્પેનિશ ખેલાડી હતો. આ અગાઉ સ્પેનિશ ખેલાડી મેન્યુઅલ સાંતના 1966માં વિમ્બલ્ડન ફાઇનલમાં પહોંચ્યો હતો. પરંતુ આ વિમ્બલ્ડન ફાઇનલ, ફેડરર ચાર સેટમાં 6–0, 7–6(5), 6–7(2), 6–3થી જીત્યો હતો અને સતત ચોથી વખત વિમ્બલ્ડન ટાઇટલ હાંસલ કર્યું હતું.

યુએસ (US) ઓપન તરફ આગળ વધતા દરમિયાન, નડાલે ઉત્તર અમેરિકામાં બે માસ્ટર્સ સિરીઝ રમી હતી. નડાલ ટોરોન્ટોમાં રમાયેલા રોજર્સ કપના ત્રીજા રાઉન્ડમાં અને સિનસિનાટી, ઓહિયોમાં રમાયેલી વેસ્ટર્ન એન્ડ સધર્ન ફાઇનાન્સિયલ ગ્રૂપ માસ્ટર્સની ક્વાર્ટરફાઇનલમાં અપસેટ થયો હતો. નડાલ યુએસ (US) ઓપનમાં બીજા ક્રમે સીડ કરાયો હતો પરંતુ ક્વાર્ટરફાઇનલમાં વિશ્વના 54 ક્રમના ટોચના ખેલાડી રશિયાના મિખાઇલ યુઝની સામે હાર્યો હતો.

વર્ષના બાકીના ભાગ દરમિયાન નડાલ માત્ર ત્રણ ટુર્નામેન્ટ રમ્યો હતો. સ્ટોકહોમ ઓપનના બીજા રાઉન્ડમાં વિશ્વના 690 ક્રમના ખેલાડી જોઆકિમ જોહનસનએ 6–4, 7–6થી અપસેટ કર્યો હતો. ત્યાર બાદના સપ્તાહમાં, નડાલ વર્ષની છેલ્લી માસ્ટર્સ સિરીઝ, મેડ્રિડમાં યોજાયેલી મુટુઆ મેડ્રિલેના માસ્ટર્સમાં ક્વાર્ટરફાઇનલમાં ટોમસ બર્ડિક સામે હાર્યો હતો. વર્ષાતમાં ટેનિસ માસ્ટર્સ કપના રાઉન્ડ રોબિન તબક્કા દરમિયાન નડાલ જેમ્સ બ્લેકી સામે હાર્યો હતો પરંતુ નિકોલે ડેવિડેન્કો અને રોબ્રેડોને હરાવ્યા હતા. આ બે જીતને કારણે તે સેમિફાઇનલ માટે ક્વોલિફાય થયો હતો પરંતુ તે ફેડરર સામે 6–4, 7–5થી હાર્યો હતો. ફેડરર સામે રમેલી નવ કારકિર્દી મેચમાં નડાલની આ ત્રીજી હાર હતી.

નડાલ 1994-95થી પ્રથમ ક્રમનો ખેલાડી બનવા તરફ આગળ વધતો ગયો હતો કારણકે આંદ્રે અગાસીએ બાદના વર્ષો બીજા ક્રમના ખેલાડી તરીકે પૂર્ણ કર્યા હતા.

રમવાની શૈલી
દાનવૃત્તિ
ગ્રાન્ડ સ્લેમ દેખાવ સમયરેખા
2006