સન્ ૧૫૪૯માં ની આગેવાની હેઠળ, રોમન કેથોલિક યેસુઈત્ ધર્મપ્રચારકો આવ્યાં અને તેઓનું ક્યોતોમાં સ્વાગત થયું. તેઓના ધર્માંતરણ કરવાના પ્રયાસો ક્યૂશૂમાં સૌથી સફળ રહ્યા, જ્યાં ઘણા દાઈમ્યો સહિત, લગભગ ૧૦૦,૦૦૦ થી ૨૦૦,૦૦૦ ધર્માંતરણો થયાં. સન્ ૧૫૮૭માં, હિદેયોશીએ માર્ગ ઉલટાવીને નક્કી કર્યું કે ખ્રિસ્તીઓની હાજરી વિભાજનવાદી હતી અને યુરોપિયનોને જાપાનમાં ભંગાણ પાડવાની તક આપી શકેત. ખ્રિસ્તી ધર્મપ્રચારકો જોખમ તરીકે જોવાતા ગયાં; પોર્ટુગલના વેપારીઓને પોતાની કામગીરી આગળ વધારવાની અનુમતિ અપાતી ગઈ. ફરમાન તરત અમલમાં મુકવામાં ન આવ્યો પણ તે પછીના ત્રણ દાયકા દરમ્યાન પ્રતિબંધો વધારે અને વધારે સખત થતા ગયા જેના પછી સરકાર દ્વારા સંપૂર્ણ પાયે ઉપાડાયેલા દમન અભિયાને ૧૬૨૦ના દાયકા સુધીમાં ખ્રિસ્તી સમુદાયનો નાશ કરી નાખ્યો. યેસુઇતોને તગેડી મુકવામાં આવ્યાં, સ્કૂલો અને ચર્ચો તોડી પાડવામાં આવી, અને દાઈમ્યોના ખ્રિસ્તી બનવા પર પ્રતિબંધ મુકવામાં આવ્યો. ધર્માંતરણ થયેલ ખ્રિસ્તી ધર્મનો અસ્વીકાર ન કરવાવાળા માણસોને મારી નાખવામાં આવ્યાં. ઘણા ખ્રિસ્તીઓ ગુપ્તવાસમાં રહેવા માંડ્યાં, અને બન્યાં, પણ તેઓના સમુદાયો નાશ પામ્યાં. જાપાનમાં ખ્રિસ્તી ધર્મની પુનઃસ્થાપના ફરીથી સન્ ૧૮૭૦ના દાયકા સુધી ન થઈ.

ખ્રિસ્તી મિશનો
જોમોન કાળ
જાપાનનો પૂર્વ-ઇતિહાસ
પ્રાચીન જાપાન