મે 10–11, 1945ના, લોસ અલામોસ ખાતે જે. રોબર્ટ ઓપેનહેઈમરની આગેવાનીમાં ટાર્ગેટ કમિટીએ કયોટો, હિરોશિમા, યોકોહામા, અને કોકુરા ખાતેના શસ્ત્રાગારની સંભવિત લક્ષ્યો તરીકે ભલામણ કરી. લક્ષ્યની પસંદગી નીચેના માપદંડો પર આધારિત હતીઃ

બૉમ્બમારાના રાતના છાપાઓમાંથી આ શહેરોને મોટા ભાગે બાકાત રાખવામાં આવ્યાં હતાં અને શસ્ત્રનું ચોક્કસ મૂલ્યાંકન મેળવી શકાય તે માટે તેમને પોતાની લક્ષ્ય યાદીમાંથી પડતા મૂકવા માટે આર્મી ઍર ફોર્સ સહમત થયું હતું. હિરોશિમાનું વર્ણન આ રીતે કરવામાં આવ્યું હતું- "એક મહત્ત્વનું લશ્કરી થાણું અને શહેરી ઔદ્યોગિક વિસ્તારની વચ્ચોવચ આવેલું વહાણો માટેના અગત્યનું બંદર. એ એક સારું રડાર લક્ષ્ય છે અને એ એવડા કદનું છે કે જેથી શહેરના મોટા ભાગને વ્યાપક નુકસાન પહોંચાડી શકાય. તેને અડીને ટેકરીઓ છે જે સંભવતઃ વધુ કેન્દ્રિત અસર નીપજાવશે, જેથી વિસ્ફોટથી પહોંચનારું નુકસાન ઘણા પ્રમાણમાં વધશે. નદીઓના કારણે તે સારી આગ ભડકાવે તેવું લક્ષ્ય નથી." શસ્ત્રનો હેતુ જાપાનને પોટ્સડેમ ઘોષણાપત્રની શરતો માટે બિનશરતી શરણાગતિ સ્વીકારવા માટે સહમત કરવાનો હતો. લક્ષ્ય સમિતિએ કહ્યું હતું કે "લક્ષ્યની પસંદગીમાં માનસિક પરિબળો બહુ અગત્યના હતા એ સ્વીકારવામાં આવ્યું હતું. તેના બે પાસાં છે (૧) જાપાનને માનસિક રીતે પૂરેપૂરું ભાંગી નાખવું અને (૨) જયારે તેના વિશે જાહેર કરવામાં આવે ત્યારે શસ્ત્રના પ્રારંભિક ઉપયોગથી પૂરતો ખળભળાટ ઊભો થાય અને શસ્ત્રને આંતરરાષ્ટ્રીય સ્તરે ઓળખ મળે. કયોટો લશ્કરી ઉદ્યોગનું મહત્ત્વનું કેન્દ્ર હોવા બદલ, તેમ જ એક બૌદ્ધિક કેન્દ્ર હોવાથી શસ્ત્રના આશયને વધુ સારી રીતે પારખી શકે, એ રીતે જોતાં કયોટો પણ સારું લક્ષ્ય હતું. ટોકયોમાં સમ્રાટનો મહેલ બીજા કોઈ પણ લક્ષ્ય કરતાં વધુ પ્રસિદ્ધિ આપી શકે તેમ હતો, પણ વ્યૂહાત્મક રીતે તેનું મૂલ્ય સૌથી ઓછું હતું.

બીજા વિશ્વયુદ્ધ દરમ્યાન, યુ.એસ. સૈન્યની ગુપ્તચર સેવામાં જાપાનના નિષ્ણાત તરીકે એડવિન ઓ. રિઈસચર હતા, અને એ ભૂમિકાએ તેમણે કયોટો પર બૉમ્બમારો કરવાને ખોટી રીતે અટકાવવાનું સૂચવ્યું હતું. પોતાની આત્મકથામાં, રિઈસચરે આ દાવાની સત્યતાને ચોક્કસરૂપે રદિયો આપ્યો હતોઃ

બૉમ્બમારો
બૉમ્બમારા અંગેનો વિવાદ
નિશાન(લક્ષ્યો)ની પસંદગી
હિબાકુશા