તેની 2001ની સિઝન પર ઈજા છવાયેલી રહી, જેમાં ડાબા પગમાં તણાવને કારણે થયેલા ફેકચરના કારણે તેણે ફ્રેન્ચ ઓપન અને વિમ્બલ્ડન સહિત કુલ બાર ટુર્નામેન્ટોમાંથી બાકાત રહેવું પડ્યું હતું. એપ્રિલમાં તેણે સર્જરી કરાવી. આ વર્ષે, ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપનમાં તે પોતાની કારકિર્દીમાં બીજી વખત ગ્રાન્ડ સ્લામના કવાર્ટરફાયનલમાં પહોંચી. તે પછી પોતાના ડાબા પગની સમસ્યા ચાલુ રહેતાં તે કેટલાક કાર્યક્રમોમાંથી પાછી હટે છે અને છેક લેઈપઝિગ સુધી પાછી ફરતી નથી. સિડનીમાં તે બાર્બરા સ્ચેટ્ટ સાથે, ડબલ્સનો ખિતાબ જીત્યો પછી ટોકયોમાં ઈરોડા તુલયાગાનોવા સાથે ભાગીદારીમાં, અને સાન ડિઆગોમાં, માર્ટિના હિંગીસ સાથેની ભાગીદારીમાં ફાયનલ સુધી પહોંચીને હારી જાય છે. હિંગીસ અને કુર્નિકોવાની જોડી ક્રેમલિન કપ પણ જીતે છે. 2001ની સિઝનના અંતે, તે સિંગલ્સમાં #74મું અને ડબલ્સમાં #26મું ક્રમાંકન પામે છે.
2002માં કુર્નિકોવા ઘણી સફળ રહે છે. તે ઓકલૅન્ડ, ટોકયો, એકાપુલ્કો અને સાન ડિઆગોની સેમિફાયનલો સુધી તથા ચીન ઓપનની ફાયનલ સુધી પહોંચી હતી, જેમાં તે અન્ના સમાશ્નોવા સામે 6–2, 6–3થી હારે છે. કુર્નિકોવા માટે આ છેલ્લી સિંગલ્સ ફાયનલ હતી, અને સિંગલ ખિતાબ જીતવા માટેની છેલ્લી તક હતી. માર્ટિના હિંગીસ સાથે, અન્ના કુર્નિકોવા સિડનીની ફાયનલ ગુમાવે છે, પણ બંનેની જોડી ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપનમાં મહિલાઓની ડબલ્સમાં, તેમનો બીજો ગ્રાન્ડ સ્લામ ખિતાબ જીતે છે. પણ બંને જણ યુ.એસ. ઓપનની કવાર્ટરફાયનલમાં હારે છે. અન્ના કુર્નિકોવા, ચાન્દા રુબિન સાથે વિમ્બલ્ડનની સેમિફાયનલમાં રમે છે, પણ તેઓ સેરેના અને વિનસ વિલિયમ્સ સામે હારે છે. જૅનેટ લી સાથેની ભાગીદારીમાં તે શાંઘાઈ ખિતાબ જીતે છે. 2002ની સિઝનના અંતે, તે સિંગલ્સમાં #35મું અને ડબલ્સમાં #11મું ક્રમાંકન હાંસલ કરે છે.

2003માં, ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપન ખાતે, બે વર્ષોમાં અન્ના કુર્નિકોવા, પોતાની પહેલી ગ્રાન્ડ સ્લામ મૅચ જિતે છે. તે પહેલા રાઉન્ડમાં હેનરીટા નાગ્યોવાને હરાવે છે, અને પછી બીજા રાઉન્ડમાં જસ્ટીન હેનિન-હાર્દેનીથી પરાજય પામે છે. ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપન દરમ્યાન પીઠમાં મચકોડ આવવાને કારણે તે ટોકયોમાંથી પાછી હટે છે અને મિઆમી ટુર્નામેન્ટ સુધી પાછી ફરતી નથી. ડાબા પડખામાં મચકોડના નિર્દેશો મળવાથી કુર્નિકોવા ચારલેસ્ટોનના પહેલા રાઉન્ડમાંથી વિદાય થાય છે. ઈજાને કારણે મારિયા શારાપોવા સામેની મૅચમાંથી પાછાં હટતાં પહેલાં, તે સી આયલૅન્ડમાં આઈટીએફ (ITF) ટુર્નામેન્ટના સેમિફાયનલ સુધી પહોંચી હતી. ચારલોટ્ટેસવિલે ખાતેની આઈટીએફ (ITF) ટુર્નામેન્ટના પહેલા રાઉન્ડમાં તે હારે છે. પીઠની ઈજાને કારણે તે બાકીની સિઝન દરમ્યાન એક પણ સ્પર્ધામાં ભાગ લઈ શકતી નથી. 2003ની સિઝનના અંતે, અને તેની વ્યવસાયી કારકિર્દીના અંતે, તે સિંગલ્સમાં #305મું અને ડબલ્સમાં #176મું ક્રમાંકન ધરાવતી હતી.

કુર્નિકોવાએ જીતેલાં બે ગ્રાન્ડ સ્લામ ખિતાબો તેને 1999 અને 2002માં મળ્યાં હતાં, બંને ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપનની મહિલા ડબલ્સમાં, અને તે પણ જોડીદાર માર્ટિના હિંગીસ સાથે મળ્યાં હતાં, જેની સાથે 1999થી શરૂ કરીને તે ઘણીવાર રમી ચૂકી હતી. વ્યવસાયી સર્કિટમાં, કુર્નિકોવા ડબલ્સની ખેલાડી તરીકે સફળ પુરવાર થઈ હતી, તેણે 16 ટુર્નામેન્ટોમાં ડબલ્સના ખિતાબ જીત્યાં હતાં, જેમાં બે ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપન સમાવિષ્ટ હતી, તથા તે મિકસ્ડ ડબલ્સમાં પણ યુ.એસ. ઓપન અને વિમ્બલ્ડન ખાતે અંતિમ મૅચ સુધી પહોંચી હતી, તેમ જ વિમેન્સ ટેનિસ એસોસિએશન ટૂર રેકિંગ્સમાં તેણે નં.1નું ક્રમાંકન હાંસલ કર્યું હતું. તેની વ્યવસાયી-કારકિર્દીમાં ડબલ્સનો રૅકોર્ડ 200–71 હતો. અલબત્ત, 1999 પછી તેની સિંગલ્સ તરીકેની કારકિર્દી પણ ઘણા અંશે સ્થિર રહી હતી. મોટા ભાગનો સમય તે પોતાનું ક્રમાંકન 10થી 15ની વચ્ચે જાળવી શકી હતી (સિંગલ્સમાં તેને મળેલું સર્વોચ્ચ ક્રમાંકન નં.8નું હતું), પણ ફાયનલ મૅચોમાં સારા દેખાવની અપેક્ષા નિષ્ફળ નીવડી હતી, તે એક પણ ગ્રાન્ડ સ્લામ કાર્યક્રમનો હિસ્સો નહોતી એવી 130 સિંગલ્સ ટુર્નામેન્ટો રમી હતી, જેમાંથી માત્ર ચારમાં તે ફાયનલમાં પહોંચી શકી હતી, અને એક પણ ફાયનલ જીતી શકી નહોતી.

તેનો સિંગલ્સનો રૅકોર્ડ 209–129 છે. તેની કારકિર્દીના અંતિમ રમત વર્ષો શ્રેણીબદ્ધ ઈજાઓ, ખાસ કરીને પીઠની ઈજાઓથી ઘેરાયેલાં રહ્યાં હતાં, જેના કારણે તેનું ક્રમાંકન પણ ધીમી ગતિએ નિમ્ન બન્યું હતું. એક વ્યકિતત્વ તરીકે કુર્નિકોવા, તેના શ્રેષ્ઠ સમયગાળા દરમ્યાન, લેખો અને તસવીરો, એમ બંને માટે સૌથી સામાન્ય શોધ શબ્દ બની રહી હતી. તે હજી પણ વિશ્વની સૌથી વધુ શોધતી ખેલાડી છે.

1998–2000: સફળતા અને સ્ટારપદ
2001–2003: ઈજાઓ અને અંતિમ વર્ષો
1989–1997: પ્રારંભિક વર્ષો અને પહેલી સફળતા
અંગત જીવન