જ્યારે સેનેટર સ્ટેનફોર્ડનું 1893માં અવસાન થયું ત્યારે યુનિવર્સિટીના અસ્તિત્વની સાતત્યતા જોખમમાં મૂકાઇ હતી. સેનેટર સ્ટેનફોર્ડની મિલકત સામે 15 મિલીયન અમેરિકન ડોલરનો દાવો કરાયો હતો, જેમાં 1893ની કટોકટીનો સમાવેશ થતો હતો, તેના કારણે ખર્ચાઓને પહોંચી વળવાનું અત્યંત મુશ્કેલ બન્યું હતું. મોટા ભાગના બોર્ડના ટ્રસ્ટીઓએ જ્યાં સુધી ધિરાણનો ઉકેલ ન મળે ત્યાં સુધી હંગામી ધોરણે બંધ રાખવાની સલાહ આપી હતી. જોકે, જેન સ્ટેનફોર્ડે યુનિવર્સિટી કાર્યરત રહે તેવો આગ્રહ સેવ્યો હતો. યુનિવર્સિટી માટે નાણાંકીય પાયમાલીની શક્યતાનો સામનો કરતા તેણીએ યુનિવર્સિટીમાં 1893-1905 દરમિયાન નાણાંકીય, વહીવટ અને વિકાસકીય બાબતોનો હવાલો સંભાળ્યો હતો; એક માતા અને ગૃહિણી તરીકેના તેમના અનુભવને કારણે તેણી સંસ્થાને એક ઘરની જેમ ચલાવી હતી. તેના પછીના ઘણા વર્ષો સુધી, તેણીએ તેના અંગત સ્રોતોમાંથી વેતનની ચૂકવણી કરી હતી, એટલું જ નહી યુનિવર્સિટીને કાર્યરત રાખવા માટે પોતાના ઝવેરાતને પણ ગીરવે મૂક્યા હતા. જ્યારે 1895માં દાવાને આખરે પડતો મૂકવામાં આવ્યો ત્યારે યુનિવર્સિટીમાં રજા જાહેર કરવામાં આવી હતી. એડવર્ડ અલ્સવર્થ રોસે અમેરિકન સોશિયોલોજીના સ્થાપક પિતા તરીકેની ખ્યાતિ પ્રાપ્ત કરી હતી; 1900માં જેન સ્ટેનફોર્ડે તેમને ઉદ્દામવાદ અને જાતિવાદ માટે કાઢી મૂક્યા હતા અને શૈક્ષણિક સ્વાતંત્ર્યને નિયંત્રણોમાંથી મુક્ત કર્યું હતું. 

જેન સ્ટેનફોર્ડના પગલાંને કેટલીકવાર તરંગી હતા. 1897માં તેણીએ ટ્રસ્ટીઓના બોર્ડને આદેશ આપ્યો હતો કે "વિદ્યાર્થીઓને એવુ્ શીખવવામાં આવે કે પૃથ્વી પર જન્મનાર દરેક નવો જીવ બનવાની ક્ષમતા ધરાવે છે અને તેના અહીના જીવનમાં થતા મોટા ભાગના વિકાસ પર આધારિત છે અને જીવનમાં દરેક વસ્તુ શાશ્વત છે". તેણીએ જીવન-ચિત્ર વર્ગમાં સ્ત્રી મોડેલોના ચિત્રો દોરવા સામે મનાઇ ફરમાવી હતી, કેમ્પસમાં વાહન લાવવા પર પ્રતિબંધ મૂક્યો હતો અને દવાખાનાના બાંધકામને મંજૂરી આપી ન હતી કેમ કે લોકોમાં એવી છાપ ન બંધાવી જોઇએ કે સ્ટેનફોર્ડ બિનતંદુરસ્ત છે. 1899 અને 1905ની વચ્ચે તેણીએ સ્ટેનફોર્ડ પરિવારમાં યાદગીરીઓ ઊભી કરવા માટે વિશાળ બાંધકામ યોજના પાછળ 3 મિલીયન ડોલરનો અપવ્યય કર્યો હતો, જ્યારે યુનિવર્સિટીના શિક્ષકો અને સ્વ સહાય કરતા વિદ્યાર્થીઓ ગરીબીમાં જીવતા હતા. 

પરંપરાઓ
વહીવટ અને સંગઠન
પ્રારંભિક ધિરાણો
શિક્ષકો