નિદાનની પુષ્ટિ કરવા કોલોનોસ્કોપી,દરમિયાન આંતરડાની બાયોપ્સી કરવામાં આવે છે. ક્રોહન રોગ માટે પેથોલોજીમાં અમુક લાક્ષણિક ગુણો હોય છે. ક્રોહન રોગ સોજાની ટ્રાંસમ્યૂરલ પેટર્ન દર્શાવે છે એટલેકે સોજો આંતરડાની દિવાલનાં પુરો ઉંડાઇ સુધી પ્રસરે છે. ઉચ્ચ સક્રિય રોગમાં અલ્સેરેશનનું પરિણામ જોવા મળે છે. અપ્રભાવિત અલ્સર વચ્ચે એકદમ ફેરફાર હોય છે. માઇક્રોસ્કોપમાં અસર પામેલ આંતરડાની બાયોપ્સી મ્યૂકોસ ઇંક્લેમેશન દર્શાવી શકે છે. આઇંફ્લેમેશન ન્યૂટ્રોકિલ્સનાં કેન્દ્રીત ઇનફિલ્ટ્રેશનથી લાક્ષણિક હોય છે જે એપિથેલીયમમાં ઇંફ્લેમેટરી કોશનું એક પ્રકાર છે. આ ખાસ કરીને લિમ્ફોઈડ ઘટકોની નીચેનાં ભાગમાં હોય છે. આ ન્યૂરોકિલ્સ મોનોન્યૂક્લિયર સાથે ક્રિપ્ટસમાં પ્રવેશે છે જેનાથી ઇંફ્લેમેશન (ક્રિપ્ટીટીસ) અથવા એબસેસ (ક્રિપ્ટ એબેસસ) તરફ વધે છે. ગ્રેનુલોમાસ,માઇક્રોફેજનાએગ્રીગેટ્સનાં ડેરીવેટીવ્ઝને જાયંટ સેલ્સ કહેવાય છે અને 50% કિસ્સાઓ અને ક્રોહન રોગ માટે ખાસ જોવા મળે છે. ક્રોહન રોગનું ગ્રેનુલોમાસ "કેશેશન" દર્શાવાતું નથી માઇક્રોસ્કોપ પરીક્ષણમાં ગ્રેન્યૂલોમાસ ઇંફેક્શન સાથે ચીઝ જેવા લક્ષણો દર્શાવે છે જેમકે ટ્યુબરક્યુલોસિસમાં હોય છે. બાયોપ્સીમાં આંતરડાની વિલી બુઠ્ઠી થવાનાં પુરાવા સાથે ક્રોનિક મ્યૂકોસલ ડેમેજ દર્શાવે છે કે ક્રાઇપ્ટસની ખાસ બ્રાંચિંગ અને ટિશ્યુ (મેટાપ્લાસિયા) પ્રકારમાં પરિવર્તન છે. આ મેટાપ્લાસિયાનું એક ઉદાહરણ છે "પેનેથ સેલ મેટાપ્લાસિયા" જેમા પ્લેનેથ કોશનો વિકાસ (સામાન્ય રીતે નાના આંતરડામાં જોવા મળે છે) જઠરાંત્રિય પ્રણાલીનાં અન્ય ભાગોમાં સામેલ છે.

પેથોફિઝિયોલોજી
રોગચાળાનું શાસ્ત્ર
રોગ-પ્રતિરક્ષિત પધ્ધતિ
ઇતિહાસ