જેમ જેનેટિક ડાઈવર્સિટી ()ઓછી તેમ કોઈ એક રોગને કારણે વસ્તીનું નિકંદન નીકળી જવાની શક્યતા વધુ તેમજ, નેટવર્કમાં સોફ્ટરવેર સિસ્ટમની ડાઈવસિર્ટી ઓછી હોય છે તેમ વાઈરસની અસકારકતા વધુ હોય છે. 

1990માં જ્યારે માઈક્રોસોફ્ટે(Microsoft) ()ડેસ્કટોપ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ અને ઓફિસ સ્યુટ(office suite) ()ના માર્કેટમાં અગ્રેસરતા મેળવી લીધી ત્યારે આ બાબતે વધુ ચિંતા ઉભી થઈ. માઈક્રોસોફ્ટ સોફ્ટવેરના વપરાશકર્તા(ખાસ કરીને નેટવર્કિંગ સોફ્ટવેર જેમ કે માઈક્રોસોફ્ટ આઉટલુક(Microsoft Outlook) () અને ઈન્ટરનેટ એક્સપ્લોરર(}Internet Explorer) ()) વાઈરસનો ભોગ બનવાની શક્યતા વધુ હતી. માઈક્રોસોફ્ટ સોફ્ટવેરને એટલા માટે વાઈરસને વાઈરસ ઉભા કરનારાઓએ ટાર્ગેટ બનાવ્યા કારણ કે તે ડેસ્કટોપ માર્કેટમાં અગ્રેસર હતું. ઘણી વખત સોફ્ટવેરમાં વાઈરસ માટે જગ્યા રહી ગઈ હોવાની ટીકાઓ થતી હતી. એકીકૃત અને બિન-એકીકૃત માઈક્રોસોફ્ટ એપ્લિકેશન (જેવી કે માઈક્રોસોફ્ટ ઓફિસ(Microsoft Office) () અને ફાઈલ સિસ્ટમમાં પ્રવેશ થઈ શકે તેવી સ્ક્રિપ્ટિંગ લેગ્વેજને લગતી એપ્લિકેશન(જેમ કે વિઝુઅલ બેઝીક સ્ક્રિપ્ટ ()(વીબીએસ(VBS)) અને નેટવર્કિંગના ફીચર ધરાવતી એપ્લિકેશન)માં વાઈરસને ઘુસવું આસાન હતું. 

જો કે, વાઈરસ બનાવનારાઓ માટે વિન્ડોઝ સૌથી લોકપ્રિય ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ હતી, કેટલાક વાઈરસ અન્ય પ્લેટફોર્મ પર પણ સક્રિય રહી શકતા હતા.જે પણ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ ભીજા પક્ષ દ્વારા પ્રોગ્રામ રન કરવાની પરવાનગી આપે છે તે સિસ્ટમમાં વાઈરસ પ્રવેશવાની તકો રહેલી છે. ઘણી ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ અન્ય કરતા ઓછી સુરક્ષા ધરાવે છે.યુનિક્સ બેઝ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ(વિન્ડોઝ એનટી (NT) પ્લેટફોર્મ પર એનટીએફએસ(NTFS) એપ્લિકેશન) વપરાશકર્તાને તેની ચોક્કસ સુરક્ષિત મેમરીમાં જ આ પ્રોગ્રામ રન કરવાની પરવાનગી આપે છે.

ઈન્ટરનેટ પર આધારિત સંશોધનમાં એવું માલુમ પડ્યું છે કે લોકો વિચારપુર્વક ચોક્કસ બટનને દબાવીને વાઈરસને ડાઉનલોડ કરી દે છે.સુરક્ષા નિષ્ણાત ડિડિએર સ્ટીવન્સે ગૂગલ એડવર્ડ્સ(Google AdWords) ()માં અડધો વર્ષ જાહેરાત અભિયાન ચલાવ્યુ હતું જેમાં કહેવાયું હતું ‘ શું તમારું પીસી વાઈરસથી મુક્ત છે, ?અહીં ક્ષતિગ્રસ્ત કરો.!‘આનું પરિણામ હતું 409 ક્લિક.હતું.

મેક ઓએસ એક્સ(Mac OS X) ()(યુનિક્સ બેઝ ફાઈલ સિસ્ટમ અને કેરનેલ ())ને ટાર્ગેટ કરતી હોય તેવી ઘણા ઓછા વાઈરસ છે.જુની એપલ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ જેને મેક ઓએસ ક્લાસિક (Mac OS Classic)કહેવાય છે, તેમાં પણ વાઈરસનો મારો થયેલો હતો. જે સોર્સ થી સોર્સ સુધી સફર કરે છે. એપલના કહેવા મુજબ માત્ર ચાર જ વાઈરસ જાણીતા છે, જો કે સ્વતંત્ર સ્ત્રોતો ()ના કહેવા મુજબ આ વાઈરસની સંખ્યા 63ની છે. માઈક્રોસોફ્ટ અને મેક વચ્ચે વાઈરસની ભેદતા વેચાણનો મુદ્દો છે. એપલે () આનો ગેટ અ મેક () એડવર્ટાઈઝિંગ કેમ્પેનમાં ઉપયોગ કર્યો હતો. 

યુનિક્સ અને વિન્ડોઝ સ્ક્રિપ્ટિંગની સરખી ક્ષમતા છે. પરંતુ યુનિક્સે તેના સામાન્ય વપરાશકર્તાને તેની ઓપરેટિંગ સિસ્ટમના વાતાવરણને બદલા સામે મનાઈ ફરમાવી છે.જ્યારે વિન્ડોઝના જૂના વર્ઝન જેમ કે વિન્ડોઝ 95 અને વિન્ડોઝ 98માં યુઝર્સને બધુ જ કરવાની છુટ છે. 1997માં લિનક્સ માટેનો વાઈરસ ફેલાવવામાં આવ્યો, જેને ‘બ્લિસ(Bliss) ()  ‘ કહેવામાં આવતો હતો, આ અંગે એન્ટી વાઈરસ કંપનીઓએ ચેતવણી જાહેર કરી કે યુનિક્સ-લાઈક ()સિસ્ટમ પણ વિન્ડોઝની જેમ આસાનીથી ટાર્ગેટ બની જશે. યુનિક્સ સિસ્ટમ પર આ બ્લિસ(Bliss) વાયરસને વાઈરસમાં ગણવામાં આવતો હતો.પરંતુ તે વર્મથી તદ્દન વિરુદ્ધ પ્રકૃતિનો હતો. બ્લિકમાં એવું હતું કે વપરાશકર્તા તેને રન કરે તો (ટ્રોજનની જેમ જ )તે એ જ પ્રોગ્રામને અસર કરતો હતો જે પ્રોગ્રામને મોડિફાય કરવામાં આવે.વિન્ડોઝ વપરાશકર્તાથી વિરુદ્ધ, મોટાભાગના યુનિક્સના વપરાશકર્તા એડમીનિસ્ટ્રેટર તરીકે લોગ ઈન ()કરતા ન હતા. સોફ્ટવેર ઈન્સટોલ કે કન્ફિગર કરતી વખતે જ એડમીનીસ્ટ્રેટર લોગ ઈન કરતા હતા. .આને પરિણામે કોઈ વપરાશકર્તા વાઈરસ રન કરે તો પણ વાઈરસ કમ્પ્યુટર ઓપરેટિંગ સિસ્ટમને નુકશાન કરી શકતો ન હતો. બ્લિસ વાઈરસ વધુ ફેલાયો ન હતો, જે માત્ર સંશોધનનો વિષય બની ગયો હતો.તેની રચના કરનાર વપરાશકર્તા તેને યુઝનેટ પર તેના સોર્સ કોડ મુક્યા હતા જેથી સંશોધકો જોઈ શકે કે વાઈરસ કેવી રીતે કામ કરે છે. 

ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ રીઈન્સ્ટોલેશન
ફેલાવવાની વ્યુહરચના
વાઈરસ દ્વારા ઓપરેટિંગ સિસ્ટમની ભેદતા
સ્ટેલ્થ