14 જૂનના રોજ, કોંગ્રેસ (આઇ)ની આગેવાની હેઠળનું સત્તા પર રહેલું જોડાણ, યુનાઇટેડ પ્રોગ્રેસીવ એલાયન્ઝ (યુપીએ), અને ભારતીય ડાબેરીઓએ 19 જૂલાઇ, 2007ના રોજ યોજાનારી રાષ્ટ્રપતિ પદ માટેની ચૂંટણી માટે તેણીનું નામાંકન કર્યું. ડાબેરી પક્ષ પૂર્વ ગૃહ પ્રધાન શિવરાજ પાટિલના નામાંકન માટે સંમત ન થતા તેણી સમાધાન બાદના ઉમેદવાર તરીકે ઉભરી આવ્યા હતા. તે સમયે સોનિયા ગાંધીએ પ્રતિભા પાટિલના નામનું સૂચન કર્યું હતું. યુપીએ-ડાબેરીઓના રાષ્ટ્રપતિ પદ માટેના નામાંકન પાછળ નેહરૂ-ગાંધી કુટુંબ પ્રત્યેની તેમની વફાદારી સૌથી મોટું પરિબળ હતી. તેઓ ભારતના પ્રથમ મહિલા ભારતના રાષ્ટ્રપતિ બનશે તેવી સંભાવનાને પરિણામે, યુપીએના અધ્યક્ષ સોનિયા ગાંધીએ તેમના નામાંકનને ભારતની સ્વતંત્રતાના 60મા વર્ષનો "ઐતિહાસિક પ્રસંગ" ગણાવ્યો હતો. 

નવી દિલ્હી જવા માટે જયપુર છોડતા પહેલા, તેમણે પસંદગી બદલ સોનિયા ગાંધીનો આભાર માન્યો હતો અને જણાવ્યું હતું કે રાષ્ટ્રપતિ તરીકે પ્રથમ કાર્ય યુપીએ દ્વારા શરૂ કરવામાં આવેલી રાષ્ટ્રીય ગ્રામીણ રોજગાર બાંયધરી યોજના કાયદા (NREGA)ને સફળ બનાવવાનું રહેશે. દિલ્હી ખાતે તેમણે જણાવ્યું હતું કે તેઓ રબર સ્ટેમ્પ પ્રેસિડેન્ડ નહીં બને. 

વડા પ્રધાન ડો. મનમોહન સિંઘ અને કોંગ્રેસના વડા સોનિયા ગાંધીના વડપણ હેઠળ તેમણે 23 જૂનના રોજ ઉમેદવારી પત્ર ભર્યુ અને તપાસ બાદ તેને માન્ય ઠરાવવામાં આવ્યું. તેમની સીધી સ્પર્ધા ભૈરવ સિંઘ શેખાવત સાથે હતી, જેમને એનડીએનો ટેકો હતો. તેમણે ટેકો મેળવવા માટે ઘણા રાજ્યોની મુલાકાત લીધી હતી. યુએનપીએના મતદાનથી દૂર રહેવાના નિર્ણયથી તેમની ઝૂંબેશને મોટું પ્રોત્સાહન મળ્યું. વિરોધ પક્ષના નેતા એલ કે અડવાણીએ પ્રતિભા પાટિલ તેમની સંપત્તિ જાહેર કરે તે માટે ભારતના ચૂંટણી પંચની દરમિયાનગીરીની માગ કરી, પરંતુ પંચ દ્વારા તેને નકારવામાં આવી. એનડીએના મહત્ત્વના સમર્થક શિવ સેનાએ પ્રતિભા પાટિલને પોતાનો ટેકો જાહેર કર્યો અને તેઓ આ પ્રતિષ્ઠિત પદ મેળવનારી પ્રથમ મહારાષ્ટ્રીયન હોવાનું કારણ આપ્યું. શિવ સેનાના આ નિર્ણયને પગલે બીજેપી-સેનાની યુતિમાં સમસ્યા ઉભી થઇ. 

રાષ્ટ્રપતિપદ
એમપીએલએડીએસ (MPLADS)
2007ની રાષ્ટ્રપતિ પદની ચૂંટણી માટે નામાંકન
દૈવી સંકેત