13થી 17 સદી દરમિયાન ટિમ્બક્ટુ ઇસ્લામિક અભ્યાસનું વૈશ્વિક કેન્દ્ર હતું. માલીની સરકાર અને વિવિધ એનજીઓ ટિમ્બક્ટુની હસ્તપ્રતોના આ જ્ઞાન વારસાના અવશેષોની યાદી બનાવવાનું અને પુનઃસ્થાપનનું કાર્ય કરી રહી છે. 
13 અને 14 સદીમાં ટિમ્બક્ટુના ઝડપી વિકાસને લીધે નજીકના વાલાતામાંથી ઘણા વિદ્વાનો ત્યાં ખેંચાઇ આવ્યા, જેના લીધે શહેર 15 અને 16 સદીમાં તેના સુવર્ણકાળ સુધી પહોંચી ગયું. ધર્મ, કળા અને વિજ્ઞાનમાં વિદ્વત્તા મેળવવા માટે આ સમય શ્રેષ્ઠ પુરવાર થયો. ટિમ્બક્ટુ અને ઇસ્લામિક વિશ્વના અન્ય હિસ્સાઓ વચ્ચે પુસ્તકોના સક્રીય વેપાર તેમજ રાજા અસિકા મોહમ્મેદના મજબૂત ટેકાના કારણે હજારો હસ્તપ્રતો લખાઇ. 

જોકે જ્ઞાન યુરોપીયન મધ્યકાલીન યુનિવર્સિટીના મોડેલની તર્જ પર ભેગું કરવામાં નહોતું આવતું. અભ્યાસુઓને વ્યાખ્યાનો મદ્રેસાહ નામે ઓળખાતી સંખ્યાબંધ ઔપચારિક સંસ્થાઓ દ્વારા આપવામાં આવતાં હતાં. હાલના દિવસોમાં 'યુનિવર્સિટી ઓફ ટિમ્બક્ટુ'નામ હેઠળ દ્જિન્ગ્યુરેબર, સિદિ યાહ્યા અને સાન્કોર એ ત્રણ "મદ્રેસાહ " 25,000 વિદ્યાર્થીઓને શિક્ષણ આપે છે. યુરોપીયન યુનિવર્સિટીઓના બિનસાંપ્રદાયિક અભ્યાસક્રમની સરખામણીએ આ સંસ્થાઓ અત્યંત ધાર્મિક હતી. વધુમાં, યુરોપીયન રીતની યુનિવર્સિટીઓ વિદ્યાર્થીઓ અને શિક્ષકો વચ્ચેના મંડળ તરીકે શરૂ થઇ હતી. જ્યારે પશ્ચિમ-આફ્રિકાનાં શિક્ષણને કેટલાક કુટુંબો અથવા પેઢીઓ આશ્રય આપતાં હતાં. જેમાં ટિમ્બક્ટુના અકિત અને બુનુ અલ-કાદી અલ-હાજી એમ બે અગ્રણી પરિવારોનો સમાવેશ થતો હતો. જોકે ટિમ્બક્ટુમાં ઇસ્લામિક કાયદા અને તેનું ભણતર ઉત્તર આફ્રિકામાંથી આવ્યું હતું, ઇસ્લામના ફેલાવા સાથે પશ્ચિમ આફ્રિકાની વિદ્વતા પણ વિકાસ પામી. અહેમદ બાબા અલ માસ્સુફી ટિમ્બક્ટુમાં થઇ ગયેલા સૌથી મહાન વિદ્વાન માનવામાં આવે છે. જોકે સમય જતાં, પશ્ચિમ-આફ્રિકન મૂળના અથવા તો પોતાને પશ્ચિમ-આફ્રિકન તરીકે ઓળખાવતાં આશ્રયદાતાઓનો હિસ્સો ઘટતો ગયો. 

આ પ્રક્રિયામાં ટિમ્બક્ટુએ વિદ્વાનો અને વિદ્વતાના વિતરણ કેન્દ્ર તરીકેની સેવાઓ આપી. શહેર અને તેના વેપારી ભાગીદારોના વ્યાપક નેટવર્ક વચ્ચે વિદ્વાનોની ઘનિષ્ઠ આવનજાવન પર જ અહીંનો વેપાર આધાર રાખતો હતો. જોકે, 1468-1469માં જ્યારે સુન્ની અલીના સોન્ઘાય સામ્રાજ્યએ ટિમ્બક્ટુ લઇ લીધું ત્યારે ઘણા વિદ્વાનો શહેર છોડીને વાલાતા ચાલ્યા ગયા. 1591માં મોરોક્કન લોકોના કબજા વખતે પણ આમ જ બન્યું હતું. 

શિક્ષણની આ પદ્ધતિ 19 સદીના અંત સુધી ચાલુ જ હતી, જ્યારે 18 સદીએ સાર્વત્રિક શિક્ષણના સ્વરૂપમાં હરતીફરતી કુરાનિક શાળાઓ જોઇ હતી. જેમાં વિદ્વાનો તેમના શિષ્યો સાથે સમગ્ર પ્રદેશમાં પ્રવાસ કરતાં અને આખા દિવસનો ખોરાક ભીખ માગીને ખાઇ લેતા હતાં. ફ્રેન્ચ લોકોના કબજા, 70 અને 80ના દાયકાના દુકાળો તેમજ 90ના દાયકાની શરૂઆતમાં માલીના ગૃહ યુદ્ધ પછી ઇસ્લામિક શિક્ષણ દબાણમાં આવી ગયું. 
ફ્રેન્ચ સંસ્થાનવાદી સામ્રાજ્યનો હિસ્સો
દ્વિતીય વિશ્વ યુદ્ધ
સ્વતંત્રતા અને પછીનો ગાળો
અભ્યાસનું કેન્દ્ર