22 જૂન, 2007ના રોજ, જલગાવ કોલેજમાં મરાઠીના અધ્યાપક, અને ખૂન થયું હતું તેવા જલગાવના કોંગ્રેસ પક્ષના વિશ્રામ જી. પાટિલની વિધવા, રજની પાટિલે એક પ્રેસ કોન્ફરન્સમાં જણાવ્યું હતું કે પ્રતિભા પાટિલના ભાઈ જી.એન. પાટિલે તેમના પતિનું ખૂન કર્યું હતું. તેણીએ પ્રતિભા પાટિલ વિરૂદ્ધ તેમના ભાઈને રક્ષણ આપવાનો આરોપ મુક્યો હતો. તેણીએ વધુમાં જણાવ્યું હતું કે તેણીએ આ આરોપોની વિગતો સાથે સોનિયા ગાંધી અને રાષ્ટ્રપતિ ડો એ.પી.જે. અબ્દુલ કલામને પત્ર લખ્યો હતો. આ મુદ્દે રાષ્ટ્રપતિને લખવામાં આવેલા અનૌપચારિક પત્રના નકલો વિરોધ પક્ષના નેતા એલ.કે. અડવાણીના નજીકના વ્યક્તિ સુધીન્દ્ર કુલકર્ણીએ પ્રેસમાં વહેંચણી કરી હતી. 
13 જૂલાઇ, 2007ના રોજ રજની પાટિલ બોમ્બે હાઇ કોર્ટમાં એવી માગ કરી હતી કે રાષ્ટ્રપતિ પદની ચૂંટણી પહેલા યુપીએના રાષ્ટ્રપતિ પદના ઉમેદવાર પ્રતિભા પાટિલ તથા તેમના ભાઈ વિરૂદ્ધ સીબીઆઇ દ્વારા "તપાસ" કરવામાં આવે. રજની પાટિલની અરજીના એવું જણાવવામાં આવ્યું હતું કે ફેબ્રુઆરી મહિનામાં બોમ્બે હાઇ કોર્ટની ઔરંગાબાદ ખંડપીઠ દ્વારા જેને કેસની તપાસ કરવાનો આદેશ અપાયો હતો તેવી સીબીઆઇએ રાષ્ટ્રપતિ પદની ચૂંટણીની તારીખ, 19 જૂલાઇ પહેલા પ્રતિભાની પૂછપરછ કરવી જોઇએ, નહીં તો તેઓ જો ચૂંટણી જીતી જશે તો તેઓ "પ્રેસિડન્શીયલ ઇમ્યુનિટી" બની જશે. વકીલ મહેશ જેઠમલાણીએ જણાવ્યું હતું કે બે સીડીઓ શોધી કાઢવામાં આવી છે જેમાં પાટિલના ભાઈ વિરૂદ્ધ દોષપાત્ર સામગ્રી છે. આ સીડીઓ જલગાવના કોંગ્રેસના જિલ્લના વડા બનવા માટેની ચૂંટણીઓની ફૂટેજ ધરાવે છે. જેઠમલણીએ એવું કહેતા બંને સીડીઓને રેકોર્ડ પર મુકવાની ઓફર આપી કે "તે મોત પાછળની રાજકીય કડીઓ દર્શાવતી મહત્ત્વની માહિતીઓ ધરાવે છે." 

ખૂનના આરોપી તેમના ભાઈને રક્ષણ આપવાના આક્ષેપો
સંત મુક્તાબાઇ કોઓપરેટીવ સુગર ફેક્ટરી
રાજકીય કારકીર્દિ
સખાવતી સંસ્થાઓ