યુરો 96 રમ્યા બાદ માન્ચેસ્ટર ફરીથી શીયરરને સાઇન કરવા માગતું હતું અને તેણે તેના માટે ઘણાં પ્રયત્નો કર્યા. શીયરરે જણાવ્યું હતું કે ક્લબના મેનેજર એલેક્સ ફરગ્યુસન સાથે વાતચીત કર્યા બાદ તે આ કરાર કરવા માટે મહદ્અંશે તૈયાર હતો. પણ બ્લેકબર્ન રોવરના માલિક જેક વોલર માન્ચેસ્ટર યુનાઇટેડ સાથે શીયરરનો સોદો કરવા તૈયાર ન હતા. આખરે, 30 જુલાઇ 1996ના રોજ શીયરરની માતૃભૂમિની ક્લબ ન્યૂકેસલ યુનાઇટેડે જ શીયરર માટે 150 લાખ પાઉન્ડની વિશ્વ વિક્રમ બોલી લગાવી તેનું સંચાલન શીયરર જેને હીરો માનતો હતો તે કેવિન કીગનકરતો હતો. શીયરર ન્યૂકેસલમાં પાછો ફર્યો 

શીયરરે 17 ઓગસ્ટ 1996ના રોજ એવર્ટન ખાતે લીગમાં ન્યૂકેસલ તરફથી શરૂઆત કરી,આખી સીઝન દરમિયાન તેણે તેની આગવી રમત અને ફોર્મ જાળવી રાખ્યું. સતત ત્રીજી સીઝનમાં તે પ્રિમિયર લીગના ટોપ સ્કોરર તરીકે ઉભરી આવ્યો. તેણે 31 પ્રિમિયર લીગ ગેમ્સમાં 25 ગોલ કર્યા,એટલું જ નહીં, ઇજાના કારણે તેણે સાત મેચો ગુમાવવી પડી છતાં તે પીએફએ (PFA) પ્લેયર ઓફ ધ યરનો ખિતાબ પણ ફરી જીત્યો. જો કે, લીગનો ખિતાબ તો ક્લબથી દૂર રહ્યો હતો. તે સતત બીજા વર્ષે બીજા સ્થાને આવી. આ દરમિયાન કીગન સીઝનની અધવચ્ચેથી બહાર નીકળી ગયો હતો. 

શીયરરને ફરી ઇજા થઇ. આ વખતે તેને ગુડીસન પાર્કમાં મેચ પહેલાનું સેશન રમતી વખતે ઘૂંટણમાં ઇજા થઇ. તેને કારણે 1997-98ની સીઝનમાં તે 17 ગેમ્સમાં માત્ર બે જ ગોલ કરી શક્યો. તેની ઇજાની ક્લબના દેખાવ પર અસર થઇ હતી અને ન્યૂકેસલ લીગમાં 13માં ક્રમે પહોંચી હતી. જો કે, યુનાઇટેડે (હવે શીયરરના બ્લેકબર્ન ખાતેના જૂના બોસ કેની ડાલ્ગીશ દ્વારા સંભાળાતી) એફએ (FA) કપમાં સારો દેખાવ કર્યો. સેમી ફાઇનલની જીત દરમિયાન શીયરરે શેફિલ્ડ યુનાઇટેડ સામે ટીમને જીતાડનારો ગોલ કર્યો. તેને કારણે ટીમ ફાઇનલમાં પહોંચી. વેમ્બલી ખાતે ટીમને સ્કોરશીટ મળે તેમ ન હતી. તેને કારણે તે આર્સેનલની સામે 2-0થી હારી ગઇ. 
લીસેસ્ટર સીટી સામેની રમતમાં બનેલા એક બનાવને કારણે એફએ (FA) દ્વારા શીયરર પર ગેરવર્તણૂંકનો આરોપ મૂકવામાં આવ્યો, માધ્યમોએ દાવો કર્યો હતો કે વીડીયો ટેપમાં ચોખ્ખું દેખાય છે કે શીયરરે એક પડકાર બાદ નીલ લેનનને જાણી જોઇને માથામાં ઇજા પહોંચાડી હતી. એ વખતની રમતના રેફ્રીએ શીયરર સામે કોઇ પગલાં લીધા નહીં અને ઘાયલ થયેલા ખેલાડીએ જ શીયરરના પક્ષમાં ચૂકાદો આપતાં એફએ (FA) દ્વારા તેને દરેક આરોપમાંથી મુક્ત કરવામાં આવ્યો. ફૂટબોલ એસોસિયેશનના ભૂતપૂર્વ પ્રમુખ ગ્રેહામ કેલી કે જેમણે શીયરર સામે આરોપ મૂક્યા હતા તેમણે પોતાની આત્મકથામાં જણાવ્યું હતું કે જો શીયરર પર કોઇપણ જાતના આરોપો મૂકવામાં આવશે તો તે 1998નો વર્લ્ડ કપ નહીં રમે તેવી ધમકી તેણે આપી હતી. જો કે, શીયરરે આ વાતનો ઇન્કાર કર્યો હતો.

ત્યારપછી બધી ઇજાઓમાંથી પાછા બેઠા થઇ ગયેલા શીયરરને 1998-99ની સીઝનમાં પોતાના ગત વર્ષના ગોલ સરભર કરવાનો મોકો મળ્યો. તેણે 30 લીગ ગેમ્સમાં 14 ગોલ કર્યા. ન્યૂકેસલને 13 વર્ષ પૂરાં થયાં અને સીઝન ચાલતી હતી તે દરમિયાન જ કેની ડગ્લીશની જગ્યાએ રુડ ગુલીટ આવ્યા.
શીયરરે ન્યૂકેસલને સતત બીજા વર્ષે એફએ (FA) કપ ફાઇનલ સુધી પહોંચવામાં મદદ કરી અને ત્યાર પછીની યુઇએફએ (UEFA) કપની સીઝનમાં પણ. જો કે, તેઓ ફરી એકવાર આ કપ હારી ગયા. આ વખતે તેઓ ટ્રેબલનો પીછો કરી રહેલી માન્ચેસ્ટર યુનાઇટેડ સામે 2-0થી હાર્યા.
ઉપરાંત મેનેજરમાં કરવામાં આવેલા બદલાવને કારણે 1999-2000ની અન્ય સીઝન પર પણ અસર પડી. રુડ ગુલિટે રાજીનામું આપી દીધું અને તેની જગ્યા લીધી 66 વર્ષના બોબી રોબસને. ગુલિટની વિદાયની સાથે સાથે તેણે સન્ડરલેન્ડ સામેની મેચમાં શીયરરને મુખ્ય લાઇનમાં ન રાખવાનો નિર્ણય પણ ગયો. આ મેચમાં તેમની ક્લબ 2-0થી હારી. ગુલિટે શીયરરને કેપ્ટનની પદવી આપી હતી છતાં ક્લબના કપ્તાન અને મેનેજર વચ્ચે ઝઘડા અને મતભેદ હોવાની વાતો ઉઠતી હતી. ગુલિટના નિર્ણયથી તેમની ક્લબના ફેન ખુબ જ નિરાશ હતા અને તેના જવા સાથે નવી સીઝનની દુઃખી શરૂઆત થઇ. ગુલિટ અને શીયરર વચ્ચેના આ મતભેદને બાદમાં ગુલીટે પુષ્ટિ આપી હતી અને તેણે સ્ટ્રાઇકરને કહ્યું હતું કે, "...આટલું વધુ પડતું રેટિંગ આપેલો રમતવીર મેં આજસુધી નથી જોયો." રોબસને સુકાન સંભાળ્યું તેમ છતાં ક્લબને મિડ-ટેબલથી ઉપર ઉઠવા માટે ઘણો સંઘર્ષ કરવો પડ્યો. શીયરરે આમ તો એક જ લીગ ગેમમાં ભાગ ન હતો લીધો. તેણે 23 ગોલ કર્યા હતા. ન્યૂકેસલ એફએ (FA) ક્બલ સેમીફાઇનલમાં તો પહોંચી પણ સતત ત્રીજી ફાઇનલમાં તેમને હારનો સામનો કરવો પડ્યો. ચેલ્સિયા સામે તેઓ હારી ગયા. આ સીઝનમાં શીયરરની કારકિર્દીમાં પહેલીવાર શીયરરને પેનલ્ટીના ભાગ રૂપે મેદાનમાંથી બહાર કાઢી મુકવામાં આવ્યો. એસ્ટન વિલા સામેની મેચમાં યુરીઆહ રેની નામના રેફ્રીએ બે વાર શીયરરને યેલો કાર્ડ આપ્યા અને તેની કોણીનો વધારે પડતો ઉપયોગ થતો હોવાનું જણાવ્યું.

2000-2001માં શીયરરે ઇજાગ્રસ્ત અને હતાશાજનક સીઝન પસાર કરી. યુઇએફએ (UEFA) યુરો 2000 હરીફાઇ બાદ તેણે સ્થાનિક ક્લબ ફૂટબોલ પર ધ્યાન આપવા માટે આંતરરાષ્ટ્રીય ફૂટબોલમાંથી નિવૃત્તિ જાહેર કરી. લીગમાં તેણે 19 ગેમ્સમાં માત્ર 5 ગોલ કર્યા. 2001-02ની સીઝન વધારે સારી હતી. આ સીઝનમાં શીયરર 37 લીગ મેચોમાં 23 ગોલ કરી શક્યો અને ન્યૂકેસલ ચોથા સ્થાને રહી. જે 1997 પછીનું સૌથી મજબૂત સ્થાન તેણે પ્રાપ્ત કર્યું કહેવાય. એનો અર્થ એ થયો કે તેઓ પછીની સીઝનમાં ચેમ્પિયન લીગ સ્પર્ધામાં ભાગ લઇ શકશે. આ સીઝનનો સૌથી યાદગાર કોઇ બનાવ હોય તો તે રોય કીનને મેદાનની બહાર જવાનું કહેવાયું તે. સપ્ટેમ્બર 2001માં રેડ ડેવિલ્સ સામેની મેચમાં તેના રમતવીર રોય કીને ન્યૂકેસલના શીયરર સામે ખરાબ વર્તન કર્યું. અને તેને મેદાનની બહાર જવું પડ્યું તો સાથે જ ન્યૂકેસલનો તેની સામે 4-3થી વિજય થયો. આ જ સીઝનમાં શીયરરને પણ તેની કારકિર્દીમાં બીજીવાર રેડ કાર્ડ આપવામાં આવ્યું. તેણે ચાર્લટન એથ્લેટિક નામના ખેલાડી સામે વારંવાર કોણીનો કથિત ઉપયોગ કર્યો હતો. જો કે, આખી મેચનો વીડીયો જોયા બાદ રેફ્રી એન્ડી ડીઉર્સોએ તે કાર્ડ પાછું લઇ લીધું હતું.

2002-03ની સીઝનમાં શીયરર અને ન્યૂકેસલ બંનેએ યુઇએફએ (UEFA) ચેમ્પિયન્સ લીગમાં કમ બેક કર્યું. શરૂઆતના તબક્કામાં જ ન્યૂકેસલ તેની પહેલી ત્રણ મેચ હારી ગયું. જો કે, ડાયનામો કીવ સામેના શીયરરના ગોલને કારણે અને સાથે જ જ્યુવેન્ટસને ફેયેનુર્ડ સામેની મેચોને કારણે ન્યૂકેસલને બીજા તબક્કામાં પ્રવેશવાનો મોકો મળ્યો. ઇન્ટર સામેની બીજા જૂથની મેચોમાં શીયરરે બેયર લેવરકુસ અને બ્રેસ સામે કરેલી હેટ્રિકને કારણે ચેમ્પિયન લીગમાં તેના 7 ગોલ થઇ ગયા હતા. આ ઉપરાંત લીગમાં 35 ગેમ્સમાં 17 ગોલ્સ તો ખરા. તેની સાથે જ આ સીઝનમાં તેના કુલ ગોલ્સની સંખ્યા 25 થઇ. તેમની ક્લબ આ વખતે પ્રિમિયર લીગમાં ત્રીજા સ્થાને પહોંચી. તે પણ સુધારો થયો.

ત્યારબાદ ન્યૂકેસલ પાસે ચેમ્પિયન્સ લીગમાં 2003માં વધારે સારો દેખાવ કરવાનો એક મોકો હતો પણ શીયરર સ્કોરમાં નિષ્ફળ રહેનાર ખેલાડીઓ પૈકીનો એક હતો કારણકે ટીમ ત્રીજા ક્વોલિફાઇંગ રાઉન્ડમાં પાર્ટીઝન બેલગ્રેડ દ્વારા પેનલ્ટી શુટઆઉટ દ્વારા બહાર ફેંકાઇ ગઇ હતી. યુનાઇટેડે તે સીઝનના યુઇએફએ (UEFA) કપમાં સારો દેખાવ કર્યો અને શીયરરના છ ગોલને કારણે ક્લબને સેમી-ફાઇનલમાં પહોંચવામાં મદદ મળી. જો કે, સેમી ફાઇનલમાં તેમને ઓલિમ્પિક દ માર્સેલી ક્લબે મહાત આપી. સ્થાનિક સ્તરે પણ શીયરર માટે આ સીઝન સારી રહી. તેણે 37 મેચોમાં 22 ગોલ કર્યા. જો કે, ચેમ્પિયન્સ લીગમાં પોતાની ક્લબને પાંચમાં સ્થાને ઉતરતાં તે બચાવી શક્યો નહીં. તેઓ યુઇએફએ (UEFA) કપ માટે ફરી એકવાર ક્વોલિફાય થયા. 

શીયરરે જાહેર કરી દીધું હતું કે 2004-05ની સીઝન પછી તે નિવૃત્ત થઇ જશે. જો કે, આ સીઝનમાં તેની રમત બહુ ખરાબ રહી. પેટ્રિક ક્લુવર્ટ નામના નવા ખેલાડી સાથે તેણે જોડી બનાવી. પણ 28 ગેમ્સમાં તે માત્ર સાત ગોલ કરી શક્યો. અને તેમની ટીમ આ સીઝનમાં 14માં સ્થાને રહી. કપ કોમ્પિટિશનમાં ક્લબે સારો દેખાવ કર્યો હતો. જો કે, તેઓ યુપા કપ ક્વાર્ટર ફાઇનલમાં સ્પોર્ટીંગ સામે હાર્યા અને એફએ (FA) કપ સેમિફાઇનલમાં માન્ચેસ્ટર યુનાઇટેડ સામે હાર્યા. શીયરરે પહેલા રાઉન્ડમાં હેપોલ બ્ની શાકનીન સામે હેટ્રિક કરી અને 11 યુરોપિયન ગોલ સાથે સીઝનનો અંત આણ્યો. સાથે જ સ્થાનિક કપનો તેનો એક ગોલ પણ ખરો.

તે વખતના ક્લબના મેનેજર ગ્રીમ સોનેસ સમજાવટ બાદ 2005ના ઉનાળામાં શીયરરે પોતાનો નિવૃત્ત થવાનો નિર્ણય પાછો ખેંચ્યો. બાદની સીઝનના અંત સુધી તેણે ખેલાડી અને કોચની ક્ષમતાથી રમવાનું ચાલું રાખવાનો નિર્ણય કર્યો. તે 2005-06માં એક વધુ સીઝન રમવા માટે પાછો આવ્યો. આ છેલ્લી સીઝનમાં તેણે ન્યૂકેસલ યુનાઇટેડ માટે 200 ગોલ કરવાનો જેકી મિલબર્નનો 49 વર્ષ જૂનો રેકોર્ડ તોડ્યો (તેમાં તેના 38 વર્લ્ડ વોર II વોરટાઇમ લીગ ગોલનો સમાવેશ થતો નથી). 4 ફેબ્રુઆરી 2006ના રોજ તેણે પ્રીમિયમ લીગ ફિક્સચરમાં પોર્ટ્સમાઉથ સામે 201મી સ્ટ્રાઇક લીધી ત્યારે તે ક્લબનો સૌથી વધુ લીગ અને કપ કોમ્પિટિશન ગોલ સ્કોરર બની ગયો. 17 એપ્રિલ 2006નો દિવસ..તેની નિવૃત્તિ પહેલાની છેલ્લી સીઝનમાં હવે તેને ખેલાડી તરીકે રમવાની માત્ર ત્રણ જ મેચ બાકી હતી... તે સન્ડરલેન્ડ સામે 4-1થી પોતાની ક્લબને જીતાડી રહ્યો હતો અને આ મેચમાં તેણે 206મો ગોલ કર્યો હતો.. આ તેની 395મી મેચ હતી. સન્ડરલેન્ડ સામેની મેચ પહેલા શીયરરના ડાબા ઘૂંટણમાં મેડિયલ લાટેરલ લિગામેન્ટમાં ઇજા થઇ હતી. તેને કારણે તેણે છેલ્લી ત્રણ મેચ ગુમાવવી પડી. એ સાથે જ તે પોતાની નિવૃત્તિની કગાર પર આવી ગયો. શીયરરે તેની છેલ્લી સીઝનમાં 32 લીગ ગેમ્સમાં ભાગ લીધો અને 10 ગોલ કર્યા.

ન્યૂકેસલ યુનાઇટેડ (1996–2006)
બ્લેકબર્ન રોવર્સ (1992–1996)
દાનની પ્રવૃત્તિ
અંગત જીવન