કાસ્ટ્રો રોમન કેથોલિક બાળક તરીકે મોટા થયા હતા, પરંતુ દરેકની જેમ આચરણ કરતા ન હતા. ઓલિવર સ્ટોનની દસ્તાવેજી"કમાન્ડન્ટ" માં, કાસ્ટ્રો દર્શાવે છે કે "હું કદી માન્યતાઓ ધરાવતો ન હતો", અને ફક્ત એક જ વાત સાચી છે કે ફક્ત એક જ જિંદગી છે. પોપ જ્હોન 23એ પોપ પિય, 12ના સામ્યવાદ વિરુદ્ધના નિયમોને આધારે કાસ્ટ્રોને 1962માં ચર્ચમાંથી બહાર કાઢી મૂક્યા હતા, 1949ના નિયમો કે કેથોલિકોને સામ્યવાદી સરકારોને ટેકો આપવા પર પ્રતિબંધ ફરમાવતા હતા.
1992માં કાસ્ટ્રો ધર્મ પરના નિયંત્રણોને ઢીલા મૂકવા સંમત થયા હતા અને એટલું જ નહી પરંતુ ચર્ચ જતા કેથોલિકોને ક્યુબન કોમ્યુનિસ્ટ પાર્ટીમાં જોડાવાની પણ મંજૂરી આપી હતી. તેમણે તેમના દેશને "નાસ્તિક"ને બદલે "બિનસાંપ્રદાયિક" તરીકે વર્ણવવાનું શરૂ કર્યું હતું. પોપ જોહ્ન પૌલ બીજા 1998માં ક્યુબાની મુલાકાતે આવ્યા હતા, આઇલેન્ડ પર રોમન કેથોલિક ચર્ચા વડા તરીકેનું શાસન સંભાળ્યા બાદની સૌપ્રથમ મૂલાકાત હતી. કાસ્ટ્રો અને પોપ મુલાકાત દરમિયાન વિવિધ પ્રસંગોએ અડીને કે સાથે બેઠેલા દેખાયા હતા. કાસ્ટ્રોએ પોપ સાથેની તેમની જાહેર બેઠકોમાં ઘાટા બ્લ્યુ રંગનો બિઝનેસ સુટ (તેમના ચિથરેહાલ વસ્ત્રોને બદલે) પહેર્યો હતો અને પોપને આદર અને માન આપ્યું હતું.
ડિસેમ્બર 1998માં કાસ્ટ્રો ઔપચારીક રીતે સૌપ્રથમ વખત સત્તાવાર ઉજવણી તરીકે ક્રિસ્ટમસ ડેનો પુનઃ પ્રારંભ કર્યો હતો, જેને કોમ્યુનિસ્ટ પાર્ટી દ્વારા 1969માં નાબૂદ કરવામાં આવ્યો હતો. ક્યુબનોને ફરીથી ક્રિસ્ટમસને રજા તરીકે મનાવવાની અને ખુલ્લી રીતે ધાર્મિક સરઘસો કાઢવાની મંજૂરી આપવામાં આવી હતી. ક્રિસ્ટમસને જાહેર રજા તરીકે શરૂ કરતા પોપે કાસ્ટ્રોને આભાર માનતો ટેલિગ્રામ કર્યો હતો. 
કાસ્ટ્રોએ 2003માં રોમન કેથોલિક કોન્વેન્ટ બ્લેસીંગ્સમાં હાજરી આપી હતી. આ અણધારેલી ઘટનાનો હેતુ જૂના હવાનામાં શરૂ કરવામાં આવેલી નવી કોન્વેન્ટને આશિર્વાદ આપવાનો અને પોપની ક્યુબાની મુલાકાતની પાંચમી જયંતિનું પ્રતીક રાખવાનો હતો. 
રૂઢીગત ખ્રિસ્તીમંડળના વરિષ્ઠ આધ્યાત્મિક નેતાઓ 20045માં ક્યુબામાં આવ્યા હતા, લેટિન અમેરિકામાં રૂઢીગત ધર્મપીઠે સૌપ્રથમ વખત મુલાકાત લીધી હોય તેવું ચર્ચના ઇતિહાસમાં પ્રથમ વાર બન્યુ હતું : એક્યુમેનિકલ કેથેડ્રલ બાર્થોલોમેવ 1 હવાનામાં કેથેડ્રલને સમર્પિત રહ્યા હતા અને ફિડલ કાસ્ટ્રોને સન્માનથી નવાજ્યા હતા. તેમના સાથીઓએ જણાવ્યું હતું કે તેઓ જૂના હવાનાના હૃદયસમા ભાગમાં રૂઢીગત ખિસ્તીઓને નાના રૂઢીગત કેથેડ્રલ ઊભા કરીને અને દાન કરીને ક્યુબન સરકારના નિર્ણયને પ્રતિભાવ આપી રહ્યા હતા. 

એપ્રિલ 2005માં પોપ જોહ્ન પૌલ 2ના નિધન બદ લાગણીવશ કાસ્ટ્રોએ તેમના માનમાં હવાનામાં જાહેરમાં હાજરી આપી હતી અને વેટિકન એમ્બેસી ખાતે પોપની શ્રદ્ધાંજલિના પુસ્તક પર હસ્તાક્ષર કર્યા હતા. 
તેમણે છેલ્લે 46 વર્ષ પહેલા 1959માં તેમની એક બહેનના લગ્ન નિમીત્તે કેથેડ્રલની મુલાકાત લીધી હતી. કાર્ડિનલ જેઇન લુકાસ ઓર્ટેગા વાય આલમિનોએ ટોળાનું નેતૃત્વ સંભાળ્યુ હતું, તેઓ કાળ સુટમાં સજ્જ હતા, અને પવિત્ર ફાધર જોહ્ન પૌલ બીજાનું હૃદય બંધ પડી જવાથી (ક્યુબામાં)જે મૃત્યુ થયું હતું તે માટે કૃતજ્ઞતા વ્યક્ત કરી હતી. "

વિવાદ અને ટીકા
ધાર્મિક માન્યતાઓ
ક્યુબન ક્રાંતિ
મોનકાડા બેરેક્સ પર હૂમલો