ફેડરરે 2003માં વિમ્બલ્ડનના સ્વરૂપમાં પ્રથમ ગ્રાન્ડ સ્લૅમ સિંગલ્સ બિરુદ જીત્યું હતું, તેણે માર્ક ફિલિપ્પોસિસને 7-6(5), 6-2,7-6(3)થી હરાવી આ બિરુદ જીત્યું હતું. ફેડરર તેનું પ્રથમ અને એકમાત્ર ડબલ્સ માસ્ટર્સ શ્રેણી 1000 ઇવેન્ટ બિરુદ મિયામીમાં મેક્સ મિરનઈ સાથે જીત્યો હતો, અને તેણે રોમમાં માટીની સપાટી પર એક સિંગલ્સ માસ્ટર્સ શ્રેણી 1000 ઇવેન્ટ આમ કર્યું હતું, જયાં તે હાર્યો હતો. ફેડરરે એટીપી (ATP) ટુરમાં નવ ફાઇનલમાં પ્રવેશ કર્યો હતો અને તેમાથી સાત જીતી હતી, તેમાં દુબઈ અને વિયેના ખાતેની 500 શ્રેણીનો સમાવેશ થાય છે. છેલ્લે ફેડરરે આન્દ્રે અગાસીને હરાવી વર્ષાંત ચેમ્પિયનશિપ જીતી હતી.

2004માં ફેડરરે કારકિર્દીમાં પ્રથમ વખત ત્રણ ગ્રાન્ડ સ્લૅમ બિરુદ જીત્યા હતા અને તે મેટ્સ વિલેન્ડરે 1988માં સિદ્ધિ નોંધાવ્યા પછી આવી સિદ્ધિ મેળવનાર પ્રથમ ખેલાડી બન્યો હતો. તેનું પ્રથમ ગ્રાન્ડ સ્લૅમ હાર્ડ કોર્ટ (સખત સપાટી) બિરુદ ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપનના સ્વરૂપમાં હતું, જે તેણે મારાત સાફીનને 7-6(3), 6-4, 6-2થી હરાવી જીત્યું હતું. તેના પછી તેણે એન્ડી રોડ્ડીકને 4-6, 7-5, 7-6(3), 6-4થી હરાવી બીજું વિમ્બલ્ડન બિરુદ જીત્યું હતું. ફેડરરે 2001ના યુએસ (US) ઓપન ચેમ્પિયન લીટોન હ્યુઇટને 6-0, 7-6(3), 6-0થી હરાવીને તેનું પ્રથમ યુએસ (US) ઓપન બિરુદ જીત્યું હતું. ફેડરરે ત્રણ એટીપી (ATP) માસ્ટર્સ શ્રેણી 1000 ઇવેન્ટ જીતી હતી. તેમાની એક હેમ્બર્ગમાં માટીની સપાટી પર હતી અને બીજી બે ઇન્ડિયાનાવેલ્સ અને કેનેડામાં સખત સપાટી પર હતી. ફેડરરે દુબઈમાં એટીપી (ATP) 500 શ્રેણી જીતી હતી અને સળંગ બીજી વખત વર્ષાંત ચેમ્પિયનશિપ જીતી વર્ષનું સફળ સમાપન કર્યું હતું.
2005માં ફેડરર પ્રથમ બંને ગ્રાન્ડ સ્લૅમ ટુર્નામેન્ટની ફાઇનલમાં પહોંચવામાં નિષ્ફળ ગયો હતો, ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપનમાં તે ચેમ્પિયન સાફીન સામે હારી ગયો હતો અને ફ્રેન્ચ ઓપન સેમી ફાઇનલમાં તે રફેલ નાદાલ સામે હાર્યો હતો. જોકે, ગ્રાસ કોર્ટ (ઘાસની સપાટી) પર ફેડરરે પોતાનું પ્રભુત્વ ફરીથી પુરવાર કરતાં એન્ડી રોડ્ડીકને 6-2, 7-6(2), 6-4થી હરાવી વિમ્બલ્ડન ચેમ્પિયનશિપ જીતી હતી. યુએસ (US) ઓપનમાં ફેડરરે આન્દ્રે અગાસીને તેની છેલ્લી ગ્રાન્ડ સ્લૅમ ફાઇનલમાં 6-3, 2-6, 7-6(1), 6-1થી હરાવ્યો હતો. ફેડરરે ચાર એટીપી (ATP) માસ્ટર્સ શ્રેણી 1000 જીતી હતી. ઇન્ડિયન વેલ્સ, મિયામી અને સિનસિનાટી (હાર્ડ કોર્ટ (સખત સપાટી) પર) અને હેમ્બર્ગ (ક્લે (માટી)) પર જીતી હતી. વધુમાં ફેડરરે બે એટીપી (ATP) 500 શ્રેણી ઇવેન્ટ્સ રોટરડેમ અને દુબઈ ખાતે જીતી હતી. ફેડરર વર્ષાંત ચેમ્પિયનશિપની ફાઇનલમાં ડેવિડ નેલ્બેન્ડિયન સામે હાર્યો હતો.

ફેડરર 2006માં ત્રણ સિંગલ્સ ગ્રાન્ડ સ્લૅમ બિરુદ જીત્યો હતો અને અન્યની ફાઇનલમાં પહોંચ્યો હતો. તેનો એકમાત્ર પરાજય નાદાલ સામે ફ્રેન્ચ ઓપનની ફાઇનલમાં 1-6, 6-1, 6-4, 7-6(4)થી થયો હતો. બંને ટોચના ખેલાડીઓની ગ્રાન્ડ સ્લૅમમાં આ પ્રથમ ટક્કર હતી. ફેડરરે નાદાલને વિમ્બલ્ડન ચેમ્પિયનશિપની ફાઇનલમાં 6-0, 7-6(5), 6-7(2), 6-3થી હરાવ્યો હતો, બસ ત્યારથી બંને વચ્ચેના ઐતિહાસિક મુકાબલાનો પ્રારંભ થયો હતો. ઓસ્ટ્રેલિયન ઓપન ફેડરરે માર્કોસ બેઘડેટિસને 5-7, 7-5, 6-0, 6-2થી હરાવી જીતી હતી, અને યુએસ (US) ઓપનમાં ફેડરરે રોડ્ડીક (2003નો ચેમ્પિયન)ને 6-2, 4-6, 7-5, 6-1થી હરાવી ચેમ્પિયનશિપ જીતી હતી. વધારામાં ફેડરર છ એટીપી (ATP) માસ્ટર્સ શ્રેણી 1000ની ફાઇનલમાં પહોંચ્યો છે અને ચાર સખત સપાટી પર જીતી છે અને બે મેચ માટીની સપાટી પર નાદાલ સામે હાર્યો છે. ફેડરરે ટોક્યોમાં એટીપી (ATP) 500 શ્રેણી જીતી હતી અને તેની કારકિર્દીમાં ત્રીજી વખત વર્ષાંત ચેમ્પિયનશિપ જીતી હતી.

1998-2002 એટીપી (ATP)ની પ્રારંભિક કારકિર્દી
લગ્ન અને કુટુંબ
2003-2006 સફળતા અને પ્રભુત્વ
ફેડરર વિરુદ્ધ જોકોવિક