આનુવંશિક અભિયાંત્રિકોએ કદાચ કોઇ દિવસ ટ્રાન્સજેનિક પ્લાન્ટ્સનો વિકાસ કર્યો હશે જે સિંચાઇ, ગટરવ્યવસ્થા, સંરક્ષણ, સેનિટરી એન્જિનિયરીંગ, અને ઉપજમાં વધારો તથા સાચવણીને મંજૂરી આપે છે, જ્યારે તેને પરંપરાગત પાકોની સરખામણીએ ખૂબ ઓછા અશ્મિભૂત ઇંધણની જરૂર પડે છે. આ પ્રકારની પ્રગતિ મુખ્યત્વે એવા વિસ્તારો માટે મહત્વ ધરાવે છે કે જે સામાન્ય રીતે સૂકા હોય અને સતત સિંચાઇ પર જ આધારિત હોય તથા જ્યાં મોટા પાયે ખેતી થતી ન હોય. 

આમ છતાં, વનસ્પતિની આનુવંશિક અભિયાંત્રિકી વિવાદિત સાબિત થઇ છે. જીએમઓ અંગે ખાદ્ય સલામતી અને પર્યાવરણ પર થતી અસરોમાં વધારો વધારો થતો આવ્યો છે. ઉદાહરણ તરીકે, પરિસ્થિતી વિજ્ઞાનના વિજ્ઞાનીઓ અને અર્થશાસ્ત્રીઓએ જીએમઓ સામે પ્રશ્નો ઉઠાવ્યા છે. આ જીએમઓ પદ્ધતિઓમાં ટર્મીનેટર સીડ્સનો સમાવેશ થાય છે જે આનુવંશિક સુધારો છે જે જંતુરહિત બીજનું સર્જન કરે છે. ટર્મીનેટર સીડ્સ સામે હાલમાં મજબૂત આંતરરાષ્ટ્રીય વિરોધ ઉઠી રહ્યો છે અને વૈશ્વિક પ્રતિબંધ માટે સતત પ્રયાસો થઇ રહ્યા છે. 
કંપનીઓને આપવામાં આવેલું પેટન્ટનું રક્ષણ એ અન્ય વિવાદિત મુદ્દો છે જે આનુવંશિક અભિયાંત્રિકીનો ઉપયોગ કરીને નવા પ્રકારના બીજનો વિકાસ કરે છે. કંપનીઓ પાસે જ્યારથી તેમના બીજોની બૌદ્ધિક માલિકી છે, તેઓ તેમના પેટન્ટના ઉત્પાદનો માટે શરતો અને સ્થિતી અંગે આદેશો કરવાની સત્તા ધરાવે છે. હાલમાં, દસ બીજ કંપનીઓ બીજના વૈશ્વિક વેચાણના બે-તૃતિયાંશ હિસ્સા પર નિયંત્રણ ધરાવે છે. વંદના શીવાએ એવી દલીલ કરી હતી કે આ કંપનીઓ જીવનની પેટન્ટ લઇને બાયોપાયરસી તેમજ નફા માટે જીવતંત્રનું શોષણ કરતી હોવા બદલ દોષી છે. પેટન્ટ લીધી હોય તેવા બીજોનો બીજી વારના વાવેતર માટે ઉપયોગ કરવા પર પ્રતિબંધ મુકવામાં આવ્યો છે, જેને કારણે ખેડૂત પર પ્રતિ વર્ષ નવા બીજ ખરીદવાનું દબાણ સર્જાય છે. વિકસીત અને વિકાસશીલ બંને પ્રકારના ઘણા દેશોમાં બીજની બચત એ પરંપરાગત પદ્ધતિ હોવાથી, જીએમઓ બીજ કાયદાકીય રીતે ખેડૂતોને તેમની બીજ બચતની પદ્ધતિથી પ્રતિ વર્ષ નવા બીજ ખરીદવાની પદ્ધતિથી બાંધી લે છે. 
સ્થાનિક રીતે સ્વીકારવામાં આવેલા બીજ આવશ્યક વારસો છે જે તાજેતરના વર્ણસંકર પાકો અને જીએમઓને કારણે ભવિષ્યમાં ભૂલાઇ જશે. સ્થાનિક રીતે સ્વીકારવામાં આવેલા બીજો, કે જેને જમીનની જાતો કે પાક ઇકો પ્રકાર પણ કહેવામાં આવે છે તે ખૂબ મહત્ત્વના હોય છે કેમકે સમય જતા તેમને ચોક્કસ હવામાન ધરાવતા વિસ્તાર, જમીન, વાતાવરણની અન્ય સ્થિતી, ક્ષેત્રની રચના, અને વાવેતરના ચોક્કસ વિસ્તારમાં વંશીય પસંદગીમાં સ્વીકારવામાં આવ્યા છે. આ ક્ષેત્રોમાં જીએમઓ અને વર્ણસંકર વ્યાપારી બીજોના આગમનથી સ્થાનિક જમીનની જાતો સાથેના ક્રોસ-પોલિનેશનનું જોખમ ઉભું થાય છે આથી, જીએમઓ જમીનની જાતોની સ્થિરતા અને સંસ્કૃતિના વંશીય વારસા સામે એક ખતરા સમાન છે. બીજમાં એક વાર ટ્રાન્સજેનિક તત્વો હોય, ત્યારે તેનો આધાર બીજની કંપનીની સ્થિતી પર હોય છે કે તે ટ્રાન્સજેનિક વસ્તુની પેટન્ટની માલિકી ધરાવે છે કે નહીં. 
અહીં એવી પણ એક ચિંતા ઉભી થાય છે કે જીએમઓ જંગલી જાતો સાથે ક્રોસ-પોલિનેટ થશે અને સ્થાનિક વસ્તીની આનુવંશિક અખંડિતતામાં કાયમી ફેરફાર કરી દેશે; ટ્રાન્સજેનિક જનીનો સાથેની જંગલી વનસ્પતિઓની ઘણી જાતોને અગાઉથી ઓળખવામાં આવી છે. સંબંધિત જંતુની જાતિ તરફ જીએમઓ જનીનનું વહન, તેમજ બિન-ટ્રાન્સજેનિક પાકો સાથે ક્રોસ-પોલિનેશન એ ચિંતાનું કારણ છે. તેલીબિયાંના જેમ ઘણા જીએમઓ પાકોનું તેમના બીજ માટે વાવેતર કરવામાં આવે છે ત્યારથી વારાફરતી પાક લેવામાં આવતા હોય તેવા ક્ષેત્રોમાં સ્વૈચ્છિક વનસ્પતિઓ માટે બીજનું સ્પિલેજ સમસ્યારૂપ બને છે, તેમજ વાહન-વ્યવહાર દરમિયાન પણ તેની સમસ્યા ઉભી થાય છે. 

પાક ઉત્પાદન પદ્ધતિઓ
જીએમઓના ખર્ચ અને લાભો
આધુનિક વૈશ્વિક કૃષિમાં વિસંગતતાઓ
આબોહવામાં ફેરફાર