રોગ પ્રતિકારકતા તંત્રમા વિસંગતતાઓમા મોટા ભાગે ક્રોહન રોગને કારણભૂત બનાવ્યો. ક્રોહન રોગને અતિ સક્રિય Th1 સાયટોકીનદ્વારા સોજા ઉત્તેજીત કરવા સાથે એક ઓટોઇમ્યુન રોગ તરીકે વિચારવામાં આવ્યો. જો કે હાલના નવિનતમ પુરાવા દર્શાવે છે કે બીમારીમા Th17 વધુ અગત્યનુ છે. ક્રોહન રોગમાં સૌથી નવીનતમ જનીન છે જે એટીજી16એલ1ને પ્રેરિત કરી શકે અને આક્રમક બેક્ટેરિયાના હૂમલા સામે શરીરની ક્ષમતા દબાવે છે. 

પ્રવર્તમાન વિચારની વિરુદ્ધ કે ક્રોહન રોગ એક પ્રાથમિક ટી-સેલ આટોઈમ્યુન વિકાર છે હવે એવા શરીરના પુરાવા એ અવધારણાના પક્ષમા છે કે ક્રોહન રોગ અક્ષમ જન્મજાત રોગપ્રતિકારકતાનુ પરિણામ છે. ઇમ્યુનો ડિફેંસિએંસી જેને માઈક્રોફેગસ દ્વારા અક્ષમ સાઈટોકિન સ્ત્રાવના કારણે (કમ સે કમ ભાગમા) દર્શાવવામા આવી છે જેને માઈક્રોબાયલ-ઇંડ્યુસ્ડ ઇનફ્લેમેટરી પ્રતિભાવ જાળવી તરફ વધવાનુ વિચાર્યું છે ખાસ કરીને આંતરડામાં જ્યા બેક્ટેરિયાનું ભારણ ખાસ કારીને વધુ હોય છે.

દવાઓ
શસ્ત્રક્રિયા
રોગ-પ્રતિરક્ષિત પધ્ધતિ
દૈહિક લક્ષણો