ઑગસ્ટ, 1942 માં મહાત્મા ગાંધીએ ભારત છોડો આંદોલન શરૂ કર્યું ત્યારે, યોગેન્દ્ર શુક્લાએ સ્વતંત્રતા માટે ભૂગર્ભ આંદોલન શરૂ કરવાના દૃષ્ટિકોણ સાથે જયપ્રકાશ નારાયણ, સૂરજ નારાયણ સિંહ, ગુલાબચંદ ગુપ્તા, રામનંદન મિશ્રા અને શાલીગ્રામ સિંહની સાથે હજારીબાગ સેન્ટ્રલ જેલની દીવાલને ફાંદી. જયપ્રકાશ નારાયણ તે સમયે બીમાર હતા, શુક્લા, જયપ્રકાશ નારાયણને ખભા પર લઈ, ૧૨૪ કિલોમીટર ચાલીને તેમને ગયા પહોંચ્યા. 

અંગ્રેજ સરકારે શુક્લાની ધરપકડ માટે રૂ. ૫૦૦૦નું ઈનામ રાખ્યું. ૭ ડિસેમ્બર ૧૯૪૨ ના દિવસે મુજફ્ફરપુરમાં તેની ધરપકડના રોજ થઈ હતી. સરકારનું માનવું હતું કે તેમની ધરપકડના એક દિવસ પહેલા શુક્લાએ ચાર કેદીઓને મુજફ્ફરપુર જેલમાંથી છૂટવામાં મદદ કરી હતી. તેમના નામ હતા : સૂરજદેવસિંહ, રામ બાબુ કાલવાર, બ્રહ્માનંદ ગુપ્તા અને ગણેશ રાય. 

યોગેન્દ્ર શુક્લાને બક્સર જેલમાં બંદી બનાવાયા અને ત્રણ વર્ષ સુધી કેદમાં રહ્યા હતા. માર્ચ ૧૯૪૪ માં, તેમણે બક્સર જેલમાં ભૂખ હડતાલ શરૂ કરી. 

કળાપાણીથી મુક્ત થયા બાદ
ભારત છોડો આંદોલન
આઝાદી દરમિયાન અને પછી
કળાપાણીની સજા