સુબ્રમણ્યમ સ્વામીનો જન્મ તમિલનાડુ, ચેન્નઈના મૈલાપોરમાં થયો હતો, તેમનું મૂળ તમિલનાડુનું મદુરાઈ છે. તેમના પિતા સિતારામ સુબ્રમણ્યમ, એક અમલદાર હતા અને તેમની માતા પદ્માવતી, એક ગૃહિણી હતી. તેમને એક નાના ભાઈ, રામ સુબ્રમણ્યમ તેમજ બે નાની બહેનો છે. 

સ્વામીએ હિન્દુ કૉલેજ, દિલ્હી યુનિવર્સિટીમાં હાજરી આપી, જ્યાંથી તેમણે ગણિતમાં તેમની બેચલર ઓનર્સ ડિગ્રી મેળવી. ત્યારબાદ તેમણે કોલકત્તાના ઇન્ડિયન સ્ટેટેસ્ટિકલ ઇન્સ્ટિટ્યુટના સ્ટેટિસ્ટિક્સમાં તેમની માસ્ટર ડિગ્રી લીધી. પાછળથી હેન્ડ્રિક એસ. હોઉથકકર દ્વારા તેમની ભલામણ થઈ હતી અને સંપૂર્ણ રોકફેલર સ્કોલરશીપ પર હાર્વર્ડ યુનિવર્સિટીમાં અભ્યાસ કરવા ગયા હતા, જ્યાં તેમણે 1965 માં અર્થશાસ્ત્રમાં પીએચડી મેળવી. તેમના થીસીસ સલાહકાર નોબલ વિજેતા સિમોન કુઝનેટ્સ હતા . 1963 માં, જ્યારે સ્વામી હાર્વર્ડમાં ડોક્ટરલ વિદ્યાર્થી હતા, તેઓ ન્યૂ યોર્ક સિટીમાં સહાયક અર્થશાસ્ત્ર બાબતોના અધિકારી તરીકે યુનાઇટેડ નેશન્સ સચિવાલયમાં કામ કર્યું હતું. ત્યારબાદ હાર્વર્ડ યુનિવર્સિટીના લોવેલ હાઉસ ખાતે તેમણે નિવાસી ટ્યુટર તરીકે કામ કર્યું અને 1986 માં, વિશ્વ બેંકના સલાહકાર તરીકે સેવા આપી હતી. 

હાર્વર્ડ યુનિવર્સિટીમાં અભ્યાસ કરતી વખતે સ્વામી પારસી વંશીય ભારતીય મહિલા રોક્સનાને મળ્યા હતા, જેઓ હાર્વર્ડ યુનિવર્સિટીમાં ગણિતમાં પીએચડીનો અભ્યાસ કરતા હતા. જૂન 1966 માં તેઓ પરણ્યા હતા. સ્વામી પાસે બે પુત્રીઓ છે. મોટી પુત્રી ગીતાંજલી સ્વામી એ ઉદ્યોગ સાહસિક અને ખાનગી ઇક્વિટી પ્રોફેશનલ છે. તેણીએ એમઆઈટીના અધ્યાપક ડૉ. સંજય સર્મા સાથે લગ્ન કર્યા છે, જે ભારત સરકારના નિવૃત્ત આઇએએસ અધિકારી અને પૂર્વ સચિવ આર્થિક બાબતોના ઇએએસ સરમાના પુત્ર છે. નાની પુત્રી સુહાસીની હૈદર, એક પ્રિન્ટ અને ટેલિવિઝન પત્રકાર છે, જે ભૂતપૂર્વ ભારતીય વિદેશ સચિવ સલમાન હૈદરના પુત્ર નદેમ હૈદર સાથે લગ્ન કર્યાં છે.   

વાણિજ્ય અને ભારતના કાયદા પ્રધાન
પ્રારંભિક રાજકારણ
પ્રારંભિક જીવન અને શિક્ષણ
શૈક્ષણિક કારકિર્દી