પ્રતિભા પાટિલ જેના સ્થાપક સભ્ય હતા તે સહકારી ખાંડની ફેક્ટરી - સંત મુક્તાબાઇ સહકારી સાકર કારખાના દવાઓની હેરફેરની પ્રવૃત્તિ કરતી હોવાનું જાણમાં આવ્યું હતું, તેમજ બેન્ક લોનના રૂ. 17.5 કરોડ ચૂકવવામાં નિષ્ફળતા બદલ નાદાર જાહેર કરવામાં આવી હતી. પ્રતિભા પાટિલ જ્યાં સુધી રાજસ્થાનના ગવર્નર બન્યા સુધી તેઓ તેના અધ્યક્ષા અને ડિરેક્ટર હતા. પ્રતિભા 1994માં જ્યારે તેના અધ્યક્ષા હતા ત્યારે આ લોન લેવામાં આવી હતી, પરંતુ ફેક્ટરી પૂર્ણ રકમ ભરવામાં નિષ્ફળ નિવડી હતી. બેન્કે ઉઘરાણી માટે ઘણા કાગળ મોકલાવ્યા બાદ 23 જાન્યુઆરી, 2007ના રોજ ફેક્ટરી સીલ કરી દીધી હતી. મિલને સીલ કરવામાં આવી હોય તેવો આ બીજો બનાવ હતો. શરૂઆતમાં, તે જાન્યુઆરી 2006માં સીલ કરવામાં આવી હતી, પરંતુ પ્રતિભા પાટિલના નાના ભાઈ જી.એન. પાટિલની અધ્યક્ષતા હેઠળના બોર્ડ ઓફ ડિરેક્ટરોએ મિલની કામગીરીમાં સુધારો કરવાની તક આપવાની વિનંતી કરતા તે ફરી શરૂ થઇ હતી. 
2002માં પૂનાના સેન્ટ્રલ એક્સાઇઝ અને કસ્ટમ્સના વડા કમિશનરે નિકાસ માટેની ખાંડને ફેક્ટરી દ્વારા સ્થાનિક બજારમાં આપાઇ હોવાના કારણે એક્સાઇઝ ડ્યૂટીને અવગણવા બદલ નોટિસ ફટકારી હતી. આ આરોપોને "દ્વેષપૂર્ણ ઝુંબેશ" ગણાવતા, કેન્દ્રીય કૃષિ પ્રધાન શરદ પવારે પ્રતિભાનું સમર્થન કર્યું હતું અને જણાવ્યું હતું કે પાટિલ વિરૂદ્ધ મહારાષ્ટ્ર કોઓપરેટીવ સોસાઇટીઝ એક્ટ હેઠળ ક્યારેય કોઇ તપાસ થઇ નથી. તેમણે જણાવ્યું હતું કે ડિસેમ્બર 2006માં 74 મિલોને નોટિસ પાઠવવામાં આવી હતી, અને "માધ્યમોમાં ફક્ત એક ચોક્કસ કેસને ચગાવવામાં આવ્યો છે તે બાબત દુર્ભાગ્યપૂર્ણ છે". પવારે જણાવ્યું કે લાંબા દુકાળને કારણે શેરડીના ઉત્પાદન પર અસર થતા આ મિલો માંદી પડી અને આથી મોટા ભાગની મિલો લોન પરત ચૂકવવામાં નિષ્ફળ નિવડી હતી. ઉપરાંત 2007માં, એક સ્વતંત્ર વકીલ, મનોહર લાલા શર્માએ એવો આરોપ મુકતા સુપ્રીમ કોર્ટમાં જાહેર હિતની અરજી કરી કે શ્રીમતિ પ્રતિભા પાટિલ સંત મુક્તાબાઇ સુગર ફેક્ટરી સંબંધિત બેજવાબદાર નાદાર છે અને આથી તેમને રાષ્ટ્રપતિના કાર્યાલયમાં રહેવાથી દૂર કરવા જોઇએ. 

પ્રતિભા વિમેન કોઓપરેટીવ બેન્ક
ઉમેદવારી સામેના કાનૂની પડકારો
સખાવતી સંસ્થાઓ
સંત મુક્તાબાઇ કોઓપરેટીવ સુગર ફેક્ટરી