1625માં શાહજી ભોસલેએ રંગો બાપુજી ધાડફળે (સારદેશપાંડે)ને પુણેના વહીવટદાર તરીકે નિયુક્ત કર્યા હતા. તેઓ શહેરના સૌ પ્રથમ વિકાસકાર પૈકી એક હતા જેમણે કસ્બા, સોમવાર, રવિવાર અને શનિવાર બજારના નિર્માણ કામનું નિરીક્ષણ કર્યું હતું. 1630માં અને ત્યાર બાદ 1636થી 1647 સુધી વિજાપુરના સુલ્તાન દ્વારા શહેર પર આક્રમણ વખતે શહેર નષ્ટ કરવાની ઘટના બાદ શાહજી ભોંસલેના લશ્કરી અને વહીવટી અધિકારી દાદોજી કોનદેવએ આ વિસ્તારમાં વિકાસ અને બાંધકામ પ્રવૃત્તિ કરાવી હતી. તેમણે પુણે અને 12 મવાળની મહેસુલી વ્યવસ્થા સ્થિર બનાવી એટલું જ નહીં, વિવાદ ઉકેલવા અને કાનૂન અને વ્યવસ્થા જાળવવા માટે અસરકારક પદ્ધતિઓ પણ વિકસાવી હતી. શાહજીના પુત્ર શિવાજી ભોંસલે (પછી "છત્રપતિ શિવાજી" ) તેમના માતા જીજાબાઇ સાથે ત્યાં આવવાના હતા ત્યારે લાલ મહલ પેલેસનું નિર્માણ શરૂ થયું હતું. લાલ મહલનું બાંધકામ 1640માં પૂર્ણ થયું હતું. જીજાબાઇએ કસ્બા ગણપતિ મંદિરનું બાધકામ જાતે શરૂ કરાવ્યું હોવાનું માનવામાં આવે છે. આ મંદિર પર બેસાડવામાં આવેલી ગણપતિની મૂર્તિ શહેરના મુખ્ય દેવતા ("ગ્રામદેવતા" ) સમાન ગણવામાં આવે છે.

શિવાજીનો વર્ષ ૧૬૭૪માં છત્રપતિ તરીકે રાજ્યાભિષેક થયો હતો. તેમણે પુણેનો વધુ વિકાસ નિહાળ્યો જેમાં ગુરુવાર, સોમવાર, ગણેશ અને ઘોરપડે પીઠનો સમાવેશ થતો હતો.

બાજીરાવ પ્રથમ વર્ષ ૧૭૨૦માં મરાઠા સામ્રાજ્યના પ્રથમ પેશ્વા બન્યા હતા જેનું શાસન છત્રપતિ શાહુજીએ સંભાળ્યું હતું. 1730 સુધીમાં શનિવારવાડાનો મહેલ મુથા નદીના કિનારે બાંધવામાં આવ્યો હતો જેનાથી શહેર પર પેશ્વાના આધિપત્યની શરૂઆત થઇ હતી. પેશ્વાની દેખરેખ હેઠળ શહેરમાં ઘણા મંદિરો અને પૂલોનું નિર્માણ થયું હતું જેમાં લકડીપૂલ, પાર્વતી મંદિર અને સદાશિવ, નારાયણ રસ્તા અને નાના પીઠનો સમાવેશ થાય છે. 1761માં પાણીપતની ત્રીજી લડાઇમાં પરાજય મળ્યા બાદ પેશ્વાઓના પતનની શરૂઆત થઇ હતી. 1802માં પુનાની લડાઇમાં યશવંતરાવ હોલ્કર દ્વારા પેશ્વાઓ પાસેથી પુણે છીનવી લેવાયું હતું જેના કારણે તુરંત 1803-05નું બીજું એંગ્લો-મરાઠા યુદ્ધ થયું હતું.નવી પીઠ, ગંજ પીઠ અને મહાત્મા ફુલે પીઠ બ્રિટીશ રાજ વખતે પુણેમાં બની હોવાનું માનવામાં આવે છે.

સંશોધન સંસ્થાઓ
નગર વહીવટ
સંસ્કૃતિ
મરાઠા અને પેશ્વા શાસન