સામાન્ય રીતે, ક્લાયન્ટ દ્વારા PORT આદેશ મળ્યા બાદ, FTP ડેટા સ્થાનાંતર કરવા સર્વર ક્લાયન્ટને ફરી જોડે છે. આનાથી NAT અને ફાયરવોલ બંનેને તકલીફ થાય છે, જેઓ ઈન્ટરનેટ દ્વારા અંદરના હોસ્ટ તરફ આવતા જોડાણોને પરવાનગી આપતું નથી. NAT માટે વધારાની જટિલતા છે કે, IP એડ્રેસ અને પોર્ટ નંબરનું પ્રતિનિધિત્વ PORT આદેશમાં હોય છે જે હોસ્ટનો ખાનગી IP એડ્રેસ હોય છે જયારે તે ઈન્ટરનેટ પર પોતાના જાહેર IP એડ્રેસથી ઓળખાતું હોય છે. (NAT નું કાર્ય ખાનગી IP એડ્રેસ નું જાહેર IP એડ્રેસમાં અનુવાદ કરી આપવાનું છે.)
આ સમસ્યા માટે બે વિચાર છે : એક છે કે, FTP ક્લાયન્ટ અને FTP સર્વર PASV આદેશ નો ઉપયોગ કરે જેથી FTP ક્લાયન્ટ થી સર્વર તરફ ડેટા જોડાણ બને. આનો ઉપયોગ વ્યાપક રીતે આધુનિક FTP ક્લાયન્ટોમાં થાય છે. બીજો વિચાર NAT માટે છે જેમાં એપ્લીકેશન-લેવલ ગેટવે ની મદદ થી PORT આદેશનું મૂલ્ય બદલી નાખવામાં આવે છે. 
FTPS
NAT અને ફાયરવોલ ટ્રાવર્સલ
SFTP
FTP આદેશનું લીસ્ટ