1994ની સંસદીય ચૂંટણી દરમિયાન, યુએનપીની હાર થઈ અને, ઊંચા આશાવાદ વચ્ચે ચંદ્રિકા કુમારતુંગાનાં વડપણ હેઠળની પીપલ'સ અલાયન્સની સરકાર સત્તામાં આવી, જેના શિરે શાંતિ પ્રક્રિયાની જવાબદારી હતી. વિરોધ પક્ષના નેતા જેમિની ડિસ્સાનાયકેની એલટીટીઈએ હત્યા કરી હોવા છતાં, ચંદ્રિકા કુમારતુંગા પ્રમુખપદની ચૂંટણી પણ જીતી ગયા. જાન્યુઆરી 1995માં યુદ્ધવિરામ પર સહમતિ સધાઈ, પરંતુ ત્યારપછીની વાટાઘાટો નિષ્ફળ સાબિત થઈ. 19 એપ્રિલના રોજ એલટીટીઈએ યુદ્ધવિરામનો ભંગ કર્યો અને તેથી યુદ્ધનો ત્યારપછીનો તબક્કો શરૂ થયો, જેને "એલમ યુદ્ધ 3" તરીકે ઓળખવામાં આવે છે. ત્યારબાદ નવી સરકારે "શાંતિ માટે યુદ્ધ"ની નીતિને અપનાવી. બળવાખોરોના મુખ્ય ગઢ સમાન જાફના, જે 2,000 બળવાખોરોના નિયંત્રણમાં હતું, તેને પુનઃ પ્રાપ્ત કરવાના નિર્ધાર સાથે સરાકરે આ દ્વીપકલ્પમાં પોતાના સૈનિકો દાખલ કર્યાં. ઓગસ્ટ 1995માં બનેલા એક ખાસ બનાવમાં, નેવાલી (નાવેલ્લા) ખાતે સેન્ટ પીટર'સ ચર્ચ પર વાયુસેનાના જેટે બોમ્બ વરસાવ્યા, જેના લીધે લગભગ 65 શરણાર્થીઓના મોત નીપજ્યાં અને અન્ય 150 ઘાયલ થયા. સૌપ્રથમ તો સરકારી દળોએ બાકીના ટાપુથી આ દ્વીકલ્પનો સંપર્ક કાપી નાખ્યો,[95] અને ત્યારબાદ સાત સપ્તાહ સુધી ચાલેલી ભીષણ લડાઈ બાદ પાછલા લગભગ એક દશકના ગાળામાં સૌપ્રથમવાર જાફનાને સરકારના અંકુશ હેઠળ લાવવામાં સફળતા મળી. 5 ડિસેમ્બર, 1995ના રોજ શ્રીલંકાના સંરક્ષણ પ્રધાન અનુરુદ્ધા રેતવત્તેએ એક ઝાકમઝોળભર્યાં સમારંભમાં, જાફનાના કિલ્લાની અંદર રાષ્ટ્રધ્વજ ફરકાવ્યો. સરકારના અંદાજ અનુસાર આ આક્રમણમાં લગભગ 2,500 સૈનિકો અને બળવાખોરો માર્યા ગયા હતા, અને અંદાજે 7,000 ઘાયલ થયા હતા. આ સંઘર્ષ દરમિયાન ઘણાં નાગરિકો પણ માર્યા ગયા હતા, જેમકે નેવાલી ચર્ચ પર બોમ્બવર્ષાનો બનાવ કે જેમાં આશરે 125 નાગરિકોના મોત થયા હતા. એલટીટીઈના દબાણને કારણે 3,50,000 કરતા પણ વધુ નાગરિકોને જાફના છોડીને દેશના આંતરિક ભાગમાં આવેલા વન્ની વિસ્તારમાં જતા રહેવું પડ્યું હતું. ત્યારપછીના વર્ષના આખરી ભાગમાં મોટાભાગના શરણાર્થીઓ પરત ફર્યા હતા. 

આનો જવાબ એલટીટીઈએ ઓપરેશન અનસિઝીંગ વેવ્ઝ શરૂ કરીને આપ્યો હતો અને જુલાઈ 1996માં મલાઈત્તિવુનું યુદ્ધ જીતી લીધું હતું. સરકારે પોતાનું ત્યાર પછીનું આક્રમણ ઓગસ્ટ 1996માં શરૂ કર્યું. વધુ 2,00,000 નાગરિકોને હિંસાથી બચવા ભાગી જવું પડ્યું. કિલિનોચ્ચી (ગિરાનિક્કે) નગરનો 29 સપ્ટેમ્બરના રોજ કબ્જો લેવામાં આવ્યો. 13 મે, 1997ના રોજ, સરકારના દળોએ એલટીટીઈના અંકુશ હેઠળના વન્ની વિસ્તારમાં પૂરવઠા લાઈન શરૂ કરવાનો પ્રયાસ કર્યો, પરંતુ તેમાં નિષ્ફળતા મળી. બન્ને પક્ષ દ્વારા નિયમિતપણે નાગરિકોની હત્યા થતી રહી અને લોકો ઈજાગ્રસ્ત થતા રહ્યાં. ઉત્તરમાં હિંસાનો દોર યથાવત રહ્યો હતો, તેવા સમયે દેશના દક્ષિણ ભાગમાં આવેલા ગીચ શહેરી વિસ્તારો તથા જાહેર પરિવહનના સાધનો એલટીટીઈના આત્મઘાતી અને ટાઈમ બોમ્બ્સથી અસંખ્ય વખત ધણધણી ઉઠયાં, જેમાં હજારો નાગરિકો માર્યા ગયા. જાન્યુઆરી 1996માં, એલટીટીઈએ કોલમ્બોની સેન્ટ્રલ બેન્ક ખાતે આત્મઘાતી બોમ્બ દ્વારા તેનો સૌથી ઘાતક હુમલો કર્યો, આ હુમલામાં 90 લોકો માર્યા ગયા અને 1,400 લોકો ઈજાગ્રસ્ત થયા. ઓક્ટોબર 1997માં, એલટીટીઈએ શ્રીલંકાનું વર્લ્ડ ટ્રેડ સેન્ટરને બોમ્બથી ઉડાવી દીધું અને, જાન્યુઆરી 1998માં, આ સંગઠને કેન્ડી (મહાનુવારા)માં એક ટ્રક બૉમ્બનો વિ્ફોટ કરીને ટેમ્પલ ઓફ ધ ટૂથ કે જે વિશ્વભરમાં બૌદ્ધધર્મનું સૌથી પવિત્ર યાત્રાધામ હતું, તેને નુકશાન પહોંચાડ્યું. આ બૉમ્બ હુમલાના જવાબમાં, શ્રીલંકાની સરકારે એલટીટીઈને કાયદારક્ષણમાંથી બહિષ્કૃત કરી અને વિશ્વની અન્ય સરકારો પર પણ આવું કરવા માટે સફળતાપૂર્વક દબાણ લાવી, જેને લીધે એલટીટીઈની ભંડોળ એકત્રીકરણની કામગીરી ઉપર નોંધપાત્ર અસર પડી. 

27 સપ્ટેમ્બર, 1998ના રોજ, એલટીટીઈએ ઓપરેશન અનસિઝીંગ વેવ્ઝનો બીજો ભાગ શરૂ કર્યો અને ભીષણ યુદ્ધ બાદ તેણે કિલિનોચ્ચીને પુનઃ પ્રાપ્ત કર્યું, આમ તેણે કિલિનોચ્ચીના યુદ્ધમાં વિજય મેળવ્યો હતો. માર્ચ 1999માં, ઓપરેશન રણ ગોસા અંતર્ગત, સરકારે દક્ષિણ દિશામાંથી વન્ની ઉપર હુમલો કરવાનો પ્રયાસ કર્યો. ઓદુસુદન (ઓથાથન-થુડુવા) અને મધુ જેવા વિસ્તારો પર અંકુશ મેળવીને સૈન્યએ થોડીઘણી જીત મેળવી, પરંતુ તે આ પ્રદેશમાંથી એલટીટીઈને હટાવી શક્યું નહીં. સપ્ટેમ્બર 1999માં, એલટીટીઈએ ગોનાગલા ગામમાં 50 સિંહાલી નાગરિકોની હત્યા કરી. 2 નવેમ્બર, 1999ના રોજ એલટીટીઈ ઓપરેશન અનસિઝીંગ વેવ્ઝનાં ત્રીજા તબક્કા સાથે પરત ફરી. ઝડપભેર લગભગ આખો વન્ની વિસ્તાર ફરી એલટીટીઈના કબ્જામાં આવી ગયો. આ વિસ્તારમાં એલટીટીઈએ 17 સફળ હુમલાઓ કર્યા હતા, તેની પરાકાષ્ઠા તો ત્યારે આવી કે જ્યારે એલટીટીઈ પરાન્થન (પુરનથાયન્ના) કેમિકલ્સ ફેક્ટરી બેઝ અને કુરાક્કન કદુકુલમ (કુરાક્કન-કાયેલા વાયેવા) બેઝથી પણ આગળ વધી ગઈ. આ લડાઈમાં સેંકડો લોકો માર્યા ગયા. બળવાખોરો ઉત્તરમાં એલિફન્ટ પાસ (અલિમાનકડા) અને જાફના (યપાનયા) તરફ પણ આગળ વધ્યાં. એલટીટીઈએ કિલિનોચ્ચી શહેરની દક્ષિણ, પશ્ચિમ અને ઉત્તર દિશાએથી શ્રીલંકાના સશસ્ત્ર દળોની જમીન અને દરિયાઈ માર્ગની તમામ પૂરવઠા રેખાઓ સફળતાપૂર્વક કાપી નાખી હતી. ડિસેમ્બર 1999માં, એલટીટીઈએ ચૂંટણી પૂર્વેની એક રેલીમાં આત્મઘાતી હુમલા દ્વારા શ્રીલંકાના પ્રમુખ ચંદ્રિકા કુમારતુંગાની હત્યા કરવાનો પ્રયાસ કર્યો. શ્રીલંકન પ્રમુખે એક આંખ ગુમાવી તથા તેમને અન્ય ઈજાઓ પણ થઈ, પરંતુ પ્રમુખપદની ચૂંટણીમાં તેઓ વિરોધપક્ષના નેતા રાનિલ વિક્રમસિંગેને હાર આપી શક્યાં અને પ્રમુખપદે બીજી મુદત માટે ફરી ચૂંટાઈ આવ્યા. 

જાફના દ્વીપકલ્પને વન્નીની મુખ્યભૂમિથી 17 વર્ષ સુધી અલગ રાખનાર એલિફન્ટ પાસનું સૈન્ય સંકુલ 22 એપ્રિલ, 2000ના રોજ સંપૂર્ણપણે એલટીટીઈના અંકુશ હેઠળ આવ્યું. ત્યારબાદ સૈન્યએ દક્ષિણ જાફના દ્વીપકલ્પને પરત મેળવવા માટે ઓપરેશન અગ્નિ ખેલા શરૂ કર્યું, પરંતુ તેમાં નુકશાન સહન કરવું પડ્યું. એલટીટીઈએ જાના તરફ આગળ વધવાનું ચાલુ રાખ્યું, ઘણાંને એવી દહેશત હતી કે આ વિસ્તાર એલટીટીઈના અંકુશમાં આવી જશે, પરંતુ સૈન્યએ એલટીટીઈને હાર આપી અને તેણે આ શહેર પરનો અંકુશ જાળવી રાખ્યો. 

એલમ યુદ્ધ 3
17 મેઃ ટાઈગર્સે પરાજય સ્વીકાર્યો
યુદ્ધવિરામમાંથી સરકારના ખસી ગયા બાદની સમયરેખા
મૃત્યુ-ઈજાઓ