મુઘલ સૈન્ય નવાનગર તરફ આગળ વધતાં, જામ સતાજીએ રાણીઓને બંદરથી નાવ દ્વારા શહેર છોડવા જણાવ્યું. સચાણાના ઈશરદારજી બારોટના પુત્ર ગોપાલ બારોટ અજાજીની પાઘડી લઈ અને તેમના તાજા લગ્નના સોઢા પત્ની સુરજકુંવરબા પાસે પહોંચ્યા. સુરજકુંવરબા યુદ્ધક્ષેત્ર તરફ જવા નીકળ્યા અને માર્ગમાં તેમના પર મુઘલ સૈન્યએ હુમલો કર્યો. માર્ગમાં ધ્રોળના ઠાકોર સાહેબ જેમણે જામ સાથેના વ્યક્તિગત ઝઘડાને કારણે યુદ્ધમાં ભાગ નહોતો લીધો તેમણે સુરજકુંવરબાનું રક્ષણ કર્યું અને મુઘલો સાથે મંત્રણા કરી. તેણી યુદ્ધક્ષેત્રમાં પહોંચી અને અજાજીની ચિતા પર સતીપ્રથા નિભાવી.

મિર્ઝા અઝીઝ કોકાએ નવાનગર પહોંચી તેને લૂટ્યું. જામ સતાજીએ મુઝફ્ફરને બચાવવા જૂનાગઢ તરફ કૂચ કરી. દૌલત ખાન લડાઈમાં ઘાયલ થતાં જૂનાગઢ તરફ ગયો હતો અને પાછળથી મૃત્યુ પામ્યો હતો. મુઘલ સૈન્ય જૂનાગઢ પહોંચ્યું પણા લાંબા અભિયાનના થાકને કારણે અમદાવાદ પરત ફર્યું. ૧૫૯૨માં મિર્ઝા નવા સૈન્ય સાથે ફરી કાઠિયાવાડ પરત ફર્યો. તેણે જૂનાગઢની ઘેરાબંધી કરી અને શહેરે ત્રણ મહિના બાદ શરણાગતિ સ્વીકારી. મુઝફ્ફર તે દરમિયાન ફરી બરડામાં ભાગી ગયો હતો. મુઘલ સૈન્ય અંતે જૂનાગઢમાં સૂબાને નિયુક્ત કરી અને પરત અમદાવાદ ફર્યું. તેમણે પ્રભાસ પાટણ, દ્વારકા અને બેટ દ્વારકા પણ કબ્જે કર્યું.

બરડા પ્રદેશને છોડ્યા બાદ તેણે થોડો સમય ઓખા ખાતે વીતાવ્યો. મિર્ઝા અઝીઝ કોકાએ પોતાના પુત્ર સાથે સૈનિકો મોકલી તેને પકડવા પ્રયત્ન કર્યો. મુઝફ્ફરને ત્યાંથી ભાગી નીકળવાની સહાય કરતાં સવા વાઢેરનું મૃત્યુ થયું. મુઝફ્ફર વસ્તા બંદર વાટે કચ્છ પહોંચ્યો અને કચ્છના રાવ ભારમલ પ્રથમને આસરા માટે અપીલ કરી. મુઘલ સૈન્યને મોરબી મોકલાયું અને કચ્છનું રણ પાર કરવા તૈયારી કરવા આદેશ અપાયો. રાવને નવાનગર અને જૂનાગઢના હાલની ખબર હોવાથી તેણે મુઝફ્ફરને મુઘલ સૈન્યને સોંપી દીધો. મુઘલ સૈનિકો તેને છાવણી સુધી લઈ જતા હતા તે દરમિયાન આખી રાત્રિની મુસાફરી બાદ ધ્રોળ નજીક કોઈ બહાનું કાઢી અને ઘોડા પરથી ઉતરી ઝાડ પાછળ ગયો, જ્યાં તેણે છરી વડે પોતાનું ગળું કાપી આત્મહત્યા કરી. આ દિવસ ડિસેમ્બર ૨૪, ૧૫૯૨નો હતો. તેના મૃત્યુ સાથે ગુજરાત સલ્તનતની મુઝફ્ફરી વંશનો અંત આવ્યો.

રાવ ભારમલજીને તેમની સેવા માટે મોરબીની જાગીર આપવામાં આવી. જામ સતાજી વર્ષ ૧૫૯૩માં નવાનગર પરત ફર્યા. તેઓ મૃત્યુ સુધી નવાનગર ખાતે જ રહ્યા પણ રાજ્યનો વહીવટ મુઘલ સૂબાએ તેમની સલાહ અનુસાર ચલાવ્યો. કેટલોક સમય માટે સતાજીના બીજા પુત્ર જસાજીને દિલ્હી ખાતે રાખવામાં આવ્યો. સતાજીની ગેરહાજરીમાં રાણપુરના રાણા રામદેવજીના પુત્ર કુંવર ભાણજીના રાણી કાળાબાઈએ મેર અને રબારીઓની મદદથી નવાનગરે ગુમાવેલા વિસ્તારો પર કબ્જો કર્યો અને છાંયા ગામ ખાતે પાટનગર બનાવ્યું.

તારીખ
સ્મારક
પશ્ચાદભૂમિ
શોક