ક્રોહનનો રોગ આંતરડામાં અવરોધ, નાલવ્રણ અને ગુમડાઓ સહિત કેટલીક યાંત્રિક ગૂંચવણો તરફ દોરી જાય છે. લાક્ષણિક રીતે સંકોચ અને સંલગ્નતાથી અવરોધ ઊભો થાય છે જે અવકાશિકાને સંકુચિત કરી, આંતરડાના વિસ્તારના માર્ગને રોકે છે. અવકાશિકા આંતરડાની બે આંટીઓ વચ્ચે કે પછી, આંતરડા અને પિત્તાશય વચ્ચે, આંતરડા અને યોનિ વચ્ચે, અને આંતરડા અને ત્વચા વચ્ચે વિકાસ પામે છે. ગુમડાઓ ચેપની ઢંકેલી દિવાલો છે, જે ક્રોહન રોગના પીડિતોના ઉદર કે પેરીએનલ વિસ્તારમાં થઈ શકે છે.

ક્રોહન રોગ સોજાના વિસ્તારમાં કેન્સર થવાના જોખમને પણ વધારે છે. દાખલા તરીકે, ક્રોહન રોગથી પીડાતી વ્યક્તિના નાના આંતરડા પર નાના આંતરડાના કેન્સરનું જોખમ મોટી પ્રમાણમાં રહે છે. સમાનપણે, જે લોકોને ક્રોહન કોલિટિસ હોય છે તેમને કોલોન કેન્સર થવાનું તુલનાત્મક જોખમ 5.6% જેટલું રહે છે.
જે વ્યક્તિને પાછલા આઠ વર્ષથી ક્રોહન કોલિટિસ છે તેમને કોલોન કેન્સર માટે કોલોનોસ્કોપી સાથે સ્ક્રીનિંગની ભલામણ કરાય છે. મોટા આંતરડાના મોટા ભાગને સાંકળતા ક્રોહાનમાં કોલોરેક્ટરલ કેન્સરને રોકવા માટે કેમોપ્રોટેક્શનને કેટલાક અભ્યાસોમાં સૂચવવામાં આવ્યા છે; જેમાં બે માધ્યમોનું સૂચન કરવામાં આવ્યું છે, એક ફોલેટ અને બીજું છે, મેસાલામાઇન તૈયારીઓ.

ખોરાકના જથ્થામાં ઘટાડો અને મેલાઅબ્સોર્પ્શન સહિતના અનેક કારણોથી ક્રોહાનના રોગવાળી વ્યક્તિઓમાં અપૂરતા પોષણનો ભય રહે છે.
આ ભય નાના આંતરડાને કાઢી નાખ્યા પછી વધી જાય છે. કેટલાક વ્યક્તિઓને તેમની શારીરિક ઉષ્ણતાનો જથ્થો વધારવા માટે મોઢેની પૂરકો આપવા પડે છે કે પછી કેટલાક ગંભીર કિસ્સાઓમાં, ટોટલ પેરેન્ટેરલ ન્યૂટ્રીશન (ટીપીએન (TPN)) પણ આપવું પડે છે. સાઘારણ કે ગંભીર ક્રોહન રોગવાળા મોટા ભાગના લોકોને પોષણ માટે ડાઈટેશિયનને સૂચવવામાં આવે છે

ક્રોહન રોગ આંતરડાના અવરોધ ફોલ્લાઓ મુક્ત છિદ્રીકરણ અને હેમરેજ સહિત ખાસ્સી જટિલતાઓ કરી શકે છે.

ક્રોહન રોગ ગર્ભાવસ્થા દરમિયાન સમસ્યા ઉભી કરી શકે અને કેટલિક દવાઓ ભ્રૂણ કે માતા માટે વિપરીત પરિણામો ઉભા કરી શકે. ક્રોહન રોગ અંગે ઓબેસ્ટેટ્રીશિયન અને ગેસ્ટ્રોએન્ટેરોલોજીસ્ટની સલાહ અને રોકથામના ઉપાયો કરતી દવાઓ લેવી જોઈએ. અમુક કિસ્સામા ગર્ભાવસ્થા દરમિયાન ઘટાડો હોઈ શકે. ચોક્કસ દવાઓ શુક્રાણુઓના પ્રમાણમાં પણ અસર કરી શકે છે અથવા પુરુષની જનકની ક્ષમતાને પણ પ્રભાવિત કરી શકે છે 

શુક્રાણુઓ
ઇતિહાસ
ગૂંચવણો
લક્ષણો