ઇતિહાસકાર સ્ટીફન ડી સ્નોબેલેનનું ન્યૂટન વિશે કહેવું છે કે "આઇઝેક ન્યૂટન એક વિધર્મી હતા. પણ તેમણે પોતાની અંગત માન્યતાને ક્યારેય જાહેર કરી નહોતી, જેના કારણે આ રુઢિચુસ્ત માણસને અત્યંત કટ્ટરવાદી સમજવામાં આવ્યો. તેમણે તેમના પોતાના વિશ્વાસને એટલી સારી રીતે ગુપ્ત રાખ્યો કે આજે પણ વિદ્વાનો તેમની અંગત માન્યતાઓ વિશે વિવિધ પ્રકારના તર્ક કરે છે. કોઈ પણ વિદ્વાન તેમની અંગત માન્યતાને જાણી શક્યો નથી." સ્નોબેલેને તારણ કાઢ્યું કે ન્યૂટન ઓછામાં ઓછા સોશિનિયન પ્રત્યે સહાનુભૂતિ ધરાવતા હતા, (તેમની પાસે ઓછામાં ઓછી આઠ સોશિનિયન પુસ્તકો હતી અને તેમણે તેનો અભ્યાસ કર્યો હતો), કદાચ તેઓ એરિયન અને લગભગ એક ટ્રિનિટીવિરોધી હતા. આ ત્રણે સ્વરૂપ અત્યારે યુનિયટેરિયનવાદ પણ કહેવાય છે. ધાર્મિક અસહિષ્ણુતા માટે પ્રસિદ્ધ આ યુગમાં ન્યૂટનના કટ્ટરપંથી વિચારો વિશે કેટલીક સાર્વજનિક અભિવ્યક્તિઓ છે. તેમાં સૌથી ખાસ છે, પવિત્ર આદેશોનું પાલન કરવા માટેનો ઇનકાર અને તેમનું મૃત્યુ નજીક હતું ત્યારે તેમને પવિત્ર સંસ્કાર લેવાનો કરેલો ઇનકાર. 

સ્નોબેલેન દ્વારા વિવાદિત એક દ્રષ્ટિકોણમાં ટી સી ફાઇઝનમેયરે તર્ક આપ્યો કે ન્યૂટન ટ્રિનિટીના પૂર્વ રૂઢિવાદી દ્રષ્ટિકોણ ધરાવતા હતા, રોમન કૈથોલિક, અંગ્રેજવાદ અને મોટા ભાગે પ્રોટેસ્ટંટનો પશ્ચિમી દ્રષ્ટિકોણ ધરાવતા નહોતા. તેમનો સૂરજ સોળે કળાએ ખીલ્યો હતો ત્યારે તેમના પર રોસીક્રુસિયન હોવાનો આરોપ મૂકવામાં આવ્યો હતો. (જેમ કે રૉયલ સોસાયટી અને ચાર્લ્સ દ્વિતીયની અદાલતમાં અનેક લોકો પર આ આરોપ મૂકવામાં આવ્યો હતો). 

ગતિ અને ગુરુત્વાકર્ષણના સાર્વત્રિક નિયમ ન્યૂટનના સૌથી પ્રસિદ્ધ સંશોધન બની ગયા છતાં તેમને મહાન ઘડિયાળની જેમ બ્રહ્માંડનો એક પદાર્થ કે ઉપયોગ ચીજવસ્તુઓ તરીકે જોવા સામે ચેતવણી આપવામાં આવી હતી. તેમણે કહ્યું કે, "ગુરુત્વ બળ ગ્રહોની ગતિનું વર્ણન કરે છે, પણ કોણે ગ્રહોને આ ગતિમાં સ્થાપિત કર્યા તે કહી ન શકાય. ઈશ્વર તમામ ચીજવસ્તુઓનું નિયંત્રણ કરે છે અને તે જાણે છે શું છે અને શું થઈ શકે છે." 

તેમની વૈજ્ઞાનિક તરીકેની પ્રસિદ્ધ ઉલ્લેખનીય છે, સાથેસાથે તેમનો શરૂઆતમાં ચર્ચ પાદરીઓ અને બાઇબલનો અભ્યાસ પણ નોંધપાત્ર છે. ન્યૂટને શાબ્દિક ટીકા પર લખ્યું. તેમાં સૌથી વિશેષ છે "એન હિસ્ટોરિકલ એકાઉન્ટ ઓફ ટૂ નોટેબલ કરપ્શન ઓફ સ્ક્રિપ્ચર". તેમણે ઇશુ મસીહના વધસ્તંભની તારીખ પણ 3 એપ્રિલ, 33ના રોજ પ્રતિસ્થાપિત કરી, જે પરંપરાગત સ્વરૂપે સ્વીકૃત તારીખ સાથે સહમત છે. તેમણે બાઇબલની અંદર છુપાયેલા રહસ્યમય સંદેશા શોધવાનો નિષ્ફળ પ્રયાસ પણ કર્યો. 

તેમણે તેમના જીવનકાળમાં ન્યૂટનને કુદરતી વિજ્ઞાનની સરખામણીમાં ધર્મ વિશે વધારે લખ્યું. તે તર્કયુક્ત વિશ્વવ્યાપી દુનિયામાં વિશ્વાસ કરતાં હતા, પણ તેમણે લીબનીઝ અને બરુચ સ્પિનોઝાના હાઇલોજોઇઝમનો અસ્વીકાર કર્યો. આ રીતે આદેશિત અને ગતિશીલ સ્વરૂપે સૂચિત બ્રહ્માંડને સમજી શકાય છે અને તેને એક સક્રિય કારણ દ્વારા સમજવું જોઈએ. તેમના પત્ર વ્યવહારમાં ન્યૂટને દાવો કર્યો કે "પ્રિન્સિપિયા" માં લખતી વખતે "મેં એક નજર એવા સિદ્ધાંતો પર રાખી, જેથી ઈશ્વરમાં વિશ્વાસ રાખવાની સાથે મનુષ્ય પર વિચાર કરી શકાય". તેમણે દુનિયાની વ્યવસ્થામાં ડીઝાઇનનું પ્રમાણ જોયું: "ગ્રહીય વ્યવસ્થામાં આવી અભિન્ન એકરુપતાને પસંદગીની અનુમતી આપવી જોઈએ." પણ ન્યૂટને ભાર આપ્યો કે અસ્થાયીત્વની ધીમી વૃદ્ધિના કારણે દૈવી હસ્તક્ષેપ અંતે વ્યવસ્થાના સુધાર માટે જરૂરી હશે. આ માટે લીબનીઝે 
તેમની ટીકા કરતો લેખ લખ્યોઃ "સર્વશક્તિમાન ઈશ્વર સમયેસમયે પોતાની ઘડિયાળ સમાપ્ત કરવા માગે છે. નહીં તો આ સ્થાનાંતરિત કરવા માટે બંધ કરવામાં આવશે. એવું લાગે છે કે તેની પાસે તેની એક નિયમિત સતત ગતિ જાળવી રાખવા માટે જરૂરી દીર્ઘદ્રષ્ટિનો અભાવ છે." તેમના અનુયાયી સેમ્યુઅલ ક્લાર્કે એક પ્રસિદ્ધ પત્ર વ્યવહાર દ્વારા ન્યૂટનની સ્થિતિને બચાવવાનો પ્રયાસ કર્યો. 

સફરજન
મૃત્યુ પછી
ધાર્મિક દ્રષ્ટિબિંદુઓ
દુનિયાના અંત વિશેના વિચારો