2001-02ની સિઝનમાં બે રમત દરમિયાન, ડચ સેન્ટ્રલ ડિફેન્ડર જાપ સ્ટેમને 16 મિલિયન ડોલરથી લાઝિઓને વેચવામાં આવ્યો. સ્ટેમની વિદાય બદલ એવું કારણ માનવામાં આવતું કે તેણે પોતાની આત્મકથા "હેડ ટુ હેડ" માં કરેલા દાવા પ્રમાણે તેણે પોતાની અગાઉની કલબ પીએસવી આઇન્ડહોવનને જાણ કરવામાં આવે તે પહેલા મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડમાં જવા માટે એલેકસ ફર્ગ્યુસન સાથે ગેરકાયદે સંપર્ક કર્યો હતો. ફર્ગ્યુસને સ્ટેમને બદલે ઇન્ટરનેઝિઓનાલના 36 વર્ષીય સેન્ટ્રલ ડિફેન્ડર લોરેન્ટ બ્લાન્કને રાખ્યો.

ફર્ગ્યુસને સિઝન શરૂ થાય તે પહેલાં, પોતાના આસિસ્ટન્ટ સ્ટીવ મેકલેરેનને ગુમાવ્યો. તેણે મિડલ્સબરોના મેનેજર તરીકે ચાર્જ સંભાળ્યો, અને વધુ કાયમી અનુગામી શોધવામાં ન આવે ત્યાં સુધી લાંબા સમયથી કોચ તરીકે ફરજ બજાવતાં જીમ રયાનને સહાયકની ભૂમિકા આપી.

8મી ડિસેમ્બર 2001ના રોજ, મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડ પ્રીમિયર લીગમાં 9મા સ્થાને હતી - લીવરપુલથી 11 પોઈન્ટ પાછળ હતી જેણે 1 રમત રમવાની બાકી હતી. પછી ડિસેમ્બરના મધ્યમાં અને જાન્યુઆરીના અંતમાં નાટકીય વળાંક આવ્યો, મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડ સતત આઠ વિજય મેળવીને પ્રીમિયર લીગમાં સર્વોચ્ચ કક્ષાએ આવી અને પોતાના ટાઈટલ માટેનો એ જ પડકાર ફરીથી ઉઠાવવા માટે તૈયારી કરી. આમ છતાં, સિઝનની છેલ્લી ગેમમાં ઓલ્ડ ટ્રેફોર્ડ ખાતે આર્સેનલ માટેના ટાઈટલ માટે તેની પ્રતિસ્પર્ધી આર્સિનલ વેન્ગરે 1-0 જીતીને યુનાઈટેડે લિગ ત્રીજા ક્રમમાં પૂર્ણ કરી.

યુનાઈટેડ બેયર લિવરકુસનને ગોલ આપીને, ચેમ્પિયન લિગ સેમી ફાઈનલ ગુમાવીને યુરોપમાં નિષ્ફળ રહી હતી.

2001-2002ની સિઝન, મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડના મેનેજર તરીકે છેલ્લી સિઝન રહી, અને ટીમના ફોર્મને ગુમાવવાના કારણરૂપે તેની નિવૃતિની આભાસી તારીખ ટાંકવામાં આવી. ફર્ગ્યુસને પોતે કબુલ કર્યું કે તેની નિવૃતિની પૂર્વ જાહેરાતના નિર્ણયના પરિણામે ખેલાડીઓના માનસ પર તેમ જ શિસ્ત-નિયંત્રણની તેની ક્ષમતા પર વિપરીત અસર થઈ. પરંતુ ફેબ્રુઆરી 2002માં તેમણે ઓછામાં ઓછા ત્રણ વર્ષ સુધી ટીમનો ચાર્જ સંભાળવા માટે સહમતિ આપી.

સિઝનના અંતે 24 વર્ષીય સેન્ટ્રલ ડિફેન્ડર રિઓ ફર્ડિનન્ડ માટે લિડઝ યુનાઈટેડને 30 મિલિયન પાઉન્ડની જંગી રકમ ચૂકવવાનો બ્રિટીશ તબદીલીનો વિક્રમ પણ મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડ તોડયો.

તે ઉનાળામાં, ફર્ગ્યુસન પોતાના સહાયક તરીકે પોર્ટુગીઝ કોચ કાર્લોસ કિવરોઝને લઈ આવ્યા. 

સિઝનના અંત પહેલાં બે મહિનામાં મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડે તેની આઠમી પ્રીમિયર લિગ ટાઈટલ જીતી, તેઓ ટોચના આર્સેનલ કરતા આઠ પોઈન્ટ પાછળ હતા. યુનાઇટેડ માટેના ફોર્મમાં સુધારો આવતાં, આર્સેનલના ફોર્મમાં ઘટાડો થતાં, આ પ્રીમિયર લીગની ટ્રોફી ધીમે ધીમે લંડનના ખેલાડીઓના કબજામાંથી છટકીને ઓલ્ડ ટ્રેફોર્ડની દિશામાં પરત આવી રહી હતી. ફર્ગ્યુસને 2002-03ના વર્ષને તેના અસાધારણ પરત આવવાના સ્વરૂપને કારણે અગાઉ કયારેય ન અનુભવ્યું હોય તેવા સફળ વર્ષ તરીકે ગણાવ્યું. પ્રથમ વખત માટે નહીં, ફર્ગ્યુસને પોતાની જાતને મેનેજર તરીકે દિમાગી રમતોના ઉસ્તાદ તરીકે સાબિત કરી દીધી, જેણે સફળતાપૂર્વક આર્સેનલની શાંતિને અને અન્યથા તેના અનફ્લેપેબલ મેનેજર આર્સેન વેન્જરને અસ્વસ્થ કરી દીધા. 

ફર્ગ્યુસને 2003-04ની સિઝનના અંતમાં તેમના 11 માં એફએ (FA) કપ સુધી મેન્ચેસ્ટર યુનાઈટેડને માર્ગદર્શન આપ્યું, પરંતુ તેમના માટે આ એક એવી નિરાશાજનક સિઝન જોવા મળી જેમાં પ્રીમિયર લિગમાં ત્રીજા ક્રમે આવ્યા અને વિજેતા એફસી પોર્ટોના હાથે ચેમ્પિયન લિગ માં હારવું પડયું. રિઓ ફર્ડિનન્ડને સિઝનના આખરી ચાર મહિના ગુમાવવાના થયા, કારણ કે ડ્રગ પરીક્ષણ ચુકી જવાને કારણે તેની પર આઠ મહિનાનો પ્રતિબંધ શરૂ થતો હતો. કરાર કરેલા નવા ખેલાડીઓ એરિક ડજેમ્બા-ડજેમ્બા અને જોસ કલેબરસન નિરાશાજનક રહ્યા હતાં, પરંતુ 18 વર્ષીય પોર્ટુગીઝ વિન્ગર ક્રિશ્ચિઓના રોનાલ્ડોનો કરાર અમુક અંશે ફળદાયી રહ્યો.

2004-05ની સિઝનના આરંભમાં, વેની રુની અને આર્જેન્ટિના ડિફેન્ડર ગેબ્રિયલ હૈનઝ યુનાઈટેડમાં જોડાયા, જ્યારે ક્રિશ્ચિઓના રોનાલ્ડોએ રમવાનું ચાલુ રાખ્યું, ઘણા મેચ જીતવાની કામગીરીમાં મુકીને આગલી સિઝનમાં તેને બહાર મુક્યો હતો. પરંતુ મોટા ભાગની સિઝનમાં ઇજાને કારણે બહાર રહેવાથી વાન નીસ્ટલરોય પછી સ્ટ્રાઈકરના અભાવે ચાર સિઝનમાં ત્રીજી વખત ક્લબ ત્રીજા ક્રમે રહી. એફએ કપમાં તેઓ આર્સેનલની સામે પેનલ્ટીમાં હારી ગયા. 

રોક ઓફ જિબ્રાલ્ટરના ઘોડાની માલિકી પર મુખ્ય શેર-હોલ્ડર જોહન મેગ્નિઅર સાથે ઉગ્ર વિવાદ થવાથી ફર્ગ્યુસનની સિઝન માટેની તૈયારીઓ અસ્તવ્યસ્ત થઈ ગઈ હતી. મેગ્નિઅર અને વ્યાવસાયિક ભાગીદાર જે.પી. મેકમેનસ પોતાના શેર અમેરિકન બિઝનેસ ટાયફૂન માલ્કમ ગ્લેઝરને વેચાણ કરવા સહમત થવા, ત્યારે કલબ પર સંપૂર્ણ નિયંત્રણ મેળવવા માટે ગ્લેઝરનો માર્ગ મોકળો થયો. આનાથી યુનાઈટેડ કલબના પ્રશંસકો તરફથી ઉગ્ર વિરોધનો ભડકો ઉઠયો, અને ટ્રાન્સફર માર્કેટમાં ટીમને સંગીન બનાવવાની ફર્ગ્યુસનની યોજનાઓ પડી ભાંગી. આમ હોવા છતાં, યુનાઈટેડે પોતાની ગોલ કિપીંગ અને મિડ ફિલ્ડની સમસ્યાઓ ઉકેલવા તરફ ધ્યાન આપ્યું. આના માટે, તેમણે ડચ કિપર એડવિન વાન ડેર સારને ફૂલ્હામ તરફથી અને પીએસવી તરફથી કોરિયન સ્ટાર પાર્ક જી-સંગની સાથે કરાર કર્યાં.

સિઝન સંક્રાંતિકાળમાંથી પસાર થઈ રહી હતી. 18મી નવેમ્બરના રોજ, રોય કિને અધિકૃત રીતે કલબ છોડી દીધી, પરસ્પર સંમતિથી તેના કરારનો અંત આવ્યો. યુનાઈટેડ યુઈએફએ (UEFA) ચેમ્પિયન્સ લીગના નોક-આઉટ ફેઈઝ માટે પાત્ર બનવામાં નિષ્ફળ રહી. જાન્યુઆરીમાં ટ્રાન્સફર વિન્ડોમાં સર્બિયન ડિફેન્ડર નેમાના વિડિચ અને ફ્રેન્ચ ફુલ-બેક પેટ્રિક એવરાને કરારબદ્ધ કરવામાં આવ્યા, અને લિગમાં રન અવે આગેવાન ચેલ્સિના પછી બીજા ક્રમમાં આવ્યો. અન્ય કયાંય સફળતા મળવાના અભાવે લિગ કપની જીત એક આશ્વાસન ઈનામ હતું. ઓલ્ડ ટ્રેફોર્ડ ખાતે રયુડ વાન નીસ્ટલરોયનું ભાવિ કાર્લિંગ કપ ફાઈનલમાં શરૂ ન થવાથી શંકાસ્પદ જાણતું હતું, અને સિઝનને અંતે તે કલબથી અલગ થઈ ગયો.

કેન્ટોના અને પ્રથમ લિગ ટાઈટલ
રોક ઓફ જિબ્રાલ્ટર
ગોર્ડન સ્ટ્રેચન
પુનર્નિર્માણ અને પરિવર્તન