માં છેક ૫૦,૦૦૦ બી.સી થી લઈને ૧૨,૦૦૦ બી.સી ની આજુબાજુ છેલ્લા ના અંત સુધીનો લાંબો કાળ આવે છે. ૩૮,૦૦૦ બી.સી કરતાં પણ જૂના હોવાનો દાવો કરાતા અવશેષોને સામાન્ય રીતે પુરાતત્વવિદો સ્વીકારતા નથી, જેથી મોટાભાગના ઇતિહાસકારો માને છે કે જાપાનમાં પાષાણયુગની શરૂઆત ૪૦,૦૦૦ વર્ષ પછી થઈ હતી.

બનાવટી શોધના ખુલાસા પછી થયેલી ચર્ચાઓને કારણે હવે ફક્ત થોડા (ફુજીમુરા છોડીને) પુરાવા જ સારી રીતે સ્થાપિત થયેલા ગણી શકાય.

ખ્રિસ્તી મિશનો
આસુકા કાળ
સામુરાઈ
પાષાણ યુગ