સાલીમ અલી એ મૂળ ખંભાતના સૂલેમાની વ્હોરા હતા. તેમનો જન્મ મુંબઈ ખાતે થયો હતો. ૧૮૫૭થી તેમનો પરિવાર મુંબઇ ખાતે સ્થાયી થયો હતો. તેઓ તેમના પિતા મોઈઝુદ્દીનના નવમા અને સૌથી નાના સંતાન હતા. જન્મના પહેલાં વર્ષે જ એમણે પિતાનું છત્ર ગુમાવી દીધું અને ત્રીજા વર્ષે તેમના માતા ઝિનત– ઉન– નિસા પણ ખુદાને પ્યારા થઈ ગયાં. માતાપિતાના નિધન બાદ તેઓ તેમના નિ:સંતાન મામા અમીરુદ્દીન તૈયબજી અને મામી હમીદાની સાથે ખેતવાડી, મુંબઈ ખાતે રહેવા લાગ્યાં. તેમના અન્ય એક સંબંધી જાણીતા સ્વાતંત્ર્ય સેનાની અબ્બાસ તૈયબજી હતાં. અલીને શરુઆતમાં શિકાર વિષયક પુસ્તકોમાં બહુ જ રસ હતો. તેમના પાલક અમીરુદ્દીનએ તેમના આ રસને પીઠબળ આપ્યું. અલી આસપાસના બાળકો સાથે પક્ષીઓના શિકારની રમત રમતાં. તેમના બાળપણના એ વખતના ભેરુઓમાં દૂરના પિતરાઇ ઇસ્કન્દર મિર્ઝા પણા હતા જે વર્ષો પછી પાકિસ્તાનના પહેલાં રાષ્ટ્રપતિ બનેલાં. એક વાર એરગનથી રમતાં રમતાં એક પક્ષી ને ઢાળી દીધું. મૃત પક્ષીને જોઇ તેમને બાળસહજ જિજ્ઞાસા થઇ. મૃત રંગીન ચકલીને જોઇને તેમના મામા અમીરુદ્દીન કે જેઓ બોમ્બે નેચરલ હિસ્ટરી સોસાયટીના સભ્ય હતા એમની જિજ્ઞાસા સંતોષવા અલીને ‘બોમ્બે નેચરલ હિસ્ટ્રી સોસાયટી’ના મંત્રી મિ. મિલાર્ડ પાસે લઇ ગયા. ત્યાં તેમણે પંખીઓના વિધ વિધ નમૂના અને પુસ્તકો જોયાં. મિલાર્ડે તેમણે કેટલાંક પક્ષી વિષયક પુસ્તકો પણ ભેટ આપ્યાં જેમાં "ઇહા" દ્વારા લિખિત બોમ્બેના સામાન્ય પક્ષીઓનો (કોમન બર્ડ્સ ઓફ બોમ્બે) પણ સમાવેશ થતો હતો. આ ઉપરાંત મિલાર્ડે તેમને પક્ષીઓનો સંગ્રહ બનાવવા માટે પ્રેર્યાં. સાથોસાથ મૃત પક્ષીઓને કેમ જાળવવાં, તેમની છાલ કેમ ઉતારવી તે વિષેની પ્રાથમિક સમજ આપી. આમ, એક બાળસહજ જિજ્ઞાસા એક બાળમનને પક્ષી વિશારદ બનાવી ગઇ.આ બાબતનો ઉલ્લેખ તેમણે તેમની આત્મકથા "ધ ફોલ ઓફ સ્પેરો"માં કર્યો છે.

ફક્ત ૧૦ વર્ષની ઉંમરથી જ તેમણે એક ડાયરી નિભાવી હતી જેમાં તેમણે પોતાના પક્ષી અવલોકનો વિશે લખ્યું હતું. એરગનથી પક્ષીના શિકારની ઘટના સંદર્ભે તેઓ નોંધે છે કે કેવી રીતે મૃત નર પક્ષીના સ્થાન પર અન્ય નર પક્ષી ગોઠવાઇ ગયું હતું. 
સાલીમ અલીનું પ્રાથમિક શિક્ષણ ગીરગામ ખાતે ઝેનાના બાઇબલ એન્ડ મેડિકલ મિશન ગર્લ્સ હાઇસ્કૂલમાં તેમની બે પિતરાઇ બહેનો સાથે થયું. અને ત્યારબાદનું શિક્ષણ સેન્ટ ઝેવિયર્સ કોલેજ, મુબંઈથી લીધું. ૧૩ વર્ષની ઉંમરે તેમને લાંબા સમયના માથાના દુ:ખાવાની ફરિયાદ રહી જેની અસર તેમના શરુઆતના શિક્ષણ પર પડી. તેમની તબિયતના કારણે તેમને સિંધનું સૂકું વાતાવરણ મદદરુપ થશે એમ સમજાવી તેમના કાકા જોડે સિંધ મોકલાયા. આમ, શિક્ષણમાં સતત વિક્ષેપ છતાં તેઓ ૧૯૧૩માં બોમ્બે યુનિવર્સિટીમાંથી મેટ્રીકની પરીક્ષા પાસ કરવામાં સફળ રહ્યાં.

સન્માન
પક્ષી અભ્યાસ
પ્રારંભિક જીવન
લેખન