5 એપ્રિલ, 2009ના રોજ, શ્રીલંકાના સૈન્યના સૈનિકોએ સંપૂર્ણ પુથુક્કુદિયિરીપ્પુ વિસ્તારને પોતાનાં કબ્જામાં લઈ લીધો, જેના કારણે તમિલ ટાઈગર્સ નાગરિકો માટે ઉભા કરાયેલા નો-ફાયર ઝોનમાં પેસી ગયા.<ref name="mod-mu-04/05/09"></ref>
20 એપ્રિલ, 2009ના રોજ, નો-ફાયર ઝોનની પશ્ચિમી હદે એલટીટીઇ દ્વારા બાંધવામાં આવેલા લાંબા અર્થ બન્ડને શ્રીલંકાના સૈન્યના સૈનિકોએ કબ્જે કરીને પુથુમથાલન તથા આમ્પલાલાવનપોક્કાની વિસ્તારમાં ફસાયેલા આશરે 30,000 નાગરિકોને છોડાવ્યાં.<ref name="mod-mu-04/20/09"></ref> દરમિયાન, એલટીટીઇએ શ્રીલંકાની સરકાર પર તેના છેલ્લાં લશ્કરી આક્રમણ દરમિયાન આશરે 1,000 નાગરિકોની હત્યા કરવાનો અને અન્ય ઘણાંને ઘાયલ કરવાનો આરોપ લગાવ્યો. જો કે, એલટીટીઇએ ભાગી રહેલા નાગરિકો પર એક આત્મઘાતી બૉમ્બરનો ઉપયોગ કરીને આશરે 15 નાગરિકોને મારી નાખ્યા હતા. 
21 એપ્રિલ, 2009ના રોજ, શ્રીલંકાના સૈનિકોએ એલટીટીઇ વિરુદ્ધ "આખરી આક્રમણ" કર્યું, ખાસ કરીને તેના નેતા, વેલુપિલ્લઈ પ્રભાકરનને નિશાન બનાવ્યો. તે જ સમયે, 'નો-ફાયર ઝોન'માંથી મોટાપાયે તમિલોની હિજરત ચાલુ હતી.
22 એપ્રિલ, 2009ના રોજ, એલટીટીઇના બે વરિષ્ઠ સભ્યોએ (એલટીટીઇના મિડીયા કો-ઓર્ડિનેટર વેલાયુથન થેયાનિથિ, ઉર્ફે દયા માસ્ટર, અને ટોચના ઇન્ટરપ્રિટર કુમાર પંચરત્થનમ, ઉર્ફે જ્યોર્જ) આગળ ધપી રહેલાં શ્રીલંકાના સૈન્ય સમક્ષ આત્મસમર્પણ કર્યું. બળવાખોરોની નેતાગીરી માટે આ એક 'આકરા આઘાતરૂપ' બનાવ હતો અને મોટો આંચકો હતો.
25 એપ્રિલ, 2009 સુધીમાં, એલટીટીઇનાં અંકુશ હેઠળનો વિસ્તાર ઘટીને 10 કિલોમીટર થઈ ગયો. 'નો-ફાયર ઝોન'માંથી તમિલોની હિજરત યથાવત હતી, તે વખતે યુનાઇટેડ નેશન્સે જાન્યુઆરી 2009 અને એપ્રિલ 2009ની વચ્ચેના ગાળામાં આશરે 6,500 નાગરિકો માર્યા ગયા હોવાનો અને અન્ય 14,000 ઘાયલ થયા હોવાનો અંદાજ કાઢ્યો હતો. બીબીસીએ જણાવ્યા અનુસાર, સૈન્ય દ્વારા બળવાખોરો પાસેથી પાછલા થોડા મહિનાઓમાં પુનઃ કબ્જે લેવાયેલી જમીન સંપૂર્ણપણે ખાલીખમ હતી અને તમામ જગ્યાએ વિનાશ જોવા મળતો હતો.
29 એપ્રિલ, 2009ના રોજ, સંરક્ષણ મંત્રાલયે 'હિડન રિયાલિટી' તરીકે ઓળખાતી મુલાકાતનું પ્રસારણ કર્યું, જેમાં દયા માસ્ટર તથા જ્યોર્જે 'નો-ફાયર ઝોન'માં તેમનો અનુભવ અને તેમણે વિતાવેલા સમયગાળાનું વર્ણન કર્યું. તમે શા માટે આત્મસમર્પણ કર્યુ હતું તેવું પૂછવામાં આવતા, બન્નેએ એ વાત પર ભાર મૂક્યો કે બળવાખોરો નાગરિકોને ઠાર કરી રહ્યાં હતા અને તેમને 'નો-ફાયર ઝોન'માંથી છટકીને સરકાર-અંકુશિત વિસ્તારોમાં સુરક્ષા મેળવવા માટે જતા અટકાવી રહ્યાં હતા. તેમણે એ વાતને સમર્થન આપ્યું કે એલટીટીઇ હજુ પણ 14 વર્ષ જેટલા નાનાં બાળકોનું અપહરણ કરીને તેમને ફરજિયાતપણે લશ્કરમાં ભરતી કરતી હતી, અને પ્રતિકાર કરનાર કોઇ પણ બાળકને ઠાર કરી દેતી હતી. બીબીસી ન્યૂઝે પણ એવા અહેવાલ આપ્યા હતા કે ટાઈગર્સ બળજબરીથી નાના બાળકોને ભરતી કરતી હતી અને લોકોને સરકાર-અંકુશિત વિસ્તારોમાં જતા અટકાવી રહી હતી.
8 મે, 2009ના રોજ, યુનાઇટેડ નેશન્સના સ્વતંત્ર નિષ્ણાતોનાં એક જૂથે હ્યુમન રાઇટ્સ કાઉન્સિલને શ્રીલંકામાં સૈન્ય અને તમિલ બળવાખોરોની લડાઈ વચ્ચે ઉભી થયેલી 'ગંભીર' પરિસ્થિતિના ઉકેલ માટે તાત્કાલિકપણે આંતરરાષ્ટ્રીય તપાસ કરવા જણાવ્યું. યુએન ઓફિસ ફોર કોઓર્ડિનેશન ઓફ હ્યુમેનિટેરિયન અફેર્સ (ઓસીએચએ)એ જણાવ્યા અનુસાર, આશરે 1,96,000 લોકો ઉત્તર-પૂર્વીય તટ પ્રદેશનાં એક નાનકડાં હિસ્સામાં આવેલા સંઘર્ષગ્રસ્ત વિસ્તારમાંથી વિસ્થાપિત થયા હતા. આ વિસ્તારમાં સરકારના દળો અે એલટીટીઇ વચ્ચે અથડામણો ચાલુ હતી. જ્યારે લગભગ 50,000 લોકો હજુ પણ ત્યાં ફસાયા હતા. 
વિગ્રહગ્રસ્ત વિસ્તારમાં કામચલાઉ ધોરણે ઉભી કરાયેલી હોસ્પિટલમાં કામ કરતા ડૉ. વી. શનમુગરાજાહે એવો દાવો (જેની બીબીસીએ "ખાતરી કરવી અશક્ય" હોવાનું જણાવ્યું હતું.)કર્યો હતો કે 9 મે, 2009ની રાતભર ભારે અને લાંબા ચાલેલા તોપમારા દરમિયાન આશરે 378 નાગરિકો માર્યા ગયા હતા, જ્યારે અન્ય 1,122 ઈજાગ્રસ્ત થયા હતા. એક અધિકારીએ જણાવ્યું હતું કે શ્રીલંકાના સૈન્ય દ્વારા અંકુશિત વિસ્તારમાંથી તોપમારો થઈ રહ્યો હતો. સ્વાસ્થ્ય મંત્રાલયે વિગ્રહગ્રસ્ત વિસ્તારમાં બીબીસીનો સ્રોત એક સરકારી અધિકારી હોય તે વાતનો ઇનકાર કર્યો હતો. શ્રીલંકાના સૈન્યએ 'નો-ફાયર ઝોન' પર તોપમારો કર્યો હોવાનો ઇનકાર કર્યો હતો, અને તે એલટીટીઇને આભારી હોવાનું જણાવ્યું હતું. માધ્યમોને આપવામાં આવેલો આ સ્થળનો વિડીયો અને આ સ્થળ પર યુદ્ધની અસર સ્પષ્ટપણે જણાતી હતી.<ref name="mod-mu-05/12/09"></ref> કોલમ્બોમાં રહેલા યુએનના ંપ્રવક્તા, ગોર્ડન વૅઇસે જણાવ્યું હતું કે 'નાગરિકોની મોટેપાયે હત્યા' દરમિયાન 100 કરતા વધુ બાળકો માર્યા ગયા હતા અને ઉત્તરીય શ્રીલંકામાં પ્રવર્તતી સ્થિતિને "ખુનામરકી" તરીકે વર્ણવી હતી. યુએનનાં મહાસચિવ બાન કી-મૂને જણાવ્યું હતું કે, પાછલા એક સપ્તાહથી સૈન્ય અને અલગાવવાદી તમિલ બળવાખોરો વચ્ચે ચાલી રહેલા વિગ્રહમાં સપડાયેલાં સેંકડો શ્રીલંકન નાગરિકોની હત્યાથી તેઓને આઘાત લાગ્યો છે. તેમણે યુદ્ધગ્રસ્ત વિસ્તારમાં ભારે હથિયારોનો ઉપયોગ ચાલુ રહેવા અંગે ઊંડી ચિંતા વ્યક્ત કરી હતી, પરંતુ તે વાત પર ભાર મૂક્યો હતો કે "નાગરિકોની સુરક્ષા પ્રત્યે એલટીટીઇએ દર્શાવેલા અવિચારી અનાદરને કારણે સેંકડો લોકો આ વિસ્તારમાં ફસાયેલાં છે."
13 મે, 2009ના રોજ, મલ્લીવૈકલમાં ડૉ. ટી. વરથરાજાહે બીબીસીને જણાવ્યું હતું કે આ ઝોનની મુખ્ય હોસ્પિટલના પ્રાંગણમાં બે તોપગોળાં આવી પડતાં 50થી વધુ લોકોના મોત થયા હતા. યુએનમાં રહેલા સૂત્રોએ જણાવ્યું હતું કે તેઓ આ આંકડા સાથે સહમત છે અને તેમણે 100 લોકો ઈજાગ્રસ્ત થયા હોવાનું પણ જણાવ્યું હતું. તોપમારા દરમિયાન ઇન્ટરનેશનલ કમિટિ ઓફ ધ રેડ ક્રોસ માટે કામ કરતો એક શ્રીલંકન ટેક્નીશિયન તેની માતા સમેત મૃત્યુ પામ્યો હતો, એવું આ સંસ્થાએ જણાવ્યું હતું. અમેરિકાના પ્રમુખ બરાક ઓબામાએ શ્રીલંકાને નાગરિકો પર "અવિવેકી તોપમારો" બંધ કરવા વિનંતી કરી હતી અને તમિલ ટાઈગર બળવાખોરોને તેમના હથિયારો હેઠાં મૂકી દેવા માટે વિનંતી કરી હતી. સર્વસંમતિથી બહાર પાડેલા એક નિવેદનમાં, યુએન સિક્યોરિટી કાઉન્સિલે "નાગરિકોનો માનવ ઢાલ તરીકે ઉપયોગ કરવા બદલ એલટીટીઇની કડક આલોચના કરી હતી અને આતંકવાદનો મુકાબલો કરવાનો શ્રીલંકાની સરકારને કાયદેસરનો અધિકાર હોવાનો સ્વીકાર કર્યો હતો." તેની સાથે સાથે, કાઉન્સિલનાં સદસ્યોએ "નાગરિકોની ગીચ વસતી ધરાવતા વિસ્તારોમાં ભારે ક્ષમતા ધરાવતા હથિયારોનો ઉપયોગ ચાલુ રહેવા અંગેના અહેવાલો પ્રત્યે ઊંડી ચિંતા વ્યક્ત કરી હતી, અને આ સંદર્ભમાં શ્રીલંકાની સરકાર પોતાની પ્રતિબદ્ધતાનું પાલન કરે તેવી અપેક્ષા વ્યક્ત કરી હતી."
16 મે, 2009ના રોજ, શ્રીલંકાના સૈનિકોએ એલટીટીઇની કિલ્લેબંધી તોડી પાડી અને તમિલ ટાઈગર બળવાખોરોના કબ્જામાં રહેલું સમુદ્રતટનું છેલ્લું મથક નિયંત્રણમાં લીધું. સૈન્યએ એક હેવાલમાં જણાવ્યું હતું કે તે થોડા દિવસોમાં જ બળવાખોરોના અંકુશમાં રહેલી બાકીની જમીનને "સાફ" કરવા માટે સજ્જ છે.<ref name="mod-mu-05/16/09"></ref> સૈન્યએ દાવો કર્યા બાદ, એલટીટીઇના આંતરવામાં આવેલા સંદેશાવ્યવહારમાં જાણવા મળ્યું કે, બચી નીકળવાના તમામ રસ્તાઓ સંપૂર્ણપણે બંધ થઈ જવાથી બળવાખોરો સામુહિક આત્મહત્યા કરવા માટે તૈયારી કરી રહ્યાં હતા.<ref name="mod-nfz-05/16/09"></ref> કેટલાક બળવાખોરોએ પોતાની જાતને ધડાકામાં ઉડાવી દીધી હોવાના અહેવાલ પણ હતા.
"ધ ટાઈમ્સ" અખબારે યુનાઇટેડ નેશન્સમાં રહેલા એક સ્રોતના હવાલાથી એવો અહેવાલ આપ્યો હતો કે, સુરક્ષિત વિસ્તારમાં લગભગ 20,000 નાગરિકોના જાન ગયા હતા. આ અખબારે વધુમાં એવું ભારપૂર્વક જણાવ્યું હતું કે કેટલાંક મોત પાછળ તમિલ ટાઈગર્સ જવાબદાર હતા, પરંતુ મોટાભાગનાં મોત શ્રીલંકાના સૈન્ય દ્વારા કરાયેલા તોપમારાના પરિણામે થયા હતા. યુએને એવો અંદાજ આપ્યો હતો કે એપ્રિલના મધ્યભાગ સુધીના ત્રણ મહિનાઓમાં 6,500 નાગરિકોના મોત નિપજ્યાં હતા, આ તારીખ પછીનો કોઈ સત્તાવાર આંકડો તેની પાસે નહોતો. "ધ ટાઇમ્સે" એવું ભારપૂર્વક જણાવ્યું હતું કે લડાઇના આખરી બે સપ્તાહ દરમિયાન મૃત્યુનો આંક વધીને પ્રતિદિન 1,000 સુધી પહોંચ્યો હતો. યુનાઇટેડ નેશન્સે જણાવ્યું કે તેની પાસે નાગરિક જાનહાનિનો કોઇ જ ખાતરીપૂર્વકનો અંદાજ નથી અને શ્રીલંકાની સરકારે પણ "ટાઈમ્સ" ના આક્ષેપોને રદિયો આપ્યો હતો. "ધ ગાર્ડિયન" અખબારે, યુનાઇટેડ નેશન્સના અન્ય એક અધિકારીને ટાંકીને, ટાઈમ્સના આંકડાને "અજાણપણે ગંભીર અનુમાન કરનારાં આંકડા" ગણાવ્યા હતા. ધ ગાર્ડિયને, ધ ટાઇમ્સના આંકડાઓમાં વ્યક્ત કરાયેલા ઘણાં અનુમાનો સામે પ્રશ્નાર્થ ઉઠાવ્યો હતો. 
અહેવાલમાં નાગરિક વિગ્રહના આખરી તબક્કામાં સામુહિક નાગરિક જાનહાનિનું વર્ણન કરનારા પાંચ ડોક્ટરો (શિવપાલન, વી. શનમુગારાજા, થુરઇરાજા વરથરાજા, સત્યમૂર્થિ અને ઈલાંચેલિયાન)એ 8 જુલાઈ, 2009ના રોજ નિવેદનો જારી કરીને પોતાના અહેવાલોનું જ ખંડન કર્યું હતું. તેમણે જણાવ્યું હતું કે તેમણે જારી કરેલા જાનહાનિના આંકડા અતિશયોક્તિપૂર્ણ હતા અને તેમને તે તમિલ ટાઈગર્સ દ્વારા આપવામાં આવ્યા હતા. તેમણે જણાવ્યા પ્રમાણે જાન્યુઆરી 2009 અને મે 2009માં યુદ્ધનો અંત આવ્યો તે વચ્ચેના ગાળા દરમિયાન આશરે 600-700 નાગરિકોના મોત થયા હતા અને તેનાથી બમણી સંખ્યામાં રહેલા લોકોને ઇજા થઈ હતી. આ આંકડા અને આંતરરાષ્ટ્રીય રાહત સંસ્થાઓ દ્વારા જારી કરાયેલા આંકડા વિરોધાભાસી હતાઃ યુનાઈટેડ નેશન્સે જણાવ્યું કે જાન્યુઆરીના અંતભાગ અને એપ્રિલના પ્રારંભની વચ્ચેના ગાળામાં 6,500 લોકોના મોત થયા હતા; અને રેડ ક્રોસે ફેબ્રુઆરીના મધ્યભાગ અને મેનાં મધ્યભાગની વચ્ચેના ગાળામાં 14,000 માંદા તથા ઇજાગ્રસ્ત લોકોને બહાર કાઢ્યાં હતા. ડૉક્ટરોએ પણ જણાવ્યું હતું કે 2 ફેબ્રુઆરીના રોજ કોઇ હોસ્પિટલ પર તોપમારો કરવામાં આવ્યો હતો તે વાત સાચી નથી. જો કે, યુનાઇટેડ નેશન્સ અને રેડ ક્રોસે, કે જેમના કર્મચારીઓ સુરક્ષિત વિસ્તારમાં તૈનાત હતા, જણાવ્યું કે હોસ્પિટલ પર તોપમારો કરવામાં આવ્યો હતો અને નાગરિકો માર્યા ગયા હતા.
યુનાઇટેડ નેશન્સે જણાવ્યું કે તે જાનહાનિના પોતાના આંકડાઓ પર મક્કમ છે. એમ્નેસ્ટી ઇન્ટરનેશનલે જણાવ્યું કે ડોક્ટરો દ્વારા અહેવાલોનું કરાયેલું ખંડન ભરોસાને પાત્ર નથી કેમ કે તેમને શ્રીલંકાના સૈન્યએ બે મહિના સુધી અટકાયતમાં રાખ્યા હતા અને તેમને વકીલોને મળવા દીધા નહોતા; તેમના પર સિતમ ગુજારવામાં આવ્યો, ગેરવર્તણૂંક કરવામાં આવી અને જોર-જબરદસ્તીના અન્ય વિકલ્પો પણ અજમાવવામાં આવ્યા; વરિષ્ઠ સરકારી અધિકારીઓએ ડૉક્ટરોને રાજદ્રોહ સહિતના ગંભીર ગુનામાં સંડોવવાની ધમકી આપી; અને ડોક્ટરોના તાજેતરના વિરોધાભાસી નિવેદનો પોતે જ સત્ય પ્રમાણિત કરે છે. એમ્નેસ્ટીએ જણાવ્યું કે તેને ડોક્ટરોની સુરક્ષાની ચિંતા સતાવે છે. આ સંસ્થાએ બન્ને પક્ષો દ્વારા આચરવામાં આવેલા કથિત યુદ્ધ ગુનાંઓની સ્વતંત્ર તપાસ યોજવાની વારંવાર માગ કરી હતી. એમ્નેસ્ટીએ યુએન અને રેડ ક્રોસ સહિતની તમામ સ્વતંત્ર સંસ્થાઓ, કે જેમણે યુદ્ધના આખરી તબક્કા અંગેની માહિતી એકત્ર કરી હતી, તેમને આ માહિતી જારી કરવાની વિનંતી કરી જેથી વિશ્વ જાનહાનિના આંકડા તથા યુદ્ધ ગુન્હાઓ અંગેનું સત્ય જાણી શકે.

તમિલોનો ટેકો
આંતરવિગ્રહમાં ભડકો
માનવતાવાદી અસર
નો-ફાયર ઝોનમાં લડાઈ