ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ರಚನೆಯನ್ನು ಮೊದಲೇ ಊಹಿಸುವುದೂ ಬಯೋಇನ್‌ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್‌ನ ಮತ್ತೊಂದು ಮಹತ್ವದ ಸಂಗತಿ. ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಅಮಿನೋ ಆಸಿಡ್‌ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್, ಪ್ರಾಥಮಿಕ ರಚನೆಗಳನ್ನು, ವಂಶವಾಹಿಯ ಮೇಲಿನ ಸ್ವಿಕ್ವೆನ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಬಹಳ ಸುಲಭವಾಗಿ ಗುರ್ತಿಸಬಹುದು. ಇದು ವಂಶವಾಹಿಗೆ ಕೋಡ್‌ ಮಾಡುತ್ತದೆ.

ಬಹುತೇಕ ಪ್ರಕರಣಗಳಲ್ಲಿ ಈ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ರಚನೆ ತನ್ನ ಮೂಲ ವಾತಾವರಣದಲ್ಲಿ ಒಂದು ರಚನೆಯನ್ನು ಅನನ್ಯವಾಗಿ ಗುರ್ತಿಸುತ್ತದೆ. ( ಬೋವಿನ್‌ ಸ್ಪಾಂಜಿಫಾರ್ಮ್ ಎನ್‌ಸೆಫಲೋಪಥಿ - aka ಮ್ಯಾಡ್‌ ಕೌ ಡಿಸೀಸ್ - ಪ್ರಿಯಾನ್‌-ಇಂಥವಕ್ಕೆ ಇಲ್ಲಿ ವಿನಾಯಿತಿಗಳು ಇರುತ್ತವೆ.)

ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳುವಲ್ಲಿ ಈ ರಚನೆಯ ಜ್ಞಾನ ಅತ್ಯಗತ್ಯ. ಉತ್ತಮ ಪರಿಭಾಷೆಗಳ ಕೊರತೆಯಿಂದ ರಚನಾತ್ಮಕ ಮಾಹಿತಿ "ಸೆಂಕೆಂಡರಿ" , "ಟರ್ಟಿಯರಿ" ಮತ್ತು "ಕ್ವಾಟರ್ನರಿ" ರಚನೆಯಲ್ಲೊಂದು ಎಂಬ ಹಾಗೆ ವರ್ಗೀಕರಣಗೊಂಡಿದೆ. 
ಈ ಮುಂದಾಲೋಚನೆಗೆ ಸಾಮಾನ್ಯವಾದ ಕಾರ್ಯಸಾಧ್ಯ ಪರಿಹಾರ ಈಗಲೂ ಮುಕ್ತ ಪ್ರಶ್ನೆಯಾಗಿಯೇ ಉಳಿದಿದೆ. 
ಇಲ್ಲಿಯವರೆಗೆ ಬಹುತೇಕ ಸಂಶೋಧನೆಗಳು ಬಹುತೇಕ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಕೆಲಸ ನಿರ್ವಹಿಸುವ ಶೋಧಾನಾನುಕೂಲ ವಿಧಾನದ ಕಡೆಗೇ ಮುಖಮಾಡಿವೆ.

ಸಮರೂಪತೆ (= homology)ಯ ಕಲ್ಪನೆ ಬಯೋಇನ್‌ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್‌ನ ಬಹುಮುಖ್ಯ ಚಿಂತನೆಗಳಲ್ಲೊಂದು. 
ಬಯೋಇನ್‌ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್‌ನ ಜಿನೋಮಿಕ್‌ ಶಾಖೆಯಲ್ಲಿ, ಹೋಮೋಲಜಿಯನ್ನು ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಚಟುವಟಿಕೆಯನ್ನು ಊಹಿಸಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈಗಾಗಲೇ ಚಟುವಟಿಕೆ ಗೊತ್ತಿರುವ A ವಂಶವಾಹಿಯ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್‌, ಚಟುವಟಿಕೆ ಗೊತ್ತಿರದ B ವಂಶವಾಹಿ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್‌ಗೆ ಸಮನಾಗಿದ್ದರೆ, "B" ವಂಶವಾಹಿ, "A" ಯ ಕಾರ್ಯವನ್ನು ಅನುಸರಿಸಬಹುದು ಎಂದು ಯಾರಾದರೂ ಸುಲಭವಾಗಿ ಸೂಚಿಸಬಹುದು. 
ಬಯೋಇನ್‌ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್‌ನ ರಚನಾ ಶಾಖೆಯಲ್ಲಿ, 
ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರ್‌ ಫಾರ್ಮೇಶನ್‌ನಲ್ಲಿ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ಯಾವ ಭಾಗ ಮುಖ್ಯ ಮತ್ತು ಇನ್ನುಳಿದ ಯಾವ ಭಾಗಗಳೊಂದಿಗೆ ಇದು ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತದೆ ಎನ್ನುವುದನ್ನು ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಹೋಮೋಲಜಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. 
ಹೋಮೋಲಜಿ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್‌ ಎನ್ನುವ ತಂತ್ರದಲ್ಲಿ ಈ ಮಾಹಿತಿ,
ಒಮ್ಮೆ ಸಾದೃಶ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ರಚನೆ ಪತ್ತೆಯಾದೊಡನೆ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ನ ರಚನೆಯ ಮುನ್ನುಡಿ ಹೇಳಲು ಬಳಕೆಯಾಗುತ್ತದೆ. 
ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಮೊದಲೇ ನಿರ್ಧರಿಸಲು ಇರುವ ಏಕೈಕ ವಿಶ್ವಸನೀಯ ವಿಧಾನವಿದು.

ಇವರೆಡೂ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ಗಳು ಸಂಪೂರ್ಣ ಭಿನ್ನವಾದ ಅಮಿನೋ ಆಸಿಡ್‌ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಅವುಗಳ ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ರಚನೆಗಳು ವಾಸ್ತವದಲ್ಲಿ ಒಂದೇ ರೀತಿ ಇರುತ್ತವೆ. ಇದು ಬಹುತೇಕ ಏಕರೂಪದ ಉದ್ಧೇಶವನ್ನು ಬಿಂಬಿಸುತ್ತವೆ.

ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ಥ್ರೆಡ್ಡಿಂಗ್‌ ಮತ್ತು ಭೌತಶಾಸ್ತ್ರವನ್ನು ಆಧರಿಸಿದ ಮಾಡೆಲಿಂಗ್‌ ವಿಧಾನ "ಡಿ ನೋವೋ" (from scratch)-ಇವು ಪ್ರೊಟೀನ್‌ ರಚನೆಗಳನ್ನು ಮೊದಲೇ ತಿಳಿಯಲು ನೆರವಾಗುವ ಇನ್ನಿತರ ತಂತ್ರಗಳು.

"ಇದನ್ನೂ ನೋಡಿ:" ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್‌ ಮೋಟಿಫ್‌ ಮತ್ತು ಸ್ಟ್ರಕ್ಚರಲ್‌ ಡೊಮೈನ್‌.

ಕಂಪ್ಯಾರಿಟೀವ್‌ ಜಿನೋಮಿಕ್ಸ್‌
ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ರಚನೆಗೊಂದು ಮುನ್ನುಡಿ
ಪ್ರೋಟೀನ್‌-ಪ್ರೋಟೀನ್‌ ಡಾಕಿಂಗ್‌
ಪರಿಚಯ