26 ಪಂದ್ಯಗಳಲ್ಲಿ 14 ಬಾರಿ ಗೋಲು ಗಳಿಸುವ ಮೂಲಕ ಮೆಸ್ಸಿ 2006–07ರ ಕ್ರೀಡಾಋತುವಿನಲ್ಲಿ ಒಂದು ಕಾಯಂ ಮೊದಲ ತಂಡದ ಆಟಗಾರನಾಗಿ ತನ್ನ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ದೃಢಪಡಿಸಿದ. 

ನವೆಂಬರ್ 12ರಂದು ರಿಯಲ್ ಸರಗೋಸವಿರುದ್ಧದ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ, ಮೆಸ್ಸಿ ಕಾಲಿನ ಐದು ಎಲುಬುಗಳ ಮುರಿತಕ್ಕೆ ಒಳಗಾದ, ಇದು ಅವನನ್ನು ಮೂರು ತಿಂಗಳ ಕಾಲ ಮೈದಾನದಿಂದ ಹೊರಗುಳಿಯುವಂತೆ ಮಾಡಿತು. 

ಮೆಸ್ಸಿ ಅರ್ಜಂಟೀನಾದಲ್ಲಿ ತನಗಾದ ಪೆಟ್ಟಿನಿಂದ ಚೇತರಿಸಿಕೊಂಡ. ಜೊತೆಗೆ ಫೆಬ್ರವರಿ 11ರಂದು ನಡೆದ ರೇಸಿಂಗ್ ಸಾನ್ಟನ್ಡರ್ ವಿರುದ್ಧದ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ, ಅವನ ಮರು ಪ್ರವೇಶವಾಯಿತು. ಇದರಲ್ಲಿ ಅವನು ಉತ್ತರಾರ್ಧದಲ್ಲಿ ಬದಲಿ ಆಟಗಾರನಾಗಿ ಬಂದ. ಮಾರ್ಚ್ 11ರಂದು, "ಎಲ್ ಕ್ಲಾಸಿಕೋ" ಮೆಸ್ಸಿಯನ್ನು ಅಗ್ರ ಸ್ಥಾನಕ್ಕೇರಿಸಿತು. 10-ಜನರ ಬಾರ್ಸಿಲೋನಾ ತಂಡದ 3-3 ಸಮಾಂಕ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ ಹ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ ಗಳಿಸಿದ. ಮೂರು ಬಾರಿ ಸಮಗೋಲು ಗಳಿಸಿದ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ, ಅಂತಿಮ ಸರಿಸಮ ಗೋಲು ಗಾಯಗೊಂಡ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಬಂದಿತು. 
ಹೀಗೆ ಮಾಡುವುದರೊಂದಿಗೆ ಇವಾನ್ ಜಮೊರನೋ(ಇವಾನ್ 1994-95ರ ಕ್ರೀಡಾಋತುವಿನಲ್ಲಿ ರಿಯಲ್ ಮಾಡ್ರಿಡ್ ಪರವಾಗಿ) ನಂತರ "ಎಲ್ ಕ್ಲಾಸಿಕೋ" ನಲ್ಲಿ ಹ್ಯಾಟ್‌-ಟ್ರಿಕ್ ಪಡೆದ ಮೊದಲ ಆಟಗಾರನಾದ . ಮೆಸ್ಸಿ ಈ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ(ನಿಗದಿತ ಪಂದ್ಯ) ಗೋಲು ಗಳಿಸಿದ ಅತ್ಯಂತ ಕಿರಿಯ ಆಟಗಾರನೂ ಹೌದು. ಕ್ರೀಡಾಋತು ಮುಗಿಯುವ ಹೊತ್ತಿಗೆ ಅವನು ಹೆಚ್ಚೆಚ್ಚು ಗೋಲುಗಳನ್ನು ಗಳಿಸಿದ; ಕ್ರೀಡಾಋತುವಿನ 14 ಲೀಗ್ ಗೋಲುಗಳಲ್ಲಿ 11 ಗೋಲುಗಳು ಕಳೆದ 13 ಪಂದ್ಯಗಳಿಂದ ಬಂದಿದ್ದವು. 
ಮೆಸ್ಸಿಗೆ ನೀಡಿದ "ನ್ಯೂ ಮರಡೋನ" ಎಂಬ ಬಿರುದು ಮೋಸದ ಪ್ರಚಾರವಲ್ಲವೆಂದು ಸಾಬೀತುಪಡಿಸಿದ. ಮರಡೋನರ ಅತ್ಯಂತ ಪ್ರಖ್ಯಾತ ಗೋಲುಗಳನ್ನು ಏಕೈಕ ಕ್ರೀಡಾಋತುವಿನಲ್ಲಿ ದೊರೆತ ಅವಕಾಶದಲ್ಲಿ ಬಹುಮಟ್ಟಿಗೆ ಪುನರಾವರ್ತನೆ ಮಾಡಿದ. 
ಏಪ್ರಿಲ್ 18, 2007ರಲ್ಲಿ, ಅವನು ಕೊಪಾ ಡೆಲ್ ರೆಯ್ ಸೆಮಿ-ಫೈನಲ್ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ ಗೆಟಾಫೇ ವಿರುದ್ಧ ಎರಡು ಗೋಲು ಗಳಿಸಿದ. ಇದರಲ್ಲಿ ಒಂದು ಮೆಕ್ಸಿಕೋ ನಲ್ಲಿ ನಡೆದ 1986ರ FIFA ವಿಶ್ವ ಕಪ್ನಲ್ಲಿ ಇಂಗ್ಲೆಂಡ್ ವಿರುದ್ಧ ಮೆರಡೋನಾ ಹೊಡೆದ ಪ್ರಖ್ಯಾತ ಗೋಲನ್ನು ಹೋಲುತ್ತದೆ. ಇದನ್ನು ಶತಮಾನದ ಗೋಲು ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ. 

ವರ್ಲ್ಡ್'ಸ್ ಸ್ಪೋರ್ಟ್ಸ್ ಪ್ರೆಸ್ ಮರಡೋನ ಜೊತೆ ಇವನನ್ನು ಹೋಲಿಕೆಗಳನ್ನು ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಸ್ಪಾನಿಶ್ ಮಾಧ್ಯಮ ಮೆಸ್ಸಿಗೆ "ಮೆಸ್ಸಿಡೋನ" ಎಂಬ ಹಣೆಪಟ್ಟಿ ಹಚ್ಚಿದೆ. ಅವನು ಹೆಚ್ಚು ಕಡಿಮೆ ಅದೇ ಅಂತರದಲ್ಲಿ ಓಡಿದ, ಅದೇ ಸಂಖ್ಯೆಯ ಆಟಗಾರರನ್ನು ಸೋಲಿಸಿದ (ಗೋಲು ಕೀಪರ್ ನನ್ನು ಸೇರಿ ಆರು), ಅದೇ ರೀತಿಯ ಸ್ಥಾನದಿಂದ ಗೋಲು ಗಳಿಸಿದ, ಮತ್ತು ಮೂಲೆಯ ಧ್ವಜದ ಹತ್ತಿರಕ್ಕೆ 21 ವರ್ಷದ ಕೆಳಗೆ ಮೆಕ್ಸಿಕೋದಲ್ಲಿ ಮರಡೋನ ಓಡಿದ ರೀತಿಯೇ ಓಡಿದ. 

ಪಂದ್ಯದ ನಂತರ ಒಂದು ಪತ್ರಿಕಾಗೋಷ್ಠಿಯಲ್ಲಿ ಮೆಸ್ಸಿಯ ಸಹ ಆಟಗಾರ ಡೆಕೋ ಹೇಳುತ್ತಾನೆ: "ನಾನು ನನ್ನ ಜೀವನದಲ್ಲಿ ಕಂಡ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಗೋಲು ಇದಾಗಿದೆ." 
ಎಸ್ಪಾನ್ಯೋಲ್ವಿರುದ್ಧದ ಪಂದ್ಯದಲ್ಲಿ ಮೆಸ್ಸಿ, ಮರಡೋನ ವರ್ಲ್ಡ್ ಕಪ್ ಕ್ವಾರ್ಟರ್ ಫೈನಲ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಇಂಗ್ಲೆಂಡ್ ವಿರುದ್ಧ ಗಳಿಸಿದ ಗೋಲು ಮಾದರಿಯಲ್ಲೇ ಇವನು ಕೂಡ ಗೋಲು ಗಳಿಸಿದ. 
ಮೆಸ್ಸಿ ಚೆಂಡಿನೆಡೆಗೆ ಉಪಕ್ರಮಿಸುವುದರ ಜೊತೆಗೆ ತನ್ನ ಕೈಯಿಂದ ಚೆಂಡನ್ನು ಸಂಪರ್ಕಿಸಿ ಚೆಂಡು ಗೋಲು ಕೀಪರ್ ಕಾರ್ಲೋಸ್ ಕಮೆನಿಯನ್ನು ಹಾದು ಹೋಗುವಂತೆ ಮಾಡಿದ. ಎಸ್ಪಾನ್ಯೋಲ್ ಆಟಗಾರರ ವಿರೋಧದ ನಡುವೆ ಜೊತೆಗೆ ಮರು ಪ್ರಸಾರದ ದೃಶ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಅದು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಹ್ಯಾಂಡ್ ಬಾಲ್ಎಂದು ಕಂಡುಬರುತ್ತಿದ್ದರೂ, ಅದನ್ನು ಗೋಲು ಎಂದೇ ಪರಿಗಣಿಸಲಾಯಿತು.

ಗೌರವಗಳು
2006–07ರ ಕ್ರೀಡಾಋತು
ಅಂತಾರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ವೃತ್ತಿಜೀವನ
2008 ಬೇಸಿಗೆ ಒಲಿಂಪಿಕ್ಸ್‌