१९२७ साली जामिया मिलिया इस्लामियाच्या डोक्यावर जाण्यासाठी ते भारतात परतले. पुढच्या एकविसाव्या वर्षी त्यांनी <MASK> सरकारच्या स्वातंत्र्यासाठी भारताच्या संघर्षाने घट्ट सहभाग घेतलेल्या संस्थेला शैक्षणिक आणि व्यवस्थापकीय नेतृत्व प्रदान केले आणि महात्मा गांधी व हकीम अजमल खान यांच्या वतीने वस्तुनिष्ठ शिक्षणासह प्रयोग केले. या काळात त्यांनी भारतात शैक्षणिक सुधारणांच्या हालचाली करून स्वतः ला गुंतवून ठेवले आणि विशेषतः त्यांच्या जुन्या अल्मा मातृ मुहम्मद एंग्लो ओरिएंटल कॉलेज (आता अलीगढ मुस्लिम विद्यापीठ) च्या कार्यात सक्रिय होते. या कालखंडात हुसैन आधुनिक भारतातील प्रमुख शैक्षणिक विचारवंत आणि व्यावसायिकांपैकी एक म्हणून उभ्या राहिल्या.
झाकिर हुसेन
दूरदर्शन जर्मनी बर्लिन ब्रिटिश