सरकारी यंत्रणा बाबारावांच्या पाळतीवर होतीच. त्यातच बाबाराव <MASK> गेले आणि क्षुल्लक वादात सापडले. त्यावरून चौकशी करून बाबांना दि. २८-फेब्रुवारी-१९०९ रोजी मुंबईत अटक करण्यात आली. नंतर त्यांना नाशिकला नेण्यात आले. सखोल चौकशीअंती बाबांच्या घरी आक्षेपार्ह बर्‍याच गोष्टी आढळल्याने त्यांच्यावर तत्कालीन दंडविधानाच्या कलम १२१ आणि १२४ अ अंतर्गत खटला दाखल करण्यात आला. दि.०८ जून इ.स. १९०९ रोजी बाबारावांना जन्मठेपेची - काळ्यापाण्याची शिक्षा आणि सर्व मिळकतीच्या जप्तीची शिक्षा तसेच सश्रम कारावासाची शिक्षा ठोठाविण्यात आली. काळ्यापाण्याची शिक्षा अंदमान येथे भोगावयाची होती. ही शिक्षा सुनाविल्यावर थोड्याच काळात बाबारावांनी उच्च न्यायालयात फेर निर्णयासाठी याचिका दाखल केली.
गणेश दामोदर सावरकर
भगूर नाशिक पुणे मुंबईला