कंपनीची वाढ होत असताना फ्रंटियरने आपल्या विभागांची पुनर्रचना करण्याचे ठरवले. एप्रिल ३, २००६ रोजी फ्रंटियर एअरलाइन्स होल्डिंग्स, इं या कंपनीची <MASK> राज्यात स्थापना करण्यात आली. डेलावेरमध्ये असलेल्या व्यावसायिक करांतील सवलतींचा लाभ घेण्यासाठी ही चाल होती. फ्रंटियर एअरलाइन्सची सगळी मालमत्ता या नवीन कंपनीच्या हवाली करण्यात आली. कंपनीचे मुख्यालय मात्र डेन्व्हरमध्येच ठेवण्यात आले. नोव्हेंबर २००६ मध्ये फ्रंटियरने एअरट्रान एअरवेजशी संधान बांधले व दोन्ही कंपन्यांच्या प्रवाशांना त्यांचे फ्रीक्वेंट फ्लायर मैल एकमेकांवर वापरता येण्याची सोय केली. ज्याठिकाणी फ्रंटियरची सेवा नव्हती तेथे जाणाऱ्या प्रवाशांना एअरट्रानकडून तिकिटे काढण्यास उत्साहित करणे सुरू केले. एअरट्राननेही फ्रंटियरसाठी ही सेवा उपलब्ध केली.
फ्रंटियर एअरलाइन्स
अमेरिकेच्या इंडियानापोलिस डेन्व्हर डेलावेर