होन्शू का अधिकतर भाग एक पहाड़ी इलाक़ा है जिसपर बहुत से <MASK> भी फैले हुए हैं। इस द्वीप पर अक्सर भूकंप आते रहते हैं और मार्च २०११ में आये ज़लज़ले ने पूरे द्वीप को अपनी जगह से २.४ मीटर हिला दिया था। जापान का सबसे ऊँचा पहाड़, ३,७७६ मीटर (१२,३८८ फ़ुट) लम्बा फ़ूजी पर्वत, होन्शू पर स्थित है और एक सक्रीय ज्वालामुखी है। इस पूरे द्वीप के मध्य में कुछ पर्वतीय श्रृंखलाएं चलती हैं जिन्हें सामूहिक रूप से 'जापानी आल्प्स' (日本アルプス, Japanese Alps) के नाम से जाना जाता है।
होन्शू
क्यूशू शिकोकू होक्काइदो ज्वालामुखी