एलियन का जन्म 23 जनवरी 1918 को न्यूयॉर्क शहर में हुआ था,  माता-पिता रॉबर्ट एलियन, एक <MASK> यहूदी आप्रवासी और एक दंत चिकित्सक।  1929 की वॉल स्ट्रीट क्रैश के बाद उनके परिवार ने अपना धन खो दिया।   जब वह 15 साल की थी, तब उसके दादा कैंसर से मर गए, जिससे वह इस बीमारी को ठीक करने की कोशिश करने के लिए तैयार हो गई।    उन्होंने 1937 में हंटर कॉलेज से   स्नातक की उपाधि प्राप्त की  और 1941 में केमिस्ट्री  और न्यूयॉर्क विश्वविद्यालय (एम.एस.सी.) में एक डिग्री प्राप्त की।
गर्ट्रूड बी. एलिन
हार्वर्ड Rajasthan अमेरिकी लिथुआनियाई