हमदन बनाम रम्सफील्ड मामले में, रॉबर्ट्स उस सर्वसम्मत सर्किट पैनल के सदस्य थे जिसने जिला न्यायालय के फैसले को खारिज करते हुये बुश प्रशासन द्वारा संदिग्ध आतंकवादियों, जो कि शत्रु लड़ाके के रूप में जाने जाते थे, के विरुद्ध मिलिट्री ट्रिव्यूनल के गठन को उचित ठहराया था। सर्किट न्यायाधीश ए. रेमण्ड रैडोल्फ ने न्यायालय में लिखा तथा व्यवस्था दी कि <MASK> नेता ओसामा बिन लादेन के ड्राइवर सलीम अहमद हमदन पर मिलिट्री न्यायालय में मुकदमा चल सकता है क्योंकि:
जॉन रॉबर्ट्स
अलकायदा इंडियाना अफगानिस्तान चेकोस्लोवाकिया