हनिंगन के जिंजर फिश व मरिलिन मैनसन के साथ प्रेम सम्बन्ध रहे है। उन्होंने अभिनेता एलेक्सिस डेनिसोफ़ के साथ डेज़र्ट हॉट स्प्रिंग्स, <MASK> स्थित टू बंच पाम्स रेसॉर्ट मे ११ अक्टूबर २००३ को शादी की। उन्होंने सैंटा मोनिका, कैलिफोर्निया मे मिलकर एक घर ख़रीदा। उनकी बेटी, सत्याना मारी डेनिसोफ़ का जन्म शादी के पाँच साल बाद २४ मार्च २००९ को, हनिंगन के ३५वे जन्म दिन पर हुआ। दिसंबर २०११ मे हनिंगन के प्रतिनिधि ने घोषणा की कि हनिंगन दूसरे बच्चे को जन्म देने वाली है।
एलीसन हनिंगन
एबीसी पुढारी कैलिफोर्निया सीबीएस