लेकिन इसके बाद से इंडोनेशिया का इतिहास उथलपुथल भरा रहा है, चाहे वह प्राकृतिक आपदाओं की वजह से हो, भ्रष्टाचार की वजह से, अलगाववाद या फिर लोकतंत्रीकरण की प्रक्रिया से उत्पन्न चुनौतियाँ हों। २६ दिसम्बर २००४ में आयी सुनामी लहरों की विनाशलीला से यह देश सबसे अधिक प्रभावित हुआ था। यहाँ के <MASK> प्रांत में लगभग डेढ़ लाख लोग मारे गये थे और हजारों करोड़ की संपत्ति का नुकसान हुआ था।
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