ठक्कर ने 1956 में नागा ईसाई महिला लेंटिना आओ (Lentina Ao) से शादी की। उनकी दो बेटियां और एक बेटा था।  19 सितंबर 2018 को बुखार से उबरने में जटिलताओं के कारण ठक्कर को एक निजी अस्पताल में भर्ती कराया गया था। उन्हें आईसीयू में भर्ती कराया गया था लेकिन बाद में उनके स्वास्थ्य बहुत बिगड़ गया और वे गुर्दे की विफलता और निम्न रक्तचाप से पीड़ित हो गए। 7 अक्टूबर 2018 को सुबह 7:10 बजे असम के <MASK> के अस्पताल में ठक्कर की मृत्यु हो गई। उनकी मृत्यु के समय उनकी पत्नी और बच्चे वहीं पर उनके साथ थे।
नटवर ठक्कर (नटवर भाई)
चुचुयिमलांग दहानू पूर्वोत्तर गुवाहाटी