परामर्श संस्थान के सहयोग के साथ संस्थान को चलाया जाता है जो कि संबंधित स्थानों पर स्थित हैं। <MASK> (गुजरात) हाजीपुर (बिहार) हैदराबाद (आंध्र प्रदेश), कोलकाता (पश्चिम बंगाल), रायबरेली) बरेली (उत्तर प्रदेश) और गुवाहाटी (असम) ऐसे स्थान हैं जहां निपर के नए संस्थानों को लगभग 2008 के नवम्बर महीने में शुरु किया गया है। हालांकि, इन संस्थानों के लिए काउंसलिंग NIPER, एसएएस नगर (मोहाली), पंजाब में ही आयोजित की जाती है।
नेशनल इंस्टिट्यूट ऑफ फार्मास्यूटिकल एजुकेशन एंड रिसर्च
अहमदाबाद हाजीपुर मोहाली गुवाहाटी