११वीं सदी के बाद काराख़ानियों में आपसी लड़ाईयाँ शुरू होया गईं और इसके पड़ोस में सलजूक तुर्क भी शक्तिशाली हो गए। काराख़ानी पश्चिमी और पूर्वी हिस्सों में बंट गए और फ़रग़ना वादी इनकी बीच की सरहद पर पड़ी। शुरू में तो बंटे हुए काराख़ानी भी सलजूकों से टक्कर ले पाए और कुछ देर के लिए उन्होंने सलजूकों के ख़ुरासान क्षेत्र के कुछ शहरों पर भी क़ब्ज़ा ज़माने में सफल हुए। लेकिन सन् १०८९ में सलजूकों ने <MASK> पर क़ब्ज़ा कर लिया। पश्चिमी काराख़ानियों ने सलजूकों की अधीनता स्वीकार कर ली। कुछ समय बाद पूर्वी काराख़ानी भी उनके अधीन हो गए।
काराख़ानी ख़ानत
ख़ुजंद समरक़ंद चीन शिनजियांग