एलन ने बिल गेट्स के साथ मिलकर 1975 में न्यू मेक्सिको के अलबुकर्क में माइक्रोसॉफ्ट (शुरुआत में "माइक्रो-सॉफ्ट") की सह-स्थापना की और एक बेसिक (BASIC) प्रोग्रामिंग लैंग्वेज इंटरप्रेटर की मार्केटिंग करना शुरू कर दिया।  1980 में <MASK> को एक ऐसे डिस्क आपरेटिंग सिस्टम (डॉस) देने का वादा करने के बाद जिसे उन्होंने इंटेल 8088-आधारित आईबीएम पीसी के लिए अभी तक विकसित नहीं किया था, एलन ने माइक्रोसॉफ्ट के लिए उस समय सिएटल कंप्यूटर प्रोडक्ट्स में कार्यरत टिम पैटर्सन द्वारा लिखित एक क्विक एंड डर्टी ऑपरेटिंग सिस्टम (क्यूडॉस) को खरीदने के एक सौदे का नेतृत्व किया।
पॉल एलन
एप्पल फोर्ब्स आईबीएम माइक्रोसॉफ्ट