मनुष्यों की आनुवंशिकी (यानि जॅनॅटिक्स) में मातृवंश समूह ई या माइटोकांड्रिया-डी॰एन॰ए॰ हैपलोग्रुप E एक मातृवंश समूह है। इस मातृवंश के लोग ज़्यादातर <MASK>, ताइवान, पापुआ न्यू गिनी, फ़िलीपीन्स और इण्डोनेशिया में मिलते हैं। इसके कुछ वंशज प्रशांत महासागर में स्थित गुआम के द्वीप पर भी मिलते हैं। वैज्ञानिकों की मान्यता है के जिस स्त्री के साथ इस मातृवंश की शुरुआत हुई वह आज से लगभग ३०,००० साल पहले मलय द्वीपसमूह में कहीं रहती थी। यह दक्षिण पूर्वी एशिया और ऑस्ट्रेलिया के बीच सागर में फैला हुआ बहुत बड़ा द्वीपसमूह है जिसमें इण्डोनेशिया भी आता है।
मातृवंश समूह ई
इण्डोनेशिया फ़िलीपीन्स ऑस्ट्रेलिया मलेशिया