प्रशासनिक रूप से होन्शू को पांच <MASK> और ३४ प्रान्तों (प्रीफ़ॅक्चरों) में बांटा जाता है। होन्शू के इर्द-गिर्द के कुछ छोटे द्वीप भी इन्ही प्रान्तों में शामिल किये जाते हैं। होन्शू के क्षेत्र और उनके प्रांत इस प्रकार हैं:
होन्शू
टोक्यो क्षेत्रों क्यूशू होक्काइदो