২০০৬ সালের ফিফা বিশ্বকাপে জাপানের পক্ষ হয়ে তিনটি খেলায় অংশ নিলেও <MASK> এবং ব্রাজিলের বিপক্ষে পরাজিত হয়েছিল তার দল। কিন্তু ক্রোয়েশিয়ার বিপক্ষে ড্র করেছিল জাপান। ক্রোয়শিয়া দলের বিরুদ্ধে কৃতিত্বপূর্ণ ভূমিকা রাখায় ম্যান অব দ্য ম্যাচ পুরস্কার লাভ করেন নাকাতা। বিশ্বকাপের পর ৩ জুলাই, ২০০৬ সালে পেশাদারী পর্যায়সহ জাপান জাতীয় দল থেকে তার অবসরের কথা ঘোষণা করেন। ব্যক্তিগত ওয়েবসাইটে লিখেছিলেন যে,
হিদেতোশি নাকাতা
ক্রোয়েশিয়ার ব্রাজিলকে জাপানী অস্ট্রেলিয়া