২০০৯–১০ মৌসুমেও জাভি মৌসুমের সর্বোচ্চ সহায়তাকারী ছিলেন। ২০১০ সালের ১০ এপ্রিল, স্যান্তিয়াগো বের্ন্যাব্যুতে রিয়াল মাদ্রিদের বিপক্ষে এল ক্ল্যাসিকোতে <MASK> ০–২ ব্যবধানে জয় লাভ করে। খেলায় দুইটি গোলেই সহায়তা করেন জাভি। বার্সেলোনা এই মৌসুমেও লা লিগা শিরোপা জেতে এবং জাভিকে মৌসুমে বার্সেলোনার দ্বিতীয় সেরা খেলোয়াড় নির্বাচিত করা হয়। ২০১০ সালের ৩ জুন, মাদ্রিদ ভিত্তিক সংবাদপত্র মার্কা জাভিকে ট্রফিও অ্যালফ্রেডো দি স্টিফানো পুরষ্কারে তৃতীয় অবস্থানে রাখে। পুরষ্কারটি জেতেন লিওনেল মেসি এবং দ্বিতীয় হন ক্রিস্তিয়ানো রোনালদো।
জাভি হার্নান্দেজ
পর্তুগালের বার্সেলোনা স্পেন মিলানের