১৫৯৪ সালের সেপ্টেম্বর মাসে ২৫ বছর বয়সে খানম সুলতান বেগম বিয়ে করেন দুরসম্পর্কীয় চাচাতো ভাই মির্জা মুজাফফর হোসেনকে। তিনি ছিলেন মির্জা ইব্রাহীম হোসেনের পুত্র। মির্জা ইব্রাহীম হোসেন ছিলেন মায়ের দিক থেকে হেরাতের সর্বশেষ তৈমুরি শাসক সুলতান হোসেন বেকারার বংশধর। মুজাফফর একবার গুজরাটের গভর্নর ছিলেন। তার বোন নূর-উন-নিসা বেগম পরে খানম সুলতানের বৈমাত্রেয় ভাই জাহাঙ্গীরকে বিয়ে করেন। ১৬০৯ সালে খানমর সুলতানের সৎ মেয়ে কান্দাহারি বেগম তার ভাতিজা রাজকুমার খুররমকে (ভবিষ্যৎ সম্রাট <MASK> ) বিয়ে করেছিলেন এবং তার প্রথম স্ত্রী হয়েছিলেন।
খানম সুলতান বেগম
জাহাঙ্গীরের বিনোদিনী আকবরের শাহজাহান