এখন পর্যন্ত মেঘহও মাছরাঙার মোট ১৫টি উপপ্রজাতি সনাক্ত করা সম্ভব হয়েছে। smithi, nesoeca এবং isoptera উপপ্রজাতির আলাদা অস্তিত্ব নিয়ে সন্দেহ রয়েছে। মনোনিত উপপ্রজাতি P. c. capensis পূর্বে <MASK> দেখা যায় বলে ধারণা করা হলেও এরা মূলত ভারতীয় উপমহাদেশের পাখি। P. c. javana কেবল জাভাতেই পাওয়া যায় না, বোর্নিওতেও দেখা যায়। উপপ্রজাতিগুলো হল:
মেঘহও মাছরাঙা
বোর্নিওতেও জাভায় ইন্দোচীন দক্ষিণ