প্রধান বন্দর এবং পোতাশ্রয়গুলির মধ্যে রয়েছে বিটুং, সিলাক্যাপ, সাইরেবোন, <MASK>, কুপাং, পালেমবাং, সেমারাং, সুরাবায়া এবং মাকাসার। বন্দরগুলি বিভিন্ন ইন্দোনেশিয়া বন্দর কর্পোরেশন দ্বারা পরিচালিত হয়, যা I হতে IV এর মাধ্যমে সংখ্যাযুক্ত চারটি রয়েছে। দেশের পশ্চিমে I এবং পূর্বে IV। জাকার্তার তানজুং প্রিয়োক বন্দর ইন্দোনেশিয়ার ব্যস্ততম বন্দর,যা ৫২ লাখ টিইইউ আদান-প্রদান করে।. একটি দ্বিখণ্ডিত "নতুন তানজুং প্রিয়ক"  সম্প্রসারণ প্রকল্প বর্তমানে চলছে, যা ২০২৩ সালে পুরোপুরি চালু হলে বিদ্যমান বার্ষিক সক্ষমতা তিন গুণ হবে। ২০১৫ সালে, কৌশলগত উত্তর সুমাত্রার কুয়ালা তানজুং বন্দর এর ভিত্তি খনন সম্পন্ন হয়েছে।
ইন্দোনেশিয়ার পরিবহন ব্যবস্থা
জাকার্তা মহাসড়ক সুরাবায়া সুমাত্রা