২০১৬ সালে এই দুই দেশের মধ্যকার দ্বিপাক্ষিক সম্পর্কের অবনতি ঘটে। জাতিসংঘ সাধারণ পরিষদ এর সাধারণ সভায়, সলোমন দ্বীপপুঞ্জ এর প্রধানমন্ত্রী মনাসসেহ সোগাভারে, ইন্দোনেশিয়া নিয়ন্ত্রিত পাপুয়া প্রদেশ এবং পশ্চিম পাপুয়া প্রদেশ এ মানবাধিকার লঙ্ঘনের অভিযোগ তোলেন। একই সাথে তিনি উক্ত প্রদেশগুলোর স্বাধীনতার দাবি তোলেন।  <MASK>, নাউরু, মার্শাল দ্বীপপুঞ্জ, টুভালু এবং টোংগা এর সাথে মিলে সলোমন দ্বীপপুঞ্জ এই প্রস্তাব তোলে। এর ফলে দুই দেশের মধ্যকার সম্পর্কের অবনতি ঘটে।
ইন্দোনেশিয়া-সলোমন দ্বীপপুঞ্জ সম্পর্ক
আসিয়ান ইন্দোনেশিয়া নাউরু ভানুয়াতু