আল-জাওয়াহিরি বিবাহিত, তার ছয়টি সন্তানও রয়েছে। যাইহোক, এরপর আল-জাওয়াহিরি তার পরিবারসহ ইয়েমেন চলে যান। সেখান থেকে তিনি তার জ্যেষ্ঠ ভ্রাতা আয়মানের সাথে <MASK> যুক্ত হন। সেখানে মিসরীয় ইসলামি জিহাদের কাজ সমবেতভাবে শুরু হয়। কিন্তু কিশোর বালক আহমাদ সালামা মাবরুকের ফাঁসির পর দলটি এখান থেকে সরে যেতে বাধ্য হয়। আয়মান আল-জাওয়াহিরি আফগানিস্তান চলে যান আর মুহাম্মাদ আল-জাওয়াহিরি স্বীয় পরিবারসহ ইয়েমেনে ফিরে আসেন এবং পুনরায় নির্মাণকুশলদের সাথে কাজ শুরু করেন।
মুহাম্মাদ আল-জাওয়াহিরি
উপনিবেশে কায়রো খার্তুমে সানা