মসজিদের বর্তমান নামটি খলিফা আল-মুইজ থেকে মিশরের দ্বিতীয় ফাতেমীয় খলিফা আল-আজিজ বিল্লাহর সময় প্রদান করা হয়েছে। আজহার শব্দটি জাহরা  শব্দের পুংলিঙ্গ। জাহরা ছিল <MASK> (সা) এর কন্যা ও চতুর্থ খলিফা আলি ইবনে আবি তালিবের স্ত্রী ফাতিমার সম্মানসূচক উপাধি। ফাতেমীয় খলিফারা নিজেদেরকে ফাতিমার বংশধর দাবি করতেন। একটি তত্ত্ব অনুযায়ী আল-আজহার নামটি তার সম্মানসূচক নাম থেকে এসেছে। তবে এই তত্ত্বটি কোনো আরব সূত্র কর্তৃক সমর্থিত নয় এবং পরবর্তী পাশ্চাত্য সূত্রগুলো এ ব্যাপারে সত্য-মিথ্যা উভয়ে মত প্রকাশ করেছে।
আল-আজহার মসজিদ
মুহাম্মদ নেপোলিয়ন ফাতিমার সালাহউদ্দিন