বন্দরটির সবচেয়ে বড় সমস্যা হল ফিডার ক্যানালের ন্যাবত্য হ্রাস বর্তমমানে ভাগীরতী নদীতেও নব্যতা সমস্যা দেখা যাচ্ছে। শুখা মরশুমে নদী ও ক্যানালের গভীরতা আরও কমে। ফলে ব্যয়বাহুল্য ড্রেজিং করার প্রয়োজন হয়। বর্তমানে জাতীয় জলপথ ১ কর্তৃপক্ষ <MASK> থেকে ফারাক্কা পর্যন্ত জলপথের গভীরতা  রাক্ষার চেষ্টা করছে।
ফারাক্কা বন্দর
বাংলাদেশ হলদিয়া কিউবান ইন্দোনেশিয়া