Jägerstätters Frömmigkeit wurde immer tiefer mit täglichem Besuch der heiligen Messe, häufigem Empfang der Eucharistie und täglicher religiöser Lektüre. Im Januar 1938 wurde ihm in einem Traum die Unvereinbarkeit der katholischen mit der nationalsozialistischen Weltanschauung deutlich. Nach dem Einmarsch der Nationalsozialisten in Österreich im März 1938 wurde ihm die Bürgermeisterstelle seines Heimatortes St. Radegund angeboten, was er ablehnte. Bei der Abstimmung über den Anschluss Österreichs an Deutschland im April stimmte er als einziger seines Orts mit "Nein". Als 1940 Ortspfarrer Karobath wegen einer "zersetzenden" Predigt verhaftetet wurde, stand die Gemeinde hinter ihrem Pfarrer; als aber eine Frau zehn Regimegegner bei der Gestapo denunzierte, gehörte Franz Jägerstätter zu den Verratenen; da der Brief vom Briefträger abgefangen wurde, geschah nichts Weiteres.