Folglich verordnete Kellogg seinen Patienten im Sanatorium eine strikte vegetarische Diät, ergänzt durch die von ihm erfundenen Cornflakes und tägliche Einläufe zur Darmreinigung; dem Wasser wurde teilweise Joghurt zugesetzt, der die Darmflora günstig beeinflussen sollte. In hartnäckigen Fällen entfernte er einen Teil des Darms. Falls all diese Maßnahmen nicht den gewünschten Heilungserfolg zeigten, machte Kellogg oftmals heimliche Masturbation des betreffenden Patienten dafür verantwortlich. Allein 97 Seiten seines 664-seitigen Werkes über Sexualität sind der Selbstbefriedigung beziehungsweise deren Verhütung gewidmet, die er die heimliche Sünde nannte.