Anfang Mai 1945 wurde Jägerstätter ins Wehrmachts-Untersuchungsgefängnis nach Berlin-Tegel gebracht, Anfang Juli vom Reichskriegsgericht in Berlin-Charlottenburg wegen "Zersetzung der Wehrkraft" zum Tode und zum Verlust der Wehrwürdigkeit und der bürgerlichen Ehrenrechte verurteilt, schließlich in Brandenburg an der Havel als erstes von 16 Opfern dieses Tages enthauptet. Die ihm bis zuletzt eingeräumte Möglichkeit zur bedingungslosen Rücknahme der Verweigerung lehnte er standhaft ab.