1879 heiratete er Ella Ervina Eaton (1853–1920). Nach seinen eigenen Angaben wurde diese Ehe nie sexuell vollzogen; in seinen Schriften setzte er sich für grundsätzliche sexuelle Enthaltsamkeit ein. Folglich hatte das Paar keine leiblichen Kinder und lebte auch in getrennten Wohnungen, nahm aber im Laufe der Zeit insgesamt über 40 Kinder in die „Familie“ auf, von denen sieben auch adoptiert wurden.