Auch der Zugverkehr war von Sturmtief "Paul" beeinträchtigt. Wegen umgestürzter Bäume auf den Gleisen waren viele Bahnverbindungen unterbrochen, darunter beinahe alle ICE-Strecken nach Berlin. Im Laufe des Tages wurden die meisten Strecken freigeräumt und der Zugverkehr normalisierte sich weitgehend. Auf den Strecken Berlin - Dresden und Hannover - Hamburg kam es allerdings auch am Freitagmittag noch zu Verspätungen, weil die Züge umgeleitet wurden.