Obwohl Kellogg als Adventist erzogen worden war und sich sein ganzes Leben lang zu den Prinzipien und Glaubensinhalten dieser Freikirche bekannte, kam es zu einem Konflikt, der etwa im Jahr 1906 zu seinem Ausschluss als Mitglied führte. Er hatte 1903 ein Buch mit dem Titel Living Temple veröffentlicht, dessen Inhalt angeblich nicht mit den Ansichten der Kirche vereinbar war. Daraufhin führte Kellogg das Sanatorium unabhängig von den Adventisten in eigener Regie weiter.