Kühnert, der ledig ist und in Berlin lebt, hat in einem Interview mit "Siegessäule.de", im März 2018 erstmals über seine Homosexualität gesprochen. Darin zieht er vor allem vor Ex-Bürgermeister Klaus Wowereit seinen Hut, den er auch als einen wichtigen Fixpunkt bezeichnet. "Er hat etwas gemacht, was ich vorbildhaft finde: in die Offensive gehen. Wenn man mit sich selbst klar ist, fällt es auch viel leichter, Angriffe abzuwehren. Insofern war Wowereits Aussage "Ich bin homopervers und das ist gut so" ein Meilenstein für mich.