Ihm war inzwischen klar geworden, dass er einer weiteren Einberufung nicht mehr Folge leisten werde und erklärte dies auch öffentlich: mitzukämpfen, dass Hitler die ganze Welt beherrschen könne, sah er als persönliche Schuld und schwere Sünde an. Franz besprach sich mit befreundeten Priestern; auch den Linzer Bischof Fließer fragte er um Rat: "Welcher Katholik getraut sich, diese Raubzüge, die Deutschland schon in mehreren Ländern unternommen hat und noch immer weiterführt, für einen gerechten und heiligen Krieg zu erklären?" Im Februar 1943 wurde Jägerstätter erneut zur Wehrmacht einberufen; in der Kaserne in Enns sprach er seine Verweigerung aus.