In seinem Buch Psychopathia Sexualis (1886, das Buch wurde zu einem Standardwerk) definierte er die Homosexualität als angeborene neuropsychopathische Störung, also als eine erbliche Nervenkrankheit.[50] Diese Diagnose erlaubte es ihm, sich für eine vollständige Straffreiheit der Homosexualität auszusprechen, da Homosexuelle für ihre „Missbildung“ nicht selbst verantwortlich seien und die Homosexualität nicht ansteckend sei. Allerdings wurde Homosexualität dadurch erst pathologisiert und homosexuelle Menschen für unzurechnungsfähig erklärt. Obwohl Krafft-Ebing zu seiner Zeit als maßgebliche Instanz auf dem Gebiet der Gerichtsmedizin galt, blieb diese Theorie für die Straflosigkeit folgenlos, da vor allem kirchlich-konservative Kreise auf die moralische Ächtung der Homosexuellen nicht verzichten wollten.