Diese alternativmedizinische Richtung entwickelte verschiedene Theorien über die Entstehung von Krankheiten und die Bedingungen für Gesundheit. Eine wesentliche Theorie war die von der Selbstvergiftung des Körpers (Toxämie). Kellogg war überzeugt, dass 90 Prozent aller Krankheiten letztlich von Magen und Darm ausgingen, ausgelöst durch falsche Ernährung und falsche Lebensweise. „Falsch“ waren nach seiner Ansicht das Essen von Fleisch, der Genuss von Alkohol und Kaffee, das Rauchen, Gewürze und das Ausleben von Sexualität. Diese falsche Lebensweise führe zur Entstehung von giftigen Substanzen im Darm und in der Folge zur allgemeinen Schwächung des Körpers.