2006 (UTC)

Hei Jorgenumata. Pidin kaikista tekemistäsi lisäyksistä. Olen itse työskennellyt metallien parissa fysiikan puolella, joten voin lisätä joitakin asioita. Mutta itse asiassa yleisen rakenteen kannalta olisi mielestäni hyödyllistä keskustella keskustelusivulla joistakin tavoista, joilla MD:tä käytetään eri aloilla, jotta voisimme sisällyttää MD:n eri käyttötavat kattavammin. Useimmat ihmiset keskittyvät omaan alaansa eivätkä näe sen ulkopuolelle (minä mukaan lukien), joten on aika vaikeaa sisällyttää kaikki eri asiat yhteen artikkeliin.
Keskustelu sulautumisesta MM:n kanssa on esimerkki tästä. Metalleja ei voida mallintaa voimakenttien avulla. Ne ovat täysin yhteensopimattomia molekyylien voimakenttänäkökulman kanssa, ja MM:n sivua lukiessa MM käyttää vain voimakenttiä. Artikkelien yhdistäminen näyttää siis mahdottomalta. Joka tapauksessa, nyt riittää höpötykseni. Minua kiinnostaa tietää, mitä/miten MD:tä käytetään eri aloilla.

Fluidi-/aerodynamiikka: Käytetäänkö nestedynamiikan / aerodynamiikan ihmisillä atomien biljardipallo-approksimaatiota nesteiden mallintamiseen, ja pidetäänkö näitä menetelmiä molekyylidynamiikkana, jos niissä otetaan huomioon jokainen atomi erikseen?
Metallit: Metalleja: Emme käytä voimakenttiä. Yleensä TBSMA tai vastaava on vähiten tarkka/melko empiirinen, jota voidaan käyttää. Tight-binding ja ab initio ovat paljon yleisempiä. Voin joka tapauksessa lisätä itse paljon metallien asioita, joten en tarvitse paljon panosta täällä.
Puolijohteet: Jälleen kerran voimakenttiä ei käytetä. Vaatii kuitenkin hyvin erilaisia approksimaatioita kuin metallisimulaatiot. Voin taas lisätä artikkeliin juttuja näistä.
Kemistit: Mitä kemistit tarkalleen ottaen tutkivat? Tutkitaanko kemiallisia reaktioita aina liuottimessa, vai tutkitaanko niitä eristetyillä kemiallisilla yhdisteillä? Onko aina tärkeää mallintaa lämpötila ja paine oikein, vai ovatko nämä toissijaisia seikkoja kemiallisissa MD-simulaatioissa?
Bio: Onko lämpötilalla ja paineella samanlainen merkitys kuin kemiassa? Mallinnetaanko proteiineja liuottimen yhteydessä vai tutkitaanko konformaatioita yksittäisen proteiinimolekyylin perusteella ilman ulkoisia vuorovaikutuksia?
Yritän siis lisätä artikkeliin joitakin metalli- ja puolijohdeasioita, mutta en halua rikkoa kemian/biopuolta. Palaan ehkä viikon päästä ja yritän tehdä lisäyksiä.  09:09, 21. marraskuuta