Splitter on naurettava 

Kanonisuudesta riippumatta tämän pelin tapahtumat eivät selvästikään sijoitu pääaikajanalle. Metal Gear Solidista käy selvästi ilmi, että Snake tapasi Mei Lingin vuonna 2005, ja MGS4:stä käy selvästi ilmi, että Big Boss selvisi Metal Gear 2: Solid Snake -elokuvan tapahtumista, kun taas Ghost Babelista käy ilmi, että Big Boss kuoli Outer Heavenissa eikä koskaan luonut Sansibarin maata.