 เราจะระบุความคล้ายคลึงกันระหว่างลำดับทางชีววิทยาสองลำดับเช่นสาย DNA ได้อย่างไร
 วิธีหนึ่งในการพิจารณาความคล้ายคลึงกันระหว่างลำดับทางชีววิทยาสองลำดับคือการใช้อัลกอริธึมการเขียนโปรแกรมแบบไดนามิก เช่น Smith-Waterman หรือ Needleman-Wunsch อัลกอริทึมเหล่านี้เปรียบเทียบลำดับของข้อมูลทางชีววิทยาและคำนวณคะแนนความคล้ายคลึงกันตามจำนวนอักขระหรือองค์ประกอบที่คล้ายกันระหว่างลำดับ