FRODEBU valitsus taastas lõpuks kontrolli sündmuste üle ja valis jaanuaris 1994 presidendiks Cyprien Ntaryamira. Ent julgeolekuolukord halvenes endiselt. Aprillis 1994 hukkusid president Ntayamira ja Rwanda president Juvénal Habyarimana, kui nende lennuk alla tulistati. Sellest sai alguse Rwanda genotsiid. Burundis pärast Ntaryamira surma vägivald ja rahutused küll ägenesid, kuid üleüldisi tapatalguid ei olnud. 8. aprillil 1994 sai neljaks aastaks presidendiks Sylvestre Ntibantunganya, kuid julgeolekuolukord halvenes veelgi. Režiimi destabiliseerisid sadade tuhandete Rwanda põgenike sissevool ning hutude ja tutside relvarühmitused. Novembris 1995 kuulutasid Burundi, Rwanda, Uganda ja Zaire (praegu Kongo DV) välja Burundi rahuläbirääkimiste algatuse endise Tansaania presidendi Julius Nyerere vahendusel.
Kuidas surid Ntayamira ja Habyarimana?
nende lennuk alla tulistati