1. novembril 1976 kukutas Micombero sõjaväeline riigipööre, mida juhtisid kolonel Jean-Baptiste Bagazaja kolonel Édouard Nzambimana. Moodustasti Kõrgema Revolutsioonilise Nõukogu, mis võttis valitsusvastutuse. Micombero põgenes Somaaliasse. Sellest sai alguse Teine Vabariik. Jean-Baptiste Bagazast sai uus riigipea ning Édouard Nzambimanast valitsusjuht ajavahemikuks 12. novembrist 1976 kuni 13. oktoobrini 1978, mil peaministri ametikoht jälle kaotati. Kuid vaid vähesed 1972. ja 1973. aasta veresauna süüdlased arreteeriti ja mõisteti süüdi. Kuigi Bagaza oli peamiselt tutside sõjaväelise režiimi eesotsas, ajas ta pigem vasakpoolset poliitikat (algatas maareformi ja valimisreformi) ning püüdis saavutada rahvuslikku leppimist. Pärast uue põhiseaduse vastuvõtmist ja väljakuulutamist 1981 sai Jean-Baptiste Bagaza ametlikult presidendiks. Oktoobris 1982 toimusid esimesed parlamendivalimised pärast 17-aastast vaheaega. Igas ringkonnas kandideeris kaks kandidaati valitsevast parteist UPRONA-st. 31. augustil 1984 valiti Bagaza ainsa kandidaadina riigipeaks tagasi. Pärast seda hakkas ta maha suruma usulist tegevust ja kinni pidama poliitilisi vastaseid. Aastal 1986 asutati esimene opositsioonipartei FRODEBU. Selle esimees oli Melchior Ndadaye.
Mis riiki lahkus Micombero?
Somaaliasse