1996. aasta suvel kardeti, et Burundis kordub Rwanda genotsiid). Pinge kasvas, kui ühes põgenikelaagris Burundi keskosas mõrvati 20. juulil üle 300 tutsi naise ja lapse. Tapatalgutes süüdistati ühte hutude mässulist rühmitust. 25. juulil haaras võimu sõjavägi, kus domineerisid tutsid. Hutust president Sylvestre Ntibantunganya kukutati ning ta otsis varjupaika USA suursaatkonnas Bujumburas. Sõjaväelased saatsid parlamendi laiali, keelustasid parteid ja demonstratsioonid, seadsid sisse komandanditunni ning sulgesid Burundi piirid ja rahvusvahelise lennuvälja. Sõjavägi nimetas üleminekuvabariigi presidendiks riigipööret juhtinud tutsi majori Pierre Buyoya, kes oli olnud president 1987–1993. Riigipööre mõisteti laialdaselt hukka ning piirkonna riigid seadsid sisse majandussanktsioonid kuni põhiseadusliku valitsemise juurde naasmiseni. Buyoya nõustus 1996 parteide tegevust lubama. Hoolimata sellest ja rahvusvahelise kogukonna püüetest algatada rahuprotsessi, kodusõda sõjaväe ja hutu sisside vahel jätkus. 1993–1999 põhjustas rahvuslik konflikt Burundi hutude ja tutside vahel massilise põgenike voolu ja vähemalt veerandi miljoni inimese hukkumise. Kuigi paljud põgenikud on naasnud, on konflikti jätkumine tekitanud uusi põgenikke. Burundi väed on oma piire kindlustada püüdes tunginud Kongo DV territooriumile.
Mitu inimest suri kodusõjas 1993-1999?
vähemalt veerandi miljoni inimese