เมื่อวันที่ 31 ตุลาคม พล.อ.สนธิ บุญยรัตกลินคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติเปิดเผยถึงผลการติดตามคดีของนายสมชาย ว่า ได้รับรายงานผลการสืบสวนสอบสวนของคณะทำงานว่าอาจมีบุคคลใกล้ชิด พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตรนายกรัฐมนตรี เป็นผู้อยู่เบื้องหลังการหายตัวไปของนายสมชาย นีละไพจิตร ประธานชมรมนักกฎหมายมุสลิม ทั้งนี้ได้ตั้งคณะทำงานขึ้นมาดูแลคดีดังกล่าวแล้ว และได้รับข้อมูลทั้งหมดแล้วเช่นกัน แต่ไม่สามารถเปิดเผยได้ว่าคณะทำงานประกอบด้วยใครบ้าง รวมทั้งไม่สามารถเปิดเผยว่าใครอยู่เบื้องหลังคดีดังกล่าวขอหลักฐาน"สนธิ"คนใกล้ชิด"ทักษิณ"อุ้มพ.อ.ปิยะวัฒก์ กิ่งเกตุ โฆษกกรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) กล่าวถึงเรื่องเดียวกันว่าจะประสานขอให้ พล.อ.สนธิส่งหลักฐาน หรือผู้ที่ให้ข้อมูลดังกล่าวมาเป็นพยาน เพื่อเพิ่มน้ำหนักให้สำนวนคดี คาดว่าผู้ที่ให้ข้อมูลอาจจะเป็นผู้ที่อยู่ในคณะรัฐบาลชุดที่ผ่านมา สำหรับการสอบสวนในขณะนี้ ดีเอสไอได้ให้น้ำหนักกับข้อมูลการใช้โทรศัพท์ติดต่อของกลุ่มบุคคลที่ร่วมปฏิบัติการอุ้มนายสมชาย และได้ทำหมายเรียกเอกสารการใช้โทรศัพท์ของกลุ่มผู้ต้องสงสัย ไปยังทุกบริษัทที่ให้บริการด้านโทรศัพท์เคลื่อนที่ โดยเบอร์โทรศัพท์ทั้งแบบโชว์เบอร์ หรือเป็นเบอร์ลูกค้าวีไอพี ที่ไม่โชว์หมายเลขก็สามารถตรวจสอบได้ทั้งหมด ยกเว้นเป็นรายการโทรศัพท์ ที่บริษัทผู้ให้บริการลบข้อมูลทิ้ง แต่ก็สามารถตรวจสอบได้จากเบอร์ปลายทางที่อาจใช้บริการเครือข่ายสัญญาณโทรศัพท์ของบริษัทอื่น
พล.อ.สนธิ บุญยรัตกลินคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติได้ตั้งคณะทํางานขึ้นมาดูแลคดีกับบุคคลใด 
นายสมชาย นีละไพจิตร