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Santé / Centres nationaux de référence et centres collaborateurs de l'OMS / Informations pratiques
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Modalités générales de fonctionnement des CNR
Conditions générales d'envoi des souches et autres produits biologiques
Questions fréquemment posées au CNR des Anaérobies Dans quels cas doit-on rechercher une bactérie anaérobie ? Dans toutes infections proches d’une muqueuse, les hémocultures, les suppurations fermées, les infections secondaires à des blessures ou traumatismes accidentels. Par contre, il est inutile de rechercher des anaérobies dans les sites où ces bactéries font partie de la flore normale : voies respiratoires supérieures, appareil génito-urinaire (sauf dans certains contextes cliniques tel que recherche d’Actinomyces), flore intestinale à l’exception de quelques Clostridium. Comment prélever et traiter un prélèvement pour recherche d’anaérobies ? Le prélèvement doit être effectué de façon à éliminer tout risque de contamination par la flore commensale. En particulier lors d’infections près d’une muqueuse. Il doit être maintenu en permanence à l’abri de l’air, et être mis en culture le plus rapidement possible. Le temps de transport au laboratoire devra donc être réduit au maximum. Les meilleurs prélèvements seront ceux effectués par ponction ou aspiration à l’aide d’une seringue, puis inoculés immédiatement dans un milieu de transport, ou dans un milieu de culture pour anaérobies. Les prélèvements effectués à l’aide d’écouvillons sont à proscrire, ce type de matériel offrant une trop grande surface de contact avec l’air. Souches Le CNR prend en charge l’identification des souches de bactéries anaérobies adressées par les laboratoires de biologie médicale aux conditions suivantes : La fiche de renseignements fournie gratuitement par le CNR à tout laboratoire doit accompagner chaque souche et être remplie aussi complètement et aussi précisément que possible. Les fichiers informatisés du CNR sont déclarés à la Commission Informatique et Libertés (CNIL). La souche doit être en culture pure. Elle doit être fraîchement ensemencée sur un milieu approprié. Milieux recommandés : gélose profonde, boite au sang sous sachet de type Anaerogen Compact (Oxoid), Anaerocult P (Merk) ou système similaire, milieux préréduits. Alternative : il est possible d’utiliser des géloses profondes (type VF). Mais celles-ci sont déconseillées pour les souches très gazogènes (C. perfringens). Sont à proscrire le transport sur écouvillon et d’une façon générale tout milieu permettant un contact avec l’air. Le CNR n’accepte pas de produits pathologiques. (Pour les prélèvements vétérinaires, consulter au préalable). Expertise des souches de Clostridium difficile et détection du clone épidémique de PCR-ribotype 027 Botulisme humain (aide et confirmation au diagnostic) Procédure de prélèvement et d’envoi d’échantillons - Sérum pour recherche de toxine botulique circulante :
Volume minimum de sérum : 10ml [soit un prélèvement sanguin de 4 tubes de 5ml (sur tube sec ou tube gel + activateur de coagulation)] Dans l’impossibilité d’effectuer un tel prélèvement, nous prévenir par téléphone au 01 45 68 8310 ou 8307 ou 8456. - Selles : (prélèvement de quelques grammes dans un pot à coproculture) pour recherche de toxine botulique et de Clostridium neurotoxinogène. Examen à effectuer chez les nouveau-nés et dans les cas chroniques chez l’adulte. - Aliment suspect : (prélever quelques grammes dans un récipient étanche). La Fiche de renseignements cliniques et épidémiologiques doit être correctement remplie. - Recherche et dosage chez l’homme d’anticorps neutralisants anti toxines botuliques A ou B (suivi de traitement par une toxine botulique) Sérum : Volume de sérum minimum par type d’anticorps recherché : 5 ml [soit un prélèvement sanguin de 2 tubes de 5ml (sur tube sec ou tube gel + activateur de coagulation)] Dans l’impossibilité d’effectuer un tel prélèvement, nous prévenir par téléphone au 01 45 68 8310 ou 8307 ou 8456 La Fiche de renseignements doit être correctement remplie. Botulisme animal (expertises)
Cas général : sérum d’animal malade ou mort récemment. - Prélèvement de 20 ml de sang sur tube sec, il est préférable de séparer le sérum du caillot par centrifugation après coagulation. - Volume de sérum nécessaire : 10 ml (minimum 3 ml). Il est possible de réunir le sérum de 2-3 animaux. Contenu intestinal d’animal euthanasié ou mort récemment (maximum 6 h) :
- A l’autopsie, sélectionner au niveau de l’intestin grêle une anse intestinale congestionnée ou ayant un contenu liquide. - Après incision de l’anse, prélever environ 10 ml de contenu intestinal et les disposer dans un pot à coproculture. Aliments : Transférer environ 10 g dans un pot à coproculture. Botulisme aviaire : Pour le diagnostic du botulisme aviaire, le CNR pour les bactéries anaérobies recherche la toxine botulique de préférence dans les sérums. Pour l’examen d’autres organes (contenus intestinaux) nous consulter au préalable. Acheminement des prélèvements - S’assurer de l’étanchéité et de l’identification des tubes et pots à coproculture contenant les prélèvements. - Disposer les échantillons dans un emballage contenant des sacs réfrigérants et un matériel absorbant en cas de fuite. Utiliser de préférence un emballage isotherme en polystyrène. Pour les prélèvements de sang ou sérum uniquement, la réfrigération n’est pas indispensable. N.B. : Eviter un envoi en fin de semaine risquant un retard d’acheminement et une rupture de réfrigération. Les prélèvements peuvent être stockés 3 à 4 jours à + 4°C avant envoi. La fiche de renseignements doit être correctement remplie. Conditions financières
- Le diagnostic biologique du botulisme humain ainsi que l'identification des souches d'origine humaine sont effectués gratuitement à condition que les critères suivants soient remplis : . Échantillon (sérum, selles, souche isolée...) d’origine humaine . Fiche d’information remplie.
- L'analyse des échantillons d'autres origines (vétérinaire, alimentaire, environnementale) est facturée. Pour plus de renseignements sur cette facturation, contacter le CNR.
Voir aussi “Modalités générales de fonctionnement des CNR” Questions fréquemment posées au CNR / Frequently Asked Questions (FAQ)
Institut de Veille Sanitaire
D.G.S. (alertes sanitaires)
CNIL
O.M.S. (Centres collaborateurs)