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Créé par la loi de programme no 2006-450 du 18 avril 2006, l'AERES a pris la suite du Comité national d'évaluation des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel, lequel avait créé par la loi de 1984 sur l’enseignement supérieur et érigé en autorité administrative indépendantepar la loi d’orientation sur l’éducation de 1989. Bien que ses missions aient pris fin, le CNÉ dispose encore de son site web, qui annonce sobrement "l'entrée" en 2007 du CNÉ dans l'AERES. Il est heureux que cette mémoire ait été préservée, car le site est riche en rapports énumérant des dizaines de critères d'évaluation, notamment pour le volet "enseignement supérieur". En revanche, on peut regretter qu'aucun bilan de l'activité du CNÉ n'ait été rendu public.En attendant qu'un chercheur en histoire de l'éducation se penche sur la question, on peut brosser un premier comparatif entre les deux institutions en s'en tenant aux seuls textes de lois et décrets. Les missions elles-mêmes ont sensiblement évolué. Ainsi, l'AERES est devenue évaluatrice au second degré, étant également chargée de "valider les procédures d’évaluation des personnels des établissements et organismes" qu'elle est chargé d'évaluer. Mais c'est la transformation des procédures de désignation des membres qui est la plus frappante.Selon le décret du 21 février 1985, le CNÉ se composait de 15 membres (portés à 17 en 1988). Ils étaient, pour la majorité d'entre eux (9 en 1985, 11 en 1988)  désignés en tant que "représentatifs de la communauté scientifique", choisis sur des listes présentées respectivement par les présidents des sections du Conseil supérieur des universités, les présidents des sections du Comité national de la recherche scientifique et l'Institut de France. S'y ajoutaient quatre personnalités qualifiées, proposées par le ministre et désignées après avis du Conseil économique et social, un membre du Conseil d'Etat et un membre de la Cour des comptes.  Un décret du 5 septembre 2002 y a ajouté trois membres choisis sur une liste présentée par le bureau de la Conférence des présidents d'universités et deux autres présentés respectivement par la conférence des directeurs d'écoles et de formations des ingénieurs et  les directeurs d'institut universitaire de formation des maîtres. Trois personnalités étrangères y étaient également nommées. Le principe directeur était désormais de constituer une instance représentant la communauté scientifique et universitaire.La désignation des vingt-cinq membres du conseil de l'AERES, définie par la loi du 18 avril 2006, obéit à des préoccupations très différentes. Viennent en premier lieu "Neuf personnalités qualifiées, dont un tiers au moins issu du secteur de la recherche privée", aucun critère de qualification n'étant exprimé et aucun avis nécessaire d'une instance publique n'étant requis pour entériner leur choix par le ministère.  Si les deux contingents suivants sont formés d'universitaires et chercheurs, aucune notion de "représentation de la communauté scientifique" n'est alléguée tandis que le rôle des instances collégiales disparaît. Sept membres sont choisis sur proposition des "directeurs ou présidents des établissements publics d’enseignement supérieur et de recherche et des organismes de recherche". Comme le précise le décret d'application du 3 novembre 2006:  "Chaque établissement ou organisme peut proposer un candidat. Les établissements et organismes employant plus de mille agents peuvent en proposer deux." Aucune concertation préalable n'est donc envisagée. Signe de la professionalisation de l'activité d'évaluation, sept autres membres sont nommés "sur proposition des instances d’évaluation compétentes en matière d’enseignement supérieur et de recherche". C'est uniquement à ce titre que le CNU et le CNRS sont autorisé à présenter des noms. On remarquera enfin la disparition de représentants des grands corps de contrôle de l'Etat, remplacés par deux parlementaires.Dernière différence remarquable, les membres du conseil de l'AERES sont nommés "pour une durée de quatre ans renouvelable une fois". Ceux du CNÉ n'étaient pas renouvelables.