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Par Tristan PoullaouecFace au flot d’informations et à l’incertitude de la situation, un sociologue spécialiste de l’école et des investigations quantitatives cherche à comprendre l’épidémie de Covid-19 en se familiarisant avec les concepts de base de l’épidémiologie, discipline médicale qui étudie les maladies épidémiques, leurs modes de contagion et les moyens de les combattre et qui a beaucoup d’affinités avec la statistique.Les coronavirus sont une grande famille de virus découverts dans les années 1960. Le Covid-19 se range parmi ceux qui peuvent causer des infections graves des poumons et provoquer dans les cas les plus sévères des détresses respiratoires aiguës. Apparu en décembre 2019, il fait partie des maladies infectieuses dites émergentes, contre lesquelles il n’existe par définition pas de traitement (hormis des symptômes), ni de vaccin. Sa létalité semble plus faible que celle d’autres coronavirus apparus depuis une vingtaine d’années. On estime qu’un à deux pour cent des patients ayant déclaré des symptômes et bien pris en charge en décèdent même s’ils étaient en bonne santé avant l’infection. Cette proportion a atteint dix pour cent des malades du SRAS de 2003, par exemple. Le taux de létalité du Covid-19 s’avère cependant beaucoup plus élevé que celui d’une grippe saisonnière (5&#160;‰). Mais sa dangerosité tient surtout à son haut niveau de contagiosité par transmission interhumaine.Graphique n°1:  Létalité et contagiosité des maladies infectieusesRéalisé par le journaliste Pierre Bréteau (Le Monde, 20 février 2020). Noté R0, le nombre de personnes contaminées par une personne infectée est désigné en épidémiologie comme le taux de reproduction d’une maladie. Il est égal au produit du nombre de contacts quotidiens d’une personne infectée avec des personnes non infectées (C), de la probabilité qu’elle contamine ces personnes (P) et de la durée de sa maladie (D)&#160;:R0 = C × P × D.Cette probabilité de transmission d’une personne à une autre est variable et difficile à établir : elle dépend de la durée et de la distance de l’interaction de face à face, des échanges de gestes et d’objets entre les présents, etc. Mais même en la supposant faible, le taux de reproduction du Covid-19 peut facilement dépasser 1&#160;: autrement dit, chaque personne contaminée en contamine au moins une autre, et l’épidémie se propage de proche en proche. Si P = 1&#160;%, une personne contaminée ayant 25 contacts par jours pendant les 10 jours de sa maladie la transmettra à 2,5 personnes. C’est à peu près la première estimation du R0 du Covid-19 à laquelle ont abouti les épidémiologistes d’une équipe de l’Imperial College de Londres. Mais aujourd'hui, "toutes les données que nous avons montrent qu’en l’absence de toute mesure de santé publique, le R0 du Covid-19 est autour de 3", selon le biologiste Samuel Alizon, directeur de recherche à l'UMR MIVEGEC à Montpellier (dans un entretien donné à Mediapart le 5 avril 2020).La plupart des personnes contaminées guérissent de la maladie, qui frappe d’abord les plus fragiles (les plus âgées, les personnes déjà atteintes par diverses pathologies, comme l’hypertension ou d’autres maladies cardiovasculaires). Il est même très vraisemblable qu’une majorité d’entre elles ne présentent aucun de ses symptômes (les porteurs asymptomatiques) ou seulement quelques faibles symptômes peu perceptibles (les porteurs paucisymptomatiques). C’est bien là le problème, d’un point de vue collectif. Pendant la durée d’incubation (de 5 à 6 jours, selon le microbiologiste Philippe Sansonetti), les porteurs peuvent naturellement transmettre le virus avant l’apparition des symptômes les conduisant à consulter un·e médecin. La période de transmission est évidemment rallongée en l’absence de symptômes. La faible létalité au plan individuel n’empêche donc pas une forte mortalité au plan collectif. C'est tout le paradoxe de cette maladie que d'être le plus souvent bénigne à l'échelle des personnes mais aussi très grave à l'échelle d'une société. En ce sens, elle a tout du fait social tel que le définissait Durkheim. Si rien ne stoppait l’épidémie, la surmortalité dans une population de la taille de la France aurait pu atteindre plusieurs centaines de milliers de décès en quelques mois (Graphiques 2 et 3).Graphique n°2 : Estimation du nombre cumulé de décès liés au Covid-19 selon 2 hypothèses.Source : Calculs réalisés à partir d'un modèle SIR mis en ligne par David Louapre (avec C=60, puis 30, P=0,5% et D=10).   Graphique n°3&#160;: Estimation des décès quotidiens liés au Covid-19 selon 2 hypothèses.Source : Calculs réalisés à partir d'un modèle SIR mis en ligne par David Louapre (avec C=60, puis 30, P=0,5% et D=10).  Nécessaires, les « gestes barrières » et la « distanciation sociale » ont ainsi été jugés insuffisants par les scientifiques conseillant le gouvernement français (le plus souvent des médecins et des épidémiologistes), compte tenu de la pénurie de masques de protection et du stock de tests de dépistage dans le pays au moment où l'Organisation Mondiale de la Santé déclare la pandémie, le 12 mars. Les pouvoirs publics ont donc fini par adopter progressivement des mesures de confinement, partiel, mais de grande ampleur, considérant qu’il s’agit de la seule stratégie efficace pour atténuer l’épidémie. Des modèles épidémiologiques simples montrent en effet qu’en réduisant de 60 à 30 le nombre C de contacts quotidiens par personne, le taux de reproduction du virus chute de 3 à 1,5, ce qui épargne des centaines de milliers de vies (en supposant une durée de maladie égale à 10 jours, une létalité de 1,5 % et une probabilité de transmission de 0,5 %). Ce niveau de surmortalité due au Covid-19 resterait bien sûr encore inacceptable dans la société qui est la nôtre, dépassant de beaucoup celle des cancers (les tumeurs sont la principale cause de décès constatée en France, Graphique 4). En attendant la mise au point de traitements et de vaccins, seul l’aplatissement de la courbe des nouveaux décès par des mesures ramenant ce taux R0 au plus proche de 1 pourrait rendre le bilan de l’épidémie comparable à celui d’une grippe saisonnière. Il est peu probable qu'on y parvienne : au 7 avril, déjà plus de 10 000 décès dans les hôpitaux et les EHPAD ((Selon l'agence Santé publique France)) sont imputés au Covid-19...Graphique n°4: Mortalité annuelle selon les maladiesSources :Outre les sources indiquées pour chaque graphique, je m’appuie ici principalement sur la conférence du microbiologiste Philippe Sansonetti au Collège de France le 16 mars 2020, ainsi sur un billet du physicien David Louapre sur son blog (Science étonnante) le 12 mars 2020.