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Karel Kleisner travaille dans ses recherches sur l'évolution et l'écologie des aspects externes des organismes, la morphologie théorique, la bio-sémiotique et la perception entre cultures et entre espèces. Tout ceci est lié à une question simple : Comment les organismes en sont venus à prendre les apparences que nous leur connaissons ? Sa recherche théorique et empirique se penche sur un large éventail de phénomènes de la perception entre cultures des visages humains à l'écologie des motifs ultra-violets sur les ailes des papillons. Ses travaux sont régulièrement publiés dans des publications scientifiques internationales et autres médias scientifiques.