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Le contexteL’inventaire du patrimoine naturel est institué pour l’ensemble du territoire national terrestre, fluvial et marin par le code de l’environnement (L411-5). Le ministère en charge de l’écologie en assure la gouvernance globale, définit les objectifs et organise un système de partage de l’information. Il a ainsi organisé la mise en place d’une part du Système d’Information sur la nature et le paysage (SINP) qui organise la production et la diffusion des informations sur la biodiversité française et, d’autre part, de l’Observatoire National de la Biodiversité (ONB) qui a pour objectif d’établir des indicateurs robustes et compréhensibles par le plus grand nombre afin d’orienter les actions en faveur de la biodiversité. Pour assurer la mise en œuvre de cette politique, le ministère s’appuie sur un ensemble d’établissements publics dont le Muséum national d’Histoire naturel (MNHN) qui a la responsabilité d’assurer la cohérence scientifique et la diffusion consolidée de l’information au niveau national depuis 2002 (code de l’environnement L 411-5).Au sein du MNHN, le Service du patrimoine naturel (SPN) à la charge de cette mission en lien étroit avec d’autres unités du muséum. Il s’appuie également sur un ensemble de partenaires nationaux ou régionaux, notamment les directions régionales de l’environnement (DREAL), les établissements publics et les associations productrices de connaissance. Le SPN assure ainsi un rôle de coordonateur technique et scientifique national pour la plupart des programmes nationaux.Pour organiser, structurer et diffuser l’information, le SPN a mis en place depuis 2003 un système d’information global : l’inventaire national du patrimoine naturel (INPN) dont la partie visible est le site internet de l’INPN (http://inpn.mnhn.fr) en ligne depuis 2005.Les objectifsL’INPN a pour objectif de répondre aux questions quoi ?, où ? quand ? sur la thématique biodiversité et géodiversité française.Le « Quoi » correspond au patrimoine naturel au « sens large » c’est-à-dire la faune, la flore, les habitats, les espaces protégés et la géologie.Le « Où » correspond au territoire français : la métropole et l’outre-mer et aussi bien la partie terrestre que marine Le « Quand » correspond à toutes les périodes de la vie : bien sûr et en priorité les périodes contemporaines mais également les périodes protohistoriques.L’objectif « générique » est donc de connaître le nom (la taxonomie, la syntaxonomie, la géologie), la localisation, le statut… de la biodiversité et géodiversité française et ainsi de connaître l’évolution de ces différents paramètres dans le temps et dans l’espace.Pour illustrer cet objectif, l’INPN vise à pourvoir répondre, au niveau national, aux questions du type : quelles espèces, habitats, éléments géologiques sont présents en France et où ?, quels statuts (indigénat, réglementaire, menace…) ? Quelles répartitions et leurs évolutions ? Quelles taxonomies ? … Quels types d’espaces protégés ou réglementés? Où sont-ils…?Les programmesPour répondre à ces questions, l’INPN s’appuie sur un ensemble de programmes dont l’information est standardisée, consolidée et gérée au niveau national, en lien étroit avec les partenaires. Il est donc nécessaire de développer des méthodologies d’acquisition, de gestion et de contrôle mises en œuvre au sein de cet ensemble et gérées par le système d’information.Il est important de rappeler succinctement les objectifs et les enjeux de chacun de ces programmes, afin de bien comprendre le « périmètre » et les « moyens » mis en œuvre pour parvenir aux objectifs principaux décrits précédemment.Les programmes sont ici regroupés en trois catégories.Les listes de référence (référentiels)Les référentiels « espèces » dont le référentiel taxonomique national « TAXREF » qui est au centre du dispositif puisqu’il est la « colonne vertébrale » de la partie biodiversité spécifique. L’objectif est ici de réaliser un référentiel taxonomique partagé, complet et cohérent sur l’ensemble du territoire français en s’appuyant autant que possible sur les référentiels internationaux afin d’assurer une cohérence globale. Il compte actuellement 123 407 espèces et plus de 263 756 synonymes ainsi que la taxonomie supérieure (Gargominy et al., 2013).En complément de ce programme, est développé le référentiel des réglementations sur les espèces. Ce dernier tient à jour les statuts réglementaires des espèces et comprend aujourd’hui 142 textes juridiques du niveau régional à international. Chaque espèce a ainsi son ou ses statuts réglementaires cohérents avec l’évolution de la taxonomie (Gargominy et al., 2013).Au-delà de la réglementation, il est également nécessaire de connaître les statuts de menace associés aux espèces présentes sur le territoire français. Le programme des listes rouges nationales a ainsi été déployé depuis 2008 en partenariat entre le comité français de l’Union International pour la Conservation de la Nature (UICN, MNHN, 2008). Actuellement, il a permis d’évaluer plus de 3000 espèces dont tous les vertébrés de métropole. Ce travail est bien sûr mis en relation avec les statuts européens et mondiaux de l’UICN et permet d’établir la responsabilité Française.Pour prendre en compte la part de plus en plus grandissante du suivi des écosystèmes dans les processus de connaissance, des référentiels communément appelés « habitats » sont aujourd’hui disponibles. Face à la multiplicité des besoins liée à la conservation des espaces naturels, il n’existe plus de 15 types de nomenclatures disponibles dans le cadre de l’INPN ainsi que, pour partie, leurs correspondances (http://inpn.mnhn.fr/programme/referentiels-habitats).Enfin, les différents types des référentiels géographiques sont également disponibles (http://inpn.mnhn.fr/telechargement/cartes-et-information-geographique).L’ensemble de l’information de ces programmes, est consultable en ligne et en téléchargement. Cela permet aux partenaires de les intégrer dans leurs systèmes d’information aussi bien pour leur processus d’acquisition (outils de saisie), de gestion (base de données spécifique) ou de diffusion de la connaissance (site internet, rapport de synthèses…). L’objectif est donc de partager des listes de références communes et de structurer l’information pour mieux l’échanger.Les zones à enjeuxLes gestionnaires de la nature tentent de cartographier les zones à enjeux pour la biodiversité.L’objectif de l’INPN est ici de structurer cette information et de la diffuser.Il y a tout d’abord les espaces d’inventaire, et notamment le programme français historique, initié il y a plus de 30 ans : les « ZNIEFF 1». Ce programme a pour objectif d’identifier et de décrire des zones présentant de fortes richesses écologiques ou biologiques et un bon état de conservation (ELISSALDE-VIDEMENT L., et al. 2007). Actuellement, ce programme compte plus de 17 000 zones avec leur évaluation (richesse, menace, cartographie…). L’ensemble de l’information validée au niveau national est disponible sur l’INPN2.Un programme visant à inventorier les zones à enjeux pour la géologie est également en cours de développement : l’Inventaire national du Patrimoine Géologique (InPG).Ensuite viennent les espaces « réglementés », en commençant par le programme inventoriant les « espaces protégés ». Il recense et consolide tous les espaces « réglementés 3 » français soit 13 types d’espace différents et plus de 2800 sites. Ce programme a plus de 15 ans et permet notamment le rapportage européen dans le cadre du Common Database on Designated Areas (CDDA) géré par la commission européenne. La méthodologie de ce programme est disponible dans la partie spécifique à ce programme sur l’INPN (http://inpn.mnhn.fr/programme/espaces-proteges/methodologie). L’ensemble des informations est disponible en ligne et les cartographies associées en téléchargement et service web.Enfin, le programme Natura 2000, qui est au cœur de la politique de conservation de la nature de l’Union européenne, a pour objectif d’identifier un réseau cohérent permettant d’assurer la survie à long terme des espèces et des habitats listés dans les directives européennes « habitat faune flore» et « oiseaux ».Actuellement 1753 sites sont identifiés dont le contenu est disponible sur l’INPN et les cartographies associées en téléchargement et service web. Une évaluation des espèces et des habitats a lieu tous les 6 ans, ce qui correspond d’ailleurs à un programme spécifique sur l’INPN dont le prochain compte-rendu sera envoyé à la commission européenne en juin 2013 (Bensettiti et al., 2012).Les répartitionsLe troisième type de programme a pour objectif de définir les répartitions des espèces et des habitats présents sur le territoire français.Le programme communément appelé « inventaire national » est le premier d’entre eux. Il a pour objectif d’établir des cartes de répartition actuelles et validées, en général sur un maillage 10km (Touroult et al., 2012). Ce programme s’appuie largement sur les réseaux référents par groupe taxonomique et a également comme objectif d’identifier le manque de connaissance pour certains groupes d’espèce. Actuellement, 14 millions de données sont utilisées pour l’établissement de ces cartes de répartition. Même si cela parait beaucoup, c’est encore loin d’être suffisant pour connaître la répartition des 123 407 espèces inventoriées sur le territoire national ! En parallèle de ce programme, un atlas de répartition départementale a été mis en œuvre depuis 2012 afin d’identifier les répartitions actuelles des espèces (Haffner et al., 2012). Ce programme est pragmatique (une centaine de département contre plus 5 600 mailles 10km) et répond bien aux enjeux des espèces les moins connues. C’est en quelques sorte une version simplifiée des inventaires nationaux qui a pour avantage d’être maintenu à jour plus facilement et donc plus fréquemment.Enfin, un programme spécifique sur les périodes archéologiques a également été initié en 2010. Il a pour objectif d’établir les répartitions anciennes des espèces à partir de données de  fouilles archéologiques (http://inpn.mnhn.fr/programme/inventaires-especes).Concernant les habitats, un vaste programme de cartographie (CARHAB) a débuté en 2011. Les données de ce programme seront également disponibles dans le SINP et la restitution sera faite sur l’INPN.Le conceptComme dans tout système d’information, l’INPN repose sur un ensemble organisé de ressources qui sont avant tout des« données », du matériel,  des ressources humaines mais également sur des procédures et des « logiciels ». Ce système permet ainsi l’acquisition, la standardisation, la mutualisation, la qualification, le traitement et la diffusion de l’information de ces programmes. Comme on a pu le voir dans la présentation des programmes, les données sont multiples et complexes. Tous ces programmes ont des objectifs différents et ils ont donc des méthodologies, des organisations et des partenaires spécifiques.Les trois enjeux principaux de l’INPN sont donc une structuration de l’information sur une base commune (interopérabilité) quelque soit le programme ;un contrôle (validation) de l’information avant diffusion ;une « présentation » compréhensible de l’information et des axes de consultation multiples.La structuration de l’informationL’information de ces programmes a été structurée afin qu’elle respecte les mêmes principes généraux. Chacun de ces programmes doit ainsi avoir une méthodologie possédant une description des processus « métiers » et des standards de données. Ils doivent également partager les mêmes référentiels (espèces, habitats, géologiques, géographiques…). Enfin, ils ont chacun une ou des instances de gouvernance et une logique de consolidation et de diffusion dans le cadre de l’INPN.Dans le cadre d’un groupe de travail du SINP, et afin d’améliorer la traçabilité et d’éviter les doublons, nous travaillons sur la mise en place d’un standard d’échange comprenant une identification unique des données. Ce travail est mené par le MNHN et le GBIF4 France et associe plusieurs partenaires producteurs de données.La contrôle de l’informationLa qualification de l’information qui est appliquée dans le cadre de l’INPN dépend du contexte et des objectifs. Les contrôles, au niveau national, sont spécifiques à chacun des programmes et sont principalement utilisés pour vérifier que la « donnée » est cohérente par rapport à la méthodologie et au contexte, notamment par rapport à l’information « connue ». Associée à ces contrôles nationaux, il peut exister une validation par des experts partenaires du programme que ce soit au niveau régional et/ou national. Ces experts sont en général spécialisés dans une « thématique » ; c’est par exemple le cas des conservatoires botaniques nationaux pour la flore ou de la Fédération des conservatoires d’espace naturel pour certains types d’espace protégé. Enfin, il faut rappeler le rôle important des Conseils Scientifiques Régionaux du Patrimoine Naturel (CSRPN) dans le rôle de « validateur régional » pour plusieurs programmes.Mode de diffusionDans le cadre de l’INPN, l’ensemble de l’information des programmes est diffusé, ce qui devient complexe et pas toujours facile à appréhender.Il a donc été décidé, et cela dès l’origine de l’INPN, de développer une plate-forme web de diffusion avec une consultation la plus conviviale possible. L’interrogation peut ainsi se faire sur le portail web avec deux axes de consultation principaux: par programme ou par des entrées transversales à tous les programmes: espèce, espace, collectivité, habitat… Par ailleurs, les usages étant multiples, il est proposé plusieurs modes d’accès à l’information : consultation portail web, téléchargements, exports, service web (WMS, XML…)Dans le cadre d’un groupe de travail du SINP, le MNHN et les partenaires travaillent en ce moment aux critères de diffusion de données sensibles. L’objectif est ici d’établir une liste d’espèces et d’habitats qui pourrait dont les occurrences pourraient ne pas être diffusées pour cause de menace potentielle liée à cette diffusion. Cela étant, il faut garder en tête que la non diffusion de l’information reste exceptionnelle car aujourd’hui la biodiversité est plus menacée par méconnaissance de leur présence, que l’inverse. Par ailleurs, toute la donnée diffusée dans le cadre de l’INPN est publique ou «assimilée » (pas de restriction de la donnée au-delà de la sensibilité).Enfin, l’équipe de l’INPN travaille avec le GBIF France pour que les données d’occurrence soient diffusées au niveau international et à l’inverse pour que les données concernant le territoire français mais détenues par des institutions étrangères puissent alimenter l’INPN.Problématiques généralesIl n’est pas simple de résumer en quelques phrases toutes la complexité et les problématiques générales de la gestion et la diffusion de la connaissance en biodiversité et géodiversité française. Les quelques points développés ci-après sont donc forcément réducteurs. Nous avons choisi de développer trois points qui nous semblaient emblématiques des « problématiques générales ».Premièrement, la question des échelles de travail et d’agrégation. En effet, les besoins du niveau local ne sont pas forcément ceux du niveau national ou international. Pour illustrer ce propos, nous pouvons utiliser le cas du référentiel taxonomique national. Il existe par exemple des besoins différents concernant la fréquence ou la priorité des mises à jour. Cela peut concerner également l’échelle de restitution cartographique des programmes espaces : des besoins locaux peuvent nécessiter des cartographies à grande échelle, par exemple au 1/5000ème, alors qu’au niveau national, une cartographie au 1/25000ème est souvent préconisée pour des questions de mise en œuvre et de cohérence nationale. Ce grand écart « méthodologique » est trop souvent réglé par un compromis ou par les principes de réalité sans discussion fondamentale. Par ailleurs, les contextes métropolitains et ultras-marins sont très différents et maintenir les mêmes méthodes est parfois difficile bien qu’utile pour assurer une cohérence nationale.Enfin, en multipliant les acteurs à différents niveaux, le risque d’une variabilité d’application des méthodologies ou d’états d’avancement est trop souvent rencontré. Une autre problématique est d’ordre « technique ». En effet, dans la mise en œuvre des échanges de données, il apparait bon nombre de situation théoriquement non identifiées. Par exemple, la multitude des acteurs5 implique qu’ils n’ont pas tous la même technicité et les mêmes approches, ce qui pose des problèmes importants pour échanger des données en respectant des standards établis. Cela nous conduit à beaucoup de dialogue au coup par coup, ce qui implique une gestion longue et pas toujours cohérente avec les prévisions. Pour autant, nous avons souvent remarqué à posteriori que nous ne réussissons pas toujours à identifier les problèmes de fond. Et, comme cela a été indiqué précédemment, cela nous conduit à augmenter la standardisation de l’information, ce qui a pour conséquence de réduire sa richesse et sa variabilité. Important dilemme !Enfin, la société s’étant emparé de la problématique « biodiversité », notamment depuis le Grenelle de l’environnement de 2007, il est aujourd’hui difficile de bien connaître les attentes concernant la diffusion de la connaissance en biodiversité. En effet, au-delà de la sphère des partenaires et des acteurs proches, nous connaissons « mal » les autres acteurs et donc leurs besoins et usages d’information en biodiversité. Pour avancer sur ce point, nous avons mis en place un comité d’orientation de l’INPN en 2011 qui a pour objectif de nous conseiller sur les grands axes de développement de nos programmes. Par ailleurs, l’INPN étant visité mensuellement par plus de 100 000 visiteurs, nous travaillons en 2013 avec le CNRS, dans le cadre d’un stage de Master 2, pour mieux connaitre les usages et les besoins sur les données environnementales. Les premiers résultats de ce travail devraient nous permettre de mieux prendre en compte les multiples attentes de la société sur la diffusion de la connaissance !Pour terminer, il est important de noter que l’amélioration qualitative et quantitative de la production, la gestion et la diffusion de la donnée biodiversité en France est importante même si les objectifs étant «immenses, il est difficile d’estimer la « complétude » actuelle. Les acteurs de la connaissance en biodiversité travaillent aujourd’hui de façon plus partenariale et les collaborations entre les différents réseaux historiquement séparés, notamment les gestionnaires et les chercheurs, n’ont jamais été aussi riches.