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Établi par le Ministère français des Affaires étrangères le 12 mai 1995, l’IFAS-Recherche a été fondé pour répondre à la volonté de la France de prendre part à la construction de la nouvelle Afrique du Sud dans le domaine de la recherche en sciences humaines et sociales. La compétence régionale de l’Institut sur l’ensemble de l’Afrique australe l’amène à développer des projets transversaux sur les pays de la zone ainsi que des partenariats avec d’autres Instituts aussi bien en Afrique que dans le reste du monde (pour plus de renseignements à ce sujet, consulter le site Internet des Instituts de recherches français à l’étranger). Chaque année, l’IFAS-Recherche offre un soutien à plusieurs chercheurs des centres de recherche français et européens les plus prestigieux sur l’Afrique australe. Sa mission est de promouvoir la constitution d’équipes mixtes de recherche à travers des appels d’offres selon une programmation annuelle. L’IFAS s’emploie à accueillir chercheurs et étudiants français durant leur mission de terrain en Afrique australe et à soutenir les chercheurs d’Afrique australe en mission en Europe.L’Institut a, depuis sa création, mis l'accent sur le thème de la reconstruction des espaces et des identités dans l'Afrique du Sud post-apartheid puis sur le thème de l’observation des indicateurs du changement social et politique, en privilégiant une approche transdisciplinaire. Les anciens programmes portaient par exemple sur la sécurité et la gouvernance dans les villes africaines au sud du Sahara, sur la transformation démocratique dans les pays en développement, et sur la redistribution du foncier dans les régimes constitutionnels, de libération et de post-libération en Afrique australe.