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Actualités des sociétés de rédacteurs et des revues biomédicales : JAMA, The Lancet, BMJ, NEJM, revues électroniques,... ISSN 2429-1528
La médiocrité de Rue89 qui reprend un mauvais billet de blog sans en évaluer la qualité
Nous avons évoqué le mauvais journalisme scientifique de Rue89, contrairement aux autres médias qui contrôlent la qualité des messages. En 2013, Rue89 avait publié un pamphlet 'gratuit' sans argumenter intitulé "Publications académiques : le règne de l'absurde" et les commentaires des ignorants ne font pas avancer la question. Eh bien, le 17 mai 2016, même médiocrité de Rue89 qui publie un billet du blog Affordance par un chercheur en sciences sociales. Le titre a fait le tour de la toile "Je ne publierai plus jamais dans une revue scientifique", et c'est une attaque non argumentée contre les maisons d'éditions. Ce serait trop long de reprendre tous les points en demandant la source des affirmations.
Mon premier conseil à cet homme mal élevé (il a un langage peu digne d'un chercheur) : s'il est exaspéré par les profits de sociétés, qu'il arrête de conduire ou de prendre un moyen de locomotion, car les sociétés pétrolières (et d'autres secteurs de l'économie) sont comme les maisons d'éditions, qu'il n'achète pas Apple ! S'il veut attaquer un système économique, c'est son droit, mais qu'il aille au bout de sa logique, et qu'il réalise que le chiffre d'affaires mondial des maisons d'édition est petit par rapport à d'autres secteurs. Certes, les profits sont élevés, et je comprends que cela puisse attirer des critiques.
Ce blogueur semble ignorer que la plupart des revues scientifiques sont scientifiquement gérées, éditées par des sociétés savantes et donc dans les mains des mêmes chercheurs qui publient. Si les maisons d'édition existent, c'est parce qu'elles apportent un service professionnel de qualité. Nombreux sont les scientifiques qui font de leur mieux pour améliorer le système de publication des recherches, et tous les acteurs se tiennent entre eux. Tous sont de bons professionnels (y compris les maisons d'édition), et tous se rendent compte des dérives du système.. tous ont une responsabilité... J'ai eu des témoignages de chercheurs (hors maison d'éditions) assez ulcérés par ces polémiques gratuites peu argumentées, qui ne servent à rien.
Nous avons beaucoup à faire pour gérer au mieux le passage à l'Open Access... arrêtons les discussions stériles mises sur la place publique. Rue89 devrait s'assurer de ne pas confondre preuves et opinions (qui sont d'ailleurs respectables).
PS : je suis rédacteur adjoint de La Presse Médicale, revue Elsevier.
Rédigé à 05:26 dans Mauvais articles, Open access | Lien permanent
vendredi 03 juin 2016
Et voilà les OpenTrials : tout est ouvert... voici une suggestion pour les essais cliniques
Les mouvements pour la science ouverte sont nombreux, et maintenant le mouvement AllTrials, et d'autres experts proposent des stratégies pour les données des essais cliniques. On veut tout ouvrir ! Est-ce réaliste ? Ce sont Ben Goldacre et Jonhatan Gray qui ont publié des suggestions dans Trials le 8 avril 2016 avec le titre "OpenTrials: towards a collaborative open database of all available information on all clinical trials"
L'idée est ancienne, avec une proposition de 1999 par Altman et Chalmers dans The Lancet. Le titre était ; "How can medical journals help prevent poor medical research? Some opportunities presented by electronic publishing". Nous avons décrit ces efforts en 2014 en résumant des articles sur 'Le fil des publications', dans la même revue 'Trials'.
Cet article de 2016 décrit le début d'un projet "OpenTrials" financé pour mettre ensemble tous les éléments des essais : "With a versatile and expandable data schema, it is initially designed to host and match the following documents and data for each trial: registry entries
links, abstracts, or texts of academic journal papers
portions of regulatory documents describing individual trials
structured data on methods and results extracted by systematic reviewers or other researchers
Clinical Study Reports
additional documents such as blank consent forms, blank case report forms, and protocols"
Toutes les informations sont sur un site dédié, et vous avez une vidéo de 50 min de Ben Goldacre ! J'ai écouté une partie de la vidéo, et ce projet est ambiteux, très ambitieux, mais il pourrait apporter de la transparence dans les essais cliniques.Objectif de la phase 1 du projet : avril 2017. L'advisory board est prestigieux avec des experts compétents, essentiellement anglais et américains (et un australien connu).
Rédigé à 05:31 dans Méthodologie de recherche, Open access | Lien permanent
Open Science : nous y allons vite, poussés par les politiques comme les ministres des sciences et technologies du G7
Du 15 au 17 mai 2016, les ministres des sciences et technologies du G7 se sont réunis au Japon (Tsukuba city). Le communiqué final a 6 points :
. Global Health ‐ Health Care and Science and Technology
Gender and Human Resource Development for STI (science, technology, and innovation)
The Future of the Seas and Oceans
Clean Energy ‐ Developing Innovative Energy Technology
Inclusive Innovation ‐ Mainstreaming Inclusiveness Among Innovation Policies
Open Science ‐ Entering into a New Era for Science
Ce point 6 est une recommandation de plus en faveur de la science ouverte. Voici le début de la partie 6 "Open science enables broad and straightforward accessto and use of the results of publicly funded research (e.g. scholarly publications and resultant data sets) not only for academics, but also the private sector and the general public more broadly"........ "These systems and services offer a new approach to research, creating the possibilities for new scientific developments and increasing the returns from government investment in research. We endorsed this approach and decided to promote open science, taking in to account the particular characteristics of individual research fields."
Les ministres sont sensibilisés à la nécessité de publier en accès libre, et un groupe de travail va continuer la réflexion. La communauté européenne a déjà pris des mesures en faveur de la science ouverte, et les résultats des projets financés par Horizon 2020 doivent être en accès libre.
Science Ouverte, oui nous y serons vite mais quel modèle économique ? Le Gold (doré) quand l'auteur paye à l'acceptation d'un manuscrit par une revue, ou le Green (vert) quand les résultats sont déposés dans des archives ouvertes, supportées par des institutions. Nombreux sont les projets dans le domaine de la science ouverte.
Gold ou Green, ou les deux qui cohabiteront ? Avez-vous une position ? Quelle va être la destinée des revues biomédicales encore sur abonnement ? Vont-elles disparaître ? Quand ? La physique et les math ont choisi le Green, avec arXiv.
Le projet de la loi numérique en discussion en France contient un article 17 ainsi libellé : "Art. L. 533-4. – I. – Lorsqu’un écrit scientifique issu d’une activité de recherche financée au moins pour moitié par des dotations de l’État, des collectivités territoriales ou des établissements publics, par des subventions d’agences de financement nationales ou par des fonds de l’Union européenne est publié dans un périodique paraissant au moins une fois par an, son auteur dispose, même après avoir accordé des droits exclusifs à un éditeur, du droit de mettre à disposition gratuitement dans un format ouvert, par voie numérique, sous réserve de l’accord des éventuels coauteurs, la version finale de son manuscrit acceptée pour publication, dès lors que l’éditeur met lui‑même celle‑ci gratuitement à disposition par voie numérique ou, à défaut, à l’expiration d’un délai courant à compter de la date de la première publication. Ce délai est au maximum de six mois pour une publication dans le domaine des sciences, de la technique et de la médecine et de douze mois dans celui des sciences humaines et sociales."
En Europe aussi, la communauté est en faveur de l'Open Access.
Rédigé à 06:00 dans Open access, Vie et mort des journaux | Lien permanent
Bonne série de 9 articles sur Open Access dans EON, la newsletter de ISMTE
EON (Editorial Office News), la newsletter de ISMTE (International Society of Managing and Technical Editors), a un numéro en accès gratuit (mars 2016) consacré à l'Open Access : intéressant. ISTME, créé en 2007 avec environ 500 membres en 2015, a 2 meetings annuels, l'un en Europe (UK) et l'autre aux USA (côte Est). Il y a 9 articles :
un éditorial présentant le numéro : Open Access in 2016: we are in this together
Open Access: the basics, the benefits and the future : une bonne présentation des licenses 'Creative COmmons', et surtout du 'cascading', process qui se développe de revues qui transfèrent les articles refusés à d'autres revues.... et un pladoyer pour l'Open Access avec les avantages pour les auteurs / lecteurs / la société, etc...
Publication Ethics: A View From an Open Access Publisher : l'auteur est de BioMedCentral et annonce la nouvelle revue sur l'intégrité de la recherche et le peer review ; les premiers articles arrivent bientôt ;
Practical Open Access Tips : l'expérience de la revue American Mineralogist qui est hybride ; 6 % des auteurs payent pour que leur article soit en Open Access, l'APF (Article Processing Fee) étant basé sur la longueur de l'article ; sur leur site, c'est compliqué, mais 250 $ par page...
Open Access: Who Pays : excellente présentation des flux d'argents avec l'Open Access.... ;
Open Access at Ubiquity Press: Low Cost, High Quality : stratégie d'une maison d'édition qui publie plus de 50 revues en OA, des livres, etc.. avec un APC moyen de 300 £ donc bien moins cher qu'ailleurs ; ils expliquent leurs coûts (voir image) ;
Transferring Manuscripts Between Publications in Editorial Manager : belle description du 'cascading' et du 'portable peer review' avec Editorial Manager ;
Open Access in China: Policies and Practices : descriptions parfois à la limite de la bonne pratique.. mais article avec beaucoup de liens (en chinois) à un monde inconnu pour nous, mais les chiffres sont impressionnants ;
Open Access Plays a Vital Role in Developing-Country Research Communication : utile ; HINARI, AGORA, OARE, etc...
Rédigé à 05:52 dans Open access | Lien permanent
Tribune du Monde : il faut publier en ouvert les données de la recherche, d'accord mais des risques existent
Le nouveau modèle économique pour diffuser la science est adopté par la plupart des pays producteurs de science. L'abonnement est obsolète et il les résultats des recherches doivent être d'accès libre. Une tribune du Monde est en accès libre le 6 mars 2016, avec pour titre "Pour une science ouverte". De nombreux signataires prestigieux, avec un message en début d'article : "En tant que chercheurs, nous considérons que les résultats de la recherche scientifique constituent un bien commun qui appartient à tous et qui doit circuler le plus largement possible. A ce titre, nous nous réjouissons du vote de la loi numérique à l’Assemblée nationale le 26 janvier et souhaitons que le Sénat le confirme en approuvant ce texte dans les mêmes termes."Il s'agit aussi d'un plaidoyer pour les archives ouvertes : "Alors que les sciences physiques et les mathématiques ont montré la voie dès 1991 et sont aujourd’hui quasiment en accès ouvert à 100 % grâce à arXiv, nous appelons les autres disciplines à faire de même, en utilisant HAL,infrastructure nationale de dépôt des articles en archives ouvertes, ou l’archive ouverte de leur établissement connectée à HAL."
L'accès ouvert est inévitable, et c'est bien. La disparition de l'abonnement va vite... mais que feront les revues en langue locale non indexées dans des bases internationales ? Où va le modèle économique : les chercheurs payent une APC (Article Processing Charge) aux revues... donc c'est publier à compte d'auteur. Est-ce un danger ? Le premier problème a été l'apparition de milliers de revues prédatrices qui menacent le système des publications. Pour s'en sortir, il faudra éliminer ce système de paiement par les auteurs !
Le problème de fond ne change pas : il faudrait lutter contre l'obésité des curriculum.. car publier des recherches embellies n'arrange personne. Des suggestions, comme celle de R Smith, méritent relecture : les revues actuelles doivent disparaître pour un meilleur système !
vendredi 04 mars 2016
Le modèle économique des revues ne trouve pas ses marques... car payer à compte d'auteurs est bizarre !
Je n'ai jamais évoqué Sci-Hub, ce site russe qui propose des articles piratés (47 millions ?)... et l'article du Monde du 15 février 2016 décrit très bien ce fonctionnement, les procès, puis la réouverture sous un nom peu changé, etc... Les grandes maisons d'éditions sont victimes de vols, portent plainte, gagnent mais les truands sont agiles... Où sont les droits ? En même temps, les internautes partagent des articles sur les réseaux sociaux, et ceci devient assez commun... Parler de Sci-Hub, c'est en partie faire la promotion de ces truands ! Oui, mais le citoyen veut du gratuit, et les institutions poussent vers le gratuit... Est-ce réaliste ?
Le système Open Access change vite pour rendre les articles 'gratuits', les auteurs (ou les labos/institutions) payent pour publier 'à compte d'auteurs'... Cela a des effets très pervers car tout un marché parallèle s'est constitué : revues prédatrices, facteurs d'impact truandés, services de réécriture bidons, etc... voire SOI (Scientific Object Identifier) pour remplacer et gêner le DOI ! Et payer un service, est-ce influencer la décision d'acceptation d'un manuscrit ?
Dans une interview sur ScholarlyKitchen (8 février 2016), J Beall répond à une question :
Esposito: If you could change any one thing in scholarly communications — say, by announcing a policy that everybody would adhere to — what would that one thing be? You are welcome to offer more than one idea.
Beall: Easy: we need to end the system of payments from authors. Author-financed scholarly publishing is corrupting scholarly communication.
D'accord, mais comment le remplacer ? Le modèle ancien sur abonnement ne semble pas être une solution quand le public veut tout et tout gratuit, à tout moment, n'importe où.. Ce mouvement général ne peut être discuté ! Est-ce que les Archives ouvertes seraient une solution ? Pas encore, car les institutions ne savent pas faire le métier des maisons d'éditions... Les modèles eLife, voir PeerJ seraient-ils des voies d'avenir ?
Rédigé à 05:49 dans Open access, Prédateurs, Vie et mort des journaux | Lien permanent
Open Access : les 10 meilleurs billets 2015 de la London School of Economics and Political Science
Le blog de la LSE revient sur les meilleurs billets 2015 sur le thème de l'Open Access. Ces billets concernent des sujets 'chauds' dans le domaine OA ; j'ai 'difficilement' essayé d'appeler quelques billets en résumant en une phrase... donc lisez les billets, sans vous faire une opinion sur une phrase... :
Le succès du réseau Academia.edu (36 millions de visiteurs par mois) peut inquiéter : mettre des articles sur ces réseaux n'est pas toujours éthique et politiquement correct.... ces réseaux peuvent être en compétition avec des sites académiques ouverts ;
En janvier 2015, les arguments pour que les universités hollandaises boycottent Elsevier ; billet très documenté avec de nombreuses données économiques ; difficile de boycotter car les maisons d'éditions apportent des services que les Universités ne peuvent pas offrir ;
Le danger des revues et maisons d'éditions prédatrices.. mal compris par les chercheurs ; les documentalistes devraient aider encore ces chercheurs ; mais définir ces prédateurs est difficile ;
Les chercheurs sont victimes d'un jeu pour la productivité, mais seule la communauté des chercheurs ou leurs institutions pourraient changer les règles ;
Les auteurs de Wikipédia privilégient les références à des journaux en accès gratuit... et ceci s'appliquerait aux revues biomédicales ; les sciences sociales citent plus d'OA (voir ci-dessous) ;
Les principes pour que les Universités mettent en oeuvre l'Open Access (voir photo à gauche) ; billet très bien documenté ;
En sciences sociales, il semblerait que les articles en Open Access soient plus cités pour des raisons économiques (les chercheurs n'ont pas les moyens d'acheter les articles, et les bibliothèques sont pauvres... Est-ce que les universités pourront payer tous les APCs (Article Processing Charges) des chercheurs ? Billet avec beaucoup de données intéressantes.
Si des restrictions budgétaires, et des politiques imprécises poussent à l'Open Access, ce sont des erreurs de la communauté ; l'ouverture des données devrait être au service d'un meilleur avenir !
Ces billets sont des opinions d'experts, souvent bien documentés. Nous voyons que le modèle 'à compte d'auteurs' (ou APCs) est une solution qui engendre des malaises... En fait, il faut changer le système d'évaluation des chercheurs....
Les articles en open access seraient-ils plus cités ? En fait, on n'en sait rien.... et trop de chercheurs se trompent..
Je rencontre parfois des praticiens qui m'affirment que quand un article est en accès libre, il est plus cité... mais je demande toujours la source... et il existe des données contradictoires, certaines anciennes (par ancien, dans ce domaine, c'est 3 à 5 ans). Je ne sais pas quelle est la réponse et je ne saurais pas de si tôt !
D'abord, les articles sont peu cités en général... car la moitié des millions d'articles publiés ne seraient pas cités plus d'une fois (par leur auteur peut-être), .... et les travaux sur la question des citations sont de mauvaise qualité ;
PLOS ONE a publié en octobre 2015 un article sur les citations des recherches du NIH déposées dans PMC (PubMedCentral, une archive ouverte). Le résultat du résumé semble montrer que la politique open access (par PMC) a permis d'augmenter les citations : "A total of 45,716 articles were examined, including 7,960 with NIH-funding. An analysis of the number of times these articles were cited found that NIH-funded 2006 articles in PMC were not cited significantly more than NIH-funded non-PMC articles. However, 2009 NIH funded articles in PMC were cited 26% more than 2009 NIH funded articles not in PMC, 5 years after publication. This result is highly significant even after controlling for journal (as a proxy of article quality and topic)." Trompeur, c'est encore un spin... d'abord ce 26 % est menteur :'Five years after publication, the PMC articles were cumulatively cited 26% more on average than non-PMC articles (29.14 times vs. 23.91 times).' Je ne suis pas seul à avoir refait le calcul, car c'est 21,8 %..... et 29,14 fois en 5 ans veut bien dire 5,8 citations en moyenne par an.... extrapoler sur de petits chiffres est ambitieux !!!!
Un billet sur le blog Scholarly Kitchen remarque plein de biais dans cet article de PLOS ONE : "We should note that just 9% of 2006 NIH-funded papers were deposited in PMC compared to 72% in 2009." puis "An inability to control for confounding effects.", et encore "A dataset contaminated with non-research papers." Ce billet de Scholarly Kitchen est clair "Personally, I’m surprised that the PLOS editor (a leader in bibliometric research) didn’t catch any of these problems. The paper is clearly too methodologically weak to be considered “sound science.”
C'est vrai que PLOS ONE est très très inégal... il y a du mauvais parfois (souvent ?)...
De Groote SL, et al. Examining the impact of the National Institutes of Health public access policy on the citation rates of journal articles. PLoS ONE 2015;10(10): e0139951. doi:10.1371/journal.pone.0139951
Rédigé à 18:00 dans Citations, Open access | Lien permanent
Danger : les revues prédatrices publieront un jour plus d'articles que les revues établies avec comité de lecture !
C'est inquiétant car bientôt 25 % des articles publiés pourraient l'être par des truands, et les chercheurs ne sont pas assez sensibilisés. Cette hypothèse peut être proposée à la lecture d'un article long et détaillé paru dans BMC Medicine le 1 octobre 2015 intitulé : ‘Predatory’ open access: a longitudinal study of article volumes and market characteristics". Cet article a été très commenté, avec quelques remarques assez critiques, suite à une analyse sur RetractionWatch. Le Monde (pascale Santi) a bien analysé ce travail dans un article du 6 octobre 2015 : "Les journaux prédateurs à la manoeuvre". Je cite : Ce phénomène prend de l’ampleur, comme en témoigne l’étude parue jeudi 1 octobre dans la revue BMC Medicine. Pas moins de 420 000 articles ont été publiés sur la Toile par ces « journaux prédateurs » en 2014, soit huit fois plus qu’en 2010 (53 000), dans environ 8 000 titres actifs (11 873 avaient en réalité été repérés, mais 33 % n’étaient pas actifs), alors qu’on n’en comptait que 1 800 en 2010. La majorité (38 %) étaient des articles généraux, suivis par des études en technologie (23 %) et en biomédecine (16 %). Un chiffre à comparer au 1,5 million ­d’articles répertoriés sur le site de données bibliographiques PubMed. Et aux 10 600 journaux que comptait, au premier semestre 2015, l’Annuaire des revues à accès ouvert (DOAJ, ou Directory of Open Access Journals), créé en 2003 par l’université de Lund...
La lecture des 15 pages est passionnante et amène à réfléchir sur ce phénomène :
Bien différencier la liste de Jeffrey Beall qui contient les revues prédatrices à éviter, du DOAJ, qui est le registre de Lund ; ces 2 listes ont toutes deux environ 10 000 revues, sans beaucoup de duplications ; quand vous publiez en Open Access, assurez-vous que la revue est dans le registre de qualité DOAJ ;
Une revue prédatrice publie 50 articles par an en moyenne !! Mais beaucoup ne publient que 1 à 3 articles, et certaines publient beaucoup d'articles... Il semble que 20 maisons prédatrices publient plus de 100 revues, et la moitié sont en Amérique du Nord ;
Il semble que des chercheurs aillent dans les revues prédatrices car c'est rapide, peu cher et que cela remplit les CVs montrés à des jurys peu avertis et qui semblent impressionnés par ces publications ! Grave, mais pas étonnant ! Les auteurs publiant dans des revues prédatrices sont asiatiques (60 %), d'Afrique (16 %), d'Amérique du Nord (9 %) ou d'Europe (9 %),..
L'Amérique Latine ne semble pas trop concernée par ces dérives !
L'APC (Article Processing Charge) serait en moyenne de 178 $ pour les revues prédatrices versus 900 à 1 300 $ pour les revues dites DOAJ
Rédigé à 06:00 dans Open access, Prédateurs | Lien permanent
Open Access Week : déjà la 8ème année et de plus en plus d'évènements en France
Il s'agit d'un mouvement mondial, et dans de nombreux pays, des conférences, ateliers, manifestations en faveur de l'Open Access sont organisées. Sur le site de l'OAWeek, il y a 214 évènements. Tout est sous la supervision de SPARC, réseau mondial de bibliothèques universitaires. En France, il y a un programme important avec des manifestations dans de nombreuses villes et quelques vidéos sur le site. La semaine mondiale commence le 19 octobre 2015, mais la France a déjà proposé des manifestations depuis le 12 octobre.
Plutôt que d'être résistant au mouvement inéluctable de l'Open Access, allez vous former dans ces réunions où les jeunes chercheurs apprennent comment marche ce système. Plus de 50 % de la science publiée est en accès libre actuellement, et ce mouvement augmente progressivement, poussé par les institutions. Est-ce que quand toutes les revues seront en Open Access, avec un modèle économique de type 'publication à compte d'auteurs', le système sera meilleur ?
Journal of Statistical Software : un modèle intéressant avec open access et sans APC (Article Processing Charge)
Le Journal of Statistical Software est un modèle de publication rare, mais assez intéressant : gratuit pour auteurs et lecteurs..... La communauté scientfique semble petite et a créé sa fondation FOAS (Foundation for Open Access Software). Explication succincte mais exacte sur wikipedia.
"As a matter of principle, JSS charges no author fees or subscription fees. Our editors, reviewers, and programmers are volunteers. UCLA Statistics contributes support staff, website maintenance, website hosting, and some graduate student support."
A première vue, c'est plutôt bien. Cela semble marcher, même si le design et l'accès des papiers sont sobres. C'est sûr que l'on peut faire cela avec des coüts maîtrisés. Avec un facteur d'impact supérieur à 4, c'est plutôt bien. Je n'ai pas trouvé le taux d'acceptation des articles. Sur le plan éditorial, c'est spartiate aussi, mais cela convient, avec un comité de rédaction très international.
Je cite les informations intéressantes transmises par un auteur dans cette revue (J Gaudart, Université Aix-Marseille) : "Encore un mot sur la sobriété: il y a obligation d'écrire en latex (qui est open source), ce qui est rare pour des revues bio médicales mais assez classique pour une revue stat/math. Ça peut surprendre quand on n' a pas l' habitude, mais ça simplifie beaucoup ensuite le travail d' édition. Il faut taper directement en latex, sans s' occuper du formatage dans un premier temps. Ensuite, des scripts spécifiques permettent d' appliquer un format préprogrammé par la revue. Oui ça simplifie le travail de la revue, mais, au départ pour ceux qui n' ont pas l' habitude, latex semble un peu ésotérique. Ce langage est très utilisé en math depuis longtemps notamment pour les équations. L' utilisation de latex est enseigné dès la licence dans certaines facultés. C'est un langage d'édition open source et universel qui ne dépend pas des versions (contrairement à Word...)."
Merci à Jean Gaudart auquel je pourrais transmettre vos remarques.
Rédigé à 05:52 dans e-journals, Open access, Vie et mort des journaux | Lien permanent
lundi 17 août 2015
Les chercheurs comprennent de mieux en mieux l'Open Access : sont-ils prêts à publier en payant un APC ?
C'est un communiqué de presse du 13 août 2015 sur le site de STM publishing news qui commente une enquête auprès de 22 000 chercheurs ayant répondu, et faite par le groupe Nature. Voici le résumé comparant les données 2015 et 2014 montrant une évaluation rapide des comportements : "In 2014, 40% of scientists who had not published open access in the last three years said “I am concerned about perceptions of the quality of OA publications.” But this year, only 27% said they were concerned. In the humanities, business and social sciences (HSS), the drop was more marked; from 54% in 2014 to 41% in 2015. Nonetheless, a concern about perceptions of the quality of OA publications is still the leading factor in authors choosing not to publish OA."
Les chercheurs se méfient moins de l'Open Access (OA) et ils ont raison, bien que les revues prédatrices les trompent trop souvent. Toutes les données sources de cette enquête d'avril 2015 sont accessibles sur figshare. Il y a le questionnaire, toutes les données et une synthèse.
Il existe d'excellentes revues en OA qui sont des compétiteurs des revues prestigieuses que nous connaissons.. Je ne peux pas citer les meilleures sans faire d'erreurs, et d'oublis. Il faut avoir une très grande confiance en PLOS Medicine (et autres PLOS de spécialité, excepté PLOS ONE), eLife, PeerJ, F1000Research, et la plupart des revues du groupe BMC (BioMedCentral)... sans oublier que BMJ, Lancet et autres 'anciennes' revues se rapprochent beaucoup du modèle Gold OA (les auteurs payent un APC, Article Processing Charge). Il vaut mieux des chercheurs avertis que des chercheurs ignorants évitant l'OA.
D'autres informations de ce communiqué sont très intéressantes :
Lire la suite "Les chercheurs comprennent de mieux en mieux l'Open Access : sont-ils prêts à publier en payant un APC ?" » Rédigé à 06:08 dans Open access | Lien permanent
mercredi 12 août 2015
Dépôt obligatoire de vos articles dans une archive ouverte si vous avez des financements européens
Le site du CNRS donne accès à d'excellents tutoriels pour expliquer la politique européenne de publications des données de recherche, suite à des projets financés par Horizon 2020. Il y a 7 tutoriels (de 8 à 14 minutes chacun) et j'ai visionné totalement le premier (13 minutes), rapidement les autres : satisfaction car c'est bien fait. Des tutoriels concernent le plan de gestion des données (DMP pour Data management Plan). Bien qu'adaptés à Horizon2020, ces tutoriels sont utiles pour toutes recherches. Les chercheurs ne comprennent pas pourquoi le modèle Gold (l'auteur paye pour être publié) a été privilégié par des financeurs, et comment faire ? Peu savent ce que sont les archives ouvertes. Les chercheurs doivent aussi communiquer leurs données sources... allez voir re3data.org ou bien d'autres registres de données.
Tutoriel 1 : Le libre accès aux résultats de la recherche dans le cadre d’Horizon 2020 - Principes généraux
Tutoriel 2 : DMP - Présentation générale
Tutoriel 3 : DMP - Description des données
Tutoriel 4 : DMP - Standards et métadonnées
Tutoriel 5 : DMP - Partage des données
Tutoriel 6 : DMP - Archivage des données
Tutoriel 7 : Déposer ses données dans un entrepôt
La fin de l'article scientifique tel que nous l'avons connu est proche car les auteurs doivent partager les données sources
Félicitons le Journal of Clinical Epidemiology pour la mise en ligne (juillet 2015) de commentaires courts sur la problématique de mise à disposition des données sources, des codes divers des recherches. La série commence par un court article de Robert West (University College of London) dont le titre est :
Promoting greater transparency and accountability in clinical and behavioural research by routinely disclosing data and statistical commands
Cet article précise les objectifs, dont le premier est de pourvoir détecter les erreurs d'analyse. Toutes ces données sont des annexes électroniques ; il faut essayer de mieux clarifier les questions de propriété des données. Cette position est suivie de commentaires d'experts, dont les titres suffisent en eux-mêmes pour comprendre les positions. Il n'y a pas d'avis opposés à cette proposition, mais des avis signalant toutes les précautions utiles. Tout ceci se fera avec un changement de la fameuse structure IMRaD des articles de recherche. Nombreux sont ceux qui trouvent que les progrès sont lents, et que l'objectif est de diminuer les biais de publication, et de faciliter la réalisation de revues systématiques. Voici les commentaires :
Lex M. Bouter Open data is not enough to realize full transparency
J. André Knottnerus Research data as a global public good
Hylke Koers How do we make it easy and rewarding for researchers to share their data? – a publisher’s perspective
John P.A. Ioannidis Anticipating consequences of sharing raw data and code and of awarding badges for sharing
Robert West The end of scientific papers as we know them?
Larissa Shamseer, Jason Roberts Disclosure of data and statistical commands should accompany completely reported studies
Angela S. Attwood, Marcus R. Munafò Navigating an Open Road
Ben Goldacre, Tracey Brown Fixing flaws in science must be professionalised
Où vont les mégarevues ? Vont-elles décliner ? Est-ce que la compétition sera source de qualité ?
La terminologie de 'mégarevues' s'est d'abord appliquée à PLOS ONE, et ensuite des compétiteurs sont arrivés.. mais les vrais compétiteurs seront lancés en 2015. Le 26 mai 2015, BC Bjork a publié une analyse des mégarevues dans PeerJ : Have the 'mega-journals' reached the limits to growth?
Une mégarevue est une revue qui publie des articles de recherche en accès libres, après peer-review, et correspond à quelques critères : taux d'acceptation entre 50 et 70 %, publication en 3 à 5 mois, utilisation libre des illustrations, et frais supportés par les auteurs (APC pour Article Processing Charge) car l'accès est libre, il n'y a pas de notion d'abonnement. Le droit demandés aux auteurs est d'environ 1200 $ par article accepté. En 2014, la dizaine de mégarevues a publié plus de 35 000 articles. Derrière PLOS ONE, ce sont Scientific Reports (groupe Nature, avec un facteur d'impact de 5,78 en hausse) et BMJ Open qui publient le plus d'articles. Les facteurs d'impact ci-dessus sont ceux de 2013, car PLOS ONE a encore un peu baissé en 2014 (3,23).
D'autres revues auraient dû être dans cette liste, comme Frontiers, et d'autres ont été exclues soit que le peer review ne soit pas clair comme Scientific World Journal de Hindawi, ou qu'ils démarrent seulement, comme Collabra, Heliyon, Science Advances (APC de 3 à 4 000 $, groupe AAAS de Science) et autres.... Collabra peut être dangereux...
La compétition sera intense, mais qui va gagner ? La science ou le business... j'ai mon idée... Rédigé à 05:37 dans Mégarevues, Open access | Lien permanent
lundi 04 mai 2015
La déclaration de guerre des mégarevues : Collabra attaque PLOS ONE (et HELIYON) avec un APC de 875 $, et non pas de 1250 $
Nous attendions l'ouverture de la soumissions des articles pour 2 mégarevues. Vous pouvez soumettre vos manuscrits dès ce mois de mai 2015.
Elsevier a lancé Heliyon avec un modèle proche de PLOS ONE et 1250 $ comme APC (Article Processing Charge). Cet APC est le même que celui de PLOS ONE. University of California a lancé Collabra pour contrer PLOS ONE qui a été créé par Stanford University. Heliyon n'est pas en Californie, mais à Londres. Peu de différences entre ces projets, à part la stratégie économique :
pour l'éditorial, tout article méthodologiquement correct est accepté comme pour PLOS ONE ; sur Collabra, on lit : "The journal’s review process will focus on scientific, methodological and ethical soundness and credibility, and will not focus on more subjective notions of novelty, topicality, or scope." ; sur Hliyon, on lit : " We publish research from all disciplines. If your work is technically sound, it’s welcome." Des taux d'acceptation au dessus de 50 % sont attendus.
à terme, Collabra aura tous les domaines scientifiques comme PLOS ONE, mais début avec 3 domaines : Ecology & Environmental Sciences ; Life & Biomedical Sciences ; Social & Behavioral Sciences. Heliyon vise tous les domaines scientifiques, mais rien d'annoncé en terme de segmentation.
un savoir faire éditorial de bon niveau pour tous, avec adhésion à tous les standards connus, et tous les guides d'éthique ; les presses académiques californiennes ont 120 ans d'ancienneté, et Elsevier est un des leaders de l'édition scientifique.
de nombreux rédacteurs, et les séniors editors ont été nommés ; un appel à reviewer a été ouvert.
La différence tient au fait que pour les articles acceptés, les auteurs de Collabra payeront 875 $ dont 625 $ seront dédiés au fonctionnement éditorial, et 250 $ versés à un fond dédié à aider les auteurs sans ressources, à promouvoir l'Open Access, et éventuellement gratifier des rédacteurs et reviewers. Est-ce que 875 $ vont attirer les auteurs qui soumettent à PLOS ONE ou bientôt à Heliyon et payent 1250 $ ? A voir ! Heliyon sera peut être une revue conseillée par les revues Elsevier lorsqu'elles refusent des articles.
Rédigé à 06:08 dans Mégarevues, Open access, Rédaction des revues, Vie et mort des journaux | Lien permanent
Excellent guide sur la publication de la science ouverte : tout comprendre en 15 pages !
Ce blog comporte de nombreux billets sur l'Open Access, mais ce monde est complexe et je croise beaucoup d'experts qui connaissent mal ces développements. Je cite parfois dans mes interventions quelques réflexions de Peter Suber, Harvard, qui a publié en 2012 (MIT Press) un excellent livre sur l'Open Access : My honest belief from experience in the trenches is that the largest obstacle to OA is misunderstanding.
The largest cause of misunderstanding is lack of familiarity, and the largest cause of unfamiliarity is preoccupation.
Everyone is busy Pour paraître moins ignorant, je vous propose de lire l'excellent livret publié en mars 2015 par F1000Research dont le titre est : "Guide to open science publishing". J'ai préparé des diapos à partir de ce guide. Certains passages sont partiaux et en faveur de l'Open Access, donc restez critiques (par exemple le peer review ouvert pour lequel nous n'avons pas encore de données probantes pour dire que c'est le meilleur système). En moins de 20 pages, des chapitres courts et bien documentés permettent de mieux comprendre :
Lire la suite "Excellent guide sur la publication de la science ouverte : tout comprendre en 15 pages !" » Rédigé à 05:45 dans Open access, Peer review | Lien permanent
La compétition des mégarevues est partie : publiez à compte d'auteurs... c'est plus simple
Le modèle PLOS ONE fait normalement des envieux : monter un business qui en 10 ans a un chiffre d'affaires de plus de 50 millions de dollars attire (avec un profit de presque 10 millions) ! Il s'agit de business car les chercheurs acceptent facilement de payer 1 350 $, voire plus à l'acceptation d'un manuscrit.. et PLOS ONE l'a compris en acceptant 65 à 70 % des soumissions et en créant des subdivisions multiples pour cette mégarevue. Attention PLOS ONE n'est pas PLOS Medicine et autres PLOS.. Je l'ai expliqué en novembre 2014. Qui seront les concurrents ?
Les presses de l''Université de Californie (Oakland) ont annoncé Collabra, une mégarevue avec un APC de 850 § pour les manuscrits acceptés. Donc des voisins de PLOS ONE (Stanford)
Elsevier a annoncé Heliyon, une méga revue avec un APC de 1850 $ par article accepté, comme PLOS ONE. Cest un gros projet avec les ressources diverses de Scopus, ScienceDirect, Mendeley, etc.... Un blog dédié nous tient informé des préparatifs, avec une rédactrice en chef, Claudia Lupp, qui est passée chez Nature...
Nous avons évoqué Frontiers qui a publié 10 000 articles en 2014.. sans publier son chiffre d'affaires, avec un APC de 1900 $
Que prépare Springer ? Ils ont déjà BioMedCentral.. mais ont créé une revue Giga Science.. et que feront Wiley, et Taylor & Francis ???
En fait, cela s'appelle aussi publier à compte d'auteur ? Ce modèle a toujours existé !
Oubliez les termes pre-print, post-print, etc… mais quels jargons pour qualifier les articles scientifiques ?
Le rapport STM 2015 propose les classifications des articles selon leur version. C’est utile car avec les nouveaux modèles de communication (archives ouvertes, revues en open access,..) des versions différentes du même article sont maccessibles en lignes… Les termes pre-print (manuscrit initial de l’auteur, voire manuscrit accepté par une revue), et post-print (manuscrit accepté) doivent être abandonnés (je les utilise encore !). Ces termes sont ambigus et portent à confusion. Par exemple post-print ne réfère pas à une version imprimée.
Quels termes utiliser ? Ceux de NISO (National Information Standards Organization 2008) qui sont : AO pour author’s original ; SMUR pour submitted manuscript under review ; AM pour accepted manuscript ; P pour proof ; VoR pour version of record ; CVoR pour corrected version of record ; EVoR pour enhanced version of record. Je ne suis pas convaincu que ces propositions ISO soient très pragmatiques.
STM, la société savante qui fédère 120 maisons d’éditions privées et académiques de 21 pays, propose aux institutions 3 classes : Stage 1 (the author’s original manuscript) ; Stage 2 (the accepted manuscript) ; Stage 3 (the final paper – any of the versions of record).
Ce débat n’est pas terminé car les chercheurs déposent des versions des manuscripts sur des sites institutionnels, sur des archives ouvertes (green open access), voire sur des sites personnels. Certaines revues, de type PeerJ ou dans des domaines comme la géologie, déposent les versions d’auteurs pour discussion avant décision éditoriale d’accepter ou refuser…. Donc un article a plusieurs versions disponibles, donc archivables, voire citables !
Le modèle F1000Research est encore différent car les versions de l’article évoluent, même après publication….
Rédigé à 05:17 dans Archives, e-journals, Open access | Lien permanent
mardi 24 mars 2015
Les définitions du peer-review ouvert varient, et les revues totalement transparentes sont rares
Le peer-review est ouvert quand les auteurs et les relecteurs signent leurs avis, et parfois quand les noms des relecteurs sont publiés avec l’article. Mais les variations sont nombreuses : un article est en cours de révision chez F1000Research (mars 2015) avec l’objectif de définir le peer-review ouvert. Vous pouvez accéder aux commentaires des relecteurs et attendre la version finale, car, au 21 mars 2015, seule la V1 est en ligne.
Les pratiques de 4 revues utilisant l’OPR (Open Peer Review) sont décrites. L’OPR ne semble exister que pour des revues électroniques en open access... pas d’exemple pour des revues anciennes sur abonnement. Emily Ford (Portland) tente de définir l’OPR ainsi : « Any scholarly review mechanism providing disclosure of author and referee identities to one another at any point during the peer review or publication process ». Ensuite, elle décrit le fonctionnement de 4 revues utilisant l’OPR, et les variations sont grandes :
PLOS ONE pratique l’OPR car auteurs et relecteurs connaissent les identités, mais les avis de lecture ne sont pas mis sur le site avec l’article (je suspecte que des articles avec des avis très négatifs sont publiés) ;
Atmospheric Chemistry and Physics (Copernicus Publications) est très ouvert, avec notamment du ‘crowd-sourced discussion’ ; c’est-à-dire que les articles soumis peuvent être commentés par tous lecteurs, en plus des relecteurs sollicités ; nous avons décrit Climate of the Past qui a un fonctionnement semblable ; ils acceptent les ‘pre-prints’ pour discussion ;
PeerJ, dont les premiers articles sont de 2013, très proche du précédent ;
F1000Research, ayant publié en 2012, est probablement le plus ouvert : pour l’article que je commente, nous avons les avis de relecture en ligne et ils sont intéressants ; F1000Research utilise aussi le post-publication peer-review.
Tout ceci est très complexe, et les revues totalement transparentes sont rares. Nous avons expliqué le fonctionnement de revues en OPR du groupe BioMedCentral : j’aime bien consulter les avis des reviewers et les versions successives d’un manuscrit. E Ford qui n’a pas analysé de revue du groupe BMC, ou de Frontiers, donne de nombreux arguments pour défendre l’OPR : éviter les abus des relecteurs, auteurs et relecteurs deviennent responsables et peuvent échanger, augmentation de la qualité des avis (à prouver), meilleure détection des fraudes (à prouver, même si cela était vrai pour Boldt), valoriser le travail du relecteur qui peut le citer, améliorer les discussions scientifiques, raccourcir le process de publication (à prouver). L’argument contre l’OPR existe toujours : les juniors ne peuvent plus critiquer les séniors !
Il faut suivre le devenir de cet article de E Ford qui est toujours en révision (la version du 9 janvier n’est pas encore modifiée) et voir le processus de F1000Research qui est très performant… j’ai lu tous les avis, c’est intéressant.
Ford E. Open peer review at four STEM journals : an observational overview [v1 ; ref status : indexed, http://f1000r.es/4yi] Rédigé à 06:00 dans Open access, Peer review | Lien permanent
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