{"partition": "head_middle", "source_domain": "www.transcriptome.ens.fr", "digest": "sha1:CZPDDHDAZZQ5DCTIQ23VNJDYUVICZN5G", "path": "/lustre/fsn1/projects/rech/qgz/uzq54wg/processed_redpajama/base_processing/output/fr/2016-26/000_00018.parquet"}
/ Accueil / Communications / Formations / 13-17 Décembre 2004 INSTN
13-17 Décembre 2004, Master Paris VII Sciences de la Vie et de la Santé spécialité Génome et Protéines : Travaux Pratiques sur les puces à ADN
Travaux pratiques : protocoles expérimentaux
Travaux dirigés : analyse informatique des images
Travaux dirigés : comparaison de plusieurs expériences
Tous les protocoles expérimentaux décrits et utilisés pendant cette formation sont ceux de la plate-forme transcriptome. Ces protocoles au format HTML et PDF sont disponibles dans la section "protocoles" du site de la plate-forme. Des tutoriaux vidéos sont égalements disponibles.
Travaux dirigés : analyse informatique des images et normalisation
Le logiciel GenePix Pro utilisé pour cette formation est décrit dans la section "outils d'analyse" du site de la plate-forme
Grille d'analyse indiquant l'identification de chaque spot - Fichier au format .GAL (352.7 Kb)
Exemple de fichier de résultat du logiciel GenePix - Fichier au format .GPR (2.5 Mb)
Les outils utilisés pour la normalisation des données sont décrits dans la section "outils d'analyse" du site de la plate-forme
Matrice d'expression utilisée d'après les études de cinétique de la chimère PDR1 - Fichier au format .TXT (619.6 Kb)
Matrice après application du centrage et de la réduction par expérience (Excel) - Fichier au format .TXT (475.4 Kb)
Matrice après gestion des valeurs manquantes et des réplicats (GEPAS) - Fichier au format .TXT (243.5 Kb)
Matrice après filtrage à l'aide de la racine carrée des moyennes (GEPAS) - Fichier au format .TXT (66 Kb)
Liens et références
Site de la publication sur les cibles du facteur de transcription YRR1
Site de la publication de la chimère PDR1 (cinétique d'induction)
VARAN - Site web en ligne de l'outils utilisé pour la normalisation
GEPAS - Site web en ligne de prétraitement et d'analyse des séries d'expériences
Genesis - Logiciel de regroupement
MeV - Logiciel de regroupement
Pour aller plus loin :
Site du cours sur l'analyse statistique des données de puces à ADN de Jacques Van Helden
À lire : Microarray Bioinformatics de Dov Stekel aux éditions Cambridge University Press
Dernière mise à jour : 7/9/2011 - 11:04Pour toutes questions ou commentaires envoyez un courrier électronique au responsable du site