Nexus (format de fichier)
# Nexus (format de fichier)

Le format de fichier extensible NEXUS est largement utilisé en bio-informatique. Ces fichiers stockent des informations concernant les taxons, les caractères morphologiques et moléculaires, les distances, les codes génétiques, les estimations, arbres, etc. Plusieurs programmes phylogénétiques populaires comme PAUP*, MrBayes, Mesquite, MacClade et SplitsTree utilisent ce format. Rajoutons aussi les analyses de délimitation par Poisson Tree Process (arbres produits selon des lois de Poisson).

Suivre ce lien pour un convertisseur de formats d'écriture de distances par paire de bases.

## Syntaxe

Un fichier NEXUS est constitué d'un en-tête fixe #NEXUS suivi de multiples blocs. Chaque bloc commence par BEGIN block_name; et se finit par END;. Les mots-clés sont insensibles à la casse. Les commentaires sont mis entre crochets [...]​.

Il y a quelques noms de blocs prédéfinis pour les types de data les plus communs. Par exemple :

### TAXA block

    Le "TAXA block" contient des informations concernant les taxons.

### DATA block

    Le "DATA block" contient les matrices de data (ex: alignement de séquence).

### TREES block

    Le "TREES block" contient des arbres phylogénétiques décrits en utilisant le format Newick, e.g. ((A,B),C);:

Les exemples suivants utilisent les trois types de blocs ci-dessus :

