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Séquençage très haut débit - Illumina/Solexa
Projets Séquençage réalisés
Recherche / Plates-formes technologiques / Genopole / Plates-formes / PF1 - Génomique
Plate-Forme Génomique (PF1)
Le séquençage des chromosomes demeure le point de départ inévitable de la Génomique. Plusieurs organismes modèles ou agents infectieux sont étudiés parmi les bactéries, champignons et levures. Ainsi la diversité des génomes étudiés et la génomique fonctionnelle permettent de mieux appréhender les mécanismes de virulence et d’envisager de nouvelles approches pour le contrôle des microorganismes bactériens ou fongiques. La Plate-forme Génomique réalise des projets collaboratifs avec différentes équipes de l’Institut Pasteur et du réseau international, essentiellement des projets de séquençage de génomes de microorganismes.
La Génopole de l’Institut Pasteur dispose depuis juillet 2010 d’un séquenceur à très haut débit, un HiSeq 2000 et d'un MiSeq depuis mars 2013 (Illumina). Ces appareils sont utilisés conjointement avec les autres plates-formes de la Genopole : la Plate-forme Transcriptome et Epigénome (PF2) et la Plate-forme de Génotypage des Eucaryotes (PFGE). Le HiSeq 2000 permet la réalisation de projets de re-séquençage de génomes, de séquençage de novo, d’analyse de la méthylation d’ADN, d’analyse du transcriptome, des interactions proteines-acides nucléiques (ChIP-seq), de la capture d'exomes.
La Plate-forme Génomique est rattachée au Département Génomes et Génétique. Exemples de collaboration : Collaboration avec l’Institut Pasteur de Madagascar (2005-2010) sur l’analyse moléculaire de la diversité allélique de gènes de Plasmodium falciparum impliqués dans la résistance aux anti-paludéens.