EC 3.4
# EC 3.4

Le groupe EC3.4 est un groupe d'enzymes appartenant à la famille des hydrolases. Leur rôle est de découper un polypeptide, d'où leur nom générique de peptidases. La réaction chimique qu'elles catalysent est :

où AA1 et AA2 sont deux acides aminés, mais jamais quelconques.

La plupart de ces enzymes sont très spécifiques de l'acide aminé sur lequel portera la coupure. Certaines sont des endopeptidases, c'est-à-dire qu'elles ne vont pouvoir agir que sur des acides aminés se trouvant à l'intérieur d'une chaîne polypeptidique, d'autres sont des exopeptidases, c'est-à-dire qu'elles ne vont agir que sur l'acide aminé N-terminal (aminopeptidases) ou sur l'acide aminé C-terminal (carboxypeptidases). Souvent, les endopeptidases sont spécifiques de certains acides aminés comme la sérine, la cystéine ou l'acide aspartique, simplement à cause de la polarité importante de ces acides aminés.

Certaines peptidases nécessitent dans leur métabolisme la présence d'ions métalliques tels que le cobalt ou le zinc pour pouvoir créer un champ de polarité suffisant pour atteindre les acides aminés à l'intérieur de la protéine. On les nomme en général métalloprotéinases.

Parmi les plus connues, citons la trypsine (EC 3.4.21.4), une endopeptidase qui agit sur l'arginine ou la lysine, la chymotrypsine (EC 3.4.21.1), qui agit sur la tyrosine, le tryptophane, la phénylalanine ou la leucine, la thrombine (EC 3.4.21.5) qui coupe le fibrinogène en deux fibrinopeptides, les cathepsines, la papaïne (EC 3.4.22.2), la bromélaïne (EC 3.4.22.32)...

## Classification des peptidases

Les sous-groupes EC3.4.1 à EC3.4.4 ont été supprimés et les enzymes autrefois répertoriées dans ces groupes réparties dans les groupes nouvellement créés (EC3.4.11 à EC3.4.24). La liste qui suit donne la correspondance entre l'ancienne numérotation et la nouvelle.

* EC 3.4.1.1 → EC 3.4.11.1
* EC 3.4.1.2 → EC 3.4.11.2
* EC 3.4.1.3 → EC 3.4.11.4
* EC 3.4.1.4 → EC 3.4.11.5
* EC 3.4.2.1 → EC 3.4.17.1
* EC 3.4.2.2 → EC 3.4.17.2
* EC 3.4.2.3 → EC 3.4.17.4
* EC 3.4.3.1 → EC 3.4.13.18
* EC 3.4.3.2 → EC 3.4.13.18
* EC 3.4.3.3 → EC 3.4.13.3
* EC 3.4.3.4 → EC 3.4.13.5
* EC 3.4.3.5 → EC 3.4.13.6
* EC 3.4.3.6 → EC 3.4.13.8
* EC 3.4.3.7 → EC 3.4.13.9
* EC 3.4.4.1 → EC 3.4.23.1
* EC 3.4.4.2 → EC 3.4.23.2
* EC 3.4.4.3 → EC 3.4.23.4
* EC 3.4.4.4 → EC 3.4.21.4
* EC 3.4.4.5 → EC 3.4.21.1
* EC 3.4.4.6 → EC 3.4.21.1
* EC 3.4.4.7 → EC 3.4.21.36 et EC 3.4.21.37
* EC 3.4.4.8 → EC 3.4.21.9
* EC 3.4.4.9 → EC 3.4.14.1
* EC 3.4.4.10 → EC 3.4.22.2
* EC 3.4.4.11 → EC 3.4.22.6
* EC 3.4.4.12 → EC 3.4.22.3
* EC 3.4.4.13 → EC 3.4.21.5
* EC 3.4.4.14 → EC 3.4.21.7
* EC 3.4.4.15 → EC 3.4.23.15
* EC 3.4.4.16 → EC 3.4.21.62 à EC 3.4.21.67
* EC 3.4.4.17 → EC 3.4.23.20 à EC 3.4.23.30
* EC 3.4.4.18 → EC 3.4.22.10
* EC 3.4.4.19 → EC 3.4.24.3
* EC 3.4.4.20 → EC 3.4.22.8
* EC 3.4.4.21 → EC 3.4.21.34
* EC 3.4.4.22 → EC 3.4.23.3
* EC 3.4.4.23 → EC 3.4.23.5
* EC 3.4.4.24 → EC 3.4.22.32 et EC 3.4.22.33
* EC 3.4.4.25 : supprimée

### EC 3.4.11 : Aminopeptidases

* EC 3.4.11.1 : leucyl-aminopeptidase
* EC 3.4.11.2 : alanyl-aminopeptidase membranaire
* EC 3.4.11.3 : cystinyl-aminopeptidase
* EC 3.4.11.4 : tripeptide-aminopeptidase
* EC 3.4.11.5 : prolyl-aminopeptidase
* EC 3.4.11.6 : arginyl-aminopeptidase
* EC 3.4.11.7 : glutamyl-aminopeptidase
* EC 3.4.11.8 → EC 3.4.19.3
* EC 3.4.11.9 : Xaa-Pro-aminopeptidase (Xaa = acide aminé protéinogène, Pro = proline)
* EC 3.4.11.10 : leucyl-aminopeptidase bactérienne
* EC 3.4.11.11 : supprimée
* EC 3.4.11.12 : supprimée
* EC 3.4.11.13 : aminopeptidase clostridiale
* EC 3.4.11.14 : alanyl-aminopeptidase cytosolique
* EC 3.4.11.15 : lysyl-aminopeptidase
* EC 3.4.11.16 : Xaa-Trp-aminopeptidase (Xaa = acide aminé protéinogène, Trp = tryptophane)
* EC 3.4.11.17 : tryptophanyl-aminopeptidase
* EC 3.4.11.18 : méthionyl-aminopeptidase
* EC 3.4.11.19 : aminopeptidase D-stéréospécifique
* EC 3.4.11.20 : aminopeptidase Ey
* EC 3.4.11.21 : aspartyl-aminopeptidase
* EC 3.4.11.22 : aminopeptidase I
* EC 3.4.11.23 : aminopeptidase pepB
* EC 3.4.11.24 : aminopeptidase S

### EC 3.4.12

Sous-groupe aujourd'hui disparu. La liste suivante donne la correspondance entre les anciens numéros et les nouveaux.

* EC 3.4.12.1 → EC 3.4.16.1
* EC 3.4.12.2 → EC 3.4.17.1
* EC 3.4.12.3 → EC 3.4.17.2
* EC 3.4.12.4 → EC 3.4.16.2
* EC 3.4.12.5 → EC 3.4.19.10
* EC 3.4.12.6 → EC 3.4.17.8
* EC 3.4.12.7 → EC 3.4.17.3
* EC 3.4.12.8 → EC 3.4.17.4
* EC 3.4.12.9 : supprimée
* EC 3.4.12.10 → EC 3.4.19.9
* EC 3.4.12.11 → EC 3.4.17.6
* EC 3.4.12.12 → EC 3.4.16.1
* EC 3.4.12.13 : supprimée

### EC 3.4.13 : Dipeptidases

* EC 3.4.13.1 → EC 3.4.13.18
* EC 3.4.13.2 → EC 3.4.13.18
* EC 3.4.13.3 : Xaa-His-dipeptidase
* EC 3.4.13.4 : Xaa-Arg-dipeptidase
* EC 3.4.13.5 : Xaa-méthyl-His-dipeptidase
* EC 3.4.13.6 → EC 3.4.11.2
* EC 3.4.13.7 : Glu-Glu-dipeptidase
* EC 3.4.13.8 → EC 3.4.17.21
* EC 3.4.13.9 : Xaa-Pro-dipeptidase
* EC 3.4.13.10 → EC 3.4.19.5
* EC 3.4.13.11 : supprimée (incluse dans EC 3.4.13.18)
* EC 3.4.13.12 : Met-Xaa-dipeptidase
* EC 3.4.13.13 : supprimée (incluse dans EC 3.4.13.3)
* EC 3.4.13.14 : supprimée
* EC 3.4.13.15 : supprimée (incluse dans EC 3.4.13.18)
* EC 3.4.13.16 : supprimée
* EC 3.4.13.17 : dipeptidase non stéréospécifique
* EC 3.4.13.18 : dipeptidase cytosolique non spécifique
* EC 3.4.13.19 : dipeptidase membranaire
* EC 3.4.13.20 : β-Ala-His-dipeptidase
* EC 3.4.13.21 : dipeptidase E
* EC 3.4.13.22 : D-Ala-D-Ala dipeptidase

### EC 3.4.14 : Dipeptidyl-peptidases et tripeptidyl-peptidases

* EC 3.4.14.1 : dipeptidyl-peptidase I
* EC 3.4.14.2 : dipeptidyl-peptidase II
* EC 3.4.14.3 → EC 3.4.19.1
* EC 3.4.14.4 : dipeptidyl-peptidase III
* EC 3.4.14.5 : dipeptidyl-peptidase IV
* EC 3.4.14.6 : dipeptidyl-dipeptidase
* EC 3.4.14.7 : supprimée
* EC 3.4.14.8 → EC 3.4.14.9 et EC 3.4.14.10
* EC 3.4.14.9 : tripeptidyl-peptidase I
* EC 3.4.14.10 : tripeptidyl-peptidase II
* EC 3.4.14.11 : Xaa-Pro-dipeptidyl-peptidase
* EC 3.4.14.12 : prolyltripeptidyl-aminopeptidase

### EC 3.4.15 : Peptidyl-dipeptidases

* EC 3.4.15.1 : peptidyl-dipeptidase A
* EC 3.4.15.2 → EC 3.4.19.2
* EC 3.4.15.3 : supprimée (incluse dans EC 3.4.15.5)
* EC 3.4.15.4 : peptidyl-dipeptidase B
* EC 3.4.15.5 : peptidyl-dipeptidase Dcp
* EC 3.4.15.6 : cyanophycinase

### EC 3.4.16 : Carboxypeptidases de type sérine

* EC 3.4.16.1 : supprimée (incluse dans EC 3.4.16.5 et EC 3.4.16.6)
* EC 3.4.16.2 : Pro-Xaa-carboxypeptidase lysosomale
* EC 3.4.16.3 : supprimée (incluse dans EC 3.4.16.5)
* EC 3.4.16.4 : D-Ala-D-Ala carboxypeptidase de type sérine
* EC 3.4.16.5 : carboxypeptidase C
* EC 3.4.16.6 : carboxypeptidase D

### EC 3.4.17 : Métallocarboxypeptidases

* EC 3.4.17.1 : carboxypeptidase A
* EC 3.4.17.2 : carboxypeptidase B
* EC 3.4.17.3 : lysine-carboxypeptidase
* EC 3.4.17.4 : Gly-Xaa-carboxypeptidase
* EC 3.4.17.5 : supprimée
* EC 3.4.17.6 : alanine-carboxypeptidase
* EC 3.4.17.7 → EC 3.4.19.10
* EC 3.4.17.8 : muramoylpentapeptide-carboxypeptidase
* EC 3.4.17.9 : supprimée (incluse dans EC 3.4.17.4)
* EC 3.4.17.10 : carboxypeptidase E
* EC 3.4.17.11 : glutamate-carboxypeptidase
* EC 3.4.17.12 : carboxypeptidase M
* EC 3.4.17.13 : muramoyltétrapeptide-carboxypeptidase
* EC 3.4.17.14 : zinc-D-Ala-D-Ala-carboxypeptidase
* EC 3.4.17.15 : carboxypeptidase A2
* EC 3.4.17.16 : Pro-Xaa-carboxypeptidase membranaire
* EC 3.4.17.17 : tubulinyl-Tyr-carboxypeptidase
* EC 3.4.17.18 : carboxypeptidase T
* EC 3.4.17.19 : carboxypeptidase Taq
* EC 3.4.17.20 : carboxypeptidase U
* EC 3.4.17.21 : glutamate-carboxypeptidase II
* EC 3.4.17.22 : métallocarboxypeptidase D
* EC 3.4.17.23 : angiotensine-enzyme de conversion 2

### EC 3.4.18 : Carboxypeptidases de type cystéine

* EC 3.4.18.1 : cathepsine X

### EC 3.4.19 : Oméga-peptidases (enzymes coupant au niveau du dernier acide aminé d'une chaîne peptidique)

* EC 3.4.19.1 : acylaminoacyl-peptidase
* EC 3.4.19.2 : peptidyl-glycinamidase
* EC 3.4.19.3 : pyroglutamyl-peptidase I
* EC 3.4.19.4 : supprimée
* EC 3.4.19.5 : β-aspartyl-peptidase
* EC 3.4.19.6 : pyroglutamyl-peptidase II
* EC 3.4.19.7 : N-formylméthionyl-peptidase
* EC 3.4.19.8 → EC 3.4.17.21
* EC 3.4.19.9 : γ-glutamyl-hydrolase
* EC 3.4.19.10 → EC 3.5.1.28
* EC 3.4.19.11 : γ-D-glutamyl-méso-diaminopimélate-peptidase I
* EC 3.4.19.12 : ubiquitinyl-hydrolase 1

### EC 3.4.21 : Sérine-endopeptidases

* EC 3.4.21.1 : chymotrypsine
* EC 3.4.21.2 : chymotrypsine C
* EC 3.4.21.3 : métridine
* EC 3.4.21.4 : trypsine
* EC 3.4.21.5 : thrombine
* EC 3.4.21.6 : facteur de coagulation Xa
* EC 3.4.21.7 : plasmine
* EC 3.4.21.8 → EC 3.4.21.34 et EC 3.4.21.35
* EC 3.4.21.9 : entéropeptidase
* EC 3.4.21.10 : acrosine
* EC 3.4.21.11 → EC 3.4.21.36 et EC 3.4.21.37
* EC 3.4.21.12 : endopeptidase α-lytique
* EC 3.4.21.13 → EC 3.4.16.1
* EC 3.4.21.14 → EC 3.4.21.62 à EC 3.4.21.65, et EC 3.4.21.67
* EC 3.4.21.15 → EC 3.4.21.63
* EC 3.4.21.16 : supprimée
* EC 3.4.21.17 : supprimée
* EC 3.4.21.18 : supprimée
* EC 3.4.21.19 : glutamyl-endopeptidase
* EC 3.4.21.20 : cathepsine G
* EC 3.4.21.21 : facteur de coagulation VIIa
* EC 3.4.21.22 : facteur de coagulation IXa
* EC 3.4.21.23 : supprimée
* EC 3.4.21.24 : supprimée
* EC 3.4.21.25 : cucumisine
* EC 3.4.21.26 : prolyl-oligopeptidase
* EC 3.4.21.27 : facteur de coagulation XIa
* EC 3.4.21.28 : supprimée (incluse dans EC 3.4.21.74)
* EC 3.4.21.29 : supprimée (incluse dans EC 3.4.21.74)
* EC 3.4.21.30 : supprimée (incluse dans EC 3.4.21.74)
* EC 3.4.21.31 → EC 3.4.21.68 et EC 3.4.21.73
* EC 3.4.21.32 : brachyurine
* EC 3.4.21.33 : supprimée
* EC 3.4.21.34 : kallikréine plasmatique
* EC 3.4.21.35 : kallikréine tissulaire
* EC 3.4.21.36 : élastase pancréatique
* EC 3.4.21.37 : élastase leucocytaire
* EC 3.4.21.38 : facteur de coagulation XIIa
* EC 3.4.21.39 : chymase
* EC 3.4.21.40 : supprimée
* EC 3.4.21.41 : sous-composant C du complément
* EC 3.4.21.42 : sous-composant C du complément
* EC 3.4.21.43 : classical-complement-pathway C3/C5 convertase
* EC 3.4.21.44 : supprimée (incluse dans EC 3.4.21.43)
* EC 3.4.21.45 : facteur I du complément
* EC 3.4.21.46 : facteur D du complément
* EC 3.4.21.47 : alternative-complement-pathway C3/C5 convertase
* EC 3.4.21.48 : cérévisine
* EC 3.4.21.49 : hypodermine C
* EC 3.4.21.50 : lysyl-endopeptidase
* EC 3.4.21.51 : supprimée
* EC 3.4.21.52 : supprimée
* EC 3.4.21.53 : endopeptidase La
* EC 3.4.21.54 : γ-rénine
* EC 3.4.21.55 : vénombine AB
* EC 3.4.21.56 : supprimée
* EC 3.4.21.57 : leucyl-endopeptidase
* EC 3.4.21.58 : supprimée
* EC 3.4.21.59 : tryptase
* EC 3.4.21.60 : scutélarine
* EC 3.4.21.61 : kexine
* EC 3.4.21.62 : subtilisine
* EC 3.4.21.63 : oryzine
* EC 3.4.21.64 : peptidase K
* EC 3.4.21.65 : thermomycoline
* EC 3.4.21.66 : thermitase
* EC 3.4.21.67 : endopeptidase So
* EC 3.4.21.68 : activateur du t-plasminogène
* EC 3.4.21.69 : protéine C (activée)
* EC 3.4.21.70 : endopeptidase E pancréatique
* EC 3.4.21.71 : élastase II pancréatique
* EC 3.4.21.72 : sérine-endopeptidase IgA-spécifique
* EC 3.4.21.73 : activateur du u-plasminogène
* EC 3.4.21.74 : vénombine A
* EC 3.4.21.75 : furine
* EC 3.4.21.76 : myéloblastine
* EC 3.4.21.77 : séménogélase
* EC 3.4.21.78 : granzyme A
* EC 3.4.21.79 : granzyme B
* EC 3.4.21.80 : streptogrisine A
* EC 3.4.21.81 : streptogrisine B
* EC 3.4.21.82 : glutamyl-endopeptidase II
* EC 3.4.21.83 : oligopeptidase B
* EC 3.4.21.84 : limulus clotting factor
* EC 3.4.21.85 : limulus clotting factor
* EC 3.4.21.86 : limulus clotting enzyme
* EC 3.4.21.87 → EC 3.4.23.49
* EC 3.4.21.88 : répresseur LexA
* EC 3.4.21.89 : peptidase I signal
* EC 3.4.21.90 : togavirine
* EC 3.4.21.91 : flavivirine
* EC 3.4.21.92 : endopeptidase Clp
* EC 3.4.21.93 : proprotéine-convertase 1
* EC 3.4.21.94 : proprotéine-convertase 2
* EC 3.4.21.95 : activateur du facteur V de venin de serpent
* EC 3.4.21.96 : lactocépine
* EC 3.4.21.97 : assembline
* EC 3.4.21.98 : hépacivirine
* EC 3.4.21.99 : spermosine
* EC 3.4.21.100 : sédolisine
* EC 3.4.21.101 : xanthomonalisine
* EC 3.4.21.102 : peptidase agissant sur le C-terminal
* EC 3.4.21.103 : physarolisine
* EC 3.4.21.104 : mannan-binding lectin-associated serine protease-2
* EC 3.4.21.105 : rhomboïde-protéase
* EC 3.4.21.106 : hepsine
* EC 3.4.21.107 : peptidase Do
* EC 3.4.21.108 : HtrA2 peptidase
* EC 3.4.21.109 : matriptase
* EC 3.4.21.110 : C5a peptidase
* EC 3.4.21.111 : aqualysine 1
* EC 3.4.21.112 : site-1 protéase
* EC 3.4.21.113 : pestivirus NS3 polyprotéine peptidase
* EC 3.4.21.114 : artérivirus chevalin sérine-peptidase
* EC 3.4.21.115 : peptidase du birnavirus Vp4 de la nécrose pancréatique infectieuse
* EC 3.4.21.116 : SpoIVB peptidase
* EC 3.4.21.117 : enzyme chymotryptique du stratum corneum
* EC 3.4.21.118 : kallikréine 8
* EC 3.4.21.119 : kallikréine 13
* EC 3.4.21.120 : oviductine

### EC 3.4.22 : Cystéine-endopeptidases

* EC 3.4.22.1 : cathepsine B
* EC 3.4.22.2 : papaïne
* EC 3.4.22.3 : ficaïne
* EC 3.4.22.4 → EC 3.4.22.32 et EC 3.4.22.33
* EC 3.4.22.5 → EC 3.4.22.33
* EC 3.4.22.6 : chymopapaïne
* EC 3.4.22.7 : asclépaïne
* EC 3.4.22.8 : clostripaïne
* EC 3.4.22.9 → EC 3.4.21.48
* EC 3.4.22.10 : streptopaïne
* EC 3.4.22.11 → EC 3.4.24.56
* EC 3.4.22.12 → EC 3.4.19.9
* EC 3.4.22.13 : supprimée
* EC 3.4.22.14 : actinidaïne
* EC 3.4.22.15 : cathepsine L
* EC 3.4.22.16 : cathepsine H
* EC 3.4.22.17 → EC 3.4.22.52 et EC 3.4.22.53
* EC 3.4.22.18 : supprimée (incluse dans EC 3.4.21.26)
* EC 3.4.22.19 : supprimée (incluse dans EC 3.4.24.15)
* EC 3.4.22.20 : supprimée
* EC 3.4.22.21 : supprimée (incluse dans EC 3.4.99.46)
* EC 3.4.22.22 → EC 3.4.24.37
* EC 3.4.22.23 : supprimée (incluse dans EC 3.4.21.61)
* EC 3.4.22.24 : cathepsine T
* EC 3.4.22.25 : glycyl-endopeptidase
* EC 3.4.22.26 : cancer procoagulant
* EC 3.4.22.27 : cathepsine S
* EC 3.4.22.28 : picornaïne 3C
* EC 3.4.22.29 : picornaïne 2A
* EC 3.4.22.30 : caricaïne
* EC 3.4.22.31 : ananaïne
* EC 3.4.22.32 : bromélaïne (de la tige d'ananas)
* EC 3.4.22.33 : bromélaïne (du fruit)
* EC 3.4.22.34 : légumaïne
* EC 3.4.22.35 : histolysaïne
* EC 3.4.22.36 : caspase 1
* EC 3.4.22.37 : gingipaïne R
* EC 3.4.22.38 : cathepsine K
* EC 3.4.22.39 : adénaïne
* EC 3.4.22.40 : bléomycine-hydrolase
* EC 3.4.22.41 : cathepsine F
* EC 3.4.22.42 : cathepsine O
* EC 3.4.22.43 : cathepsine V
* EC 3.4.22.44 : nuclear-inclusion-a endopeptidase
* EC 3.4.22.45 : helper-component proteinase
* EC 3.4.22.46 : L-peptidase
* EC 3.4.22.47 : gingipaïne K
* EC 3.4.22.48 : staphopaïne
* EC 3.4.22.49 : séparase
* EC 3.4.22.50 : V-cath endopeptidase
* EC 3.4.22.51 : cruzipaïne
* EC 3.4.22.52 : calpaïne-1
* EC 3.4.22.53 : calpaïne-2
* EC 3.4.22.54 : calpaïne-3
* EC 3.4.22.55 : caspase 2
* EC 3.4.22.56 : caspase 3
* EC 3.4.22.57 : caspase 4
* EC 3.4.22.58 : caspase 5
* EC 3.4.22.59 : caspase 6
* EC 3.4.22.60 : caspase 7
* EC 3.4.22.61 : caspase 8
* EC 3.4.22.62 : caspase 9
* EC 3.4.22.63 : caspase 10
* EC 3.4.22.64 : caspase 11
* EC 3.4.22.65 : peptidase 1 (de mite)
* EC 3.4.22.66 : calicivirine
* EC 3.4.22.67 : zingipaïne
* EC 3.4.22.68 : Ulp1 peptidase
* EC 3.4.22.69 : protéinase principale du coronavirus SARS
* EC 3.4.22.70 : sortase A
* EC 3.4.22.71 : sortase B

### EC 3.4.23 : Aspartate-endopeptidases

* EC 3.4.23.1 : pepsine A
* EC 3.4.23.2 : pepsine B
* EC 3.4.23.3 : gastricsine
* EC 3.4.23.4 : chymosine
* EC 3.4.23.5 : cathepsine D
* EC 3.4.23.6 → EC 3.4.23.18 à EC 3.4.23.28, et EC 3.4.23.30
* EC 3.4.23.7 → EC 3.4.24.20
* EC 3.4.23.8 → EC 3.4.24.25
* EC 3.4.23.9 → EC 3.4.24.21
* EC 3.4.23.10 → EC 3.4.24.22
* EC 3.4.23.11 : supprimée
* EC 3.4.23.12 : népenthésine
* EC 3.4.23.13 : supprimée
* EC 3.4.23.14 : supprimée
* EC 3.4.23.15 : rénine
* EC 3.4.23.16 : rétropepsine de HIV-1
* EC 3.4.23.17 : enzyme de conversion de la pro-opiomélanocortine
* EC 3.4.23.18 : aspergillopepsine I
* EC 3.4.23.19 : aspergillopepsine II
* EC 3.4.23.20 : pénicillopepsine
* EC 3.4.23.21 : rhizopuspepsine
* EC 3.4.23.22 : endothiapepsine
* EC 3.4.23.23 : mucorpepsine
* EC 3.4.23.24 : candidapepsine
* EC 3.4.23.25 : saccharopepsine
* EC 3.4.23.26 : rhodotorulapepsine
* EC 3.4.23.27 → EC 3.4.21.103
* EC 3.4.23.28 : acrocylindropepsine
* EC 3.4.23.29 : polyporopepsine
* EC 3.4.23.30 : pycnoporopepsine
* EC 3.4.23.31 : scytalidopepsine A
* EC 3.4.23.32 : scytalidopepsine B
* EC 3.4.23.33 → EC 3.4.21.101
* EC 3.4.23.34 : cathepsine E
* EC 3.4.23.35 : barrierpepsine
* EC 3.4.23.36 : peptidase II signal
* EC 3.4.23.37 → EC 3.4.21.100
* EC 3.4.23.38 : plasmepsine I
* EC 3.4.23.39 : plasmepsine II
* EC 3.4.23.40 : phytepsine
* EC 3.4.23.41 : yapsine 1
* EC 3.4.23.42 : thermopsine
* EC 3.4.23.43 : prépiline-peptidase
* EC 3.4.23.44 : endopeptidase de nodavirus
* EC 3.4.23.45 : mémapsine 1
* EC 3.4.23.46 : mémapsine 2
* EC 3.4.23.47 : rétropepsine de HIV-2
* EC 3.4.23.48 : activateur Pla du plasminogène
* EC 3.4.23.49 : omptine
* EC 3.4.23.50 : endopeptidase du rétrovirus humain endogène K
* EC 3.4.23.51 : HycI peptidase

### EC 3.4.24 : Métalloendopeptidases

* EC 3.4.24.1 : atrolysine A
* EC 3.4.24.2 : supprimée
* EC 3.4.24.3 : collagénase microbienne
* EC 3.4.24.4 → EC 3.4.24.25 à EC 3.4.24.32, EC 3.4.24.39 et EC 3.4.24.40
* EC 3.4.24.5 → EC 3.4.22.17 et EC 3.4.25.1
* EC 3.4.24.6 : leucolysine
* EC 3.4.24.7 : collagénase interstitielle
* EC 3.4.24.8 : supprimée (incluse dans EC 3.4.24.3)
* EC 3.4.24.9 : supprimée
* EC 3.4.24.10 : supprimée
* EC 3.4.24.11 : néprilysine
* EC 3.4.24.12 : envélysine
* EC 3.4.24.13 : métalloendopeptidase IgA-spécifique
* EC 3.4.24.14 : procollagène N-endopeptidase
* EC 3.4.24.15 : thimet oligopeptidase
* EC 3.4.24.16 : neurolysine
* EC 3.4.24.17 : stromélysine 1
* EC 3.4.24.18 : méprine A
* EC 3.4.24.19 : procollagène C-endopeptidase
* EC 3.4.24.20 : peptidyl-Lys métalloendopeptidase
* EC 3.4.24.21 : astacine
* EC 3.4.24.22 : stromélysine 2
* EC 3.4.24.23 : matrilysine
* EC 3.4.24.24 : gélatinase A
* EC 3.4.24.25 : vibriolysine
* EC 3.4.24.26 : pseudolysine
* EC 3.4.24.27 : thermolysine
* EC 3.4.24.28 : bacillolysine
* EC 3.4.24.29 : auréolysine
* EC 3.4.24.30 : coccolysine
* EC 3.4.24.31 : mycolysine
* EC 3.4.24.32 : métalloendopeptidase β-lytique
* EC 3.4.24.33 : peptidyl-Asp-métalloendopeptidase
* EC 3.4.24.34 : collagénase neutrophile
* EC 3.4.24.35 : gélatinase B
* EC 3.4.24.36 : leishmanolysine
* EC 3.4.24.37 : saccharolysine
* EC 3.4.24.38 : gamétolysine
* EC 3.4.24.39 : deutérolysine
* EC 3.4.24.40 : serralysine
* EC 3.4.24.41 : atrolysine B
* EC 3.4.24.42 : atrolysine C
* EC 3.4.24.43 : atroxase
* EC 3.4.24.44 : atrolysine E
* EC 3.4.24.45 : atrolysine F
* EC 3.4.24.46 : adamalysine
* EC 3.4.24.47 : horrilysine
* EC 3.4.24.48 : ruberlysine
* EC 3.4.24.49 : bothropasine
* EC 3.4.24.50 : bothrolysine
* EC 3.4.24.51 : ophiolysine
* EC 3.4.24.52 : trimérélysine I
* EC 3.4.24.53 : trimérélysine II
* EC 3.4.24.54 : mucrolysine
* EC 3.4.24.55 : pitrilysine
* EC 3.4.24.56 : insulysine
* EC 3.4.24.57 : O-sialoglycoprotéine-endopeptidase
* EC 3.4.24.58 : russellysine
* EC 3.4.24.59 : peptidase mitochondriale intermédiaire
* EC 3.4.24.60 : dactylysine
* EC 3.4.24.61 : nardilysine
* EC 3.4.24.62 : magnolysine
* EC 3.4.24.63 : méprine B
* EC 3.4.24.64 : peptidase à action mitochonfriale
* EC 3.4.24.65 : élastase de macrophage
* EC 3.4.24.66 : choriolysine L
* EC 3.4.24.67 : choriolysine H
* EC 3.4.24.68 : tentoxilysine
* EC 3.4.24.69 : bontoxilysine
* EC 3.4.24.70 : oligopeptidase A
* EC 3.4.24.71 : endothelin-converting enzyme
* EC 3.4.24.72 : fibrolase
* EC 3.4.24.73 : jararhagine
* EC 3.4.24.74 : fragilysine
* EC 3.4.24.75 : lysostaphine
* EC 3.4.24.76 : flavastacine
* EC 3.4.24.77 : snapalysine
* EC 3.4.24.78 : gpr endopeptidase
* EC 3.4.24.79 : pappalysine-1
* EC 3.4.24.80 : membrane-type matrix metalloproteinase-1
* EC 3.4.24.81 : ADAM10 endopeptidase
* EC 3.4.24.82 : ADAMTS-4 endopeptidase
* EC 3.4.24.83 : endopeptidase du facteur létal de l'anthrax
* EC 3.4.24.84 : Ste24 endopeptidase
* EC 3.4.24.85 : S2P endopeptidase
* EC 3.4.24.86 : ADAM 17 endopeptidase
* EC 3.4.24.87 : ADAMTS13 endopeptidase

### EC 3.4.25 : Thréonine-endopeptidases

* EC 3.4.25.1 : complexe protéasome-endopeptidase
* EC 3.4.25.2 : HslU—HslV peptidase

### EC 3.4.99 : Endopeptidases dont le mécanisme d'action est inconnu

Dans ce sous-groupe sont placées les enzymes dont on ne connaît pas encore le mécanisme d'action. Dès que celui-ci est connu, l'enzyme est reclassée. La liste ci-après donne la nouvelle nomenclature donnée aux enzymes en attente. Actuellement, cette liste ne contient aucune enzyme en attente.

* EC 3.4.99.1 → EC 3.4.23.28
* EC 3.4.99.2 : supprimée
* EC 3.4.99.3 : supprimée
* EC 3.4.99.4 → EC 3.4.23.12
* EC 3.4.99.5 → EC 3.4.24.3
* EC 3.4.99.6 → EC 3.4.24.21
* EC 3.4.99.7 : supprimée
* EC 3.4.99.8 : supprimée
* EC 3.4.99.9 : supprimée
* EC 3.4.99.10 → EC 3.4.24.56
* EC 3.4.99.11 : supprimée
* EC 3.4.99.12 : supprimée
* EC 3.4.99.13 → EC 3.4.24.32
* EC 3.4.99.14 : supprimée
* EC 3.4.99.15 : supprimée
* EC 3.4.99.16 : supprimée
* EC 3.4.99.17 : supprimée
* EC 3.4.99.18 : supprimée
* EC 3.4.99.19 → EC 3.4.23.15
* EC 3.4.99.20 : supprimée
* EC 3.4.99.21 : supprimée
* EC 3.4.99.22 → EC 3.4.24.29
* EC 3.4.99.23 : supprimée
* EC 3.4.99.24 : supprimée
* EC 3.4.99.25 : supprimée (incluse dans EC 3.4.23.21)
* EC 3.4.99.26 → EC 3.4.24.73 et EC 3.4.21.68
* EC 3.4.99.27 : supprimée
* EC 3.4.99.28 → EC 3.4.21.60
* EC 3.4.99.29 : supprimée
* EC 3.4.99.30 : supprimée (incluse dans EC 3.4.24.20)
* EC 3.4.99.31 : supprimée (incluse dans EC 3.4.24.15)
* EC 3.4.99.32 → EC 3.4.24.20
* EC 3.4.99.33 : supprimée
* EC 3.4.99.34 : supprimée
* EC 3.4.99.35 → EC 3.4.23.36
* EC 3.4.99.36 → EC 3.4.21.89
* EC 3.4.99.37 : supprimée
* EC 3.4.99.38 → EC 3.4.23.17
* EC 3.4.99.39 : supprimée
* EC 3.4.99.40 : supprimée
* EC 3.4.99.41 → EC 3.4.24.64
* EC 3.4.99.42 : supprimée
* EC 3.4.99.43 → EC 3.4.23.42
* EC 3.4.99.44 → EC 3.4.24.55
* EC 3.4.99.45 → EC 3.4.24.56
* EC 3.4.99.46 → EC 3.4.25.1
