BatCoV RaTG13
# BatCoV RaTG13

Le Coronavirus de chauve-souris RaTG13 lié au SRAS ou Bat SL-CoV RaTG13 est une souche de betacoronavirus qui infecte la chauve-souris Rhinolophe fer à cheval intermédiaire (Rhinolophus affinis).

Elle a été découverte en 2013 dans des excréments de chauves-souris d'une grotte minière près de la ville de Tongguan du xian autonome hani de Mojiang dans le Yunnan en Chine. C'est le plus proche parent connu du SARS-CoV-2, virus qui cause la $COVID-19^,.$

C'est une souche de coronavirus (CoV), infectant la chauve-souris (bat en anglais), d'où l'abréviation BatCoV (ou $BtCoV)^,.$

Le nom de la souche elle-même comporte l'espèce porteuse (Ra – Rhinolophus affinis), le lieu de découverte (TG – Tongguan), et l'année de découverte (13 – 2013), soit « RaTG13 ».

## Virologie

RaTG13 est un virus à ARN à simple brin à polarité positive doté d'une membrane externe. Son génome compte environ 29 800 nucléotides. Le génome code une réplicase (ORF1a/1b) et quatre protéines structurelles, dont une protéine spike (S), une protéine de membrane (M), une protéine de membrane externe (E) et une protéine de capside (N). Le génome contient également cinq gènes codant des protéines accessoires : NS3, NS6, NS7a, NS7b et NS8.

RaTG13 a une similarité nucléotidique de 96,1 % avec le virus du SARS-CoV-2, suggérant que le SARS-CoV-2 a pour origine les chauve-souris. La plus grande différence entre RaTG13 et SARS-CoV-2 est la protéine spike (S), avec seulement 92,89% de similarité $nucléotidique^,.$ A la différence du SARS-CoV-2, la protéine S du virus du RaTG13 est dépourvue du motif de clivage de la furine RRAR↓S. De manière surprenante, il a été observé en laboratoire que RaTG13 est incapable de se fixer sur les récepteurs ACE2 des chauves-souris censées être son hôte naturel. En revanche, le RaTG13 reconnaît très bien les récepteurs ACE2 des souris et rats, et dans une moindre mesure ceux des humains. À partir de constat, il a été suggéré que l’échantillon fécal qui a permis de séquencer RaTG13 pourrait être en fait celui d’un rongeur et non d’une $chauve-souris^,.$

Similarité entre les gènes de RaTG13 et $SARS-CoV-2^,.$ :

| ORF | Similitude en nucléotides |
| - | - |
| ORF1a | 96,05 % |
| ORF1b | 97,33 % |
| S | 92,89 % |
| NS3 / ORF3a | 96,26 % |
| E | 99,56 % |
| M | 95,52 % |
| NS6 / ORF6 | 98,39 % |
| NS7a / ORF7a | 95,63 % |
| NS7b / ORF7b | 99,24 % |
| NS8 / ORF8 | 96,99 % |
| N | 96,9 % |

## Position phylogénétique

L'arbre phylogénétique de la branche des coronavirus apparentés au SARS-CoV-2, tel qu'obtenu sur la base du gène RdRp, est le $suivant^,^,$ :

* Animal hôte :
* chauve-souris
* pangolin
* humain
