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Laboratoire de Pathogenèse des Bactéries Anaérobies
Les bactéries anaérobies font partie de la flore endogène normale de l’homme. Dans le tractus intestinal, la quantité des bactéries anaérobies augmente progressivement jusqu’au colon où elles sont mille fois plus nombreuses que les bactéries aérobies. Souvent de manière opportuniste, certaines de ces anaérobies peuvent être impliquées dans des processus infectieux, à l’occasion de perturbations anatomo-physiologiques des sites d’infections. La pathogénicité des bactéries anaérobies dépend généralement de facteurs intrinsèques à la bactérie mais aussi de facteurs liés à l’hôte qui contribuent à augmenter leur virulence (déficience immunitaire) et des conditions d’environnement qui leur sont offertes. Les Genres Bacteroides et Clostridium sont les principales bactéries anaérobies que l’on trouve dans la flore colique.
Parmi les clostridies pathogènes, Clostridium difficile est responsable de 15 à 25% des diarrhées post-antibiotiques et de la majorité des colites pseudomembraneuses. C’est le principal entéropathogène bactérien isolé des diarrhées nosocomiales de l’adulte. Depuis 2003, l’incidence et la proportion des formes graves d’infections à C difficile ont augmenté de manière préoccupante en raison de l’émergence de souches hautement pathogènes. Bien que de nombreux facteurs de virulence semblent intervenir lors des infections à C. difficile, la production de deux toxines (TcdA et TcdB) et leur régulation est un élément déterminant du pouvoir pathogène de cette bactérie. Les principales activités du laboratoire portent sur les mécanismes mis en jeu lors de l’initiation de la transcription des gènes des toxines de C. difficile, de la régulation de leur expression au cours du temps (phase de transition cellulaire) et en réponse à certains signaux de l’environnement (sources carbonées, acides aminés soufrés), ainsi que de leur transport à travers la membrane bactérienne. Nous cherchons également à identifier les facteurs intervenant lors de la colonisation du tube digestif de l’hôte par C. difficile (sporulation, adhésion, adaptation, multiplication) que nous explorons actuellement par une analyse comparative de l’expression des gènes de C.difficile dans un contexte infectieux (modèle de souris axénique). Enfin, nous avons entrepris une analyse comparative de génomique et de transcriptomique de souches à haut pouvoir pathogène pour identifier par cette approche des facteurs responsables du caractère émergent et hypervirulent de souches épidémiques récentes présentes tant aux Etats-unis qu’en Europe
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