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Matières Vivantes
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Paroles de sage prospectif
A quelques jours du Telethon, F. Taddei signale sur twitter cet article très intéressant sur la vision de la biologie du futur par Sydney Brenner, passant au karcher les tendances récentes de la biologie “high throughput”. Schadenfreude.
Petit rappel pour commencer : Syd Brenner fait partie des légendes vivantes de la biologie. Prix Nobel de médecine en 2002, co-découvreur du code génétique, “inventeur” (au sens archéologique du terme) de C. elegans comme organisme modèle, sa parole a un poids incontestable. Aussi est-il intéressant de noter ses critiques, exprimées dans une conférence prospective donnée à l’université Vanderbilt sur les 100 prochaines années à venir.
Brenner attaque ce qu’on appelle la “high-throughput biology”, terme à la mode désignant l’utilisation de techniques fournissant des masses de données à partir de techniques simples parallélisées. Ces avancées techniques ont amené l’émergence de ce qu’on appelle les “omics” : genomics, proteomics, interactomics … dont le but est de “cartographier” les différentes composantes de la biologie et leurs interactions. L’exemple typique est la cartographie du génome humain, récemment terminée. L’idée courante est que de ces cartes devraient sortir, presque spontanément, de nouvelles connaissances scientifiques.
Brenner, très justement à mon sens, affirme que ce n’est pas ainsi qu’on fait de la science :
La découverte d’un gène ne veut pas nécessairement dire que la protéine qu’il encode est importante. “Vous avez besoin d’avoir une théorie de la façon dont une cellule se comporte”
Il y a quelques années, certains comme Wired ont prédit la fin de la science au bénéfice d’approches automatisées capable d’inférer de nouvelles connaissances à partir de la masse de data brutes. Les objections à cette idée sont connues (on pourra par exemple consulter les econoclastes sur le sujet).
Mais Brenner ici se livre aussi à deux semi-”hérésies” biologiques. D’abord, il utilise ici explicitement le terme de “théorie”; c’est un terme tout à fait intéressant dans la bouche d’un biologiste, sachant qu’en général on parle plus volontiers de simples modèles. J’y vois une volonté de revenir à une vision plus holiste et plus émergente de la biologie. Brenner rejoint ainsi Woese qui affirmait la même chose il y a quelques années. Ensuite, il y a cette notion d’encodage de fonction “importante”. J’y vois certainement plus que Brenner ne l’exprime ici, mais je trouve très intéressant l’idée implicite de hiérarchie des fonctions. C’est une notion imprécise qui, à mon avis, mérite le débat vu que pour la communauté biologique, essentiellement, toute protéine mutée entraînant un phénotype est par définition “importante”.
Poursuivons :
La promesse du décryptage du génome humain était que nous aurions des millions de cibles, et que nous pourrions prendre des composés chimiques, faire une analyse à grande échelle et trouver ainsi les médicaments du futur, directement du labo au patient. “Je pense que cette idée est totalement fausse”
En effet, cette approche nécessite une “hypothèse thérapeutique”, qui consiste à dire que bloquer une cible particulière pourrait avoir un impact fort sur une fonction physiologique et empêcher ainsi une maladie.
“J’ai rarement vu quelque chose d’aussi simple sortir des labos, la raison est que la plupart des gens dans les labos ne connaissent pas grand chose de la physiologie et de la pathologie humaine”
En fait, Brenner propose plutôt d’aller du “patient” au labo, i.e. d’utiliser la grande variété existante des génomes humains pour regarder directement la physiologie et comprendre, à l’échelle de l’organisme (et non simplement à l’échelle génétique) comment le corps fonctionne. Il va même jusqu’à affirmer qu’il faut se passer des modèles “souris” pour aller directement à l’homme, ce qui ne manque pas de sel pour quelqu’un qui a promu lui-même un modèle animal !
Si Brenner parle essentiellement ici de médecine, force est de constater que cette tendance a néanmoins bien débordé sur le fondamental. La recherche en biologie moléculaire, héritière de la longue et efficace tradition génétique, a incontestablement un fort biais vers ces méthodes high-throughput, notamment les domaines “de pointe”, draînant la majorité de l’argent, comme les cellules souches. La thérapie génique a révélé les dangers thérapeutiques d’aller trop vite, sans construire et tester de vrais modèles fondamentaux et théoriques en amont. Cela dit, paradoxalement, la solution de ce biais tourné vers les patients viendra peut-être des médecins eux-mêmes, notamment ceux qui retournent au labo pour refaire du fondamental (comme Shinya Yamanaka par exemple). J’avais déjà souligné il y a quelques années le contraste entre un Yamanaka qui faisait vraiment de la science par rapport à un Daley faisant plus de la technologie médicale à mon avis. Mes contacts récents avec des chercheurs passés par la case médecine m’ont convaincu personnellement qu’il y a effectivement une vraie différence de culture épistémique, qui fait que les médecins de formation ont une vision plus globale des choses et très importante scientifiquement au stade actuel de l’avancée de la science biologique. Je ne suis pourtant pas sûr que les financements suivront, pour des raisons scientifico-politiques – ne pas négliger l’attrait des grosses machines .
par Roud	le Lundi, novembre 22nd, 2010 at 8:49 dans Genetique, Recherche, cellules souches.
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12 Responses to “Paroles de sage prospectif”
vf Says:
novembre 23rd, 2010 at 11:26 Assez d’accord.
ça rejoint le débat stérile avec Dracola sur un autre site : beaucoup de personnes confondent les faits expérimentaux et les faits scientifiques. Ce n’est pas parce que j’observe un fait, même au laboratoire, que ce fait constitue un élément d’une connaissance scientifique permettant de bâtir quelque chose; c’est Poincaré qui disait que l’on fait de la science avec des faits comme on fait une maison avec des pierres, mais un tas de faits n’est pas plus une science, qu’un tas de pierres n’est une maison.
Le vrac de faits, a posteriori, s’éclairent et s’intègrent dans la science, mais pour construire une approche scientifique d’un problème, l’acculumation de faits, même “expérimentaux” n’est pas forcément le meilleur moyen.
Lam Son Says:
novembre 23rd, 2010 at 1:47 Comme l’écrivait Stephen J. Gould, les faits étaient les mêmes avant et après l’acceptation de la théorie de la dérive des continents. C