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Mélanie Dulong de Rosnay m'avait conviée à la journée d'étude interdisciplinaire de l'ISCC intitulée "Ouverture des données massives scientifiques. Quels risques, quels bénéfices ?", le 6 décembre 2013. Un grand "merci" aux organisateurs et modérateurs de ces échanges, ce fut une journée très réussie et enrichissante. Je suis intervenue lors de la 2e table ronde qui traitait des avantages et dangers d'une telle ouverture ainsi que des nécessités en termes de politiques publiques pour que cette ouverture se fasse. Voici mes notes de préparation dont tous les points ont été abordés. Afin d'augmenter la visibilité du débat, j'ai également publié une dépêche sur LinuxFr.org.[caption id="attachment_96" align="aligncenter" width="333"] Journée interdisciplinaire autour de l'ouverture des données scientifiques.[/caption]À la recherche des données de recherche« Monter sur des épaules de géant pour voir plus loin », disait Newton. Aujourd'hui, nous continuons à construire en nous fondant sur les concepts et les résultats de nos prédécesseurs. Mais aujourd'hui, nous sommes face à un problème que Newton n'aurait jamais pu anticiper : l'impossibilité d'accéder aux données scientifiques générées par nos pairs.La recherche scientifique actuelle produit une quantité de données incommensurable, chaque expérience individuelle pouvant générer des giga- ou des térabits de données. Le problème pour la communauté scientifique est que la majorité de ces données ne parvient pas à être publiée car les publications scientifiques tendent, par nécessité, à être limitées aux conclusions principales ou aux résumés des résultats les plus frappants. Les données brutes sont souvent laissées de côté et peuvent être altérées ou perdues, ainsi inaccessibles à la communauté actuelle et future.Étant donné que la majorité de données de recherche représente de la donnée « négative » (c'est-à-dire produites par des expériences ratées ou ne validant pas/ne donnant pas de réponse claire à l'hypothèse de départ), la perte de ces données mène à une répétition inutile d'expériences chères et chronophages. C'est un problème qui s'auto-entretient : si les chercheurs basent leurs hypothèses sur la littérature publiée seulement, ils continueront à perdre de l'argent et du temps répétant des manipulations ratées et, au mieux, reproduisant des données non-nécessaires ou, au pire, créant de nouveaux jeux de données de faux positifs.Les essais cliniques, essaie encoreLà où ces considérations ont une importance particulière : les essais cliniques. Le manque de jeux de données adéquats a donné des médicaments placebo et nocifs faisant objets de scandales à répétition depuis des années. Des études (supplémentaires ou annexes) faites par des chercheurs d'autres labos ne peuvent pas ré-analyser ces jeux de données : ils ne sont en mesure ni de les combiner à de nouveaux datasets ni de les utiliser dans des cas non-anticipés par ceux ayant originellement produit les données.D'une importance critique est également la capacité à reproduire les résultats déjà publiés. Cela ne peut être fait que si toute l'information est disponible. Cette information peut inclure les données brutes, le logiciel et son code source utilisés ainsi que les métadonnées correctes pour chaque fichier. Un récent exemple de souci conséquent de reproductibilité est l'étude faite par Glenn Begley ayant testé (si et) combien parmi 53 études fondatrices de la recherche sur le cancer sont reproductibles. Le résultat est affligeant : seules 6 des 53 le sont… Même connaissant les limitations des essais pré-cliniques, ce résultat était choquant.Le jeu de la plateformeDans certains domaines scientifiques, les données commencent plus ou moins timidement à être publiées. Des défauts et problèmes persistent cependant quant à la manière de partager les données de recherche tant il manque des plate-formes agréées et des formats ouverts et interopérables. Il nous reste énormément de chemin à parcourir également pour l'ouverture des données sur la recherche, actuellement indisponibles en France. Il est ainsi impossible d'avoir une vision globale et fondée sur les thématiques scientifiques prioritaires et les dotations accordées ces quelques dernières années en France.Là où le bât blesse, c'est que les données sur l'activité et la production de la recherche existent. Les rassembler et les publier est le travail d'Etalab, la mission du Premier Ministre dont la mission est d'accompagner les administrations publiques dans les démarches d'ouverture de données qu'elles produisent. Pour l'instant, l'ANR (Agence Nationale de la Recherche) se montre frileuse : d'après une enquête récente menée par Deuxième Labo, l'ANR explique qu'elle ne représente qu'une partie minime du budget total de la recherche publique (traduction : « oh, laissez-nous tranquilles ») et que de toutes façons l'Agence ne saurait agir en dehors d'une action groupée de l'ensemble des acteurs concernés.Le secteur public décideur de demain (ouais plutôt demain)Tiens, donc voilà qu'on en arrive aux histoires de politiques publiques… Elles commencent—très timidement mais quand même—à se dessiner. La Commission Européenne a débuté le programme OpenAIRE qui vise à être un portail unique vers toutes les publications produites dans le cadre des financements accordés par le FP7. Le successeur du FP7, soit le Horizon2020, prévoit d'assurer une continuité en ce sens et s'enrichit également de recommandations en faveur de l'Open Data en recherche. Il ne s'agit cependant pas d'obligations, mais de recommandations…Même si c'est un pas pour l'instant humble, d'autres initiatives s'y ajoutent telles que la directive PSI. La France est parmi les 9 États membres qui ont adapté leurs législations autour de l'accès des données publiques pour inclure la ré-utilisation de la directive PSI. La Commission s'est également exprimée sur la nécessité de considérer les données de recherche produites avec des deniers publics comme des données publiques, donc devant suivre le même traitement que les autres données publiques. Enfin, l'European Medicines Agency s'est engagée dans l'élaboration d'un cadre légal pour la publication des données d'essais cliniques.Et maintenant ?Avant de terminer, je souhaiterais ouvrir sur quelques questions d'ordre légal. Selon la législation en vigueur, les données brutes sont dans le domaine public. En Europe et en France, un droit spécifique—dit des bases de données,—s'applique protégeant la structuration particulière dont peuvent faire objet les données brutes. L'objectif de cette loi (imposée depuis 1996) est de protéger les investissements financiers et humains mobilisés pour la construction de la base de données en question. Mais cet effet n'a pas été démontré et aux États-Unis, une industrie relative s'est développée. La couche spécifique que représente le droit des bases de données peut conduire à une limitation d'accès aux données brutes. La vente d'accès à la base de données est généralement un service qui exclut toute utilisation autre que la consultation. Voyons comment la version 4.0 des licences de la famille Creative Commons—qui inclut désormais les droits des bases de données—changera la donne.Une autre question légale concerne l'assistance aux chercheurs, que ce soit en tant qu'auteurs lors de la signature du contrat avec un éditeur, que ce soit en tant que producteur de données inscrites dans un cadre légal où se croisent le régime de propriété intellectuelle imposé par l'université, par le centre de recherche, par l'agence de financement, par la définition de la structure (par ex., UMR…). Il n'est même pas dit qu'on puisse trouver de telles informations facilement : j'ai ainsi tenté de vérifier le cadre légal que l'ANR applique, mais je n'ai rien trouvé dans la documentation mise en ligne par leurs soins.Enfin, nous devons aussi explorer le retour à la dynamique d'échanges de matériel biologique (et son statut : est-ce de la donnée ?), dynamique autrefois courante, mais aujourd'hui fortement limitée.&#160;