{"word_count": 957, "character_count": 6323}
      Lors de la séance portant sur l’identité du 6 mars 2012, beaucoup de notions ont été associées à l’identité. En biologie, le concept d’identité est utilisé mais l’identité n’a pas de définition unifiée pour toute la biologie et selon le domaine que l’on considère, l’identité n’a pas la même définition et donc les mêmes propriétés. Voici donc quelques considérations sur l’identité en biologie qui peuvent ouvrir quelques pistes de réflexion.Biologie moléculaire : identité de séquence.La biologie moléculaire, s’intéresse comme sont nom l’indique aux molécules et plus particulièrement à celles construites comme une répétition de briques élémentaires telles que l’ADN (répétions des lettres A, T, G et C) ou les protéines (répétition d’acides-aminés dont il n’est pas question ici de faire la liste) à la manière des lettres dans une phrase. Lorsque l’on compare deux séquences ; le même gène dans deux espèces différentes, ou deux protéines similaire dans une même espèce, l’identité est le nombre de caractère identiques partagés par deux séquences. Le nombre de lettre identiques à la même place dans une phrase. Cette identité est exprimée en pourcentage.Immunité : la question du soi et du non-soi.Si l’identité en biologie moléculaire a une définition quasi-mathématiques, la notion d’identité en immunité est un peu plus complexe. Le système immunitaire des mammifères (nous ne considérerons que celui-là dans cet article) fonctionne sur un équilibre entre action et inaction. Il doit réagir aux agents pathogènes, sans réagir contre cellules du corps. Un excès de réaction mène aux maladies dites auto-immunitaire (lupus, sclérose en plaque) alors qu’une absence de réaction mène aux immunodéficiences (SIDA). Le système immunitaire doit donc être éduqué à faire la distinction entre le soi (les cellules du corps) et le non-soi (les agents pathogènes, cellules extérieures). De manière schématique, le système immunitaire considère comme étranger tous ce qui n’est pas du soi. Il n’y a donc pas de « liste » de pathogènes et une « liste » de cellules du corps mais une unique définition du soi, acquis lors de la maturation des cellules immunitaire. Tout ce qui n’est pas du soi est considéré comme étranger, le non-soi, et entraînera une réaction immunitaire. Du point de vue immunitaire, l’identité du soi est définie par opposition à l’environnement extérieur, la cellule immunitaire « apprend » selon une logique exclusive. Néanmoins, cette définition n’est pas figée dans le temps, en effet certaines maladies auto-immunes apparaissent à l’âge adulte, suggérant une modification de reconnaissant du soi et non-soi.Développement : le rôle de l’environnement.Les organismes multicellulaires présentent souvent des tissus spécialisé remplissant des fonctions biologiques diverses, ainsi la peau diffère de l’os chez les animaux et la racine de la feuille chez les plantes. A titre d’exemple, il existe trois grands types de tissus appelés feuillets chez les animaux (bilatériens) se développant chacun en différents organes : l’endoderme (tube digestif), le mésoderme (muscle te os) et l’ectoderme (peau et neurones). La mise en place de ces trois feuillets et primordiale pour le développement normal de l’animal, leurs territoires doivent donc être définit. Lors du développement, chaque cellule reçoit des informations des ses voisines qui viennent réguler le programme génétique de la cellule. Selon sa position dans l’embryon, les cellules reçoivent donc des signaux différents. Ce sont ces différences de position, de voisinage, de signaux chimiques reçus qui vont permettre la mise en place et la définition des trois feuillets de manière souvent irréversible (à la notable exception des cellules souches). Dans le cas du développement, c’est l’environnement immédiat d’un tissu qui va définir son identité en modulant le programme génétique préétabli des cellules de ce tissu.Evolution : la notion d’espèce.En se plaçant maintenant à l’échelle des espèces, la notion d’identité vient mettre à mal la notion d’espèce. Comment définir une espèce ? Si l’interfécondité des individus est un critère satisfaisant pour la plupart des êtres vivants multicellulaires, il n’est pas du tout adapté pour définir les espèces des organismes unicellaires qui, bien que nous en ayons que trop peu conscience, représentent l’écrasante majorité de la biodiversité des cette planète. Avec l’explosion des capacités de séquençage aux cours de ces dernières années, de nombreux génomes (totalité des gènes d’un individu) ont été séquencé et une définition génomique de l’espèce peut-être donnée. Sont considérés d’espèces différentes les individus ayant moins de 97% d’identité (1) sur groupe de gènes définit (que nous ne détaillerons pas ici). Passons sur le côté arbitraire du chiffre de 97% et du groupe de gènes choisi, on retrouve ici la notion d’identité utilisée par à la biologie moléculaire. Les séquences sont alignées deux à deux et le nombre de lettres identiques est compté. Cette définition est satisfaisant pour la plupart des organismes unicellulaire testés (et donc connus) mais elle devient problématique… chez les multicellulaires. En effet, si nous voudrions nous appliquer cette définition, alors l’Homme (Homo sapiens) et le Macaque (Macaca mulatta) ne formerait qu’une seule et même espèce. Ici, la notion d’identité mathématique de la biologie moléculaire, appliquée à l’échelle des génomes vient donc contrarier la notion d’espèce (2), la plus petite unité de la taxonomie. Contrairement à la définition exclusive du système immunitaire, l’identité à ici des frontières floues, plus ou moins inclusive selon les critères que l’on prend pour la définir.En Biologie, la notion d’identité n’a pas de définition stricte et dépend du domaine ou de l’échelle que l’on interroge. Si à l’échelle de l’infiniment petit, sa définition est simple, les implications de cette même définition à l’échelle de l’infiniment long (l’évolution) ouvrent de nouveaux questionnement en biologie. De même, une identité peut-être définitive (développement) où dynamique (immunité).(1) Updating Prokaryotic Taxonomy. Rossello-Mora et Amann, Journal of bacteriology, 2001; vol. 187 no. 18 6255-6257 (2) Prokaryotic evolution and the tree of life are two different things. Bapteste E. et al. Biol Direct, 2009; 4: 34