[speaker001:] d'accord ben merci beaucoup euh avant toutes choses je voudrais euh remercier l'ensemble euh des membres du jury pour avoir lu mon manuscrit fait part de leurs euh de leurs remarques et améliorations et puis pour être venu ici jusqu'à [PII] euh certains de loin donc euh je les remercie d'avance pour ça euh donc je vais vous présenter les travaux que j'ai réalisés dans le cadre de [NOISE] ma thèse donc qui est une thèse CIFRE [conventions industrielles de formation par la recherche] qui a été encadrée par les professeurs euh [PII] [PII] et [PII] [PII] au niveau euh statistique et académique et euh qui a été financé par le la- laboratoire de biotechnologie [PII] [NOISE] qui a été par le docteur [PII] [PII] et euh et qui nous a soumis en fait les problèmes de biologie dont on va discuter aujourd'hui [NOISE] donc comme euh comme le plan [NOISE] de de mon euh enfin le titre de ma diapositive le laisse présager il va y avoir deux parties distinctes dans dans mon exposé donc la première partie sera en cancérologie euh dans laquelle je vais chercher à mettre en évidence euh des positions d'ARN [sigle acide ribonucléique] messager pour lesquelles on a une plus forte probabilité de substitution dans le cas cancer et dans le cas normal euh la principale euh principale origina- originalité au niveau statistique de cette partie ça va être l'utilisation d'une procédure de tests multiples euh dans la deuxième partie on va traiter de la détection de l'allergie à l'arachide et puis de la prédiction de de sa sévérité euh donc là l'aspect plus clinique euh plus clinique des choses dans dans laquelle les méthodes statistiques qui sont mises en place ce sera une combinaison originale de méthodes standards de d'analyse discriminante et de méthodes factorielles et puis euh la mise en place d'un algorithme pour traiter le cas de de la dose réactogène qui est un petit peu heu un petit peu particulier donc tout d'abord je vais commencer par quelques rappels de biologie donc tout d'abord l'A.D.N. pour euh acide désoxyribonucléique qui est le support de l'information génétique et qui se trouve dans chacune de nos cellules alors c'est une molécule qui est double brin euh chacun des deux euh des deux brins peut être représenté par la suite des nucléotides qui le composent chaque nucléotide euh étant représenté par le la première lettre de son nom donc il y a l'adénine la tymine la guanine et la cytosine [NOISE] alors une propriété qui est qui est importante dans l'A.D.N. c'est que les deux brins sont complémentaires c'est-à-dire qu'ils sont associés de telle manière pour qu'en face d'un A sur le premier brin se trouve toujours un T en face d'un T d'un A d'un C d'un G et d'un G d'un C ce qui est important au niveau de de l'A.D.N. c'est que le les gènes se trouvent sur l'A.D.N. euh les gènes sont le plan de fabrication d'une protéine de ma- de manière euh de manière très schématique et il y a deux étapes fondamentales qui séparent le gène de la protéine c'est la transcription et la traduction la trancri- la transcription elle nous fait partir du gène et elle nous donne euh l'A.R.N. messager qui est également une euh une molécule qui s'écrit dans un alphabet à à quatre lettres qui peut également être représenté par une séquence de lettres mais c'est une molécule qui est simple brin euh dans cet alphabet le U remplace le T euh c'est c'est cette phase-là qui va nous intéresser en particulier dans dans la première partie ensuite il y a la phase de traduction qui permet de passer de l'A.R.N. messager aux protéines pour ça en fait il y a une grosse molécule qui s'appelle un ribosome qui va lire les les nucléotides trois par trois par codon et qui va leur faire correspondre un acide aminé et c'est la concaténation des acides aminés qui sont obtenus à partir de de l'A.R.N. messager grâce au ribosome qui va nous donner la protéine euh la protéine va ensuite aller vivre sa fonction dans le corps humain elles peuvent être très diverses celle qui va nous intéresser en particulier aujourd'hui surtout dans le cas de l'allergie ça va être la défense du corps humain au travers des anticorps ceci étant rappelé euh je vais m'intéresser maintenant à la partie de cancérologie donc tout d'abord quelques quelques renseignements entre guillemets sur le cancer donc il faut savoir que c'est une maladie qui est génétique c'est-à-dire qu'elle est due à l'accumulation de mutations euh dans dans les séquences d'A.D.N. alors qu'est-ce qu- dans certains gènes ce qu'on appelle mutation ça va être un changement dans la séquence du nucléotide de l'A.D.N. alors ça va être dans notre cas à nous des substitutions c'est-à-dire un changement de nucléotide... mais il peut y avoir aussi une insertion ou une délétion de nucléotides qui vont décaler tout le reste euh de la séquence alors ces gènes qui peuvent être euh qui peuvent être touchés par des euh par des mutations c'est des gènes qui ont un rôle de contrôle dans la division de la cellule si bien que si ils sont mutés la cellule va se diviser de manière complètement anarchique jusqu'à créer des tumeurs alors évidemment c'est ce sera une nouvelle pour personne [NOISE] le cancer c'est une maladie qui est extrêmement grave euh en l'an deux mille en France on a re- on a recensé cent cinquante mille décès c'est pour ça qu'un des enjeu de la recherche euh bio- en bio- biologique et médicale actuellement c'est la la mise au point d'un diagnostic précoce c'est-à-dire que au plus tôt on va détecter la maladie du patient meilleure va être sa prise en charge dans la suite d'où la nécessité de trouver des molécules qu'on appelle euh qu'on appelle des biomarqueurs euh dont la quantité va être différente chez des patients qui seraient malades et des patients qui seraient sains c'est un petit peu ce qu'on va s'attacher à à faire dans cette étude à aller voir quelles pourraient être ces ces molécules d'intérêt donc à l'arrivée de ma thèse euh la société [PII] a a soumis la question euh originale suivante c'est est-ce qu'il est possible de trouver chez l'homme des A.R.N. messagers dont la séquence nucléotidique serait différente dans le cas cancer et dans le cas normal donc pour tester ça pour [NOISE] vérifier cette euh cette hypothèse on a choisi dix-sept gènes d'intérêt pour lesquels à chacune des positions de la séquence euh de la séquence d'A.R.N. messager on va comparer la probabilité d'avoir une substitution dans le cas cancer et dans le et dans le cas sain alors le le problème qu'on a c'est que l'A.R.N. messager c'est une molécule qui est instable et on va pas pouvoir le séquencer directement pour créer un échantillon représentatif et pour que nous les st- les st- les st-statisticiens pardon on puisse travailler dessus alors pour ça on va faire appel aux E.S.T. pour Expressed Sequence Tags [language] ce qui veut dire marqueurs de séquences exprimés en français qui vont nous permettre d'avoir une idée euh de ce qui se passe sur l'A.R.N. messager [NOISE] donc je vais ra- rappeler brièvement comment on les obtient donc on part de l'ensemble des A.R.N. messagers qui sont présents euh dans une préparation qui a été issue d'un tissu donc je rappelle simplement les A.R.N. messagers sont issus de la transcription à partir de l'A.D.N. de ces A.R.N. messagers on va les reconstituer euh par complémentarité l'A.D.N. à partir duquel ils ont été transcrits c'est ce qu'on appelle l'A.D.N. complémentaire euh cette phase-là s'appelle euh assez assez logiquement la transcription inverse une fois qu'on a construit l'A.D.N. complémentaire on va aller euh on va aller le couper en plusieurs petits morceaux d'où la longueur assez court [sic] des E.S.T. environ cinq cents nucléotides par rapport à la longueur totale des A.R.N. messagers et euh leur séquence de de nucléotides va être lue euh par un séquenceur c'est ce qu'on appelle les E.S.T. qu'on obtient donc à la fin du séquençage si bien qu'on va obtenir une euh une correspondance indirecte entre les A.R.N. messagers et les E.S.T. le problème c'est que le prix qu'on va payer pour pouvoir euh avoir un échantillon qui nous donne une idée de ce qui se passe sur les A.R.N. messagers c'est l'erreur du séquençage en fait dans dans toute cette phase que j'ai représentée en en bleu qui serait une un phénomène de synthèse euh entre guillemets on on va perdre une certaine information c'est-à-dire que certains nucléotides vont être mal remplacés vont être mal mal recopiés sur les E.S.T. par rapport à l'A.R.N. messager de de départ donc vu que nous on va s'intéresser dans la suite euh à à calculer des probabilités de d'erreurs il est évidemment important de de prendre en compte ces erreurs de ces erreurs de séquençage-là dans le modèle alors par contre ce dont on dispose c'est de de la séquence de référence pour chacun des dix-sept gènes c'est à dire euh de la séquence entre guillemets canonique qui nous donne exactement ce qu'on a au niveau de l'A.R.N. messager pour chacun des gènes ce qui est important de noter c'est que c'est la même dans le cas cancer et dans le cas normal alors avant de mettre en place euh l'approche statistique il reste une phase euh c'est la récupération des données et leur tri euh les E.S.T. euh sont disponibles sur euh sur Internet en ligne dans la bande de données du système T.D.I. au moment de de l'étude il y avait deux millions six E.S.T. cancéreux qui étaient disponibles pour nos dix-sept gènes et deux millions six d'E.S.T. sains alors pour chacun des gènes avec le logi- avec le logiciel BLAST on va aller les aligner contre la séquence de référence c'est-à-dire qu'on va pouvoir comparer les E.S.T. euh dont on dispose à la séquence euh la séquence représentative référente du gène donc sur le dessin il y a la séquence de référence qui est représentée donc en haut en bleu euh un peu plus gras qui est la même dans le cas cancer et dans le cas normal maintenant si on regarde les les E.S.T. euh on va s'apercevoir qu'à certaines positions il y a certaines erreurs donc si je me concentre là sur la position du milieu où il y a un T on va remarquer que dans le cas cancéreux sur les la dizaine d'E.S.T. que j'ai alignée il va y avoir trois erreurs et puis dans le cas sain il y a une erreur il y a un A donc c'est c'est ces probabilités là qu'on va essayer de ben déjà d'estimer puis de comparer par la suite donc si je me place maintenant à une position euh donnée d'une des séquences de référence des des dix-sept gènes je vais appeler P un la probabilité d'avoir substitution dans le cas cancer et P deux une substitution dans le cas normal le test que je vais euh enfin sur les A.R.N. messagers euh le test que je vais chercher à réaliser c'est le test qui est qui est écrit ici donc d'hypothèse nulle P un plus petit que P deux et d'hypothèse H un P un plus grand que P deux alors le le problème c'est que ces ces probabilités-là on peut pas les estimer directement parce que comme j'avais expliqué on n'a pas accès à l'A.R.N. messager on a accès qu'à un qu'à un qu'à un miroir déformé entre guillemets que sont les E.S.T. donc on va essayer de mesurer l'impact de l'erreur de séquençage sur euh sur ce test-là et voir ce qu'on peut déduire en réalisant le test sur les E.S.T. donc je me place toujours avec une position B euh une position I où il y a une base B de la séquence de référence et en concertation avec les biologistes on fait trois hypothèses sur l'erreur de séquençage d'abord on va supposer que la probabilité epsilon [language] d'avoir une erreur de séquençage elle est la même que du côté cancer que dans que du côté sain ce qui paraît assez raisonnable dans la mesure où les E.S.T. sont sont fabriqués entre guillemets de la même manière qu'on soit dans un can- dans le cas cancéreux où dans le cas sain il y a deux autres hypothèses qui suivent la première euh enfin la deuxième c'est qu'on suppose que l'erreur de séquençage elle va elle va affecter de la même manière euh un T un A un T un C ou un G sur la base de référence quellle que soit la base que je vais trouver sur la séquence je vais avoir la même probabilité d'avoir une erreur de séquençage à cet endroit-là enfin la dernière hypothèse que je fais c'est que si il y a une erreur de séquençage à un endroit euh la base est remplacée uniformément par l'une des trois autres bases avec une probabilité epsilon sur trois