Liste d'espèces dont le génome est séquencé
# Liste d'espèces dont le génome est séquencé

La liste ci-dessous, non exhaustive, présente des espèces dont le génome a été complètement séquencé à la date du 12 février 2016.

## Projets de séquençage globaux, voire de tout le Vivant dans le monde

Après que ce travail ait été fait (en 30 ans environ) chez l'Homme, il existe plusieurs projets visant à séquencer le génome d'un grand nombre d'espèces de quelques groupes taxonomiques :

* le projet Genoma 10K veut séquencer 10 000 génomes de vertébrés (environ pour chaque genre) ;
* le projet I5K souhaite déchiffrer le génome de 5000 arthropodes ;
* le projet B10K voudrait déchiffrer les génomes de chacune des environ 10 500 espèces d'oiseaux.

Et un autre projet, bien plus ambitieux encore (« Earth BioGenome Project » ou EBP, préparé depuis 2015 et présenté au BioGenomics2017 lors d'une réunion organisée par l'Initiative du Smithsonian sur la génomique de la biodiversité), vise à séquencer l'ensemble des espèces connues de la planète. Selon ses auteurs cela coûterait plusieurs milliards de dollars, mais pas plus que la somme dépensée pour financer l'ensemble des démarches effectuées pour séquencer le génome humain. L'EBP pourrait inclure les projets cités plus haut, mais plusieurs défis sont à relever : outre que le budget d'un tel projet serait sans doute plus difficile à réunir que celui qui a été nécessaire pour étudier le génome humain, il faudrait aussi trouver de l'ADN de qualité pour chaque échantillon à analyser, et l'associer à des métadonnées que les musées ne possèdent pas toujours (lieu exact du prélèvement, description fine de l'organisme, etc.). Des normes d'échantillonnage seraient à mettre en place avant l'opération. Le Global Genome Biodiversity Network pourrait fournir à partir du réseau des muséums et banques biologiques une partie de l'ADN nécessaire, mais dans bien des cas il faudrait retourner dans la nature retrouver des spécimens vivants et en rapporter des biopsies ou sources d'ADN convenablement préparées pour ne pas contaminer les échantillons. C'est un travail qui pourrait être plus couteux que les analyses génétique elles-mêmes. Harris Lewin (spécialiste en génomique évolutionniste de l'Université de Californie estime qu'une première étape vers cet objectif audacieux serait l'analyse génomique précise d'un membre de chaque famille d'eucaryote (environ 9000 en tout comprenant des plantes, des animaux et des organismes unicellulaires). Ensuite un séquençage moins précis pourrait concerner une espèce choisie dans chacun des 150 000 à 200 000 genres, et enfin porter via un séquençage à basse résolution sur une partie du génome des 1,5 million d'espèces eucaryotes connues restant (avec possibilité d'affiner le séquençage pour des espèces d'intérêt particulier). Selon ses auteurs un parallèle peut être fait entre ce projet d'EBP et le Human Genome Project qui il y a trois décennies était tout aussi ambitieux, controversé et, à l'époque « techniquement impossible », mais qui a néanmoins abouti et qui est devenu la base d'une industrie valant aujourd'hui environ 20 milliards de dollars.

## Eubacteria

### Epsilonproteobacteria

* Campylobacter jejuni. Souche NCTC11168. Génome publié dans EMBL :
   * Identifiant (ID): CJ11168
   * Numéro d'accès (accession number): AL111168
* Helicobacter hepaticus. Souche ATCC51449. Publié dans GenBank, numéro d'accès: AE017125. Voir aussi www.THE-MWG.com.
* Helicobacter pylori
* Thimicrospira denitrificans
* Wollinella succinogenes

### Deltaproteobacteria

* Anaeromyxobacter dehalogenans
* Bdellovibrio bacteriovorus
* Desulfotalea psychrophila
* Desulfovibrio desulfuricans
* Desulfuvibrio vulgaris
* Desulfuromonas acetoxidans
* Geobacter metallireducen
* Geobacter sulfurreducens
* Pelobacter carbinolicus

### Alphaproteobacteria

* Agrobacterium tumefaciens
* Anaplasma marginale
* Bartonella henselae
* Bradyrhizobium japonicum
* Brucella melitensis
* Brucella suis
* Caulobacter crescentus
* Erlichia canis
* Erlicha ruminantium
* Gluconobacter oxydans
* Jannaschia
* Magnetococcus
* Magnetospirillum magnetotacticum
* Mesorhizobium loti
* Nitrobacter hamburgensis
* Nitrobacter windogradskyi
* Novosphingobium aromaticivorans
* Bartonella quintana
* Paracoccus denitrificans
* Rhodobacter sphaeroides
* Rhodospirillum rubrum
* Rickettsia akari
* Rickettsia conorii
* Rickettsia prowazekii
* Rickettsia sibirica
* Rickettsia typhi
* Silicibacter pomeroyi
* Sinorhizobium meliloti
* Sphingopyxis alaskensis
* Wolbachia pipientis
* Zymomonas mobilis

### Betaproteobacteria

* Azoarcus
* Bordetella bronchiseptica
* Bordetella parapertussis
* Bordetella pertussis
* Burkholderia cenocepacia
* Burkholderia cepacia
* Burkholderia mallei
* Burkholderia pseudomallei
* Burkholderia vietnamiensis
* Burkholderia xenovarans
* Chromobacterium violaceum
* Cupriavidus metallidurans
* Cupriavidus necator
* Dechloromonas aromatica
* Methylobacillus flagellatus
* Neisseria gonorrhoeae
* Neisseria meningitidis
* Nitrosomonas europaea
* Nitrospira multiformis
* Polaromonas
* Ralstonia solanacearum
* Rhodoferax ferrireducens
* Rubrivivax gelatinosus
* Thiobacillus denitrificans

## Eukaryota

### Plantes

Quelques éléments de la Liste d'espèces de plantes dont le génome est séquencé:

* L'arabette des dames : Arabidopsis thaliana, une plante modèle (premier séquençage complet du règne végétal, terminé en 2000)
* Le riz asiatique : Oryza sativa
* Le blé tendre : Triticum aestivum
* Le maïs : Zea mays
* Le peuplier de l'Ouest : Populus trichocarpa
* La tomate Solanum lycopersicum
* La pomme de terre : Solanum tuberosum
* La vigne: Vitis vinifera
* Le sorgho commun : Sorghum bicolor
* La banane: Musa acuminata
* Le lin : Linum usitatissimum
* Le pêcher : Prunus persica
* Le rosier : voir génome de la rose
* Le papayer: Carica papaya
* Le tournesol: Helianthus annuus

### Champignon

* Armillaria mellea
* Glarea lozoyensis
* Heterobasidion irregulare
* Magnaporthe grisea
* Saccharomyces cerevisiae

### Insectes

Coleoptera

* Agrilus planipennis, agrile du frêne (2014)
* Dendroctonus ponderosae, dendroctone du pin ponderosa (2013)
* Tribolium castaneum, tribolium rouge de la farine (2008)

Diptera

Culicidae

* Aedes aegypti, moustique (2007)
* Anopheles albimanus, moustique (2014)
* Anopheles arabiensis, moustique (2014)
* Anopheles atroparvus, moustique (2013)
* Anopheles christyi, moustique (2014)
* Anopheles culicifacies, moustique (2014)
* Anopheles darlingi, moustique (2013)
* Anopheles dirus, moustique (2014)
* Anopheles epiroticus, moustique (2013)
* Anopheles farauti, moustique (2014)
* Anopheles funestus, moustique (2006)
* Anopheles gambiae, moustique (2002)
* Anopheles maculatus, moustique (2013)
* Anopheles melas, moustique (2014)
* Anopheles merus, moustique (2014)
* Anopheles minimus, moustique (2014)
* Anopheles nili, moustique (2011)
* Anopheles quadriannulatus, moustique (2014)
* Anopheles sinensis, moustique (2014)
* Anopheles stephensi, moustique (2014)
* Culex quinquefasciatus, moustique (2010)

Psychodidae

* Clogmia albipunctata, moucheron (2013)

Drosophilidae

* Drosophila ananassae, drosophile (2007)
* Drosophila biarmipes, drosophile (2011)
* Drosophila bipectinata, drosophile (2011)
* Drosophila erecta, drosophile (2007)
* Drosophila elegans, drosophile (2011)
* Drosophila eugracilis, drosophile (2011)
* Drosophila ficusphila, drosophile (2011)
* Drosophila grimshawi, drosophile (2007)
* Drosophila kikkawai, drosophile (2011)
* Drosophila melanogaster, drosophile (2000)
* Drosophila mojavensis, drosophile (2007)
* Drosophila persimilis, drosophile (2007)
* Drosophila pseudoobscura, drosophile (2005)
* Drosophila rhopaloa, drosophile (2011)
* Drosophila santomea, drosophile
* Drosophila sechellia, drosophile (2007)
* Drosophila simulans, drosophile (2007)
* Drosophila takahashi, drosophile (2011)
* Drosophila virilis, drosophile (2007)
* Drosophila willistoni, drosophile (2007)
* Drosophila yakuba, drosophile (2007)

Syrphidae

* Episyrphus balteatus, syrphe (2011)

Phoridae

* Megaselia abdita, mouche phoride (2013)

Hemiptera

* Acyrthosiphon pisum, puceron du pois (2010)

Hymenoptera

Formicidae

* Acromyrmex echinatior fourmis (2011)
* Atta cephalotes, fourmis (2011)
* Atta colombica, fourmis (2012)
* Camponotus floridanus, fourmis (2010)
* Cardiocondyla obscurior, fourmis (2012)
* Cyphomyrmex costatus, fourmis (2011)
* Formica selysi, fourmis (2012)
* Harpegnathos saltator, fourmis (2010)
* Lasius flavus, fourmis (2019)
* Lasius niger, fourmis (2019)
* Linepithema humile, fourmis (2011)
* Monomorium pharaonis, fourmis
* Myrmecia crosslandi, fourmis
* Myrmecia pilosula, fourmis
* Mystrium rogeri, fourmis
* Odontomachus hastatus, fourmis
* Paraponera clavata, fourmis
* Paratrachymyrmex cornetzi, fourmis (2015)
* Pogonomyrmex barbatus, fourmis (2011)
* Pogonomyrmex colei, fourmis (2015)
* Pseudomyrmex gracilis, fourmis
* Solenopsis invicta, fourmis $(2011)^,$
* Tetramorium caespitum, fourmis (2015)
* Trachymyrmex septentrionalis, fourmis
* Vollenhovia emeryi, fourmis (2015)
* Vollenhovia nipponica, fourmis (2015)

Apidae

* Apis mellifera, abeille domestique (2006)

Pteromalidae

* Nasonia giraulti, guêpe parasitoïde (2010)
* Nasonia longicornis, guêpe parasitoïde (2010)
* Nasonia vitripennis, guêpe parasitoïde (2010)

Lepidoptera

Bombycidae

* Bombyx mori, ver à soie (2004)

Nymphalidae

* Danaus plexippus, monarque (2011)
* Heliconius melpomene, héliconie (2012)

Plutellidae

* Plutella xylostella, Teigne des crucifères (2013)

Phthiraptera

Pediculidae

Pediculus humanus, pou (2010)

### Autres Invertébrés

* L'oursin Arbacia punctulata
* Le ver nématode Caenorhabditis elegans

### Vertébrés

**Poissons**

* Le poisson médaka : Oryzias latipes
* Le poisson fugu Takifugu rubipres
* Le poisson zèbre : Danio rerio
* Le poisson tétraodon Tetraodon nigroviridis
* La morue de l'atlantique : Gadus morhua
* Le killi turquoise : Nothobranchius furzeri

**Batraciens**

* Le crapaud xénope : Xenopus laevis

**Oiseaux**

* Le coq bankiva ou sauvage : Gallus gallus
* Le poulet domestique : Gallus gallus domesticus
* La dinde : Meleagris
* La perruche ondulée : Melopsittacus undulatus
* Le diamant mandarin : Taeniopygia guttata
* Le pigeon biset : Columba livia

**Mammifères**

* L'humain : Homo sapiens ; voir Projet génome humain abouti en 2003
* La souris grise : Mus musculus
* Le rat surmulot : Rattus norvegicus
* Le chimpanzé : Pan troglodytes
* Le macaque rhésus : Macaca mulatta
* Le chat domestique : Felis silvestris catus
* L'ornithorynque : Ornithorhynchus anatinus
* Le taureau : Bos Taurus
* Le cheval : Equus Caballus
* Le gorille : Gorilla gorilla
* Le chameau de Bactriane : Camelus bactrianus
